comentarisviruslents

Aquest blog és una seguit de comentaris personals i probablement poc transferibles sobre ciència i política.

Archivos en la Categoría: virologia ambiental

Comentaris virus-lents (213): Virus de la pesta porquina africana… com ens el traiem de sobre? Inactivació (1).

 

El virus de la pesta porquina africana (en endavant VPPA) s’ha detectat a Bèlgica fa unes poques setmanes en porcs senglars. Per més detalls podeu llegir l’entrada https://comentarisviruslents.org/2018/09/23/comentaris-virus-lents-211-porca-miseria-avanca-des-de-lest/ en aquest mateix blog. No hi ha noticia d’afectació a granges però en cas que hi hagués, com a mínim els animals de la granja afectada serien sacrificats…però què fem amb el VPPA excretat i secretat pels animals?. Què fem amb totes les superfícies, sales, estris, materials potencialment o realment contaminats amb VPPA? I ja no parlem dels vehicles de transport. Recordem que és un virus que s’excreta en quantitats importants (milions de virus per ml a les secrecions, desenes de milers per ml d’orina) i que persisteix raonablement al medi ambient.

 

porc senglar viquipedia

imatge de porc senglar (de Viquipèdia)

 

Si mirem la OIE trobaríem a l’enllaç Resistance to physical and chemical action dins la fitxa corresponent al African Swine Fever (veure http://www.oie.int/fileadmin/Home/esp/Our_scientific_expertise/docs/pdf/AFRICAN%20SWINE%20FEVER.pdf, tradueixo de l’anglès).

 

Molt resistent a baixes temperatures. Inactivat tèrmicament 56ºC per 70 minuts o a 60ºC per 20 minuts.

Òbviament això no és dir gairebé res perquè no se’ns diu res de dos factors fonamentals, la matriu en la que es troben els virus i el títol inicial dels mateixos, dos paràmetres cabdals en qualsevol estudi d’inactivació vírica; un exemple; ens poden dir que una etapa d’un procés (per exemple, l’assecat de llonganisses) ens garanteix una inactivació de 4 log10, és a dir que mata 10.000 virus al final de l’etapa. Si apliquem el procés a una mostra que conté 9.000 virus la mostra no tindrà infectivitat residual, no serà infectiva. Però si apliquem el mateix procés a una mostra que té 50.000 virus la mostra no quedarà del tot inactivada, podrà ser font secundaria d’una infecció. En ambdós casos, però, el procés ens ha eliminat 4log10. Per tant, aquesta dada és parcial.

 

Inactivat per pH inferior a 3,9 o superiors a 11,5 en medis lliures de sèrum. El sèrum incrementa la resistència del virus; per exemple, a pH 13,4 la persistència del virus arriba a les 21 hores en absència de sèrum i fins a 7 dies en presència de sèrum.

El sèrum és un conegut matèria interferent com ho és la matèria orgànica, les proteïnes. Altre cop el full de dades bàsiques de la OIE ens furta indicar els valors inicials i finals del títols vírics i quin valor numèric (en log10R) li assignen a la paraula “inactivació”. Tampoc quin tipus de materials interferents s’han fet servir, la temperatura del procés, si els assajos són en suspensió o bé sobre superfícies o fomites, etc.

 

(VPPA) és susceptible a èter i cloroform. Inactivat per 8/1000 hidròxid sòdic (30 minuts), hipoclorits – 2,3% clor (30 minuts), 3/1000 formalina (30 minuts), 3% orto-fenilfenol (30 minuts) i compostos iodats.

Aquí altre cop les mateixes queixes…incrementades. Es parla de dilucions però no sabem si aquestes dilucions es va aplicar a mètodes en suspensió o carrier (superfícies); no es parla de la temperatura, un paràmetre cabdal en la cinètica del desinfectants; pel que fa als hipoclorits no es fa esment a quines concentracions de matèria orgànica és efectiu, o si aquestes esmentades són efectives en presencia de mat. orgànica per exemple, femta; recordem que el lleixiu (hipoclorit sòdic) es veu afectat per la matèria orgànica. Altre cop no es parla que vol dir inactivat (3log10R? 4 log10R? 5 log10R?). Finalment, llevat del lleixiu i l’hidròxid sòdic la resta són poc o gens aplicables de forma massiva sobre superfícies, estructures o eines d’una granja afectada.

 

(VPPA) resta viable per períodes perllongats a sang, femtes i teixits, i a subproductes porquins no cuits o parcialment cuinats. Pot multiplicar en vectors (Ornithodoros spp.).

No aplica pròpiament perquè estem parlant més persistència que no inactivació però és una dada important perquè de vegades no fer res pot ser una opció. Els virus són estructures inermes, afectades pel medi ambient; la dessecació, les temperatures per sobre de 37ºC, la insolació amb el component de llum UV i altres factors que van inactivant virus sense cap intervenció humana…si sabéssim quan és suficient no caldria fer servir desinfectants, només caldria deixar la granja afectada en repòs, i completament lliure d’intromissions. Lamentablement és un procés que MAI parametritzarem bé i per tant, no és robust ni confiable.

 

Bé, aquesta entrada era nomes per situar el camp de joc…properament tornarem al tema de la desinfecció i inactivació, perquè pot ser crucial en cas d’entrada de VPPA a les nostres contrades. Cosa que no ha passat encara, però.

 

Disinfectant sprays

Amb això, obviament, no arribarem gaire lluny

 

Però aquesta, aquesta és una altra història.

Anuncios

Comentaris virus-lents (210): Ebola, uns comentaris amb data de caducitat.

Aquesta entrada no tindrà cap valor en unes setmanes però l’escric per recapitular una sèrie de conceptes.

 

Desè brot d’Ebola a República Democràtica del Congo….uns dies després de donar-se per acabar tel novè (havent passat 2 períodes de 21 dies que per conveni s’accepta com període en el que Ebolavirus ha d’haver mostrat simptomatologia evident en un infectat); el resultat final 54 casos (38 confirmats i altres 16 probables) amb 33 morts(17 confirmats i 16 probables, amb una letalitat del 60% aproximadament. Però aquesta convenció del període de 21 dies per Ebola ja va trencar a la darrera epidèmia (veure entrada https://comentarisviruslents.org/2014/10/22/comentaris-virus-lents-60-ebola-21-dies-i-no-no-es-una-pel%E2%80%A2licula/).

 

bleachbucketchallenge-629x413

 

Respecte al cas índex sembla que va ser una dona d’uns 65 anys a la localitat de Mangina que patí símptomes compatibles amb febre hemorràgica (febre, vòmits, hemorràgia nasal), morí i  fou enterrada seguint els costums locals. De resultes altres set persones de la família han mort.

 

Dos brots separats 2.500 km de distancia: el novè a nord-oest del país a la província de Equateur; aquest desè al nord-est del país, a la província de North Kivu. No necessàriament un és conseqüència de l’altre, caldrà esperar probes moleculars per conèixer la distancia entre ambdues soques…però probablement seran dues surgències d’un “continu” d’Ebola infra-diagnosticat i circulant EN aquests 2.500 km.

