comentarisviruslents

Aquest blog és una seguit de comentaris personals i probablement poc transferibles sobre ciència i política.

Archivos en la Categoría: aigües

Comentaris virus-lents (167): En Abril, norovirus mil.

Tornem al brot de norovirus d’Andorra per discutir alguns temes. Per variar aquest cop ho faré fent servir com a base un article del ARA, l’enllaç del qual és: http://www.ara.cat/societat/Andorra-tanca-dArinsal-origen-gastroenteritis_0_1567043346.html. Els texts extractats de l’article estaran en cursiva, la meva discussió i dades, no.

Andorra va anunciar ahir per sorpresa el tancament de la font d’Arinsal, després de reconèixer -contràriament al que havia defensat fins ara- que aquest era l’origen del brot de gastroenteritis que va afectar més de 4.100 persones d’empreses de Barcelona i Tarragona….[El ministre andorrà de Salut]… va admetre la contaminació per norovirus de la font natural d’origen i el dany causat a la imatge de la marca. El govern va ordenar també retirar les ampolles que hi ha al mercat, va prohibir que se’n venguin més i va aconsellar no consumir-les a les persones que en puguin tenir.

Bé, s’han acomplert les pitjors previsions que ja avançàvem, un pèl agosaradament, a l’entrada anterior. El virus que ha desfermat el brot es troba a la font, es troba a l’aqüífer. Per tant tot ell està compromès i independentment del format de l’ampolla, l’aigua pot contenir norovirus, en una certa proporció. I és una noticia força dolenta perquè quan un virus entra en un aqüífer pot persistir força temps. Per què? Els aqüífers, les aigües subterrànies, són habitualment considerades com a “segures” microbiològicament perquè hi ha una barrera, que és el propi terra, que evita que hi arribin virus i bacteris des de la seva superfície, on hi han les deposicions/excrecions (si parlem de virus de transmissió fecal-oral, és clar). Aquesta barrera, però, es transforma en un escut si el patogen, aprofitant esquerdes, o senzillament viatjant lentament cap avall, passivament amb l’aigua que s’escola al terra, arriba a l’aqüífer on trobarà un ambient amb poca activitat microbiana (per tant, baixa competència o enemics escassos) i una sèrie de factors (temperatures relativament baixes, absència de radiació ultraviolada) que contribueixen a una alta persistència, de l’ordre de setmanes, mesos o anys. És molt llarg d’explicar (i tampoc l’objecte de l’entrada) però aquest viatge cap a l’aqüífer del virus i/o el bacteri estarà afectat per factors tan variables com la tipologia del sol (sorrenc, argilós, barreja, roca), el nivell de saturació d’aigua, el pH, la conductivitat de l’aigua que percola i la presència i quantitat de matèria orgànica soluble…com a mínim.

Les analítiques rebudes ahir a la tarda pels responsables del ministeri andorrà estableixen uns nivells d’entre 20 i 130 partícules de contaminació per cada cinc litres d’aigua, molt per sota del que havia dit la Generalitat el dia anterior…Sobre aquestes mostres de la Generalitat, el director de Salut andorrà, … va voler matisar que els resultats que situaven la contaminació en uns nivells d’entre 1.000 i 10.000 partícules per litre eren “d’una mostra no oficial”. “No sabem de quina manera es va manipular i no la vam donar com a vàlida”, va afegir.

Una ovació per director de Salut. Intenta, però no gossa, desqualificar la mostra, titllant-la de “no oficial” o “no valida”. El que passa és que entre dues mostres assajades per tècniques de amplificació d’àcids nucleics, una amb més virus (5.000 còpies per litre de norovirus genogrup I i unes 10.000 còpies de genogrup II) que l’altra, jo acostumo a creurem la primera si els controls en els dos casos han sortit correctes. I és que un fals negatiu, o una menor intensitat en la senyal és sempre moooolt més probable quan es fan tècniques d’amplificació d’àcids nucleics que una senyal artificialment augmentada. Manca de capacitat en la concentració de la mostra, en la “preparació” de la mateixa, en la eliminació/separació d’agents inhibidors de la tècnica donen com a resultat senyals baixes que es tradueix en un numero de còpies baix…just els resultats mostrats pel govern andorrà. Llevant d’errada “en factors de conversió” (recordem el cas de les milles per kilòmetres de la sonda Mars Climate de la NASA, el 1999, no?), les dades aportades en la conferència de premsa de dilluns em mereixen més credibilitat.

Per cert, fixeu-vos que jo he parlat de còpies, no de partícules, i menys encara de virus infecciosos. La precisió és important i és que la Reacció en Cadena de la Polimerasa, PCR, el que fa es còpies de la molècula (del segment del genoma) que estem cercant. Però perquè el genoma sigui infectiu li cal (molts cops) que aquest genoma estigui revestit per una càpside, un abric de proteïna que és el que té les senyals que permetran l’entrada del virus a la cèl·lula hoste. Aquesta és la raó per la qual aquestes tècniques ens permeten inicialment parlar de còpies però no de virions infecciosos; la correlació no és correcta, no és equivalent.

L’executiu andorrà, això sí, va voler descartar que la contaminació s’hagués produït per la filtració d’aigües fecals a l’aqüífer perquè l’entorn “no té risc de filtració” i perquè les anàlisis habituals ho haurien detectat. “Si haguessin arribat aigües fecals a la font, les analítiques haurien detectat els bacteris”, va assegurar el ministre, que va recordar que la normativa actual internacional no demana l’estudi dels possibles virus.

