comentarisviruslents

Aquest blog és una seguit de comentaris personals i probablement poc transferibles sobre ciència i política.

Archivos en la Categoría: Influenza aviar H5N1

Comentaris virus-lents (186): H5N8 ja és aquí…com ho gestionem?

A la darrera entrada, fa uns pocs dies, comentàvem que H5N8 havia arribat a l’altra banda dels Pirineus i que no trigaria en saltar cap a la Península. Fa dos dies s’informava de la detecció de la soca H5N8 a dos oques vulgars (Anser anser) trobades mortes a la llacuna de La Nava de Fuentes, a Palència (Castella i Lleó). Aquesta detecció va ser possible pel que anomenem vigilància epidemiològica passiva.

graylag_geese_anser_anser_in_flight_1700

Anser anser en ple vol. De: http://www.gbif.org/species/2498036

Vigilància epidemiològica passiva? Vigilància epidemiològica d’aus silvestres? Expliquem un pel més això.

 

Els programes de vigilància passiva en aus silvestres es basen en la detecció de qualsevol increment anormal en la mortalitat d’aus silvestres que pugui relacionar-se amb l’aparició d’influença aviària. En resum, aus silvestres mortes que no ho hagin estat per acció d’un depredador. En aquests casos es procedirà a la recollida i tramesa de les mostres de cadàvers d’aus silvestres als laboratoris de referència per a la seva anàlisi. El centre on treballo, IRTA-CReSA és el responsable de la vigilància a Catalunya, per delegació del Departament d’Agricultura, Ramaderia, Pesca i Alimentació (DARP). La recollida de les aus s’ha de fer per personal especialitzat o bé adoptant unes precaucions mínimes de seguretat (guants, pinces, mascareta filtrant si es disposa d’ella). Un punt clau de la vigilància passiva és proporcionar a la població les pautes d’actuació si troben aus mortes. Com es tracta d’aus mortes estem davant un procés agut, i fatal i les mostres que s’analitzen habitualment són hisops traqueals i cloacals (que són les habituals vies de secreció excreció viral. La detecció de genoma del virus implica positivitat, i infecció recent.

 

En contraposició als programes de vigilància passiva estan els programes de vigilància activa; en aquests casos s’estableix un mostreig en aus silvestres de manera ininterrompuda al llarg de tot l’any, per intentar comprendre millor l’epidemiologia del virus. El mostreig s’intensifica en les èpoques de cria, pas migratori i hivernada. Aquest mostreig es pot fe amb captures o mostrejant aus mortes per caçadors. El nombre d’aus, la seva distribució durant l’any i les especies implicades ha de ser curosament calculades per maximitzar la capacitat de detecció. En aquestos casos les mostres de referència son les mateixes; hisops traqueals i cloacals però també pot extraure-les sèrum (de les aus vies) per controlar exposició prèvia al virus de la grip aviària, i a quina soca en concret.

 

El focus dels dos programes estan a les variants H5 ó H7 dels virus de la grip aviària que són on es troben les variants altament patogèniques per les aus…i en algunes soques, per humans.

 

Això que acabem de comentar té la funció d’un radar, que ens informa de la possible circulació del virus a les poblacions silvestres i d’una potencial afectació a les poblacions aviars de producció. Per tant és una mesura preventiva, que es complementa amb plans de vigilància equivalents a les explotacions aviars. En aquests casos, molts més controlables i quantificables els propietaris o el personal que té cura dels animals han de notificar amb urgència en cas de detectar algun, o més d’un, dels següents signes (tots ells mesures indirectes d’un procés infecciós):

  • Caiguda del consum de pinso o aigua superior a un 20%,

  • Caiguda en la posta superior a un 5% durant dos dies consecutius,

  • Mortalitat superior al 3% durant una setmana,

  • Qualsevol signe clínic o post-mortem que suggereixi la presència de la malaltia.

 

Però els plans de vigilància no són la solució única per prevenir la grip aviària; hi ha tres tipus de mesures que cal utilitzar conjuntament.

 

En primer lloc, les mesures de bioseguretat i vigilància entre les que inclouríem:

  • posar en quarantena les granges infectades;

  • restriccions a la circulació, moviment d’aviram en les zones circumdants a la zona afectada, ja estigui confirmada o encara amb status de sospitosa;

  • estrictes mesures d’higiene com l’ús de roba de protecció i desinfecció dels vehicles que passen per zones infectades per prevenir la propagació del virus a través de fomites o equips contaminats;

  • la vigilància de les aus silvestres i de corral a les àrees circumdants a la zona afectada, ja confirmada o encara sols sospitosa.

 

En segon lloc, si es detecta un brot, sacrifici de les aus infectades. Actualment no hi ha una cura per la grip aviària altament patògena i s’adopta una versió plumífera de “mort el gos, mort la ràbia”. En aquesta situació, per prevenir la propagació del virus, entrarien les següents accions;

  • Totes les aus en un lloc determinat (per exemple, una granja) on hi ha casos positius han de ser eliminats…encara que no s’hagin assajat.

  • Els cadàvers de les aus sacrificades han de ser degudament eliminats, la qual cosa es fa generalment mitjançant el seu enterrament o la incineració.

  • Les aus d’explotacions a les rodalies de la zona especifica afectada poden ser també reglamentàriament sacrificats. El radi afectat pot ser de uns quants kilòmetres.

 

En tercer lloc, per evitar una major propagació de la infecció, es pot implementar un programa de vacunació si la vacuna està quantitativament disponible tenint en compte el següent:

  • La vacunació és una estratègia de prevenció,

  • La vacunació no sempre prevé de la infecció, però l’au vacunada no mostrarà simptomatologia evident ni es morirà com si faran les aus infectades no vacunades.

