comentarisviruslents

Aquest blog és una seguit de comentaris personals i probablement poc transferibles sobre ciència i política.

Archivos en la Categoría: poliovirus

Comentaris virus-lents (262): A voltes, altre cop, amb la virulència i les seves tendències.

Deja un comentario Publicado por en diciembre 26, 2023

Un camí cap a la virulència. Cadascun té els seus dimonis. Un dels meus és el lloc comú, però per mi fals, que els virus tendeixen a la benignitat de forma ineludible amb el pas del temps. Així es va vendre pel SASCoV2, obviant, per exemple, la absència de pèrdua de virulència (en els no vaccinats) de poliovirus, o verola, per exemple. Avui els porto un altre exemple, venint dels animals…

El virus de la malaltia de Marek (per detalls sobre la malaltia, veure https://sesc.cat/malaltia-de-marek/) és un virus de la família Herpesviridae, de la subfamília Alfa, on es troben els Herpesvirus 1, 2 i 3, que corresponen al Herpes virus simplex 1, a Herpes virus simplex 2 i a Varicela zòster, respectivament. Doncs bé, aquest virus ACTUALMENT causa càncer en les aus provocant mortalitats per sobre del 90% en els ocells no vaccinats. I és altament transmissible i resistent a les condicions ambientals (dessecació, temperatura, etc.). De fet, els seus efectes generarien pèrdues de més de mil milions d’euros anuals a la industria avícola mundial.

Però això no fou sempre així; el problema va començar a generar-se en la dècada dels 60 del segle passat (aviat hi tornarem). Quan es va descriure per primera vegada el virus de Marek al vols del 1900, no causava càncer ni gairebé mortalitat i sí certa inflamació dels nervis amb una paràlisi transitòria i poc més. Per cert, el nom de Marek li ve del veterinari hongarès Joseph Marek (https://en.wikipedia.org/wiki/J%C3%B3zsef_Marek) que la va descriure el 1907.

Hem passat de la benignitat a la híper-virulència en poc menys de 100 anys. I sí, parlo de híper-virulència, perquè primer es van descriure les soques virulentes, després les “altament virulentes”, que sortien de l’escala i ara ja aniríem per les “altament virulentes plus”. Esperem que al propera categoria no sia la ultra.

Doncs bé, es possible que aquesta evolució hagi vingut afavorida pel creixement rampant de la industria avícola amb l’aplicació indiscriminada de vaccins que evitaven els símptomes de la infecció però no la transmissió (com fan bona part dels vaccins per altra banda). Més circulació, i pressions selectives noves, podrien haver portat al virus a explorar nivells de virulència que, en condicions naturals, haurien estat un carreró sense sortida evolutiu.

I d’això va aquest article recent… https://www.science.org/doi/10.1126/science.adg2238 en el que a partir de material genètic antic (dels darrers 1000 anys) obtingut de 140 jaciments arqueològics (a Europa i Orient Mitjà) comproven que la infecció per MDV (Marek Disease virus) estava força estesa ja fa segles (sense que ningú la descrigués o li dones importància; per tant gaire greu no devia ser). I amb els genomes (o fraccions) identificats associats al virus de la malaltia de Marek han rastrejat l’evolució dels factors de virulència en l’espècie vírica.

I el gen Meq – el gen involucrat en la formació de tumors/càncers, ja existia fa mil anys, però va anar mutant i seleccionant-se i fixant-se aquestes mutacions amb el temps en la línia evolutiva que porta al virus Marek actual. La prova del 9 és que van poder rescatar el gen de fa segles i comparar la seva virulència amb el gen actual en cultius de cèl·lules de pollastre i sí, la variant antiga no generava efecte i l’actual sí.

I una conclusió més important i generalista, encara. Els autors trobaren que els canvis genètics actuàvem en trinquet; les mutacions gairebé sempre s’adquireixen en un ordre específic i, un cop assolides, no tenien marxa enrere, quedaven fixades.

El passat ha generat el present i pot ajudar-nos a evitar que fem prediccions errònies del futur.

Però aquesta, aquesta és tota una altra història.

evolució, poliovirus, salut pública, variabilitat vírica, verola, virologia , , , , ,

Comentaris virus-lents (170): Enterovirus 71, un altre virus global?

Deja un comentario Publicado por en May 22, 2016

El que ara segueix és una entrada sobre un virus que no conec gairebé però que preocupa a la gent, a l’apuntar-se la possibilitat que estigui darrera d’una sèrie d’afectacions neurològiques a infants a Catalunya les darreres setmanes.

Enterovirus 71? Si llegiu l’entrada anterior del blog ja sabreu que es tracta d’un virus caracteritzat fa menys de 50 anys a Califòrnia (1969) a partir de casos de malalties neurològiques (recordeu que dins els enterovirus tenim a l’històric poliovirus).

Se’l considera un virus nou, d’evolució i aparició recent (res d’estrany ja que es troba en una família vírica procliu a la generació de continues variants). A banda del brot neurològic de l’any 1969 als EEUU, va començar a afectar països europeus, com Bulgària (1975), Hongria (1978) i desprès diversos països asiàtics, un dels darrers Cambodja, el 2012.

L’enterovirus 71 (EV71) cauria dins l’espècie A dels enterovirus, per això el podeu trobar com EV-A71 o A71, però dins d’ell distingim diferències que s’associen a localitzacions del brot; no és un virus monolític, amb molt poca variació; ve a ser que el brot de la India és causat per un virus lleugerament diferent al que causà el brot de Àustria, o el que es troba en un brot d’algun país africà.

El primer que us ha de quedar clar és que l’enterovirus A71 genera molta infecció asimptomàtica; molts infectats (aquesta probabilitat és més alta als adults; a tall d’exemple la meitat de la població adulta de Taiwan té anticossos front A71 però no recorden haver passat la malaltia) pateixen aquesta infecció de forma subclínica, sense símptomes aparents però poden excretar eficientment el virus. Compte amb les mesures de higiene, doncs!!

enterovirus71

Micrografía d’un enterovirus A, 71.

Habitualment A71 causa diarrea, erupcions cutànies, i la malaltia de mans, peu i boca (hands, foot and mouth disease, HFMD), però…en casos molt particulars pot arribar a generar altercacions neurològiques greus. Al 1997, a Malàisia i Japó, i al 1998 a Taiwan diferents brots de HFMD va acabar amb morts per malaltia neurològica i es va aïllar A71 dels pacients. Brots de A71 són relativament freqüents en països asiàtics amb comerç intens amb Xina (és a dir, gairebé tots). El cas més cridaner, sense dubte, Taiwan, el 1998, amb un gran brot que inclogué vora 130.000 casos, més de 400 infants amb complicacions reus i més de 80 morts. Taiwan, però, també reportà brots al 2000 (amb 25 morts) i al 2001 (amb 26 morts). El cas de Taiwan el 1998 també és important, o s’ha de retenir a la ment perquè l’epidèmia vingué en dues onades, una principal a les dates a les que estem i l’altre, més local geogràficament, a l’octubre. També s’ha reportat a Malàisia al 1997 i al 2000, amb virus lleugerament diferents als altres brots i al Vietnam als primers set mesos del 2012, amb més de 60.000 casos de la malaltia de mans, peus i boca; s’ha assignat la “culpabilitat” del EV71 a més del 50% d’aquests casos.

