comentarisviruslents

Aquest blog és una seguit de comentaris personals i probablement poc transferibles sobre ciència i política.

Archivos en la Categoría: virologia ambiental

Comentaris virus-lents (258): Una historia de virulència (genèrica), a comptes de SARSCoV2.

Avui farem una historia clàssica tunejant el nom d’una pel·lícula que em va encantar.

I li direm “Una història de virulència”.

Aquests anys han sentit molt a parlar de #virus, amb la #pandemia de #SARSCoV2, encara vigent, o la de #verolamico, o #monkeypox, ja llanguint. I hem parlat molt dels efectes, però potser poc, jo com a mínim, del que dispara el cicle que acaba en infecció, i en efectes clínics.

Parlem d’això ara.

Quan un virus infecta una cèl·lula, necessita temps per replicar-se dins d’ella i produir noves partícules de virus. Un virus no es propaga a la velocitat de la llum, també té els seus tempos. Una cosa que explico en els meus assajos d’emergència es que si una persona del meu equip s’infecta amb qualsevol virus (per punxada o tall, per exemple) aquesta persona continua sent tocable, abraçable, portable; el virus potser està a dins i potser generarà infecció però ara mateix aquell companys/a és tan infectiu com jo o vostè). Perdó per la digressió. Aquest període de temps en el que el virus entra dins el cos fins que comença a generar noves partícules víriques un cop feta replicació en cèl·lules s’anomena fase d’eclipsi (poètic i al mateix temps prou entenedor).

Durant la fase d’eclipsi, el virus que ha penetrat en una o més cèl·lules (aquí hi ha un tema de dosi pel que ja em preguntaran) posa la maquinaria de la pròpia cèl·lula al seu servei i comença a fer-li produir ARN viral (el material genètic del virus, ara m’estic concentrant en els virus respiratoris com #SARSCoV2, o #grip) i proteïnes víriques (recordem la frase de Jean i Peter Medawar; un virus és “simply a piece of bad news wrapped up in protein,”) que permetran embolicar-lo (càpsida i altres proteïnes estructurals) i li donaran la capacitat d’infectar altres cèl·lules a banda de conferir-li certa resistència medi-ambiental. Les proteïnes són importants perquè estan implicades en la replicació viral, el segrest de les funcions cel·lulars, el reconeixement de noves cèl·lules a les que infectar, la capacitat d’evasió de la resposta immune…

L’ARN viral produint, en nombre de desenes, o centenes d’unitats, s’empaqueta a les càpsides, dins el citoplasma de la cèl·lula hoste i les partícules del virus s’alliberen de la cèl·lula. Aquí, el que vulgui aturar-se per pensar una mica com de “vius” són els virus pot anar a… https://comentarisviruslents.org/2015/05/01/comentaris-virus-lents-105-i-si-els-virus-no-fossin-els-virions/. Els virions alliberats passen a infectar altres cèl·lules properes, un cop produït el reconeixement del receptor cel·lular corresponent i el procés es repeteix, donant lloc a augments exponencials de la quantitat de virus (el que anomenen títol o càrrega viral).

I com podem traçar això nosaltres? De forma “convencional” i ràpida a traves de PCR en temps real (qRT-PCR) que detecta el ARN, però NO les proteïnes. Són proves molt sensibles però no detecten UNA partícula vírica, ni potser 10, ni potser 100 sinó números més grans. És el que anomenen límit de detecció. Imaginin-se un radar, un exemple molt portat. Veurem tot allò que estigui per sobre dels 50 o 100 metres però per sota, podem tenir activitat i no veure-la. I quan hi ha poc títol viral? Òbviament, al principi de la infecció, quan la replicació està començant; la persona està infectada i potser serà infecciosa en 2, 3 o 4 dies però NO és detectable encara. La manera de solucionar això seria, i ha estat en alguns casos, fer PCR seqüencials, cada 2 o 3 dies però això és realment molt costós. I també al final de la infecció es dona aquesta situació, però aleshores el problema és diferent i no tant preocupant.

Per tant, una persona en les primeres hores o dies de la infecció pot resultar negatiu perquè els títols de virus encara no han assolit el llindar de detecció, independentment de la gravetat eventual posterior de la malaltia (aquí torno al meu concepte que infecció i virulència estan desacoblades i no hi ha selecció natural favorable a la benignitat). I aquest negatiu pot ser tant a la qRT-PCR com als tests d’antígens (en principi, i per definició menys sensibles).

Per complicar-ho més no tenim un únic tipus cel·lular al nostre cos; hi ha una gran diversitat de cèl·lules, organitzades en teixits, cadascun dels quals és més o menys susceptible a un virus en concret i més o menys rendible (eficaç) pel que fa a la seva propagació.

Únicament amb aquestes poques dades ja haurien de caure que la infecció de dues persones poden assemblar-se… o no. La dosi infecciosa, la via d’entrada, el potencial bloqueig de part de l’inòcul per mucus, la variant vírica involucrada, les primeres cèl·lules infectades, la pròpia genètica de l’hoste, etc., fan que no hagi dos infeccions exactament iguals, ni dos mostrejos perfectes que ens donin una imatge exacta i total de la càrrega viral en cada moment. El que jo diria, que el que veiem es sempre una part del tot, mai el tot en la seva plenitud. Un positiu amb valor “X” vol dir que la càrrega viral és aquella o superior, un negatiu vol dir que no hem detectat virus (i amb un marge de confiança “y”, que realment no hi ha virus).

El nostre amic (o amiga) encara no té símptomes, per cert. I això és perquè en els primers dies de la replicació viral (durada variable depenent dels virus, per #SARSCoV2 aquesta fase estaria entre 4-6 dies, veure https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/35994285/ i es funció també de la variant, aquí #omicron té avantatge sobre la resta) la càrrega viral no és encara suficient per despertar una resposta corporal (o més correctament, aquesta resposta també s’ha de muntar i això requereix temps). I per més, bona part de les símptomes que notarem no seran resultat directe de la propagació viral sinó de la nostra resposta a la infecció (per ex. febre i inflamació).

De tota manera abans de l’aparició de símptomes, que són bastant inespecífics en les primeres hores, hi ha una fase de força hores o alguns dies que la persona pot encomanar perquè ja s’ha acumulat prou càrrega viral com perquè aquesta sigui exhalada, excretada o emesa, com vulguin, i tingui capacitat infectiva (recordin el concepte de dosi). Són els asimptomàtics que jo més aviat catalogaria com a pre-simptomàtics.

Si l’hoste té capacitat, les símptomes remetran en pocs dies, i no passaran dels habituals mals de cap, malestar, febre (no intensa i llarga), tos, fatiga, mal de gola, mal articular, etc.