I aquí, ja agafant velocitat, el responsable assenyala l’absència de risc de filtració i treu a passejar el Sant Crist Gros dels bacteris. La única afirmació certa en tot el paràgraf, com ja dèiem a l’entrada anterior, és que la norma internacional actual, i jo crec que futura, no demana detectar segons quins virus (la primera baralla entre col·legues la tindríem en decidir quins virus perquè quan cerques un la tècnica et pot detectar aquest però moltes vegades cap altre). L’arribada de virus a aqüífers està bibliogràficament demostrada i en prous casos aquesta aparició no ha estat associada amb l’aïllament de bacteris fecals a la mateixa mostra; senzillament perquè els bacteris fecals s’han inactivat, han estat degradats o eliminats abans, mentre que els virus, molt més petits i resistents han pogut acabar-se d’escolar fins arribar a l’aqüífer.

…l’executiu del Principat va assenyalar que el brot de gastroenteritis es podria haver produït per “un nou agent patogen que s’està començant a estudiar”, tot i que va admetre que ara caldrà definir com van arribar els norovirus a una profunditat de 125 metres sota terra. En diferents casos de gastroenteritis detectats a Andorra -com el març passat al mateix poble d’Arinsal-, Álvarez va preferir negar que es pugui relacionar amb l’aigua d’Arinsal, perquè l’aigua del poble i la que va a la planta embotelladora tenen orígens diferents. “Les gastroenteritis són freqüents i habituals, d’evidències clares no en tenim”, va assenyalar, tot i que va admetre que la incidència de gastroenteritis a Andorra ha sigut “bastant alta enguany”.

Ja ho vaig apuntar a l’entrada passada, i les dades que dona l’executiu són encara més preocupants. Més casos de gastroenteritis al mateix poble d’Arinsal? Significativament més que altres anys? S’està analitzant l’agua del poble? Com pot assegurar que l’aigua del poble i la de la planta embotelladora SÓN diferents? Estan tant delimitats els aqüífers (o els cossos d’aigües subterrànies) com per poder assegurar que no hi ha comunicació entre ells? Què vol dir bastant alta? Significativament alta? Fent clusters o agregats d’afectats? Centrats més en Arinsal que en altres zones d’Andorra? I això és al final del paràgraf perquè jo ja quedo corprès de bon començament quan es parla de “un nou agent patogen que s’està començant a estudiar”. Què vol dir? Què estem davant d’un nou virus? No voldrà dir potser d’un virus que porta entre nosaltres moltíssim anys i que ara, de sobte, veiem? En fi…

Ara que s’ha aclarit el misteri de l’origen falta saber com es va produir la contaminació. Andorra analitzarà també les ampolles que encara són en el circuit comercial, però no hi ha data per disposar dels resultats que resolguin la incògnita.

I aquí tindrem problemes perquè en una contaminació d’aqüífer la contaminació pot estar a centenars de metres, a kilòmetres fins i tot, del punt de captació de la planta embotelladora. I sí, fan bé en no posar data perquè agafar i assajar mostres representatives de tots els elements afectats portarà setmanes i no està gens clar que traguem l’entrellat de tot plegat.

Certament als polítics se’ls ha de demanar que en sàpiguen de política i no de biologia, potser. Però sempre és millor dir que no es tenen clares les coses que no fer asseveracions massa contundents.

Però aquesta, aquesta és una altra història.

Per més informació podeu consultar també…

http://ccaa.elpais.com/ccaa/2016/04/27/catalunya/1461775750_606881.html

Anuncios

Comentaris virus-lents (132): Persistència ambiental d’agents patògens selectes Categoria A.

L’alliberament de patògens letals amb finalitats bioterroristes pot tenir efectes devastadors, provocant un daltabaix social amb pèrdues de vides humanes, carestia de menjar, mortalitat de ramats, i desbaratament de la economia. Aquest potencial és tan més gran quan més es coneix agent i malaltia i més fàcil de manipular o exacerbar és (per tant és màxim ara, encara que les contramesures també han avançat espectacularment).

Un agent biològic potencialment “útil” ha de ser fàcilment produïble i dispersable (aire, aigua, menjar, terres i fomites), ha de causar un efecte retardat i poc traçable (a diferència dels agents químics i de moltes toxines, l’efecte depèn de la replicació dins l’hoste, la qual cosa garanteix un retard de dies, si no setmanes, des de la dispersió a l’aparició de simptomatologies), i ha de ser prou mortal o incapacitant per suposar un repte sanitari o social de primer ordre ja que el que es cerca es generar nerviosisme o histèria, potser més que el dany directe produït.

bioterrorism signal

D’això explicat és evident que una part important de l’efecte d’un agent bioterrorista estarà lligat a la seva capacitat de persistència o viabilitat en el medi ambient en el que sigui alliberat. Alhora, la inactivació o pèrdua de viabilitat en aquestes circumstàncies  tenen a veure amb els processos de descontaminació a seguir a les àrees afectades, i a la delimitació de les mateixes. A més, a l’hora d’alliberar l’agent pot ser que es faci servir una via que no sigui “natural” permeten que el patogen entri també a l’organisme per una via no clàssica. El potencial de transmissió, doncs, estarà lligat al mètode de transport o disseminació i la persistència del patogen en el medi ambient particular en el que sigui alliberat.

No tots els agents biològics tenen potencial bioterrorista. Aquells que ho tenen, pels seus efectes intrínsecs però també pels extrínsecs (socials) se inclouen a la “Category A Select Agents” del Centre de Control de Malalties (CDC, Centers for Disease Control, en anglès). Aquest agents són els virus de la verola, l’antrax (Bacillus anthracis), la pesta (Yersinia Pestis), Franciscella tularensis (agent causal de la tularèmia) i els agents virals causants de febres hemorràgiques (febre de Lassa, febre hemorràgica de Junin, febre hemorràgica veneçolana dins la família Arenaviridae; hantavirus dins la família Bunyaviridae; febres hemorràgiques d’Ebola i Marburg a la família Filoviridae; encefalitis de Sant Louis i encefalitis Japonesa tipus B per la família Flaviviridae). Tanmateix hi ha agents que no estan a la llista que podrien ser emprats com agents bioterroristes com el SARS o el MERS Coronavirus, per exemple.

