comentarisviruslents

Aquest blog és una seguit de comentaris personals i probablement poc transferibles sobre ciència i política.

Archivos en la Categoría: SARS coronavirus

Comentaris virus-lents (259): Notes personals desendreçades sobre SARSCoV2, any 2022.


Notes PERSONALS desendreçades de #SARSCoV2 i la #CoVID19 pel que fa a l’any 2022.

Manteniment de la variabilitat vírica per “sobre” expectatives. S’ha parlat d’espai de variació finit (cert, no és infinit), d’evolució convergent (cert, per ara); que les possibilitat de recombinació eren baixes (fals); que s’acabaven els trucs (fals) per incrementar transmissibilitat (fals, XBB15 per exemple); que… no em facin cas, #SARSCoV2 ens tornarà a sorprendre, tard o d’hora, ja sigui a Xina o a qualsevol altra part del món.

Actualitzacions de vaccins; anirem sempre darrera de la variabilitat de #SARSCoV2 durant uns quants mesos o anys encara (i això si no ens dona sorpreses). No descartaria necessitat de més recordatoris, sobre tot per la població susceptible. S’ha perdut la sensació d’urgència en disposar de més i diferents vaccins. Probablement ho pagarem.

La variant Òmicron trencà la barrera dels vaccins, que mai va ser completa, pel que fa a la transmissibilitat.


La variant Òmicron NO trencà la barrera dels vaccins, que sempre va ser molt alta, pel que fa a la protecció front els efectes greus o mort.

La variant Òmicron s’etiqueta de poc virulenta o benigne. Altre cop error, en la meva opinió; efectes menys greus perquè la contrapart, la població, té cert (alt) grau d’immunitat. Xina ens traurà de dubtes.

Més transmissibilitat no fa un virus menys virulent; el fa MÉS transmissible, amb MÉS infectats, (probablement) MÉS morts, MÉS seqüeles, MÉS #CoVIDPersistent (en aquest cas).
Nota personal; el camí cap a la benignitat NO existeix; com a molt transitarem pel camí de la protecció, o de la refractivitat, de la població hoste.

CovidZero es demostra com una tàctica, que no va ser emprada bé en la majoria dels casos; com a estratègia MAI tingué futur. Permetia comprar un temps, congelava l’acció.
Xina demostra que cap règim, per més totalitari que sigui, pot fer front a una proteïna que embolcalla un missatge viral.

Arribarà el dia que ens caldrà tornar a les mascaretes, i llavors entendrem la magnitud de la tragèdia.

A la propera pandèmia (per un virus respiratori, probablement) haurem après que no cal desinfectar superfícies, ni robes, ni papers, ni carrers. Creuo els dits.

Nota mental; sempre, sempre, sempre, serà millor NO infectar-se a infectar-se, independentment d’efectes, grau de severitat o seqüeles. Fins on vulguin portar aquesta asseveració, és cosa seva.

Tot el que estan llegint és una foto puntual; la pandèmia, amb desitjos d’endemicitat (però endèmia tampoc vol dir benignitat) és dinàmica. Dit d’una altra manera, la #grip, o LA #CoVID19 podran ser endèmiques, epidèmiques o pandèmiques, poden i podran transitar per aquests estats, que son estats de Infecció/malaltia, no del virus. Tindrem un o altre estat, en el futur, en funció del lloc, el moment, la variant, etc. En tot cas, ens caldrà perspectiva, i aquesta es tindrà (em sap greu) quan arribem al futur i mirem enrere, no ara.


No esperin fer-se més savis, o sàvies; esperin fer-se més desconfiats… del que saben i d’allò que creuen que saben.

Però aquesta, aquesta és tota una altra història.

Comentaris virus-lents (258): Una historia de virulència (genèrica), a comptes de SARSCoV2.

Avui farem una historia clàssica tunejant el nom d’una pel·lícula que em va encantar.

I li direm “Una història de virulència”.

Aquests anys han sentit molt a parlar de #virus, amb la #pandemia de #SARSCoV2, encara vigent, o la de #verolamico, o #monkeypox, ja llanguint. I hem parlat molt dels efectes, però potser poc, jo com a mínim, del que dispara el cicle que acaba en infecció, i en efectes clínics.

Parlem d’això ara.

Quan un virus infecta una cèl·lula, necessita temps per replicar-se dins d’ella i produir noves partícules de virus. Un virus no es propaga a la velocitat de la llum, també té els seus tempos. Una cosa que explico en els meus assajos d’emergència es que si una persona del meu equip s’infecta amb qualsevol virus (per punxada o tall, per exemple) aquesta persona continua sent tocable, abraçable, portable; el virus potser està a dins i potser generarà infecció però ara mateix aquell companys/a és tan infectiu com jo o vostè). Perdó per la digressió. Aquest període de temps en el que el virus entra dins el cos fins que comença a generar noves partícules víriques un cop feta replicació en cèl·lules s’anomena fase d’eclipsi (poètic i al mateix temps prou entenedor).

Durant la fase d’eclipsi, el virus que ha penetrat en una o més cèl·lules (aquí hi ha un tema de dosi pel que ja em preguntaran) posa la maquinaria de la pròpia cèl·lula al seu servei i comença a fer-li produir ARN viral (el material genètic del virus, ara m’estic concentrant en els virus respiratoris com #SARSCoV2, o #grip) i proteïnes víriques (recordem la frase de Jean i Peter Medawar; un virus és “simply a piece of bad news wrapped up in protein,”) que permetran embolicar-lo (càpsida i altres proteïnes estructurals) i li donaran la capacitat d’infectar altres cèl·lules a banda de conferir-li certa resistència medi-ambiental. Les proteïnes són importants perquè estan implicades en la replicació viral, el segrest de les funcions cel·lulars, el reconeixement de noves cèl·lules a les que infectar, la capacitat d’evasió de la resposta immune…

L’ARN viral produint, en nombre de desenes, o centenes d’unitats, s’empaqueta a les càpsides, dins el citoplasma de la cèl·lula hoste i les partícules del virus s’alliberen de la cèl·lula. Aquí, el que vulgui aturar-se per pensar una mica com de “vius” són els virus pot anar a… https://comentarisviruslents.org/2015/05/01/comentaris-virus-lents-105-i-si-els-virus-no-fossin-els-virions/. Els virions alliberats passen a infectar altres cèl·lules properes, un cop produït el reconeixement del receptor cel·lular corresponent i el procés es repeteix, donant lloc a augments exponencials de la quantitat de virus (el que anomenen títol o càrrega viral).

I com podem traçar això nosaltres? De forma “convencional” i ràpida a traves de PCR en temps real (qRT-PCR) que detecta el ARN, però NO les proteïnes. Són proves molt sensibles però no detecten UNA partícula vírica, ni potser 10, ni potser 100 sinó números més grans. És el que anomenen límit de detecció. Imaginin-se un radar, un exemple molt portat. Veurem tot allò que estigui per sobre dels 50 o 100 metres però per sota, podem tenir activitat i no veure-la. I quan hi ha poc títol viral? Òbviament, al principi de la infecció, quan la replicació està començant; la persona està infectada i potser serà infecciosa en 2, 3 o 4 dies però NO és detectable encara. La manera de solucionar això seria, i ha estat en alguns casos, fer PCR seqüencials, cada 2 o 3 dies però això és realment molt costós. I també al final de la infecció es dona aquesta situació, però aleshores el problema és diferent i no tant preocupant.

Per tant, una persona en les primeres hores o dies de la infecció pot resultar negatiu perquè els títols de virus encara no han assolit el llindar de detecció, independentment de la gravetat eventual posterior de la malaltia (aquí torno al meu concepte que infecció i virulència estan desacoblades i no hi ha selecció natural favorable a la benignitat). I aquest negatiu pot ser tant a la qRT-PCR com als tests d’antígens (en principi, i per definició menys sensibles).

Per complicar-ho més no tenim un únic tipus cel·lular al nostre cos; hi ha una gran diversitat de cèl·lules, organitzades en teixits, cadascun dels quals és més o menys susceptible a un virus en concret i més o menys rendible (eficaç) pel que fa a la seva propagació.

Únicament amb aquestes poques dades ja haurien de caure que la infecció de dues persones poden assemblar-se… o no. La dosi infecciosa, la via d’entrada, el potencial bloqueig de part de l’inòcul per mucus, la variant vírica involucrada, les primeres cèl·lules infectades, la pròpia genètica de l’hoste, etc., fan que no hagi dos infeccions exactament iguals, ni dos mostrejos perfectes que ens donin una imatge exacta i total de la càrrega viral en cada moment. El que jo diria, que el que veiem es sempre una part del tot, mai el tot en la seva plenitud. Un positiu amb valor “X” vol dir que la càrrega viral és aquella o superior, un negatiu vol dir que no hem detectat virus (i amb un marge de confiança “y”, que realment no hi ha virus).

