comentarisviruslents

Aquest blog és una seguit de comentaris personals i probablement poc transferibles sobre ciència i política.

Archivos mensuales: marzo 2020

Comentaris virus-lents (234): Els virus respiratoris no persisteixen 20 dies a superfícies … el coronavirus SARSCoV2 TAMPOC.

 

Aquest és un enfilall vindicatiu i una petició per contrastar dades. Jo, per necessitats diverses, una d’elles, ser el responsable de Bioseguretat de @CReSA_r, HE DE SABER la persistència de virus amb els que treballem i com inactivar-los. I quan es confirmà q treballaríem amb #SARSCoV2, perquè a IRTA-CReSA hi treballarem, vaig cercar tota la informació possible com he fet abans amb altres virus com Chikungunya, West Nile Virus, Zika, HPAI, Virus de la vall del Rift, Virus dengue, MERS coronavirus, influenza (aviar, com H5N1, H7N1 o humana com H1N1), virus amb els que també hem treballat i treballem…i treballarem.

 

Algunes de les conclusions que havia trobat fins ara, de virus embolcallats respiratoris, són:

 

  • Virus influenza A i B persisteixen 24-48 hores a superfícies no poroses com acer inoxidable o plàstic i sols 8-12 hores en roba, paper i tissue. Virus influença deixats assecar sobre acer inoxidable es podien recuperar passant el dit a les 24 hores. Veure doi.org/10.1093/infdis/146.1.47

 

  • El metapneumovirus aviar i el virus grip aviar dessecats sobre 12 superfícies poroses i no poroses, persistí fins a 6 dies però NO 9 dies, i sempre millor en superfícies no poroses que en superfícies poroses (pot haver un problema d’elució, més avall comentem que significa). Veure: doi.org/10.1637/7453-101205R.1

 

  • Es comparà viabilitat i senyal molecular de 5 soques de virus influença dessecats en 3 superfícies (cotó, microfibra, acer inoxidable). Concentració inicial, entre 10.000 i 1.000.000 virus. Els virus viables arribaren tot just als 14 dies, sols en acer inoxidable, i només 7 dies sobre cotó i microfibra; per contra la senyal molecular, la detecció del genoma de influenza va donar positiu TOTA LA DURADA DE L’ESTUDI, set setmanes. NO va haver diferències entre soques, TOTES es comportaven igual. Veure: doi.org/10.1016/j.jhin.2016.12.003

 

  • Influenza A virus dessecat sobre guants de goma, una mascareta N95 (o FFP3, recordeu l’enfilall de protecció respiratòria, o l’entrada anterior d’aquest blog, la 233), o sobre una granota Tyvek o acer inoxidable va mantenir la seva infectivitat 8 hores a tots els materials i nomes arribà a les 24 hores de persistència al guant de goma. Veure: https://link.springer.com/article/10.1007%2Fs12199-010-0149-y

 

  • El virus pandèmic pH1N1 va ser inoculat sobre diverses superfícies “casolanes”. El genoma es detectà sense alteracions significatives a les 24 hores però la infectivitat viral es mantingué nomes 4 hores per molts material i no més enllà de 9 hores en alguns materials no porosos. Caigudes de 4 log, que són 10.000 virus, o un 99,99% d reducció. Els autors conclouen que la transmissibilitat a través de superfícies és possible però improbable si no hi ha recontaminacions (que és el que passa habitualment en el domicili d’un infectat). http://dx.doi.org/10.1371/journal.pone.0027932

 

  • El vius pandèmic influenza A H1N1 romangué infecciós (estem parlant de reduccions de 5 log, és a dir 100.000 virus) durant 48 hores en superfícies de fusta, 24 hores en acer inoxidable i superfícies plàstiques, i 8 hores en roba, encara que els autors apunten a un problema d’elució, que podria ser que el virus quedés segrestat per la textura del material; tanmateix a efectes pràctics si no queda disponible per ser recollit per la suor d’un dit, epidemiològicament seria irrellevant. https://www.ajicjournal.org/article/S0196-6553(13)01332-1/fulltext.

