comentarisviruslents

Aquest blog és una seguit de comentaris personals i probablement poc transferibles sobre ciència i política.

Archivos en la Categoría: infeccions nosocomials

Comentaris virus-lents (257): Marburg, una història d’infecció ocupacional i una lliçó de Bioseguretat.

Demà seré a Marburg, on demà-passat visitaré una instal·lació de màxima biocontenció per una idea que portem al cap. A les instal·lacions de màxima biocontenció es treballa amb virus potencialment mortals, o més correctament, probablement mortals i força transmissibles. Però l’enfilall no va d’això. Ara que estem deixant de dir #monkeypox per dir #mpox, #Marburg té l’honor d’haver posat nom a un dels filovirus més mortals, el virus de Marburg. Vet aquí com es va descobrir.

El brot va començar a principis d’agost de 1967 quan, a Marburg i Frankfurt, 30 persones van emmalaltir i més tard dues més a Belgrad (actual Sèrbia, aleshores Iugoslàvia). Sospitosament, o “casualment” les persones infectades treballaven o tenien relació amb tres laboratoris geogràficament dispersos (recordin Frankfurt, Marburg, i Belgrad) que, es va saber després, havien rebut diferents lots del mateix carregament de micos verds africans. El brot de virus Marburg va totalitzar 25 infeccions primàries amb set morts, i sis casos secundaris, sense casos letals. Temps després es va detectar el 32é cas, per serologia.

Com va anar la seqüència de fets?
Es començaren a detectar, a l’agost de 1967, persones que ingressaven a hospitals universitaris de Marburg i Frankfurt amb símptomes inusuals. Molts foren pacients inicialment tractats a domicili els primers dies, la fase 1, en els que manifestaven febre alta (39ºC o més), fort malestar, mal de cap, miàlgies, uns símptomes que podrien associar-se a un fort procés gripal. Els símptomes no foren massa alarmants els primers 3-4 dies, però aparegueren símptomes addicionals als 6-7 dies que determinaren el trasllat als hospitals, ja massa tard, perquè alguns pacients morien per xoc hemorràgic greu a les poques hores, o dies. Aquest xoc hemorràgic es va produir en 1/4 part dels pacients; tots els que el patiren, moriren. Els primers infectats (els possibles casos índexs) foren treballadors de laboratori que executaven necròpsies a micos verds africans importants. Aquesta dada, però, va surar després.

Micrografia de virus de Marburg (microscopia electrònica)

Retrospectivament (un cop conegudes les dates d’inici de símptomes i quan els afectats havien tingut el contacte o exposició) es pogué concloure que el temps d’incubació de la malaltia del virus de Marburg oscil·lava entre els 5 a 9 dies, mitjana en 8. La ratio de les infeccions secundàries, aquelles que són generades per cada cas índex o primari, va ser de 21:3 a Marburg, 4:2 a Frankfurt i 1:1 a Belgrad. Clarament una infecció a la que li costava auto-sostenir-se, com a mínim considerant els valors de Marburg. I per cert, les infeccions secundàries foren nosocomials, i afectaren a personal sanitari que va atendre, en primer instància, a infectats. Es donaren casos d’infecció per auto-inoculació inadvertida; punxades amb agulles; en un altre cas, un tècnic patòleg es tallà amb un ganivet l’avantbraç durant una autòpsia. Problema. No es va descriure transmissió aèria entre humans; com a exemple, el d’un jove que dormia al mateix llit amb el seu germà només un parell de dies abans de morir; el germà no va desenvolupar la malaltia i fou seronegatiu a la infecció per virus de Marburg sis mesos després.

Al principi de la investigació, es va adonar d’una curiosa coincidència; els pacients de Marburg eren empleats de Behringwerke, un productor de sèrums i vacunes; els de Frankfurt ho eren de l’Institut Paul Ehrlich, un institut dedicat també a sèrums i vacunes. El tercer focus, el cas principal a Belgrad, resultà ser un empleat del Institute Torlak Implicat en una prova amb vaccins “vius”, no inactivats. Les tres institucions tenien com activitat, entre altres, la producció i assajos de seguretat del vaccí de la poliomielitis NO inactivat. I les tres institucions tenien micos com a model experimental. I tots els pacients, indistintament del lloc, van tenir contacte amb sang, òrgans i cultius cel·lulars de monos/es verds africans (Cercopithecus aethiops, ara Chlorocebus aethiops), que s’empraven per avaluar la seguretat de les vacunes.
Òbviament, si en tres llocs diferents, l’únic puc de connexió entre els infectats que es trobà foren els micos, era altament probable que fossin ells els encomanadors. I així fou…

La recerca es remuntà als micos. Els micos són animals d’experimentació que es fan servir en la darrera etapa dels assajos pre-clinics, tot just abans de començar fase clínica I. Un proveïdor habitual de micos en aquella època era a Uganda, i els exportava directament a Frankfurt. Però a causa de la Guerra dels Sis Dies (5-10 de juny de 1967), l’avió tingué d’aterrar a Londres, on van quedar aturats perquè els treballadors de l’aeroport estaven en vaga. Els micos dormiren alguns dies en un magatzem d’animals, i poc després volaren ja cap a Frankfurt i d’allà foren dispersats els mesos de juny i juliol cap als 3 llocs esmentats. D’acord amb les noticies del l’època dos micos escaparen del carregament quan estaven sent transportats al magatzem d’animals a Londres. Els animals foren trobats alguns dies després, capturats i enviats separadament cap a Frankfurt. Sortosament, o no estaven infectats en aquell moment o encara que infectats, no pogueren transmetre la infecció. Va ser el processament posterior dels micos per al cultiu cel·lular als tres llocs el que va provocar els brots; una infecció laboratorial, o com a mínim ocupacional. Es creu que els micos venien ja infectats a Uganda, encara que també seria possible la infecció a partir d’altres animals emmagatzemats a Londres, amb els que compartiren espai i qui sap que més coses (tanmateix els que vingueren per un altra via, Munich també mostraren mortalitat significativa).
Tanmateix, hi havia senyals que s’hagués d’haver tingut en compte. Prenguem el cas de Belgrad.

En les dues darreres setmanes de juliol del 1967, l’institut Torlak rebé tres lots de 100 micos (Chlorocebus aethiops) cadascun. Dos enviaments arribaren via Londres, l’altra per Munich. 12 animals (dels tres lots) moriren durant el transport. La resta, 288, foren deixats en quarantena, un cop arribats, per 40 dies, cada lot en una sala independent. Durant aquesta quarantena, un NOMBRE INUSUALMENT GRAN de micos anaren morint, 46/99 (46%) del primer lot; 20/95 (21%) del segon; 30/94 (32%) del tercer (podeu veure la seqüència en la present imatge). Es van necròpsiar alguns dels animals morts (2, procedents del 3er enviament, via Londres), el 25 d’agost, i va ser el veterinari que va fer les necròpsies qui es va infectar dies després (també a la imatge). Aquell dia va haver un petit incident que es va reportar, i el dia 30 la mateixa persona va fer mes necròpsies amb un segon col·lega.

Una elevada mortalitat no tindria que haver aturat totes les activitats amb aquests animals, incloent el processat de les mostres obtingudes fins trobar l’agent causal? Són primats, i la proximitat evolutiva fa que la immensa majoria d’allò que ens afecta, els afecta i a l’inrevés. Mortalitats del 30-40% no es poden despatxar amb unes poques necròpsies, “ex post”.

Des d’aquell esclat només dos brots causats per Marburg han superat el centenar d’infectats; un a República Democràtica del Congo (1998-2000 amb 154 infectats i 128 morts, i un altra a Angola, amb 252 infectades i la esfereïdora xifra de 227 morts (taxa de mortalitat del 90%). Si volem més detalls, a … https://www.cdc.gov/vhf/marburg/resources/outbreak-table.html#six

Els pacients que sobreviuen tenen, sovint, una lenta recuperació hospitalària complicada amb infeccions secundàries. I el síndrome post-infecció implica seqüeles perllongades, amb disfuncions neurocognitives. També està descrita la reactivació, com per ebola, ja que MARV podria persistir per any en alguns òrgans o teixits concrets dels individus guarits de la infecció aguda.
NO hi ha vaccins ni antivirals disponibles per tractar o prevenir la malaltia causada pel virus Marburg.

