comentarisviruslents

Aquest blog és una seguit de comentaris personals i probablement poc transferibles sobre ciència i política.

Archivos por Etiqueta: norovirus

Comentaris virus-lents (202): I en això arriba l’aigua crua. Crua estupidesa.

La darrera moda nutricional, que no la final, bé, potser sí per alguns, que s’ha desfermat als Estats Units i que perilla que arribi a Catalunya (sempre hi ha, a tota població, un percentatge de snobs) és el consum de “aigua crua”. És un retorn a la natura més pretèrita i “silvestre” i el seu lloc d’origen, un sarcasme més, ha estat Silicon Valley, el bressol de la tecnologia que consumim.

 

No és país per pobres, però. Cada gerra de 2,5 litres d’aigua crua es pot vendre en aquell lloc al preu gens barat d’uns 30 euros al canvi.

 

I que és l’aigua crua? Coneixem l’aigua de riu, l’aigua continental, l’aigua potable, l’aigua de mar però “aigua crua”? Doncs “aigua crua” és aigua sense processar (habitualment filtrar) ni esterilitzar (habitualment desinfectar). I aquí està el quid, en el retorn a allò no manipulat, a la natura, ha fet forat el fet que es comercialitzi com un aigua “externa a la xarxa municipal o estatal”, que no conté additius ni desinfectants, ni es sotmesa a cap filtració més enllà de la natural, la qual cosa faria aquesta aigua rica en minerals. Eslògans com “Naturally probiotic. Perfected by nature” en alguna d’aquestes aigües van en aquesta direcció.

 

Que qualsevol persona, benintencionada o no, que disposi d’un accés a aigua subterrània pugui obtenir grans quantitats d’aquesta aigua sense sotmetre-la a cap mena de control sanitari i obtenir grans beneficis no sembla generar gaire preocupació pels clients.

 

Existeixen determinades fonts, brolladors, aiguaneix i surgències que poden no necessitar cap mena de filtració, o tractament, i poden embotellar-se directament, però sempre hi ha controls microbiològics. Altres fonts i brolladors poden contenir una gran diversitat de bacteris, i virus (podeu consultar diverses entrades de norovirus en aquest blog), en concentracions variables durant l’any, que poden provocar diarrees benignes o severes i en determinats casos i per segons quin col•lectius mortals.

 

font cano-1081081_1920

 

Però és que a més, aquesta “aigua crua”, com aigua no tractada i per tant aigua no analitzada pot contenir vessaments de tractaments agrícoles (pesticides) però també elements químics naturals com arsènic, radó, urani, a concentracions per sobre dels límits legals.

 

L’existència d’un sistema de tractament centralitzat (si està en mans públiques o privades és tota una altra discussió) de l’aigua potable, o de beguda, i la seva posterior distribució a cases particulars és un actiu imprescindible, que com a país, donem per assumit però com a planeta està molt lluny d’haver-se assolit. Hi ha centenars, milers de milions de persones al mon que no tenen aquest “luxe”. De fet la segregació de les aigües residuals d’aquelles destinades a consum i el posterior tractament d’aquestes darreres estan al darrera de la desaparició del còlera a Europa i Nord Amèrica però també del gran increment en l’esperança de vida humana que ha donat un salt de més de 30 anys des de 1900 fins 1970, per exemple.

 

El 2015, les malalties diarreiques causaren més de 1,3 milions de morts al planeta i fou la quarta causa de mort entre infants per sota de 5 anys d’edat. Rotavirus fou l’agent causal més habitual (per sobre dels 200.000 morts) seguit per Shigella spp i Salmonella spp. Per sota dels 5 anys, Cryptosporidium spp també tingué un paper rellevant. Per més detalls consultar: http://www.thelancet.com/journals/laninf/article/PIIS1473-3099(17)30276-1/fulltext. Aquests patògens poden estar presents en aigües naturals no tractades.

 

Fins i tot, l’aigua potable, l’aigua de distribució o aigua processada vilipendiada per aquest col•lectius snobs pateix episodis de contaminació. Així segons la Organització Mundial de la Salut (OMS), l’aigua potable contaminada causa 502.000 morts por diarrea a l’any, encara que es un producte que teòricament ha passat per tractaments de filtrat i desinfecció (habitualment clor o ozó)…però que moltes vegades es torna a contaminar per deficiències en el procés de distribució. Si voleu més detalls i dades aneu a http://www.who.int/mediacentre/factsheets/fs391/es/. Per tant el mal que pot fer un aigua crua que no es trobarà més a la vora d’un desinfectant que la distància entre el lineal de les aigües al lineal de productes de neteja d’un supermercat, pot ser molt gran.

