comentarisviruslents

Aquest blog és una seguit de comentaris personals i probablement poc transferibles sobre ciència i política.

Archivos por Etiqueta: SARS coronavirus

Comentaris virus-lents (249): SARSCoV2 i CoVID19, nova temporada de tardor.

Han canviat molt les coses des de la passada tardor. En aquell moment, SARSCoV2 circulava sense cap mena de limitació més enllà de les mesures no farmacèutiques (Non-Pharmaceutical Interventions, NPI) aplicades; mascaretes, distància, mans, aforaments restringits o controlats, franges horàries en restauració, no oci nocturn. Cap vacunat.

Estem a un mes d’entrar a la tardor i ho fem amb una reducció gradual, i lenta, de casos i infeccions d’una rèplica més d’aquesta ÚNICA gran onada (així es veurà quan els seus descendents girin la vista cap a la nostra època dintre de 30-40 o més anys), amb dents de serra.

Les vacunes van entrar en escena fa 8 mesos, i en els països del primer (?) món hi ha molts exemples de 50-60% o 70% de població vacunada (manca infància i adolescència). El desplegament ha estat espectacular en bastants països amb la gran taca de la inequitat en la distribució i que en lloc de comportar-nos com una única espècie, ens hem comportat com un seguit de tribus que es pretenen aïllades.

A les vacunes, i les NPI que no han deixat d’aplicar-se en molts moments i territoris, se’ls hi ha oposat un desplegament de variants que té les seves arrels en els darrers mesos de l’any 2020; per tant NO tenen res a veure amb les vacunes, com a mínim pel que fa a la seva gènesi, i, en la meva opinió, tampoc en la seva selecció o prevalença territorial posterior.

El que faré ara és un repàs de coses que crec rellevants, passades i possibles escenaris futurs. I ho faig per dos motius, el més important, egoista, per endreçar-me les idees, i el segon, també important, per si li serveix a algú.

  • El virus conegut com SARSCoV2 ara per ara té com origen Wuhan, a Xina, on primer es va destriar els seus efectes clínics. Probablement un salt zoonotic des de ratpenats amb algun hoste intermediari; però possiblement per un accident laboratorial. Cap de les dues hipòtesis ha estat plenament confirmada o desmentida, i alguns científics no han quedat gairebé en la seqüència de fets, i en els interessos creuats que han sortit a la llum pública.

  • La Xina ha ocultat dades, indubtablement, ha mentit en més d’una ocasió (en el fet que no es venien animals silvestres al mercat de Huanan, per exemple) i la missió de la OMS es va fer en condicions massa constrenyides i al dictat.

  • La resposta de la OMS va ser lenta, molt lenta al començament, potser perquè realment “NO té PODER”, i la declaració de la pandèmia va trigar 2-3 setmanes més del que realment hagués estat correcte.

  • La Case Fatality Rate de SARSCoV2 es manté estable al voltant del 2%; ja portem més de 210 milions d’infectats reportats (molts més probablement, dada infravalorada) i gairebé 4,5 milions de morts. Aquesta taxa està en aquests valors des de fa molts mesos, les diferències entre països són escassament significatives (la majoria dels més afectats oscil·len entre 1% i 3%) i li costarà anar cap avall, com correspondria a una estratègia de vacunació massiva, simplement, perquè NO hi ha vacunació massiva, mundialment parlant.

  • Els humans som TOTS susceptibles; fins on jo sé, no hi ha edat o sexe o condició que ens faci significativament menys susceptibles. Els estudis es desmenteixen els uns als altres. Tots tenim receptors ACE2 i tots podem internalitzar el virus. Però que siguem “igualment susceptibles” no vol dir que ens afecti per igual. Per sobre dels 60-65 anys el risc de patir una CoVID19 greu o mortal és bastant elevat, i puja més encara per edats més avançades o si es presenten malalties cròniques. Diguem que la CoVID19 fa una empenta cap a un desequilibri total de la salut de l’individu. Per contra a edats mitjanes o a infància i adolescència la simptomatologia clínica és molt més benigne, hi ha major nombre d’asimptomàtics o poc simptomàtics i la taxa de mortalitat és MOLT baixa però…

  • Hi ha CoVID19 persistent, una sèrie de complicacions difuses, de duració variable, que està també lligada a factors individuals i que serà una factura a llarg termini que caldrà continuar pagant.

  • El virus conegut com SARSCoV2 continuarà mutant i continuaran apareixen variants, però l’espai de mutació no és infinit i té costos; fent una imatge potser massa planera, és com una flassada de llargada concreta, si et tapes el cap descobreixes els peus i a l’inrevés. El virus continuarà mutant cegament i l’ambient anirà seleccionat aquelles mutacions o combinacions de mutacions viables, que moltes vegades tanmateix portaran al virus a carrerons sense sortida. Però el virus SARSCoV2 NO pot mutar gaire lluny perquè llavors deixaria de ser SARSCoV2. S’han descrit mutacions que es repeteixen a diferents variants, en un exemple de certa convergència mutacional que jo crec que anirà a més.

  • Jo descarto, amb una raonable alta probabilitat, que les noves variants per venir siguin significativament més virulentes que les actuals, en un termini de temps curt/mig. Tampoc espero cap fenomen d’atenuació; no hi ha un intercanvi favorable a menor virulència més transmissibilitat i millor fitness viral. No hi ha gaires casos històrics per recolzar aquesta hipòtesi. A llarg, soc del tot incapaç de predir res, però recordem que la relació hoste-paràsit és dinàmica.

  • Les vacunes que tenim no són esterilitzants; si algú domina Twitter i pot rastrejar les meves piulades veuran que això ho sabem des de abans que es comencessin a administrar les vacunes (a finals de l’estiu del 2020). No s’ha enganyat a ningú, possiblement alguns polítics i assessors científics han venut llums al final del túnel abans del que tocava. En els experiments pre-clínics amb macacos hi havia ALGUNS macacos que s’infectaven però que no emmalaltien o no ho feien greument. Per tant les vacunes protegeixen parcialment (i jo diria majoritàriament) front a la infecció i gairebé absolutament contra la malaltia greu i la mort.

  • I això està demostrat i no penso perdre gaire temps; encara que les noves variants puguin trencar l’escut vaccinal respecte la infecció, no crec que puguin acabar gens fàcilment amb el mur de la resposta immune, no el saltaran o l’evadiran, el que sí pot passar és que el vagin erosionant, poc a poc, a salts.

  • No pensem individualment, pensem poblacionalment, com faria el SARSCoV2 si tingués aquesta capacitat. Les epidèmies, les pandèmies són fenòmens poblacionals; no hi ha LA mesura perfecte, la silver bullet que matarà a l’home llop; vacunes que fan que bona part dels vacunats no s’infectin, i que els que s’infectin transmetin menys el virus, redueixen de forma important la transmissió, que és el 1er objectiu. I addicionalment salva vides i redueix l’estrès de tot el sistema assistencial.

  • Necessitem una cobertura vacunal homogènia, en el cas de Catalunya, però aplica a qualsevol altre lloc, per barris, per ciutats, per comarques, i a totes les franges d’edat. NO serveix de gaire (més enllà de reduir tensió assistencial i mortalitat) tenir la gent per sobre de 40 anys “ben vacunats” i el sector per sota a mig vacunar o no gaire vacunat.

  • Aquesta cobertura vacunal ens ha de permetre arribar a una immunitat que ens permeti retornar a una certa normalitat. La immunitat poblacional (que està lligada a la R0, veure més endavant) ens la podem treure del cap; inicialment entre el 65-70%, va pujar després al 80-85% i ara es parlar que necessitem per sobre del 90%; jo la veig inassolible i tampoc tinc clar que sigui del tot necessària… sí necessitem una mena de “immunitat operacional”, que ens permeti operar una vida “normal” un cop ben protegits els col·lectius sensibles, i un cop també que tothom hagi estat vacunat (millor que infectat) un cop.

  • Els vaccins evolucionen menys, o més correctament, més lentament, que els virus. Els vaccins es va dissenyar amb la variant de Wuhan i encara que algunes plataformes (vaccins mRNA) admeten nous dissenys i produccions, la flexibilitat vacunal sempre anirà per darrera de l’evolució vírica. I amb les vacunes actuals estem fent front, de forma prou efectiva, a variants inimaginables fa 1 any. Per què?

  • Perquè generem una resposta immune la fondària i capacitat de la qual no és fàcilment abastable. Cada cop que es diu que tal o qual variant escapa de la resposta immune perquè els anticossos els neutralitzen menys (crec que no he llegit cap estudi que digui que deixen de neutralitzar absolutament) suposo que deu morir un immunòleg. Per sort, no ho soc. No tota la resposta són anticossos i, a més, la quantitat d’epítops de la molècula de la espícula que poden ser reconeguts i desencadenar resposta MAI s’han mirat en la seva totalitat. I de la resposta cel·lular es parla poc, però està… de fet és la resposta a llarg que necessitarem.

  • El meu concepte clau, pel que fa a les variants, és circulació. A més circulació del virus, més rondes de replicació, més errades de replicació, més progènie, més variants. Per cada 100 persones susceptibles infectades, 100 possibilitats noves; per cada 100 vacunats potser 20-30 possibilitats noves (no es quedin amb les números si no amb el concepte). Reduint molt la circulació reduïm afectacions presents (infeccions i morts) i problemes futurs.

