comentarisviruslents

Aquest blog és una seguit de comentaris personals i probablement poc transferibles sobre ciència i política.

Comentaris virus-lents (167): En Abril, norovirus mil.

Deja un comentario Publicado por en abril 29, 2016

Tornem al brot de norovirus d’Andorra per discutir alguns temes. Per variar aquest cop ho faré fent servir com a base un article del ARA, l’enllaç del qual és: http://www.ara.cat/societat/Andorra-tanca-dArinsal-origen-gastroenteritis_0_1567043346.html. Els texts extractats de l’article estaran en cursiva, la meva discussió i dades, no.

Andorra va anunciar ahir per sorpresa el tancament de la font d’Arinsal, després de reconèixer -contràriament al que havia defensat fins ara- que aquest era l’origen del brot de gastroenteritis que va afectar més de 4.100 persones d’empreses de Barcelona i Tarragona….[El ministre andorrà de Salut]… va admetre la contaminació per norovirus de la font natural d’origen i el dany causat a la imatge de la marca. El govern va ordenar també retirar les ampolles que hi ha al mercat, va prohibir que se’n venguin més i va aconsellar no consumir-les a les persones que en puguin tenir.

Bé, s’han acomplert les pitjors previsions que ja avançàvem, un pèl agosaradament, a l’entrada anterior. El virus que ha desfermat el brot es troba a la font, es troba a l’aqüífer. Per tant tot ell està compromès i independentment del format de l’ampolla, l’aigua pot contenir norovirus, en una certa proporció. I és una noticia força dolenta perquè quan un virus entra en un aqüífer pot persistir força temps. Per què? Els aqüífers, les aigües subterrànies, són habitualment considerades com a “segures” microbiològicament perquè hi ha una barrera, que és el propi terra, que evita que hi arribin virus i bacteris des de la seva superfície, on hi han les deposicions/excrecions (si parlem de virus de transmissió fecal-oral, és clar). Aquesta barrera, però, es transforma en un escut si el patogen, aprofitant esquerdes, o senzillament viatjant lentament cap avall, passivament amb l’aigua que s’escola al terra, arriba a l’aqüífer on trobarà un ambient amb poca activitat microbiana (per tant, baixa competència o enemics escassos) i una sèrie de factors (temperatures relativament baixes, absència de radiació ultraviolada) que contribueixen a una alta persistència, de l’ordre de setmanes, mesos o anys. És molt llarg d’explicar (i tampoc l’objecte de l’entrada) però aquest viatge cap a l’aqüífer del virus i/o el bacteri estarà afectat per factors tan variables com la tipologia del sol (sorrenc, argilós, barreja, roca), el nivell de saturació d’aigua, el pH, la conductivitat de l’aigua que percola i la presència i quantitat de matèria orgànica soluble…com a mínim.

Les analítiques rebudes ahir a la tarda pels responsables del ministeri andorrà estableixen uns nivells d’entre 20 i 130 partícules de contaminació per cada cinc litres d’aigua, molt per sota del que havia dit la Generalitat el dia anterior…Sobre aquestes mostres de la Generalitat, el director de Salut andorrà, … va voler matisar que els resultats que situaven la contaminació en uns nivells d’entre 1.000 i 10.000 partícules per litre eren “d’una mostra no oficial”. “No sabem de quina manera es va manipular i no la vam donar com a vàlida”, va afegir.

Una ovació per director de Salut. Intenta, però no gossa, desqualificar la mostra, titllant-la de “no oficial” o “no valida”. El que passa és que entre dues mostres assajades per tècniques de amplificació d’àcids nucleics, una amb més virus (5.000 còpies per litre de norovirus genogrup I i unes 10.000 còpies de genogrup II) que l’altra, jo acostumo a creurem la primera si els controls en els dos casos han sortit correctes. I és que un fals negatiu, o una menor intensitat en la senyal és sempre moooolt més probable quan es fan tècniques d’amplificació d’àcids nucleics que una senyal artificialment augmentada. Manca de capacitat en la concentració de la mostra, en la “preparació” de la mateixa, en la eliminació/separació d’agents inhibidors de la tècnica donen com a resultat senyals baixes que es tradueix en un numero de còpies baix…just els resultats mostrats pel govern andorrà. Llevant d’errada “en factors de conversió” (recordem el cas de les milles per kilòmetres de la sonda Mars Climate de la NASA, el 1999, no?), les dades aportades en la conferència de premsa de dilluns em mereixen més credibilitat.

Per cert, fixeu-vos que jo he parlat de còpies, no de partícules, i menys encara de virus infecciosos. La precisió és important i és que la Reacció en Cadena de la Polimerasa, PCR, el que fa es còpies de la molècula (del segment del genoma) que estem cercant. Però perquè el genoma sigui infectiu li cal (molts cops) que aquest genoma estigui revestit per una càpside, un abric de proteïna que és el que té les senyals que permetran l’entrada del virus a la cèl·lula hoste. Aquesta és la raó per la qual aquestes tècniques ens permeten inicialment parlar de còpies però no de virions infecciosos; la correlació no és correcta, no és equivalent.

L’executiu andorrà, això sí, va voler descartar que la contaminació s’hagués produït per la filtració d’aigües fecals a l’aqüífer perquè l’entorn “no té risc de filtració” i perquè les anàlisis habituals ho haurien detectat. “Si haguessin arribat aigües fecals a la font, les analítiques haurien detectat els bacteris”, va assegurar el ministre, que va recordar que la normativa actual internacional no demana l’estudi dels possibles virus.

I aquí, ja agafant velocitat, el responsable assenyala l’absència de risc de filtració i treu a passejar el Sant Crist Gros dels bacteris. La única afirmació certa en tot el paràgraf, com ja dèiem a l’entrada anterior, és que la norma internacional actual, i jo crec que futura, no demana detectar segons quins virus (la primera baralla entre col·legues la tindríem en decidir quins virus perquè quan cerques un la tècnica et pot detectar aquest però moltes vegades cap altre). L’arribada de virus a aqüífers està bibliogràficament demostrada i en prous casos aquesta aparició no ha estat associada amb l’aïllament de bacteris fecals a la mateixa mostra; senzillament perquè els bacteris fecals s’han inactivat, han estat degradats o eliminats abans, mentre que els virus, molt més petits i resistents han pogut acabar-se d’escolar fins arribar a l’aqüífer.

…l’executiu del Principat va assenyalar que el brot de gastroenteritis es podria haver produït per “un nou agent patogen que s’està començant a estudiar”, tot i que va admetre que ara caldrà definir com van arribar els norovirus a una profunditat de 125 metres sota terra. En diferents casos de gastroenteritis detectats a Andorra -com el març passat al mateix poble d’Arinsal-, Álvarez va preferir negar que es pugui relacionar amb l’aigua d’Arinsal, perquè l’aigua del poble i la que va a la planta embotelladora tenen orígens diferents. “Les gastroenteritis són freqüents i habituals, d’evidències clares no en tenim”, va assenyalar, tot i que va admetre que la incidència de gastroenteritis a Andorra ha sigut “bastant alta enguany”.

Ja ho vaig apuntar a l’entrada passada, i les dades que dona l’executiu són encara més preocupants. Més casos de gastroenteritis al mateix poble d’Arinsal? Significativament més que altres anys? S’està analitzant l’agua del poble? Com pot assegurar que l’aigua del poble i la de la planta embotelladora SÓN diferents? Estan tant delimitats els aqüífers (o els cossos d’aigües subterrànies) com per poder assegurar que no hi ha comunicació entre ells? Què vol dir bastant alta? Significativament alta? Fent clusters o agregats d’afectats? Centrats més en Arinsal que en altres zones d’Andorra? I això és al final del paràgraf perquè jo ja quedo corprès de bon començament quan es parla de “un nou agent patogen que s’està començant a estudiar”. Què vol dir? Què estem davant d’un nou virus? No voldrà dir potser d’un virus que porta entre nosaltres moltíssim anys i que ara, de sobte, veiem? En fi…

Ara que s’ha aclarit el misteri de l’origen falta saber com es va produir la contaminació. Andorra analitzarà també les ampolles que encara són en el circuit comercial, però no hi ha data per disposar dels resultats que resolguin la incògnita.

I aquí tindrem problemes perquè en una contaminació d’aqüífer la contaminació pot estar a centenars de metres, a kilòmetres fins i tot, del punt de captació de la planta embotelladora. I sí, fan bé en no posar data perquè agafar i assajar mostres representatives de tots els elements afectats portarà setmanes i no està gens clar que traguem l’entrellat de tot plegat.

Certament als polítics se’ls ha de demanar que en sàpiguen de política i no de biologia, potser. Però sempre és millor dir que no es tenen clares les coses que no fer asseveracions massa contundents.

Però aquesta, aquesta és una altra història.

Per més informació podeu consultar també…

http://ccaa.elpais.com/ccaa/2016/04/27/catalunya/1461775750_606881.html

aigües, Arbre de la vida, norovirus, salut pública, Tècniques diagnòstiques, virologia, virologia ambiental , , , , ,

Comentaris virus-lents (166): Norovirus i Andorra: res a declarar…per ara.

