comentarisviruslents

Aquest blog és una seguit de comentaris personals i probablement poc transferibles sobre ciència i política.

Archivos por Etiqueta: MERS coronavirus

Comentaris virus-lents (248): Biocontenció i SARSCoV2; accidents i SARSCoV2; la intersecció no és zero, òbviament. Notes personals.

Aprofitant aquesta noticia del BMJ (https://www.bmj.com/content/374/bmj.n2023) i responent l’enquesta que vaig circular fa un parell de dies en el que m’autoritzeu, per aclaparador majoria, a donar-vos la brasa amb això de la #Bioseguretat i la #biocontenció i com es relaciona amb les vacunes vs els efectes de la #CoVID19 causat pel #SARSCoV2.


Aquí que anem. Primer, al món de la recerca amb patògens hi ha 4 nivells de Bioseguretat (des de la bona praxi microbiològica mínima, nivell 1 fins el que s’anomena màxima biocontenció, el nivell 4, on es manipulen els patògens més perillosos, com filovirus, arenavirus, nipahvirus, virus de la febre hemorràgica CrimeaCongo, etc.). Únicament un graó per sota es troba @cresa_r, en el que s’anomena nivell d’alta biocontencio, o nivell 3 de Bioseguretat, o NBS3. Per sota està el nivell 2, o NBS2, que és el propi de la majoria de laboratoris de recerca universitaris o de clínica hospitalària. Entre NBS1 i NBS2 hi ha diferencies, entre NBS2 i NBS3 hi ha MOLTA diferencia, i entre NBS3 (tal com la interpreta @cresa_r) i NBS4 torna ha haver-hi poca diferència, i es que el NBS3 de CReSA treballa no només amb petit animal sinó amb animal de granja, ja que desenvolupa recerca en el camp de les malalties animals (i des de fa més d’una dècada, en les zoonotiques).


Simplificant molt, un NBS1 és una habitació amb equipament de microbiologia, on un porta bata, i treballa, amb bona praxi, amb microorganismes que mot difícilment causen malaltia en personal immunocompetents.

En un nivell 2, NBS2, la mateixa habitació pot disposar del mateix equipament més una cabina de seguretat biològica, #CSB, un equip com això,…..

que funciona com a #barreraprimària i dintre de la qual es treballa amb les mostres o processos que poden generar aerosols. En aquest nivell, treballen amb patògens que si poden generar malaltia en el treballador, però que difícilment es transmetria a la comunitat. Seria el cas de salmonel·la, campilobacter, norovirus, astrovirus, que causen diarrea, el virus de la grip estacional, rinovirus i coronavirus estacionals (229E, OC43, HKU o NL63). Un autoclau, que permet inactivar allò amb el que treballem un cop esdevé residu, ha d’estar a la vora del laboratori, o millor, a dins. I a la porta del laboratori es posa ja un senyal de perill biològic.


El salt tecnològic gran, i el salt en els costos de la instal·lació es donen quan volem passar d’una instal·lació NBS2 a una NBS3, sobre tot si es volem fer proves pre-clíniques amb animals per desenvolupar vacunes o antivirals.
I per què ens cal un NBS3? Doncs perquè passem a treballar amb patògens del grup de perill 3, que ja poden provocar fàcilment malaltia greu o mortal al treballador i que tenen CERT potencial de transmissió a la comunitat. Aquí van de cap tots els patògens respiratoris, com grip aviaria altament patogènica, els diferents coronavirus zoonotics, però també virus de febres hemorràgiques com #RVFV, #WNV, i també arbovirus com #Chikungunya, i bacteris respiratoris com Mycobacterium i… molt més. Capítol apart són els virus exclusivament animals, com virus de la pesta porcina africana o virus de la pesta porcina clàssica pels que no hi ha vacunes i pels que no ens interessa cap dispersió a l’exterior del laboratori per obvis motius econòmics i afectació a sectors productius.


I aquí està el canvi de paradigma, per mi.


En NBS2 ens preocupem de no infectar-nos i no necessitem més que la barrera primària de la #CSB, i una bona praxi (bàsicament ser polit i endreçat) per assolir-lo. En #NBS3 la preocupació és DOBLE. El risc d’infectar-nos de quelcom greu és força més alt i això implica un salt important en qualitat i disponibilitat de EPIs però estem tant o més preocupats en assegurar-nos la contenció de l’activitat, que res amb el que treballem surti FORA perquè els efectes podrien ser molt seriosos.


Per començar, oblidin-se de l’habitació del NBS1 i NBS2. I oblidin-se, llevat casos molt particulars, d’adaptar una instal·lació ja existent. Probablement fracassaran. Un NBS3 es dissenya per funcionar com alta biocontenció, i el disseny i la construcció és de l’ordre de 3-4 vegades més cara que un NBS2 d’àrea equivalent. Els adjunto un parell de plànols i després d’explicar un parell de conceptes generals els enumero que cal per tenir un NBS3 mínimament presentable i com això permet fer amb seguretat els estudis amb #SARSCoV2.

Instal·lació 2 exterior i a sota tall de la mateixa instal·lació

Les imatges ja els hi donen una idea; gairebé tots els nivells de Bioseguretat 3 de màxim nivell treballen amb els conceptes de sistema Sandwich i “box in a box”.


El sistema Sandwich és fàcil d’explicar, imaginin-se que el treball és la llonganissa i que necessita una llesca de pa per sobre, que s’encarregarà de filtrar tot l’aire potencialment contaminat de la instal·lació i una altra llesca, per sota, que permetrà una gestió de tots els residus líquids i sòlids que generen animals i persones. Això és el que veuen a les imatges, i esquemes, que són de dos instal·lacions reals, però no de @cresa_r encara que s’assembla força. Hi ha una qüestió que emergeix, immediatament, oi? Sí, instal·lacions molt cares ja que per cada m2 útil tens un mínim de 2-3m2 que donen servei, en certa manera, “inútils”.


L’altra concepte és el box in a box que vol dir que en cada instal·lació tenim petites unitats de biocontenció, independents, dins d’una unitat de biocontenció major.


Això ens garanteix poder treballar amb seguretat amb diversos patògens a l’hora sense barrejar-los, sense contaminació creuada.


Que ens cal per tenir una unitat d’alta biocontenció d’alt estàndard i funcional?
• Un accés amb dutxa i vestidors exteriors i interiors. Accés del personal controlat i restringit.
• Una pressió negativa constant, en cascada decreixent, a tota la instal·lació.
• Una filtració absoluta de tot l’aire de sortida, potencialment contaminat, per filtres HEPA (doble etapa, millor que una de sola).
• Sales experimentals independents, cadascuna amb el seu sistema de dutxa o de preparació de EPIs; han de tenir el seu propi sistema de filtració absoluta.
• Sistemes barrera (airlocks, autoclaus) per entrada de materials i sortida controlada de residus.
• Tanques de descontaminació d’efluents.
• Sistemes d’eliminació de carcasses animals (incineració, digestió alcalina, autoclau).
• Sistema automàtic de gestió de paràmetres crítics amb històric absolut de totes les incidències i problemes.
• Control d’estocs de material biològic infecciós (i especialment aquell sensible, o associat a GoF o a DURC).
I més però aquest són rellevants… i continuarem en com això es relaciona amb #SARSCoV2 més tard.

(continuació…)

I ara posem-nos en situació, sorgeix un nou virus, en aquest cas #SARSCoV2 que desencadena una pandèmia i hi ha necessitat de vacunes i antivirals. Però clar, no es pot manegar el virus i els seus cultius i fer proves de la seva infectivitat en laboratoris convencionals ja que per la seva perillositat se li ha assignat internacionalment un grup de perillositat, hazard group, de 3. Tot d’una tots els centres de recerca convencional i els laboratoris de microbiologia hospitalaris no poden FER CRÈIXER el virus, només poden fer confirmació de presència per PCR o ELISA de detecció d’anticossos. En ser un HG3 la recerca amb el virus #SARSCoV2 queda circumscrita a aquelles instal·lacions amb nivell de Bioseguretat 3, que tenen les condicions que comento en l’enllaç a un enfilall previ. A Catalunya, d’instal·lacions que tinguin la capacitat de treballar amb el virus #SARSCoV2 infecciós hi ha poques (em sobren dits de les dues mans) però que puguin treballar amb #SARSCoV2, que tinguin experiència amb altres #coronavirus zoonotics com #MERSCoV i que a més, tinguin més de 15 anys d’experiència en estudis pre-clinics de registre de vacunes en models animals diversos només hi ha UNA instal·lació, IRTA-CReSA.

