comentarisviruslents

Aquest blog és una seguit de comentaris personals i probablement poc transferibles sobre ciència i política.

Archivos en la Categoría: Tècniques diagnòstiques

Comentaris virus-lents (240): Un al·legat en favor de les RCPs.

 

He llegit darrerament algunes entrades a tuiter i comentaris en blogs que malparlen de la PCR en relació a SARSCoV2, sí les RCPs serien la denominació catalana, tot era per despistar un xic, amb arguments, alguns, molt peregrins. Aquí us dono quatre dades i comentaris pel que fa a aquesta tècnica, relacionades amb SARSCoV2, tal com ho veig.

 

Les PCRs no detecten el virus sencer?

No, la PCR és una tècnica diagnòstica en el que ha de primar la rapidesa…i l’especificitat, òbviament. El genoma dels coronavirus té 30.000 nucleòtids, no té sentit amplificar-los tots; el que ens interessa és haver identificat la presència del virus fent servir dues o tres seqüències que siguin especifiques i altament conservades (que es trobin a tots els diferents aïllaments del virus, de SARSCoV2) i no descrites en altres virus que ens permetin fer amplificacions específiques.

Podem seqüenciar el virus sencer? Sí, molt més ràpid que fa uns anys, però tot i així és un procés molt més lent que una qRT-PCR (que es podria transcriure com Transcripció Reversa-Reacció en Cadena de la Polimerasa quantitativa, o en temps real, ja hi tornarem) i quan es tracta de tenir resultats en unes hores perquè d’això depèn un confinament, una definició de contacte a aïllar, o d’un clúster aquest és el “driver”, la rapidesa. No és que no es pugui, és que no facilita la presa de decisions. I de tota manera sempre hi ha una fracció que sí es porta a seqüenciar, però sense la pressió del rellotge assistencial, per poder fer estudis de com varia el virus (si varia) a diferents zones geogràfiques, quin és l’origen, etc. Però aquests són estudis de context, no estudis executius.

 

Les PCRs es poden contaminar?

I tant, tothom que ha treballat en un laboratori de microbiologia, o específicament virologia, sap que les amplificacions poden portar a contaminacions; però hi ha controls, prou controls per posar-la de manifest i descartar la prova; i repetir-la; hi ha controls positius i negatius d’extracció, controls positius i negatius d’amplificació, etc. I apliquen tant a les PCRs directes, aquelles que ja parteixen de ADN, com a les “indirectes”, les RT-PCR que necessiten una etapa prèvia de conversió de ARN en ADN, una transcripció reversa o Reverse Transcription (RT, en anglès) per amplificar després aquest darrer. La transcripció reversa NO amplifica, només ens canvia, ens transforma, el ARN (si hi ha) per ADN. Recordatori, les PCRs (sí, son femenines, perquès són “reaccions”) són reaccions enzimàtiques en les que un enzim permet fer una còpia idèntica d’un fragment de doble cadena de ADN. Per tant en un cicle passaríem de 1 cadena a 2 cadenes, en el segon cicle de 2 cadenes a 4 cadenes, en el tercer cicle de 4 a 8 cadenes, i si vostès comencen a aplicar el concepte 2n on “n” és el numero de reaccions veuran que amb 10 cicles per exemple ja tindrien 1024 cadenes. La majoria de les reaccions d’amplificacions tenen entre 35 i 40 cicles. Recordin vostès, que el coronavirus, com molts altres virus respiratoris (el virus de la grip per exemple, però aquest està constituït per segments mentre que el coronavirus és una única cadena) és un virus ARN així, que pel que resta d’entrada, parlarem de RT-PCR, o més concretament de qRT-PCR, que, com hem dit abans seria Transcripció Reversa-Reacció en Cadena de la Polimerasa quantitativa. Aquesta reacció doble es pot fer tota ella en un sol tub, i ja va emprar-se en la pandèmia pel virus H1N1 l’any 2009, i el que cerca és amplificar milions de vegades un “petit fragment específic” del SARSCoV2; les “comentes” que acabo de posar tenen importància, les comentarem després.

 

Un resultat qRT-PCR positiu indica que el virus està present?

Home, si es fa una feina per no concloure això, no anem bé. Sí, un resultat RT-PCR positiu indica que el virus està present amb una molt alta probabilitat, el que no informa fefaentment és de l’estat (infecciós o no) d’aquest virus, només que el seu ARN estava a la mostra. Si una persona no mostra símptomes el que ens indica és que el virus està replicant-se i o bé esdevindrà simptomàtic o estem davant un pressimptomàtics que en 1 o 2 dies mostrarà simptomatologia. Si la persona mostra símptomes ens indiciarà que aquests són deguts, amb alta probabilitat, a SARSCoV2. L’ARN és una molècula que es degrada amb certa facilitat, si no està protegida; si detecten ARN en quantitats important això vol dir que està dins de embolcalls i càpsides víriques senceres, íntegres, que l’han estat protegint fins que nosaltres hem extret la mostra i hem trencat aquestes proteccions (tampons de lisi). I si no es detecta és que la persona no està infectada o ho està però en els dies inicials, quan el virus  acaba d’entrar i està iniciant la seva propagació, un període d’eclipsi. Res és tot o res, instantàniament, tampoc a la virologia.

 

Però se detecta solament el virus SARSCoV2? 

Està contestada parcialment  més amunt…sí, les RT-PCR emprades ara mateix són extremadament sensibles i eficients en la detecció de SARSCoV2, que no el virus CoVID19. N’hi ha diverses qRT-PCR que permeten amplificar-lo. I els encebadors (“primers”) i les sondes que s’ha dissenyat s’han fet a partir de seqüències presents en SARSCoV2 i no presents en altres coronavirus coneguts (que afecten a humans), o altres virus respiratoris com rinovirus, adenovirus, virus de la grip però també parainfluenzavirus o el virus respiratori sincitial, que no oblidem, poden també estar al nostre cos (a l’estiu amb alta improbabilitat, el mes de novembre o desembre amb una probabilitat molt més alta).

Els hi posaré un exemple. ….Imaginem uns encebadors de 15 nucleotids. Nucleòtids? Són les baules que permeten fer la cadena del ADN, de noms guanina (G), citosina ( C), timina (T) i adenina (A)). Aquests quatre nucleòtids s’endrecen en un ordre concret en aquesta mínicadena, mot curta, que ha de ser recíproc (complementari) al segment específic que hem escollit i que flanqueja la seqüència a amplificar. En certa manera, són les dents d’una cremallera, que “han de casar” amb l’altre banda, per permetre la reacció. Recordin, a més que això passa en dos punts de la cadena del genoma del virus, que potser disten 200 o 300 nucleotids (genoma del coronavirus? al voltant de 30.000 nucleotids). Això vol dir que tenim 15 posicions independents on pot ser que calgui A, o C, o G, o T, i a cada lloc la probabilitat és ¼. Per tant la probabilitat que la seqüència específica es torni a repetir en la natura, i recordem que ja hem cercat que no coincideixi amb moltes “coses víriques” conegudes, és de ¼ x ¼  x ¼ x ¼ x ¼ x ¼… i així fins a 15 cops. Facin servir la calculadora. I ara multipliquin per dos perquè això també ha de passar a l’altre costat. I ara sumin que la sonda fluorescent també s’uneix específicament entre els dos encebadors, però NO emetrà la seva senyal lluminosa fins que es connecti amb el segment amplificant-se, que és el que realment detectem amb l’equip. Sí, detectem solament SARSCoV2.

I com sabem això? Perquè tota tècnica diagnòstica s’ha de validar. I que vol dir validar? Vol dir, entre altres coses, matrius diferents (saliva, esput, mucositat nasals, etc.) inoculades amb el virus que ens interessa, SARSCoV2, o obtingudes d’un malalt, però també, en proves diferents, tots els altes virus esmentats i confirmar que tenim senyes positives pel primer i no per la resta. I confirmar que això passa amb operadors/treballadors diferents, en dies diferents amb sets de reactius diferents, en màquines diferents, fins i tot.

I si això no passa, si tenim senyals positives on no toca, o no tenim senyals positives consistents on toca, s’ajusten les condicions fins assolir-les. I això pot incloure quin és el millor tipus de mostra i com s’ha de conservar aquesta fins que és analitzada. Ens interessa la màxima especificitat sense perdre sensibilitat. I tot està en continua revisió, així que sí, detecten solament SARSCoV2.

 

Però el cultiu cel·lular és més “real”, ens dona informació de virus infecciosos i no sols de genomes, oi?

Jo soc un fan del cultiu cel·lular; si es volen fer estudis de inactivació dels virus per desinfectants, o per agents físics com la temperatura o la radiació ultravioleta necessitem anar a cultius cel·lulars, que ens donaran, però, informació “in vitro”, en condicions controlades.

Però els cultius cel·lulars tenen inconvenients. És gairebé un art, una tècnica lenta (pots necessitar 1 o 2 o 3 setmanes per tenir un resultat), molt cara perquè requereix moltes hores de personal expert, i com dic amb cert art a les mans, i es veu afectat per les condicions d’emmagatzematge i la cadena de fred (vostè pot deixar una mostra a temperatura ambient o en refrigeració uns dies i trobarà senyal molecular; provi de fer el mateix i mirar d’aïllar el virus per cultiu cel·lular i fracassarà; és el que els vinc comentant, i els hi dic des de les espatlles de gegants, de la “escassa” persistència ambiental dels virus embolcallats). I per acabar-ho d’adobar és una tècnica menys sensible, que la PCR, qRT-PCR en el nostre cas.