1 comentario Publicado por en abril 25, 2016

La setmana passada va haver un cert rebombori per un brot considerable (per sobre de 4.000 afectats) de gastroenteritis deguda a aigua envasada que va afectar bàsicament a la zona metropolitana de Barcelona i a Tarragona. El vehicle, aigua envasada en garrafes, subministrada por la companyia de vending Eden i que ha resultat provenir d’una línia de producció de la planta Font d’Arinsal, a Andorra.

 

He sentit alguns comentaris sobre la necessitat de més controls de laboratori. El fons del comentari és cert i irrefutable però s’estavella amb la factibilitat o la relació cost-benefici dels mateixos. Els indicadors de la qualitat microbiològica de l’aigua són, segons la normativa europea, bacteriològics. La detecció de segons quines bacteris fecals implica la possibilitat de presència de virus, també de transmissió fecal-oral. Un aigua que doni positiu a aquests bacteris fecals en una mostra d’un volum concret, per exemple, 100 ml ha de ser retirada del consum. Però, desgraciadament se sap abastament que els virus poden estar present en aigües que ja no continguin aquests bacteris fecals viables, és a dir, la presència de bacteris anuncia possible presència de virus de transmissió fecal-oral (norovirus; astrovirus; virus de la hepatitis A; en temps passats, poliovirus) però l’absència de bacteris no implica absència paral·lela de virus. Els virus poden ser molt persistents i mantenir-se infecciosos per setmanes o mesos a l’aigua un cop hi arriben. Perquè no es fan proves de detecció de virus? Pel seu cost, perquè les tècniques moleculars ens donen senyal de la presencia del genoma del virus però no de que aquest virus sigui encara infecciós, perquè si volem trobar virus viables cal esperar dies, fins i tot setmanes de cultiu en línies cel·lulars (això els que són susceptibles de propagar-se, que no ho són tots), etc. Per tant des d’aquest punt de vista cal assumir que aquí tenim un forat pel que ocasionalment se’ns pot escolar un brot.

 

Res més sentir del brot al meu centre, CReSA, vaig enviar un correu intern dient més o menys…ja veureu com serà norovirus. La simptomatologia evident, l’autoresolucio de l’infecció, que és sempre benigne llevat casos molt particulars; l’apunt inicial a l’aigua com a mitjà de transmissió, eren pistes prou clares. Hi hauria altres virus que podrien mostrar una pistola fumejant com rotavirus o astrovirus, però norovirus acostuma a ser una elecció segura en països europeus.

Assumint la inevitabilitat del brot pel que fa a les proves bacteriològiques altra cosa són les errades procedimentals o saltar-se alguns controls recolzant-se en l’històric. Aixa, Ara el 20 d’abril publicava…”la línia de producció que proveïa l’aigua a Eden és de nova creació-va començar a operar a principis del mes d’abril-, per tant, no havia passat el darrer control oficial.” Mai sabrem si aquest control hagués pogut tenir impacte en la dinàmica del brot, o hagués permès alertar d’alguna mancança.

 

També sembla, per ara, que el problema podria raure en el reciclatge dels recipients. Així com les ampolles de litre i mig no es reciclen, són d’un sol ús, i no s’ha registrat, que se sàpiga, episodis de gastroenteritis d’aigua d’aquesta planta d’Arinsal per aquests envasos, les garrafes de les fonts d’aigua es reciclen entre usos. Dit altrament s’higienitzen, es desinfecten abans de rebre altre cop aigua de la font. Per desgràcia, els norovirus, molt petits, també són força resistents a la inactivació; són perfectament capaços de resistir pH àcids o bàsics (al voltant de pH 2 i pH 12, respectivament per 30 minuts a 37ºC) i necessiten un bon raig de lleixiu (de l’ordre de 300 ppm o més en funció de la presència de material orgànica) mentre que per “matar” bacteris fecals habituals n’hi ha prou amb una dosi de 70 ppm. A tall d’exemple us recordo que el lleixiu domèstic es ven com una solució d’hipoclorit sòdic a 40-50 g/l i això vol dir 40.000-50.000 ppm…per tant es pot diluir força i encara ser efectiu. Tanmateix suposo que la higienització dels recipients es deu fer per mètodes químics (el pH, probablement hidròxid sòdic) o per mètodes tèrmics i per aquests darrers els norovirus també són força resistents; poden resistir 60ºC per 3 minuts i 100ºC per un minut. Tot un petit milhomes de la natura microscòpica.

 

Aquí un apunt, tenint en compte la lleugeresa dels símptomes no descarto que hi hagi hagut casos de gastroenteritis per aigua en ampolles individuals (si assumim que el problema ve de l’aigua, de la font); a nivell domèstic aquests episodis són poc traçables i no permeten lligar caps; també seria interessant saber com ha acabat la investigació epidemiològica de un brot de gastroenteritis en dos hotels de la Massana, a Andorra, que es van reportar a la premsa andorrana el 24 de març. A nivell d’una empresa, d’una comunitat, que 2, 3 ó 5 treballadors emmalalteixin alhora vol dir un punt de connexió comú, més fàcil de traçar o d’aixecar l’alerta.

 

Pel que llegeixo s’han retirat més de 6000 garrafes dels lots produïts els dies 7, 8, 11, 12 i 13. El 9 i 10 no es treballava, que era cap de setmana. No tinc dades del nombre d’empreses afectades (en alguns llocs he llegit vora 200 empreses, encara que s’ha retirat l’agua de més de 900 localitzacions) ni per tant del nombre de garrafes directament involucrades però és un episodi de contaminació “estrany”.

 

Fem un petit càlcul…la dosi infecciosa de norovirus es suposa baixa (1-10 partícules infeccioses són suficient per disparar la gastroenteritis). Per tant aquestes 10 partícules havien d’estar en un got d’aigua consumit de la font (evidentment podem parlar de treballador assedegats que veuen com peixos però és una variable que deixarem fixada). Això vol dir que hi calien presència de 10 virus en 200 ml. Si hi ha 200 empreses afectades, assumint un parell de garrafes per empresa, dona 400 garrafes, que a 19 litres per garrafa dona uns 8.000 litres. Per tant, 40.000 gots de 200 ml i 400.000 norovirus assumint barreja homogènia. Recordem quants norovirus hi ha en un gram de femta d’un malalt de gastroenteritis (per més detalls veure entrada https://comentarisviruslents.org/2014/07/07/comentaris-virus-lents-16-norovirus-i-creuers-laxants/). Doncs sí, més de 1.000.000.000 virus per gram. Per tant caldria 1 mil·lèsima part d’un gram de femta, ben posat, per generar aquest brot. Acabant d’escriure l’entrada he llegit que la concentració de norovirus detectada a l’aigua ha estat anormalment alta (veure http://www.ara.cat/societat/Salut-culpa-Andorra-gastroenteritis-aigua-envasada-Eden-Aigua-Pirineu_0_1565243555.html) de l’ordre de 1.000-10.000 virus per litre; estaríem parlant llavors de 0,1-1 gr de femta.

 

norovirus vital-signs-transmission-lg

Desafortunades trobo les declaracions de Jordi Guix, secretari de la Agència de Salut Pública de Catalunya (ASPCAT) que en La Vanguardia del dia 19 senyalava (o li feien senyalar, un ja no sap): “La probabilitat de contagio de persona a persona es muy baja”. Poc encertada la frase perquè se sap que el norovirus un cop entra en una col·lectivitat arrasa, és molt transmissible…certament no se transmet de persona a persona però sí de persona a fomites i de fomites a persona. Per posar un exemple, si comparteixes un lavabo amb una persona que està en un episodi de gastroenteritis per norovirus, i no vas amb molt de compte, bé, ja pots trucar a la feina i dir que no aniràs en dos dies. Per més detalls veure l’entrada 16 del present blog. O millor encara, entreu a l’adreça http://www.cdc.gov/norovirus/ i mireu el vídeo Have You Ever Heard of Norovirus? És en anglès però és radicalment clar.

 

norovirus-2

 

En resum, ja tenim el culpable, i els que han fet la feina de recerca i identificació són de total confiança però ara queda el més dur que és trobar la via exacta de transmissió que implicarà aïllar el virus d’elements de la línia d’embotellat o confirmar errades o incidències en el procés d’higienització…sense descartar la font primigènia. Esperem que esmercin forces comandades per tot un Sherlock Holmes i no per un inspector Clouseau.

Però aquesta, aquesta és una altra història.

avaluació de riscos, desinfecció, fomites, norovirus, poliovirus, salut pública, seguretat alimentària, virologia, virologia ambiental, virologia social , , , , , , , ,

Comentaris virus-lents (165): Lassa virus, altre virus hemorràgic.

Deja un comentario Publicado por en abril 18, 2016

El Lassa virus (LASV), que pren el nom d’un petit poble nigerià, és un arenavirus que causa una febre hemorràgica (una simptomatologia que compartiria amb l’Ebola) a essers humans i d’altres primats.