Cambodja patí també una epidèmia el 2012, entre abril i juliol, que va provocar la mort de 64 nens (altres parlen d’un mínim de 54 morts per encefalitis greu) per sota dels 7 anys d’edat. La mort fou ràpida, en 24 hores i mostraren símptomes que incloïen afectacions respiratòries febre anormalitats neurològiques generalitzades; dels 24 pacient que es prengueren mostres 15 foren positius per EV71 (subgenogrup C4). La causa inicial del brot no ha pogut ser establerta, però una investigació seroepidemiològica publicada aquest gener al Emerging Infectious Diseases assenyalava que dels sèrums, de nens entre els 2 i els 15 anys, disponibles i recollits entre el 2000 i el 2011 (obtinguts en la vigilància rutinària de la incidència de dengue, abans de brot de EV71 del 2012), més d’un 80% mostraven reactivitat, una reactivitat creixent, més baixa al 2000, de més del 95% als darrers anys, a l’enterovirus 71. En altres paraules el virus ja hi era prou circulant pel país, sense treure gaire el cap, més de deu anys abans de generar el brot neurològic, i en onades o pics de circulació cada 2-3 anys, un model de propagació que sembla repetir-se en altres països asiàtics.

Per tant, sí, és un virus «nou» però no és un virus desconegut. Caldrà trobar quina fou la seva via d’entrada a Catalunya però també pot ser que no la trobem mai (recordem el cas de Cambodja). El que sí es podrà és aïllar i seqüenciar el virus a partir de mostres dels pacients i a partir del seu codi de bases veure el seu grau de coincidència amb les altres soques descrites i d’aquí inferir amb certa probabilitat el seu “progenitor/a” però potser no el cas índex (qui va ser el primer cas i d’on va adquirir aquest primer cas el virus).

Tractament? Em sap greu però no hi ha tractament específic encara, ja es va avançar a l’entrada anterior. No hi ha vacuna aprovada a Europa ni antivirals específics (es parla de la potencial utilitat de la rivabirina) un cop infectat. Sí hi ha un desenvolupament vacunal per una empresa xinesa, Sinovac Biotech, que va fer assajos clínics amb més de 10.000 nens de edats entre els 6 i el 35 mesos, completats el 2013 i que esperava una autorització de comercialització, que sembla que ja és definitiva; amb el certificat de Good Manufacturing Practices de finals de gener de 2016, concedit per la China Food and Drug Administration, Sinovac pot començar a produir la vacuna. Començar a produir no vol dir tenir-la disponible de immediat. Per això caldrà esperar al segon quadrimestre de 2016; l’empresa estima que pot produir 20 milions de dosis, en un principi solament pel mercat xinés on tenen un seriós problema amb HFMD; d’acord amb el ministeri de salut xinés entre gener i novembre de 2015 HFMD causà 118 morts i un total de 1.600.000 casos clínics; l’any anterior, més de 500 morts i 2,8 milions de casos. Com veieu els ratios de mortalitat per casos clínics són molt baixos (“calen” vora 10.000 infectats per cada cas mortal), però tot cas és un món en si mateix.

La vacuna que es comercialitzarà és una vacuna inactivada, generada a partir de la soca H07 (subgenotip C4) propagada en cèl·lules Vero. Com a vacuna inactivada és probable que no generi una immunitat de per vida però semblaria que un cop passats els primers anys de vida, una infecció per EV71 no causa gaires problemes, i menys d’indole neurològica.

I quins foren els resultats de l’assaig clínic? dels mes de 10.000 participants que iniciaren l’estudi acabarem el seguiment més de 9.000. En el grup placebo que no reberen administració de la vacuna, s’observaren 106 casos de HFMD o herpangina, o síndromes respiratoris, gastrointestinal o febrils associats a E71 i solament tretze casos de HFMD en el grup tractat, realment vacunat, amb una eficàcia de l’ordre del 88% als dotze mesos del seguiment. El més interessant però és que la vacuna va prevenir l’hospitalització (0 ingressos al grup vacunat vs 24 en el grup placebo) i la severitat en la malaltia (0 casos altre cop als vacunats vs 8 al grup placebo, tots amb complicacions neurològiques). Per més, es pot consultar un article al New England Journal of Medicine, on també figuren les reaccions adverses a la vacunació, equivalents a les trobades al grup placebo (normalment febre, diarrea, pèrdua de la gana, vermellor, dolor  i enduriment de la zona d’inoculació).

Cal administrar la vacuna? Compleix la vacuna que es comercialitzarà en breu a Xina els estàndards de qualitat europeus? No sóc expert en salut publica; deixem que ho diguin els experts.

Enterovirus 71, un altre virus global? Doncs sí, bàsicament perquè ja no en queden gaires, de virus “locals”.

Però aquesta, aquesta és una altra historia.

Dengue, enterovirus, fomites, poliovirus, salut pública, vacunació, virologia, virologia social , , , , , ,

Comentaris virus-lents (169): D68 i A71, escac però no necessàriament mat.

Deja un comentario Publicado por en May 20, 2016

Aquests darrers dies s’ha fet publica una alerta epidemiològica per un fort increment d’afectacions neurològiques en infants de una natura vírica, concretament per enterovirus. I no solament per un, a més.

Ara mateix s’esmenten dos culpables; un enterovirus D68, que fins on he llegit s’aïllà en un nena de tres anys que desenvolupà una mielitis que li va provocar tetraplegia, i que no guarda relació amb l’enterovirus A71, al que se li assignen la darrera corrua de casos (s’ha aïllat a diversos pacients al Hospital Vall d’Hebró), aquest darrer afectant al sistema nerviós central i provocant romboencefalitis. No està clar que tots els pacients tinguin la mateixa soca, de fet el més probable es que hi hagi més d’una soca circulant, el que està clar és que comparteixen subgrup, el A. El nombre d’afectat hores d’ara està per sobre de 60 infants i com són casos dispersos (Barcelona, Tarragona) sembla bastant probable que hi hagi més d’una cadena de transmissió, que el virus està corrent per diverses bandes alhora. I no està clar que hagi arribat al seu clímax.

Enterovirus? Que és un enterovirus? Els enterovirus són un grup molt nombrós, amb més de 100 integrants, i ubiques, es troben a tot el món. Són un gènere viral caracteritzat per partícules víriques de mida petita, de 27-30 nm, amb un genoma ARN monocanetari. De fet pertanyen a una família que es diu Picornaviridae, paraula que es descompon en pico (petit) rna (la manera anglesa d’expressar ARN) i viridae, la terminació de família de virus, per tant literalment virus-petits-de-ARN. Dins els enterovirus clàssicament es distingiren els poliovirus, els coxsackievirus de tipus A, els coxackievirus de tipus B, i els echovirus entre d’altres, classificació que es feu en basis a la seva patogènia en humans i animals. Aquesta classificació s’ha abandonat i ara es parla que el gènere enterovirus té 12 especies, anomenades de la A a la J…les tres especies que manquen son rhinovirus A, B i C. El que més us sona, ni que sigui històricament, el virus de la poliomielitis, el poliovirus (del que hi ha tres serotips i que ara estan sota la lletra C), pel que sí hi ha vacuna i està quasi eradicat. Els més recents, però, tenen denominacions més anònimes, de fet un numero correlatiu, EV-68, EV-69, EV-70 fins al EV-121. Epp, que entre aquests n’hi ha que no afecten a humans.

Cal diferenciar clarament els termes enterovirus i virus entèrics. Els virus entèrics són una denominació sense categoria taxonòmica; agrupa a tots aquells virus que poden transmetre’s per via fecal-oral. Segur que us venen a la ment els norovirus dels que van parlar fa unes setmanes relacionats amb el cas d’aigües de Font d’Arinsal. Doncs bé, els norovirus són virus entèrics, com també ho són els rotavirus, els astrovirus però cap d’ells són enterovirus.