Però si el virus no és aturat i progressa, per exemple, a les vies respiratòries inferiors, la resposta de l’hoste serà més intensa, inclourà la inflamació en un procés que es retroalimenta i que pot ser generalitzat i incontrolable; és quan estem davant d’una pneumònia no tan causada directament pel virus sinó per “nosaltres”. En aquest estadi la persona infectada és molt més contagiosa que aquell amb una infecció lleu perquè la carrega viral és menor en aquest segon cas, de mitjana.

Com no soc metge, ni immunòleg, no passaria d’aquí. Nomes que la producció vírica es mantindrà per dies fins que la resposta immune, si tot va bé, acabi de eliminar les darreres cèl·lules infectades; tot i així és molt possible que continuen detectant senyal molecular (qRT-PCR) i senyal antigènica (kits d’antígens) perquè aturar la producció no vol dir netejar tota la carrega viral que s’ha generat que necessitarà dies addicionals. És aquesta la cua de positivitat que es veu al final de la infecció, un cop acabada la clínica, i aquesta positivitat NO té correlació directa fàcil amb la infectivitat.

Però aquesta és una altra història.

Comentaris virus-lents (241): SARSCoV2 ens re-infectarà? Probablement sí.

M’he tornat a llegir l’article … La reinfecció pot no ser excepcional, però provocaria menys símptomes.  que es pot trobar a l’enllaç https://www.ara.cat/societat/reinfeccio-excepcional-provocaria-menys-simptomes-coronavirus-covid-19-recerca_0_2530547007.html i encara li podem treure una mica més de suc.

Ja he dit en un enfilall anterior (veure el meu TL a Twitter) que les reinfeccions seran normals, de fet seran la norma. Els altres coronavirus, com 229E o OC43 que són alfacoronavirus ho fan; SARSCoV2, que és betacoronavirus, probablement ho farà, també com HKU1 o NL63. Però reinfecció no vol dir clínica, tenir simptomatologia clara, i això és el que no queda clar a l’article.

Ens re-infectarem? Sí. Tindrem clínica greu? Probablement NO, però amb molts condicionants. Si ha passat massa temps de la 1a infecció, si la 1a. infecció fou asimptomàtica o molt benigne, si el nostre estat immunològic ha canviat no podem garantir que no tinguem una versió greu de la CoVID19. I com molt bé apunta en Clotet ens deixem la virologia ambiental sempre arraconada; la pressió d’infecció continuada i alta pot desbordar el sistema immune. Els «virus ambientals» importen i la pressió diària (aquí la distància i l’ús de la mascareta redueixen la captació o entrada) és como la gota d’una aixeta mal tancada.

Exemple de reinfecció? Anem als clàssics. Callow et al.,1990… The time course of the immune response to experimental coronavirus infection of man. A l’enllaç https://ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC2271881/ Es tracta d’una infecció experimental de 15 voluntaris humans amb coronavirus 229E. Vuit d’ells, els que tenien títols d’anticossos més baixos, excretaren virus i mostraren símptomes de refredat. Generaren anticossos, que s’havien gairebé esvaït un any després. Es tornà a inocular els voluntaris amb la mateixa dosi. TOTS tornaren a excretar virus, si bé en menys quantitat i per un període més curt. Més benigne, sí, però encara excretaven i eventualment transmetien (això no ho prova l’article).

A això cal que sumem que cap de les vacunes q s’estan desenvolupant serien esterilitzants; els vacunats tindran, amb una eficiència variable (es parla del 50%), menys símptomes i més bon pronòstic però seguiran excretant SARSCoV2, en menor quantitat i període de temps. Un exemple el tenim a la vacuna d’Oxford, la ChAdOx1-nCoV19, que en els experiments en model animal mico ja va descriure anul·lació de simptomatologia però recuperació de virus infecciós en aparell respiratori pels que fa als animals vacunats. Per tant reduir excreció en quantitat i temps és una fita però no LA fita… com a mínim en aquesta primera tongada de vacunes.

Per acabar, que es fa llarg, el títol més adequat de l’article, IMHO, hauria de ser «La reinfecció pot ser la norma, però provocaria menys símptomes.. probablement» i no “La reinfecció pot no ser excepcional, però provocaria menys símptomes.” 79 caràcters vs 70 caràcters.  

Però tot es veu en el marc de les nostres finestres mentals, i cadascun té la seva.

Però aquesta, aquesta és una altra història.

Comentaris virus-lents (237): SARSCoV2 no sap que posar-se.

Aquest matí (va ser el 9 de maig) m’han preguntat per algun estudi específic de persistència de #SARSCoV2 sobre tèxtils. Òbviament hi ha molt poca informació ja que el virus porta entre nosaltres poc més de 5 mesos. L’únic estudi directe és de Chin et al. https://thelancet.com/journals/lanmic/article/PIIS2666-5247(20)30003-3/fulltext  i dona unes dades lògiques.

 

El virus #SARSCoV2 cau gairebé 2,5 log en dessecar-se sobre «cloth», roba (no donen gaire precisió més), a les 3 hores i vora 3 log a les 24 hores; estem parlant d’inactivacions per sobre del 99% en hores. I tinc un altre missatge addicional; hi ha un artefacte en aquest estudi…

que detectem els que treballem en aquest tema…Aquests valors són superiors, de l’ordre de 4 logs a les 3 hores, per tant 99,99% inactivació perquè el virus cau UN logaritme addicional mentre s’està assecant; només tenen vostès que comparar el títol víric equivalent sobre acer…

inoxidable. És efecte conegut, a la meva tesi en parlava, i abans, que jo no vaig descobrir res; als materials amb textura, porosos, els virus queden segrestats i no queden gaire disponibles x ser eluïts. Passa amb embolcallats com #SARSCoV2 però també amb no embolcallats.

 

Això que els he comentat és la UNICA dada que tenim publicada de tèxtils i #SARSCoV2 que jo conegui. Però…podem tirar per aproximació. SARSCoV és estructuralment molt semblant a SARSCoV2 i per aquest tenim alguna…

dada addicional en Kampf et al., 2020 https://journalofhospitalinfection.com/article/S0195-6701(20)30046-3/fulltext. Aquí indiquen que per granotes d’un sol ús la persistència de #SARSCoV pot ser de 2 dies, 1 dia o 1 hora a Temperatura ambient. I vostès diran…quina «tonteria» d’aproximació, no? I no, perquè reflecteix un aspecte…

que molts de vostès no consideren i és la carrega vírica inicial. Si fiquem 10.000 virus «sobreviuran» 48 h; si fiquem 1.000 virus es mantindran infecciosos només 24 h. i si només dessequem 100 virus «aguantaran» UNA HORA. Per això saber concentració mitjana de #SARSCoV2…

a exsudats i secrecions ÉS important…i encara no està massa clara.