Lassa fever virus particle

Partícula vírica de Lassa virus, tenyida per mostrar les projeccions superficials (de color groc) que permeten el virus infectar la cèl·lula hoste. London School of Hygiene & Tropical Medicine

És un virus endèmic de països de l’oest d’Africa, especialment Sierra Lleona, Libèria, Guinea (us sonen no?) i Nigèria (són paraules majors, estem parlant d’un estat de més de 170 milions d’habitants), encara que les últimes dades apuntarien a que estaria força estès en tota la zona de sabana tropical africana. Con a conseqüència d’aquesta endemicitat quan es cerquen anticossos front el virus a la població d’aquests països els percentatges oscil·len entre el 15 i el 50% de població que ha seroconvertit.

Lassafever distribution

S’han trobat quatre llinatges o branques del virus, tres nigerianes, probablement el focus geogràfic d’on va sorgir el virus, i una altra estesa per Sierra Lleona, Libèria i Guinea. La febre de Lassa és una de les més prevalents febres virals hemorràgiques a l’oest africà, responsable de la mort de milers de persones, unes 5.000, anualment. I sorprenentment, o no, és un virus que es va descobrir fa no massa, al 1969, quan dues infermeres moriren d’una estranya febre hemorràgica a Lassa, Nigèria. Per més detalls consulteu la biografia de Jordi Casals en aquest mateix blog (https://comentarisviruslents.org/2015/04/23/comentaris-virus-lents-103-qui-fou-jordi-casals-ariet/).

pub298w417_59720jordi_lg

Jordi Casals

Quina és la simptomatologia? Els símptomes s’assemblen (altre cop) a la grip, i suposa febre, mal de cap, debilitat general, tos, sequedat a la gola, i alteracions digestives (vòmits, diarrea) arribant fins les manifestacions hemorràgiques en els casos més greus.

Els casos asimptomàtics no solament són possibles si no freqüents, al voltant del 80%; els Centers for Disease Control and Prevention (CDC) apunta, però, que en un 20% de casos els infectats sí mostren simptomatologia i si no és adequadament diagnosticada i tractada poden arribar a sofrir un greu malaltia multi-sistèmica, i que el ratio de mortalitat en els casos hospitalitzats es troba entre el 15-20%. La mortalitat sobre el total de casos s’estima en el 1%.

Altre cop no tenim vacuna disponible i el tractament torna a ser de suport per apaivagar els símptomes (reposició de fluids i electròlits, i nivells oxigen) encara que l’ús de ribavirina, que s’inicià el 1979, sembla ser força efectiu sobre tot si és emprada d’hora, al començament de la infecció oberta, després d’un diagnòstic ràpid i més si s’administra per via intravenosa que no per via oral.

Les principals dianes del virus a l’hora de propagar-se són les cèl·lules presentadores d’antígens (les anomenades cèl·lules dendrítiques) i les cèl·lules endotelials (que recobreixen els capil·lars i els vasos sanguinis, això explica el desenllaç hemorràgic en alguns casos), però el virus és capaç d’infectar quasi qualsevol teixit humà…mucosa, intestí, pulmons i sistema urinari, en una progressió fins arribar al sistema vascular.

No hi ha vacuna comercial. S’està avaluant una vacuna, la ML29, una vacuna recombinant que expressa gens del virus Lassa i de virus Mopeia, i que sembla ser efectiva per protegir de la infecció del virus Lassa com a mínim en els models animals (inclosos primats no humans) emprats.

Aquesta és una febre hemorràgica de la que no es parla gaire però que és molt més constant i acumula més morts que la causada per Ebola (de fet el virus Lassa, Ebola i Marburg són de la mateixa família vírica) des de que es té coneixement. Es calcula que anualment hi ha entre 100.000 i 300.000 afectats i se la responsabilitza d’unes 5.000 morts, també anuals. Els darrers dos brots intensos han tingut com escenari Nigèria; el 2012, 1.700 persones mostraren simptomatologia, i 112 moriren. En aquesta epidèmia del 2015-2016, que es va iniciar el mes d’agost, però que el govern nigerià no va “oficialitzar” fins gener 2016, el nombre total de casos és menor (fins ara 250) però la taxa de mortalitat és anormalment alta (135), com també ho és la seva dispersió geogràfica, que ha arribat als estats veïns, com Benin amb 9 morts i 20 casos sospitosos. De mitjana, la febre de Lassa es mortal per l’1% dels individus infectats, amb taxes del 15% si considerem solament aquells que son hospitalitzats però en el brot actual aquest percentatge arriba al 50%.

I la febre hemorràgica de Lassa és també, fins a cert punt, estacional. Els brots generalment es donen durant l’estació seca, típicament entre novembre i febrer (això fa aquesta darrera epidèmia més greu perquè sembla que esta trencant el cicle estacional; també es defensa la hipòtesi que l’increment de la vigilància i la conscienciació degut a la epidèmia d’Ebola fa que es diagnostiquin ara molts més casos; que abans d’Ebola estàvem en un escenari de baixa detecció i declaració de casos, particularment a les remotes zones rurals). I l’estacionalitat no té res a veure específicament amb el clima i sí amb el seu efecte en els éssers vius.

Lassa-Fever..-Rats

Lassa fever fried-rat

Rosegador Mastomys natalensis, també consumit com una delikatessen.

L’estació seca empeny els rosegadors (rates, Mastomys natalensis), que són el reservori del virus, a la vora o a l’interior dels pobles i vil·les per alimentar-se del gra (arròs, blat) recollit i emmagatzemat. Els rosegadors infectats deixen anar el virus en els seves femtes i excrecions. Si el gra no és cuinat o ho és insuficientment la persona que l’ingereix pot infectar-se. La transmissió també és possible, i més directe, per inhalació d’aerosols, pols, que contingui aquestes excrecions infectades (qui ha entrat a un paller, magatzem de gra, m’entendrà perfectament) o al tocar superfícies on s’hagin assecat aquestes excrecions (orina o femtes), o al menjar carn d’aquests rosegadors (vindria a ser el nostre conill) i també per contacte entre persones encara que poc freqüent (en això es diferencia un xic de l’Ebola, més transmissible per contacte humà). I és aquesta estacionalitat la que fa pensar els funcionaris nigerians que el brot s’autolimitarà per si mateix a finals de març-abril…ningú està del tot segur d’això.

 

Però aquesta, aquesta és una altra historia.

 

reservori animal, salut pública, teràpies, virologia, Virus de Lassa, virus hemorràgics, Zoonosi , , , , , , ,

Comentaris virus-lents (164): Concepte Gain of Function, la ciència sempre guanya?

Deja un comentario Publicado por en abril 1, 2016

El concepte Gain of function, que podríem traduir per guany o millora de funció/funcionalitats no és un concepte nou. Els experiments de modificació de funcionament en un sentit general són una pràctica quotidiana a la microbiologia des de fa molts anys. En aquest experiments s’afegeixen o modifiquen propietats o funcions tant a virus com a bacteris, per exemple amb mutacions als gens per generar noves o millorades funcionalitats a les proteïnes resultants. El camí invers, generar pèrdues de funcionalitats també és possible…i pot donar tanta informació com els guanys de funció. Per tant, en un sentit estricte, quan ens parlin d’un experiment que caigui en aquesta categoria no cal desqualificar-lo…immediatament.

GainOfFunction-GOF-1082214doctor

El dilema sorgeix quan estem treballant amb patògens ja de per si prou perillosos, com podria ser la influenza aviaria altament patògena H5N1, el SARS Coronavirus, el MERS Coronavirus i volem fer experiments de guany de funció per específicament cercar un increment en la seva transmissibilitat, patogenicitat, o alterant (fent més ampli) el rang d’hostes susceptibles. Però no solament en aquest casos, perquè també ens han de preocupar experiments que cerquin incrementar la resistència dels bacteris als antibiòtics terapèutics actuals, generar mutants que escapin a les formulacions vacunals actuals i que les facin ineficaces, o generar mutants que escapin, que siguin invisibles, a les tècniques diagnòstiques o de detecció habituals.

Als darrers anys s’ha donat un fort increment de la preocupació oficial pel mal ús o l’ús dual (entenem dual use com els coneixements o tecnologies adquirides a través de la investigació científica que podrien ser mal emprades amb fins criminals o terroristes o en el camp militar) d’una recerca aplicada en el camp de la microbiologia de patògens de grup de risc 3 i superior…un tema no massa entès a les universitats o centres de recerca que no inclouen la bioseguretat, la biocontenció i la bioprotecció com temes en els que també cal formació. I clar, quan la recerca és llavors fiscalitzada per experts en bioseguretat, als que els científics retreuen una baixa o nul·la formació en microbiologia i/o biotecnologia i sempre delerosos de menystenir els beneficis científics i socials d’aquella recerca i de maximitzar els riscos potencials, les amenaces a la seguretat, l’embolic i la desconfiança estan garantides. El problema és encara més gran si tenim en compte que de regulacions i lleis hi ha unes quantes, emeses per diferents cossos regulatoris, ministeris, agències, de diferents estats i en alguns casos aquestes són un pèl abstruses. Manca més claredat regulatòria, de vegades tot rau en l’establiment ferm i sense discussió de qui és EL responsable regulatori de tota la problemàtica en bioseguretat, i més uniformitat, homologació entre els diferents estats.

