comentarisviruslents

Aquest blog és una seguit de comentaris personals i probablement poc transferibles sobre ciència i política.

Archivos en la Categoría: VIH/SIDA

Comentaris virus-lents (219): Tota notícia sobre bioseguretat és susceptible de ser millorada.

 

Al fil de la notícia publicada pel diari ARA aquest diumenge, veure enllaç a…. https://www.ara.cat/societat/Foradant-hermetisme-biosegurat_0_2160983908.html …és bo fer algunes precisions i correccions.

 

Encara que no hi ha cap estàndard internacional, la nomenclatura P3 per anomenar un centre d’alta seguretat biològica, és una de les que s’evita més, d’origen és francesa; és més freqüent NBS3, NCB3, BSL3, CL3, etc.

 

Una màxima dels equips de protecció individual (EPIs) és que no traspassi (els guants han de ser impermeables, els vestits repel•lents als fluids; els vestits per #Ebola són de fet tant impermeables que no són gens transpirables) i així no s’entén perquè es fan servir guants “porosos” com diu la redactora quan la indumentària està feta de material repel•lent. Potser l’autora volia dir “no porosos” que és el que són el nitril, el vinil i fins a cert punt el làtex, que són els materials que es fan servir per fabricar els guants de laboratori i que han d’estar homologats i assajats.

 

Les mascaretes que es veuen a les fotos són mascaretes quirúrgiques que NO són EPIs i que serveixen més per protegir mostres que no als usuaris perquè no segellen amb la pell de la cara.

 

Això és lògic perquè VIH no és de transmissió aerògena; si es treballés amb patògens com el coronavirus del MERS, o el virus Chikungunya, o West Nile, o els virus de la grip aviària altament patogènica (HPAI), sí caldrien “autèntiques” mascaretes autofiltrants o respiradors, i aquí caldria discutir si les necessiten FFP1, FFP2 o FFP3 (habitualment aquesta darrera és la prescrita ja que dona la major protecció).

 

I, en efecte, un laboratori P3 (mal dit, recordeu) és un laboratori d’alta contenció per distingir-los de BSL4 o laboratoris de MÀXIMA contenció. En ells, les Cabines de Seguretat Biològica (CSB) són obligatòries SEMPRE que es manipulen mostres, no sols si es volen “fer créixer les cèl•lules infeccioses”. És a dir, tota obertura de vials amb mostres, siguin cultius o mostres d’animals o persones, es fa dintre de les cabines.

 

Aquestes CSB, també dites “muntatges” per la redactora (?), SÍ poden tenir una sortida d’aire externa (no és recomanable, però) i filtren l’aire (correcte) a traves de filtres HEPA (correcte) i el tornen a abocar a la sala on s’hi treballa (i això no es menciona). Aquest aspecte ÉS important perquè vol dir que les CSB HAN d’estar adequadament mantingudes i revisades perquè si no, a la llarga, abocaran aire contaminat a la zona de treball, on es troba l’operador/a.

 

Una instal•lació NBS3 ha d’estar en pressió negativa (correcte, -35 pascals en aquest cas). Però de pressions negatives n’hi ha tantes com instal•lacions ja que no hi ha un estàndard establert. En alguns casos, si el centre és complex i té zones específiques, és habitual la existència d’un gradient de pressions negatives en cascada; dins el mateix centre pots tenir fins a vuit-nou tipus diferents de sala en funció de la seva pressió negativa; la màxima pressió negativa s’assigna a la sala amb risc més alt, que en un centre com el que treballo, CReSA, correspon a la sala de necròpsies).

 

englisch_biostoffv-G-wordml02000001

 

Però un centre d’alta biocontenció, o NBS3, HA de tenir una filtració absoluta de sortida; no pot haver un centre d’alta seguretat que NO tingui filtració HEPA de sortida; i en principi els filtres de les CSB no compten. El que no és prescriptiu però sí recomanable és una filtració HEPA d’aire d’entrada, però sí es obligatòria filtració absoluta de sortida que alguns centres doblen, tenen dues etapes independents.

 

I correcte, la norma és que “cap investigador hauria de treballar sol” sobre tot amb material altament infecciós i és per això que en cas de fer-ho es poden fer servir sistemes d’home caigut o mort,… que és el que es menciona al darrer paràgraf, i que no s’estan “popularitzant” en el sentit que es fan servir solament en casos concrets.

 

Finalment, una greu errada conceptual és què ha de garantir una laboratori de bioseguretat. No és “que la salut del personal no s’exposi a cap greuge i que el material que s’hi processa es mantingui estèril i net” si no… “que la salut del personal no s’exposi a cap greuge (?) i que RES infecciós surti de la instal•lació” Ras i curt.

 

Per la resta sempre és bo que s’expliqui el que és la bioseguretat i com s’hi treballa. Bons desitjos i millors execucions al @diariara en aquest camp.

 

Però aquesta, aquesta és una altra història.

Comentaris virus-lents (156): Arbovirus i transfusions; Zika és possible.

A diferència del virus de la immunodeficiència humana i els virus de la hepatitis B i C, el perill dels quals, a nivell transfusional, ve de segments de població que funcionen com a transportadors o carriers, amb taxes d’infecció relativament baixes i estables i que poden estar fent donacions sense conèixer el seu status infectiu, molts arbovirus causen curtes virèmies, asimptomàtiques a més, en poblacions amb una incidència infectiva amb grans pics, amb muntanyes i valls, moltes vegades dependents de l’època de l’any, que activa o dorm els seus vectors. Aquesta freqüència variable, estacional dependent de la temperatura i de la pluviositat afegeix una complicació addicional a l’hora de valorar el seu perill transfusional.

