comentarisviruslents

Aquest blog és una seguit de comentaris personals i probablement poc transferibles sobre ciència i política.

Archivos por Etiqueta: zoonosi

Comentaris virus-lents (199): Coronavirus que volen coronar el cim.

Als darrers anys les malalties infeccions zoonòtiques emergents i re-emergents han demostrat ser una amenaça global tant per éssers humans com per animals. Entre elles, aquelles causades per coronavirus han aixecat un parell de vegades el dit demanant atenció. Fou el cas del SARS-Coronavirus (Severe Acute Respiratory Syndrome o SARS-CoV) l’any 2003 (per més detalls consulteu l’entrada https://comentarisviruslents.org/2014/08/11/comentaris-virus-lents-37-un-primer-coronavirus-que-va-arribar-de-lest/) i és el cas, més recent, i si es vol més pausat però també més constant, del MERS-CoV (o Middle East Respiratory Syndrome), que s’inicià el 2012 i que fins la data porta més de 2000 casos i per sobre de 700 morts (veure http://www.who.int/emergencies/mers-cov/en/ però també teniu com entrada inicial en aquest blog https://comentarisviruslents.org/2014/08/26/comentaris-virus-lents-42-camelids-i-mers-cov-aquest-cop-el-regal-que-ens-porten-no-es-benvingut/).

 

Totes les proves actuals apunten als dromedaris com a reservoris de MERS-CoV i com a vehicles determinants per a la posterior transmissió a éssers humans. Però no solament els camells són susceptibles a la infecció…una de les temences és que si MERS-CoV escapés de la seva ubicació geogràfica actual podria trobar altres reservoris multiplicadors. Que una espècie animal fora susceptible seria un pas en aquesta direcció, com ja s’ha demostrat per les alpaques, les llames i els pors (aquest un estudi fet a IRTA-CReSA, veure Vergara-Aliert et al., 2017a), encara que és, en si, un pas insuficient; la susceptibilitat no garanteix una transmissibilitat potent i continuada (altre cop, Vergara-Aliert et al., 2017b). Dit d’una altra manera, que un animal s’infecti no vol dir que tingui capacitat de transmetre la malaltia a un altre i per tant l’infecció s’extingeix. La font inicial, però, serien sempre els ratpenats.

 

Darrers estudis han demostrat la capacitat del MERS-CoV per infectar un ampli ventall de cèl·lules de camèlids, primats i éssers humans, cavalls, porcs, i cabres…a banda dels ratpenats, òbviament. Una propagació en cèl·lules d’un origen concret no implica, no permet concloure, que l’animal “sencer” serà susceptible i potencial reservori transmissor. De fet cavalls (ponis concretament) i ovelles no han demostrat ser susceptibles a MERS coronavirus (per més detalls altre cop un treball de IRTA-CReSA, Vergara-Aliert et al., 2017a).

 

El que sí sembla clar passats els anys és que els éssers humans infectats no són massa efectius escampant o transmeten el MERS-CoV (i en això hi ha diferencies clares amb el SARS-CoV) encara i algun cas de super-spreader (realment interessant que consulteu l’entrada https://comentarisviruslents.org/2015/10/29/comentaris-virus-lents-137-els-superdisseminadors-o-quan-mers-entra-per-la-porta-costa-que-surti-per-la-finestra/).

 

La diferència de comportament infectiu entre éssers humans i reservoris es troba en la distribució diferencial d’uns receptors cel·lulars que són els que el virus empra per iniciar el cicle infectiu. Ara mateix, amb les dades que tenim, la susceptibilitat de l’hoste ve mediada, principal però no exclusivament, per la distribució d’una proteïna, la DPP4, al tracte respiratori; en humans aquesta proteïna està expressada en tipus cel·lulars que es troben al tracte respiratori inferior (per tant a nivell de tràquea, bronquis i bronquíols); en els principals reservoris animals (dromedaris, llames i porcs) la DPP4 està expressada intensament en tipus cel·lulars del tracte respiratori superior (nas, laringe i faringe). En conseqüència quan progressa una infecció en aquests animals el virus es circumscriu a aquesta zona (veure altre cop Vergara-Aliert et al 2017a) i per tant no genera complicacions (podríem dir que als animals els entra “moquera” però que no passa d’aquí) ni cap mena de mortalitat; en canvi si la infecció progressa en humans pot esdevenir freqüentment fatal.

 

La malaltia de MERS-CoV no és una malaltia d’obligada notificació para la OIE (Organització Mundial de Sanitat Animal), encarregada de la vigilància de la sanitat animal però sí que és obligatori la notificació dels casos confirmats en ser una malaltia emergent que té un significatiu impacte de salut pública. El Gold Standard diagnòstic descansa en tècniques moleculars (PCR); cal trobar positivitat, amplificació, en dos gens o seqüències del virus. Alternativament un animal es considera positiu si dona amplificació positiva a un dels dos gens i positivitat serològica (és a dir detecció d’anticossos front MERS-CoV al seu sèrum). I per exemple, se sap que a Espanya una proporció petita però no insignificant (del 4 al 14%) dels dromedaris de les Illes Canàries han mostrat positivitat serològica (detecció d’anticossos específics en font MERS-CoV)…però no s’ha detectat àcid nucleic, no sembla haver circulació activa del virus.

 

I parlarem properament de l’epidemiologia del MERS-CoV a diferents especies animals fent particular esment a Espanya i a Catalunya.

 

Però aquesta, aquesta és una altra història.

 

 

 

  • Vergara-Alert, J., van den Brand, JMA, Widagdo, W., Muñoz, M., Raj, VS, Schipper, D., Solanes, D., Cordón, I., Bensaid, A., Haagmans, BL and Segalés, J. 2017a. Livestock Susceptibility to Infection with Middle East Respiratory Syndrome Coronavirus. Emerging Infectious Diseases. 23(2): 232–240. doi:  10.3201/eid2302.161239. Enllaç a: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC5324816/
  • Vergara-Alert, J., Raj, VS., Muñoz, M., Abad, FX., Cordón, I., Haagmans, BL., Bensaid, A., and Segalés, J. 2017b. Middle East respiratory syndrome coronavirus experimental transmission using a pig model. Transboundary and emerging diseases. doi: 10.1111/tbed. Enllaç: http://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1111/tbed.12668/full
Anuncios

Comentaris virus-lents (198): Marburg treu el cap de nou perquè mai se’n va anar.

Fa uns dies Uganda va confirmar una mort pel virus Marburg, un filovirus que causa una febre hemorràgica altament infecciosa similar al Ebola.

 

El darrer brot de Marburg a Uganda es va donar el 2014; per més detalls veure entrada 58 en aquest mateix blog https://comentarisviruslents.org/2014/10/15/comentaris-virus-lents-58-i-ara-marburg-a-uganda-un-brot-amb-una-resolucio-aparentment-diferent/).

 

La víctima ha estat una dona de 50 anys que morí el 11 d’octubre a l’ hospital Kapchorwa del districte de Kween, a l’est d’Uganda, després de ser derivada des d’un altre centre de salut (on arriba el 5 d’octubre) havent-se presentat en aquell amb senyals i símptomes evidents compatibles amb una febre hemorràgica viral. Recordem que els símptomes genèrics en fase avançada poden incloure mal de cap, vomitar sang, dolors musculars i sagnat a través de diversos orificis. Aquesta dona fou enterrada seguint les costums culturals locals.

 

La mort d’aquesta dona ha permès traçar un cas molt probable previ, el del seu germà de 42 anys, que morí el 25 de setembre amb símptomes similars. La germana, ara morta, va participar en els preparatius tradicionals del cadàver del germà per al seu enterrament. El germà seria el cas índex, el cas inicial. I vet aquí que la via clàssica, i potser més efectiva de transmissió del virus és per contacte proper amb sang infectada o altres fluids i teixits corporals de cossos infectats.

 

Hi ha un tercer cas probable, un altre germà que va portar a la germana a l’hospital quan els símptomes eren relativament clars (en aquesta etapa un infectat és ja intensament infecciós), i que va portar el seu cadàver de tornada al poble, i que es troba ara mateix desaparegut i en recerca. Un serrell per controlar.