El nostre amic (o amiga) encara no té símptomes, per cert. I això és perquè en els primers dies de la replicació viral (durada variable depenent dels virus, per #SARSCoV2 aquesta fase estaria entre 4-6 dies, veure https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/35994285/ i es funció també de la variant, aquí #omicron té avantatge sobre la resta) la càrrega viral no és encara suficient per despertar una resposta corporal (o més correctament, aquesta resposta també s’ha de muntar i això requereix temps). I per més, bona part de les símptomes que notarem no seran resultat directe de la propagació viral sinó de la nostra resposta a la infecció (per ex. febre i inflamació).

De tota manera abans de l’aparició de símptomes, que són bastant inespecífics en les primeres hores, hi ha una fase de força hores o alguns dies que la persona pot encomanar perquè ja s’ha acumulat prou càrrega viral com perquè aquesta sigui exhalada, excretada o emesa, com vulguin, i tingui capacitat infectiva (recordin el concepte de dosi). Són els asimptomàtics que jo més aviat catalogaria com a pre-simptomàtics.

Si l’hoste té capacitat, les símptomes remetran en pocs dies, i no passaran dels habituals mals de cap, malestar, febre (no intensa i llarga), tos, fatiga, mal de gola, mal articular, etc.

Però si el virus no és aturat i progressa, per exemple, a les vies respiratòries inferiors, la resposta de l’hoste serà més intensa, inclourà la inflamació en un procés que es retroalimenta i que pot ser generalitzat i incontrolable; és quan estem davant d’una pneumònia no tan causada directament pel virus sinó per “nosaltres”. En aquest estadi la persona infectada és molt més contagiosa que aquell amb una infecció lleu perquè la carrega viral és menor en aquest segon cas, de mitjana.

Com no soc metge, ni immunòleg, no passaria d’aquí. Nomes que la producció vírica es mantindrà per dies fins que la resposta immune, si tot va bé, acabi de eliminar les darreres cèl·lules infectades; tot i així és molt possible que continuen detectant senyal molecular (qRT-PCR) i senyal antigènica (kits d’antígens) perquè aturar la producció no vol dir netejar tota la carrega viral que s’ha generat que necessitarà dies addicionals. És aquesta la cua de positivitat que es veu al final de la infecció, un cop acabada la clínica, i aquesta positivitat NO té correlació directa fàcil amb la infectivitat.

Però aquesta és una altra història.

Comentaris virus-lents (253): Reflexions i lliçons per aprendre (?) de la CoVID19.

Estem en mig (sí, m’han llegit bé, en mig) d’una pandèmia causada per un coronavirus, un sarbecovirus, el SARSCoV2 que causa al CoVID19, i és evident que el focus ha d’estar en administrar el màxim de vacunes possibles (i si és possible, primer als grups de risc, però no a escala local sinó global), desenvolupar nous vaccins i tractaments (antivirals entre altres) i recolzar-se encara, on calgui, en mesures no farmacològiques (mans, mascaretes, distància) per reduir l’impacte i la mortalitat del virus. Però això, com diria un metge, és curar i el que caldria és… mirar de prevenir.


Mentre no fiquem fermament el focus en la interfase i relacions entre el compartiment silvestre i els humans la història està condemnada a repetir-se. Fins i tot si ens focalitzem en aquestes interaccions zoonotiques es pot arribar a repetir una pandèmia, però sempre ens agafarà més preparats.


L’espècie humana és una més dintre del continu d’espècies de mamífers. I les malalties que considerem humanes, des d’un punt de vista històric van tenir en els altres animals el seu inici; i és possible que si alguns animals parlessin ens llencessin acusacions semblants (zoonosis reversa). Així, se sap que el HIV té un dels seus orígens en el virus de la immunodeficiència de simi, i que saltà diversos cops a humans, fa aproximadament un segle, al centre d’Àfrica. En menys d’una dècada hem tingut no menys de 5 brots epidèmics d’Ebola, un d’ells (2014-2016) de dimensions descomunals (29.000 infectats, 11.000 morts) i té el seu reservori en ratpenats. Zika es va passejar per tot el planeta entre 2015 i 2016 (amenaçant les olimpíades a Brasil). I no s’ha d’oblidar SARSCoV, que no fou pandèmic però si ruixà amb casos o morts a tots els continents (2002-2004). Però és que els herpesvirus porten centenars d’anys entre nosaltres i van saltar del compartiment silvestre, i per exemple, el xarampió és un morbillivirus amb un origen comú amb el virus de la pesta bovina (i començà a afectar-nos fa més de 5000 anys, en l’època de domesticació del boví). Precisament aquest dos darrers exemples fan palès que de zoonosis ha hagut sempre, i que no hem de considerar-nos “el final de res”, com si virus i bacteris tinguessin com a destí acabar-nos infectant. Simplement, nosaltres som barrejats amb altres especies i els virus, i els bacteris, de tant en tant, salten cap a nosaltres, i una de cada tantes, ens “travessen”, desencadenant una malaltia amb clínica evident…i transmissible. Hi ha moltíssims salts entre reservoris animals, espècies intermediàries, noves especies hostes finals, i no sempre estarem en la mateixa baula d’aquesta cadena.


El problema està en la freqüència, en l’increment de freqüència dels salts zoonotics. Estimacions, possiblement subestimacions, parlen de l’existència de més de 1,7 milions de virus en el compartiment animal, dels quals entre 1/3 i la meitat tindrien potencial zoonotic. I, a banda, hi ha reservoris no vius, com seria el permafrost i el seu desgel. Pedrera, fent servir un símil futbolístic, hi ha, i força. Sense amagar la millora dels sistemes de detecció i vigilància és evident que des de fa unes dècades es detecta una acceleració d’aquestes invasions, algunes de les quals es queden (per sempre, com SARSCoV2, que no serà eradicable), altres malviuen sense acomiadar-se (com MERSCoV que mai s’enlairà), i altres fracassen (com SARSCoV, sortosament).


Però, hem de vigilar a totes les especies que comparteixen amb nosaltres la Terra, o hi ha més aviat uns “sospitosos habituals”? Els primers on mirar seria els mamífers, però no sempre la font original serà el problema a abordar. I per font original, en aquesta pandèmia, tindríem els ratpenats, que hostatgen un nombre indeterminat, però probablement alt, de Potential Pandemic Pathogens, o PPP. Tanmateix, és altament improbable, que no impossible, que un virus de ratpenat pugui fer un salt zoonotic exitós DIRECTE a l’espècie humana. És més segur, si es vol fer una vigilància efectiva, concentrar-se en espècies que interactuen molt més amb els humans, com serien els porcs (font d’aliment), o els rosegadors (que s’han adaptat perfectament al nostre hàbitat) o aquells dels que som parents propers, els primats, els virus dels quals són probablement del tot intercanviables amb els “nostres” virus (només cal recordar el virus de la verola del mico, o monkeypox).


Hi ha més especies de peixos i aus (i aquí ens vindria al cap els virus de la influença aviaria altament patògena, HPAI, per exemple H5N1 o H7N9) que de mamífers però la distància filogenètica entre ells fa que sigui molt reduïda la probabilitat que es doni una exitosa transmissió inter-espècies. Un ull en els HPAI sí caldria mantenir-lo, però.


I si en lloc de vigilar transmissors ens concentréssim en els virus “per se”? En aquest cas, clarament caldria concentrar-se en els virus de transmissió respiratòria, i aquí estaríem parlant de paramixovirus (virus Hendra i Nipah), virus influença (grip, i tenim un descripció recent de l’acció d’un H9N2, d’aus, sobre teixons asiàtics) i coronavirus (dels que tenim exemples a ratpenats, rosegadors i porcs, mira per on, grups d’espècies esmentades al paràgraf anterior). Tots ells, virus ARN; important la seva capacitat de mutació, que els dona plasticitat DESPRES del salt (i aquí cridem de nou a SARSCoV2 que en les seves primeres propagacions en humans no era del tot eficient en la seva transmissió; la variant de Wuhan tenia una R0 de 2-3; l’actual variant Omicron està, en un càlcul conservatiu, sobre 9-10; la lliçó de tot plegat és que no cal ser extremadament eficient i adaptat per disparar una pandèmia). I important també la seva capacitat de recombinació, que permet assajar canvis de gran abast (amb el risc conseqüent de fracassar i no ser viables).


El cas de SARSCoV2 ens mostra altre perill; l’aparició de coronavirus que s’adaptin molt bé a una espècie però que sigui relativament generalistes i puguin vessar sobre diverses (moltes) espècies. Si SARSCoV2 no serà eradicable és, entre altres motius, perquè sabem que es propaga amb facilitat a felins (gats, lleons, tigres), visons, rosegadors com hàmsters, ungulats com els cérvols de cua blanca (que han rebut aquest coronavirus a través de diversos salts DES DE els humans); massa reservoris, connectats, com per plantejar-se la seva completa eliminació.