Ep, que la RT-PCR també té el seu límit de detecció, eh? No pensem que una qRT-PCR pot detectar 1 sola còpia de ARN transcrita a ADN i multicopiada després. El que passa és que aquest límit és molt més baix que el del cultiu cel·lular.

Les dades de cultiu cel·lular es donen habitualment en TCID50/mL; no explicarem ara com s’arriben a aquests valors però sí explicarem, perquè sí és l’objecte, com es donen molts cops els valors de qRT-PCR. Quan es té una corba patró, que relaciona Cts i concentració ARN per mL,  les dades es donen com a còpies ARN/mL però és molt freqüent al laboratori i als mitjans parlar de Ct (o les Cts en plural). Aquest valor marca UN cicle, EL cicle en el que la mostra ha arribat al llindar de positivitat. A partir d’aquell moment la mostra pot ser MÉS positiva, si volen, però en principi ja no serà negativa. Com més baix sigui el numero de cicle, indirectament ens dona una mesura de la concentració del ADN a amplificar; al nostre sistema li costa menys cicles en amplificar i donar senyal positiva. Dos mostres amb Cts de 20 i de 32 són dues mostres positives però una, la primera, molt més carregada de virus que la segona; hi ha 12 cicles de diferència; si multipliquen dos per 12 vegades tindran una estima de la diferència de concentració. Desconfiïn de Cts de 36, o 38, o 40; aquestes mostres són tan feblement positives, que probablement són negatives.

I un apunt final…hi ha moltes còpies defectives, no infeccioses, de virus voltant al costat de partícules infectives; el procés de multiplicació vírica no està, per res, exempt d’errades i de fet molts estudis per altres virus indiquen que el número de partícules no infeccioses és (molt) superior al de partícules infeccioses. Des d’aquest punt de vista, la qRT-PCR seria un surrogate, una aproximació perquè molt ARN d’aquestes partícules no infectives és encara amplificable.

 

Yes No disjuntive ID-10094976

 

Però és molt millor veure bé d’un ull i mig veure d’un altre que no veure-s’hi a dos pams. El primer escenari és el que permeten les tècniques diagnòstiques; el segon és no fer res.

 

Però aquesta, aquesta és una altra història.

 

Per cert, visitar l’entrada de la viquipedia, PCR a temps real, molt recomanable … https://ca.wikipedia.org/wiki/PCR_en_temps_real

Comentaris virus-lents (239): La resposta al SARSCoV2? L’Emmental, benvolgut Watson.

 

Si vostès tallen una llesca de formatge Emmental trobaran alguns forats; si van fent llesques successives del mateix formatge veuran com alguns forats desapareixen si bé altres es generen en altres punts de la llesca per desaparèixer a les següents llesques, i així successivament. Un exemple potser massa bàsic i gastronòmic (algun formatger a la sala per donar-me un formatge català equivalent?) però molt gràfic per explicar la nostra resposta global a la CoVID19. Perquè la nostra resposta és multicapa: accions individuals responsables, confinaments parcials o generals, restriccions de circulació, rastrejos, tests ràpids, proves diagnòstiques, assistència hospitalària, vacunes, tractaments post-exposició…tractaments de les seqüeles d’aquells infectats (no afecta a la transmissió però és un deure col·lectiu). Cadascuna d’aquestes accions és una capa del nostre formatge. TOTES tenen forats, TOTES són fal·libles per si soles. TOTES juntes i ben gestionades són un laberint gairebé impenetrable (crec) per #SARSCoV2… però anem a discutir-les una mica més.

 

Accions individuals responsables; per definició són accions d’abast curt que tenen la potencia de la agregació. Generar distància, dur mascareta, rentar-se freqüentment les mans protegeixen a la gent propera o amb aquella que interactuem. Tenen l’inconvenient que ha de néixer d’un convenciment personal; les mesures de coerció funcionen però mai absolutament i a banda les accions (per exemple dur mascaretes mal posades, no rentar-se bé les mans, ser creatius amb això de la distància) no són tot o res, si no un continu d’aproximacions personals, algunes (moltes) incorrectes. Forats.

 

Confinament parcials o generals i restriccions de circulació. Les mesures socials coercitives com són els confinaments globals (un país) o parcials (territoris, comarques, municipis) són les mesures que hom aplica quan està desbordat o no té altres mesures que plantejar. Són mesures medievals que actuen sobre el global de les persones d’una zona per, evitant el seu moviment, reduir la circulació del virus…però el virus continuarà allà quan s’aixequin les mesures (bé que ho estan veient) i en funció de com es desconfini (velocitat, sectors, etc.) tornarà a agafar velocitats exponencials. Són mesures que no ataquen la base del problema però que compren temps per descongestionar el sistema sanitari, per exemple. Per contra, malmeten l’activitat econòmica i això té i tindrà conseqüència a llarg termini.

 

Rastrejos. Ja està més que comentat que SARSCoV2 té una R0 entre 2 i 3 (recordin, és una mitjana, tenim també els episodis de superdisseminació); per tant cada infectat pot potencialment infectar 2 o 3 persones, que, en principi, seran persones properes amb les que haig tingut un tracte continuat i sense distància. L’inconvenient és que, a diferencia del SARSCoV1 que només transmetia quan la persona mostrava una clínica evident (i que per tant era fàcilment aïllable), en el cas de SARSCoV2 hi ha transmissió abans de la manifestació de clínica (1 o 2 dies abans) i a banda, hi ha un cert percentatge de asimptomàtics o paucisimptomàtics, que fan tot molt més complicat. Seguir contactes des de que està un malalt té una complicació; decidir des de quan abans de la clínica has d’incloure contactes, i considerar-los de risc, és una altra. Però el seguiment de contactes amb totes les seves mancances (forats) és important; vindria ser practicar la microcirurgia venint de la cirurgia (destralera) del camp de batalla que és el confinament general o territorial; no confinem col·lectius, sinó persones de risc en contacte amb un infectat previ. Per definició són mesures que tenen menys impacte econòmic però requereix un petit exèrcit de rastrejadors, i la implicació de les persones específiques a les que es demana confinar-se. Cadascun d’aquests ítems té forats però sempre serà millor que el gran forat de la seva absència o la seva escassetat.

 

Test ràpids i proves diagnòstiques. Test ràpids, resultat gairebé immediat, en qüestió de minuts però relativament pocs sensibles i no extremadament específics. Forats. Proves diagnòstiques moleculars; relativament ràpides però menys esteses (fins fa no massa) són molt més especifiques i sensibles; forats pel que fa a la rapidesa en la comunicació (no serveix de gaire una prova diagnòstica si es comuniquen el resultats als 4 dies (allò ideal seria en les primeres 24 hores), però fins i tot amb aquesta rapidesa la prova ens informa del nostre estat en el moment que ens prengueren la mostra, ens podem haver infectat just després. Proves diagnòstiques serològiques, per detecció d’anticossos; més lentes que les PCR també són prou especifiques i sensibles però només ens informen de la immunitat humoral, no de la immunitat cel·lular (que requereix tècniques més lentes i complicades); per contra sí que es donen informació històrica a data de mostra; ens assenyala si hem estat en contacte amb el virus i hem desenvolupat resposta immune; però si aquesta va ser fa 4 o 5 o 6 mesos abans potser el nostre nivell d’anticossos ha baixat per sota del nivell de detecció de la tècnica. Més forats.

 

Assistència hospitalària. El virus NO ha canviat però l’assistència hospitalària sí. Ja ho vaig comentar fa mesos. El virus ara mateix no ha mutat cap una menor virulència o transmissibilitat, pensar que SARSCoV2 s’acabarà atenuant és una especulació, un wishful thinking, però tampoc està remant en a la direcció contrària); continua sent bàsicament el mateix però qui SÍ ha aprés és el sistema; a força de rebre casos (cada cas és un problema) i de treure lliçons i dades de cada problema ara se sap més bé que fer, es fa abans, i de vegades es prenen mesures preveient situacions futures en base a històrics de casos previs. Això, a més, s’ajunta amb la disponibilitat creixent de tractaments post-exposició (veure més endavant). L’assistència hospitalària té forats (i alguns són culpa nostra, de les nostres prioritats errònies) però està clar que alguns d’aquests forats han minvat o fins i tot desaparegut. Però tot sistema té un límit, i aquest és el gran forat que hem albirat (abril 2020) però pel que no s’ha caigut encara.