 

I fa uns pocs dies va ingressar un nen de poc més de dos anys amb símptomes altre cop compatibles, que va morir i del que encara no es pot ni confirmar ni descartar que estigués infectat per Marburg. Per tant un cas confirmat, dos casos probables i un sospitós, el darrer, però si es confirma, per proves de laboratori, potser el més perillós ja que no sembla tenir relació epidemiològica amb els altres. Com a resultat de tot plegat, 47 contactes dels cas cert i dels probables estan sotmesos a seguiment.

 

Encara que no tinc informació si es faran proves al germà, la seva ocupació, com a “caçador que duia a terme les seves activitats on hi ha cavernes amb gran presència de ratpenats” segons la ministra de salut apunten clarament a una altre vessament del virus del seu compartiment silvestre, en aquest cas els ratpenats de la fruita africans, que encara que portadors de filovirus (com virus Marburg), no mostren indicis obvis de la malaltia. Per més detalls sobre el paper dels ratpenats en el manteniment i la transmissió de filovirus veure entrada 48 https://comentarisviruslents.org/2014/09/15/comentaris-virus-lents-48-una-novel%E2%80%A2la-per-entregues-debola-ratpenats-contra-vampirs-pallissa-assegurada-1/ i entrada 49 https://comentarisviruslents.org/2014/09/17/comentaris-virus-lents-49-una-novel%E2%80%A2la-per-entregues-debola-ratpenats-contra-vampirs-pallissa-assegurada-2/.

 

Recordem que la malaltia del virus de Marburg (veure cas europeu històric a l’entrada 17 https://comentarisviruslents.org/2014/07/08/comentaris-virus-lents-17-un-cas-historic-debola-a-europa/) és una malaltia greu i d’alta letalitat. Tant Marburg com Ebola poden causar grans brots; El pitjor brot recent de la febre de Marburg es va produir a Angola el 2005, a una província del nord, Uige, i afectà a 411 persones, de les quals moriren 346. Res a veure, però amb la darrera epidèmia d’Ebola que va matar més de 10.000 persones i infectar de forma simptomàtica vora 30.000 (hi ha tot un seguit d’entrades sobre aquesta epidèmia al blog).

 

La zona de Kween, muntanyosa i mal comunicada, està a la vora de la República de Kenya; la població no entén de fronteres i travessa aquestes contínuament el que no descarta una possible transmissió trans-fronterera. Ara mateix, però, l’extensió del brot sembla poc probable. Però el virus continua a coves i compartiment animal saltant de tant en tant quan l’ésser humà s’entremet.

 

Però aquesta, aquesta és una altra història.

Comentaris virus-lents (197): Treballar amb artròpodes infectats a NBS3; ser picat o no ser picat? Vet aquí la qüestió-i 3.

 

En una instal·lació en la que es treballi amb vectors artròpodes (en el nostre cas mosquits) cal tenir clar el nivell de contenció a aplicar en cada moment. Us poso una taula que vaig presentar en una conferència (EBSA 2017, veure entrada a https://comentarisviruslents.org/2017/04/19/comentaris-virus-lents-192-conferencia-ebsa-to-be-or-not-to-be-safe/) fa uns dies i us l’explico.

 

ACL table-2

 

En un ACL1 (Arthropod Containment Level 1) hi maneguem els vectors autòctons ja establerts al nostre ambient (i per tant difícilment en tindrem nosaltres més a dins que els que hi han a fora) i aquells vectors exòtics pels que és inviable la seva supervivència exterior, sempre i quant no estiguin infectats amb cap patogen que afecti éssers humans o animals. La impossibilitat de supervivència exterior té a veure bàsicament amb consideracions climàtiques.

 

Al ACL2 es planteja la manipulació d’artròpodes autòctons o exòtics infectats amb microorganismes de grup de risc 2, o GR2, o mosquits modificats genèticament sempre i quan aquests modificacions siguin neutres o fins i tot negatives per paràmetres crítics del mosquit com viabilitat, rang d’hostes, fitness reproductiu, etc.

 

I els nivells ACL3 i ACL4 van marcats directament pel grup de risc del patogen manipulat. A un virus de GR3 li correspondria un NBS3, i en el cas que s’inoculi aquest virus en un mosquit, encara que aquest sigui autòcton, haurem de treballar sota un ACL3. I el mateix passaria amb un GR4, que requerirà al final un ACL4.

 

No parlarem extensament de la feina al meu centre, IRTA-CReSA, on es treballa en competència vectorial amb un seguit de virus de GR3 com són West Nile virus, Rift Valley Fever virus, Chikungunya, virus dengue i ara darrerament Zika (encara que aquest és un patogen GR2), per això millor aneu al blog específic del centre CReSA & the city, http://www.cresa.cat/blogs/sociedad/ però sí que acabarem aquest seguit d’entrades relacionades amb unes consideracions finals sobre la manipulació d’artròpodes infectats en condicions de contenció.

 

englisch_biostoffv-G-wordml02000001

 

Consideració 1: Les avaluacions de risc s’han de fer cas a cas, per a cada estudi. No serà el mateix treballar amb Aedes albopictus i Zika que amb Aedes aegypti i virus dengue, per exemple. I poso aquesta combinació de casos perquè és una mica excepcional. Expliquem-ho. Que és Aedes aegypti? Un vector exòtic al nostre territori, així que com a mínim li assignaríem un ACL2 (no podem assignar-li un ACL1 perquè si s’escapés aquest sí que té possibilitats d’establir-se a les nostres contrades). I l’apugem al ACL3 al treballar-hi en combinació amb el virus dengue, un virus exòtic i de GR3. Per contra, Aedes albopictus està completament establert a tot el Llevant de la península, per tant podria ser considerat un ACL1 per si sol; Zika està categoritzat com un virus de GR2, i nosaltres la combinació artròpode-virus la treballem a NBS3, si bé amb modificacions pel que fa als protocols i nombre i disposició d’EPIs, precisament per evitar que se’ns escapi un mosquit infectat amb Zika, que no està al nostre territori, i pugui establir un cicle autòcton de replicació amb els problemes de salut pública que això suposaria. A Brasil, on Zika ja està establert, aquests estudis es podrien fer en condicions ACL2.

 

Consideració 2: El treball amb artròpodes pot arribar a ser molt fi, i requerir molta precisió. Es fan disseccions de mosquits infectats, òbviament amb lupes i tècniques precises. Tots aquests treballs, com també l’obtenció de saliva de mosquits a partir de les seves glàndules salivars es veurien dificultats si carreguem els nostres treballadors d’un nombre d’EPIs excessius i en alguns casos inútils o si col·loquem massa barreres entre ells i el material amb el que treballen. Per tant, mantenint la bioseguretat, cal facilitar la feina a l’investigador, ja que si no, se li està portant a la vora de l’incident o l’accident. De fet, un element paradigmàtic quan es treballa a NBS3 és que sempre cal fer servir la CSB per a qualsevol treball experimental. Això per mosquits és bastant difícil si no impossible, ja que els mosquits anestesiats o adormits per a ser manipulats, si no estan continguts en capses o recipients, poden ser arrastrats pel corrent d’aire, el flux, de la pròpia CSB.

 

Consideració 3: Sempre que sigui possible, per exemple a les disseccions, treballar amb el mosquit mort i no amb el mosquit anestesiat (es fa deixant el mosquit sobre una placa que deixa anar CO2, per exemple). Treballar amb el primer garanteix més seguretat ja que no es pot despertar i aixecar el vol, amb el problema que això suposaria.

 

Consideració 4: Una màxima del control de riscos és si no eliminar-los sí reduir aquests el més ràpidament possible. Si es vol fer extraccions d’àcids nucleics per esbrinar si un patogen s’ha disseminat pel mosquit (recordeu que cal que el virus no solament sigui xuclat si no que ha de travessar el sistema digestiu del mosquit i disseminar-se per ell fins arribar a les glàndules salivars perquè el mosquit pugui infectar) res més fàcil i segur que agafar una fracció d’aquest i posar-lo en un tub que contingui un tampó de lisi comercial (són solucions d’agents caotròpics que desnaturalitzen i inactiven proteïnes i permeten recuperar després els àcids nucleics). Aquest tub encara que contingui una pota, o un cos de mosquit infectat, té la consideració de no infecciós o inactivat i es pot treballar en condicions de bioseguretat menys estrictes, i per tant es redueixen les probabilitats d’accidents amb material infecciós.