No és un tema menor; coneixem molt més d’un centenar d’arbovirus i la majora de ells són susceptibles de transmissió per derivats sanguinis, en tant que generen virèmies significatives. A més, moltes de les infeccions per arbovirus són asimptomàtiques o bé generen un quadre de símptomes difús, amb febre i malestar, poc específic. S’està dient que el 80% aproximadament de les infeccions per Zika son asimptomàtiques; bé, aquest és el mateix percentatge que s’assignava a West Nile Virus l’any 2005 (per més detalls, http://wwwnc.cdc.gov/eid/article/11/8/05-0289b_article). I aquesta gent asimptomàtica no té cap motiu per no continuar fent donacions de sang, entrant sang al circuit. Posem un esquema i treballem sobre aquest…

Virèmia arbovirus-3

 

Aquesta gràfica mostra la virèmia i posterior generació d’anticossos en un infectat prototípic de virus de la febre del Nil Occidental (West Nile Virus). Recordem que, ara per ara, la virèmia de Zika està establerta en una setmana aproximadament; la gràfica és del tot escaient. MP-NAT i ID-NAT fan referència a tècniques de detecció d’àcids nucleics del patogen en minipools (MP), o grups de 3-5 donacions; ID-NAT fa referència a les mateixes tècniques aplicades a donació individual; les línies horitzontals en ambdós casos fan referència a la seva capacitat de detecció; allò que estigui per sobre de la línia podrà ser detectat per la tècnica, allò que estigui per sota no, i per tant estarem donant un fals negatiu; un positiu real que donem com a negatiu. La cinètica de distribució normal amb una llarga cua a la dreta fa referència a la virèmia, el nombre de virus per ml, expressat aquí pel seu genoma, ARN. Com veiem puja sense aturador des de la fiblada del mosquit fins a dia 5, s’estabilitza (dia 6) i comença a baixar a plom, de manera que a dia 9 ja es troba per sota del nivell de detecció de les tècniques de MP-NAT. A partir de dia 8 es comença a manifestar o observar la resposta immune humoral mitjançant la producció d’anticossos, inicialment IgM, pocs dies després IgG.

Habitualment, en els centres de donacions i bancs de sang, s’acudeix a tècniques MP-NAT. Si aquesta tècnica s’aplica a un donant asimptomàtic (recordem que el 80% de les infeccions son asimptomàtiques) que està a dia 1, 2 o bé a partir de dia 9 després de la fiblada d’un mosquit carregat de WNV, aquesta sang entrarà en el circuit sense aixecar cap alarma. MP-NAT ens xiula positivitats a partir d’aprox. 102, és a dir, 100 genomes per ml de sang; tot el que estigui per sota no serà detectat. Aquí torna a jugar el seu paper la dosi infecciosa mínima, quina càrrega viral cal per iniciar la infecció. Honestament, no la conec amb certessa, i pot ser molt difícil d’establir perquè probablement és hoste depenent.

Però no divaguem. Tornem a la gràfica; si en lloc de fer servir MP-NAT féssim servir ID-NAT milloraríem força la seguretat (i incrementarien molt el cost dels assajos) però encara i així, durant el primer dia i pels darrers dies de virèmia estaríem donant resultats negatius incorrectes.

Finalment si el nostre infectat desenvolupés simptomatologia, que pel cas de WNV estaria entre 3 i 10-12 dies després de la fiblada del mosquit, encara tindria un període de 3-4 dies, entre la fiblada i l’aparició de febre i altres símptomes, en el que podria donar, i únicament a partir de dia 2, altre cop, les tècniques MP-NAT el detectarien. A partir de la manifestació dels símptomes s’entén, per responsabilitat, que ni el donant doni sang ni el centre de donants li accepti la donació; les tècniques, doncs no s’aplicarien al no haver donació.

Per tant, i com a comentari general, és impossible que en una població amb una certa afectació d’infecció arboviral no entrin algunes donacions que continguin virus infecciosos.

Com podríem preparar-nos abans i durant un gran brot?

Amb un seguit de mesures: assaig de les donacions per NAT (nucleic acid tecniques; en altres paraules detecció per amplificació d’àcids nucleics de seqüències específiques dels virus que estem cercant; preferentment assajos multiplexs que permetin amb una sola reacció detectar o no múltiples patògens alhora); aquestes NAT podrien aplicar-se a minipools en períodes tranquils però quan estiguéssim en un episodi d’increment de circulació arboviral de la població caldria passar a ID-NAT; desenvolupant i mantenint al llarg del temps sistemes de vigilància capaços de detectar infeccions transfusionals; i fent investigacions retrospectives sobre els receptors de productes sanguinis de donants pels que s’acaben confirmant infeccions arbovirals.

Però també, en un brot desfermat, quan i on (mitjançant un algoritme de risc) cal aturar les donacions o recol·lecció de sang i a on recorrerem per mantenir el subministrament; en situacions més calmades, abans d’un brot, com ajornar donacions de persones que han viscut o han viatjat a àrees epidèmiques (per exemple, ara mateix Canadà estableix un període de 21 dies, i EEUU de 28 dies, per poder fer donacions si hom ha estat en zona epidèmica de Zika). I en tot moment, mantenir l’eficàcia i eficiència dels mètodes o etapes d’inactivació que es van començar a instaurar amb l’adveniment de la Síndrome de la Immunodeficiència Adquirida (SIDA); aquestes etapes han fet extremadament segurs derivats sanguinis com els factors de coagulació, les immunoglobulines intravenoses, etc., que s’obtenen a partir del plasma. Però cal tenir mètodes eficients i eficaços per a tots els derivats, inclosos aquells més làbils, o amb menys processat, com poden ser els components cel·lulars del fraccionament; plaquetes o eritròcits.