Però hi ha més, aquest estudi de Kampf porta a l’original de Lai et al., 2005 https://academic.oup.com/cid/article/41/7/e67/310340 que indica que quan es va fer la mateixa prova amb una granota de COTÓ la persistència de #SARSCoV va ser…

de 24 hores, 1 hora i CINC MINUTS, respectivament. CINC MINUTS si dessecàvem 100 #SARSCoV sobre cotó. Jo consideraria aquest temps, fins i tot els 60 min. de la condició amb 1000 virus #SARSCoV un bon marge de seguretat. I això sense res, sense aplicar cap tractament inactivador…

 

A partir d’aquí ja trepitgem «arenes movedisses» (algun Virgili a la sala per ajudar-me?) perquè totes les comparances que fem les faré amb virus d’altres famílies víriques que no comparteixen estructura amb els #coronavirus com #SARSCoV2 i #SARSCoV. I que millor que fixar-nos en…

el virus #influenza, el virus de la #grip. Hi ha dades i apunten en la mateixa direcció…per exemple a l’article https://journalofhospitalinfection.com/article/S0195-6701(16)30574-6/fulltext comparen diverses soques d’influenza en la seva persistència sobre cotó i microfibra i ves per on els resultats són comparables a #SARSCoV2…

 

Influenza on fabrics EXmRvT1XQAE0pNx

 

 

Agafeu aquí acer inoxidable (stainless steel) com control negatiu, com imatge dels virus #influenza en un ambient òptim de supervivència encara que també s’inactiven en el temps. I hi treballen amb títols vírics altíssims. Què es veu? Que a la 1a hora ja hi ha caigudes mitjanes del 99% de la…

infectivitat de diferents soques de #influenza i que a les 24 hores la caiguda ja és de 3 log, un 99,9% de reducció, tant per cotó com per #microfibra. Als 7 dies de quarantena…es pot concloure que «no» hi ha infectivitat residual. Altre cop aviso estudi experimental fet amb…

unes concentracions força lluny de les ambientals, que jo tingui conegudes. Hi ha més però ja hi tornarem.

 

La meva hipòtesi? la roba, sobre tot aquella emprovada ocasionalment mai serà vector rellevant de transmissió de #SARSCoV2 si les normes higièniques passives es compleixen…

i en cas de dubte un microambient calent i sec pot ser suficient per fer caure una hipotètica infectivitat residual de #SARSCoV2. I no posem sobre-tecnologia on no cal, que alguns dels nostres problemes actuals venen d’aquí.

 

 

Però aquesta, aquesta és una altra història.

 

 

El meu deute amb na @martacastells, que des de Twitter m’ha fet garbejar una mica en el tema.

Comentaris virus-lents (236): SARSCoV2 no fa gaire bon paper.

 

I ara un fil sobre la persistència de #SARSCoV2 sobre #paper i equivalents. Us faré un spoiler. Són bones per nosaltres i dolentes pel virus, però com sempre llegiu per tenir context.

 

L’aproximació, la de sempre. Primer saber que s’ha fet amb #SARSCoV2 i paper; després quines dades tenim de virus propers com #SARSCoV o #MERS (fa una mica de vergonya dir que de MERS no hi res, i des de CReSA hi portem treballant amb ell per altres temes 5 anys) i després saltar de família vírica i veure que hi ha per altres virus embolcallats, com influença.

 

#SARSCoV2 dessecat sobre paper? Les dades de van Doremalen et al., https://www.nejm.org/doi/full/10.1056/NEJMc2004973 diuen que sobre cartró la vida mitja (compte amb el concepte) és d’unes 9 hores. En 9 hores el títol infecciós de l’agent causal de #CoVID19 baixa un 50%…

que no vol dir que desaparegui; en les següents 9 hores caurà un altra 50% (del 50% restant), per tant quedarà un 25%, i així successivament, de manera que assolirien una caiguda del 99,9% de la infectivitat en poc més de 2 dies. Poden fer els comptes vostès mateixos. No sembla gaire preocupant, oi? Però continuem.

 

També tenim a Chin et al., 2020 https://www.thelancet.com/journals/lanmic/article/PIIS2666-5247(20)30003-3/fulltext que aporta dades sobre la persistència en paper d’impressora o mocador de paper (tissues). Aquí parlem ja de caigudes directes de infectivitat 2,5 log en paper i 3,2 log en tissue, en TRENTA MINUTS…

Pel broc gros 3 log de reducció, un 99,9% de reducció de #SARSCoV2 disponible, o eluible, en 30 minuts. I aquestes dades, com vaig dir per l’enfilall de la #roba, tenen un artefacte…la reducció real de títol infecciós de #SARSCoV2 a papers estaria fregant els 4 log, un 99,99% en TRENTA MINUTS.

 

Però encara podem anar a cercar dades del seu cosí llunyà, el #SARSCoV. I això ho trobem a la revisió de Kampf et al. 2020, https://www.journalofhospitalinfection.com/article/S0195-6701(20)30046-3/fulltext. Allà es recull un estudi de Lai et al., 2005 que indica que la persistència en #paper…

Pel #SARSCoV seria de 24 hores o 3 hores o menys de 5 minuts, en funció de la carrega vírica, de 10.000, 1.000 o 100 TCID50/mL, respectivament. Altre cop, com sempre, quants més virus a dessecar més triga en reduir-se el perill però per quantitats infeccioses altes aquest sobre #paper és menystenible.

 

Però anem altre cop a cercar per voltant…d’altres virus respiratoris embolcallats el primer que se’ns ve al cap és el virus de la #grip. Com es comporta sobre paper? Doncs igual o pitjor (o hauria de dir millor per nosaltres?) que #SARSCoV2 segons Bean et al., 1982 https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/6282993

que descriu pèrdua total d’infectivitat del virus #influenza entre 8-12 hores després de dessecat sobre paper. I si mirem un estudi de revisió molt maco de 2007, veure https://aem.asm.org/content/73/6/1687 es pot extreure la següent figura…

 

Coronavirus vs flu virus on fomites

Aquesta figura indica que la inactivació de #coronavirus relacionats a #SARSCoV2 como són #229E 0 #OC43 abastaria de 3 a 4 log, un 99,99% de reducció en 24 hores, i que les dades de #influenza serien un worst case, allà on arribi la persistència del virus de la #grip difícilment arribaria la del #coronavirus.

 

Les conclusions?…la persistència de #SARSCoV2 sobre paper és, amb alta probabilitat, molt curta en el temps i el potencial infecciós de papers tocats per altres mans, en termini de minuts o hores desapareixeria, si considerem les dades conegudes i els nivells de contaminació ambientals descrits.