Tots els patògens esmentats poden arribar al medi ambient a través de les secrecions o excrecions d’animals o persones infectades, en alguns casos a concentracions prou elevades. Des de la seva sortida a l’exterior el patogen es veurà afectat per una sèrie de factors fora del seu control com la temperatura, l’humitat relativa, dessecació, efecte de la radiació ultravioleta. El factor clau, la temperatura; particularment pels agents que no podem replicar-se o propagar-se a l’exterior, com serien els virus, com més alta és la temperatura més progressa la inactivació, menys virus quedaran disponibles per infectar persones o animals. La inactivació durant la dessecació dels aerosols o de l’aigua en la que està l’agent, influïda a l’hora per la humitat relativa ambiental té també importància quan parlem d’aerosols o fomites.

Per poder fer comparacions els investigadors recorrem a paràmetres com T90 o T99, que podrien traduir com el temps necessari per que caigui la infectivitat un 90 o un 99% respectivament. Un 90% de caiguda d’ infectivitat, que restin 10 partícules infeccioses on inicialment havien 100, també pot expressar-se con 1 log10R (1 logaritme de reducció del títol infecciós); un 99% d’inactivació, són doncs 2 log10R. Aquestos càlculs es fan assumint en molts casos que les cinètiques de inactivacions són lineals, és a dir, si un agent té una T90 de 1 dia, la T99 serà de dos dies…i la T99,99 seria de 4 dies. Els que ens dediquen a estudiar la inactivació vírica i bacteriana sabem que no és ben bé així, però de vegades cal treballar amb la brotxa grossa, amb traç gruixut. Anem ara a donar algunes dades de persistència de patògens “letals” en diferents ambients on podrien ser dispersats…

Aerosols: Les formes vegetatives bacterianes són molt més sensibles que les espores bacterianes; de la mateixa manera els virus amb embolcall pateixen durant la formació (moltes vegades implica una liofilització, amb deshidratació prèvia) i exposició de l’aerosol la inactivació per pèrdua de contingut d’aigua i acció radiació ultravioleta. Cal comptar que del títol inicial que es liofilitza es passarà a un títol que pot ser significativament inferior; addicionalment, durant els primers minuts de l’aerosolització s’ha descrit una inactivació major que en moments posteriors. Les formes de resistència, les espores, però, poden persistir per molts mesos a l’aigua de llacs, mars, a la llet i per anys, dècades inclús, en papers o tèxtils, però també a sols i terres. Yesinia pestis presenta T90 i T99 de 30 minuts i 60 minuts respectivament a 26ºC i 50%  d’humitat relativa (HR). En funció de la HR aquestos valors canvien; per HR per damunt del 85% la supervivència és menor. Pel virus Vaccinia, un model del virus de la verola, a 22ºC i 20% HR els valor de T90 i T99 són 55 hores i 5 dies aproximadament, i a les pitjors condicions (32-33ºC) calen 9 hores per assolit T90. Per Franciscella tularensis els valors mitjans estan en un màxim de 2 hores per T90. Pels virus hemorràgics (Arenaviridae, Flaviviridae,…) a temperatures sobre els  20-25ºC els valors de T90 es mouen entre 1 i 2 hores. Sense que sigui un comportament general sembla que HR mitges o baixes (per sota 50%) afavoreixen persistència de virus i bacteris en forma aerosolitzada.

bioterrorism

Fomites:: La persistència en fomites està lligada a les pròpies característiques de la fomite, o superfícies, de la temperatura i de la HR. A tall d’exemple no són el mateix superfícies poroses com fustes, tèxtils i papers que superfícies no poroses com plàstics, acer inoxidable, alumini, vidre. Yersinia pestis manté millor la seva viabilitat en superfície poroses com el paper (a 20ºC la T90 està en 12-24 hores; si han arribat a la fomite 106 bacteris (un milió de bacteris) caldran un mínim de 6 dies, si la inactivació és lineal, per poder començar  a assumir que aquesta fomite no pot propagar la infecció). Per Franciscella, a 25ºC en metall, la T90 està entre 15 i 87 hores depenent de la HR; pels virus hemorràgics entre 1 i 2 hores i pel virus Vaccinia, T90 de 100 a 180 hores.

Aigües: Clarament el medi en el que s’han fet menys estudis; abunden però els estudis per patògens vírics i bacterianes de transmissió fecal/oral; aquests patògens de Categoria A també poden secretar-se i excretar-se i arribar a rius i llacs. A més tant Franciscella turalensis com Bacillus anthracis poden propagar-se en el medi ambient en absència d’hoste. Yersinia pestis és capaç de persistir per 16 dies en aigües, i si aquestes s’aerosolitzen poden ser infeccioses; novament la ingesta no té una gran capacitat de transmissió, ja que no és la ruta habitual de transmissió. La persistència d’espores de Bacillus anthracis és espectacular i es xifra en dècades o segles. Les formes vegetatives però tenen T90 d’uns pocs dies. Altre cop, la ruta de entrada, “massa original” dificulta molt la posterior infecció. Per virus de la família Hantavirus es precisen de 20 dies per assolir caigudes de 99,9%. Vaccinia virus té T90 de 3 a 5 dies depenent del tipus d’aigua, a temperatures de 19-23ºC.

Terres: Pels virus, els terres funcionen com les fomites i estan subjectes als mateixos agents: temperatura, HR (o activitat d’aigua). Bacillus i Franciscella poden propagar-se en condicions favorables. Y.pestis pot persistir per més de 10 mesos a sols a 4-8ºC, a terres amb un adequat contingut de matèria orgànica i humitat, i per més de 3 mesos a 20-22ºC. Les espores de Bacillus poden persistir per anys, més enllà de la nostra vida.