 

Consideració 5: Seguint amb la màxima de control de riscos anterior, l’accés a les àrees experimentals d’estudis de competència vectorial està fortament restringida. Només el personal que hi treballa i personal de gestió o control d’instal·lació hi té accés (no els serveis de neteja, no els serveis de manteniment extern o de calibratge d’equips), que sap el que ha de fer en cas d’incidents o accidents.

 

Consideració 6: Expect the unexpected. Sempre cal tenir plans de contingència. En el món dels artròpodes això es fa amb dues eines molt senzilles però efectives. Una, el comptatge dels subjectes experimentals. Als laboratoris d’artròpodes, durant els processos experimentals es compten els animals contínuament, al començament i al final de cada dia, i els comptatges han de coincidir. Això garanteix que no hi ha cap escapament. Si el comptatge no és idèntic s’ha de rastrejar, trobar i eliminar l’espècimen que s’ha alliberat. Això pot semblar difícil però és aquí on entra la segona eina. Entre l’artròpode, infectat o no, i l’exterior s’han posat prèviament una sèrie de barreres per dificultar la seva sortida i facilitar que pugui ser trobat i eliminat. Els panels de les habitacions de treball són llisos i clars (blancs); hi ha sistemes (un o més d’un) de dues portes commutades, que no es poden obrir alhora, on la gent que transita està estones curtes confirmant visualment l’absència d’espècimens; el personal es sotmet com a mínim a una dutxa de sortida (pot ser d’aigua però també d’aire, sols que en aquest cas és un corrent molt potent d’aire) en un sistema de doble porta també commutada per arrastrar contaminants; en cadascun d’aquest compartiments entre barreres hi ha sistemes de captura, trampes de llum o de CO2, trampes adhesives, etc. Tot això, que superposat pot suposar de 5 a 7 ó 8 barreres que ha de travessar l’insecte, fa gairebé impossible el seu escapament (i recordem que el cicle biològic del mosquit fa que aquesta amenaça s’estengui per un període d’uns quants dies, unes poques setmanes).

 

I amb això acabem aquest curt passeig per la bioseguretat i els seus nivells, la biocontenció, i el maneig d’artròpodes infectats. Però com ja hem dit cada cas experimental serà sempre un cas nou, un cas diferent.

 

Risk assessment triad

Però aquestes, aquestes són altres històries.

Comentaris virus-lents (196): Treballar amb artròpodes infectats a NBS3; ser picat o no ser picat? Vet aquí la qüestió-2.

 

Com dèiem a l’entrada anterior, i resumint d’una entrada encara més prèvia (enllaç https://comentarisviruslents.org/2014/08/01/comentaris-virus-lents-29-grups-de-risc-nivells-de-bioseguretat-i-avaluacio-de-risc/) i explicant-ho d’un altra manera, distingim 4 nivells de bioseguretat (o biosafety levels); 2 són nivells molt habituals i els altres dos són nivell d’alta contenció: high containment, alta contenció, o nivell de bioseguretat 3, NBS3,  i màxima contenció (nivell de bioseguretat 4 o Biosafety Level 4, BSL4).

 

englisch_biostoffv-G-wordml02000001

 

Tot comença amb el nivell de bioseguretat 1. Per aquest només cal unes mínimes proteccions com una bata de laboratori correctament portada, un parell de guants, i una bona pràctica microbiològica (que entre altres coses exigeix un rentat de mans sovint, sempre que es canvia d’activitat i en acabar aquesta). Aquell nivell és fonamental perquè la gent que no sàpiga treballar realment bé en aquest nivell portarà vicis i males pràctiques cap els nivells superiors i un element de protecció individual (EPI) mal portat en nivells de bioseguretat superiors no protegirà d’una infecció.

 

Al nivell de bioseguretat 2, on manegem patògens que poden provocar malalties, no massa greus, en éssers humans, pels que tenim vacunes i tractaments, i que tenen una baixa probabilitat de transmissió als treballadors, i a la comunitat, sí s’implementen ja barreres primàries. És un nivell en el que es comença a filtrar l’entrada de personal al laboratori, s’adverteix del perill biològic per rètols i senyalitzacions. En aquest nivell el personal ja treballa amb bata de laboratori i guants per a totes les activitats, i si és necessari protecció respiratòria en forma de mascaretes, i fa servir un element de barrera primària com són les cabines de seguretat biològica (CSB) uns espais que, per un flux unidireccional d’aire filtrat, poden contenir els potencials aerosols de mostres i cultius perquè no afectin el treballador. A més, els residus generats ja són sotmesos a tractaments d’esterilització per autoclau.

 

Al nivell de bioseguretat 3, ja un nivell de alta contenció, les mesures s’extremen però no tant pel treballador si no per protegir al medi ambient i la comunitat. L’accés ja està restringit per lectors biomètrics, o digitals, o claus. El personal treballa amb roba específica que es descontamina dins la instal·lació prèviament a la seva bugada. El treball en CSB és obligatori per a tot mostra i cultiu (no es pot treballar en bancada amb mostra no inactivada). Els EPI són més abundants (l’ús de protecció respiratòria és més freqüent) i és norma a molts laboratoris portar doble guant (en alguns casos, sobre tot en treballs amb animals infectats, triple guant), per tenir sempre una capa segura si l’externa es veu afectada/contaminada. El salt, però, es dona a nivell de barreres secundàries, o d’instal·lació: pressió negativa en tot el laboratori, que genera una corrent oposada a l’escapament de microorganismes; dobles portes commutades a entrada i sortida de personal; segellament de totes les fissures o penetracions per aïllar el màxim el laboratori (el laboratori no té finestres o les té segellades a la paret, sense fissures per l’aire); tot l’aire és filtrat de forma absoluta prèviament a la seva sortida del laboratori; tots els residus són autoclavats, com a mínim un cop, abans de sortir de la instal·lació en autoclaus que estan dins la instal·lació; tots els efluents (aigua de piques, medis de cultiu, aigües de dutxes de personal, perquè el personal habitualment es dutxa a la seva sortida per garantir que si porta res patogen quedi arrastrat per l’aigua altre cop dins la instal·lació) són també inactivats químicament o tèrmicament, etc.

 

El nivell de bioseguretat 4, és on es manipulen patògens que provoquen generalment una greu o molt greu malaltia humana o animal i que es transmeten fàcilment d’una persona (o animal) a una altra, directament o indirectament. Per ells no hi ha disponibles tractaments i mesures preventives eficaces. Aquest NBS4 (o BSL4 en anglès) és el nivell de màxima contenció i en ell no s’incrementen en excés les barreres secundàries, aquelles que protegeixen a la comunitat i al medi ambient, que ja s’havien millorat força a NBS3;  el que es fa es assegurar el seu funcionament afegint més controls o sistemes redundants que fan que si falla un sistema en salti un altre al seu rescat, i es dona un pas més aïllant al treballador de les mostres ja que se’l fa treballar en un tipus especial de CSB, les de classe III, i/o se’l fica dins de vestits segellats de pressió positiva (per evitar entrada del patogen) i amb subministrament d’aire net des de l’exterior mitjançant mànega, la qual cosa els confereix un aspecte una mica astronàutic. A més quant surten de l’instal·lació el personal ha de rebre una dutxa química mentre encara porta el vestit posat, que arrastra i inactiva qualsevol patogen que hagi quedat adherit en la seva superfície.

 

Però, com portem aquest nivells de bioseguretat al camp dels artròpodes, i essent més específics, al camp dels mosquits vectors de malalties i als estudis de la seva competència vectorial (per saber més de competència vectorial aneu a l’entrada https://comentarisviruslents.org/2015/12/27/comentaris-virus-lents-146-competencia-vectorial-o-quan-la-competencia-ens-fibla-de-veritat/)? Perquè els mosquits tenen ales i volen, i ja us dic jo que la pressió negativa dels laboratoris no impedirien el seu escapament. La pressió negativa als laboratoris de microbiologia s’ha dissenyat per fer front a elements passius, pols i micro-gotes, aerosols, que es mouran sempre en la direcció del flux d’aire, fet aquest que no podem aplicar als mosquits.