 

En qualsevol cas una quarantena de paper (24-28 hores) sembla suficient per eliminar qualsevol risc residual de transmissió de #SARSCoV2, partint de la base que el paper seria una superfície/fomite molt segura i epidemiològicament neutra.

 

No com altres.

 

 

Però aquesta, aquesta és una altra historia.

Comentaris virus-lents (234): Els virus respiratoris no persisteixen 20 dies a superfícies … el coronavirus SARSCoV2 TAMPOC.

 

Aquest és un enfilall vindicatiu i una petició per contrastar dades. Jo, per necessitats diverses, una d’elles, ser el responsable de Bioseguretat de @CReSA_r, HE DE SABER la persistència de virus amb els que treballem i com inactivar-los. I quan es confirmà q treballaríem amb #SARSCoV2, perquè a IRTA-CReSA hi treballarem, vaig cercar tota la informació possible com he fet abans amb altres virus com Chikungunya, West Nile Virus, Zika, HPAI, Virus de la vall del Rift, Virus dengue, MERS coronavirus, influenza (aviar, com H5N1, H7N1 o humana com H1N1), virus amb els que també hem treballat i treballem…i treballarem.

 

Algunes de les conclusions que havia trobat fins ara, de virus embolcallats respiratoris, són:

 

  • Virus influenza A i B persisteixen 24-48 hores a superfícies no poroses com acer inoxidable o plàstic i sols 8-12 hores en roba, paper i tissue. Virus influença deixats assecar sobre acer inoxidable es podien recuperar passant el dit a les 24 hores. Veure doi.org/10.1093/infdis/146.1.47

 

  • El metapneumovirus aviar i el virus grip aviar dessecats sobre 12 superfícies poroses i no poroses, persistí fins a 6 dies però NO 9 dies, i sempre millor en superfícies no poroses que en superfícies poroses (pot haver un problema d’elució, més avall comentem que significa). Veure: doi.org/10.1637/7453-101205R.1

 

  • Es comparà viabilitat i senyal molecular de 5 soques de virus influença dessecats en 3 superfícies (cotó, microfibra, acer inoxidable). Concentració inicial, entre 10.000 i 1.000.000 virus. Els virus viables arribaren tot just als 14 dies, sols en acer inoxidable, i només 7 dies sobre cotó i microfibra; per contra la senyal molecular, la detecció del genoma de influenza va donar positiu TOTA LA DURADA DE L’ESTUDI, set setmanes. NO va haver diferències entre soques, TOTES es comportaven igual. Veure: doi.org/10.1016/j.jhin.2016.12.003

 

  • Influenza A virus dessecat sobre guants de goma, una mascareta N95 (o FFP3, recordeu l’enfilall de protecció respiratòria, o l’entrada anterior d’aquest blog, la 233), o sobre una granota Tyvek o acer inoxidable va mantenir la seva infectivitat 8 hores a tots els materials i nomes arribà a les 24 hores de persistència al guant de goma. Veure: https://link.springer.com/article/10.1007%2Fs12199-010-0149-y

 

  • El virus pandèmic pH1N1 va ser inoculat sobre diverses superfícies “casolanes”. El genoma es detectà sense alteracions significatives a les 24 hores però la infectivitat viral es mantingué nomes 4 hores per molts material i no més enllà de 9 hores en alguns materials no porosos. Caigudes de 4 log, que són 10.000 virus, o un 99,99% d reducció. Els autors conclouen que la transmissibilitat a través de superfícies és possible però improbable si no hi ha recontaminacions (que és el que passa habitualment en el domicili d’un infectat). http://dx.doi.org/10.1371/journal.pone.0027932

 

  • El vius pandèmic influenza A H1N1 romangué infecciós (estem parlant de reduccions de 5 log, és a dir 100.000 virus) durant 48 hores en superfícies de fusta, 24 hores en acer inoxidable i superfícies plàstiques, i 8 hores en roba, encara que els autors apunten a un problema d’elució, que podria ser que el virus quedés segrestat per la textura del material; tanmateix a efectes pràctics si no queda disponible per ser recollit per la suor d’un dit, epidemiològicament seria irrellevant. https://www.ajicjournal.org/article/S0196-6553(13)01332-1/fulltext.

 

  • I, com sempre, el outlier, que ens ha de fer estar alertes, les dades són les que són… Els autors troben que dues soques de virus Influenza A, dessecades sobre acer inoxidable i mantingudes a 18-25ºC en diferents HR, només experimentaven 2 log10R, caigudes del 99% de la seva infectivitat als 7 dies. http://dx.doi.org/10.1128/AEM.04046-15

 

SARS portada EID

 

I òbviament la referència canònica de Kampf et al, 2020 https://www.journalofhospitalinfection.com/article/S0195-6701(20)30046-3/fulltext o l’article d’aquesta setmana sobre SARSCoV1 o SARSCoV2 citat a @basics de @beteve de Doremalen et al., … https://www.medrxiv.org/content/10.1101/2020.03.09.20033217v2

 

Dels dos he fet enfilalls per comentar-los però em sap greu, no els trobo, si algú els pot recuperar i penjar-los seguits a aquest en farà un favor. Ras i curt, com ens hauria d’agradar a tothom, la persistència més enllà del 7 dies és purament anecdòtica i només sobre superfícies no poroses, les més favorables, ja que les caigudes previstes estan per sobre 4 logs. En cartró aquestes inactivacions s’assoleixen abans dels 4 dies (van Doremalen et al., 2020). Però és que si mireu la revisió de Kampf NO hi ha CAP persistència de cap #coronavirus avaluat MÉS ENLLÀ dels 9 dies.

 

En això tenim una miqueta de sort, el #SARSCoV2 no és un virus massa resistent a l’ambient ni tampoc als desinfectants…la resta ja és cosa nostra. Bé, nostra, nostra, no, que des de Madrid ens han de dir el que “ens convé”, oi?

 

 

Però aquesta, aquesta és una altra història, oi.

Comentaris virus-lents (230): Corona creixent; algunes notes sobre desinfecció.

 

Aquesta és una entrada sobre persistència i inactivació vírica aplicada al nou coronavirus, nCoV2019, o coronavirus de Wuhan, en la que no posaré cites, i que es basa en el que recordo de lectures prèvies, algunes de fa dècades; si cal en un altre moment anirem a les fonts, algunes de les quals ja estan al meu TimeLine de Twiter.

 

Primer, el nou coronavirus 2019 és un virus embolcallat, com a membre de la família Coronaviridae. Per definició, i en general, els virus embolcallat són més sensibles als tractament químics i tèrmics que els virus no embolcallats (per exemple, poliovirus, rotavirus, astrovirus, calicivirus, etc.). I això aplica també als paràmetres ambientals que determinen la supervivència dels virus a l’ambient como són la temperatura, la radiació solar amb el seu component de llum ultravioleta (òbviament això no té cap impacte dins els edificis), la humitat relativa, i els factors biotics que aquí no juguen gaire paper. Això és bo, un virus respiratori no embolcallat que aguantés setmanes seria un malson.