On caldrà vigilar? No podem controlar totes les interaccions i punts de inter-relació silvestre-humà. No té sentit (per mi) fer una vigilància a gran escala del viroma (un pool en continua, i per a la nostra escala temporal, ràpida evolució) i bacterioma, potencialment pandèmic, de les especies silvestres. Doncs per estalviar esforços i ser eficients (encara que se’ns pot escapar algun salt) cal concentrar-se en els punts calents de la interfase; treballadors de granges intensives i extensives, escorxadors; venedors d’animals silvestres vius (molt principalment el continent asiàtic, i aquí, vergonya i desvergonyiment per a Xina, que va ser avisada per la natura i per la OMS del que suposa el comerç intens i extens, en condicions lamentables, amb animals silvestres, i que en 15 anys NO HA FET RES al respecte), i per exemple, a casa nostra, els treballadors de centres de recuperació d’animals, que ens servirien tots d’antenes de detecció. I si jo tingués d’escollir, els col·lectius marcat en negreta; un per la freqüència i intensitat de les interaccions; el segon perquè hi ha molta vida més enllà dels animals domèstics.


Però això vol dir invertir diners durant anys sense tenir un resultat clar, ni definitiu. Un esforç que pocs estats estan disposats a fer, encara que potser l’abordament hauria de ser global.

Però aquesta, aquesta és tota una altra història.

Comentaris virus-lents (251): SARSCoV2 i CoVID19: Quatre notes tal com raja, 2020, any 1.

Aquest resum s’ha fet tal com raja, sense cap edició ni ajust més enllà de les errades tipogràfiques. El resum mental del 2020.

El gener del 2020 em vaig començar a interessar per un brot del que després resultaria ser un coronavirus però que en aquell moment era només un agent causal no identificat de pneumònia en uns clústers (agrupacions) particulars de persones, associades amb una certa localització (el mercat d’animals vius de Huanan en la ciutat de Wuhan). Com a nota personal jo estava a Xina a finals de gener d’aquell any, això sí a uns 3000 km de distància.

No soc cap oracle; amb la informació disponible aquells dies vaig plantejar-me que estàvem davant d’un salt zoonotic d’un virus que impactaria en una ronda de replicació i que possiblement no es podria sostenir continuadament entre humans. Pocs dies després aquesta baula, la transmissió sostinguda entre humans, es va confirmar i això va canviar el escenari. Un virus respiratori que es transmet consistentment és tot un problema, més encara si, i això ho he remarcat molts cops, es troba amb una població verge, naive, immunològicament.

Però si algun estat podia aturar el virus, entès el conflicte com una batalla, podia ser Xina, que actua sobre la seva població com faria un virus, implacablement. El miratge va durar un parell de setmanes, quan es van començar a descriure casos als països limítrofes, com Japó. Encara podia ser un SARSCoV, que arrencà el 2002 i es declarà eliminat a finals del 2003. Però no, quan van arribar informes dels primers casos a Itàlia, precedits per informes preocupants, tot i la censura, des de Iran, jo sabia íntimament que arribaria a Catalunya però encara pensava que l’afectació seria gestionable. Això sí, molt més per sobre de l’afectació de la grip, en això s’ha de dir que els antics responsables sanitaris a Catalunya van estar TOTALMENT desencertats (ho vaig dir molt diplomàticament en una entrevista, s’ha de dir que em vagi mossegar fort la llengua). Un virus nou, que venia amb Case Fatality Rate del 3-4%, i que afectava especialment a la gent gran NO era una grip en aquell moment.

Els criteris per fer les proves diagnòstiques des de finals de gener i durant tot el mes de febrer eren indignants per restrictius. Que només es fessin proves a gent que venia de la Xina, quan se sabia que el virus ja estava fora de Xina i no es fes prospecció per simptomatologia compatible va ser, per mi, una irresponsabilitat. A més a mitjans de febrer, en una conferència, m’esgarrifà la poca capacitat analítica/diagnòstica que va indicar un alt responsable d’un important hospital de Barcelona; quan a Xina s’estaven fent milers de PCRs aquí es comentava que no teníem més capacitat (màquines, reactius, personal, etc.) que fer unes poques desenes. D’aquí venen una part dels mals posteriors, també.

Tot i així, i els casos que es desfermaven a Itàlia jo tenia molt clar que el virus ens arribaria, tot i certa majoria d’opinió publicada contraria, però (errada) considerava que en funció de la R0 teòrica i el sist. sanitari podríem acabar amb uns quantes desenes de casos. Ja veuen que no soc oracle. Així ho vaig comentar en alguna entrevista. Alhora, considerava que la declaració de Public health emergency of international concern, seguint les International Health Regulations (IHR) del 2005, per part de la OMS es quedava molt curta i que calia declarar pandèmia (declaracions meves de finals de febrer). La OMS trigà fins l’onze de març del 2020. No hagués canviat gaire res perquè recordin el que he comentat diversos cops; quan veiem els efectes de SARSCoV2 les causes són mínim, d’una setmana abans, les hospitalitzacions de dues setmanes abans i les morts de 3 o 4 setmanes abans. Però sí, en la meva opinió la OMS va actuar o alertar massa tard, encara que després ha recuperat un paper d’assessor informat correcte.

Després va venir el confinament, que a mi i a uns quants no ens afectà per estar en instal·lacions crítiques. I la mancança infame de EPIs i reactius (s’ha de dir que encara hi ha fortes tensions en els mercats per això, i que els terminis d’entrega son més llargs i la major part dels materials bastant més cars). Una pregunta; tenim ja una reserva estratègica d’equips de protecció individual? S’ha fet cap passa per generar capacitat de país per produir-los i no dependre totalment de l’exterior? Aquestes preguntes apliquen també als tests diagnòstics, per cert.

I els esforços de tot el personal sanitari, i dels tècnics de diagnòstic, i de tot el personal dedicat a logística, i de la població en general, però no ens enganyem, la feina dels primers sempre va ser molt més exposada, mai ha estat prou ponderada i el que puc dir és que mai serà prou recompensada.

Després van venir els passo vacil·lants cap a la nova normalitat, les xerrameques poc informades sobre l’estacionalitat del virus (el virus pateix per la calor i la radiació ultravioleta però per que aquests dos factors actuïn cal una variable més, temps i compartir terrassa a curta distància d’un infectat durant desenes de minuts no seria el millor escenari), i tota la mentida de les superfícies.

Aquest tema mereix un capítol apart. Des del principi de la pandèmia i fent servir la informació d’altres virus embolcallats (amb envolta lipídica), con altres coronavirus, els virus influença, etc. hom podia saber (jo sabia) que les superfícies mai serien vies principals de transmissió. Va costar més d’un any que la idea calés i pel camí enormes quantitats de desinfectants i temps han estat deficientment emprats. Això ho vaig comentar en diverses entrevistes ja els mesos de febrer, març (betevé) i des d’aleshores en altres mitjans. Rentat de mans? Un bon retorn als bons costums, encara que #SARSCoV2 molt difícilment es transmet per encaixar les mans o tocar una cara. Desinfectar els culs de les cadires, o no deixar periòdics disponibles perquè el virus podia restar infecciós en el paper, o desinfectar les soles de les sabates reflecteix com de malament s’ha donat la informació, moltes vegades pels propis responsables de les administracions.

Paral·lelament van començar a desenvolupar-se vacunes, en una historia d’èxit esclatant que neix de mol treball previ (ciència bàsica, recorden? i d’una acció transaccional portant la recerca en càncer cap a les malalties infeccioses); els vaccins o tractaments basats en mRNA no són nous, algunes de les seves aplicacions, sí.

Nova errada meva. La velocitat de desenvolupament i testatge em va sorprendre. Jo albirava que tindríem vaccins, essent molt optimistes, per mitjans o finals del 2021. Aquesta errada té dues cares; demostra que quan ens focalitzem en un objectiu aquest pot ser assolit, fins i tot abans de termini; per altra banda demostra la nostra negligència per no fer-ho més sovint, només en situacions prou desesperades.

Però també des de l’estiu del 2020, amb les primeres dades de les proves preclíniques (amb animals) acabades estava clar que aquesta tongada de vaccins basats en la tecnologia del mRNA NO ens portarien una immunitat esterilitzant. I si es va vendre això, els que ho van promoure i els que van donar altaveu, faltaven a la veritat. Quan veus que els animals vacunats i posteriorment inoculats presenten infecció (no tots els animals, i poca en càrrega i durada) a vies respiratòries però no mostren símptomes tens clar que el vaccí et traurà dels problemes greus (hospitalitzacions i morts) però que encara no serà una barrera perfecte. Mai va ser certa la immunitat esterilitzant, i pronòstic, però ja saben que jo m’equivoco de tant en tant, no l’esperin els propers anys, potser mai. A banda, experiments clàssics amb voluntaris humans infectats experimentalment amb coronavirus estacional 229E mostraren que sí hi havia manteniment de la resposta immune 1 any després però que bona part dels individus infectats 1 any abans es reinfectaven amb menys càrrega, períodes d’excreció menors i absència de clínica. Crec recordar que era Callow et al., 1990. I ja saben que els testos s’assemblen a les olles; hi havia prou possibilitats que es repetís amb SARSCoV2.