  • Si una au vacunada s’infecta, o bé no excretarà virus o ho farà a nivells, quantitats molt més baixes que una au infectada no vacunada i això ajuda a aturar la circulació del virus.

 

La presència de virus de la grip aviaria d’alta patogenicitat (Highly pathogenic Avian Influenza, HPAI en anglès) a Espanya no és molt freqüent. Això no vol dir que no circuli si no que s’ha aïllat poc.

 

A silvestres, l’únic cas de HPAI H5N1 va ser al juliol de 2006, aïllat d’un exemplar silvestre trobat mort, un cabussó emplomallat (Podiceps cristatus).

 

Pel que fa a aus de producció es donà un focus de HPAI H7N7 en una explotació de gallines de posta a Guadalajara (Castella-La Mancha), a finals del 2009. Al 2013 es va detectar un focus d’influença aviària H7 (que té soques altament patogèniques per aus). En aquest cas, però fou un virus aviar de baixa patogenicitat (H7N1) en una explotació de gallines reproductores a Lleida. En tots dos focus, després de la confirmació, es va delimitar una zona de protecció i una zona de vigilància per prevenir la difusió de la malaltia, així com el sacrifici de totes les aus presents a la explotació (més de 300.000 gallines a Guadalajara; 13.000 a Segrià), la destrucció de tots els materials presents a l’explotació que poguessin vehicular el virus (per exemple tots els ous i el pinso) i la seva posterior neteja i desinfecció. No es van detectar focus secundaris en cap dels dos casos.

 

Tanmateix, totes les deteccions de grip aviària són importants, tant les soques HPAI com LPAI…a tall d’exemples, durant 1983 i 1984 es va produir un brot epizoòtic als Estats Units originat pel subtipus H5N2 que va començar amb baixes taxes de mortalitat, per anar evolucionant i al cap de sis mesos arribar a taxes de mortalitat en aus del 90%. Al final calgué sacrificar més de 17 milions d’aus. O un brot de grip aviaria LPAI H5N2 que començà a Mèxic el 1992 i que va acabar essent altament mortal i no pogué ser controlat fins el 1995.

 

I és que costa molt controlar les aus, sobre tot les silvestres, i més encara netejar i sanejar una explotació perquè els virus influença poden subsistir, mantenir-se potencialment infecciosos sobre superfícies, eines i materials, les fomites. No massa temps, però poden.

 

Però aquesta, aquesta és una altra història.

Anuncios

Comentaris virus-lents (164): Concepte Gain of Function, la ciència sempre guanya?

El concepte Gain of function, que podríem traduir per guany o millora de funció/funcionalitats no és un concepte nou. Els experiments de modificació de funcionament en un sentit general són una pràctica quotidiana a la microbiologia des de fa molts anys. En aquest experiments s’afegeixen o modifiquen propietats o funcions tant a virus com a bacteris, per exemple amb mutacions als gens per generar noves o millorades funcionalitats a les proteïnes resultants. El camí invers, generar pèrdues de funcionalitats també és possible…i pot donar tanta informació com els guanys de funció. Per tant, en un sentit estricte, quan ens parlin d’un experiment que caigui en aquesta categoria no cal desqualificar-lo…immediatament.

GainOfFunction-GOF-1082214doctor

El dilema sorgeix quan estem treballant amb patògens ja de per si prou perillosos, com podria ser la influenza aviaria altament patògena H5N1, el SARS Coronavirus, el MERS Coronavirus i volem fer experiments de guany de funció per específicament cercar un increment en la seva transmissibilitat, patogenicitat, o alterant (fent més ampli) el rang d’hostes susceptibles. Però no solament en aquest casos, perquè també ens han de preocupar experiments que cerquin incrementar la resistència dels bacteris als antibiòtics terapèutics actuals, generar mutants que escapin a les formulacions vacunals actuals i que les facin ineficaces, o generar mutants que escapin, que siguin invisibles, a les tècniques diagnòstiques o de detecció habituals.

Als darrers anys s’ha donat un fort increment de la preocupació oficial pel mal ús o l’ús dual (entenem dual use com els coneixements o tecnologies adquirides a través de la investigació científica que podrien ser mal emprades amb fins criminals o terroristes o en el camp militar) d’una recerca aplicada en el camp de la microbiologia de patògens de grup de risc 3 i superior…un tema no massa entès a les universitats o centres de recerca que no inclouen la bioseguretat, la biocontenció i la bioprotecció com temes en els que també cal formació. I clar, quan la recerca és llavors fiscalitzada per experts en bioseguretat, als que els científics retreuen una baixa o nul·la formació en microbiologia i/o biotecnologia i sempre delerosos de menystenir els beneficis científics i socials d’aquella recerca i de maximitzar els riscos potencials, les amenaces a la seguretat, l’embolic i la desconfiança estan garantides. El problema és encara més gran si tenim en compte que de regulacions i lleis hi ha unes quantes, emeses per diferents cossos regulatoris, ministeris, agències, de diferents estats i en alguns casos aquestes són un pèl abstruses. Manca més claredat regulatòria, de vegades tot rau en l’establiment ferm i sense discussió de qui és EL responsable regulatori de tota la problemàtica en bioseguretat, i més uniformitat, homologació entre els diferents estats.