 

 

SARS portada EID

 

 

Segon; els virus, a diferència dels bacteris, NO poden incrementar el seu numero un cop fora del hoste, en aquest cas el cos humà. Tota excreció o secreció vírica perdrà títol infecciós des del segon 1. Per això funcionen les quarantenes d’espais. Deixar un espai abandonat durant dies permet que quan un entri la càrrega víric ambiental s’hagi reduït diversos logaritmes. Per cert, aquest paràmetre sí sortirà diversos cops, una reducció de 1 log10 (1log10R) vol dir una caiguda de títol infecciós del 90%; per tant 3log10R vol dir que s’ha reduït el títol un 99,9%, i per tant que només queden 0,1% dels virus inicials. Això aplica a tots els espais i superfícies. I dintre de les superfícies podem considerar un passamà, un pom de porta, una encimera, un respatller de cadira, un mocador, la pròpia pell del palmell de la mà…

 

Tercer; les superfícies també afecten a la supervivència dels virus. Un mateix virus no sobreviu igual en totes les superfícies. En principi, la regla general és que les superfícies no poroses, llises, com podrien ser metalls, vidres, lacats, etc. permeten que el virus es mantingui viable per més temps. Sobre les superfícies poroses, com serien els tèxtils, cotons, papers, i les seves combinacions, apòsits, bolquers, etc. els virus, en general, mostren menor persistència. I aquesta regla també aplicaria als coronavirus encara que hi ha articles que descriuen o modelitzen transmissió nosocomial (en àmbit hospitalari) del coronavirus del SARS o del MERS per ítems de l’habitació. Hi ha alguna publicació que indica que els coronavirus 229E i OC43 tenen caigudes de 0,2log10 per hora en condicions “ambientals”; per tant en un període de 24 hores hauran perdut prop de 5 log10 del títol víric inicial, és a dir, un 99,999%. Però si tenim 10 o 100 milions de virus per ml, o per cm2 això pot no ser suficient. Com manegar això? Pel que fa a les superfícies poroses, mitjançant els desinfectants; pel que fa les superfícies no poroses mitjançant la neteja en calent…fins on jo recordo, alguns coronavirus han demostrat la seva estabilitat a 56ºC però perden molta infectivitat quan se’ls exposa a 65ºC o temperatures superiors.

 

Quart; òbviament nosaltres podem forçar aquest die-off natural mitjançant els desinfectants, que permeten assolir caigudes de títol víric de 4 o més logaritmes (el llindar d’efectivitat pels desinfectants està posat en aquests 4 ó 5 log; és a dir que permetin assolir reduccions del 99,99% o 99,999% de la població vírica inicial). Un altra discussió és com es fan aquestes proves ja que hi ha test en suspensió (barats, fàcils de fer però que no reflecteixen totalment les condicions d’actuació del desinfectants) i els assajos “carrier” o en superfícies (més cars, difícils de fer però més realistes). En aquest cap i tornem al punt 1, el nou coronavirus, com els vells coronavirus (229E, OC43, descrits ja als 60’s del segle passat, però també SARS i MERS, que són del nostre segle) s’ha demostrat sensibles als alcohols con solucions d’etanol al 70%, isopropanol al 50%. Es pot inferir que tot detergent o solució que tingui un efecte sobre els lípids tindrà un efecte sobre els coronavirus dessecats sobre superfícies senzillament perquè ataca el seu embolcall i altera o fa perdre les molècules proteiques que han de reconèixer els receptors de les cèl·lules susceptible, del hoste.

 

Cinquè; la desinfecció pot ser dissolutiva, o emulsionant, amb alcohols o oxidativa, amb agents oxidants com seria el clor, o els peròxids (com l’aigua oxigenada, el H2O2). Pel que recordo, concentracions de 5000 ppm (1000 ppm podrien ser suficient) de clor lliure (recordem que el lleixiu domèstic té entre 40 i 50 g/l, i això vindrien a ser 40.000 a 50.000 ppm; caldria fer una dilució 1/10 o 1/20 en aigua d’aixeta) són efectives en l’eliminació de virus sobre superfícies i això inclouria els coronavirus, que no són ni de lluny els més resistents. Recordeu però que cal un temps de contacte mínim per que sigui efectiu; la majoria dels estudis de desinfecció estan entre 5 i 10 minuts.

 

Sisè, la desinfecció és un procés complex que ve afectat per paràmetres diversos; parlant planerament, un coronavirus estarà molt més protegit en una secreció voluminosa plena de mucus que no en una equivalent que sigui molt aquosa, perquè la matèria orgànica protegeix els virus de l’acció desinfectant però també, recordeu, de l’acció dels factors inactivadors mediambientals. Un pas més enllà és si el virus, com se sap de SARS, està també a l’orina i les femtes, on la quantitat de matèria orgànica és més elevada encara. Per això és molt important també el concepte del temps de contacte. Quan apliquem un desinfectant cal deixar-lo un temps de contacte amb la superfície a tractar i no retirar-lo immediatament. Les reduccions de títol de coronavirus amb els alcohols esmentats s’assoleixen als 10 minuts de contacte, no són immediates.

 

Setè; totes aquestes notes es fan assumint que els diferents membres de la família coronavirus (els coronavirus felí, caní, boví, porcí, els coronavirus humans 229E i OC43, o el HKU1, o SARS o MERS o nCoV, etc.) es comporten igual. Es una assumpció gens agosarada perquè l’acció desinfectant i mediambiental té a veure amb l’estructura i composició dels virus i no amb les seves característiques antigèniques, o canvis en la seqüència que determinen mínims canvis en receptors, però sempre hi ha excepcions.

 

Ho esmento perquè, vuitè, no us cregueu al peu de la lletra cap reclam de que tal o qual desinfectant és efectiu versus SARS o MERS (òbviament respecte el nou coronavirus és impossible perquè no hi ha hagut temps de testar-lo). Si ho és, és sobre el paper, a partir de les dades que us he comentat breument, però no haurà estat, quasi amb tot seguretat científicament provat amb el virus en qüestió.

 

Però allò principal, abans i després de tot, una bona higiene de mans amb un rentat exhaustiu amb sabó per un mínim de 20 segons. I esternudar contra ja sabeu quina part del cos. I aquests costums no haurien de practicar-se només en període d’epidèmies.

 

 

Però aquesta, aquesta és una altra historia.

Comentaris virus-lents (213): Virus de la pesta porquina africana… com ens el traiem de sobre? Inactivació (1).

