comentarisviruslents

Aquest blog és una seguit de comentaris personals i probablement poc transferibles sobre ciència i política.

Archivos en la Categoría: seguretat alimentària

Comentaris virus-lents (202): I en això arriba l’aigua crua. Crua estupidesa.

La darrera moda nutricional, que no la final, bé, potser sí per alguns, que s’ha desfermat als Estats Units i que perilla que arribi a Catalunya (sempre hi ha, a tota població, un percentatge de snobs) és el consum de “aigua crua”. És un retorn a la natura més pretèrita i “silvestre” i el seu lloc d’origen, un sarcasme més, ha estat Silicon Valley, el bressol de la tecnologia que consumim.

 

No és país per pobres, però. Cada gerra de 2,5 litres d’aigua crua es pot vendre en aquell lloc al preu gens barat d’uns 30 euros al canvi.

 

I que és l’aigua crua? Coneixem l’aigua de riu, l’aigua continental, l’aigua potable, l’aigua de mar però “aigua crua”? Doncs “aigua crua” és aigua sense processar (habitualment filtrar) ni esterilitzar (habitualment desinfectar). I aquí està el quid, en el retorn a allò no manipulat, a la natura, ha fet forat el fet que es comercialitzi com un aigua “externa a la xarxa municipal o estatal”, que no conté additius ni desinfectants, ni es sotmesa a cap filtració més enllà de la natural, la qual cosa faria aquesta aigua rica en minerals. Eslògans com “Naturally probiotic. Perfected by nature” en alguna d’aquestes aigües van en aquesta direcció.

 

Que qualsevol persona, benintencionada o no, que disposi d’un accés a aigua subterrània pugui obtenir grans quantitats d’aquesta aigua sense sotmetre-la a cap mena de control sanitari i obtenir grans beneficis no sembla generar gaire preocupació pels clients.

 

Existeixen determinades fonts, brolladors, aiguaneix i surgències que poden no necessitar cap mena de filtració, o tractament, i poden embotellar-se directament, però sempre hi ha controls microbiològics. Altres fonts i brolladors poden contenir una gran diversitat de bacteris, i virus (podeu consultar diverses entrades de norovirus en aquest blog), en concentracions variables durant l’any, que poden provocar diarrees benignes o severes i en determinats casos i per segons quin col•lectius mortals.

 

font cano-1081081_1920

 

Però és que a més, aquesta “aigua crua”, com aigua no tractada i per tant aigua no analitzada pot contenir vessaments de tractaments agrícoles (pesticides) però també elements químics naturals com arsènic, radó, urani, a concentracions per sobre dels límits legals.

 

L’existència d’un sistema de tractament centralitzat (si està en mans públiques o privades és tota una altra discussió) de l’aigua potable, o de beguda, i la seva posterior distribució a cases particulars és un actiu imprescindible, que com a país, donem per assumit però com a planeta està molt lluny d’haver-se assolit. Hi ha centenars, milers de milions de persones al mon que no tenen aquest “luxe”. De fet la segregació de les aigües residuals d’aquelles destinades a consum i el posterior tractament d’aquestes darreres estan al darrera de la desaparició del còlera a Europa i Nord Amèrica però també del gran increment en l’esperança de vida humana que ha donat un salt de més de 30 anys des de 1900 fins 1970, per exemple.

 

El 2015, les malalties diarreiques causaren més de 1,3 milions de morts al planeta i fou la quarta causa de mort entre infants per sota de 5 anys d’edat. Rotavirus fou l’agent causal més habitual (per sobre dels 200.000 morts) seguit per Shigella spp i Salmonella spp. Per sota dels 5 anys, Cryptosporidium spp també tingué un paper rellevant. Per més detalls consultar: http://www.thelancet.com/journals/laninf/article/PIIS1473-3099(17)30276-1/fulltext. Aquests patògens poden estar presents en aigües naturals no tractades.

 

Fins i tot, l’aigua potable, l’aigua de distribució o aigua processada vilipendiada per aquest col•lectius snobs pateix episodis de contaminació. Així segons la Organització Mundial de la Salut (OMS), l’aigua potable contaminada causa 502.000 morts por diarrea a l’any, encara que es un producte que teòricament ha passat per tractaments de filtrat i desinfecció (habitualment clor o ozó)…però que moltes vegades es torna a contaminar per deficiències en el procés de distribució. Si voleu més detalls i dades aneu a http://www.who.int/mediacentre/factsheets/fs391/es/. Per tant el mal que pot fer un aigua crua que no es trobarà més a la vora d’un desinfectant que la distància entre el lineal de les aigües al lineal de productes de neteja d’un supermercat, pot ser molt gran.

 

De fet les aigües naturals poden portar paràsits com Giardia spp i Cryptosporidium spp, que arriben a través de les femtes d’animals bovins, i que són molt residents a les condicions ambientals i als tractaments desinfectants. Aquest és un dels motius pels que no convé beure aigua de rierols o corrents de prats o zones amb abundants ramats o poblacions de cérvols, isards, cabirols, si és que no ha estat ben desinfectada o bullida abans de ser consumida.

 

manantial

 

Aquests genis del màrqueting que proposen un retorn al “producte natural” com és l’aigua crua poden argüir (fins i tot sense proves) que la seva serà un aigua rica en minerals (?) però nosaltres podem afegir que també rica, ben carregada, d’elements tòxics, matèria orgànica sense caracteritzar, bactèries i paràsits. Aparteu de mi aquest calze, si us plau.

 

Però aquesta, aquesta és una altra història.

Anuncios

Comentaris virus-lents (166): Norovirus i Andorra: res a declarar…per ara.

La setmana passada va haver un cert rebombori per un brot considerable (per sobre de 4.000 afectats) de gastroenteritis deguda a aigua envasada que va afectar bàsicament a la zona metropolitana de Barcelona i a Tarragona. El vehicle, aigua envasada en garrafes, subministrada por la companyia de vending Eden i que ha resultat provenir d’una línia de producció de la planta Font d’Arinsal, a Andorra.