De tot allò mostrat es poden extreure unes poques generalitzacions:

  • Totes les dades s’han d’agafar amb prevenció; recordem que les cinètiques no són lineals, que és molt habitual una forta inactivació inicial i una lenta inactivació posterior de les partícules infeccioses restants. Si de cas les dades s’han d’agafar com valors mínims, períodes de temps mínims.
  • Sembla que l’estabilitat està promoguda en els ambients aquàtics (particularment favorables per Franciscella tularensis) i és més reduïda en els processos d’aerosolització i persistència en fomites. Com si diguéssim (sobre tot pels virus i les formes vegetatives) la dessecació és garantia raonable de reducció intensa de l’infectivitat.
  • La forma aerosol és transitòria, i “ràpidament” es diposita sobre superfícies líquides (aigües), o fomites (superfícies sòlides). D’aquests compartiments poden tornar-se a donar fenòmens d’aerosolització.
  • Els virus, però, semblen més estables en forma aerosol que les formes vegetatives bacterianes.
  • Vaccinia (model de la verola) i les espores de anthracis són els agents bioterroristes més estables a les condicions mediambientals, en forma natural, no modificada.

Poques conclusions i potser massa generals, pensareu, no?. Però és el que sovinteja a la microbiologia ambiental i més quan bona part de les dades estan classificades.

Però aquesta, aquesta és una altra història.

Comentaris virus-lents (113): El ABC del bioterrorisme.

Què és el bioterrorisme? Aquell terrorisme que vol treure profit de l’efecte de l’alliberament o disseminació intencional de virus, bacteris o toxines, ja siguin naturals o prèviament modificats per l’ésser humà.

El focus no ha de ser necessàriament l’ésser humà. El focus pot estar en els animals o les plantes ja que a un estat, a una població, se la pot posar de genolls també per fam. Recordeu l’epidèmia del virus de la febre aftosa (foot-and-mounth disease virus) a Gran Bretanya el 2001 i el trasbals econòmic que suposà per un país desenvolupat que no tenia d’enfrontar-se a una segona crisi simultània, com seria una guerra.

En condicions “ideals” l’agent ha estat modificat per la mà humana incrementant la capacitat de generar malaltia, o la seva resistència a factors ambientals o a medicines, o millorant la seva capacitat de disseminació. “Idealment” també, interessen agents que tinguin una certa latència, que generin el seu efecte passats alguns dies per dificultar o impossibilitar la recerca epidemiològica posterior. Aquests llargs períodes d’incubació, a més, permetent una més gran penetració de la infecció a la població abans de que sigui possible cap diagnòstic. Així, un únic disseminador (bioterrorista) podria assolir diversos objectius (alliberar l’agent biològic) en diferents llocs abans que l’atac no fos ni tan sols sospitat pel sistemes de vigilància. Encara que un nombre important de persones comencessin a manifestar símptomes no específics pocs dies després de l’atac, a la comunitat mèdica li costaria un cert temps (dies o setmanes) en unir les peces del trencaclosques i provar l’origen bioterrorista de l’epidèmia. Les vies de disseminació són totes les possibles; aire, aigua o menjar.

bioterrorism

L’atractiu dels agents biològics ve de que són relativament fàcils i barats d’obtenir, es poden disseminar amb certa facilitat, i generen una disrupció, un pànic, una histèria, un caos en la població que pot ultrapassar llargament l’efecte real del brot o de la malaltia. Tanmateix l’ús convencional al camp de batalla clàssic té importants limitacions; els patògens no distingeixen banderes i no destrien entre les forces enemigues i les pròpies; ni tampoc entre la població pròpia i l’aliena.

El bioterrorisme no necessàriament cerca causar un nombre gran de morts immediates per fer efectiu; de fet, la majoria del agents biològics estan etiquetats com “agents incapacitants”, que no produeixen malalties letals. Són més “efectius” si incapaciten i posen en tensió els sistemes de salut a l’inundar-los de centenars o milers de malalts infectats, ultrapassant les reserves de medicaments o altres mesures terapèutiques i les instal·lacions d’aïllament o contenció.

Als Estat Units, els agents biològics que tenen potencial per suposar una amenaça greu per la salut i la seguretat pública son etiquetats com “select agents”, o “agents selectes”.

El Centre de Control de Malalties (Center for Disease Control, CDC) divideix aquests agents en 3 categories; A, B i C. Anem per parts:

  • Categoria A: Agents d’alta prioritat, que poden transmetre’s i disseminar-se fàcilment, resultant en altes taxes de mortalitat, amb un fort impacte a la salut publica, i potencials generadors de situacions de pànic. Dintre d’aquest grup es troba Francisella tularensis (causant de la tularèmia), Bacillus anthracis (àntrax), el virus de la verola, la toxina botulínica, Yersinia pestis (causant de la pesta bubònica, veure entrades 69 i 73), i els virus de febres hemorràgiques (no solament Filovirus, com Ebola i Marburg, si no també Arenavirus, com els virus Lassa i Machupo).
  • Categoria B: Agents amb moderada capacitat de transmissió i disseminació i baixes taxes de mortalitat. Dintre d’aquest grup es troben especies de Brucella, Burkholderia, Rickettsia, Coxiella, Chlamydia; Vibrio cholerae (el bacteri, que no virus, del colera), Cryptosporidium parvum; i bacteris de transmissió alimentària com especies de Salmonella, Shigella, Staphylococcus aureus o Escherichia coli enteropatogèniques com la E.coli O157:H7.
  • Categoria C: patògens “naturals” emergents que poden ser manipulats per afavorir la seva disseminació massiva; o agents fàcils d’obtenir o produir, amb altes taxes de mortalitat o amb potencial impacte en salut pública. Dintre d’aquest darrer grup tindríem els Hantavirus (veure entrades 10 i 102), els virus Nipah (veure entrada 102), el SARS coronavirus (veure entrades 35, 36 i 37), o el VIH/SIDA (veure entrades 79, 91, 92, 98 i 104).