 

Doncs bé, totes les classificacions dels nivells de contenció dels mosquits per fer estudis de competència vectorial, com els contenim quan estiguin experimentalment infectats, apliquen els nivells de bioseguretat microbiològics. El missatge és que la patogenicitat d’un agent infecciós (virus, bacteri, paràsit, etc.) ha de ser la consideració més important a l’hora d’avaluar el risc d’un vector artròpode infectat; com més greu és la malaltia microbiològica vectorizada per l’artròpode més alt és el risc i la seva necessitat de contenció i com la malaltia és causada pel microbi els nivells a aplicar són els microbiològics. Ja veurem però, que es fan adaptacions.

 

a_aegypti_0--620x349

Però també caldria tenir en compte les consideracions ecològiques; què passa si treballem amb un vector exòtic, un mosquit, potencial transmissor de malalties, encara que la nostra colònia no estigui infectada, si aquest s’escapa a l’exterior, un exterior amb un clima que afavoriria el seu establiment i propagació? Això també exigeix preocupació i un cert nivell de contenció, no?

Doncs això, que continuarà.

 

Però aquesta, aquesta és una altra història.

Comentaris virus-lents (193): A voltes amb el virus Crimea-Congo, tot un paparra.

Fa uns quanta mesos vam dedicar un parell d’entrades a les primeres infeccions en humans del virus de la febre hemorràgica Crimea Congo a Espanya. Per recordar els fets i algunes opinions us recomano aneu als enllaços de l’entrada 179 https://comentarisviruslents.org/2016/09/10/comentaris-viruslents-179-crimea-congo-i-la-onada-passa-per-ara/ i a l’anterior, entrada 178, https://comentarisviruslents.org/2016/09/02/comentaris-virus-lents-178-el-virus-crimea-congo-infecta-a-espanya-perque-arribar-el-que-es-diu-arribar-ho-va-fer-fa-uns-anys/

 

Ara, entre altres, el diari EL Pais publica les dades principals d’un estudi coordinat pel Ministerio de Sanidad, Servicios Sociales e Igualdad que ha detectat la presència de paparres infectades amb el virus de la febre hemorràgica de Crimea-Congo (en endavant FHCC) a diverses zones de Madrid, Castilla-La Mancha, Extremadura i Castilla y León. Per llegir la noticia en tota la seva literalitat anar a… http://politica.elpais.com/politica/2017/04/21/actualidad/1492762759_727863.html?id_externo_rsoc=TW_CC.

 

Breument, s’analitzaren un total de 9.500 paparres obtingudes d’animals silvestres i ramats domèstics. Del total de mostres, unes 300, del gènere Hyalomma, i concretament de forma majoritària de l’espècie Hyalomma lusitanicum, mostraren positivitat front el virus FHCC, el que vindria a ser entre 3-4% de les mostres analitzades, i en comarques properes/limítrofes amb la localització geogràfica del cas índex humà de la tardor de l’any passat, que va morir a conseqüència de la infecció. A més, per relativitzar més el risc, totes les paparres infectades procedien d’animals silvestres, sobre tot cérvols, però també daines, porcs senglars i muflons. La conclusió de l’estudi és que, encara que es trobin paparres infectades amb el virus FHCC, el risc de contagi a humans a Espanya continua essent molt baix.

 

Sense dissentir de la conclusió general, però, alguns comentaris.

 

El diari diu de l’estudi…” Las muestran se extrajeron entre septiembre de 2016 y enero de este año y posteriormente fueron analizadas por el Centro Nacional de Microbiología, perteneciente al Carlos III.”. Tanmateix com organismes poiquiloterms que són, i con indica abastament la bibliografia, per exemple, Valcárcel i col·laboradors, l’any 2016…”H. lusitanicum adults begin questing activity around March, numbers rising quickly reaching their peak in May–June and then diminishing until the end of the year, with a small increase in September–October. This pattern was clear and constant throughout the years, irrespective of the microclimate or biotope tested.”, en resum l’activitat de Hyalomma lusitanicum és màxima entre Maig-Juny i perdura fins Setembre-Octubre, clarament fora del rang temporal de l’estudi; per tant es pot concloure que aquesta afectació descrita a l’estudi del Ministeri és la MÍNIMA possible, i possiblement serà major amb més mostrejos en època de major activitat biològica de les paparres i/o moviments dels seus hostes infectats.

 

A més, l’article diu… El virus persiste desde entonces en la península gracias a la presencia de varias especies de garrapata del género Hyalomma, uno de los principales vectores de la enfermedad, cuyo hábitat es más habitual en la zona centro y suroeste del país. Tanmateix quan un consulta el mapa de distribució de Hyalomma, ja no parlem d’altres gèneres de paparres, al European Centre for Disease Prevention and Control (ECDC) es veu que la distribució de Hyalomma arriba fins els Pirineus, les úniques àrees “netes” o més aviat sense dades són el Llevant de la península des de Castelló fins França i la zona cantàbrica.

Hyaloma marginatum

Si a més creuem aquest mapa no ja amb la distribució de senglars, pràcticament omnipresents, si no dels cèrvids més freqüents (veure els mapes següents) està clar que la distribució de la paparra, ja sigui Hyalomma marginatum o Hyalomma lusitanicum o d’altres, pot arribar a ser molt més extensa que la que es vol donar a entendre.

 

cervol ibèric especies_49_1315257972

Distribuciò del cérvol (Cervus elaphus). De:  http://www.cienciaycaza.org

 

rebecos distribución especies_63_1315257331

Distribució dels isards (Rupicabra rupicabra). De:  http//www.cienciaycaza.org

 

Daina dama distribució

Distribució de la daina (Dama dama). De: http://www.tierrasylvana.blogspot.com.es

 

I una consideració ecològica final, sense ser un expert. Si la introducció del virus ha estat recent (relativament recent, possiblement porta entre nosaltres una dècada) encara li queden molts hostes naïve, no infectats, per descobrir, i moltes zones per cobrir. Com passa amb altres malalties vectorials i posant-nos en el pitjor cas, la distribució del virus serà equivalent al final a la distribució del seu vector, en aquest cas paparres del gènere Hyalomma, que al seu cop dependrà de la distribució del seus hostes, ja siguin silvestres o en el pitjor cas, domèstics, de ramats que viuen en llibertat i poden interactuar amb la fauna silvestre. I si el virus CCHF entra als ramats de producció en llibertat el perill es farà molt més proper.

 

Però aquesta, aquesta és una altra història.

 

 

 

Referències

Valcárcel J. González J. L. Pérez Sánchez  J. M. Tercero Jaime A. S. Olmeda. 2016. Long-Term Ecological Study of Host-Seeking Adults of Hyalomma lusitanicum (Acari: Ixodidae) in a Meso-Mediterranean Climate. J Med Entomol (2016) 53 (1): 221-224. DOI: https://doi.org/10.1093/jme/tjv152

 

Comentaris virus-lents (190): No sols circula H5N8…més perillós és H7N9.

Estem molt ocupat i preocupats per la soca H5N8 de la grip aviaria…Si fos “el” virus de la grip aviaria estaria un pel emprenyat…jo envio les meves soques en un núvol de genomes en continua variació a infectar el que trobin…no tinc objectius selectes…no tinc una divisió aviar, una porquina o una humana…o no com perquè mereixin un adjectiu qualificatiu. Bé, com deia estem molt ocupats per la soca H5N8, recordem una soca d’alta patogenicitat en aus i nul•la afectació descrita en humans. Aquesta nul•la afectació s’explica grosso modo pel fet d’un reconeixement diferencial de receptors a les cèl•lules epitelials de l’aparell respiratori de aus i esser humans (veure entrada 188). Però circulants al mon ara mateix hi ha desenes i desenes de soques de la grip i algunes no mostren tanta recança a infectar humans.

