comentarisviruslents

Aquest blog és una seguit de comentaris personals i probablement poc transferibles sobre ciència i política.

Inicio

Archivos en la Categoría: descontaminació

Comentaris virus-lents (227): The Hot Zone; a la caça d’errades i llicències, l’epíleg.

Deja un comentario Publicado por fxavierabad en diciembre 31, 2019

I ara, com ja coneixeu la dinàmica de l’entrada anterior anem per feina…us faig un seguit de comentaris amb el minutat al costat, dels dos darrers capítols de la sèrie, i amb això acabaríem amb el visionat crític de The Hot Zone.

Capítol 5

6:45 “El aislamiento es efectivo” diu Carter. Sí, era i és un dels mètodes cabdals per controlar la circulació del virus ebola. Com ebola NO es transmet per l’aire, si es crea una distància real entre infectat i no infectats i no hi ha contactes sense protecció, la transmissió s’apaga.

7:05 al 7:20 Un dels protagonistes diu que la tala accelera els contactes; i és cert, és la intromissió humana la que porta el virus cap a pobles i viles. També es diu “El virus se apaga” i fins les dues darreres epidèmies era una frase molt certa. Ebola cursa com una flamarada però la seva letalitat porta aparellada la dificultat per propagar-se, en matar massa ràpid; l’infectat es troba prou malalt com per moure’s massa.

9:27 Que en una acció encoberta s’arribi a plena llum del dia diu poc i dolent; i encara que històricament se sap que es va començar amb retard, l’episodi de la periodista és massa curt com per explicar TOT el retard.

10:09 El responsable diu “El equipo esta sincronizado y los puestos asignados.”per refusar a una persona. I és correcte i coherent; se suposa que cada parella ha practicat i es coneixen i s’han explicat com volen fer-se les tasques; fins i tot s’han acostumat a la veu i al to del company/a.

10:50 Les mostres són portades al laboratori a mà i en una caixa de polispan, que no sembla segellada. Inconsciència!!! Són mostres biològiques de gent sospitosa de tenir virus ebola (o això es pensaven). Infringeixen la regla del triple empaquetat i la necessària rigidesa dels contenidors; totes aquestes regles que comento són posteriors al que descriu la sèrie, però.

11:55 Habitació hospital; infermeres proveïdes de pantalles facials i mascaretes antipartícules FFP3, o NA99 estàndard americà, probablement. Bates verdes de frontal sòlid i gorres per tapar el cabell. Perfecta ambientació, i els EPIs prou ben posats. Si algun però, fora millor que els guants protegissin les mànigues de les bates.

12:03 La infermera en primer pla porta la bata mal cordada per darrera; en principi la part posterior també ha d’anar coberta. Per altra banda, clarament els guants estan per dintre de la bata, és millor que estiguin per fora. Finalment la mascareta està molt mal col·locada. La bona praxi indica que les cintes que permeten mantenir la mascareta ficada a la nostra cara MAI han d’anar creuades, i menys encara muntades damunt de les orelles.

12:04 Segellat de l’habitació; el segellat pot ser necessari si l’habitació no està en pressió negativa, molt freqüent en hospitals (els quiròfans, si de cas estan en pressió positiva per evitar l’entrada de gèrmens). En les UAAN (Unitats d’Aïllament d’Alt Nivell) actuals hi ha pre-sales on es fa el canvi d’indumentària i aquest “segellat” no és necessari. A Catalunya tenim una, a l’Hospital Clínic.

13:07 S’entén que no estan veient el plànol per primer cop. Aquesta explicació cal haver-al donat un i més cops a la base. La gent ha de saber, ha d’haver memoritzat la disposició de les sales i per que es farà servir cadascuna.

13:12 “Sellaremos una parte de este corredor…zona gris…la defensa del mundo exterior”. En una situació d’emergència si no tens una disposició de contenció biològica te la fas; això implica delimitar espais amb graus creixents de perillositat de manera que transitant a la inversa et vas descontaminant fins arribar a l’exterior sense portar el perill cap enfora.

13:20 “Nadie saldrá de las instalaciones con el traje” Obvi, primer perquè és una operació encoberta i segon i més important perquè si portes fora el vestit portes enfora la contaminació.

13:23 “No podemos usar cascos con luz” Porque? Probablement pels equips de respiració que porten, però no queda clar. I en canvi empren llanternes i làmpades, dos per sala. No s’entén.

13:45 “Seran 500 sujetos”. Si esteu sentint bé, uns 500 micos…i si us fixeu en l’equip humà veureu que estem parlant, i veient, de 6-7 parelles. És impossible acabar això en un sol dia en un edifici estrany. I en efecte, per molt que ho sembli a la sèrie, que a tot estirar es podrien comptar dos dies, la eliminació dels micos de Hazelton va durar més de TRES dies.

14:00 “Si le salpica el traje, dejen lo que estén haciendo”. Obvi, una esquitxada de sang o femtes sobre el vestit pot dir 100.000 o 1.000.000 de virus per ml o gr.; cal inactivar-los els més ràpidament possible.

14:42 La gent es revisa mútuament per confirmar que porten el vestit ben posat. I altre cop molta cinta americana. Aquesta praxi és FONAMENTAL, i s’ha de fer SEMPRE. I més encara en el procés de desvestir-se, quan tota la indumentària ha estat exposada.

15:02-15:08 Estem veient el que s’anomenen PAPR; acrònim de Powered Air Purifying Respirator, n’hi ha de moltes marques, colors i formes; en aquest cas la caputxa és tota ella transparent i tancada a nivell del coll fent una faldilla que cobreix les espatlles. Possiblement estant a EEUU serien de la marca 3M. Sorprèn la poquíssima quantitat d’equipament que porten en aquesta imatge…cal material per segellar i delimitat ala zona gris; alguns porten una mena de ruixadors, que probablement van plens de desinfectant…lleixiu han comentat abans.

15:40 “Habrá que esterilizar también” Aquí el guionista peca de optimista… és impossible esterilitzar aquesta zona en sentit estricte…com a molt desinfectar-la.

15:55 “El puesto de descontaminación aquí”…correcte, en el sentit de sortida primer va el punt de descontaminació, després va la zona gris on et desvesteixes i et poses roba neta i després hi ha l’espai exterior.

16:22 “Después de la descontaminación métanlos en una bolsa y quémenlos”… sorprèn que tinguin un incinerador…actiu? Quan la instal·lació fa ja un parell de dies que s’ha abandonat?

18:50 Merda sobre un vestit de protecció; una excreció que pot contenir virus, òbviament.

19:00 “Esas manchas son un riesgo grave…quíteselas con lejía”. Bon consell, més encara quan el mateix Carter ho ha dit fa una estona i ja han passat 10 segons de l’incident i ningú ha fet res per començar la descontaminació.

19:36 “…distinguir a los monos infectados de los que no lo están”… Aquesta gent està en una operació d’eliminació, el que també es podria dir un stamping out, vull dir no es pot estar pensant en fer un triatge. Si hi ha un animal infectat, tots son sospitosos i tots han de ser eliminats. S’aplica en aquest cas però també en altres malalties animals com les que són causades pel virus de la grip aviària altament patògena, el virus de la pesta porcina clàssica, el virus de la pesta porcina africana, i altres.

22:04 “Es justo lo que quieres que hagas, exponerte, acercarte. La mujer y el bebé están muertos”. Carter retrata, amb cruesa, el mecanisme principal de transmissió del virus ebola. El contacte proper i sense protecció amb fluids, secrecions o excrecions corporals de persones infectades. I recordem que estan a punt de practicar un part…hi haurà un munt de secrecions. El nen nonat està mort perquè o està infectat o s’infectarà durant el part.

25:11 “Cada uno sois dos” La regla de la parella, altra cop repetida.

25:32 NO s’entén que es transporti els micos en mantes. El correcte serien materials no porosos, plàstic de galga alta.

25:37 “Necesitamos superficies de trabajo” Increïble, estan sedant i encara no han preparat les zones de eutanàsia i obtenció de mostres…i més encara, no pots refiar-te del que trobaràs, caldria haver anat amb taules plegables de dimensions conegudes on la gent ja hagués practicat com treballar. Recordem programació, entrenament, re-programació, entrenament…

25:58 Les mostres de sang es prenen quan el cor encara batega…CORRECTE, amb l’animal sedat, perquè l’extracció per bombeig cardíac natural resulta molt més fàcil.

26:07 Taca de sang a la flassada; Aixxxx.

26:22 “Embolsaremos cada cuerpo por triplicado” triple bossa, correcte; el que apliquen a l’animal sencer no ho apliquen al transport de mostres (veure un comentari anterior, minutat 10:50)… i al incinerador. Correcte.

26:30 Lleixiu… mà de sant. Un desinfectant molt disponible i molt barat. El lleixiu domèstic té una concentració de clor actiu de 50 g/litre, unes 50.000 ppm. Es fa servir directament o diluït entre 1/5 i 1/10 en aigua d’aixeta. Bon efecte sobre virus i bacteris, només alguns virus sense envolta i sobre tot, formes de resistència de Cryptosporidium i Giardia poden evadir el seu efecte, si estan prou protegits per matèria orgànica (femtes)…i és que aquest és el seu taló d’Aquil·les, el lleixiu perd activitat davant molta matèria orgànica; per això es diu que primer és bo netejar amb detergents / tensioactius i després descontaminar, amb lleixiu o altres desinfectants.

26:50 No he vist cap mico completament cobert amb la flassada…malament.

27:15 Un dels principals riscos en aquestes situacions, les xeringues i com mantenir-se lluny de les agulles.

27:16 Malament… és difícil de veure però el guant de làtex que porta l’operari negre està correctament segellat però és de la mida equivocada. Els guants sempre HAN D’AJUSTAR-SE a la mà… si veieu aquest porta com a mínim una tall més gran. I a més, sembla que porten un sol guant, és a dir, condicions menys astringents que el NCB4 que comentàvem a l’anterior entrada. Malament.

27:36 Les ruixades amb lleixiu de tots els elements exposats han de ser relativament continuades, particularment sobre els elements més “calents”, i aquí les botes que potser han trepitjat des de femtes a taques de sang, són crítiques.

28:51 NOOO, no se’n pot anar…la regla de la parella s’ha de mantenir, i és bona tant per un com per l’altre.

29:28 Se’ns adorm un a la dutxa de descontaminació…no hauria de passar res ja que en principi el vestit està connectat a una mànega que li proporciona aire net, i les dutxes de descontaminació són de temps limitat; no les atures tu, les atura un cronòmetre o mecanisme extern.

29:51 Un mico s’escapa… perquè algú deixa una porta oberta… això vol dir que no estan avesats a treballar en biocontenció on per definició TOTES les portes es tanquen un cop traspassades… ningú es queda al marc de la porta xerrant o mirant el què.

30:36 Un guant tallat…i ara resulta que sembla que porten un sol guant. MALAMENT. Al Laboratori NCB4, si recordeu, porten doble capa de guants.

30:50 Problema a la dutxa de descontaminació… no s’explica com és possible … i quan entra la coronel TOT està sec, no hi ha gotes per les parets ni el terra sembla gaire mullat… malament.

31:06 L’ajudant no porta la cinta groga a la màniga dreta del vestit químic … aixxx, que no ha fet cas a la mestra, la coronel. Problema de formació, un tema del que no hem parlat gaire en aquests comentaris.

31:28 “Puede que salga por la ventilación”….que fan que no ho han tancat? Si estem en una operació de contenció això s’ha de preveure i pot ser tan senzill com posar una reixeta grapada a les sortides que permeti circular l’aire però no animals.

34:15 Una dona veu l’operació de la terrassa amb persones amb vestit químic. Tot no es pot amagar per massa temps. És una obvietat però sí que es podrien haver fet operacions de diversió amb indumentàries d’equips de control de plagues, fontaneria, aire condicionat / calefacció, per preparar l’acció i la instal·lació abans d’arribada del contingent principal.