Ja hem comentat que hi ha descrits més de 100 enterovirus diferents del poliovirus. La immensa majoria d’aquest virus generen problemes respiratoris o gastrointestinals lleus però en alguns casos particulars, si la virèmia (presència de virus en sang) és prou alta pot haver-hi una disseminació tal que arribi a altres òrgans o teixits, i alguns d’aquest virus tenen tropisme (tendència a) cap el sistema nerviós (no cal més que recordar la poliomielitis, per exemple), podent generar atàxia, tremolors, convulsions, pèrdues de consciència i paràlisi d’alguna extremitat. Sortosament encara que es doni aquesta afectació, la immensa majoria tindrà bona evolució, i la infecció no deixarà seqüeles significatives, com sí és més freqüent que passi a les meningitis bacterianes. Els dos que s’han citat com a potencials culpables en aquest darrer brot són l’enterovirus D68 i l’A71.

ev-d68-photo-2

Micrografia electrònica de EV D68; es veuen dues menes de partícules víriques, unes amb genoma (menys contrastades) i altres buides sense àcid nucleic, més contrastades, més fosques.

L’enterovirus D68 va ser identificat per primer cop a Califòrnia fa poc més de 50 anys. Particularment l’enterovirus D68 causa afectacions respiratòries entre benignes a greus, amb una simptomatologia de mucositat abundant, tos, esternuts, i dolors musculars i corporals que pot progressar en els casos mes greus a una respiració treballosa i sibilant. La transmissió, a través de secrecions respiratòries, com la saliva, la mucositat nasal, els esputs i també les fomites, és a dir totes aquelles superfícies, la primera de totes la pell de les mans que un cop contaminades puguin tocar o ser tocades per una altra persona. També s’elimina virus a través de les femtes, una higiene incorrecta sortint del lavabo pot ser també una via de transmissió. De fet als EEUU va haver-hi una epidèmia de impacte nacional, que afectà a més de 1100 persones, majoritàriament infants, molts amb asma o historia prèvia de problemes respiratoris; 14 d’elles moriren. De les més de 2500 mostres analitzades s’aïllà enterovirus D68 en un terç mentre un altre terç tenien altres enterovirus o rhinovirus (els virus causants dels refredats comuns).

I que podem dir de l’enterovirus A71? Aquest virus, que es va descriure per primer cop a Califòrnia en 1969 en uns casos de malaltia neurològica, és considerat l’agent causal (però no únic, que també hi col·labora el coxsackievirus A16) de la malaltia de mans peus i boca, una malaltia benigna de la que els infants es recuperen en 7-10 dies; únicament algun cas aïllat pot desenvolupar meningitis viral i encara menys freqüentment episodis de paràlisi semblant a la poliomelitis, o encefalitis.

Altre cop estem davant d’un infecció que no té tractament. Ni vacuna ni tractament un cop infectat més enllà del tractament de suport per mantenir constants vitals i alleugerir les símptomes.

El que cal per evitar la infecció és extremar les mesures de higiene:

  • Rentar-se les mans freqüentment i amb sabó durant un mínim de 20 segons i amb una bona tècnica; com en tot la tècnica ÉS important.

  • Evitar el contacte proper, corporal (petons, abraçades, compartir forquilla o got) amb persones malaltes.

  • Evitar tocar-se amb les mans, els llavis, els ulls o el nas, com a criteri general però més encara si no ens hem rentat les mans abans.

  • Cobrir-se els estossecs i els esternuts amb mocadors o la màniga, mai amb les mans.

  • Netejar/desinfectar totes les superfícies susceptibles de ser tocades, com els poms de les portes, telèfons, etc. especialment si els estem compartint amb algun malalt.

No tinc prou dades però si no hi ha hagut cap mutació o un canvi en virulència del A71 o del D68 (que algú considera com el més perillòs…,http://www.elperiodico.com/es/noticias/sanidad/enterovirus-d68-sintomas-5139581, mira que en són d’exagerats…més que poliovirus?) i tenint en compte que les manifestacions neurològiques (es comptabilitzen ja 29) són la punta d’un iceberg d’altres simptomatologies més benignes, entre elles la malaltia de mans peus i boca…hi ha hagut un increment en el diagnòstic de casos d’aquesta darrera? O tenim manifestacions neurològiques sense estar envoltades de d’un increment de simptomatologies més benignes i freqüents? Una pregunta a resoldre els propers dies.

Ara mateix no sembla possible traçar una causa, un origen. Sembla clar que és un virus “exòtic” no habitual a Catalunya (s’ha avançat a Zika, altre exotisme que perilla que aterri aquest any). El que sí és cert és que com molts altres virus, els enterovirus i entre aquestos, els assenyalats com D68 i A71 generen moltes infeccions asimptomàtiques; la major part dels infectats no mostren símptomes (particularment quan més edat tenen) però poden ser excretors del virus i per tant el poden transmetre a individus susceptibles. És una mesura de responsabilitat extremar les mesures d’higiene per no ser transmissors involuntaris.

 

Però aquesta, aquesta és una altra història.

enterovirus, fomites, norovirus, poliovirus, salut pública, virologia ambiental, virologia social , , , , ,

Comentaris virus-lents (166): Norovirus i Andorra: res a declarar…per ara.

1 comentario Publicado por en abril 25, 2016

La setmana passada va haver un cert rebombori per un brot considerable (per sobre de 4.000 afectats) de gastroenteritis deguda a aigua envasada que va afectar bàsicament a la zona metropolitana de Barcelona i a Tarragona. El vehicle, aigua envasada en garrafes, subministrada por la companyia de vending Eden i que ha resultat provenir d’una línia de producció de la planta Font d’Arinsal, a Andorra.

 

He sentit alguns comentaris sobre la necessitat de més controls de laboratori. El fons del comentari és cert i irrefutable però s’estavella amb la factibilitat o la relació cost-benefici dels mateixos. Els indicadors de la qualitat microbiològica de l’aigua són, segons la normativa europea, bacteriològics. La detecció de segons quines bacteris fecals implica la possibilitat de presència de virus, també de transmissió fecal-oral. Un aigua que doni positiu a aquests bacteris fecals en una mostra d’un volum concret, per exemple, 100 ml ha de ser retirada del consum. Però, desgraciadament se sap abastament que els virus poden estar present en aigües que ja no continguin aquests bacteris fecals viables, és a dir, la presència de bacteris anuncia possible presència de virus de transmissió fecal-oral (norovirus; astrovirus; virus de la hepatitis A; en temps passats, poliovirus) però l’absència de bacteris no implica absència paral·lela de virus. Els virus poden ser molt persistents i mantenir-se infecciosos per setmanes o mesos a l’aigua un cop hi arriben. Perquè no es fan proves de detecció de virus? Pel seu cost, perquè les tècniques moleculars ens donen senyal de la presencia del genoma del virus però no de que aquest virus sigui encara infecciós, perquè si volem trobar virus viables cal esperar dies, fins i tot setmanes de cultiu en línies cel·lulars (això els que són susceptibles de propagar-se, que no ho són tots), etc. Per tant des d’aquest punt de vista cal assumir que aquí tenim un forat pel que ocasionalment se’ns pot escolar un brot.

 

Res més sentir del brot al meu centre, CReSA, vaig enviar un correu intern dient més o menys…ja veureu com serà norovirus. La simptomatologia evident, l’autoresolucio de l’infecció, que és sempre benigne llevat casos molt particulars; l’apunt inicial a l’aigua com a mitjà de transmissió, eren pistes prou clares. Hi hauria altres virus que podrien mostrar una pistola fumejant com rotavirus o astrovirus, però norovirus acostuma a ser una elecció segura en països europeus.

Assumint la inevitabilitat del brot pel que fa a les proves bacteriològiques altra cosa són les errades procedimentals o saltar-se alguns controls recolzant-se en l’històric. Aixa, Ara el 20 d’abril publicava…”la línia de producció que proveïa l’aigua a Eden és de nova creació-va començar a operar a principis del mes d’abril-, per tant, no havia passat el darrer control oficial.” Mai sabrem si aquest control hagués pogut tenir impacte en la dinàmica del brot, o hagués permès alertar d’alguna mancança.