  • Tot és dinàmic, la R0 era el número bàsic de reproducció en poblacions naïve, susceptibles. Aquest numero es pot modificar (Re), numero efectiu de reproducció, aplicant confinaments, NPIs i òbviament a mesura que la gent es va infectant naturalment o es va vacunant. Però la R també es modifica per variants més transmissibles; aquest és el cas de la variant de Wuhan a la que s’assignava una R0 de 2-3, mentre que la variant delta se li assigna una R0 de 5-6, mínim. Per una explicació més detallada, en castellà, aquí… https://theconversation.com/que-es-el-r0-el-numero-que-siguen-los-cientificos-para-ver-la-intensidad-del-coronavirus-137744). Aquesta R0 no és baixa, però no és tan alta com la del xarampió que està per sobre de 15. Per tant, teòricament però NO pràcticament, li quedaria camp per córrer encara, a SARSCoV2.

  • La immunitat que tenim es mantindrà encara mesos però mentre la gent acaba de vacunar-se i es comprova la durada d’aquesta immunitat, i perquè NO volem que el virus circuli gaire fàcilment, perquè tot i la vacunació tenim un excés de mortalitat respecte un any sense pandèmia, caldrà mantenir algunes o moltes de les mesures de mitigació en vigor. Mantenir distància personal, reducció dels aforaments a llocs públics (universitats, hosteleria, restauració, cinemes i teatres); mascareta obligatòria a interiors i recomanable en segons quins exteriors; un bon rastreig de contactes; un compliment estricte els aïllaments en cas de ser contacte, i reforçar atenció primària (que no s’ha fet gaire gens).

  • Els passaports i passes CoVID19 no solament són possibles, podrien ser probables. Ningú està obligat a vacunar-se, però l’acte de no vacunar-se pot tenir certes conseqüències, un cop tothom ha tingut la possibilitat de decidir un cop oferta la vacuna.

Res és blanc o negre, ni la transmissibilitat, ni la virulència, ni l’evasió (no passarà) o una gradual erosió de la resposta immune (aquesta és més possible), ni es pot generalitzar a individus, amb el seu rerefons genètic, ni a poblacions que poden tenir usos socials, o hàbits que els facin puntualment menys susceptibles. No podem esperar solucions simples i aïllades, i sobre tot no poden esperar-les JA. Ja ho he dit abans en altres formats; estem en un xoc de plaques tectòniques, ja s’ha donat; tindrem rèpliques, ja les tenim, formant part de l’impacte inicial; i tot es donarà en un temps desesperadament lent per alguns però “normal” en una col·lisió d’aquesta mena. No seran dies, ni setmanes, ni mesos, seran anys, i això amb l’ajut de les vacunes. Perquè sí, potser el nostre territori, Catalunya, estarà “prou bé” però com he repetit i copiant a Benjamin Franklin en un altre context, “We must all hang together, or, most assuredly, we shall all hang separately” pot ser adaptada a “”We must all vaccinate together, or, most assuredly, we shall most of all infected separately”.

Dibuix del virus de “Mussol i el coronavirus”

Però aquesta, aquesta és una altra història.

Comentaris virus-lents (248): Biocontenció i SARSCoV2; accidents i SARSCoV2; la intersecció no és zero, òbviament. Notes personals.

Aprofitant aquesta noticia del BMJ (https://www.bmj.com/content/374/bmj.n2023) i responent l’enquesta que vaig circular fa un parell de dies en el que m’autoritzeu, per aclaparador majoria, a donar-vos la brasa amb això de la #Bioseguretat i la #biocontenció i com es relaciona amb les vacunes vs els efectes de la #CoVID19 causat pel #SARSCoV2.


Aquí que anem. Primer, al món de la recerca amb patògens hi ha 4 nivells de Bioseguretat (des de la bona praxi microbiològica mínima, nivell 1 fins el que s’anomena màxima biocontenció, el nivell 4, on es manipulen els patògens més perillosos, com filovirus, arenavirus, nipahvirus, virus de la febre hemorràgica CrimeaCongo, etc.). Únicament un graó per sota es troba @cresa_r, en el que s’anomena nivell d’alta biocontencio, o nivell 3 de Bioseguretat, o NBS3. Per sota està el nivell 2, o NBS2, que és el propi de la majoria de laboratoris de recerca universitaris o de clínica hospitalària. Entre NBS1 i NBS2 hi ha diferencies, entre NBS2 i NBS3 hi ha MOLTA diferencia, i entre NBS3 (tal com la interpreta @cresa_r) i NBS4 torna ha haver-hi poca diferència, i es que el NBS3 de CReSA treballa no només amb petit animal sinó amb animal de granja, ja que desenvolupa recerca en el camp de les malalties animals (i des de fa més d’una dècada, en les zoonotiques).


Simplificant molt, un NBS1 és una habitació amb equipament de microbiologia, on un porta bata, i treballa, amb bona praxi, amb microorganismes que mot difícilment causen malaltia en personal immunocompetents.

En un nivell 2, NBS2, la mateixa habitació pot disposar del mateix equipament més una cabina de seguretat biològica, #CSB, un equip com això,…..

que funciona com a #barreraprimària i dintre de la qual es treballa amb les mostres o processos que poden generar aerosols. En aquest nivell, treballen amb patògens que si poden generar malaltia en el treballador, però que difícilment es transmetria a la comunitat. Seria el cas de salmonel·la, campilobacter, norovirus, astrovirus, que causen diarrea, el virus de la grip estacional, rinovirus i coronavirus estacionals (229E, OC43, HKU o NL63). Un autoclau, que permet inactivar allò amb el que treballem un cop esdevé residu, ha d’estar a la vora del laboratori, o millor, a dins. I a la porta del laboratori es posa ja un senyal de perill biològic.


El salt tecnològic gran, i el salt en els costos de la instal·lació es donen quan volem passar d’una instal·lació NBS2 a una NBS3, sobre tot si es volem fer proves pre-clíniques amb animals per desenvolupar vacunes o antivirals.
I per què ens cal un NBS3? Doncs perquè passem a treballar amb patògens del grup de perill 3, que ja poden provocar fàcilment malaltia greu o mortal al treballador i que tenen CERT potencial de transmissió a la comunitat. Aquí van de cap tots els patògens respiratoris, com grip aviaria altament patogènica, els diferents coronavirus zoonotics, però també virus de febres hemorràgiques com #RVFV, #WNV, i també arbovirus com #Chikungunya, i bacteris respiratoris com Mycobacterium i… molt més. Capítol apart són els virus exclusivament animals, com virus de la pesta porcina africana o virus de la pesta porcina clàssica pels que no hi ha vacunes i pels que no ens interessa cap dispersió a l’exterior del laboratori per obvis motius econòmics i afectació a sectors productius.


I aquí està el canvi de paradigma, per mi.


En NBS2 ens preocupem de no infectar-nos i no necessitem més que la barrera primària de la #CSB, i una bona praxi (bàsicament ser polit i endreçat) per assolir-lo. En #NBS3 la preocupació és DOBLE. El risc d’infectar-nos de quelcom greu és força més alt i això implica un salt important en qualitat i disponibilitat de EPIs però estem tant o més preocupats en assegurar-nos la contenció de l’activitat, que res amb el que treballem surti FORA perquè els efectes podrien ser molt seriosos.


Per començar, oblidin-se de l’habitació del NBS1 i NBS2. I oblidin-se, llevat casos molt particulars, d’adaptar una instal·lació ja existent. Probablement fracassaran. Un NBS3 es dissenya per funcionar com alta biocontenció, i el disseny i la construcció és de l’ordre de 3-4 vegades més cara que un NBS2 d’àrea equivalent. Els adjunto un parell de plànols i després d’explicar un parell de conceptes generals els enumero que cal per tenir un NBS3 mínimament presentable i com això permet fer amb seguretat els estudis amb #SARSCoV2.

Instal·lació 2 exterior i a sota tall de la mateixa instal·lació

Les imatges ja els hi donen una idea; gairebé tots els nivells de Bioseguretat 3 de màxim nivell treballen amb els conceptes de sistema Sandwich i “box in a box”.


El sistema Sandwich és fàcil d’explicar, imaginin-se que el treball és la llonganissa i que necessita una llesca de pa per sobre, que s’encarregarà de filtrar tot l’aire potencialment contaminat de la instal·lació i una altra llesca, per sota, que permetrà una gestió de tots els residus líquids i sòlids que generen animals i persones. Això és el que veuen a les imatges, i esquemes, que són de dos instal·lacions reals, però no de @cresa_r encara que s’assembla força. Hi ha una qüestió que emergeix, immediatament, oi? Sí, instal·lacions molt cares ja que per cada m2 útil tens un mínim de 2-3m2 que donen servei, en certa manera, “inútils”.


L’altra concepte és el box in a box que vol dir que en cada instal·lació tenim petites unitats de biocontenció, independents, dins d’una unitat de biocontenció major.


Això ens garanteix poder treballar amb seguretat amb diversos patògens a l’hora sense barrejar-los, sense contaminació creuada.