Per tant, cal cooperació internacional i marcs normatius el més comuns possibles, perquè no se’ns escapa a ningú que la recerca en les ciències biològiques és una recerca molt internacionalitzada; molts projectes són xarxes que involucren estats de diversos continents; els investigadors tenen contactes i bescanvien dades amb col·legues all over the world; hi ha cooperació entre centres de recerca i universitats molt distants i per acabar-ho d’adobar els resultats de la recerca es distribueixen a tot el món a través d’internet. La regulació salta feta miques ja que els riscos del mal ús dels resultats no queda reclosa a l’estat on s’ha desenvolupat físicament la recerca.

I aquesta regulació externa és necessària. La responsabilitat individual dels científics no deixarà de ser un aspecte important per fer front als dilemes dels experiments de Guany de funció, que podrà ser acompanyada o enfortida per comitès d’ ètica o bioseguretat i codis de conducta de la institució. Però tota aquesta autoregulació pot fallar i caldrà un  marc regulatori superior.

Els experiments que es dissenyen per millorar la transmissibilitat, o la virulència, o resistència a les contramesures actuals, de patògens de nivell 3 i 4 evidentment estant modificant el risc per a la salut de la població. Per començar, s’està produint un mutant que no està a la natura…encara. Si a més, no hi ha un benefici immediat, ni previsible, en forma de cura terapèutica o vacuna, són una eina vàlida?

GOF risk and benefits 21666-0309367832-450

Davant d’un experiment d’aquestes característiques una persona “dual”, amb una cama a cada cap, la virologia i la bioseguretat es plantejaria una sèrie de qüestions…Quin coneixement es pot guanyar realment amb aquests experiments? Aquest coneixement podria obtenir-se per altres vies? Es poden realitzar aquests experiments en condicions de seguretat, en instal·lacions ben mantingudes, dirigides i amb el mínim personal involucrat? Quins plans de contingència té la instal·lació? Quin és el benefici per a la salut esperat, tant immediat com a mitja termini? Quina és la probabilitat que els experiments siguin emprats de manera abusiva, per exemple, per terroristes, però també, perquè no, per l’esfera militar? Com de realista és el risc que terroristes o altres persones voldran fer mal ús dels resultats de la recerca, i que tinguin la capacitat real de poder-ho fer? És sempre necessari que els resultats de la recerca estiguin a disposició de tothom?

Moltes d’aquestes preguntes tenen respostes “duals”…en funció de cada cas.

Però aquesta, aquesta és una altra història.

avaluació de riscos, bioprotecció, bioseguretat, bioterrorisme, GOF, Grups de risc biològic, guany funcional, Influenza aviar H5N1, instal·lacions bioseguretat, MERS Coronavirus, salut pública, SARS coronavirus , , , , , , , , , , ,

Comentaris virus-lents (163): Zika i mosquits; la competència va per barris.

Deja un comentario Publicado por en marzo 26, 2016

Són tots els mosquits capaços de transmetre eficientment Zika? No tots. Són els mosquits del gènere Aedes capaços de fer-ho amb eficiència, llavors? No tots, tampoc, algunes espècies. Hi ha una espècie o espècies concretes que siguin les més eficients i per tant les més “perilloses”? Probablement dependrà del lloc, de la raça, del genotip del mosquit.

a_aegypti_0--620x349

Un estudi molt recent (enllaç original: http://journals.plos.org/plosntds/article?id=10.1371/journal.pntd.0004543) indica que no tots els Aedes albopictus o Aedes aegypti serien eficaços transmissors de Zika, dependria de la seva localització. Així les poblacions americanes d’aquests mosquits mostrarien diferències entre elles (per exemple, pel que fa a la transmissibilitat de Zika, Aedes aegypti de Rio de Janeiro seria força més competent que Aedes albopictus de Florida; però mentre que les dues races, genotips, d’Aedes aegypti, la brasilera i l’estadounidenca no diferien, la població d’Aedes albopictus de Florida seria més competent que la brasilera, més del doble de competent), i serien menys eficients, en conjunt, que les asiàtiques (Singapur). L’estudi conclou que encara que Aedes aegypti i Aedes albopictus (americans i caribenys) són susceptibles a la infecció, es mostraren inesperadament poc competents, poc eficaços en la transmissió de Zika per la qual cosa altres factors han d’explicar aquesta transmissió tant accelerada: poblacions humanes naïve, sense contacte prèvia amb el patogen; altes densitats de mosquits i/o alta freqüència de events/picades per individu…

Anem a explicar-ho més a fons. Establim unes premisses, però. Una transmissió a través d’un vector depèn de la compatibilitat de vector i allò que vol ser transmès. Un vector molt competent per transmetre Chikungunya pot no ser-ho tant per transmetre una altre virus com és Zika. Per tant a l’hora de la transmissió cal valorar quina és la parella de ball…i si valorem això cal saber que de llinatges vírics de Zika se’n coneixen com a mínim tres (oest d’África, est d’África i l’asiàtic, que és el que ara està propagant-se a Amèrica) i de mosquits Aedes albopictus o Aedes aegypti la població que es troba a Rio de Janeiro no és probablement la mateixa que s’està a Florida…o la que tenim a Barcelona, o a Sant Carles de la Ràpita.

Una altra sèrie de conceptes que cal tenir clars (veure entrada sobre competència vectorial, https://comentarisviruslents.org/2015/12/27/comentaris-virus-lents-146-competencia-vectorial-o-quan-la-competencia-ens-fibla-de-veritat/) és entendre que el fet que un mosquit xucli sang d’un humà infectat no vol dir que pugui transmetre la infecció. Els entomòlegs parlen de taxa d’infecció (TI) com el ratio de mosquits que tenen el cos (abdomen i tòrax) infectat uns dies després de la ingesta de la sang amb virus. La taxa de disseminació (TD) fa referència a la fracció d’aquests mosquits amb el cos infectat que tenen (uns dies després) el cap infectat (recordem que al cap és on es troben les glàndules salivars). Per tant, és un ratio d’un ratio previ. Finalment la taxa de transmissió (TT) representa un altre ratio, els dels mosquits amb el cap infectat que tenen presència de virus a la saliva que és l’autèntic contagium vivum fluidum. De tot això, podem treure un índex general, la taxa d’eficiència en la transmissió (TET) que seria la proporció de mosquits amb saliva infectada respecte el total de mosquits i que podrien representar com TET = TI x TD x TT. Suposo que no se us escapa que qualsevol “zero” en algun d’aquests índexs bloqueja la transmissió i que un valor d’un posem 50% (o ½, que no està gens, gens malament) en els tres factors implica que l’eficiència final és del…13%.

Que Zika cavalca sobre Aedes és de sobra conegut. A Àfrica s’ha aïllat Zika de Ae. africanus, Ae. apicoargenteus, Ae. luteocephalus, Ae. furcifer and Ae. taylori, and Ae. vittatus. Tanmateix Ae. aegypti no sembla que el transmeti a zones d’Àfrica (estudi a Senegal, veure enllaç original a http://bmcinfectdis.biomedcentral.com/articles/10.1186/s12879-015-1231-2), mentre que Ae. albopictus (la població de Singapur) sembla ser eficient en la transmissió (l’enllaç a l’article original http://journals.plos.org/plosntds/article?id=10.1371/journal.pntd.0002348). Tot es torna encara més fosc quan un altre estudi a Senegal, amb mosquits Ae. aegypti capturats en una altra localització, Kebemer (a prop de Dakar), exhibiren taxes de transmissió del 88% al 95%. Això ja fa ensumar la importància del perfil genètic de la població del vector pel que fa a la seva “competència”.

Tornem a l’estudi inicial; els investigadors (per aquelles condicions experimentals concretes) han trobat que les TET pel Zika de les espècies Aedes albopictus de Florida i Aedes aegypti de Rio de Janeiro foren del 3,3 i del 10%, respectivament. Un de cada 30 i un de cada 10 mosquit alimentat amb sang infectada aconseguia portar el virus a les glàndules salivars i per tant potencialment podia transmetre la infecció. Not so bad, diríeu.

I jo també ho diria però…aquest estudi es va fer alimentant els mosquits amb sang infectada amb 107 TCID50/ml de virus Zika. Ja us podeu imaginar que una femella de mosquit pot xuclar 1-2 µl com a molt; per tant al mosquit haguessin entrat en el millor dels casos 104 virus infecciosos i amb aquestos valors tenim aquests rendiments del 3% al 10% de transmissió. I quina és la virèmia descrita per Zika als humans? Doncs a diferència de Chikungunya, amb virèmies de 107 a 109 copies RNA/ml, o fins i tot el dengue amb 106-107 copies ARN/ml, la virèmia de Zika és bastant baixa de 103-106 copies ARN/ml. Una còpia ARN en el millor dels casos es pot fer equivalent a un virus infecciós. Per tant estem parlant que la virèmia habitual per Zika està entre 1 i 4 ordres de magnitud (entre 10 i 10.000 vegades) per sota de les concentracions víriques de l’experiment.

