comentarisviruslents

Aquest blog és una seguit de comentaris personals i probablement poc transferibles sobre ciència i política.

Comentaris virus-lents (208): El bioterrorisme pot ser molt, molt animal (2).

 

Com acabàvem a l’entrada 206 (https://comentarisviruslents.org/2018/04/13/comentaris-virus-lents-206-el-bioterrorisme-pot-ser-molt-molt-animal/) un cop tenim clar que al bioterrorisme no li cal actuar sobre els éssers humans per provocar tota una disrupció social o econòmica en un país, fent trontollar el sector ramader i tota la industria agroalimentària associada, hem de interessar-nos per aquests efectes.

 

Un brot epidèmic té una sèrie de costos directes com són aquells relacionats amb la morbilitat, moralitat, pèrdues productives, cost de tractaments, stamping out (o sacrificis generals), suport econòmic al mercat i als ramaders, restriccions de criança, vacunacions d’emergència, vigilància per detectar animals potencialment infectats, activitats diagnòstiques (costos de personal i reactius) i l’establiment de restriccions de moviment i quarantenes. Però també té costos indirectes, com són el temps necessari per tornar als valors de producció inicial sobre tot si s’han fet sacrificis generals i les disrupcions comercials (el status de regió lliure d’una malaltia es pot reclamar però només quan han passat unes setmanes o mesos des d’el darrer cas detectat).

 

Tornem al nostre hipotètic terrorista…les preguntes que es faria serien… I quin escullo? Què li he de demanar al meu agent biològic per poder tenir èxit?

 

La resposta genèrica és obvia, allò que faci més mal (econòmic) i tingui major facilitat de transmissió. I el mal no necessàriament implica altes taxes de morbilitat o letalitat; n’hi ha prou amb que la declaració de la infecció canviï l’estatus sanitari del país i bloquegi les exportacions perquè el mal ja estigui fet. I si portem això al detall, podríem fer aquesta carta de “desitjos”:

  • Altament infecció i contagiós (recordeu que són conceptes diferents).

  • Bona persistència a les condicions ambientals (habitualment temperatura, dessecació, acció del component UV de la radiació solar).

  • Capaç de ser efectiu i predible, generant un patró de malaltia clínica consistent.

  • Que no deixi traça, que pugui ser confós amb un brot natural (com a mínim en el seu inici).

  • Òbviament, patogènic pels ramats locals.

  • Disponible, i fàcilment produïble o adquirible.

  • No perillós pel manipulador o dispensador (el/la bioterrorista).

  • Fàcilment disseminable.

No serà possible trobar cap agent que compleixi tos els criteris per la qual cosa la priorització i elecció dels importants estarà molts cops delimitada pels recursos humans, econòmics i tècnics dels bioterroristes.

 

No parlarem aquí dels 4 primers “desitjos”…sense manipulació genètica, que entraria dins de la recerca dual “problemàtica” (el que es diu DURC, Dual Use Research of Concern), aquests desitjos estan marcat per la biologia i les característiques del patogen i de la seva interacció amb els animals susceptibles. El cinquè és obvi…caldrà escollir una soca vírica, o una espècie bacteriana en front la qual els animals siguin “naive”, no hagin tingut contacte previ, encara que no és indispensable, tenint en compte les taxes de reposició, el fort recanvi d’individus a granges i explotacions.

 

bioterrorism colour team

 

Com aconseguir l’agent?

 

El fluid vesicular (habitualment amb un títol alt) d’un porc infectat amb virus de la febre aftosa (VFA) pot ser transportat a una altra regió, i retenint encara prou infectivitat, per contaminar un gran nombre d’altres animals (sempre que pugis accedir a les granges, és clar). I això seria també extrapolable per VPPA, VPPC o NV (veure entrada 206). Tinguem present però, que les tècniques actuals de biologia molecular podrien traçar l’origen inicial perquè les soques dels brots tenen “marques” específiques, es poden destriar en funció de la seva seqüència genòmica.

 

Com manipular-lo i emmagatzemar-ho?

 

També podem optar no per una aplicació directa si no per una prèvia amplificació, una producció en grans quantitats, ja sigui in vivo (per exemple, en una explotació fora de circuit veterinari) o in vitro. La primera no és impossible; la segona tampoc, però necessitaria uns laboratoris de microbiologia convencional, recordeu que no són agents zoonotics i els éssers humans podem manipular-los amb seguretat, i quantitats importants de reactius (que podrien deixar traça), i personal amb bons coneixements de cultiu cel·lular i propagació vírica. Una combinació no tan senzilla de donar-se.

 

I aquesta producció, si es vol emmagatzemar ha de fer front al repte de mantenir la infectivitat durant setmanes o mesos; a diferencia de les armes químiques o nuclears, les armes biològiques tenen una data de caducitat molt propera a la data de producció sobre tot si es troben en forma líquida, per ser aerosolitzades. Els agents esmentats a l’entrada anterior poden ser dessecats o liofilitzats però perden bona part de la seva infectivitat i després caldria reconstituir-los i aerosolitzar-los i aquí tenim un altre repte, perquè per una aerosolitació efectiva fa falta generar unes gotícules molt petites i homogènies de mida 1 a 10 um, si volem que es mantinguin a l’aire i es desplacin molts metres des d’origen, i això tècnicament no és gens senzill.

 

I que en el moment que aerosolitzem, si ho fem a camp obert al costat d’una granja les condicions climàtiques són una ruleta rusa addicional; insolació, llum UV, regim de vents, humitat relativa poden fer que l’aerosol s’inactivi en minuts, o hores o bé que s’escampi en la direcció no desitjada.

 

Com aplicar-ho? Target ideals?

 

El target ideal, la diana per un atac bioterrorista seria, sense dubte, les unitats de producció intensiva, amb un gran nombre d’animals en espais relativament reduïts que garantirien la infecció d’una fracció dels mateixos i la disseminació de l’agent a la resta. Tanmateix si únicament s’actua en una granja l’acció pot ser blocada ràpidament, i pot deixar rastre (ja que es posaria sota lupa tota l’activitat, entrades, visites, etc. d’aquesta granja).

 

L’alternativa seria actuar en un nombre, important, de petites granges relativament disperses, el que resultaria en un brot epidèmic més extens i més difícil de controlar (encara que els nombre d’animals infectats fora al final menor). Aquí es jugaria amb els perímetres de control i exclusió que podria bloquejar tota l’activitat de moviment d’animals d’una regió.

 

Finalment sempre hi ha la possibilitat d’infectar animals silvestres, el que podria resultar en un brot epidèmic molt més difícil de descobrir, traçar i controlar…pel terrorista també, perquè la variabilitat i els paràmetres que s’escapen al seu control són encara més grans.

 

I què podem fer per evitar-ho?

 

Deixant de banda els alts nivells (representats per la BTWC, Biological and Toxin Weapons Convention) que ha estat ratificada per 141 estats i en vigor des de 1975, a nivell local, de país, l’acció es basa en estratègies i plans de contingència: definir el rol de les agències i departaments involucrats; millorar i mantenir engreixades les capacitats diagnòstiques (no solament amb laboratoris equipats si no també ensinistrant els grangers, veterinaris i altres interessats per reconèixer i reportar qualsevol malaltia sospitosa, o símptoma clínic “fora de lloc”; i mantenir actualitzar un estoc de vacunes contra les malalties més greus (els casos de VFA i rinderpest, perquè per VPPA i VPPC no en tenim vacuna ara mateix).

 

I si finalment esdevé l’atac? Si finalment hi ha confirmació el que cal és mitigar els efectes mirant de reduir l’abast del brot i fer-ho des d’el primer moment amb una comunicació transparent, cercant col·laboració però aplicant protocols de forma estricta, sense miraments (diagnosis, sacrifici, destrucció dels animals infectats, desinfecció), i sense excepcions. I aplicar vacunació d’emergència, si procedeix, encara que això està sotmès a discussió.

 

 

Perquè aquesta, aquesta és una altra història.

Anuncios

Comentaris virus-lents (207): Plouen els virus sobre els nostres caps.

 

En aquest blog hem parlat més d’un cop de la diversitat i l’enormitat numèrica dels virus, que porten a la Terra quasi tant temps que qualsevol forma de “vida”, si no més. Us recomano que re-visiteu… https://comentarisviruslents.org/2015/04/11/comentaris-viruslents-99-mes-virus-que-estels-al-firmament/ o https://comentarisviruslents.org/2015/04/16/comentaris-virus-lents-101-el-planeta-viral-es-fa-preguntes-ser-o-no-ser/https://comentarisviruslents.org/2015/05/19/comentaris-virus-lents-110-i-els-virus-cobriran-la-terra/.