Que ens cal per tenir una unitat d’alta biocontenció d’alt estàndard i funcional?
• Un accés amb dutxa i vestidors exteriors i interiors. Accés del personal controlat i restringit.
• Una pressió negativa constant, en cascada decreixent, a tota la instal·lació.
• Una filtració absoluta de tot l’aire de sortida, potencialment contaminat, per filtres HEPA (doble etapa, millor que una de sola).
• Sales experimentals independents, cadascuna amb el seu sistema de dutxa o de preparació de EPIs; han de tenir el seu propi sistema de filtració absoluta.
• Sistemes barrera (airlocks, autoclaus) per entrada de materials i sortida controlada de residus.
• Tanques de descontaminació d’efluents.
• Sistemes d’eliminació de carcasses animals (incineració, digestió alcalina, autoclau).
• Sistema automàtic de gestió de paràmetres crítics amb històric absolut de totes les incidències i problemes.
• Control d’estocs de material biològic infecciós (i especialment aquell sensible, o associat a GoF o a DURC).
I més però aquest són rellevants… i continuarem en com això es relaciona amb #SARSCoV2 més tard.

(continuació…)

I ara posem-nos en situació, sorgeix un nou virus, en aquest cas #SARSCoV2 que desencadena una pandèmia i hi ha necessitat de vacunes i antivirals. Però clar, no es pot manegar el virus i els seus cultius i fer proves de la seva infectivitat en laboratoris convencionals ja que per la seva perillositat se li ha assignat internacionalment un grup de perillositat, hazard group, de 3. Tot d’una tots els centres de recerca convencional i els laboratoris de microbiologia hospitalaris no poden FER CRÈIXER el virus, només poden fer confirmació de presència per PCR o ELISA de detecció d’anticossos. En ser un HG3 la recerca amb el virus #SARSCoV2 queda circumscrita a aquelles instal·lacions amb nivell de Bioseguretat 3, que tenen les condicions que comento en l’enllaç a un enfilall previ. A Catalunya, d’instal·lacions que tinguin la capacitat de treballar amb el virus #SARSCoV2 infecciós hi ha poques (em sobren dits de les dues mans) però que puguin treballar amb #SARSCoV2, que tinguin experiència amb altres #coronavirus zoonotics com #MERSCoV i que a més, tinguin més de 15 anys d’experiència en estudis pre-clinics de registre de vacunes en models animals diversos només hi ha UNA instal·lació, IRTA-CReSA.

Si qualsevol empresa, catalana posem pel cas, però de més enllà també, té un desenvolupament, un prototip vacunal a testar vs #SARSCoV2 té la possibilitat de fer-ho a les seves instal·lacions o subcontractar. A Catalunya, imho, només una empresa té un NBS3 state-of-the-art de bona capacitat. No és normal que un empresa tingui una unitat #NBS3, pel tema de costos que vaig explicar també més amunt. Per tant l’activitat es subcontracta, i aquí és on entra @cresa_r, que té la instal·lació, el personal format i les capacitats; en aquest cas una inversió pública, com és IRTA-CReSA (i aquí caldria dir inversió pública catalana perquè l’Estat només té ulls pels centres de Madrid) ha fet també transferència de coneixement intangible a empreses que ho necessiten i que ja els avanço han estat més de 2 o 3. Les unitats d’alta biocontenció són estructures molt complexes que, quan calen, no es poden fer en 4 dies…de fet ni en 4 anys, si considerem disseny, construcció i validació de l’operativitat. Per això cal tenir-la activa, i greixada per la pròxima #zoonosi. #OneHealth #SARSCoV2 #CoVID19Catalunya

Bonus track; mig amagat en el text principal surt “ Sistema automàtic de gestió de paràmetres crítics amb històric absolut de totes les incidències i problemes” i “Control d’estocs de material biològic infecciós (i especialment aquell sensible, o associat a GoF o a DURC)”. En un laboratori de nivell 3, ben portat, se sap que hi ha, i es registren, incidències i errades. I n’hi ha, ningú pot dir que NO ha tingut mai cap incidència o accident. Per això crec que la opció de #labaccident NO pot ser descartada en absència de proves, més que res perquè la més probable, el salt zoonotic ho és solament de forma molt circumstancial.

Però aquesta, aquesta és una altra història.

Comentaris virus-lents (246): Que sigui improbable no ho fa impossible.

Aquests propers dies està previst, si no em fallen els comptes, la publicació de l’informe que l’equip de la Organització Mundial de la Salut (OMS), enviat a Xina per investigar l’origen de la CoVID19, ha redactat.

Els recordo les 4 possibilitats:

1. Salt zoonotic directe

2. Salt zoonotic a través hoste intermediari, que afavorí adaptació.

3. Introducció per cadena alimentària, a través de congelats (?).

4. Escapament de laboratori

El 1, improbable; el 2, el més probable; el 3, una “anada d’olla” xinesa. Mai explicarà el tret de sortida de la pandèmia; si pot explicar alguna rèplica.  I el 4…És improbable que #SARSCoV2 s’escapés d’un laboratori? Sí, però és condemnadament possible. I aquí m’hi estendré una mica.

Els que em llegeixen saben que soc responsable de biocontenció i bioseguretat en un centre de recerca a Catalunya. Una unitat d’alta #biocontenció en la que es treballa amb patògens perillosos, fins i tot mortals, bastant abans que aparegués el SARSCoV2. I per això els puc dir que, professionalment, he llegit sobre desenes d’incidents i accidents a laboratoris, dels centenars registrats al món, que no són més, per altra banda, que la punta d’un iceberg dels que REALMENT passen. Cap procés humà és perfecte, i les capes d’enginyeria no necessàriament poden ser una ajuda. Ja he parlat d’aquest tema en algunes entrades al blog; vials de verola abandonats durant gairebé 50 anys a un laboratori americà https://comentarisviruslents.org/2014/07/14/comentaris-virus-lents-19-verola-papa-papa-mira-el-que-guardava-lavi-a-les-golfes/ o enviar material altament infecciós pensant que està inactivat https://comentarisviruslents.org/2014/07/25/comentaris-virus-lents-25-pero-que-mheu-enviat/ o barrejar tubs per codificacions deficients… https://comentarisviruslents.org/2015/02/26/comentaris-virus-lents-88-incident-ebola-al-cdc-el-diable-esta-als-detalls/. Però n’hi ha molt més… i atenció, tots aquests accidents s’han reportat als EEUU. Són els americans uns maldestres? No, no ho són mes que la resta del món, senzillament hi ha moltes més mans treballant, i allà es vigila i s’informa. I és el que no tinc gens clar que passi a Xina.

I és que els incidents als laboratoris no són rars. Des del darrer cas de verola a Europa, a Gran Bretanya concretament, lligat a un escapament d’un laboratori…. https://comentarisviruslents.org/2019/08/27/comentaris-virus-lents-225-infeccions-laboratorials-nomes-cal-una-esquerda-verola-al-regne-unit-1978/ Però, anant a èpoques més recents i virus més relacionats, transmissió de SARSCoV en 2004, amb l’epidèmia ja acabada, a Xina … https://www.cdc.gov/sars/media/2004-05-19.html. Però abans ja s’havien descrit infeccions al laboratori… https://www.who.int/csr/don/2003_09_24/en/ ; aquest és un exemple clar que quan es treballa amb patògens no s’han de barrejar, com diuen que és bo no fer tampoc amb les begudes alcohòliques. I de SARSCoV tenim un altre “incident” més… https://www.cidrap.umn.edu/news-perspective/2003/12/taiwanese-sars-researcher-infected. I tot això amb un virus ja més que conegut, i per tant fàcilment diagnosticable. Ara imaginin-se el mateix per un virus desconegut que sortís del laboratori “dins” d’un o més treballadors i que pogués fer diverses rondes de transmissió abans de poder ser començat a albirar.

Les unitats de biocontenció es poden considerar fortaleses impenetrables, asèptiques, extremadament controlades i d’accés restringit però NO estan lliures d’errades i dissortades coincidències. Per tant, un escapament de SARSCoV2 d’un laboratori en el que s’hi treballés mai deixarà de ser una hipòtesi plausible, fins que sigui provadament descartada.

Que hagi passat ja és tota una altra història.

Comentaris virus-lents (245): Raons que jo conec i entenc per vacunar-se versus SARSCoV2

Començaré fort. Si no arribem a taxes de vacunació entre el 50-70% l’efecte de les vacunes vs SARSCoV2 es veurà clarament compromès. Recordin que les vacunes no ens protegiran, el que ens protegeix és la vacunació, i com més estesa en l’espai geogràfic i grups d’edat millor. I la rapidesa amb que s’han obtingut aquestes vacunes fa malfiar alguna gent; òbviament hi ha els que no se la poden posar per estar en grups particulars on el quocient benefici/cost no és favorable (immunocompromesos per exemple, gent amb certes patologies) però també estan els a-mi-no-em-passarà-res, o els jo-no-la-necessito, jo-controlo, i després els conspiranoics, aquests ja directament estúpids.

Com és possible que hagin trigat NOMÉS 11 mesos en aprovar una vacuna? Si abans s’estaven anys, 5, 7 anys per aprovar-les, oi? Algunes coses que explicaré ara són producte de lectures, altres són fets comentats per amics/gues que treballen en aquest camp. Únicament els hi diré dues coses; el rigor en tot aquest procés ha estat el mateix de sempre; la transparència és clarament millorable, perquè potser no s’ha explicat prou ni prou bé.

