comentarisviruslents

Aquest blog és una seguit de comentaris personals i probablement poc transferibles sobre ciència i política.

Archivos por Etiqueta: avaluació risc

Comentaris virus-lents (165): Lassa virus, altre virus hemorràgic.

El Lassa virus (LASV), que pren el nom d’un petit poble nigerià, és un arenavirus que causa una febre hemorràgica (una simptomatologia que compartiria amb l’Ebola) a essers humans i d’altres primats.

Lassa fever virus particle

Partícula vírica de Lassa virus, tenyida per mostrar les projeccions superficials (de color groc) que permeten el virus infectar la cèl·lula hoste. London School of Hygiene & Tropical Medicine

És un virus endèmic de països de l’oest d’Africa, especialment Sierra Lleona, Libèria, Guinea (us sonen no?) i Nigèria (són paraules majors, estem parlant d’un estat de més de 170 milions d’habitants), encara que les últimes dades apuntarien a que estaria força estès en tota la zona de sabana tropical africana. Con a conseqüència d’aquesta endemicitat quan es cerquen anticossos front el virus a la població d’aquests països els percentatges oscil·len entre el 15 i el 50% de població que ha seroconvertit.

Lassafever distribution

S’han trobat quatre llinatges o branques del virus, tres nigerianes, probablement el focus geogràfic d’on va sorgir el virus, i una altra estesa per Sierra Lleona, Libèria i Guinea. La febre de Lassa és una de les més prevalents febres virals hemorràgiques a l’oest africà, responsable de la mort de milers de persones, unes 5.000, anualment. I sorprenentment, o no, és un virus que es va descobrir fa no massa, al 1969, quan dues infermeres moriren d’una estranya febre hemorràgica a Lassa, Nigèria. Per més detalls consulteu la biografia de Jordi Casals en aquest mateix blog (https://comentarisviruslents.org/2015/04/23/comentaris-virus-lents-103-qui-fou-jordi-casals-ariet/).

pub298w417_59720jordi_lg

Jordi Casals

Quina és la simptomatologia? Els símptomes s’assemblen (altre cop) a la grip, i suposa febre, mal de cap, debilitat general, tos, sequedat a la gola, i alteracions digestives (vòmits, diarrea) arribant fins les manifestacions hemorràgiques en els casos més greus.

Els casos asimptomàtics no solament són possibles si no freqüents, al voltant del 80%; els Centers for Disease Control and Prevention (CDC) apunta, però, que en un 20% de casos els infectats sí mostren simptomatologia i si no és adequadament diagnosticada i tractada poden arribar a sofrir un greu malaltia multi-sistèmica, i que el ratio de mortalitat en els casos hospitalitzats es troba entre el 15-20%. La mortalitat sobre el total de casos s’estima en el 1%.

Altre cop no tenim vacuna disponible i el tractament torna a ser de suport per apaivagar els símptomes (reposició de fluids i electròlits, i nivells oxigen) encara que l’ús de ribavirina, que s’inicià el 1979, sembla ser força efectiu sobre tot si és emprada d’hora, al començament de la infecció oberta, després d’un diagnòstic ràpid i més si s’administra per via intravenosa que no per via oral.

Les principals dianes del virus a l’hora de propagar-se són les cèl·lules presentadores d’antígens (les anomenades cèl·lules dendrítiques) i les cèl·lules endotelials (que recobreixen els capil·lars i els vasos sanguinis, això explica el desenllaç hemorràgic en alguns casos), però el virus és capaç d’infectar quasi qualsevol teixit humà…mucosa, intestí, pulmons i sistema urinari, en una progressió fins arribar al sistema vascular.

No hi ha vacuna comercial. S’està avaluant una vacuna, la ML29, una vacuna recombinant que expressa gens del virus Lassa i de virus Mopeia, i que sembla ser efectiva per protegir de la infecció del virus Lassa com a mínim en els models animals (inclosos primats no humans) emprats.

Aquesta és una febre hemorràgica de la que no es parla gaire però que és molt més constant i acumula més morts que la causada per Ebola (de fet el virus Lassa, Ebola i Marburg són de la mateixa família vírica) des de que es té coneixement. Es calcula que anualment hi ha entre 100.000 i 300.000 afectats i se la responsabilitza d’unes 5.000 morts, també anuals. Els darrers dos brots intensos han tingut com escenari Nigèria; el 2012, 1.700 persones mostraren simptomatologia, i 112 moriren. En aquesta epidèmia del 2015-2016, que es va iniciar el mes d’agost, però que el govern nigerià no va “oficialitzar” fins gener 2016, el nombre total de casos és menor (fins ara 250) però la taxa de mortalitat és anormalment alta (135), com també ho és la seva dispersió geogràfica, que ha arribat als estats veïns, com Benin amb 9 morts i 20 casos sospitosos. De mitjana, la febre de Lassa es mortal per l’1% dels individus infectats, amb taxes del 15% si considerem solament aquells que son hospitalitzats però en el brot actual aquest percentatge arriba al 50%.

