comentarisviruslents

Aquest blog és una seguit de comentaris personals i probablement poc transferibles sobre ciència i política.

Archivos en la Categoría: salut pública

Comentaris virus-lents (239): La resposta al SARSCoV2? L’Emmental, benvolgut Watson.

 

Si vostès tallen una llesca de formatge Emmental trobaran alguns forats; si van fent llesques successives del mateix formatge veuran com alguns forats desapareixen si bé altres es generen en altres punts de la llesca per desaparèixer a les següents llesques, i així successivament. Un exemple potser massa bàsic i gastronòmic (algun formatger a la sala per donar-me un formatge català equivalent?) però molt gràfic per explicar la nostra resposta global a la CoVID19. Perquè la nostra resposta és multicapa: accions individuals responsables, confinaments parcials o generals, restriccions de circulació, rastrejos, tests ràpids, proves diagnòstiques, assistència hospitalària, vacunes, tractaments post-exposició…tractaments de les seqüeles d’aquells infectats (no afecta a la transmissió però és un deure col·lectiu). Cadascuna d’aquestes accions és una capa del nostre formatge. TOTES tenen forats, TOTES són fal·libles per si soles. TOTES juntes i ben gestionades són un laberint gairebé impenetrable (crec) per #SARSCoV2… però anem a discutir-les una mica més.

 

Accions individuals responsables; per definició són accions d’abast curt que tenen la potencia de la agregació. Generar distància, dur mascareta, rentar-se freqüentment les mans protegeixen a la gent propera o amb aquella que interactuem. Tenen l’inconvenient que ha de néixer d’un convenciment personal; les mesures de coerció funcionen però mai absolutament i a banda les accions (per exemple dur mascaretes mal posades, no rentar-se bé les mans, ser creatius amb això de la distància) no són tot o res, si no un continu d’aproximacions personals, algunes (moltes) incorrectes. Forats.

 

Confinament parcials o generals i restriccions de circulació. Les mesures socials coercitives com són els confinaments globals (un país) o parcials (territoris, comarques, municipis) són les mesures que hom aplica quan està desbordat o no té altres mesures que plantejar. Són mesures medievals que actuen sobre el global de les persones d’una zona per, evitant el seu moviment, reduir la circulació del virus…però el virus continuarà allà quan s’aixequin les mesures (bé que ho estan veient) i en funció de com es desconfini (velocitat, sectors, etc.) tornarà a agafar velocitats exponencials. Són mesures que no ataquen la base del problema però que compren temps per descongestionar el sistema sanitari, per exemple. Per contra, malmeten l’activitat econòmica i això té i tindrà conseqüència a llarg termini.

 

Rastrejos. Ja està més que comentat que SARSCoV2 té una R0 entre 2 i 3 (recordin, és una mitjana, tenim també els episodis de superdisseminació); per tant cada infectat pot potencialment infectar 2 o 3 persones, que, en principi, seran persones properes amb les que haig tingut un tracte continuat i sense distància. L’inconvenient és que, a diferencia del SARSCoV1 que només transmetia quan la persona mostrava una clínica evident (i que per tant era fàcilment aïllable), en el cas de SARSCoV2 hi ha transmissió abans de la manifestació de clínica (1 o 2 dies abans) i a banda, hi ha un cert percentatge de asimptomàtics o paucisimptomàtics, que fan tot molt més complicat. Seguir contactes des de que està un malalt té una complicació; decidir des de quan abans de la clínica has d’incloure contactes, i considerar-los de risc, és una altra. Però el seguiment de contactes amb totes les seves mancances (forats) és important; vindria ser practicar la microcirurgia venint de la cirurgia (destralera) del camp de batalla que és el confinament general o territorial; no confinem col·lectius, sinó persones de risc en contacte amb un infectat previ. Per definició són mesures que tenen menys impacte econòmic però requereix un petit exèrcit de rastrejadors, i la implicació de les persones específiques a les que es demana confinar-se. Cadascun d’aquests ítems té forats però sempre serà millor que el gran forat de la seva absència o la seva escassetat.