 

Jo ho vaig dir en el seu moment; si les agencies reguladores independents donaven el vistiplau a una vacuna jo me la posaré, sí o sí, quan em toqui (com em poso la de la grip, sí, aquesta de la que molta gent passa). Són les mateixes agencies que regulen l’aprovació dels antibiòtics, o un anti-cancerigen. La diferència és que en aquests darrers casos, “de perduts al riu”, ja que volem tractar problemes. Per contra, amb les vacunes estem tractant amb una eina pre-exposició al patogen, que s’administra a les persones sanes, i llavors, com som molt filiprims, tolerem poc qualsevol efecte secundari, quan ens pot salvar la vida tant o més que un antibiòtic o un anti-cancerigen.

Molt bé, però, per què tenim vacunes administrables en 1 any des de l’emergència del patogen, SARSCoV2?

Primer, la tecnologia del mRNA NO és nova. Poden veure… https://www.nature.com/articles/nrd.2017.243. I havia tingut ja un recorregut en el camp dels tractaments anti-cancerigen https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC4668311/ o https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC4514038/ com un cas específic. Estem parlant del 2014 i 2015. El que necessitava era un impuls, i dissortadament o per sort, tota moneda té dues cares, SARSCoV2 l’ha donat.

Segon, per les vacunes no basades en el mRNA, tampoc es partia de zero perquè des de fa molts anys hi havia grups de recerca treballant en vacunes per a virus semblants (Ebola, pel que tenim vacuna des de 2018, la #ervebo de Merck; MERS per la que no tenim encara però sí s’ha treballat molt en diverses plataformes; aquí el centre on treballo, CReSA té una gran experiència i és del 3 centres al món on es poden fer els estudis amb model animal, etc.).

Tercer, alguns projectes amb altres coronavirus havien arribat a assajos de fase clínica 1, i això també s’ha aprofitat.

Quart, s’ha invertit una quantitat de diners que fa feredat (com de diferent ens aniria si es gastessin habitualment en això i no en tancs, o submarins que no suren, etc.), i els diners, ja ho saben, fa anar tot molt més ràpid. Però quan t’hi va la pell suposo que tots estarem d’acord que no és mala inversió.

Cinquè, la recerca s’ha llegit en temps real; els pre-prints han volat i el coneixement s’ha compartit immediatament; els revisors han revisat com si no hi haguessin nits; això ha provocat cert soroll de fons i un biaix mediàtic, ocasionalment tremendista, però és indubtablement positiu i accelerador.

Sisè, s’han solapat fases clíniques, i altre cop aquí, podríem queixar-nos perquè NO s’havia fet abans!! No s’esperava a les dades d’una fase per començar l’altre, és un risc però si el risc te’l cobreixen, i sempre que tinguis una base de coneixement coherent no és un tret a les fosques, possiblement podràs aprofitar tot el cos de dades generat.

Setè, els assajos clínics de fase 3 han reclutat desenes de milers de persones en temps rècord, i no solament perquè la pandèmia era rampant (saben que uns dels problemes d’acabar de desenvolupar i provar la vacuna de ebola era que MAI aconseguien provar-la en un grup prou gran de persones? va tenir que venir l’enorme brot de ebola a Sierra Lleona, Guinea i Libèria, al 2014-16 amb 29.000 infectats per poder-la provar, i el brot a República Democràtica del Congo, del 2018 al 2020 va permetre ja la seva aprovació) sinó perquè tots els comitès i acords entre les empreses que executaven els assajos clínics no trigaven mesos si no dies en formalitzar-se. CoVID19 ha tingut total prioritat i de fet la resta d’assajos d’altre medicaments per altres malalties han quedat molt frenats, que no aturats.

Vuitè, les agencies reguladores han prioritzat tot el que tenia a veure amb avaluació continuada, reduint al mínim els temps d’espera; diguem que han desvestit tota la burocràcia i s’han quedat en allò essencial i realment necessari que és l’avaluació de les etapes sense saltar-se’n cap. Altre cop la pregunta aquí és, i per què NO abans? Fem-ho bé i ràpid, si hem pogut un cop.

Novè, s’ha produït la vacuna a risc, un concepte molt capitalista però amb la xarxa de seguretat dels governs. Els governs han decidit invertir com a socis capitalistes en una empresa arriscada; com els que noliejaven naus per comerciar, fa uns segles, quan la probabilitat que aquestes naus tornessin era baixa. S’ha produït les formulacions, una de les quals es comença a administrar avui fora dels grups d’assajos clínics, sense saber si eren efectives, només se sabia que eren prou segures. Això permetrà administrar milions de dosis les primeres setmanes perquè ja han estat produïdes. Però, compte, la producció i la logística que ens espera aquest 2021 serà diabòlica i jo no crec que s’acompleixi l’escenari optimista de milers de milions de dosis a finals de 2021. Per això, si li toca, posi-se-la.

Desè, les agencies reguladores, i els governs han fet una valoració de la relació cost benefici, que també ha de fer vostè. Que és millor, més de 15 mil morts a Catalunya, i més de 70 mil morts a Espanya i mantenim “impasible el ademan” i no es posen la vacuna o posar-se la vacuna i que en un de cada 100.000 o 1.000.000 casos tinguem un efecte advers?. Ja no parlo de una mica de maldecap, dolor en el punt d’administració, unes dècimes de febre o malestar general si no una cosa més greu. A l’altre costat de la balança, i assumint que #SARSCoV2 deixat al seu aire ens infectarà gairebé a tots en algun moment, comptin un 3% d’hospitalitzats i al voltant d’un 1% de mortalitat. Això a Catalunya serien 77.000 persones. Si vostè coneix a més de 100 persones, i deixem campar a #SARSCoV2, una d’elles, com a mínim, morirà de CoVID19.

Jo si tinc una eina, l’empro. I demano a la gent que l’empri amb mi. Quants més l’emprem més poderosa serà la eina i els seus efectes.

Clar que això també es podria aplicar al tests ràpids; però aquesta, aquesta és tota una altra història.

Comentaris virus-lents (244): Només hi ha una corona, per ara.

Amb la nova variant de SARSCoV2 descrita a Anglaterra que ha desfermat cert furor i neguit ha tornat ha emergir la mala praxi, o desconeixement, del que és una variant i del que és una soca, quan parlem de virus. No esmentaré el concepte “sepa” verbalitzat per alguns il·lustres, com Monica Terribas recentment, la Marató de TV3 crec, perquè això ja no seria virologia, si no…altra cosa.


Què és una soca viral? Què és un aïllat viral? Què és una variant?


Imagini’s que vostè atén un malalt de CoVID19 i li treu una mostra, cultiva aquesta mostra en monocapes cel·lulars (una tècnica amb punts d’art), normalment de cèl·lules Vero E6 (una línia cel·lular generada a partir de les cèl·lules epitelials extretes dels ronyons de mona verda, Chlorocebus sp.; anteriorment anomenat Cercopithecus aethiops, desenvolupat el 1962 a la Universitat de Chiba, Japó), i amb sort (i en funció de la càrrega viral del malalt) veurem com el tapis cel·lular és destruït per un element invisible. Si recuperem el medi post-infecció i mirem per microscòpia electrònica “veurem” el virus, aquest element invisible; si agafem una petita porció del medi i el transferim a altres cèl·lules Vero E6 sanes, s’infectaran i moriran. Hem aïllat el virus, tenim un aïllat, un virus aïllat, separat del seu origen, l’infectat.


Tots aquest aïllats, de diferents malalts, són SARSCoV2, donen cos a la soca SARSCoV2. I no, no són iguals perquè si agafem l’aïllat del pacient A, i el del B, i el del C que potser s’ha obtingut a milers de kms, i seqüenciem per saber exactament totes las bases del seu genoma veurem que poden presentar canvis, mutacions (errades en la replicació que els ha originat) però no per això deixen de ser i fer el mateix, tenen les “mateixes” propietats biològiques. I si algun aïllat tingués propietats biològiques noves o diferents, per exemple, poder-se unir a un receptor diferent, o generar un embolcall més resistent que el faci més estable a les condicions ambientals llavors, sí, llavors potser estaríem davant d’una nova soca.


La variant que ara preocupa (VUI-202012/01 o la primera “Variant Under Investigation” de desembre 2020) i que preocupa perquè ha sumat mutacions diverses en diferents punts del genoma (per sobre de la vintena), però no perquè les mutacions siguin noves ja que s’havien descrit prèviament en altres variants el darrers mesos, no difereix en res fonamental del primer aïllat que es constituí com la soca SARSCoV2 a Wuhan el mes de gener de 2020. Es diu que és un 70% més transmissible que la variant “original”, l’estàndard circulant, de SARScoV2 (darrers càlculs baixen ara aquest percentatge al 55%) però aquest numero té molt més a veure ara mateix amb la epidemiologia que no amb la virologia. Els petits canvis i mutacions no tenen prou entitat per permetre poder parlar de noves soques, si no incorporen canvis visibles, mesurables, fins i tot dràstics. Només són variacions naturals, ja que els virus ARN muten per la seva natura intrínseca, variants dèiem més amunt, dins una soca, per ara única.


Encara que potser no per sempre tindrem aquesta unicitat; però aquesta, aquesta és tota una altra història.

Comentaris virus-lents (243): El primer de la fila, quan em toqui.

Faré un spoiler directe…si a partir d’aquí ja els hi ve mandra no els caldrà continuar llegint. A la pregunta, I amb la vacuna de la CoVID19 tu que faràs, la meva resposta serà “El primer de la fila, quan em toqui”.