Si qualsevol empresa, catalana posem pel cas, però de més enllà també, té un desenvolupament, un prototip vacunal a testar vs #SARSCoV2 té la possibilitat de fer-ho a les seves instal·lacions o subcontractar. A Catalunya, imho, només una empresa té un NBS3 state-of-the-art de bona capacitat. No és normal que un empresa tingui una unitat #NBS3, pel tema de costos que vaig explicar també més amunt. Per tant l’activitat es subcontracta, i aquí és on entra @cresa_r, que té la instal·lació, el personal format i les capacitats; en aquest cas una inversió pública, com és IRTA-CReSA (i aquí caldria dir inversió pública catalana perquè l’Estat només té ulls pels centres de Madrid) ha fet també transferència de coneixement intangible a empreses que ho necessiten i que ja els avanço han estat més de 2 o 3. Les unitats d’alta biocontenció són estructures molt complexes que, quan calen, no es poden fer en 4 dies…de fet ni en 4 anys, si considerem disseny, construcció i validació de l’operativitat. Per això cal tenir-la activa, i greixada per la pròxima #zoonosi. #OneHealth #SARSCoV2 #CoVID19Catalunya

Bonus track; mig amagat en el text principal surt “ Sistema automàtic de gestió de paràmetres crítics amb històric absolut de totes les incidències i problemes” i “Control d’estocs de material biològic infecciós (i especialment aquell sensible, o associat a GoF o a DURC)”. En un laboratori de nivell 3, ben portat, se sap que hi ha, i es registren, incidències i errades. I n’hi ha, ningú pot dir que NO ha tingut mai cap incidència o accident. Per això crec que la opció de #labaccident NO pot ser descartada en absència de proves, més que res perquè la més probable, el salt zoonotic ho és solament de forma molt circumstancial.

Però aquesta, aquesta és una altra història.

Comentaris virus-lents (245): Raons que jo conec i entenc per vacunar-se versus SARSCoV2

Començaré fort. Si no arribem a taxes de vacunació entre el 50-70% l’efecte de les vacunes vs SARSCoV2 es veurà clarament compromès. Recordin que les vacunes no ens protegiran, el que ens protegeix és la vacunació, i com més estesa en l’espai geogràfic i grups d’edat millor. I la rapidesa amb que s’han obtingut aquestes vacunes fa malfiar alguna gent; òbviament hi ha els que no se la poden posar per estar en grups particulars on el quocient benefici/cost no és favorable (immunocompromesos per exemple, gent amb certes patologies) però també estan els a-mi-no-em-passarà-res, o els jo-no-la-necessito, jo-controlo, i després els conspiranoics, aquests ja directament estúpids.

Com és possible que hagin trigat NOMÉS 11 mesos en aprovar una vacuna? Si abans s’estaven anys, 5, 7 anys per aprovar-les, oi? Algunes coses que explicaré ara són producte de lectures, altres són fets comentats per amics/gues que treballen en aquest camp. Únicament els hi diré dues coses; el rigor en tot aquest procés ha estat el mateix de sempre; la transparència és clarament millorable, perquè potser no s’ha explicat prou ni prou bé.

 

Jo ho vaig dir en el seu moment; si les agencies reguladores independents donaven el vistiplau a una vacuna jo me la posaré, sí o sí, quan em toqui (com em poso la de la grip, sí, aquesta de la que molta gent passa). Són les mateixes agencies que regulen l’aprovació dels antibiòtics, o un anti-cancerigen. La diferència és que en aquests darrers casos, “de perduts al riu”, ja que volem tractar problemes. Per contra, amb les vacunes estem tractant amb una eina pre-exposició al patogen, que s’administra a les persones sanes, i llavors, com som molt filiprims, tolerem poc qualsevol efecte secundari, quan ens pot salvar la vida tant o més que un antibiòtic o un anti-cancerigen.

Molt bé, però, per què tenim vacunes administrables en 1 any des de l’emergència del patogen, SARSCoV2?

Primer, la tecnologia del mRNA NO és nova. Poden veure… https://www.nature.com/articles/nrd.2017.243. I havia tingut ja un recorregut en el camp dels tractaments anti-cancerigen https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC4668311/ o https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC4514038/ com un cas específic. Estem parlant del 2014 i 2015. El que necessitava era un impuls, i dissortadament o per sort, tota moneda té dues cares, SARSCoV2 l’ha donat.

Segon, per les vacunes no basades en el mRNA, tampoc es partia de zero perquè des de fa molts anys hi havia grups de recerca treballant en vacunes per a virus semblants (Ebola, pel que tenim vacuna des de 2018, la #ervebo de Merck; MERS per la que no tenim encara però sí s’ha treballat molt en diverses plataformes; aquí el centre on treballo, CReSA té una gran experiència i és del 3 centres al món on es poden fer els estudis amb model animal, etc.).

Tercer, alguns projectes amb altres coronavirus havien arribat a assajos de fase clínica 1, i això també s’ha aprofitat.

Quart, s’ha invertit una quantitat de diners que fa feredat (com de diferent ens aniria si es gastessin habitualment en això i no en tancs, o submarins que no suren, etc.), i els diners, ja ho saben, fa anar tot molt més ràpid. Però quan t’hi va la pell suposo que tots estarem d’acord que no és mala inversió.

Cinquè, la recerca s’ha llegit en temps real; els pre-prints han volat i el coneixement s’ha compartit immediatament; els revisors han revisat com si no hi haguessin nits; això ha provocat cert soroll de fons i un biaix mediàtic, ocasionalment tremendista, però és indubtablement positiu i accelerador.

Sisè, s’han solapat fases clíniques, i altre cop aquí, podríem queixar-nos perquè NO s’havia fet abans!! No s’esperava a les dades d’una fase per començar l’altre, és un risc però si el risc te’l cobreixen, i sempre que tinguis una base de coneixement coherent no és un tret a les fosques, possiblement podràs aprofitar tot el cos de dades generat.

Setè, els assajos clínics de fase 3 han reclutat desenes de milers de persones en temps rècord, i no solament perquè la pandèmia era rampant (saben que uns dels problemes d’acabar de desenvolupar i provar la vacuna de ebola era que MAI aconseguien provar-la en un grup prou gran de persones? va tenir que venir l’enorme brot de ebola a Sierra Lleona, Guinea i Libèria, al 2014-16 amb 29.000 infectats per poder-la provar, i el brot a República Democràtica del Congo, del 2018 al 2020 va permetre ja la seva aprovació) sinó perquè tots els comitès i acords entre les empreses que executaven els assajos clínics no trigaven mesos si no dies en formalitzar-se. CoVID19 ha tingut total prioritat i de fet la resta d’assajos d’altre medicaments per altres malalties han quedat molt frenats, que no aturats.

Vuitè, les agencies reguladores han prioritzat tot el que tenia a veure amb avaluació continuada, reduint al mínim els temps d’espera; diguem que han desvestit tota la burocràcia i s’han quedat en allò essencial i realment necessari que és l’avaluació de les etapes sense saltar-se’n cap. Altre cop la pregunta aquí és, i per què NO abans? Fem-ho bé i ràpid, si hem pogut un cop.

Novè, s’ha produït la vacuna a risc, un concepte molt capitalista però amb la xarxa de seguretat dels governs. Els governs han decidit invertir com a socis capitalistes en una empresa arriscada; com els que noliejaven naus per comerciar, fa uns segles, quan la probabilitat que aquestes naus tornessin era baixa. S’ha produït les formulacions, una de les quals es comença a administrar avui fora dels grups d’assajos clínics, sense saber si eren efectives, només se sabia que eren prou segures. Això permetrà administrar milions de dosis les primeres setmanes perquè ja han estat produïdes. Però, compte, la producció i la logística que ens espera aquest 2021 serà diabòlica i jo no crec que s’acompleixi l’escenari optimista de milers de milions de dosis a finals de 2021. Per això, si li toca, posi-se-la.

Desè, les agencies reguladores, i els governs han fet una valoració de la relació cost benefici, que també ha de fer vostè. Que és millor, més de 15 mil morts a Catalunya, i més de 70 mil morts a Espanya i mantenim “impasible el ademan” i no es posen la vacuna o posar-se la vacuna i que en un de cada 100.000 o 1.000.000 casos tinguem un efecte advers?. Ja no parlo de una mica de maldecap, dolor en el punt d’administració, unes dècimes de febre o malestar general si no una cosa més greu. A l’altre costat de la balança, i assumint que #SARSCoV2 deixat al seu aire ens infectarà gairebé a tots en algun moment, comptin un 3% d’hospitalitzats i al voltant d’un 1% de mortalitat. Això a Catalunya serien 77.000 persones. Si vostè coneix a més de 100 persones, i deixem campar a #SARSCoV2, una d’elles, com a mínim, morirà de CoVID19.

Jo si tinc una eina, l’empro. I demano a la gent que l’empri amb mi. Quants més l’emprem més poderosa serà la eina i els seus efectes.

Clar que això també es podria aplicar al tests ràpids; però aquesta, aquesta és tota una altra història.

Comentaris virus-lents (230): Corona creixent; algunes notes sobre desinfecció.

 

Aquesta és una entrada sobre persistència i inactivació vírica aplicada al nou coronavirus, nCoV2019, o coronavirus de Wuhan, en la que no posaré cites, i que es basa en el que recordo de lectures prèvies, algunes de fa dècades; si cal en un altre moment anirem a les fonts, algunes de les quals ja estan al meu TimeLine de Twiter.