 

Vacunes. Explicitades des de bon començament com LA solució, es faran esperar més del que es va publicitar. Encara hi ha gent que diu que estarà disponible abans que acabi l’any; la OMS va dir que en un escenari optimista estaria disponible en 18 mesos (això ens envia al segon semestre del 2021). Ja coneixen la meva opinió; una vacuna raonablement segura i raonablement efectiva que estigui logísticament prou distribuïda i sigui aplicable no l’espero fins 2022, anant bé. En qualsevol cas les vacunes (perquè possiblement tindrem més d’una) no conferiran una protecció total (esterilitzant), potser només tenen una eficàcia del 50-60%; no es podran administrar a tots els col·lectius (com també passa a altres vacunes, en aquest cas fins i tot més ja que en anar de presa les proves de seguretat han estat les justes); potser caldrà escollir col·lectius a vacunar, potser primer el personal de sector sanitari per mantenir segura la barrera de defensa? són una part petita de la població, no tindran impacte en la corba d’infecció però sí ho farà la seva tasca; o podem mirar de vacunar al segment d’edat per sobre dels 60 o 65 anys? amb aquesta aproximació segur reduiríem les taxes de mortalitat; però sí realment tinguéssim disponibilitat i volguéssim reduir al màxim la transmissió caldria vacunar la gent entre 20 i 40 anys; les vacunes poden tenir restriccions logístiques, o estocs parcialment embargats pels països productors; no sabem si caldran dues dosis (un booster) i això seria una complicació logística; no sabem l’abast de la immunitat conferida. Més forats. Però fins i tot una vacuna imperfecta, que faci a SARSCoV2 més difícil circular, en trobar-se més gent protegida, seria útil ja que alentiria la seva propagació, i indirectament facilitaria el treball dels rastrejadors, el seguiment i el confinament dels casos. I per cert, treguin-se del cap que erradicarem aquest virus; potser alguns països l’eliminaran, però no l’erradicarem globalment, per la qual cosa aquest països patiran re-introduccions que tindran que tornar a gestionar. Només ha passat amb la verola, i amb el SARSCoV1, està a punt de passar amb el poliovirus, no passarà amb SARSCoV2; s’ha escampat massa i ara mateix no veig quan deixaran d’haver bosses de població susceptibles.

 

Tractaments post-exposició. Tothom coneix el cas de la hidroxicloroquina. Un fracàs. Un altre forat. Però ja s’han trobat i es trobaran molècules que tindran cert efecte protector sobre els casos greus o reservats dels infectats per SARSCoV2. Qualsevol medicament que eviti entrada a la UCI o que escurci l’estada a la mateixa (remdesivir, que va fracassar per Ebola però que aquí a trobat una segona oportunitat; la dexametasona, un corticoesteroide amb propietats antiinflamatòries que, sembla, redueix 1/3 la mortalitat de pacients amb ventilació assistida i 1/5 part la mortalitat d’aquells requerint oxigeno teràpia però sense cap benefici per la resta de pacients; els preparats de sèrum hiperimmune de Grifols a partir de plasma de infectats guarits, encara pendent d’assaigs, etc.) és un forat menys perquè desestresa el sistema sanitari en el seu extrem, i farà baixar la taxa de mortalitat. Els guanys es poden considerar residuals però són forats petits que també tanquem.

 

En resum, totes les capes tenen forats; alguns forats podran fer-se més petits en el temps (més responsabilitat individual; vacunes més efectives i segures i millor distribuïdes; més i millors tractaments post-exposició, més quantitat i més “qualitat”, i alguns desapareixeran però el nostre formatge continuarà foradat. El que caldrà evitar és que els forats coincideixin gaire i permetin al virus travessar, percolar, totes les capes, donar-li una trajectòria d’oportunitat, perquè això, gràficament, voldrà dir una mort més.

 

SARS portada EID

De les seqüeles i del tot el que impliquen els grans números en els que s’està movent el SARSCoV2 parlarem en una propera entrada.

 

Però aquesta, aquesta és una altra història.

 

De fet aquest model, que pot semblar simplista, l’apliquem en avaluació de riscos, també biològics, i és un model que ja té els seus anys (al voltant de 30 anys) i es deu a James Reason. Es pot consultar.. «Human error: models and management». British Medical Journal 320 (7237): 768-770. PMC 1117770. PMID 10720363. doi:10.1136/bmj.320.7237.768.

Comentaris virus-lents (235): Proves diagnòstiques vs SARSCoV2; moltes corones, cap Rei.

 

Un altre enfilat de tuits que us poso endreçats i revisats.

 

Amb això dels tests, dels assajos, de les proves ràpides del diagnòstic en front de SARSCoV2 que causa la CoVID19 hi ha una mica de garbuix…anem a posar-ho una mica en ordre o tal com ho entenc jo.

 

Quan volem traçar una malaltia podem fer:

  • Proves per detectar el patogen causant, en aquest cas SARSCoV2 o bé,

  • Proves per detectar la conseqüència de l’entrada del patogen (generació d’anticossos per part del sistema immune de l’infectat); és el que anomenem proves serològiques (ELISA, serumneutralització, immunocromatografia).

 

El patogen es pot detectar prenen mostres i intentant cultivar-lo…per bacteris és relativament fàcil i econòmic, per virus és bastant més complicat i car. Amb això garantim que el patogen que es troba a la mostra està “viu”. En tot cas es un procés que pot durar des de 1-2 dies a més d’una setmana. Si no tenim paciència, o tenim presa, podem anar a cercar la detecció d’antígens de virus o bacteris, les proves antigèniques, o bé fem proves molecular per detectar el genoma (ADN o ARN).

 

Aquestes proves moleculars són el que sentiu moltes vegades resumir dota el paraigües de els PCR (incorrecte) o les PCR (correcte, ja que és abreviatura de LA Reacció en Cadena de la Polimerasa). Les PCR són una eina actualment indispensable en el diagnòstic ràpid.

 

Les PCR (hi ha moltes, no solament per diferents patògens, si no per detectar UN mateix patogen), detecten genoma del virus (ens centrem ja en el SARSCoV2). Per tant donaran negatiu en una persona que hagi passat la CoVID19 fa un mes, perquè ja NO tindrà virus al seu cos.

 

Detecció de genoma és indici de Infecció activa, o no resolta, encara. Així, vostè pot fer una PCR d’una mostra d’una persona avui, infectada ahir per SARSCoV2, i tenir un resultat negatiu; tornar a fer la mateixa PCR en 7 dies i tenir un resultat clarament positiu i fer el mateix en 3 setmanes i tenir un resultat…NEGATIU, altre cop.

 

I una PCR positiva indica infecció en curs o en resolució però no DIRECTAMENT que la persona tingui capacitat de contagi. Alguns positius es deuen a genomes de virus malmesos o de virus ja neutralitzats per anticossos.

 

Les proves serològiques, esmentades al començament, detecten anticossos, i per tant necessiten que s’hagi generat una resposta immune prèvia front el virus. No serveix de res fer una ELISA a una persona infectada al 3er o 4rt dia de la infecció perquè el cos humà necessita més dies per generar anticossos, primer les IgM i més tard, retrassades en el temps, les IgG, que són les que conferiran la famosa immunitat “de llarga durada”. Podríem dir que la PCR permet dir, “aquesta persona ESTÀ infectada” mentre la ELISA i altres proves serològiques ens permeten dir, “aquesta persona VA ESTAR infectada”, però ja no, podríem afegir.

 

SARS portada EID

 

 

I els tests ràpids? De fet res del que us he explicat és un test ràpid. Hi ha equips PCR de camp però aquestes PCR i tècniques serològiques són de laboratori. El resultat, en el millors dels casos, es dona en 6-8 hores. Els test ràpids, per contra, són portàtils, es poden fer a peu de carretera o carrer, i no necessiten aparellatge ni persona tècnic expert. Són tota una altra cosa.

 

Anem, doncs, pels kits ràpids versus la CoVID19. Altre cop la dicotomia, a què disparem, al virus (test d’antígens o proteïnes virals) o al rastre que deixa en nosaltres (els anticossos, test serològic)? Als dos, tindríem de disparar als dos, cap dels dos dona informació complerta, que a més, és dinàmica.

 

El fonament d’aquests tests ràpids? La immunocromatografia en paper, que actua com a plataforma d’ancoratge, ja sia de proteïnes del virus si volem detectar anticossos en la mostra, o bé anticossos en el cas que vulguem detectar la presència del virus, a través de les seves proteïnes.

 

Test ràpid d’antígens: una prova que pot donar un resultat en 15 minuts i que necessita com a mostra secrecions respiratòries, i amb un aspecte i lectura semblant a un test d’embaràs. El problema? Menys fiable i sensible que la RT-PCR quantitativa, o qRT-PCR o RT-PCR Real Time.
La qRT-PCR és molt sensible, teòricament amb un genoma, o uns pocs genomes, presents ja faria per donar positiu. En canvia aquests tests ràpids d’antígens necessiten una mostra més carregada de virus, que resulta que depèn de la dinàmica de la infecció, més aviat de QUAN prenguis la mostra d’un infectat.

 

Si la persona mostrejada té simptomatologia clara, la sensibilitat de la tècnica és “bona”, per sobre del 85-90%, però per fases pre-simptomàtiques (o poc simptomàtiques) habitualment lligades a càrregues virals més baixes, pot quedar en el 50%.

 

Poques decisions definitives es poden prendre amb aquests percentatges; és més aviat un mètode de cribratge, els positius SÓN positius a SARSCoV2, els negatius s’haurien de confirmar per un altre test d’antígens uns dies després o bé fent una qRT-PCR (més sensible).