 

He sentit alguns comentaris sobre la necessitat de més controls de laboratori. El fons del comentari és cert i irrefutable però s’estavella amb la factibilitat o la relació cost-benefici dels mateixos. Els indicadors de la qualitat microbiològica de l’aigua són, segons la normativa europea, bacteriològics. La detecció de segons quines bacteris fecals implica la possibilitat de presència de virus, també de transmissió fecal-oral. Un aigua que doni positiu a aquests bacteris fecals en una mostra d’un volum concret, per exemple, 100 ml ha de ser retirada del consum. Però, desgraciadament se sap abastament que els virus poden estar present en aigües que ja no continguin aquests bacteris fecals viables, és a dir, la presència de bacteris anuncia possible presència de virus de transmissió fecal-oral (norovirus; astrovirus; virus de la hepatitis A; en temps passats, poliovirus) però l’absència de bacteris no implica absència paral·lela de virus. Els virus poden ser molt persistents i mantenir-se infecciosos per setmanes o mesos a l’aigua un cop hi arriben. Perquè no es fan proves de detecció de virus? Pel seu cost, perquè les tècniques moleculars ens donen senyal de la presencia del genoma del virus però no de que aquest virus sigui encara infecciós, perquè si volem trobar virus viables cal esperar dies, fins i tot setmanes de cultiu en línies cel·lulars (això els que són susceptibles de propagar-se, que no ho són tots), etc. Per tant des d’aquest punt de vista cal assumir que aquí tenim un forat pel que ocasionalment se’ns pot escolar un brot.

 

Res més sentir del brot al meu centre, CReSA, vaig enviar un correu intern dient més o menys…ja veureu com serà norovirus. La simptomatologia evident, l’autoresolucio de l’infecció, que és sempre benigne llevat casos molt particulars; l’apunt inicial a l’aigua com a mitjà de transmissió, eren pistes prou clares. Hi hauria altres virus que podrien mostrar una pistola fumejant com rotavirus o astrovirus, però norovirus acostuma a ser una elecció segura en països europeus.

Assumint la inevitabilitat del brot pel que fa a les proves bacteriològiques altra cosa són les errades procedimentals o saltar-se alguns controls recolzant-se en l’històric. Aixa, Ara el 20 d’abril publicava…”la línia de producció que proveïa l’aigua a Eden és de nova creació-va començar a operar a principis del mes d’abril-, per tant, no havia passat el darrer control oficial.” Mai sabrem si aquest control hagués pogut tenir impacte en la dinàmica del brot, o hagués permès alertar d’alguna mancança.

 

També sembla, per ara, que el problema podria raure en el reciclatge dels recipients. Així com les ampolles de litre i mig no es reciclen, són d’un sol ús, i no s’ha registrat, que se sàpiga, episodis de gastroenteritis d’aigua d’aquesta planta d’Arinsal per aquests envasos, les garrafes de les fonts d’aigua es reciclen entre usos. Dit altrament s’higienitzen, es desinfecten abans de rebre altre cop aigua de la font. Per desgràcia, els norovirus, molt petits, també són força resistents a la inactivació; són perfectament capaços de resistir pH àcids o bàsics (al voltant de pH 2 i pH 12, respectivament per 30 minuts a 37ºC) i necessiten un bon raig de lleixiu (de l’ordre de 300 ppm o més en funció de la presència de material orgànica) mentre que per “matar” bacteris fecals habituals n’hi ha prou amb una dosi de 70 ppm. A tall d’exemple us recordo que el lleixiu domèstic es ven com una solució d’hipoclorit sòdic a 40-50 g/l i això vol dir 40.000-50.000 ppm…per tant es pot diluir força i encara ser efectiu. Tanmateix suposo que la higienització dels recipients es deu fer per mètodes químics (el pH, probablement hidròxid sòdic) o per mètodes tèrmics i per aquests darrers els norovirus també són força resistents; poden resistir 60ºC per 3 minuts i 100ºC per un minut. Tot un petit milhomes de la natura microscòpica.

 

Aquí un apunt, tenint en compte la lleugeresa dels símptomes no descarto que hi hagi hagut casos de gastroenteritis per aigua en ampolles individuals (si assumim que el problema ve de l’aigua, de la font); a nivell domèstic aquests episodis són poc traçables i no permeten lligar caps; també seria interessant saber com ha acabat la investigació epidemiològica de un brot de gastroenteritis en dos hotels de la Massana, a Andorra, que es van reportar a la premsa andorrana el 24 de març. A nivell d’una empresa, d’una comunitat, que 2, 3 ó 5 treballadors emmalalteixin alhora vol dir un punt de connexió comú, més fàcil de traçar o d’aixecar l’alerta.

 

Pel que llegeixo s’han retirat més de 6000 garrafes dels lots produïts els dies 7, 8, 11, 12 i 13. El 9 i 10 no es treballava, que era cap de setmana. No tinc dades del nombre d’empreses afectades (en alguns llocs he llegit vora 200 empreses, encara que s’ha retirat l’agua de més de 900 localitzacions) ni per tant del nombre de garrafes directament involucrades però és un episodi de contaminació “estrany”.

 

Fem un petit càlcul…la dosi infecciosa de norovirus es suposa baixa (1-10 partícules infeccioses són suficient per disparar la gastroenteritis). Per tant aquestes 10 partícules havien d’estar en un got d’aigua consumit de la font (evidentment podem parlar de treballador assedegats que veuen com peixos però és una variable que deixarem fixada). Això vol dir que hi calien presència de 10 virus en 200 ml. Si hi ha 200 empreses afectades, assumint un parell de garrafes per empresa, dona 400 garrafes, que a 19 litres per garrafa dona uns 8.000 litres. Per tant, 40.000 gots de 200 ml i 400.000 norovirus assumint barreja homogènia. Recordem quants norovirus hi ha en un gram de femta d’un malalt de gastroenteritis (per més detalls veure entrada https://comentarisviruslents.org/2014/07/07/comentaris-virus-lents-16-norovirus-i-creuers-laxants/). Doncs sí, més de 1.000.000.000 virus per gram. Per tant caldria 1 mil·lèsima part d’un gram de femta, ben posat, per generar aquest brot. Acabant d’escriure l’entrada he llegit que la concentració de norovirus detectada a l’aigua ha estat anormalment alta (veure http://www.ara.cat/societat/Salut-culpa-Andorra-gastroenteritis-aigua-envasada-Eden-Aigua-Pirineu_0_1565243555.html) de l’ordre de 1.000-10.000 virus per litre; estaríem parlant llavors de 0,1-1 gr de femta.