Per tant, cal cooperació internacional i marcs normatius el més comuns possibles, perquè no se’ns escapa a ningú que la recerca en les ciències biològiques és una recerca molt internacionalitzada; molts projectes són xarxes que involucren estats de diversos continents; els investigadors tenen contactes i bescanvien dades amb col·legues all over the world; hi ha cooperació entre centres de recerca i universitats molt distants i per acabar-ho d’adobar els resultats de la recerca es distribueixen a tot el món a través d’internet. La regulació salta feta miques ja que els riscos del mal ús dels resultats no queda reclosa a l’estat on s’ha desenvolupat físicament la recerca.

I aquesta regulació externa és necessària. La responsabilitat individual dels científics no deixarà de ser un aspecte important per fer front als dilemes dels experiments de Guany de funció, que podrà ser acompanyada o enfortida per comitès d’ ètica o bioseguretat i codis de conducta de la institució. Però tota aquesta autoregulació pot fallar i caldrà un  marc regulatori superior.

Els experiments que es dissenyen per millorar la transmissibilitat, o la virulència, o resistència a les contramesures actuals, de patògens de nivell 3 i 4 evidentment estant modificant el risc per a la salut de la població. Per començar, s’està produint un mutant que no està a la natura…encara. Si a més, no hi ha un benefici immediat, ni previsible, en forma de cura terapèutica o vacuna, són una eina vàlida?

GOF risk and benefits 21666-0309367832-450

Davant d’un experiment d’aquestes característiques una persona “dual”, amb una cama a cada cap, la virologia i la bioseguretat es plantejaria una sèrie de qüestions…Quin coneixement es pot guanyar realment amb aquests experiments? Aquest coneixement podria obtenir-se per altres vies? Es poden realitzar aquests experiments en condicions de seguretat, en instal·lacions ben mantingudes, dirigides i amb el mínim personal involucrat? Quins plans de contingència té la instal·lació? Quin és el benefici per a la salut esperat, tant immediat com a mitja termini? Quina és la probabilitat que els experiments siguin emprats de manera abusiva, per exemple, per terroristes, però també, perquè no, per l’esfera militar? Com de realista és el risc que terroristes o altres persones voldran fer mal ús dels resultats de la recerca, i que tinguin la capacitat real de poder-ho fer? És sempre necessari que els resultats de la recerca estiguin a disposició de tothom?

Moltes d’aquestes preguntes tenen respostes “duals”…en funció de cada cas.

Però aquesta, aquesta és una altra història.

Comentaris virus-lents (139): CReSA dins del mapa ICTS? I que és una ICTS?

La ciència es pot fer amb pocs mitjans, però bons plantejaments, millors preguntes i un molt de cervell. Tanmateix molta de la ciència actual necessita grans mitjans…i molt de cervell per aprofitar-los.

 

A Espanya, a Catalunya, tenim també grans mitjans si bé mancats de la priorització que els caldria per part d’uns governs centrals que mai han entès que la ciència i la recerca (no militar) és un benefici per a la societat, a present i a futur. En les darreres dècades, a Espanya i a Catalunya, s’han construït i han començat a operar una sèrie d’infraestructures  i equipament científic-tècnic, amb la finalitat de ser líders als seus camps, captar talent i atreure activitats empresarials de R+D+i.

 

Per racionalitzar i permetre sinèrgies i col·laboracions entre aquestes infraestructures s’ha construït un mapa de Infraestructuras Científicas y Técnicas Singulares (ICTS). La presència d’una infraestructura en aquest llistat vol dir estar davant d’una infraestructura de titularitat pública; haver passat una avaluació independent per experts internacionals; ser única al seu gènere, amb costos d’inversió, manteniment i operació molt alts (un mínim de 10 milions d’euros d’inversió acumulada en actius tecnològics) i estar oberta a l’accés d’investigadors d’institucions públiques o privades. Per tant no estar-hi no vol dir no fer bona ciència si no absència de compliments dels paràmetres anteriors. La idea d’aquest mapa és fer-ho visible a la societat, a altres centres de recerca i a les empreses, per potenciar les seves capacitats mitjançant una millor coordinació entre elles, evitar la seva obsolescència, evitar redundàncies (si n’hi ha una ICTS ja activa no es farà una altra equivalent sense aprofitar abans al màxim la ja existent) i aconseguir la implicació del sector industrial. El mapa actual (2013-2016) es va aprovar a finals del 2014 i substitueix el primer mapa, creat el gener del 2007, i és un mapa obert, que pot incorporar noves infraestructures si compleixen els criteris però també pot fer fora aquelles que no els compleixin.

 

Les ICTS cal que comptin amb una Pla Estratègic quadriennal que sigui sotmès a revisió periòdica, establint periòdicament objectius, estratègies i recursos. També ha de tenir constituït un Comitè Científic Assessor amb experts internacionals i comptar amb esquemes i personal de gestió professionals.

 

Aquestes ICTS  han de tenir mecanismes d’accés públics i transparents de manera que tot personal investigador pugui presentar propostes d’activitats que un cop avaluades, si demostren prou qualitat científica i/o tecnològica seran prioritzades a la seva realització.

 

Les ICTS (un total de 59 centres agrupats en 29 ICTS) es reparteixen en 8 àmbits: astronomia i astrofísica; ciències del mar, de la vida i de la terra; ciències de la salut i biotecnologia; tecnologia de la informació i les comunicacions; energia; enginyeria; materials; i ciències socio-econòmiques i humanitats. Aquelles ICTS amb una única localització, un únic edifici, s’anomenen Infraestructuras con localización única; altres poden formar part d’una Red de Infraestructuras (RI) o constituir-se com una Infraestructura Distribuida (ID), depenen del nivell d’integració i coordinació de les seves capacitats.