 

earth_blue_planet_globe_219085

Un nou capítol del que és la “virosfera”, “viroma” en altres àmbits, es mostrà fa unes setmanes.

 

S’ha descrit (Reche et al., 2018) que a cada metre quadrat del planeta li cauen, diàriament, uns 800 milions de virus. Una afirmació rotunda, però que cal explicar.

 

El primer de tot és deixar l’egocentrisme, en aquest cas l’antropocentrisme, de banda. Tots aquests milions de virus no afecten al ésser humà, o sols ho podria fer una molt petita fracció. La immensa majoria dels virus afecten als bacteris, i els superen en nombre a la Terra. De fet a l’estudi que comentem també s’aïllaren bacteris però en un nombre inferior, entre 10 i 400 vegades menys, sols desenes de milions a la mateixa àrea.

 

Per altra banda, 800 milions de virus no vol dir 800 milions de virus infecciosos, amb possibilitat de propagar-se. L’estudi va traçar molecularment aquests virus, no va provar ni confirmar que tot aquest material genètic encara retingués la capacitat d’infectar l’hoste corresponent.

 

Aquesta detecció s’ha realitzat en condicions “especials” a 2.500-3.000 metres d’alçada, a les muntanyes de Serra Nevada, a Espanya. No està clar que aquest escenari, o comptatge, es repeteixi a nivell del mar, on es concentra la majoria de la població, i de fet les proves indirectes apunten a que la pluja seria “menor”.

 

Això implica que la rosada del mar, i les tempestes de pols són grans transportadors de virus. Lògicament els investigadors van trobar que les característiques de la majoria dels virus aïllats els hi feien assignar-los un origen marí. Només cal tenir present l’extensió d’aigua salada respecte les àrees continentals i el vent que molt sovint les remou i aixeca.

 

Un cop els virus als corrents atmosfèrics, sense obstacles per la fricció amb la superfície de la terra, poden teòricament viatjar llargues distàncies. Els virus, més “lleugers” que els bacteris, podrien restar en suspensió a l’aire per més temps i per tant recórrer majors distàncies. Els viatges intercontinentals serien, doncs, possibles però això no hauria de fer canviar l’epidemiologia de les malalties infeccioses, en les que juguen el seu paper la dosi, la via d’infecció i el portal d’entrada del patogen entre altres.

 

Però tot això apunta, de nou, al paper central que tenen els virus a la vida a la Terra tal com la coneixem: juguen papers en totes les facetes, des de la nostra microbiota intestinal però també la de la resta d’animals, fins el nostre sistema immunològic, o fins l’evolució d’ecosistemes terrestres i marítims, la regulació del clima i l’evolució de les espècies. Els virus contenen una gran quantitat de gens que són desconeguts, i poden repartir-los a les espècies a les que infecten; de fet entre el 40 i el 80% del nostre genoma, el genoma humà, es relaciona amb infeccions passades degudes a virus ancestrals (Parrish and Tomonaga, 2016); més en detall i tot, el nostre ADN conté més de 100.000 fragments virals, de seqüències originades a partir de retrovirus que ens infectaren en temps pretèrits.

 

Potser som pols d’estrelles però també podem afirmar que som una obra, en bona mesura, viral.

 

Però aquesta, aquesta és una altra història.

 

 

Referències

  1. Moots, H. (2016). What Percent Virus Are You? FiveThirtyEight. A: https://fivethirtyeight.com/features/what-percent-virus-are-you/

  2. Parrish NF, and Tomonaga K (2016) Endogenized viral sequences in mammals. Curr Opin Microbiol. 31:176-183. doi: 10.1016/j.mib.2016.03.002. A: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/27128186

  3. Reche I, D’Orta G, Mladenov N, Winget DM and Suttle CA (2018). Deposition rates of viruses and bacteria above the atmospheric boundary layer. The ISME Journal 12:1154–1162. doi:10.1038/s41396-017-0042-4. A: https://www.nature.com/articles/s41396-017-0042-4

 

Comentaris virus-lents (206): El bioterrorisme pot ser molt, molt animal.

 

El Bioterrorisme es podria definit com l’ús intencional de qualsevol bacteri, virus, substància infecciosa o producte biològic que pot haver estat generat a partir de tècniques biotecnològiques però també bacteris, virus o substàncies infeccioses ja presents a la natura, o fins i tot components modificats dels mateixos, per causar mort, malaltia o alteracions de salut a éssers humans, animals, o plantes per influir en el comportament dels governs o intimidar o coaccionar a les poblacions civils.

 

El bioterrorisme, doncs, fa servir armes biològiques i juga amb l’acció mental d’aquests sobre els governs i la població civil. Es diu que les armes biològiques són relativament fàcils de produir i barates, poden ser dissenyades per causar mort o malalties incapacitants i ser aerosolitzades per contaminar gran àrees geogràfiques…i no és del tot cert. Els efectes teòrics, però, poden ser devastadors, tan devastadors com una guerra nuclear; les armes biològiques segons Livingston (1984) seria “la bomba atòmica dels pobres”. Aquesta afirmació es sustenta pels càlculs d’un grup d’experts (Huxsoll et al., 1987) que estimaren que cal invertir 1 dolar en armes biològiques versus 2000 dòlars en armes convencionals per obtenir els mateixos efectes (mortalitat, morbilitat) per km2.

 

 

bioterrorism

 

Hi ha una llarga llista de patògens potencials que poden fer servir els bioterroristes; tanmateix són pocs els patògens que “es deixen” manipular fàcilment per a la seva propagació i dispersió. Agents tradicionalment emprats com a armament biològic ofensiu inclouen l’agent actual de l’àntrax, la pesta, tularèmia, brucel·losis, borm, criptoporidiosi, psitacosi, la febre del dengue, verola, febre Q, encefalitis virals equines o virus de febres hemorràgiques. Tots ells són patògens presents en animals, molts d’ells transmissibles a l’ésser humà, el que hem convingut a denominar zoonosis.

 

La immensa majoria de patògens que es troben a les llistes de potencial utilitat bioterrorista són zoonosis. Les categories A i C del llistat d’agents selectes amb potencial bioterrorista del CDC (Centre pel Control i Prevenció de les Malalties) estan plenes d’agents zoonotics; pel que fa la categoria A (els consolidats; poden ser fàcilment disseminats o transmesos entre persones, generen altes taxes de mortalitat; poden causar pànic públic i disrupció social, afectant intensament el sistema de salut pública) són més del 80% del total; pel que fa a la Categoria C (les promeses, les malalties emergents) arriben al 75%.

 

 

englisch_biostoffv-G-wordml02000001

 

Òbviament si ens centrem a les zoonosi, el que estem fent a la llarga és calibrar l’afectació i l’impacte a la salut pública, en l’estat de salut de la població humana. Tanmateix el bioterrorisme pot assolir els mateixos objectius, com es destarotar l’economia d’un país, portant-lo a la ruïna, actuant solament sobre les seves fonts d’aliment, però també d’un cert sector industrial, com són els animals, i per tant disseminant virus o bacteris que causen malalties exclusivament en animals. Anem a repassar-los una mica, que alguns us sonaran:

 

  • Virus de la febre aftosa (VFA). Virus extremadament contagiós entre mamífers, i bastant persistent a les condicions mediambientals, no afecta a éssers humans. Té un gran potencial per causar greus pèrdues econòmiques degut al seu efecte a les cabanes bovina i porquina. La infecció es transmet fàcilment per contacte directe entre animals però també indirectament a traves de fomites, i també subministrant directament material infecciós per via oral. Un únic brot pot comprometre un territori molt extens ja que és fàcilment propagable per via àrea, pel vent. Encara que hi ha vacunes efectives, que s’haurien de subministrar 10 dies abans de l’exposició, aquestes no s’empren en països lliures del virus per mantenir un estatus sanitari que permeti el comerç sense restriccions, ja que el que es determina a l’hora d’exportar és l’absència d’anticossos que implica nul contacte prèvia amb el virus. No hi ha tractament post-exposició. Per tant una incursió amb material infectat no es podria aturar un cop produït i la vacuna, encara que disponible, no tindria cap efecte.

 

  • Rinderpest (peste bovina). Una malaltia aguda i fatal pels bovins domèstic però també per búfals i iaks. Els porcs poden també infectar-se. No afecta a éssers humans. No és tan persistent com el VFA a les condicions ambientals, i a la dessecació. La malaltia és extremadament contagiosa i la taxa de mortalitat excedeix el 90% de la població susceptible. La infecció es transmet per contacte directe entre animals mitjançant aerosols virulents, encara que la transmissió a distància (en un radi de 100 m) és possible. Els porcs poden infectar-se per via oral, al consumir productes contaminats. Altre cop no hi ha tractament efectiu post-exposició però sí vacunes efectives (la primera és de fa més de 80 anys).