Bonus track, no és Marburg, sinó Reston però si poden rescatar la sèrie “Hot Zone” i se la miren amb aquestes entrades al meu blog al costat, aprendran algunes coses divertint-se (potser). Es un altre cas de (potencial) brot amb agent disparador un filovirus, en aquest cas Reston, rigorosament històric, i alhora, proveïdor de lliçons a aplicar al futur.

https://comentarisviruslents.org/2019/12/24/comentaris-virus-lents-226-the-hot-zone-a-la-caca-derrades-i-llicencies/ i la segona part aquí… https://comentarisviruslents.org/2019/12/31/comentaris-virus-lents-227-the-hot-zone-a-la-caca-derrades-i-llicencies-lepileg/

Bonus track 2. Aquest article es llegeix com una novel·la a la recerca d’un assassí. És una molt bona investigació retrospectiva amb els seus clars-obscurs. https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/32404328/ 

La única manera de treballar amb aquest virus amb seguretat és disposar d’instal·lacions de màxima #biocontenció i personal ben format, i tot i així, sempre hi haurà un risc. D’aquestes instal·lacions vaig fer un enfilall, fa temps… https://twitter.com/XavierAbadMdG/status/1426592450433495046?s=20&t=uAUow7DTPavRpWcXypGlUQ

Però aquesta, aquesta és tota una altra història.

Comentaris virus-lents (222): Ebola a República Democràtica del Congo-Notes de l’any 1.

 

Estem a punt de complir un any de la declaració oficial de la darrera epidèmia d’ Ebola, aquest cop a República Democràtica del Congo (en endavant RDC) i potser és hora de tombar la vista enrere abans de tornar a mirar al davant.

 

El brot es va declarar oficialment el dia 1 d’agost de 2018 i aparegué poc després de la finalització d’un altre al mateix país, aquest cop en províncies nord-occidentals de RDC, que s’extingí ràpidament. Per què aquest diferent comportament? Estem parlant d’un brot, el brot de Mbandaka, una ciutat d’un milió d’habitants, que va durar tot just tres mesos, i causà 33 morts, al mateix país i amb la mateixa soca, Ebola Zaire. Únicament calgueren administrar 4000 dosis de vacuna.

 

En el brot encara actiu, els primers mesos el degoteig de casos rarament superaven els 10 diaris, i havia dies sense casos. Això juntament amb l’aplicació des de moments inicials de la vacuna experimental V920, o rVSV-ZEBOV, de Merck (per saber més veure una entrada prèvia https://comentarisviruslents.org/2018/12/24/comentaris-virus-lents-217-ebola-i-vacunes-una-actualitzacio/) feia pensar en un horitzó segur de contenció i un acabament en uns pocs mesos. Tanmateix hi havia núvols a l’horitzó; un de logístic, la vacuna és estable en condicions d’ultracongelació, per sota de -70ºC i assolir això, a RDC, és tot un repte; el segon? la vacuna era relativament escassa, i s’administrà seguint la dinàmica de vacunació en anella, segons la qual, quan una persona era diagnosticada com infectada, s’administrava la vacuna a tots els contactes (familiars, amics, veïns) i als contactes dels contactes. Per tant, un infectat podia generar un reguitzell de desenes de vacunacions però aquestes administracions eren molt menys, i a més diferides en el temps, que no les que caldria per una vacunació massiva, que necessitaria milions de dosis. Al començament de l’epidèmia es deia que Merck disposava de 100 mil dosis mobilitzables i una quantitat superior en bulk pendent de ser dosificada.

 

Estem a una setmana que es compleixi un any i estem per sobre dels 2550 casos amb més de 1720 morts. Això el converteix en el segon brot més gran a la història nomes per darrera de la gran epidèmia de 2014-16, i en el brot més important, i frustrant, patit per RDC dels deu que ha sofert des de 1976. Per què creix encara?

 

La vacuna és efectiva? Sí, els estudis fets al final de l’epidèmia de 2014-16, un estudi posterior fet al 2018 i l’estudi que està fent en aquesta epidèmia reflecteixen efectivitats del 95% o superiors si l’exposició al virus es dona setmanes després de l’administració. A més el darrer estudi indica que el 90% dels vacunats mantenen una forta resposta immune dos anys després de la vacunació. Però no se sap del cert l’efectivitat de la vacuna si s’administra 5, 6, 9 dies abans del contacte amb el virus o si s’administra 1, 2, o 3 o més dies després del contacte.

 

El període d’incubació d’Ebola està establert per conveni entre 2 i 21 dies encara que la mitjana està en els 5-10 dies. De tota manera els que em seguiu sabeu que aquest conveni no té en compte els outliers, gent fora d’escala, que pot incubar el virus per 28 dies o potser més abans de mostrar simptomatologia (per mes detalls veure enllaç https://comentarisviruslents.org/2014/10/22/comentaris-virus-lents-60-ebola-21-dies-i-no-no-es-una-pel%e2%80%a2licula/). Assumint un període mitjà d’incubació de 5-7 dies veiem que tenim un problema i és que si ens administren la vacuna just després de la exposició aquesta ens començarà a protegir passats 10 dies, moment en el qual ja estarem en fase aguda manifestant símptomes. Millor això que res, però…

 

gp-ebola-proteins_0

Esquema del virus Ebola

Però aniria bé disposar de tractaments post-exposició…i fins ara la única estratègia era la de suport vital amb reemplaçament de fluids i intentant restablir les funcions dels òrgans que fallaven. Hi ha tot un seguit de molècules o tractaments, Zmapp, mab114, regeneron, remdesivir, que estan sent provats en aquest brot; sí, per desgràcia, són tant experimentals com la vacuna rVSV-ZEBOV i necessiten malalts per comprovar-se la seva efectivitat, i no, no són comercials i no estan disponibles “en obert”.

 

Portem més de 130 treballadors/es sanitaris infectats amb uns 40 de morts. Moltes d’elles no estaven vacunades (més de 2/3 son infermeres), perquè molts d’ells refusaren la vacuna. Per què?
I per cert, alguns morts entre el personal sanitari SÍ estava vacunat…però no es donen dades de QUAN es va vacunar. Si es va vacunar poc abans o just després de l’exposició al virus tot està clar, però cada cop que passa més temps resulta difícil explicar com és que no estan prou vacunats. Per què?

 

Tanmateix la taxa de mortalitat en aquest col·lectiu és de poc més del 35% mentre la taxa general està al voltant de 68%. Per què?

 

I parlant de taxes de mortalitat…a finals de desembre aquesta estava al voltant del 58% mentre ara la tenim fregant el 68%; que a mesura que avança l’epidèmia la taxa creixi i no s’aplani o caigui és molt dolent perquè vol dir que se’ns moren més infectats que al començament del brot. Per què?

 

Com a exemple, a la darrera epidèmia 2014-16, amb el mateix virus, les taxes de mortalitat dels tres països principalment afectat foren molt dispars: Sierra Lleona amb la meitat total de casos, un 28%; Libèria amb prop 1/3 de tots els casos, un 45%; mentre Guinea, amb menys de 4000 casos escalà al 67%. Per què? Perquè el maneig i com s’afronta l’epidèmia fa molt.

 

Portem més de 200 atacs a treballadors sanitaris o instal·lacions de triatge o tractament; s’ha calat foc a alguns d’aquests centres; un metge va ser assassinat per atacants a un centre. Per què? Aquests atacs, desconfiança als estranys i incredulitat sobre l’autèntica causa de la malaltia, encara és mantenen. Per què?

 

El virus Ebola es transmet fàcilment per contacte amb fluids corporals de persones infectades en fase aguda; abans de començar símptomes (febre, mal de cap, dolor de gola, etc.) la persona infectada NO pot transmetre. Després a mesura que avança la infecció és cada cop més eficient en la transmissió; a l’etapa final i un cop morta, la eficiència és màxima i de fet molts dels clústers de nous infectats es donen com a conseqüència de l’enterrament d’un infectat anterior; sobre tot si col·laboren en la preparació del cadàver. Per què continuen havent tantes morts comunitàries i enterraments pocs segurs, doncs?

 

Els principals col·lectius afectats, percentualment, són els dones i els infants i adolescents. Per què? El primer, mirem la piràmide de població del país, eminentment jove; llavors no sorprèn tant el nombre de afectats per sota del 18 anys. Per altra banda, culturalment, les dones s’encarreguen de cuidar els malalts, i ai las, això les col·loca en la primera línia per ser infectades, ja que a més, també col·laboren en la preparació del cos per l’enterrament.

 

Incís, dos dels col·lectius als que no s’administrà vacuna rVSV-ZEBOV els primers mesos de l’epidèmia va ser a les dones embarassades, o lactants i als nens/nenes de menys de dos anys. No havia cap raó fosca, senzillament és el protocol habitual perquè es consideren col·lectius que poden presentar símptomes adversos per la vacuna. Aquesta decisió es va revisar, el febrer del present any, aplicant una avaluació de riscos conseqüent i coherent, i actualment no hi ha limitació.