 

  • I, com sempre, el outlier, que ens ha de fer estar alertes, les dades són les que són… Els autors troben que dues soques de virus Influenza A, dessecades sobre acer inoxidable i mantingudes a 18-25ºC en diferents HR, només experimentaven 2 log10R, caigudes del 99% de la seva infectivitat als 7 dies. http://dx.doi.org/10.1128/AEM.04046-15

 

SARS portada EID

 

I òbviament la referència canònica de Kampf et al, 2020 https://www.journalofhospitalinfection.com/article/S0195-6701(20)30046-3/fulltext o l’article d’aquesta setmana sobre SARSCoV1 o SARSCoV2 citat a @basics de @beteve de Doremalen et al., … https://www.medrxiv.org/content/10.1101/2020.03.09.20033217v2

 

Dels dos he fet enfilalls per comentar-los però em sap greu, no els trobo, si algú els pot recuperar i penjar-los seguits a aquest en farà un favor. Ras i curt, com ens hauria d’agradar a tothom, la persistència més enllà del 7 dies és purament anecdòtica i només sobre superfícies no poroses, les més favorables, ja que les caigudes previstes estan per sobre 4 logs. En cartró aquestes inactivacions s’assoleixen abans dels 4 dies (van Doremalen et al., 2020). Però és que si mireu la revisió de Kampf NO hi ha CAP persistència de cap #coronavirus avaluat MÉS ENLLÀ dels 9 dies.

 

En això tenim una miqueta de sort, el #SARSCoV2 no és un virus massa resistent a l’ambient ni tampoc als desinfectants…la resta ja és cosa nostra. Bé, nostra, nostra, no, que des de Madrid ens han de dir el que “ens convé”, oi?

 

 

Però aquesta, aquesta és una altra història, oi.

Comentaris virus-lents (233): Protecció respiratòria i SARSCoV2.

 

Fa uns quants dies vaig publicar un enfilat de tuïts sobre mascaretes i protecció respiratòria. L’objectiu del fil era, i és, que la gent no acostumada a aquests elements entengués els seus usos i diferències.

Que calguin o no ara mateix, o en un moment futur, és tema de més d’una discussió. Anem amb el fil, que alguns ja coneixereu…

 

“Bé, posem-nos en situació. #SARSCoV2 està a casa del veí i ara toca pensar que fer. Ja he fet un fil previ sobre la capacitat de persistència i resistència a la desinfecció dels #coronavirus. Ara anem a això de la protecció respiratòria.

Primer, #SARSCOV2 però també els anteriors, #MERS i #SARS, NO SON AEROGENS. NO és podem TRANSMETRE per l’aire. Els #coronavirus pesen, van cavalcant en gotes, que tenen un pes i volum que les fa caure en el primer parell de metres. Això si, allò que cau, es diposita…

sobre superfícies i les contamina.
Quan un esternuda o estossega genera aquest núvol de microgotes, inestables, q cauen, no hi ha #coronavirus a 10 o 15 metres de distància. Per evitar això és per la única cosa que són útils les mascaretes quirúrgiques,

que no s’ajusten a la cara però q sí q bloquegen les flegmes q surten de boca i nas.
Per tant ajuden a q tu no encomanis si tens la infecció, però no sols de #SARSCoV2 si no també si tinguessis la grip. Però res més, les mascaretes quirúrgiques no són Equips de Protecció Respiratòria, #EPIs.

I les mascaretes de “veritat”? Les mascaretes autofiltrants tenen un petit filtre que retè les partícules i recordeu que els #coronavirus són partícules i van sobre altres partícules (les gotes). Però si no es porta ben ajustada al nas, la barbeta i les galtes, no serveix de res.

Per cert s’han acabat les barbes, cal afaitar-se. De fet més d’un em mira malament al @cresa per això, però és el que té ser responsable de Bioseguretat. Bé, seguim. Segons la norma europea EN 149, s’estableixen tres nivells de protecció: FFP1, FFP2 i FFP3 en funció d’eficàcia filtradora.

FFP1, FFP2, FFP3 tenen respectivament una eficàcia de filtració MÍNIMA del 80%, 92% y 99%. Cap filtra absolutament, i porten el filtre integrat, no necessiten ni admeten recanvis ni manteniment especial (si us plau NO les doblegueu), i es descarten UN COP USADES.

Per cert, els que s’estiguin preguntant, FFP? FFP? Què és FFP? Aquí les coneixem com mascaretes però als països anglosaxons és la “Filtering Face Piece”. Les mascaretes només cobreixen boca i nas i poden tenir una vàlvula d’exhalació per millor les prestacions i reduir la humitat interior.