 

A Catalunya n’hi ha 10 d’aquestes ICTS, que serien també les ICTS en una Catalunya independent si apliquéssim els mateixos criteris, amb algunes incorporacions de centres de l’esfera CERCA (una de les exitoses eines catalanes sense contrapart a Espanya). Estem parlant, entre altres, del CNAG (Centre Nacional d’Anàlisi Genòmica), del Barcelona Supercomputing Center (BSC), del Sincrotró ALBA…i del Centre de Recerca en Sanitat Animal (CReSA).

 

CReSA entra al Mapa de les ICTS per constituir, juntament amb el CISA (Centro de Investigación en Sanidad Animal) una xarxa de dos nodes, la xarxa de Laboratoris d’Alta Seguretat Biològica (red de Laboratorios de Alta Seguridad Biológica, RLASB). Som dues institucions que ens dediquem a la recerca en patògens animals però també zoonòtics, per tant afectant a humans, alguns d’elles extremadament perillosos (influenza aviaria, virus de febres hemorràgiques, West Nile Fever Virus, Chikungunya, MERS Coronavirus, prions, etc.).  Els dos centres formen també part de la Red de Laboratorios de Alerta Biológica (RELAB), per més detalls veure entrada 125 https://comentarisviruslents.org/2015/07/19/comentaris-virus-lents-125-irta-cresa-dins-la-relab-umm-que-es-la-relab/.

 

Com a xarxa CReSA i CISA hauran de bastir un pla estratègic conjunt encara que mantindran autonomia en les seves activitats. Aquesta xarxa hauria de permetre un millor accés a les capacitats de maneig experimental amb patògens perillosos per promoure la recerca en vacunes, teràpies post-infecció i un millor coneixement de les malalties que aniran trucant a la nostra porta els propers anys.

 

Que això sigui així depèn de tots nosaltres però principalment dels organismes rectors i finançadors de la ciència a Espanya…i a Catalunya.

 

Però aquesta, aquesta és una altra historia.

 

Per saber més d’aquesta però també altres ICTS pitjar enllaç   http://www.idi.mineco.gob.es/stfls/MICINN/Innovacion/FICHEROS/ICTS_esp.pdf

Comentaris virus-lents (89): Delivering on the cutting edge of the sword, Categoria A (i 2).

Reprenem allò que vam iniciar a l’entrada 84 fa unes setmanes. Quan enviem una mercaderia perillosa (unes mostres d’un virus de febre hemorràgica, com el virus de la febre de la vall del Rift o, perquè no, unes espores de Bacillus anthracis, o un cultiu de Mycobacterium tuberculosis o unes suspensions víriques de influenza aviar altament patògena) contraiem una sèrie d’obligacions. Aquest és un extrem que no està gens clar per molt personal de centres de recerca o  instituts. L’expedidor té la responsabilitat de classificar adequadament les substancies infeccioses; denominar-les correctament fent servir la corresponent designació oficial de transport i el corresponent numero (codificació) de les Nacions Unides (UN); empaquetar-les correctament; etiquetar el paquet corresponent amb les marques o etiquetes pertinents; generar tota la documentació de transport necessària pel transportista però també per les duanes (sí, a Europa encara cal passar duanes, particularment per materials infecciosos, sí tenim alguna cosa a declarar); contactar i acordar el transport amb el transportista i notificar al receptor de la sortida del paquet.

KIDS62AWR

Déu n’hi do, no? I semblava fàcil enviar un paquet. Si no ho fem tot correctament correm el risc que el nostre paquet no arribi o es retardi de tal manera que deixi de ser útil (per dubtes a nivell del propi transportista o bé per quedar bloquejat a duanes que demana més documentació o explicacions). Recordem que el material infecciós a més de perillosos acostuma a ser força “fràgil” o “inestable”. Si se’ns descongela el material infecciós transportat en neu carbònica (diòxid de carboni sec) la mostra pot perdre les seves qualitats en qüestió d’hores o dies.

Es distingeixen 9 classes de mercaderies perilloses. Pels que gestionem el transport de material infecciós ens interessen principalment tres classes: la classe 3 de inflamables; la classe 6 d’infecciosos i tòxics i la classe 9 la miscel·lània de mercaderies perilloses (on es troba la neu carbònica).

Si ens centrem en la classe 6 distingim entre toxines o tòxics (Divisió 6.1) i materials infecciosos (Divisió 6.2). El tema es complica perquè dintre de la divisió 6.2 distingim diferents categories; les substancies infeccioses (o materials de Categoria A); les substàncies biològiques (epp! també són infeccioses, descrites com materials de Categoria B); els productes biològics; els organismes i microorganismes modificats genèticament; els residus mèdics o clínics i els espècimens exemptes de pacients humans o animals…Ens agrada molt fer caixetes!!

InfectiousSymbol

Baixen un graó més al detalls i parlem de la categoria A, i deixem la categoria B per una futura entrada. La categoria A es definida com una substància infecciosa que en ser transportada, si es donés una exposició a l’exterior, seria capaç de causar incapacitat permanent, o malalties mortals o molt greus en essers humans o animals sans, immunocompetents. La designació oficial de transport d’aquestes substàncies quan afecten a humans (i animals) es Infectious substance, affecting humans, mentre que el seu codi de Nacions Unides és el UN2814. Si l’agent infecciós afecta exclusivament a animals, no pot infectar humans, la designació oficial de transport és Infectious substance, affecting animals, amb codi UN2900. Per cert no busqueu una lògica en els codis, no la té.