I ara un empat. De sempre els nens han estat transmissors, o més correctament seria dir que el virus, aquest virus, SARSCoV2 no fa distincions clares o taxatives a l’hora d’infectar considerant el paràmetre edat. Els nens i nenes tenen els mateixos receptors, a “grosso modo” i són igualment susceptibles que els adults a la infecció, que no als seus efectes. I això senyors i senyores sempre s’ha sabut. Però tot és molt diferent si mirem des del punt de vista de la clínica o d’aturar la transmissió del virus. La infància mai va ser un vector de preocupació hospitalària per se (n’hi ha casos però pocs, hi ha longCovid però menys acusat, encara que els efectes podrien ser de per vida) però el que es valorava també era el seu paper com a connector de bombolles, com a vector de transmissió. Jo personalment vaig entendre que les escoles obrissin en el curs escolar al setembre del 2020 perquè no es poden mantenir tancades mentre es reassumeixen la resta d’activitats. Però si ho miraves des de la transmissió eren baules de connexió.

A desembre vaig viure l’estira i arronsa de la missió de la OMS que s’havia de desplaçar a Xina per estudiar l’origen del SARSCoV2. Una missió en la que molta gent posava certes esperances però que jo tenia clar que no tindria gaire impacte, o no generaria noves dades, sobre l’origen d’aquest nou coronavirus. Vaig acabar el 2020 com el vaig començar; pensant en una zoonosi a partir d’animals, no necessàriament ratpenats, sinó hostes intermediaris, probablement vius, en un mercat xinés, no tenia més informació al respecte.

Continuaren havent-hi onades (jo he comentat en alguna entrevista que no cal numerar-les, jo no ho faig; estem en una gran onada pandèmica amb fluxes i refluxes, fins que assolim cert comportament endèmics que, atenció, no té perquè ser de baixa intensitat o completament benigne); setembre, desembre, que, quan remetien, sempre ens deixaven més amunt que la zona vall de l’onada prèvia; aleshores i encara ara no som fins avançant-nos al virus perquè sempre anem unes setmanes tard.

I en això arribaríem a finals d’any amb les aprovacions d’aplicació per emergència de la primera vacuna de mRNA, la de Pfizer Biontech, la primera de moltes, i per la que vaig augurar també certs problemes logístics, que altre cop errada, no s’han acabat de materialitzar el 2021.

Un resum incomplet, de memòria, i per tant fal·lible. Sempre podrem completar en la segona part.

Però aquesta, aquesta és una altra història.

Comentaris virus-lents (250): SARSCoV2 endèmic no és menys perillós que SARSCoV2 pandèmic; no individualment.

Ara molta gent parla que SARSCoV2 després de generar diverses ondes pandèmiques (per mi només hi ha hagut una, fins que s’hagi assolit una primo-immunitat genèrica, que al detall es desdobla en vàries), està lliscant cap a un estat endèmic, però em sorgeix el dubte de si la gent sap que vol dir realment un estat endèmic.

En el començament de la pandèmia (que la OMS negà més de dues setmanes quan gent com jo mateix, hi ha registres gravats, ja demanàvem la declaració) hi havia diversos possibles escenaris en funció de com evolucionés, i com féssim que evolucionés:

  1. Extinció completa del patogen degut a una ràpida i efectiva resposta,
  2. El que vindria a ser una eradicació total.
  3. Una eliminació local de la malaltia.
  4. Una malaltia que s’aniria transmeten, amb pujades i baixades en la seva incidència, de forma continuada.

La primera opció es va revelar als viròlegs (aquí potser caic en delicte de presumpció) impossible des de gairebé el dia 0. Primer, és la hipòtesi més difícil d’assolir i determinaria que en el llarg termini tothom podria oblidar-se de la malaltia i els seus efectes, però mentre no es demostri el contrari SARSCoV2 vindria del compartiment animal, seria una zoonosi (amb pas o no per un laboratori), i com a tal podria encara estar en aquest compartiment. A banda, al llarg de la nostra historia humana MAI hem extingit un patogen, que a mi em consti.


La segona opció sí que podem dir que l’hem feta algun cop. Cal esmentar la verola, que no està extinta sinó custodiada en dos laboratoris, un nord-americà, l’altre rus. En aquesta opció, també molt difícil d’assolir (jo diria impossible) també tothom podria oblidar-se de la malaltia; tothom menys la gent que la custodia als dos laboratoris esmentats.


La tercera opció es fica en ambients més coneguts; sí que hi ha abundants casos d’eliminació local d’una malaltia i aquí “local” pot ser un país, un grup de països, un continent. És una fita que obliga a suar la cansalada, no és senzilla, i en la que, a llarg termini, no tot el mon, totes les persones, poden oblidar-se de la malaltia. Implica disposar de vacunes, i vacunats o no, si la cobertura és alta, no cal preocupar-se massa. Els que sí estan vigilants són els funcionaris de salut pública controlant les incidències. Exemples? El xarampió, la poliomielitis.


I arribem a l’objectiu d’aquesta entrada, la opció 4, una malaltia present de forma continuada; òbviament no cal fer massa esforç en el curt termini, ja la tenim aquí, oi? Doncs sí que cal esforçar-se. Perquè aquesta definició és molt etèria. Una malaltia present de forma continuada que generi centenars de casos diaris no és igual, no ens preocupa el mateix, que una infecció que en generi unes poques desenes de casos per mes. Aquest patogen que genera una malaltia present de forma continuada en una zona, posem Catalunya, és el que es diu un patogen endèmic. I endèmic també s’hauria de traduir com “controlat o per sota d’un nivell considerat acceptable”. I aquest és el quid que he comentat diversos cops, el nivell. El nivell no ha de ser, i potser no serà, el mateix en diferents territoris, i també serà dinàmic en el temps, però sempre ha d’existir, i en aquest cas fora bo que quedés clarament explícit.


I quin nivell és “acceptable”? Per malalties molt perilloses, que poden ser mortals, el nivell ha de ser forçosament baix; UN cas ha de disparar les alarmes. Un cas, que no és de les nostres contrades, però que torna a estar actiu? Ebolavirus. Per infeccions amb baixes taxes de morbiditat i/o mortalitat els nivells poden ser alts, de centenars i fins i tot milers de casos al mes o a l’any.


És per això que endèmic mai s’ha de traduir com “sense perill”. Fa referència a una circulació possiblement “domesticada”, però per res vol dir que el patogen hagi perdut la seva virulència o que la malaltia no tingui perill. NO ens informa que la gent no morirà. Al contrari, ens informa que sempre hi haurà gent que s’infectarà, i que potser, alguna morirà. Com a corol·lari dels altres casos, voldrà dir que sempre tindrem gent preocupada per SARSCoV2 i la CoVID19, precisament per mantenir-la per sota del nivell de control, i si en cap moment el traspassa, com es fa amb la grip, començar a prendre mesures de control.


Perquè la pandèmia no s’esvairà sola, ni tampoc la pandèmia serà controlada a un nivell en el que ningú s’hagi de preocupar per la infecció. La pandèmia esdevindrà endèmia i haurem de decidir quin nivell de morbiditat (casos) i quin nivell de mortalitat (morts) considerem “acceptables” o “normals”.


I això, ai las, escapa de les capacitats i eines de la virologia.


Això és, definitivament, una altra història.

Comentaris virus-lents (249): SARSCoV2 i CoVID19, nova temporada de tardor.

Han canviat molt les coses des de la passada tardor. En aquell moment, SARSCoV2 circulava sense cap mena de limitació més enllà de les mesures no farmacèutiques (Non-Pharmaceutical Interventions, NPI) aplicades; mascaretes, distància, mans, aforaments restringits o controlats, franges horàries en restauració, no oci nocturn. Cap vacunat.

Estem a un mes d’entrar a la tardor i ho fem amb una reducció gradual, i lenta, de casos i infeccions d’una rèplica més d’aquesta ÚNICA gran onada (així es veurà quan els seus descendents girin la vista cap a la nostra època dintre de 30-40 o més anys), amb dents de serra.

Les vacunes van entrar en escena fa 8 mesos, i en els països del primer (?) món hi ha molts exemples de 50-60% o 70% de població vacunada (manca infància i adolescència). El desplegament ha estat espectacular en bastants països amb la gran taca de la inequitat en la distribució i que en lloc de comportar-nos com una única espècie, ens hem comportat com un seguit de tribus que es pretenen aïllades.

A les vacunes, i les NPI que no han deixat d’aplicar-se en molts moments i territoris, se’ls hi ha oposat un desplegament de variants que té les seves arrels en els darrers mesos de l’any 2020; per tant NO tenen res a veure amb les vacunes, com a mínim pel que fa a la seva gènesi, i, en la meva opinió, tampoc en la seva selecció o prevalença territorial posterior.