 

El virus de la pesta porquina africana (en endavant VPPA) s’ha detectat a Bèlgica fa unes poques setmanes en porcs senglars. Per més detalls podeu llegir l’entrada https://comentarisviruslents.org/2018/09/23/comentaris-virus-lents-211-porca-miseria-avanca-des-de-lest/ en aquest mateix blog. No hi ha noticia d’afectació a granges però en cas que hi hagués, com a mínim els animals de la granja afectada serien sacrificats…però què fem amb el VPPA excretat i secretat pels animals?. Què fem amb totes les superfícies, sales, estris, materials potencialment o realment contaminats amb VPPA? I ja no parlem dels vehicles de transport. Recordem que és un virus que s’excreta en quantitats importants (milions de virus per ml a les secrecions, desenes de milers per ml d’orina) i que persisteix raonablement al medi ambient.

 

porc senglar viquipedia

imatge de porc senglar (de Viquipèdia)

 

Si mirem la OIE trobaríem a l’enllaç Resistance to physical and chemical action dins la fitxa corresponent al African Swine Fever (veure http://www.oie.int/fileadmin/Home/esp/Our_scientific_expertise/docs/pdf/AFRICAN%20SWINE%20FEVER.pdf, tradueixo de l’anglès).

 

Molt resistent a baixes temperatures. Inactivat tèrmicament 56ºC per 70 minuts o a 60ºC per 20 minuts.

Òbviament això no és dir gairebé res perquè no se’ns diu res de dos factors fonamentals, la matriu en la que es troben els virus i el títol inicial dels mateixos, dos paràmetres cabdals en qualsevol estudi d’inactivació vírica; un exemple; ens poden dir que una etapa d’un procés (per exemple, l’assecat de llonganisses) ens garanteix una inactivació de 4 log10, és a dir que mata 10.000 virus al final de l’etapa. Si apliquem el procés a una mostra que conté 9.000 virus la mostra no tindrà infectivitat residual, no serà infectiva. Però si apliquem el mateix procés a una mostra que té 50.000 virus la mostra no quedarà del tot inactivada, podrà ser font secundaria d’una infecció. En ambdós casos, però, el procés ens ha eliminat 4log10. Per tant, aquesta dada és parcial.

 

Inactivat per pH inferior a 3,9 o superiors a 11,5 en medis lliures de sèrum. El sèrum incrementa la resistència del virus; per exemple, a pH 13,4 la persistència del virus arriba a les 21 hores en absència de sèrum i fins a 7 dies en presència de sèrum.

El sèrum és un conegut matèria interferent com ho és la matèria orgànica, les proteïnes. Altre cop el full de dades bàsiques de la OIE ens furta indicar els valors inicials i finals del títols vírics i quin valor numèric (en log10R) li assignen a la paraula “inactivació”. Tampoc quin tipus de materials interferents s’han fet servir, la temperatura del procés, si els assajos són en suspensió o bé sobre superfícies o fomites, etc.

 

(VPPA) és susceptible a èter i cloroform. Inactivat per 8/1000 hidròxid sòdic (30 minuts), hipoclorits – 2,3% clor (30 minuts), 3/1000 formalina (30 minuts), 3% orto-fenilfenol (30 minuts) i compostos iodats.

Aquí altre cop les mateixes queixes…incrementades. Es parla de dilucions però no sabem si aquestes dilucions es va aplicar a mètodes en suspensió o carrier (superfícies); no es parla de la temperatura, un paràmetre cabdal en la cinètica del desinfectants; pel que fa als hipoclorits no es fa esment a quines concentracions de matèria orgànica és efectiu, o si aquestes esmentades són efectives en presencia de mat. orgànica per exemple, femta; recordem que el lleixiu (hipoclorit sòdic) es veu afectat per la matèria orgànica. Altre cop no es parla que vol dir inactivat (3log10R? 4 log10R? 5 log10R?). Finalment, llevat del lleixiu i l’hidròxid sòdic la resta són poc o gens aplicables de forma massiva sobre superfícies, estructures o eines d’una granja afectada.

 

(VPPA) resta viable per períodes perllongats a sang, femtes i teixits, i a subproductes porquins no cuits o parcialment cuinats. Pot multiplicar en vectors (Ornithodoros spp.).

No aplica pròpiament perquè estem parlant més persistència que no inactivació però és una dada important perquè de vegades no fer res pot ser una opció. Els virus són estructures inermes, afectades pel medi ambient; la dessecació, les temperatures per sobre de 37ºC, la insolació amb el component de llum UV i altres factors que van inactivant virus sense cap intervenció humana…si sabéssim quan és suficient no caldria fer servir desinfectants, només caldria deixar la granja afectada en repòs, i completament lliure d’intromissions. Lamentablement és un procés que MAI parametritzarem bé i per tant, no és robust ni confiable.

 

Bé, aquesta entrada era nomes per situar el camp de joc…properament tornarem al tema de la desinfecció i inactivació, perquè pot ser crucial en cas d’entrada de VPPA a les nostres contrades. Cosa que no ha passat encara, però.

 

Disinfectant sprays

Amb això, obviament, no arribarem gaire lluny

 

Però aquesta, aquesta és una altra història.

Comentaris virus-lents (210): Ebola, uns comentaris amb data de caducitat.

Aquesta entrada no tindrà cap valor en unes setmanes però l’escric per recapitular una sèrie de conceptes.

 

Desè brot d’Ebola a República Democràtica del Congo….uns dies després de donar-se per acabar tel novè (havent passat 2 períodes de 21 dies que per conveni s’accepta com període en el que Ebolavirus ha d’haver mostrat simptomatologia evident en un infectat); el resultat final 54 casos (38 confirmats i altres 16 probables) amb 33 morts(17 confirmats i 16 probables, amb una letalitat del 60% aproximadament. Però aquesta convenció del període de 21 dies per Ebola ja va trencar a la darrera epidèmia (veure entrada https://comentarisviruslents.org/2014/10/22/comentaris-virus-lents-60-ebola-21-dies-i-no-no-es-una-pel%E2%80%A2licula/).

 

bleachbucketchallenge-629x413

 

Respecte al cas índex sembla que va ser una dona d’uns 65 anys a la localitat de Mangina que patí símptomes compatibles amb febre hemorràgica (febre, vòmits, hemorràgia nasal), morí i  fou enterrada seguint els costums locals. De resultes altres set persones de la família han mort.

 

Dos brots separats 2.500 km de distancia: el novè a nord-oest del país a la província de Equateur; aquest desè al nord-est del país, a la província de North Kivu. No necessàriament un és conseqüència de l’altre, caldrà esperar probes moleculars per conèixer la distancia entre ambdues soques…però probablement seran dues surgències d’un «continu» d’Ebola infra-diagnosticat i circulant EN aquests 2.500 km.