 

Primer, el nou coronavirus 2019 és un virus embolcallat, com a membre de la família Coronaviridae. Per definició, i en general, els virus embolcallat són més sensibles als tractament químics i tèrmics que els virus no embolcallats (per exemple, poliovirus, rotavirus, astrovirus, calicivirus, etc.). I això aplica també als paràmetres ambientals que determinen la supervivència dels virus a l’ambient como són la temperatura, la radiació solar amb el seu component de llum ultravioleta (òbviament això no té cap impacte dins els edificis), la humitat relativa, i els factors biotics que aquí no juguen gaire paper. Això és bo, un virus respiratori no embolcallat que aguantés setmanes seria un malson.

 

 

SARS portada EID

 

 

Segon; els virus, a diferència dels bacteris, NO poden incrementar el seu numero un cop fora del hoste, en aquest cas el cos humà. Tota excreció o secreció vírica perdrà títol infecciós des del segon 1. Per això funcionen les quarantenes d’espais. Deixar un espai abandonat durant dies permet que quan un entri la càrrega víric ambiental s’hagi reduït diversos logaritmes. Per cert, aquest paràmetre sí sortirà diversos cops, una reducció de 1 log10 (1log10R) vol dir una caiguda de títol infecciós del 90%; per tant 3log10R vol dir que s’ha reduït el títol un 99,9%, i per tant que només queden 0,1% dels virus inicials. Això aplica a tots els espais i superfícies. I dintre de les superfícies podem considerar un passamà, un pom de porta, una encimera, un respatller de cadira, un mocador, la pròpia pell del palmell de la mà…

 

Tercer; les superfícies també afecten a la supervivència dels virus. Un mateix virus no sobreviu igual en totes les superfícies. En principi, la regla general és que les superfícies no poroses, llises, com podrien ser metalls, vidres, lacats, etc. permeten que el virus es mantingui viable per més temps. Sobre les superfícies poroses, com serien els tèxtils, cotons, papers, i les seves combinacions, apòsits, bolquers, etc. els virus, en general, mostren menor persistència. I aquesta regla també aplicaria als coronavirus encara que hi ha articles que descriuen o modelitzen transmissió nosocomial (en àmbit hospitalari) del coronavirus del SARS o del MERS per ítems de l’habitació. Hi ha alguna publicació que indica que els coronavirus 229E i OC43 tenen caigudes de 0,2log10 per hora en condicions “ambientals”; per tant en un període de 24 hores hauran perdut prop de 5 log10 del títol víric inicial, és a dir, un 99,999%. Però si tenim 10 o 100 milions de virus per ml, o per cm2 això pot no ser suficient. Com manegar això? Pel que fa a les superfícies poroses, mitjançant els desinfectants; pel que fa les superfícies no poroses mitjançant la neteja en calent…fins on jo recordo, alguns coronavirus han demostrat la seva estabilitat a 56ºC però perden molta infectivitat quan se’ls exposa a 65ºC o temperatures superiors.

 

Quart; òbviament nosaltres podem forçar aquest die-off natural mitjançant els desinfectants, que permeten assolir caigudes de títol víric de 4 o més logaritmes (el llindar d’efectivitat pels desinfectants està posat en aquests 4 ó 5 log; és a dir que permetin assolir reduccions del 99,99% o 99,999% de la població vírica inicial). Un altra discussió és com es fan aquestes proves ja que hi ha test en suspensió (barats, fàcils de fer però que no reflecteixen totalment les condicions d’actuació del desinfectants) i els assajos “carrier” o en superfícies (més cars, difícils de fer però més realistes). En aquest cap i tornem al punt 1, el nou coronavirus, com els vells coronavirus (229E, OC43, descrits ja als 60’s del segle passat, però també SARS i MERS, que són del nostre segle) s’ha demostrat sensibles als alcohols con solucions d’etanol al 70%, isopropanol al 50%. Es pot inferir que tot detergent o solució que tingui un efecte sobre els lípids tindrà un efecte sobre els coronavirus dessecats sobre superfícies senzillament perquè ataca el seu embolcall i altera o fa perdre les molècules proteiques que han de reconèixer els receptors de les cèl·lules susceptible, del hoste.

 

Cinquè; la desinfecció pot ser dissolutiva, o emulsionant, amb alcohols o oxidativa, amb agents oxidants com seria el clor, o els peròxids (com l’aigua oxigenada, el H2O2). Pel que recordo, concentracions de 5000 ppm (1000 ppm podrien ser suficient) de clor lliure (recordem que el lleixiu domèstic té entre 40 i 50 g/l, i això vindrien a ser 40.000 a 50.000 ppm; caldria fer una dilució 1/10 o 1/20 en aigua d’aixeta) són efectives en l’eliminació de virus sobre superfícies i això inclouria els coronavirus, que no són ni de lluny els més resistents. Recordeu però que cal un temps de contacte mínim per que sigui efectiu; la majoria dels estudis de desinfecció estan entre 5 i 10 minuts.

 

Sisè, la desinfecció és un procés complex que ve afectat per paràmetres diversos; parlant planerament, un coronavirus estarà molt més protegit en una secreció voluminosa plena de mucus que no en una equivalent que sigui molt aquosa, perquè la matèria orgànica protegeix els virus de l’acció desinfectant però també, recordeu, de l’acció dels factors inactivadors mediambientals. Un pas més enllà és si el virus, com se sap de SARS, està també a l’orina i les femtes, on la quantitat de matèria orgànica és més elevada encara. Per això és molt important també el concepte del temps de contacte. Quan apliquem un desinfectant cal deixar-lo un temps de contacte amb la superfície a tractar i no retirar-lo immediatament. Les reduccions de títol de coronavirus amb els alcohols esmentats s’assoleixen als 10 minuts de contacte, no són immediates.

 

Setè; totes aquestes notes es fan assumint que els diferents membres de la família coronavirus (els coronavirus felí, caní, boví, porcí, els coronavirus humans 229E i OC43, o el HKU1, o SARS o MERS o nCoV, etc.) es comporten igual. Es una assumpció gens agosarada perquè l’acció desinfectant i mediambiental té a veure amb l’estructura i composició dels virus i no amb les seves característiques antigèniques, o canvis en la seqüència que determinen mínims canvis en receptors, però sempre hi ha excepcions.

 

Ho esmento perquè, vuitè, no us cregueu al peu de la lletra cap reclam de que tal o qual desinfectant és efectiu versus SARS o MERS (òbviament respecte el nou coronavirus és impossible perquè no hi ha hagut temps de testar-lo). Si ho és, és sobre el paper, a partir de les dades que us he comentat breument, però no haurà estat, quasi amb tot seguretat científicament provat amb el virus en qüestió.

 

Però allò principal, abans i després de tot, una bona higiene de mans amb un rentat exhaustiu amb sabó per un mínim de 20 segons. I esternudar contra ja sabeu quina part del cos. I aquests costums no haurien de practicar-se només en període d’epidèmies.

 

 

Però aquesta, aquesta és una altra historia.

Comentaris virus-lents (228): Joc de trons; un altre virus reclama la corona.

Un altra coronavirus ha decidit abandonar l’anonimat que li confereix la seva estada entre animals i ha entrat en contacte amb humans; òbviament no ha estat una decisió voluntària perquè els virus no tenen voluntat si no qüestió de pur atzar. Estem parlant del que s’ha vingut a dir per ara “nou coronavirus de 2019” o “2019nCoV”, que té com epicentre inicial la ciutat de Wuhan i més concretament el mercat de marisc i carn viva de Huanan.

 

A mitjans del mes de desembre de 2019 començaren a ingressar a hospitals persones afectades per un procés de pneumònia, a la ciutat de Wuhan. Recordem que és temporada alta de grip i altres virus respiratoris. Tanmateix aviat es va veure que hi havia una particular comú denominador per uns quants pacients i aquest era que treballaven o visitaven amb freqüència el mercat de marisc i carn viva de Huanan. El dia 31 de desembre, el govern xinés informa a la OMS d’un possible focus i el dia 1 de gener de 2020 es clausura el mercat i s’inicia la seva desinfecció.

 

Una setmana després, el 7 de gener es descriu el primer cas a Tailàndia i un altre primer cas a Japó; en els dos casos persones que havien visitat Wuhan, i el dia 9 de gener es lliga la pneumònia a un nou coronavirus al poder descriure’s seccions de la seqüència; això és cabdal perquè permet dissenyar i posar a punt proves de diagnòstic específic que permetin assignar una simptomatologia comuna com pot ser mal de cap i problemes respiratoris que també son causats per al grip, per exemple, específicament al nou coronavirus.

 

El dia 1 de gener mor el primer pacient de pneumònia per coronavirus; el dia 17 morirà el segon; entremig un segon cas a Tailàndia. Els dos casos fatals gents d’edat avançada amb problemes de salut previs. La taxa de letalitat escala al 4-5%.

 

El dia 17 es reporten 17 nous casos a Xina.

 

El dia 18 es reporten 59 nous casos a Xina.

 

El dia 19 es reporten 77 nous casos a Xina, i un nou cas fatal. La taxa de letalitat està al voltant del 1,5%. El creixement de casos, i el fet que ja fa vora tres setmanes que el mercat de carn viva va ser clausurat, apunta a altres fonts d’infecció i/o una transmissió entre persones més sostinguda, menys limitada del que es pensava al principi.