A tuiter, fa uns dies vaig fer una petita enquesta (veure https://twitter.com/XavierAbadMdG/status/1330923824280440834?s=20). Es bo veure respostes i argumentaris. Els resultats a la pregunta

“Al març 2021 hi ha vacuna vs #SARSCoV2 disponible i aprovada, i estem en onada incidència #CoVID19…altre cop. Li ofereixen posar-se-la. Què decideix?”

Sí, sense dubte                  53%

No, de cap manera            10%

Sí, però a la tardor           14%

No encara. 2022?             22%

Això em permet algunes reflexions i comentaris…

El criteri més important de les vacunes és la seva seguretat; quan sap que una vacuna l’administrarà vostè a 100.000 persones, tenir efectes adversos greus en el 0,01% dels vacunats (10 persones) podria ser tolerable. Quan vostè sap que caldrà vacunar a 1.000 milions de persones això suposa 100.000 persones en aquest grup d’efectes adversos; és el mateix però no és igual.

A l’enquesta, tenim un petit percentatge (10%) que no se la posarà de cap manera i en bona mesura aquesta serà la raó. Decisió personal però basada en una premissa errònia.

Aquestes vacunes, un cop aprovat els seus dossiers seran tan segures com les que han seguit una guia més clàssica (i més llarga). Les fases d’assajos s’han complert, totes, la 1, la 2, i la 3, amb una “n” (individus enrolats) a cada fase més que suficient (de desenes, centenars i desenes de milers, respectivament), i amb dissenys coherents i ja disponibles en obert. Que la epidèmia estigués en un punt àlgid ha ajudat també perquè per tenir resultats i diferencies significatives entre el “braç” vacunat i el que no, placebo, cal tenir casos, molts casos. S’ha anat molt ràpid, sí, però MAI s’havien abocat tants diners, i s’havien aprofitant coneixements i estructures prèvies com ara, i MAI la burocràcia havia estat tant flexible (possiblement a expenses d’aparcar altres dossiers i carpetes). Per tant les vacunes seran tan segures com altres a nivell de registre, altra cosa és la percepció que ha generat la rapidesa i algunes comparacions odioses (Ebola, VIH, etc.).  I això és el que representaria el 36% agregat dels que es vacunarien a la tardor o al 2022. Volen donar temps a les vacunes per que demostrin la seva eficàcia en el terreny i donar temps a que es manifestin efectes adversos de llarga durada. Això és una plena fase 4, que s’aplicarà a totes les vacunes que surtin i que es pot considerar com una farmaco-vigilància; les vacunes estan sota la lupa sempre.

Què faré jo? Em vacunaré sense dubte, quan em toqui o em convoquin (estant exposat a SARSCoV2 al centre de treball potser no seré el darrer col·lectiu). Però potser acabo coincidint amb la gent que diu que es vacunarà a la tardor… perquè el procés serà complex i lent.

Mentre tant, no facin gaire cas als venedors de fum que anuncien vacunacions en setmanes i massives, de milions de persones; el repte logístic que ens ve és enorme. La vacunació necessita, demana, temps.

Però bé, ens vacunarem, els que es vulguin vacunar perquè la vacunació és voluntària, una cosa molt diferent és que realment sigui una opció això de no vacunar-se. Però… amb quina? Òbviament, crec que si els dic que no podrem escollir ja ho tenen coll avall; ens vacunarem amb la que prescrigui el Departament de Salut a on vivim. Però, plantejada la pregunta com si fóssim lliures… “I als que contesten que sí es vacunarien vs #SARSCoV2, quina preferirien amb el que saben o han escoltat?.” (veure a … https://twitter.com/XavierAbadMdG/status/1330927053793845250?s=20). Els resultats foren…

Pfizer/Moderna (mRNA)              22%

Oxford-Astrazeneca                       39%

Una de virus inactivat                    15%

Totes seran prou bones                24%

I això em permet fer alguns comentaris i recordatoris…. jo seria del grup del 24% (que no és majoritari). La majoria relativa opta per la vacuna de Oxford, la #ChAdOx1nCoV19. Potser perquè va ser la més mediàtica en els seus inicis, de fet és una vacuna vectoritzada no replicativa, una tecnologia “nova” que l’únic exemple semblant que tindria comercialment seria la vacuna vs #ebola, la #ervebo de #Merck. Hi ha un altre desenvolupament, xinés, a càrrec de Cansino i basada en Adenovirus 5 (ad5) humà. Jo me la posaria, la de Oxford, vull dir (la basada en Ad5 probablement fracassarà) i de fet és probable que sigui la que li toqui a la majoria ja que és, amb diferència, la que té l’estoc fabricat real més alt (a finals d’any 2020 es parla de 2000 milions de dosis), i la de mes fàcil logística (la més barata, i de dues dosis, però es pot conservar refrigerada).

Les vacunes basades en mARN (la BNT162b2 de Pfizer BioNTech i la mRNA1273 de Moderna) no s’ha fet servir mai, NO provocaran, de cap manera, cap mena de modificació en el nostre genoma (ho sento però això és una absurditat, IMHO); per mi el dubte rau no tant en que generin resposta si no en la durada de la mateixa. I en la complicació logística que suposarà per Pfizer assegurar una distribució i conservació a -75ºC. Ara mateix no crec que massa gent a Catalunya s’acabi vacunant amb aquesta vacuna.

I la vacuna de virus inactivat també me la posaria… seria l’elecció dels que es volen vacunar a la manera clàssica, amb un virus inactivat, potser l’estratègia més segura (però en els processos d’inactivació vírica també es poden donar errades). Dissortadament per ells i elles (i per mi) les vacunes inactivades semblen circumscrites a empreses xineses (Sinovac, Sinopharm, Wuhan Institute of Biological Products)i encara estan en algun lloc entre la fase 2 i la fase 3. I no crec que surtin del mercat xinés, que probablement les absorbirà. En tot cas, si està aprovada, per mi serien intercanviables.

Clar que estar aprovada per la FDA (agencia americana) o la EMEA (agencia europea) és una cosa, i la mateixa aprovació per part de l’agència russa o xinesa una altra. És el mateix però no és ben bé igual.

Però aquesta, aquesta és una altra història.

Comentaris virus-lents (241): SARSCoV2 ens re-infectarà? Probablement sí.

M’he tornat a llegir l’article … La reinfecció pot no ser excepcional, però provocaria menys símptomes.  que es pot trobar a l’enllaç https://www.ara.cat/societat/reinfeccio-excepcional-provocaria-menys-simptomes-coronavirus-covid-19-recerca_0_2530547007.html i encara li podem treure una mica més de suc.

Ja he dit en un enfilall anterior (veure el meu TL a Twitter) que les reinfeccions seran normals, de fet seran la norma. Els altres coronavirus, com 229E o OC43 que són alfacoronavirus ho fan; SARSCoV2, que és betacoronavirus, probablement ho farà, també com HKU1 o NL63. Però reinfecció no vol dir clínica, tenir simptomatologia clara, i això és el que no queda clar a l’article.

Ens re-infectarem? Sí. Tindrem clínica greu? Probablement NO, però amb molts condicionants. Si ha passat massa temps de la 1a infecció, si la 1a. infecció fou asimptomàtica o molt benigne, si el nostre estat immunològic ha canviat no podem garantir que no tinguem una versió greu de la CoVID19. I com molt bé apunta en Clotet ens deixem la virologia ambiental sempre arraconada; la pressió d’infecció continuada i alta pot desbordar el sistema immune. Els “virus ambientals” importen i la pressió diària (aquí la distància i l’ús de la mascareta redueixen la captació o entrada) és como la gota d’una aixeta mal tancada.

Exemple de reinfecció? Anem als clàssics. Callow et al.,1990… The time course of the immune response to experimental coronavirus infection of man. A l’enllaç https://ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC2271881/ Es tracta d’una infecció experimental de 15 voluntaris humans amb coronavirus 229E. Vuit d’ells, els que tenien títols d’anticossos més baixos, excretaren virus i mostraren símptomes de refredat. Generaren anticossos, que s’havien gairebé esvaït un any després. Es tornà a inocular els voluntaris amb la mateixa dosi. TOTS tornaren a excretar virus, si bé en menys quantitat i per un període més curt. Més benigne, sí, però encara excretaven i eventualment transmetien (això no ho prova l’article).

A això cal que sumem que cap de les vacunes q s’estan desenvolupant serien esterilitzants; els vacunats tindran, amb una eficiència variable (es parla del 50%), menys símptomes i més bon pronòstic però seguiran excretant SARSCoV2, en menor quantitat i període de temps. Un exemple el tenim a la vacuna d’Oxford, la ChAdOx1-nCoV19, que en els experiments en model animal mico ja va descriure anul·lació de simptomatologia però recuperació de virus infecciós en aparell respiratori pels que fa als animals vacunats. Per tant reduir excreció en quantitat i temps és una fita però no LA fita… com a mínim en aquesta primera tongada de vacunes.

Per acabar, que es fa llarg, el títol més adequat de l’article, IMHO, hauria de ser “La reinfecció pot ser la norma, però provocaria menys símptomes.. probablement” i no “La reinfecció pot no ser excepcional, però provocaria menys símptomes.” 79 caràcters vs 70 caràcters.  

Però tot es veu en el marc de les nostres finestres mentals, i cadascun té la seva.

Però aquesta, aquesta és una altra història.

Comentaris virus-lents (240): Un al·legat en favor de les RCPs.