 

Des de fa mesos diferents personalitats i grups demanaven la declaració de la Public Health Emergency of International Concern (PHEIC); finalment aquesta va ser declarada fa uns pocs dies per la Organització Mundial de la Salut (OMS). Per què? I per què es va trigar tant? El religiós que va viatjar des de Butembo a Goma en autobús, que ja era simptomàtic a Butembo i que va fer el viatge fins a Goma, on va ser diagnosticat, saltant-se tres controls de carretera, per morir en el camí de tornada a Butembo, va ser la gota que va fer vessar el got?

 

Des de fa un parell de mesos, Johnson & Johnson demana al govern de RDC d’aplicar la seva vacuna, també experimental, abreujada ADV26MVA (per més detalls veure entrada https://comentarisviruslents.org/2018/12/24/comentaris-virus-lents-217-ebola-i-vacunes-una-actualitzacio/), al país. Fins ara, el Ministeri de Salut congolès havia refusat l’administració en la zona afectada. Per què? Aquesta vacuna, segons J&J té una disponibilitat d’un milió i mig de dosis però ai las, és una vacuna doble, requereix una primera administració i un boost, una segona vacunació, unes setmanes després. Si ja costa sobre el terreny fer seguiments adequats del contactes per administrar-los una dosi de vacuna rVSV-ZEBOV, serem capaços d’administrar dues dosis de vacuna Adv26MVA a una mateixa persona, amb les altes taxes de mobilitat de les mateixes, i amb una separació temporal de vàries setmanes?

 

Injectable-Drugs-Medicine-Vaccine-Bottle-Virus-Vial-600x337

La resposta a molts dels per què? Are we, stupids! Nosaltres, som nosaltres la resposta. Si no hi ha confiança, si neguen la causa assumint que és una invenció o pitjor que és una estratègia del govern de RDC per anihilar-los o per fer negoci, si som incapaços d’explicar-nos, si volem imposar les nostres solucions sense deixar que els apliquin i liderin els propis interessats, el virus anirà fent el seu camí, sordament però continuadament.

 

En el brot de Mbandaka, la resposta fou col·laborativa; es tractava d’una regió no conflictiva, amb poca violència, sense contenciosos amb el govern central i ètnicament homogènia (sap greu treure el concepte); la gent entengué el problema, perquè hi confià, i col·laborà amb els equips de seguiment i vacunació, que no van ser vistos com una amenaça.

 

En el brot actual, a North Kivu, els estranys al poble no són sols els homes i dones blancs que venen en quatre per quatre protegits moltes vegades per soldats de l’exercit congolès; fins i tot els locals de poblacions properes són mirats amb desconfiança si són a un poble que no és el seu; tot està massa tibant.

 

Com veieu unes notes desendreçades però així és l’epidèmia d’Ebola; tot un desendreçat, un Cafarnaüm, que els essers humans no estem a ajudant a endreçar gens.

 

 

Però aquesta, aquesta és una altra història.

Comentaris virus-lents (192): Conferència EBSA, «to be or not to be…safe».

La propera setmana, del 27 al 28 d’abril, tindrà lloc a Madrid la vintena conferència de la EBSA, la European Biosafety Association. L’enllaç al programa extens a… http://www.ebsaweb.eu/20th-annual-meeting-ebsa-conference

 

Serà aquest, com tots, un congrés multidisciplinari, molt transversal on, sota el títol «The diverse world of Biosafety«, es tocaran moltes temàtiques totes elles amb el fil conductor de la bioseguretat, com manegar els patògens, més o menys bioperillosos, de manera correcta, com fer instal·lacions i processos més segurs, com garantir un transport a resguard de contingències, com atendre a persones infectades altament contagioses, etc.

englisch_biostoffv-G-wordml02000001

El congrés, intens, i en el que també tindran cabuda demostracions d’equips i materials, relacionats amb l’activitat, d’última generació, es divideix en una sèrie de sessions:

  • La de Bioseguretat en instal·lacions hospitalàries on es parlarà de les diverses adaptacions fetes per assistir a infectats d’Ebola a hospitals generals o com traslladar la Bioseguretat a l’assistència.

  • La Bioseguretat i els organismes vectors, en la que es parlarà de com manegar-se amb mosquits infectats amb virus de nivell de Bioseguretat 3, virus de febres hemorràgiques com Rift Valley Fever virus, o West Nile virus o virus Chikungunya, i també Zika, o com experimentar de forma segura amb paràsits.

  • En la Ètica de la bioseguretat es parlarà de com millorar les nostres capacitats per fer front al riscos biològics i tenir una major cultura de bioprotecció o quins components o visions calen aplicar per enfortir els sistemes de bioprotecció nacionals a nivell global.

  • La sessió de Bioseguretat aplicada (doble) tractarà de com prevenir la infecció a laboratoris i hospitals, per exemple en la cerca i elecció de mascaretes respiratòries adequades, i com millorar les capacitats d’una organització de bioseguretat d’un país en desenvolupament a partir del compromís mutu amb una institució donadora, d’un país desenvolupat. També es parlarà dels “accidents tècnics” i de com millorar l’aproximació per classificar els microorganismes en els seus corresponents grups de risc, prenent com exemple els virus influenza A H5N1.

  • La sessió de cloenda serà per un tema sempre present a totes les ments com és la investigació dels incidents als laboratoris per esbrinar les causes últimes o arrels dels problemes.

Risk assessment triad

Un congrés, sense cap dubte, molt interessant, fins i tot un pel mediàtic, perquè es discutiran temes de salut pública, potencials amenaces bioterroristes i com fer-les front, i temàtiques relaciones amb una correcta avaluació dels riscos biològics en una instal·lació, que no ens enganyem abraça des d’els laboratoris de recerca universitaris, o no universitaris, treballant amb patògens fins a hospitals, centres farmacèutics que treballen en desenvolupament  o producció de vacunes, etc.

 

I en aquest congres, en representació de IRTA-CReSA participaré amb una comunicació sobre com treballar amb artròpodes infectats en una instal·lació de biocontenció de nivell 3. Ser picat o no ser picat, vet aquí la qüestió. Ja us contarem detalls en uns quants dies.

 

Però aquesta, aquesta serà una altra història.

Comentaris viruslents (179): Crimea-Congo, i la onada passà…per ara.

Els temes i el seu interès pugen i baixen, fins sortir d’escena finalment. Jo no ho faré encara. Uns presento una nova, i per ara darrera, entrada de diferents aspectes, retalls, de l’epidemiologia i potencial distribució del virus de la febre hemorràgica Crimea Congo (en endavant VFHCC) a Espanya i Catalunya, així com algunes pinzellades de patogènia i afectació a sistemes de salut. Un patchwork…no espereu una unitat d’estil si no pinzellades per esbossar el quadre…o malpintar una paret.

Retall 1: Podien haver fet molt més…i millor. Comencen amb el que va recomanar el mateix Ministeri de Sanitat l’any 2011 que s’havia de fer:

  • Abordar de forma integral y multidisciplinar la vigilancia y control del virus de la FHCC en España. Para ello se debe reforzar la coordinación a nivel local, autonómico y nacional entre los sectores de salud humana, animal y ambiental.

  • Establecer un protocolo que defina la vigilancia y manejo de la enfermedad por virus de la FHCC en humanos en España en función de la circulación del virus. Debe hacerse vigilancia activa de la enfermedad en humanos en aquellas áreas en las que se identifique el virus con el fin de detectar posibles casos y limitar su propagación así como la exposición de personas al mismo. En la Unión Europea, las fiebres hemorrágicas víricas son de notificación obligatoria a la Red de Vigilancia Europea desde diciembre de 1999 y en España se está en proceso de revisión de la vigilancia de estas enfermedades.

  • Realizar una investigación más profunda por parte de las autoridades oficiales competentes para determinar si hay circulación establecida del virus en España.

  • Mantener una vigilancia entomológica en las áreas de riesgo de circulación viral con el fin de identificar las especies presentes y potencialmente vectoras del virus y de realizar su seguimiento y control.

  • Caracterizar el virus detectado en España y desarrollar métodos rápidos y sensibles para su detección.

  • En aquellas zonas donde se ha detectado el virus, se debe informar a los profesionales sanitarios para que mantengan una actitud expectante ante la eventual aparición de casos humanos y se tomen las medidas de prevención y control oportunas.

  • Dependiendo de los resultados de la vigilancia del virus se valorará la difusión de información sobre medidas preventivas dirigida a grupos de riesgo o a población general.

  • Reforzar la coordinación con otros países de la zona europea con circulación viral.