 

Mentre tant un grup d’epidemiòlegs aplicant modelització matemàtica conclouen que a partir dels 3 casos de fora de Xina, i per probabilitat, el nombre de casos reals ha d’estar en una forquilla entre uns pocs centenars i més de 4.400, amb una mitjana d’uns 1.723. Per més detalls, https://www.imperial.ac.uk/mrc-global-infectious-disease-analysis/news–wuhan-coronavirus/. De fet expressen en números el que molts pensàvem, i és que per cada cas clínic pot haver una desena o desenes de casos asimptomàtics, benignes, però que ajuden a la circulació del virus.

 

En qualsevol cas estem, per ara, davant d’un coronavirus més aviat benigne; el SARS amb el que està lleugerament emparentat (un 70% d’homologia de seqüència) va matar vora 800 persones i infectar unes 8.000 amb una taxa de mortalitat al voltant del 10%; MERS coronavirus, encara actiu però geogràficament contingut a la península aràbiga, han infectat prop de 2.500 persones amb més de 850 casos fatals amb una mortalitat del 35%.

 

SARS portada EID

 

I un últim apunt en aquesta primera entrada dedicada a aquest “NOU” patogen. NO és realment un NOU patogen; això està molt tenyit amb el nostre antropocentrisme. Nosaltres formem part del compartiment animal; els coronavirus habiten i es propaguen entre els mamífers amb més o menys sort; simplement aquest cop una varietat ha iniciat una excursió en una espècie, nosaltres, en la que no havia (?) estat abans. I òbviament no és cap nou patogen creat en el laboratori o mutat en un sentit dirigista cap a una major virulència o capacitat de propagació.

 

Per això sobta, per ara, la poca informació que hi ha sobre la font original; s’apunta al mercat de carn viva però no sabem res dels animals que hi havia més enllà de vaguetats…Amb la clausura del mercat, es van mostrejar els animals abans de sacrificar-los? Quines espècies es venien? S’estan mostrejant els animals dels altres mercats de carn viva de Wuhan? Algunes fonts informen que el mostreig de superfícies al mercat havia donat positiu…s’està fent mostreig en altres mercats? S’ha traçat l’origen inicial dels animals? Aquestes granges inicials s’han mostrejat? Són preguntes sense resposta i sorprèn quan de bon començament s’ha parlat que això era (i ho és) una zoonosi.

 

Però en el principi de qualsevol brot, recordeu el cas del brot de Ebola Reston del que parlaven fa poques entrades, moltes coses són força confuses.

 

 

Aquesta, però, és una altra història.

Comentaris virus-lents (205): To DURC or not to DURC? Aquesta és la qüestió.

 

L’ús de la tecnologia per obtenir avantatge en un conflicte és molt antic. Passar de la pedra al bronze; passar del bronze al ferro, etc. La historia està plena de com avenços tecnològics i científics s’ha adaptat per a la guerra o bé han nascut de la guerra. Ben bé es pot dir que tota tecnologia té un ús dual (un cotxe és “per se” pacífic però si se’l fa servir per atropellar indiscriminadament és un arma terorrista). I molta biologia ara mateix descansa en la tecnologia. Ja no es tracta de llençar cadàvers infectats per sobre les muralles o regalar flassades infectades a indis per aconseguir la seva rendició (podeu veure al respecte en aquest blog https://comentarisviruslents.org/2015/05/02/comentaris-virus-lents-107-el-bioterrorisme-no-es-una-nova-estrategia/) si no de modificar microorganismes en la direcció que desitgem però també en aquella que potser no desitgem.

 

L’atac per àntrax va generar una allau de normatives als EEUU que implicarem regulacions sobre la recerca biològica i l’aparició duna llista de agents i toxines seleccionats (o selectes). Uns pocs anys després, i entre altres exemples, la tecnologia de la biologia molecular permeté la síntesi química de poliovirus i la reconstrucció del virus de la influença pandèmica de 1918; en el dos casos dos virus extints, o quasi extints que semblaven es podien tornar a produir en el backyard, al patí de darrera (algun dia caldrà explicar que això ni de bon tros és tan fàcil).

 

Per gestionar un problema el primer que cal fer el definir-lo i acotar-lo. Que era, en aquell moment, o és ara la recerca d’ús dual (Dual Use Research, o DUR) a les ciències biològiques (tinguem present que en principi hi ha una prohibició total de fer servir armes biològiques, segons la Biological Weapons Convention de 1972). Podríem dir que una “cosa” (i per cosa volem dir tecnologia però també la informació sobre aquesta) és d’ús dual quan es pot fer un ús beneficiós o malvat/criminal. Tanmateix si volem recórrer a una definició canònica podem agafar la que va formular la National Science Advisory Board for Biosecurity (NSABB)…”life Science research that, based on current understanding, can be reasonably anticipated to provide knowledge, information, products, or technologies that could be directly misapplied to pose a significant threat with broad potential consequences to public health and safety, agricultural crops and other plants, animals, the environment, material and national security.

 

En principi una recerca d’ús dual ha d’aixecar certa prevenció o preocupació (que cal gestionar). Estem llavors parlant de la DURC, o Dual Use Research of Concern, en anglès. I dintre de la DURC es troba la controvèrsia GOF, o Gain Of Function.

 

GainOfFunction-GOF-1082214doctor

Què és Gain Of Function? En el nivell més planer es pot traduir com guany de funció i és exactament això, donar una nova propietat o habilitat a una entitat biològica. Els experiments GOF poden donar resultats molt desitjables, com és el cas de la insulina recombinant, que és l’habitualment subministrada i que es genera a partir d’un microorganisme que expressa aquesta proteïna, que no estava inicialment al seu genoma. També és un resultat d’una aproximació GOF, les noves variants vegetals que són més persistents a les plagues o resisteixen millor la dessecació. Però si tenim l’habilitat de fer aquestes manipulacions també vol dir que també som capaços tècnicament de modificar-los amb noves propietats que incrementin la seva virulència i / o transmissibilitat.

 

Això és el que passà el 2011 i que ja va ser comentat en una entrada del blog (veure https://comentarisviruslents.org/2016/04/01/comentaris-virus-lents-164-concepte-gain-of-function-la-ciencia-sempre-guanya/). En resum, dos articles mostraven “com” incrementar la transmissibilitat del virus de la influença aviar altament patogen H5N1. El problema no era només que la informació fos pública si no que malauradament la transmissibilitat s’aconseguia amb uns pocs canvis i semblava fàcil d’assolir per persones amb habilitat i medis convencionals (encara que jo aquí discrepo en l’abast). Després de controvèrsies i certs intents d’amagar o classificar la informació com a reservada, els articles es van publicar el 2012 sense retallades. Una altra erupció aparegué el 2014, aquest cop amb la influença pandèmica. En tots els casos es tractava de treballs de gran vàlua que aixecaven però preocupació des d’els punts de vista de la bioseguretat i la bioprotecció. Aquestes controvèrsies generaren un nou acrònim, PPPs, o Potential Pandemic Pathogens amb el que es volia etiquetar aquells patògens millorats, i per tant nous, amb majors capacitat de transmissibilitat o virulència.

 

D’aquella època ve la moratòria d’execució d’estudis GOF operativa als EEUU i que s’ha aixecat a finals de l’any passat 2017. Unes “portes al camp” com una casa de pagès perquè molta recerca GOF es fa fora de les fronteres dels EEUU i amb fons que no són controlats o derivats pel govern nord-americà.

 

A més, per acabar d’embolicar el tema no hi ha normes clares al món editorial. Quan a les revistes científiques senyeres els arriba un article GOF, en la immensa majoria dels casos que conec s’acaba publicant l’article en tota l’extensió, sense cap o poques restriccions i amb editorials que fan una certa olor a “qui s’excusa, s’acusa” ja que es defensen obvietats com són la vàlua científica de la recerca publicada.
I a banda de les revistes científiques serioses, que poden pre-publicar abans d’una revisió, ara tenim centenars, milers de revistes que permeten la publicació pagant unes taxes. Encara que és molt improbable que es publiqui informació valuosa en aquestes revistes, ja que acostumen a tenir un baix índex d’impacte en la comunitat científica, són forats molt evidents en una estratègia de contenció.

 

El problema és que la tecnologia la tenim i la podem fer servir però no sembla que hi hagi manera de consensuar quins experiments estan justificats pel guany que impliquen encara i els costos/risc potencials associats. I el problema és que a la primera controvèrsia mediàtica (recordeu, el 2012) no hi havia gaire desenvolupades alguna de les tecnologies actuals com CRISPR/Cas9 o una més eficient biologia sintètica. I el problema és que els guanys no poden ser mesurats en temps real o immediat mentre que les assumpcions de riscos catastròfics sí que es porten al present immediat. I que sense valors numèrics reals, moltes avaluacions de risc són purament qualitatives o semi-quantitatives, divergeixen fortament en funció de la subjectivitat de l’avaluador. De fet, de la controvèrsia del 2012 hi ha algunes publicacions que suggerien que un accident greu o molt greu associat a un patogen sota GOF ocorreria en pocs anys (veure referencies al final). Així el 2014 a partir de dades, aportades pel CDC sobre infeccions laboratorials inadvertides en el període 2004-2010, s’arribava a la conclusió que un escapament era possible amb un 0,2% de probabilitat per laboratori i any. Per tant si 50 laboratoris hi treballen durant 10 anys la probabilitat al final d’aquest 10 anys és del…100%. S’ha de dir, però, que portem més de la meitat del període i no s’han vist cap escapament significatiu i hi ha més de 50 laboratoris treballant amb Ebola, SARS, MERS, HPAIV o influença pandèmica i altres patògens.