 

  • Virus de la pesta porcina africana (VPPA). Un virus que causa una malaltia infecciosa a porcs domèstics i silvestres, de qualsevol raça i a qualsevol edat. Malaltia aguda amb alta taxa de mortalitat. Altre cop, humans no susceptibles. Se sap que el virus pot sobreviure per diversos mesos en derivats frescos o assecats de porcs; la malaltia es pot transmetre a llargues distàncies. Aquest virus ha tornat a Europa i és ja un problema seriós pel la frontera est de la UE. No hi ha cap vacuna disponible ni tractament post-exposició eficaç. Un molt bon candidat (i així ho va entendre l’antiga Unió Soviètica que la va incloure en el seu arsenal).

 

  • Virus de la pesta porcina clàssica (VPPC). Aquest pestivirus de la família Flaviviridae, que reté infectivitat encara que sigui sotmès a processos de curat o salat (recordeu el pernil salat) causa el que també s’anomena “hog cholera” o febre porquina. El nom no fa la cosa, i la cosa en tot cas és una malaltia altament contagiosa que es transmet per contacte directe entre els porcs, però també indirectament a través de fomites i qualsevol altre material contaminat, o per ingestió de carn infectada. Clínicament semblant a la malaltia causada per VPPA. De nou, els éssers humans no són susceptibles. HI ha vacunes disponibles però, com en el cas de VFA, per evitar restriccions a les exportacions d’animals o carns, únicament s’empren en casos d’emergència. No hi ha cap tractament post-exposició. Mai s’ha fet servir com a arma biològica però, de nou, la URSS la inclogué al seu programa…però també els EEUU, que fins i tot feu experiments reals amb bombes que es llençaren sobre una granja de porcs a Florida (Wilson et al., 2000) amb resultats “efectius”.

 

  • Virus Newcastle (VN), causant de la malaltia de Newcastle. És un virus amb moltes soques diverses que varien àmpliament en la seva virulència, classificant-se en funció d’aquesta en tres grups. En tot cas el virus és altament contagiós i causa brots explosius, de desenvolupament fulgurant (pot influir la soca vírica i la espècie aviar i l’edat dels exemplars). Es transmet per contacte directe amb animals infectants o vectors (“carriers”), per inhalació. La infecció es pot adquirir, també, a través de fomites, o per ingestió de menjar contaminat, o contacte amb pols o plomes contaminades. Sí afecta a humans, que poden desenvolupar conjuntivitis, però no és un infecció fatal. Hi ha vacunes efectives contra VN; altre cop no hi ha tractament un cop la infecció es manifesta. Mai s’ha fet servir com a arma biològica però, de nou, la URSS la inclogué al seu programa…però també els EEUU al seu programa, que s’abolí el 1969.

 

  • Virus d’influença aviar altament patogènica (HPAIV, de High Pathogenic Avian Influenza Virus, en anglès). Les soques d’aquest virus, bàsicament variants amb hemaglutinina 5 i 7, causen una malaltia altament letal a l’aviram. El principal mecanisme de transmissió del virus és per contacte amb altres animals infectats, persones o fomites contaminades. Hi ha vacunes disponibles però l’alta variabilitat vírica juga en contra. No hi ha tractament específic post-exposició disponible. Sí afecta a humans si bé tot apunta q que el contacte amb l’aviram infectat per assolir infecció ha der ser constant i intens. Un cop infectat l’humà, la transmissió entre humans és inconstant i no es manté en el temps.

 

Òbviament aquest llistat no és exhaustiu, de fet es pot fer molt més llarg, ja que es pot incloure qualsevol causant de malaltia animal que tingui el potencial de propagar-se ràpidament i causar importants pèrdues econòmiques en una o més especies de producció o domèstiques. Així tindríem el cas del virus de la llengua blava, o el virus de la estomatitis vesicular, o el virus de la pesta del petits remugants (peste des petits ruminants), o la malaltia equina africana (African Horse sickness)…i més, si pensem en desenvolupaments humans aprofitant les noves eines biotecnològiques. En alguns casos, però, l’alliberament del virus per una acció bioterrorista hauria d’anar acompanyada amb l’existència natural del vector artròpode competent que permetria la segona volta de propagació, i les successives, com seria els casos del virus de la llengua blava i la malaltia equina africana.

 

El problema que se li plantejaria al terrorista seria però, quin escollir? Què li he de demanar a l’agent infecciós per poder tenir un certa probabilitat d’èxit? Bé, són preguntes que mirarem de contestar en una pròxima entrada.

 

Perquè aquesta, aquesta és una altra història.

 

Referències

  • Huxsoll DL, Patrick III WC, Parrot CD. 1987. Veterinary services in biological disasters. J. Am Vet Med. Assoc. 190(6):714-722.

  • Livingston NC, Douglas JD. 1984. CBW: the poor man’s atòmic bomb. National Security papers, vo. I, Cmbridge MA: Institute for Foreign Policy Analysis.

  • Wilson TM, Logan-Henfrey L, Weler R, Kellman B. 2000. A Review of agroterrorism, biological crime and biological warfare targeting animal agricultrue. In: Brown C, Bolin C, editors. Emerging diseases of animals. Wshington DC, ASM Press.

Comentaris virus-lents (205): To DURC or not to DURC? Aquesta és la qüestió.

 

L’ús de la tecnologia per obtenir avantatge en un conflicte és molt antic. Passar de la pedra al bronze; passar del bronze al ferro, etc. La historia està plena de com avenços tecnològics i científics s’ha adaptat per a la guerra o bé han nascut de la guerra. Ben bé es pot dir que tota tecnologia té un ús dual (un cotxe és “per se” pacífic però si se’l fa servir per atropellar indiscriminadament és un arma terorrista). I molta biologia ara mateix descansa en la tecnologia. Ja no es tracta de llençar cadàvers infectats per sobre les muralles o regalar flassades infectades a indis per aconseguir la seva rendició (podeu veure al respecte en aquest blog https://comentarisviruslents.org/2015/05/02/comentaris-virus-lents-107-el-bioterrorisme-no-es-una-nova-estrategia/) si no de modificar microorganismes en la direcció que desitgem però també en aquella que potser no desitgem.

 

L’atac per àntrax va generar una allau de normatives als EEUU que implicarem regulacions sobre la recerca biològica i l’aparició duna llista de agents i toxines seleccionats (o selectes). Uns pocs anys després, i entre altres exemples, la tecnologia de la biologia molecular permeté la síntesi química de poliovirus i la reconstrucció del virus de la influença pandèmica de 1918; en el dos casos dos virus extints, o quasi extints que semblaven es podien tornar a produir en el backyard, al patí de darrera (algun dia caldrà explicar que això ni de bon tros és tan fàcil).

 

Per gestionar un problema el primer que cal fer el definir-lo i acotar-lo. Que era, en aquell moment, o és ara la recerca d’ús dual (Dual Use Research, o DUR) a les ciències biològiques (tinguem present que en principi hi ha una prohibició total de fer servir armes biològiques, segons la Biological Weapons Convention de 1972). Podríem dir que una “cosa” (i per cosa volem dir tecnologia però també la informació sobre aquesta) és d’ús dual quan es pot fer un ús beneficiós o malvat/criminal. Tanmateix si volem recórrer a una definició canònica podem agafar la que va formular la National Science Advisory Board for Biosecurity (NSABB)…”life Science research that, based on current understanding, can be reasonably anticipated to provide knowledge, information, products, or technologies that could be directly misapplied to pose a significant threat with broad potential consequences to public health and safety, agricultural crops and other plants, animals, the environment, material and national security.

 

En principi una recerca d’ús dual ha d’aixecar certa prevenció o preocupació (que cal gestionar). Estem llavors parlant de la DURC, o Dual Use Research of Concern, en anglès. I dintre de la DURC es troba la controvèrsia GOF, o Gain Of Function.

 

GainOfFunction-GOF-1082214doctor

Què és Gain Of Function? En el nivell més planer es pot traduir com guany de funció i és exactament això, donar una nova propietat o habilitat a una entitat biològica. Els experiments GOF poden donar resultats molt desitjables, com és el cas de la insulina recombinant, que és l’habitualment subministrada i que es genera a partir d’un microorganisme que expressa aquesta proteïna, que no estava inicialment al seu genoma. També és un resultat d’una aproximació GOF, les noves variants vegetals que són més persistents a les plagues o resisteixen millor la dessecació. Però si tenim l’habilitat de fer aquestes manipulacions també vol dir que també som capaços tècnicament de modificar-los amb noves propietats que incrementin la seva virulència i / o transmissibilitat.