Aquestes recomanacions són del 2011. Què s’ha fet? Recordeu que no és el meu tema però després d’un rastreig per les fonts obertes accessibles la resposta és “quasi res, quasi zero”, i allò fet, fruit d’accions individuals. Tots els punts implicaven una certa despesa i alguns són els que podríem denominar vigilància passiva…anar a cercar la presència del virus fent mostrejos de paparres per veure si es troba el genoma viral la qual cosa vol dir que la paparra està infectada; recordeu que una paparra infectada ho està ja per tota la seva vida, i que el virus Crimea Congo té la capacitat de passar d’un estadi de paparra a altra; una larva de paparra infectada donarà una nimfa de paparra infectada que donarà un adult de paparra infectat (és el que es diu transmissió transestadial..entre etapes). Les mostres s’havien d’analitzar i per això calien unes tècniques diagnòstiques, millor validades i això també són temps i diners. També s’hagués hagut de fer una vigilància serològica ben pensada a la fauna silvestre però també als animals de renta, domèstics, com a mínim de la zona assenyalada, Cáceres, i limítrofes per comprovar la presència d’anticossos específics a Crimea Congo que revelarien una circulació passada del virus, i reforçarien, en funció del percentatge de prevalença, i de la seva evolució anual, la informació de possible detecció de genomes per biologia molecular. Si s’haguessin tingut aquestes dades potser s’hagués vit la necessitat de informar i “ensinistrar” els professionals sanitaris de la zona de quina és la simptomatologia inespecífica i específica de Crimea Congo. És normal, molt normal que si una malaltia no està present els professionals puguin errar el diagnòstic o donar-lo massa tard.

Dir que no s’ha fet res, tanmateix, no és del tot cert…sí hi ha un estudi que testà 231 paparres Hyalomma marginatum obtingudes a partir de bòvids portats a escorxador per la presència de genomes de VFHCC a Castilla Lleó, del 2014. Totes resultaren negatives…clar que un estudi que analitza 1 paparra, sí, llegiu bé, 1 de Badajoz, o 1 de Salamanca, o 4 d’Ávila, no sembla tenir gaire criteri ni significació estadística, i els bovins de producció estan bastant lluny de les fonts d’infecció silvestres.

Sí és més interessant l’anàlisi, entre 2011 i 2013, de 681 paparres de les espècies Rhipicephalus sp., Hyalomma lusitanicum y Hyalomma marginatum. Del total de 681, 24 donaren resultat positius pel VFHCC, totes elles procedents d’ Extremadura, i totes de l’espècie H. lusitanicum. Quasi totes les seqüències víriques detectades foren idèntiques, i alhora homòlogues a aquelles englobades al genogrup III. A aquest estudi s’ha d’afegir les 272 paparres recol•lectades a Extremadura durant l’any 2014 i que permeteren detectar 3 paparres positives, que cavalcaven a sobre d’un cérvol, una guineu i un boví, respectivament.

I en humans? Sí, també hi ha un estudi per detectar la presència d’anticossos enfront VFHCC en persones de Cáceres, que va donar resultat negatiu, no hi havia seroconversió.

Poca cosa però tot apuntant, ja fa anys, a un cicle silvestre ja establert i per tant potencialment susceptible de saltar a l’espècie humana.

 

Hyalomma-rufipes-female-male

Retall 2: Estem connectats, i els fets d’ara tenen arrels, com a mínim, en 2010. El genoma identificat en les paparres positives de Càceres, el 2010 és molt semblant al genotip (o genogrup III) circulant per Africa i no al genotip IV que és propi dels Balcans. Com també es va detectar VFHCC en paparres de Hyalomma marginatum recollides d’ocells migratoris al Marroc el 2011, el més probable és que la via d’introducció hagin estat aquests ocells, però fa ja lustres. L’incident actual no té res a veure amb una aportació actual per part dels ocells, perquè sembla fora de tot dubte que hi ha un cicle tancat d’infecció i propagació independent d’aportacions exteriors des de fa anys.
Anàlisis genètiques preliminars, d’un petit segment del genoma, mostren alta similaritat entre les seqüències dels dos casos humans actuals i la seqüència detectada del VFHCC a les paparres Hyalomma lusitanicum des de 2010 a 2013. Present i passat lligats, causa-efecte probable.

 

Retall 3: Tot el que toca Crimea Congo és de grup de risc 4? La contesta a aquesta pregunta impacta en un tema important com és la manipulació de mostres sospitoses. Aquí cal fer una diferència important, com a mínim, entre mostres de persones amb simptomatologia compatible i mostres de vigilància activa o passiva, paparres, per exemple, o sang d’animals com vaques, ovelles, porcs, etc., per obtenir evidència serològica de la circulació del virus. Les mostres que raonablement, amb criteri mèdic, poden contenir VFHCC s’han de manipular en una instal•lació de nivell de bioseguretat 4, la màxima possible. Un cop la mostra és processada i inactivada pot ser manipulada en un nivell de bioseguretat inferior, nivells 3 i fins i tot 2. Però això, vàlid per a mostres de malalts, no aplica quan cerquem el virus a paparres. Que recol•lectem paparres per detectar el genoma de virus, no porta, automàticament, a considerar aquestes com material de nivell 4, alta contenció. Cal, al camp, reduir la manipulació al mínim, evitar fenòmens d’aerosolització (com seria esclafar la paparra), utilitzar EPIs adequats (mínim guants) i tenir a mà un desinfectant per aplicar-s’ho sovint. Un cop al laboratori, i a banda de seguir bones pràctiques microbiològiques, també, reduir la manipulació al mínim, evitar fenòmens de aerosolització (la homogeneïtzació de la paparra s’ha de fer en sistemes tancats), i inactivar una fracció del homogenat, moment en el qual el material es consideraria ja no infectiu. Per tant, el cribatge i anàlisi de les mostres d’un pla de vigilància es podria fer en un entorn de nivell de bioseguretat 3, perfectament, i els estudis serològics de la circulació del VFHCC en remugants i altres animals en un nivell de bioseguretat 2.

 

MERS-CoV ppe

 

Retall 4: El VFHCC no és massa transmissible però perillós. És comunment acceptat que no hi ha virèmia durant el període d’incubació. Això és important perquè una persona que no mostri símptomes compatibles NO podria transmetre la malaltia, i la probabilitat de transmissió serà tant més alta com més en endinsem en les seves fases (fase pre-hemorràgica, fase hemorràgica, fase de resolució, alguns diuen convalescència). Però res en biologia és absolut…és probable que alguns casos de FHCC s’hagin transmès per via sexual per part d’infectats (homes però també dones) a les seves parelles (dones però també homes) just un o dos dies abans de l’aparició de símptomes. Un fenomen de baixa probabilitat però un carreró lateral de transmissió (per més detalls… http://www.ijidonline.com/article/S1201-9712(16)30992-4/pdf ).
Com a corol•lari, les infeccions nosocomials són possibles si no es fa un diagnòstic correcte i conseqüentment el personal sanitari no adopta les degudes precaucions, o bé per mal ús dels equips de protecció individual. A tal efecte, a banda de guants i indumentària adequada, la mascareta antipartícules FFP3 o equivalent, i ulleres estanques o pantalles són fonamentals per la possible aerosolització de fluids corporals del pacient, a més de barrera física enfront possible transmissió per fomites al evitar els contactes mans-boca. Com exemple, un estudi multicentric retrospectiu a 9 centres regionals turcs de referència de Crimea Congo, en un període comprés entre 2002 i 2014 identificà 25 infeccions laboratorials nosocomials confirmades, incloent 4 casos fatals a partir de 51 treballadors sanitaris exposats.
Com a segon corol•lari, en principi això no ha d’afectar a les donacions de sang; per tant no calen restriccions o cribatge de donants. A més, en cas d’entrada del VFHCC a les donacions, i degut a les característiques físico-químiques de la partícula vírica, és un virus embolcallat, els tractaments dels derivats sanguinis (tractaments tèrmics) i els que es dissenyaren per fer front el virus de la immunodeficiència humana (solvent-detergent, i posteriorment nanofiltració) garantirien la seguretat d’aquests hemoderivats. Diferiria del Zika pel que sí es va demostrar alguns episodis de transmissió a partir de donacions de sang.

 

CCHFV scheme

 

Retall 5. Un metge en funció de la càrrega viral d’un infectat per Crimea Congo pot avançar el pronòstic? En principi, i amb els obvies salvetats específiques de cada persona, sí. Això és el que mostra un estudi de 2007 (per més detalls anar a … http://wwwnc.cdc.gov/eid/article/13/11/07-0222_article) . Els autors apunten a la freqüència de les infeccions nosocomials o dins l’àmbit familiar…transmissions secundàries a partir d’una persona infectada per la mossegada d’una paparra. Com la ribavirina, que es fa servir com a recurs un cop infectat, té efectes col•laterals severs en alguns casos és convenient saber a qui donar-li i qui no…si no cal, no cal medicar. L’experiment consistí en agafar un grup de pacients infectats i els van classificar en tres categories en funció de la severitat de la malaltia; fatals, greus i moderats en funció de símptomes i nivells de cert metabòlits en sang. Després començaren a mesurar la carrega viral de Crimea Congo als infectats així com el títol d’anticossos IgM i IgG. Quines conclusions tragueren: que el nombre de virus en sang, la carrega vírica era el millor predictor. Amb nivells de 1.000.000.000 de copies del virus per mil·lilitre a sang el final sempre era fatal. Per sota de 1.000.000 còpies del virus per mil·lilitre la persona es guaria; no es pogué trobar un punt de tall, un nombre de còpies per discriminar entre casos greus i moderats. Alhora la detecció de nivells alts de IgG correlacionaren inversament amb els títols, a més anticossos menor càrrega vírica, el que suggereix que aquests anticossos podrien neutralitzar els virus circulants.