I la febre hemorràgica de Lassa és també, fins a cert punt, estacional. Els brots generalment es donen durant l’estació seca, típicament entre novembre i febrer (això fa aquesta darrera epidèmia més greu perquè sembla que esta trencant el cicle estacional; també es defensa la hipòtesi que l’increment de la vigilància i la conscienciació degut a la epidèmia d’Ebola fa que es diagnostiquin ara molts més casos; que abans d’Ebola estàvem en un escenari de baixa detecció i declaració de casos, particularment a les remotes zones rurals). I l’estacionalitat no té res a veure específicament amb el clima i sí amb el seu efecte en els éssers vius.

Lassa-Fever..-Rats

Lassa fever fried-rat

Rosegador Mastomys natalensis, també consumit com una delikatessen.

L’estació seca empeny els rosegadors (rates, Mastomys natalensis), que són el reservori del virus, a la vora o a l’interior dels pobles i vil·les per alimentar-se del gra (arròs, blat) recollit i emmagatzemat. Els rosegadors infectats deixen anar el virus en els seves femtes i excrecions. Si el gra no és cuinat o ho és insuficientment la persona que l’ingereix pot infectar-se. La transmissió també és possible, i més directe, per inhalació d’aerosols, pols, que contingui aquestes excrecions infectades (qui ha entrat a un paller, magatzem de gra, m’entendrà perfectament) o al tocar superfícies on s’hagin assecat aquestes excrecions (orina o femtes), o al menjar carn d’aquests rosegadors (vindria a ser el nostre conill) i també per contacte entre persones encara que poc freqüent (en això es diferencia un xic de l’Ebola, més transmissible per contacte humà). I és aquesta estacionalitat la que fa pensar els funcionaris nigerians que el brot s’autolimitarà per si mateix a finals de març-abril…ningú està del tot segur d’això.

 

Però aquesta, aquesta és una altra historia.

 

Comentaris virus-lents (164): Concepte Gain of Function, la ciència sempre guanya?

El concepte Gain of function, que podríem traduir per guany o millora de funció/funcionalitats no és un concepte nou. Els experiments de modificació de funcionament en un sentit general són una pràctica quotidiana a la microbiologia des de fa molts anys. En aquest experiments s’afegeixen o modifiquen propietats o funcions tant a virus com a bacteris, per exemple amb mutacions als gens per generar noves o millorades funcionalitats a les proteïnes resultants. El camí invers, generar pèrdues de funcionalitats també és possible…i pot donar tanta informació com els guanys de funció. Per tant, en un sentit estricte, quan ens parlin d’un experiment que caigui en aquesta categoria no cal desqualificar-lo…immediatament.

GainOfFunction-GOF-1082214doctor

El dilema sorgeix quan estem treballant amb patògens ja de per si prou perillosos, com podria ser la influenza aviaria altament patògena H5N1, el SARS Coronavirus, el MERS Coronavirus i volem fer experiments de guany de funció per específicament cercar un increment en la seva transmissibilitat, patogenicitat, o alterant (fent més ampli) el rang d’hostes susceptibles. Però no solament en aquest casos, perquè també ens han de preocupar experiments que cerquin incrementar la resistència dels bacteris als antibiòtics terapèutics actuals, generar mutants que escapin a les formulacions vacunals actuals i que les facin ineficaces, o generar mutants que escapin, que siguin invisibles, a les tècniques diagnòstiques o de detecció habituals.

Als darrers anys s’ha donat un fort increment de la preocupació oficial pel mal ús o l’ús dual (entenem dual use com els coneixements o tecnologies adquirides a través de la investigació científica que podrien ser mal emprades amb fins criminals o terroristes o en el camp militar) d’una recerca aplicada en el camp de la microbiologia de patògens de grup de risc 3 i superior…un tema no massa entès a les universitats o centres de recerca que no inclouen la bioseguretat, la biocontenció i la bioprotecció com temes en els que també cal formació. I clar, quan la recerca és llavors fiscalitzada per experts en bioseguretat, als que els científics retreuen una baixa o nul·la formació en microbiologia i/o biotecnologia i sempre delerosos de menystenir els beneficis científics i socials d’aquella recerca i de maximitzar els riscos potencials, les amenaces a la seguretat, l’embolic i la desconfiança estan garantides. El problema és encara més gran si tenim en compte que de regulacions i lleis hi ha unes quantes, emeses per diferents cossos regulatoris, ministeris, agències, de diferents estats i en alguns casos aquestes són un pèl abstruses. Manca més claredat regulatòria, de vegades tot rau en l’establiment ferm i sense discussió de qui és EL responsable regulatori de tota la problemàtica en bioseguretat, i més uniformitat, homologació entre els diferents estats.