 

Això és el que passà el 2011 i que ja va ser comentat en una entrada del blog (veure https://comentarisviruslents.org/2016/04/01/comentaris-virus-lents-164-concepte-gain-of-function-la-ciencia-sempre-guanya/). En resum, dos articles mostraven “com” incrementar la transmissibilitat del virus de la influença aviar altament patogen H5N1. El problema no era només que la informació fos pública si no que malauradament la transmissibilitat s’aconseguia amb uns pocs canvis i semblava fàcil d’assolir per persones amb habilitat i medis convencionals (encara que jo aquí discrepo en l’abast). Després de controvèrsies i certs intents d’amagar o classificar la informació com a reservada, els articles es van publicar el 2012 sense retallades. Una altra erupció aparegué el 2014, aquest cop amb la influença pandèmica. En tots els casos es tractava de treballs de gran vàlua que aixecaven però preocupació des d’els punts de vista de la bioseguretat i la bioprotecció. Aquestes controvèrsies generaren un nou acrònim, PPPs, o Potential Pandemic Pathogens amb el que es volia etiquetar aquells patògens millorats, i per tant nous, amb majors capacitat de transmissibilitat o virulència.

 

D’aquella època ve la moratòria d’execució d’estudis GOF operativa als EEUU i que s’ha aixecat a finals de l’any passat 2017. Unes “portes al camp” com una casa de pagès perquè molta recerca GOF es fa fora de les fronteres dels EEUU i amb fons que no són controlats o derivats pel govern nord-americà.

 

A més, per acabar d’embolicar el tema no hi ha normes clares al món editorial. Quan a les revistes científiques senyeres els arriba un article GOF, en la immensa majoria dels casos que conec s’acaba publicant l’article en tota l’extensió, sense cap o poques restriccions i amb editorials que fan una certa olor a “qui s’excusa, s’acusa” ja que es defensen obvietats com són la vàlua científica de la recerca publicada.
I a banda de les revistes científiques serioses, que poden pre-publicar abans d’una revisió, ara tenim centenars, milers de revistes que permeten la publicació pagant unes taxes. Encara que és molt improbable que es publiqui informació valuosa en aquestes revistes, ja que acostumen a tenir un baix índex d’impacte en la comunitat científica, són forats molt evidents en una estratègia de contenció.

 

El problema és que la tecnologia la tenim i la podem fer servir però no sembla que hi hagi manera de consensuar quins experiments estan justificats pel guany que impliquen encara i els costos/risc potencials associats. I el problema és que a la primera controvèrsia mediàtica (recordeu, el 2012) no hi havia gaire desenvolupades alguna de les tecnologies actuals com CRISPR/Cas9 o una més eficient biologia sintètica. I el problema és que els guanys no poden ser mesurats en temps real o immediat mentre que les assumpcions de riscos catastròfics sí que es porten al present immediat. I que sense valors numèrics reals, moltes avaluacions de risc són purament qualitatives o semi-quantitatives, divergeixen fortament en funció de la subjectivitat de l’avaluador. De fet, de la controvèrsia del 2012 hi ha algunes publicacions que suggerien que un accident greu o molt greu associat a un patogen sota GOF ocorreria en pocs anys (veure referencies al final). Així el 2014 a partir de dades, aportades pel CDC sobre infeccions laboratorials inadvertides en el període 2004-2010, s’arribava a la conclusió que un escapament era possible amb un 0,2% de probabilitat per laboratori i any. Per tant si 50 laboratoris hi treballen durant 10 anys la probabilitat al final d’aquest 10 anys és del…100%. S’ha de dir, però, que portem més de la meitat del període i no s’han vist cap escapament significatiu i hi ha més de 50 laboratoris treballant amb Ebola, SARS, MERS, HPAIV o influença pandèmica i altres patògens.

 

Tot això foragita el personal i el finançament lluny d’aquests patògens que són prou perillosos com per ser subjectes d’una DURC. I això es perillós perquè en els darrers anys hem patit o estem patint, una epidèmia d’Ebola, la emergència de Zika, la progressió de Chikungunya, MERS coronavirus a la Península Aràbiga i Corea, etc. Si la gent no fa recerca, ni que hi hagi el perill que resulti en un risc d’ús dual, mai estarem prou preparats per fer front a la propera epidèmia (us recomano que aneu a http://www.who.int/blueprint/en/ que marca les prioritats de la OMS per aquest any 2018).

 

Particularment jo soc un fervent seguidor del principi de Hanlon que diu…. “Mai atribueixis a la maldat el que pot ser explicat per la estupidesa”. Si substituïu estupidesa per incompetència tenim l’escenari. I el escenari és que sembla molt més probable que si tenim algun problema vingui d’un escapament involuntari d’un patogen modificat, o silvestre, d’alguna de les centenars, milers d’instal·lacions de nivell de Bioseguretat 3 que hi ha al món, o de la cinquantena d’instal·lacions de màxima biocontenció (nivell 4) que d’una acció terrorista o criminal. I no està tan lluny de la nostra imaginació senzillament…perquè ja ha passat. Nomes cal recordar els gaps de bioseguretat que es van donar (i es van fer públics) al CDC i altres laboratoris governamentals dels EEUU a l’any 2015 (podeu consultar aquest mateix blog a https://comentarisviruslents.org/2015/02/26/comentaris-virus-lents-88-incident-ebola-al-cdc-el-diable-esta-als-detalls/ o https://comentarisviruslents.org/2014/07/25/comentaris-virus-lents-25-pero-que-mheu-enviat/). Per tant és bastant més probable que un benintencionat maldestre (un tema de Bioseguretat, o biosafety) acabi provocant el problema (l’epidèmia) que no un malintencionat ben informat (un terrorista, o un biocriminal, un tema de bioprotecció, o biosecurity, com diuen mar enllà).

 

Només unes poques instal·lacions d’alta i màxima biocontenció fan projectes DURC. Potser una via es reduir encara més aquest nombre ja sigui reglamentàriament: al mon hi ha ara mateix dos únics laboratoris que poden tenir i treballar la verola (smallpox), o en funció de registres històrics (laboratoris sense incidències o amb molts bon registres en Bioseguretat serien els únics amb permís, o procedimentals (obligació de complir un estàndards molt alts respecte entrenament i capacitació de personal, tecnologia punta de la instal·lació i traçabilitat).

 

 

englisch_biostoffv-G-wordml02000001

 

Qui tot ho vol, tot ho perd…però també es podria dir que qui vol molt poc, en perd molt també. Fer una llista d’agents selectes d’abast estatal i vigilar atentament tot el que es fa amb ella, qui els té i sota quines condicions, pot donar una falsa impressió de seguretat. Cert que tot el que estigui a la llista estarà controlat (dins de les teves fronteres) però…hi ha molt més enllà de les teves fronteres, i aquest patògens seleccionats es poden obtenir de forma natural (hi ha descrits alguns intents d’obtenir Ebola amb finalitats criminals a partir de mostres d’afectats d’una epidèmia) i fora de la llista també hi ha patògens d’ús dual de potencial més que considerable.

 

En definitiva, hi ha molta recerca actual amb patògens perillosos repartida per centenars de centres d’alta i màxima biocontenció al món. D’aquesta la gran majoria no cau dintre de la definició de la DURC i es continua fent sense aixecar gaire controvèrsia. És un petit subset d’experiments (aquells que poden millorar la letalitat o la transmissibilitat d’un patogen ja perillós) els que generen nerviosisme i és aquest grup el que necessita una aproximació internacional comuna, que generi un estàndard assumible per a la majoria.

 

Potser no podem recórrer exclusivament a una avaluació de risc que es fa un cop l’experiment dissenyat i fins i tot finançat i en vies d’execució perquè com ja he dit moltes d’aquestes avaluacions estan un pel viciades o per biaix dels avaluadors o per la manca de dades empíriques o quantitatives. Potser el resultat no és el que necessitem, si no la eina. Preguntar-se pels riscos i els possible perills promou una anàlisi i discussió més profunda, la qual cosa millora indefectiblement el disseny experimental i els protocols de bioseguretat. No és poc però pot no ser suficient.

 

Potser el que cal es preguntar-se què volem investigar, quines preguntes volem contestar i que són realment valuoses i permetre la recerca que intenti contestar-les tot i el risc que hi pugui haver. I això fer-ho des d’una governança internacional per bé que les decisions serien estatals. Tot sigui per mancomunar el risc. Perquè de risc zero, com tots i totes ja sabeu, no n’hi ha.

 

 

Però aquesta, aquesta és una altra història.

 

• Klots, LC, and Syvester, EJ. (2014). The consequences of a lab escape of a potential pandemic pathogen. Frontiers in Public Health. 2, 1-3 doi: 10.3389/pubh.2014.00116.
• Klotz, LC, and Sylvester, EJ. 2012. The unacceptable risks of a man-made pandemic. Bulletin of teh Atomic Scientist.

