comentarisviruslents

Aquest blog és una seguit de comentaris personals i probablement poc transferibles sobre ciència i política.

Archivos mensuales: marzo 2015

Comentaris virus-lents (96): Construïm, en catastrofe d’error?

Deja un comentario Publicado por en marzo 29, 2015

Els virus que tenen com genoma ARN (picornavirus com la polio o la hepatitis A; ortomixovirus com el virus de la grip; paramixovirus com el virus de xarampió o el virus de les galteres; reovirus com els rotavirus, calicivirus com el virus de Norwalk (entrada 16) flavivirus com el virus de la febre del Nil Occidental, el virus de l’encefalitis japonesa o el virus de la febre groga; i més…) tenen una elevada o molt elevada taxa de mutació. Això els fa diferents dels organismes amb genoma ADN (com nosaltres, els humans, però també els mamífers, aus, invertebrats, bacteris…). La mutació permet introduir canvis a l’atzar (com llençar els daus) i deixar que l’ambient o les circumstàncies dictin sentència i confereix una plasticitat quasi imbatible.

Els partits polítics, les plataformes, es modulen, transformen o muten per adaptar-se a la població, les seves idees i esperances. De fet els partits estan formats per persones (permeteu-me l’equivalència persona-virus, cadascun amb les seves particularitats, o mutacions). Moltes vegades aquests partits llencen globus sondes o idees (una invitació a canvis) i deixen que l’ambient o les circunstàncies dictin sentencia. Els partits transformadors si n’hi hagué de veritat jo ja no els veig. Un partit, o plataforma, ara, sembla que ha de ser plàstic per ser imbatible.

Posem un exemple. Un virus ARN que té un genoma constituït per 10.000 molècules anomenades nucleòtids. Per fer còpies, per replicar el genoma, es fa servir una molècula (un enzim, més concretament) que té una certa taxa d’error (com nosaltres en qualsevol tasca rutinària), que es diu ARN polimerasa. Bé, se sap que aquests enzims se equivoquen entre 1 vegada de cada 10.000-100.000 operacions (sí, molt millor que nosaltres). Per contra, les ADN polimerases que fan aquesta funció de copia o replicació de genomes en tots els organismes de genoma ADN son molt més fidels, erren una vegada de cada 10 a 1000 milions d’operacions.

El genoma del partit és el seu programa i com es veu aquest programa i les seves declaracions dins la societat. El programa, i les declaracions, també han de tenir una certa taxa d’error, o indefinició, que faci que al ser llegit moltes persones, seguint l’analogia, virus, l’interpretin de manera lleugerament diferent però en qualsevol cas el facin seu, constituexi el seu mínim comun denominador.

Per tant tenim que per cada còpia que faci del genoma el nostre virus ARN hi haurà probablement una errada (la que resulta d’equivocar-se més o menys 1 vegada de cada 10.000 quan el genoma te 10.000 nucleòtids, per tant, 10.000 operacions); o en tot cas que aquest serà el promig. I pensem que aquestes errades seran aleatòries, es repartiran a l’atzar per tot el genoma. Aquest virus i aquest genoma ha infectat una cèl·lula i cada cèl·lula pot perfectament produir 10.000 virus (per exemple) abans d’alliberar-los (i morir en molts casos). I aquestos virus infectaran unes altres cèl·lules. Suma i segueix. Quan arribem a la desena ronda d’infecció tindrem que cada virus pot haver acumulat 10 mutacions, en una combinació moltes vegades prou específica per cada virus. Per tant quan parlem dels virus (per exemple dels 108 o més virions de rotavirus o virus Norwalk que trobem en un gram de femta) no estem parlant d’un ens definit si no d’una mena de núvol altament heterogeni de genomes diferents més o menys allunyats d’un majoritari que s’anomenaria “consensus”, i que no necessàriament és el que va originar la cascada de canvis, l’original.

De la mateixa manera, quan parlem de partits polítics i plataformes (com Construïm, Psc, o Icv, però també CDC, UDC, ERC, la CUP), a nivell dels seus afiliats, no estem parlant d’un ens definit si no d’una mena de núvol altament heterogeni de individus (virus altre cop) diferents, més o menys allunyats d’un perfil majoritari que s’anomenaria “consensus”, i que no necessàriament és el perfil o model que exactament volia representar el partit abans de la cascada d’interpretacions o canvis, l’original.

Que tenim? Tenim els virus caminant pel tall d’una navalla; per un costat els virus necessiten mantenir un cert nivell de variabilitat per fer front a canvis ambientals (és com si tinguéssim una butxaca enorme d’eines i variants i en cada moment seleccionéssim passivament les òptimes); per altra banda no s’han d’allunyar gaire de la seva eficàcia biològica malgastant esforços en mutacions en molt casos deletèries, no productives, inútils, “aberrants” que impedirien la propagació del virus (com llençar recursos o diners en coses que sabem que no es calen o no permeten generar més diners). És a dir, necessiten fer errades en el seu genoma però no se’ls ha d’anar la ma perquè si es fan massa diferents podrien traspassar l’anomenat llindar d’error. Un cop ultrapassat aquest el virus s’ha allunyat tant del que era que difícilment pot tornar enrere, realment no sap com tornar enrere, ha perdut massa informació genètica i entra en el que es diu catàstrofe d’error.

Que tenim? Tenim al partit o plataforma caminant pel tall d’una navalla; per un costat el partit ha de mantenir un cert grau de variabilitat i/o indefinició per fer front als canvis socials (és com si tinguessin una gran butxaca de propostes i variants i en cada moment seleccionessin les que creuen óptimes); per l’atra banda no s’han d’allunyar gaire del seu espectre de votants, on la seva eficàcia biològica en la captació de votants és màxima, no ha de malgastar esforços en mutacions, propostes o carrerons sense sortida, no productius, inútils, aberrants, que li poden impedir accedir a més votants, propagar-se com a partit. És a dir, tot partit o plataforma «necessita fer errades» en el seu posicionament o declaracions però no se’ls ha d’anar la ma perquè si aquestos es fan massa diferents dels esperats, podrien traspassar l’anomenat llindar d’error, els votants antics el poden considerar com «no propi» o «no representatiu». Un cop ultrapassat aquest llindar el virus, el partit, s’ha allunyat tant del que era que difícilment pot tornar enrere, realment no sap com tornar enrere, ha perdut massa informació valuosa i connectivitat amb els votants i entra en el que es diu catàstrofe d’error.