 

També sembla, per ara, que el problema podria raure en el reciclatge dels recipients. Així com les ampolles de litre i mig no es reciclen, són d’un sol ús, i no s’ha registrat, que se sàpiga, episodis de gastroenteritis d’aigua d’aquesta planta d’Arinsal per aquests envasos, les garrafes de les fonts d’aigua es reciclen entre usos. Dit altrament s’higienitzen, es desinfecten abans de rebre altre cop aigua de la font. Per desgràcia, els norovirus, molt petits, també són força resistents a la inactivació; són perfectament capaços de resistir pH àcids o bàsics (al voltant de pH 2 i pH 12, respectivament per 30 minuts a 37ºC) i necessiten un bon raig de lleixiu (de l’ordre de 300 ppm o més en funció de la presència de material orgànica) mentre que per “matar” bacteris fecals habituals n’hi ha prou amb una dosi de 70 ppm. A tall d’exemple us recordo que el lleixiu domèstic es ven com una solució d’hipoclorit sòdic a 40-50 g/l i això vol dir 40.000-50.000 ppm…per tant es pot diluir força i encara ser efectiu. Tanmateix suposo que la higienització dels recipients es deu fer per mètodes químics (el pH, probablement hidròxid sòdic) o per mètodes tèrmics i per aquests darrers els norovirus també són força resistents; poden resistir 60ºC per 3 minuts i 100ºC per un minut. Tot un petit milhomes de la natura microscòpica.

 

Aquí un apunt, tenint en compte la lleugeresa dels símptomes no descarto que hi hagi hagut casos de gastroenteritis per aigua en ampolles individuals (si assumim que el problema ve de l’aigua, de la font); a nivell domèstic aquests episodis són poc traçables i no permeten lligar caps; també seria interessant saber com ha acabat la investigació epidemiològica de un brot de gastroenteritis en dos hotels de la Massana, a Andorra, que es van reportar a la premsa andorrana el 24 de març. A nivell d’una empresa, d’una comunitat, que 2, 3 ó 5 treballadors emmalalteixin alhora vol dir un punt de connexió comú, més fàcil de traçar o d’aixecar l’alerta.

 

Pel que llegeixo s’han retirat més de 6000 garrafes dels lots produïts els dies 7, 8, 11, 12 i 13. El 9 i 10 no es treballava, que era cap de setmana. No tinc dades del nombre d’empreses afectades (en alguns llocs he llegit vora 200 empreses, encara que s’ha retirat l’agua de més de 900 localitzacions) ni per tant del nombre de garrafes directament involucrades però és un episodi de contaminació “estrany”.

 

Fem un petit càlcul…la dosi infecciosa de norovirus es suposa baixa (1-10 partícules infeccioses són suficient per disparar la gastroenteritis). Per tant aquestes 10 partícules havien d’estar en un got d’aigua consumit de la font (evidentment podem parlar de treballador assedegats que veuen com peixos però és una variable que deixarem fixada). Això vol dir que hi calien presència de 10 virus en 200 ml. Si hi ha 200 empreses afectades, assumint un parell de garrafes per empresa, dona 400 garrafes, que a 19 litres per garrafa dona uns 8.000 litres. Per tant, 40.000 gots de 200 ml i 400.000 norovirus assumint barreja homogènia. Recordem quants norovirus hi ha en un gram de femta d’un malalt de gastroenteritis (per més detalls veure entrada https://comentarisviruslents.org/2014/07/07/comentaris-virus-lents-16-norovirus-i-creuers-laxants/). Doncs sí, més de 1.000.000.000 virus per gram. Per tant caldria 1 mil·lèsima part d’un gram de femta, ben posat, per generar aquest brot. Acabant d’escriure l’entrada he llegit que la concentració de norovirus detectada a l’aigua ha estat anormalment alta (veure http://www.ara.cat/societat/Salut-culpa-Andorra-gastroenteritis-aigua-envasada-Eden-Aigua-Pirineu_0_1565243555.html) de l’ordre de 1.000-10.000 virus per litre; estaríem parlant llavors de 0,1-1 gr de femta.

 

norovirus vital-signs-transmission-lg

Desafortunades trobo les declaracions de Jordi Guix, secretari de la Agència de Salut Pública de Catalunya (ASPCAT) que en La Vanguardia del dia 19 senyalava (o li feien senyalar, un ja no sap): “La probabilitat de contagio de persona a persona es muy baja”. Poc encertada la frase perquè se sap que el norovirus un cop entra en una col·lectivitat arrasa, és molt transmissible…certament no se transmet de persona a persona però sí de persona a fomites i de fomites a persona. Per posar un exemple, si comparteixes un lavabo amb una persona que està en un episodi de gastroenteritis per norovirus, i no vas amb molt de compte, bé, ja pots trucar a la feina i dir que no aniràs en dos dies. Per més detalls veure l’entrada 16 del present blog. O millor encara, entreu a l’adreça http://www.cdc.gov/norovirus/ i mireu el vídeo Have You Ever Heard of Norovirus? És en anglès però és radicalment clar.

 

norovirus-2

 

En resum, ja tenim el culpable, i els que han fet la feina de recerca i identificació són de total confiança però ara queda el més dur que és trobar la via exacta de transmissió que implicarà aïllar el virus d’elements de la línia d’embotellat o confirmar errades o incidències en el procés d’higienització…sense descartar la font primigènia. Esperem que esmercin forces comandades per tot un Sherlock Holmes i no per un inspector Clouseau.

Però aquesta, aquesta és una altra història.

avaluació de riscos, desinfecció, fomites, norovirus, poliovirus, salut pública, seguretat alimentària, virologia, virologia ambiental, virologia social , , , , , , , ,

Comentaris virus-lents (130): Malalties infeccioses emergents; Play it again, Sam

Deja un comentario Publicado por en agosto 20, 2015

 

Avui dia, encara i el nostre arsenal de contramesures per fer front a les malalties infeccioses (eines diagnòstiques, vacunes i mesures terapèutiques post-exposició), els aspectes negatius de la globalització, que han sacsejat aquest melting pot que és la humanitat (les facilitats pels desplaçaments a llargues distàncies, la interdependència global de mercaderies, matèries primeres i aliments) fan difícil, molt difícil, la contenció, barrar el pas, a les malalties infeccioses. Aquestes malalties infeccioses no solament afecten la salut de la població si no també l’estabilitat econòmica de les seves societats (al generar interferències amb els viatges, els negocis, el transport de mercaderies i fins i tot la vida normal, com serien les quarantenes). Per més sobre aquest tema només mireu entrades 35, 36, 95, i 119 d’aquest mateix blog. L’impacte “social” d’aquestes malalties pot ultrapassar en molt l’impacte sanitari i l’efecte fer-se durador; mesos, fins i tot anys.

 

earth_blue_planet_globe_219085

 

En el mon actual a banda de les infeccions clàssiques podem distingir malalties infeccioses emergents o malalties novament emergents (re-emergents). Les primeres són les que han tret el nas entre nosaltres (entre la població humana) les darreres dècades (tenim el SARS, però també el MERS, la grip aviaria altament patògena però també la SIDA, que es va descriure fa poc més e 30 anys, i que s’ha cobrat un peatge de més de 35 milions de morts). Les darreres, les re-emergents, són aquelles malalties que històricament van infectar a la humanitat però que no estan controlades, continuen sorgint a noves àrees o en noves formes (per exemple, resistents als antibiòtics). Com exemples d’aquesta darrera afirmació tenim les formes de tuberculosis resistents o multi-resistents a antibiòtics, XDR i MDR respectivament; Staphylococcus aureus resistents a la meticil·lina (MRSA Staphylococcus), infeccions hospitalàries, nosocomials, de Clostridium difficile; enterococs resistents a la vancomicina; el colera (Vibrio Cholera) que re-emergeix amb cada catàstrofe humanitària (Haiti, Nepal), etc.