35:’3 “Ventiun días”…Doncs sí, 21 dies. 21 dies és el temps que s’ha agafat, per conveni, per descartar una infecció per ebolavirus des d’el moment de la infecció. Normalment la infecció, si és “productiva”, es manifesta en la primera setmana, o 10 dies. Hi ha, però, descripcions de outliers, casos fora de la norma, que han desenvolupat la infecció més enllà de 4 setmanes després de l’exposició. Un altre conveni és el de 42 dies, dos períodes complerts d’infecció, que és el que es fa servir per dir que una zona està lliure de circulació del virus ebola si no s’ha donat cap cas nou en aquest període.

38:03 El diagnòstic es fia a la febre, i a unes probes indefinides (en aquella època NO existia encara la tècnica d’amplificació de l’àcid nucleic, la PCR). Per tant a banda de proves immunològiques, que necessiten molts dies d’incubació del subjecte, no sabem que assajaven. El problema del virus ebola, i de fet de molts virus emergents, és que la simptomatologia inicial és indistingible de molts altres processos infecciosos. La febre en si no vol dir res, ja que és una reacció corporal bastant inespecífica…a més, coincideix amb l’estació de la grip, i això fa que els cap dels afectats rodin amunt i avall.

40:49 Carter es neteja els guants amb el líquid d’una safata, probablement lleixiu (desinfectant fàcil d’obtenir i molt barat). Correcte… cada cop que es toca una cosa, en aquest ca un vial amb mostra, és bona praxi descontaminar-se les mans.

41:02 “Esta es su tercera bateria, señor” Com porta treballant 12 hores vol dir que l’autonomia de la bateria està al voltant de 6 hores. No es que hagin avançat gaire; al nostre centre tenim bateries estàndard que duen unes 6 hores i uns de alta capacitat que es permeten arribar a els 8 hores.

41:35 NO haver pensat en fer aturades per menjar i BEURE, portant 12 hores, és una autèntica animalada.

41:50 L’escena del restaurant una mica patètica…MAI haurien d’anar, l’avituallament es porta de la base i es consumeix un cop traspassada la zona gris, en zona neta, sense sortir de la instal·lació, o com a molt dins d’un dels furgons…no es va un a barrejar-se amb la gent.

44:14 No llisca un MAI damunt d’un terra de rajoles si porta un vestit químic que pot tallar-se en una habitació plena de micos que poden tenir ebola. Millor a poc a poc i bona lletra.

44:26 Que no hi ha temps per fer descontaminació? S’ha tornat boig?…i tant que hi ha temps, es ruixa el vestit sencer amb lleixiu mentre se’l va traient. Aquest escena permet incorporar el factor temps de descontaminació. Desinfectar-se no és aplicar-se lleixiu i ja està. És aplicar-se lleixiu, o un altre desinfectant, ESPERAR-SE “X” MINUTS a que faci el seu efecte i retirar-se les restes de desinfectant amb paper o material absorbent; molts cops s’aplica un segon desinfectant com pot ser etanol 70%, que ja conté aigua, per fer aquest efecte d’escombrat. La desinfecció SEMPRE s’ha de fer, el que pot passar en situacions d’emergència és que et mengis bona part del temps de contacte…i creuis els dits per tenir sort.

44:31 S’ha avançat molt des d’aleshores; la llitera és una mica “demodé”, actualment hi ah lliteres bombolla en pressió negativa per persones infectades que mostren ja una simptomatologia clara; per una persona acabada d’infectar no faria falta i per una persona només cansada aquesta que es mostra és més que suficient.

Per cert, ja és negra nit…per tant porten un dia sencer.

Capítol 6.

1:04 Altre cop uns guants varies talles més grans. Es nota que no han tingut de treballar amb ells habitualment.

1:33 I ara, els guants plens de sang…inacceptable. NO tant perquè el guant no pugui suportar la taca i no transferir-la l’interior però l’efecte barrera dels guants té límits; és millor portar-los nets, o canviar-los quan estigui bruts.

1:42 S’esgota una bateria del PAPR, marca “Breathe easy” “Se desinfla, no puedo respirar” Un altre que no ha fet una bona avaluació de risc o no li han explicat….Ebola no és aerògen. Si deixes de tenir pressió positiva n’hi ha prou amb separar-se de la font d’aerosols, en aquest cas la taula de necròpsies i esperar a que et portin la bateria nova…i respirar poc i pausadament. Un altra alternativa, que practiquem al nostre centre, es portar una mascareta FFP3 PER DINS del PAPR de manera que en cas de no tenir bateria tenim una protecció passiva, respirem a través d’un filtre HEPA, el de la mascareta, fins que ens arriba la nova bateria.

1:57 Les bateries no son iguals, vaja per Déu!! Un problema de logística … és convenient que els equips siguin tots iguals o que funcionin amb una bateria concreta, la profusió de models o actualitzacions pot provocar situacions com aquesta; per altra banda és normal que una bateria s’esgoti durant la feina, i la substitució, que un pot fer per si mateix, és un procés que dura segons.

2:25 Agulla de xeringa sense protecció en sortir pel tema de la bateria. Un tema recurrent…la majoria d’accidents i incidents registrats als laboratoris tenen implicació d’objectes tallants o punxants.

4:49 Una nevera que…congela. Traducció equivocada, no té cap altre explicació.

5:39 “Un virus mutado”…als guionistes se’ls hi ha anat la pinça. No cal, per res, un virus mutat per això, per aquests efectes.

7:40 “Alguien siempre sobrevive”…i per tant tindrà anticossos que podrien protegir a altres persones. És el que planteja Carter als companys, i va ser, i és, una línia de teràpia clara; la immunoteràpia, que consistí inicialment en obtenir anticossos dels infectats que s’han guarit i perfundir-los en nous infectants perquè neutralitzin el virus circulant per la sang.

10:45 Estem al segon dia i encara falten 300 micos d’un total aproximat de 500. Tela. Penseu que el coll d’ampolla no està a la sedació, si no a la posterior eutanàsia i necròpsia… per molt ràpid que hi vagis 5-10 minuts per animal hi estàs, i s’ha de comptar la neteja de taula entre animals.

11:40 Bosses plàstiques grogues de material infecciós a la neu (i el detall que estan també en castellà)…trencades amb xeringuilles pel terra. Per l’aspecte no sembla que estiguin autoclavades. I per més inri, les xeringues i materials tallants sempre caldria descartar-los en contenidors rígids a prova de ruptures; no en bosses com aquestes; no és el cas. La gestió dels residus infecciosos és una altra de les germanetes pobres de la Bioseguretat; no es poden barrejar amb la brossa comunitària, ni emmagatzemar-se fora de les instal·lacions, però si depèn de segons quin tipus d’empresa privada és un dels punts on es poden plantejar mirar a un altre costat.

11:50 Un mètode molt barroer de desinfectar el terra, a raig amb una garrafa; com a mínim caldria fer servir un ruixador.

13:11 Un bon minut per explicar les dificultats de la gestió política d’un brot. El moll de l’ós de la salut pública. El científic no pot donar certeses, d’aquí el seu “SÍ i NO”; no té prou dades, o les dades són contradictòries, en aquell moment, per donar una resposta amb claredat al que li pregunten. I es decanta per l’opció conservadora perquè albira el que pot ser desencadenar una resposta àmplia, i totes les conseqüències indesitjables i “antes de provocar todo eso por unas décimas…” decideix esperar a tenir més dades.

16:43 Els equips són fixes, no es pot manllevar una persona d’una altra posició, o aquesta persona ha de saber dir que NO…no es pot abandonar un animal únicament sedat, perquè es despertarà.

18:50 Atac del mico. “¿Me lo ha roto? ¿Estoy infectada?” Dues frases que funcionen bé en la sèrie però que no són causa i conseqüència directa en la vida real. Que es trenqui un vestit no implica infecció segura si no has contactat amb secrecions o excrecions del virus…recordem que ebola NO es transmet per l’aire.

19:30-40 “Iniciar protocolo de limpieza” Més correctament protocol de neteja i descontaminació… cal ruixar-ho tot i netejar totes les superfícies … i fer servir una flassada reutilitzada (o m’ho sembla) no és la millor manera. Es veu gent ruixat les parets verticals amb desinfectant. Correcte.

19:37 Veiem en primer pla, un pot que fumeja…probablement conté formaldehid…i veiem més repartits per totes les estances. Aquest mètode és el mètode clàssic de descontaminació de volums aeris, d’estances i sales. El formaldehid és mot penetrant i s’ha d’haver segellat bé finestres i portes perquè si no s’escapa. Fixeu-vos que no queda ningú a la vista…millor no ser-hi quan s’escalfa i passa a fase gas. I un detall, no havíem quedat que no teníem corrent elèctrica? Aquests calefactors semblen elèctrics.

19:56 “Durante unos días será el único sitio de la Tierra que no contenga nada vivo”. El formaldehid és un esterilitzant químic, com ho és el peròxid de hidrogen, que l’ha substituït darrerament. El formaldehid és molt tòxic i prou perillós; n’hi ha hagut un munt d’accidents laborals en la seva aplicació. És neutralitza amb amoníac.

27:00 “No quiero que nadie muera por culpa mia.” L’home savi sap el que passarà i vol una mesura dràstica per evitar-ho. El tracte i homenatge al difunt en aquestes cultures, molt estès i important, i per res supeditat a l’opinió d’un estrany, implica contactar, tocar, el cadàver i això és via de transmissió segura.

28:40 El metge del CDC i la cooperant, que serà la seva dona, practicant una conducta d’alt risc…enterrament del noi, visiblement infectat, sense cap equip de protecció individual visible.

30:12 “Llévate a la niña superviviente a Kinshasa… aisla los anticuerpos.” Doncs això, una altra referència obvia a la immunoteràpia.

31:55 “El ebola evoluciona y se hace más fuerte”… NOOO, quina mania en pensar que l’evolució perfecciona; NO, el virus ebola evoluciona i es fa més… divers, i alguna d’aquestes variants en algun moment i circumstància resulta avantatjosa respecte al núvol de seqüències existent.

33:00 “El virus ebola se propaga cuando nos demostramos amor, cariño, amabilidad” Recordeu les advertències prèvies de Carter, la separació/aïllament dels infectats; tocar un infectat sense protecció és la via més ràpida pel contagi. De fet molts cops aquestes epidèmies s’alimenten a traves del personal sanitari, que en contacte continu amb infectats té més probabilitat d’infectar-se i transmetre la infecció a familiars i veïns. I afegeix ”seguro que habrá otro brote de ebola y no estaremos preparados”. Bé, han passat quasi 4 dècades de Reston i encara no es pot dir que ho estiguem…però estem millor, sense dubte.

33:47 L’home del CDC a l’audiència “Hacen falta mejores sistemas de vigilància …. colaboración”. Correcte, el que hem vist en aquesta sèrie és un acció reactiva; el que no em vist perquè no existia i ara que existeix, és l’aneguet lleig de tots els pressupostos, són les xarxes de vigilància que rastregen i mostregen per veure canvis en la circulació dels virus, mortalitats anormals de segons quines espècies, etc.

36:15 Plànols d’un laboratori de màxima biocontenció. Aquest home és tot un da Vinci, però sí, qui més té clar com un laboratori de màxima biocontenció ha de ser és el personal que hi treballa, i després els enginyers, arquitectes, constructors han d’executar-ho fidelment.

37:40 Posar al mateix nivell el virus de la immunodeficiència humana (VIH) i virus ebola no té massa sentit des d’el punt de vista de la seva severitat o mecanisme d’acció. Però per contra VIH ha matat en el decurs dels darrers quasi 40 anys més de 35 milions de persones i el virus ebola no arriba a les 20.000 en el mateix període.

37:55 “Los virus emergentes continúan mutando y sobreviviendo” … ”cuando vuelven son más fuertes que antes” NOOOO, i NOOOO. Els virus òbviament muten, i sobreviuen però MAI tornen perquè MAI s’havien anat, i en tot cas no tornen més forts. És una nova tirada de daus però el dau no està carregat cap a cap costat.