I de fet sí caminen pel tall de la navalla perquè els virus es propaguen molta a la vora del llindar d’errada que se’ls ha calculat teòricament, però superen els problemes per la gran mida poblacional (una infecció pot generar desenes i desenes de milions de virions); per tant encara que hi hagi genomes deleteris, continuen havent-hi prous genomes viables per mantenir la població.

I de fet sí, els partits caminen pel tall de la navalla per intentar ser catch-all, per arribar a la majoria; però superen els problemes tant millor com més gran és la seva mida poblacional (els seus votants; una mala acció, un posicionament incorrecte pot generar desenes i desenes de milers de desercions però això no t’afecta quan tens centenars o milions de votants); per tant encara que hi hagi declaracions, actituts o polítics deleteris, continuen havent-hi prous genomes viables (votants) per mantenir el partit.

Sembla simple, senzill, no? Però no ho és, realment, quan furgues més. Construïm no arribarà probablement a l’hivern perque representa a pocs, amb un programa massa indefinit, fet a patchwork d’idees reciclades, «còpia» d’altres partits que han entrat també en catastrofe d’error com el Psc, amb gent amb genomes envellits que han entrat també en la seva pròpia i individual catastrofe d’error. S’han allunyat massa del seu votant i ja no poden tornar cap enrere perquè no saben, potser ni tan sols volen, com fer-ho. Clar que això és una opinió personal.

 

Però aquesta, aquesta serà una altra història.

catàstrofe d'error, virologia social

Comentaris virus-lents (95): L’Ebola porta cua al seu darrera.

Deja un comentario Publicado por en marzo 28, 2015

El primer cas d’Ebola del que l’Organització Mundial de la Salut (OMS) té constància, el que anomenaríem cas índex, es va produir pels vols de Nadal del 2013. Va ser un infant, que habitava en un llogaret perdut, la primera víctima d’aquesta pandèmia que ha colpejat amb duresa tres països africans: Sierra Lleona, Guinea i Libèria. Va ser el primer nen, però segons la agència dels Nacions Unides per la Infància (UNICEF) més de 5.000 nens s’han infectat el darrer any. Aquest seria un impacte directe però l’impacte indirecte és encara més esfereïdor; més de 16.000 nens i nenes han perdut alguns dels seus pares. I el drama d’aquests nens supervivents no s’acaba aquí.

L’Ebola és una malaltia infecciosa que té efectes “biològics” però també efectes socials que no han de ser menystinguts i que es fan forts, s’intensifiquen, davant la manca d’informació o, directament, la desinformació. Així, molts d’aquests orfes han estat repudiats pels seus familiars per por de ser contagiats, encara que estiguessin sans. Fins i tot els veïns han arribat a fer-los fora dels llogarets, o pobles, acusant als nens de bruixeria per haver sobreviscut a la terrible malaltia, que té una mortalitat al brot actual sobre el 60%. Algunes organitzacions els recullen i tracten perquè recuperin ànim, salut i estima i també els ajuden…a recuperar el que és seu. El buit deixat pels pares es aprofitat per desaprensius que malden per quedar-se amb les terres que havien d’heretar els orfes.

La crisi de l’Ebola compleix aquesta setmana un any des de que l’Organització Mundial de la Salut (OMS) la va qualificar com epidèmia. En el decurs d’aquest any s’han infectat vora 25.000 persones i han mort més de 10.000, però les conseqüències socials i econòmiques han estat probablement més greus. La economia de les zones afectades és un erm; els sistemes sanitaris estan desbastellats i s’han malmès o trontollen molts plans que duien a terme els propis governs o organitzacions no governamentals per millorar la salut general de la població. Hem sofert una gran ona d’infecció (no acabada, recordem-ho); ara tocarà patir una ressaca en forma de brots d’altres malalties infeccioses. Així, la OMS ha alertat de futurs brots de xarampió, tos ferina o varicel·la perquè s’han eliminat els programes de vacunació per culpa del Ebola. «Qualsevol interrupció dels serveis d’immunització, encara que sigui per períodes curts, es traduirà en un augment de brots», afirma el doctor Jean-Marie Okwo-Bele, director d’Immunització, Vacunes i Productes Biològics de l’OMS.

Encara que les xifres de noves infeccions per Ebola s’han reduït força els últims mesos, «Les xifres són similars a les d’agost de l’any passat. Baixar la guàrdia ara podria implicar un repunt a xifres similars a les que es van arribar a finals del 2014. Encara queda molt per fer», rebla José Félix Hoyo, vocal d’operacions internacionals de Metges del Món.

Perquè aquesta lluita no té aturador i els èxits no sempre es consoliden. Així, Libèria va registrar fa uns dies el primer cas d’Ebola en dues setmanes, un pas enrere pel país, que esperava sortir ja del túnel, i que caldrà que comenci a comptar el dies (42 dies) de nou per declarar-se lliure de la malaltia. Pitjor van les coses a Sierra Lleona, on l’Ebola ha matat unes 3.700 persones. El Govern ha decretat un toc de queda entre el 27 i el 29 de març. Per cert, ¿és realment útil una quarantena de tres dies per  aturar o alentir la infecció?

Ebola ha vingut per quedar-se, mesos o anys, i serà un adversari més al que combatre, però qualsevol millora en la situació no hauria de determinar una reducció dels esforços si no una deriva d’aquestos cap a altres malalties o en la reconstrucció dels sistemes sanitaris afectats, incloent això la formació de nous professionals.