De bastant d’ells hem parlat a diferents entrades del blog. Feu una cerca per categories i trieu…si voleu.

Els agents de la categoria A mereixeran una entrada especifica al blog, properament.

Realment ells, els patògens, passaven per allà, bé, ells ja hi eren i som alguns de nosaltres els que els forcem la mà.

Però aquesta, aquesta és una altra historia.

Comentaris virus-lents (108): Seguretat alimentària, la ignorància no es bon plat.

La seguretat alimentària té uns components industrials i ecològics i un component individual com és el que resulta d’estar adequadament informat dels perills i les conseqüències de les infeccions per virus i bacteris transmesos pels aliments…i actuar en conseqüència, és clar.

Hi ha molta informació a les xarxes (entre ella algunes entrades d’aquest blog, com l’entrada 16, dedicada als norovirus i els creuers, però també les entrades 14, 15, 86 i 87, més estrictament associades a la seguretat alimentària) però aquest cop la recomanació és que mireu i viatgeu una mica per l’adreça http://mapaperills.grisc.cat/#

Una adreça institucional, amb informació bàsica però clara i ben estructurada sobre els principals riscos alimentaris que podem patir a Catalunya. És una eina creada pel Centre de Recerca en Governança del Risc (GRISC) de la Universitat Autònoma de Barcelona i l’Agència Catalana de Seguretat Alimentària, àrea especialitzada de l’Agència de Salut Pública de Catalunya. Al meu blog de tant en tant anirem al detall d’un brot o d’un patogen però moltes generalitats queden cobertes amb aquesta eina.

Per que, el que està clar (o més aviat el que no està clar) de la presència dels virus a la cadena alimentària, és:

  • Que no es coneix la proporció de norovius que es transmet per aliments. Particularment la contribució de fruites i verdures, però l’impacte per la salut podria ser significatiu atenent els nivells de consum.

  • El pes que tenen els aliments, incloent-hi el porc i els seus derivats, en la transmissió del virus de la hepatitis E, no està ben apamat però podria ser significatiu.

  • No està clar, amb les evidències disponibles, que el procés de pasteurització estàndard mínim actual de 70ºC per dos minuts pugui inactivar el VHE (o això suggereixen dades experimentals  a partir de productes de porc contaminats experimentalment).

  • El VHE podria transmetre per mol·luscs bivalves (com està demostrat per norovirus i virus de la hepatitis A), ja que s’ha aïllat ARN de VHE als mateixos, però no ho sabem del cert ni podem quantificar-ho.

  • No coneixem la rellevància epidemiològica dels portadors asimptomàtics, aquells que excreten els virus però no mostren símptomes clínics, dispersant-los sense adonar-se’n al cuinar o tocar aliments. Cal afegir, si no apliquen normes bàsiques d’higiene, que en principi redueixen força la probabilitat de transmissió.

  • No es fàcil trobar consells clars i coherents sobre la preparació d’aliments; com manipular-los per evitar contaminacions creuades amb superfícies, o fomites, i altres aliments i consells de cuina per reduir riscos més enllà del ja sabut “cocció prou temps”. Per exemple, en carn contaminada amb Salmonella i Campylobacter seria millor no rentar-la amb aigua d’aixeta per evitar la dispersió del patogen per fomites o superfícies properes; taules de tallar, marbres, plats, gots, degut a les esquitxades.

I no parlem del riscos de bacteris, no són estrictament al meu camp d’experiència, i de riscos químics, que desconec com a professional. Cal anar més endins, més enllà en la recerca i alhora s’han de facilitar consells més clars als consumidors. Perquè la ignorància no és plat de grat de ningú. O no hauria de ser-ho.

 

Però aquesta, aquesta és una altra història.

Comentaris viruslents (99): Més virus que estels al firmament.

Quan parlem de virus, al cap ens venen immediatament la idea de grans números. Així, a poc que hagin patit gastroenteritis recordaríem que entre 108 i 109, entre 100.000.000 i mil milions de virus (veure entrada 16), s’alliberen en cada gram de femtes. També, si hem patit la grip, potser ens hem assabentat que cada cèl·lula infectada pot produir fins a 10.000 noves partícules víriques. En pocs dies de producció vírica al nostre cos podem haver arribat a generar milers de milions de virus. Tot un mon (la població humana a la Terra, per exemple es troba ara per sota dels 10.000 milions).

Algunes estimacions parlen de més de 1030 virus en el planeta Terra. Més que estels al firmament (sempre que considerem que l’univers no és infinit, és clar, o que hi ha més univers que el que veiem). I us preguntareu, com s’han arribat a aquestes estimacions?

Bé, la primera possibilitat es comptar els virus a partir de mostres. Suposa agafar petites parts del tot (del terra, de diferents aigües, del fons oceànic,assumint que són prou representatives), comptar els virus presents (fent servir el microscopi electrònic, per exemple) i extrapolar (bàsicament, multiplicar pels volums no analitzats). Com més mostres avaluem més refinarem el càlcul, més ens aproparem a la realitat. No està malament però així únicament trobarem els virus fora dels organismes, i ja sabem que els virus són paràsits intracel·lulars que solament es propaguen dins altres organismes.

Podem llavors cercar alguna pista de la seva presència, com pot ser el seu genoma, ADN o ARN. Tenim eines molt potents per amplificar aquestes senyals, més potents que les eines de microscòpia. Fent això s’ha descobert que els mars són brous de ADN viral, que estan plens de virus, que de fet la majoria dels virus resideixen allà. Cap sorpresa, ja que la majoria de la vida resideix als oceans, i ja hem dit que els virus depenen d’altres vides. No es tracta, però, de virus que afectin humans (directament) si no que infecten bacteris, i que s’anomenen bacteriòfags (bacterio-fag, fag prové del grec clàssic “devorar, menjar”).