39:12 “Cuando deforestamos el hogar de los virus, acabando con sus huéspedes naturals, necesitan otro animal en el que alojarse, nosotros.” Una visió una mica massa antropocèntrica ja que nosaltres no som més que una espècie animal més, a efectes globals. Sí es cert que a “consecuencia de la intrusión humana en hábitats previamente imperturbados” ens exposem més, hi som més aprop, però el virus està on estava i sí, necessita un altre animal, que serà el primer que es posi a tret i sigui susceptible.

39:15 “Los virus llevan aquí míles de millones de años, porque son astutos”… EXAGERADA!!! La vida unicel·lular no porta tant de temps, i els virus són paràsits intracel·lulars. I astúcia és un terme massa humà. Els virus no aprenen i muten … muten a una taxa constant que pot ser accelerada per algunes circumstàncies, i alguna de les variacions té èxit.

40:44 “There is still no cure for Ebola” Ara ja podem dir que això és fals; en el moment d’acabar la sèrie encara era cert, probablement. Ara mateix tenim una vacuna a punt de ser comercialitzada, la #Ervebo, abans coneguda com #rVSVEBOV, de Merck, de la que s’han administrat més de 260.000 dosis a República Democràtica del Congo en aquest darrer brot, encara actiu. Hi ha una segona vacuna, la #Ad26MVA, de Janssen, Johnson and Johnson, que s’està administrant, compassivament, no comercial, i ja portem uns milers de dosis. I finalment hi ha dues teràpies post-exposició que han demostrat ser millors que la existent, #Zmapp i òbviament que el NO tractament, i que són #mab114 i #regnED3, de Regeneron, que és un còctel de 3 anticossos monoclonals. Per cert, que #mab114 és un únic anticòs monoclonal aïllat d’un supervivent, tornem a la immunoteràpia de Carter només que molt més refinada.

I bé, això és tot el que volia explicar aprofitant la sèrie The Hot Zone. Espero no haver-vos avorrit massa. Encara que Nobody is perfect.

Però aquesta, aquesta és una altra història.

biocontenció, bioseguretat, descontaminació, desinfecció, Gestió de residus, salut pública, selecció natural, variabilitat vírica, VIH/SIDA, virologia, virus hemorràgics, Zoonosi biocontenció, bioseguretat, descontaminació, desinfecció, Gestió de residus, reservori animal, salut pública, selecció natural, variabilitat vírica, VIH/SIDA, virologia, virus hemorragics, zoonosi

Comentaris virus-lents (226): «The Hot Zone»; a la caça d’errades i llicències.

Deja un comentario Publicado por fxavierabad en diciembre 24, 2019

Soc microbiòleg, per més detall viròleg, i anant al detall màxim, gestor d’una instal·lació d’alta contenció biològica…Òbviament qualsevol sèrie que tracti de forma honesta temes com les epidèmies, els patògens, emergents o no, la gestió d’emergències, m’interessa. Per això, quan un company em va passar la sèrie The Hot Zone sabia que m’ho passaria bé. La sèrie és prou bona i està basada en fets del tot verídics. Tanmateix i encara que aprecio l’esforç posat no puc menys que indicar alguns punts inconsistents o directament erronis del Primer Capítol (podria fer llistes més curtes i potser equivalents dels altres capítols però serveixi això de mostra). Això sí, més series com aquestes, si us plau; la realitat pots ser més engrescadora que la ciència ficció.

Els comentaris surten amb unes xifres prèvies que indiquen el minut i segon del metratge del capítol (versió en castellà). Tots els comentaris poden ser més desenvolupats, i tenen moltes derivades, aquí nomes faig alguns apunts.

Recordeu …. mm : ss …. comentari.

11:35 Apareix un microscopi electrònic, del que es separa el col·laborador negre, en una habitació plenament il·luminada, plena de finestres…malament. Normalment les observacions per microscòpia electrònica demanen certa foscor.

11:40 Arribada d’un paquet de material biològic des de l’estabulari de primats Hazelton ubicat a Reston…la coronel es queixa que no s’han gastat gaires diners…i té raó. El paquet no compleix cap dels preceptes de transport d’un material biològic en la actualitat, ni que sigui exempt, és a dir, sense perillositat descrita.

Antiga instal·lació Hazelton-RESTON

moll de càrrega abandonat de la instal·lació Hazelton a Reston

11:59 L’embalatge de tota mostra hauria de ser una triple capa de contenidors. Aquí veieu la mostra continguda en paper d’alumini, que no compta com a contenidor, envoltada de neu carbònica i tot això contingut en una caixa de polispan. El polispan és un material que es trenca i deforma com a conseqüència de tracció…jo no el faria servir com a únic contenidor.

12:20 Ejem, com es pot fer dissecció en un teixit que ja està en neu carbònica des de fa hores. El teixit estaria congelat como una pedra (recordem que la neu carbònica està a -60ºC aproximadament) però la coronel el talla com si allò fos mantega…i des de quin forassenyat protocol es planteja fer la manipulació sense cap barrera primària com pot ser una Cabina de Seguretat Biològica (CSB).

13:00 Quan es manipula material hom ha d’abstenir-se de portar objectes personals; rellotges, braçalets, anells, etc. Aquí es veu un rellotge, malament. Epp!! i perquè no estan en la època actual, que si no els mòbils també haurien d’estar prohibits.

13:40 Per estar al USAMRIID no els han ensenyat gaire bé…les bates s’han de portar del tot botonades i en cap cas arremangades les mànigues.

14:50 Primera menció al Biosafety Level 4, o BL4, però també BSL4, P4, NCB4, etc.

16:20 De passada es comenta la classificació en nivell de Bioseguretat, que guarda relació, però no absoluta, amb els grups de perillositat dels patògens. Vaja, vaja, la coronel surt de laboratori amb bata. Malament. Les bates HAN DE quedar-se sempre al laboratori, mai han de portar-se a zones comuns.

18:05 Mascareta quirúrgica??? Pipetejant sense CSB amb la sola protecció d’una mascareta quirúrgica (i pels no habituals la mascareta quirúrgica NO és cap Equip de Protecció Individual, EPI), un sol parell de guants i centrifugar el material amb rotors sense tapes estanques???

20:24 “En la cabeza de un alfiler caben 100 millones de virus.” No és cap exageració; per exemple se sap que en un gram de femta d’un infectat podem trobar 10exp10 norovirus, sí, 10.000.000.000 virus.

22:06 “Ni ropa ni ningun objeto personal.” En efecte, per treballar als nivells d’alta o màxima contenció biològica, el que es coneix popularment com BSL3 i BSL4, un entra del tot nu i es vesteix amb roba específica de la instal·lació.

22:30 “Entrar en el nivel 4 es nacer, te quedas desnudo en tu más pura sesencia.” Molt poètic…però més que néixer et fa veure que només ets el que veus.

22:45 “Pasamos del nivel 0 al nivel 2” No existeix el nivell 0, a més en el nivell 2 les portes no estan pressuritzades i per tant no suposa cap problema obrir-les, ni tancar-les.

20:52 Persistim en l’error amb els paràmetres actuals, no hi ha pressió negativa habitualment en un nivell 2; sí s’explica bé el perquè de la pressió negativa, que es evitar la sortida de patògens contra-corrent.

23:00 “La luz ultravioleta NO deshace nada” Inactiva els àcids nucleics, això sí. Al meu entendre més que en una zona NBS2 hi som en una pre-sala que mena cap a la zona de màxima contenció, o Hot Zone.

23:16 Això sí, el pas del nivell 2 al nivell 3 s’assoleix…posant-se uns mitjons…bé, m’estalvio els comentaris, òbviament estem en una seqüencia de pre-sales, i entre la 2 i la 4 han posat alguna acció, ridícula això sí, al nivell 3.

23:25 I entra en escena la cinta americana; sí, encara és el sistema de segellat més emprat; barato i sempre disponible, ajusta qualsevol uniforme o vestit a qualsevol extremitat.

23:26 Posar-se talc a les mans; contraindicat, a la llarga generarà problemes dèrmics, millor guants directes.

23:35 Guants de làtex, encara que són molt útils, per temes d’al·lèrgia han estat substituïts, com a mínim pel que fa a la capa de guants en contacte amb la pell, pels guants de nitril, que són un xic més impermeables i tenen millor efecte barrera.

23:57 Els vestits químics de protecció, del tot impermeables, amb costures segellades. Apareix ja a la esquerra una manega en espiral que és la que subministra l’aire no compromès al vestit de protecció de nivell 4 i que farà que quedi inflat, amb pressió positiva.

24:08 “En el nivel 4 no hay esquina sin matar”; vol dir que totes les cantoneres estan arrodonides no hi ha angles per evitar que els vestit puguin estripar-se.

24:20 “Nadie entra en el nivel 4 solo” Cert, està prohibit; de fet també es una regla més que habitual, quasi obligatòria en el nivell 3. El que no es diu es que habitualment quan una parella entra en el nivell 4 hi ha una altra amb la mateixa formació vigilant, o de back up fora.

25:00 Els pitjors segons són aquells en els que estàs dins del vestit i encara no t’han connectat l’aire; són vestits impermeables i hom comença a suar quasi immediatament; el corrent d’aire estèril, o no compromès infla el vestit , proporciona un corrent d’aire i asseca la suor.

25:26 La porta metàl·lica té uns rètols; “Do not enter without ventilated suit”, “Caution Biohazard area” and “No glass allowed beyond this point·”. Els vestits ventilats són els que hem vist; el darrer rètol té a veure amb la necessitat imperiosa de reduir les fonts de perill pel que fa a talls i perforacions. Estem entrant i no hi ha hagut cap control, cap teclat amb paraula de pas, cap lectura de empremta dactilar (a la primera porta) o de pupil·la; no passarien una auditoria de bioprotecció amb els estàndards actuals.

25:31 Estem veien la sala de descontaminació amb un sistema de mànegues i uns ruixadors que seran els que llençaran els químics desinfectants en la tornada del personal cap a l’exterior. Tot ha de ser d’acer inoxidable, correcte.

25:42 Veieu que els vestits a la seva part posterior porten com dos cercles foscos protegits per una mena de caputxes transparents. Es tracta del filtres d’exhalació, o sortida; tenim un aport continuat d‘aire net que ha de sortir d’alguna manera; aquests sistemes tenen vàlvules d’un sol sentit, anti-retorn, que eviten que aire de l’exterior passi al vestit; la protecció plàstica és òbvia; evitar que res els pugui obstruir i protegir-los d’esquitxades. Si mireu veieu que els vestits estan clarament inflats. A la majoria dels NBS4 actuals no veureu totxo, que és el que esteu veient a les parets verticals, i la pintura fa pinta de no ser epoxídica, un altre requeriment comú habitualment.

26:40 La heroïna prem un botó i s’obre una comporta vertical permeten recollir les mostres. No s’ha vist com carregaven les mostres abans d’entrar i tenint en compte les voltes que han donat sembla físicament impossible però això que esteu veien és un SAS o airlock (hi ha controvèrsia; la gent li diu SAS a aquest equips quan són relativament petits, com el de la sèrie o airlocks quan són tan grans com per permetre el trànsit d’una o més persones).

26:29 Botes de goma, imprescindibles, impermeables…però com veieu no es segellen.

26:20 Conduccions a la vista…malament, cal que el màxim de superfícies siguin llises, sense zones d’ombres; no hi ha parets connectades al terra amb mitges canyes,, malament altre cop perquè ofereixen cantonades de difícil descontaminació. Altre cop tot el metall que veiem sembla d’acer inoxidable.

26:56 Absolutament improcedent. Una mostra MAI s manipula directament sobre bancada si no dins una cabina de seguretat biològica (CSB), que és el que diem barrera primària. L’operació de tallat d’un teixit allibera aerosols i petits trossos; fer-ho en ambient obert és una salvatjada.

27:08 El guant de la coronel està tacat amb algunes gotes de sang. També inacceptable. I que el pot presenti restes de sang PER FORA és també una errada de contenció i procedimental greu.

27:12 Errada molt greu; ja la dispensació d’un líquid amb pipeta en alçada sobre la mostra sense estar treballant dins una CSB és una errada majúscula però fer servir un homogeneïtzador sense cap mena de barrera ja passa de taca d’oli.