I el repte definitiu; tot això s’ha de fer econòmic, i fàcil tècnicament, per poder-se implantar sense problemes als països afectats que no estan habitualment en una bona situació econòmica.

Però aquesta, aquesta és una altra història.

Comentaris virus-lents (155): Zika i sang? Elemental, doctor…

Noticia de premsa…

http://www.reuters.com/article/us-health-zika-brazil-blood-idUSKCN0VD22N

Pot semblar alarmista?

Infectats de Zika per transfusió? Doncs sí, i no cal considerar això una noticia alarmista “per se”. Qualsevol virus que genera virèmia, presencia de virus a sang i sobre tot aquells casos en els que la virèmia avança en uns quants dies a la manifestació de simptomatologia clínica, o és manté després de la resolució d’aquesta, pot passar a les donacions de sang i els seus hemoderivats corresponents. Una persona malalta no anirà a donar sang; una persona aparentment sana port donar sang i trobar-se malalta un o dos dies després i no té ja cap control sobre la seva sang.

Cap control? Ell, o ella no, però hi ha tota una estructura que està dissenyada, des de l’adveniment de la SIDA per blocar la presencia dels virus “coneguts” a les donacions i, com una segona barrera, unes tècniques dissenyades per inactivar-ne a eliminar-ne els que puguin passar els filtres diagnòstics, entre ells els virus desconeguts, aquells que encara no cerquem. Son tractaments diversos que s’apliquen als derivats sanguinis com factors de coagulació, immunoglobulines, etc. Per saber-ne més al respecte podeu anar a les entrades 66 https://comentarisviruslents.org/2014/11/17/comentaris-virus-lents-66-inactivacio-virica-el-sant-greal-1/ i 67 https://comentarisviruslents.org/2014/11/23/comentaris-virus-lents-67-inactivacio-virica-el-sant-greal-2/ .

Blood dosis

Per tant Zika es pot transmetre per sang? Sí. És aquesta via rellevant? No. És la meva opinió, però; el control sobre les donacions i la segregació que se’n fa per tècniques d’amplificació de àcids nucleic per retirar les donacions individuals infectades redueix molt aquesta possibilitat. Que això passi el primer quadrimestre del 2015 permet raonar que en aquell moment Zika no era un “problema” tan greu i no mereixia ser cercat a la sang. Si ho és, i es cerca ara, ja us dic jo que poc Zika arribarà a sang o hemoderivats en format final. Comparativament la via sexual aportarà molts més casos, perquè al recaure en individus i accions “aleatòries” i actes impulsius (molts cops) i no haver en molts casos una educació sexual adequada o un subministrament efectiu de mesures preventives, farà aquesta via molt més incontrolable.

A més, aquesta via, a través de la sang, ja va ser reportada a l’epidèmia de Zika de 2013-2014 a la Polinèsia Francesa (per localització veure mapa més avall). Si voleu llegir l’article en anglès, l’enllaç és … http://www.eurosurveillance.org/ViewArticle.aspx?ArticleId=20761 . Un resum? El més gran brot fins el de Sud-Amèrica, amb més de 28.000 afectats, un 11% de la població. El que van fer aquestos investigadors va ser molt senzill; assumint la posibilitat de virèmia i pas del virus a les donacions van assajar retrospectivament (a toro pasado) la presència de virus a més de 1500 donacions individuals i van trobar-ne que 42, un 3% aproximadament, eren positives. Les donacions s’agafaren…  only from voluntary donors who are asymptomatic at the time of donation, justament el que deiem abans.

French_Polynesia_on_the_globe_(French_Polynesia_centered)_svg

A més els investigadors es molestaren en sequenciar el virus que aïllaren de les donacions i van veure que tenia una homologia del 99,6% amb la seqüència inicialment reportada del virus al començament del brot. Blanc i en ampolla? Sí, en efecte.

Els donants que resultaren positius a Zika van ser trucats telefònicament per investigar si havien patit amb posterioritat a la donació una síndrome febril compatible amb Zika (erupcions cutànies, conjunctivitis, artralgia). Dels 42 donants positius per amplificació d’àcids nucleics (AN) assajats, 11 van declarar que havien experimentat una síndrome d’aquesta mena entre 3 i 10 dies després que donaren sang.

Fins a la data de l’estudi, publicat a mitjans d’abril del 2014, no es van registrar cap infecció per Zika post-transfusional en aquells malalts receptors de lots o dosis de sang positiva a Zika per tècniques de biologia molecular. No tinc més dades però sembla que cap de les dosi conflictives va propagar la infecció més enllà.

Això ens recorda un paradigma en aquest camp i és que una senyal positiva en biologia molecular no correlaciona al 100% amb la infectivitat; i un segon paradigma, i és que tota infecció és habitualment dosis dependent; per sota d’un llindar no hi ha efecte.

Però aquestes, aquestes són altres històries.

Comentaris virus-lents (122): IRTA-CReSA una estructura capital cada cop més internacional.

El Global Virus Network ha acceptat a IRTA-CReSA, Centre de Recerca en Sanitat Animal com a centre de ple dret, centre d’excel·lència, a la seva xarxa de centres i institucions capdavanteres a nivell mundial en l’àmbit de la virologia.