Els bacteriòfags són majoritàriament virus ADN. Però influença, el virus de la grip, per exemple, és un virus ARN. Els virus amb genoma ARN no són habituals com a devoradors de bacteris però si tenen la mà trencada infectant eucariotes (plantes, fongs, protozous, i sí, tots els vertebrats i mamífers, també).

Les tècniques moleculars que detecten ADN són diferents d’aquelles que detecten ARN; per tant si fem solament unes ens perdem la informació de l’altre vessant.

Quan combinem ambdues eines, o ens esforcem en cercar virus ARN, la conclusió que emergeix és que els virus ARN suposen una part força significativa del material viral a l’oceà, al voltant del 50%. Aquesta és la conclusió d’un estudi publicat al Mutidisciplinary Journal of Marine Ecology el 2013 (veure enllaç al final de l’entrada) Això no deixa de ser sorprenent perquè els hostes procariotes (els bacteris) ultrapassen en molt el nombre d’eucariotes (que hostatgen els virus ARN).

Una possible explicació rauria en que els eucariotes són molt més eficients com a incubadors de virus; una única cèl·lula eucariota pot vomitar molts més virus que un únic bacteri. L’altre, no indicada pels autors, seria que els oceans són els col·lectors de tot allò generat als continents i potser una part d’aquest comptatge no és específicament marí.

I tinguem present que qualsevol estimació es probablement sempre una sub-estimació absoluta (partint d’una mostra representativa). Quan quantifiquem sempre hi ha una fracció del material, d’allò a comptar, que queda fora del nostre abast (per mètode imperfecte, no he vist encara un mètode amb un 100% d’efectivitat; presència de material interferent; i fins i tot els marcs mentals dels investigadors).

En qualsevol cas i amb les degudes prevencions (una mostra d’aigua costanera, què passa dins els oceans i al fons dels oceans?; mètodes indirectes que no permeten assegurar si tot el ARN descrit és víric; eficiència de la tècnica d’aïllament i purificació no establerta) aquest estudi duplica de cop el nombre de virus al planeta ja que el valor de 1030 es referia bàsicament a virus ADN. Clar que en un món, el víric, en el que ens movem en log10 (logaritmes, factors de 10) doblar és un no res.

 

Però aquesta, aquesta és un altra historia.

 

Font original

http://www.nature.com/ismej/journal/v7/n3/full/ismej2012121a.html

Comentaris virus-lents (87): Norovirus i maduixes; una amistat perillosa.

Un cas que he volgut recuperat a partir de la última entrada sobre les maduixes contaminades és aquell que va afectar a quasi 11.000 escolars alemanys que van sofrir diarrees i vòmits a Octubre 2012, que finalment les autoritats lligaren a maduixes congelades importades de Xina, relació aquesta negada per les autoritats xineses.

Aquest brot va suposar el brot més gran de malaltia infecciosa alimentària ocorregut a Alemanya. La investigació va posar de manifest que l’agent causal fou norovirus, lligat al consum de les esmentades maduixes ultra-congelades contaminades.

berries and norovirus ehp.121-a148.g001Les institucions afectades van oferir plats que contenien maduixes dos dies abans de la manifestació aguda dels símptomes (els norovirus tenen un període de incubació de 24-48 hores) i en alguns centres, a cada dia que posaren aliments que contenien maduixes li seguia, a les 48 hores, brots de persones amb vòmits i diarrees, generant onades de petits brots successius.

Com es pot entendre per la quantitat de persones afectades va ser un brot multi-estatal (5 estats federats), a escala federal. Es van detectar casos en 390 institucions. Les maduixes van ser preparades per diferents equips a diferents cuines industrials. This outbreak has shown that the consumption of deep-frozen berries can make you ill, if they are not or only insufficiently heated before they are eaten”, digué el Professor Dr. Andreas Hensel, President del Institut Federal d’avaluacions de Risc (BfR). Un cop manifestat el brot en tota la seva intensitat, quan s’analitzà el lot de maduixes emprat es pogué detectar norovirus i l’anàlisi genètica revelà diversos genotips de norovirus de genogrups I i II equivalents tant a les maduixes com a les mostres humanes. Aquesta barreja de virus, juntament amb la gran escala del brot, dóna suport a la hipòtesi que l’ús d’aigua contaminada, que arreplegaria contaminacions diverses prèvies, en la producció de les maduixes, va ser al responsable del brot.

Les maduixes poden entrar en contacte amb els norovirus en diferents moments durant la seva producció o manipulació. Per exemple, durant el seu creixement si es fan servir per irrigar-les aigües contaminades o no prou depurades o bé s’abona amb materials contaminats. Addicionalment, les persones infectades amb norovirus i que puguin estar manipulant aliments poden estendre el virus durant la collita o l’empaquetat de les maduixes. Pel que fa a les maduixes ultracongelades els norovius també podrien haver entrat amb l’aigua que s’afegeix com a part del procés de ultra-congelació.

norovirus

Micrografia electrònica de norovirus.