 

norovirus vital-signs-transmission-lg

Desafortunades trobo les declaracions de Jordi Guix, secretari de la Agència de Salut Pública de Catalunya (ASPCAT) que en La Vanguardia del dia 19 senyalava (o li feien senyalar, un ja no sap): “La probabilitat de contagio de persona a persona es muy baja”. Poc encertada la frase perquè se sap que el norovirus un cop entra en una col·lectivitat arrasa, és molt transmissible…certament no se transmet de persona a persona però sí de persona a fomites i de fomites a persona. Per posar un exemple, si comparteixes un lavabo amb una persona que està en un episodi de gastroenteritis per norovirus, i no vas amb molt de compte, bé, ja pots trucar a la feina i dir que no aniràs en dos dies. Per més detalls veure l’entrada 16 del present blog. O millor encara, entreu a l’adreça http://www.cdc.gov/norovirus/ i mireu el vídeo Have You Ever Heard of Norovirus? És en anglès però és radicalment clar.

 

norovirus-2

 

En resum, ja tenim el culpable, i els que han fet la feina de recerca i identificació són de total confiança però ara queda el més dur que és trobar la via exacta de transmissió que implicarà aïllar el virus d’elements de la línia d’embotellat o confirmar errades o incidències en el procés d’higienització…sense descartar la font primigènia. Esperem que esmercin forces comandades per tot un Sherlock Holmes i no per un inspector Clouseau.

Però aquesta, aquesta és una altra història.

Comentaris virus-lents (160): El Niño pot portar epidèmies sota el braç.

Està descrit que les condicions o fenòmens climàtics d’abast mundial, com és el fenomen de El Niño, conegut en el món científic com a ENSO (El Niño-Southern Oscillation El Niño-Oscil·lació del Sud), poden tenir impactes seriosos en la salut de molt amplies zones geogràfiques, particularment incrementant la transmissió de malalties infeccioses. Per saber més sobre ENSO aneu a https://ca.wikipedia.org/wiki/El_Ni%C3%B1o.

Estem parlant d’un fenomen cíclic però amb una periodicitat variable. Es repeteix des de fa segles, en cicles de 3 a 6 anys, amb una via d’anada (El Niño) i una de tornada (La Niña). A més, aquest fenomen no segueix cap calendari humà i tampoc hi ha una definició oficial o comunament acceptada de quan es pot dir que hom està en un event “El Niño”. Si heu llegit l’enllaç anterior sabreu que Els Niños molt forts succeeixen cada 50 anys, en mitjana; els Niños normals o canònics succeeixen cada 3 o 4 anys, en mitjana. Aquests tenen sovint efectes benèfics sobre les collites i el manteniment dels aqüífers i altres recursos en aigua, però provoquen danys apreciables un cop cada 10 anys aproximadament. Aquests cicles són, ara per ara, independents del tant esmentat canvi climàtic, la pujada de la temperatura per l’activitat humana, però el més probable és que aquest darrer l’afecti exacerbant els seus efectes (bàsicament extremant períodes de sequera o de pluges intenses) i alterant la seva freqüència.

Ara per ara, “El Niño” genera de forma sistemàtica episodis de sequera a la zona nord d’Amèrica del Sud i a Austràlia, Indonèsia, Filipines, i al Sud-est africà, incloent Madagascar. Per contra acostuma a generar molta pluviositat al  nord d’Argentina i Uruguay, al sud-est dels EEUU, fins Arizona i a la zona de la vall del Rift (Etiòpia, Kenya, Sudan del Sud, Uganda,etc.), a al sud de la India, incloent Sri Lanka.

Fenòmens com El Niño poden tenir conseqüències directes per a la salut al causar danys a les infraestructures, o per derivar recursos sanitaris no sempre suficients a prioritats puntuals. Però El Niño també té un efecte indirecte, al generar pèrdues de collites o ramats, gana, o malnutrició, i molt sovint migracions humanes; tots ells factors que faciliten la propagació de malalties infeccioses, al posar en contacte població no immunitzada amb poblacions infectades o carriers, a la recerca de menjar.

Una gràfica que resumeix aquests efectes es mostra a continuació…

ENSO potencials efectes salut pública

Inspirat per Kovacs et al., Lancet 2003

 

I quins exemples de malalties es veuen afectades per ENSO?

La incidència de la malària, una entre moltes malalties de transmissió vectorial, a diferents parts del món, es pot veure afectada per ENSO, incrementant la seva incidència o disminuint-la, en una relativament boja combinació d’efectes. A les terres altes del nord del Pakistan, temperatures suaus a la tardor i l’hivern, associades amb El Niño, incrementen la transmissió de malària. També a Uganda i Rwanda, temperatures més altes i pluges més intenses afavoreixen la malària però alhora pluges molt intenses (Tanzània, 1997) arrastraren tants punts de posta de vectors que els casos de malària descendiren. Brots de malària a Sri-Lanka, Colòmbia i Irian Jaya s’han lligat a sequeres causades per El Niño.

També s’ha trobat un lligam entre les epidèmies del dengue i ENSO a zones del sud-est asiàtic, Sud-Amèrica i les terres insulars del Pacífic. Aquí però hi ha un element distorsionador i és que en molts casos els vivers dels mosquits són producte de la intervenció, involuntària, humana.

També s‘ha relacionat ENSO i brots d’arbovirus indígenes d’aquell continent, com l’encefalitis Murray Valley, que es manifesta després de riuades i inundacions associades a “La Niña”. O la poliartritis epidèmica causada pel Ross River virus.

Un altre cas el tenim amb la febre de la vall del Rift causada pel Rift Valley Fever Virus (RVFV), una malaltia de transmissió arboviral que pot afectar intensament els ramats i de retruc les poblacions humanes que depenen d’ells. La inundació dels habitats dels mosquits determinen la seva proliferació i l’inici del brot en animals; els humans també queden exposat a la fiblada del mosquit o a l’exposició de carn, llet o sang contaminada amb RVFV.

Les més gran epidèmies de RVF a Àfrica coincideixen amb events “El Niño” particularment intensos; 1997-1998 i 2006-2007, per exemple; aquest darrer, causà més de 200.000 infectats i 500 morts a Kenya, Somàlia, Tanzània, Sudan i Madagascar, així com milions d’euros de pèrdues en bestiar i prohibicions d’exportació.