 

h7n9-february-map_2017_02_22
Distribució del casos humans de H7N9 a la Xina, en vermell, els recents. Font: http://www.fao.org/ag/againfo/programmes/en/empres/H7N9/index.html

 

La soca H7N9 sí és una soca zoonotica. Va emergir el març del 2013, com no, a la Xina i des d’ aleshores ha causat més de 1230 casos en éssers humans…el nombre d’infectats asimptomàtics serà probablement de desenes de milers. La taxa de mortalitat entre els casos clínics és del 35-40% (comparable doncs a MERS Coronavirus i Ebola, i superior a la del SRAS Coronavirus, per exemple). El 80% dels casos clínics descrits en humans han tingut un contacte directe o indirecta amb aus vives abans de l’inici de la simptomatologia: visites a mercats d’aus vives, manipulació i/o transport d’aus, escorxat de les mateixes, etc. Aquests casos es circumscriuen a la Xina continental (i més específicament a tres províncies, que suposen 2/3 parts dels casos humans, Zhejiang, Guangdong i Jiangsu, cada any des del 2013) amb uns pocs casos a Macao, Hong Kong, Taiwan però ja s’ha donat una trentena de casos de turistes que han manifestat la simptomatologia en tornar a les seves cases. La raó, la de sempre. Un brou, generat pel comerç i transport humà, de contacte proper en condicions sovint molt poc segures sanitàriament, atestades, estressades, com és el generat per mercats d’aus vives a la immensa majoria de pobles grans i ciutats a motles províncies xineses. D’allà va sorgir (o així s’ha resseguit) la soca H7N9 que cada hivern (hemisferi nord, des de desembre fins a març-abril) en onades anuals ha anat fent la seva collita…I aquest 2016-17 és més preocupant perquè es la onada més intensa des de la del 2014 (segona onada).

 

h7n9-fig3_human_week_2017_02_22
Gràfica dels casos humans; es veuen clarament les onades anuals. Font: http://www.fao.org/ag/againfo/programmes/en/empres/H7N9/index.html

 

La soca d’influença A (h7N9) va aparèixer com a resultat de diversos arranjaments o recombinacions d’altres soques de virus influença durant el 2012: H7N9 té quatre progenitors, quatre soques que li han cedit part del seu material genètic, i que havien estat prèviament detectades en aus silvestres (virus de H7 i virus amb N9) i pollastres (dues soques diferents de virus H9N2) a Àsia.

 

A cap de les onades s’ha pogut establir una selectivitat del virus per raó de sexe o edat a la població humana…si bé la major, quasi exclusiva, afectació té a veure amb gent de pagès, ramaders i comerciants d’aus vives i els seus contactes propers.

 

La simptomatologia és l’habitual; febre i tos amb molt freqüència, vòmits i diarrea menys freqüent. Es consens general que H7N9 és menys greu que H5N1 però molt més greu que la grip pandèmica H1N1 del 2009. L’estimació és que el ratio entre un cas fatal i casos simptomàtics (que inclou els que requereixen o no hospitalització) és mou en una forquilla de 160-2.800 per cada 100.000 casos simptomàtics.

 

Quina és la única bona noticia? Que sense descartar-se, la transmissió persona-persona no s’ha demostrat encara. Sembla que cal molta proximitat i continuïtat en el tracte amb animals o zones contaminades com per agafar la infecció, i un cop agafada no s’han descrit transmissions sostingudes (en aquesta darrera onada, 2017, s’han detectat dos clústers, cadascun amb un parell de casos, però sense cap transmissió terciària). I això es deu a que no s’ha detectat canvis en els marcadors genètics que implicarien adaptació a humans i/o resistència enfront antivirals, que es mantenen com a les onades anteriors. De fet per a totes les onades des d’el 2013 la taxa de mortalitat s’ha mantingut constant.

 

Per trencar més esquemes, la soca H5N8 és una soca d’alta patogenicitat (HPAI en anglès) que no causa infecció en humans, i la soca H7N8 causa infecció en humans i…no és una soca d’alta patogenicitat en aus. És una soca de baixa patogenicitat, el que diem Low pathogenic avian influenza (LPAI). Les característiques genètiques d’aquesta soca li permeten lligar-se (amb una eficiència variable, als receptors cel•lulars pel virus influença en humans i aus (àcid siàlic alfa-2,6 o àcid siàlic alfa-2,3 respectivament). Però se saben de diversos casos, dins de les soques H7, de LPAI, que han derivat, evolucionat, cap a HPAI, com va passar a Xile (202) i Canada (2004), i a diversos països europeus. De tota manera mentre es mantingui com LPAI únicament es podrà detectar per vigilància activa ja que no causa mortalitat ni simptomatologia evident a les aus (que seria el que detectaríem en una vigilància passiva). És a dir, podem estar al costat d’una au carregada de H7N9 i no “veure” res anormal.

 

Com quasi sempre estar al costat d’un perill no vol dir caure-hi…hi ha ”coses” que es diuen concentració ambiental, rutes de transmissió, vies d’entrada, probabilitat de contacte, pràctiques de risc, mesures de higiene, estat immunològic, fons genètic, que modificaran la probabilitat final per a cadascun.

 

 

Però aquesta, aquesta és una altra història.

Comentaris virus-lents (186): H5N8 ja és aquí…com ho gestionem?

A la darrera entrada, fa uns pocs dies, comentàvem que H5N8 havia arribat a l’altra banda dels Pirineus i que no trigaria en saltar cap a la Península. Fa dos dies s’informava de la detecció de la soca H5N8 a dos oques vulgars (Anser anser) trobades mortes a la llacuna de La Nava de Fuentes, a Palència (Castella i Lleó). Aquesta detecció va ser possible pel que anomenem vigilància epidemiològica passiva.

graylag_geese_anser_anser_in_flight_1700

Anser anser en ple vol. De: http://www.gbif.org/species/2498036

Vigilància epidemiològica passiva? Vigilància epidemiològica d’aus silvestres? Expliquem un pel més això.

 

Els programes de vigilància passiva en aus silvestres es basen en la detecció de qualsevol increment anormal en la mortalitat d’aus silvestres que pugui relacionar-se amb l’aparició d’influença aviària. En resum, aus silvestres mortes que no ho hagin estat per acció d’un depredador. En aquests casos es procedirà a la recollida i tramesa de les mostres de cadàvers d’aus silvestres als laboratoris de referència per a la seva anàlisi. El centre on treballo, IRTA-CReSA és el responsable de la vigilància a Catalunya, per delegació del Departament d’Agricultura, Ramaderia, Pesca i Alimentació (DARP). La recollida de les aus s’ha de fer per personal especialitzat o bé adoptant unes precaucions mínimes de seguretat (guants, pinces, mascareta filtrant si es disposa d’ella). Un punt clau de la vigilància passiva és proporcionar a la població les pautes d’actuació si troben aus mortes. Com es tracta d’aus mortes estem davant un procés agut, i fatal i les mostres que s’analitzen habitualment són hisops traqueals i cloacals (que són les habituals vies de secreció excreció viral. La detecció de genoma del virus implica positivitat, i infecció recent.

 

En contraposició als programes de vigilància passiva estan els programes de vigilància activa; en aquests casos s’estableix un mostreig en aus silvestres de manera ininterrompuda al llarg de tot l’any, per intentar comprendre millor l’epidemiologia del virus. El mostreig s’intensifica en les èpoques de cria, pas migratori i hivernada. Aquest mostreig es pot fe amb captures o mostrejant aus mortes per caçadors. El nombre d’aus, la seva distribució durant l’any i les especies implicades ha de ser curosament calculades per maximitzar la capacitat de detecció. En aquestos casos les mostres de referència son les mateixes; hisops traqueals i cloacals però també pot extraure-les sèrum (de les aus vies) per controlar exposició prèvia al virus de la grip aviària, i a quina soca en concret.

 

El focus dels dos programes estan a les variants H5 ó H7 dels virus de la grip aviària que són on es troben les variants altament patogèniques per les aus…i en algunes soques, per humans.

 

Això que acabem de comentar té la funció d’un radar, que ens informa de la possible circulació del virus a les poblacions silvestres i d’una potencial afectació a les poblacions aviars de producció. Per tant és una mesura preventiva, que es complementa amb plans de vigilància equivalents a les explotacions aviars. En aquests casos, molts més controlables i quantificables els propietaris o el personal que té cura dels animals han de notificar amb urgència en cas de detectar algun, o més d’un, dels següents signes (tots ells mesures indirectes d’un procés infecciós):

  • Caiguda del consum de pinso o aigua superior a un 20%,

  • Caiguda en la posta superior a un 5% durant dos dies consecutius,

  • Mortalitat superior al 3% durant una setmana,

  • Qualsevol signe clínic o post-mortem que suggereixi la presència de la malaltia.