 

Altre dada preocupant és que en alguns malalts, Ebola esdevé “crònic”. Aquesta és una altra convenció que la darrera epidèmia va tombar. Primer perquè es va descriure que el virus pot restar infecciós al semen i al líquid llagrimall d’infectats que s’han guarit completament més enllà del sis mesos…veure https://comentarisviruslents.org/2015/10/16/comentaris-virus-lents-134-ebola-i-semen-una-historia-de-persistencia/ i https://comentarisviruslents.org/2016/01/28/comentaris-virus-lents-152-ebola-una-historia-interminable/ i no hi ha només per homes també per les dones…hi ha una descripció de transmissió del virus d’una dona gestant cap a la seva família (tres membres) molts mesos després (un any) de recuperar-se ella de la infecció. Possiblement la gestació va alterar el status d’immunitat de la dona i el virus re-emergí; tant la dona com el nadó presenten anticossos contra el virus. Per més detalls del cas: https://www.thelancet.com/journals/laninf/article/PIIS1473-3099(18)30417-1/fulltext. I per saber més d’ Ebola i immunitat… https://comentarisviruslents.org/2014/11/14/comentaris-virus-lents-65-ebola-i-sistema-immune/. Que amb 18.000 infectats recuperats s’hagi descrit això vol dir que puntualment, amb nombres d’afectats menor, aquest fenomen és potencialment repetible.

 

Tinguem en compte que les primeres dades parlen de 4 mostres positives d’un total de sis mostres recollides i que es parla ja de 20 afectats (morts) per febres hemorràgiques. Pel cap baix això vol dir un mínim de 3-4 setmanes de circulació davant dels ulls de tothom fins que l’acumulació de casos ha fet esclatar l’alarma. I estem parlant d’un país on això és relativament normal, i justament amb sistemes de vigilància encara alerta perquè estaven sortint del novè brot.

 

Se sap que la vacunació en anell ha funcionat a la perfecció en el novè brot. La vacuna de MERCK funcionà perquè CAP de les persones que l’han rebuda han emmalaltit, entre ells centenars de contactes, persones que havien estat en contacte proper amb infectats alguns mostrant simptomatologia.

 

Injectable-Drugs-Medicine-Vaccine-Bottle-Virus-Vial-600x337

 

 

Però aquesta vacuna es va dissenyar partint del “esquelet” de la soca Zaire de Ebola i no està clar que sigui efectiva per altres soques. Per sort, s’ha informat que el nou brot és de la mateixa soca per la quals cosa es podrà aplicar la vacunació en anell….probablement la setmana vinent segon les darreres informacions.

 

Però…North Kivu no es Equateur. Equateur era i és una província “pacífica”. North Kivu és una província amb milers de desplaçats i emigrats i amb bastanta violència, bé de fet és quasi zona de guerra…gent que no vol ser buscada i trobada…i en aquest escenari plantejar una vacunació de contactes que no volen ser trobats i exposar els equips de vacunació a una violència que pot ser letal resultarà problemàtic.

 

Les poblacions desplaçades suposen un increment en al pressió sobre l‘ecosistema; la manca d’aliments “tradicionals” com serien agrícoles o ramaders empeny a la gent servir-se dels boscos que els envolten i a capturar, esquarterar i menjar animals que poden portar Ebola, o exposar-se a ambients freqüentats per ratpenats que poden portar-lo a altres concentracions sense veure’s afectats.

 

A més, la zona torna a estar infestada (com al novè brot) de cursos fluvials i vies de comunicació amb dos països limítrofs com són Uganda i Ruanda…queda per veure si no hi arribarà.

 

Veurem com progressa tot plegat, però. Estem a les beceroles d’aquest brot i les dades explicades tenen data de caducitat propera. El que sembla cert és que Ebola aviat deixarà de ser una noticia puntual i pot esdevenir una noticia reiterada. Anirem aprenent lliçons com les generades a la darrera gran epidèmia… https://comentarisviruslents.org/2015/11/12/comentaris-virus-lents-140-llicons-apreses-de-lebola-fins-el-proper-setembre/. Amb una bala a la re-càmera, això sí, la vacunació en anell, que no teníem abans.

 

Però aquesta, aquesta és una altra història.

Comentaris virus-lents (207): Plouen els virus sobre els nostres caps.

 

En aquest blog hem parlat més d’un cop de la diversitat i l’enormitat numèrica dels virus, que porten a la Terra quasi tant temps que qualsevol forma de “vida”, si no més. Us recomano que re-visiteu… https://comentarisviruslents.org/2015/04/11/comentaris-viruslents-99-mes-virus-que-estels-al-firmament/ o https://comentarisviruslents.org/2015/04/16/comentaris-virus-lents-101-el-planeta-viral-es-fa-preguntes-ser-o-no-ser/https://comentarisviruslents.org/2015/05/19/comentaris-virus-lents-110-i-els-virus-cobriran-la-terra/.

 

earth_blue_planet_globe_219085

Un nou capítol del que és la “virosfera”, “viroma” en altres àmbits, es mostrà fa unes setmanes.

 

S’ha descrit (Reche et al., 2018) que a cada metre quadrat del planeta li cauen, diàriament, uns 800 milions de virus. Una afirmació rotunda, però que cal explicar.

 

El primer de tot és deixar l’egocentrisme, en aquest cas l’antropocentrisme, de banda. Tots aquests milions de virus no afecten al ésser humà, o sols ho podria fer una molt petita fracció. La immensa majoria dels virus afecten als bacteris, i els superen en nombre a la Terra. De fet a l’estudi que comentem també s’aïllaren bacteris però en un nombre inferior, entre 10 i 400 vegades menys, sols desenes de milions a la mateixa àrea.

 

Per altra banda, 800 milions de virus no vol dir 800 milions de virus infecciosos, amb possibilitat de propagar-se. L’estudi va traçar molecularment aquests virus, no va provar ni confirmar que tot aquest material genètic encara retingués la capacitat d’infectar l’hoste corresponent.

 

Aquesta detecció s’ha realitzat en condicions “especials” a 2.500-3.000 metres d’alçada, a les muntanyes de Serra Nevada, a Espanya. No està clar que aquest escenari, o comptatge, es repeteixi a nivell del mar, on es concentra la majoria de la població, i de fet les proves indirectes apunten a que la pluja seria “menor”.

 

Això implica que la rosada del mar, i les tempestes de pols són grans transportadors de virus. Lògicament els investigadors van trobar que les característiques de la majoria dels virus aïllats els hi feien assignar-los un origen marí. Només cal tenir present l’extensió d’aigua salada respecte les àrees continentals i el vent que molt sovint les remou i aixeca.

 

Un cop els virus als corrents atmosfèrics, sense obstacles per la fricció amb la superfície de la terra, poden teòricament viatjar llargues distàncies. Els virus, més “lleugers” que els bacteris, podrien restar en suspensió a l’aire per més temps i per tant recórrer majors distàncies. Els viatges intercontinentals serien, doncs, possibles però això no hauria de fer canviar l’epidemiologia de les malalties infeccioses, en les que juguen el seu paper la dosi, la via d’infecció i el portal d’entrada del patogen entre altres.

 

Però tot això apunta, de nou, al paper central que tenen els virus a la vida a la Terra tal com la coneixem: juguen papers en totes les facetes, des de la nostra microbiota intestinal però també la de la resta d’animals, fins el nostre sistema immunològic, o fins l’evolució d’ecosistemes terrestres i marítims, la regulació del clima i l’evolució de les espècies. Els virus contenen una gran quantitat de gens que són desconeguts, i poden repartir-los a les espècies a les que infecten; de fet entre el 40 i el 80% del nostre genoma, el genoma humà, es relaciona amb infeccions passades degudes a virus ancestrals (Parrish and Tomonaga, 2016); més en detall i tot, el nostre ADN conté més de 100.000 fragments virals, de seqüències originades a partir de retrovirus que ens infectaren en temps pretèrits.