 

Però potser ens interessa més saber de forma ràpida quanta gent ha passat la infecció; en principi si es supera la infecció per #SARSCoV2 estaran immunitzats i no patiran de nou (?) la infecció ni la transmetran. Serien les 1ers persones que podrien tornar a la feina.

 

Per això empraríem els test ràpids d’anticossos (basats també en immunocromatografia) detecten el rastre que ens ha deixat el virus…només té sentit fer-los després que les símptomes hagin desaparegut o si voleu un mínim de 10-15 dies després de l’aparició de símptomes. De fet, sense ser una regla absoluta qui doni positiu a un test ràpid d’anticossos donarà negatiu a una prova ràpida d’antigen.

 

Aquests són els tests a aplicar en el futur per conèixer l’estat immunològic de la població, i fer surar tots els hipotètics asimptomàtics i pocsimtomàtics que es diuen que hi ha, perquè el SARSCoV2… ens acabarà infectant a gairebé tots.

 

Aquest tests ràpids d’anticossos també donen resultats en 10-15 min. Però fan servir una mica de sang (no secreció respiratòria) perquè cerquen les IgM i les IgG circulants a la nostra sang. Les IgM són els primers anticossos que es produeixen en el curs de la infecció i després apareixen les IgG que són les que teòricament ens conferiran la immunitat de llarga durada (?), ja que perduren a la sang, mentre que les IgM desapareixen. De tota manera, per la CoVID19 , la aparició de IgM i IgG és molt propera entre elles i lleugerament tardana, uns 10-15 dies des de l’aparició de símptomes. Però no està exempta de problemes… Pots donar falsos positius perquè tinguis anticossos contra alguna cosa semblant i que reaccionin. I a més, és una prova visual i de vegades, la línia reactiva és difícil de veure, i…es poden donar també falsos negatius.

 

En resum ambdues proves donen informació…complementària, però NO són perfectes, són mes aptes per un cribratge que per prendre decisions absolutes, definitives i demanen un suport addicional de laboratoris amb qRT-PCR, per exemple.

 

Semblen necessàries, però, per desconfinar amb més garanties.

 

 

Però aquesta, aquesta és una altra història.

Comentaris virus-lents (214): Ebola i ARA, no et contestaré la pregunta…

El diari Ara va publicar el 13 de desembre una peça, continuació del seguit d’articles que està dedicant a l’epidèmia d’Ebola a la República Democràtica del Congo (en endavant RDC), esforç lloable i per agrair. El títol, enganyós, de l’article és una pregunta…L’Ebola podria arribar a Europa? Enllaç: https://www.ara.cat/internacional/Ebola-podria-arribar-Europa_0_2142385813.html

 

El títol és enganyós perquè es planteja la pregunta però es fuig d’estudi… en cap moment durant l’article es fa la intenció de contestar-la. S’aprofita per fer una actualització de les dades a data 13 de desembre i poc més, més enllà dels controls de temperatura dels passatgers a l’aeroport congolès i a la primera escala habitual, Addis Abeba, i del seguiment “intensiu” que fan les organitzacions humanitàries dels seus cooperants un cop retornats al país d’origen.

 

A més, si bé és un conveni acceptat per la Organització Mundial de la Salut, la vigilància per 21 dies per si es manifesta febre, el primer símptoma inespecífic de poder estar infectat d’Ebola, està descrit que aquest període no és a prova de “outliers”. Hi ha gent que ha tingut períodes d’incubació superiors. Això ja es va explicar fa més de quatre anys a una entrada del blog… https://comentarisviruslents.org/2014/10/22/comentaris-virus-lents-60-ebola-21-dies-i-no-no-es-una-pel%E2%80%A2licula/

 

Contestarem la resposta que la periodista va deixar a l’aire.

 

Yes No disjuntive ID-10094976

SÍ.

 

SÍ, amb una molt baixa probabilitat, però SÍ.

 

Per començar perquè el període d’incubació és de mitjana una setmana; hom pot haver contret Ebola dos o tres dies abans d’abandonar RDC i començar a experimentar febre 3 o 4 dies després d’arribar a destinació….i com és un símptoma inespecífic no atribuir-lo a Ebola (jo ho atribuiria però es que jo soc malpensat de mena).

 

Per continuar perquè com ja hem dit el període de incubació s’accepta per conveni que és de 21 dies però hi ha gent que s’escapa a l’estadística, a aquesta finestra. No és impossible que transcorreguts el 21 dies un pugui desenvolupar la infecció.

 

I tercer perquè en tots aquells infectats, homes, que sobreviuen a la infecció hi ha un percentatge no menystenible de casos en el que el virus queda resident als testicles, i per tant al semen per moltes setmanes, mesos inclús. Un pot sobreviure a Ebola i passar-lo a la seva companya o company en relacions sexuals sense protecció, setmanes o mesos després de recuperar-se clínicament…sense cap mena de control post-exposició si no s’educa a l’afectat. Això també és va tractar ja fa anys en una altra entrada del blog… https://comentarisviruslents.org/2015/10/16/comentaris-virus-lents-134-ebola-i-semen-una-historia-de-persistencia/.

 

En resum, el risc és baix però indubtablement existeix, encara per sota del llindar de la declaració d’emergència sanitària internacional. Però independentment d’aquest es pot materialitzar en qualsevol moment perquè els virus no entenen de fronteres ni de convencionalismes i la rapidesa de les comunicacions els hi faciliten la dispersió abans de manifestar-se simptomatologicament.

 

Però aquesta, aquesta és una altra història.

Comentaris virus-lents (173): Zika i sexe, como Isabel y Fernando.

Fins ara coneixíem alguns casos esporàdics (i més que probablement succeeixen i no arriben a ser diagnosticats) de transmissió de Zika d’home infectat a dona a través de relacions sexuals sense protecció. Aquest tema ja s’ha tractat en aquest blog prèviament, podeu mirar entrades anteriors.

 

El que ara comentem és el revers, de tan obvi, palmari, però encara no descrit. S’ha confirmat el primer cas de transmissió sexual de virus Zika de dona a home a Nova York, segons informe dels Centres per al Control i Prevenció de Malalties (CDC, en anglès).

 

Fins fa mesos se sabia que el virus es trobava als líquids seminals (semen) dels homes i des de fa menys temps també a secrecions vaginals de dones infectades (per exemple a partir de mostres cervicals analitzades a l’Hospital Universitari de Pointe à Pitre, a l’illa francesa de Guadalupe). També se sabia, a partir d’experimentació amb primats no humans, que el virus Zika es podria detectar (per tècniques d’amplificació d’àcids nucleics) al fluid vaginal de primats femelles inoculades amb Zika fins a set dies després d’haver-se iniciat l’infecció. Però que hi hagués virus no implicava infecció perquè en aquest cas hauria d’anar, en certa manera, upstream.

 

Tornem al cas. La dona, d’uns 20 anys, va mantenir relacions sexuals sense protecció amb la seva parella el mateix dia després de tornar d’un viatge a una zona de transmissió del Zika. Ja en agafar el vol de tornada notava mal de cap i dolors abdominals. El dia després de tenir relaciones sobrevingué la febre, les erupcions cutànies, miàlgia, artràlgia, inflor en les extremitats…Aquell dia, a més, li vingué la menstruació, que va descriure com més intensa d’allò habitual. A la dona se li detecta el genoma del virus (ARN) tant a sèrum com a orina als tres dies de la seva arribada.

zika and condoms

Sis dies més tard de l’arribada de la dona, i de les relacions sexuals, la seva parella, també en la vintena, va començar amb símptomes similars (febre, erupcions, dolors articulars i conjuntivitis). Quan se li feren les proves, tres dies després, li detectaren també el genoma del virus (ARN) tant a sèrum com a orina.

 

La investigació epidemiològica posterior permeté confirmar que:

  • L’home no havia viatjat fora dels Estats Units.

  • L’home no havia tingut altres parelles sexuals.

  • La relació sexual mantinguda havia estat sense protecció (sense preservatiu).

  • En aquesta relació sexual no hi hagué sexe anal ni oral.

  • Ni l’home ni la dona recorden presència de sang o taques durant la relació que fossin senyals de sagnat vaginal o alguna lesió oberta al penis o als genitals.

  • L’home no recorda cap picada de mosquit a la setmana anterior als símptomes.

 

Per tant la única suposada via seria la d’una dona virèmica amb virus present als fluids vaginals o menstruals que d’alguna manera haurien estat transmesos a la mucosa uretral del company o a través de petites abrasions del penis no detectades.

 

Aquest cas demostra que sí es pot produir contagi a través de penetració vaginals sense protecció, i sense aparents lesions o abrasions en cap dels dos participants. Òbviament, això implica que és perfectament possible que una dona també transmeti sexualment el virus a una altra dona.

 

Dit altrament, aquest virus té en la via sexual tantes potencials parelles de ball com participants.

 

Però aquesta, aquesta és una altra història.

Comentaris virus-lents (172): Zika, perquè li diuen Aedes quan el que volen dir és sexe?