27:24 Havent-hi dues persones el treball en equip hauria de fer que una obris portes i l’altra estigues atenent únicament a la mostra.

27:16 Totes les operacions que es fan amb pipeta fora de la CSB són incorrectes.

27:41 Per fi apareix la CSB, que és l’aparell en el que està treballant la coronel; old fasion one. A dalt a l’ esquerra del frontal de l’aparell veieu un rellotge circular que controla la pressió d’impulsió de la CSB (actualment tenen moltes alarmes i sensors). Altre cop una errada greu; veieu que a l’esquerra hi ha una pipetejador, un assistent electrònic de pipeteig; està col·locat en una posició del tot incorrecta que pot provar la contaminació de l’aparell amb restes de mostres que contingui la pipeta, lliscant a favor de gravetat.

27:44 El pipetejador ha canviat de posició per art de màgia però continua en posició incorrecte.

27:46 Bé, correcte, en principi quasi totes les operacions s’han de fer sobre una safata recull vessaments; la safata metàl·lica fa el fet.

27:55 La cetona és un fixador típic, però una bona praxi faria que si saps que la necessitaries la tinguessis dintre de la CSB; això evitaria que el company fiques les mans dintre de la CSB mentre tu estàs treballant.

28:02 El contenidor groc amb boca estreta blanca i amb tapa esta destinat a recollir tot el material residual; puntes de pipetes, portaobjectes i altre material tallant; el seu destí final serà l’autoclau prèvia descontaminació externa. Es veu de nou al 29:17.

28:04 La heroïna ha estat manipulant material presumptament infecciós dins la CSB i sense encomanar-se a ningú ni descontaminar-se els guants treu les mans de la CSB; per mi errada greu.

28:25 Per accedir a les mostres de l’ultracongelador sí cal fer servir un teclat i una paraula de pas, que a més sembla que canvia freqüentment perquè la coronel ha de demanar-la. Bé.

28:37 Impossible, l’ espècie humana no acabaria encara que tots els virus de l’ultracongelador sortissin d’excursió. La mortalitat més elevada d’ebola sense tractament està al voltant del 90%; un 10% de la humanitat encara és molta humanitat.

28:58 Un ultracongelador sense gel, sense una mica de gel? Molt fals, o això o ho netegen cada dia, que és inversemblant.

29:35 De que estan fets els portaobjectes? Sí, de vidre. I que deia el rètol de la entrada al nivell 4? Mecatxis, que “glass” NO!!

30:04 Bates desbotonades, recipients amb creixements d’una mostra desconeguda oberts, i a més ensumen. Mereixen morir.

31:27 Tall al guant de la mà dreta de la coronel, possiblement en el moviment de cisalla al tancar l’ultracongelador (ara aquestes manetes són totes de plàstic arrodonit).

31:30 NO és en absolut bona praxi agafar un tub de mostra directament amb les mans; s’agafa un moment i es posa en alguna gradeta o suport; mireu que els guants dels vestits són poc tàctils!!!.

31:47 En una sortida d’emergència haurien de sortir els dos; dit d’una altra manera si un es queda s’incompleix el precepte d’estar sempre acompanyat a BSL4. Per altra banda, si hi ha un tall la primera acció és tancar-lo (per exemple amb la cintra groga que la protagonista ha portat tota la estona “per si de cas”).

31:52 L’apagament de la llum, l’inici de les pampallugues de llum vermella i l’alarma acústica del tot inversemblant. No seria el procediment habitual.

32:20 Accionament de la dutxa química. Com veieu durant la dutxa el vestit està connectat a aire net a traves de la mànega i permet que la persona continuï respirant normalment. La dutxa química dura minuts.

32:46 No és gens lògic i impropi de protocols d’emergència que no hi hagi una o més persones esperant la sortida de la coronel per avaluar-la; per cert que la coronel no actua bé rentant-se les mans…no encara amb els guants posats. El lògic és treure’s els guants totalment, munyint-se la ferida forçant la sortida de sang i mentre tant aigua a doll.

32:52 Arriba la cavalleria…amb un parell de guants de làtex (bé) i una mascareta quirúrgica (malament): la mascareta no és cap EPI, no els protegia de res i a més la persona ha tingut un tall i per molt ràpid que vagi el virus no generarà aerosols ni dintre d’una hora, ni d’un dia. Per cert, si estan al nivell 3 com és que ells encara porten uniforme? I si estem al nivell 0, com és que el vestit químic està al terra en primer pla?

33:05 En principi no s’hauria d’acceptar que personal sense la dermis en perfecte estat accedís a instal·lacions d‘alta o màxima contenció. Ni amb apòsit. És el que recrimina a la coronel el seu cap a 33:35.

35:40 Tot incident o accident en una instal·lació d’alta o màxima contenció implica una investigació per esbrinar causes i proposar millores.

36:20 “Voy a ver que dice laboratorio sobre tu análisis” Bé, de fet no pot dir més que està perfectament. Que un virus t’infecti no vol dir que tinguis una propagació immediata. Poden passar dies o setmanes per tenir presència de virus en sang (virèmia); i en aquella època, encara no hi havia les tècniques d’amplificació molecular. I tampoc podien fer cap prova amb anticossos perquè per això cal haver generat una resposta immune que només es mostra uns quants dies després del dia d’infecció.

38:00 “Intacta” Bé, m’estalvio els comentaris.

42:40 Micos congelats al maleter. Però el cuidador diu que han mort avui (??)

42:57 Però després resulta que ja estan congelats. I en el transvasament de cotxes i tenint en compte que podien descongelar-se la coronel comet dues errades evidents. La primera és no proveir-se de bosses d’escombraries en el mercat que té just darrera seu, o film transparent i amb aquests folrar el maleter del seu cotxe; per seguretat pròpia però per IMPERMEABILITZAR-LO també. La segona, no comprar paper de cuina o equivalent i repartir-lo pel maleter com a element amortidor i evitar que els micos de les bosses es donin cops contra les parets i alhora per absorbir els líquids produïts amb la descongelació. De tota manera, un mico congelat difícilment pot generar líquids en un parell d’hores de descongelació.

44:07 Correcte; en el procés d’agafar les bosses amb material compromès, encara que hagin estat descontaminades exteriorment amb lleixiu sempre cal mantenir les mans el més separades possible del cos amb els braços estesos per separar-se del material.

45:02 “El microscopio electrónico detectó lacitos”…en fi, Ebola és filiforme, no laciforme. No cal abaixar el nivell; el públic és molt més intel·ligent del que pensem.

Ebola_Virus_TEM_PHIL_1832_lores

I no us confoneu, no, a mi em va agradar força el capítol…i la sèrie, però és que soc una mica llepafils, jo.

Però aquesta, aquesta és una altra història.

avaluació de riscos, biocontenció, bioprotecció, bioseguretat, descontaminació, desinfecció, Grups de risc biològic, instal·lacions bioseguretat, transport mat. infecciós, virologia, virus hemorràgics avaluació de riscos, biocontenció, bioprotecció, bioseguretat, descontaminació, desinfecció, Grups de risc biològic, instal·lacions bioseguretat, transport mat. infecciós, virologia, virus hemorragics

Comentaris virus-lents (213): Virus de la pesta porquina africana… com ens el traiem de sobre? Inactivació (1).

Deja un comentario Publicado por fxavierabad en octubre 15, 2018

El virus de la pesta porquina africana (en endavant VPPA) s’ha detectat a Bèlgica fa unes poques setmanes en porcs senglars. Per més detalls podeu llegir l’entrada https://comentarisviruslents.org/2018/09/23/comentaris-virus-lents-211-porca-miseria-avanca-des-de-lest/ en aquest mateix blog. No hi ha noticia d’afectació a granges però en cas que hi hagués, com a mínim els animals de la granja afectada serien sacrificats…però què fem amb el VPPA excretat i secretat pels animals?. Què fem amb totes les superfícies, sales, estris, materials potencialment o realment contaminats amb VPPA? I ja no parlem dels vehicles de transport. Recordem que és un virus que s’excreta en quantitats importants (milions de virus per ml a les secrecions, desenes de milers per ml d’orina) i que persisteix raonablement al medi ambient.

porc senglar viquipedia

imatge de porc senglar (de Viquipèdia)

Si mirem la OIE trobaríem a l’enllaç Resistance to physical and chemical action dins la fitxa corresponent al African Swine Fever (veure http://www.oie.int/fileadmin/Home/esp/Our_scientific_expertise/docs/pdf/AFRICAN%20SWINE%20FEVER.pdf, tradueixo de l’anglès).

Molt resistent a baixes temperatures. Inactivat tèrmicament 56ºC per 70 minuts o a 60ºC per 20 minuts.

Òbviament això no és dir gairebé res perquè no se’ns diu res de dos factors fonamentals, la matriu en la que es troben els virus i el títol inicial dels mateixos, dos paràmetres cabdals en qualsevol estudi d’inactivació vírica; un exemple; ens poden dir que una etapa d’un procés (per exemple, l’assecat de llonganisses) ens garanteix una inactivació de 4 log10, és a dir que mata 10.000 virus al final de l’etapa. Si apliquem el procés a una mostra que conté 9.000 virus la mostra no tindrà infectivitat residual, no serà infectiva. Però si apliquem el mateix procés a una mostra que té 50.000 virus la mostra no quedarà del tot inactivada, podrà ser font secundaria d’una infecció. En ambdós casos, però, el procés ens ha eliminat 4log10. Per tant, aquesta dada és parcial.

Inactivat per pH inferior a 3,9 o superiors a 11,5 en medis lliures de sèrum. El sèrum incrementa la resistència del virus; per exemple, a pH 13,4 la persistència del virus arriba a les 21 hores en absència de sèrum i fins a 7 dies en presència de sèrum.

El sèrum és un conegut matèria interferent com ho és la matèria orgànica, les proteïnes. Altre cop el full de dades bàsiques de la OIE ens furta indicar els valors inicials i finals del títols vírics i quin valor numèric (en log10R) li assignen a la paraula “inactivació”. Tampoc quin tipus de materials interferents s’han fet servir, la temperatura del procés, si els assajos són en suspensió o bé sobre superfícies o fomites, etc.

(VPPA) és susceptible a èter i cloroform. Inactivat per 8/1000 hidròxid sòdic (30 minuts), hipoclorits – 2,3% clor (30 minuts), 3/1000 formalina (30 minuts), 3% orto-fenilfenol (30 minuts) i compostos iodats.

Aquí altre cop les mateixes queixes…incrementades. Es parla de dilucions però no sabem si aquestes dilucions es va aplicar a mètodes en suspensió o carrier (superfícies); no es parla de la temperatura, un paràmetre cabdal en la cinètica del desinfectants; pel que fa als hipoclorits no es fa esment a quines concentracions de matèria orgànica és efectiu, o si aquestes esmentades són efectives en presencia de mat. orgànica per exemple, femta; recordem que el lleixiu (hipoclorit sòdic) es veu afectat per la matèria orgànica. Altre cop no es parla que vol dir inactivat (3log10R? 4 log10R? 5 log10R?). Finalment, llevat del lleixiu i l’hidròxid sòdic la resta són poc o gens aplicables de forma massiva sobre superfícies, estructures o eines d’una granja afectada.

**(VPPA) resta viable per períodes perllongats a sang, femtes i teixits, i a subproductes porquins no cuits o parcialment cuinats. Pot multiplicar en vectors (Ornithodoros spp.).**

No aplica pròpiament perquè estem parlant més persistència que no inactivació però és una dada important perquè de vegades no fer res pot ser una opció. Els virus són estructures inermes, afectades pel medi ambient; la dessecació, les temperatures per sobre de 37ºC, la insolació amb el component de llum UV i altres factors que van inactivant virus sense cap intervenció humana…si sabéssim quan és suficient no caldria fer servir desinfectants, només caldria deixar la granja afectada en repòs, i completament lliure d’intromissions. Lamentablement és un procés que MAI parametritzarem bé i per tant, no és robust ni confiable.