Per més detalls dels norovirus en un sistema tancat, com pots ser una escola o un creuer, consulteu l’entrada 16. Pels que no tingueu temps, un resum. Els norovirus, uns molt petits virus sense embolcall, causen una diarrea aguda amb vòmits en essers humans independentment de la seva edat, amb una molt considerable pèrdua de fluids. Per nens de curta edat i per persones malaltes i d’edat avançada, la malaltia pot esdevenir severa i amenaçar la vida en els casos extrems. Dels prop 11.000 casos que ens ocupen, 38, per la seva gravetat requeriren hospitalització.

norovirus-2

D’acord amb la informació disponible fins ara, els norovirus són uns dels virus més estables que es coneixen i el perill no pot venir solament de matèries primeres (maduixes en el cas que ens ocupa) crues o fresques si no també quan aquelles són dins plats escassament escalfats o cuinats. Per tenir una seguretat “absoluta” és necessari que tots els elements i punts del menjar arribin per sobre dels 90ºC durant un temps mínim. Únicament així s’inertitza, es mata, el virus. I recordem que la dosi infectiva d’aquest virus, la quantitat de virus necessària per generar malaltia, és molt baixa.

norovirus vital-signs-transmission-lg

Com de mica en mica s’omple la pica i els casos d’aliments de procedència xinesa amb problemes sanitaris són relativament habituals, des del 1 de gener de 2013, un reglament de la Unió Europea (UE)  requereix que un 5% de les trameses de maduixes congelades importades de la Xina a la UE siguin sotmeses a proves per detectar norovirus. Tot això i il·lustra el risc de grans brots en l’era del comerç mundial d’aliments. Avui dia, volums sense precedents de productes (en aquest cas 22 tones) es distribueixen a un gran nombre de mercats de tot el món, amb una celeritat impensable fa poques dècades, i tot això augmenta el risc per a la seguretat alimentària. Els sistemes de vigilància de la salut pública s’han d’adaptar a aquests desafiaments i, per exemple, ser capaços de detectar brots àmpliament difosos causats per aliments.

Però aquesta, aquesta és una altra història.

Comentaris virus-lents (86): Les maduixes les carrega el diable…alguns cops.

El virus de la hepatitis A és un virus de transmissió fecal-oral. Per tant, que algunes persones s’infectin, de tant en tant, com a conseqüència d’haver menjat baies, fruites del bosc, molts cops venudes congelades, fa pensar en errades en els mecanismes de collita i processat de les mateixes. Això és el que ha passat aquestes darreres setmanes a Austràlia, amb un mínim, per ara de 9 persones afectades. I , pel que fa a la hepatitis A, la causa és humana, no és una malaltia zoonotica. En aquest cas les fruites del bosc retirades provenien de Xina i Xile, però van ser manipulades i empaquetades en la seva presentació final a Xina (on la hepatitis A és endèmica). Les autoritats australianes han retirat a escala nacional els paquets de mig i un quilogram de producte fresc congelat afectat.

berries Nana's supermarket & news

Pel professor Tamplin (Univ. Tasmània, Austràlia) no és just culpar exclusivament al Tercer Mon d’aquests brots infecciosos de transmissió alimentaria; així, s’ha calculat que els EEUU son responsables del 70% de les seves pròpies malalties alimentàries. Concretament, el 2013 es donaren 50 casos d’infecció per hepatitis A. Res però comparable amb el brot que afectà vora 300.000 persones a Shanghai el 1988, com a conseqüència de menjar marisc contaminat amb el virus.

El virus de l’hepatitis A és altament infecciós, té una dosi infectiva molt baixa, d’unes poques partícules víriques, i pot causar disfuncions greus al fetge que poden requerir el seu transplantament. En el camí d’aquesta afectació causa febre, malestar general, pèrdua de gana, nàusea, dolors abdominals i una prou típica coloració groguenca de ulls i pell (la icterícia).

Hepatitis_A_virus_01
Micrografia electrònica del virus de la hepatitis A

Si ajuntem la baixa dosi infecciosa amb el fet que, un cop infectada, una persona pot alliberar milions de virus per gram de femta, i que si aquesta arriba al aigua, i aquesta aigua es fa servir corrent avall per regar camps amb fruites del bosc, les probabilitats d’infectar-se a partir d’elles no és potencialment tan baixa, tenim el fil causal complert.

berries 1
Si tenim fruites del bosc congelades i volem menjar-les de forma segura

n’hi ha prou amb bullir-les 1 min abans del seu consum.

I un cop el virus contamina aquesta mena de productes, que s’emmagatzemen en congelació, i que es consumeixen molt sovint frescos, sense cocció, pot ser difícil eliminar aquesta contaminació.

I és que la congelació no li fa res a aquest virus. Bé, de fet no li fa res a la infectivitat de la immensa majoria del virus ja siguin petits i sense embolcall (com el virus de la hepatitis A, però també el virus de la poliomelitis, o els norovirus, veure entrada 16 … i els creuers laxants) o grans o embolcallats (con el virus de la SIDA, o el virus Vaccinia, o…). La congelació, que evita la proliferació bacteriana i que de fet mata molts bacteris, no té un efecte general en els virus, que això sí, no poden créixer fora de l’hoste, no poden multiplicar-se als aliments.

I una darrera implicació. Les autoritats australianes implicades a les donacions sanguínies, els bancs de sang, prohibiran a tothom que hagi consumit les baies afectades la donació de sang com a mínim els propers dos mesos (el període d’incubació de la malaltia pot arribar als 50 dies, encara que la mitjana està en les 4 setmanes) i han demanat a tothom que donés sang desprès de l’1 de novembre del 2014 i que les hagués consumides per aquella època que ho comuniqui. I això es deu a que aquest virus dona virèmia, circula per la sang de les persones infectades, en quantitats no menyspreables. Si una donació està infectada, aquesta, al barrejar-se amb altres (fer “pools” és molt freqüent a l’industria dels hemoderivats) pot contaminar-les totes i, encara i la dilució, la seva baixa dosi infectiva pot fer que cadascun, o molts, dels vials o preparats generats estiguin contaminats i escampin més la infecció.

Perquè ser un virus de transmissió fecal-oral no implica que no es pugui transmetre per altres vies.

Però aquesta, aquesta és una altra història.

Comentaris virus-lents (46): Virus i radiació solar, SODIS, una “spin off” de l’entrada 45.