Els models matemàtics i climatològics dissenyats per preveure aquests fenòmens assenyalen que per aquest any 2016 les zones més perilloses serien Sudan, Etiòpia, Somali, Kenya i Tanzània. Aquest models tenen interès perquè poden permetre uns mesos abans iniciar dues accions fonamentals de caràcter preventiu com serien; vacunació dels animals (pel que fa a RVF això és possible ja que hi ha una vacuna per animals, encara no per humans) que sempre ha d’anar abans de la infestació de mosquits; i control del vector, que implica aplicar agents larvicides als vivers de mosquits abans que les pluges intenses, les inundacions els multipliquin.

També ENSO pot afectar les malalties transmeses per rosegadors. El nombre de rosegadors s’incrementa habitualment després d’hiverns temperats i humits. A Nou Mèxic els casos de pesta (Yersinia pestis) són més freqüents després d’hiverns i primaveres plujoses. El descobriment dels Hantavirus (si voleu saber més aneu a l’entrada 10, https://comentarisviruslents.org/2014/06/25/comentaris-virus-lents-10-el-virus-exposit-no-sin-nombre/) i els posteriors brots estan lligats també a ENSO però de forma oposada. A un plujós fenomen d’ENSO seguí una sequera que apropà molt els rosegadors a altres fonts alternatives de menjar, graners, incrementant les interaccions rosegadors-humans. Durant i després de l‘episodi ENSO de 1997-98 les poblacions de rosegadors es multiplicaren per 20, i els casos de síndrome pulmonar per hantavirus es multiplicaren per cinc.

Però on l’efecte és potser més directe és a les infeccions entèriques; les riuades  i inundacions porten a la contaminació dels subministraments d’aigües. Als països tropicals les malalties entèriques tenen un fort repunt a l’època de pluges, i qualsevol fenomen que les reforci, com ENSO, les intensifica. Hi ha estudis que correlacionen la incidència de còlera a Bangladesh i la temperatura de l’aigua superficial a la badia de Bengala, que de retruc afectaria l’abundància de plàncton, un reservori de Vibrio cholerae. De fet, hi ha un model validat que relaciona ENSO amb les epidèmies de colera (Vibrio cholerae) a Dhaka, la capital de Bangladesh, amb 7 milions d’habitants densament empaquetats; la epidèmia es pot predir amb quasi un any d’avançament segons el model climàtic.

Sigui per causes climatològiques locals, no relacionades amb ENSO, sigui pels patrons multianuals relativament anàrquics d’ENSO o sigui per l’escalfament global de la Terra a conseqüència del canvi climàtic, el clima, impactant sobre les poblacions i nivells d’activitats de vectors o dels seus hostes i les interrelacions entre ells, té un efecte continu, i potser ara mateix manifestament unidireccional, en l’emergència o dispersió d’infeccions víriques i bacterianes.

Però aquesta, aquesta és una altra història.

Comentaris virus-lents (113): El ABC del bioterrorisme.

Què és el bioterrorisme? Aquell terrorisme que vol treure profit de l’efecte de l’alliberament o disseminació intencional de virus, bacteris o toxines, ja siguin naturals o prèviament modificats per l’ésser humà.

El focus no ha de ser necessàriament l’ésser humà. El focus pot estar en els animals o les plantes ja que a un estat, a una població, se la pot posar de genolls també per fam. Recordeu l’epidèmia del virus de la febre aftosa (foot-and-mounth disease virus) a Gran Bretanya el 2001 i el trasbals econòmic que suposà per un país desenvolupat que no tenia d’enfrontar-se a una segona crisi simultània, com seria una guerra.

En condicions “ideals” l’agent ha estat modificat per la mà humana incrementant la capacitat de generar malaltia, o la seva resistència a factors ambientals o a medicines, o millorant la seva capacitat de disseminació. “Idealment” també, interessen agents que tinguin una certa latència, que generin el seu efecte passats alguns dies per dificultar o impossibilitar la recerca epidemiològica posterior. Aquests llargs períodes d’incubació, a més, permetent una més gran penetració de la infecció a la població abans de que sigui possible cap diagnòstic. Així, un únic disseminador (bioterrorista) podria assolir diversos objectius (alliberar l’agent biològic) en diferents llocs abans que l’atac no fos ni tan sols sospitat pel sistemes de vigilància. Encara que un nombre important de persones comencessin a manifestar símptomes no específics pocs dies després de l’atac, a la comunitat mèdica li costaria un cert temps (dies o setmanes) en unir les peces del trencaclosques i provar l’origen bioterrorista de l’epidèmia. Les vies de disseminació són totes les possibles; aire, aigua o menjar.

bioterrorism

L’atractiu dels agents biològics ve de que són relativament fàcils i barats d’obtenir, es poden disseminar amb certa facilitat, i generen una disrupció, un pànic, una histèria, un caos en la població que pot ultrapassar llargament l’efecte real del brot o de la malaltia. Tanmateix l’ús convencional al camp de batalla clàssic té importants limitacions; els patògens no distingeixen banderes i no destrien entre les forces enemigues i les pròpies; ni tampoc entre la població pròpia i l’aliena.

El bioterrorisme no necessàriament cerca causar un nombre gran de morts immediates per fer efectiu; de fet, la majoria del agents biològics estan etiquetats com “agents incapacitants”, que no produeixen malalties letals. Són més “efectius” si incapaciten i posen en tensió els sistemes de salut a l’inundar-los de centenars o milers de malalts infectats, ultrapassant les reserves de medicaments o altres mesures terapèutiques i les instal·lacions d’aïllament o contenció.

Als Estat Units, els agents biològics que tenen potencial per suposar una amenaça greu per la salut i la seguretat pública son etiquetats com “select agents”, o “agents selectes”.