GVN black-logo

La incorporació de CReSA, un centre molt jove, de fet el més jove que s’ha integrat al Global Virus Network, es deu a la seva consideració com a líder internacional en la recerca en sanitat animal i de les seves implicacions en la salut humana. GVN considera que les instal·lacions de nivell de bioseguretat 3 de CReSA, a l’avantguarda en solucions tècniques i procedimentals, juntament amb l’equip humà, amb grups de recerca multidiciplinar que cobreixen des de la ciència bàsica a la ciència més aplicada, faculten a CReSA per estar dins d’aquesta selecta xarxa. Més quan aquests grups cobreixen camps diversos com la epidemiologia, el desenvolupament de vacunes i eines diagnòstiques, sobre, entre altres, malalties zoonotiques notificables (de declaració obligatòria) como el West Nile virus, Rift Valley Fever virus, la influença aviar altament patògena i darrerament, el MERS coronavirus; altres d’exclusivament humans, com Chikungunya, i d’altres exclusivament animals, com el virus de la Llengua Blava, el virus Schmallenberg, el PRRSV, el virus de la síndrome respiratòria i reproductora porcina, el circovirus porcí de tipus 2 o la influença porcina; i un coneixement profund i pràctic de com manegar temes o problemàtiques de bioseguretat, biocontenció envers patògens en alguns casos prou letals.

El GVN es creà el 2011, per una iniciativa d’uns pocs centres de recerca i investigadors, animats per la creença de l’existència d’una necessitat de enfortir les xarxes globals envers les malalties virals. L’esperit de la iniciativa era lligar, apropar, centres de recerca excel·lents que treballessin amb virus que afecten als éssers humans per potenciar les col·laboracions i proveir amb una educació puntera a la propera generació de viròlegs, allà on es trobessin. Els viròlegs mèdics, els metges que es dediquen a la virologia comprenen cada cop més l’enormitat de l’amenaça (sovint mortal) en la que ens posen els virus existents, els que emergeixen i els que reemergeixen, i veuen el GVN com una eina que apropa la virologia animal, les malalties zoonotiques, i la relaciona amb la virologia mèdica humana. En 4 anys, 34 centres d’excel·lència en 24 països han estat admesos. CReSA acompanya des de fa uns mesos al Robert Koch Institute, al Karolinska Intitute; al Pirbright Institute, a la Fundació Osvaldo Cruz, la John Hopkins School, el Craig Venter Institute, The Scripps Research Institute, la University of Texas Medical Branch-Galveston, però també centres a la India, Japó, etc. No estan tots els que calen, potser; però tampoc estan tots els que han picat a la porta perquè els requisits d’admissió són alts.

Una iniciativa que de segur millorarà els nostres coneixements teòrics però també pràctics sobre les malalties virals zoonotiques emergents o re-emergents. Perquè cal estar preparat per allò inesperat, que a la virologia és el pa de cada dia.

Però aquesta, aquesta és una altra història.

Comentaris virus-lents (113): El ABC del bioterrorisme.

Què és el bioterrorisme? Aquell terrorisme que vol treure profit de l’efecte de l’alliberament o disseminació intencional de virus, bacteris o toxines, ja siguin naturals o prèviament modificats per l’ésser humà.

El focus no ha de ser necessàriament l’ésser humà. El focus pot estar en els animals o les plantes ja que a un estat, a una població, se la pot posar de genolls també per fam. Recordeu l’epidèmia del virus de la febre aftosa (foot-and-mounth disease virus) a Gran Bretanya el 2001 i el trasbals econòmic que suposà per un país desenvolupat que no tenia d’enfrontar-se a una segona crisi simultània, com seria una guerra.

En condicions “ideals” l’agent ha estat modificat per la mà humana incrementant la capacitat de generar malaltia, o la seva resistència a factors ambientals o a medicines, o millorant la seva capacitat de disseminació. “Idealment” també, interessen agents que tinguin una certa latència, que generin el seu efecte passats alguns dies per dificultar o impossibilitar la recerca epidemiològica posterior. Aquests llargs períodes d’incubació, a més, permetent una més gran penetració de la infecció a la població abans de que sigui possible cap diagnòstic. Així, un únic disseminador (bioterrorista) podria assolir diversos objectius (alliberar l’agent biològic) en diferents llocs abans que l’atac no fos ni tan sols sospitat pel sistemes de vigilància. Encara que un nombre important de persones comencessin a manifestar símptomes no específics pocs dies després de l’atac, a la comunitat mèdica li costaria un cert temps (dies o setmanes) en unir les peces del trencaclosques i provar l’origen bioterrorista de l’epidèmia. Les vies de disseminació són totes les possibles; aire, aigua o menjar.

bioterrorism

L’atractiu dels agents biològics ve de que són relativament fàcils i barats d’obtenir, es poden disseminar amb certa facilitat, i generen una disrupció, un pànic, una histèria, un caos en la població que pot ultrapassar llargament l’efecte real del brot o de la malaltia. Tanmateix l’ús convencional al camp de batalla clàssic té importants limitacions; els patògens no distingeixen banderes i no destrien entre les forces enemigues i les pròpies; ni tampoc entre la població pròpia i l’aliena.

El bioterrorisme no necessàriament cerca causar un nombre gran de morts immediates per fer efectiu; de fet, la majoria del agents biològics estan etiquetats com “agents incapacitants”, que no produeixen malalties letals. Són més “efectius” si incapaciten i posen en tensió els sistemes de salut a l’inundar-los de centenars o milers de malalts infectats, ultrapassant les reserves de medicaments o altres mesures terapèutiques i les instal·lacions d’aïllament o contenció.

Als Estat Units, els agents biològics que tenen potencial per suposar una amenaça greu per la salut i la seguretat pública son etiquetats com “select agents”, o “agents selectes”.