 

Altre dada preocupant és que en alguns malalts, Ebola esdevé “crònic”. Aquesta és una altra convenció que la darrera epidèmia va tombar. Primer perquè es va descriure que el virus pot restar infecciós al semen i al líquid llagrimall d’infectats que s’han guarit completament més enllà del sis mesos…veure https://comentarisviruslents.org/2015/10/16/comentaris-virus-lents-134-ebola-i-semen-una-historia-de-persistencia/ i https://comentarisviruslents.org/2016/01/28/comentaris-virus-lents-152-ebola-una-historia-interminable/ i no hi ha només per homes també per les dones…hi ha una descripció de transmissió del virus d’una dona gestant cap a la seva família (tres membres) molts mesos després (un any) de recuperar-se ella de la infecció. Possiblement la gestació va alterar el status d’immunitat de la dona i el virus re-emergí; tant la dona com el nadó presenten anticossos contra el virus. Per més detalls del cas: https://www.thelancet.com/journals/laninf/article/PIIS1473-3099(18)30417-1/fulltext. I per saber més d’ Ebola i immunitat… https://comentarisviruslents.org/2014/11/14/comentaris-virus-lents-65-ebola-i-sistema-immune/. Que amb 18.000 infectats recuperats s’hagi descrit això vol dir que puntualment, amb nombres d’afectats menor, aquest fenomen és potencialment repetible.

 

Tinguem en compte que les primeres dades parlen de 4 mostres positives d’un total de sis mostres recollides i que es parla ja de 20 afectats (morts) per febres hemorràgiques. Pel cap baix això vol dir un mínim de 3-4 setmanes de circulació davant dels ulls de tothom fins que l’acumulació de casos ha fet esclatar l’alarma. I estem parlant d’un país on això és relativament normal, i justament amb sistemes de vigilància encara alerta perquè estaven sortint del novè brot.

 

Se sap que la vacunació en anell ha funcionat a la perfecció en el novè brot. La vacuna de MERCK funcionà perquè CAP de les persones que l’han rebuda han emmalaltit, entre ells centenars de contactes, persones que havien estat en contacte proper amb infectats alguns mostrant simptomatologia.

 

Injectable-Drugs-Medicine-Vaccine-Bottle-Virus-Vial-600x337

 

 

Però aquesta vacuna es va dissenyar partint del “esquelet” de la soca Zaire de Ebola i no està clar que sigui efectiva per altres soques. Per sort, s’ha informat que el nou brot és de la mateixa soca per la quals cosa es podrà aplicar la vacunació en anell….probablement la setmana vinent segon les darreres informacions.

 

Però…North Kivu no es Equateur. Equateur era i és una província “pacífica”. North Kivu és una província amb milers de desplaçats i emigrats i amb bastanta violència, bé de fet és quasi zona de guerra…gent que no vol ser buscada i trobada…i en aquest escenari plantejar una vacunació de contactes que no volen ser trobats i exposar els equips de vacunació a una violència que pot ser letal resultarà problemàtic.

 

Les poblacions desplaçades suposen un increment en al pressió sobre l‘ecosistema; la manca d’aliments “tradicionals” com serien agrícoles o ramaders empeny a la gent servir-se dels boscos que els envolten i a capturar, esquarterar i menjar animals que poden portar Ebola, o exposar-se a ambients freqüentats per ratpenats que poden portar-lo a altres concentracions sense veure’s afectats.

 

A més, la zona torna a estar infestada (com al novè brot) de cursos fluvials i vies de comunicació amb dos països limítrofs com són Uganda i Ruanda…queda per veure si no hi arribarà.

 

Veurem com progressa tot plegat, però. Estem a les beceroles d’aquest brot i les dades explicades tenen data de caducitat propera. El que sembla cert és que Ebola aviat deixarà de ser una noticia puntual i pot esdevenir una noticia reiterada. Anirem aprenent lliçons com les generades a la darrera gran epidèmia… https://comentarisviruslents.org/2015/11/12/comentaris-virus-lents-140-llicons-apreses-de-lebola-fins-el-proper-setembre/. Amb una bala a la re-càmera, això sí, la vacunació en anell, que no teníem abans.

 

Però aquesta, aquesta és una altra història.

Comentaris virus-lents (207): Plouen els virus sobre els nostres caps.

 

En aquest blog hem parlat més d’un cop de la diversitat i l’enormitat numèrica dels virus, que porten a la Terra quasi tant temps que qualsevol forma de “vida”, si no més. Us recomano que re-visiteu… https://comentarisviruslents.org/2015/04/11/comentaris-viruslents-99-mes-virus-que-estels-al-firmament/ o https://comentarisviruslents.org/2015/04/16/comentaris-virus-lents-101-el-planeta-viral-es-fa-preguntes-ser-o-no-ser/https://comentarisviruslents.org/2015/05/19/comentaris-virus-lents-110-i-els-virus-cobriran-la-terra/.

 

earth_blue_planet_globe_219085

Un nou capítol del que és la “virosfera”, “viroma” en altres àmbits, es mostrà fa unes setmanes.

 

S’ha descrit (Reche et al., 2018) que a cada metre quadrat del planeta li cauen, diàriament, uns 800 milions de virus. Una afirmació rotunda, però que cal explicar.

 

El primer de tot és deixar l’egocentrisme, en aquest cas l’antropocentrisme, de banda. Tots aquests milions de virus no afecten al ésser humà, o sols ho podria fer una molt petita fracció. La immensa majoria dels virus afecten als bacteris, i els superen en nombre a la Terra. De fet a l’estudi que comentem també s’aïllaren bacteris però en un nombre inferior, entre 10 i 400 vegades menys, sols desenes de milions a la mateixa àrea.

 

Per altra banda, 800 milions de virus no vol dir 800 milions de virus infecciosos, amb possibilitat de propagar-se. L’estudi va traçar molecularment aquests virus, no va provar ni confirmar que tot aquest material genètic encara retingués la capacitat d’infectar l’hoste corresponent.

 

Aquesta detecció s’ha realitzat en condicions “especials” a 2.500-3.000 metres d’alçada, a les muntanyes de Serra Nevada, a Espanya. No està clar que aquest escenari, o comptatge, es repeteixi a nivell del mar, on es concentra la majoria de la població, i de fet les proves indirectes apunten a que la pluja seria “menor”.

 

Això implica que la rosada del mar, i les tempestes de pols són grans transportadors de virus. Lògicament els investigadors van trobar que les característiques de la majoria dels virus aïllats els hi feien assignar-los un origen marí. Només cal tenir present l’extensió d’aigua salada respecte les àrees continentals i el vent que molt sovint les remou i aixeca.