El Centre de Control de Malalties (Center for Disease Control, CDC) divideix aquests agents en 3 categories; A, B i C. Anem per parts:

  • Categoria A: Agents d’alta prioritat, que poden transmetre’s i disseminar-se fàcilment, resultant en altes taxes de mortalitat, amb un fort impacte a la salut publica, i potencials generadors de situacions de pànic. Dintre d’aquest grup es troba Francisella tularensis (causant de la tularèmia), Bacillus anthracis (àntrax), el virus de la verola, la toxina botulínica, Yersinia pestis (causant de la pesta bubònica, veure entrades 69 i 73), i els virus de febres hemorràgiques (no solament Filovirus, com Ebola i Marburg, si no també Arenavirus, com els virus Lassa i Machupo).
  • Categoria B: Agents amb moderada capacitat de transmissió i disseminació i baixes taxes de mortalitat. Dintre d’aquest grup es troben especies de Brucella, Burkholderia, Rickettsia, Coxiella, Chlamydia; Vibrio cholerae (el bacteri, que no virus, del colera), Cryptosporidium parvum; i bacteris de transmissió alimentària com especies de Salmonella, Shigella, Staphylococcus aureus o Escherichia coli enteropatogèniques com la E.coli O157:H7.
  • Categoria C: patògens “naturals” emergents que poden ser manipulats per afavorir la seva disseminació massiva; o agents fàcils d’obtenir o produir, amb altes taxes de mortalitat o amb potencial impacte en salut pública. Dintre d’aquest darrer grup tindríem els Hantavirus (veure entrades 10 i 102), els virus Nipah (veure entrada 102), el SARS coronavirus (veure entrades 35, 36 i 37), o el VIH/SIDA (veure entrades 79, 91, 92, 98 i 104).

De bastant d’ells hem parlat a diferents entrades del blog. Feu una cerca per categories i trieu…si voleu.

Els agents de la categoria A mereixeran una entrada especifica al blog, properament.

Realment ells, els patògens, passaven per allà, bé, ells ja hi eren i som alguns de nosaltres els que els forcem la mà.

Però aquesta, aquesta és una altra historia.

Comentaris virus-lents (111): Norovirus, els axiomes estan per ser trencats.

Un estudi publicat el mes de març al Clinical Infectious Diseases titulat Detection and Quantification of Airborne Norovirus During Outbreaks in Healthcare Facilities, alerta que aquest virus, que infecta anualment centenars de milers de persones a tot el món, i arruïna moltes vacances a creuers (per una entrada específica sobre aquest tema pitgeu enllaç https://comentarisviruslents.org/2014/07/07/comentaris-virus-lents-16-norovirus-i-creuers-laxants/), es troba suspès a l’aire d’ambients amb malalts i per tant pot propagar-se a través d’ell a persones no infectades.

dsnorovirus_379px.jpg

El corol·lari a tot això seria que les precaucions de seguretat implementades actualment per controlar els norovirus podrien no ser suficients i seria una possible explicació de per què els brots de norovirus son difícils de contenir i eliminar.

Les mesures actuals, tenint en compte que es tracta d’un virus de transmissió fecal-oral, als entorns hospitalaris, estan pensades i dissenyades per limitar el contacte directe amb els pacients infectats, i les fomites properes. Tenint en compte aquestes dades, però, potser ha de valorar-se una possible transmissió aèria dels norovirus, amb la qual cosa l’ús d’unitats mòbils de filtració d’aire o la utilització de protecció respiratòria (mascaretes FFP3 o NS95) quan es té cura de pacients amb gastroenteritis podrien ser adients.

norovirus

Norovirus vistos per micrografia electrònica.

Les dades epidemiològiques indiquen que els norovirus són l’agent causal de gairebé el 50% de casos de gastroenteritis vírica (recordeu febre, diarrea, vòmits, i dolors abdominals), el que moltes vegades és mal anomena grip estomacal (la “stomach flu” anglesa) per molt que aquí el virus influenza, el virus de la grip no te cap intervenció.

L’estudi s’ha dut a terme en 8 instal·lacions hospitalàries on s’atenien brots de norovirus. Els investigadors van recol·lectar mostres d’aire, un total de 48 mostres, a un metre dels pacients, al nivell de la porta de les seves habitacions i a les estacions d’infermeria, localitzades en alguns casos a desenes de metres. La recol·lecció es feu amb un mostrejador d’aire, un aparell que filtra l’aire i segresta tot el material particulat que després s’analitza. Per tant no s’analitzava la seva presència a possibles superfícies contaminades o fomites.

En sis dels vuit centres es trobaren norovirus a l’aire. Els virus foren aïllats en un 54% de les habitacions dels pacients malalts que es van assajar; en un 38% de les portes de les habitacions de malalts que menaven als passadissos i en un 50% de les estacions d’infermeria assajades.Les concentracions del virus anaven de les 14 a les 2.350 partícules per metre cúbic d’aire. Els autors de l’estudi assenyalen que una dosi de 20 partícules de norovirus és normalment suficient per infectar algú. Tenint en compte que inhalem una mitjana de 10-15 litres per minut en una activitat normal, basal (http://www.arb.ca.gov/research/resnotes/notes/94-11.htm), en 60-100 minuts haurem arribat als 1.000 litres, o 1 metre cúbic. En una jornada laboral normal de 8 hores, assumint valors constants, hom podria inhalar entre 100 i 18.000 partícules de norovirus.

Tanmateix no saben si tots els norovirus suspesos a l’aire són tots infecciosos, ja que la detecció es feu per presència d’àcid nucleic (fent servir la reacció en cadena de la polimerasa, com a CSI), i els norovirus humans no son cultivables, no es poden propagar. Proves indirectes, però, apunten a que resistirien bé aquestes condicions i arribant a la cavitat nasal podrien vehicular-se passivament cap a gola i tracte digestiu on generar infecció.

És evident que caldran més proves però no deixa de ser un toc d’alerta. No estem parlant de projeccions de vòmits o exudats que resten a poques desenes de centímetres del pacient i es dipositen ràpid, i que es poden gestionar portant guants i desinfectant sovint les superfícies o fomites afectades. Estem parlant d’un material que es manté en suspensió, per temps indeterminat.

Res, doncs, que els norovirus, acostumats als creuers (veure entrada 16) ara s’han tret una mena de passatge d’avió.

Però aquesta, aquesta és una altra historia.

Comentaris virus-lents (108): Seguretat alimentària, la ignorància no es bon plat.

La seguretat alimentària té uns components industrials i ecològics i un component individual com és el que resulta d’estar adequadament informat dels perills i les conseqüències de les infeccions per virus i bacteris transmesos pels aliments…i actuar en conseqüència, és clar.

Hi ha molta informació a les xarxes (entre ella algunes entrades d’aquest blog, com l’entrada 16, dedicada als norovirus i els creuers, però també les entrades 14, 15, 86 i 87, més estrictament associades a la seguretat alimentària) però aquest cop la recomanació és que mireu i viatgeu una mica per l’adreça http://mapaperills.grisc.cat/#

Una adreça institucional, amb informació bàsica però clara i ben estructurada sobre els principals riscos alimentaris que podem patir a Catalunya. És una eina creada pel Centre de Recerca en Governança del Risc (GRISC) de la Universitat Autònoma de Barcelona i l’Agència Catalana de Seguretat Alimentària, àrea especialitzada de l’Agència de Salut Pública de Catalunya. Al meu blog de tant en tant anirem al detall d’un brot o d’un patogen però moltes generalitats queden cobertes amb aquesta eina.