Però aquesta, aquesta és una altra història.

salut pública, vacunació, virologia ambiental, virus hemorràgics, xarampió, Zoonosi

Comentaris virus-lents (94): Ebola i aerosols, una discussió no tancada (i 2).

Deja un comentario Publicado por en marzo 23, 2015

A l’entrada anterior explicaven alguns detalls de l’estudi retrospectiu fet per uns experts en Ebola, publicat a la revista mBio i deiem que aquestes dades i aproximacions generaven noves preguntes i dubtes que caldria discutir. Anem a intentar-ho. 

Preguntes sense resposta

Els autors reconeixen que les dades sobre la transmissió d’Ebola són molt limitades, deixant el paper de la transmissió via aerosol a la zona grisa. La manca de dades també dicta diverses altres incerteses importants, així:

  • El paper potencial dels events de «súper disseminació» és desconeguda.
  • No hi ha informació concloent sobre el paper que juguen les fomites. Les fomites són tots aquells objectes o superfícies inanimades que poden contenir virus; per exemple la majoria dels elements d’un lavabo visitat per una persona amb una infecció per norovirus, rotavirus… poden hostatjar el virus per dies o setmanes si no són adequadament desinfectades.
  • En quin moment “exacte” les persones infectades es tornen infeccioses no està del tot clar.
  • Els pacients poden eliminar el virus durant diversos mesos després de la recuperació clínica, però la importància epidemiològica d’aquestes descàrregues està per esclarir.
  • En aquesta epidèmia a Àfrica Occidental, no se sap si els animals salvatges o domèstics estan amplificant la transmissió. Això no vol dir ni que sí, ni que no.

Encara que cap dels estudis revisats porten a la conclusió que Ebola podria generar infecció pulmonar primària amb una transmissió aèria, els investigadors no descarten que això pogués succeir en el futur. De fet el virus d’Ebola pot ser aïllat de la saliva i pot infectar diversos tipus de cèl·lules trobades en el tracte respiratori.

Un lliscament del virus cap a una capacitat de transmissió aerògena (transmissió a distància i amb certa estabilitat temporal per petites partícules en suspensió aèria) demandaria canvis genòmics, i això és poc probable, però no impossible.

«No obstant això», afegeixen, «la participació de gotes de diferents mides expel·lides per malalts en relativa proximitat a persones no infectades en episodis d’infecció a partir d’aquestes segueix sent plausible.»

Reaccions cauteloses

Aquest article s’ha rebut amb certa prevenció per part de la comunitat científica. Així Vicent Munster, PhD, cap de la Unitat d’Ecologia viral als Laboratoris Rocky Mountain de Hamilton, adscrit al NIH (National Institutes of Health), no descarta que la transmissió de l’Ébola sigui possible a través de gotetes suspeses en l’aire a través de distàncies molt curtes, però posa en dubte que aquesta via tingui importància epidemiològica (si la transmissió per aerosols o petites gotetes es dona en 1 de cada mil casos, és important individualment, però no és epidemiològicament o poblacionalment rellevant) i apunta, tal com vaig comentar a l’entrada prèvia, en que l’agrupament del concepte aerosol (petites partícules que viatgen llargues distàncies) amb el concepte gotetes (partícules més grosses que es mantenen uns pocs segons en suspensió o que recorren curtes distàncies, no més enllà d’un metre) és el que permet parlar de transmissió aerògena. «Crec que si un realitza activitats generadores de gotetes, aerosols, amb fluids carregats amb virus d’Ebola, un bé que pot infectar-se», va dir Munster. «Però la pregunta és amb quina freqüència passa això realment, i no hi ha prou coneixement sobre aquest tema. «En el cas d’un pacient d’Ebola amb diarrea Ébola, es generarien partícules en suspensió, a l’aire però d’allà a concloure que hi hauria una transmissió eficient, va més enllà del que saben, simplement no sabem, conclou.

Linda Dickey, especialista prevencionista d’un centre mèdic adscrit a l’ Universitat de Califòrnia, creu que l’ Ébola és propagable en distàncies curtes, però és poc probable que tingui una veritable transmissió aèria. D’un esput o vòmit s’alliberen moltes gotetes de mides diverses algunes de les quals poden arribar a mucoses de la gent del voltant generant risc potencial d’infeccions. Tanmateix no creu que l’Ebola es transmeti per la inhalació de partícules que viatgen llargues distàncies. Tal com ella diu: «Un pensaria que epidemiològicament i empíricament es veurien molts més casos a la comunitat, en persones sense contacte directe amb l’infectat, si es va disseminant àmpliament en l’aire a través de llargues distàncies», i aquestes dades no existeixen, o no s’han aconseguit traçar.

La classificació del virus de l’Ebola com un patogen en l’aire tindria moltes implicacions en la construcció i disseny de les instal·lacions hospitalàries dedicades a la cura dels malalts, i als equips de protecció individual (EPI) a fer servir, i a la capacitació dels treballadors sanitaris (infermers/es, metges i metgesses).

De fet ja hi ha problemes pel fet de fer servir indumentàries pràcticament impermeables per evitar el contacte amb els fluids corporals del malalts ja que això bloqueja la sudoració i fa que el treball no es pugi perllongar gaires hores, i sigui esgotador. I ja se sap que quan us s’esgota s’equivoca amb més freqüència. La persona treballa a una temperatura prou alta, i son equips difícils de posar i …de treure. Els Centres per al Control i la Prevenció de Malalties (CDC) recomanen l’ús de sistemes motoritzats d’aire purificat (PAPRs o Purified Air Powered Respirators, en tenim uns quants al nostre centre de recerca) a l’hora de realitzar procediments amb pacients d’Ebola amb perill de generació d’aerosols. Com digué Linda Dickey: «No crec que sigui un sense sentit, ja que PAPR permeten als treballadors treballar més frescos, tèrmicament confortables, a més de protegir-se de les gotes». Però afegí » But I don’t see evidence and I don’t believe that the requirement is indicating that there is a belief that the disease is airborne-spread and that you have to wear a PAPR to protect yourself from spread across a room, for example.» En poques paraules, no per posar-se un PAPR estem assenyalant al Ebola con un virus de transmissió aerògena i no te sentit posar-se’l per travessar una habitació amb malalts, si no es té contacte amb ells.La controvèrsia està servida, que seria la ciència sense ella!!.