Una dona, de Madrid, s’ha convertit en el primer cas de contagi del virus de la Zika per transmissió sexual a Espanya. La malalta, espanyola, va mantenir relacions sexuals amb la seva parella que havia tornat d’un viatge a un país llatinoamericà, i es va contagiar probablement a començaments del mes de maig.

 

Quan es va produir el contagi, l’home no mostrava símptomes; va ser uns dies després del seu retorn que una analítica del laboratori de l’Institut de Salut Carlos III va confirmar la infecció pel virus de la Zika. L’home va ser tractat en un hospital públic.

 

Setmanes més tard, la dona va presentar símptomes de la mateixa malaltia i finalment va ser també diagnosticada com infectada pel virus Zika. La dona no està en estat de gestació.

 

Fins aquest cas, i a data de 27 de juny, a Espanya s’han detectat 158 casos confirmats d’infecció per virus Zika, tots ells residents a països afectats pel virus o havent viatjat fins allà i tornat després a Espanya. Entre aquests 158 casos hi ha 21 dones embarassades; dues de les quals presenten anomalies fetals congènites. El primer cas es va detectar a Catalunya, al maig, i va correspondre a una dona que havia viatjat a Amèrica Llatina. El virus li va ser detectat en la seva vintè cinquena setmana de gestació i no ha tingut cap efecte. El segon cas es va saber un mes després, i va afectar a una dona resident a Llatinoamèrica i que havia viatjat a Espanya. Durant el seu primer trimestre d’embaràs presentà símptomes de la malaltia; en el segon se li va diagnosticar la malformació en el fetus. La dona va sol·licitar la interrupció voluntària del seu embaràs.

 

El cas que s’ha conegut aquest divendres seria, per tant, el primer no importat. És a dir, la primera persona infectada a Espanya que ni vivia ni havia viatjat algun dels països amb més presència de l’extensió del virus. I ha resultat infectada per la via menys “probable” però potser la més “eficient”, la via sexual.

 

Com ja sabeu si llegiu aquest blog, aquest virus es transmet per vectors, mosquits, preferentment Aedes aegypti però també Aedes albopictus. Piquen, succionen sang d’una persona infectada, amplifiquen el virus en els seus diminuts cossos, els porten cap a les glàndules salivals i d’allà, amb un estilet l’inoculen a un altre ésser humà en el següent esdeveniment d’alimentació. Tot això requereix molts actors; mosquits (molts); persones infectades (moltes i disponibles per ser picades pels mosquits, no val si estàs infectat i et quedes a casa amb les finestres tancades i l’aire condicionat); capacitat vectorial dels mosquits (no tots els mosquits valen, només les femelles, però tampoc totes elles valen i fins i tot no totes les poblacions de mosquits són igualment eficients en la transmissió), condicions ambientals favorables per a la supervivència dels mosquits, etc. La via sexual, com definim en el seu moment un carreró comparada amb l’autopista vectorial, però pot acabar sent la via d’entrada de més casos autòctons, sobretot si no es respecten les mesures de quarantena (de sentit comú) que s’han donat (entrada prèvia a https://comentarisviruslents.org/2016/02/20/comentaris-virus-lents-158-zika-i-quarantena-personal-fent-el-compte-de-la-vella/).

L’Organització Mundial de la Salut recomana a aquells homes que viatgin a les zones afectades per Zika que mantinguin relacions sexuals amb protecció (condons) durant un mínim de 8 setmanes des de la tornada, sempre i quan no hagin mostrat cap símptoma, per evitar un potencial contagi. Aquest termini duplica l’inicial, que era d’un mes.

 

Si la parella masculina ha mostrat simptomatologia compatible amb Zika, la protecció i l’abstinència, o una combinació d’ambdues s’ha de mantenir per mig any.

 

El problema de tot plegat és que no sabem realment quan de temps pot restar el virus infecciós als fluids corporals…un informe recent publicat a partir de les dades d’un infectat, l’any 2014 (es pot consultar a http://wwwnc.cdc.gov/eid/article/22/5/16-0107_article) indica que el semen anava molt més “carregat” de virus que la sang i l’orina, de 10 a 100 vegades més, com a poc. L’article adverteix que no pot confirmar que el virus del semen sigui infecciós, ja que es van fer proves moleculars, però el principi de precaució obliga a extremar…la precaució.

zika and condoms

Més rellevant és un altre estudi, es pot consultar a http://www.thelancet.com/pdfs/journals/lancet/PIIS0140-6736(16)30775-9.pdf que descriu un episodi d’infecció per via sexual home-dona entre 32 i 41 dies després de l’aparició dels símptomes en l’home.

 

I no ens portem les mans al cap i pensem en mutacions, conxorxes o altres llegendes urbanes. Un indicatiu que aquest procés no és excepcional el tenim a la darrera epidèmia d’Ebola. Per Ebola no s’havia descrit, o no s’havia considerat gaire probable, una transmissió per activitat sexual….i un dels motius era que la elevada mortalitat i el nombre reduït de casos feia això físicament impossible. Aquest brot però, ha trencat aquest miratge. El gran nombre d’infectats ha permès abastar una població afectada supervivent dintre de la qual alguns individus han estat capaços de mantenir el virus al seu semen per períodes de més enllà dels 9 mesos. Per més detalls podeu consultar https://comentarisviruslents.org/2015/10/16/comentaris-virus-lents-134-ebola-i-semen-una-historia-de-persistencia/.  Aquests són casos excepcionals, la mitjana de la gent netejava el virus més ràpid, en uns pocs mesos, però només et calen uns pocs individus “longspreaders” (excretadors de llarg abast) per donar flare up (nous brots, o rebrots).

 

Per tant, no descartem més casos autòctons de Zika, i que aquestos siguin per via sexual. Mira per on potser resultarà més fàcil controlar mosquits que no “controlar” persones…o que les persones es controlin.

 

Però aquesta, aquesta és una altra història.

 

 

Per informació institucional, de la Generalitat, adreceu-vos a http://canalsalut.gencat.cat/ca/home_ciutadania/salut_az/z/zika/index.html

Comentaris virus-lents (171): Virus Zika i sang: suma i segueix.

En una entrada prèvia parlàvem, a partir d’unes poques dades d’epidèmies prèvies, de la potencial presència i per tant potencial capacitat de transmissió del virus Zika en donacions sanguínies ja que té una fase de virèmia (presencia de partícules infeccioses en sang). Podeu anar a https://comentarisviruslents.org/2016/02/06/comentaris-virus-lents-155-zika-i-sang-elemental-doctor/

 

La problemàtica en les donacions ve donat per l’alt nombre d’infeccions asimptomàtiques, que fa que molts donants puguin estar donant sang sense saber que estan infectats i amb virèmia activa. Per tant, fer un cribatge o selecció de donants a partir de un qüestionari previ no és útil en absolut, pel que fa a Zika.

 

Les autoritats sanitàries dels Estats Units han informat d’un ràpid augment en el nombre d’infeccions a l’illa, a partir de proves de detecció del virus de la Zika realitzades a donants de sang a Puerto Rico.

 

zika-fact-card

Una infografia que no té en compte la trasmissió per via sexual ni sanguinia…la resta és correcte.

 

Com una frontera que serveix, a més, com l’ocellet de les mines, i que permet donar una alerta primària, els EEUU van implantar una prova d’àcid nucleic específica per Zika (Nucleic Acid Tecniques, NAT, en anglès) a les donacions que es generaven a Puerto Rico a partir del mes d’abril, després de ser aprovada per l’Agència d’Aliments i Medicaments (FDA, Food and Drug Administration) al febrer. Fins ara s’ha detectat 68 (0,5%) donants amb probable virèmia (infecció en el torrent sanguini) de les 12.777 donacions que van ser assajades. D’acord amb els Centers for Disease Prevention and Control (CDC), en la setmana del 5 al 11 de juny es va registrar la major incidència de casos, amb el 1,1% del total. Per tant la cinètica és creixent i reflecteix un increment en la fracció de la població infectada, assumint que els donants es distribueixen aleatòriament en aquesta població.

 

Com ja es va indicar a l’entrada prèvia citada, les donacions que van donar positiu en la illa van ser retirades per evitar un possible contagi del virus encara que fins ara no s’ha registrat cap contagi per aquesta via. El que marca el protocol en aquestos casos es reduir, fins i tot eliminar, les donacions de les zones afectades i importar la sang sencera o els seus hemoderivats de zones no afectades (per exemple, zones on no hi viu el mosquit i on la transmissió de Zika és negligible…sempre que la via sexual no agafi embranzida, és clar).

 

Del semen ja hem parlat també en entrades prèvies (mireu entrades 153 i 158, https://comentarisviruslents.org/2016/02/20/comentaris-virus-lents-158-zika-i-quarantena-personal-fent-el-compte-de-la-vella/). La durada de la presència de virus Zika infecciós al semen és realment, desconeguda. S’ha informat de la detecció de ARN víric per tècniques moleculars 62 dies després de la aparició dels símptomes febrils, quan feia setmanes que no es detectava a sang. La càrrega vírica sembla elevada, o potencialment alta; en algun cas s’ha descrit que la carga viral al semen dues setmanes enllà de l’aparició de símptomes era 100.000 vegades més alta que la que es podia trobar a sang o orina.