CHIK transmission cycle viruses-06-04628-g002-1024

Esquema que reflecteix la incubació extrínseca d’un virus (Chikungunya, dengue, Zika, etc.) en un vector

Que vol dir això? Per un costat, que la freqüència de competència baixaria molt més enllà dels valors descrits…si no entren prous virus possiblement cap ni un arribarà a glàndules salivars i que encara que hi arribessin potser ho farien massa tard, quan el mosquit està al final del seu cicle vital. De la mateixa manera que un increment de la càrrega vírica a la sang xuclada escurça el període d’incubació extrínseca (PIE, per més detalls veure https://comentarisviruslents.org/2015/12/27/comentaris-virus-lents-146-competencia-vectorial-o-quan-la-competencia-ens-fibla-de-veritat/) un decrement de la mateixa, un baix títol víric el pot allargar més enllà del cicle vital del mosquit. Per exemple, per Chikungunya s’han descrit PIE de…dos dies!! com a conseqüència de les altes virèmies.

Per tant, un escenari de baixa capacitat de transmissió encara més tibada cap abaix per la baixa virèmia però potser compensada per l’enorme nombre d’éssers humans susceptibles i els contactes altament freqüents d’aquests amb poblacions molt nombroses de vectors. Aquesta situació no és original, ni és anormal; una població de Aedes aegypti, de baixa competència per transmetre la febre groga però una molt alta densitat poblacional, es considerà responsable del brot de febre groga a Nigèria al 1987.

L’estudi de les poblacions específiques de vectors cada zona, doncs, sembla imprescindible per fer una avaluació de risc real. I en aquesta avaluació de risc caldria obrir el focus d’atenció i incloure altres mosquits que, no per portar molt temps entre nosaltres (Culex spp. per exemple) poden acabar essent eventualment competents. Tant Zika con Chikungunya que s’estan expandint de forma accelerada inicialment es mantingueren en un cicle enzootic que involucrava a primats no humans i una amplia varietat de mosquits zoofílics (no antropofílics). Aedes aegypti i en menor mesura Aedes albopictus són vectors antropofílics; qualsevol mosquit antropofílic mereixeria la nostra atenció inicial.

I a Catalunya, per instal·lacions i capacitat, això ho pot fer solament el Centre de Recerca en Sanitat Animal (CReSA), dins de l’institut IRTA.

Però aquesta, instal·lacions i capacitats, és una altra història.

avaluació de riscos, salut pública, vectors artròpods, virologia, virologia ambiental, zikavirus , , , , ,

Comentaris virus-lents (162): Perseguint Ebola; North by Northwest.

Deja un comentario Publicado por en marzo 20, 2016

S’ha informat de nous casos d’Ebola a Guinea, que reafirmen una hipòtesi exposada en aquest blog fa ja molts mesos que anem cap a un escenari de certa “cronicitat”, de un continu de microbrots o “flare-up” (veure per ex. entrada 138, https://comentarisviruslents.org/2015/10/31/comentaris-virus-lents-138-sequeles-de-lebola-un-estudi-anuncia-el-que-vindra/). Aquesta comunicació s’ha produït al mateix temps que l’Organització Mundial de la Salut (OMS) informava que donava per acabat l’últim brot a Sierra Lleona a l’haver transcorregut 42 dies (dos cicles d’incubació d’Ebola) sense nous casos.

Els casos es descobriren a l’investigar amb detall tres morts misterioses en una zona rural (Koropara, a Nzérékoré) a més de 1000 km de la capital… una cosa que no s’hagués fet possiblement fa tres anys quan no hi havia cap mena d’alarma. Altres membres de la família del difunts són considerats com a casos sospitosos, al mostrar simptomatologia clínica compatible amb Ebola i estan sota seguiment. Una dona i el seu fill de cinc anys, familiars dels morts, han donat positiu a Ebola als assajos de laboratori.

Com a conseqüència s’han desplaçat equips sanitaris, d’epidemiologia i equips de vacunadors per intentat aturar una possible transmissió secundària. Per què equips de vacunació? Perquè ara tenim una vacuna, que sembla que funciona, i que cal aplicar en cadascun d’aquests petits brots per acumular dades sobre la seva eficàcia i seguretat. Per més detalls veure l’entrada 128 https://comentarisviruslents.org/2015/08/03/comentaris-virus-lents-128-vacuna-contra-ebola-si-no-es-una-bala-de-plata-ho-sembla/.

Ebola africa_vaccination2

 

Resta la pregunta clau, i d’on ha vingut aquest cop el virus? Sense descartar la possibilitat d’un nou vessament del compartiment animal, d’un altre episodi de zoonosi, transmissió del virus d’un animal a l’esser humà, el més probable es que el virus no hagi vingut si no que encara estigui entre nosaltres i perduri durant mesos o anys. Ho sabrem aviat quan es trobi la seqüència del virus d’aquest darrer flare up i es confirmi o no la seva identitat amb la soca circulant des de el 2014. Probablement serà el mateix o això és el apuntarien les dades de l’alta persistència del virus semen i altres líquids i humors en els infectats guarits d’Ebola. Dit d’una altra manera Ebola inicia un nou brot per una via no habitual, la via sexual i després torna a transmetre’s per la via habitual (contacte proper amb malalts, cura i preparació als enterraments, etc.). També cal que valorem que aquest flare up s’ha produït en una zona rural…em resulta difícil de pensar que no pugui estar passant ara mateix en un altre llogaret on no arribin els serveis d’assistència o on s’amaguin els primers casos.

I sí, sabem molt poc de com de transmissible és el virus en homes infectats i posteriorment guarits, i quin és el percentatge d’homes que excreten el virus en el seu semen i fins quan (per més detalls veure l’entrada 134, https://comentarisviruslents.org/2015/10/16/comentaris-virus-lents-134-ebola-i-semen-una-historia-de-persistencia/). Aquesta via és nova i l’hem vista ara com a conseqüència dels milers i milers d’afectats. Recordem, però, que “únicament” tenim comptabilitzats vora 30.000 casos clínics, potser unes quantes desenes de milers d’infectats asimptomàtics més, però que a la zona hi ha encara milions de persones completament susceptibles a patir al malaltia. D’aquí el neguit que causen aquests “flare up”.

 

Ori-Ebola-450x330

La OMS declarà Guinea lliure d’Ebola el 29 de desembre de 2015, seguida per Libèria el 14 de gener (però compte, que Libèria va inaugurar aquesta llista el mes de maig del 2015, però va sortir al juliol i altre cop al novembre al trobar-se nous casos, veure entrada 123 https://comentarisviruslents.org/2015/07/05/comentaris-virus-lents-123-liberia-ebola-en-el-carrusel-de-la-cronicitat/). Sierra Lleona ha entrat a aquesta llista fa uns dies (ja havia entrat en 7 de novembre però va tornar a tenir casos i va caure de la llista) i d’aquesta llista ara ha caigut Guinea, com a mínim pels propers 42 dies. Veurem entrades i sortides d’aquesta llista durant mesos o anys, en la meva opinió.

Si això és “cronicitat” ambiental o epidemiològica, o una cua molt llarga de microbrots després d’una epidèmia molt extensa és un tema a discutir…llargament.

Però aquesta, aquesta és una altra història.

salut pública, vacunació, virologia, virologia ambiental, virus hemorràgics, Zoonosi , , , , ,

Comentaris virus-lents (161): MERS Coronavirus, sumant i seguint.

Deja un comentario Publicado por en marzo 3, 2016

Com sabeu, IRTA-CReSA, Centre de Recerca en Sanitat Animal, on faig la meva feina, treballa amb el Middle East Respiratory Syndrome Coronavirus o MERS-CoV dins una iniciativa europea, ZAPI (que no solament hi ha Zika) que intenta trobar vacunes per dues malalties zoonótiques com serien el MERS, la febre de la vall del Rift i una d’exclusivament animal, deguda al virus Schmallenberg.

Els que vau llegir l’entrada 7 https://comentarisviruslents.org/2014/06/18/comentaris-virus-lents-7-en-infeccions-viriques-millor-republicans-2/ fa ja quasi dos anys i algunes entrades posteriors al blog, acabant a la darrera dedicada a aquest tema … https://comentarisviruslents.org/2015/12/17/comentaris-virus-lents-145-mers-caurem-en-lerror-de-lebola-altra-vegada/, no cal que us presenti el coronavirus MERS, agent causal de més de 1630 infectats, més de 585 morts (dades de mitjans de febrer 2016) i que va fer una incursió molt mediàtica a Corea fa un any. Únicament recordaré que és un virus del grup de risc 3 pel que no hi ha vacuna ni tractament post-exposició específic.

SARS portada EID

Ara que ja hem començat un altre set d’experiments amb MERS, que va ser descrit per primer cop el 2012, convé explicar els resultats del que van culminar fa poc més d’un any.