Però per damunt de la controvèrsia, com diu Vicent Munster: “But what these authors show quite nicely is that we have a very poor understanding of Ebola virus transmission, and that’s what we should focus on.«..coneixem molt poc de la transmissió de l’Ebola i aquest ha de ser el focus. I tot just avui fa un any, si no vaig errat el 23 de març de 2014, que es desfermés «sobre el paper», o que la OMS (Organització Mundial de la Salut ) reconegués oficialment, que s’estava donant el brot més mortífer d’Ebola fins ara conegut.

Però aquesta, aquesta és una altra història.

avaluació de riscos, EPI's, fomites, salut pública, virologia ambiental, virus hemorràgics

Comentaris virus-lents (93): Ebola i aerosols, una discussió no tancada.

Deja un comentario Publicado por en marzo 22, 2015

És un mantra ben repetit, per mi, per tothom durant el brot de Ébola a l’Àfrica Occidental l’any passat però encara actual, que el virus d’Ebola no és un patogen de transmissió aèria, com seria el cas del virus del xarampió (també d’actualitat, veure entrades 81, 82 i 85) o de la varicel•la. El virus d’Ebola només es podria transmetre a través de contacte directe amb fluids corporals infectats. Com a molt s’acceptava que el virus Ebola podria ser capaç de viatjar distàncies curtes (uns pocs metres) via gotetes en suspensió a l’aire però sempre com un fenomen poc freqüent, rar.
A la revista mBio, de la Societat Americana de Microbiologia, un grup d’experts (Organització Mundial de la Salut, OMS; Metges Sense Fronteres, MSF; l’Agència de Salut Pública de Canadà, etc.) ha publicat una revisió (un treball de meta-data o revisió de dades prèvies) de desenes d’estudis sobre brots humans d’Ebola i experiments amb animals, amb l’objectiu de destriar el que se sap “del cert” i el que no sap sobre la transmissió. Han conclòs que el coneixement actual no és massa complert (¡!) i que, per tant, la via aerògena (de partícules infeccioses a l’aire) en la transmissió de l’Ebola és probable que també jugui el seu paper.

En breu venen a escriure: «És molt probable que almenys cert grau de transmissió del virus Ebola es produeix actualment a través d’aerosols infecciosos generats des del tracte gastrointestinal, el tracte respiratori, o per activitats (exploracions) mèdiques, encara que això ha estat difícil de demostrar o descartar definitivament, ja que les persones exposades a l’acció dels aerosols infecciosos són també les que tenen més probabilitats d’estar a prop i en contacte directe amb un cas infectat».

A més, suggereixen que els virus Ébola tenen el potencial de convertir-se en el futur en patògens que es propaguin principalment per la via respiratòria, «particularly if extensive ongoing human transmission results in selective virus evolution.» Com ja vaig insinuar en una entrada prèvia, una extensiva i perllongada propagació del virus en humans podria resultar en una evolució vírica selectiva cap a una millor transmissió…per aire. No és cap evolució dirigida, però una epidèmia molt extensa com la que estem patint dona els virus abundants oportunitats per evolucionar en totes direccions, inclosa aquesta direcció.

Estudis de brots en humans
Els autors conclouen que el contacte directe i l’exposició a fluids corporals infectats són els principals modes de transmissió de l’Ebola. El virus Ebola es pot aïllar (fer créixer) a partir de mostres de saliva, llet materna, orina i semen de pacients infectats i l’ADN viral (no és ben el mateix, vol dir que hi ha virus però no necessàriament infecciós) s’ha trobat en femta, llàgrimes i suor i en hisops que mostrejaren el recte, la conjuntiva, la vagina i la pell. A més, les persones infectades poden transmetre el virus durant setmanes o mesos després de la recuperació. Moltes persones exposades a pacients d’Ebola poden tenir infeccions asimptomàtiques, però no és probable que passin el virus a altres persones. De la mateixa manera, persones lleugerament malaltes o en estadis inicials, poden ser capaces de transmetre el virus, però això passaria amb baixa freqüència. Per contra, els pacients en les últimes etapes de la malaltia, amb diarrea severa, vòmit, sagnat, o tos, poden ser més propensos a disseminar el virus en partícules d’aerosol de diferents mides. Alguns d’aquest pacients poden ser super spreaders o super-disseminadors, passen el virus a moltes persones. I finalment, the last but not the least, la dosi infecciosa del virus Ebola sembla ser molt baixa, potser 10 o menys partícules virals.

Estudis experimentals en animals
Els autors han trobat dades en alguns estudis que suggereixen la possibilitat de transmissió de l’Ebola a través d’aerosols.
Així, en un estudi es van inocular experimentalment micos rhesus amb virus Ebola. A la mateixa habituació, però a una distància de 3 metres, es deixaren uns micos no inoculats (micos controls). Cap possibilitat de contacte entre ells. Tanmateix dos dels tres micos control van desenvolupar la malaltia del virus de l’Ebola, 10 i 11 dies després de la mort dels micos infectats. Les úniques vies de contagi serien a través d’aerosol, esputs, o l’exposició conjuntival a gotetes carregades de virus dispersades d’una gàbia a l’altre.
En un altre estudi, 6 garrins infectats van ser col•locats prop de quatre macacos engabiats, amb una barrera que els mantenia a un mínim de 20 centímetres de les gàbies. Tots els macacos es van infectar. Els investigadors van concloure que la transmissió podria haver estat causa de la inhalació d’aerosols, però que altres rutes també eren possibles com seria les projeccions salivars sobre objectes a les gàbies.
En un tercer estudi, però, dos micos no infectats no contragueren Ebola després de ser col•locat al costat de dos micos infectats en gàbies barrades espaiades (per tant circulant aire entre elles) durant diversos dies.