I abans de fer un descans, i sopar… què són llavors les mascaretes N95, N99 i N100 americanes? Com les fem correspondre a les “FFP europees”? #Filtració #SARSCoV2 #virusrespiratoris #EPIs

Tornem-hi, amb aroma de taronja a les mans. Les mascaretes N95, N99 i N100 corresponen a la descripció americana i fa referència a la seva eficiència, del 95%, 99% i 99,9% (que arrodoneixen a 100%). Normalment les N95 es fan equivaldre a les FFP2 i les N99 a les FFP3.

La @WHO recomana sempre que estem davant d’una possible font d’emissió d’ aerosols (núvol de microgotes) infecciosos (però no per #SARSCoV2 si no per coses més clàssiques però també mortals com tuberculosis, xarampió..) una mascareta que filtri un mínim del 95%…

el que equival a una N95 americana o bé una #FFP2 o #FFP3 europees. Però compte, una FFP1, FFP2 o FFP3 quasi són indistingibles en la distància; el marcatge és diminut però fàcilment localitzable. Cal mirar el filtre de la màscara i la caixa, que no us passin bou per bestia grossa.

Aquí teniu una imatge d’una FFP3…

3m-9332-mascarilla-ffp3-con-valvula_ml

I ara una imatge d’una FFP2…

mascarillas-fpp2-con-valvula-3m-8825_ml

I ara una imatge d’una FFP1…

98953-9061957 ffp1

I un cop vistes, ja us dic jo que sempre em miro el marcatge perquè cada empresa té els seus disseny i es poden confondre les qualitats. I ara, el debat…com posar-se la mascareta. Al nostre centre, @cresa la instrucció es posar-se-la així. La col•locació es important però la retirada…

ENCARA ho és molt més, sobre tot en ambients compromesos com habitacions d’hospitals amb malalts o laboratoris on es treballa amb el #SARSCoV2. El donning and dofing que diuen els anglesos millor explicat aquí…
https://www.registerednursern.com/how-to-don-and-doff-n-95-mask-respirator/

I uns darrers consells. Són d’un sol ús? Sí. Les reutilitzem a molts centres? No hauríem però per segons quins usos, sí. Quantes vegades? A criteri format; si està perfecta, no arrugada, no bruta, i en funció de l’activitat, diversos cops, però NO massa cops. Si la recicleu, guardeu-la en lloc sec,

perquè s’assequi el filtre. I renteu-vos les mans abans i després de fer-la servir. Hi ha més coses però aniran sortint. I sobre tot, recordeu que protegeixen fins a cert punt. Tot risc es producte de probabilitat i conseqüències, i va bé recordar-ho sempre. #SARSCoV2 #filtració #EPIs”.

 

 

I aquí acaba el fil. La situació des de que el vaig escriure ha canviat força. Per exemple ara hi ha diversos cops més casos de SARSCoV2 a Catalunya, i a Espanya hi ha 15 o 20 vegades més. El SARSCoV2 es va estenent però amb les circumstàncies i densitats d’infecció actuals l’ús de mascaretes pel carrer és i serà una mesura sense cap utilitat. I encara que tinguéssim milers de infectats repartits per Catalunya serien probablement inútils.

 

Les mascaretes són útils, i repeteixo, són útils, no feu cas de ningú que digui que no són efectives, quan estem de forma continuada i propera exposats a una font emissora, com un malalt, i molts cops en situacions de risc, com ho són algunes manipulacions o pràctiques mèdiques.

 

Perquè el sistema sanitari i els seus treballadors són la nostra primera barrera de defensa. Si la debilitem, o comencem a tenir baixes per infecció quan tenen cura dels infectats previs tindrem un problema seriós, permeteu-me ser cru, de reposició, per un costat, i de massificació hospitalària per l’altra.

 

Però aquesta, aquesta és una altra història.

Comentaris virus-lents (232): Donant-li voltes a la CFR del SARSCoV2.

 

 

Primer, què és la CFR? Es la Case Fatality Rate, o Case Fatality Ratio, o Ratio de Casos Fatals, en altres paraules, quantes persones han mort a conseqüència d’una causa, respecte el total de persones que han patit (o han estat diagnosticades) d’aquesta causa.

El que ve a continuació és un enfilat sense cap modificació que vaig penjar a Twitter i que la gent va valorar positivament. D’això fa ja unes dues setmanes. El poso en aquest canal, que no és equivalent.