 

Test ràpids i proves diagnòstiques. Test ràpids, resultat gairebé immediat, en qüestió de minuts però relativament pocs sensibles i no extremadament específics. Forats. Proves diagnòstiques moleculars; relativament ràpides però menys esteses (fins fa no massa) són molt més especifiques i sensibles; forats pel que fa a la rapidesa en la comunicació (no serveix de gaire una prova diagnòstica si es comuniquen el resultats als 4 dies (allò ideal seria en les primeres 24 hores), però fins i tot amb aquesta rapidesa la prova ens informa del nostre estat en el moment que ens prengueren la mostra, ens podem haver infectat just després. Proves diagnòstiques serològiques, per detecció d’anticossos; més lentes que les PCR també són prou especifiques i sensibles però només ens informen de la immunitat humoral, no de la immunitat cel·lular (que requereix tècniques més lentes i complicades); per contra sí que es donen informació històrica a data de mostra; ens assenyala si hem estat en contacte amb el virus i hem desenvolupat resposta immune; però si aquesta va ser fa 4 o 5 o 6 mesos abans potser el nostre nivell d’anticossos ha baixat per sota del nivell de detecció de la tècnica. Més forats.

 

Assistència hospitalària. El virus NO ha canviat però l’assistència hospitalària sí. Ja ho vaig comentar fa mesos. El virus ara mateix no ha mutat cap una menor virulència o transmissibilitat, pensar que SARSCoV2 s’acabarà atenuant és una especulació, un wishful thinking, però tampoc està remant en a la direcció contrària); continua sent bàsicament el mateix però qui SÍ ha aprés és el sistema; a força de rebre casos (cada cas és un problema) i de treure lliçons i dades de cada problema ara se sap més bé que fer, es fa abans, i de vegades es prenen mesures preveient situacions futures en base a històrics de casos previs. Això, a més, s’ajunta amb la disponibilitat creixent de tractaments post-exposició (veure més endavant). L’assistència hospitalària té forats (i alguns són culpa nostra, de les nostres prioritats errònies) però està clar que alguns d’aquests forats han minvat o fins i tot desaparegut. Però tot sistema té un límit, i aquest és el gran forat que hem albirat (abril 2020) però pel que no s’ha caigut encara.

 

Vacunes. Explicitades des de bon començament com LA solució, es faran esperar més del que es va publicitar. Encara hi ha gent que diu que estarà disponible abans que acabi l’any; la OMS va dir que en un escenari optimista estaria disponible en 18 mesos (això ens envia al segon semestre del 2021). Ja coneixen la meva opinió; una vacuna raonablement segura i raonablement efectiva que estigui logísticament prou distribuïda i sigui aplicable no l’espero fins 2022, anant bé. En qualsevol cas les vacunes (perquè possiblement tindrem més d’una) no conferiran una protecció total (esterilitzant), potser només tenen una eficàcia del 50-60%; no es podran administrar a tots els col·lectius (com també passa a altres vacunes, en aquest cas fins i tot més ja que en anar de presa les proves de seguretat han estat les justes); potser caldrà escollir col·lectius a vacunar, potser primer el personal de sector sanitari per mantenir segura la barrera de defensa? són una part petita de la població, no tindran impacte en la corba d’infecció però sí ho farà la seva tasca; o podem mirar de vacunar al segment d’edat per sobre dels 60 o 65 anys? amb aquesta aproximació segur reduiríem les taxes de mortalitat; però sí realment tinguéssim disponibilitat i volguéssim reduir al màxim la transmissió caldria vacunar la gent entre 20 i 40 anys; les vacunes poden tenir restriccions logístiques, o estocs parcialment embargats pels països productors; no sabem si caldran dues dosis (un booster) i això seria una complicació logística; no sabem l’abast de la immunitat conferida. Més forats. Però fins i tot una vacuna imperfecta, que faci a SARSCoV2 més difícil circular, en trobar-se més gent protegida, seria útil ja que alentiria la seva propagació, i indirectament facilitaria el treball dels rastrejadors, el seguiment i el confinament dels casos. I per cert, treguin-se del cap que erradicarem aquest virus; potser alguns països l’eliminaran, però no l’erradicarem globalment, per la qual cosa aquest països patiran re-introduccions que tindran que tornar a gestionar. Només ha passat amb la verola, i amb el SARSCoV1, està a punt de passar amb el poliovirus, no passarà amb SARSCoV2; s’ha escampat massa i ara mateix no veig quan deixaran d’haver bosses de població susceptibles.