 

Potser som pols d’estrelles però també podem afirmar que som una obra, en bona mesura, viral.

 

Però aquesta, aquesta és una altra història.

 

 

Referències

  1. Moots, H. (2016). What Percent Virus Are You? FiveThirtyEight. A: https://fivethirtyeight.com/features/what-percent-virus-are-you/

  2. Parrish NF, and Tomonaga K (2016) Endogenized viral sequences in mammals. Curr Opin Microbiol. 31:176-183. doi: 10.1016/j.mib.2016.03.002. A: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/27128186

  3. Reche I, D’Orta G, Mladenov N, Winget DM and Suttle CA (2018). Deposition rates of viruses and bacteria above the atmospheric boundary layer. The ISME Journal 12:1154–1162. doi:10.1038/s41396-017-0042-4. A: https://www.nature.com/articles/s41396-017-0042-4

 

Comentaris viruslents (204): Homenatge als virus desconeguts…bacterians.

 

Llegir ciència als diaris és engrescador per dos motius; perquè sempre és bo que la ciència arribi al públic i s’ha de valorar i felicitar a tothom que ho practica i perquè de la lectura crítica de cada article (ningú és perfecte!!) poden sortir comentaris addicionals (que de fet és també un clàssic científic, on és freqüent que les troballes més engrescadores siguin laterals al tronc principal de la recerca pròpia).

 

Fa un dies, El Pais, un desastre de libel si parlem de Catalunya però un diari que encara s’interessa per divulgar certa ciència publicava “A la caza del virus desconocido que amenaza la humanidad” (enllaç https://elpais.com/elpais/2018/02/22/ciencia/1519322760_187107.html). El cos de la noticia és correcte però hi ha algunes errades o mitges veritats que convé ressaltar.

 

“El virus que provoque la siguiente gran pandemia puede estar agazapado en el interior de un animal esperando su momento para saltar al primer humano”…potser no cal ser tan poètic. Els virus no “esperan momentos”; els virus no tenen consciència, de fet fins i tot s’ha dubtat de si els virus estan vius o són essers vius (per més detalls podeu consultat una entrada prèvia https://comentarisviruslents.org/2015/05/01/comentaris-virus-lents-105-i-si-els-virus-no-fossin-els-virions/). Els virus tampoc estan “agazapados” per la senzilla raó que repliquen i es propaguen a la seva conveniència i no tenen perquè mostrar-se. De fet mostrar-se, generar una infecció aguda que pot acabar amb la mort de l’infectat pot ser un mal negoci pel virus, que es queda sense l’energia i els elements per mantenir la seva propagació; és per això que es diu que el virus més adaptat és aquell que es propaga sense malmetre (excessivament) el seu hoste, en una relació més propera al parasitisme benigne, fins i tot al comensalisme.

 

L’errada seriosa la tenim poc després, i reflecteix el nostre antropocentrisme, o animalcentrisme si volem. Diu …” quedan por descubrir alrededor de 1,67 millones (fantàstica previsió ajustada!!) de especies que habitan dentro de mamíferos y aves, los huespedes más habituales de estos microorganismos.” El primer de tot és que és una noticia relativament “antiga”; ja el 2013 es parlava que com a mínim tindríem un milió d’espècies víriques damunt al Terra, de les quals 320.000 ho serien de mamífers (http://www.virology.ws/2013/09/06/how-many-viruses-on-earth/). Però és que el concepte “huespedes más habituales” és una errada radical. Per què són més habituals? Tenen potser els virus preferència pels vertebrats? Si assumim que els virus no són conduits per una força directriu i tenim en compte que hi ha 50 milions de cèl·lules bacterianes en un gram de terra o més de 10 milions de bacteris en un mil·lilitre d’aigua (veure enllaç https://cosmosmagazine.com/biology/hidden-in-plain-sight-massive-new-family-of-ocean-virus-uncovered), de veritat pensem que no hi ha virus que no s’aprofitin d’aquests números? De veritat pensem que les Archea (antigament incloses dins dels bacteris) i els bacteris, que porten sobre la terra desenes, centenars de milions d’anys més que els vertebrats, els mamífers, no han patit l’atac víric des de molt abans i que els virus no han tingut molt més temps per anar-se diversificant amb i en aquests hostes procariotes? Que uns paràsits obligats com són els virus estan menystenint la possibilitat de propagar-se en 10 elevat a 31 organismes procariotes, un 10 seguit per 30 zeros (enllaç http://phenomena.nationalgeographic.com/2013/02/20/an-infinity-of-viruses/ o una prèvia entrada en aquest blog https://comentarisviruslents.org/2015/04/11/comentaris-viruslents-99-mes-virus-que-estels-al-firmament/)?.

De bacteriòfags, que és la manera que tenim de denominar els virus de bacteris n’hi ha una legió…molta d’ella fantasma, sense descriure.

 

Encara que les dades d’un estudi molt citat (Whitman et al, 1998), que calcularen la biomassa bacteriana i la feren molt propera o quasi equivalent a la de les plantes, no sigui del tot correcte, de ben segur els hostes més habituals pels virus no seran els eucariotes, si no els procariotes, els bacteris i les Archea, i la diversitat bacteriofàgica serà també major. Altra cosa és que els prestem tanta atenció.

 

Però aquesta, aquesta és una altra història.

 

 

Referències

Whitman et al., 1998. Prokaryotes: the unseen majority. Proc Natl Acad Sci U S A. 95(12):6578-6583. Enllaç a: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/9618454

Comentaris virus-lents (202): I en això arriba l’aigua crua. Crua estupidesa.

La darrera moda nutricional, que no la final, bé, potser sí per alguns, que s’ha desfermat als Estats Units i que perilla que arribi a Catalunya (sempre hi ha, a tota població, un percentatge de snobs) és el consum de “aigua crua”. És un retorn a la natura més pretèrita i “silvestre” i el seu lloc d’origen, un sarcasme més, ha estat Silicon Valley, el bressol de la tecnologia que consumim.

 

No és país per pobres, però. Cada gerra de 2,5 litres d’aigua crua es pot vendre en aquell lloc al preu gens barat d’uns 30 euros al canvi.

 

I que és l’aigua crua? Coneixem l’aigua de riu, l’aigua continental, l’aigua potable, l’aigua de mar però “aigua crua”? Doncs “aigua crua” és aigua sense processar (habitualment filtrar) ni esterilitzar (habitualment desinfectar). I aquí està el quid, en el retorn a allò no manipulat, a la natura, ha fet forat el fet que es comercialitzi com un aigua “externa a la xarxa municipal o estatal”, que no conté additius ni desinfectants, ni es sotmesa a cap filtració més enllà de la natural, la qual cosa faria aquesta aigua rica en minerals. Eslògans com “Naturally probiotic. Perfected by nature” en alguna d’aquestes aigües van en aquesta direcció.

 

Que qualsevol persona, benintencionada o no, que disposi d’un accés a aigua subterrània pugui obtenir grans quantitats d’aquesta aigua sense sotmetre-la a cap mena de control sanitari i obtenir grans beneficis no sembla generar gaire preocupació pels clients.

 

Existeixen determinades fonts, brolladors, aiguaneix i surgències que poden no necessitar cap mena de filtració, o tractament, i poden embotellar-se directament, però sempre hi ha controls microbiològics. Altres fonts i brolladors poden contenir una gran diversitat de bacteris, i virus (podeu consultar diverses entrades de norovirus en aquest blog), en concentracions variables durant l’any, que poden provocar diarrees benignes o severes i en determinats casos i per segons quin col•lectius mortals.