 

De fet les aigües naturals poden portar paràsits com Giardia spp i Cryptosporidium spp, que arriben a través de les femtes d’animals bovins, i que són molt residents a les condicions ambientals i als tractaments desinfectants. Aquest és un dels motius pels que no convé beure aigua de rierols o corrents de prats o zones amb abundants ramats o poblacions de cérvols, isards, cabirols, si és que no ha estat ben desinfectada o bullida abans de ser consumida.

 

manantial

 

Aquests genis del màrqueting que proposen un retorn al “producte natural” com és l’aigua crua poden argüir (fins i tot sense proves) que la seva serà un aigua rica en minerals (?) però nosaltres podem afegir que també rica, ben carregada, d’elements tòxics, matèria orgànica sense caracteritzar, bactèries i paràsits. Aparteu de mi aquest calze, si us plau.

 

Però aquesta, aquesta és una altra història.

Anuncios

Comentaris virus-lents (167): En Abril, norovirus mil.

Tornem al brot de norovirus d’Andorra per discutir alguns temes. Per variar aquest cop ho faré fent servir com a base un article del ARA, l’enllaç del qual és: http://www.ara.cat/societat/Andorra-tanca-dArinsal-origen-gastroenteritis_0_1567043346.html. Els texts extractats de l’article estaran en cursiva, la meva discussió i dades, no.

Andorra va anunciar ahir per sorpresa el tancament de la font d’Arinsal, després de reconèixer -contràriament al que havia defensat fins ara- que aquest era l’origen del brot de gastroenteritis que va afectar més de 4.100 persones d’empreses de Barcelona i Tarragona….[El ministre andorrà de Salut]… va admetre la contaminació per norovirus de la font natural d’origen i el dany causat a la imatge de la marca. El govern va ordenar també retirar les ampolles que hi ha al mercat, va prohibir que se’n venguin més i va aconsellar no consumir-les a les persones que en puguin tenir.

Bé, s’han acomplert les pitjors previsions que ja avançàvem, un pèl agosaradament, a l’entrada anterior. El virus que ha desfermat el brot es troba a la font, es troba a l’aqüífer. Per tant tot ell està compromès i independentment del format de l’ampolla, l’aigua pot contenir norovirus, en una certa proporció. I és una noticia força dolenta perquè quan un virus entra en un aqüífer pot persistir força temps. Per què? Els aqüífers, les aigües subterrànies, són habitualment considerades com a “segures” microbiològicament perquè hi ha una barrera, que és el propi terra, que evita que hi arribin virus i bacteris des de la seva superfície, on hi han les deposicions/excrecions (si parlem de virus de transmissió fecal-oral, és clar). Aquesta barrera, però, es transforma en un escut si el patogen, aprofitant esquerdes, o senzillament viatjant lentament cap avall, passivament amb l’aigua que s’escola al terra, arriba a l’aqüífer on trobarà un ambient amb poca activitat microbiana (per tant, baixa competència o enemics escassos) i una sèrie de factors (temperatures relativament baixes, absència de radiació ultraviolada) que contribueixen a una alta persistència, de l’ordre de setmanes, mesos o anys. És molt llarg d’explicar (i tampoc l’objecte de l’entrada) però aquest viatge cap a l’aqüífer del virus i/o el bacteri estarà afectat per factors tan variables com la tipologia del sol (sorrenc, argilós, barreja, roca), el nivell de saturació d’aigua, el pH, la conductivitat de l’aigua que percola i la presència i quantitat de matèria orgànica soluble…com a mínim.

Les analítiques rebudes ahir a la tarda pels responsables del ministeri andorrà estableixen uns nivells d’entre 20 i 130 partícules de contaminació per cada cinc litres d’aigua, molt per sota del que havia dit la Generalitat el dia anterior…Sobre aquestes mostres de la Generalitat, el director de Salut andorrà, … va voler matisar que els resultats que situaven la contaminació en uns nivells d’entre 1.000 i 10.000 partícules per litre eren “d’una mostra no oficial”. “No sabem de quina manera es va manipular i no la vam donar com a vàlida”, va afegir.