 

He llegit darrerament algunes entrades a tuiter i comentaris en blogs que malparlen de la PCR en relació a SARSCoV2, sí les RCPs serien la denominació catalana, tot era per despistar un xic, amb arguments, alguns, molt peregrins. Aquí us dono quatre dades i comentaris pel que fa a aquesta tècnica, relacionades amb SARSCoV2, tal com ho veig.

 

Les PCRs no detecten el virus sencer?

No, la PCR és una tècnica diagnòstica en el que ha de primar la rapidesa…i l’especificitat, òbviament. El genoma dels coronavirus té 30.000 nucleòtids, no té sentit amplificar-los tots; el que ens interessa és haver identificat la presència del virus fent servir dues o tres seqüències que siguin especifiques i altament conservades (que es trobin a tots els diferents aïllaments del virus, de SARSCoV2) i no descrites en altres virus que ens permetin fer amplificacions específiques.

Podem seqüenciar el virus sencer? Sí, molt més ràpid que fa uns anys, però tot i així és un procés molt més lent que una qRT-PCR (que es podria transcriure com Transcripció Reversa-Reacció en Cadena de la Polimerasa quantitativa, o en temps real, ja hi tornarem) i quan es tracta de tenir resultats en unes hores perquè d’això depèn un confinament, una definició de contacte a aïllar, o d’un clúster aquest és el “driver”, la rapidesa. No és que no es pugui, és que no facilita la presa de decisions. I de tota manera sempre hi ha una fracció que sí es porta a seqüenciar, però sense la pressió del rellotge assistencial, per poder fer estudis de com varia el virus (si varia) a diferents zones geogràfiques, quin és l’origen, etc. Però aquests són estudis de context, no estudis executius.

 

Les PCRs es poden contaminar?

I tant, tothom que ha treballat en un laboratori de microbiologia, o específicament virologia, sap que les amplificacions poden portar a contaminacions; però hi ha controls, prou controls per posar-la de manifest i descartar la prova; i repetir-la; hi ha controls positius i negatius d’extracció, controls positius i negatius d’amplificació, etc. I apliquen tant a les PCRs directes, aquelles que ja parteixen de ADN, com a les “indirectes”, les RT-PCR que necessiten una etapa prèvia de conversió de ARN en ADN, una transcripció reversa o Reverse Transcription (RT, en anglès) per amplificar després aquest darrer. La transcripció reversa NO amplifica, només ens canvia, ens transforma, el ARN (si hi ha) per ADN. Recordatori, les PCRs (sí, son femenines, perquès són “reaccions”) són reaccions enzimàtiques en les que un enzim permet fer una còpia idèntica d’un fragment de doble cadena de ADN. Per tant en un cicle passaríem de 1 cadena a 2 cadenes, en el segon cicle de 2 cadenes a 4 cadenes, en el tercer cicle de 4 a 8 cadenes, i si vostès comencen a aplicar el concepte 2n on “n” és el numero de reaccions veuran que amb 10 cicles per exemple ja tindrien 1024 cadenes. La majoria de les reaccions d’amplificacions tenen entre 35 i 40 cicles. Recordin vostès, que el coronavirus, com molts altres virus respiratoris (el virus de la grip per exemple, però aquest està constituït per segments mentre que el coronavirus és una única cadena) és un virus ARN així, que pel que resta d’entrada, parlarem de RT-PCR, o més concretament de qRT-PCR, que, com hem dit abans seria Transcripció Reversa-Reacció en Cadena de la Polimerasa quantitativa. Aquesta reacció doble es pot fer tota ella en un sol tub, i ja va emprar-se en la pandèmia pel virus H1N1 l’any 2009, i el que cerca és amplificar milions de vegades un “petit fragment específic” del SARSCoV2; les “comentes” que acabo de posar tenen importància, les comentarem després.

 

Un resultat qRT-PCR positiu indica que el virus està present?

Home, si es fa una feina per no concloure això, no anem bé. Sí, un resultat RT-PCR positiu indica que el virus està present amb una molt alta probabilitat, el que no informa fefaentment és de l’estat (infecciós o no) d’aquest virus, només que el seu ARN estava a la mostra. Si una persona no mostra símptomes el que ens indica és que el virus està replicant-se i o bé esdevindrà simptomàtic o estem davant un pressimptomàtics que en 1 o 2 dies mostrarà simptomatologia. Si la persona mostra símptomes ens indiciarà que aquests són deguts, amb alta probabilitat, a SARSCoV2. L’ARN és una molècula que es degrada amb certa facilitat, si no està protegida; si detecten ARN en quantitats important això vol dir que està dins de embolcalls i càpsides víriques senceres, íntegres, que l’han estat protegint fins que nosaltres hem extret la mostra i hem trencat aquestes proteccions (tampons de lisi). I si no es detecta és que la persona no està infectada o ho està però en els dies inicials, quan el virus  acaba d’entrar i està iniciant la seva propagació, un període d’eclipsi. Res és tot o res, instantàniament, tampoc a la virologia.

 

Però se detecta solament el virus SARSCoV2? 

Està contestada parcialment  més amunt…sí, les RT-PCR emprades ara mateix són extremadament sensibles i eficients en la detecció de SARSCoV2, que no el virus CoVID19. N’hi ha diverses qRT-PCR que permeten amplificar-lo. I els encebadors (“primers”) i les sondes que s’ha dissenyat s’han fet a partir de seqüències presents en SARSCoV2 i no presents en altres coronavirus coneguts (que afecten a humans), o altres virus respiratoris com rinovirus, adenovirus, virus de la grip però també parainfluenzavirus o el virus respiratori sincitial, que no oblidem, poden també estar al nostre cos (a l’estiu amb alta improbabilitat, el mes de novembre o desembre amb una probabilitat molt més alta).

Els hi posaré un exemple. ….Imaginem uns encebadors de 15 nucleotids. Nucleòtids? Són les baules que permeten fer la cadena del ADN, de noms guanina (G), citosina ( C), timina (T) i adenina (A)). Aquests quatre nucleòtids s’endrecen en un ordre concret en aquesta mínicadena, mot curta, que ha de ser recíproc (complementari) al segment específic que hem escollit i que flanqueja la seqüència a amplificar. En certa manera, són les dents d’una cremallera, que “han de casar” amb l’altre banda, per permetre la reacció. Recordin, a més que això passa en dos punts de la cadena del genoma del virus, que potser disten 200 o 300 nucleotids (genoma del coronavirus? al voltant de 30.000 nucleotids). Això vol dir que tenim 15 posicions independents on pot ser que calgui A, o C, o G, o T, i a cada lloc la probabilitat és ¼. Per tant la probabilitat que la seqüència específica es torni a repetir en la natura, i recordem que ja hem cercat que no coincideixi amb moltes “coses víriques” conegudes, és de ¼ x ¼  x ¼ x ¼ x ¼ x ¼… i així fins a 15 cops. Facin servir la calculadora. I ara multipliquin per dos perquè això també ha de passar a l’altre costat. I ara sumin que la sonda fluorescent també s’uneix específicament entre els dos encebadors, però NO emetrà la seva senyal lluminosa fins que es connecti amb el segment amplificant-se, que és el que realment detectem amb l’equip. Sí, detectem solament SARSCoV2.

I com sabem això? Perquè tota tècnica diagnòstica s’ha de validar. I que vol dir validar? Vol dir, entre altres coses, matrius diferents (saliva, esput, mucositat nasals, etc.) inoculades amb el virus que ens interessa, SARSCoV2, o obtingudes d’un malalt, però també, en proves diferents, tots els altes virus esmentats i confirmar que tenim senyes positives pel primer i no per la resta. I confirmar que això passa amb operadors/treballadors diferents, en dies diferents amb sets de reactius diferents, en màquines diferents, fins i tot.

I si això no passa, si tenim senyals positives on no toca, o no tenim senyals positives consistents on toca, s’ajusten les condicions fins assolir-les. I això pot incloure quin és el millor tipus de mostra i com s’ha de conservar aquesta fins que és analitzada. Ens interessa la màxima especificitat sense perdre sensibilitat. I tot està en continua revisió, així que sí, detecten solament SARSCoV2.

 

Però el cultiu cel·lular és més “real”, ens dona informació de virus infecciosos i no sols de genomes, oi?

Jo soc un fan del cultiu cel·lular; si es volen fer estudis de inactivació dels virus per desinfectants, o per agents físics com la temperatura o la radiació ultravioleta necessitem anar a cultius cel·lulars, que ens donaran, però, informació “in vitro”, en condicions controlades.

Però els cultius cel·lulars tenen inconvenients. És gairebé un art, una tècnica lenta (pots necessitar 1 o 2 o 3 setmanes per tenir un resultat), molt cara perquè requereix moltes hores de personal expert, i com dic amb cert art a les mans, i es veu afectat per les condicions d’emmagatzematge i la cadena de fred (vostè pot deixar una mostra a temperatura ambient o en refrigeració uns dies i trobarà senyal molecular; provi de fer el mateix i mirar d’aïllar el virus per cultiu cel·lular i fracassarà; és el que els vinc comentant, i els hi dic des de les espatlles de gegants, de la “escassa” persistència ambiental dels virus embolcallats). I per acabar-ho d’adobar és una tècnica menys sensible, que la PCR, qRT-PCR en el nostre cas.

Ep, que la RT-PCR també té el seu límit de detecció, eh? No pensem que una qRT-PCR pot detectar 1 sola còpia de ARN transcrita a ADN i multicopiada després. El que passa és que aquest límit és molt més baix que el del cultiu cel·lular.