 

font cano-1081081_1920

 

Però és que a més, aquesta “aigua crua”, com aigua no tractada i per tant aigua no analitzada pot contenir vessaments de tractaments agrícoles (pesticides) però també elements químics naturals com arsènic, radó, urani, a concentracions per sobre dels límits legals.

 

L’existència d’un sistema de tractament centralitzat (si està en mans públiques o privades és tota una altra discussió) de l’aigua potable, o de beguda, i la seva posterior distribució a cases particulars és un actiu imprescindible, que com a país, donem per assumit però com a planeta està molt lluny d’haver-se assolit. Hi ha centenars, milers de milions de persones al mon que no tenen aquest “luxe”. De fet la segregació de les aigües residuals d’aquelles destinades a consum i el posterior tractament d’aquestes darreres estan al darrera de la desaparició del còlera a Europa i Nord Amèrica però també del gran increment en l’esperança de vida humana que ha donat un salt de més de 30 anys des de 1900 fins 1970, per exemple.

 

El 2015, les malalties diarreiques causaren més de 1,3 milions de morts al planeta i fou la quarta causa de mort entre infants per sota de 5 anys d’edat. Rotavirus fou l’agent causal més habitual (per sobre dels 200.000 morts) seguit per Shigella spp i Salmonella spp. Per sota dels 5 anys, Cryptosporidium spp també tingué un paper rellevant. Per més detalls consultar: http://www.thelancet.com/journals/laninf/article/PIIS1473-3099(17)30276-1/fulltext. Aquests patògens poden estar presents en aigües naturals no tractades.

 

Fins i tot, l’aigua potable, l’aigua de distribució o aigua processada vilipendiada per aquest col•lectius snobs pateix episodis de contaminació. Així segons la Organització Mundial de la Salut (OMS), l’aigua potable contaminada causa 502.000 morts por diarrea a l’any, encara que es un producte que teòricament ha passat per tractaments de filtrat i desinfecció (habitualment clor o ozó)…però que moltes vegades es torna a contaminar per deficiències en el procés de distribució. Si voleu més detalls i dades aneu a http://www.who.int/mediacentre/factsheets/fs391/es/. Per tant el mal que pot fer un aigua crua que no es trobarà més a la vora d’un desinfectant que la distància entre el lineal de les aigües al lineal de productes de neteja d’un supermercat, pot ser molt gran.

 

De fet les aigües naturals poden portar paràsits com Giardia spp i Cryptosporidium spp, que arriben a través de les femtes d’animals bovins, i que són molt residents a les condicions ambientals i als tractaments desinfectants. Aquest és un dels motius pels que no convé beure aigua de rierols o corrents de prats o zones amb abundants ramats o poblacions de cérvols, isards, cabirols, si és que no ha estat ben desinfectada o bullida abans de ser consumida.

 

manantial

 

Aquests genis del màrqueting que proposen un retorn al “producte natural” com és l’aigua crua poden argüir (fins i tot sense proves) que la seva serà un aigua rica en minerals (?) però nosaltres podem afegir que també rica, ben carregada, d’elements tòxics, matèria orgànica sense caracteritzar, bactèries i paràsits. Aparteu de mi aquest calze, si us plau.

 

Però aquesta, aquesta és una altra història.

Comentaris virus-lents (197): Treballar amb artròpodes infectats a NBS3; ser picat o no ser picat? Vet aquí la qüestió-i 3.

 

En una instal·lació en la que es treballi amb vectors artròpodes (en el nostre cas mosquits) cal tenir clar el nivell de contenció a aplicar en cada moment. Us poso una taula que vaig presentar en una conferència (EBSA 2017, veure entrada a https://comentarisviruslents.org/2017/04/19/comentaris-virus-lents-192-conferencia-ebsa-to-be-or-not-to-be-safe/) fa uns dies i us l’explico.

 

ACL table-2

 

En un ACL1 (Arthropod Containment Level 1) hi maneguem els vectors autòctons ja establerts al nostre ambient (i per tant difícilment en tindrem nosaltres més a dins que els que hi han a fora) i aquells vectors exòtics pels que és inviable la seva supervivència exterior, sempre i quant no estiguin infectats amb cap patogen que afecti éssers humans o animals. La impossibilitat de supervivència exterior té a veure bàsicament amb consideracions climàtiques.

 

Al ACL2 es planteja la manipulació d’artròpodes autòctons o exòtics infectats amb microorganismes de grup de risc 2, o GR2, o mosquits modificats genèticament sempre i quan aquests modificacions siguin neutres o fins i tot negatives per paràmetres crítics del mosquit com viabilitat, rang d’hostes, fitness reproductiu, etc.

 

I els nivells ACL3 i ACL4 van marcats directament pel grup de risc del patogen manipulat. A un virus de GR3 li correspondria un NBS3, i en el cas que s’inoculi aquest virus en un mosquit, encara que aquest sigui autòcton, haurem de treballar sota un ACL3. I el mateix passaria amb un GR4, que requerirà al final un ACL4.

 

No parlarem extensament de la feina al meu centre, IRTA-CReSA, on es treballa en competència vectorial amb un seguit de virus de GR3 com són West Nile virus, Rift Valley Fever virus, Chikungunya, virus dengue i ara darrerament Zika (encara que aquest és un patogen GR2), per això millor aneu al blog específic del centre CReSA & the city, http://www.cresa.cat/blogs/sociedad/ però sí que acabarem aquest seguit d’entrades relacionades amb unes consideracions finals sobre la manipulació d’artròpodes infectats en condicions de contenció.

 

englisch_biostoffv-G-wordml02000001

 

Consideració 1: Les avaluacions de risc s’han de fer cas a cas, per a cada estudi. No serà el mateix treballar amb Aedes albopictus i Zika que amb Aedes aegypti i virus dengue, per exemple. I poso aquesta combinació de casos perquè és una mica excepcional. Expliquem-ho. Que és Aedes aegypti? Un vector exòtic al nostre territori, així que com a mínim li assignaríem un ACL2 (no podem assignar-li un ACL1 perquè si s’escapés aquest sí que té possibilitats d’establir-se a les nostres contrades). I l’apugem al ACL3 al treballar-hi en combinació amb el virus dengue, un virus exòtic i de GR3. Per contra, Aedes albopictus està completament establert a tot el Llevant de la península, per tant podria ser considerat un ACL1 per si sol; Zika està categoritzat com un virus de GR2, i nosaltres la combinació artròpode-virus la treballem a NBS3, si bé amb modificacions pel que fa als protocols i nombre i disposició d’EPIs, precisament per evitar que se’ns escapi un mosquit infectat amb Zika, que no està al nostre territori, i pugui establir un cicle autòcton de replicació amb els problemes de salut pública que això suposaria. A Brasil, on Zika ja està establert, aquests estudis es podrien fer en condicions ACL2.

 

Consideració 2: El treball amb artròpodes pot arribar a ser molt fi, i requerir molta precisió. Es fan disseccions de mosquits infectats, òbviament amb lupes i tècniques precises. Tots aquests treballs, com també l’obtenció de saliva de mosquits a partir de les seves glàndules salivars es veurien dificultats si carreguem els nostres treballadors d’un nombre d’EPIs excessius i en alguns casos inútils o si col·loquem massa barreres entre ells i el material amb el que treballen. Per tant, mantenint la bioseguretat, cal facilitar la feina a l’investigador, ja que si no, se li està portant a la vora de l’incident o l’accident. De fet, un element paradigmàtic quan es treballa a NBS3 és que sempre cal fer servir la CSB per a qualsevol treball experimental. Això per mosquits és bastant difícil si no impossible, ja que els mosquits anestesiats o adormits per a ser manipulats, si no estan continguts en capses o recipients, poden ser arrastrats pel corrent d’aire, el flux, de la pròpia CSB.