 

Retall 6: Espanya és endèmica al VFHCC? Un interessant article de Mertens et al. 2013 (enllaç al resum a http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/23458713 ) fa una sèrie de consideracions sobre salut pública lligades a aquesta malaltia. Per una bona gestió europea parla de classificar els estats en funció de que ocupin espais que siguin habitats potencials per les paparres; i en funció de grau de tràfic d’animals amb zones endèmiques. Així tindríem 5 zones, des de les zones 0 que serien aquelles que no són hàbitats adequats per les paparres i no tenen tràfic d’animals amb zones endèmiques; a zones amb hàbitats adequats però sense tràfic d’animals (1); zones on se sap que hi ha poblacions de Hyalomma i també tràfic d’animals amb zones endèmiques (2); a zones frontereres a zones endèmiques (3) i finalment zones endèmiques (4). En funció de la classificació, objectiva, caldria prendre un d’entre diversos paquets de mesures que van des d’el paquet “no prendre mesures-no informar-no educar” (però potser tenir les eines diagnòstiques per VFHCC preparades) apte per les zones 0; a fer vigilància en animals, humans i paparres, que seria el propi d’una zona 1; a sumar a aquesta vigilància, la informació al personal sanitari i altre personal en risc, que seria el propi d’una zona 2 (el que era Espanya fins fa dues setmanes, si tancàvem els ulls a certes proves i estudis). La zona 3 suma a tot allò citat prèviament el control dels moviment de la fauna silvestre i l’educació i entrenament de personal sanitari, però també al públic, de la transmissió, símptomes clínics i mesures de protecció. I finalment la zona 4, estat endèmic, afegeix el control de les poblacions de paparres, per ús de repel•lents en animals, i l’estudi i control dels fluxos del compartiment silvestre cap al d’animals de producció; una tasca més de gestió i control, ja que la prevenció s’ha vist superada. Com una zona es defineix com àrea endèmica si s’han reportat casos humans, o si el virus ha estat detectat en animals o paparres al menys durant dos anys consecutius es pot dir que des de 2012, probablement, Espanya era endèmica. En qualsevol cas, amb els dos afectats aquest 2016 Espanya ÉS ARA endèmica, segons els autors.

 

En resum els episodis de transmissió de CCHF en Espanya són plausibles i esperables a partir d’ara perquè:

  • Els vectors principals de la malaltia, Hyalomma marginatum (però també Hyalomma lusitanicum amb una distribució molt mes restringida) viuen entre nosaltres a la península.

  • Un cop el virus entra en un ecosistema i demostra que s’ha mantingut (i això sembla perquè tenim proves de presència del 2010 fins ara, que ha emergit) difícilment serà “eliminat” si no se eliminen tots els hostes i vectors que el sustenten. Dit d’una altra manera Espanya és endèmica al VFHCC i ho serà molt de temps.

  • Les condicions climàtiques de la península son adequades (i potser cada any ho seran una mica més) pel manteniment del cicle epidemiològic.

  • La probabilitat d’infecció, fins i tot a les zones més proclius, s’ha de considerar escassa, amb casos esporàdics, però urgeix un seriós estudi sero-epidemiològic en hostes amplificadors i mantenidors (de petits mamífers a grans herbívors) i de vigilància passiva i activa de paparres per confirmar no tant la circulació del virus, si no l’abast de la mateixa.

Però tot això, això, és una altra història.

Comentaris virus-lents (145): MERS? Caurem en l’error de l’Ebola altra vegada?

Quan a mitjans de l’any 2014 la Organització Mundial de la Salut (OMS) va cercar, amb certa desesperació, a l’armariet de les medecines algun remei enfront Ebola, se’l va trobar tristament buit. Certament hi havien una sèrie de desenvolupaments terapèutics i vacunals però no estaven ni de lluny prou testats. El resultat tots el coneixem (més de 28.000 infectats i més d’onze mil morts). Per més detalls podeu veure nombroses entrades d’aquest blog.

El problema, l’absència d’eines, podria repetir-se amb el MERS. El MERS CoV (podeu cercar entrades prèvies al blog) és el Middle East Respiratory Syndrome coronavirus, que va començar a treure el cap fa més de tres anys a la Península Aràbiga. Actualment portem més de 1.600 infectats (clínicament, no sabem quants més s’han infectat de forma inaparent) i un mínim de 579 morts. Això dona una taxa de mortalitat de l’ordre del 36%, no massa diferent de l’observada a molts brots d’Ebola.

MERS and airport travel

L’Ebola era (encara és) una malaltia africana; ara estem incorrent en el mateix error, de considerar aquest infecció com una de confinada a la Península Aràbiga; ni el brot que es va esdevenir aquest any a Korea (també té entrades dedicades al blog) que va acumular 186 casos i 37 morts (una mortalitat del 20%) han despertat gaires consciències. Tanmateix tot es va originar d’un únic pacient, un home de negocis que va tornar infectat després de fer turisme per l’Orient Mitja. Es impossible assegurar que això no torni a passar en major menor mesura. De fet Korea va ser una perla més (la més grossa) en el collar de casos esporàdics que s’han donat en un total de 26 països, majoritàriament com a conseqüència de turistes que tornen infectats. Uns nous “Koreas” no són improbables, mancarà conèixer la seva extensió, però.

I en certa manera és més perillós. Aquest coronavirus es transmet a través d’estossecs i esternuts, per via aèria, cavalcant en petites gotes i depositant-se sobre superfícies (no es tenen moltes dades de la seva persistència ambientala aquestes fomites, se suposa curta). És evident que podem evitar infectar-nos d’Ebola restringint el contacte amb el malalt o amb els fluids del malalt però és impossible deixar de respirar, ni tan sols sabent que una atmosfera concreta, una habituació, està compromesa.

Symptoms_of_MERS_(raster)

I que no es digui que és el primer. Tenim la SARS (Severe Acute Respiratory Syndrome) causada per un altre coronavirus que va provocar una alarma total a la OMS des de finals 2002 a maig del 2004, amb el punt àlgid a mitjans de 2003. Per cert, d’aquest virus encara no tenim cap teràpia o vacuna que mereixi la pena d’aplicar.

La llista de coses que encara no sabem sobre aquest MERS coronavirus; com s’infecta la gent, i com el virus treballa o progressa dins l’organisme infectat, és inquietant.

Sabem que el virus passa de camells als humans, però la mena de contacte que porta a la transmissió no està clar…un problema de nassos, doncs (veure https://comentarisviruslents.org/2014/10/10/comentaris-virus-lents-56-mers-coronavirus-probablement-un-problema-de-nassos/). Aquestos casos són esporàdics; la majoria dels casos són per transmissió persona-persona, del infectat als cuidadors o als familiars un cop l’infectat mostra simptomatologia clínica i dins l’àmbit hospitalari). La raó molts cops està en un diagnòstic incorrecte (altre cop la manca d’eines!!) que porten a no aïllar al pacient i a generar diàspores de desenes de casos.

Tot això ve, a més,  dificultat per l’actitud o manca d’actitud dels països que més pateixen el virus. Per un costat son països no gaire bolcats cap a la ciència en general o la virologia en particular, però és que tampoc s’estan generant col·laboracions per superar aquest “gap” entre aquestos i científics d’altres països. Per acabar-ho d’arreglar, trets culturals; les autòpsies són força inusuals als països àrabs. Que se sàpiga cap autòpsia s’ha fet a un infectat de MERS; per tant tampoc s’han pogut obtenir mostres i tenir imatges o idea de com el virus ataca els pulmons (sembla la diana principal) però també altres òrgans.

Intentar dissenyar una vacuna amb tan poca llum sobre la seva patogènesi és fa encara més difícil que en condicions “normals”.

I no masses laboratoris i companyies estan treballant en aquest tema, pel que sembla; i els desenvolupaments estan a les seves primeres fases.