Per que, el que està clar (o més aviat el que no està clar) de la presència dels virus a la cadena alimentària, és:

  • Que no es coneix la proporció de norovius que es transmet per aliments. Particularment la contribució de fruites i verdures, però l’impacte per la salut podria ser significatiu atenent els nivells de consum.

  • El pes que tenen els aliments, incloent-hi el porc i els seus derivats, en la transmissió del virus de la hepatitis E, no està ben apamat però podria ser significatiu.

  • No està clar, amb les evidències disponibles, que el procés de pasteurització estàndard mínim actual de 70ºC per dos minuts pugui inactivar el VHE (o això suggereixen dades experimentals  a partir de productes de porc contaminats experimentalment).

  • El VHE podria transmetre per mol·luscs bivalves (com està demostrat per norovirus i virus de la hepatitis A), ja que s’ha aïllat ARN de VHE als mateixos, però no ho sabem del cert ni podem quantificar-ho.

  • No coneixem la rellevància epidemiològica dels portadors asimptomàtics, aquells que excreten els virus però no mostren símptomes clínics, dispersant-los sense adonar-se’n al cuinar o tocar aliments. Cal afegir, si no apliquen normes bàsiques d’higiene, que en principi redueixen força la probabilitat de transmissió.

  • No es fàcil trobar consells clars i coherents sobre la preparació d’aliments; com manipular-los per evitar contaminacions creuades amb superfícies, o fomites, i altres aliments i consells de cuina per reduir riscos més enllà del ja sabut “cocció prou temps”. Per exemple, en carn contaminada amb Salmonella i Campylobacter seria millor no rentar-la amb aigua d’aixeta per evitar la dispersió del patogen per fomites o superfícies properes; taules de tallar, marbres, plats, gots, degut a les esquitxades.

I no parlem del riscos de bacteris, no són estrictament al meu camp d’experiència, i de riscos químics, que desconec com a professional. Cal anar més endins, més enllà en la recerca i alhora s’han de facilitar consells més clars als consumidors. Perquè la ignorància no és plat de grat de ningú. O no hauria de ser-ho.

 

Però aquesta, aquesta és una altra història.

Comentaris virus-lents (100): Tombant la vista enrere.

Aquesta és l’entrada numero 100 i la faig tot just un any després de començar aquesta aventura. Una aventura que m’està servint per llegir, i pensar, sobre temes molt propers (bioseguretat, biocontenció, transport de material infecciós, inactivació vírica) i d’altres no tan propers però potencialment accessibles (Ebola principalment aquest any, dissortadament).

Cent entrades, cent histories. Tot plegat un pel patchwork. Algunes temàtiques, com la bioseguretat, la biocontenció, la bioprotecció, l’avaluació de risc, el transport de material infecciosos constitueixen el dia a dia de la meva feina (entrades 2, 4, 19, 21, 22, 24, 27, 29, 32, 84, 89).

Alguns dels patògens dels que hem parlat són manipulats a la nostra instal·lació i com a Oficial de Bioseguretat ha calgut avaluar els riscos i conèixer bé el patogen manipulat. Ha estat el cas de Chikungunya (entrades 8, 20, 39, 40, 61) i el MERS Coronavirus (entrades 7, 42, 56, 90).

Altres virus, amb els que no tinc tracte directe, han tret el cap puntualment com el virus de la immunodeficiència humana (entrades 79, 92, 98), o el xarampió (entrades 81, 82, 85) i també hem discutit sobre salut pública en genèric (entrades 16, 35, 36) i de seguretat alimentària en particular (entrades 14, 15, 86, 87)

Això sí, aquest any la majoria de les entrades (vora de 1/3 del total) tenen relació amb la temàtica de l’Ebola i més genèricament dels filovirus (entrades 13, 17, 18, 23, 30, 31, 38, 41, 44, 48, 49, 50, 51, 52, 53, 54, 55, 57, 58, 59, 60, 63, 65, 70, 71, 77, 80, 88, 93, 94, 95, 97).

M’ho he passat bé escrivint aquestes cent entrades encara que es pot dir que m’ho he passat millor llegint articles o revisions per preparar el material. En alguns casos he quedat fins i tot content d’allò escrit, en d’altres he esperat màxima indulgència dels meus lectors. En tots els casos, però, el que cerco és divulgar microbiologia (bàsicament virologia) i per tant ens esforcem en fugir de conceptes massa profunds, o massa complicats. No es vol vulgaritzar però si explicar fets de forma planera. Ja hi ha altres fòrums, o fins i tot contactes individuals per explicar les coses amb més fondària.

293x181-Source-bkqGgyaGrA

Encetem aquest segon any…amb les mateixes ganes. Evidentment aprofitarem la “actualitat” per continuar parlant de virologia però esperem, en bé de tots, que cap tema segresti excessivament la meva (i la vostra) atenció. Voldrà dir que res és prou important i que ens es permés parlar de tot, picant aquí i allà i eixamplant una mica més el coneixement de cadascun…i si és possible amb un mig somriure, millor.

Però aquesta, aquesta és una altra historia.

Comentaris virus-lents (87): Norovirus i maduixes; una amistat perillosa.

Un cas que he volgut recuperat a partir de la última entrada sobre les maduixes contaminades és aquell que va afectar a quasi 11.000 escolars alemanys que van sofrir diarrees i vòmits a Octubre 2012, que finalment les autoritats lligaren a maduixes congelades importades de Xina, relació aquesta negada per les autoritats xineses.

Aquest brot va suposar el brot més gran de malaltia infecciosa alimentària ocorregut a Alemanya. La investigació va posar de manifest que l’agent causal fou norovirus, lligat al consum de les esmentades maduixes ultra-congelades contaminades.

berries and norovirus ehp.121-a148.g001Les institucions afectades van oferir plats que contenien maduixes dos dies abans de la manifestació aguda dels símptomes (els norovirus tenen un període de incubació de 24-48 hores) i en alguns centres, a cada dia que posaren aliments que contenien maduixes li seguia, a les 48 hores, brots de persones amb vòmits i diarrees, generant onades de petits brots successius.