Per tant, cal cooperació internacional i marcs normatius el més comuns possibles, perquè no se’ns escapa a ningú que la recerca en les ciències biològiques és una recerca molt internacionalitzada; molts projectes són xarxes que involucren estats de diversos continents; els investigadors tenen contactes i bescanvien dades amb col·legues all over the world; hi ha cooperació entre centres de recerca i universitats molt distants i per acabar-ho d’adobar els resultats de la recerca es distribueixen a tot el món a través d’internet. La regulació salta feta miques ja que els riscos del mal ús dels resultats no queda reclosa a l’estat on s’ha desenvolupat físicament la recerca.

I aquesta regulació externa és necessària. La responsabilitat individual dels científics no deixarà de ser un aspecte important per fer front als dilemes dels experiments de Guany de funció, que podrà ser acompanyada o enfortida per comitès d’ ètica o bioseguretat i codis de conducta de la institució. Però tota aquesta autoregulació pot fallar i caldrà un  marc regulatori superior.

Els experiments que es dissenyen per millorar la transmissibilitat, o la virulència, o resistència a les contramesures actuals, de patògens de nivell 3 i 4 evidentment estant modificant el risc per a la salut de la població. Per començar, s’està produint un mutant que no està a la natura…encara. Si a més, no hi ha un benefici immediat, ni previsible, en forma de cura terapèutica o vacuna, són una eina vàlida?

GOF risk and benefits 21666-0309367832-450

Davant d’un experiment d’aquestes característiques una persona “dual”, amb una cama a cada cap, la virologia i la bioseguretat es plantejaria una sèrie de qüestions…Quin coneixement es pot guanyar realment amb aquests experiments? Aquest coneixement podria obtenir-se per altres vies? Es poden realitzar aquests experiments en condicions de seguretat, en instal·lacions ben mantingudes, dirigides i amb el mínim personal involucrat? Quins plans de contingència té la instal·lació? Quin és el benefici per a la salut esperat, tant immediat com a mitja termini? Quina és la probabilitat que els experiments siguin emprats de manera abusiva, per exemple, per terroristes, però també, perquè no, per l’esfera militar? Com de realista és el risc que terroristes o altres persones voldran fer mal ús dels resultats de la recerca, i que tinguin la capacitat real de poder-ho fer? És sempre necessari que els resultats de la recerca estiguin a disposició de tothom?

Moltes d’aquestes preguntes tenen respostes “duals”…en funció de cada cas.

Però aquesta, aquesta és una altra història.

Comentaris virus-lents (138): Seqüeles de l’Ebola…un estudi anuncia el que vindrà.

Com ja he comentat en alguna entrada anterior, ara que sembla que l’epidèmia d’Ebola va cap al cas esporàdic i ja veurem si no a una certa cronicitat en el temps i el espai, cal preocupar-se i ocupar-se més encara dels que han sobreviscut. Perquè els que han sobreviscut, a banda de patir certa estigma social, poden presentar complicacions de salut importants els propers mesos o anys.

Un anunci del que vindrà el dona un article publicat aquest 2015 (veure enllaç al final) i que ara resumim. El virus Ebola, com sabem, té diferents soques i ha donat lloc a diferents brots. Un d’ells fou el brot d’Ebola soca Bundibugyo, a Uganda, el 2007 que causà 149 casos i 37 morts. Els investigadors van reclutar 49 supervivents d’aquest brot i 223 contactes (familiars o amics propers), la majoria seronegatius (és a dir no han generat anticossos front el virus ja que no han estat infectats), dos anys i mig (29 mesos) després de la resolució del brot i els van fer enquestes de salut, un control mèdic generalista i analitzaren la seva sang. Amb aquestes dades van calcular, llavors, el risc relatiu (relative risk, RR) que el grup de supervivents pateixin complicacions de salut respecte el control (els no infectats o contactes) i han trobat que els primers tenen un risc significativament més alt de patir problemes oculars (4 vegades més risc de patir dolor retro-orbital; dues vegades més risc de visió esborronada), pèrdues auditives (dues vegades més risc), problemes d’insomni i artràlgies (dues vegades més risc, també). En genèric els supervivents d’Ebola Bundibugyo teniren dues vegades més risc de patir problemes de salut crònics i cinc vegades més risc de patir pèrdues de memòria i episodis de confusió. No s’observaren diferències a les mostres de sang; evidentment no hi havia cap mena de virèmia…però recordem entrades anteriors (ie, entrades 133 i 134) on comentem que l’absència de virus a sang no vol dir absència del virus a la resta d’òrgans o teixits (testicles, humors oculars).