El que faré ara és un repàs de coses que crec rellevants, passades i possibles escenaris futurs. I ho faig per dos motius, el més important, egoista, per endreçar-me les idees, i el segon, també important, per si li serveix a algú.

  • El virus conegut com SARSCoV2 ara per ara té com origen Wuhan, a Xina, on primer es va destriar els seus efectes clínics. Probablement un salt zoonotic des de ratpenats amb algun hoste intermediari; però possiblement per un accident laboratorial. Cap de les dues hipòtesis ha estat plenament confirmada o desmentida, i alguns científics no han quedat gairebé en la seqüència de fets, i en els interessos creuats que han sortit a la llum pública.

  • La Xina ha ocultat dades, indubtablement, ha mentit en més d’una ocasió (en el fet que no es venien animals silvestres al mercat de Huanan, per exemple) i la missió de la OMS es va fer en condicions massa constrenyides i al dictat.

  • La resposta de la OMS va ser lenta, molt lenta al començament, potser perquè realment “NO té PODER”, i la declaració de la pandèmia va trigar 2-3 setmanes més del que realment hagués estat correcte.

  • La Case Fatality Rate de SARSCoV2 es manté estable al voltant del 2%; ja portem més de 210 milions d’infectats reportats (molts més probablement, dada infravalorada) i gairebé 4,5 milions de morts. Aquesta taxa està en aquests valors des de fa molts mesos, les diferències entre països són escassament significatives (la majoria dels més afectats oscil·len entre 1% i 3%) i li costarà anar cap avall, com correspondria a una estratègia de vacunació massiva, simplement, perquè NO hi ha vacunació massiva, mundialment parlant.

  • Els humans som TOTS susceptibles; fins on jo sé, no hi ha edat o sexe o condició que ens faci significativament menys susceptibles. Els estudis es desmenteixen els uns als altres. Tots tenim receptors ACE2 i tots podem internalitzar el virus. Però que siguem “igualment susceptibles” no vol dir que ens afecti per igual. Per sobre dels 60-65 anys el risc de patir una CoVID19 greu o mortal és bastant elevat, i puja més encara per edats més avançades o si es presenten malalties cròniques. Diguem que la CoVID19 fa una empenta cap a un desequilibri total de la salut de l’individu. Per contra a edats mitjanes o a infància i adolescència la simptomatologia clínica és molt més benigne, hi ha major nombre d’asimptomàtics o poc simptomàtics i la taxa de mortalitat és MOLT baixa però…

  • Hi ha CoVID19 persistent, una sèrie de complicacions difuses, de duració variable, que està també lligada a factors individuals i que serà una factura a llarg termini que caldrà continuar pagant.

  • El virus conegut com SARSCoV2 continuarà mutant i continuaran apareixen variants, però l’espai de mutació no és infinit i té costos; fent una imatge potser massa planera, és com una flassada de llargada concreta, si et tapes el cap descobreixes els peus i a l’inrevés. El virus continuarà mutant cegament i l’ambient anirà seleccionat aquelles mutacions o combinacions de mutacions viables, que moltes vegades tanmateix portaran al virus a carrerons sense sortida. Però el virus SARSCoV2 NO pot mutar gaire lluny perquè llavors deixaria de ser SARSCoV2. S’han descrit mutacions que es repeteixen a diferents variants, en un exemple de certa convergència mutacional que jo crec que anirà a més.

  • Jo descarto, amb una raonable alta probabilitat, que les noves variants per venir siguin significativament més virulentes que les actuals, en un termini de temps curt/mig. Tampoc espero cap fenomen d’atenuació; no hi ha un intercanvi favorable a menor virulència més transmissibilitat i millor fitness viral. No hi ha gaires casos històrics per recolzar aquesta hipòtesi. A llarg, soc del tot incapaç de predir res, però recordem que la relació hoste-paràsit és dinàmica.

  • Les vacunes que tenim no són esterilitzants; si algú domina Twitter i pot rastrejar les meves piulades veuran que això ho sabem des de abans que es comencessin a administrar les vacunes (a finals de l’estiu del 2020). No s’ha enganyat a ningú, possiblement alguns polítics i assessors científics han venut llums al final del túnel abans del que tocava. En els experiments pre-clínics amb macacos hi havia ALGUNS macacos que s’infectaven però que no emmalaltien o no ho feien greument. Per tant les vacunes protegeixen parcialment (i jo diria majoritàriament) front a la infecció i gairebé absolutament contra la malaltia greu i la mort.

  • I això està demostrat i no penso perdre gaire temps; encara que les noves variants puguin trencar l’escut vaccinal respecte la infecció, no crec que puguin acabar gens fàcilment amb el mur de la resposta immune, no el saltaran o l’evadiran, el que sí pot passar és que el vagin erosionant, poc a poc, a salts.

  • No pensem individualment, pensem poblacionalment, com faria el SARSCoV2 si tingués aquesta capacitat. Les epidèmies, les pandèmies són fenòmens poblacionals; no hi ha LA mesura perfecte, la silver bullet que matarà a l’home llop; vacunes que fan que bona part dels vacunats no s’infectin, i que els que s’infectin transmetin menys el virus, redueixen de forma important la transmissió, que és el 1er objectiu. I addicionalment salva vides i redueix l’estrès de tot el sistema assistencial.

  • Necessitem una cobertura vacunal homogènia, en el cas de Catalunya, però aplica a qualsevol altre lloc, per barris, per ciutats, per comarques, i a totes les franges d’edat. NO serveix de gaire (més enllà de reduir tensió assistencial i mortalitat) tenir la gent per sobre de 40 anys “ben vacunats” i el sector per sota a mig vacunar o no gaire vacunat.

  • Aquesta cobertura vacunal ens ha de permetre arribar a una immunitat que ens permeti retornar a una certa normalitat. La immunitat poblacional (que està lligada a la R0, veure més endavant) ens la podem treure del cap; inicialment entre el 65-70%, va pujar després al 80-85% i ara es parlar que necessitem per sobre del 90%; jo la veig inassolible i tampoc tinc clar que sigui del tot necessària… sí necessitem una mena de «immunitat operacional», que ens permeti operar una vida “normal” un cop ben protegits els col·lectius sensibles, i un cop també que tothom hagi estat vacunat (millor que infectat) un cop.

  • Els vaccins evolucionen menys, o més correctament, més lentament, que els virus. Els vaccins es va dissenyar amb la variant de Wuhan i encara que algunes plataformes (vaccins mRNA) admeten nous dissenys i produccions, la flexibilitat vacunal sempre anirà per darrera de l’evolució vírica. I amb les vacunes actuals estem fent front, de forma prou efectiva, a variants inimaginables fa 1 any. Per què?

  • Perquè generem una resposta immune la fondària i capacitat de la qual no és fàcilment abastable. Cada cop que es diu que tal o qual variant escapa de la resposta immune perquè els anticossos els neutralitzen menys (crec que no he llegit cap estudi que digui que deixen de neutralitzar absolutament) suposo que deu morir un immunòleg. Per sort, no ho soc. No tota la resposta són anticossos i, a més, la quantitat d’epítops de la molècula de la espícula que poden ser reconeguts i desencadenar resposta MAI s’han mirat en la seva totalitat. I de la resposta cel·lular es parla poc, però està… de fet és la resposta a llarg que necessitarem.

  • El meu concepte clau, pel que fa a les variants, és circulació. A més circulació del virus, més rondes de replicació, més errades de replicació, més progènie, més variants. Per cada 100 persones susceptibles infectades, 100 possibilitats noves; per cada 100 vacunats potser 20-30 possibilitats noves (no es quedin amb les números si no amb el concepte). Reduint molt la circulació reduïm afectacions presents (infeccions i morts) i problemes futurs.

  • Tot és dinàmic, la R0 era el número bàsic de reproducció en poblacions naïve, susceptibles. Aquest numero es pot modificar (Re), numero efectiu de reproducció, aplicant confinaments, NPIs i òbviament a mesura que la gent es va infectant naturalment o es va vacunant. Però la R també es modifica per variants més transmissibles; aquest és el cas de la variant de Wuhan a la que s’assignava una R0 de 2-3, mentre que la variant delta se li assigna una R0 de 5-6, mínim. Per una explicació més detallada, en castellà, aquí… https://theconversation.com/que-es-el-r0-el-numero-que-siguen-los-cientificos-para-ver-la-intensidad-del-coronavirus-137744). Aquesta R0 no és baixa, però no és tan alta com la del xarampió que està per sobre de 15. Per tant, teòricament però NO pràcticament, li quedaria camp per córrer encara, a SARSCoV2.