Com es pot entendre per la quantitat de persones afectades va ser un brot multi-estatal (5 estats federats), a escala federal. Es van detectar casos en 390 institucions. Les maduixes van ser preparades per diferents equips a diferents cuines industrials. This outbreak has shown that the consumption of deep-frozen berries can make you ill, if they are not or only insufficiently heated before they are eaten”, digué el Professor Dr. Andreas Hensel, President del Institut Federal d’avaluacions de Risc (BfR). Un cop manifestat el brot en tota la seva intensitat, quan s’analitzà el lot de maduixes emprat es pogué detectar norovirus i l’anàlisi genètica revelà diversos genotips de norovirus de genogrups I i II equivalents tant a les maduixes com a les mostres humanes. Aquesta barreja de virus, juntament amb la gran escala del brot, dóna suport a la hipòtesi que l’ús d’aigua contaminada, que arreplegaria contaminacions diverses prèvies, en la producció de les maduixes, va ser al responsable del brot.

Les maduixes poden entrar en contacte amb els norovirus en diferents moments durant la seva producció o manipulació. Per exemple, durant el seu creixement si es fan servir per irrigar-les aigües contaminades o no prou depurades o bé s’abona amb materials contaminats. Addicionalment, les persones infectades amb norovirus i que puguin estar manipulant aliments poden estendre el virus durant la collita o l’empaquetat de les maduixes. Pel que fa a les maduixes ultracongelades els norovius també podrien haver entrat amb l’aigua que s’afegeix com a part del procés de ultra-congelació.

norovirus

Micrografia electrònica de norovirus.

Per més detalls dels norovirus en un sistema tancat, com pots ser una escola o un creuer, consulteu l’entrada 16. Pels que no tingueu temps, un resum. Els norovirus, uns molt petits virus sense embolcall, causen una diarrea aguda amb vòmits en essers humans independentment de la seva edat, amb una molt considerable pèrdua de fluids. Per nens de curta edat i per persones malaltes i d’edat avançada, la malaltia pot esdevenir severa i amenaçar la vida en els casos extrems. Dels prop 11.000 casos que ens ocupen, 38, per la seva gravetat requeriren hospitalització.

norovirus-2

D’acord amb la informació disponible fins ara, els norovirus són uns dels virus més estables que es coneixen i el perill no pot venir solament de matèries primeres (maduixes en el cas que ens ocupa) crues o fresques si no també quan aquelles són dins plats escassament escalfats o cuinats. Per tenir una seguretat “absoluta” és necessari que tots els elements i punts del menjar arribin per sobre dels 90ºC durant un temps mínim. Únicament així s’inertitza, es mata, el virus. I recordem que la dosi infectiva d’aquest virus, la quantitat de virus necessària per generar malaltia, és molt baixa.

norovirus vital-signs-transmission-lg

Com de mica en mica s’omple la pica i els casos d’aliments de procedència xinesa amb problemes sanitaris són relativament habituals, des del 1 de gener de 2013, un reglament de la Unió Europea (UE)  requereix que un 5% de les trameses de maduixes congelades importades de la Xina a la UE siguin sotmeses a proves per detectar norovirus. Tot això i il·lustra el risc de grans brots en l’era del comerç mundial d’aliments. Avui dia, volums sense precedents de productes (en aquest cas 22 tones) es distribueixen a un gran nombre de mercats de tot el món, amb una celeritat impensable fa poques dècades, i tot això augmenta el risc per a la seguretat alimentària. Els sistemes de vigilància de la salut pública s’han d’adaptar a aquests desafiaments i, per exemple, ser capaços de detectar brots àmpliament difosos causats per aliments.

Però aquesta, aquesta és una altra història.

Comentaris virus-lents (86): Les maduixes les carrega el diable…alguns cops.

El virus de la hepatitis A és un virus de transmissió fecal-oral. Per tant, que algunes persones s’infectin, de tant en tant, com a conseqüència d’haver menjat baies, fruites del bosc, molts cops venudes congelades, fa pensar en errades en els mecanismes de collita i processat de les mateixes. Això és el que ha passat aquestes darreres setmanes a Austràlia, amb un mínim, per ara de 9 persones afectades. I , pel que fa a la hepatitis A, la causa és humana, no és una malaltia zoonotica. En aquest cas les fruites del bosc retirades provenien de Xina i Xile, però van ser manipulades i empaquetades en la seva presentació final a Xina (on la hepatitis A és endèmica). Les autoritats australianes han retirat a escala nacional els paquets de mig i un quilogram de producte fresc congelat afectat.

berries Nana's supermarket & news

Pel professor Tamplin (Univ. Tasmània, Austràlia) no és just culpar exclusivament al Tercer Mon d’aquests brots infecciosos de transmissió alimentaria; així, s’ha calculat que els EEUU son responsables del 70% de les seves pròpies malalties alimentàries. Concretament, el 2013 es donaren 50 casos d’infecció per hepatitis A. Res però comparable amb el brot que afectà vora 300.000 persones a Shanghai el 1988, com a conseqüència de menjar marisc contaminat amb el virus.

El virus de l’hepatitis A és altament infecciós, té una dosi infectiva molt baixa, d’unes poques partícules víriques, i pot causar disfuncions greus al fetge que poden requerir el seu transplantament. En el camí d’aquesta afectació causa febre, malestar general, pèrdua de gana, nàusea, dolors abdominals i una prou típica coloració groguenca de ulls i pell (la icterícia).

Hepatitis_A_virus_01
Micrografia electrònica del virus de la hepatitis A

Si ajuntem la baixa dosi infecciosa amb el fet que, un cop infectada, una persona pot alliberar milions de virus per gram de femta, i que si aquesta arriba al aigua, i aquesta aigua es fa servir corrent avall per regar camps amb fruites del bosc, les probabilitats d’infectar-se a partir d’elles no és potencialment tan baixa, tenim el fil causal complert.

berries 1
Si tenim fruites del bosc congelades i volem menjar-les de forma segura

n’hi ha prou amb bullir-les 1 min abans del seu consum.

I un cop el virus contamina aquesta mena de productes, que s’emmagatzemen en congelació, i que es consumeixen molt sovint frescos, sense cocció, pot ser difícil eliminar aquesta contaminació.