 

Tot això foragita el personal i el finançament lluny d’aquests patògens que són prou perillosos com per ser subjectes d’una DURC. I això es perillós perquè en els darrers anys hem patit o estem patint, una epidèmia d’Ebola, la emergència de Zika, la progressió de Chikungunya, MERS coronavirus a la Península Aràbiga i Corea, etc. Si la gent no fa recerca, ni que hi hagi el perill que resulti en un risc d’ús dual, mai estarem prou preparats per fer front a la propera epidèmia (us recomano que aneu a http://www.who.int/blueprint/en/ que marca les prioritats de la OMS per aquest any 2018).

 

Particularment jo soc un fervent seguidor del principi de Hanlon que diu…. “Mai atribueixis a la maldat el que pot ser explicat per la estupidesa”. Si substituïu estupidesa per incompetència tenim l’escenari. I el escenari és que sembla molt més probable que si tenim algun problema vingui d’un escapament involuntari d’un patogen modificat, o silvestre, d’alguna de les centenars, milers d’instal·lacions de nivell de Bioseguretat 3 que hi ha al món, o de la cinquantena d’instal·lacions de màxima biocontenció (nivell 4) que d’una acció terrorista o criminal. I no està tan lluny de la nostra imaginació senzillament…perquè ja ha passat. Nomes cal recordar els gaps de bioseguretat que es van donar (i es van fer públics) al CDC i altres laboratoris governamentals dels EEUU a l’any 2015 (podeu consultar aquest mateix blog a https://comentarisviruslents.org/2015/02/26/comentaris-virus-lents-88-incident-ebola-al-cdc-el-diable-esta-als-detalls/ o https://comentarisviruslents.org/2014/07/25/comentaris-virus-lents-25-pero-que-mheu-enviat/). Per tant és bastant més probable que un benintencionat maldestre (un tema de Bioseguretat, o biosafety) acabi provocant el problema (l’epidèmia) que no un malintencionat ben informat (un terrorista, o un biocriminal, un tema de bioprotecció, o biosecurity, com diuen mar enllà).

 

Només unes poques instal·lacions d’alta i màxima biocontenció fan projectes DURC. Potser una via es reduir encara més aquest nombre ja sigui reglamentàriament: al mon hi ha ara mateix dos únics laboratoris que poden tenir i treballar la verola (smallpox), o en funció de registres històrics (laboratoris sense incidències o amb molts bon registres en Bioseguretat serien els únics amb permís, o procedimentals (obligació de complir un estàndards molt alts respecte entrenament i capacitació de personal, tecnologia punta de la instal·lació i traçabilitat).

 

 

englisch_biostoffv-G-wordml02000001

 

Qui tot ho vol, tot ho perd…però també es podria dir que qui vol molt poc, en perd molt també. Fer una llista d’agents selectes d’abast estatal i vigilar atentament tot el que es fa amb ella, qui els té i sota quines condicions, pot donar una falsa impressió de seguretat. Cert que tot el que estigui a la llista estarà controlat (dins de les teves fronteres) però…hi ha molt més enllà de les teves fronteres, i aquest patògens seleccionats es poden obtenir de forma natural (hi ha descrits alguns intents d’obtenir Ebola amb finalitats criminals a partir de mostres d’afectats d’una epidèmia) i fora de la llista també hi ha patògens d’ús dual de potencial més que considerable.

 

En definitiva, hi ha molta recerca actual amb patògens perillosos repartida per centenars de centres d’alta i màxima biocontenció al món. D’aquesta la gran majoria no cau dintre de la definició de la DURC i es continua fent sense aixecar gaire controvèrsia. És un petit subset d’experiments (aquells que poden millorar la letalitat o la transmissibilitat d’un patogen ja perillós) els que generen nerviosisme i és aquest grup el que necessita una aproximació internacional comuna, que generi un estàndard assumible per a la majoria.

 

Potser no podem recórrer exclusivament a una avaluació de risc que es fa un cop l’experiment dissenyat i fins i tot finançat i en vies d’execució perquè com ja he dit moltes d’aquestes avaluacions estan un pel viciades o per biaix dels avaluadors o per la manca de dades empíriques o quantitatives. Potser el resultat no és el que necessitem, si no la eina. Preguntar-se pels riscos i els possible perills promou una anàlisi i discussió més profunda, la qual cosa millora indefectiblement el disseny experimental i els protocols de bioseguretat. No és poc però pot no ser suficient.

 

Potser el que cal es preguntar-se què volem investigar, quines preguntes volem contestar i que són realment valuoses i permetre la recerca que intenti contestar-les tot i el risc que hi pugui haver. I això fer-ho des d’una governança internacional per bé que les decisions serien estatals. Tot sigui per mancomunar el risc. Perquè de risc zero, com tots i totes ja sabeu, no n’hi ha.

 

 

Però aquesta, aquesta és una altra història.

 

• Klots, LC, and Syvester, EJ. (2014). The consequences of a lab escape of a potential pandemic pathogen. Frontiers in Public Health. 2, 1-3 doi: 10.3389/pubh.2014.00116.
• Klotz, LC, and Sylvester, EJ. 2012. The unacceptable risks of a man-made pandemic. Bulletin of teh Atomic Scientist.

Comentaris virus-lents (199): Coronavirus que volen coronar el cim.

Als darrers anys les malalties infeccions zoonòtiques emergents i re-emergents han demostrat ser una amenaça global tant per éssers humans com per animals. Entre elles, aquelles causades per coronavirus han aixecat un parell de vegades el dit demanant atenció. Fou el cas del SARS-Coronavirus (Severe Acute Respiratory Syndrome o SARS-CoV) l’any 2003 (per més detalls consulteu l’entrada https://comentarisviruslents.org/2014/08/11/comentaris-virus-lents-37-un-primer-coronavirus-que-va-arribar-de-lest/) i és el cas, més recent, i si es vol més pausat però també més constant, del MERS-CoV (o Middle East Respiratory Syndrome), que s’inicià el 2012 i que fins la data porta més de 2000 casos i per sobre de 700 morts (veure http://www.who.int/emergencies/mers-cov/en/ però també teniu com entrada inicial en aquest blog https://comentarisviruslents.org/2014/08/26/comentaris-virus-lents-42-camelids-i-mers-cov-aquest-cop-el-regal-que-ens-porten-no-es-benvingut/).

 

Totes les proves actuals apunten als dromedaris com a reservoris de MERS-CoV i com a vehicles determinants per a la posterior transmissió a éssers humans. Però no solament els camells són susceptibles a la infecció…una de les temences és que si MERS-CoV escapés de la seva ubicació geogràfica actual podria trobar altres reservoris multiplicadors. Que una espècie animal fora susceptible seria un pas en aquesta direcció, com ja s’ha demostrat per les alpaques, les llames i els pors (aquest un estudi fet a IRTA-CReSA, veure Vergara-Aliert et al., 2017a), encara que és, en si, un pas insuficient; la susceptibilitat no garanteix una transmissibilitat potent i continuada (altre cop, Vergara-Aliert et al., 2017b). Dit d’una altra manera, que un animal s’infecti no vol dir que tingui capacitat de transmetre la malaltia a un altre i per tant l’infecció s’extingeix. La font inicial, però, serien sempre els ratpenats.

 

Darrers estudis han demostrat la capacitat del MERS-CoV per infectar un ampli ventall de cèl·lules de camèlids, primats i éssers humans, cavalls, porcs, i cabres…a banda dels ratpenats, òbviament. Una propagació en cèl·lules d’un origen concret no implica, no permet concloure, que l’animal “sencer” serà susceptible i potencial reservori transmissor. De fet cavalls (ponis concretament) i ovelles no han demostrat ser susceptibles a MERS coronavirus (per més detalls altre cop un treball de IRTA-CReSA, Vergara-Aliert et al., 2017a).

 

El que sí sembla clar passats els anys és que els éssers humans infectats no són massa efectius escampant o transmeten el MERS-CoV (i en això hi ha diferencies clares amb el SARS-CoV) encara i algun cas de super-spreader (realment interessant que consulteu l’entrada https://comentarisviruslents.org/2015/10/29/comentaris-virus-lents-137-els-superdisseminadors-o-quan-mers-entra-per-la-porta-costa-que-surti-per-la-finestra/).