 

Vora el 70% de les noves malalties infeccioses que afecten humans són d’origen animal (si voleu saber més mireu entrades 35 i 36). Aquesta declaració està tenyida d’un clar antropocentrisme (l’ésser humà al centre de tot) quan de fet no som més que una petita contingència, una molt petita branca de l’evolució “general”. Som animals i per tant els virus poden trobar la manera d’entrar-nos, i  propagar-se dins de nosaltres. El que sí és cert és que bona part d’aquestes noves malalties ens han vingut a traves de rosegadors (Hantavirus, febre de Lassa, …) i ratpenats (encefalitis per Nipah virus, Ebola, probablement MERS), ambdós mamífers, uns molt habituats a interactuar i penetrar en els habitats humans; els segons patint la nostra intromissió en  els seus habitats.

 

L’emergència o re-emergència d’una malaltia infecciosa vindria a ser  un tamboret i els factors que la modulen s’agruparien en tres potes. Una pota és intrínseca del agent microbià: del seu genoma, de les seves capacitats de adaptació i canvi genètic, i de la possible col·laboració amb altres microbis per donar infeccions complexes, polimicrobianes. Una segona pota afecta a l’hoste humà i inclou la susceptibilitat a la infecció (individual i poblacional), la demografia i els desplaçaments de poblacions, el comerç internacional, l’ús malintencionat dels agents biològics (bioterrorisme, si voleu  més informació específica aneu a entrades 107, 113), les exposicions ocupacionals (els accidents  laboratorials o per exemple la mortalitat del personal sanitari en la darrera epidèmia d’Ebola) i l’ús inapropiat d’antibiòtics. Finalment la tercera i darrera pota, el medi ambient humà, el clima, l’impacte dels canvis d’ecosistemes (inclou l’ús o abús de la terra), el compartiment d’animals silvestres (que actuaria com un reservori), els conflictes que accentuïn pobresa, fam o guerra, etc.

 

Un patogen ideal passaria per una sèrie d’etapes en la seva evolució infecciosa. Inicialment donaria el salt a un nou hoste i s’adaptaria a ell. Així quan sentiu que el virus MERS o el virus de la grip aviaria són transmissibles a l’esser humà però amb baixa eficàcia, vol dir això; es necessiten molts events, moltes tirades dels daus perquè un salt sigui exitós. A més l’adaptació no implica sols una millora en la transmissió interespecífica sinó també interespecífica (que una persona infectada pugui infectar-ne d’altres, si no ens trobaríem amb un dead way, una via morta (federalista, probablement). Per això cal desenvolupar una propagació eficient en un o diversos òrgans del cos de manera que el virus pugui sortir per algunes de les finestres corporal (mucosa bucal, anal, vaginal, ocular, secrecions i excrecions diverses, etc.). Tot això portarà a l’estat epidèmic o patogènic; el microorganisme pot saltar, infectar, propagar-se i afectar altres individus. Una tercer etapa seria l’endèmica; el patogen passa a circular a un baix nivell però es manté a la població aprofitant els nínxols adequats (sector no vacunats o població susceptible per altres motius, immunosuprimits). Finalment en una quarta etapa ideal, hi trobem l’adaptació total en la que el microorganisme esdevé no patogènic (per exemple el nostre genoma està ple de retrovirus endògens) o inclús beneficiós (la microbiota del nostre intestí). No cal dir que el mon microbià és tan complex i ple de cassos particulars que hi ha alguns microorganismes que pugen els quatre graons i altres que mai ho faran o com a molt arribaran al segon.

 

Yes No disjuntive ID-10094976

 

Acabarem algun dia amb les malalties infeccioses emergents?

 

No, o jo no ho veuré, que pel cas egoistament és el mateix. Ha estat possible eradicar certes malalties infeccioses (la verola en humans, però encara no la polio, per exemple; la malaltia rinderpest en animals) i controlar moltes altres (polio, xarampió, mireu entrades 81, 82 i 85) però no podrem eliminar-les. Recordem que nosaltres actuem a partir d’una foto fixa, la situació actual, però que quan implementem les contramesures la situació ha canviat perquè els patògens poden haver sofert canvis genètics, que determinin canvis fenotípics (no tan d’aspecte, que son microbis però sí d’habilitats, de capacitat de poder infectar millor aquest o aquell teixit o òrgans, de persistir millor fora de l’hoste) que els permetin treure avantatges d’oportunitats mediambientals que tampoc podem controlar encara que siguin generades per nosaltres. Els esser humans poden encetar una guerra però tot el que es genera: desplaçaments de poblacions, gana, trencament d’infraestructures sanitàries i d’abastament d’aigua potable, escapa al seu control. I qui diu guerra diu un terratrèmol, un tsunami, un inundació, una erupció volcànica. Cada nova malaltia infecciosa o re-emergència d’altra ja coneguda ens enfronta a un nou repte, a una adaptació a amenaces sempre canviants; és aquest un procés continu, en el que la victòria no s’assolirà probablement amb l’eradicació de la malaltia si no en el seu control i en estar més ben preparats per la propera emergència.

 

Però aquesta, aquesta és una altra història.

eradicació, MERS Coronavirus, poliovirus, salut pública, SARS coronavirus, vacunació, verola, Virus de Lassa, virus hemorràgics

Comentaris virus-lents (86): Les maduixes les carrega el diable…alguns cops.

Deja un comentario Publicado por en febrero 22, 2015

El virus de la hepatitis A és un virus de transmissió fecal-oral. Per tant, que algunes persones s’infectin, de tant en tant, com a conseqüència d’haver menjat baies, fruites del bosc, molts cops venudes congelades, fa pensar en errades en els mecanismes de collita i processat de les mateixes. Això és el que ha passat aquestes darreres setmanes a Austràlia, amb un mínim, per ara de 9 persones afectades. I , pel que fa a la hepatitis A, la causa és humana, no és una malaltia zoonotica. En aquest cas les fruites del bosc retirades provenien de Xina i Xile, però van ser manipulades i empaquetades en la seva presentació final a Xina (on la hepatitis A és endèmica). Les autoritats australianes han retirat a escala nacional els paquets de mig i un quilogram de producte fresc congelat afectat.

berries Nana's supermarket & news

Pel professor Tamplin (Univ. Tasmània, Austràlia) no és just culpar exclusivament al Tercer Mon d’aquests brots infecciosos de transmissió alimentaria; així, s’ha calculat que els EEUU son responsables del 70% de les seves pròpies malalties alimentàries. Concretament, el 2013 es donaren 50 casos d’infecció per hepatitis A. Res però comparable amb el brot que afectà vora 300.000 persones a Shanghai el 1988, com a conseqüència de menjar marisc contaminat amb el virus.

El virus de l’hepatitis A és altament infecciós, té una dosi infectiva molt baixa, d’unes poques partícules víriques, i pot causar disfuncions greus al fetge que poden requerir el seu transplantament. En el camí d’aquesta afectació causa febre, malestar general, pèrdua de gana, nàusea, dolors abdominals i una prou típica coloració groguenca de ulls i pell (la icterícia).

Hepatitis_A_virus_01
Micrografia electrònica del virus de la hepatitis A

Si ajuntem la baixa dosi infecciosa amb el fet que, un cop infectada, una persona pot alliberar milions de virus per gram de femta, i que si aquesta arriba al aigua, i aquesta aigua es fa servir corrent avall per regar camps amb fruites del bosc, les probabilitats d’infectar-se a partir d’elles no és potencialment tan baixa, tenim el fil causal complert.

berries 1
Si tenim fruites del bosc congelades i volem menjar-les de forma segura

n’hi ha prou amb bullir-les 1 min abans del seu consum.