 

Però els plans de vigilància no són la solució única per prevenir la grip aviària; hi ha tres tipus de mesures que cal utilitzar conjuntament.

 

En primer lloc, les mesures de bioseguretat i vigilància entre les que inclouríem:

  • posar en quarantena les granges infectades;

  • restriccions a la circulació, moviment d’aviram en les zones circumdants a la zona afectada, ja estigui confirmada o encara amb status de sospitosa;

  • estrictes mesures d’higiene com l’ús de roba de protecció i desinfecció dels vehicles que passen per zones infectades per prevenir la propagació del virus a través de fomites o equips contaminats;

  • la vigilància de les aus silvestres i de corral a les àrees circumdants a la zona afectada, ja confirmada o encara sols sospitosa.

 

En segon lloc, si es detecta un brot, sacrifici de les aus infectades. Actualment no hi ha una cura per la grip aviària altament patògena i s’adopta una versió plumífera de “mort el gos, mort la ràbia”. En aquesta situació, per prevenir la propagació del virus, entrarien les següents accions;

  • Totes les aus en un lloc determinat (per exemple, una granja) on hi ha casos positius han de ser eliminats…encara que no s’hagin assajat.

  • Els cadàvers de les aus sacrificades han de ser degudament eliminats, la qual cosa es fa generalment mitjançant el seu enterrament o la incineració.

  • Les aus d’explotacions a les rodalies de la zona especifica afectada poden ser també reglamentàriament sacrificats. El radi afectat pot ser de uns quants kilòmetres.

 

En tercer lloc, per evitar una major propagació de la infecció, es pot implementar un programa de vacunació si la vacuna està quantitativament disponible tenint en compte el següent:

  • La vacunació és una estratègia de prevenció,

  • La vacunació no sempre prevé de la infecció, però l’au vacunada no mostrarà simptomatologia evident ni es morirà com si faran les aus infectades no vacunades.

  • Si una au vacunada s’infecta, o bé no excretarà virus o ho farà a nivells, quantitats molt més baixes que una au infectada no vacunada i això ajuda a aturar la circulació del virus.

 

La presència de virus de la grip aviaria d’alta patogenicitat (Highly pathogenic Avian Influenza, HPAI en anglès) a Espanya no és molt freqüent. Això no vol dir que no circuli si no que s’ha aïllat poc.

 

A silvestres, l’únic cas de HPAI H5N1 va ser al juliol de 2006, aïllat d’un exemplar silvestre trobat mort, un cabussó emplomallat (Podiceps cristatus).

 

Pel que fa a aus de producció es donà un focus de HPAI H7N7 en una explotació de gallines de posta a Guadalajara (Castella-La Mancha), a finals del 2009. Al 2013 es va detectar un focus d’influença aviària H7 (que té soques altament patogèniques per aus). En aquest cas, però fou un virus aviar de baixa patogenicitat (H7N1) en una explotació de gallines reproductores a Lleida. En tots dos focus, després de la confirmació, es va delimitar una zona de protecció i una zona de vigilància per prevenir la difusió de la malaltia, així com el sacrifici de totes les aus presents a la explotació (més de 300.000 gallines a Guadalajara; 13.000 a Segrià), la destrucció de tots els materials presents a l’explotació que poguessin vehicular el virus (per exemple tots els ous i el pinso) i la seva posterior neteja i desinfecció. No es van detectar focus secundaris en cap dels dos casos.

 

Tanmateix, totes les deteccions de grip aviària són importants, tant les soques HPAI com LPAI…a tall d’exemples, durant 1983 i 1984 es va produir un brot epizoòtic als Estats Units originat pel subtipus H5N2 que va començar amb baixes taxes de mortalitat, per anar evolucionant i al cap de sis mesos arribar a taxes de mortalitat en aus del 90%. Al final calgué sacrificar més de 17 milions d’aus. O un brot de grip aviaria LPAI H5N2 que començà a Mèxic el 1992 i que va acabar essent altament mortal i no pogué ser controlat fins el 1995.

 

I és que costa molt controlar les aus, sobre tot les silvestres, i més encara netejar i sanejar una explotació perquè els virus influença poden subsistir, mantenir-se potencialment infecciosos sobre superfícies, eines i materials, les fomites. No massa temps, però poden.

 

Però aquesta, aquesta és una altra història.

Comentaris virus-lents (184): Els nostres animals de granja són susceptibles a MERS coronavirus?

En aquest blog hem parlat ja més d’un cop del MERS coronavirus. Aquest virus, un parent proper del SARS (que va generar una epidèmia amb més de 8000 afectats i una taxa de mortalitat del 10% (veure https://comentarisviruslents.org/2014/08/11/comentaris-virus-lents-37-un-primer-coronavirus-que-va-arribar-de-lest/  i  https://comentarisviruslents.org/2015/06/21/comentaris-virus-lents-119-sars-i-mers-efectes-economics/), es troba bàsicament a la Península Aràbiga encara que cap part del mon (llevat els Pols) està lliure de poder ser afectada (recordem episodi de MERS a Corea l’any 2015). Els éssers humans podem emmalaltir però no som, ara per ara, el reservori del virus, que sembla estar localitzat als camèlids (i que el reberen probablement a través de ratpenats). Els camells no pateixen una simptomatologia evident més allà de secrecions nasals, no emmalalteixen.

dromedari de front

La pregunta que ens podem fer (a les Canàries sobre tot, però a qualsevol lloc on s’hostatgin camells) és: a banda dels humans, que podem adoptar mesures de protecció, els camells podrien transmetre la infecció a altres remugants o animals de producció més habituals al nostre país? Estaríem parlant d’ovelles, cabres, cavalls (o ponies)? I un pas més enllà, MERS coronavirus podria propagar-se forma eficient a porcs? Recordem que hi ha més de 7 milions de porcs a Catalunya.

 

Aquesta pregunta, entre altres, és la que pretenen contestar dos estudis (els enllaços al peu de l’entrada), un d’ells fet al nostre centre, CReSA.

 

El procediment en ambdós casos és molt semblant. Consisteix en inocular el virus per ruta habitual d’entrada, la via nasal i comprovar si el vius es propaga localment, arriba a trobar-se a sang i/o es excretat o secretat a través d’orina o femta. Si alguna de les espècies avaluades dona positiu a tots aquest paràmetres seria susceptible que convertir-se en reservori en cas d’infectar-se. Per confirmar-ho definitivament caldria, però, que aquests animals experimentalment infectats poguessin transmetre la infecció a altres no infectats però en contacte pròxim amb ells.

 

L’experiment fet per Adney i col·laboradors al 2016 suposa inocular 1.000.000 virus per via intranasal a cabres, ovelles i cavalls i prendre mostres nasals i temperatura corporal i avaluar consum d’aliments (els animals malalts, com les persones, tenen tendència a la inapetència). Els resultats foren molt semblants en tots els casos. Les cabres s’infectaren molt lleugerament i s’aïllà virus fins a dia 4 post-inoculació en alguna cabra, però a concentracions molt baixes; 50-100 virus a la mostra. No es detectà febre i la majoria de les cabres no mostraren secrecions nasals i aquelles que arribaren a final d’experiment seroconvertiren (això vol dir que es trobaren anticossos front MERS).

 

Les ovelles mostraren el mateix comportament; absència de secrecions nasals infeccioses, escassa concentració (50-200 virus) de virus infecciosos al nas i de curta durada (no més enllà del dia 6 post-inoculació) i una seroconversió feble i variable en funció de l’animal. El mateix patró es repetí per cavalls; absència de secrecions nasals infeccioses, escassa concentració (50-200 virus) de virus infecciosos, i nul·la seroconversió.