Encara que el virus Ebola causa una infecció aguda caracteritzada per una ràpida producció de partícules infeccioses seguides per una fase clínica que es resolt amb la mort de l’hoste o l’eliminació de la infecció pel mateix, sembla clar que es donen símptomes crònics en els supervivents que poden persistir durant mesos o anys, alguns de caire psicològic o relacional que poden impedir, per exemple, tornar a les feines que abans executaven. Aquestes dades, doncs, confirmen l’existència d’un ampli ventall de seqüeles un cop un es recupera d’una infecció per Ebola.

L’origen d’aquestes complicacions no es coneix, però probablement seria conseqüència del dany tissular degut a la replicació viral i la posterior resposta immune.

Ebola no és exclusiu en aquest efectes secundaris, tampoc. Altres infeccions virals greus també desfermen efectes negatius per a la salut a llarg termini. Vora un terç dels supervivents del virus de Lassa té pèrdues auditives; al voltant del 10% dels infectats amb el virus de Chikungunya tenen dolors articulars que persisteixen 3-5 anys.

El virus Ebola és un virus altament letal; els que sobreviuen a la infecció s’han de considerar afortunats. Tot i així, un cop recuperats la seva salut no serà la mateixa que abans. I si bé la mida del brot actual ha permès impulsar els assajos clínics de vacunes i antivirals, també cal pensar-hi en investigar la manera de millorar la qualitat de la salut per a molts supervivents. Encara que això ja no és gens, de mediàtic.

Però aquesta, aquesta és una altra història.

L’enllaç a l’article original: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/25910637

Comentaris virus-lents (4): Gestió de risc biològic-Avaluació

 

Què és un perill? Un perill és una font o un objecte que pot causar un mal. Però un perill no és un risc sinó dintre d’un context, situació o ambient concret. El risc és la probabilitat que es materialitzi un perill que té intrínsecament unes conseqüències concretes. El risc (R) és una funció de temps (associada a la probabilitat) i de la severitat (conseqüències) del perill. Finalment tenim les amenaces. Quina es la diferencia entre un perill i una amenaça? Que el perill no és antropogènic i l’amenaça sí, l’amenaça està associada sempre a un comportament humà que cerca causar un dany, un mal.

 

Resumint doncs,

R = f (P, C)      on P= Probabilitat i C= Conseqüències.

 

Aquesta fórmula es pot representar gràficament en forma d’una matriu.

Imagen

 

L’avaluació del risc (risk assessment en anglès) tracta de sospesar la probabilitat que es materialitzi un perill (i per tant analitza l’ambient en el que es desenvolupa l’activitat, els procediments emprats, el personal involucrat i la seva formació, la concentració del patogen i la seva manipulació, etc.) i la relaciona amb les seves potencials conseqüències (el que passa justament desprès de l’incident). Les conseqüències tenen més a veure amb característiques intrínseques del patogen i de la seva relació amb l’hoste i l’ambient (morbiditat, mortalitat, vies de transmissió, estabilitat de l’agent a condicions ambientals, rang de hostes o comunicabilitat, mesures de prevenció i tractament o profilaxis, afectació a la col·lectivitat i al medi ambient, etc.) Qualsevol canvi en la probabilitat (per millora dels procediments, millor formació del personal, etc.) modifica l’avaluació de risc prèvia, que també pot veure’s modificada si s’adopten mesures per reduir les seves potencials conseqüències. Aquest conjunt de mesures procedimentals, de formació, de barreres a la potencial infecció constitueixen el paquet de mesures de mitigació.

 

Una avaluació del risc biològic robusta permet que aquest sigui repetible i reproduïble, i facilita la presa de decisions respecte a les estratègies de mitigació.

 

Quin és el risc acceptable? En cada circumstància, activitat i fins i tot societat pot variar, i la variable del temps també compta. En funció de la tolerància cap l’activitat, o de la necessitat d’aquesta, la comunitat pot modificar les seves apreciacions del risc o de la relació risc-benefici fent que la mateixa avaluació de risc (que no incorpora consideracions socials, culturals, polítiques socials o ètiques) permeti en algun cas l’activitat i en altres la bloquegi fins que les mesures de mitigació estiguin en acció (veure figura). L’acceptació del risc depèn del propietari del risc; la societat pot ser adversa al risc o tolerant al mateix en funció dels objectius o de l’entorn cultural.

 

Deixem per properes entrades parlar de les altres dues potes de l’avaluació del risc: la mitigació i l’execució / implementació.

 

Perquè aquesta, aquesta és una altra història.