I és que la congelació no li fa res a aquest virus. Bé, de fet no li fa res a la infectivitat de la immensa majoria del virus ja siguin petits i sense embolcall (com el virus de la hepatitis A, però també el virus de la poliomelitis, o els norovirus, veure entrada 16 … i els creuers laxants) o grans o embolcallats (con el virus de la SIDA, o el virus Vaccinia, o…). La congelació, que evita la proliferació bacteriana i que de fet mata molts bacteris, no té un efecte general en els virus, que això sí, no poden créixer fora de l’hoste, no poden multiplicar-se als aliments.

I una darrera implicació. Les autoritats australianes implicades a les donacions sanguínies, els bancs de sang, prohibiran a tothom que hagi consumit les baies afectades la donació de sang com a mínim els propers dos mesos (el període d’incubació de la malaltia pot arribar als 50 dies, encara que la mitjana està en les 4 setmanes) i han demanat a tothom que donés sang desprès de l’1 de novembre del 2014 i que les hagués consumides per aquella època que ho comuniqui. I això es deu a que aquest virus dona virèmia, circula per la sang de les persones infectades, en quantitats no menyspreables. Si una donació està infectada, aquesta, al barrejar-se amb altres (fer “pools” és molt freqüent a l’industria dels hemoderivats) pot contaminar-les totes i, encara i la dilució, la seva baixa dosi infectiva pot fer que cadascun, o molts, dels vials o preparats generats estiguin contaminats i escampin més la infecció.

Perquè ser un virus de transmissió fecal-oral no implica que no es pugui transmetre per altres vies.

Però aquesta, aquesta és una altra història.

Comentaris virus-lents (83): H5N8, i la ruleta continua donant voltes…

Una nova variant d’influenza aviaria altament patògena (en endavant HPAI de Highly Pathogenic avian influenza), anomenada H5N8 ha aterrat als països occidentals (ara per ara s’ha descrit a EEUU i Alemanya). Estem parlant de soques altament patògenes per l’aviram, no està gens clara la seva patogenicitat a humans. Aquest H5N8 ve a afegir-se a variants prèvies que sí han despertat una forta alarma social, com HPAI H5N1 o H7N9.

H5? N8? No és el joc de “enfonseu la flota”!! Aquests virus d’influenza (tots, també els que ens afecten a nosaltres) tenen un genoma, un àcid nucleic, segmentat; dos d’aquests segments porten la informació per codificar dues proteïnes, la hemaglutinina (H) o la neuraminidasa (N), respectivament. Aquestes són les proteïnes més “rellevants”, en el sentit de ser les més externes del virus. Hi ha descrites 16 variants de hemaglutinines (de H1 a H16) i 9 de neuraminidases (N1 a N9). En principi totes les combinacions entre “H” i “N” son possibles. Cada combinació és un subtip, com un clan familiar, i dins cada subtipus hi ha diferents soques (famílies properes). Per tant H5N8 és un subtip dels més de 100 subtipus possibles, i de fet ja es va descriure per primer cop a Irlanda el 1983, i al 2010 a Xina. Aquest subtipus es generen quan hi ha co-infeccions entre dos sub-tipus parentals. A l’hora d’empaquetar, a una cèl·lula infectada, el material genètic per donar noves partícules víriques, pot passar que es barregin segments i es donin noves combinacions. Així una co-infecció entre H5N1 i H3N9 podria donar-nos H5N1, H3N9 però també H5N9 i H3N1.

Aquest H5N8 té el seu origen a Àsia, com no!, com el H5N6 que n’és contemporani, i ha estès el seu radi d’acció durant l’any 2014 a través de les rutes migratòries de les aus silvestres. En una de les rutes, la del Pacífic, aquest H5N8 original s’ha barrejat amb soques americanes del virus que han retingut la fracció H5 del virus HPAI, i per tant han mantingut la seva alta patogenicitat. En alguns casos han mantingut N8, en altres han substituït aquest per un N2 o un N1, que també estan circulant, com H5N2 o H5N1.

Al cas americà de H5N8, la detecció es feu al comprovar un increment inesperat de la mortalitat a la bandada de gall d’indis a una granja al comtat de Stanislaus a Califòrnia. Com a resultat, la granja he entrat en quarantena després de fer un buidat (sacrifici) de tots els galls d’indi de l’explotació, que evidentment no han entrat a la cadena alimentària.

El cas alemany es va comunicar el proppassat novembre, també en una granja de gall d’indi i conté la fracció H5 altament patogènica. L’estudi genètic ha demostrat que és molt proper, no té pràcticament cap diferència, amb els virus H5N8 detectats a Xina, República de Korea o Japó durant la segona meitat del 2014.

Fins i tot si haguessin entrat a la cadena alimentària, el cuinat de la carn de gall d’indi o del ous a temperatures “reals” (per reals és vol dir a tots els punts del aliment) de 75ºC o superiors, serien suficients per inactivar, per matar, el virus. Per tant, tot bullit o ben fregit aliment dona una garantia total.

No se sap com va arribar el virus a les granges, encara que el més probable és que fora a través d’aus silvestres, que poden portar el virus centenars o milers de kilòmetres (a les seves migracions) sense emmalaltir. De fet ja hi ha proves experimentals que demostren que la variant asiàtica original no causa mortalitat elevada a ànecs, ni silvestres ni en captivitat, però que poden excretar-lo en grans quantitats a les femtes. Aquí, un incís. L’inici de la circulació del HPAI H5N1 es va detectar per una anormal mortalitat d’aus silvestres a Xina, per tant, com en tot, sempre hi ha excepcions. En conseqüència és una regla de precaució no apropar-se a cap au silvestre o de granja, morta o malalta sense fer servir guants i rentant-se les mans intensament en acabar.

Una oreneta no fa estiu. Per tant un au morta al camp no implica un brot epidèmic de grip aviaria, però un increment general de la mortalitat a les aus silvestres sí seria un indici. De la mateixa manera un increment en la mortalitat, o reduccions en la ingesta d’aliments, o en la producció d’ous, a ànecs i pollastres o gallines son una símptoma que cal investigar. La bioseguretat, un concepte que he discutit en altres entrades del blog, però en aquest cas referida i aplicada a les granges i que consisteix en evitar tot el que sigui possible el contacte de les aus silvestres amb les nostres aus de producció, aquí juga un paper clau.

Però aquesta, aquesta és una altra història.