Comentaris viruslents (204): Homenatge als virus desconeguts…bacterians.

 

Llegir ciència als diaris és engrescador per dos motius; perquè sempre és bo que la ciència arribi al públic i s’ha de valorar i felicitar a tothom que ho practica i perquè de la lectura crítica de cada article (ningú és perfecte!!) poden sortir comentaris addicionals (que de fet és també un clàssic científic, on és freqüent que les troballes més engrescadores siguin laterals al tronc principal de la recerca pròpia).

 

Fa un dies, El Pais, un desastre de libel si parlem de Catalunya però un diari que encara s’interessa per divulgar certa ciència publicava “A la caza del virus desconocido que amenaza la humanidad” (enllaç https://elpais.com/elpais/2018/02/22/ciencia/1519322760_187107.html). El cos de la noticia és correcte però hi ha algunes errades o mitges veritats que convé ressaltar.

 

“El virus que provoque la siguiente gran pandemia puede estar agazapado en el interior de un animal esperando su momento para saltar al primer humano”…potser no cal ser tan poètic. Els virus no “esperan momentos”; els virus no tenen consciència, de fet fins i tot s’ha dubtat de si els virus estan vius o són essers vius (per més detalls podeu consultat una entrada prèvia https://comentarisviruslents.org/2015/05/01/comentaris-virus-lents-105-i-si-els-virus-no-fossin-els-virions/). Els virus tampoc estan “agazapados” per la senzilla raó que repliquen i es propaguen a la seva conveniència i no tenen perquè mostrar-se. De fet mostrar-se, generar una infecció aguda que pot acabar amb la mort de l’infectat pot ser un mal negoci pel virus, que es queda sense l’energia i els elements per mantenir la seva propagació; és per això que es diu que el virus més adaptat és aquell que es propaga sense malmetre (excessivament) el seu hoste, en una relació més propera al parasitisme benigne, fins i tot al comensalisme.

 

L’errada seriosa la tenim poc després, i reflecteix el nostre antropocentrisme, o animalcentrisme si volem. Diu …” quedan por descubrir alrededor de 1,67 millones (fantàstica previsió ajustada!!) de especies que habitan dentro de mamíferos y aves, los huespedes más habituales de estos microorganismos.” El primer de tot és que és una noticia relativament “antiga”; ja el 2013 es parlava que com a mínim tindríem un milió d’espècies víriques damunt al Terra, de les quals 320.000 ho serien de mamífers (http://www.virology.ws/2013/09/06/how-many-viruses-on-earth/). Però és que el concepte “huespedes más habituales” és una errada radical. Per què són més habituals? Tenen potser els virus preferència pels vertebrats? Si assumim que els virus no són conduits per una força directriu i tenim en compte que hi ha 50 milions de cèl·lules bacterianes en un gram de terra o més de 10 milions de bacteris en un mil·lilitre d’aigua (veure enllaç https://cosmosmagazine.com/biology/hidden-in-plain-sight-massive-new-family-of-ocean-virus-uncovered), de veritat pensem que no hi ha virus que no s’aprofitin d’aquests números? De veritat pensem que les Archea (antigament incloses dins dels bacteris) i els bacteris, que porten sobre la terra desenes, centenars de milions d’anys més que els vertebrats, els mamífers, no han patit l’atac víric des de molt abans i que els virus no han tingut molt més temps per anar-se diversificant amb i en aquests hostes procariotes? Que uns paràsits obligats com són els virus estan menystenint la possibilitat de propagar-se en 10 elevat a 31 organismes procariotes, un 10 seguit per 30 zeros (enllaç http://phenomena.nationalgeographic.com/2013/02/20/an-infinity-of-viruses/ o una prèvia entrada en aquest blog https://comentarisviruslents.org/2015/04/11/comentaris-viruslents-99-mes-virus-que-estels-al-firmament/)?.

De bacteriòfags, que és la manera que tenim de denominar els virus de bacteris n’hi ha una legió…molta d’ella fantasma, sense descriure.

 

Encara que les dades d’un estudi molt citat (Whitman et al, 1998), que calcularen la biomassa bacteriana i la feren molt propera o quasi equivalent a la de les plantes, no sigui del tot correcte, de ben segur els hostes més habituals pels virus no seran els eucariotes, si no els procariotes, els bacteris i les Archea, i la diversitat bacteriofàgica serà també major. Altra cosa és que els prestem tanta atenció.

 

Però aquesta, aquesta és una altra història.

 

 

Referències

Whitman et al., 1998. Prokaryotes: the unseen majority. Proc Natl Acad Sci U S A. 95(12):6578-6583. Enllaç a: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/9618454

Comentaris virus-lents (203): Aedes aegypti, cada cop més a prop.

 

Una noticia que ha passat bastant desapercebuda però que pot tenir una indubtable importància en la transmissió de malalties infeccioses els propers anys a la Península Ibèrica és la detecció del mosquit Aedes aegypti a les Illes Canàries. Aquesta detecció es va produir el passat desembre, en la urbanització Las Granadas de Puerto del Rosario (Fuerteventura).

 

a_aegypti_0--620x349

 

De fet era la crònica d’una historia anunciada, i tenint en compte els precedents amb Aedes albopictus, el mosquit tigre, més d’hora que tard aquest mosquit arribarà a la península, com altres vectors artròpodes, com una conseqüència indesitjada de la globalització, l’increment exponencial de desplaçaments i l’escalfament global que permet a aquests organismes poiquiloterms colonitzar zones que els estaven vedades per ser massa “fredes” (Gould and Higgs, 2009). Ara mateix, aquest mosquit originari d’ Àfrica està també present a les zones tropicals i subtropicals d’Asia, Amèrica i Oceania.

 

Però en temps no massa llunyans, Aedes aegypti ja era entre nosaltres, a tot el llevant ibèric. Esta documentada la presència i activitat d’aquest mosquit a l’Europa mediterrània des d’el segle XVIII (probablement mitjançant vaixells que comerciaven amb Amèrica i Àfrica, per tant per via peninsular) fins les primeres dècades del segle XX; se’l considera causant de grans epidèmies de febre groga i dengue (veure https://ecdc.europa.eu/en/news-events/new-settlements-aedes-aegypti-raising-concerns-continental-eu). L’impacte de les malalties vectorials, on A. aegypti jugà el seu paper, a Catalunya en aquells segles, ja ha estat revisat en aquest blog (us recomano encaridament l’enllaç https://comentarisviruslents.org/2017/04/29/comentaris-virus-lents-194-molt-breu-historia-dalgunes-malalties-vectorials-a-catalunya/). Fins i tot, el darrer lloc en que es detectà fefahentment a Europa va ser a Barcelona, el 1939, fa d’això quasi 80 anys. Bé es pot dir que el mosquit torna, no que arribi de bell nou.

 

Aedes spp, per tant Aedes albopictus i Aedes aegypti entre altres, són vectors competents de zikavirus, en certa manera un nouvingut, que si bé no genera una afectació seriosa en homes pot tenir greus conseqüències pel fetus de dones gestants sobre tot si l’infecció es dona a els primeres etapes de desenvolupament fetal. Però és que Aedes aegypti és vector mundial de dengue i de febre groga.

 

Un país pot estar lliure de dengue per no tenir al seu territori vectors competents ni persones infectades; també si té persones infectades (que retornen infectades de països que són endèmics) però no té vectors competents; en canvi és possible que a la llarga un país amb vectors competents i desenes o centenars de casos importats de dengue acabi tenint un cicle autòcton de dengue. I qui diu dengue pot dir zika, o febre groga, o chikungunya.

 

Segons informa el Sistema de Vigilancia Entomológica de Canarias no s’ha detectat aquesta espècie de mosquit en altre lloc de la illa més que a l’inicial. I com no indiquen res més i és molt fàcil detectar la presència de genoma dels virus esmentats en el mosquit, cal entendre que s’han fet aquestes proves d’amplificació genòmica i han donat resultat negatiu, i hem de concloure que no portaven cap dels patògens esmentats.

 

Compte, que el que estem dient és que tenen, a Canàries, mosquits que poden servir de base per futures malalties infeccioses, no que ja suposin un perill per se, amb la seva sola presència. Però no està de més recordar els casos propers de Cap Verd i Madeira, territoris lliures de dengue des de fa dècades; tanmateix, el 2005 es registraren més de 30 casos a Madeira un cop descrita l’arribada del mosquit; també es detectà el 2006 i el 2012; entre 2012 i 2013 es comptabilitzaren més de 2100 casos i s’informaren de 42 casos de dengue entre persones que retornaren de Madeira als seus orígens (Finlàndia, Alemanya, Suècia, França i Gran Bretanya). A Praia, capital de Cap Verd, el 2010 es detectaren casos de dengue vehiculats pel mosquit. I que el mosquit també s’ha detectat i sembla establert a les ribes del Mar Negre (Rússia i Geòrgia).