Una ovació per director de Salut. Intenta, però no gossa, desqualificar la mostra, titllant-la de “no oficial” o “no valida”. El que passa és que entre dues mostres assajades per tècniques de amplificació d’àcids nucleics, una amb més virus (5.000 còpies per litre de norovirus genogrup I i unes 10.000 còpies de genogrup II) que l’altra, jo acostumo a creurem la primera si els controls en els dos casos han sortit correctes. I és que un fals negatiu, o una menor intensitat en la senyal és sempre moooolt més probable quan es fan tècniques d’amplificació d’àcids nucleics que una senyal artificialment augmentada. Manca de capacitat en la concentració de la mostra, en la “preparació” de la mateixa, en la eliminació/separació d’agents inhibidors de la tècnica donen com a resultat senyals baixes que es tradueix en un numero de còpies baix…just els resultats mostrats pel govern andorrà. Llevant d’errada “en factors de conversió” (recordem el cas de les milles per kilòmetres de la sonda Mars Climate de la NASA, el 1999, no?), les dades aportades en la conferència de premsa de dilluns em mereixen més credibilitat.

Per cert, fixeu-vos que jo he parlat de còpies, no de partícules, i menys encara de virus infecciosos. La precisió és important i és que la Reacció en Cadena de la Polimerasa, PCR, el que fa es còpies de la molècula (del segment del genoma) que estem cercant. Però perquè el genoma sigui infectiu li cal (molts cops) que aquest genoma estigui revestit per una càpside, un abric de proteïna que és el que té les senyals que permetran l’entrada del virus a la cèl·lula hoste. Aquesta és la raó per la qual aquestes tècniques ens permeten inicialment parlar de còpies però no de virions infecciosos; la correlació no és correcta, no és equivalent.

L’executiu andorrà, això sí, va voler descartar que la contaminació s’hagués produït per la filtració d’aigües fecals a l’aqüífer perquè l’entorn “no té risc de filtració” i perquè les anàlisis habituals ho haurien detectat. “Si haguessin arribat aigües fecals a la font, les analítiques haurien detectat els bacteris”, va assegurar el ministre, que va recordar que la normativa actual internacional no demana l’estudi dels possibles virus.

I aquí, ja agafant velocitat, el responsable assenyala l’absència de risc de filtració i treu a passejar el Sant Crist Gros dels bacteris. La única afirmació certa en tot el paràgraf, com ja dèiem a l’entrada anterior, és que la norma internacional actual, i jo crec que futura, no demana detectar segons quins virus (la primera baralla entre col·legues la tindríem en decidir quins virus perquè quan cerques un la tècnica et pot detectar aquest però moltes vegades cap altre). L’arribada de virus a aqüífers està bibliogràficament demostrada i en prous casos aquesta aparició no ha estat associada amb l’aïllament de bacteris fecals a la mateixa mostra; senzillament perquè els bacteris fecals s’han inactivat, han estat degradats o eliminats abans, mentre que els virus, molt més petits i resistents han pogut acabar-se d’escolar fins arribar a l’aqüífer.

…l’executiu del Principat va assenyalar que el brot de gastroenteritis es podria haver produït per “un nou agent patogen que s’està començant a estudiar”, tot i que va admetre que ara caldrà definir com van arribar els norovirus a una profunditat de 125 metres sota terra. En diferents casos de gastroenteritis detectats a Andorra -com el març passat al mateix poble d’Arinsal-, Álvarez va preferir negar que es pugui relacionar amb l’aigua d’Arinsal, perquè l’aigua del poble i la que va a la planta embotelladora tenen orígens diferents. “Les gastroenteritis són freqüents i habituals, d’evidències clares no en tenim”, va assenyalar, tot i que va admetre que la incidència de gastroenteritis a Andorra ha sigut “bastant alta enguany”.

Ja ho vaig apuntar a l’entrada passada, i les dades que dona l’executiu són encara més preocupants. Més casos de gastroenteritis al mateix poble d’Arinsal? Significativament més que altres anys? S’està analitzant l’agua del poble? Com pot assegurar que l’aigua del poble i la de la planta embotelladora SÓN diferents? Estan tant delimitats els aqüífers (o els cossos d’aigües subterrànies) com per poder assegurar que no hi ha comunicació entre ells? Què vol dir bastant alta? Significativament alta? Fent clusters o agregats d’afectats? Centrats més en Arinsal que en altres zones d’Andorra? I això és al final del paràgraf perquè jo ja quedo corprès de bon començament quan es parla de “un nou agent patogen que s’està començant a estudiar”. Què vol dir? Què estem davant d’un nou virus? No voldrà dir potser d’un virus que porta entre nosaltres moltíssim anys i que ara, de sobte, veiem? En fi…

Ara que s’ha aclarit el misteri de l’origen falta saber com es va produir la contaminació. Andorra analitzarà també les ampolles que encara són en el circuit comercial, però no hi ha data per disposar dels resultats que resolguin la incògnita.