  • La immunitat que tenim es mantindrà encara mesos però mentre la gent acaba de vacunar-se i es comprova la durada d’aquesta immunitat, i perquè NO volem que el virus circuli gaire fàcilment, perquè tot i la vacunació tenim un excés de mortalitat respecte un any sense pandèmia, caldrà mantenir algunes o moltes de les mesures de mitigació en vigor. Mantenir distància personal, reducció dels aforaments a llocs públics (universitats, hosteleria, restauració, cinemes i teatres); mascareta obligatòria a interiors i recomanable en segons quins exteriors; un bon rastreig de contactes; un compliment estricte els aïllaments en cas de ser contacte, i reforçar atenció primària (que no s’ha fet gaire gens).

  • Els passaports i passes CoVID19 no solament són possibles, podrien ser probables. Ningú està obligat a vacunar-se, però l’acte de no vacunar-se pot tenir certes conseqüències, un cop tothom ha tingut la possibilitat de decidir un cop oferta la vacuna.

Res és blanc o negre, ni la transmissibilitat, ni la virulència, ni l’evasió (no passarà) o una gradual erosió de la resposta immune (aquesta és més possible), ni es pot generalitzar a individus, amb el seu rerefons genètic, ni a poblacions que poden tenir usos socials, o hàbits que els facin puntualment menys susceptibles. No podem esperar solucions simples i aïllades, i sobre tot no poden esperar-les JA. Ja ho he dit abans en altres formats; estem en un xoc de plaques tectòniques, ja s’ha donat; tindrem rèpliques, ja les tenim, formant part de l’impacte inicial; i tot es donarà en un temps desesperadament lent per alguns però “normal” en una col·lisió d’aquesta mena. No seran dies, ni setmanes, ni mesos, seran anys, i això amb l’ajut de les vacunes. Perquè sí, potser el nostre territori, Catalunya, estarà “prou bé” però com he repetit i copiant a Benjamin Franklin en un altre context, «We must all hang together, or, most assuredly, we shall all hang separately» pot ser adaptada a «»We must all vaccinate together, or, most assuredly, we shall most of all infected separately».

Dibuix del virus de «Mussol i el coronavirus»

Però aquesta, aquesta és una altra història.

Comentaris virus-lents (248): Biocontenció i SARSCoV2; accidents i SARSCoV2; la intersecció no és zero, òbviament. Notes personals.

Aprofitant aquesta noticia del BMJ (https://www.bmj.com/content/374/bmj.n2023) i responent l’enquesta que vaig circular fa un parell de dies en el que m’autoritzeu, per aclaparador majoria, a donar-vos la brasa amb això de la #Bioseguretat i la #biocontenció i com es relaciona amb les vacunes vs els efectes de la #CoVID19 causat pel #SARSCoV2.


Aquí que anem. Primer, al món de la recerca amb patògens hi ha 4 nivells de Bioseguretat (des de la bona praxi microbiològica mínima, nivell 1 fins el que s’anomena màxima biocontenció, el nivell 4, on es manipulen els patògens més perillosos, com filovirus, arenavirus, nipahvirus, virus de la febre hemorràgica CrimeaCongo, etc.). Únicament un graó per sota es troba @cresa_r, en el que s’anomena nivell d’alta biocontencio, o nivell 3 de Bioseguretat, o NBS3. Per sota està el nivell 2, o NBS2, que és el propi de la majoria de laboratoris de recerca universitaris o de clínica hospitalària. Entre NBS1 i NBS2 hi ha diferencies, entre NBS2 i NBS3 hi ha MOLTA diferencia, i entre NBS3 (tal com la interpreta @cresa_r) i NBS4 torna ha haver-hi poca diferència, i es que el NBS3 de CReSA treballa no només amb petit animal sinó amb animal de granja, ja que desenvolupa recerca en el camp de les malalties animals (i des de fa més d’una dècada, en les zoonotiques).


Simplificant molt, un NBS1 és una habitació amb equipament de microbiologia, on un porta bata, i treballa, amb bona praxi, amb microorganismes que mot difícilment causen malaltia en personal immunocompetents.

En un nivell 2, NBS2, la mateixa habitació pot disposar del mateix equipament més una cabina de seguretat biològica, #CSB, un equip com això,…..

que funciona com a #barreraprimària i dintre de la qual es treballa amb les mostres o processos que poden generar aerosols. En aquest nivell, treballen amb patògens que si poden generar malaltia en el treballador, però que difícilment es transmetria a la comunitat. Seria el cas de salmonel·la, campilobacter, norovirus, astrovirus, que causen diarrea, el virus de la grip estacional, rinovirus i coronavirus estacionals (229E, OC43, HKU o NL63). Un autoclau, que permet inactivar allò amb el que treballem un cop esdevé residu, ha d’estar a la vora del laboratori, o millor, a dins. I a la porta del laboratori es posa ja un senyal de perill biològic.


El salt tecnològic gran, i el salt en els costos de la instal·lació es donen quan volem passar d’una instal·lació NBS2 a una NBS3, sobre tot si es volem fer proves pre-clíniques amb animals per desenvolupar vacunes o antivirals.
I per què ens cal un NBS3? Doncs perquè passem a treballar amb patògens del grup de perill 3, que ja poden provocar fàcilment malaltia greu o mortal al treballador i que tenen CERT potencial de transmissió a la comunitat. Aquí van de cap tots els patògens respiratoris, com grip aviaria altament patogènica, els diferents coronavirus zoonotics, però també virus de febres hemorràgiques com #RVFV, #WNV, i també arbovirus com #Chikungunya, i bacteris respiratoris com Mycobacterium i… molt més. Capítol apart són els virus exclusivament animals, com virus de la pesta porcina africana o virus de la pesta porcina clàssica pels que no hi ha vacunes i pels que no ens interessa cap dispersió a l’exterior del laboratori per obvis motius econòmics i afectació a sectors productius.


I aquí està el canvi de paradigma, per mi.


En NBS2 ens preocupem de no infectar-nos i no necessitem més que la barrera primària de la #CSB, i una bona praxi (bàsicament ser polit i endreçat) per assolir-lo. En #NBS3 la preocupació és DOBLE. El risc d’infectar-nos de quelcom greu és força més alt i això implica un salt important en qualitat i disponibilitat de EPIs però estem tant o més preocupats en assegurar-nos la contenció de l’activitat, que res amb el que treballem surti FORA perquè els efectes podrien ser molt seriosos.


Per començar, oblidin-se de l’habitació del NBS1 i NBS2. I oblidin-se, llevat casos molt particulars, d’adaptar una instal·lació ja existent. Probablement fracassaran. Un NBS3 es dissenya per funcionar com alta biocontenció, i el disseny i la construcció és de l’ordre de 3-4 vegades més cara que un NBS2 d’àrea equivalent. Els adjunto un parell de plànols i després d’explicar un parell de conceptes generals els enumero que cal per tenir un NBS3 mínimament presentable i com això permet fer amb seguretat els estudis amb #SARSCoV2.

Instal·lació 2 exterior i a sota tall de la mateixa instal·lació

Les imatges ja els hi donen una idea; gairebé tots els nivells de Bioseguretat 3 de màxim nivell treballen amb els conceptes de sistema Sandwich i “box in a box”.


El sistema Sandwich és fàcil d’explicar, imaginin-se que el treball és la llonganissa i que necessita una llesca de pa per sobre, que s’encarregarà de filtrar tot l’aire potencialment contaminat de la instal·lació i una altra llesca, per sota, que permetrà una gestió de tots els residus líquids i sòlids que generen animals i persones. Això és el que veuen a les imatges, i esquemes, que són de dos instal·lacions reals, però no de @cresa_r encara que s’assembla força. Hi ha una qüestió que emergeix, immediatament, oi? Sí, instal·lacions molt cares ja que per cada m2 útil tens un mínim de 2-3m2 que donen servei, en certa manera, “inútils”.


L’altra concepte és el box in a box que vol dir que en cada instal·lació tenim petites unitats de biocontenció, independents, dins d’una unitat de biocontenció major.


Això ens garanteix poder treballar amb seguretat amb diversos patògens a l’hora sense barrejar-los, sense contaminació creuada.


Que ens cal per tenir una unitat d’alta biocontenció d’alt estàndard i funcional?
• Un accés amb dutxa i vestidors exteriors i interiors. Accés del personal controlat i restringit.
• Una pressió negativa constant, en cascada decreixent, a tota la instal·lació.
• Una filtració absoluta de tot l’aire de sortida, potencialment contaminat, per filtres HEPA (doble etapa, millor que una de sola).
• Sales experimentals independents, cadascuna amb el seu sistema de dutxa o de preparació de EPIs; han de tenir el seu propi sistema de filtració absoluta.
• Sistemes barrera (airlocks, autoclaus) per entrada de materials i sortida controlada de residus.
• Tanques de descontaminació d’efluents.
• Sistemes d’eliminació de carcasses animals (incineració, digestió alcalina, autoclau).
• Sistema automàtic de gestió de paràmetres crítics amb històric absolut de totes les incidències i problemes.
• Control d’estocs de material biològic infecciós (i especialment aquell sensible, o associat a GoF o a DURC).
I més però aquest són rellevants… i continuarem en com això es relaciona amb #SARSCoV2 més tard.