Bé, aquesta entrada era nomes per situar el camp de joc…properament tornarem al tema de la desinfecció i inactivació, perquè pot ser crucial en cas d’entrada de VPPA a les nostres contrades. Cosa que no ha passat encara, però.

Disinfectant sprays

Amb això, obviament, no arribarem gaire lluny

Però aquesta, aquesta és una altra història.

descontaminació, desinfecció, fomites, paparres, vectors artròpods, virologia, virologia ambiental, virus pesta porquina africana descontaminació, desinfecció, fomites, paparres, vectors artròpodes, virologia, virologia ambiental, virus pesta porquina africana

Comentaris virus-lents (191): On vas envàs? Un cas d’infecció per manipulació de residus.

2 comentarios Publicado por fxavierabad en abril 14, 2017

Tinc costum de llegar-me les noticies de ciència, particularment les de biologia i més concretament les de microbiologia i salut pública.

Fa uns dies va aparèixer una noticia a El Pais sobre una infecció laboral. Des d’aquí trencar una llança per aquest diari, en aquest tema, que no he vist reflectit en cap altre. Llàstima que l’esforç no hagi reeixit, com a mínim totalment, ja que l’article conté imprecisions i errades. L’enllaç a l’article és:

http://elpais.com/elpais/2017/04/05/ciencia/1491404701_565479.html

El resum vindria a ser: un treballador que feia la seva feina a finals del 2013 en una planta de tractament de residus on anaven a parar els residus d’ hospitals i centres de recerca es va infectar al punxar-se amb una agulla que va travessar el seu calçat de seguretat. Com la persona, a més, tenia un trastorn autoimmune, les seves defenses no van poder fer res contra el patogen involucrat, un bacteri anomenat Brucella suis, que és aïllat freqüentment en porc senglars i llebres a Europa (el seu reservori natural) i ocasionalment en porcs però rarament a persones (de fet mai s’havia descrit a Espanya). De fet, aquest seria el primer cas descrit de infecció per aquest bacteri a la Península, què no en el món, que diu l’article.

Però endinsem-nos en la noticia per desenvolupar alguns temes:

Se’ns informa que (sic) “la historia del contagio es insólita”. Ben bé insòlit és el lloc on es va produir (i no sabem quantes d’aquestes infeccions ocupacionals, no laboratorials, no es reporten) però no el medi o la via. Des de fa moltes dècades l’autoinoculació o accidents amb agulles o altres elements punxant estan al capdamunt de les causes d’accidents i de les subseqüents infeccions, mentre que les transmissions per via oral (ingestió, amb la prohibició taxativa del pipeteig amb la boca) i per via respiratòria (amb l’arribada de mascaretes eficients i de barreres primàries com les cabines de seguretat biològica) han caigut en picat. El lloc és certament un lloc crític perquè rep un mix de residus sanitaris de diferents centres, per tant amb diferents patògens. Aquests centres executen una tractament per inactivar els residus per esterilització a l’autoclau i aquí el nostre periodista rellisca totalment al qualificar-lo com un “recipiente metálico de alta presión”. Si s’hagués molestat en consultar la wikipedia en castellà hagués trobat: “La acción conjunta de la temperatura y el vapor produce la coagulación de las proteínas de los microorganismos, entre ellas las esenciales para la vida y la reproducción de éstos, hecho que lleva a su destrucción”. La versió catalana de la wikipedia és més clara fins i tot, al definir-lo com: “un dispositiu que serveix per esterilitzar material mèdic o de laboratori, utilitza vapor d’aigua a alta pressió i temperatura, evitant amb les altes pressions que l’aigua arribi a bullir tot i la seva alta temperatura. El fonament de l’autoclau és que desnaturalitza les proteïnes dels microorganismes...”. L’autoclau no mata per alta pressió, mata per la temperatura assolida. En el cas que ens ocupa, una temperatura de 130ºC en sec sense vapor també tindria força efectivitat. Una pressió de dues atmosferes addicionals, sense vapor d’aigua, que és la que s’assoleix dins l’autoclau en un cicle a uns 130ºC, fa pessigolles al mon microbià. De fet tota la gent que fa immersió sap que una atmosfera addicional de pressió (per tant 2 atmosferes totals) són les que es tenen a 10 metres de fondària al capbussar-se, i 3 atmosferes totals s’assoleixen als 20 metres i no sembla que la gent pateixi gaire.

brucella-bacterium micrografia electrònica acolorida

Micrografia electrònica acolorida de Brucella spp: https://5bioterrorismdiseases.wikispaces.com/3++Brucellosis

Epidemiològicament pot ser molt difícil traçar una infecció perquè els patògens són ambientals, estan repartits, disponibles en molts llocs i és difícil atribuir-los una font única. Recordem que un agent químic té efectes immediats o quasi immediats però que un agent biològic dona el seu efecte dies o setmanes després de la infecció (i aquesta és una qualitat “útil” si es miren les potencialitats bioterroristes ja que permet, a l’actuant, estar ben lluny del focus). Únicament si el patogen té una firma específica, uns marcadors no habituals en la natura es pot associar el seu origen, moltes vegades un laboratori de recerca, com ha estat el cas. I aquest ha estat el cas perquè de Brucella suis hi ha cinc biovars o famílies (de biovar 1 a biovar 5). Els biovars 1, 2 i 3 es mantenen circulant en porcs senglars i domèstics; com hem dit el biovar 2, a més, circula bastant entre les llebres a Europa. Però resulta que el biovar 1 mai ha estat aïllat a Europa amb l’excepció de Croàcia. Si a més la soca, identificada genèticament, del malalt (una Brucella suis biovar 1 soca 1330, aïllada originalment d’un porc a Minnesota el 1950) casa exactament amb una soca en la que s’estava treballant en un laboratori que va portar els residus a processar a aquesta planta en aquell període de temps ja està tot dit.

I ara anem al quid, el tractament de residus. Pel que no sapigueu massa de que va el tema us posaré l’exemple del meu centre de recerca. Treballem amb patògens perillosos (grup de risc 2) o molt perillosos (grup de risc 3). Qui vulgui saber més sobre categorització del risc dels microorganismes pot visitar aquet mateix blog, la entrada 29, https://comentarisviruslents.org/2014/08/01/comentaris-virus-lents-29-grups-de-risc-nivells-de-bioseguretat-i-avaluacio-de-risc/. Un cop acabada la feina, tot el material en contacte amb el patogen (pipetes de plàstic, medis de cultiu, hisops, nanses de sembra, etc.) que ja pot haver estat parcialment desinfectat és abocat dins de contenidors de plàstic homologats que un cop plens son tancats per ser recollits per una empresa homologada i enviats a un centre de tractament com l’esmentat. Res que ha estat en contacte amb material biològic infecciós va a les escombraries municipals.

És el productor del residu el responsable d’etiquetar correctament el contenidor i d’assegurar-se del seu correcte tancament. Els contenidor estan proveïts d’un sistema de grapes que un cop tancat fa (per mi) impossible que es pugui tornar a obrir. Addicionalment moltes tapes de contenidor tenen, al seu perfil interior, un material adhesiu que quan entra en contacte amb les vores superiors del bidó es peguen molt, molt fort. L’article indica: “Se deben realizar controles para asegurar que los contenedores de residuos están sellados” i es cert però evidentment aquests controls s’han de fer en origen, al mateix centre o hospital ja que si es fan en destí, i el contenidor no compleix implica un nou transport (per tant risc addicional) per retornar-lo al productor del residu.

Si el contenidor, com sembla, es va obrir abans del tractament, és evident que no es va tancar bé en origen; hi ha contenidors que poden semblar ben tancats però no sempre ho estan.

El que sí sembla un contrasentit és el que esmenta el veterinari…”La legislación debería ser más exigente, porque ahora mismo permite meter material biológico sin autoclavar [sin esterilizar] en los contenedores”. Home, fora ideal esterilitzar per autoclau en origen, com es diu, però llavors quin sentit tindria enviar-ho a les plantes de tractament…per esterilitzar-lo altre cop. I compte, que això implicaria centenars de centrals d’esterilització repartides per tot el territori amb el increment de consum energètic, de maquinària que requeriria manteniment i de personal que això suposa. Per mi aquesta legislació és correcta, sempre i quan els contenidors es tanquin correctament i perfectament. Perquè aquests contenidors estan construïts a prova de punxades i cops.

Capítol apart mereix el paràgraf (sic): La investigación de Guimbao y Compés reveló que “pese a utilizar botas y guantes, los pinchazos eran frecuentes” al procesar manualmente los residuos ya esterilizados para reciclar el plástico. Al descargar los camiones y llevar los contenedores contaminados al esterilizador, los pinchazos eran “infrecuentes”, pero no inexistentes. Com ja he indicat un transport acurat de contenidors correctament tancats amb personal proveït de equips de protecció individual correctes i ben posats fa impossible una inoculació. Si veiéssiu el gruix de la paret d’un contenidor i el gruix de la sola d’una bota d’aquests treballadors entendríeu el meu escepticisme. El que m’ha sorprès, però, és que la valorització del residu porti a processar manualment aquestos un cop esterilitzats per reciclar el plàstic. Aquesta sí que és una activitat de risc perquè tothom que sàpiga d’autoclaus sap que un cicle d’esterilització és fortament depenent del tipus de la càrrega dins del contenidor, i en aquest cas les càrregues no són gens homogènies ni estan gaire caracteritzades.

I una conclusió tremendista i inconsistent alhora. Al mateix primer paràgraf de la noticia es parla que aquest cas “Según los médicos que lo atendieron, es el primer caso en el mundo.” No ens queda clar a què es refereixen però el que és evident és que no es tracta del primer infectat humà per Brucella suis biovar 1. Al mateix article que esmenta el periodista (veure… https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/27474211) es diu «B.suis biovar 1 has been never reported previously in any species in the European Union, with the exception of Croatia, despite being a major cause of human brucellosis in America, Oceania and Asia”. La frase de la noticia queda llavors del tot invalidada, com a mínim en el context que jo l’entenc.

I finalment un tema més personal, sense ser periodista. Com es pot posar una primera frase de la mena “El 3 de febrero de 2014, un hombre de 53 años con una leve discapacidad intelectual llegó al hospital….”. Quin paper juga aquí la discapacitat intel·lectual? El va fer més sensible al bacteri? És rellevant des d’el punt de vista de la salut pública? Es vol indicar/insinuar que amb aquesta discapacitat no es van complir o es van complir malament els requeriments de seguretat? Ho trobo molt poc rellevant i fins i tot, fora de lloc.

I és que informar, informar amb els ítems rellevants i exactes, en el degut ordre, deu ser tasca molt difícil.

Però aquesta, aquesta és una altra historia.

avaluació de riscos, bacteris, Brucella, descontaminació, etapes inactivació, Gestió de residus, Infeccions Laboratorials (LAIs), periodisme científic, reservori animal, salut pública, transport mat. infecciós avaluació de riscos, bacteris, Brucella, descontaminació, etapes inactivació, Gestió de residus, Infeccions Laboratorials (LAIs), periodisme científic, reservori animal, salut pública, transport mat. infecciós

Comentaris virus-lents (188): I ara como inactivem H5N8 un cop ens ha entrat…

Deja un comentario Publicado por fxavierabad en febrero 28, 2017

Estem en plena onada de la soca H5N8 del virus de la grip aviaria a Europa…veurem com es van desenvolupant els esdeveniments de la seva progressió però el motiu d’aquesta entrada no és aquest, és parlar de com inactivar el virus, de com descontaminar o desinfectar un àrea, element o estri contaminat.

cabezal_influenza_cataluna

de: https://avicultura.info/influenza-aviar-control-cataluna/

El primer fet a constatar és que la inactivació és un procés físic o químic (també pot ser biològic però no embolicarem la troca) que no és massa depenent de soca. La inactivació actua sobre el embolcall, la càpside o l’àcid nucleic; per a tots els virus de influença A que ens ocupen les diferències es troben a nivell de seqüència, ja sigui de nucleòtids o aminoàcids però no tenen un trasllat evident a una major o menor estabilitat del embolcall o de la càpside (o no ha estat descrit fins ara). Un H5N8 és “igual” que un H5N1, un H7N1 o un H7N9 quan s’enfronta a una solució alcohòlica, una dilució de lleixiu o l’acció de la llum ultraviolada. Sí que s’ha trobat algunes diferencies entre soques en condicions ambientals, en principi, menys agressives. Fent una imatge gràfica, tots els virus influença A responen igual quan els disparem un obús però no quan els disparem amb una fona de forma continuada.