El disseny experimental fou el següent. S’agafà un grup de 8 camells joves, d’uns 6-8 mesos i es dividiren en dos grups. Un grup rebé, per via nasal i injecció intramuscular, dues dosis, separades per 4 setmanes, d’una construcció d’un vector vacunal (MVA) amb una proteïna espicular (de la envolta) del virus MERS; aquesta construcció, o combinació (MVA-S), constitueix la vacuna experimental de la que es vol conèixer la seva eficàcia. Dels altres quatre camells dos reberen idèntics volums, en dos administracions, de PBS (vindria a ser aigua, o un remei homeopàtic, és a dir, res que pugui tenir cap efecte) i els altres dos reberen dosis del vector vacunal (MVA) sense cap modificació (i aquest grup ens donarà informació de si la base de la vacuna, el virus que no porta el gen aliè que ens pot protegir, o el pa sense embotit, té algun efecte “per se” en una protecció inespecífica a la infecció posterior). Al cap de 3 setmanes de la darrera immunització, tots els camells foren inoculats amb 107 TCID50/ml  (10.000.000 virus aproximadament) de MERS-CoV per via intranasal i s’esperà a veure els efectes mentre es treien a dies regulars mostres de hisop nasal i rectal, i mostres de sèrum. Finalment a dia 14 post-inoculació els animals foren eutanasiats i es cercà com s’havia propagat el virus en diferents teixits, amb particular atenció a nas i aparell respiratori.

El primer que cal tenir present és la disposició de grups a l’hora de dissenyar l’experiment. Pot ser crucial perquè ens han de donar tota la informació possible respecte el que considerem com valors de referència o controls negatius.

En el nostre cas analitzant el grup MVA-S contra el grup MVA veurem diferències degudes a l’administració de la proteïna del MERS i el seu potencial protectiu; analitzant el grup MVA versus el grup PBS veurem si l’administració d’un vector vacunal, en principi neutre, té algun efecte en la infecció per MERS-CoV; el grup PBS funciona aquí com a control positiu d’infecció, ja que abans de la inoculació del virus res ha preparat al camell per fer-hi front.

Que veiérem a ull nu? Doncs que els camells tractats amb PBS i després inoculats amb MERS-CoV mostraren abundoses secrecions nasals, nassos gotejant a partir del dia 8-10 post-inoculació, que no es veié als animals vacunats amb MVA-S. No es veié cap altra simptomatologia ni lleu, ni severa. Aquest fou el primer senyal positiu. Recordem que els camells al món real no moren de MERS, i el que volem és un model que s’assembli el més possible al món real.

Quan estudiarem la presència del virus MERS als hisops nasals i rectals dels camells tinguérem la primera confirmació. Es trobaren alts títols (quantitats grans) de MERS-CoV als animals controls (el grup PBS però també el grup MVA) i uns títols infecciosos molt inferiors als animals del grup MVA-S. La vacuna era capaç de reduir el títol i per tant el seu efecte visible, la mucositat nasal, però no de bloquejar completament el virus. A dia 8 post-infecció tant els animals del grup MVA-S com els dels grups PBS i MVA no presentaren virus infecciosos ja que s’havien començat a generar els anticossos específics contra la infecció. Als hisops rectals no es trobaren virus infecciosos en cap moment de l’experiment per cap dels animals assajats la qual cosa referma la hipòtesi que ens trobem davant un virus respiratori amb poca disseminació i per tant excreció.

La conclusió de l’estudi era que la vacunació de camells amb la vacuna MVA-S induïa una resposta immunitària protectiva, no esterilitzant; reduíem molt l’excreció nasal de virus MERS-CoV, però no l’eliminàvem completament. Però una reducció intensa en la quantitat de virus excretat suposa una disminució també intensa de la potencial transmissibilitat … cap els humans.

És probable que no es pugui anar més lluny perquè se sap que molts virus respiratoris son capaços de replicar al tracte respiratori superior en presència d’anticossos específics; de fet se sap que els camells de camp que són seropositius a MERS-CoV, que tenen anticossos front el MERS, també tenen MERS-CoV RNA a les seves secrecions nasals.

Per la poca durada de l’experiment queda pendent demostrar que aquesta immunitat es perllonga en el temps, mesos després.

Aquesta vacuna seria administrable a camells i dromedaris joves, dels que se sap que excreten més virus infecciosos MERS-CoV que els seus companys adults; a més ja que el suport vacunal, el MVA, sobre el que muntem la proteïna de l’espícula (S) del coronavirus, és un virus Vaccinia atenuat (la soca Ankara), tenim un benefici col·lateral i es que genera anticossos contra el camelpox, un cosí proper al smallpox, la verola. El virus de la verola del camell (camelpox) causa lesions a la pell del camell i una infecció generalitzada; aproximadament un 25% dels camells joves que són infectats moren; els camells de més de tres anys que s’infecten tenen una simptomatologia més benigna i sobreviuen. Aquest brots per camelpox suposen un cop fort per les economies locals; suposen la pèrdua d’exemplars joves, i fa caure la producció de llet i carn d’aquest animals a banda que no poden emprar-se com a medi de transport. Així la vacunació amb MVA-S tindria un efecte col·lateral, en aquest cas beneficiós.

CamelMers

Finalment, podria plantejar-se la seva administració després dels assajos clínics necessaris a aquells segments de la població en risc als països afectats com serien els treballadors sanitaris en contacte amb pacient infectats amb MERS i els cuidadors o personal en contacte directe amb camells.

Però com sempre, calen més dades, i en això estem.

Però aquesta, aquesta és una altra historia.

 

Per veure enllaç original… http://classic.sciencemag.org/content/351/6268/77.long

Grups de risc biològic, MERS Coronavirus, reservori animal, resposta immune, salut pública, vacunació, verola, virologia, Zoonosi , , , , , , , ,

Comentaris virus-lents (160): El Niño pot portar epidèmies sota el braç.

Deja un comentario Publicado por en febrero 27, 2016

Està descrit que les condicions o fenòmens climàtics d’abast mundial, com és el fenomen de El Niño, conegut en el món científic com a ENSO (El Niño-Southern Oscillation El Niño-Oscil·lació del Sud), poden tenir impactes seriosos en la salut de molt amplies zones geogràfiques, particularment incrementant la transmissió de malalties infeccioses. Per saber més sobre ENSO aneu a https://ca.wikipedia.org/wiki/El_Ni%C3%B1o.

Estem parlant d’un fenomen cíclic però amb una periodicitat variable. Es repeteix des de fa segles, en cicles de 3 a 6 anys, amb una via d’anada (El Niño) i una de tornada (La Niña). A més, aquest fenomen no segueix cap calendari humà i tampoc hi ha una definició oficial o comunament acceptada de quan es pot dir que hom està en un event “El Niño”. Si heu llegit l’enllaç anterior sabreu que Els Niños molt forts succeeixen cada 50 anys, en mitjana; els Niños normals o canònics succeeixen cada 3 o 4 anys, en mitjana. Aquests tenen sovint efectes benèfics sobre les collites i el manteniment dels aqüífers i altres recursos en aigua, però provoquen danys apreciables un cop cada 10 anys aproximadament. Aquests cicles són, ara per ara, independents del tant esmentat canvi climàtic, la pujada de la temperatura per l’activitat humana, però el més probable és que aquest darrer l’afecti exacerbant els seus efectes (bàsicament extremant períodes de sequera o de pluges intenses) i alterant la seva freqüència.

Ara per ara, “El Niño” genera de forma sistemàtica episodis de sequera a la zona nord d’Amèrica del Sud i a Austràlia, Indonèsia, Filipines, i al Sud-est africà, incloent Madagascar. Per contra acostuma a generar molta pluviositat al  nord d’Argentina i Uruguay, al sud-est dels EEUU, fins Arizona i a la zona de la vall del Rift (Etiòpia, Kenya, Sudan del Sud, Uganda,etc.), a al sud de la India, incloent Sri Lanka.

Fenòmens com El Niño poden tenir conseqüències directes per a la salut al causar danys a les infraestructures, o per derivar recursos sanitaris no sempre suficients a prioritats puntuals. Però El Niño també té un efecte indirecte, al generar pèrdues de collites o ramats, gana, o malnutrició, i molt sovint migracions humanes; tots ells factors que faciliten la propagació de malalties infeccioses, al posar en contacte població no immunitzada amb poblacions infectades o carriers, a la recerca de menjar.

Una gràfica que resumeix aquests efectes es mostra a continuació…

ENSO potencials efectes salut pública

Inspirat per Kovacs et al., Lancet 2003

 

I quins exemples de malalties es veuen afectades per ENSO?

La incidència de la malària, una entre moltes malalties de transmissió vectorial, a diferents parts del món, es pot veure afectada per ENSO, incrementant la seva incidència o disminuint-la, en una relativament boja combinació d’efectes. A les terres altes del nord del Pakistan, temperatures suaus a la tardor i l’hivern, associades amb El Niño, incrementen la transmissió de malària. També a Uganda i Rwanda, temperatures més altes i pluges més intenses afavoreixen la malària però alhora pluges molt intenses (Tanzània, 1997) arrastraren tants punts de posta de vectors que els casos de malària descendiren. Brots de malària a Sri-Lanka, Colòmbia i Irian Jaya s’han lligat a sequeres causades per El Niño.