 

Per ara, el screening, el cribatge de les donacions solament s’està fent en un centre de Houston (Texas). Si veieu en un mapa entendreu que un cop Zika està establert a Puerto Rico els nous territoris a ocupar són Texas i Florida. Fins ara no s’ha detectat cap cas de sang infectada amb el virus en aquesta ubicació.

 

De tota manera recordeu, que pel que fa a tots els hemoderivats (factors de coagulació, immunoglobulines) tenim mètodes robustos i efectius que inactiven i/o eliminen virus més resistents que Zika. Per més detalls mireu entrada 156, https://comentarisviruslents.org/2016/02/10/comentaris-virus-lents-156-arbovirus-i-transfusions-zika-es-possible/ i si encara teniu més ganes les entrades 66, 67 i 68 (feu cerca amb “inactivació vírica”) en aquest mateix blog.

 

Els CDC van informar el dijous dia 16 de juny que actualment hi ha 234 dones sota observació per haver contret el virus Zika durant l’embaràs (entre línies heu de llegir, que hagin mostrat simptomatologia compatible amb Zika i hagin anat a fer-se les proves) i per ara s’han registrat naixements de tres nadons amb defectes congènits relacionats al Zika als Estats Units.

 

Res a veure amb els números de Brasil. Que tampoc lliguen amb els números de casos de microcefàlia de Colòmbia (s’esperen 300 casos per tot l’any 2016 quan el nivell basal, abans de l’epidèmia de Zika estava en uns 130 casos, per una població de 48 milions, i fins a juny únicament 6 casos s’han pogut lligar clarament a infecció per Zika).

 

Però aquesta, aquesta, és una altra història.

Comentaris virus-lents (167): En Abril, norovirus mil.

Tornem al brot de norovirus d’Andorra per discutir alguns temes. Per variar aquest cop ho faré fent servir com a base un article del ARA, l’enllaç del qual és: http://www.ara.cat/societat/Andorra-tanca-dArinsal-origen-gastroenteritis_0_1567043346.html. Els texts extractats de l’article estaran en cursiva, la meva discussió i dades, no.

Andorra va anunciar ahir per sorpresa el tancament de la font d’Arinsal, després de reconèixer -contràriament al que havia defensat fins ara- que aquest era l’origen del brot de gastroenteritis que va afectar més de 4.100 persones d’empreses de Barcelona i Tarragona….[El ministre andorrà de Salut]… va admetre la contaminació per norovirus de la font natural d’origen i el dany causat a la imatge de la marca. El govern va ordenar també retirar les ampolles que hi ha al mercat, va prohibir que se’n venguin més i va aconsellar no consumir-les a les persones que en puguin tenir.

Bé, s’han acomplert les pitjors previsions que ja avançàvem, un pèl agosaradament, a l’entrada anterior. El virus que ha desfermat el brot es troba a la font, es troba a l’aqüífer. Per tant tot ell està compromès i independentment del format de l’ampolla, l’aigua pot contenir norovirus, en una certa proporció. I és una noticia força dolenta perquè quan un virus entra en un aqüífer pot persistir força temps. Per què? Els aqüífers, les aigües subterrànies, són habitualment considerades com a “segures” microbiològicament perquè hi ha una barrera, que és el propi terra, que evita que hi arribin virus i bacteris des de la seva superfície, on hi han les deposicions/excrecions (si parlem de virus de transmissió fecal-oral, és clar). Aquesta barrera, però, es transforma en un escut si el patogen, aprofitant esquerdes, o senzillament viatjant lentament cap avall, passivament amb l’aigua que s’escola al terra, arriba a l’aqüífer on trobarà un ambient amb poca activitat microbiana (per tant, baixa competència o enemics escassos) i una sèrie de factors (temperatures relativament baixes, absència de radiació ultraviolada) que contribueixen a una alta persistència, de l’ordre de setmanes, mesos o anys. És molt llarg d’explicar (i tampoc l’objecte de l’entrada) però aquest viatge cap a l’aqüífer del virus i/o el bacteri estarà afectat per factors tan variables com la tipologia del sol (sorrenc, argilós, barreja, roca), el nivell de saturació d’aigua, el pH, la conductivitat de l’aigua que percola i la presència i quantitat de matèria orgànica soluble…com a mínim.

Les analítiques rebudes ahir a la tarda pels responsables del ministeri andorrà estableixen uns nivells d’entre 20 i 130 partícules de contaminació per cada cinc litres d’aigua, molt per sota del que havia dit la Generalitat el dia anterior…Sobre aquestes mostres de la Generalitat, el director de Salut andorrà, … va voler matisar que els resultats que situaven la contaminació en uns nivells d’entre 1.000 i 10.000 partícules per litre eren “d’una mostra no oficial”. “No sabem de quina manera es va manipular i no la vam donar com a vàlida”, va afegir.

Una ovació per director de Salut. Intenta, però no gossa, desqualificar la mostra, titllant-la de “no oficial” o “no valida”. El que passa és que entre dues mostres assajades per tècniques de amplificació d’àcids nucleics, una amb més virus (5.000 còpies per litre de norovirus genogrup I i unes 10.000 còpies de genogrup II) que l’altra, jo acostumo a creurem la primera si els controls en els dos casos han sortit correctes. I és que un fals negatiu, o una menor intensitat en la senyal és sempre moooolt més probable quan es fan tècniques d’amplificació d’àcids nucleics que una senyal artificialment augmentada. Manca de capacitat en la concentració de la mostra, en la “preparació” de la mateixa, en la eliminació/separació d’agents inhibidors de la tècnica donen com a resultat senyals baixes que es tradueix en un numero de còpies baix…just els resultats mostrats pel govern andorrà. Llevant d’errada “en factors de conversió” (recordem el cas de les milles per kilòmetres de la sonda Mars Climate de la NASA, el 1999, no?), les dades aportades en la conferència de premsa de dilluns em mereixen més credibilitat.

Per cert, fixeu-vos que jo he parlat de còpies, no de partícules, i menys encara de virus infecciosos. La precisió és important i és que la Reacció en Cadena de la Polimerasa, PCR, el que fa es còpies de la molècula (del segment del genoma) que estem cercant. Però perquè el genoma sigui infectiu li cal (molts cops) que aquest genoma estigui revestit per una càpside, un abric de proteïna que és el que té les senyals que permetran l’entrada del virus a la cèl·lula hoste. Aquesta és la raó per la qual aquestes tècniques ens permeten inicialment parlar de còpies però no de virions infecciosos; la correlació no és correcta, no és equivalent.

L’executiu andorrà, això sí, va voler descartar que la contaminació s’hagués produït per la filtració d’aigües fecals a l’aqüífer perquè l’entorn “no té risc de filtració” i perquè les anàlisis habituals ho haurien detectat. “Si haguessin arribat aigües fecals a la font, les analítiques haurien detectat els bacteris”, va assegurar el ministre, que va recordar que la normativa actual internacional no demana l’estudi dels possibles virus.

I aquí, ja agafant velocitat, el responsable assenyala l’absència de risc de filtració i treu a passejar el Sant Crist Gros dels bacteris. La única afirmació certa en tot el paràgraf, com ja dèiem a l’entrada anterior, és que la norma internacional actual, i jo crec que futura, no demana detectar segons quins virus (la primera baralla entre col·legues la tindríem en decidir quins virus perquè quan cerques un la tècnica et pot detectar aquest però moltes vegades cap altre). L’arribada de virus a aqüífers està bibliogràficament demostrada i en prous casos aquesta aparició no ha estat associada amb l’aïllament de bacteris fecals a la mateixa mostra; senzillament perquè els bacteris fecals s’han inactivat, han estat degradats o eliminats abans, mentre que els virus, molt més petits i resistents han pogut acabar-se d’escolar fins arribar a l’aqüífer.

…l’executiu del Principat va assenyalar que el brot de gastroenteritis es podria haver produït per “un nou agent patogen que s’està començant a estudiar”, tot i que va admetre que ara caldrà definir com van arribar els norovirus a una profunditat de 125 metres sota terra. En diferents casos de gastroenteritis detectats a Andorra -com el març passat al mateix poble d’Arinsal-, Álvarez va preferir negar que es pugui relacionar amb l’aigua d’Arinsal, perquè l’aigua del poble i la que va a la planta embotelladora tenen orígens diferents. “Les gastroenteritis són freqüents i habituals, d’evidències clares no en tenim”, va assenyalar, tot i que va admetre que la incidència de gastroenteritis a Andorra ha sigut “bastant alta enguany”.

Ja ho vaig apuntar a l’entrada passada, i les dades que dona l’executiu són encara més preocupants. Més casos de gastroenteritis al mateix poble d’Arinsal? Significativament més que altres anys? S’està analitzant l’agua del poble? Com pot assegurar que l’aigua del poble i la de la planta embotelladora SÓN diferents? Estan tant delimitats els aqüífers (o els cossos d’aigües subterrànies) com per poder assegurar que no hi ha comunicació entre ells? Què vol dir bastant alta? Significativament alta? Fent clusters o agregats d’afectats? Centrats més en Arinsal que en altres zones d’Andorra? I això és al final del paràgraf perquè jo ja quedo corprès de bon començament quan es parla de “un nou agent patogen que s’està començant a estudiar”. Què vol dir? Què estem davant d’un nou virus? No voldrà dir potser d’un virus que porta entre nosaltres moltíssim anys i que ara, de sobte, veiem? En fi…

Ara que s’ha aclarit el misteri de l’origen falta saber com es va produir la contaminació. Andorra analitzarà també les ampolles que encara són en el circuit comercial, però no hi ha data per disposar dels resultats que resolguin la incògnita.