El fet però és que, a diferencia de l’Ebola, tenim un virus potencialment letal que es transmet per l’aire, com els virus el refredat i de la grip. I si en algun moment tot esclata, ja no tindrem temps per fer res i tot serà córrer. I serà quan tothom es preguntarà Perquè no ens vam esmerçar en aturar-lo quan encara podíem?

 

Però aquesta, aquesta és una altra història.

 

Avui a les 8:00 pm Science publica un treball de IRTA-CReSA sobre un desenvolupament vacunal molt prometedor per fer front al MERS Coronavirus.

Enllaç: http://www.sciencemag.org/content/early/2015/12/16/science.aad1283.full

Un camino de diez mil millas empieza siempre con un primer paso.

Comentaris virus-lents (137): Els superdisseminadors o quan MERS entra per la porta, costa que surti per la finestra.

Cinc, sí, únicament cinc persones són considerades responsables del 83% de casos de MERS coronavirus a Corea, en el darrer brot fora de la Península Aràbiga, en els primers mesos del 2015. Aquestes 5 persones (4 homes i una dona, amb una edat mitjana de 41 anys), que patiren totes pneumònia, i que han estat etiquetats com super-spreaders o super-escampadors o super-disseminadors, han resultat responsables de l’infecció de 153 persones dels 186 casos confirmats de MERS a Corea del Sud a partir d’un primer cas que adquirí la infecció a la Península Aràbiga.

 

I que és un super-spreader? Amb aquest terme ens referim a aquell hoste, aquella persona infectada que transmet la malaltia, infecta, a un nombre desproporcionadament elevada de casos secundaris. Podríem dir que son aquells malalts que es “peten”, fan miques la R0 (per més detalls sobre la R0 veure l’entrada 80; https://comentarisviruslents.org/2015/01/12/comentaris-viruslents-80-guerra-de-xifres-xifres-de-guerra-not-so-bad-but/). Alguns casos de super-spreading, o super-disseminació segueixen la regla 20/80, que es traduiria com que el 20% del infectats són responsables del 8% de les transmissions. Aquesta regla 20/80 també es cita com el principi de Pareto (un economista italià que la formulà a les acaballes del segle XIX). En l’epidèmia de SARS del 2003 es definí com a super-speader tot aquell individu que era capaç d’infectar 8 o més contactes. Cal recordar que per ser un super-spreader no necessàriament has de presentar simptomatologia sinó alliberar el virus, excretar-lo i transmetre’l; en aquella epidèmia se sap d’algun cas d’infectat que transmití la infecció a 33 persones…en sols dos dies. Aquest fenomen no és infreqüent perquè també s’ha detectat pel xarampió, tuberculosis, verola, i els filovirus com l’Ebola, a banda dels coronavirus com el SARS i el MERS.

 

En aquest brot de MERS, el record el té un pacient de 35 anys (el pacient número 14), un contacte primari del cas índex (recordem que el cas índex en un brot és el primer cas), que ell sol es bastà i sobrà per disseminar la malaltia entre dotzenes de persones que estigueren a la vora mentre s’estava al Samsung Medical Center. L’estudi indica que va infectar a 85 persones.

 

Després molt endarrerits en aquesta classificació trobem al pacient 1, que infecta 28 persones, i al pacient 16 que n’infectà 23. Tots ells patiren tos severa. Els pacients 15 i 75, que rarament estossegaren, infectaren a 6 i 11 persones, un nombre sensiblement menor encara que també elevat. Totalment lògic, l’estossec permet la projecció indiscriminada de petites gotes que poden portar els virus a metres de distància i entrar en contacte amb el personal al voltant sense necessitat de contacte físic amb el malalt.

 

Recordem que el MERS es va transmetre principalment dins de l’àmbit hospitalari; un 44% dels pacients s’infectaren dins un hospital; un 33% foren cuidadors no professionals i un 13% treballadors sanitaris.

 

I les recaigudes…són possibles. Fa un parell de dies, l’OMS informà d’un pacient de 35 anys que es va infectar el 27 de maig i fou donat com a positiu a MERS per prova diagnòstica el 7 de juliol, a Corea. Va estar-se a l’hospital per tres mesos però se li donà l’alta el dia 3 d’octubre després de donar negatiu per dos cops a presència de genoma del virus (recordem, detecció per tècnica molecular, per reacció en cadena de la polimerasa o PCR). Doncs bé, una setmana després era reingressat i el dia 12 tornava a donar positiu per PCR a MERS. Per tant el virus pot estar acantonat o circulant per sota del nivell de detecció de la tècnica i això té evidents implicacions epidemiològiques, perquè si es reactiva, o el pacient torna a una fase aguda pot tornar a infectar altres persones, i si resulta ser un super-spreader pot iniciar un altre brot, una altre ronda d’infeccions.

 

MERS Samsung hospital

 

I per acabar-ho d’embolicar una mica una nova mort ha estat assignada al MERS en aquest país, Corea, la qual cosa demostra que no s’ha fet net…del tot. Això sí es tractava d’un home de 66 anys que ja es va diagnosticar con a infectat el mes de juny (es va infectar al Samsung Medical Center, també). Se’l va donar per curat unes setmanes després, va donar negatiu a la presència del virus, però després va patir complicacions pulmonars i se li va trasplantar un pulmó. Finalment ha mort i amb ell ja arriben a 37 els morts del brot que té una taxa de mortalitat, per tant, al voltant del 20%.

 

Si això ho ajuntem amb casos que es van reproduint a la Península Aràbiga en els darrers dies arribem a la conclusió que el MERS coronavirus dista molt d’estar reduint la seva incidència.

 

Però aquesta, aquesta és una altra història.

Comentaris virus-lents (124): Unes segones lectures del MERS a Corea; MERS a la baixa.

Aquest brot a la República de Corea, que va començar amb la introducció de la infecció MERS-CoV al país per un sol viatger infectat, es va amplificar per unes rondes secundàries d’infeccions als hospitals i el moviment dels casos infectats dins i entre els hospitals. Això és un fet ja provat i en certa manera ha pres el relleu de Arabia Saudi en la circulació mondial del virus (veure Figura 1).

a-weekly-republic-of-korea-china-other-countries-saudi-arabia2015-07-03Figura 1

La darrera setmana s’ha actualitzat la gràfica de casos nous i vells i com es mostra a la corba epidèmica (veure Figura 2), el nombre de nous casos que ocorren cada dia sembla estar disminuint clarament. Aquesta disminució ha coincidit amb un seguiment molt més estricte i intens dels contactes, i dels procediments de vigilància i quarantena, el que suggereix que les mesures de lluita contra la malaltia estan funcionant. Aquestes mesures també s’han vist facilitades per l’increment en la potència i la rapidesa del sistema de testatge o anàlisi de les mostres. No obstant això, es necessitaran diverses setmanes per confirmar l’impacte de les mesures i si el brot està totalment controlat.

a-daily-epicurve-republic-of-korea-china-cases-deaths2015-07-03

Figura 2

Diversos factors semblen haver contribuït a la difusió inicial d’aquest virus.

  • L’aparició de MERS-CoV a Corea era inesperada i els símptomes no van ser correctament llegits per la majoria dels metges. A més recordem que la simptomatologia inicial es pot confondre amb altres malalties i que el focus del MERS CoV estava localitzat a milers de kilòmetres.
  • Les mesures de prevenció i control d’infeccions als hospitals no eren òptimes.
  • Les sales d’emergència estaven extremadament abarrotades; les habitacions amb diversos llits han pogut contribuir significativament a la infecció nosocomial en alguns hospitals.
  • La pràctica de la cerca d’atenció en diversos centres mèdics («doctor shopping«) bastant comú en aquest país (cercar la millor atenció al menor cost) pot haver estat un factor contribuent.
  • El costum de tenir molts amics i membres de la família que acompanyin o visitin els pacients pot haver contribuït a la propagació secundària de la infecció entre els contactes.

El ràpid augment del nombre de casos ha donat lloc a moltes especulacions sobre si pot haver-hi nous factors que contribueixen a la transmissió. Sense descartar-ho és massa aviat per treure conclusions definitives en aquest moment, però:

  • No hi ha cap evidència forta en l’actualitat per suggerir que el virus hagi mutat en el sentit de fer aquest virus més transmissible.
  • Fins al moment, el patró epidemiològic d’aquest brot sembla similar als brots de  MERS-CoV associats a hospitals (infeccions nosocomials) que han ocorregut ja a l’Orient Mitjà. No es pot determinar, però tampoc excloure, si la contaminació del medi ambient, o de superfícies com les fomites, una ventilació inadequada (per exemple recirculació d’aire entre zones), o altres factors han tingut un paper en la transmissió del virus en aquest brot.

Ara per ara i a la llum de les dades la transmissió comunitària de MERS-CoV a la República de Corea, en el sentit de ser self sustainable, que es mantingui per si sola fora dels hospitals, és molt reduïda o nul·la, però cal esmerçar-se en al vigilància.