I de quines substàncies estem parlant (per variar en lloc de posar-vos el link us deixo el llistat). Doncs per Infectious substance, affecting humans, amb UN2814 tenim:

  • Bacillus anthracis (solament cultius)
  • Brucella abortus (solament cultius)
  • Brucella melitensis (solament cultius)
  • Brucella suis (solament cultius)
  • Burkholderia mallei – Pseudomonas mallei – Glanders (solament cultius)
  • Burkholderia pseudomalleiPseudomonas pseudomallei (solament cultius)
  • Chlamydia psittaci – avian strains (solament cultius)
  • Clostridium botulinum (solament cultius)
  • Coccidioides immitis (solament cultius)
  • Coxiella burnetii (solament cultius)
  • Crimean-Congo hemorrhagic fever virus
  • Dengue virus (solament cultius)
  • Eastern equine encephalitis virus (solament cultius)
  • Escherichia coli, verotoxigenic (solament cultius)
  • Ebola virus
  • Flexal virus
  • Francisella tularensis (solament cultius)
  • Guanarito virus
  • Hantaan virus
  • Hantavirus causing hemorrhagic fever with renal syndrome
  • Hendra virus
  • Hepatitis B virus (solament cultius)
  • Herpes B virus (solament cultius)
  • Human immunodeficiency virus (solament cultius)
  • Highly pathogenic avian influenza virus (solament cultius)
  • Japanese Encephalitis virus (solament cultius)
  • Junin virus
  • Kyasanur Forest disease virus
  • Lassa virus
  • Machupo virus
  • Marburg virus
  • Monkeypox virus
  • Mycobacterium tuberculosis (solament cultius)
  • Nipah virus
  • Omsk hemorrhagic fever virus
  • Poliovirus (solament cultius)
  • Rabies virus (solament cultius)
  • Rickettsia prowazekii (solament cultius); Rickettsia rickettsii (solament cultius)
  • Rift Valley fever virus (solament cultius)
  • Russian spring-summer encephalitis virus (solament cultius)
  • Sabia virus
  • Shigella dysenteriae type 1 (solament cultius)
  • Tick-borne encephalitis virus (solament cultius)
  • Variola virus
  • Venezuelan equine encephalitis virus (solament cultius)
  • West Nile virus (solament cultius)
  • Yellow fever virus (solament cultius)
  • Yersinia pestis (solament cultius)

I per Infectious substance, affecting animals, amb codi UN2900.

  • African swine fever virus (solament cultius)
  • Avian paramyxovirus Type 1–Velogenic Newcastle disease virus (solament cultius)
  • Classical swine fever virus (solament cultius)
  • Foot and mouth disease virus (solament cultius)
  • Lumpy skin disease virus (solament cultius)
  • Mycoplasma mycoides – Contagious bovine pleuropneumonia (solament cultius)
  • Peste des petits ruminants virus (solament cultius)
  • Rinderpest virus (solament cultius)
  • Sheep-pox virus (solament cultius)
  • Goatpox virus (solament cultius)
  • Swine vesicular disease virus (solament cultius)
  • Vesicular stomatitis virus (solament cultius)

Mireu que en molts casos es parla de “solament cultius”. Això vol dir que afecta a material propagat o crescut intencionadament, i per tant amb un alt títol, és a dir, moltíssimes partícules víriques per mil·lilitre. Per tant una mostra directa d’un animal o persona infectada no entraria en aquesta definició. Així una mostra d’una persona infectada amb Rift Valley fever virus no és tècnicament categoria A, però si fem créixer aquesta mostra en un sistema experimental, si l’enriquim, sí que passa a categoria A. Això no val per l’Ebola, i altres virus hemorràgics com Marburg, on tot material és categoria A, independentment el fem créixer o no. Una mica gris tot plegat, no?

Bones i llargues llistes, eh? Doncs no tant. No trobeu que manquen alguns virus? Llegiu la llista altre cop, i penseu. La solució…al final.

De tota manera a l’hora d’enviar el material es segueix la norma del triple embalatge o triple packaging. El primer conté el patogen; aquest envàs ha de ser rígid i hermètic. Aquest envàs ha de trobar-se dintre d’un segon envàs, també estanc (però no necessariament rígid) que ha de contenir també prou material absorbent per retenir el material infecciós si l’envàs primari es trenqués. Finalment l’envàs secundari es trobi dins d’un envàs terciari que ha de mostrar al seu exterior totes les identificacions i marcatges necessaris per poder saber que hi ha dins sense obrir el paquet. Aquests materials i embalatges porten uns marcatges específics que ens donen seguretat que han estat testats per aguantar caigudes lliures de 8-9 metres, fortes diferencies de pressió, gran estanquitat i altíssima resistència a les punxades o penetracions.

Category A parcel-3 containers

Les quantitats estan força limitades, a 50 g per enviament. I també hi ha una restricció a la mida del paquet que ha de mesurar més de 10 cm per cadascuna de les dimensions; això es fa per garantir que el paquet serà prou gran i per tant basant visible i localitzable.

I els virus us pregunteu? Heu vist al llistat el SARS Coronavirus (veure entrada 37)? I el MERS Coronavirus (veure entrades 7, 42 i 56)? El primer provocà un alerta molt seriosa entre el 2002 i el 2003 mentre el segon, amb una mortalitat per sobre del 30%, està ben actiu actualment a tota la Península Aràbiga. I això porta al lema final; que un material no estigui al llistat de categoria A no impedeix que el puguem classificar com a tal, si considerem que pot suposar un risc massa elevat. Això però, encareix molt el preu de l’enviament i la gestió dels permisos. Zones grises, zones grises.