Sí té molta importància, però, el medi circumdant. Per fer una bona desinfecció ens cal abans haver retirat la major part de la matèria orgànica interferent (això pot semblar fàcil, relativament, en estris, aparells, maquines i roba però no ho és gens en naus o instal·lacions que han contingut animals). Aquesta retirada o reducció és fonamental. Si no es fa així pot passar que el consum de desinfectant sigui superior, o molt superior al teòric ja que cal comptar que una part del mateix no es dedicarà a inactivar el virus si no que quedarà segrestat i inutilitzat per la matèria orgànica.

I contra el pensament generalitzat el virus de la influença aviar H5N8, com les altres soques HPAI (Highly Pathogenic Avian Influenza), s’excreta majoritàriament a través de les femtes; certament també ho fa en menors quantitats per tràquea i vies respiratòries però la via principal és la fecal. I parlem de paraules majors, del ordre de 10.000.000 virus infecciosos per gram de femtes en animal infectat. Les femtes, quan s’assequen, poden ser resuspeses pel vent, per accions mecàniques com escombrats o trepitjades fortes i llavors passen a l’aire si bé de forma inestable (acaben tornant al terra o sobre objectes i superficies). A més un cop infectat l’au pot estar excretant el virus per dies…fins a la seva mort, que en el cas d’aus infectades per HPAI és pocs dies després.

SANT GREGORI GIRONES SOCIETAT GRANJA ANECS 23 02 17 FOTO ICONNA de: http://www.elperiodico.com/es/noticias/medio-ambiente/agricultura-ordena-sacrificio-granjas-patos-gripe-aviar-5859245

Llegim ara aquest petit extracte…

Tras la eliminación de los cadáveres, todas las naves o recintos en los que se hayan alojado las aves de corral u otras aves cautivas, los pastos o terrenos, los vehículos utilizados para su transporte o el de sus cadáveres, carne, piensos, estiércol, purines, yacija y cualquier otro material o sustancia que pueda estar contaminado, serán sometidos a un procedimiento de limpieza y desinfección…. Se certificará la misma mediante acta oficial.

A: MANUAL PRÁCTICO DE OPERACIONES EN LA LUCHA CONTRA LA INFLUENZA AVIAR en: http://rasve.magrama.es/Recursos/Ficheros/Manuales/MARM/78_Manual%20IA%20Actualiz%20septiembre%202014.pdf

En el buidat d’una granja es donen una sèrie d’accions successives i complementàries. S’han d’eliminar els animals de la forma més humanitària possible; s’han de processar els seus cadàvers perquè no puguin transmetre la infecció; i s’ha de desinfectar la instal·lació per poder tornar a entrar animals que no s’infectin altre cop amb virus encara existents a la mateixa…si tornen a entrat “de novo” pot ser un problema de maneig o de manca de bioseguretat atribuïble al granger (en el cas d’instal·lacions tancades; quan són obertes, el medi ambient mana). Desenvolupem una mica cada acció.

La neteja i la desinfecció de les explotacions infectades s’ha de dur a terme seguint un protocol bastant estricte.

Cal una neteja i desinfecció prèvies: En el moment de matar les aus caldrà fer-ho de forma que s’eviti o redueixi al mínim la dispersió dels virus; per això és convenient portar els equips temporals de gasificació i desinfecció al costat de la nau, el subministrament de vestimenta protectora, dutxes, i sistemes de descontaminació de l’equip, instruments i elements utilitzats, així com anular, o no alimentar, el sistema de ventilació.

Tot l’equip portàtil es desmantellarà per a la seva neteja i desinfecció separada. Es desinfectarà tot el material que s’hagi utilitzat en el sacrifici (roba, botes, estris, vehicles, bolquets, pales, etc.). Els materials d’un sol ús seran retirats de forma segura (recipients tancats i hermètics) per la seva posterior eliminació (idealment incineració). Les instal·lacions elèctriques i equips electrònics s’han de protegir per al seu posterior tractament específic, que normalment implica una fumigació amb formaldehid.

Les parts de l’explotació en què s’haguessin allotjat els animals sacrificats, així com parts d’altres contaminades durant el sacrifici o la necròpsia, es fregaran i netejaran de tota matèria orgànica emprant un producte de neteja de les superfícies, començant pel sostre o teulada, a continuació les parets, de dalt a baix i finalitzant per terra. Després de la neteja es ruixen les superfícies amb desinfectants autoritzats (veure un llistat bàsic més a baix). Les operacions de neteja (aigua i detergent), a fons, han de ser prèvies a les operacions de desinfecció per eliminar gran part de la matèria orgànica que impedeix l’adequada actuació de molts dels desinfectants. El desinfectant aplicant romandrà sobre la superfície tractada durant almenys 24 hores (és a dir, no esbandirà, es deixarà assecar).

Després es farà una neteja i desinfecció finals, que implica un nou desengreixat de les superfícies per treure brutícia residual i aclarit amb aigua freda tornant a ruixar de nou les superfícies amb desinfectant. Transcorreguts set dies es tornaran a repetir totes les operacions de neteja i desinfecció.

Com eliminar el llit i les femtes dels animals? El llit i els fems de l’explotació, un cop eliminats els animals, s’hauran de tractar mitjançant un mètode idoni per eliminar el virus. Els mètodes contemplats per la legislació europea són: tractar-los amb vapor fins assolir 70ºC; destrucció per incineració o enterrament a una fondària tal que impedeixi l’accés d’aus silvestres i altres animals,;o ser sotmesos a un compostatge/compactació que generi calor interna, ruixats amb desinfectants i deixats almenys per 6 setmanes abans de qualsevol altra manipulació. Umm, 70ºC, incineració, calor interna? L’explicació és obvia; està més que demostrat que independentment de la soca aquests virus són molt poc estables tèrmicament i temperatures de 56-60-65ºC determinen inactivacions de 4-5 o més log (això vol dir inactivar 10.000-100.000 virus) en períodes curts de temps 30 min., mentre que temperatures de 70-80ºC o superiors poden assolir la inactivació total en terminis molt més curts, 1-5 min.

Qualsevol moviment de llit o femtes d’animals, al lloc on seran eliminats o bé a un lloc d’emmagatzematge transitori abans de la seva destrucció o tractament, es realitzarà en vehicles o recipients tancats i estancs, sota supervisió oficial, per evitar propagació ulterior del virus.

Si es determina que no és possible netejar i desinfectar alguna de les explotacions o part de les mateixes, es podrà prohibir l’entrada de persones, vehicles, aus de corral, aus captives, mamífers d’espècies domèstiques o objectes a aquestes explotacions o part de les mateixes per un mínim de 12 mesos.

L’elecció dels desinfectants i dels procediments de desinfecció es farà en funció de la naturalesa de les explotacions, vehicles i objectes que es s’hagin de tractar.

Els desinfectants que s’hagin d’utilitzar i les seves concentracions hauran estat prèviament autoritzats i s’utilitzaran seguint, o bé les recomanacions del fabricant quan es disposi d’elles o bé les instruccions del veterinari oficial.

Els desinfectants, productes químics, i / o procediments que pot ser necessari emprar són els següents:

Objecte a desinfectar	Desinfectant / producte químic / procediments
Aus vives	Eutanàsia (diòxid de carbono;dislocació del coll)
Canals	Enterrar o cremar
Galliners/equips	Sabons i detergents; agents oxidants i àlcalis
Humans	Sabons i detergents
Equips elèctrics	Fumigació amb formaldehid
Aigua	Drenar al camp quan sigui possible
Pinso	Enterrar
Efluent, fems	Enterrar o cremar; àcids, àlcalis
Vivendes	Sabons i detergents, agents oxidants
Maquinària, vehicles	Sabons i detergents, àlcalis
Roba	Sabons i detergents, agents oxidants i àlcalis

I el llistat de detergents i desinfectants genèrics d’elecció seria el següent:

Sabons i detergents: temps de contacte 10 minuts.

Agents oxidants:

hipoclorit sòdic: líquid, diluir fins a 2-3% de clor disponible, no és adequat per a materials orgànics, degut a l’emissió de cloramines i gasos amoniacals. Temps de contacte 10-30 minuts.
hipoclorit càlcic: sòlid o en pols, diluir fins a 2-3% de clor disponible (20 g/litre si és pols, 30 g/litre si és sòlid), no adequat per a materials orgànics. Temps de contacte 10-30 minuts.
Virkon®: 2% (20 g/litre). Temps de contacte 10 minuts.

Àlcalis: (no utilitzar amb alumini o altres aliatges similars)

hidròxid sòdic (NaOH): 2% (20 g / litre). Temps de contacte 10 minuts.
carbonat de sodi (Na2CO3. 10 H2O): 4% (40 g/litre si és en pols, 100 g/litre si està cristal·litzat), recomanat per a ús en presència de materials orgànics. Temps de contacte 10-30 minuts.

Àcids:

àcid clorhídric (HCl): 2% (20 ml/litre), Corrosiu, utilitzar només si no es disposa d’altres productes químics.
àcid cítric: 0.2% (2 g/litre), segur per descontaminar la roba i el cos. Temps de contacte 30 minuts.

Gas formaldehid: tòxic, només si no fos possible utilitzar altres productes. Temps d’exposició 15-24 hores.

Una llista més extensa i detallada la trobareu a:

http://www.fao.org/avianflu/en/disinfection.html

En resum, es cerca portar l’embolcall i/o la càpside del virus a la seva degradació. Els detergents i tensioactius actuen sobre la bicapa lipídica del embolcall desorganitzant-la i trencant-la. Els pH extrem d’àcids i àlcalis són útils ja que els virus influença són molt sensibles a pH força àcids (per sota de 3) o força bàsics (per sobre de 12). Qualsevol agent oxidant com el Virkon o el lleixiu actua sobre els radicals lliures del proteïnes de càpside i embolcall degradant-les. Si la concentració de lleixiu és prou alta fins i tot pot trencar els àcids nucleics per punts inespecífics.

Eliminació de cadàvers:

Els mètodes autoritzats de destrucció dels cadàvers són: l’enterrament, la incineració i l’enviament a plantes de transformació de cadàvers i subproductes carnis. L’elecció del mètode de destrucció dependrà de diferents factors, com: la localització de les naus infectades, el nombre d’animals de l’explotació, el tipus d’explotació, la disponibilitat i característiques del terreny per efectuar la incineració o l’enterrament i la proximitat a l’explotació d’una planta de transformació.

En qualsevol cas els cadàvers de les aus sacrificades s’han de ruixar amb desinfectant i ser retirats de l’explotació en vehicles o recipients tancats i estancs. Els teixits o la sang que s’hagin vessat durant sacrificis o necròpsies s’ha de recollir amb cura i eliminar juntament amb les aus sacrificades.

Si el mètode escollit és l’enterrament:

Els cadàvers a la fossa han de ser ruixats amb calç viva entre capa i capa que serà distribuïda uniformement.
Per tancar la fossa es cobrirà, com a mínim, amb 1,5 metres de terra.
Abans de cobrir la fossa totalment es llançarà tot el material d’un sol ús, vestidors, calçat, utilitzat pel personal durant les operacions.
L’àrea al voltant de la fossa serà ruixada amb un desinfectant adequat.
L’entrada a aquesta fossa serà tancada i es prohibirà l’accés. Vigilar l’entrada de gossos, gats, ocells, etc. als voltants de la fossa.
Tot el material i equips emprats en aquestes operacions han de ser apropiadament desinfectats.

Si la fossa d’enterrament està situada fora de l’explotació, caldrà que estigui el més allunyada possible de camins públics, habitatges i altres explotacions però alhora que sigui de fàcil accés pels camions i maquines excavadores.