Perquè mentre els virus va fer rondes de replicació tot és possible.

Però aquesta, aquesta és una altra història.

Comentaris virus-lents (117): Corea del Sud i MERS; el malson s’està materialitzant.

Les autoritats de Corea del Sud van reportar aquest diumenge set nous casos d’infeccions pel MERS (Middle East Respiratory Syndrome) coronavirus, que ha provocat la mort de 16 persones al país. Les dues darreres víctimes mortals foren dos homes, un de 58 anys que patia diabetis i un altre de 61 anys sense patologies cròniques conegudes. A més, del centenar de persones infectades i hospitalitzades, uns 17 casos estan en una situació força “inestable”.

Els  nous casos van pujar el total de contagiats al país a uns 150, informaren aquest diumenge les autoritats sanitàries coreanes. El brot actual a Corea del Sud, que únicament porta 4 setmanes, és el més greu fora de l’Aràbia Saudita des de que s’identificà el virus, el 2012.

Tres dels nous contagis es van produir al centre mèdic Samsung a Seül, un dels hospitals més importants del país, on s’han produït 70 infeccions (vora la meitat del total de casos). De fet, aquest hospital ha suspès la majoria dels seus serveis externs, no accepta nous pacients, ni executa operacions no urgents.

MERS Samsung hospital

Entrada hospital Samsung

Fins el moment, 2/3 dels casos confirmats dels infectats han estat pacients internats o treballadors sanitaris que tingueren un contacte “estret” o proper amb els infectats inicials. És un escenari que es podia i es pot entendre, ja que els primers hospitals tractaren, sense saber encara l’agent causal, als portadors del virus MERS seguint protocols de seguretat i assistència estàndard ( o no seguint-los com ara llegireu). Tanmateix se sap que al Samsung va haver un assistent de sala d’emergència que anà a treballar uns quants dies amb símptomes compatibles amb infecció per MERS i que com a mínim tingué contacte proper amb 200 persones. Però és que, a més, aquest ordenança agafà el virus d’una persona infectada que s’estigué uns dies a diversos espais de la sala d’emergència, exposant potencialment al virus a més de 900 persones entre staff, pacients i visitants. I que l’afectació és bàsicament de  personal que te cura dels malalts es veu en que dels darrers casos, un dels malalts és un paramèdic que va ajudar a traslladar a un malalt a l’hospital el 7 de juny, un contagi que se suma al del xofer que va participar en l’operació.

MERS South+Korea+Continues+Handle+Outbreak

Lamentablement, el virus potser ha tornat a saltar de continent i ha arribat a Europa doncs s’informa d’un cas sospitós a Eslovàquia. Dissabte, l’hospital universitari de Bratislava va informar que hi ha un cas sospitós d’un home de 38 anys que arribà de Corea del Sud el 3 de juny i començà a mostrar símptomes com febre, diarrea i lesions a la pell; l’home és un empleat d’una empresa subcontractada per la fàbrica automobilística sud-coreana KIA, que, per ara, ha donat negatiu o dubtós a les proves diagnòstiques, però que està en quarantena.

L’Organització Mundial de la Salut (OMS) va afirmar aquest dissabte que el brot del MERS a Corea del Sud era «gran i complex» i que era esperable que apareguessin més casos, encara que no veia cap senyal que la malaltia s’estigui propagant entre la població. Ja que sembla que la transmissió és de caire nosocomial, intra-hospitalària, l’OMS ja ha recomanat tornar a obrir les escoles, que no es consideren focus potencial. Tampoc, afegeix l’OMS, hi ha proves al respecte d’un increment de la transmissibilitat del MERS coronavirus.

MERS south-korea-PPE hospital

Personal mèdic equipat amb els equips de protecció personal necessaris, en un hospital coreà.

Tanmateix fins ara més de 5.200 persones han estat aïllades, mentre que més de 2500 persones han estat descartades pel que fa a la infecció per haver donat negatiu a les proves o per no haver desenvolupat els símptomes durant el termini màxim d’incubació fixat en 14 dies.

I el peatge que esta pagant el país no es exclusivament en vides humanes i despesa sanitària. El brot de MERS coronavirus a Corea del Sur li podria retallar algunes dècimes, per tant milers de milions de dòlars, al seu creixement. Recordem que Corea de Sur és la quarta economia asiàtica però que ara lluitava contra una disminució del ritme d’exportacions i una demanda interna tèbia. La industria turística coreana, que mou 30.000 milions de dòlars anualment, s’endurà la pitjor part de l’impacte econòmic ja que els viatgers estan cancel·lant o ajornen moltes reserves. De fet diverses estimacions parlen de reduccions del PIB del 0,15% si es soluciona en un mes o del 0,8% si triga tres mesos (o impacta com el SARS a Taiwan el 2002) en fer-ho de forma clara; altres parlen de caigudes de turistes del 11% al 15% amb reduccions dels PIB del 0,1-0,2%. Una imatge clara com en un mon globalitzat les malalties, i les alarmes que provoquen, poden malmetre molts plans econòmics. Queda per una propera entrada unes dades i discussió com el SARS afectà la vida econòmica d’aquella zona d’Àsia el 2002-2003.

I no vulguem imaginar-nos si això passés a Catalunya, o a Espanya, on la dependència del turisme és més gran.

 

Però aquesta, aquesta és una altra història.

Comentaris virus-lents (116): Ebola i desinfectants domèstics; noves dades.

Quan un s’enfronta a un virus al laboratori, o en mig d’una emergència, necessita posar distància entre ell i el virus. Això es pot aconseguir amb indumentària especial, molts cops hidròfoba, que repel·leix l’aigua i fluids i per tant evita l’entrada dels virus; amb mascaretes o sistemes de filtració d’aire, que els atrapen i eviten la seva inhalació; amb guants, botes, maneguets. Dins els laboratoris encara creem més distancies ja que manipulem les mostres dins cabines de seguretat biològica que generen una cortina d’aire que atrapa i conté els virus potencialment presents a mostres i materials.

Tanmateix cap sistema és absolut, completament segur i a més resulta que tot allò que es fa servir un cop, queda potencialment contaminat i el seu cost fa que sigui impossible assumir single use, un únic ús, un emprar i llençar. És aleshores quan els desinfectants entren en escena.

Quan els virus són letals, i per tant força difícil fer proves “in vitro” amb ells, moltes vegades recorrem a l’efectivitat demostrada dels desinfectants en virus de la mateixa família o bé virus que comparteixen característiques semblants però que són més “amables” a l’hora de treballar (bàsicament que no t’hi jugues la vida cada dia). Per característiques semblants entenem presència d’embolcall, estructura d’aquest embolcall, mida de la partícula, tipus i mida de l’acid nucleic, etc. Així, els desinfectants emprats per l’Ebola ho son més per proves indirectes, o escasses, que no per una munió de dades i cites bibliogràfiques.

A més, en una situació de crisi no pot ser que el desinfectant d’elecció sigui  el-no-va-més del desinfectants, distribuït per una o unes poques empreses. Calen desinfectants que pugis trobar a qualsevol llar, d’ampli espectre, de fàcil distribució i emmagatzematge, i de fàcil manipulació i ús, que no deixi residus poc gestionables ambientalment.

Dos que em venen al cap i que faig servir abundosament a la meva feina…l’etanol i el lleixiu domèstic.

I aquesta mateixa aproximació fan els autors de l’article (veure link al final) pel que fa a la desinfecció de l’Ebola.

Farem la discussió a partir de la gràfica del seu article.

Ebola viruses-07-01975-g002-1024-disinfectants

Si mireu el lleixiu domèstic que teniu a casa veureu que té entre 40-50 gr de clor actiu per litre. Això ve a ser un 4-5% de clor actiu. Els investigadors avaluaren l’eficàcia de solucions amb concentracions finals de lleixiu de 1%, 0,5%, 0,1% i 0,01% (si diluíssim el nostre lleixiu 5 vegades, o 10 vegades o 50 vegades o 500 vegades respectivament) sobre ebolavirus prèviament dessecats damunt superfícies d’acer inoxidable. Pel que fa a l’etanol barrejaren aquest amb aigua fins assolir una solució al 67% d’etanol. Pels dos desinfectants els temps escollits per veure la càrrega vírica que persistia foren 1 minut, 5 minuts i 10 minuts.