 

La diferència de comportament infectiu entre éssers humans i reservoris es troba en la distribució diferencial d’uns receptors cel·lulars que són els que el virus empra per iniciar el cicle infectiu. Ara mateix, amb les dades que tenim, la susceptibilitat de l’hoste ve mediada, principal però no exclusivament, per la distribució d’una proteïna, la DPP4, al tracte respiratori; en humans aquesta proteïna està expressada en tipus cel·lulars que es troben al tracte respiratori inferior (per tant a nivell de tràquea, bronquis i bronquíols); en els principals reservoris animals (dromedaris, llames i porcs) la DPP4 està expressada intensament en tipus cel·lulars del tracte respiratori superior (nas, laringe i faringe). En conseqüència quan progressa una infecció en aquests animals el virus es circumscriu a aquesta zona (veure altre cop Vergara-Aliert et al 2017a) i per tant no genera complicacions (podríem dir que als animals els entra “moquera” però que no passa d’aquí) ni cap mena de mortalitat; en canvi si la infecció progressa en humans pot esdevenir freqüentment fatal.

 

La malaltia de MERS-CoV no és una malaltia d’obligada notificació para la OIE (Organització Mundial de Sanitat Animal), encarregada de la vigilància de la sanitat animal però sí que és obligatori la notificació dels casos confirmats en ser una malaltia emergent que té un significatiu impacte de salut pública. El Gold Standard diagnòstic descansa en tècniques moleculars (PCR); cal trobar positivitat, amplificació, en dos gens o seqüències del virus. Alternativament un animal es considera positiu si dona amplificació positiva a un dels dos gens i positivitat serològica (és a dir detecció d’anticossos front MERS-CoV al seu sèrum). I per exemple, se sap que a Espanya una proporció petita però no insignificant (del 4 al 14%) dels dromedaris de les Illes Canàries han mostrat positivitat serològica (detecció d’anticossos específics en font MERS-CoV)…però no s’ha detectat àcid nucleic, no sembla haver circulació activa del virus.

 

I parlarem properament de l’epidemiologia del MERS-CoV a diferents especies animals fent particular esment a Espanya i a Catalunya.

 

Però aquesta, aquesta és una altra història.

 

 

 

  • Vergara-Alert, J., van den Brand, JMA, Widagdo, W., Muñoz, M., Raj, VS, Schipper, D., Solanes, D., Cordón, I., Bensaid, A., Haagmans, BL and Segalés, J. 2017a. Livestock Susceptibility to Infection with Middle East Respiratory Syndrome Coronavirus. Emerging Infectious Diseases. 23(2): 232–240. doi:  10.3201/eid2302.161239. Enllaç a: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC5324816/
  • Vergara-Alert, J., Raj, VS., Muñoz, M., Abad, FX., Cordón, I., Haagmans, BL., Bensaid, A., and Segalés, J. 2017b. Middle East respiratory syndrome coronavirus experimental transmission using a pig model. Transboundary and emerging diseases. doi: 10.1111/tbed. Enllaç: http://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1111/tbed.12668/full

Comentaris virus-lents (184): Els nostres animals de granja són susceptibles a MERS coronavirus?

En aquest blog hem parlat ja més d’un cop del MERS coronavirus. Aquest virus, un parent proper del SARS (que va generar una epidèmia amb més de 8000 afectats i una taxa de mortalitat del 10% (veure https://comentarisviruslents.org/2014/08/11/comentaris-virus-lents-37-un-primer-coronavirus-que-va-arribar-de-lest/  i  https://comentarisviruslents.org/2015/06/21/comentaris-virus-lents-119-sars-i-mers-efectes-economics/), es troba bàsicament a la Península Aràbiga encara que cap part del mon (llevat els Pols) està lliure de poder ser afectada (recordem episodi de MERS a Corea l’any 2015). Els éssers humans podem emmalaltir però no som, ara per ara, el reservori del virus, que sembla estar localitzat als camèlids (i que el reberen probablement a través de ratpenats). Els camells no pateixen una simptomatologia evident més allà de secrecions nasals, no emmalalteixen.

dromedari de front

La pregunta que ens podem fer (a les Canàries sobre tot, però a qualsevol lloc on s’hostatgin camells) és: a banda dels humans, que podem adoptar mesures de protecció, els camells podrien transmetre la infecció a altres remugants o animals de producció més habituals al nostre país? Estaríem parlant d’ovelles, cabres, cavalls (o ponies)? I un pas més enllà, MERS coronavirus podria propagar-se forma eficient a porcs? Recordem que hi ha més de 7 milions de porcs a Catalunya.

 

Aquesta pregunta, entre altres, és la que pretenen contestar dos estudis (els enllaços al peu de l’entrada), un d’ells fet al nostre centre, CReSA.

 

El procediment en ambdós casos és molt semblant. Consisteix en inocular el virus per ruta habitual d’entrada, la via nasal i comprovar si el vius es propaga localment, arriba a trobar-se a sang i/o es excretat o secretat a través d’orina o femta. Si alguna de les espècies avaluades dona positiu a tots aquest paràmetres seria susceptible que convertir-se en reservori en cas d’infectar-se. Per confirmar-ho definitivament caldria, però, que aquests animals experimentalment infectats poguessin transmetre la infecció a altres no infectats però en contacte pròxim amb ells.

 

L’experiment fet per Adney i col·laboradors al 2016 suposa inocular 1.000.000 virus per via intranasal a cabres, ovelles i cavalls i prendre mostres nasals i temperatura corporal i avaluar consum d’aliments (els animals malalts, com les persones, tenen tendència a la inapetència). Els resultats foren molt semblants en tots els casos. Les cabres s’infectaren molt lleugerament i s’aïllà virus fins a dia 4 post-inoculació en alguna cabra, però a concentracions molt baixes; 50-100 virus a la mostra. No es detectà febre i la majoria de les cabres no mostraren secrecions nasals i aquelles que arribaren a final d’experiment seroconvertiren (això vol dir que es trobaren anticossos front MERS).

 

Les ovelles mostraren el mateix comportament; absència de secrecions nasals infeccioses, escassa concentració (50-200 virus) de virus infecciosos al nas i de curta durada (no més enllà del dia 6 post-inoculació) i una seroconversió feble i variable en funció de l’animal. El mateix patró es repetí per cavalls; absència de secrecions nasals infeccioses, escassa concentració (50-200 virus) de virus infecciosos, i nul·la seroconversió.

 

L’experiment fet al nostre centre, per Vergara-Alert i col·laboradors, emprà llames, ovelles, cavalls i porcs. No serem reiteratius però ovelles i cavalls mostraren els mateixos resultats que s’ha comentat a l’estudi previ i dona prou força a l’hipòtesis que no seran especies implicades a una possible transmissió i per tat no se’ls ha de sotmetre a una vigilància epidemiològica especial. Tanmateix les llames i, fins a cert punt, sorprenentment, els porcs foren susceptibles a la infecció. Més les llames, que arribaren a mostrar 104-105 virus infecciosos (10.000a 100.000 pfu, o plaque forming units, en anglès) per mostra nasal (fins a dia 7 pos-infecció), que no els porcs que mostraren valors més baixos, entre 100 i 10.000 i per una durada més curta (fins a dia 4 post-infecció), però en qualsevol cas molt per sobre que els altres animals assajats. Recordem però que pels camells/dromedaris el patró d’excreció arriba fins als 14 dies post-inoculació.

 

Aquest patró diferent té a veure amb factors moleculars (la presència o no de receptors específics al virus, l’anomenant DPP4) però no es deu exclusivament a aquests. Les ovelles pràcticament no tenen aquest receptor DPP4 a les seves cèl·lules del tracte respiratori, i això quadra amb la seva baixa susceptibilitat al virus. Llames i porcs tenen un patró de distribució de DPP4 semblant (i tenen un comportament semblant);i qui diu porcs vol dir que no es pot descartar el paper potencial dels porcs senglars (Sus scrofa scrofa). Però resulta que els cavalls tenen aquest receptor DPP4 altament i àmpliament distribuït al tracte respiratori, com els ésser humans. I no són permissius; altres factors han de jugar també un paper com la immunitat innata, la permissibilitat de les cèl·lules epitelials, la diferent distribució de poblacions cel·lulars als epitelis de cada espècie, etc. I recordem que els humans en som de susceptibles i que a més, generem prou material infecciós com per poder transmetre-ho a cuidadors o familiars. Recordem el cas de Korea de nou.

MERS south-korea-PPE hospital

Molt queda encara per saber però aquestes dades apunten a una necessària vigilància d’altre membres de la familia Suidae (la família porcina) a les zones de transmissió activa, ja que les espècies salvatges comparteixen habitat amb els dromedaris. I si aquí calgués fer alguna vigilància epidemiològica, serien una espècie d’interès molt per sobre d’ovelles, cabres i fins i tot cavalls.

dromedaris sampling _77511930_scientiststestingcamelsinthedesert3-copy

Però aquesta, aquesta és una altra història.

 

 

Si voleu saber més del MERS coronavirus…

 

Referències

  • Adney DR, Brown VR, Porter SM, Bielefeldt-Ohmann H, Hartwig AE, and Bowen RA. 2016. Inoculation of Goats, Sheep, and Horses with MERS-CoV Does Not Result in Productive Viral Shedding. Viruses. 2016 Aug; 8(8): 230. doi:  10.3390/v8080230. Enllaç: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC4997592/

 

  • Vergara-Alert J, van den Brand JMA, Widagdo W, Muñoz M, Raj S, Schipper D, Solanes D, Cordón I, Bensaid A, Haagmans BL, and Segalés J. 2017. Livestock Susceptibility to Infection with Middle East Respiratory Syndrome Coronavirus. Emerging infectious diseases. 23:2 enllaç: https://wwwnc.cdc.gov/eid/article/23/2/16-1239_article

Comentaris viruslents (181): MERS Coronavirus, res a declarar? Una mala idea.