(continuació…)

I ara posem-nos en situació, sorgeix un nou virus, en aquest cas #SARSCoV2 que desencadena una pandèmia i hi ha necessitat de vacunes i antivirals. Però clar, no es pot manegar el virus i els seus cultius i fer proves de la seva infectivitat en laboratoris convencionals ja que per la seva perillositat se li ha assignat internacionalment un grup de perillositat, hazard group, de 3. Tot d’una tots els centres de recerca convencional i els laboratoris de microbiologia hospitalaris no poden FER CRÈIXER el virus, només poden fer confirmació de presència per PCR o ELISA de detecció d’anticossos. En ser un HG3 la recerca amb el virus #SARSCoV2 queda circumscrita a aquelles instal·lacions amb nivell de Bioseguretat 3, que tenen les condicions que comento en l’enllaç a un enfilall previ. A Catalunya, d’instal·lacions que tinguin la capacitat de treballar amb el virus #SARSCoV2 infecciós hi ha poques (em sobren dits de les dues mans) però que puguin treballar amb #SARSCoV2, que tinguin experiència amb altres #coronavirus zoonotics com #MERSCoV i que a més, tinguin més de 15 anys d’experiència en estudis pre-clinics de registre de vacunes en models animals diversos només hi ha UNA instal·lació, IRTA-CReSA.

Si qualsevol empresa, catalana posem pel cas, però de més enllà també, té un desenvolupament, un prototip vacunal a testar vs #SARSCoV2 té la possibilitat de fer-ho a les seves instal·lacions o subcontractar. A Catalunya, imho, només una empresa té un NBS3 state-of-the-art de bona capacitat. No és normal que un empresa tingui una unitat #NBS3, pel tema de costos que vaig explicar també més amunt. Per tant l’activitat es subcontracta, i aquí és on entra @cresa_r, que té la instal·lació, el personal format i les capacitats; en aquest cas una inversió pública, com és IRTA-CReSA (i aquí caldria dir inversió pública catalana perquè l’Estat només té ulls pels centres de Madrid) ha fet també transferència de coneixement intangible a empreses que ho necessiten i que ja els avanço han estat més de 2 o 3. Les unitats d’alta biocontenció són estructures molt complexes que, quan calen, no es poden fer en 4 dies…de fet ni en 4 anys, si considerem disseny, construcció i validació de l’operativitat. Per això cal tenir-la activa, i greixada per la pròxima #zoonosi. #OneHealth #SARSCoV2 #CoVID19Catalunya

Bonus track; mig amagat en el text principal surt “ Sistema automàtic de gestió de paràmetres crítics amb històric absolut de totes les incidències i problemes” i “Control d’estocs de material biològic infecciós (i especialment aquell sensible, o associat a GoF o a DURC)”. En un laboratori de nivell 3, ben portat, se sap que hi ha, i es registren, incidències i errades. I n’hi ha, ningú pot dir que NO ha tingut mai cap incidència o accident. Per això crec que la opció de #labaccident NO pot ser descartada en absència de proves, més que res perquè la més probable, el salt zoonotic ho és solament de forma molt circumstancial.

Però aquesta, aquesta és una altra història.

Comentaris virus-lents (246): Que sigui improbable no ho fa impossible.

Aquests propers dies està previst, si no em fallen els comptes, la publicació de l’informe que l’equip de la Organització Mundial de la Salut (OMS), enviat a Xina per investigar l’origen de la CoVID19, ha redactat.

Els recordo les 4 possibilitats:

1. Salt zoonotic directe

2. Salt zoonotic a través hoste intermediari, que afavorí adaptació.

3. Introducció per cadena alimentària, a través de congelats (?).

4. Escapament de laboratori

El 1, improbable; el 2, el més probable; el 3, una “anada d’olla” xinesa. Mai explicarà el tret de sortida de la pandèmia; si pot explicar alguna rèplica.  I el 4…És improbable que #SARSCoV2 s’escapés d’un laboratori? Sí, però és condemnadament possible. I aquí m’hi estendré una mica.

Els que em llegeixen saben que soc responsable de biocontenció i bioseguretat en un centre de recerca a Catalunya. Una unitat d’alta #biocontenció en la que es treballa amb patògens perillosos, fins i tot mortals, bastant abans que aparegués el SARSCoV2. I per això els puc dir que, professionalment, he llegit sobre desenes d’incidents i accidents a laboratoris, dels centenars registrats al món, que no són més, per altra banda, que la punta d’un iceberg dels que REALMENT passen. Cap procés humà és perfecte, i les capes d’enginyeria no necessàriament poden ser una ajuda. Ja he parlat d’aquest tema en algunes entrades al blog; vials de verola abandonats durant gairebé 50 anys a un laboratori americà https://comentarisviruslents.org/2014/07/14/comentaris-virus-lents-19-verola-papa-papa-mira-el-que-guardava-lavi-a-les-golfes/ o enviar material altament infecciós pensant que està inactivat https://comentarisviruslents.org/2014/07/25/comentaris-virus-lents-25-pero-que-mheu-enviat/ o barrejar tubs per codificacions deficients… https://comentarisviruslents.org/2015/02/26/comentaris-virus-lents-88-incident-ebola-al-cdc-el-diable-esta-als-detalls/. Però n’hi ha molt més… i atenció, tots aquests accidents s’han reportat als EEUU. Són els americans uns maldestres? No, no ho són mes que la resta del món, senzillament hi ha moltes més mans treballant, i allà es vigila i s’informa. I és el que no tinc gens clar que passi a Xina.

I és que els incidents als laboratoris no són rars. Des del darrer cas de verola a Europa, a Gran Bretanya concretament, lligat a un escapament d’un laboratori…. https://comentarisviruslents.org/2019/08/27/comentaris-virus-lents-225-infeccions-laboratorials-nomes-cal-una-esquerda-verola-al-regne-unit-1978/ Però, anant a èpoques més recents i virus més relacionats, transmissió de SARSCoV en 2004, amb l’epidèmia ja acabada, a Xina … https://www.cdc.gov/sars/media/2004-05-19.html. Però abans ja s’havien descrit infeccions al laboratori… https://www.who.int/csr/don/2003_09_24/en/ ; aquest és un exemple clar que quan es treballa amb patògens no s’han de barrejar, com diuen que és bo no fer tampoc amb les begudes alcohòliques. I de SARSCoV tenim un altre “incident” més… https://www.cidrap.umn.edu/news-perspective/2003/12/taiwanese-sars-researcher-infected. I tot això amb un virus ja més que conegut, i per tant fàcilment diagnosticable. Ara imaginin-se el mateix per un virus desconegut que sortís del laboratori “dins” d’un o més treballadors i que pogués fer diverses rondes de transmissió abans de poder ser començat a albirar.

Les unitats de biocontenció es poden considerar fortaleses impenetrables, asèptiques, extremadament controlades i d’accés restringit però NO estan lliures d’errades i dissortades coincidències. Per tant, un escapament de SARSCoV2 d’un laboratori en el que s’hi treballés mai deixarà de ser una hipòtesi plausible, fins que sigui provadament descartada.

Que hagi passat ja és tota una altra història.

Comentaris virus-lents (245): Raons que jo conec i entenc per vacunar-se versus SARSCoV2

Començaré fort. Si no arribem a taxes de vacunació entre el 50-70% l’efecte de les vacunes vs SARSCoV2 es veurà clarament compromès. Recordin que les vacunes no ens protegiran, el que ens protegeix és la vacunació, i com més estesa en l’espai geogràfic i grups d’edat millor. I la rapidesa amb que s’han obtingut aquestes vacunes fa malfiar alguna gent; òbviament hi ha els que no se la poden posar per estar en grups particulars on el quocient benefici/cost no és favorable (immunocompromesos per exemple, gent amb certes patologies) però també estan els a-mi-no-em-passarà-res, o els jo-no-la-necessito, jo-controlo, i després els conspiranoics, aquests ja directament estúpids.

Com és possible que hagin trigat NOMÉS 11 mesos en aprovar una vacuna? Si abans s’estaven anys, 5, 7 anys per aprovar-les, oi? Algunes coses que explicaré ara són producte de lectures, altres són fets comentats per amics/gues que treballen en aquest camp. Únicament els hi diré dues coses; el rigor en tot aquest procés ha estat el mateix de sempre; la transparència és clarament millorable, perquè potser no s’ha explicat prou ni prou bé.