I un cop el virus contamina aquesta mena de productes, que s’emmagatzemen en congelació, i que es consumeixen molt sovint frescos, sense cocció, pot ser difícil eliminar aquesta contaminació.

I és que la congelació no li fa res a aquest virus. Bé, de fet no li fa res a la infectivitat de la immensa majoria del virus ja siguin petits i sense embolcall (com el virus de la hepatitis A, però també el virus de la poliomelitis, o els norovirus, veure entrada 16 … i els creuers laxants) o grans o embolcallats (con el virus de la SIDA, o el virus Vaccinia, o…). La congelació, que evita la proliferació bacteriana i que de fet mata molts bacteris, no té un efecte general en els virus, que això sí, no poden créixer fora de l’hoste, no poden multiplicar-se als aliments.

I una darrera implicació. Les autoritats australianes implicades a les donacions sanguínies, els bancs de sang, prohibiran a tothom que hagi consumit les baies afectades la donació de sang com a mínim els propers dos mesos (el període d’incubació de la malaltia pot arribar als 50 dies, encara que la mitjana està en les 4 setmanes) i han demanat a tothom que donés sang desprès de l’1 de novembre del 2014 i que les hagués consumides per aquella època que ho comuniqui. I això es deu a que aquest virus dona virèmia, circula per la sang de les persones infectades, en quantitats no menyspreables. Si una donació està infectada, aquesta, al barrejar-se amb altres (fer “pools” és molt freqüent a l’industria dels hemoderivats) pot contaminar-les totes i, encara i la dilució, la seva baixa dosi infectiva pot fer que cadascun, o molts, dels vials o preparats generats estiguin contaminats i escampin més la infecció.

Perquè ser un virus de transmissió fecal-oral no implica que no es pugui transmetre per altres vies.

Però aquesta, aquesta és una altra història.

aigües, hemoderivats, hepatitis, norovirus, poliovirus, salut pública, seguretat alimentària, virologia ambiental

Comentaris virus-lents (68): Inactivació vírica; el Sant Greal (3)?

Deja un comentario Publicado por en noviembre 27, 2014

Com dèiem a l’entrada prèvia comencem a desfilar el cabdell de mètodes d’inactivació vírica en hemoderivats i producte d’origen animal i comencem per uns mètodes històricament de llarg recorregut com són aquells que es basen en escalfar el material.

Escalfament de solucions aquoses. Un mètode típic és l’escalfament de solucions aquoses a 60 ºC durant 10 hores, la pasteurització, que és el tractament que s’utilitza en la farmacopea per a la inactivació viral en les preparacions d’albúmina. També, però, s’utilitza per a altres productes derivats del plasma: Factor de coagulació VIII (o FVIII) i antitrombina III. Desafortunadament, l’eficàcia d’aquest tractament és dependent de la presència d’estabilitzadors per tal de protegir les proteïnes i minimitzar la formació de neo-antigens, i aquests estabilitzadors també poden protegir de la inactivació els propis virus. Recordeu que els virus són en molt bona mesura proteïna (i àcid nucleic).

L’eficàcia de la pasteurització és diferent per a cada virus que es fa servir con a control. Així la pasteurització de concentrats d’antitrombina-III estabilitzats amb 0,5 M de citrat a pH 7,3 inactiven per complet (més de 6-log10) virus de la immunodeficiència humana (VIH) experimentalment inoculat, però també VHB. S’ha demostrat per diferents preparats, la inactivació completa de grans quantitats de virus embolcallats  (VIH, VHB, virus relacionats a VHC) i els virus no embolcallats (és a dir, petits virus como el poliovirus) en condicions de pasteurització clàssica. Estudis realitzats fa uns anys en el meu antic laboratori respecte l’eficàcia virucida de la pasteurització en productes intermedis en el procés d’obtenció d’hemoderivats demostraren que el VHA s’inactivava substancialment (reducció de més de 7-log10), encara que es va trobar HAV infecciós residual, al final del tractament tèrmic, fins i tot després de 10 hores, unes conclusions que no eren innovadores ja que altres autors les havien reportades.

Quan el material de partida te una provada termoestabilitat, es poden aplicar temperatures més altes. En el meu antic laboratori, es va realitzar una avaluació de l’eficiència de la inactivació viral del tractament tèrmic (87 a 93ºC) durant 180 minuts sobre una solució líquida d’origen animal. Aquest tractament resultà molt eficient (més de 4 log10R) per a la inactivació parvovirus porcí (PPV) i poliovirus (PV) a més d’alguns virus embolcallats.

Una de les preocupacions més importants dels mètodes de pasteurització és  aconseguir una bona barreja del líquid durant el tractament tèrmic per tal d’assegurar que tots els virus són sotmesos a la temperatura de processament el temps establert. S’han provat, en un estudi realitzat amb petits volums i temps de contacte curts, diferències en la inactivació de poliovirus en funció de la ubicació (vials parcialment submergits o submergits) i la agitació i el tipus d’agitació dels vials (rotatòria, per batzegades, en estàtic) que es troben dins el bany d’aigua. Per tant, de manera clara, el factor “barreja eficient” necessita ser estandarditzat.

Escalfament dels productes en pols. L’eficàcia d’aquest tractament pot variar d’acord a les condicions de liofilització, que és la manera habitual en la que s’obtenen alguns productes finals a partir de teixits animals, en particular els límits superior i inferior d’activitat d’aigua, que determinen la pressió de vapor parcial de l’aigua. La temperatura (60-80° C) i la durada (10-72 hores) del procés d’escalfament també són determinants.

Encara que alguns autors troben que la infectivitat del VHA és potencialment sensible a l’eliminació d’aigua, els resultats obtinguts per nosaltres mostraven que la caiguda de títol víric desprès de la liofilització per VHA estava entre 0,5-1,4 log10. No obstant això, altres virus semblants (virus no embolcallats de mida petita, com poliovirus) són més susceptibles, amb reduccions de títols entre 1,5-4,3 log10. Altres autors descriuen reduccions per liofilització de 1,5 log10 per PV i cap reducció per HAV, resultats que indirectament son reforçats per dades pròpies que demostren que la infectivitat de HAV no es veu molt minvada si es sotmès a dessecació a temperatures ambientals (reduccions entre 0,1-1,6 log10).

Quant a la pasteurització després d’una liofilització prèvia, no es detectà infectivitat residual de VHA després de 10 hores a 60 º C.

L’alta resistència a tractament tèrmic de parvovirus ha estat abastament descrita en diferents factors de coagulació. Tractaments tèrmics a 100ºC per 30 min va ser completament ineficaços per la inactivació de parvovirus B19, però, permetien la inactivació completa (per tant més d 4log10R) del VIH, el VHC i el VHA. Alguns estudis demostren que aquest efecte és molt ràpid; per VHA i poliovirus s’assoliren reduccions de 5 log10 un cop han passat tan sols 4 minuts d’escalfament. No obstant això, una vegada més, els procediments tèrmics poden fallar per inactivar completament parvovirus. L’eliminació dels parvovirus de productes sanguinis ha de cercar altres mètodes, ja sigui sols o en combinació amb la pasteurització.

Tractament amb calor seca. El factor de reducció general d’un procés de fabricació que inclogui una etapa de tractament de calor seca al final, comptarà amb un nivell de seguretat extra-viral proporcionada per aquest últim pas. Òbviament, el producte final ha de presentar una forta termoestabilitat. Aquest procediment s’ha assajat amb èxit per a la inactivació de HAV i el parvovirus caní (com a virus model) pels concentrats de factors de coagulació.

El resultats propis mostren que l’assecat a 70ºC en condicions de buit després d’ anhidrificació va ser eficient (més de 4 log10R) per a l’eliminació i / o inactivació de PV, i el virus de l’herpes simples (HSV), mentre PPV va mostrar un menor, encara que significatiu, grau d’inactivació, ja que menys del 0,1% de títol víric inicial sobrevisqué; per tant més del 99,9% s’inactivà.