 

I no està de més recordar, també, que no teníem Aedes albopictus fa 15 anys a Catalunya. A l’agost del 2004 personal del Servei de Control de Mosquits detectà un, el primer, exemplar de Aedes albopictus a Sant Cugat del Vallès, que també és competent pels virus anteriorment citats. Probablement un carregament de pneumàtics, que acumulen aigua i en dificulten la seva evaporació va permetre la supervivència dels mosquits en un estat no alat. Des d’aquell moment el mosquit ha assolit densitat importants a tot el llevant ibèric i ja s’ha estès pel Mediterrani francès i tota Itàlia (per més detalls mireu el mapa actualitzat a l’enllaç https://ecdc.europa.eu/en/publications-data/aedes-albopictus-current-known-distribution-january-2018). Anecdòticament, o no tant, ja s’ha detectat i aïllat al nord de Portugal.

 

I dues consideracions finals; Aedes aegypti és vector de la febre groga però és que resulta que les poblacions establertes des de fa anys a la riba mediterrània de Aedes albopictus… també són competents per infectar-nos. Això és el que diuen algun dels darrers estudis (veure Amraoui et al., 2016 a https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/27719755). Per altra banda que Aedes aegypti arribi no vol dir que ocupi territori i el comparteixi o desplaci a A. albopictus. De fet la història ha estat a l’inrevés com a mínim en un cas. Aedes aegypti era un vector comú de febre groga a Florida fins a la invasió del mosquit tigre asiàtic, Aedes albopictus (Skuse) el 1985. Des d’aleshores, la població d’Aedes aegypti a Florida ha disminuït dramàticament, però encara creix a zones urbanes del sud de Florida. Les larves d’Aedes albopictus competeixen amb les larves d’Aedes aegypti per a l’alimentació, i es desenvolupen a un ritme més ràpid (Barrera, 1996). I algunes investigacions també suggereixen que hi ha una hibridació de les dues espècies en zones on es solapen, produint descendència estèril (Harper i Paulson 1994), la qual cosa és un magnífic sistema d’autocontrol poblacional…del que ens beneficiem els que estem en risc de ser picats.

 

Saludem, que no celebrem, l’arribada d’aquest vector, el destí del qual serà el resultat d’ una múltiple relació de forces vectorials.

 

Però aquesta, aquesta és una altra història.

 

Referències
• Amraoui F, Vazeille M, Failloux AB. 2016. French Aedes albopictus are able to transmit yellow fever virus. Euro Surveill. 2016 Sep 29; 21(39). doi: 10.2807/1560-7917
• Barrera R. 1996. Competition and resistance to starvation in larvae of container-inhabiting Aedes mosquitoes. Ecological Entomology 21:117-127.
• Gould EA, Higgs S. 2009. Impact of climate change and other factors on emerging arbovirus diseases. Trans. R. Soc. Trop. Med Hyg. 103(2):109-121.
• Harper JP, Paulson SL. 1994. Reproductive isolation between Florida strains of Aedes aegypti and Aedes albopictus. Journal of the American Mosquito Control Association 10:88-92.

Comentaris virus-lents (202): I en això arriba l’aigua crua. Crua estupidesa.

La darrera moda nutricional, que no la final, bé, potser sí per alguns, que s’ha desfermat als Estats Units i que perilla que arribi a Catalunya (sempre hi ha, a tota població, un percentatge de snobs) és el consum de “aigua crua”. És un retorn a la natura més pretèrita i “silvestre” i el seu lloc d’origen, un sarcasme més, ha estat Silicon Valley, el bressol de la tecnologia que consumim.

 

No és país per pobres, però. Cada gerra de 2,5 litres d’aigua crua es pot vendre en aquell lloc al preu gens barat d’uns 30 euros al canvi.

 

I que és l’aigua crua? Coneixem l’aigua de riu, l’aigua continental, l’aigua potable, l’aigua de mar però “aigua crua”? Doncs “aigua crua” és aigua sense processar (habitualment filtrar) ni esterilitzar (habitualment desinfectar). I aquí està el quid, en el retorn a allò no manipulat, a la natura, ha fet forat el fet que es comercialitzi com un aigua “externa a la xarxa municipal o estatal”, que no conté additius ni desinfectants, ni es sotmesa a cap filtració més enllà de la natural, la qual cosa faria aquesta aigua rica en minerals. Eslògans com “Naturally probiotic. Perfected by nature” en alguna d’aquestes aigües van en aquesta direcció.

 

Que qualsevol persona, benintencionada o no, que disposi d’un accés a aigua subterrània pugui obtenir grans quantitats d’aquesta aigua sense sotmetre-la a cap mena de control sanitari i obtenir grans beneficis no sembla generar gaire preocupació pels clients.

 

Existeixen determinades fonts, brolladors, aiguaneix i surgències que poden no necessitar cap mena de filtració, o tractament, i poden embotellar-se directament, però sempre hi ha controls microbiològics. Altres fonts i brolladors poden contenir una gran diversitat de bacteris, i virus (podeu consultar diverses entrades de norovirus en aquest blog), en concentracions variables durant l’any, que poden provocar diarrees benignes o severes i en determinats casos i per segons quin col•lectius mortals.

 

font cano-1081081_1920

 

Però és que a més, aquesta “aigua crua”, com aigua no tractada i per tant aigua no analitzada pot contenir vessaments de tractaments agrícoles (pesticides) però també elements químics naturals com arsènic, radó, urani, a concentracions per sobre dels límits legals.

 

L’existència d’un sistema de tractament centralitzat (si està en mans públiques o privades és tota una altra discussió) de l’aigua potable, o de beguda, i la seva posterior distribució a cases particulars és un actiu imprescindible, que com a país, donem per assumit però com a planeta està molt lluny d’haver-se assolit. Hi ha centenars, milers de milions de persones al mon que no tenen aquest “luxe”. De fet la segregació de les aigües residuals d’aquelles destinades a consum i el posterior tractament d’aquestes darreres estan al darrera de la desaparició del còlera a Europa i Nord Amèrica però també del gran increment en l’esperança de vida humana que ha donat un salt de més de 30 anys des de 1900 fins 1970, per exemple.

 

El 2015, les malalties diarreiques causaren més de 1,3 milions de morts al planeta i fou la quarta causa de mort entre infants per sota de 5 anys d’edat. Rotavirus fou l’agent causal més habitual (per sobre dels 200.000 morts) seguit per Shigella spp i Salmonella spp. Per sota dels 5 anys, Cryptosporidium spp també tingué un paper rellevant. Per més detalls consultar: http://www.thelancet.com/journals/laninf/article/PIIS1473-3099(17)30276-1/fulltext. Aquests patògens poden estar presents en aigües naturals no tractades.

 

Fins i tot, l’aigua potable, l’aigua de distribució o aigua processada vilipendiada per aquest col•lectius snobs pateix episodis de contaminació. Així segons la Organització Mundial de la Salut (OMS), l’aigua potable contaminada causa 502.000 morts por diarrea a l’any, encara que es un producte que teòricament ha passat per tractaments de filtrat i desinfecció (habitualment clor o ozó)…però que moltes vegades es torna a contaminar per deficiències en el procés de distribució. Si voleu més detalls i dades aneu a http://www.who.int/mediacentre/factsheets/fs391/es/. Per tant el mal que pot fer un aigua crua que no es trobarà més a la vora d’un desinfectant que la distància entre el lineal de les aigües al lineal de productes de neteja d’un supermercat, pot ser molt gran.

 

De fet les aigües naturals poden portar paràsits com Giardia spp i Cryptosporidium spp, que arriben a través de les femtes d’animals bovins, i que són molt residents a les condicions ambientals i als tractaments desinfectants. Aquest és un dels motius pels que no convé beure aigua de rierols o corrents de prats o zones amb abundants ramats o poblacions de cérvols, isards, cabirols, si és que no ha estat ben desinfectada o bullida abans de ser consumida.

 

manantial

 

Aquests genis del màrqueting que proposen un retorn al “producte natural” com és l’aigua crua poden argüir (fins i tot sense proves) que la seva serà un aigua rica en minerals (?) però nosaltres podem afegir que també rica, ben carregada, d’elements tòxics, matèria orgànica sense caracteritzar, bactèries i paràsits. Aparteu de mi aquest calze, si us plau.

 

Però aquesta, aquesta és una altra història.

Comentaris virus-lents (201): XARXA D’INSTAL·LACIONS D’ALTA I MÀXIMA CONTENCIÓ promoguda per la OMS: discutint plegats per avançar.