També s’ha trobat un lligam entre les epidèmies del dengue i ENSO a zones del sud-est asiàtic, Sud-Amèrica i les terres insulars del Pacífic. Aquí però hi ha un element distorsionador i és que en molts casos els vivers dels mosquits són producte de la intervenció, involuntària, humana.

També s‘ha relacionat ENSO i brots d’arbovirus indígenes d’aquell continent, com l’encefalitis Murray Valley, que es manifesta després de riuades i inundacions associades a “La Niña”. O la poliartritis epidèmica causada pel Ross River virus.

Un altre cas el tenim amb la febre de la vall del Rift causada pel Rift Valley Fever Virus (RVFV), una malaltia de transmissió arboviral que pot afectar intensament els ramats i de retruc les poblacions humanes que depenen d’ells. La inundació dels habitats dels mosquits determinen la seva proliferació i l’inici del brot en animals; els humans també queden exposat a la fiblada del mosquit o a l’exposició de carn, llet o sang contaminada amb RVFV.

Les més gran epidèmies de RVF a Àfrica coincideixen amb events “El Niño” particularment intensos; 1997-1998 i 2006-2007, per exemple; aquest darrer, causà més de 200.000 infectats i 500 morts a Kenya, Somàlia, Tanzània, Sudan i Madagascar, així com milions d’euros de pèrdues en bestiar i prohibicions d’exportació.

Els models matemàtics i climatològics dissenyats per preveure aquests fenòmens assenyalen que per aquest any 2016 les zones més perilloses serien Sudan, Etiòpia, Somali, Kenya i Tanzània. Aquest models tenen interès perquè poden permetre uns mesos abans iniciar dues accions fonamentals de caràcter preventiu com serien; vacunació dels animals (pel que fa a RVF això és possible ja que hi ha una vacuna per animals, encara no per humans) que sempre ha d’anar abans de la infestació de mosquits; i control del vector, que implica aplicar agents larvicides als vivers de mosquits abans que les pluges intenses, les inundacions els multipliquin.

També ENSO pot afectar les malalties transmeses per rosegadors. El nombre de rosegadors s’incrementa habitualment després d’hiverns temperats i humits. A Nou Mèxic els casos de pesta (Yersinia pestis) són més freqüents després d’hiverns i primaveres plujoses. El descobriment dels Hantavirus (si voleu saber més aneu a l’entrada 10, https://comentarisviruslents.org/2014/06/25/comentaris-virus-lents-10-el-virus-exposit-no-sin-nombre/) i els posteriors brots estan lligats també a ENSO però de forma oposada. A un plujós fenomen d’ENSO seguí una sequera que apropà molt els rosegadors a altres fonts alternatives de menjar, graners, incrementant les interaccions rosegadors-humans. Durant i després de l‘episodi ENSO de 1997-98 les poblacions de rosegadors es multiplicaren per 20, i els casos de síndrome pulmonar per hantavirus es multiplicaren per cinc.

Però on l’efecte és potser més directe és a les infeccions entèriques; les riuades  i inundacions porten a la contaminació dels subministraments d’aigües. Als països tropicals les malalties entèriques tenen un fort repunt a l’època de pluges, i qualsevol fenomen que les reforci, com ENSO, les intensifica. Hi ha estudis que correlacionen la incidència de còlera a Bangladesh i la temperatura de l’aigua superficial a la badia de Bengala, que de retruc afectaria l’abundància de plàncton, un reservori de Vibrio cholerae. De fet, hi ha un model validat que relaciona ENSO amb les epidèmies de colera (Vibrio cholerae) a Dhaka, la capital de Bangladesh, amb 7 milions d’habitants densament empaquetats; la epidèmia es pot predir amb quasi un any d’avançament segons el model climàtic.

Sigui per causes climatològiques locals, no relacionades amb ENSO, sigui pels patrons multianuals relativament anàrquics d’ENSO o sigui per l’escalfament global de la Terra a conseqüència del canvi climàtic, el clima, impactant sobre les poblacions i nivells d’activitats de vectors o dels seus hostes i les interrelacions entre ells, té un efecte continu, i potser ara mateix manifestament unidireccional, en l’emergència o dispersió d’infeccions víriques i bacterianes.

Però aquesta, aquesta és una altra història.

bacteris, Hantavirus, malària, microbiologia ambiental, salut pública, seguretat alimentària, vectors artròpods, virologia, virologia ambiental, virologia social, virus hemorràgics , , , , , , , , ,

Comentaris virus-lents (159): Zika i microcefàlia; sí, segur, però…

Deja un comentario Publicado por en febrero 21, 2016

La microcefàlia és una malaltia rara, escassa, i té múltiples causes; això no vol dir que sigui necessariament multifactorial; la causa pot ser única però n’hi ha moltes possibles. Així, s’ha descrit o associat microcefàlia per ingesta exagerada d’alcohol, enverinament per mercuri o exposició a radiacions; o per una desnutrició greu de la mare o per diabetis. Junt aquestes causes, no infeccioses, la microcefàlia també pot ser deguda a una infecció fetal amb xarampió (mireu entrades 81 i 82 d’aquest blog pel tema xarampió i vacunació), citomegalovirus o toxoplasma (un paràsit)…i ara diuen que Zika.

Zika no havia donat senyals prèvies d’aquestes capacitats (llegiu entrades anteriors en aquest mateix blog) possiblement perquè no deixa de ser una manifestació percentualment escassa però que pot sumar centenars o milers d’afectats quan el nombre d’infectats coneguts pot arribar a milions (i recordeu que el 80% aprox. cursen la infecció de forma asimptomàtica). Ni a Africa ni a les petites illes del Pacífic, relativament poc poblades, es va observar res especial…fins que la infecció arribà a la Polinèsia Francesa, on hi viuen vora 300.000 persones i on les estimacions apunten que més de un 10% va patir la infecció (més de 8000 casos clínics; probablement uns 40.000 comptant els casos asimptomàtics). Allà es confirmaren més de 40 casos d’una mena de desordres neurològics etiquetats com a  síndrome Guillain Barre (per més detalls veure entrada 150, enllaç https://comentarisviruslents.org/2016/01/19/comentaris-virus-lents-150-michael-pare-no-guillain-barre-i-no-tagradara-la-seva-actuacio/), el que equivalia a multiplicar per deu la incidència habitual. Va ser el primer moment que Zika avisà que podia atacar el sistema nerviós…i recordem que el cervell és el rector del sistema nerviós i esta constituït pels mateixos “elements” bàsics. I allà no hi havia pesticides involucrats…o no es va informar.

Però és que, un cop desfermada l’alerta, a la Polinèsia es van posar les piles i van decidir investigar retrospectivament la infecció buscant ara específicament casos de microcefàlia; si la infecció va ocórrer entre octubre de 2013 i la primavera de 2014 van rastrejar els naixements de l’any 2014 i començaments del 2015 i van observar que la freqüència de casos anuals de no nascuts  amb «malformacions del sistema nerviós central «, una classificació que inclou microcefàlia, passava d’un a més de 15. En aquell moment, al no haver sospita, no es seguí amb tanta atenció si les potencials mares quedaven infectades per Zika durant la seva gestació. A quatre de les mares se li feren proves serològiques i van resultar positives a prèvia exposició a Zika…la investigació s’està ampliant.

microcephaly in Brazil from nyt

Incidència de microcefàlia (mapa del New York Times, dades de finals de gener 2016); els cercles rosats, a escala, corresponen a 10, 100 ó 1000 casos sospitosos; els cercles grisos corresponen a 10 ó 100 casos confirmats.

I en aquestes el virus va propagar-se per Brasil i al nord-est del país a l’estat de Pernambuco es va començar a veure un fort increment de la incidència de casos de microcefàlia. Aquesta era una alteració no desconeguda allà però poc freqüent; uns pocs casos anuals en un estat amb 9 milions d’habitants i 130.000 naixements anuals. Al novembre de 2015, quan es donà l’alarma ja portaven al voltant de 650 casos. A quatre estats brasilers, Pernambuco, Paraíba, Rio Grande do Norte i Sergipe la incidència de microcefàlia s’ha incrementat de l’ordre de 50 vegades, hi ha 50 vegades més casos. Per contra, a Rio de Janeiro, Mato Grosso do Sul, Distrito Federal, Goiás i Ceará, altres estats de Brasil la incidència és la mateixa que “l’habitual”. Els enllaços originals a: http://ecdc.europa.eu/en/publications/Publications/zika-microcephaly-Brazil-rapid-risk-assessment-Nov-2015.pdf. o http://ecdc.europa.eu/en/publications/Publications/zika-virus-americas-association-with-microcephaly-rapid-risk-assessment.pdf. Un comportament que no sembla que es pugui explicar per una major o menor densitat de poblacions de mosquits vectors (dic això des de la distància, però).

Zika mosquito distribution by nyt

Mapa de distribució del vector Aedes aegypti (del New York Times, again; Moritz U. G. Kraemer et al., eLife Sciences; Simon Hay, University of Oxford). Les ratlles horitzontals marquen el 0, el 50% i el 100% de presència; les àrees més fosques, les més infestades.