El Centre de Control de Malalties (Center for Disease Control, CDC) divideix aquests agents en 3 categories; A, B i C. Anem per parts:

  • Categoria A: Agents d’alta prioritat, que poden transmetre’s i disseminar-se fàcilment, resultant en altes taxes de mortalitat, amb un fort impacte a la salut publica, i potencials generadors de situacions de pànic. Dintre d’aquest grup es troba Francisella tularensis (causant de la tularèmia), Bacillus anthracis (àntrax), el virus de la verola, la toxina botulínica, Yersinia pestis (causant de la pesta bubònica, veure entrades 69 i 73), i els virus de febres hemorràgiques (no solament Filovirus, com Ebola i Marburg, si no també Arenavirus, com els virus Lassa i Machupo).
  • Categoria B: Agents amb moderada capacitat de transmissió i disseminació i baixes taxes de mortalitat. Dintre d’aquest grup es troben especies de Brucella, Burkholderia, Rickettsia, Coxiella, Chlamydia; Vibrio cholerae (el bacteri, que no virus, del colera), Cryptosporidium parvum; i bacteris de transmissió alimentària com especies de Salmonella, Shigella, Staphylococcus aureus o Escherichia coli enteropatogèniques com la E.coli O157:H7.
  • Categoria C: patògens “naturals” emergents que poden ser manipulats per afavorir la seva disseminació massiva; o agents fàcils d’obtenir o produir, amb altes taxes de mortalitat o amb potencial impacte en salut pública. Dintre d’aquest darrer grup tindríem els Hantavirus (veure entrades 10 i 102), els virus Nipah (veure entrada 102), el SARS coronavirus (veure entrades 35, 36 i 37), o el VIH/SIDA (veure entrades 79, 91, 92, 98 i 104).

De bastant d’ells hem parlat a diferents entrades del blog. Feu una cerca per categories i trieu…si voleu.

Els agents de la categoria A mereixeran una entrada especifica al blog, properament.

Realment ells, els patògens, passaven per allà, bé, ells ja hi eren i som alguns de nosaltres els que els forcem la mà.

Però aquesta, aquesta és una altra historia.

Comentaris virus-lents (113): El ABC del bioterrorisme.

Què és el bioterrorisme? Aquell terrorisme que vol treure profit de l’efecte de l’alliberament o disseminació intencional de virus, bacteris o toxines, ja siguin naturals o prèviament modificats per l’ésser humà.

El focus no ha de ser necessàriament l’ésser humà. El focus pot estar en els animals o les plantes ja que a un estat, a una població, se la pot posar de genolls també per fam. Recordeu l’epidèmia del virus de la febre aftosa (foot-and-mounth disease virus) a Gran Bretanya el 2001 i el trasbals econòmic que suposà per un país desenvolupat que no tenia d’enfrontar-se a una segona crisi simultània, com seria una guerra.

En condicions “ideals” l’agent ha estat modificat per la mà humana incrementant la capacitat de generar malaltia, o la seva resistència a factors ambientals o a medicines, o millorant la seva capacitat de disseminació. “Idealment” també, interessen agents que tinguin una certa latència, que generin el seu efecte passats alguns dies per dificultar o impossibilitar la recerca epidemiològica posterior. Aquests llargs períodes d’incubació, a més, permetent una més gran penetració de la infecció a la població abans de que sigui possible cap diagnòstic. Així, un únic disseminador (bioterrorista) podria assolir diversos objectius (alliberar l’agent biològic) en diferents llocs abans que l’atac no fos ni tan sols sospitat pel sistemes de vigilància. Encara que un nombre important de persones comencessin a manifestar símptomes no específics pocs dies després de l’atac, a la comunitat mèdica li costaria un cert temps (dies o setmanes) en unir les peces del trencaclosques i provar l’origen bioterrorista de l’epidèmia. Les vies de disseminació són totes les possibles; aire, aigua o menjar.

bioterrorism

L’atractiu dels agents biològics ve de que són relativament fàcils i barats d’obtenir, es poden disseminar amb certa facilitat, i generen una disrupció, un pànic, una histèria, un caos en la població que pot ultrapassar llargament l’efecte real del brot o de la malaltia. Tanmateix l’ús convencional al camp de batalla clàssic té importants limitacions; els patògens no distingeixen banderes i no destrien entre les forces enemigues i les pròpies; ni tampoc entre la població pròpia i l’aliena.

El bioterrorisme no necessàriament cerca causar un nombre gran de morts immediates per fer efectiu; de fet, la majoria del agents biològics estan etiquetats com “agents incapacitants”, que no produeixen malalties letals. Són més “efectius” si incapaciten i posen en tensió els sistemes de salut a l’inundar-los de centenars o milers de malalts infectats, ultrapassant les reserves de medicaments o altres mesures terapèutiques i les instal·lacions d’aïllament o contenció.

Als Estat Units, els agents biològics que tenen potencial per suposar una amenaça greu per la salut i la seguretat pública son etiquetats com “select agents”, o “agents selectes”.

El Centre de Control de Malalties (Center for Disease Control, CDC) divideix aquests agents en 3 categories; A, B i C. Anem per parts:

  • Categoria A: Agents d’alta prioritat, que poden transmetre’s i disseminar-se fàcilment, resultant en altes taxes de mortalitat, amb un fort impacte a la salut publica, i potencials generadors de situacions de pànic. Dintre d’aquest grup es troba Francisella tularensis (causant de la tularèmia), Bacillus anthracis (àntrax), el virus de la verola, la toxina botulínica, Yersinia pestis (causant de la pesta bubònica, veure entrades 69 i 73), i els virus de febres hemorràgiques (no solament Filovirus, com Ebola i Marburg, si no també Arenavirus, com els virus Lassa i Machupo).
  • Categoria B: Agents amb moderada capacitat de transmissió i disseminació i baixes taxes de mortalitat. Dintre d’aquest grup es troben especies de Brucella, Burkholderia, Rickettsia, Coxiella, Chlamydia; Vibrio cholerae (el bacteri, que no virus, del colera), Cryptosporidium parvum; i bacteris de transmissió alimentària com especies de Salmonella, Shigella, Staphylococcus aureus o Escherichia coli enteropatogèniques com la E.coli O157:H7.
  • Categoria C: patògens “naturals” emergents que poden ser manipulats per afavorir la seva disseminació massiva; o agents fàcils d’obtenir o produir, amb altes taxes de mortalitat o amb potencial impacte en salut pública. Dintre d’aquest darrer grup tindríem els Hantavirus (veure entrades 10 i 102), els virus Nipah (veure entrada 102), el SARS coronavirus (veure entrades 35, 36 i 37), o el VIH/SIDA (veure entrades 79, 91, 92, 98 i 104).