 

L’experiment fet al nostre centre, per Vergara-Alert i col·laboradors, emprà llames, ovelles, cavalls i porcs. No serem reiteratius però ovelles i cavalls mostraren els mateixos resultats que s’ha comentat a l’estudi previ i dona prou força a l’hipòtesis que no seran especies implicades a una possible transmissió i per tat no se’ls ha de sotmetre a una vigilància epidemiològica especial. Tanmateix les llames i, fins a cert punt, sorprenentment, els porcs foren susceptibles a la infecció. Més les llames, que arribaren a mostrar 104-105 virus infecciosos (10.000a 100.000 pfu, o plaque forming units, en anglès) per mostra nasal (fins a dia 7 pos-infecció), que no els porcs que mostraren valors més baixos, entre 100 i 10.000 i per una durada més curta (fins a dia 4 post-infecció), però en qualsevol cas molt per sobre que els altres animals assajats. Recordem però que pels camells/dromedaris el patró d’excreció arriba fins als 14 dies post-inoculació.

 

Aquest patró diferent té a veure amb factors moleculars (la presència o no de receptors específics al virus, l’anomenant DPP4) però no es deu exclusivament a aquests. Les ovelles pràcticament no tenen aquest receptor DPP4 a les seves cèl·lules del tracte respiratori, i això quadra amb la seva baixa susceptibilitat al virus. Llames i porcs tenen un patró de distribució de DPP4 semblant (i tenen un comportament semblant);i qui diu porcs vol dir que no es pot descartar el paper potencial dels porcs senglars (Sus scrofa scrofa). Però resulta que els cavalls tenen aquest receptor DPP4 altament i àmpliament distribuït al tracte respiratori, com els ésser humans. I no són permissius; altres factors han de jugar també un paper com la immunitat innata, la permissibilitat de les cèl·lules epitelials, la diferent distribució de poblacions cel·lulars als epitelis de cada espècie, etc. I recordem que els humans en som de susceptibles i que a més, generem prou material infecciós com per poder transmetre-ho a cuidadors o familiars. Recordem el cas de Korea de nou.

MERS south-korea-PPE hospital

Molt queda encara per saber però aquestes dades apunten a una necessària vigilància d’altre membres de la familia Suidae (la família porcina) a les zones de transmissió activa, ja que les espècies salvatges comparteixen habitat amb els dromedaris. I si aquí calgués fer alguna vigilància epidemiològica, serien una espècie d’interès molt per sobre d’ovelles, cabres i fins i tot cavalls.

dromedaris sampling _77511930_scientiststestingcamelsinthedesert3-copy

Però aquesta, aquesta és una altra història.

 

 

Si voleu saber més del MERS coronavirus…

 

Referències

  • Adney DR, Brown VR, Porter SM, Bielefeldt-Ohmann H, Hartwig AE, and Bowen RA. 2016. Inoculation of Goats, Sheep, and Horses with MERS-CoV Does Not Result in Productive Viral Shedding. Viruses. 2016 Aug; 8(8): 230. doi:  10.3390/v8080230. Enllaç: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC4997592/

 

  • Vergara-Alert J, van den Brand JMA, Widagdo W, Muñoz M, Raj S, Schipper D, Solanes D, Cordón I, Bensaid A, Haagmans BL, and Segalés J. 2017. Livestock Susceptibility to Infection with Middle East Respiratory Syndrome Coronavirus. Emerging infectious diseases. 23:2 enllaç: https://wwwnc.cdc.gov/eid/article/23/2/16-1239_article

Comentaris virus-lents (182): Ebola; si el virus corre prou, sempre acaba marcat.

La darrera setmana van sortir publicats un parell d’articles sobre el virus Ebola que vull discutir un xic, perquè enllaça amb comentaris que vaig anar deixant caure en entrades al blog quan l’Ebola era un tema candent.

 

Recordem l’escenari…Un brot generat en una cruïlla de fronteres entre tres països (Guinea, Libèria i Sierra Lleona) i que havia matat a 7000 persones el 2014, més de 11.000 persones al final de l’epidèmia…però va infectar a més de 28.000 persones. El moviment intens de persones a i des de la “zona zero” va ajudar a l’extensió del brot i la generació de múltiples rèpliques allunyades desenes o centenars de kilòmetres. Aquest brot per si sol superà per molt la suma de tots els brots d’Ebola anteriors. Què va tenir aquest brot de diferent respecte els altres? Clarament un motiu és el seu abast, el nombre d’afectats. Umm, però el nombre d’afectats són l’efecte o una causa? El virus es va mantenir inalterable i va anar fent fins que se’l va controlar, i com es va trigar en controlar i ja s’havia estès va sumar al final molts casos? O potser com a conseqüència de la expansió inicial, que ràpidament ultrapassà qualsevol brot previ, el virus va tenir prou camp per córrer i per tant mutar i alguna d’aquestes mutacions que el feren més agressiu, o més infecciós, explicaria part de l’efecte letal? Dit d’una altra manera, l’expansió i la letalitat del brot s’explica per pura epidemiologia humana o el virus aportà el seu granet de sorra canviant?

Yes No disjuntive ID-10094976

Dos estudis independents (enllaços originals al peu de l’entrada) sobre la mateixa mutació, aporten dades que el virus pogué evolucionar prou com per treure profit de mutacions puntuals que milloraren la seva capacitat d’entrada a les cèl·lules humanes. Que d’això s’accelerés la transmissió i la letalitat en éssers humans no és un salt al buit massa gran, seria raonable.

 

En breu, en el mecanisme d’entrada del virus Ebola a les cèl·lules humanes juga un paper clau la glicoproteïna (GP) de l’embolcall del virus, que modula l’especificitat d’hoste. La hipòtesi, ¿la prolongada circulació del virus en humans havia “alimentat” o “seleccionat” canvis puntuals, substitucions d’aminoàcids en punts concrets (llocs de glicosilació, el domini mucin-like) facilitant l’adaptació dels virus als éssers humans?.

gp-ebola-proteins_0

Imatge de: DAVID HOPKINS/JOHNS HOPKINS INSTITUTE FOR COMPUTATIONAL MEDICINE, accés http://hub.jhu.edu/2014/11/21/ebola-software/

Concretament aquests dos articles van de la substitució d’un sol aminoàcid al residu (o posició) 82 en el domini de ancoratge o unió al receptor (receptor binding domain, RBD) de la GP; una valina per una alanina. Abreujat, tot això va de la mutació A82V.

 

El primer estudi, de Diehl i col·laboradors, mostra que aquesta mutació genètica, en particular, sembla afectar una regió clau del virus involucrada en el mecanisme d’unió a les cèl·lules humanes (per entrar després en elles i parasitar-les). Experimentalment han demostrat que el virus mutat es podia infiltrar millor a les cèl·lules dels éssers humans i altres primats. Una mutació subtil que havia desfermat un efecte extrem; assolir una entrada més fàcil a les cèl·lules humanes pot haver permès al virus replicar-se més ràpidament i a més cèl·lules, i les subseqüents majors virèmies o càrregues virals haurien fet més fàcils les transmissions persona-persona.

 

Però és que juntament amb les taxes més ràpides de transmissió, la mutació també s’ha  associat amb una major virulència/mortalitat. Els investigadors, a partir de l’estudi de dos grups d’afectats de Guinea, han trobat que aquelles persones infectades amb la variant mutada del virus Ebola (apareguda ja ben entrada l’epidèmia) tenien dues vegades més probabilitats de morir que persones infectades en el mateix brot abans amb una soca d’Ebola sense aquesta mutació específica. Aquestes probabilitats eren independents d’altres factors, com la càrrega viral de cada afectat; els infectats amb el virus mutat eren més propensos a morir.

 

Que un virus infecti millor les cèl·lules humanes i, corol·lari, es transmeti millor persona-persona no vol dir necessàriament que sigui més mortal. Si abasta més població, infectarà més gent i mantenint la mateixa taxa de letalitat, provocarà més mortalitat però no per això serà més mortal. En aquest cas, però, les dades indiquen que la mutació no solament millorava la capacitat del virus per entrar a les cèl·lules si no també va incrementar la seva letalitat.

 

Les anàlisis genòmiques d’Ébola durant l’epidèmia havien suggerit el patogen no canviava substancialment, encara els múltiples passis per població susceptible, i això era tranquil·litzador perquè les antivirals o les vacunes que es dissenyessin no tindríem d’afrontar un panorama canviant com el del virus de la grip, per exemple. El virus Ebola mutava poc. Però aquestes anàlisis computacionals donaven una visió general, global, i a més freda, de seqüència “pura”, no funcional. Una mutació puntual pot no semblar gaire a nivell de seqüència completa (i sobre tot en una pantalla) però una mutació puntual pot canviar dràsticament i, de vegades, dramàticament alguna cosa. El que queda per esbrinar és què la fa més letal perquè aquesta mutació no porta cap a càrregues virals significativament més altes, que seria una explicació directa i raonable, al increment de la letalitat.