 

Els laboratoris d’alta bioseguretat (nivell 3; BSL3 en anglès) i de màxima bioseguretat (nivell 4, BSL4 en anglès) de tot el món representen els nivells més alts de contenció biològica, oferint sobre el paper una gran protecció per a l’usuari, la mostra i el medi ambient. Actualment hi ha més de 50 instal·lacions de contenció màxima (BSL4) al món que manegen alguns dels patògens més perillosos per a la salut humana i animal (Ebola i altres filovirus, SARS i MERS Coronavirus, virus de la febre hemorràgica Crimea Congo, diversos Arenavirus, virus de la febre de la vall del Rift, etc.) amb finalitats d’investigació i diagnòstic; les instal·lacions BSL3 es compten per molts centenars (el lloc on jo hi treballo, IRTA-CReSA és una d’elles). Donada aquesta distribució mundial, s’han celebrat reunions i s’han establert xarxes en el passat centrades en concertar esforços de laboratoris dins d’aquest grup. Aquestes inclouen la Xarxa Europea de Laboratoris BSL-4 (Euronet-P4) establerta el 2005, un Workshop de Desafiaments de Bioseguretat de l’Expansió Global de Laboratoris Biològics d’Alta Confinament celebrat el 2011, i més recentment, 2017, un segon Workshop Xina- EUA sobre els desafiaments de les infeccions emergents, la seguretat laboratorial i la seguretat sanitària mundial. Tres temes recurrents de discussió en aquestes reunions han estat:

  1. Com establir i garantir una capacitació adequada,

  2. El desenvolupament i manteniment de les millors pràctiques i

  3. La importància de la col·laboració per a l’avanç de la ciència i en resposta a un brot de malaltia.

La capacitació i pràctiques de laboratori segures també són un enfocament del Grup de Directors de Laboratoris d’Alta Contenció (GOHLD), compost principalment per directors/es d’instal·lacions per a animals. Aquests esforços, encara que significatius i constructius, només han servit a un nombre limitat de laboratoris de màxima contenció, BSL4.

englisch_biostoffv-G-wordml02000001
Per pal·liar aquest fet, l’Organització Mundial de la Salut (OMS) va convocar un Fòrum d’Instal·lacions d’alta i màxima contenció entre els dies 13 i 15 d’aquest desembre, a Lió. L’objectiu, generar interaccions i relacions entre els responsables d’aquestes instal·lacions amb l’objectiu de l’enfortiment mutu de laboratoris d’alta i màxima biocontenció a tot el món a través de la col·laboració per garantir la bioseguretat i bioprotecció a totes les instal·lacions.

La bioseguretat i la bioprotecció es basen en l’enginyeria de les instal·lacions, una capacitació adequada del personal i una supervisió acurada. Però d’enginyeries i capacitacions hi ha un gran rang, i no està clara la referència, el gold standard, que pot ser continent, estat o fins i tot instal·lació dependent.

A més, el cost operacional de les instal·lacions d’alta i màxima biocontenció suposa un desafiament no només pels laboratoris recentment oberts, sinó també pels laboratoris ja operatius des de fa anys. L’immens cost i els recursos que s’han de dedicar al funcionament d’instal·lacions d’alta/màxima contenció poden representar un gran percentatge del pressupost d’una organització o país i s’han de tenir en compte per a l’expansió i el desenvolupament d’instal·lacions futures. Finalment, la percepció pública, afectada per aspectes culturals i socials, pot tenir una influència significativa en l’obertura i l’ús continu de laboratoris BSL4 en alguns països.

Els objectius específics plantejats en aquesta primera reunió han estat:

  • Col·laboració bilateral o multilateral dels laboratoris d’alta o màxima contenció de tot el món, amb l’OMS com a facilitadora, en la missió comuna de l’enfortiment propi de les mesures de bioseguretat i bioprotecció.

  • Una discussió de les millors pràctiques emprades a les instal·lacions i la identificació d’un mecanisme per compartir i disseminar aquesta informació a altres laboratoris d’alta o màxima contenció.

  • Revisar els desafiaments a què s’enfronten aquestes instal·lacions, i que caldria considerar per al desenvolupament, l’expansió i el manteniment de les mateixes, i quines mesures s’han emprat per superar aquests obstacles.

  • Discussió de la importància de la supervisió per tenir la confiança de la comunitat global i el que es pot fer per enfortir les relacions entre reguladors i científics, per no impedir el progrés científic mantenint la bioseguretat.

  • Abordar el risc percebut pels entorns comunitaris a les instal·lacions d’alta/màxima contenció i què es pot fer per mitigar aquestes preocupacions a través de la divulgació.

  • La possibilitat d’establir un sistema per a la transferència de materials entre laboratoris que hagin demostrat competència tant en bioseguretat com en bioprotecció.

  • Explorar la possibilitat de constituir un mecanisme de revisió internacional amb el propòsit de proporcionar reconeixement internacional a les instal·lacions BSL3/BSL4 a través de l’observació i orientació in situ.

  • Oferir una plataforma de coneixement a les instal·lacions d’alta/màxima biocontenció recentment planificades i/o construïdes, per garantir l’èxit i l’operació segura de les mateixes. En certa manera, que els “vells” ensenyin als “joves”.

  • Sospesar els avantatges/inconvenients de crear una base de dades sobre dades empíriques recopilades en mètodes de descontaminació / desinfecció diversos, validació de sistemes crítics, resistència de vestits integrals i altres dades qualitatives sobre seguretat.

 

InfectiousSymbol

En la meva opinió, “Objectius aquests que caldrà valorar en el llarg termini, ja que són impossibles d’aconseguir en aquest primer Fòrum”. Establir relacions de confiança, compartir informacions per sobre de traves idiomàtiques, d’aproximació tecnològica i fins i tot legals, es feina de mesos o anys però sempre tot té un començament.

La constitució d’una xarxa professional, i més en un tema crític i sensible com aquest, per intercanviar coneixements i estandarditzar procediments, és sempre una bona notícia. Que doni els fruits esperats, això mereixerà una explicació futura a banda.

Però aquesta, aquesta és una altra història.

Comentaris virus-lents (200): Hi ha més veroles que la humana…i estan allà fora.

A l’Africa occidental i central i particularment a la República Democràtica del Congo (RDC) campa sense gaire control la verola dels micos, monkeypox en anglès, un malaltia causada per un virus molt proper a l’únic cas d’eradicació exitosa d’un virus humà, la verola o smallpox en anglès (en data 8 de maig de 1980). Els dos són membres del gènere Orthopoxvius, dins de la família Poxviridae.

 

Aquesta verola dels micos està prou escampada com per provocar milers de casos anuals. És difícil de prevenir perquè no està gens clar quin és el seu reservori, si és que en té únicament un…encara que es digui monkeypox s’ha relacionat el virus amb diferents reservoris com esquirols, ratpenats, civetes, etc.

 

A més hi ha dos variants del monkeypox; una de la vall del Congo més virulenta i que té la capacitat de donar infeccions secundàries, té la capacitat de transmetre’s persona a persona diversos cops, i una altra variant de l’Africa Occidental, que un cop transmesa a l’humà no pot donar infeccions secundàries, i de símptomes més lleus.

 

Si no es parla massa d’ella és perquè la simptomatologia que causa no és massa greu; és una simptomatologia semblant a la verola humana però més benigna. Cursa amb malestar i fatiga, febre, calfreds, mal de cap, mal de gola, estossecs. Unes símptomes inicials que es poden confondre amb la rubèola i la varicel·la. Més endavant es quan es mostren les típiques erupcions per tot el cos, encara que amb certa preferència per les extremitats (braços i cames) i les membranes mucoses, que en assecar-se donen lloc a pústules, crostes i finalment la recuperació final…però no en tots els casos.

 

Així, a la RDC es calcula que moren un 10-15% dels afectats, habitualment per la septicèmia causada per les pròpies ferides…no per la propagació per se del virus. En països com aquests, en absència de vacunes i tractaments, i amb pocs antibiòtics disponibles, múltiples ferides obertes poden suposar un greu perill per la vida.

 

I sí, heu llegit bé, no hi ha vacuna. És una d’aquestes malalties mig oblidades, com en el seu moment fou aquella causada pel virus Zika (descrit a mitjans dels 40 el segle passat) fins que aquest va vessar fora del seus dominis habituals (Àfrica).

 

El monkeypox es va identificar una dècada després del virus Zika, en un lloc tan poc africà com Copenhaguen. Durant la dècada dels 50 i dels 60 del segle XX, fou molt freqüent la importació de primats cap Europa i EEUU per emprar-los com animals d’experimentació en el desenvolupament de vacunes front la poliomielitis. Alguns d’aquest primats emmalaltiren a la ciutat danesa i d’allà s’aïllà el virus que va donar diferents brots posteriors a centres d’experimentació i zoològics del Primer Mon afectant no sols a primats si no també a rosegadors i antilops.