I ara…trenquem la taula. I si els números no són certs? Aquesta incidència és “real”? La incidència registrada de microcefàlia els anys previs era “real”? Els nombres de casos de microcefàlia dels anys precedents que es fan servir com a línia basal o de referència per dimensionar els casos actuals era “veritable”? I…ja sabem que els registres poden canviar en funció dels sistemes de vigilància (de captació de dades) o de diagnòstic? S’han canviat aquestes condicions entre 2010 i 2014, per exemple, respecte les que s’estan fent servir aquest 2015? Per començar, hi havia un sistema en la recollida de dades respecte a la microcefàlia com hi ha ara? Més encara, ara que s’està molt a sobre, que hi ha alarma social i es cerquen casos sota les pedres, no estarem diagnosticant una fracció de casos que en anys precedents es perdien, no es comunicaven, no estem en mig d’un “attention bias”, un biaix per parar molta atenció? Compte que això és un benefici, permet donar tractament, però pot emmascarar, fer més impressionant, el factor multiplicador d’incidència respecte anys precedents.

Una prova que ens movem en una zona no massa assentada, grisosa, la dona aquest enllaç: http://www.who.int/bulletin/online_first/16-170639.pdf

Us copio una part de l’abstract en anglès…

The Network’s database currently stores information on more than 100,000 neonates. To support the microcephaly research, from December 1st to 31st, 2015, the Network ran a task force and rescued the head circumference from 16,208 neonates. A much higher than expected incidence of microcephaly was observed, varying from 2% to 8% according to the utilized classification criteria. These findings raise questions about the condition’s diagnosis and its notification. An observed presentation’s seasonality might reflect that of infections carried on by the Aedis aegypti vector. However, the temporal fluctuation was documented since late 2012, before the allegedly entry of the ZIKV in Brazil, in mid-2014. Further questions are raised on both the epidemiological surveillance of the Aedis aegypti infections, as well as on different aetiological possibilities for the outbreak. At this stage, follow-up studies in the children diagnosed with microcephaly are mandatory prior to concluding what problem we are facing; how it came about and which consequences it may, or not, bring to the Brazilian population in years to come.»

En resum, que la incidència prèvia de la microcefàlia en aquella zona era molt més alta que la oficialment acceptada; que en funció del mètode emprat per classificar aquesta notificació es pot duplicar o quadruplicar; que hi ha un patró estacional que coincideix amb el cicle d’Aedes aegypti, però…que ja es veia el 2012, mentre que el virus està oficialment a Brasil des d’el 2015. Perquè va arribar el 20114-2015, no? No podria haver arribat abans i propagar-se camuflat, emmascarat amb el dengue i Chikungunya? I ara tornem al començament; una causa de microcefàlia és la desnutrició, la pobresa. Aquesta desnutrició o pobresa que ja donava uns valors alts de microcefàlia, molt per sobre de les xifres oficials, segons Mattos pot haver rebut un boost, un efecte multiplicador o potenciador, per la propagació de Zika. I segons les dades a les que he tingut accés la majoria dels casos reportats ho són en famílies d’ingressos baixos.

I tot això ho “podem explicar” en un relat coherent, sense recórrer a cap conspiració, sense cap malevolència impostada; ineptitud i prioritats equivocades molt probablement, a cabassos.

Però aquesta, aquesta és una altra història.

 

Chikungunya, Dengue, salut pública, Tècniques diagnòstiques, vectors artròpods, virologia, virologia social, zikavirus , , , , , , ,

Comentaris virus-lents (158): Zika i quarantena personal; fent el compte de la vella.

Deja un comentario Publicado por en febrero 20, 2016

Una típica pregunta que es farà tothom a partir d’ara quan torni de Brasil, o Colòmbia, o Veneçuela i així fins a més de 20 països americans per on s’estén el virus Zika podria ser…Quan temps ha de transcórrer fins que estigui segur que no puc transmetre el virus? … sabent com sabem que per un 80% dels infectats el virus es propagarà pel cos però no donarà una simptomatologia evident (febre, erupcions dèrmiques, dolor articular…), que cursarà com infecció asimptomàtica.

Un mes com a poc, seria la resposta actual. Clar que és una resposta dual perquè nosaltres podem contribuir a la propagació indirectament o directament. Indirectament?…oferint el nostre cos per ser picat per mosquits (que després hauran de ser competents per la propagació). Directament?, amb baixa probabilitat, transmetent el virus a la teva parella mentre es té sexe (ja es va introduir el tema a l’entrada 153).

El període d’incubació per Zika un cop t’ha picat un mosquit i t’ha transmès el virus oscil·la entre els 2 i els 10-12 dies. Si tens alguna mena de simptomatologia aquesta dura entre tres i set dies. La malaltia és quasi sempre autolimitant ja que el sistema immune genera anticossos prou efectius que neutralitzen el virus. Per tant, si vas tenir la mala sort que t’infectés un mosquit el darrer dia de la teva estada a un país amb Zika, sumant els dos períodes, el de 10-12 dies, i el període de recuperació màxim de set dies, tenim un total de 20 dies. Un cop passats aquests 20 dies és molt difícil que puguis transmetre res a cap mosquit per iniciar cap mena de cicle. El mateix comptatge pots fer si no has patit cap símptoma i et consideres un cas asimptomàtic. Si en 20 dies cap mosquit no t’ha tret sang difícilment contribuiràs a cap establiment de cicle autòcton del virus a Catalunya.

I amb el sexe? Amb el sexe, i específicament amb el semen, tenim poques dades encara. Té pinta, però, que el virus pugui quedar allotjat als testicles dels homes per un període de mesos; recordem que els testicles, els aparells reproductors són llocs un pèl grisos pel que fa al sistema immunitari, que patrulla amb menys freqüència i eficiència. El virus pot haver estat eliminat de la sang (virèmia) en uns dies, però encara trobar-se a la orina, i quan no es troba a la orina, unes setmanes després, encara pot trobar-se al semen. Recordem el que s’ha descrit per Ebola perquè el mecanisme vindria a ser el mateix (veure entrada 134, https://comentarisviruslents.org/2015/10/16/comentaris-virus-lents-134-ebola-i-semen-una-historia-de-persistencia/).

Cada país està emetent les seves recomanacions; així les autoritats britàniques (més específicament les angleses) recomanen als homes que tornen de les zones afectades un període de  4 setmanes de sexe amb protecció (preservatius) per evitar riscos…i de sis mesos!! en cas que el retornat hagi patit la infecció de forma simptomàtica i hagi estat confirmat a nivell laboratorial (veure enllaç http://www.nhs.uk/Conditions/zika-virus/Pages/Introduction.aspx). Els Centers for Disease Control and Prevention, als EEUU, recomanen a les dones embarassades que evitin el contacte amb el semen d’homes que han estat a zones infestades de Zika durant el seu embaràs; això implica ús de preservatius o abstinència (enllaç a http://www.cdc.gov/zika/hc-providers/qa-pregnant-women.html). Pel que fa a Espanya les darreres recomanacions del Ministeri de Sanitat, Serveis Socials i Igualtat al respecte es poden trobar a aquest pdf  http://www.msssi.gob.es/profesionales/saludPublica/ccayes/alertasActual/DocsZika/Protocolo2actuacion_embarazadasZika_15.02.2016.pdf. No hi ha cap recomanació específica pel que fa a la transmissió sexual, únicament a la vectorial. Evidentment aquestes recomanacions es modificaran en quant es sàpiga més d’aquesta via de transmissió. Perquè ara mateix hi ha una sèrie de preguntes per les que no tenim resposta:

  • Per que el semen sigui infecciós és necessari estar patint un episodi d’hematospèrmia, sang al semen (veure entrada 153, https://comentarisviruslents.org/2016/02/02/comentaris-virus-lents-153-zika-i-semen-amistat-puntual-i-perillosa/)? O el virus pot estar present i infecciós en un semen «normal»?

  • ¿Pot una dona transmetre el virus a traves del sexe? ¿El risc és equivalent per a totes les formes de sexe? Recordem per exemple que per Ebola està perfectament descrita la transmissió de home a dona però els casos inversos són escassísims.

  • I que passa amb tots els casos asimptomàtics…els casos de transmissió per semen sempre seran de casos simptomàtics, de persones que hagin patit febre o erupcions dèrmiques o també pot el virus resistir en el semen de persones que no sàpiguen que han passat la infecció?

I potser el més important i difícil de contestar perquè és una variable quasi individual (mireu entrada sobre Ebola), quant de temps el virus Zika pot restar infecciós al semen? Perquè recordem que la senyal molecular (la presència de genoma) en el semen no és sinònim del caràcter infecciós del mateix.

Moltes preguntes pendents, per altra banda normal perquè aquest virus porta sota el focus d’atenció uns pocs anys i únicament ara, amb molts afectats, tindrem prous dades per arribar a conclusions significatives, que no definitives.

Però aquesta, aquesta és una altra història.

avaluació de riscos, Malalties transmissió sexual (MTS), salut pública, vectors artròpods, virologia, virologia social, zikavirus , , , , , ,

← Entradas más antiguas

Entradas más nuevas →