Revisió d’un paradigma de control d’infeccions
L’argument dels autors sobre el virus Ebola com a possible patogen respiratori depèn en part d’una revisió del paradigma tradicional de la transmissió de patògens a través de partícules, que sosté que pot ocórrer de dues maneres: gotes grans que entren en contacte directe amb la pell o les membranes mucoses o la inhalació de petites partícules en l’aire a una certa distància de la font.
Els autors diuen que aquest model no té en compte que els aerosols infecciosos «inclouen partícules en suspensió en una àmplia gamma de mides (de petites a grans gotes) que són fàcilment inhalades per algú de peu prop del punt de generació. Per tant, la inhalació d’aerosols pot ocórrer tant prop com lluny d’una font infecciosa». De fet els autors engrandeixen, fan més ample el concepte de transmissió per aerosols. Els aerosols de mida gran, que són tan inestables a l’aire que es dipositen als pocs centímetres o desenes de centímetres aquí serien considerats font aerògena.
Un exemple que fan servir per donar pes a la seva proposta seria el cas dels norovirus (veure entrada 16). Els vòmits causats per la infecció per norovirus generen aerosols infecciosos que es projecten en totes direccions i objectes, conduint a noves infeccions, encara que els norovirus no són considerats com patògens respiratoris, és un clar patogen de transmissió fecal-oral. Una cosa semblant, suggereixen, podria succeir amb el virus d’Ebola, ja que les partícules infeccioses en suspensió es generarien a partir dels vòmits, la diarrea, o la tos.
En un experiment dissenyat per donar suport a aquest argument, els investigadors van crear aerosols de virus Ébola i van avaluar les seves taxes de deposició i inactivació. Els resultats mostraren que el virus Ébola-Zaire podia sobreviure en aerosols fins a 100 minuts, més d’hora i mitja.

Aquestes dades generen noves preguntes i dubtes, que caldrà desenvolupar i discutir en la propera entrada.

Perquè aquesta, aquesta serà una altra història.

avaluació de riscos, bioprotecció, norovirus, salut pública, virologia ambiental, virus hemorràgics

Comentaris virus-lents (92): VIH, res més perillós que la ignorància.

Deja un comentario Publicado por en marzo 18, 2015

La majoria dels nous infectats per VIH als Estats Units (EEUU) ho són a través de persones que no sabien que el portaven (que estaven infectades) o aquelles que coneixent el seu estat no estaven seguint tractament o el que seguien era inadequat.

 

Aquesta és la conclusió a la que arriba un estudi publicat a finals de febrer per la revista JAMA Internal Medicine (Skarbinski et al., 2015).

 

Aquesta conclusió portada a un valor numèric indica que les persones amb VIH sense diagnosticar i sense tractament, i per això, sense ajustar els seus comportaments i les seves pràctiques a aquesta situació, són els responsables de 9 de cada 10 nous contagis, com a mínim, per l’any analitzat 2009.

 

El tema no és precisament menor ja que als EEUU hi havia 1,1 milions de persones infectades per VIH a l’any 2009 i que cada any entren en aquest grup uns 45.000 casos nous.

 

Per fer l’estudi els investigadors dividiren la població amb VIH en cinc categories continues (una acaba on comença l’altre); les persones infectades per VIH però no diagnosticades (un 18%); aquelles persones infectades i diagnosticades però que no reben atenció mèdica (45%); les que reben atenció medica però no teràpia anti-retroviral (4%); aquells infectats i diagnosticats que reben teràpia antriretroviral però que no veuen reduïda a nivells “indetectables” la carrega viral (aprox. 7%) i finalment els infectats, diagnosticats, que reben teràpia anti-retroviral i que assoleixen la supressió viral (un 25%).

 

Únicament una quarta part dels nord-americans afectats per VIH tenen un status viral controlat mitjançant teràpies anti-retrovirals, que poden reduir la càrrega viral del pacient a nivells indetectables, molt baixos. Aquesta gent, conscienciada, probablement és també la més curosa en les seves pràctiques i relacions amb la qual cosa són les que menys contribuirien a engruixir el nombre d’infectats. Per contra, el 18% de persones no diagnosticades però infectades i el 45% de persones conscients de la seva infecció però que no reberen (voluntàriament o involuntàriament) atenció mèdica sí són actualment els principals “responsables” dels nous infectats; se’ls assigna una responsabilitat en el 30% i 61% dels nous casos, respectivament.

 

El prototip de persona responsable de transmissió de VIH per via sexual seria un home, que adquireix el VIH per via sexual mitjançant relacions homosexuals (no heterosexuals), d’entre 35 i 44 anys.

 

Les taxes de transmissió per VIH van descendint en aquesta seqüència continua de grups esmentada abans. La millora en el diagnòstic de VIH i l’enrolament més estricte de la població en les estratègies de tractament, i la reducció en les conductes de risc tant a nivell sexual com de consum de drogues, primàriament en els grups de les persones no diagnosticades i/o no receptores de teràpies anti-retrovirals, podrien tenir un efecte substancial en la transmissió del VIH als EUA, de fet, a qualsevol estat. Tanmateix resulta difícil pensar com persones que estan en risc o practiquen conductes o activitats de risc (respecte VIH) i que no es controlen, o que sabent de la seva infecció no reben (consideracions econòmiques a banda) teràpies anti-retrovirals, poden millorar de forma voluntària i consistent les seves conductes de risc i reduir la seva probabilitat de transmetre el virus.

 

Però aquesta, aquesta és una altra història.

 

Link http://archinte.jamanetwork.com/article.aspx?articleid=2130723

És un resum, l’article complert és de pagament.

 

Malalties transmissió sexual (MTS), salut pública, teràpies, VIH/SIDA

Comentaris virus-lents (91): Windows period, Una finestra oberta…a la infecció.