 

En l’altre estudi, d’Urbanowicz i col·laboradors, a partir d’anàlisis genòmiques i cultiu cel·lular sobre la mateixa mutació, la A82V, van trobar també que aquesta mutació en un gen que codifica per una proteïna de superfícies del virus Ebola, implicada en el mecanisme d’entrada a la cèl·lula hoste, permetia una entrada més fàcil a les cèl·lules humanes. Fins aquí ja ho sabíem però l’aportació d’aquest estudi fou que aquesta mutació el va fer menys eficaç en la seva transmissió entre ratpenats de la fruita (o com a mínim en les seves línies cel·lulars derivades), el seu reservori zoonòtic. El virus un cop saltat a l’espècie humana no necessita tornar a enrere, a altres espècies; ja que es pot transmetre bé entre humans i mantenir l’epidèmia el que cerca és adaptar-se el millor possible, ser més eficient, millorar el seu fitness i aquesta millora sempre implica desmillorar en altres coses; una millor transmissió en humans fou paral·lela en aquest cas a tenir menys capacitat d’entrada a cèl·lules de ratpenats però també d’altres cèl·lules dels mamífers no primats com rosegadors, gossos i gats (dades aquestes aportades pel primer estudi, de Diehl et al., 2016).

 

És important tenir present que es tracta de dos estudis diferents, executats per equips que no es coneixien, en les que s’han analitzat més d’un miler de seqüències, i que han arribat a conclusions, no definitives, semblants i complementàries, sobre una mateixa mutació puntual.

 

I per sobre dels dos articles sobrevola el concepte d’epístasi (mireu el diccionari). Aquesta mutació puntual, la A82V té un efecte, però el té en un entorn de mutacions, cadascuna amb el seu efecte, i un camí evolutiu concret. Les mutacions puntuals interactuen, sumen i resten, es potencien o s’anul·len per un efecte concret; el nombre de mutacions però també l’ordre en que s’han adquirit influeixen en el caràcter final, en el fitness assolit.

 

Hi hauran més novetats en aquesta línia, perquè els virus sempre mutaran i sempre donaran noves variants millor adaptades (de les mutacions no exitoses mai en sentirem parlar, l’evolució les esborra) a la nova circumstància. En aquest cas els éssers humans érem la circumstància.

 

Però aquesta, aquesta és una altra història.

Comentaris viruslents (181): MERS Coronavirus, res a declarar? Una mala idea.

Fa un mes va saltar una noticia “curiosa”. L’Institut Pasteur Korea (IPK), en la persona d’una de les seves investigadores, va saltar-se totes les regulacions de transport de material biològic en un moviment de mostres del MERS Coronavirus, Middle East Respiratory Syndrome Coronavirus i el que és pitjor…no va informar adequadament, com tampoc ho va fer l’Institut Pasteur de París.

 

Els fets: el transport de mostres de MERS-CoV des de Korea fins Paris ara fa un any (octubre 2015) sense demanar cap permís ni avisar les autoritats de cap dels països afectats, contravenint no solament les normatives de transport de material perillós, i en ell s’inclou els materials infecciosos, si no també les lleis franceses sobre control de malalties infeccioses (a tall d’exemple ja us dic que intentar entrar un material infecciós a França de categoria A és molt proper a un gran malson) per part d’una investigadora del IPK.

 

Si el transport del material s’hagués fet a la cabina de passatgers el perill hagués estat  ben real perquè qualsevol trencament o fuita en l’empaquetat del virus podria haver infectat molts passatgers, tenint en compte la durada del vol, l’espai confinat i la recirculació de l’aire de la cabina, juntament amb la via de transmissió del virus, que és precisament l’aerògena. Sembla, però que el material no anava a l’equipatge de cabina si no a la bodega de càrrega, encara que hi ha diferents versions del tema.

 

I perquè calia moure el virus? No està clar però recordem que al 2015 es va desfermar un brot potent de MERS CoV a Korea que afecta a 186 pacients (de fet, afectà a molts més però aquestos són els casos clínics confirmats) i causà 38 morts (taxa de mortalitat del 20%). La necessitat d’analitzar mostres o de propagar-les i obtenir noves produccions obliga al transport de mostres viables. Les seqüències genètiques, models de proteïnes, etc. poden circular per la xarxa però si volem analitzar material viable no hi ha més remei que moure’l al voltant del mon.

a-weekly-republic-of-korea-china-other-countries-saudi-arabia2015-07-03

 

Estem davant d’una mala praxis individual que reflecteix un escàs interès per la bioseguretat i l’avaluació de riscos. Una investigadora viatja amb material biològic i no ho declara a l’emissor, ni al receptor. Únicament una setmana després d’arribar a Paris i mitjançant un correu electrònic escriu al col·lega francès “I forgot to mention … that I brought 3 Vero cell pellets that has [sic] been inactivated after infection with environmental samples collected from MERS units” és a dir “Em vaig oblidar de comentar-te…que he portat tres pellets de cèl·lules Vero que han estat inactivades després infecció amb mostres ambientals recollides d’unitats de tractament de MERS” i demana al seu company francès que determini la presencia de partícules virals per microscòpia electrònica.

InfectiousSymbol

Un setmana després, el seu col·lega francès li va contestar que no podia rebre oficialment les mostres ni processar-les perquè no tenien “entrada oficial” a França, no havien estat aprovades per la agència que regula la producció, ús, transport, importació i exportació de microorganismes o toxines altament patogènics/perillosos (o MOTs). Específicament escriguí: “…that the microscopy platform cannot treat this sample because, even if the samples are inactivated, MERS coronavirus is classified as MOT and as such, requires a special procedure to import the samples,”…“I also have to inform you that specialised personnel of Institut Pasteur has by now destroyed those samples.” Aquí ja es menciona el concepte que les mostres havien estat inactivades (amb un fixador, el glutaraldehid), però que encara i així, la regulació obliga a demanar un permís d’entrada i el compliment d’una sèrie de requisits de transport. La decisió conseqüent és procedir a l’eliminació del material sense cap manipulació; allò que no tingué permís per entrar fou incinerat/autoclavat.

 

Les falles que es detecten en llegir el succés són múltiples si bé majoritàriament recauen en la investigadora. Si hom treu un material, inactivat o no, d’una unitat d’alta seguretat biològica ha d’indicar fins l’últim vial. Si es fa un enviament de material biològic inactivat o no, el receptor ha de ser informat del llistat de materials que s’envien. De fet si el receptor té aquesta informació potser avisarà a l’emissor de requeriments/permisos necessaris al seu país d’arribada per permetre l’entrada. El transport de material biològic ha de ser realitzat per companyies especialitzades (això és obligatori pels materials biològics viables i molt recomanable per la resta, els inactivats). Un material biològic inactivat ha sofert un tractament que hauria d’haver estat prèviament validat i, en certs casos, validat amb la dinàmica cas per cas i ha de portar adjunta una declaració del investigador (millor del propi centre) que indiqui quin material és, quin tractament ha sofert i la signatura d’un responsable que doni fe de les dades. És de passerell pensar que mostres infeccioses no precisen de permís d’importació. Com bé es diu a les noticies llegides, els permisos d’exportació no són sempre necessaris però el país receptor sí acostuma a expedir un permís d’importació, una manera com altra de saber que li entra al territori, i més quan es tracta de material sensible: MERS, SARS, virus febres hemorràgiques, influenza aviar altament patògena, etc.

Category A parcel-3 containers

Després ve la comunicació de la crisi i aquesta és tota responsabilitat del centre emissor, el IPK, i de l’Institut Pasteur de París. Que ens assabentem un any després no diu res de bo de la comunicació feta. NO sabem fins a quin punt hi ha mentides, el que si hi ha és una falta total de transparència. I, a això, caldrà dedicar una propera entrada…quan la comunicació de crisis esdevé una crisis en la comunicació.

 

Però això, això és una altra història.