 

El comportament de PV en aquests i altres experiments realitzats amb anterioritat fan despertar la preocupació d’estar-nos refiant massa de les dades obtingudes emprant aquest virus com a model. Degut a la seva escassa resistència, o alta sensibilitat, als tractaments, potser PV no ens estaria proporcionant una indicació adequada de la resistència d’altres virus humans (és a dir, HAV o parvovirus humà), en els productes derivats de plasma o en condicions de desinfecció o ambientals. La cerca d’un millor model, o assajos múltiples amb diferents virus per cobrir tots els aspectes de la resistència viral serien les possibles solucions.

 

Però aquesta, aquesta es una altra història.

avaluació de riscos, etapes inactivació, hemoderivats, hepatitis, parvovirus, poliovirus, salut pública

Comentaris virus-lents (34): La banca? Qià, els virus sí juguen i guanyen.

Deja un comentario Publicado por en agosto 4, 2014

Els virus que tenen com genoma ARN (picornavirus com la polio o la hepatitis A; ortomixovirus com el virus de la grip; paramixovirus com el virus de xarampió o el virus de les galteres; reovirus com els rotavirus, calicivirus com el virus de Norwalk (entrada 16) flavivirus com el virus de la febre del Nil Occidental, el virus de l’encefalitis japonesa o el virus de la febre groga; i més…) tenen una elevada o molt elevada taxa de mutació. Això els fa diferents dels organismes amb genoma ADN (com nosaltres, els humans, però també els mamífers, aus, invertebrats, bacteris…). La mutació permet introduir canvis a l’atzar (com llençar els daus) i deixar que l’ambient o les circumstàncies dictin sentència i confereix una plasticitat quasi imbatible.

Posem un exemple. Un virus ARN que té un genoma constituït per 10.000 molècules anomenades nucleòtids. Per fer còpies, per replicar el genoma, es fa servir una molècula (un enzim, més concretament) que té una certa taxa d’error (com nosaltres en qualsevol tasca rutinària), que es diu ARN polimerasa. Bé, se sap que aquests enzims se equivoquen entre 1 vegada de cada 10.000-100.000 operacions (sí, molt millor que nosaltres). Per contra, les ADN polimerases que fan aquesta funció de copia o replicació de genomes en tots els organismes de genoma ADN son molt més fidels, erren una vegada de cada 10 a 1000 milions d’operacions.

Per tant tenim que per cada còpia que faci del genoma el nostre virus ARN hi haurà probablement una errada (la que resulta d’equivocar-se més o menys 1 vegada de cada 10.000 quan el genoma te 10.000 nucleòtids, per tant, 10.000 operacions); o en tot cas que aquest serà el promig. I pensem que aquestes errades seran aleatòries, es repartiran a l’atzar per tot el genoma. Aquest virus i aquest genoma ha infectat una cèl·lula i cada cèl·lula pot perfectament produir 10.000 virus (per exemple) abans d’alliberar-los (i morir en molts casos). I aquestos virus infectaran unes altres cèl·lules. Suma i segueix. Quan arribem a la desena ronda d’infecció tindrem que cada virus pot haver acumulat 10 mutacions, en una combinació moltes vegades prou específica per cada virus. Per tant quan parlem dels virus (per exemple dels 108 o més virions de rotavirus o virus Norwalk que trobem en un gram de femta) no estem parlant d’un ens definit si no d’una mena de núvol altament heterogeni de genomes diferents més o menys allunyats d’un majoritari que s’anomenaria “consensus”, i que no necessàriament és el que va originar la cascada de canvis, l’original.

Que tenim? Tenim els virus caminant pel tall d’una navalla; per un costat els virus necessiten mantenir un cert nivell de variabilitat per fer front a canvis ambientals (és com si tinguéssim una butxaca enorme d’eines i variants i en cada moment seleccionéssim passivament les òptimes); per altra banda no s’han d’allunyar gaire de la seva eficàcia biològica malgastant esforços en mutacions en molt casos deletèries, no productives, inútils, “aberrants” que impedirien la propagació del virus (com llençar recursos o diners en coses que sabem que no es calen o no permeten generar més diners). És a dir, necessiten fer errades en el seu genoma però no se’ls ha d’anar la ma perquè si es fan massa diferents podrien traspassar l’anomenat dintell d’error. Un cop ultrapassat aquest el virus s’ha allunyat tant del que era que difícilment pot tornar enrere, realment no sap com tornar enrere, ha perdut massa informació genètica i entra en el que es diu catàstrofe d’error.

I de fet sí caminen pel tall de la navalla perquè els virus es propaguen molta a la vora del dintell d’errada que se’ls ha calculat teòricament, però superen els problemes per la gran mida poblacional (una infecció pot generar desenes i desenes de milions de virions); per tant encara que hi hagi genomes deleteris, continuen havent-hi prous genomes viables per mantenir la població.

Sembla simple, senzill, no? Però no ho és, realment, quan furgues més.

 

Però aquesta, aquesta serà una altra història.

catàstrofe d'error, dintell d'error, Influenza aviar H5N1, norovirus, nuvol de seqüències, poliovirus, variabilitat vírica, virologia ambiental

Comentaris virus-lents (12): Poliovirus carioca, o com un aïllament no fa epidemia.

Deja un comentario Publicado por en junio 30, 2014

Aquest 18 de juny, Brasil ha informat de l’aïllament de poliovirus salvatge de tipus 1 (WPV1) a partir de mostres d’aigües residuals recollides al març de 2014 l’aeroport de Viracopos, a l’Estat de São Paulo. Al repetir els anàlisis al mateix lloc i indrets propers aquesta ha donat negativa, i solament ha donat positiu per a les soques Sabin o enterovirus no polio. L’escenari es completa amb cap notificació de poliomielitis paralítica (o paràlisis flàccida aguda, PFA) i que no hi ha evidència de transmissió de poliovirus salvatge tipus 1. De fet el continent americà està lliure de la transmissió autòctona de poliovirus salvatge des de 1991 i Brasil des de 1989. Les mostres recollides a través de la vigilància del medi ambient en aquest zona i altres llocs al Brasil des de 1994, han estat sempre negatives a la presència de poliovirus.

Les aigües residual son un bon lloc per cercar virus entèrics de transmissió fecal oral, i poliovirus n’és un representat típic. Es normal aïllar poliovirus vacunals després de campanyes de vacunació amb la vacuna Sabin (Oral Polio Vaccine (OPV)) ja que s’excreten en les femtes com els virus salvatges. En alguns estudis (mireu Deshpande et al., 2003) es poden aïllar dels dos tipus, vacunal i salvatge, a les mateixes mostres.

L’estudi de la seqüència del genoma del aïllat indica una alta homologia (semblança) amb una soca de poliovirus salvatge tipus 1 recentment aïllada d’un cas de poliomielitis a Guinea Equatorial. Una investigació epidemiològica addicional està en curs per esbrinar com ha pogut saltar l’oceà aquesta soca vírica. Tanmateix, l’Organització Mundial de la Salut (OMS) avalua com probable exportacions futures de poliovirus salvatges des de Guinea Equatorial degut a: l’actual brot, no tancat encara; la baixa cobertura d’immunització sistemàtica a nivell nacional, i la qualitat desigual de les campanyes de vacunació com a resposta als brots inicials. Tanmateix aquest poliovirus potser ha fet un llarg viatge per no res. La cobertura de vacunació contra la poliomielitis en l’Estat de São Paulo i Campinas municipi és superior al 95% en el programa rutinari de vacunació. L’ultima administració de OPV  es va dur a terme el juny de 2013. La campanya d’aquest any està prevista al novembre de 2014, amb grup objectiu els nens de 6 mesos a menys de 5 anys d’edat. Donats els alts nivells d’immunitat de la població indicada per l’alta cobertura d’immunització sistemàtica i l’execució de campanyes de vacunació periòdiques a la zona, la OMS considera mot baix el risc d’una propagació internacional d’aquest virus tenint com a base Brasil.