Si el mètode d’elecció és la incineració, caldrà emprar una gran quantitat de material inflamable per a la incineració dels cadàvers i caldrà una supervisió i custodia constant del material a incinerar. Això porta el problema logístic de com fer arribar els cadàvers a la instal·lació incineradora; com bé sabeu no n’hi ha gaires incineradores.

En qualsevol cas, els vehicles utilitzats per al transport, han d’anar precintats i ser a prova de fuites per evitar les pèrdues de líquids durant el transport, per a això són convenients els vehicles amb cubetes estanques, que impedeixin l’eliminació de material (sang, excrements,…) durant el transport; aquests vehicles hauran de ser subjectes d’una completa neteja i desinfecció posterior.

Com veieu és un problema logístic important que es multiplica quan el nombre d’animals creix i encara es multiplica més quan tens diversos focus que gestionar. Descartant l’atzar, si un no és completament estricte en tots els focus del brot pot involuntàriament permetre propagacions secundàries o el que és pitjor, en trànsit. Això pot explicar, ni que sigui parcialment, que en tres mesos a França encara estiguin bregant amb la soca H5N8.

Però aquesta, aquesta és una altra història.

descontaminació, desinfecció, fomites, Influenza, influenza aviària, microbiologia ambiental, salut pública, transport mat. infecciós, virologia, virologia ambiental descontaminació, desinfecció, fomi, Influenza, influenza aviària, microbiologia ambiental, salut pública, transport mat. infecciós, virologia ambiental

Comentaris virus-lents (175): La bioseguretat és un cristall preciós amb moltes facetes.

1 comentario Publicado por fxavierabad en agosto 6, 2016

Ja sabeu, qui em llegeixi, que sóc un viròleg de formació que em dedico ara a la gestió en una instal·lació de biocontenció de patògens perillosos, alguns potencialment mortals.

Quan es manegen patògens perillosos, no solament és necessari tenir-los continguts, dins d’unes instal·lacions que garanteixen que no siguin alliberats inadvertidament, sense voler, a l’exterior, si no que la gent que hi treballa ho faci de forma segura, evitant infeccions laboratorials que puguin ser transmeses a la família, o a la comunitat.

Tots aquests conceptes de bioseguretat i biocontenció, alguns altament tecnificats, són vistos de maneres diferents per persones diferents, en diferents moments de la vida de la instal·lació però també fins i tot en un moment concret, en un mateix dia de la instal·lació. No és el mateix l’arquitecte que dissenyarà l’edifici, que el personal investigador que hi treballarà, que el cap de manteniment que voldrà mantenir-lo en perfecte estat al llarg dels anys, que l’oficial de bioseguretat que ha de mirar que els procediments s’atinguin a l’ instal·lació i a l’inrevés, que el Director que ha de trobar finançament per pagar una instal·lació, de ben segur necessària, però també “cara”. Altre cop, les diferents facetes d’un cristall.

I la manera d’entomar la bioseguretat també està fortament condicionada pels patògens i les espècies animals o vegetals amb les que treballen. No és el mateix la bioseguretat i biocontenció en una instal·lació hospitalària (recordeu els casos d’Ebola, alguns a la península Ibérica, però també possibles casos de MERS coronavirus, SARS coronavirus, virus Crimea Congo, influenza altament patògena, que a la seva vegada serien molt diferents de les condicions per manegar infectats de Chikungunya o Zika, per exemple), que la bioseguretat en aqüicultura (on el que es tracta es evitar que els virus o bacteris amb els que experimentalment s’infecten peixos arribin a les aigües del voltant), que la bioseguretat vegetal (on el perill fonamental rau en la disseminació de les llavors, de plantes modificades, cap a l’exterior) com en la bioseguretat i biocontenció d’artròpodes infectats amb patògens zoonotics (on el perill no rau tant en el virus o bacteri manipulat, que també, si no en l’escapament de mosquits o altres artròpodes infectats amb un agent exòtic i la potencial establiment d’un cicle autòcton per infecció de persones al voltant de la comunitat). Les eines i les solucions en cada cas seran ben diferents. Com veieu, les diferents facetes d’un cristall, altre cop.

I després el món de les empreses, que aporten solucions tecnològiques als reptes de bioseguretat i biocontenció; com fer una instal·lació més segura, però alhora mes eficient; com descontaminar de forma efectiva zones afectades per un alliberament voluntari (per exemple un treball dins un box experimental), però també com descontaminar material infectat que ens ve decomissat pel cossos de seguretat; com descontaminar el personal en la seva sortida de la instal·lació; com eliminar de forma segura els residus que es generen dins la instal·lació; com transportar i eliminar aquells residus que no es poden processar dins; con moure a l’exterior i per l’exterior material biològic valuós (mostres, soques infeccioses) amb seguretat; aparells i sistemes barrera per protegir els treballadors de l’exposició directa al patogen, etc. I cadascú, fins i tot dins el mateix camp, fa aproximacions i dona solucions diferents. Altre cop, les diferents facetes d’un cristall.

I finalment la formació. Diferents eines de formació, algunes totalment instal·lades en el e-learning, tant a nivell estatal com internacional, altres allotjades dins de cursos de postgrau o d’extensió universitària, altres portant la formació dins de l’entorn universitari, tant a professor s com a estudiants com als propis treballadors de la universitat. La formació, que és específica de cada persona, és per això difícilment estandaritzable, però que cal intentar homologar o fer convergir a uns mínims estàndards comuns. Altre cop, les diferents facetes d’un cristall.

Doncs bé, algunes, que no totes, les facetes d’aquet cristall preciós seran observats amb detalls al 3er congres de la Asociación Española de Bioseguridad que tindrà lloc a Bilbao els dies 17 i 18 d’octubre i al que assistirem molta gent amb ganes d’escoltar, però també de dir la nostra.

Però aquesta, aquesta és una altra història.

Per a saber més us recomano que visiteu durant les properes setmanes www.aebios2016.info

avaluació de riscos, biocontenció, bioprotecció, bioseguretat, descontaminació, desinfecció, EPI's, Infeccions Laboratorials (LAIs), instal·lacions bioseguretat, transport mat. infecciós, vectors artròpods avaluació de riscos, biocontenció, bioprotecció, bioseguretat, descontaminació, desinfecció, EPI's, Grups de risc biològic, Infeccions Laboratorials (LAIs), instal·lacions bioseguretat, vectors artròpodes, virologia ambiental

Comentaris virus-lents (174): virus Zika i desinfectants: easy to be killed.

2 comentarios Publicado por fxavierabad en julio 24, 2016

Encara que el virus Zika es transmet bàsicament per vectors també està descrita la seva transmissió a través de fluids corporals com semen i líquids vaginals (per més detalls consultar entrades prèvies) i té una fase de virèmia…per tant és susceptible d’arribar a l’exterior i contaminar objectes o superfícies.

Fins fa unes poques setmanes s’assumia que la inactivació o desinfecció de material contaminat amb Zika s’havia de fer seguint el que es sabia de la resistència a desinfectants i tractaments d’altres flavivirus, ja que el virus Zika és un flavivirus.

Ara però, ja tenim dades específiques pel virus Zika. Les dades, que es poden llegir en detall a l’enllaç al final de l’entrada, són:

Zika és completament inactivat quan entra en contacte amb desinfectants alcohòlics (isopropanol 70%, etanol 70%, DMSO/etanol 70%) amb temps de contacte de 1 minut.
Zika és completament inactivat quan entra en contacte amb solucions de hipoclorit sòdic del 1% (recordem que el lleixiu domèstic sense diluir està al 5%) per temps de contacte de 1 minut.
Zika és completament inactivat quan entra en contacte amb fixadors com paraformaldehid al 2% o glutaraldehid al 2% per temps de contacte de 1 minut.

Aquesta completa inactivació es mantingué encara que el virus es barregés amb quantitats creixents de matèria orgànica (com podria ser el semen, la sang), que en principi dificulta l’acció dels desinfectants (aquesta es la raó per la que es demana un rentat inicial exhaustiu de mans amb sabó abans d’aplicar cap solució desinfectant de base alcohòlica, per exemple).

Zika també és inactivat per la llum UV (les condicions experimentals, tanmateix no són les ambientals). En aquest cas, però, en presencia de molta material orgànica en dissolució la llum UV si bé inactiva el 99,95% dels virus presents deixa encara certa infectivitat residual.

Més important és l’altre dada. Quan es deixà dessecar el virus sobre una superfície i es recuperà a les 36 hores, vora un 95% dels virus han desaparegut, s’havien inactivat…sense fer-hi res. S’ha de dir que aquest efecte és un vell conegut pels que treballem en això. En aquestes mateixes condicions experimentals el virus Zika sobrevisqué més allà de tres dies, la qual cosa ressalta la necessitat d’efectuar una desinfecció correcta. Tanmateix no hi hagué títol infecciós, ni rastre, als 5 dies..una caiguda massa abrupte…potser un problema metodològic. En qualsevol cas una superfície contaminada que pateixi dessecació i insolació (llum UV) homogènies quedarà probablement “segura” en uns pocs dies sense aplicació de cap mesura desinfectant.

Escalfar és la solució, també; el vius es capaç de resistir temperatures de 50ºC per 5 min sense pèrdues d’infectivitat; tanmateix a 60ºC hi ha una pèrdua total d’infectivitat, per sobre de 5 log10 R o 99,999% d’inactivació. Aquest remei sembla també fàcil d’aplicar…

Si ens recolzem en el potencial inactivador del pH el virus únicament és estable en el rang entre 7 i 10, demostra la seva feblesa si entra en contacte amb pH entre 4 i 6 i pH de 11 i és totalment inactivat (més de 99,999%) per pH de 4 o inferiors o pH de 12 a 14. ¿Quina importància té això? Relativa, però si sabem que el lleixiu té un pH de 12 i que el vinagre té habitualment un pH per sota de 3 ja tenim remeis casolans i barats, per fer desinfecció de campanya.

No serà un article trencador però era un article necessari. Ara ja sabem que podem fer servir, i com fer-ho servir, per guarir-nos de potencials objectes contaminats amb el virus Zika.

Encara que l’autopista de transmissió continuen essent els mosquits i per aquestos calen mesures preventives (difícils) i executives (matamosques, molt més fàcils).

Però aquesta, aquesta és una altra història.

Enllaç original: http://wwwnc.cdc.gov/eid/article/22/9/16-0664_article

descontaminació, desinfecció, etapes inactivació, salut pública, vectors artròpods, virologia ambiental, virologia social, zikavirus descontaminació, desinfecció, etapes inactivació, salut pública, vectors artròpodes, virologia ambiental, virologia social, zikavirus

Comentaris virus-lents (135): Bioseguretat a Catalunya; entrenant, sembrant als futurs formadors.

Deja un comentario Publicado por fxavierabad en octubre 20, 2015

Les últimes emergències virals mediàtiques (Ebola, MERS-Coronavirus, Chikungunya) no fan més que alimentar la necessitat d’una bona pràctica en el disseny, ús, manteniment de laboratoris o instal·lacions que treballin amb patògens d’elevada perillositat i greus conseqüències en cas del seu alliberament involuntari o malintencionat. També en el transport de materials infecciosos (no solament mostres valuoses, si no, el que és més important, encara que només sigui volumètricament, els residus infecciosos), en la correcta selecció i l’adequat ús dels equips de protecció individual (EPIs), en una adequada gestió del risc biològic, en l’adequada selecció dels processos de desinfecció i descontaminació, i en una gestió eficient i transparent dels accidents i les emergències, entre altres temes.

Per segon any una visió moderna i actual de tots aquests temes ha estat donada dins el marc del Postgrau “Estrategias en bioseguridad y biocontención” organitzat per la Universitat Autònoma de Barcelona, entre els dies 5 i 9 d’octubre, en sessions de matí i tarda, amb suports pràctics. El temari del Postgrau reflecteix fil per randa allò enumerat al paràgraf anterior i compta addicionalment amb una visita intensiva a les instal·lacions de IRTA-CReSA, una instal·lació de alta seguretat biològica de primer nivell europeu ubicada a Catalunya.