I aquí tindrem problemes perquè en una contaminació d’aqüífer la contaminació pot estar a centenars de metres, a kilòmetres fins i tot, del punt de captació de la planta embotelladora. I sí, fan bé en no posar data perquè agafar i assajar mostres representatives de tots els elements afectats portarà setmanes i no està gens clar que traguem l’entrellat de tot plegat.

Certament als polítics se’ls ha de demanar que en sàpiguen de política i no de biologia, potser. Però sempre és millor dir que no es tenen clares les coses que no fer asseveracions massa contundents.

Però aquesta, aquesta és una altra història.

Per més informació podeu consultar també…

http://ccaa.elpais.com/ccaa/2016/04/27/catalunya/1461775750_606881.html

Comentaris virus-lents (159): Zika i microcefàlia; sí, segur, però…

La microcefàlia és una malaltia rara, escassa, i té múltiples causes; això no vol dir que sigui necessariament multifactorial; la causa pot ser única però n’hi ha moltes possibles. Així, s’ha descrit o associat microcefàlia per ingesta exagerada d’alcohol, enverinament per mercuri o exposició a radiacions; o per una desnutrició greu de la mare o per diabetis. Junt aquestes causes, no infeccioses, la microcefàlia també pot ser deguda a una infecció fetal amb xarampió (mireu entrades 81 i 82 d’aquest blog pel tema xarampió i vacunació), citomegalovirus o toxoplasma (un paràsit)…i ara diuen que Zika.

Zika no havia donat senyals prèvies d’aquestes capacitats (llegiu entrades anteriors en aquest mateix blog) possiblement perquè no deixa de ser una manifestació percentualment escassa però que pot sumar centenars o milers d’afectats quan el nombre d’infectats coneguts pot arribar a milions (i recordeu que el 80% aprox. cursen la infecció de forma asimptomàtica). Ni a Africa ni a les petites illes del Pacífic, relativament poc poblades, es va observar res especial…fins que la infecció arribà a la Polinèsia Francesa, on hi viuen vora 300.000 persones i on les estimacions apunten que més de un 10% va patir la infecció (més de 8000 casos clínics; probablement uns 40.000 comptant els casos asimptomàtics). Allà es confirmaren més de 40 casos d’una mena de desordres neurològics etiquetats com a  síndrome Guillain Barre (per més detalls veure entrada 150, enllaç https://comentarisviruslents.org/2016/01/19/comentaris-virus-lents-150-michael-pare-no-guillain-barre-i-no-tagradara-la-seva-actuacio/), el que equivalia a multiplicar per deu la incidència habitual. Va ser el primer moment que Zika avisà que podia atacar el sistema nerviós…i recordem que el cervell és el rector del sistema nerviós i esta constituït pels mateixos “elements” bàsics. I allà no hi havia pesticides involucrats…o no es va informar.

Però és que, un cop desfermada l’alerta, a la Polinèsia es van posar les piles i van decidir investigar retrospectivament la infecció buscant ara específicament casos de microcefàlia; si la infecció va ocórrer entre octubre de 2013 i la primavera de 2014 van rastrejar els naixements de l’any 2014 i començaments del 2015 i van observar que la freqüència de casos anuals de no nascuts  amb “malformacions del sistema nerviós central “, una classificació que inclou microcefàlia, passava d’un a més de 15. En aquell moment, al no haver sospita, no es seguí amb tanta atenció si les potencials mares quedaven infectades per Zika durant la seva gestació. A quatre de les mares se li feren proves serològiques i van resultar positives a prèvia exposició a Zika…la investigació s’està ampliant.

microcephaly in Brazil from nyt

Incidència de microcefàlia (mapa del New York Times, dades de finals de gener 2016); els cercles rosats, a escala, corresponen a 10, 100 ó 1000 casos sospitosos; els cercles grisos corresponen a 10 ó 100 casos confirmats.

I en aquestes el virus va propagar-se per Brasil i al nord-est del país a l’estat de Pernambuco es va començar a veure un fort increment de la incidència de casos de microcefàlia. Aquesta era una alteració no desconeguda allà però poc freqüent; uns pocs casos anuals en un estat amb 9 milions d’habitants i 130.000 naixements anuals. Al novembre de 2015, quan es donà l’alarma ja portaven al voltant de 650 casos. A quatre estats brasilers, Pernambuco, Paraíba, Rio Grande do Norte i Sergipe la incidència de microcefàlia s’ha incrementat de l’ordre de 50 vegades, hi ha 50 vegades més casos. Per contra, a Rio de Janeiro, Mato Grosso do Sul, Distrito Federal, Goiás i Ceará, altres estats de Brasil la incidència és la mateixa que “l’habitual”. Els enllaços originals a: http://ecdc.europa.eu/en/publications/Publications/zika-microcephaly-Brazil-rapid-risk-assessment-Nov-2015.pdf. o http://ecdc.europa.eu/en/publications/Publications/zika-virus-americas-association-with-microcephaly-rapid-risk-assessment.pdf. Un comportament que no sembla que es pugui explicar per una major o menor densitat de poblacions de mosquits vectors (dic això des de la distància, però).

Zika mosquito distribution by nyt

Mapa de distribució del vector Aedes aegypti (del New York Times, again; Moritz U. G. Kraemer et al., eLife Sciences; Simon Hay, University of Oxford). Les ratlles horitzontals marquen el 0, el 50% i el 100% de presència; les àrees més fosques, les més infestades.

I ara…trenquem la taula. I si els números no són certs? Aquesta incidència és “real”? La incidència registrada de microcefàlia els anys previs era “real”? Els nombres de casos de microcefàlia dels anys precedents que es fan servir com a línia basal o de referència per dimensionar els casos actuals era “veritable”? I…ja sabem que els registres poden canviar en funció dels sistemes de vigilància (de captació de dades) o de diagnòstic? S’han canviat aquestes condicions entre 2010 i 2014, per exemple, respecte les que s’estan fent servir aquest 2015? Per començar, hi havia un sistema en la recollida de dades respecte a la microcefàlia com hi ha ara? Més encara, ara que s’està molt a sobre, que hi ha alarma social i es cerquen casos sota les pedres, no estarem diagnosticant una fracció de casos que en anys precedents es perdien, no es comunicaven, no estem en mig d’un “attention bias”, un biaix per parar molta atenció? Compte que això és un benefici, permet donar tractament, però pot emmascarar, fer més impressionant, el factor multiplicador d’incidència respecte anys precedents.

Una prova que ens movem en una zona no massa assentada, grisosa, la dona aquest enllaç: http://www.who.int/bulletin/online_first/16-170639.pdf

Us copio una part de l’abstract en anglès…

The Network’s database currently stores information on more than 100,000 neonates. To support the microcephaly research, from December 1st to 31st, 2015, the Network ran a task force and rescued the head circumference from 16,208 neonates. A much higher than expected incidence of microcephaly was observed, varying from 2% to 8% according to the utilized classification criteria. These findings raise questions about the condition’s diagnosis and its notification. An observed presentation’s seasonality might reflect that of infections carried on by the Aedis aegypti vector. However, the temporal fluctuation was documented since late 2012, before the allegedly entry of the ZIKV in Brazil, in mid-2014. Further questions are raised on both the epidemiological surveillance of the Aedis aegypti infections, as well as on different aetiological possibilities for the outbreak. At this stage, follow-up studies in the children diagnosed with microcephaly are mandatory prior to concluding what problem we are facing; how it came about and which consequences it may, or not, bring to the Brazilian population in years to come.”

En resum, que la incidència prèvia de la microcefàlia en aquella zona era molt més alta que la oficialment acceptada; que en funció del mètode emprat per classificar aquesta notificació es pot duplicar o quadruplicar; que hi ha un patró estacional que coincideix amb el cicle d’Aedes aegypti, però…que ja es veia el 2012, mentre que el virus està oficialment a Brasil des d’el 2015. Perquè va arribar el 20114-2015, no? No podria haver arribat abans i propagar-se camuflat, emmascarat amb el dengue i Chikungunya? I ara tornem al començament; una causa de microcefàlia és la desnutrició, la pobresa. Aquesta desnutrició o pobresa que ja donava uns valors alts de microcefàlia, molt per sobre de les xifres oficials, segons Mattos pot haver rebut un boost, un efecte multiplicador o potenciador, per la propagació de Zika. I segons les dades a les que he tingut accés la majoria dels casos reportats ho són en famílies d’ingressos baixos.

I tot això ho “podem explicar” en un relat coherent, sense recórrer a cap conspiració, sense cap malevolència impostada; ineptitud i prioritats equivocades molt probablement, a cabassos.

Però aquesta, aquesta és una altra història.

 

Comentaris virus-lents (157): La ZikaTaskForce de GlobalVirusNetwork comença a caminar.