 

Consideració 3: Sempre que sigui possible, per exemple a les disseccions, treballar amb el mosquit mort i no amb el mosquit anestesiat (es fa deixant el mosquit sobre una placa que deixa anar CO2, per exemple). Treballar amb el primer garanteix més seguretat ja que no es pot despertar i aixecar el vol, amb el problema que això suposaria.

 

Consideració 4: Una màxima del control de riscos és si no eliminar-los sí reduir aquests el més ràpidament possible. Si es vol fer extraccions d’àcids nucleics per esbrinar si un patogen s’ha disseminat pel mosquit (recordeu que cal que el virus no solament sigui xuclat si no que ha de travessar el sistema digestiu del mosquit i disseminar-se per ell fins arribar a les glàndules salivars perquè el mosquit pugui infectar) res més fàcil i segur que agafar una fracció d’aquest i posar-lo en un tub que contingui un tampó de lisi comercial (són solucions d’agents caotròpics que desnaturalitzen i inactiven proteïnes i permeten recuperar després els àcids nucleics). Aquest tub encara que contingui una pota, o un cos de mosquit infectat, té la consideració de no infecciós o inactivat i es pot treballar en condicions de bioseguretat menys estrictes, i per tant es redueixen les probabilitats d’accidents amb material infecciós.

 

Consideració 5: Seguint amb la màxima de control de riscos anterior, l’accés a les àrees experimentals d’estudis de competència vectorial està fortament restringida. Només el personal que hi treballa i personal de gestió o control d’instal·lació hi té accés (no els serveis de neteja, no els serveis de manteniment extern o de calibratge d’equips), que sap el que ha de fer en cas d’incidents o accidents.

 

Consideració 6: Expect the unexpected. Sempre cal tenir plans de contingència. En el món dels artròpodes això es fa amb dues eines molt senzilles però efectives. Una, el comptatge dels subjectes experimentals. Als laboratoris d’artròpodes, durant els processos experimentals es compten els animals contínuament, al començament i al final de cada dia, i els comptatges han de coincidir. Això garanteix que no hi ha cap escapament. Si el comptatge no és idèntic s’ha de rastrejar, trobar i eliminar l’espècimen que s’ha alliberat. Això pot semblar difícil però és aquí on entra la segona eina. Entre l’artròpode, infectat o no, i l’exterior s’han posat prèviament una sèrie de barreres per dificultar la seva sortida i facilitar que pugui ser trobat i eliminat. Els panels de les habitacions de treball són llisos i clars (blancs); hi ha sistemes (un o més d’un) de dues portes commutades, que no es poden obrir alhora, on la gent que transita està estones curtes confirmant visualment l’absència d’espècimens; el personal es sotmet com a mínim a una dutxa de sortida (pot ser d’aigua però també d’aire, sols que en aquest cas és un corrent molt potent d’aire) en un sistema de doble porta també commutada per arrastrar contaminants; en cadascun d’aquest compartiments entre barreres hi ha sistemes de captura, trampes de llum o de CO2, trampes adhesives, etc. Tot això, que superposat pot suposar de 5 a 7 ó 8 barreres que ha de travessar l’insecte, fa gairebé impossible el seu escapament (i recordem que el cicle biològic del mosquit fa que aquesta amenaça s’estengui per un període d’uns quants dies, unes poques setmanes).

 

I amb això acabem aquest curt passeig per la bioseguretat i els seus nivells, la biocontenció, i el maneig d’artròpodes infectats. Però com ja hem dit cada cas experimental serà sempre un cas nou, un cas diferent.

 

Risk assessment triad

Però aquestes, aquestes són altres històries.

Comentaris virus-lents (196): Treballar amb artròpodes infectats a NBS3; ser picat o no ser picat? Vet aquí la qüestió-2.

 

Com dèiem a l’entrada anterior, i resumint d’una entrada encara més prèvia (enllaç https://comentarisviruslents.org/2014/08/01/comentaris-virus-lents-29-grups-de-risc-nivells-de-bioseguretat-i-avaluacio-de-risc/) i explicant-ho d’un altra manera, distingim 4 nivells de bioseguretat (o biosafety levels); 2 són nivells molt habituals i els altres dos són nivell d’alta contenció: high containment, alta contenció, o nivell de bioseguretat 3, NBS3,  i màxima contenció (nivell de bioseguretat 4 o Biosafety Level 4, BSL4).

 

englisch_biostoffv-G-wordml02000001

 

Tot comença amb el nivell de bioseguretat 1. Per aquest només cal unes mínimes proteccions com una bata de laboratori correctament portada, un parell de guants, i una bona pràctica microbiològica (que entre altres coses exigeix un rentat de mans sovint, sempre que es canvia d’activitat i en acabar aquesta). Aquell nivell és fonamental perquè la gent que no sàpiga treballar realment bé en aquest nivell portarà vicis i males pràctiques cap els nivells superiors i un element de protecció individual (EPI) mal portat en nivells de bioseguretat superiors no protegirà d’una infecció.

 

Al nivell de bioseguretat 2, on manegem patògens que poden provocar malalties, no massa greus, en éssers humans, pels que tenim vacunes i tractaments, i que tenen una baixa probabilitat de transmissió als treballadors, i a la comunitat, sí s’implementen ja barreres primàries. És un nivell en el que es comença a filtrar l’entrada de personal al laboratori, s’adverteix del perill biològic per rètols i senyalitzacions. En aquest nivell el personal ja treballa amb bata de laboratori i guants per a totes les activitats, i si és necessari protecció respiratòria en forma de mascaretes, i fa servir un element de barrera primària com són les cabines de seguretat biològica (CSB) uns espais que, per un flux unidireccional d’aire filtrat, poden contenir els potencials aerosols de mostres i cultius perquè no afectin el treballador. A més, els residus generats ja són sotmesos a tractaments d’esterilització per autoclau.

 

Al nivell de bioseguretat 3, ja un nivell de alta contenció, les mesures s’extremen però no tant pel treballador si no per protegir al medi ambient i la comunitat. L’accés ja està restringit per lectors biomètrics, o digitals, o claus. El personal treballa amb roba específica que es descontamina dins la instal·lació prèviament a la seva bugada. El treball en CSB és obligatori per a tot mostra i cultiu (no es pot treballar en bancada amb mostra no inactivada). Els EPI són més abundants (l’ús de protecció respiratòria és més freqüent) i és norma a molts laboratoris portar doble guant (en alguns casos, sobre tot en treballs amb animals infectats, triple guant), per tenir sempre una capa segura si l’externa es veu afectada/contaminada. El salt, però, es dona a nivell de barreres secundàries, o d’instal·lació: pressió negativa en tot el laboratori, que genera una corrent oposada a l’escapament de microorganismes; dobles portes commutades a entrada i sortida de personal; segellament de totes les fissures o penetracions per aïllar el màxim el laboratori (el laboratori no té finestres o les té segellades a la paret, sense fissures per l’aire); tot l’aire és filtrat de forma absoluta prèviament a la seva sortida del laboratori; tots els residus són autoclavats, com a mínim un cop, abans de sortir de la instal·lació en autoclaus que estan dins la instal·lació; tots els efluents (aigua de piques, medis de cultiu, aigües de dutxes de personal, perquè el personal habitualment es dutxa a la seva sortida per garantir que si porta res patogen quedi arrastrat per l’aigua altre cop dins la instal·lació) són també inactivats químicament o tèrmicament, etc.