I aquí tindrem problemes perquè en una contaminació d’aqüífer la contaminació pot estar a centenars de metres, a kilòmetres fins i tot, del punt de captació de la planta embotelladora. I sí, fan bé en no posar data perquè agafar i assajar mostres representatives de tots els elements afectats portarà setmanes i no està gens clar que traguem l’entrellat de tot plegat.

Certament als polítics se’ls ha de demanar que en sàpiguen de política i no de biologia, potser. Però sempre és millor dir que no es tenen clares les coses que no fer asseveracions massa contundents.

Però aquesta, aquesta és una altra història.

Per més informació podeu consultar també…

http://ccaa.elpais.com/ccaa/2016/04/27/catalunya/1461775750_606881.html

Comentaris virus-lents (166): Norovirus i Andorra: res a declarar…per ara.

La setmana passada va haver un cert rebombori per un brot considerable (per sobre de 4.000 afectats) de gastroenteritis deguda a aigua envasada que va afectar bàsicament a la zona metropolitana de Barcelona i a Tarragona. El vehicle, aigua envasada en garrafes, subministrada por la companyia de vending Eden i que ha resultat provenir d’una línia de producció de la planta Font d’Arinsal, a Andorra.

 

He sentit alguns comentaris sobre la necessitat de més controls de laboratori. El fons del comentari és cert i irrefutable però s’estavella amb la factibilitat o la relació cost-benefici dels mateixos. Els indicadors de la qualitat microbiològica de l’aigua són, segons la normativa europea, bacteriològics. La detecció de segons quines bacteris fecals implica la possibilitat de presència de virus, també de transmissió fecal-oral. Un aigua que doni positiu a aquests bacteris fecals en una mostra d’un volum concret, per exemple, 100 ml ha de ser retirada del consum. Però, desgraciadament se sap abastament que els virus poden estar present en aigües que ja no continguin aquests bacteris fecals viables, és a dir, la presència de bacteris anuncia possible presència de virus de transmissió fecal-oral (norovirus; astrovirus; virus de la hepatitis A; en temps passats, poliovirus) però l’absència de bacteris no implica absència paral·lela de virus. Els virus poden ser molt persistents i mantenir-se infecciosos per setmanes o mesos a l’aigua un cop hi arriben. Perquè no es fan proves de detecció de virus? Pel seu cost, perquè les tècniques moleculars ens donen senyal de la presencia del genoma del virus però no de que aquest virus sigui encara infecciós, perquè si volem trobar virus viables cal esperar dies, fins i tot setmanes de cultiu en línies cel·lulars (això els que són susceptibles de propagar-se, que no ho són tots), etc. Per tant des d’aquest punt de vista cal assumir que aquí tenim un forat pel que ocasionalment se’ns pot escolar un brot.

 

Res més sentir del brot al meu centre, CReSA, vaig enviar un correu intern dient més o menys…ja veureu com serà norovirus. La simptomatologia evident, l’autoresolucio de l’infecció, que és sempre benigne llevat casos molt particulars; l’apunt inicial a l’aigua com a mitjà de transmissió, eren pistes prou clares. Hi hauria altres virus que podrien mostrar una pistola fumejant com rotavirus o astrovirus, però norovirus acostuma a ser una elecció segura en països europeus.

Assumint la inevitabilitat del brot pel que fa a les proves bacteriològiques altra cosa són les errades procedimentals o saltar-se alguns controls recolzant-se en l’històric. Aixa, Ara el 20 d’abril publicava…”la línia de producció que proveïa l’aigua a Eden és de nova creació-va començar a operar a principis del mes d’abril-, per tant, no havia passat el darrer control oficial.” Mai sabrem si aquest control hagués pogut tenir impacte en la dinàmica del brot, o hagués permès alertar d’alguna mancança.

 

També sembla, per ara, que el problema podria raure en el reciclatge dels recipients. Així com les ampolles de litre i mig no es reciclen, són d’un sol ús, i no s’ha registrat, que se sàpiga, episodis de gastroenteritis d’aigua d’aquesta planta d’Arinsal per aquests envasos, les garrafes de les fonts d’aigua es reciclen entre usos. Dit altrament s’higienitzen, es desinfecten abans de rebre altre cop aigua de la font. Per desgràcia, els norovirus, molt petits, també són força resistents a la inactivació; són perfectament capaços de resistir pH àcids o bàsics (al voltant de pH 2 i pH 12, respectivament per 30 minuts a 37ºC) i necessiten un bon raig de lleixiu (de l’ordre de 300 ppm o més en funció de la presència de material orgànica) mentre que per “matar” bacteris fecals habituals n’hi ha prou amb una dosi de 70 ppm. A tall d’exemple us recordo que el lleixiu domèstic es ven com una solució d’hipoclorit sòdic a 40-50 g/l i això vol dir 40.000-50.000 ppm…per tant es pot diluir força i encara ser efectiu. Tanmateix suposo que la higienització dels recipients es deu fer per mètodes químics (el pH, probablement hidròxid sòdic) o per mètodes tèrmics i per aquests darrers els norovirus també són força resistents; poden resistir 60ºC per 3 minuts i 100ºC per un minut. Tot un petit milhomes de la natura microscòpica.