Deja un comentario Publicado por en marzo 14, 2015

Les infecciones no progressen com una infecció zombie, en qüestió de minuts. Entre que un patogen entra al nostre cos, independentment del portal d’entrada (mucoses, tall o abrasions a la pell, picadures de vectors, mosquits o paparres infectats) i es manifesta una simptomatologia poden passar dies o setmanes. Més encara, l’aparició del símptomes moltes vegades es posterior a la capacitat disseminadora de la persona infectada. Abans de presentar símptomes, per exemple, nosaltres podem transmetre el HIV.

Aquest període gris és també anomenant window period, o periode finestra i es pot definit com el interval de temps entre l’entrada del virus al cos i la possibilitat de traçar la seva presència al mateix cos. Aquest periode inclou la fase d’eclipse, la fase en la que el virus inicia la seva propagació i va incrementant el seu nombre.

VIH eclipse and window phases

A un virus se’l pot posar en evidència, se’l pot descobrir, per mètodes directes o indirectes. El mètode directe habitual, el que es veu a moltes series de televisió, es basa en l’amplificació d’algun segment del seu genoma, del seu ADN o ARN. Si el virus s’està propagant al cos i passa a sang, a partir d’una mostra de sang podem detectar-lo…sempre que estigui a una certa concentració. Dit d’altra manera, pot ser que el virus trigui dies en infectar prous cèl·lules perquè aquestes alliberin prous virus perquè un cop “diluïts” al torrent circulatori ens doni una concentració prou elevada como per poder-los detectar. Recordeu que agafem una mostra (1 ml, per exemple; ens cal com a mínim 1 virus en aquell ml, vol dir que hi ha 1000 virus per litre; però si processem mostres de volums inferiors, cosa molt habitual, per exemple, 0, 1ml ens calen 10.000 virus). I ara penseu que tenim 5.000 ml (5 litres) de sang al cos i incorporeu el factor probabilitat. Els virus necessaris per arribar a la detecció es tornen a multiplicar si tens en compte l’efecte del mostreig i la representativitat de la teva mostra. Ara per ara la detecció d’una unitat vírica absoluta en un teixit està fora del nostre abast.

Pel que fa al mètode indirecte habitual, els virus al propagar-se generen una resposta per part de l’organisme que, abreujant molt, implica la producció d’anticossos, alguns neutralitzants, altres no, que són l’objecte de detecció. En qualsevol cas per tècniques immunològiques podem detectar aquests anticossos, i la presència d’aquests anticossos solament s’explica per una infecció prèvia; per això parlem d’un mètode indirecte. Com a mètode indirecte és més lent, tampoc generem anticossos als dos dies d’estar infectats; triga més en poder-se fer servir, o dit a l’inrevés ens donarà una detecció negativa quan potser pel mètode directe ja tenim una senyal positiva d’amplificació de genoma. A la persona que passa a donar positiu a un test, per exemple de HIV, se li diu que ha seroconvertit, i al fenomen se l’anomena seroconversió. De vegades la seroconversió per VIH pot anar acompanyada per uns símptomes com febre, erupcions, dolors articulars… però en moltes altres infeccions per altres virus aquestes seroconversions són silents, no generen cap símptoma específic.

VIH Detectable_antibodies seroconversion

Però és que a més, en funció d’allò (antigen, anticòs, quin antígen, quin anticòs?) que es vulgui detectar, de la especificitat (la probabilitat que el test sigui negatiu si la persona no està infectada) i de la sensibilitat (la probabilitat que el test doni resultat positiu si la persona està infectada) del test immunològic i, important, de la nostra genètica i la nostra resposta immune (molt lligada també al nostre estat fisiològic) el període de temps per identificar la infecció serà variable. Un test que ens doni un resultat positiu per una persona potser ens donarà negatiu per una altra infectada al mateix temps però que encara no ha desenvolupat resposta immune (variabilitat d’hoste). Per exemple, pel que fa a les infeccions per VIH, els tests immunològics donen resultat positiu entre 30 i 60 dies (els tests més moderns ha escurçat el temps a les 2-3 setmanes) després de l’episodi d’infecció però hi ha gent que comença a donar positiu al test passats els 90-100 dies. Dos test poden donar resultats contradictoris per una mateixa mostra (variabilitat lligada a sensibilitat o especificitat del test). No hi ha cap test immunològic 100% sensible i 100% específic. De fet independentment que es facin servir test immunològics de 3era o 4a. generació, que detecten anticossos, o antígens del propi virus, és molt habitual fer una segona prova passades unes setmanes (entre 4 i 8 setmanes) d’una primera prova amb resultat negatiu.

Això té una forta implicació per la salut pública. Imaginem que ens infectem amb VIH a través d’una pràctica (o persona) de risc. No serveix de res fer-se cap prova immunològica o de PCR el dia després o la setmana després. El virus s’ha de propagar per ser detectat però des d’el moment que es propaga, un és persona potencialment (en alguns casos potentment) transmissora; ens trobem en la fase aguda de la infecció, amb càrregues víriques importants. Per tant, entre que es fa una pràctica de risc i que un es fa la prova per esbrinar si s’ha infectat o no, uns 60 dies de mitja, l’ús de condons (veure entrada 79 del blog) a l’hora de tenir sexe i el no compartir xeringues esdevé una obligació envers els altres (i envers tu mateix).

hiv-transmission

I també podriem parlar de la transmissió de VIH per derivats sanguinis, en èpoques passades.

Però aquesta, aquesta es una altra història.

hemoderivats, Malalties transmissió sexual (MTS), resposta immune, salut pública, Tècniques diagnòstiques, VIH/SIDA

Comentaris virus-lents (90): MERS Coronavirus; de mica en mica, s’esquitxa el món.

Deja un comentario Publicado por en marzo 10, 2015

Un nou cas de MERS Coronavirus (Middle East Respiratory Syndrome Coronavirus, o, MERS-CoV en breu) a Alemanya. Un turista germà de 65 anys que va regressar d’Abu Dhabi a començament de febrer, va emmalaltir el 10 de febrer, i va tenir que entrar a la unitat de cures intensives una setmana després. Dues mostres preses en dies diferents han detectat el virus. Actualment el seu estat és greu però estable.