Però aquesta, aquesta és una altra història.

Comentaris virus-lents (34): La banca? Qià, els virus sí juguen i guanyen.

Els virus que tenen com genoma ARN (picornavirus com la polio o la hepatitis A; ortomixovirus com el virus de la grip; paramixovirus com el virus de xarampió o el virus de les galteres; reovirus com els rotavirus, calicivirus com el virus de Norwalk (entrada 16) flavivirus com el virus de la febre del Nil Occidental, el virus de l’encefalitis japonesa o el virus de la febre groga; i més…) tenen una elevada o molt elevada taxa de mutació. Això els fa diferents dels organismes amb genoma ADN (com nosaltres, els humans, però també els mamífers, aus, invertebrats, bacteris…). La mutació permet introduir canvis a l’atzar (com llençar els daus) i deixar que l’ambient o les circumstàncies dictin sentència i confereix una plasticitat quasi imbatible.

Posem un exemple. Un virus ARN que té un genoma constituït per 10.000 molècules anomenades nucleòtids. Per fer còpies, per replicar el genoma, es fa servir una molècula (un enzim, més concretament) que té una certa taxa d’error (com nosaltres en qualsevol tasca rutinària), que es diu ARN polimerasa. Bé, se sap que aquests enzims se equivoquen entre 1 vegada de cada 10.000-100.000 operacions (sí, molt millor que nosaltres). Per contra, les ADN polimerases que fan aquesta funció de copia o replicació de genomes en tots els organismes de genoma ADN son molt més fidels, erren una vegada de cada 10 a 1000 milions d’operacions.

Per tant tenim que per cada còpia que faci del genoma el nostre virus ARN hi haurà probablement una errada (la que resulta d’equivocar-se més o menys 1 vegada de cada 10.000 quan el genoma te 10.000 nucleòtids, per tant, 10.000 operacions); o en tot cas que aquest serà el promig. I pensem que aquestes errades seran aleatòries, es repartiran a l’atzar per tot el genoma. Aquest virus i aquest genoma ha infectat una cèl·lula i cada cèl·lula pot perfectament produir 10.000 virus (per exemple) abans d’alliberar-los (i morir en molts casos). I aquestos virus infectaran unes altres cèl·lules. Suma i segueix. Quan arribem a la desena ronda d’infecció tindrem que cada virus pot haver acumulat 10 mutacions, en una combinació moltes vegades prou específica per cada virus. Per tant quan parlem dels virus (per exemple dels 108 o més virions de rotavirus o virus Norwalk que trobem en un gram de femta) no estem parlant d’un ens definit si no d’una mena de núvol altament heterogeni de genomes diferents més o menys allunyats d’un majoritari que s’anomenaria “consensus”, i que no necessàriament és el que va originar la cascada de canvis, l’original.

Que tenim? Tenim els virus caminant pel tall d’una navalla; per un costat els virus necessiten mantenir un cert nivell de variabilitat per fer front a canvis ambientals (és com si tinguéssim una butxaca enorme d’eines i variants i en cada moment seleccionéssim passivament les òptimes); per altra banda no s’han d’allunyar gaire de la seva eficàcia biològica malgastant esforços en mutacions en molt casos deletèries, no productives, inútils, “aberrants” que impedirien la propagació del virus (com llençar recursos o diners en coses que sabem que no es calen o no permeten generar més diners). És a dir, necessiten fer errades en el seu genoma però no se’ls ha d’anar la ma perquè si es fan massa diferents podrien traspassar l’anomenat dintell d’error. Un cop ultrapassat aquest el virus s’ha allunyat tant del que era que difícilment pot tornar enrere, realment no sap com tornar enrere, ha perdut massa informació genètica i entra en el que es diu catàstrofe d’error.

I de fet sí caminen pel tall de la navalla perquè els virus es propaguen molta a la vora del dintell d’errada que se’ls ha calculat teòricament, però superen els problemes per la gran mida poblacional (una infecció pot generar desenes i desenes de milions de virions); per tant encara que hi hagi genomes deleteris, continuen havent-hi prous genomes viables per mantenir la població.

Sembla simple, senzill, no? Però no ho és, realment, quan furgues més.

 

Però aquesta, aquesta serà una altra història.

Comentaris virus-lents (33): Guany de funció vs reducció de bioseguretat

Els últims anys han aparegut treballs, en alguns casos després de mesos de discussions i bloquejos o auto-bloquejos per part dels propis investigadors, sobre la millora en la funcionalitat vírica; per exemple fer més eficient la transmissió o la virulència d’un virus, com el virus de la grip aviaria H5N1 (altament patogen i sovint mortal però que es transmet de manera força ineficient d’animals a humans i menys encara entre humans), per conèixer més profondament els mecanismes que intervenen i a partir d’aquest coneixement aplicar-lo en contra del virus. Son els treballs que es poden cobrir sota el paraigües de gain-of-function experiments.

Els problemes de bioseguretat que s’han notificat últimament per part de la CDC (alguns amb virus de la grip aviaria, veure entrades 19 i 25) poden ficar pressió a aquests experiments i donar arguments als que discuteixen la utilitat o el balanç benefici / risc de les activitats experimentals que suposen la manipulació de virus influenza aviar per fer-los més eficients. De fet, Ron Fouchier, un viròleg holandes que ha estat dirigint algun d’aquests experiments va declarar: “When incidents like this happen, it’s going to be bad for all of us.”