 

El nivell de bioseguretat 4, és on es manipulen patògens que provoquen generalment una greu o molt greu malaltia humana o animal i que es transmeten fàcilment d’una persona (o animal) a una altra, directament o indirectament. Per ells no hi ha disponibles tractaments i mesures preventives eficaces. Aquest NBS4 (o BSL4 en anglès) és el nivell de màxima contenció i en ell no s’incrementen en excés les barreres secundàries, aquelles que protegeixen a la comunitat i al medi ambient, que ja s’havien millorat força a NBS3;  el que es fa es assegurar el seu funcionament afegint més controls o sistemes redundants que fan que si falla un sistema en salti un altre al seu rescat, i es dona un pas més aïllant al treballador de les mostres ja que se’l fa treballar en un tipus especial de CSB, les de classe III, i/o se’l fica dins de vestits segellats de pressió positiva (per evitar entrada del patogen) i amb subministrament d’aire net des de l’exterior mitjançant mànega, la qual cosa els confereix un aspecte una mica astronàutic. A més quant surten de l’instal·lació el personal ha de rebre una dutxa química mentre encara porta el vestit posat, que arrastra i inactiva qualsevol patogen que hagi quedat adherit en la seva superfície.

 

Però, com portem aquest nivells de bioseguretat al camp dels artròpodes, i essent més específics, al camp dels mosquits vectors de malalties i als estudis de la seva competència vectorial (per saber més de competència vectorial aneu a l’entrada https://comentarisviruslents.org/2015/12/27/comentaris-virus-lents-146-competencia-vectorial-o-quan-la-competencia-ens-fibla-de-veritat/)? Perquè els mosquits tenen ales i volen, i ja us dic jo que la pressió negativa dels laboratoris no impedirien el seu escapament. La pressió negativa als laboratoris de microbiologia s’ha dissenyat per fer front a elements passius, pols i micro-gotes, aerosols, que es mouran sempre en la direcció del flux d’aire, fet aquest que no podem aplicar als mosquits.

 

Doncs bé, totes les classificacions dels nivells de contenció dels mosquits per fer estudis de competència vectorial, com els contenim quan estiguin experimentalment infectats, apliquen els nivells de bioseguretat microbiològics. El missatge és que la patogenicitat d’un agent infecciós (virus, bacteri, paràsit, etc.) ha de ser la consideració més important a l’hora d’avaluar el risc d’un vector artròpode infectat; com més greu és la malaltia microbiològica vectorizada per l’artròpode més alt és el risc i la seva necessitat de contenció i com la malaltia és causada pel microbi els nivells a aplicar són els microbiològics. Ja veurem però, que es fan adaptacions.

 

a_aegypti_0--620x349

Però també caldria tenir en compte les consideracions ecològiques; què passa si treballem amb un vector exòtic, un mosquit, potencial transmissor de malalties, encara que la nostra colònia no estigui infectada, si aquest s’escapa a l’exterior, un exterior amb un clima que afavoriria el seu establiment i propagació? Això també exigeix preocupació i un cert nivell de contenció, no?

Doncs això, que continuarà.

 

Però aquesta, aquesta és una altra història.

Comentaris virus-lents (195): Treballar amb artròpodes infectats a NBS3; ser picat o no ser picat? Vet aquí la qüestió-1.

 

Les malalties infeccioses transmeses per artròpodes poden ser molt greus, incapacitant per mesos o anys, o ser mortals, estan molt esteses i s’estan expandint.

 

Actualment ja representen més del 17% de totes les malalties infeccioses, causant més d’1 milió de morts anualment. Més de 2.500 milions de persones en més de 100 països estan en risc de contraure el dengue. La malària causa més de 400.000 morts a l’any a tot el món, la majoria d’ells nens menors de 5 anys. Altres malalties, com la malaltia de Chagas, la leishmaniosi i l’esquistosomiasi afecta centenars de milions de persones a tot el món. Chikungunya ha passat com una onada sobre el Carib i més recentment Zika des de Brasil també ha passat el corró sobre tota Sud-Amèrica i Centre-Amèrica i Carib.

 

a_aegypti_0--620x349

I a més, com a conseqüència de l’escalfament global que desplaça els vectors cap a zones més septentrionals, com la conca mediterrània i més al nord, aquestes malalties truquen ja a la nostra porta.

 

Independentment del seu rang geogràfic creixent cal fer recerca controlada amb els patògens que porten aquests vectors (mosquits, tàvecs, paparres, puces, etc.) i per això calen instal·lacions d’alta seguretat biològica que efectivament continguin tant el patogen com el mosquit perquè els productes dels experiments, mosquits infectats, no arribin a la comunitat, a casa teva.

 

Quan manipulen un mosquit, o una colònia de mosquits podem fer una avaluació directa o indirecta del risc. L’avaluació directa és fàcil, em picarà?, no em picarà?, m’infestarà l’habitació o l’edifici?. Aquesta avaluació empal·lideix quan pensem en els efectes indirectes, que es basen en la morbilitat i mortalitat degudes als patògens que aquests mosquits portarien al seu interior, i que poden ser letals per humans…i animals. És aquesta avaluació indirecta la que liderarà les nostres aproximacions a les barreres de biocontenció i procediments a implementar.

 

L’avaluació del risc per binomis vector-patogen (ja sigui virus, bacteri o paràsit) és encara molt qualitativa perquè molts dels paràmetres no tenen encara quantificació possible i en altres casos la informació és senzillament inexistent. Això determina una tensió entre una aproximació conservativa (pensar que tots els elements que intervenen són altament perillosos) i una judici subjectiu més benvolent. No tenim ara mateix un algoritme que puguem alimentar amb dades i que ens doni un valor o unes recomanacions concretes.

 

Abans de començar a treballar amb el binomi vector-patogen ens hem d’asseure i plantejar-nos algunes qüestions.

  • Està el vector artròpode amb el que volem treballar ja present al nostre territori, o és exòtic? No seria el mateix treballar amb Aedes albopictus (mosquit tigre) del que pot haver més en alguns jardins que dintre d’un box experimental que amb Aedes aegypti, espècie exòtica a Catalunya (s bé fa menys d’un segle no diríem el mateix).

  • Si aquest vector és exòtic, és probable que s’estableixi al territori temporal o permanentment si se’ns escapés?

  • Els agents patògens amb els que treballarem també estan presents al territori o són exòtics?

  • Si els agents amb els que treballem són zoonótics, el reservori animal està present al territori? És a dir, si se’ns escapa el mosquit infectat aquest trobarà un animal susceptible que en ser picat propagarà el virus i permetrà que altres mosquits en alimentar-se iniciïn de nou el cicle?

  • Podríem controlar o eradicar l’artròpode per mètodes tradicionals si s’escapés?

  • Poden emprar estirps de mosquits que tinguin alguna discapacitat fisiològica que limiti la seva viabilitat si s’escapen?

 

Com veieu mirem molt, en aquest a primera aproximació, cap enfora. Tot va de que passaria si l’artròpode s’escapés, fins i tot artròpodes no infectats, perquè no volem que una nova espècie s’implanti en un territori, nova espècie que podria ser la pista d’aterratge per a la futura transmissió de nous patògens, aquest no introduïts experimentalment o encara no presents naturalment.