S’han rastrejats tots els contactes (persones properes) possibles del malalts però fins ara no s’han identificat casos addicionals. No ha de sorprendre perquè aquest virus no sembla fàcilment transmissible entre humans.

Actualitzant les comptes d’entrades prèvies (veure entrades 7, 42 i 56), ja s’han superat el miler d’infectats amb una mortalitat que es troba a la vora de les 400 persones (una taxa del 38-40%).

Un problema addicional de la infecció per MERS coronavirus però també de moltes altres infeccions víriques es troba en que els primers símptomes no són específics (febre, mal de cap, tos, dificultat al respirar, etc., qui no s’ha trobat així alguns cops els darrers mesos?). Únicament si progressen els símptomes i amb la suma de factors de risc (com haver estat per la Península Aràbiga) el diagnòstic es pot focalitzar cap un ventall estret de possibles agents causals.

És evident que aquest virus és especialment perillos per aquelles persones que tenen un status de salut més precari, com persones diabètiques, amb insuficiència renal, malalties pulmonars cròniques o persones immunocompromeses. Per aquestes, les precaucions si viatgen a la zona afectada (Península Aràbiga) han de ser màximes.

dromedaris sampling _77511930_scientiststestingcamelsinthedesert3-copy

Ara per ara la única via clara i consistent de transmissió del virus és el contacte proper amb camèlids, o amb granges o mercats on aquests animals s’hi trobin. Una neteja acurada de les mans abans i desprès de tocar els animals, i defugir el contacte amb animals que mostrin secrecions nasals aparents són conductes que ajuden a prevenir el contagi.

dromedari de front

Ja que es considera el camell (i el dromedari) com la font primera també es demana evitar el consum de llet de camells o de carn dels esmentats animals, si no ha estat adequadament preparada, cuinada.

La transmissió el virus no acaba de baixar a la Península Aràbiga, per tant el virus continua circulant entre els ramats de camells (i potser en altres animals) i fa ocasionals esquitxos o vessaments al compartiment humà. Per cada dia, per cada infectat, el virus va variant de forma lleugera, de forma “cega”, “aleatòria” (per una lleugera introducció veure entrada 34). Però pot ser que en alguna d’aquestes variacions assoleixi una millora adaptativa (una millor capacitat de transmissió a humans, per exemple, o una major virulència) i el vessament és faci més greu.

 

Però aquesta, aquesta és una altra història.

MERS Coronavirus, reservori animal, salut pública, variabilitat vírica, virologia ambiental, Zoonosi

Comentaris virus-lents (89): Delivering on the cutting edge of the sword, Categoria A (i 2).

Deja un comentario Publicado por en marzo 7, 2015

Reprenem allò que vam iniciar a l’entrada 84 fa unes setmanes. Quan enviem una mercaderia perillosa (unes mostres d’un virus de febre hemorràgica, com el virus de la febre de la vall del Rift o, perquè no, unes espores de Bacillus anthracis, o un cultiu de Mycobacterium tuberculosis o unes suspensions víriques de influenza aviar altament patògena) contraiem una sèrie d’obligacions. Aquest és un extrem que no està gens clar per molt personal de centres de recerca o  instituts. L’expedidor té la responsabilitat de classificar adequadament les substancies infeccioses; denominar-les correctament fent servir la corresponent designació oficial de transport i el corresponent numero (codificació) de les Nacions Unides (UN); empaquetar-les correctament; etiquetar el paquet corresponent amb les marques o etiquetes pertinents; generar tota la documentació de transport necessària pel transportista però també per les duanes (sí, a Europa encara cal passar duanes, particularment per materials infecciosos, sí tenim alguna cosa a declarar); contactar i acordar el transport amb el transportista i notificar al receptor de la sortida del paquet.

KIDS62AWR

Déu n’hi do, no? I semblava fàcil enviar un paquet. Si no ho fem tot correctament correm el risc que el nostre paquet no arribi o es retardi de tal manera que deixi de ser útil (per dubtes a nivell del propi transportista o bé per quedar bloquejat a duanes que demana més documentació o explicacions). Recordem que el material infecciós a més de perillosos acostuma a ser força “fràgil” o “inestable”. Si se’ns descongela el material infecciós transportat en neu carbònica (diòxid de carboni sec) la mostra pot perdre les seves qualitats en qüestió d’hores o dies.

Es distingeixen 9 classes de mercaderies perilloses. Pels que gestionem el transport de material infecciós ens interessen principalment tres classes: la classe 3 de inflamables; la classe 6 d’infecciosos i tòxics i la classe 9 la miscel·lània de mercaderies perilloses (on es troba la neu carbònica).

Si ens centrem en la classe 6 distingim entre toxines o tòxics (Divisió 6.1) i materials infecciosos (Divisió 6.2). El tema es complica perquè dintre de la divisió 6.2 distingim diferents categories; les substancies infeccioses (o materials de Categoria A); les substàncies biològiques (epp! també són infeccioses, descrites com materials de Categoria B); els productes biològics; els organismes i microorganismes modificats genèticament; els residus mèdics o clínics i els espècimens exemptes de pacients humans o animals…Ens agrada molt fer caixetes!!

InfectiousSymbol

Baixen un graó més al detalls i parlem de la categoria A, i deixem la categoria B per una futura entrada. La categoria A es definida com una substància infecciosa que en ser transportada, si es donés una exposició a l’exterior, seria capaç de causar incapacitat permanent, o malalties mortals o molt greus en essers humans o animals sans, immunocompetents. La designació oficial de transport d’aquestes substàncies quan afecten a humans (i animals) es Infectious substance, affecting humans, mentre que el seu codi de Nacions Unides és el UN2814. Si l’agent infecciós afecta exclusivament a animals, no pot infectar humans, la designació oficial de transport és Infectious substance, affecting animals, amb codi UN2900. Per cert no busqueu una lògica en els codis, no la té.