 

Aquí un apunt, tenint en compte la lleugeresa dels símptomes no descarto que hi hagi hagut casos de gastroenteritis per aigua en ampolles individuals (si assumim que el problema ve de l’aigua, de la font); a nivell domèstic aquests episodis són poc traçables i no permeten lligar caps; també seria interessant saber com ha acabat la investigació epidemiològica de un brot de gastroenteritis en dos hotels de la Massana, a Andorra, que es van reportar a la premsa andorrana el 24 de març. A nivell d’una empresa, d’una comunitat, que 2, 3 ó 5 treballadors emmalalteixin alhora vol dir un punt de connexió comú, més fàcil de traçar o d’aixecar l’alerta.

 

Pel que llegeixo s’han retirat més de 6000 garrafes dels lots produïts els dies 7, 8, 11, 12 i 13. El 9 i 10 no es treballava, que era cap de setmana. No tinc dades del nombre d’empreses afectades (en alguns llocs he llegit vora 200 empreses, encara que s’ha retirat l’agua de més de 900 localitzacions) ni per tant del nombre de garrafes directament involucrades però és un episodi de contaminació “estrany”.

 

Fem un petit càlcul…la dosi infecciosa de norovirus es suposa baixa (1-10 partícules infeccioses són suficient per disparar la gastroenteritis). Per tant aquestes 10 partícules havien d’estar en un got d’aigua consumit de la font (evidentment podem parlar de treballador assedegats que veuen com peixos però és una variable que deixarem fixada). Això vol dir que hi calien presència de 10 virus en 200 ml. Si hi ha 200 empreses afectades, assumint un parell de garrafes per empresa, dona 400 garrafes, que a 19 litres per garrafa dona uns 8.000 litres. Per tant, 40.000 gots de 200 ml i 400.000 norovirus assumint barreja homogènia. Recordem quants norovirus hi ha en un gram de femta d’un malalt de gastroenteritis (per més detalls veure entrada https://comentarisviruslents.org/2014/07/07/comentaris-virus-lents-16-norovirus-i-creuers-laxants/). Doncs sí, més de 1.000.000.000 virus per gram. Per tant caldria 1 mil·lèsima part d’un gram de femta, ben posat, per generar aquest brot. Acabant d’escriure l’entrada he llegit que la concentració de norovirus detectada a l’aigua ha estat anormalment alta (veure http://www.ara.cat/societat/Salut-culpa-Andorra-gastroenteritis-aigua-envasada-Eden-Aigua-Pirineu_0_1565243555.html) de l’ordre de 1.000-10.000 virus per litre; estaríem parlant llavors de 0,1-1 gr de femta.

 

norovirus vital-signs-transmission-lg

Desafortunades trobo les declaracions de Jordi Guix, secretari de la Agència de Salut Pública de Catalunya (ASPCAT) que en La Vanguardia del dia 19 senyalava (o li feien senyalar, un ja no sap): “La probabilitat de contagio de persona a persona es muy baja”. Poc encertada la frase perquè se sap que el norovirus un cop entra en una col·lectivitat arrasa, és molt transmissible…certament no se transmet de persona a persona però sí de persona a fomites i de fomites a persona. Per posar un exemple, si comparteixes un lavabo amb una persona que està en un episodi de gastroenteritis per norovirus, i no vas amb molt de compte, bé, ja pots trucar a la feina i dir que no aniràs en dos dies. Per més detalls veure l’entrada 16 del present blog. O millor encara, entreu a l’adreça http://www.cdc.gov/norovirus/ i mireu el vídeo Have You Ever Heard of Norovirus? És en anglès però és radicalment clar.

 

norovirus-2

 

En resum, ja tenim el culpable, i els que han fet la feina de recerca i identificació són de total confiança però ara queda el més dur que és trobar la via exacta de transmissió que implicarà aïllar el virus d’elements de la línia d’embotellat o confirmar errades o incidències en el procés d’higienització…sense descartar la font primigènia. Esperem que esmercin forces comandades per tot un Sherlock Holmes i no per un inspector Clouseau.

Però aquesta, aquesta és una altra història.