El lleixiu diluït al 0,01%  resultà del tot inefectiu fins i tot als 10 minuts de contacte. Quan era diluït 1/50 (al 0,1%) es notava efecte als 10 minuts però encara hi havia una forta infectivitat residual. Diferencialment, aplicar sobre superfícies contaminades amb Ebola solucions de lleixiu al 1% o al 0,5% era totalment efectiu als 10 minuts de contacte (més de 6 log10 de reducció del títol infecciós) però també per períodes més curts, 5 min. Per temps de contacte de 1 min la reducció del títol era de 2-3 log10, el desinfectant encara no ha pogut desplegar tota la seva acció i encara n’hi ha força de virus infecciosos. L’etanol al 67% fou extremadament eficient (no es detectaren virus infecciosos) per temps de contacte 5 i 10 minuts i per temps de contacte breus, 1 min, era clarament més efectiu que el lleixiu.

Algunes conclusions…

  • La Organització Mundial de la Salut (OMS) recomana aplicar solucions de clor disponible al 0,5% per desinfectar superfícies contaminades. Tot correcte i coherent. Però cal reforçar i tenir sempre en ment el temps de contacte perquè aquestes concentracions no tenen un efecte miraculós, cal deixar treballar al desinfectant. És la combinació de desinfectant adequat i temps de contacte prou llarg la que confereix seguretat. Ni tan sols la concentració més elevada assajada (1%) és efectiva durant el primer minut.
  • A la llum del resultats aplicacions de desinfectants per temps de contacte inferior als 5 minuts és jugar a la ruleta russa.
  • El etanol resulta més efectiu que el lleixiu i això es una bona noticia per tos aquells materials que pateixen corrosió si entren en contacte massa sovint amb l’hipoclorit sòdic. Però també per les nostres mans i pell. A més és menys tòxic i més fàcilment gestionable ambientalment.
  • Potser no calen fer recerca, i despesa, en desinfectants més efectius i derivar esforços en aquest camp a aquelles àrees terapèutiques que precisen dels recursos.

La bona pràctica microbiològica ens ajudarà a mantenir-nos a distància dels materials contaminats o dels malalts infectats però totes les barreres que fem servir cal desinfectar-les abans d’eliminar-les o reutilitzar-les. I això és el que fan els desinfectants; els polis dolents, amb el que el poli bo (el metge, l’infermer, l’investigador) ha de tenir una confiança “absoluta”, si volen fer bona parella.

Però aquesta, aquesta és una altra història.

Enllaç: http://www.mdpi.com/1999-4915/7/4/1975

Comentaris virus-lents (114): El MERS es fa Coreanvirus, però manté la seva Corona.

Potser una sobre-reacció, explicable, i benvinguda, tenint en compte que Corea patí el SARS (Severe Acute Respiratory Syndrome) fa poc més d’una dècada, explica la petició de les autoritats de Seul a més de 1550 persones que es mantinguin en quarantena voluntària a casa seva després de haver compartit espais i potser converses en un simposi al que acudí un doctor, que ja es trobava malalt, ja experimentava símptomes, i que ha resultat infectat per MERS Coronavirus (confirmació laboratorial en data 1 de juny). Aquest doctor, “cadena de favors”, havia tractat a un pacient infectat amb MERS (Middle East Respiratory Syndrome) una setmana abans. Tenint en compte que el període d’incubació del MERS està al voltant d’una setmana, però es donen casos fins als 15 dies, pot ser una situació de reclusió feixuga per molts.

Des de que el virus arribà a Corea fa unes tres setmanes, ha provocat 4 morts (d’un total de 41 afectats, una xifra que quan llegiu aquestes línies segur que haurà augmentat) i les autoritats han decidir tancar temporalment més de 1000 escoles per prevenir la disseminació del virus. Com a conseqüència indesitjada sembla que milers de reserves de viatges i estades han estat cancel·lades (repetint, ara per ara a petita escala, l’escenari que es visqué el 2003-2003 amb el brot de SARS).

Aquest brot epidèmic de MERS a Corea és el més gran fora d’Aràbia Saudí, la seva zona habitual. Però tot és relatiu si ho comparem amb l’historial de casos (en vermell a l’extrem dret els casos coreans).

mers-epi-update-may 2015

I tot partí d’un cas índex que havia visitat la zona, que va tornar a començaments de Maig, va trobar-se malalt una setmana després i va ser finalment diagnosticat, a Corea, el 20 de Maig. A la fase inicial de la malaltia, just desprès de l’hospitalització i quan els símptomes es van agreujant és quan l’excreció de virus per part del malalt és més alta, i això per dates degué passar entre el 10 i el 20 de maig. Com un únic cas ha generat aquesta flamarada de casos secundaris pot tenir diverses explicacions i una apunta a que estem davant d’un “superspreading event” un situació de súper disseminació. Concretament en la seva estada a l’hospital, quan encara no havia estat diagnosticat (i per tant no s’aplicava cap mesura de contenció particular) va infectar a un mínim de 22 persones entre familiars, cuidadors i altres malalts. Per exemple, se sap per l’experiència del SARS, de fa més de 10 anys, que una de les vies de propagació del SARS fou la intubació dels pacients per fer front als problemes de ventilació respiratòria, amb la conseqüència indesitjada de provocar l’aerosolització de l’agent i la seva insidiositat, el fet que pogués arribar més lluny i amb més capacitat de penetració. Però en aquest cas, ara per ara, no se sap si aquest malalt va ser intubat o no.

MERS-CoV Superspreading event CGweth7WoAAKqSM

A l’esquema es veu el cas index i al voltant els casos secundaris que deriven d’infecció del primer. En alguns casos secundaris hi ha relacions entre ells i en alguns casos també comencen noves onades de propagació.

No deixa de ser sorprenent la rapidesa i la magnitud del brot ja que no es considerava que MERS pogués transmetre’s amb facilitats entre humans. I això era així perquè fins ara semblava interessar-se i afectar el tracte respiratori inferior, des d’el qual el camí fins a nous hostes és més llarg i difícil (per això la intubació els obre la porta, els dona una sortida més fàcil). De fet, la OMS espera encara més infeccions a Corea encara que s’esforça en assenyalar que “no evidence of sustained transmission in the community”. Per altra banda el sistema sanitari coreà és francament bo, sofisticat i modern però això no necessàriament redueix la transmissió vírica, i sí la cura dels malalts un cop es mostren els símptomes.

Sigui un superspreading event, que el virus hagi acumulat en aquest brot alguna mutació que l’hagi fet més transmissible o que els coreans (o els asiàtics) siguin més susceptibles al virus que altres poblacions o races, són explicacions esperant les seves proves.

Per conèixer sobre la seqüència genètica les autoritats coreanes enviaran mostres entre altres al Erasmus Medical Center a Rotterdam, per esbrinar si s’han donat canvis recents, a les darreres setmanes, respecte  a les seqüències ja reportades de MERS a Aràbia Saudí.

Però el tema ja no es sols coreà. Ja ha arribat a Xina, a la província de Guandong, d’on es creu s’originà el SARS. Un home de 44 anys que va visitar familiars hospitalitzats a Seul ignorà les ordres de quarantena i viatjà a Hong-Kong (26 de Maig) i va ser aïllat després de l’avís de les autoritats coreanes el 27 de maig. Les proves demostraren que era positiu a MERS el 29 de maig; la consecutivitat de les dates fa pensar que no ha tingut temps de desenvolupar simptomatologia i per tant, que l’aïllament serà efectiu. Per si de cas, però, les autoritats xineses han posat en quarantena 67 persones que van estar en contacte amb el pacient però…estan cercant 10 més que no troben (informació del 2 de maig). Fins ara, cap dels contactes que aquest home va fer en la seva escala a Hong-Kong ha mostrat cap símptoma de malaltia.

MERS-Koreacluster

La taxa de mortalitat del MERS Coronavirus esta actualment entre el 30 i el 40% dels infectats amb simptomatologia (si voleu més informació mireu entrades 7, 42, 56, 90). Majoritàriament els morts acompanyen la infecció amb condicionants de salut que els fan més vulnerables a la infecció, com problemes asmàtics, o malalties pulmonars cròniques.

Fa una setmana el comptatge global al Món permetia parlar de 1179 casos confirmats des de 2012 (fa tres anys, doncs) i un mínim de 442 morts, repartits en 25 països.

Com a virus recent, té menys de 3 anys a l’esfera de la sanitat pública, no hi ha vacunes ni tractaments terapèutics específics efectius. Com protegir-se, doncs? Aplicant velles receptes, que mai han de caure en l’oblit, com rentant-se sovint les mans i no portant-les a la boca o al nas, cobrir la tos i els esternuts amb mocadors de paper, descartar-los de forma segura i…rentar-se les mans, i evidentment evitant contacte “directe” amb malalts.

I en la vacuna s’hi treballa; hi ha projectes europeus sobre el tema. En un s’hi troba el Erasmus Medical Center de Rotterdam i IRTA-CReSA, on treballo. Algun dia caldrà parlar també d’això.

Però aquesta, aquesta és una altra història.