De bastant d’ells hem parlat a diferents entrades del blog. Feu una cerca per categories i trieu…si voleu.

Els agents de la categoria A mereixeran una entrada especifica al blog, properament.

Realment ells, els patògens, passaven per allà, bé, ells ja hi eren i som alguns de nosaltres els que els forcem la mà.

Però aquesta, aquesta és una altra historia.

Comentaris virus-lents (104): Una mirada històrica a l’efecte dels virus.

Els éssers humans sempre han lluitat per guanyar la batalla contra els microbis, però aquesta és ara per ara una història que com a molt està acabant en taules, en empat. Els microbis, ja siguin virus o bacteris, troben la forma d’escapolir-se d’algunes de les nostres mesures de control o eliminació i ens obliguen a mantenir-nos en cursa.

En els vells temps, les pandèmies no eren gaire freqüents a causa de la menor població, de la baixa densitat de població. Les alteracions que suposaren per al Món les tècniques de l’agricultura i la ramaderia portaren aparellades un creixement més o menys continuat de la població, i l’aparició de les ciutats. Tots aquests elements han jugat el seu paper en la propagació del virus. Detallem ara uns quants del virus més mortals que coneixem en temps històrics. smallpox history La verola es va fer evident al voltant de 10.000 aC i segueix sent una de les més malalties que ha ocasionat més devastació de tots els temps. Es tracta d’una malaltia molt contagiosa, amb agent causal el virus de la verola (smallpox en anglès), i ha causat moltes epidèmies, començant a l’antic Egipte, i creixent a l’Índia, la Xina, així com a Europa. Els viatgers procedents d’Europa (entre ells, els conqueridors espanyols) que anaren al Nou Món propaguen el virus dins les poblacions natives, mai exposades provocant la pràctica eliminació de les mateixes (segons les estimacions, les taxes de mortalitat van ser del 80-90%). En els primers anys de la colonització britànica del continent australià, la verola matà al voltant de la meitat de la població aborigen i es refereix la verola com la causa més comuna de mort a les esmentades poblacions entre els anys 1780-1870. Encara en el segle XX la verola va causar entre 300 i 500 milions de morts. La primera vacuna per a la verola va ser desenvolupat per Edward Jenner en 1796 i després d’això, va anar sent eradicada país rere país per successives campanyes de vacunació, fins assolir la seva eradicació total en 1979. Un dels pocs èxits sense màcula dels essers humans. measles warning 000502-300x202 El xarampió (measles, en anglès) va ser descrit per primera vegada pel metge persa Razi (860-932 dC) que va fer una aproximació prou científica a la malaltia, tenint en compte l’època. La història ens diu que aquesta va ser una malaltia contagiosa greu amb incidència en tot el món, provocant la mort de milions de persones. La plaga Antonina (165-180 dC), causada pel virus del xarampió es va estendre en l’Imperi Romà amb la tornada de les tropes que batallaven al Pròxim Orient. S’estima que moriren més de cinc milions de persones. Tot i que les vacunes estan disponibles, i són segures, fàcils d’administrar i prou barates, el xarampió continua sent una de les principals causes de mortalitat entre els més joves, encara avui dia. Un informe de l’Organització Mundial de la Salut (OMS) parla de més de 150.000 morts causades pel xarampió l’any 2011. Spanishflu_33 newspaper La grip, i entre elles la grip espanyola; aquesta pandèmia que arrencà el 1918 afectà fortament als països del tercer món causant la mort (estimada) de 100 milions de persones. Per comparança, solament 20 milions de persones van morir a la Primera Guerra Mundial. La mortalitat s’acarnissà en els joves; la causa de la mort no era estrictament la infecció si no una reacció excessiva, una sobre-reacció del sistema immune, que acabava amb fallada multiorgànica dels malalts. Aquest virus fou una flamarada de mortalitat; escombrà la Terra i va desaparèixer després de 18 mesos. Yellow-Fever-1820-Savannah La febre groga és una malaltia hemorràgica aguda que va causar altes xifres de morts als Estats Units (que va sofrir epidèmies urbanes fins el 1905), però també a Espanya (a Catalunya, milers de barcelonins moriren en la epidèmia de 1821) durant els segles XVIII i XIX. El virus de la febre groga no està eradicat; d’acord amb les estimacions de la OMS, n’hi ha més de 200.000 casos anuals i al voltant de 25.000 morts. L’àrea a l’abast del virus (transmès per mosquits) conté al voltant de 1.000 milions de persones. El virus de la immunodeficiència humana (VIH) causant de la Síndrome d’immunodeficiència Adquirida (SIDA) causa entre 1,6 i 1,9 milions de morts anuals. Si tombem la vista enrere a les tres últimes dècades, aquest virus ha causat ja més de 36 milions de morts. El VIH és un lentivirus que va evolucionar en primats africans fa moltíssims anys, durant milions d’anys, fins que va donar el salt als éssers humans en algun moment de la primera meitat del segle XX. Actualment hi ha al voltant de 35 milions de persones infectades, la majoria d’elles vivint a l’Àfrica subsahariana (més de les 2/3 parts del total). Per desgràcia, només la meitat dels pacients, en les estimacions més afalagadores, poden disposar de teràpia antiretroviral. Outbreak in the world history

Un quadre comparat que inclou també algunes especies bacterianes amb fort impacte en pandèmies històriques

Cinc. Un repòquer de virus històricament letals. Únicament hem pogut descartar una carta, la verola. Ens cal continuar jugant i apostant per una millor i més efectiva recerca.