Us adjunto, literal, en anglès, un comunicat del GlobalVirusNetwork, sobre el virus Zika i la creació d’un grup de treball per facilitar el flux d’informació entre diferents grups de viròlegs de centres en la punta de llança de la recerca en malalties víriques emergents, com és el cas del Zika. La idea és obtenir, i compartir, un coneixement més profund sobre el virus Zika, de la seva ecologia i epidemiologia, a les fonts originals; països africans i ara mateix Sudamèrica i Centreamèrica, i contribuir al desenvolupament d’eines de diagnòstic sensibles, i a més senzilles i econòmiques per identificar de manera segura a les persones infectades. En últim terme hi ha els desenvolupaments vacunals i els models animals necessaris per comprovar que les esmentades vacunes són efectives i segures.

Si voleu saber més sobre GlobalVirusNetwork aneu a l’entrada 122 https://comentarisviruslents.org/2015/07/04/comentaris-virus-lents-122-irta-cresa-una-estructura-capital-cada-cop-mes-internacional/  o seguiu-los al seu compte de twiter @GlobalVirusNews

En aquest grup de treball, GVN’s Zika Task Force, hi col·laborem dues persones de IRTA-CReSA, el que us escriu i una companya viròloga, amb molta experiència en virus emergents en general, i arbovirus en particular, na Núria Busquets.

El comunicat que us adjunto és tot ell interessant però us ha posat en negreta la part genèrica, la que es refereix al que coneixem de Zika i els seus efectes, ara mateix.

Perquè tot està per fer, però també tot és possible, encara que aquesta, aquesta és una altra història.

 

 GVN black-logo

Media Contact:

Nora Grannell

410-706-1954

ngrannell@gvn.org

 

Global Virus Network (GVN) Launches Zika Task Force Comprised of Leading Virus Researchers from Around the Globe

GVN catalyzes international collaborations in an effort to address the urgent need to share information and research to better combat the global Zika outbreak

February 16, 2016, Baltimore, MD: The Global Virus Network (GVN), representing 35 Centers of Excellence and 5 Affiliates in 26 countries, and comprising foremost experts in every class of virus causing disease in humans, today announced the formation of the GVN Zika Task Force chaired by Scott Weaver, PhD, who is also co-chairman for the GVN Chikungunya Task Force and is director of the University of Texas Medical Branch’s Institute for Human Infections and Immunity and scientific director of the Galveston National Laboratory, a GVN Center of Excellence.  The GVN Zika Task force, which is expected to grow, fills a gap identified by leading scientists to catalyze urgent international collaborative research. The announcement was made today by Robert Gallo, MD, co-founder of the GVN and chair of GVN’s Scientific Leadership Board and José Esparza, MD, PhD, president of the GVN.

I am pleased to chair GVN’s Zika Task Force which will serve as a catalyst for driving communication and information flow between fellow GVN colleagues researching and responding to the Zika epidemic gripping much of Central and South America and the Caribbean,” said Dr. Weaver.  “Our research team has been studying Zika virus for several years now, including working with countries such as Senegal to study enzootic ecology as well as Brazil and Mexico in developing sensitive diagnostics to identify those infected and follow the epidemiology of these outbreaks.”  Dr. Weaver continued, “We look forward to beginning nonhuman primate model development next month and continuing vaccine research, and to coordinating efforts with others in the GVN Zika Task Force in these efforts.”

GVN’s mission includes accelerating research from our Centers of Excellence to advance testing, treating and prevention tools to clinics worldwide,” said Dr. Gallo, who is also The Homer & Martha Gudelsky Distinguished Professor in Medicine and Director of the Institute of Human Virology at the University of Maryland School of Medicine, a GVN Center of Excellence. “Having said that, people constantly ask scientists to move faster, act quicker.  To them I suggest investing more in research to advance laboratory discoveries so that when acute outbreaks such as Zika or Ebola occur, public health officials are better prepared.”  He continued, “We need to be – and we can be – on the offense, not defense.

Zika virus is transmitted to humans primarily through the bite of an infected Aedes species mosquito, which are the same species spreading the chikungunya and dengue viruses.  This presents a scientific problem in that the Zika virus is challenging to diagnose because, once viremia ends after about 7 to 10 days of acute infection, there are cross reactions among antibodies generated by other flaviviruses such dengue and yellow fever, which are endemic in many regions experiencing outbreaks.

Zika virus is being actively transmitted in 29 countries and one US territory, and the numbers will continue to grow,” said Dr. Esparza.  “A global response is imperative.  International collaborations and shared information is key to addressing the Zika virus outbreak.  The GVN Zika Task Force fulfills this by strengthening GVN’s internal and external strategic alliances involved in the urgent response to this global public health emergency.

Giuseppe Ippolito, MD, scientific director of the National Institute for Infectious Diseases Lazzaro Spallanzani in Rome, Italy, which is a member of Italy’s GVN Center of Excellence said, “We are pleased to be of service in the international response to this world crisis via the Global Virus Network. Our institute has established a collaborative project with colleagues in Slovenia and Brazil to study Zika virus occurrence and pathogenesis, and we look forward to sharing our findings with other members of the GVN Task Force.

There is evidence suggesting Zika virus can cause microcephaly, a neurological condition in newborns that includes an abnormally small head due to abnormal brain development, leading to lifelong mental impairment and in some cases death.  Currently, there are no reports of infants obtaining Zika virus through breastfeeding.  Although spread of the virus through blood transfusion and sexual contact has been reported, more research is needed to determine the role of direct human-to-human transmission in the current epidemic.

Jorge Osorio, PhD, a professor of infectious diseases at the University of Wisconsin-Madison and a GVN Zika Task Force member, recently returned from researching Zika virus in Colombia, where the total of confirmed Zika cases is second only to Brazil.  “We are building the capacity to better diagnose Zika infections in Colombia, as well as dengue and chikungunya, which are also viruses contracted by the same mosquitoes. As we learn more about this virus and others like it, particularly through other members of the GVN Task Force, we will better predict similar outbreaks.  In the meantime, we need to control mosquito populations in affected regions, and promote protection tactics against mosquitoes.”

In children and adults, Zika virus infection is generally mild – some develop flu-like symptoms, joint pain, eye inflammation and rashes, while other people may not have any symptoms. The disease may also lead to serious complications, including Guillain-Barre syndrome, a disorder where the immune system attacks the peripheral nerves, sometimes leading to paralysis. 

 

Members of the Global Virus Network Zika Task Force include:

Chair: Scott Weaver, MS, PhD. Institute for Human Infections and Immunity, University of Texas Medical Branch, Galveston, TX, USA

Sazaly Bin Abu Bakar, PhD, Msc, Bsc. University of Malaya, Kuala Lumpur, Malaysia

Michael Diamond, MD, PhD. Washington University School of Medicine, St. Louis, MO, USA

Leroy Eric DVM, PhD. Institut de Recherche pour le Développement, Montpellier, France

Antoine Gessain, MD PhD. Institut Pasteur, Paris, France

Xavier Abad Morejón de Girón, PhD. IRTA-CReSA. Centre de Recerca en Sanitat Animal, Catalonia, Spain

Diane Griffin, MD. Johns Hopkins Bloomberg School of Public Health, Baltimore, MD, USA

Andrew Haddow, PhD. United States Army Medical Research Institute for Infectious Diseases, Ft. Detrick, MD, USA

Giuseppe Ippolito, MD. National Institute for Infectious Diseases Lazzaro Spallanzani, Rome, Italy

Maria Van Kerkhove, PhD. Institut Pasteur, Paris, France

Albert Ko, MD. Yale School of Public Health, New Haven, CT, USA

Alain Kohl, PhD. MRC-University of Glasgow Centre for Virus Research, Glasgow, Scotland

Marc Lecuit, MD PhD. Institut Pasteur, Paris, France

Julius Lutwama, PhD. Makerere University, Uganda Virus Research Institute, Entebbe, Uganda

John Mackenzie, AO, PhD, FTSE, FASM, FACTM. Curtin University, Perth, Australia

Núria Busquets Martí, PhD. IRTA-CReSA. Centre de Recerca en Sanitat Animal, Catalonia, Spain

Ken Olson, PhD.Colorado State University, Fort Collins, USA

Jorge Osorio, PhD. University of Wisconsin, Madison, WI, USA

Amadou Sall, PhD. Institut Pasteur de Dakar, Dakar, Senegal

Raymond Schinazi, PhD, Hon DSc. Emory School of Medicine, Atlanta, GA, USA

Nikos Vasilakis, PhD. University of Texas Medical Branch, Galveston, Texas, USA

David Watkins, PhD. University of Miami, Miami, FL, USA

Stephen Whitehead, PhD. National Institute of Allergy and Infectious Diseases, Bethesda, MD, USA

 

About the Global Virus Network (GVN)

The Global Virus Network (GVN) is a non-profit, 501(c)(3) organization, comprised of leading medical virologists from 35 Centers of Excellence and 5 Affiliates in 26 countries. The GVN’s mission is to combat current and emerging pandemic viral threats through international collaborative research, training the next generation of medical virologists, and advocacy. For more information, please visit http://www.gvn.org.  Follow us on Twitter @GlobalVirusNews