I de quines substàncies estem parlant (per variar en lloc de posar-vos el link us deixo el llistat). Doncs per Infectious substance, affecting humans, amb UN2814 tenim:

  • Bacillus anthracis (solament cultius)
  • Brucella abortus (solament cultius)
  • Brucella melitensis (solament cultius)
  • Brucella suis (solament cultius)
  • Burkholderia mallei – Pseudomonas mallei – Glanders (solament cultius)
  • Burkholderia pseudomallei – Pseudomonas pseudomallei (solament cultius)
  • Chlamydia psittaci – avian strains (solament cultius)
  • Clostridium botulinum (solament cultius)
  • Coccidioides immitis (solament cultius)
  • Coxiella burnetii (solament cultius)
  • Crimean-Congo hemorrhagic fever virus
  • Dengue virus (solament cultius)
  • Eastern equine encephalitis virus (solament cultius)
  • Escherichia coli, verotoxigenic (solament cultius)
  • Ebola virus
  • Flexal virus
  • Francisella tularensis (solament cultius)
  • Guanarito virus
  • Hantaan virus
  • Hantavirus causing hemorrhagic fever with renal syndrome
  • Hendra virus
  • Hepatitis B virus (solament cultius)
  • Herpes B virus (solament cultius)
  • Human immunodeficiency virus (solament cultius)
  • Highly pathogenic avian influenza virus (solament cultius)
  • Japanese Encephalitis virus (solament cultius)
  • Junin virus
  • Kyasanur Forest disease virus
  • Lassa virus
  • Machupo virus
  • Marburg virus
  • Monkeypox virus
  • Mycobacterium tuberculosis (solament cultius)
  • Nipah virus
  • Omsk hemorrhagic fever virus
  • Poliovirus (solament cultius)
  • Rabies virus (solament cultius)
  • Rickettsia prowazekii (solament cultius); Rickettsia rickettsii (solament cultius)
  • Rift Valley fever virus (solament cultius)
  • Russian spring-summer encephalitis virus (solament cultius)
  • Sabia virus
  • Shigella dysenteriae type 1 (solament cultius)
  • Tick-borne encephalitis virus (solament cultius)
  • Variola virus
  • Venezuelan equine encephalitis virus (solament cultius)
  • West Nile virus (solament cultius)
  • Yellow fever virus (solament cultius)
  • Yersinia pestis (solament cultius)

I per Infectious substance, affecting animals, amb codi UN2900.

  • African swine fever virus (solament cultius)
  • Avian paramyxovirus Type 1–Velogenic Newcastle disease virus (solament cultius)
  • Classical swine fever virus (solament cultius)
  • Foot and mouth disease virus (solament cultius)
  • Lumpy skin disease virus (solament cultius)
  • Mycoplasma mycoides – Contagious bovine pleuropneumonia (solament cultius)
  • Peste des petits ruminants virus (solament cultius)
  • Rinderpest virus (solament cultius)
  • Sheep-pox virus (solament cultius)
  • Goatpox virus (solament cultius)
  • Swine vesicular disease virus (solament cultius)
  • Vesicular stomatitis virus (solament cultius)

Mireu que en molts casos es parla de “solament cultius”. Això vol dir que afecta a material propagat o crescut intencionadament, i per tant amb un alt títol, és a dir, moltíssimes partícules víriques per mil·lilitre. Per tant una mostra directa d’un animal o persona infectada no entraria en aquesta definició. Així una mostra d’una persona infectada amb Rift Valley fever virus no és tècnicament categoria A, però si fem créixer aquesta mostra en un sistema experimental, si l’enriquim, sí que passa a categoria A. Això no val per l’Ebola, i altres virus hemorràgics com Marburg, on tot material és categoria A, independentment el fem créixer o no. Una mica gris tot plegat, no?

Bones i llargues llistes, eh? Doncs no tant. No trobeu que manquen alguns virus? Llegiu la llista altre cop, i penseu. La solució…al final.

De tota manera a l’hora d’enviar el material es segueix la norma del triple embalatge o triple packaging. El primer conté el patogen; aquest envàs ha de ser rígid i hermètic. Aquest envàs ha de trobar-se dintre d’un segon envàs, també estanc (però no necessariament rígid) que ha de contenir també prou material absorbent per retenir el material infecciós si l’envàs primari es trenqués. Finalment l’envàs secundari es trobi dins d’un envàs terciari que ha de mostrar al seu exterior totes les identificacions i marcatges necessaris per poder saber que hi ha dins sense obrir el paquet. Aquests materials i embalatges porten uns marcatges específics que ens donen seguretat que han estat testats per aguantar caigudes lliures de 8-9 metres, fortes diferencies de pressió, gran estanquitat i altíssima resistència a les punxades o penetracions.

Category A parcel-3 containers

Les quantitats estan força limitades, a 50 g per enviament. I també hi ha una restricció a la mida del paquet que ha de mesurar més de 10 cm per cadascuna de les dimensions; això es fa per garantir que el paquet serà prou gran i per tant basant visible i localitzable.

I els virus us pregunteu? Heu vist al llistat el SARS Coronavirus (veure entrada 37)? I el MERS Coronavirus (veure entrades 7, 42 i 56)? El primer provocà un alerta molt seriosa entre el 2002 i el 2003 mentre el segon, amb una mortalitat per sobre del 30%, està ben actiu actualment a tota la Península Aràbiga. I això porta al lema final; que un material no estigui al llistat de categoria A no impedeix que el puguem classificar com a tal, si considerem que pot suposar un risc massa elevat. Això però, encareix molt el preu de l’enviament i la gestió dels permisos. Zones grises, zones grises.

Però aquesta, aquesta és una altra història.

Hantavirus, Influenza aviar H5N1, MERS Coronavirus, salut pública, SARS coronavirus, transport mat. infecciós, virus hemorràgics, Zoonosi