Les dades de cultiu cel·lular es donen habitualment en TCID50/mL; no explicarem ara com s’arriben a aquests valors però sí explicarem, perquè sí és l’objecte, com es donen molts cops els valors de qRT-PCR. Quan es té una corba patró, que relaciona Cts i concentració ARN per mL,  les dades es donen com a còpies ARN/mL però és molt freqüent al laboratori i als mitjans parlar de Ct (o les Cts en plural). Aquest valor marca UN cicle, EL cicle en el que la mostra ha arribat al llindar de positivitat. A partir d’aquell moment la mostra pot ser MÉS positiva, si volen, però en principi ja no serà negativa. Com més baix sigui el numero de cicle, indirectament ens dona una mesura de la concentració del ADN a amplificar; al nostre sistema li costa menys cicles en amplificar i donar senyal positiva. Dos mostres amb Cts de 20 i de 32 són dues mostres positives però una, la primera, molt més carregada de virus que la segona; hi ha 12 cicles de diferència; si multipliquen dos per 12 vegades tindran una estima de la diferència de concentració. Desconfiïn de Cts de 36, o 38, o 40; aquestes mostres són tan feblement positives, que probablement són negatives.

I un apunt final…hi ha moltes còpies defectives, no infeccioses, de virus voltant al costat de partícules infectives; el procés de multiplicació vírica no està, per res, exempt d’errades i de fet molts estudis per altres virus indiquen que el número de partícules no infeccioses és (molt) superior al de partícules infeccioses. Des d’aquest punt de vista, la qRT-PCR seria un surrogate, una aproximació perquè molt ARN d’aquestes partícules no infectives és encara amplificable.

 

Yes No disjuntive ID-10094976

 

Però és molt millor veure bé d’un ull i mig veure d’un altre que no veure-s’hi a dos pams. El primer escenari és el que permeten les tècniques diagnòstiques; el segon és no fer res.

 

Però aquesta, aquesta és una altra història.

 

Per cert, visitar l’entrada de la viquipedia, PCR a temps real, molt recomanable … https://ca.wikipedia.org/wiki/PCR_en_temps_real

Comentaris virus-lents (239): La resposta al SARSCoV2? L’Emmental, benvolgut Watson.

 

Si vostès tallen una llesca de formatge Emmental trobaran alguns forats; si van fent llesques successives del mateix formatge veuran com alguns forats desapareixen si bé altres es generen en altres punts de la llesca per desaparèixer a les següents llesques, i així successivament. Un exemple potser massa bàsic i gastronòmic (algun formatger a la sala per donar-me un formatge català equivalent?) però molt gràfic per explicar la nostra resposta global a la CoVID19. Perquè la nostra resposta és multicapa: accions individuals responsables, confinaments parcials o generals, restriccions de circulació, rastrejos, tests ràpids, proves diagnòstiques, assistència hospitalària, vacunes, tractaments post-exposició…tractaments de les seqüeles d’aquells infectats (no afecta a la transmissió però és un deure col·lectiu). Cadascuna d’aquestes accions és una capa del nostre formatge. TOTES tenen forats, TOTES són fal·libles per si soles. TOTES juntes i ben gestionades són un laberint gairebé impenetrable (crec) per #SARSCoV2… però anem a discutir-les una mica més.

 

Accions individuals responsables; per definició són accions d’abast curt que tenen la potencia de la agregació. Generar distància, dur mascareta, rentar-se freqüentment les mans protegeixen a la gent propera o amb aquella que interactuem. Tenen l’inconvenient que ha de néixer d’un convenciment personal; les mesures de coerció funcionen però mai absolutament i a banda les accions (per exemple dur mascaretes mal posades, no rentar-se bé les mans, ser creatius amb això de la distància) no són tot o res, si no un continu d’aproximacions personals, algunes (moltes) incorrectes. Forats.

 

Confinament parcials o generals i restriccions de circulació. Les mesures socials coercitives com són els confinaments globals (un país) o parcials (territoris, comarques, municipis) són les mesures que hom aplica quan està desbordat o no té altres mesures que plantejar. Són mesures medievals que actuen sobre el global de les persones d’una zona per, evitant el seu moviment, reduir la circulació del virus…però el virus continuarà allà quan s’aixequin les mesures (bé que ho estan veient) i en funció de com es desconfini (velocitat, sectors, etc.) tornarà a agafar velocitats exponencials. Són mesures que no ataquen la base del problema però que compren temps per descongestionar el sistema sanitari, per exemple. Per contra, malmeten l’activitat econòmica i això té i tindrà conseqüència a llarg termini.

 

Rastrejos. Ja està més que comentat que SARSCoV2 té una R0 entre 2 i 3 (recordin, és una mitjana, tenim també els episodis de superdisseminació); per tant cada infectat pot potencialment infectar 2 o 3 persones, que, en principi, seran persones properes amb les que haig tingut un tracte continuat i sense distància. L’inconvenient és que, a diferencia del SARSCoV1 que només transmetia quan la persona mostrava una clínica evident (i que per tant era fàcilment aïllable), en el cas de SARSCoV2 hi ha transmissió abans de la manifestació de clínica (1 o 2 dies abans) i a banda, hi ha un cert percentatge de asimptomàtics o paucisimptomàtics, que fan tot molt més complicat. Seguir contactes des de que està un malalt té una complicació; decidir des de quan abans de la clínica has d’incloure contactes, i considerar-los de risc, és una altra. Però el seguiment de contactes amb totes les seves mancances (forats) és important; vindria ser practicar la microcirurgia venint de la cirurgia (destralera) del camp de batalla que és el confinament general o territorial; no confinem col·lectius, sinó persones de risc en contacte amb un infectat previ. Per definició són mesures que tenen menys impacte econòmic però requereix un petit exèrcit de rastrejadors, i la implicació de les persones específiques a les que es demana confinar-se. Cadascun d’aquests ítems té forats però sempre serà millor que el gran forat de la seva absència o la seva escassetat.

 

Test ràpids i proves diagnòstiques. Test ràpids, resultat gairebé immediat, en qüestió de minuts però relativament pocs sensibles i no extremadament específics. Forats. Proves diagnòstiques moleculars; relativament ràpides però menys esteses (fins fa no massa) són molt més especifiques i sensibles; forats pel que fa a la rapidesa en la comunicació (no serveix de gaire una prova diagnòstica si es comuniquen el resultats als 4 dies (allò ideal seria en les primeres 24 hores), però fins i tot amb aquesta rapidesa la prova ens informa del nostre estat en el moment que ens prengueren la mostra, ens podem haver infectat just després. Proves diagnòstiques serològiques, per detecció d’anticossos; més lentes que les PCR també són prou especifiques i sensibles però només ens informen de la immunitat humoral, no de la immunitat cel·lular (que requereix tècniques més lentes i complicades); per contra sí que es donen informació històrica a data de mostra; ens assenyala si hem estat en contacte amb el virus i hem desenvolupat resposta immune; però si aquesta va ser fa 4 o 5 o 6 mesos abans potser el nostre nivell d’anticossos ha baixat per sota del nivell de detecció de la tècnica. Més forats.

 

Assistència hospitalària. El virus NO ha canviat però l’assistència hospitalària sí. Ja ho vaig comentar fa mesos. El virus ara mateix no ha mutat cap una menor virulència o transmissibilitat, pensar que SARSCoV2 s’acabarà atenuant és una especulació, un wishful thinking, però tampoc està remant en a la direcció contrària); continua sent bàsicament el mateix però qui SÍ ha aprés és el sistema; a força de rebre casos (cada cas és un problema) i de treure lliçons i dades de cada problema ara se sap més bé que fer, es fa abans, i de vegades es prenen mesures preveient situacions futures en base a històrics de casos previs. Això, a més, s’ajunta amb la disponibilitat creixent de tractaments post-exposició (veure més endavant). L’assistència hospitalària té forats (i alguns són culpa nostra, de les nostres prioritats errònies) però està clar que alguns d’aquests forats han minvat o fins i tot desaparegut. Però tot sistema té un límit, i aquest és el gran forat que hem albirat (abril 2020) però pel que no s’ha caigut encara.

 

Vacunes. Explicitades des de bon començament com LA solució, es faran esperar més del que es va publicitar. Encara hi ha gent que diu que estarà disponible abans que acabi l’any; la OMS va dir que en un escenari optimista estaria disponible en 18 mesos (això ens envia al segon semestre del 2021). Ja coneixen la meva opinió; una vacuna raonablement segura i raonablement efectiva que estigui logísticament prou distribuïda i sigui aplicable no l’espero fins 2022, anant bé. En qualsevol cas les vacunes (perquè possiblement tindrem més d’una) no conferiran una protecció total (esterilitzant), potser només tenen una eficàcia del 50-60%; no es podran administrar a tots els col·lectius (com també passa a altres vacunes, en aquest cas fins i tot més ja que en anar de presa les proves de seguretat han estat les justes); potser caldrà escollir col·lectius a vacunar, potser primer el personal de sector sanitari per mantenir segura la barrera de defensa? són una part petita de la població, no tindran impacte en la corba d’infecció però sí ho farà la seva tasca; o podem mirar de vacunar al segment d’edat per sobre dels 60 o 65 anys? amb aquesta aproximació segur reduiríem les taxes de mortalitat; però sí realment tinguéssim disponibilitat i volguéssim reduir al màxim la transmissió caldria vacunar la gent entre 20 i 40 anys; les vacunes poden tenir restriccions logístiques, o estocs parcialment embargats pels països productors; no sabem si caldran dues dosis (un booster) i això seria una complicació logística; no sabem l’abast de la immunitat conferida. Més forats. Però fins i tot una vacuna imperfecta, que faci a SARSCoV2 més difícil circular, en trobar-se més gent protegida, seria útil ja que alentiria la seva propagació, i indirectament facilitaria el treball dels rastrejadors, el seguiment i el confinament dels casos. I per cert, treguin-se del cap que erradicarem aquest virus; potser alguns països l’eliminaran, però no l’erradicarem globalment, per la qual cosa aquest països patiran re-introduccions que tindran que tornar a gestionar. Només ha passat amb la verola, i amb el SARSCoV1, està a punt de passar amb el poliovirus, no passarà amb SARSCoV2; s’ha escampat massa i ara mateix no veig quan deixaran d’haver bosses de població susceptibles.