 

 

“Serà millor explicar-ho numèricament. Imaginem que tenim 100 casos diaris de infecció per #nCoV2019 o #2019nCoV. El període d’incubació és 1 setmana i als 10-15 dies els casos es recuperen o…es moren. A dia 1 tindrem 100 casos; a dia 2 tindrem 200 casos; a dia 3 tindrem 300 casos, etc.

Fins ara cap mort (sempre hi ha outliers, però, gent que està als extrems de la distribució normal), perquè hem quedat que no es mor ningú fins els 10-15 dies. Bé, seguim. Dia 8, 800 casos, dia 9 arriben a 900 casos i el dia 10 un miler de casos.

I llavors comença a morir gent perquè ha transcorregut prou temps d’incubació, i alguns casos han esdevingut greus, fins i tot mortals. Dia 11, 1100 casos i 15 morts (posem 15% dels casos del 1er dia); dia 12, 1200 casos (100 més del dia anterior) i 30 morts… #nCoV2019 #2019nCoV

que resulten d’afegir als 15 morts del dia 1 un cop passats 10 dies, 15 morts més del dia 2, quan han passat 10 dies per ells. Podem seguir un tercer dia, 1300 casos i 45 defuncions (món perfecte, 15 + 15 + 15). I ara ens donen la Case Fatality Rate, #CFR, i ens diuen que han mort 45 persones…

d’un total de 1300 afectats per #nCoV2019 o #2019nCoV, i això fa 45/1300 un #CFR de 3,5%. La dada sembla robusta però estrictament és falsa. Podríem dir que el CFR serà COM A MINIM del 3,5% perquè només els 300 casos inicials han arribat al moment de la veritat, aquell en el que…

es recuperen o sucumbeixen. Per tant si féssim el #CFR només pels 300 que han complert el cicle de 10 (o 14 dies o 3 setmanes) la #CFR seria del…15% ja que han mort 15 persones de cada 100 casos aquells 3 dies. L’autor apunta que això ja va passar a l’epidèmia del #SARS on el…

#CFR va anar escalant setmana rere setmana. En el cas que ens ocupa, la propagació de #nCoV2019 va massa depresa i la #CFR es mantindrà baixa, artefactualment, perquè els nous casos engreixen el denominador. Només si es tallés en sec el nombre de nous casos i es deixés…

evolucionar el numerador, els casos fatals, un cop transcorreguts els 10, 15 dies, al final, tindríem només casos fatals i gent guarida; ara tenim 2-3% de casos fatals respecte el total (incloent els ingressats avui mateix), un 15-20% de casos greus (que inclou a la gent que ha…

arribat a la bifurcació, i la resta casos benignes o gent ja guarida). Aquest 15-20% serà el rebost de nous casos fatals. Cal estar molt atent a evolució del ratio casos fatals:guarits per #nCoV2019. Si queda estable en 1:3 o 1:4 la meva previsió és q tindrem molts milers de morts.

Alhora…si el nombre d’admissions decreix i en lloc de 100 entren 10 cada dia veurem com la #CFR pujarà perquè, maleits números, morirà cada dia més gent (15) per #nCoV2019 o #2019nCoV que la que ingressa (10)!!…com a mínim durant 10 dies.

Com ja vaig dir en el seu moment, tot és molt fluid, tot és molt atzarós. #nCo2019 #2019nCoV.”

 

SARS portada EID

 

I aquí acabà l’enfilat. Des de la data aproximada de difusió per Twitter la #CFR publicada per la OMS, que estava al 2%, ara està en el 3,5% i com diuen a la borsa, amb tendència alcista. I la calculada pel mètode menys ortodox ha baixat del 15% al 7%. I com he repetit diverses vegades, la realitat estarà entre els dos valors…clarament pitjor que la grip, em sap greu, però res cataclísmic.

 

 

I convé que se sàpiga, perquè tots podem fer coses per ajudar a fer caure la #CFR. No us ho havien dit? La #CFR no és immutable, ja ho heu vist si heu llegit aquesta entrada, si no que, a més, canvia en funció d’esforços i actituds col·lectives però també individuals. Sí, depèn de la informació que donen els canals oficials, de les seves accions i de com involucren a la població. I sí, depèn de la teva actitud, de la seva, de la meva…

 

 

Però aquesta, aquesta és TOTA una altra història.