Fa un mes va saltar una noticia “curiosa”. L’Institut Pasteur Korea (IPK), en la persona d’una de les seves investigadores, va saltar-se totes les regulacions de transport de material biològic en un moviment de mostres del MERS Coronavirus, Middle East Respiratory Syndrome Coronavirus i el que és pitjor…no va informar adequadament, com tampoc ho va fer l’Institut Pasteur de París.

 

Els fets: el transport de mostres de MERS-CoV des de Korea fins Paris ara fa un any (octubre 2015) sense demanar cap permís ni avisar les autoritats de cap dels països afectats, contravenint no solament les normatives de transport de material perillós, i en ell s’inclou els materials infecciosos, si no també les lleis franceses sobre control de malalties infeccioses (a tall d’exemple ja us dic que intentar entrar un material infecciós a França de categoria A és molt proper a un gran malson) per part d’una investigadora del IPK.

 

Si el transport del material s’hagués fet a la cabina de passatgers el perill hagués estat  ben real perquè qualsevol trencament o fuita en l’empaquetat del virus podria haver infectat molts passatgers, tenint en compte la durada del vol, l’espai confinat i la recirculació de l’aire de la cabina, juntament amb la via de transmissió del virus, que és precisament l’aerògena. Sembla, però que el material no anava a l’equipatge de cabina si no a la bodega de càrrega, encara que hi ha diferents versions del tema.

 

I perquè calia moure el virus? No està clar però recordem que al 2015 es va desfermar un brot potent de MERS CoV a Korea que afecta a 186 pacients (de fet, afectà a molts més però aquestos són els casos clínics confirmats) i causà 38 morts (taxa de mortalitat del 20%). La necessitat d’analitzar mostres o de propagar-les i obtenir noves produccions obliga al transport de mostres viables. Les seqüències genètiques, models de proteïnes, etc. poden circular per la xarxa però si volem analitzar material viable no hi ha més remei que moure’l al voltant del mon.

a-weekly-republic-of-korea-china-other-countries-saudi-arabia2015-07-03

 

Estem davant d’una mala praxis individual que reflecteix un escàs interès per la bioseguretat i l’avaluació de riscos. Una investigadora viatja amb material biològic i no ho declara a l’emissor, ni al receptor. Únicament una setmana després d’arribar a Paris i mitjançant un correu electrònic escriu al col·lega francès “I forgot to mention … that I brought 3 Vero cell pellets that has [sic] been inactivated after infection with environmental samples collected from MERS units” és a dir “Em vaig oblidar de comentar-te…que he portat tres pellets de cèl·lules Vero que han estat inactivades després infecció amb mostres ambientals recollides d’unitats de tractament de MERS” i demana al seu company francès que determini la presencia de partícules virals per microscòpia electrònica.

InfectiousSymbol

Un setmana després, el seu col·lega francès li va contestar que no podia rebre oficialment les mostres ni processar-les perquè no tenien “entrada oficial” a França, no havien estat aprovades per la agència que regula la producció, ús, transport, importació i exportació de microorganismes o toxines altament patogènics/perillosos (o MOTs). Específicament escriguí: “…that the microscopy platform cannot treat this sample because, even if the samples are inactivated, MERS coronavirus is classified as MOT and as such, requires a special procedure to import the samples,”…“I also have to inform you that specialised personnel of Institut Pasteur has by now destroyed those samples.” Aquí ja es menciona el concepte que les mostres havien estat inactivades (amb un fixador, el glutaraldehid), però que encara i així, la regulació obliga a demanar un permís d’entrada i el compliment d’una sèrie de requisits de transport. La decisió conseqüent és procedir a l’eliminació del material sense cap manipulació; allò que no tingué permís per entrar fou incinerat/autoclavat.

 

Les falles que es detecten en llegir el succés són múltiples si bé majoritàriament recauen en la investigadora. Si hom treu un material, inactivat o no, d’una unitat d’alta seguretat biològica ha d’indicar fins l’últim vial. Si es fa un enviament de material biològic inactivat o no, el receptor ha de ser informat del llistat de materials que s’envien. De fet si el receptor té aquesta informació potser avisarà a l’emissor de requeriments/permisos necessaris al seu país d’arribada per permetre l’entrada. El transport de material biològic ha de ser realitzat per companyies especialitzades (això és obligatori pels materials biològics viables i molt recomanable per la resta, els inactivats). Un material biològic inactivat ha sofert un tractament que hauria d’haver estat prèviament validat i, en certs casos, validat amb la dinàmica cas per cas i ha de portar adjunta una declaració del investigador (millor del propi centre) que indiqui quin material és, quin tractament ha sofert i la signatura d’un responsable que doni fe de les dades. És de passerell pensar que mostres infeccioses no precisen de permís d’importació. Com bé es diu a les noticies llegides, els permisos d’exportació no són sempre necessaris però el país receptor sí acostuma a expedir un permís d’importació, una manera com altra de saber que li entra al territori, i més quan es tracta de material sensible: MERS, SARS, virus febres hemorràgiques, influenza aviar altament patògena, etc.

Category A parcel-3 containers

Després ve la comunicació de la crisi i aquesta és tota responsabilitat del centre emissor, el IPK, i de l’Institut Pasteur de París. Que ens assabentem un any després no diu res de bo de la comunicació feta. NO sabem fins a quin punt hi ha mentides, el que si hi ha és una falta total de transparència. I, a això, caldrà dedicar una propera entrada…quan la comunicació de crisis esdevé una crisis en la comunicació.

 

Però això, això és una altra història.

Comentaris virus-lents (164): Concepte Gain of Function, la ciència sempre guanya?

El concepte Gain of function, que podríem traduir per guany o millora de funció/funcionalitats no és un concepte nou. Els experiments de modificació de funcionament en un sentit general són una pràctica quotidiana a la microbiologia des de fa molts anys. En aquest experiments s’afegeixen o modifiquen propietats o funcions tant a virus com a bacteris, per exemple amb mutacions als gens per generar noves o millorades funcionalitats a les proteïnes resultants. El camí invers, generar pèrdues de funcionalitats també és possible…i pot donar tanta informació com els guanys de funció. Per tant, en un sentit estricte, quan ens parlin d’un experiment que caigui en aquesta categoria no cal desqualificar-lo…immediatament.

GainOfFunction-GOF-1082214doctor

El dilema sorgeix quan estem treballant amb patògens ja de per si prou perillosos, com podria ser la influenza aviaria altament patògena H5N1, el SARS Coronavirus, el MERS Coronavirus i volem fer experiments de guany de funció per específicament cercar un increment en la seva transmissibilitat, patogenicitat, o alterant (fent més ampli) el rang d’hostes susceptibles. Però no solament en aquest casos, perquè també ens han de preocupar experiments que cerquin incrementar la resistència dels bacteris als antibiòtics terapèutics actuals, generar mutants que escapin a les formulacions vacunals actuals i que les facin ineficaces, o generar mutants que escapin, que siguin invisibles, a les tècniques diagnòstiques o de detecció habituals.

Als darrers anys s’ha donat un fort increment de la preocupació oficial pel mal ús o l’ús dual (entenem dual use com els coneixements o tecnologies adquirides a través de la investigació científica que podrien ser mal emprades amb fins criminals o terroristes o en el camp militar) d’una recerca aplicada en el camp de la microbiologia de patògens de grup de risc 3 i superior…un tema no massa entès a les universitats o centres de recerca que no inclouen la bioseguretat, la biocontenció i la bioprotecció com temes en els que també cal formació. I clar, quan la recerca és llavors fiscalitzada per experts en bioseguretat, als que els científics retreuen una baixa o nul·la formació en microbiologia i/o biotecnologia i sempre delerosos de menystenir els beneficis científics i socials d’aquella recerca i de maximitzar els riscos potencials, les amenaces a la seguretat, l’embolic i la desconfiança estan garantides. El problema és encara més gran si tenim en compte que de regulacions i lleis hi ha unes quantes, emeses per diferents cossos regulatoris, ministeris, agències, de diferents estats i en alguns casos aquestes són un pèl abstruses. Manca més claredat regulatòria, de vegades tot rau en l’establiment ferm i sense discussió de qui és EL responsable regulatori de tota la problemàtica en bioseguretat, i més uniformitat, homologació entre els diferents estats.

Per tant, cal cooperació internacional i marcs normatius el més comuns possibles, perquè no se’ns escapa a ningú que la recerca en les ciències biològiques és una recerca molt internacionalitzada; molts projectes són xarxes que involucren estats de diversos continents; els investigadors tenen contactes i bescanvien dades amb col·legues all over the world; hi ha cooperació entre centres de recerca i universitats molt distants i per acabar-ho d’adobar els resultats de la recerca es distribueixen a tot el món a través d’internet. La regulació salta feta miques ja que els riscos del mal ús dels resultats no queda reclosa a l’estat on s’ha desenvolupat físicament la recerca.