Aquests experiments poden ser dirigits, és a dir, mutant el virus “al laboratori” i comprovant la seva transmissibilitat en un model (el model humà pels virus de la grip és la fura, per molts laboratoris) o bé passant directament vàries vegades el virus en fures (això vol dir inocular el virus H5N1 en una fura, recollir els virus que es generin i inoculant amb aquestos una segona fura, i així repetint el procés fins que s’estableixi) comprovant en cada ronda, o torn, si la població vírica resultant és més transmissible (si infecta més fures, si les infecta més ràpid, si fa virèmia més perllongada i/o intensa, si es dissemina més pel cos de la fura, etc.). En aquest segon cas es deixa que sigui la pròpia població vírica la que es mogui, llisqui cap una població més adaptada, més transmissible sense intervenció humana. Després s’analitzaran en detall les poblacions de cada torn o ronda d’infecció per trobar les mutacions que s’han produït.

Per tant es pot/poden acumular mutant o mutants amb major virulència, encara que sia simplement per l’increment de la seva capacitat de transmissió. I clar, si tenim “més” mutants més virulents la probabilitat que algun s’escapi s’incrementa, perquè encara que la instal·lació que els guarda sigui molt segura el risc “zero” no existeix. Així, en 1977 un virus de la grip va escapar d’un laboratori rus desencadenant l’anomenada “grip russa” , i que s’assemblava molt a una que havia circulant per la dècada des 50 del segle passat i que havia “pràcticament” desaparegut. Es creu (era encara en plena guerra freda) que el virus es va escapar d’un laboratori o bé es va fer servir en uns experiments de vacunació que no van anar bé.

Com sempre serà una qüestió de balanç entre el perill i les mesures actuals que tenim per mitigar-lo, el que anomenaríem risc potencial, i els guanys també potencials de la recerca desenvolupada. I aquesta decisió no és únicament científica, però tampoc pot no ser-ho (Osterholm director del University of Minnesota’s Center for Infectious Diseases Research and Policy va declarar fa unes setmanes: “When you start running your science by political vote, then you really are in trouble”). I potser caldria focalitzar part dels nostres esforços en aquells patògens sense vacuna disponible. Per ells, qualsevol avenç en termes de profilaxis o tractament post-infecció seria un gran pas. I aquesta decisió sí és més política que científica.

 

Però aquesta, aquesta és una altra història.

Comentaris virus-lents (28): Per què “m’agraden” els virus?

Per què m’agraden els virus? Unes quantes raons desendreçades…

Els virus no son estàtics. Ells muten, es recombinen, es barregen (els seus àcids nucleics) per generar noves combinacions de gens i proteïnes que modifiquen o alteren les propietats inicials. És el cas, llargament conegut, de la infecció amb dos virus d’influenza diferents dins d’un mateix animal (el porc, les aus, nosaltres mateixos) que pot donar lloc a una estirp més virulenta senzillament per tornar a combinar les cartes (els genomes). Si jugues milers i milers de vegades amb una baralla de cartes és impossible que no et surti un pòquer i això ho fan els virus un dia rere altre a una escala que difícilment podem imaginar. I un pòquer no vol dir ser més patogen, si no ser més transmissible, més resistent a condicions ambientals, tenir més afinitat per receptors cel·lulars, envair nous teixits, etc.

Fa de mal dir però els virus tenen un costat fosc. I és de mal dir perquè ens col·loquem nosaltres al centre i els hi assignem el paper, perquè poden causar malalties greus. Des de la verola a la polio, la influença pandèmica i la SIDA (aquest un “arribista” de l’últim segle, un clar exemple de virus emergent), moltes de les més gran epidèmies afectant a humans han estat malalties víriques. Però els virus no solament causen malalties altament contagioses si no també estan involucrats en malalties cròniques sense un component infecciós obvi. S’assigna un 15% de la mortalitat mundial de càncer a infeccions víriques ocorregudes anys o fins i tot dècades abans. I els virus també intervenen en les malalties autoimmunes, en malalties neurològiques cròniques, en la síndrome de la fatiga crònica, fins i tot en les patologies de l’obesitat. Recentment s’ha establert un link epidemiològic entre la infecció pel adenovirus tipus 36 i la obesitat en humans, per exemple. I finalment, és molt probable que molts virus puguin disparar un procés de propagació en un hoste i abandonar-lo sense desar cap traça física (potser seria més correcte dir química) del seu genoma, un mecanisme de hit-and-run. En aquest cas l’univers dels virus podria ser inabastable.

Els virus no son “iguals”. Contínuament es descobreixen nous virus que han eixamplat el seu rang des d’els circovirus minimalistes fins els virus gegants d’algunes amebes (veure entrada 1).

L’univers dels virus està en continua expansió; està incomplert. De fa anys se sap que en una gota d‘aigua marina o d’aigua residual es trobem milers, milions de virus o estructures virus-like amb proteïnes de funció desconeguda. L’inventari de virus que poden infectar a humans està també incomplert. Les últimes estimacions (per tècniques de seqüenciació) apunten a que els mamífers poden contenir centenars de milers de virus diferents, la immensa majoria dels quals no han estat realment aïllats i tenen una patogenicitat desconeguda. I dintre dels no mamífers, per exemple les aus, també porten virus potencialment molt perillosos com els vius influenza. I ja no parlem dels insectes. I no parlem dels bacteris, que van estar abans que nosaltres i que ens persistiran, afectats per milers i milers de virus, que reben un nom més específic, els bacteriofags o “fags”.