 

Això fa sorgir naturalment la següent pregunta, cóm ho fem per prevenir el seu escapament i aquí cal dir que no hi ha cap regla general o una aproximació universal als nivells de contenció per artròpodes. Agafem en préstec els nivells de bioseguretat i els mesures i protocols marcats pels patògens i el seu nivell de risc (mireu entrada 29, https://comentarisviruslents.org/2014/08/01/comentaris-virus-lents-29-grups-de-risc-nivells-de-bioseguretat-i-avaluacio-de-risc/) i els adaptem sempre amb un ull en les conseqüències ecològiques…Si se’ns escapa un vector, no infectat, que pot transmetre la malaltia X en una zona endèmica de aquesta malaltia X estem afegint un risc suplementari d’incrementar la transmissió que no es dona si aquest escapament es fa en una regió on aquesta malaltia X no existeix, per exemple.

 

L’avaluació del risc cerca reduir, en el millor cas eliminar, el risc. I això es pot assolir a quatre nivells:

  • Eliminant les exposicions potencials (si el nostre objectiu es treballar amb un binomi vector-patògens això no ho podrem fer però si podem minimitzar l’exposició; emprant els mínims volums de patògens o mosquits, reduint el nombre de persones involucrades, etc.)

  • Actuant sobre els controls d’enginyeria, control de processos, o sobre la tecnologia de la instal·lació (pressions negatives, dutxes de sortida del personal, autoclaus murals on site, sistemes de doble comporta commutada, inactivació química de tots el efluents, filtració HEPA de l’aire de sortida), sense que es mal interpreti, en alguns moments matant mosques a canonades.

  • A nivell de protocols i procediments de treball: fent procediments clars i segurs, treball en equip, eliminat objectes punxants sempre que sigui possible…poques coses hi ha més perilloses que llancetes o altres estris punxants en un laboratori on es treballi amb mosquits i virus, pel perill de transmissió percutània. Un altra activitat que minimitza el risc seria fer experiments amb mosquits en època hivernal quan els artròpodes escapats serien anihilats per les condicions ambientals adverses en hores o dies…però dissortament molts dels mosquits amb les que treballem entren en diapausa, en un període d’inactivitat hivernal que no fa possible aquesta aproximació.

  • Emprant equips de protecció individual, que protegeixen el treballador però l’abús dels quals pot fer tan feixuga la feina que condueixi o ajudi a que es donin accidents per inseguretat.

 

Combinant mesures d’aquests quatre nivells de control de risc és com es defineixen els nivells de bioseguretat, també quatre, establerts a diferents guies; la guia de la Organització Mundial de la Salut (OMS), la guia del Center for Disease Control and Prevention, CDC (titulada Biosafety in Microbiological and Biomedical Laboratories o BMBL), la guia del govern canadenc (Canadian Biosafety Standard (CBS) Second Edition a https://www.canada.ca/en/public-health/services/canadian-biosafety-standards-guidelines/second-edition.html), etc. Com veieu, cap estàndard universal, encara que tots prou semblants, per fer-se cadascú un vestit una mica a mida. Continuarà.

 

Perquè aquesta, aquesta és una altra història.

Comentaris virus-lents (193): A voltes amb el virus Crimea-Congo, tot un paparra.

Fa uns quanta mesos vam dedicar un parell d’entrades a les primeres infeccions en humans del virus de la febre hemorràgica Crimea Congo a Espanya. Per recordar els fets i algunes opinions us recomano aneu als enllaços de l’entrada 179 https://comentarisviruslents.org/2016/09/10/comentaris-viruslents-179-crimea-congo-i-la-onada-passa-per-ara/ i a l’anterior, entrada 178, https://comentarisviruslents.org/2016/09/02/comentaris-virus-lents-178-el-virus-crimea-congo-infecta-a-espanya-perque-arribar-el-que-es-diu-arribar-ho-va-fer-fa-uns-anys/

 

Ara, entre altres, el diari EL Pais publica les dades principals d’un estudi coordinat pel Ministerio de Sanidad, Servicios Sociales e Igualdad que ha detectat la presència de paparres infectades amb el virus de la febre hemorràgica de Crimea-Congo (en endavant FHCC) a diverses zones de Madrid, Castilla-La Mancha, Extremadura i Castilla y León. Per llegir la noticia en tota la seva literalitat anar a… http://politica.elpais.com/politica/2017/04/21/actualidad/1492762759_727863.html?id_externo_rsoc=TW_CC.

 

Breument, s’analitzaren un total de 9.500 paparres obtingudes d’animals silvestres i ramats domèstics. Del total de mostres, unes 300, del gènere Hyalomma, i concretament de forma majoritària de l’espècie Hyalomma lusitanicum, mostraren positivitat front el virus FHCC, el que vindria a ser entre 3-4% de les mostres analitzades, i en comarques properes/limítrofes amb la localització geogràfica del cas índex humà de la tardor de l’any passat, que va morir a conseqüència de la infecció. A més, per relativitzar més el risc, totes les paparres infectades procedien d’animals silvestres, sobre tot cérvols, però també daines, porcs senglars i muflons. La conclusió de l’estudi és que, encara que es trobin paparres infectades amb el virus FHCC, el risc de contagi a humans a Espanya continua essent molt baix.

 

Sense dissentir de la conclusió general, però, alguns comentaris.

 

El diari diu de l’estudi…” Las muestran se extrajeron entre septiembre de 2016 y enero de este año y posteriormente fueron analizadas por el Centro Nacional de Microbiología, perteneciente al Carlos III.”. Tanmateix com organismes poiquiloterms que són, i con indica abastament la bibliografia, per exemple, Valcárcel i col·laboradors, l’any 2016…”H. lusitanicum adults begin questing activity around March, numbers rising quickly reaching their peak in May–June and then diminishing until the end of the year, with a small increase in September–October. This pattern was clear and constant throughout the years, irrespective of the microclimate or biotope tested.”, en resum l’activitat de Hyalomma lusitanicum és màxima entre Maig-Juny i perdura fins Setembre-Octubre, clarament fora del rang temporal de l’estudi; per tant es pot concloure que aquesta afectació descrita a l’estudi del Ministeri és la MÍNIMA possible, i possiblement serà major amb més mostrejos en època de major activitat biològica de les paparres i/o moviments dels seus hostes infectats.

 

A més, l’article diu… El virus persiste desde entonces en la península gracias a la presencia de varias especies de garrapata del género Hyalomma, uno de los principales vectores de la enfermedad, cuyo hábitat es más habitual en la zona centro y suroeste del país. Tanmateix quan un consulta el mapa de distribució de Hyalomma, ja no parlem d’altres gèneres de paparres, al European Centre for Disease Prevention and Control (ECDC) es veu que la distribució de Hyalomma arriba fins els Pirineus, les úniques àrees “netes” o més aviat sense dades són el Llevant de la península des de Castelló fins França i la zona cantàbrica.

Hyaloma marginatum

Si a més creuem aquest mapa no ja amb la distribució de senglars, pràcticament omnipresents, si no dels cèrvids més freqüents (veure els mapes següents) està clar que la distribució de la paparra, ja sigui Hyalomma marginatum o Hyalomma lusitanicum o d’altres, pot arribar a ser molt més extensa que la que es vol donar a entendre.