 

Tractaments post-exposició. Tothom coneix el cas de la hidroxicloroquina. Un fracàs. Un altre forat. Però ja s’han trobat i es trobaran molècules que tindran cert efecte protector sobre els casos greus o reservats dels infectats per SARSCoV2. Qualsevol medicament que eviti entrada a la UCI o que escurci l’estada a la mateixa (remdesivir, que va fracassar per Ebola però que aquí a trobat una segona oportunitat; la dexametasona, un corticoesteroide amb propietats antiinflamatòries que, sembla, redueix 1/3 la mortalitat de pacients amb ventilació assistida i 1/5 part la mortalitat d’aquells requerint oxigeno teràpia però sense cap benefici per la resta de pacients; els preparats de sèrum hiperimmune de Grifols a partir de plasma de infectats guarits, encara pendent d’assaigs, etc.) és un forat menys perquè desestresa el sistema sanitari en el seu extrem, i farà baixar la taxa de mortalitat. Els guanys es poden considerar residuals però són forats petits que també tanquem.

 

En resum, totes les capes tenen forats; alguns forats podran fer-se més petits en el temps (més responsabilitat individual; vacunes més efectives i segures i millor distribuïdes; més i millors tractaments post-exposició, més quantitat i més “qualitat”, i alguns desapareixeran però el nostre formatge continuarà foradat. El que caldrà evitar és que els forats coincideixin gaire i permetin al virus travessar, percolar, totes les capes, donar-li una trajectòria d’oportunitat, perquè això, gràficament, voldrà dir una mort més.

 

SARS portada EID

De les seqüeles i del tot el que impliquen els grans números en els que s’està movent el SARSCoV2 parlarem en una propera entrada.

 

Però aquesta, aquesta és una altra història.

 

De fet aquest model, que pot semblar simplista, l’apliquem en avaluació de riscos, també biològics, i és un model que ja té els seus anys (al voltant de 30 anys) i es deu a James Reason. Es pot consultar.. «Human error: models and management». British Medical Journal 320 (7237): 768-770. PMC 1117770. PMID 10720363. doi:10.1136/bmj.320.7237.768.

Comentaris virus-lents (238): La vacuna contra la CoVID19 no serà cap Grial… únic.

 

És evident que en un horitzó a curt termini (pels optimistes) a mitja termini (pels realistes, que no monàrquics), o sense terminis (pels pessimistes) hom espera que apareguin una o més vacunes que tinguin efecte sobre el SARSCoV2 que causa la CoVID19. Però una pregunta que no ens estem fent (o que no sento gaire) és…i com seran aquestes vacunes? Com la vacuna de la grip, que té eficiències que oscil·len entre el 40 i el 60%? O seran vacunes esterilitzants, que ens faran realment i llargament immunes, com la del xarampió (us recordo que és vacuna de doble dosi) que protegeix de forma gairebé completa?

Epp, he dit gairebé, eh!! http://dx.doi.org/10.2807/1560-7917.ES.2019.24.17.1800529

 

A l’imaginari popular una vacuna ve a ser l’arma definitiva, però des de sempre ha distat molt de ser això. Idealment una vacuna hauria de prevenir fins i tot el desenvolupament de la infecció més enllà d’una etapa molt inicial, i molt abans de la manifestació clínica, induint allò que s’anomenaria una immunitat esterilitzant. Però més aviat sembla que els desenvolupaments que s’estan coneixent dels candidats vacunals públics, pel que fa a SARSCoV2, semblen apuntar a que no podran detenir totalment la infecció, com a molt l’acantonaran a l’aparell respiratori superior, i conseqüentment podrien no aturar la transmissió de persones infectades a d’altres, a través de l’estossec o l’esternut.

 

És a dir, anirem a vacunes que reduirien la càrrega viral, o que contribueixin intensament a la mitigació de la severitat dels símptomes (incrementant la taxa de supervivència amb tota seguretat). Vindrien a ser vacunes que permetrien passar d’estats pneumònics a refredats intensos, que restringirien al virus SARSCoV2 a generar patologia a les vies respiratòries superiors.

 

Com exemple, les dades de la vacuna (contenint informació del gen de la proteïna de l’espícula de SARSCoV2 vectoritzada per un adenovirus de mico) assajada amb macacos per un grup de recerca de la Universitat d’Oxford, (veure enllaç, encara no revisat per parells a… https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2020.05.13.093195v1) que demostra la generació d’anticossos, a més neutralitzants (experiment massa curt perquè no s’ha pogut establir la seva durada en el llarg termini)…però, ai las, els macacos, encara que “protegits”, sense mostrar pneumònia, presentaren títols vírics infecciosos a les seves vies respiratòries superiors. S’ha de dir, però, que l’inòcul que es va emprar estava en la franja alta, unes concentracions poc “ambientals”. Per tant virus a les vies respiratòries superiors, vol dir virus en exsudats o microgotes, virus disponibles per sortir, virus disponibles per fer una nova ronda.

 

De fet, també a les poques dades mostrades aquesta setmana per Moderna (veure entre altres… https://theconversation.com/what-the-phase-1-trials-of-the-first-covid-19-vaccine-really-mean-139020), que parla d’anticossos neutralitzants en alguns voluntaris, li falta la dada crítica, impossible d’obtenir en un assaig de fase I;… aquests anticossos neutralitzants blocaran la propagació del virus a les vies respiratòries superiors?

 

Hi ha un altre obstacle…a la natura, els coronavirus no generen immunitat permanent. M’han sentit dir (escriure) que els coronavirus coneguts, que afecten humans, com són 229E, OC43, NL63 i HKU1 però també altres virus que causen refredats, no generen immunitat PERMANENT, de per vida, si no que aquesta es pot comptar en molts mesos o pocs anys. Poden veure també… https://www.sciencedirect.com/topics/immunology-and-microbiology/human-coronavirus-229e i especialment https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/2170159/?dopt=Abstract. Serem capaços de forcar la mà a la natura, a on ens ha portat l’evolució? Jo crec que no.

 

I ara es té presa, per tant és més que possible que s’estigui aplicant la frase “el que és millor es enemic del que és bo”. Les vacunes de primera generació front SARSCoV2 donaran pas a, més que possiblement, vacunes de segona generació més refinades i més efectives, o protectores, d’aquí uns anys, si el virus les demana. Però ara tocarà ser realista (altre cop); si podem protegir de la malaltia greu als col·lectius vulnerables (i per això cal que sigui MOLT segura) i al personal sanitari haurien de dir que hem fet cim. El primer.

 

No cometem un nou però vell error, de comunicació. La gent ha de saber que NO tindrem una vacuna perfecta en anys…al màxim que podem aspirar és tenir unes vacunes acceptables (amb sort més d’una) en uns pocs anys. Però que caldrà posar-se-la. Si la percepció que s’instal·la és la que jo veig en la gent pel que fa la vacuna de la grip potser, potser alguns beuran oli. Perquè cerquen la seva protecció (la pròpia, l’egoisme de no tenir cap símptoma si te la poses) sense tenir en compte la prevenció d’altres infeccions que no veuen i que no es produeixen gràcies a ella.

 

Així doncs, no previndrem TOTES les infeccions, ara mateix aniríem a prevenir les malalties greus. I no prevenint totes les infeccions entrarem novament en un escenari de consecució de immunitat grupal per circulació continuada però de baix nivell del virus, que ajudaria a mantenir els nivells d’immunitat de la població ja vacunada parcialment; i que podrien permetre que els efectes d’un sola vacunació s’allarguessin en el temps. Però això no treu d’enrolar en la vacunació “obligatòria” els col·lectius vulnerables, o de risc.

 

I compte, que no estem dient res de la immunitat cel·lular, encara poc estudiada i de la immunitat innata. I de la possibilitat, que jo no puc descartar encara, que una fracció de la població que no ha sero-convertit sí hagi tingut contacte amb SARSCoV2 però que l’hagi “netejat” abans de generar cap resposta/senyal identificable, per exemple perquè sí tinguem certa protecció creuada com a resultat d’infeccions prèvies.

 

SARS portada EID

 

Però potser tota aquesta és una explicació ad hoc auto-feta perquè veig (veiem) el raïm de la protecció total massa lluny i ens diem a nosaltres mateixos que està massa verd. I que no assolir un bloqueig de la transmissió ens obligarà a vacunar a molta, moooolta gent per assolir una immunitat grupal significativa.

 

Massa poc temps que hi estem, estan; masses urgències.

 

Però aquesta, aquesta és tota una altra història.