Els virus ens demostrem que son part d’un tot més gran. No som un compartiment estanc, els éssers humans. Els virus que infecten animals també poden desbordar el seu compartiment, i afectar a humans, amb un efecte catastròfic sobre tot si el virus es transmet eficientment entre nosaltres. Així, amb una freqüència creixent nous agents vírics estan emergint; el virus de la sida o VIH, Ébola (entrades 17, 18, 23), Nipah, Hantavirus (entrada 10), els virus de la grip aviaria, el SARS Coronavirus, el MERS Coronavirus (aquest últim molt recent, de fa un parell d’anys, encara circumscrit a la Península Aràbiga, transmès pels camells i que està matant vora un 40% de les persones que resulten infectades, veure entrada 7). Per cert que MERS Coronavirus i virus Ebola o Marburg semblen tenir com a font original els ratpenats. Mereixeran una propera entrada per ells sols, els ratpenats.

Els virus treuen profit dels canvis, no es queixen. Per exemple, treuen profit del canvi climàtic, que ells no han provocat. L’escalfament global està expandint l’abast geogràfic d’una sèrie de artròpodes vectors i de retruc dels virus que poden hostatjar i propagar, expandint el vius dengue o el virus Chikungunya (entrades 8, 20, 26) cap a regions més temperades, les nostres, per cert.

La variabilitat, diversitat, velocitat de replicació, la seva capacitat d’amagar-se en reservoris (animals) donen fe de la robutessa, adaptabilitat, constància, plasticitat evolutiva dels virus. Un compendi de tot el que HOM voldria ser. O no?

Però aquesta, aquesta és una altra història.

Comentaris virus-lents (25): Però, que m’heu enviat?

Fa unes setmanes el Director del Centre de Control i Prevenció de Malalties del EEUU (CDC en anglès), Tom Frieden, va revelar que algú de la divisió de recerca de CDC en influenza havia accidentalment contaminat un vial, que estava identificat per contenir una suspensió vírica de virus influença aviar de baixa patogenicitat, un H9N2, amb el virus d’influenza aviar més mortífer, el H5N1. Aquest vial va ser enviat, posteriorment, com un material de categoria B (de mitjana perillositat) a altres investigadors d’un Laboratori de recerca en aviram del Departament d’Agricultura, que el van fer servir en condicions de bioseguretat més baixes, però correctes per allò que suposadament tenien entre mans, per infectar un desafortunats pollets.

 

Quina va ser la seva sorpresa al veure com el pollets morien als pocs dies mostrant una simptomatologia clínica molt intensa i compatible amb una infecció amb influenza aviar altament patògena i per res semblant a la que correspondria als efectes d’un H9N2!! Al fer proves moleculars el laboratori receptor va confirmar que el H9N2 estava barrejat amb el H5N1 i va destruir virus i materials (ho notifica al CDC el 23 de maig, que aquell mateix dia fent proves equivalents havia arribat a idèntiques conclusions). Cap investigador o tècnic, però, va infectarse ni van emmalaltir, la qual cosa demostra que si bé “mortal” un cop infecta un cos humà, el Highly Pathogenic Avian Influenza virus (HPAIV) H5N1 té seriosos problemes per “entrar-hi”.

 

El treball amb virus d’alta patogenicitat es fa dins instal·lacions de biocontenció que eviten l’escapament no intencionat del virus a l’exterior per sistemes diversos. Addicionalment aquestes instal·lacions disposen d’equips de protecció individual més astringents per evitar la infecció dels propis treballadors. Finalment també existeixen mesures de protecció o custodia que redueixen el risc d’un ús o alliberament malintencionat d’agents patògens (accessos biomètrics, control d’estocs, vigilància per càmeres, etc.). Els investigadors que treballem en aquests centres pensem que els nostres laboratoris son molt segurs, i realment ho son. Però “molt segurs” no significa que el risc sigui “0”; mai ho serà. Tècnicament quasi ho son; de fet som els éssers humans els que fem “pujar” la probabilitat d’un incident.

 

El factor comú d’aquest incident amb H5N1 i de d’incident amb àntrax de les passades setmanes a EEUU, o del esmentat en la entrada 19 del blog, és que en tots els casos està involucrat la errada humana (no hi ha una errada d’equip o tècnica). “No matter how many palm readers and ventilation systems and redundant whatever you have, you can’t stop human error” diu Lipsitch. Marc Lipsitch, professor de la Harvard School of Public Health va escriure premonitòriament un article al New York Times fa unes quantes setmanes en el que avisava de més incidents biològics a laboratoris després de l’informe de treballs insegurs amb àntrax. Compte!! No te cap mèrit, d’incidents de seguretat biològica amb agents “seleccionats” (en el argot vol dir “realment” perillosos, potencialment útils per bioterrorisme) algunes estadístiques als EEUU apunten a un parell … per setmana (font: CDC).

 

En resum, que si en els millors laboratoris (o en els que tenen més mitjans) aquests incidents es donen, es pregunten alguns experts, podem realment esperar que altres laboratoris del mon que manipulen mostres equivalents ho facin millor en termes de seguretat biològica?

 

I ja posats a preguntar com és possible que un resultat confirmat de contaminació creuada per H5N1 obtingut per dos laboratoris (un d’ells, el CDC) en data 23 de maig no sembla que s’hagi notificat oficialment fins el 9 de juliol al propi CDC? Que va fallar en la cadena de informació?

 

En algun moment del futur espero contestar parcialment aquesta pregunta.

 

Però, aquesta, aquesta serà una altra historia.