Aquest any he tingut el plaer novament de participar parlant de la guia CWA 15793 sobre “Gestión del riesgo biológico”, una guia que integra els conceptes de gestió de la qualitat i millora continua camb un enfocament principal sobre la gestió de la bioseguretat i la bioprotecció, però aquest és un altre tema que tractarem en el futur.

El que vull parlar és de la necessitat de formar personal en aquest camp. Les emergències biològiques continuaran succeint-se en el futur, amb major o menor cobertura mediàtica. Per informar adequadament a la població caldria que a tots els nivells hi hagués gent que entengués com es gestiona la bioseguretat, la biprotecció, com es maneguen els patògens, i el que és més important que una gestió “perfecte” del risc biològic no implica risc “zero” si no un reducció molt significativa del mateix que no evita, però, possibles accidents i/o conductes malèvoles. I quan dic tots els nivells, vull dir tots els nivells: policia, serveis d’emergències, funcionaris del Departament de Salut, responsables de prevenció a hospitals, membres de gabinets de comunicació, periodistes, etc.

Pel professorat que no quedi, però; per fer la formació més propera el Postgrau es limita a un màxim de quinze alumnes; aquest any han estat dotze alumnes, alguns d’ells iberoamericans. L’èxit del curs es mesura per l’opinió de l’alumnat i aquesta, per segon any, ha estat molt positiva com mostren les mètriques dels qüestionaris (l’estructura i contingut del curs, la qualitat dels continguts i del material docent, les visites i sessions pràctiques, i l’adequació a les expectatives han superat una puntuació de 9 sobre 10).

Qui vulgui saber més pot entrar a l’enllaç http://www.uab.cat/web/postgrado/curso-en-estrategias-en-bioseguridad-y-biocontencion/informacion-general-1206597475768.html/param1-3045_es/param2-2012/ que detalla el programa d’aquest curs ja passat.

Pel proper curs segur que es farà algun canvi per millorar-lo, o per entrar temes nous de resultes de les alertes biològiques que es generin. Pel que el risc biològic i la seva gestió, com tot a la vida, muta contínuament.

Però aquesta, aquesta és una altra historia.

avaluació de riscos, biocontenció, bioprotecció, bioseguretat, descontaminació, desinfecció, EPI's, Grups de risc biològic, instal·lacions bioseguretat, salut pública, transport mat. infecciós

Comentaris virus-lents (125): IRTA-CReSA dins la RELAB; …Umm, que és la RELAB?

4 comentarios Publicado por fxavierabad en julio 19, 2015

La nota breu seria; IRTA-CReSA ha estat admès, s’ha incorporat a la RELAB.

Umm, us preguntaríeu, i què es la RELAB?

Potser convé llavors una mica d’introducció al tema…

Un estat ha d’estar preparat, entre altres coses, per fer front a una amenaça de caire biològic, ja sigui purament natural o induïda per l’esser humà, el que venim a anomenar bioterrorisme.

L’aproximació de tancar fronteres en el cas dels patògens no té cap utilitat; els patògens no en coneixen i en el cas d’un acte de bioterrorisme no és útil perquè el problema ja s’ha desfermat. A més prous agents biològics susceptibles de transformar-se en una arma són relativament de fàcil d’adquirir o produir (propagar); són resistents a factors ambientals; poden tenir un poder altament incapacitant temporalment o permanentment (a les persones, als animals, a les collites), són contagiosos (efecte multiplicatiu) i suposen un baix risc pels terroristes (poden estar lluny de la zona quan es notin els efectes).

Actualment les actuacions es basen més en:

Sistemes de ràpida alerta
Plans de contingència (o el què faríem si…?)
Reserves de subministres o contramesures essencials
Sistemes de comunicació ràpida entre xarxes especialitzades

I pel que fa a una amenaça biològica cal:

Identificar l’amenaça (normalment lligat a la virulència del patogen, la seva via de transmissió i la quantitat alliberada)
Establir estratègies de reducció del risc (contenció del patogen, quarantena de zones i/o persones)
Quantificar el risc residual i establir decisions en funció d’un risc acceptable (recordem el risc “0” no existeix i després d’una amenaça biològica menys encara).
Fer un seguiment per avaluar si s’ha gestionat degudament el risc.

És evident que un estat present o un estat futur ha de preveure, fins on pugui, aquestes crisis, que mai seran del tot controlables, per apaivagar efectes i conseqüències (per poder contestar SÍ o NO a preguntes i escenaris prèviament plantejats); en poques paraules per no crear una segona crisi dintre o després de la crisi inicial.

Yes No disjuntive ID-10094976

Aquest és l’objectiu de la RELAB, que dins l’actual marc polític fou aprovada el febrer de 2009. La RELAB és la Red de Laboratorios de Alerta Biológica. En la RELAB es troben incorporades una sèrie d’àrees; salut pública; sanitat animal; sanitat alimentària; sanitat ambiental i sanitat vegetal. La finalitat de la RELAB és la de compartir i integrar coneixements i capacitats de centres i laboratoris tant en situacions de normalitat com de crisi, obtenint la màxima eficiència dels recursos disponibles per reforçar les defenses sanitàries front una potencial emissió deliberada d’agents biològics. No menys important, coordinar informacions i comunicacions derivades de les actuacions quan es participa en la resposta a l’emergència (aquí entra el concepte de intentar no generar una segona crisi després de l’esclat de la primera). Finalment la connexió de la RELAB amb altres xarxes d’alertes biològiques de la UE i de la OTAN és necessària per una adequada transmissió de dades i protocols.

Davant d’una amenaça biològica cal per un costat una ràpida detecció de la contaminació i una posterior descontaminació de la zona o espais afectats; secundàriament (des d’el punt de vista temporal, que no d’importància) tractament dels afectats i control de la malaltia (quarantena, per exemple). En una situació de pau, IRTA-CReSA formaria part d’aquest sistema de protecció que ajudaria a la ràpida detecció de la contaminació (amb el seu potencial de diagnòstic i les seves instal·lacions que garantirien una segura manipulació de l’agent biològic perillós) i podria col·laborar en la descontaminació amb la seva experiència en aquest camp; evidentment el tractament dels malalts quedaria per altres nòduls de la RELAB.

Igitur qui desiderat pacem, praeparet bellum, que podríem traduir per “qui desitgés la pau, caldria que es preparés per a la guerra”. S’ha fet molt d’abús d’aquesta frase, però, certament, no podem donar una resposta a segons quines amenaces si no tenim estructures organitzades, i alguns supòsits o mecanismes d’actuació no han estat pensants per avançat. O és que pensaríem en com tenir un cos de bombers quan les flames llepessin les parets de casa nostra?

Però aquesta, aquesta és una altra història.

avaluació de riscos, bioprotecció, bioseguretat, bioterrorisme, descontaminació, desinfecció, instal·lacions bioseguretat, virologia ambiental, virus hemorràgics, Zoonosi

Comentaris virus-lents (118): Ebola i persistència ambiental, dades finals per ara (¿?) i discussió

Deja un comentario Publicado por fxavierabad en junio 20, 2015

Un altre, i paro. No em feu massa cas, però.

Quantes més dades es tenen més acurada es pot fer la desinfecció i el tractament de superfícies o ambients contaminats amb Ebola. Un estudi pràcticament contemporani al discutit a les entrades 114 i 116 ha estat publicat al Emerging and Infectious Diseases (enllaç al final).

Els autors es pregunten de nou la capacitat del virus Ebola de persistir dessecat sobre superfícies habituals en àmbit hospitalari como pot ser acer inoxidable, plàstic o Tyvek (el material del que es fan les granotes de protecció). A diferencia de l’altre estudi però, assagen dues condicions ambientals que difereixen en temperatura i humitat relativa (HR); Així assagen virus dessecats a 21ºC i un 40% de HR o bé 27ºC i un 80% de HR, durant un termini de 14 dies.

Com es veu a les gràfiques que adjuntem les corbes d’inactivació segueixen unes cinètiques de primer ordre (es diuen així aquelles cinètiques lineals un cop transformades a escala logarítmica). Això permet fer algunes transformacions matemàtiques (regressions) i comparar també de forma matemàtica si hi ha diferències i si aquestes són significatives entre les condicions ambientals i superfície assajades.

Novament es manifesten veritats de calaix; com més alta es la temperatura més ràpida és la inactivació vírica. Així …

La inactivació vírica s’expresa en reducció logaritmica del titol viric respecte el temps; acer inoxidable: stainless steel.

Si comparem A i B veiem com la caiguda, el pendent de la corba és molt més intens a A (27ºC) que no a B (21ºC). El virus no aguanta bé els increments de temperatura i per cada grau d’augment es deixa una mica de la seva persistència. La HR també deu jugar un paper però per articles previs amb altres virus serà menys significatiu. Per altra banda, quan la inactivació és molt intensa és difícil robar diferències entre materials; Ebola perd un 99,99% del seu títol en 3 dies i més del 99,9999% als 4 dies; això son 4 log₁₀R i 6log₁₀R respectivament. I tots els materials semblen comportar-se igual.

A 21ºC (B) amb una caiguda més suau si que es veuen diferències entre materials; el virus persisteix més i pot estar encara viable, i amb un títol infecciós significatiu passada 1 setmana. El material menys permissiu sembla l’acer inoxidable i el que més afavoreix la persistència vírica el tèxtil Tyvek.

Per altra banda els autors es pregunten sobre la persistència del virus si fluids o sang infectada arriben a l’aigua de rius o dipòsits susceptibles de ser emprats com aigua de beguda. Recordem també que Ebola ha estat aïllat de l’orina que pot acabar arribant a rius i llacs. La persistència d’Ebola en aigua, també fortament marcada per l’efecte de la temperatura és veu a la Figura 2. Ebola pot mantenir-se viable amb caigudes de 3 log₁₀R a 3 dies per 27ºC i fins a 5-6 dies per 21ºC. Això vol dir que si el virus arriba a l’aigua i aquesta no és tractada aquesta aigua pot ser un medi de transmissió.

Ebola persistence water 15-0253-F2

També avaluaren la persistència d’Ebola a taques de sang que es deixaren dessecar sobre plàstic estèril en ambdues condicions ambientals (és la figura B). El virus mantingué la seva infectivitat fins a 6 dies en condicions tropicals. Per tant tots les estris i materials que estiguessin tacats amb sang o exudats externs dels infectats serien fonts potencials de transmissió.

I fins i tot hi ha estudis que han demostrat la viabilitat del Ebola virus a la sang de cossos de micos morts fins a 7 dies després del decés. I bioquímicament no ens separa gaire per no dir gens, als humans, dels micos. Això sí que és tenir una “mà activa”, un efecte, després de la mort.

Tinguem present però algunes limitacions una, que cada sang és particular, i que la concentració específica de proteïnes, i altres molècules poden fe una sang més favorable que altra a la persistència d’Ebola; la segona molt mes important, que aquest experiment s’ha fet en condicions controlades de laboratori, en esterilitat, i que en un ambient natural, com l’africà, l’acció de bacteris i compostos químics poden influenciar, sempre negativament, la persistència del virus. És a dir, aquestes dades són un millor cas, un best case, per la persistència vírica, difícilment sobreviurà més, molt probablement sobreviurà menys.

Més dades, mai en tindrem prou!!. Tanmateix, quan això t’ho trobes “al camp”, en una situació real, s’ha de tenir el cap molt fred per tenir-les en compte.

Però aquesta, aquesta és una altra història.

Enllaç a l’article: http://wwwnc.cdc.gov/eid/article/21/7/15-0253_article

avaluació de riscos, descontaminació, fomites, salut pública, virologia ambiental, virus hemorràgics, Zoonosi

← Entradas anteriores

	Roberto Álvarez en Comentaris virus-lents (258):…
	Roberto Álvarez en Comentaris virus-lents (243):…
	Roberto Álvarez en Comentaris virus-lents (243):…
	ROBERTO ÁLVAREZ en Comentaris virus-lents (239):…
	Roberto Álvarez en Comentaris virus-lents (230):…