Però aquesta, aquesta és una altra història.

Comentaris virus-lents (100): Tombant la vista enrere.

Aquesta és l’entrada numero 100 i la faig tot just un any després de començar aquesta aventura. Una aventura que m’està servint per llegir, i pensar, sobre temes molt propers (bioseguretat, biocontenció, transport de material infecciós, inactivació vírica) i d’altres no tan propers però potencialment accessibles (Ebola principalment aquest any, dissortadament).

Cent entrades, cent histories. Tot plegat un pel patchwork. Algunes temàtiques, com la bioseguretat, la biocontenció, la bioprotecció, l’avaluació de risc, el transport de material infecciosos constitueixen el dia a dia de la meva feina (entrades 2, 4, 19, 21, 22, 24, 27, 29, 32, 84, 89).

Alguns dels patògens dels que hem parlat són manipulats a la nostra instal·lació i com a Oficial de Bioseguretat ha calgut avaluar els riscos i conèixer bé el patogen manipulat. Ha estat el cas de Chikungunya (entrades 8, 20, 39, 40, 61) i el MERS Coronavirus (entrades 7, 42, 56, 90).

Altres virus, amb els que no tinc tracte directe, han tret el cap puntualment com el virus de la immunodeficiència humana (entrades 79, 92, 98), o el xarampió (entrades 81, 82, 85) i també hem discutit sobre salut pública en genèric (entrades 16, 35, 36) i de seguretat alimentària en particular (entrades 14, 15, 86, 87)

Això sí, aquest any la majoria de les entrades (vora de 1/3 del total) tenen relació amb la temàtica de l’Ebola i més genèricament dels filovirus (entrades 13, 17, 18, 23, 30, 31, 38, 41, 44, 48, 49, 50, 51, 52, 53, 54, 55, 57, 58, 59, 60, 63, 65, 70, 71, 77, 80, 88, 93, 94, 95, 97).

M’ho he passat bé escrivint aquestes cent entrades encara que es pot dir que m’ho he passat millor llegint articles o revisions per preparar el material. En alguns casos he quedat fins i tot content d’allò escrit, en d’altres he esperat màxima indulgència dels meus lectors. En tots els casos, però, el que cerco és divulgar microbiologia (bàsicament virologia) i per tant ens esforcem en fugir de conceptes massa profunds, o massa complicats. No es vol vulgaritzar però si explicar fets de forma planera. Ja hi ha altres fòrums, o fins i tot contactes individuals per explicar les coses amb més fondària.

293x181-Source-bkqGgyaGrA

Encetem aquest segon any…amb les mateixes ganes. Evidentment aprofitarem la “actualitat” per continuar parlant de virologia però esperem, en bé de tots, que cap tema segresti excessivament la meva (i la vostra) atenció. Voldrà dir que res és prou important i que ens es permés parlar de tot, picant aquí i allà i eixamplant una mica més el coneixement de cadascun…i si és possible amb un mig somriure, millor.

Però aquesta, aquesta és una altra historia.

Comentaris virus-lents (98): VIH, sempre hi ha una segona pedra…o una tercera…o

Les autoritats sanitàries d’Indiana (EEUU) van començar fa uns dies un programa de canvi d’agulles (xeringues) en un comtat, Scott, on un brot de virus de la immunodeficiència humana (VIH) entre usuaris de medicaments opiacis administrats per via intravenosa ha fet aparèixer gairebé 90 nous casos d’infecció per VIH, en el que es considera el brot més gran de VIH registrat a l’historia de l’estat.

programa-intercanvi-xeringues

Específicament es lliga aquesta epidèmia al analgèsic opiaci Opana, un de tants que a partir de finals dels 90 i fins fa uns pocs anys, va veure la seva comercialització dramàticament potenciada, intensament prescrita pel metges, i fàcilment disponible, resultant tot això en una forta pujada de les taxes de dependència d’opiacis, increment de risc de sobredosi i trampolí cap a la heroïna. Subministrat (legal o il·legalment) habitualment en pastilles, es pot moldre, dissoldre en aigua i injectat per via intravenosa.

Opana-2

Aquest programa d’emergència tindrà un vigència de 30 dies, i cancel·la temporalment la inhabilitació d’aquest tipus de programes en Indiana (governada actualment pels republicans), però només en el comtat Scott que se situa al sud-est del estat, a uns 48 quilòmetres al nord de Louisville, Kentucky.

670px-Avoid-Getting-HIV-Step-5-Version-2

L’equip de govern republicà no dona suport als programes o polítiques de canvi d’agulles de manera regular dins de la problemàtica general de lluita antidroga i dels seus efectes. La mesura és clarament de curt abast, i d’una evident curtesa de mires, ja que només està disponible per als habitants del comtat Scout mitjançant el Centre de Serveis Socials per a la Comunitat en la ciutat d’Austin, l’epicentre de l’epidèmia. És una mesura limitada, obliga a un esforç per part dels que la necessiten, no està fàcilment a l’abast (molta de la gent afectada és força pobre, viu a zones rurals, no té carnet de conduir, o no té cotxe) i no té en compte que la malaltia no s’aturarà a la frontera del comtat, o de l’estat, ja que els infectats, coneguin o no el seu estat, poden traspassar-la.