I aquesta regulació externa és necessària. La responsabilitat individual dels científics no deixarà de ser un aspecte important per fer front als dilemes dels experiments de Guany de funció, que podrà ser acompanyada o enfortida per comitès d’ ètica o bioseguretat i codis de conducta de la institució. Però tota aquesta autoregulació pot fallar i caldrà un  marc regulatori superior.

Els experiments que es dissenyen per millorar la transmissibilitat, o la virulència, o resistència a les contramesures actuals, de patògens de nivell 3 i 4 evidentment estant modificant el risc per a la salut de la població. Per començar, s’està produint un mutant que no està a la natura…encara. Si a més, no hi ha un benefici immediat, ni previsible, en forma de cura terapèutica o vacuna, són una eina vàlida?

GOF risk and benefits 21666-0309367832-450

Davant d’un experiment d’aquestes característiques una persona “dual”, amb una cama a cada cap, la virologia i la bioseguretat es plantejaria una sèrie de qüestions…Quin coneixement es pot guanyar realment amb aquests experiments? Aquest coneixement podria obtenir-se per altres vies? Es poden realitzar aquests experiments en condicions de seguretat, en instal·lacions ben mantingudes, dirigides i amb el mínim personal involucrat? Quins plans de contingència té la instal·lació? Quin és el benefici per a la salut esperat, tant immediat com a mitja termini? Quina és la probabilitat que els experiments siguin emprats de manera abusiva, per exemple, per terroristes, però també, perquè no, per l’esfera militar? Com de realista és el risc que terroristes o altres persones voldran fer mal ús dels resultats de la recerca, i que tinguin la capacitat real de poder-ho fer? És sempre necessari que els resultats de la recerca estiguin a disposició de tothom?

Moltes d’aquestes preguntes tenen respostes “duals”…en funció de cada cas.

Però aquesta, aquesta és una altra història.

Comentaris virus-lents (161): MERS Coronavirus, sumant i seguint.

Com sabeu, IRTA-CReSA, Centre de Recerca en Sanitat Animal, on faig la meva feina, treballa amb el Middle East Respiratory Syndrome Coronavirus o MERS-CoV dins una iniciativa europea, ZAPI (que no solament hi ha Zika) que intenta trobar vacunes per dues malalties zoonótiques com serien el MERS, la febre de la vall del Rift i una d’exclusivament animal, deguda al virus Schmallenberg.

Els que vau llegir l’entrada 7 https://comentarisviruslents.org/2014/06/18/comentaris-virus-lents-7-en-infeccions-viriques-millor-republicans-2/ fa ja quasi dos anys i algunes entrades posteriors al blog, acabant a la darrera dedicada a aquest tema … https://comentarisviruslents.org/2015/12/17/comentaris-virus-lents-145-mers-caurem-en-lerror-de-lebola-altra-vegada/, no cal que us presenti el coronavirus MERS, agent causal de més de 1630 infectats, més de 585 morts (dades de mitjans de febrer 2016) i que va fer una incursió molt mediàtica a Corea fa un any. Únicament recordaré que és un virus del grup de risc 3 pel que no hi ha vacuna ni tractament post-exposició específic.

SARS portada EID

Ara que ja hem començat un altre set d’experiments amb MERS, que va ser descrit per primer cop el 2012, convé explicar els resultats del que van culminar fa poc més d’un any.

El disseny experimental fou el següent. S’agafà un grup de 8 camells joves, d’uns 6-8 mesos i es dividiren en dos grups. Un grup rebé, per via nasal i injecció intramuscular, dues dosis, separades per 4 setmanes, d’una construcció d’un vector vacunal (MVA) amb una proteïna espicular (de la envolta) del virus MERS; aquesta construcció, o combinació (MVA-S), constitueix la vacuna experimental de la que es vol conèixer la seva eficàcia. Dels altres quatre camells dos reberen idèntics volums, en dos administracions, de PBS (vindria a ser aigua, o un remei homeopàtic, és a dir, res que pugui tenir cap efecte) i els altres dos reberen dosis del vector vacunal (MVA) sense cap modificació (i aquest grup ens donarà informació de si la base de la vacuna, el virus que no porta el gen aliè que ens pot protegir, o el pa sense embotit, té algun efecte “per se” en una protecció inespecífica a la infecció posterior). Al cap de 3 setmanes de la darrera immunització, tots els camells foren inoculats amb 107 TCID50/ml  (10.000.000 virus aproximadament) de MERS-CoV per via intranasal i s’esperà a veure els efectes mentre es treien a dies regulars mostres de hisop nasal i rectal, i mostres de sèrum. Finalment a dia 14 post-inoculació els animals foren eutanasiats i es cercà com s’havia propagat el virus en diferents teixits, amb particular atenció a nas i aparell respiratori.

El primer que cal tenir present és la disposició de grups a l’hora de dissenyar l’experiment. Pot ser crucial perquè ens han de donar tota la informació possible respecte el que considerem com valors de referència o controls negatius.

En el nostre cas analitzant el grup MVA-S contra el grup MVA veurem diferències degudes a l’administració de la proteïna del MERS i el seu potencial protectiu; analitzant el grup MVA versus el grup PBS veurem si l’administració d’un vector vacunal, en principi neutre, té algun efecte en la infecció per MERS-CoV; el grup PBS funciona aquí com a control positiu d’infecció, ja que abans de la inoculació del virus res ha preparat al camell per fer-hi front.

Que veiérem a ull nu? Doncs que els camells tractats amb PBS i després inoculats amb MERS-CoV mostraren abundoses secrecions nasals, nassos gotejant a partir del dia 8-10 post-inoculació, que no es veié als animals vacunats amb MVA-S. No es veié cap altra simptomatologia ni lleu, ni severa. Aquest fou el primer senyal positiu. Recordem que els camells al món real no moren de MERS, i el que volem és un model que s’assembli el més possible al món real.

Quan estudiarem la presència del virus MERS als hisops nasals i rectals dels camells tinguérem la primera confirmació. Es trobaren alts títols (quantitats grans) de MERS-CoV als animals controls (el grup PBS però també el grup MVA) i uns títols infecciosos molt inferiors als animals del grup MVA-S. La vacuna era capaç de reduir el títol i per tant el seu efecte visible, la mucositat nasal, però no de bloquejar completament el virus. A dia 8 post-infecció tant els animals del grup MVA-S com els dels grups PBS i MVA no presentaren virus infecciosos ja que s’havien començat a generar els anticossos específics contra la infecció. Als hisops rectals no es trobaren virus infecciosos en cap moment de l’experiment per cap dels animals assajats la qual cosa referma la hipòtesi que ens trobem davant un virus respiratori amb poca disseminació i per tant excreció.

La conclusió de l’estudi era que la vacunació de camells amb la vacuna MVA-S induïa una resposta immunitària protectiva, no esterilitzant; reduíem molt l’excreció nasal de virus MERS-CoV, però no l’eliminàvem completament. Però una reducció intensa en la quantitat de virus excretat suposa una disminució també intensa de la potencial transmissibilitat … cap els humans.

És probable que no es pugui anar més lluny perquè se sap que molts virus respiratoris son capaços de replicar al tracte respiratori superior en presència d’anticossos específics; de fet se sap que els camells de camp que són seropositius a MERS-CoV, que tenen anticossos front el MERS, també tenen MERS-CoV RNA a les seves secrecions nasals.

Per la poca durada de l’experiment queda pendent demostrar que aquesta immunitat es perllonga en el temps, mesos després.

Aquesta vacuna seria administrable a camells i dromedaris joves, dels que se sap que excreten més virus infecciosos MERS-CoV que els seus companys adults; a més ja que el suport vacunal, el MVA, sobre el que muntem la proteïna de l’espícula (S) del coronavirus, és un virus Vaccinia atenuat (la soca Ankara), tenim un benefici col·lateral i es que genera anticossos contra el camelpox, un cosí proper al smallpox, la verola. El virus de la verola del camell (camelpox) causa lesions a la pell del camell i una infecció generalitzada; aproximadament un 25% dels camells joves que són infectats moren; els camells de més de tres anys que s’infecten tenen una simptomatologia més benigna i sobreviuen. Aquest brots per camelpox suposen un cop fort per les economies locals; suposen la pèrdua d’exemplars joves, i fa caure la producció de llet i carn d’aquest animals a banda que no poden emprar-se com a medi de transport. Així la vacunació amb MVA-S tindria un efecte col·lateral, en aquest cas beneficiós.

CamelMers

Finalment, podria plantejar-se la seva administració després dels assajos clínics necessaris a aquells segments de la població en risc als països afectats com serien els treballadors sanitaris en contacte amb pacient infectats amb MERS i els cuidadors o personal en contacte directe amb camells.

Però com sempre, calen més dades, i en això estem.

Però aquesta, aquesta és una altra historia.

 

Per veure enllaç original… http://classic.sciencemag.org/content/351/6268/77.long