 

Un cop els virus als corrents atmosfèrics, sense obstacles per la fricció amb la superfície de la terra, poden teòricament viatjar llargues distàncies. Els virus, més “lleugers” que els bacteris, podrien restar en suspensió a l’aire per més temps i per tant recórrer majors distàncies. Els viatges intercontinentals serien, doncs, possibles però això no hauria de fer canviar l’epidemiologia de les malalties infeccioses, en les que juguen el seu paper la dosi, la via d’infecció i el portal d’entrada del patogen entre altres.

 

Però tot això apunta, de nou, al paper central que tenen els virus a la vida a la Terra tal com la coneixem: juguen papers en totes les facetes, des de la nostra microbiota intestinal però també la de la resta d’animals, fins el nostre sistema immunològic, o fins l’evolució d’ecosistemes terrestres i marítims, la regulació del clima i l’evolució de les espècies. Els virus contenen una gran quantitat de gens que són desconeguts, i poden repartir-los a les espècies a les que infecten; de fet entre el 40 i el 80% del nostre genoma, el genoma humà, es relaciona amb infeccions passades degudes a virus ancestrals (Parrish and Tomonaga, 2016); més en detall i tot, el nostre ADN conté més de 100.000 fragments virals, de seqüències originades a partir de retrovirus que ens infectaren en temps pretèrits.

 

Potser som pols d’estrelles però també podem afirmar que som una obra, en bona mesura, viral.

 

Però aquesta, aquesta és una altra història.

 

 

Referències

  1. Moots, H. (2016). What Percent Virus Are You? FiveThirtyEight. A: https://fivethirtyeight.com/features/what-percent-virus-are-you/

  2. Parrish NF, and Tomonaga K (2016) Endogenized viral sequences in mammals. Curr Opin Microbiol. 31:176-183. doi: 10.1016/j.mib.2016.03.002. A: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/27128186

  3. Reche I, D’Orta G, Mladenov N, Winget DM and Suttle CA (2018). Deposition rates of viruses and bacteria above the atmospheric boundary layer. The ISME Journal 12:1154–1162. doi:10.1038/s41396-017-0042-4. A: https://www.nature.com/articles/s41396-017-0042-4

 

Comentaris viruslents (204): Homenatge als virus desconeguts…bacterians.

 

Llegir ciència als diaris és engrescador per dos motius; perquè sempre és bo que la ciència arribi al públic i s’ha de valorar i felicitar a tothom que ho practica i perquè de la lectura crítica de cada article (ningú és perfecte!!) poden sortir comentaris addicionals (que de fet és també un clàssic científic, on és freqüent que les troballes més engrescadores siguin laterals al tronc principal de la recerca pròpia).

 

Fa un dies, El Pais, un desastre de libel si parlem de Catalunya però un diari que encara s’interessa per divulgar certa ciència publicava “A la caza del virus desconocido que amenaza la humanidad” (enllaç https://elpais.com/elpais/2018/02/22/ciencia/1519322760_187107.html). El cos de la noticia és correcte però hi ha algunes errades o mitges veritats que convé ressaltar.

 

“El virus que provoque la siguiente gran pandemia puede estar agazapado en el interior de un animal esperando su momento para saltar al primer humano”…potser no cal ser tan poètic. Els virus no “esperan momentos”; els virus no tenen consciència, de fet fins i tot s’ha dubtat de si els virus estan vius o són essers vius (per més detalls podeu consultat una entrada prèvia https://comentarisviruslents.org/2015/05/01/comentaris-virus-lents-105-i-si-els-virus-no-fossin-els-virions/). Els virus tampoc estan “agazapados” per la senzilla raó que repliquen i es propaguen a la seva conveniència i no tenen perquè mostrar-se. De fet mostrar-se, generar una infecció aguda que pot acabar amb la mort de l’infectat pot ser un mal negoci pel virus, que es queda sense l’energia i els elements per mantenir la seva propagació; és per això que es diu que el virus més adaptat és aquell que es propaga sense malmetre (excessivament) el seu hoste, en una relació més propera al parasitisme benigne, fins i tot al comensalisme.

 

L’errada seriosa la tenim poc després, i reflecteix el nostre antropocentrisme, o animalcentrisme si volem. Diu …” quedan por descubrir alrededor de 1,67 millones (fantàstica previsió ajustada!!) de especies que habitan dentro de mamíferos y aves, los huespedes más habituales de estos microorganismos.” El primer de tot és que és una noticia relativament “antiga”; ja el 2013 es parlava que com a mínim tindríem un milió d’espècies víriques damunt al Terra, de les quals 320.000 ho serien de mamífers (http://www.virology.ws/2013/09/06/how-many-viruses-on-earth/). Però és que el concepte “huespedes más habituales” és una errada radical. Per què són més habituals? Tenen potser els virus preferència pels vertebrats? Si assumim que els virus no són conduits per una força directriu i tenim en compte que hi ha 50 milions de cèl·lules bacterianes en un gram de terra o més de 10 milions de bacteris en un mil·lilitre d’aigua (veure enllaç https://cosmosmagazine.com/biology/hidden-in-plain-sight-massive-new-family-of-ocean-virus-uncovered), de veritat pensem que no hi ha virus que no s’aprofitin d’aquests números? De veritat pensem que les Archea (antigament incloses dins dels bacteris) i els bacteris, que porten sobre la terra desenes, centenars de milions d’anys més que els vertebrats, els mamífers, no han patit l’atac víric des de molt abans i que els virus no han tingut molt més temps per anar-se diversificant amb i en aquests hostes procariotes? Que uns paràsits obligats com són els virus estan menystenint la possibilitat de propagar-se en 10 elevat a 31 organismes procariotes, un 10 seguit per 30 zeros (enllaç http://phenomena.nationalgeographic.com/2013/02/20/an-infinity-of-viruses/ o una prèvia entrada en aquest blog https://comentarisviruslents.org/2015/04/11/comentaris-viruslents-99-mes-virus-que-estels-al-firmament/)?.

De bacteriòfags, que és la manera que tenim de denominar els virus de bacteris n’hi ha una legió…molta d’ella fantasma, sense descriure.

 

Encara que les dades d’un estudi molt citat (Whitman et al, 1998), que calcularen la biomassa bacteriana i la feren molt propera o quasi equivalent a la de les plantes, no sigui del tot correcte, de ben segur els hostes més habituals pels virus no seran els eucariotes, si no els procariotes, els bacteris i les Archea, i la diversitat bacteriofàgica serà també major. Altra cosa és que els prestem tanta atenció.

 

Però aquesta, aquesta és una altra història.

 

 

Referències

Whitman et al., 1998. Prokaryotes: the unseen majority. Proc Natl Acad Sci U S A. 95(12):6578-6583. Enllaç a: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/9618454