El juny 2012 les Nacions Unides informaven que el 11% de la població mundial (uns 800 milions de persones) no tenien accés a subministraments d’aigua microbiològicament segurs i la previsió era que aquesta situació no milloraria gaire els propers anys.

 

La inactivació per radiació solar (veure entrada relacionada 45 pel cas d’Ebolavirus) és un mètode molt barat i que no requereix cap instal·lació tecnificada per reduir la incidència de malalties gastroenterítiques en zones pobres o molt pobres amb subministrament d’aigua compromesos i/o sistemes de depuració malmesos o inexistents. El procediment, que alguns abreugen com SODIS (SOlar DISinfection) suposa col·locar l’aigua que es vol consumir en ampolles de sistemes plàstic (habitualment PET) transparents tancats i deixar-les en posició horitzontal preferentment sobre planxa o terra durant el dia (mínim 6 hores), particularment en el període de màxima insolació. Hi ha abundant bibliografia que quantifica un descens de la gastroenteritis en poblats o comunitats on s’aplica aquesta tècnica a l’Africa, Àsia i Amèrica.

tratamiento-agua-solar_gif

SODIS_map-fr_svg

 

Nombrosos estudis han comprovat i quantificat a nivell de laboratori la disminució de la càrrega de bacteris o virus de transmissió fecal-oral mitjançant SODIS. Així, en condicions de laboratori s’han detectat caigudes de 5 log10 (en escala percentual suposa passar de 100.000 bacteris inicials a 1 bacteri final) per Campyloabacter jejuni en menys de 1 hora d’exposició; d’Escherichia coli enteropatogènica en menys de dues hores; 4 log10R de Yersinia enterocolitica en 3 hores. Un exemple d’inactivació el tenim a la figura 1. Partint de 6 log10, que és una altra manera d’expressar 1.000.000 individus, tenim inactivacions totals en 4 o 6 hores d’alguns bacteris. L’efecte del cel és dramàtic però; mireu con les cinètiques d’inactivació canvien quan passem de cels radiants (a), a cels amb nùvols i clarianes (b) o cels coberts (c) (veure Figura 2). Per contra els cists de protozous com Cryptosporidoum o Giardia son més resistents com també ho son els virus entèrics clàssicament responsables de gastroenteritis com rotavirus, calicivirus i astrovirus, on l’inactivació amb prou feines arriba a 1 log10 (recordem, però, que això és una caiguda del 90% de la càrrega vírica inicial). Però en condicions de camp les dades son també irrefutables. Aquesta senzilla tècnica redueix a la meitat la disenteria i les diarrees infantils allà on s’aplica.

SODIS inactivació bacteriana

 

journal.pone.0090743.g004

Figura 2

Els avantatges d’aquest sistema son:

  • Baix cost, necessari perquè les comunitats afectades per manca de subministrament acostumen a ser molt pobres.
  • Fàcil de fer. No requereix cap protocol complicat o difícil de seguir.
  • Sostenible; no requereix consumibles que siguin cars o difícils d’obtenir.

 

L’aigua no ha de ser massa tèrbola. Si ho és, és millor deixar-la reposar o bé filtrar-la a través d’una gassa o teixit per retenir el material particulat gros ja que fa “ombra” dins les ampolles a la acció de la radiació solar. Evidentment sota aquestes condicions l’aigua s’escalfa però els estudis semblen demostrar per la majoria dels patògens que és el component de radiació ultraviolada del Sol el que fa l’efecte majoritari de la inactivació i no l’augment de la temperatura.

 

L’activitat microbiocida pot millorar-se:

  • Deixant les ampolles plenes damunt superfícies reflectants (metàl·liques) per incrementar la quantitat de llum que es absorbida. Si això és massa car làmines de paper d’alumini folrant exteriorment la part de l’ampolla que descansa al terra és prou efectiu.
  • Deixant els ampolles sobre una superfície fosca, negre, per incrementar l’escalfament.
  • Agitar els ampolles plenes fins a 2/3 un mínim de 30 segons abans de tancar-les hermèticament, per augmentar la quantitat d’oxigen dissolt a l’aigua. La incidència del Sol (particularment del component UVA)sobre el oxigen dissolt generarà unes especies d’oxigen inestables (oxigen singlet, peròxid de dihidrogen també conegut com aigua oxigenada, ions superòxid, i radicals hidroxils) però altament reactives que ajuden a al inactivació

SODIS bottles

Suposo que tots sabem que temperatures per sobre dels 56-57ºC desnaturalitzen les proteïnes i per tant inactiven els virus i els bacteris que com nosaltres som una munió més o menys organitzada de proteïnes, lípids, sucres i genoma. L’aigua dins les ampolles rarament arriba a aquesta temperatura; proves embolicant ampolles amb paper d’alumini han mostrat un augment de temperatura quasi equivalent i una reducció molt menor de patògens bacterians o vírics que ampolles amb la mateixa aigua deixades sense embolicar i patint la mateixa insolació.

 

Evidentment hi ha altres tecnologies desitjables per ser més eficients però també son més costoses d’instal·lar i mantenir en el temps. I no responen moltes vegades a les situacions d’emergència real. Així la OMS i la UNICEF des de 2005 reconeixen la validesa del SODIS com a tractament d’emergència de resposta ràpida i curta a desastres naturals i situacions de crisis humanitàries.

sodis bottles at village

Si sou de safari o de trekking “salvatge”, evidentment les pastilles de clor seran més segures, i sobre tot, més ràpides, però si algun cop esteu en un atzucac perquè s’han acabat les pastilles recordeu aquest consell. No és perfecte però pot ajudar a reduir la càrrega bacteriana o vírica de l’aigua del vostre voltant. Jo ho faria, si em trobes en la situació.

 

Però aquesta, aquesta és una altra història.