Cada beneficiari rebrà inicialment agulles suficients per a una setmana amb la finalitat que no recorri a el bescanvi d’agulles amb altres persones, situació a la qual s’atribueix l’epidèmia. El centre també oferirà exàmens gratis per detecció del VIH, tutela per admissió en programes de tractament antidroga, i vacunes contra els virus de la hepatitis A i B.

hiv-transmission

El comissionat de Salut Publica estatal, Jerome Adams ha declarat: “Si no parem prou atenció al que està passant aquí, estarem condemnats a repetir-lo en tot Indiana i en el nostre país.” Una taca per l’historial de l’estat amb VIH, on les noves transmissions (casos) de VIH havien declinat dels 463 reportats en 2002 als 205, deu anys després, 2012.

Aquesta declaració fa riure, però, perquè no aborda una part fonamental del problema. Es posa el pedaç del bescanvi de xeringues un cop es desferma el brot però no es diu que aquest programa no es mantindrà a la llarga, quan és aquesta mesura preventiva estesa en el temps la que pot permetre evitar un brot com aquest en el futur. El cost d’aquest programa, descentralitzat en diferents punts, i no en un únic lloc, de ben segur seria menor que l’esforç que es fa ara, i les conseqüències en el pressupost sanitari i en la salut dels ciutadans.

De fet es veia venir. VIH i el virus de la hepatitis C (VHC) comparteixen una via d’entrada, la via intravenosa. La incidència de VIH i VHC havia declinat en els darrers anys. Últimament, però, les autoritats sanitàries avisaven d’una pujada en la incidència del VHC i que difícilment el VIH s quedaria enrere al compartir via de transmissió. Així, CDC estima que entre 2010 i 2012, les noves infeccions per VHC van pujar un 75%, fins arribar als 23.000 nous casos anuals.

No estaven equivocats, no. El que passa és que no sempre llegim bé els senyals.

Però aquesta, aquesta, és una altra història.

Comentaris virus-lents (92): VIH, res més perillós que la ignorància.

La majoria dels nous infectats per VIH als Estats Units (EEUU) ho són a través de persones que no sabien que el portaven (que estaven infectades) o aquelles que coneixent el seu estat no estaven seguint tractament o el que seguien era inadequat.

 

Aquesta és la conclusió a la que arriba un estudi publicat a finals de febrer per la revista JAMA Internal Medicine (Skarbinski et al., 2015).

 

Aquesta conclusió portada a un valor numèric indica que les persones amb VIH sense diagnosticar i sense tractament, i per això, sense ajustar els seus comportaments i les seves pràctiques a aquesta situació, són els responsables de 9 de cada 10 nous contagis, com a mínim, per l’any analitzat 2009.

 

El tema no és precisament menor ja que als EEUU hi havia 1,1 milions de persones infectades per VIH a l’any 2009 i que cada any entren en aquest grup uns 45.000 casos nous.

 

Per fer l’estudi els investigadors dividiren la població amb VIH en cinc categories continues (una acaba on comença l’altre); les persones infectades per VIH però no diagnosticades (un 18%); aquelles persones infectades i diagnosticades però que no reben atenció mèdica (45%); les que reben atenció medica però no teràpia anti-retroviral (4%); aquells infectats i diagnosticats que reben teràpia antriretroviral però que no veuen reduïda a nivells “indetectables” la carrega viral (aprox. 7%) i finalment els infectats, diagnosticats, que reben teràpia anti-retroviral i que assoleixen la supressió viral (un 25%).

 

Únicament una quarta part dels nord-americans afectats per VIH tenen un status viral controlat mitjançant teràpies anti-retrovirals, que poden reduir la càrrega viral del pacient a nivells indetectables, molt baixos. Aquesta gent, conscienciada, probablement és també la més curosa en les seves pràctiques i relacions amb la qual cosa són les que menys contribuirien a engruixir el nombre d’infectats. Per contra, el 18% de persones no diagnosticades però infectades i el 45% de persones conscients de la seva infecció però que no reberen (voluntàriament o involuntàriament) atenció mèdica sí són actualment els principals “responsables” dels nous infectats; se’ls assigna una responsabilitat en el 30% i 61% dels nous casos, respectivament.

 

El prototip de persona responsable de transmissió de VIH per via sexual seria un home, que adquireix el VIH per via sexual mitjançant relacions homosexuals (no heterosexuals), d’entre 35 i 44 anys.

 

Les taxes de transmissió per VIH van descendint en aquesta seqüència continua de grups esmentada abans. La millora en el diagnòstic de VIH i l’enrolament més estricte de la població en les estratègies de tractament, i la reducció en les conductes de risc tant a nivell sexual com de consum de drogues, primàriament en els grups de les persones no diagnosticades i/o no receptores de teràpies anti-retrovirals, podrien tenir un efecte substancial en la transmissió del VIH als EUA, de fet, a qualsevol estat. Tanmateix resulta difícil pensar com persones que estan en risc o practiquen conductes o activitats de risc (respecte VIH) i que no es controlen, o que sabent de la seva infecció no reben (consideracions econòmiques a banda) teràpies anti-retrovirals, poden millorar de forma voluntària i consistent les seves conductes de risc i reduir la seva probabilitat de transmetre el virus.

 

Però aquesta, aquesta és una altra història.

 

Link http://archinte.jamanetwork.com/article.aspx?articleid=2130723

És un resum, l’article complert és de pagament.