 

Tractaments post-exposició. Tothom coneix el cas de la hidroxicloroquina. Un fracàs. Un altre forat. Però ja s’han trobat i es trobaran molècules que tindran cert efecte protector sobre els casos greus o reservats dels infectats per SARSCoV2. Qualsevol medicament que eviti entrada a la UCI o que escurci l’estada a la mateixa (remdesivir, que va fracassar per Ebola però que aquí a trobat una segona oportunitat; la dexametasona, un corticoesteroide amb propietats antiinflamatòries que, sembla, redueix 1/3 la mortalitat de pacients amb ventilació assistida i 1/5 part la mortalitat d’aquells requerint oxigeno teràpia però sense cap benefici per la resta de pacients; els preparats de sèrum hiperimmune de Grifols a partir de plasma de infectats guarits, encara pendent d’assaigs, etc.) és un forat menys perquè desestresa el sistema sanitari en el seu extrem, i farà baixar la taxa de mortalitat. Els guanys es poden considerar residuals però són forats petits que també tanquem.

 

En resum, totes les capes tenen forats; alguns forats podran fer-se més petits en el temps (més responsabilitat individual; vacunes més efectives i segures i millor distribuïdes; més i millors tractaments post-exposició, més quantitat i més “qualitat”, i alguns desapareixeran però el nostre formatge continuarà foradat. El que caldrà evitar és que els forats coincideixin gaire i permetin al virus travessar, percolar, totes les capes, donar-li una trajectòria d’oportunitat, perquè això, gràficament, voldrà dir una mort més.

 

SARS portada EID

De les seqüeles i del tot el que impliquen els grans números en els que s’està movent el SARSCoV2 parlarem en una propera entrada.

 

Però aquesta, aquesta és una altra història.

 

De fet aquest model, que pot semblar simplista, l’apliquem en avaluació de riscos, també biològics, i és un model que ja té els seus anys (al voltant de 30 anys) i es deu a James Reason. Es pot consultar.. «Human error: models and management». British Medical Journal 320 (7237): 768-770. PMC 1117770. PMID 10720363. doi:10.1136/bmj.320.7237.768.

Comentaris virus-lents (238): La vacuna contra la CoVID19 no serà cap Grial… únic.

 

És evident que en un horitzó a curt termini (pels optimistes) a mitja termini (pels realistes, que no monàrquics), o sense terminis (pels pessimistes) hom espera que apareguin una o més vacunes que tinguin efecte sobre el SARSCoV2 que causa la CoVID19. Però una pregunta que no ens estem fent (o que no sento gaire) és…i com seran aquestes vacunes? Com la vacuna de la grip, que té eficiències que oscil·len entre el 40 i el 60%? O seran vacunes esterilitzants, que ens faran realment i llargament immunes, com la del xarampió (us recordo que és vacuna de doble dosi) que protegeix de forma gairebé completa?

Epp, he dit gairebé, eh!! http://dx.doi.org/10.2807/1560-7917.ES.2019.24.17.1800529

 

A l’imaginari popular una vacuna ve a ser l’arma definitiva, però des de sempre ha distat molt de ser això. Idealment una vacuna hauria de prevenir fins i tot el desenvolupament de la infecció més enllà d’una etapa molt inicial, i molt abans de la manifestació clínica, induint allò que s’anomenaria una immunitat esterilitzant. Però més aviat sembla que els desenvolupaments que s’estan coneixent dels candidats vacunals públics, pel que fa a SARSCoV2, semblen apuntar a que no podran detenir totalment la infecció, com a molt l’acantonaran a l’aparell respiratori superior, i conseqüentment podrien no aturar la transmissió de persones infectades a d’altres, a través de l’estossec o l’esternut.

 

És a dir, anirem a vacunes que reduirien la càrrega viral, o que contribueixin intensament a la mitigació de la severitat dels símptomes (incrementant la taxa de supervivència amb tota seguretat). Vindrien a ser vacunes que permetrien passar d’estats pneumònics a refredats intensos, que restringirien al virus SARSCoV2 a generar patologia a les vies respiratòries superiors.

 

Com exemple, les dades de la vacuna (contenint informació del gen de la proteïna de l’espícula de SARSCoV2 vectoritzada per un adenovirus de mico) assajada amb macacos per un grup de recerca de la Universitat d’Oxford, (veure enllaç, encara no revisat per parells a… https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2020.05.13.093195v1) que demostra la generació d’anticossos, a més neutralitzants (experiment massa curt perquè no s’ha pogut establir la seva durada en el llarg termini)…però, ai las, els macacos, encara que “protegits”, sense mostrar pneumònia, presentaren títols vírics infecciosos a les seves vies respiratòries superiors. S’ha de dir, però, que l’inòcul que es va emprar estava en la franja alta, unes concentracions poc “ambientals”. Per tant virus a les vies respiratòries superiors, vol dir virus en exsudats o microgotes, virus disponibles per sortir, virus disponibles per fer una nova ronda.