 

El primer cas humà s’identificà a RDC en 1970 i en els següents 10 anys es detectaren més de 40 casos humans al mateix estat però també a Libèria i Sierra Lleona (un dels països afectats per la darrera epidèmia d’Ebola). Tanmateix des de la dècada dels 80 la infecció s’està estenent, afectant a la meitat del país, RDC, i a milers de persones. Ara mateix, per exemple, hi ha 61 casos confirmats (i 172 de sospitosos) en catorze dels 36 estats de Nigèria amb una mort confirmada, d’una persona amb problemes immunològics. Una de les raons de tot plegat té a veure amb el seu cosí, la verola humana; després de l’eradicació d’aquesta i de la suspensió dels programes de vacunació massius la immunitat de grup o poblacional (podeu consultar l’entrada 85, https://comentarisviruslents.org/2015/02/16/comentaris-virus-lents-85-xarampio-i-disney-alemanya-immunitat-comunitaria-algunes-reflexions/) ha baixat. Com a virus estretament relacionats, la vacuna contra la verola era relativament eficaç front el monekypox (proteccions per sobre del 80%).

 

Com a conseqüència de la globalització, de l’intercanvi de productes i mercaderies i de la rapidesa dels transports (que són molts més breus que el període de temps d’incubació de bona part de les malalties infeccioses) el monkeypox pot arribar a qualsevol part del mon. Així tenim el cas dels EEUU on vora 70 persones resultaren infectades al 2003 a Chicago, Michigan i Illinois. No ho foren per haver viatjat a RDC o altres països propers si no per comprar i allotjar a les seves cases uns rosegadors exòtics procedents de Ghana (adquirits com animals de companyia) que estaven infectats. Les persones foren tractades amb un antiviral prescrit també per infeccions d’herpes, i cap d’elles morí. Cal dir, però, que aquestes persones s’infectaren de la variant monkeypox de l’Africa occidental que com hem dit més amunt és la més benigna de les dues que circulen.

 

La verola es pogué eradicar entre altres motius perquè era exclusivament humana. Resulta difícil que es pugui fer el mateix amb monkeypox ja que el virus viu en un, o diversos, reservoris i salta puntualment a humans (zoonosis). És per això que cal una vacuna o tenir disponibles dosis de reserva de la vacuna de smallpox que no és especifica però confereix certa protecció. Recordem que la verola és considerada un arma biològica amb potencial bioterrorista i biocriminal. A manca de verola, smallpox, a algú se li podria ocórrer mirar de fer servir monkeypox, perquè una mica “micos” sí que som.

 

Però aquesta, aquesta es una altra història.

Comentaris virus-lents (199): Coronavirus que volen coronar el cim.

Als darrers anys les malalties infeccions zoonòtiques emergents i re-emergents han demostrat ser una amenaça global tant per éssers humans com per animals. Entre elles, aquelles causades per coronavirus han aixecat un parell de vegades el dit demanant atenció. Fou el cas del SARS-Coronavirus (Severe Acute Respiratory Syndrome o SARS-CoV) l’any 2003 (per més detalls consulteu l’entrada https://comentarisviruslents.org/2014/08/11/comentaris-virus-lents-37-un-primer-coronavirus-que-va-arribar-de-lest/) i és el cas, més recent, i si es vol més pausat però també més constant, del MERS-CoV (o Middle East Respiratory Syndrome), que s’inicià el 2012 i que fins la data porta més de 2000 casos i per sobre de 700 morts (veure http://www.who.int/emergencies/mers-cov/en/ però també teniu com entrada inicial en aquest blog https://comentarisviruslents.org/2014/08/26/comentaris-virus-lents-42-camelids-i-mers-cov-aquest-cop-el-regal-que-ens-porten-no-es-benvingut/).

 

Totes les proves actuals apunten als dromedaris com a reservoris de MERS-CoV i com a vehicles determinants per a la posterior transmissió a éssers humans. Però no solament els camells són susceptibles a la infecció…una de les temences és que si MERS-CoV escapés de la seva ubicació geogràfica actual podria trobar altres reservoris multiplicadors. Que una espècie animal fora susceptible seria un pas en aquesta direcció, com ja s’ha demostrat per les alpaques, les llames i els pors (aquest un estudi fet a IRTA-CReSA, veure Vergara-Aliert et al., 2017a), encara que és, en si, un pas insuficient; la susceptibilitat no garanteix una transmissibilitat potent i continuada (altre cop, Vergara-Aliert et al., 2017b). Dit d’una altra manera, que un animal s’infecti no vol dir que tingui capacitat de transmetre la malaltia a un altre i per tant l’infecció s’extingeix. La font inicial, però, serien sempre els ratpenats.

 

Darrers estudis han demostrat la capacitat del MERS-CoV per infectar un ampli ventall de cèl·lules de camèlids, primats i éssers humans, cavalls, porcs, i cabres…a banda dels ratpenats, òbviament. Una propagació en cèl·lules d’un origen concret no implica, no permet concloure, que l’animal “sencer” serà susceptible i potencial reservori transmissor. De fet cavalls (ponis concretament) i ovelles no han demostrat ser susceptibles a MERS coronavirus (per més detalls altre cop un treball de IRTA-CReSA, Vergara-Aliert et al., 2017a).

 

El que sí sembla clar passats els anys és que els éssers humans infectats no són massa efectius escampant o transmeten el MERS-CoV (i en això hi ha diferencies clares amb el SARS-CoV) encara i algun cas de super-spreader (realment interessant que consulteu l’entrada https://comentarisviruslents.org/2015/10/29/comentaris-virus-lents-137-els-superdisseminadors-o-quan-mers-entra-per-la-porta-costa-que-surti-per-la-finestra/).

 

La diferència de comportament infectiu entre éssers humans i reservoris es troba en la distribució diferencial d’uns receptors cel·lulars que són els que el virus empra per iniciar el cicle infectiu. Ara mateix, amb les dades que tenim, la susceptibilitat de l’hoste ve mediada, principal però no exclusivament, per la distribució d’una proteïna, la DPP4, al tracte respiratori; en humans aquesta proteïna està expressada en tipus cel·lulars que es troben al tracte respiratori inferior (per tant a nivell de tràquea, bronquis i bronquíols); en els principals reservoris animals (dromedaris, llames i porcs) la DPP4 està expressada intensament en tipus cel·lulars del tracte respiratori superior (nas, laringe i faringe). En conseqüència quan progressa una infecció en aquests animals el virus es circumscriu a aquesta zona (veure altre cop Vergara-Aliert et al 2017a) i per tant no genera complicacions (podríem dir que als animals els entra “moquera” però que no passa d’aquí) ni cap mena de mortalitat; en canvi si la infecció progressa en humans pot esdevenir freqüentment fatal.

 

La malaltia de MERS-CoV no és una malaltia d’obligada notificació para la OIE (Organització Mundial de Sanitat Animal), encarregada de la vigilància de la sanitat animal però sí que és obligatori la notificació dels casos confirmats en ser una malaltia emergent que té un significatiu impacte de salut pública. El Gold Standard diagnòstic descansa en tècniques moleculars (PCR); cal trobar positivitat, amplificació, en dos gens o seqüències del virus. Alternativament un animal es considera positiu si dona amplificació positiva a un dels dos gens i positivitat serològica (és a dir detecció d’anticossos front MERS-CoV al seu sèrum). I per exemple, se sap que a Espanya una proporció petita però no insignificant (del 4 al 14%) dels dromedaris de les Illes Canàries han mostrat positivitat serològica (detecció d’anticossos específics en font MERS-CoV)…però no s’ha detectat àcid nucleic, no sembla haver circulació activa del virus.

 

I parlarem properament de l’epidemiologia del MERS-CoV a diferents especies animals fent particular esment a Espanya i a Catalunya.

 

Però aquesta, aquesta és una altra història.

 

 

 

  • Vergara-Alert, J., van den Brand, JMA, Widagdo, W., Muñoz, M., Raj, VS, Schipper, D., Solanes, D., Cordón, I., Bensaid, A., Haagmans, BL and Segalés, J. 2017a. Livestock Susceptibility to Infection with Middle East Respiratory Syndrome Coronavirus. Emerging Infectious Diseases. 23(2): 232–240. doi:  10.3201/eid2302.161239. Enllaç a: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC5324816/
  • Vergara-Alert, J., Raj, VS., Muñoz, M., Abad, FX., Cordón, I., Haagmans, BL., Bensaid, A., and Segalés, J. 2017b. Middle East respiratory syndrome coronavirus experimental transmission using a pig model. Transboundary and emerging diseases. doi: 10.1111/tbed. Enllaç: http://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1111/tbed.12668/full