 

Jo ho vaig dir en el seu moment; si les agencies reguladores independents donaven el vistiplau a una vacuna jo me la posaré, sí o sí, quan em toqui (com em poso la de la grip, sí, aquesta de la que molta gent passa). Són les mateixes agencies que regulen l’aprovació dels antibiòtics, o un anti-cancerigen. La diferència és que en aquests darrers casos, “de perduts al riu”, ja que volem tractar problemes. Per contra, amb les vacunes estem tractant amb una eina pre-exposició al patogen, que s’administra a les persones sanes, i llavors, com som molt filiprims, tolerem poc qualsevol efecte secundari, quan ens pot salvar la vida tant o més que un antibiòtic o un anti-cancerigen.

Molt bé, però, per què tenim vacunes administrables en 1 any des de l’emergència del patogen, SARSCoV2?

Primer, la tecnologia del mRNA NO és nova. Poden veure… https://www.nature.com/articles/nrd.2017.243. I havia tingut ja un recorregut en el camp dels tractaments anti-cancerigen https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC4668311/ o https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC4514038/ com un cas específic. Estem parlant del 2014 i 2015. El que necessitava era un impuls, i dissortadament o per sort, tota moneda té dues cares, SARSCoV2 l’ha donat.

Segon, per les vacunes no basades en el mRNA, tampoc es partia de zero perquè des de fa molts anys hi havia grups de recerca treballant en vacunes per a virus semblants (Ebola, pel que tenim vacuna des de 2018, la #ervebo de Merck; MERS per la que no tenim encara però sí s’ha treballat molt en diverses plataformes; aquí el centre on treballo, CReSA té una gran experiència i és del 3 centres al món on es poden fer els estudis amb model animal, etc.).

Tercer, alguns projectes amb altres coronavirus havien arribat a assajos de fase clínica 1, i això també s’ha aprofitat.

Quart, s’ha invertit una quantitat de diners que fa feredat (com de diferent ens aniria si es gastessin habitualment en això i no en tancs, o submarins que no suren, etc.), i els diners, ja ho saben, fa anar tot molt més ràpid. Però quan t’hi va la pell suposo que tots estarem d’acord que no és mala inversió.

Cinquè, la recerca s’ha llegit en temps real; els pre-prints han volat i el coneixement s’ha compartit immediatament; els revisors han revisat com si no hi haguessin nits; això ha provocat cert soroll de fons i un biaix mediàtic, ocasionalment tremendista, però és indubtablement positiu i accelerador.

Sisè, s’han solapat fases clíniques, i altre cop aquí, podríem queixar-nos perquè NO s’havia fet abans!! No s’esperava a les dades d’una fase per començar l’altre, és un risc però si el risc te’l cobreixen, i sempre que tinguis una base de coneixement coherent no és un tret a les fosques, possiblement podràs aprofitar tot el cos de dades generat.

Setè, els assajos clínics de fase 3 han reclutat desenes de milers de persones en temps rècord, i no solament perquè la pandèmia era rampant (saben que uns dels problemes d’acabar de desenvolupar i provar la vacuna de ebola era que MAI aconseguien provar-la en un grup prou gran de persones? va tenir que venir l’enorme brot de ebola a Sierra Lleona, Guinea i Libèria, al 2014-16 amb 29.000 infectats per poder-la provar, i el brot a República Democràtica del Congo, del 2018 al 2020 va permetre ja la seva aprovació) sinó perquè tots els comitès i acords entre les empreses que executaven els assajos clínics no trigaven mesos si no dies en formalitzar-se. CoVID19 ha tingut total prioritat i de fet la resta d’assajos d’altre medicaments per altres malalties han quedat molt frenats, que no aturats.

Vuitè, les agencies reguladores han prioritzat tot el que tenia a veure amb avaluació continuada, reduint al mínim els temps d’espera; diguem que han desvestit tota la burocràcia i s’han quedat en allò essencial i realment necessari que és l’avaluació de les etapes sense saltar-se’n cap. Altre cop la pregunta aquí és, i per què NO abans? Fem-ho bé i ràpid, si hem pogut un cop.

Novè, s’ha produït la vacuna a risc, un concepte molt capitalista però amb la xarxa de seguretat dels governs. Els governs han decidit invertir com a socis capitalistes en una empresa arriscada; com els que noliejaven naus per comerciar, fa uns segles, quan la probabilitat que aquestes naus tornessin era baixa. S’ha produït les formulacions, una de les quals es comença a administrar avui fora dels grups d’assajos clínics, sense saber si eren efectives, només se sabia que eren prou segures. Això permetrà administrar milions de dosis les primeres setmanes perquè ja han estat produïdes. Però, compte, la producció i la logística que ens espera aquest 2021 serà diabòlica i jo no crec que s’acompleixi l’escenari optimista de milers de milions de dosis a finals de 2021. Per això, si li toca, posi-se-la.

Desè, les agencies reguladores, i els governs han fet una valoració de la relació cost benefici, que també ha de fer vostè. Que és millor, més de 15 mil morts a Catalunya, i més de 70 mil morts a Espanya i mantenim “impasible el ademan” i no es posen la vacuna o posar-se la vacuna i que en un de cada 100.000 o 1.000.000 casos tinguem un efecte advers?. Ja no parlo de una mica de maldecap, dolor en el punt d’administració, unes dècimes de febre o malestar general si no una cosa més greu. A l’altre costat de la balança, i assumint que #SARSCoV2 deixat al seu aire ens infectarà gairebé a tots en algun moment, comptin un 3% d’hospitalitzats i al voltant d’un 1% de mortalitat. Això a Catalunya serien 77.000 persones. Si vostè coneix a més de 100 persones, i deixem campar a #SARSCoV2, una d’elles, com a mínim, morirà de CoVID19.

Jo si tinc una eina, l’empro. I demano a la gent que l’empri amb mi. Quants més l’emprem més poderosa serà la eina i els seus efectes.

Clar que això també es podria aplicar al tests ràpids; però aquesta, aquesta és tota una altra història.

Comentaris virus-lents (244): Només hi ha una corona, per ara.

Amb la nova variant de SARSCoV2 descrita a Anglaterra que ha desfermat cert furor i neguit ha tornat ha emergir la mala praxi, o desconeixement, del que és una variant i del que és una soca, quan parlem de virus. No esmentaré el concepte “sepa” verbalitzat per alguns il·lustres, com Monica Terribas recentment, la Marató de TV3 crec, perquè això ja no seria virologia, si no…altra cosa.


Què és una soca viral? Què és un aïllat viral? Què és una variant?


Imagini’s que vostè atén un malalt de CoVID19 i li treu una mostra, cultiva aquesta mostra en monocapes cel·lulars (una tècnica amb punts d’art), normalment de cèl·lules Vero E6 (una línia cel·lular generada a partir de les cèl·lules epitelials extretes dels ronyons de mona verda, Chlorocebus sp.; anteriorment anomenat Cercopithecus aethiops, desenvolupat el 1962 a la Universitat de Chiba, Japó), i amb sort (i en funció de la càrrega viral del malalt) veurem com el tapis cel·lular és destruït per un element invisible. Si recuperem el medi post-infecció i mirem per microscòpia electrònica “veurem” el virus, aquest element invisible; si agafem una petita porció del medi i el transferim a altres cèl·lules Vero E6 sanes, s’infectaran i moriran. Hem aïllat el virus, tenim un aïllat, un virus aïllat, separat del seu origen, l’infectat.


Tots aquest aïllats, de diferents malalts, són SARSCoV2, donen cos a la soca SARSCoV2. I no, no són iguals perquè si agafem l’aïllat del pacient A, i el del B, i el del C que potser s’ha obtingut a milers de kms, i seqüenciem per saber exactament totes las bases del seu genoma veurem que poden presentar canvis, mutacions (errades en la replicació que els ha originat) però no per això deixen de ser i fer el mateix, tenen les “mateixes” propietats biològiques. I si algun aïllat tingués propietats biològiques noves o diferents, per exemple, poder-se unir a un receptor diferent, o generar un embolcall més resistent que el faci més estable a les condicions ambientals llavors, sí, llavors potser estaríem davant d’una nova soca.


La variant que ara preocupa (VUI-202012/01 o la primera “Variant Under Investigation” de desembre 2020) i que preocupa perquè ha sumat mutacions diverses en diferents punts del genoma (per sobre de la vintena), però no perquè les mutacions siguin noves ja que s’havien descrit prèviament en altres variants el darrers mesos, no difereix en res fonamental del primer aïllat que es constituí com la soca SARSCoV2 a Wuhan el mes de gener de 2020. Es diu que és un 70% més transmissible que la variant “original”, l’estàndard circulant, de SARScoV2 (darrers càlculs baixen ara aquest percentatge al 55%) però aquest numero té molt més a veure ara mateix amb la epidemiologia que no amb la virologia. Els petits canvis i mutacions no tenen prou entitat per permetre poder parlar de noves soques, si no incorporen canvis visibles, mesurables, fins i tot dràstics. Només són variacions naturals, ja que els virus ARN muten per la seva natura intrínseca, variants dèiem més amunt, dins una soca, per ara única.


Encara que potser no per sempre tindrem aquesta unicitat; però aquesta, aquesta és tota una altra història.