Una cosa mol diferent fora si aquest poliovirus hagués caigut en mig d’una població susceptible no vacunada ja que el virus podria haver persistit per setmanes, si no mesos al medi ambient esperant la seva oportunitat. Els virus de transmissió fecal-oral, i poliovirus ho és, han desenvolupat una particular resistència a factors ambientals (pH, temperatura, salinitat, agents químics, etc.) per retenir la seva infectivitat per més temps. Així s’ha descrit que els poliovirus retenen la seva infectivitat fins a 90 dies en terres o sorres, més de 300 dies en aigües molt netes, durant setmanes sobre teixits de cotó i llana, més d’una setmana sobre aliments frescos contaminats en condicions de refrigeració, (per més detalls consultar Sobsey and Meschke, 2003), etc.  Aquests poliovirus aïllats el mes de març poden no estar encara “morts” però no tenen cap possibilitat.

En el mon dels virus, però, sempre hi ha escletxes.

 

Però aquesta, aquesta és una altra història.

 

 

  • Deshpande, JM., Shetty, SJ., and Siddiqui, ZA. 2003. Environmental surveillance system to track wild poliovirus transmission. Appl. Environ. Microbiol. 69,2919-2927.
  •  Sobsey, MD., and Meschke, JS. 2003. Virus survival in the environment with special attention to survival in sewage droplets and other environmental media of fecal or respiratory origin. Draft – August 21, 2003. WHO virus survival Report
eradicació, poliovirus, vacunació, virologia ambiental

Comentaris virus-lents (11): Poliovirus eradicat al 2020?, Un altre important HORIZON

Deja un comentario Publicado por en junio 26, 2014

No abandonarà fàcilment. La poliomielitis, causada pel virus de la polio, poliovirus, es resisteix a desaparèixer. S’havia previst la seva eradicació per a l’any 2000 (acord de l’OMS, 1988, quan es registraven més de 300.000 casos anuals amb 2000 casos de paràlisi permanent en 125 països) però durant  l’any passat es van registrar 405 casos, un registre pitjor que el del 2012, amb 223 casos. Aquesta hauria estat la segona eradicació d’un patogen i la seva malaltia de la Terra, després de la verola que es va donar per eradicada el 1980 (als 4 anys de l’últim cas).

Hi ha continents sencers lliures de poliomielitis però el virus encara persisteix de forma endèmica en tres països: Pakistan i Afganistan (països limítrofs, Àsia Central) i Nigèria (a Àfrica). No obstant això aquest mateix 2013 es van registrar casos de poliomielitis a 10 països com Somàlia, Israel, Iraq, Síria, Camerun, etc.

Clarament un «hot spot» fora però prop d’una zona endèmica, Àsia Central, és el constituït per Israel, Síria, l’Iraq. El virus salvatge vessa de les zones endèmiques i s’exporta a si mateix a zones pròximes on si la vacunació no s’ha efectuat de forma efectiva podria tornar a establir-se en la població infantil. I el seu establiment permetria noves exportacions a partir d’aquestes noves «bases». És també el cas de Somàlia i de Kenya; al nord-oest de Kenya està el camp de refugiats més gran del món, a Dadaab, on es troben més de 65.000 nens menors de 5 anys, la majoria procedents de Somàlia, que fugen del conflicte però que potencialment poden ser portadors del virus.

El problema, com quasi sempre, no són les eines sinó l’actitud i activitat humana. Hi ha una vacuna molt eficaç i fàcil d’administrar, la vacuna atenuada de Sabin, administrada per via oral, abreujada com OPV (Oral Polio Vaccine), dolça per fer-la atractiva als nens … És una eina potent que ha demostrat sobradament la seva utilitat, i té més de 60 anys.

Fem un petit incís. De vacunes de la pòlio hi ha realment 2. La vacuna de Salk, o vacuna de virus inactivats, etiquetada com IPV (Inactivated Polio Vaccine) la primera descoberta, fa més de 60 anys, que s’administra per via intramuscular i que és la de referència en molts països desenvolupats com els EUA, la Gran Bretanya, Espanya en els quals no hi ha poliovirus circulants des de fa dècades. Només confereix protecció, i no de per vida, als individus vacunats. Uns anys després es va autoritzar la vacuna Sabin, de virus atenuats, que es replica de forma eficient en l’intestí, recordem que la poliomielitis és una malaltia de transmissió fecal-oral, però no pot replicar eficientment al teixit del sistema nerviós. La via d’administració oral (un parell de gotes) confereix la principal avantatge a aquesta vacuna respecte a l’alternativa de virus inactivats, ja que en vacunar els individus per via oral s’emula la infecció natural per poliovirus. El virus atenuat provinent de la vacuna es replica i genera una resposta immunològica a nivell intestinal. La via d’administració de la vacuna Sabin permet també generar també una «immunitat de ramat» o immunitat poblacional. Els individus vacunats excreten virus vius atenuats en la seva femta (recordeu, transmissió fecal-oral) durant alguns dies després de la immunització. La família i els contactes propers que no estiguin immunitzats però que s’exposin a aquest virus vacunal poden desenvolupar immunitat per contacte fecal-oral amb l’individu vacunat. Res és perfecte, però. Això pot ser contraproduent en el cas de pacients immunodeficients. Existeixen, a més, el risc de fenòmens de reversió de l’estat d’atenuació, activació del poliovirus i la seva replicació en l’organisme, fet aquest greu en individus immunològicament competents, però molt greu per a individus sense una resposta immunològica que freni la infecció. Aquesta és la vacuna de referència en zones endèmiques tot i tenir requeriments estrictes quant al seu transport i emmagatzematge, tot un problema en regions de temperatures altes o en zones aïllades, ja que ha de transportar i mantenir-se a una temperatura d’entre 2 i 8°C.

Tenim dues eines, doncs, a fer servir en diferents ambients i poblacions. No obstant això, els conflictes armats (i els seus corol·laris: destrucció infraestructures sanitàries, manca de professionals mèdics, proveïment de medicines), el moviment massiu de refugiats i les condicions de nul·la salubritat en què aquests viuen moltes vegades, i les repercussions (assassinats inclosos sobre equips de vacunació) d’una concepció anti-vacunació (perquè pot causar esterilitat?) i d’una actitud hostil d’autoritats moltes vegades no reconegudes i líders tribals (en algun cas «justificat» per l’ús d’equips de vacunació com “tapadores” per activitats d’espionatge occidental) fan que es generin bosses de nens no vacunats en zones en conflicte dins les quals pot tornar a sorgir la poliomielitis. I si un nen té polio, tots els altres al voltant corren el risc de contraure la malaltia. Somàlia i Síria que es consideraven pacificades s’estan perdent (hi ha cada vegada més casos) com a conseqüència dels conflictes armats que no només promouen l’ascens de la poliomielitis sinó també d’hepatitis A, febre tifoide (malalties ambdues de transmissió fecal oral), xarampió , etc. Encara que l’OMS i MSF despleguen equips a Turquia, Líban i Jordània per donar suport i subministrar material als metges dins de la zona de conflicte, l’única medicina i estratègia real que acabarà amb l’amenaça del ressorgiment de la poliomielitis seria no barrejar la salut de la població (sobretot en zones en conflicte) amb les estratègies geo-polítiques i de domini econòmic.

I en aquestes, fa uns dies, s’ha trobat poliovirus en aigües residuals a Brasil.

Però aquesta, aquesta és una altra història.

eradicació, poliovirus, vacunació, virologia ambiental , , ,