 

cervol ibèric especies_49_1315257972

Distribuciò del cérvol (Cervus elaphus). De:  http://www.cienciaycaza.org

 

rebecos distribución especies_63_1315257331

Distribució dels isards (Rupicabra rupicabra). De:  http//www.cienciaycaza.org

 

Daina dama distribució

Distribució de la daina (Dama dama). De: http://www.tierrasylvana.blogspot.com.es

 

I una consideració ecològica final, sense ser un expert. Si la introducció del virus ha estat recent (relativament recent, possiblement porta entre nosaltres una dècada) encara li queden molts hostes naïve, no infectats, per descobrir, i moltes zones per cobrir. Com passa amb altres malalties vectorials i posant-nos en el pitjor cas, la distribució del virus serà equivalent al final a la distribució del seu vector, en aquest cas paparres del gènere Hyalomma, que al seu cop dependrà de la distribució del seus hostes, ja siguin silvestres o en el pitjor cas, domèstics, de ramats que viuen en llibertat i poden interactuar amb la fauna silvestre. I si el virus CCHF entra als ramats de producció en llibertat el perill es farà molt més proper.

 

Però aquesta, aquesta és una altra història.

 

 

 

Referències

Valcárcel J. González J. L. Pérez Sánchez  J. M. Tercero Jaime A. S. Olmeda. 2016. Long-Term Ecological Study of Host-Seeking Adults of Hyalomma lusitanicum (Acari: Ixodidae) in a Meso-Mediterranean Climate. J Med Entomol (2016) 53 (1): 221-224. DOI: https://doi.org/10.1093/jme/tjv152

 

Comentaris virus-lents (190): No sols circula H5N8…més perillós és H7N9.

Estem molt ocupat i preocupats per la soca H5N8 de la grip aviaria…Si fos “el” virus de la grip aviaria estaria un pel emprenyat…jo envio les meves soques en un núvol de genomes en continua variació a infectar el que trobin…no tinc objectius selectes…no tinc una divisió aviar, una porquina o una humana…o no com perquè mereixin un adjectiu qualificatiu. Bé, com deia estem molt ocupats per la soca H5N8, recordem una soca d’alta patogenicitat en aus i nul•la afectació descrita en humans. Aquesta nul•la afectació s’explica grosso modo pel fet d’un reconeixement diferencial de receptors a les cèl•lules epitelials de l’aparell respiratori de aus i esser humans (veure entrada 188). Però circulants al mon ara mateix hi ha desenes i desenes de soques de la grip i algunes no mostren tanta recança a infectar humans.

 

h7n9-february-map_2017_02_22
Distribució del casos humans de H7N9 a la Xina, en vermell, els recents. Font: http://www.fao.org/ag/againfo/programmes/en/empres/H7N9/index.html

 

La soca H7N9 sí és una soca zoonotica. Va emergir el març del 2013, com no, a la Xina i des d’ aleshores ha causat més de 1230 casos en éssers humans…el nombre d’infectats asimptomàtics serà probablement de desenes de milers. La taxa de mortalitat entre els casos clínics és del 35-40% (comparable doncs a MERS Coronavirus i Ebola, i superior a la del SRAS Coronavirus, per exemple). El 80% dels casos clínics descrits en humans han tingut un contacte directe o indirecta amb aus vives abans de l’inici de la simptomatologia: visites a mercats d’aus vives, manipulació i/o transport d’aus, escorxat de les mateixes, etc. Aquests casos es circumscriuen a la Xina continental (i més específicament a tres províncies, que suposen 2/3 parts dels casos humans, Zhejiang, Guangdong i Jiangsu, cada any des del 2013) amb uns pocs casos a Macao, Hong Kong, Taiwan però ja s’ha donat una trentena de casos de turistes que han manifestat la simptomatologia en tornar a les seves cases. La raó, la de sempre. Un brou, generat pel comerç i transport humà, de contacte proper en condicions sovint molt poc segures sanitàriament, atestades, estressades, com és el generat per mercats d’aus vives a la immensa majoria de pobles grans i ciutats a motles províncies xineses. D’allà va sorgir (o així s’ha resseguit) la soca H7N9 que cada hivern (hemisferi nord, des de desembre fins a març-abril) en onades anuals ha anat fent la seva collita…I aquest 2016-17 és més preocupant perquè es la onada més intensa des de la del 2014 (segona onada).

 

h7n9-fig3_human_week_2017_02_22
Gràfica dels casos humans; es veuen clarament les onades anuals. Font: http://www.fao.org/ag/againfo/programmes/en/empres/H7N9/index.html

 

La soca d’influença A (h7N9) va aparèixer com a resultat de diversos arranjaments o recombinacions d’altres soques de virus influença durant el 2012: H7N9 té quatre progenitors, quatre soques que li han cedit part del seu material genètic, i que havien estat prèviament detectades en aus silvestres (virus de H7 i virus amb N9) i pollastres (dues soques diferents de virus H9N2) a Àsia.

 

A cap de les onades s’ha pogut establir una selectivitat del virus per raó de sexe o edat a la població humana…si bé la major, quasi exclusiva, afectació té a veure amb gent de pagès, ramaders i comerciants d’aus vives i els seus contactes propers.

 

La simptomatologia és l’habitual; febre i tos amb molt freqüència, vòmits i diarrea menys freqüent. Es consens general que H7N9 és menys greu que H5N1 però molt més greu que la grip pandèmica H1N1 del 2009. L’estimació és que el ratio entre un cas fatal i casos simptomàtics (que inclou els que requereixen o no hospitalització) és mou en una forquilla de 160-2.800 per cada 100.000 casos simptomàtics.

 

Quina és la única bona noticia? Que sense descartar-se, la transmissió persona-persona no s’ha demostrat encara. Sembla que cal molta proximitat i continuïtat en el tracte amb animals o zones contaminades com per agafar la infecció, i un cop agafada no s’han descrit transmissions sostingudes (en aquesta darrera onada, 2017, s’han detectat dos clústers, cadascun amb un parell de casos, però sense cap transmissió terciària). I això es deu a que no s’ha detectat canvis en els marcadors genètics que implicarien adaptació a humans i/o resistència enfront antivirals, que es mantenen com a les onades anteriors. De fet per a totes les onades des d’el 2013 la taxa de mortalitat s’ha mantingut constant.

 

Per trencar més esquemes, la soca H5N8 és una soca d’alta patogenicitat (HPAI en anglès) que no causa infecció en humans, i la soca H7N8 causa infecció en humans i…no és una soca d’alta patogenicitat en aus. És una soca de baixa patogenicitat, el que diem Low pathogenic avian influenza (LPAI). Les característiques genètiques d’aquesta soca li permeten lligar-se (amb una eficiència variable, als receptors cel•lulars pel virus influença en humans i aus (àcid siàlic alfa-2,6 o àcid siàlic alfa-2,3 respectivament). Però se saben de diversos casos, dins de les soques H7, de LPAI, que han derivat, evolucionat, cap a HPAI, com va passar a Xile (202) i Canada (2004), i a diversos països europeus. De tota manera mentre es mantingui com LPAI únicament es podrà detectar per vigilància activa ja que no causa mortalitat ni simptomatologia evident a les aus (que seria el que detectaríem en una vigilància passiva). És a dir, podem estar al costat d’una au carregada de H7N9 i no “veure” res anormal.

 

Com quasi sempre estar al costat d’un perill no vol dir caure-hi…hi ha ”coses” que es diuen concentració ambiental, rutes de transmissió, vies d’entrada, probabilitat de contacte, pràctiques de risc, mesures de higiene, estat immunològic, fons genètic, que modificaran la probabilitat final per a cadascun.

 

 

Però aquesta, aquesta és una altra història.