 

De fet, també a les poques dades mostrades aquesta setmana per Moderna (veure entre altres… https://theconversation.com/what-the-phase-1-trials-of-the-first-covid-19-vaccine-really-mean-139020), que parla d’anticossos neutralitzants en alguns voluntaris, li falta la dada crítica, impossible d’obtenir en un assaig de fase I;… aquests anticossos neutralitzants blocaran la propagació del virus a les vies respiratòries superiors?

 

Hi ha un altre obstacle…a la natura, els coronavirus no generen immunitat permanent. M’han sentit dir (escriure) que els coronavirus coneguts, que afecten humans, com són 229E, OC43, NL63 i HKU1 però també altres virus que causen refredats, no generen immunitat PERMANENT, de per vida, si no que aquesta es pot comptar en molts mesos o pocs anys. Poden veure també… https://www.sciencedirect.com/topics/immunology-and-microbiology/human-coronavirus-229e i especialment https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/2170159/?dopt=Abstract. Serem capaços de forcar la mà a la natura, a on ens ha portat l’evolució? Jo crec que no.

 

I ara es té presa, per tant és més que possible que s’estigui aplicant la frase “el que és millor es enemic del que és bo”. Les vacunes de primera generació front SARSCoV2 donaran pas a, més que possiblement, vacunes de segona generació més refinades i més efectives, o protectores, d’aquí uns anys, si el virus les demana. Però ara tocarà ser realista (altre cop); si podem protegir de la malaltia greu als col·lectius vulnerables (i per això cal que sigui MOLT segura) i al personal sanitari haurien de dir que hem fet cim. El primer.

 

No cometem un nou però vell error, de comunicació. La gent ha de saber que NO tindrem una vacuna perfecta en anys…al màxim que podem aspirar és tenir unes vacunes acceptables (amb sort més d’una) en uns pocs anys. Però que caldrà posar-se-la. Si la percepció que s’instal·la és la que jo veig en la gent pel que fa la vacuna de la grip potser, potser alguns beuran oli. Perquè cerquen la seva protecció (la pròpia, l’egoisme de no tenir cap símptoma si te la poses) sense tenir en compte la prevenció d’altres infeccions que no veuen i que no es produeixen gràcies a ella.

 

Així doncs, no previndrem TOTES les infeccions, ara mateix aniríem a prevenir les malalties greus. I no prevenint totes les infeccions entrarem novament en un escenari de consecució de immunitat grupal per circulació continuada però de baix nivell del virus, que ajudaria a mantenir els nivells d’immunitat de la població ja vacunada parcialment; i que podrien permetre que els efectes d’un sola vacunació s’allarguessin en el temps. Però això no treu d’enrolar en la vacunació “obligatòria” els col·lectius vulnerables, o de risc.

 

I compte, que no estem dient res de la immunitat cel·lular, encara poc estudiada i de la immunitat innata. I de la possibilitat, que jo no puc descartar encara, que una fracció de la població que no ha sero-convertit sí hagi tingut contacte amb SARSCoV2 però que l’hagi “netejat” abans de generar cap resposta/senyal identificable, per exemple perquè sí tinguem certa protecció creuada com a resultat d’infeccions prèvies.

 

SARS portada EID

 

Però potser tota aquesta és una explicació ad hoc auto-feta perquè veig (veiem) el raïm de la protecció total massa lluny i ens diem a nosaltres mateixos que està massa verd. I que no assolir un bloqueig de la transmissió ens obligarà a vacunar a molta, moooolta gent per assolir una immunitat grupal significativa.

 

Massa poc temps que hi estem, estan; masses urgències.

 

Però aquesta, aquesta és tota una altra història.

Comentaris virus-lents (237): SARSCoV2 no sap que posar-se.

Aquest matí (va ser el 9 de maig) m’han preguntat per algun estudi específic de persistència de #SARSCoV2 sobre tèxtils. Òbviament hi ha molt poca informació ja que el virus porta entre nosaltres poc més de 5 mesos. L’únic estudi directe és de Chin et al. https://thelancet.com/journals/lanmic/article/PIIS2666-5247(20)30003-3/fulltext  i dona unes dades lògiques.

 

El virus #SARSCoV2 cau gairebé 2,5 log en dessecar-se sobre “cloth”, roba (no donen gaire precisió més), a les 3 hores i vora 3 log a les 24 hores; estem parlant d’inactivacions per sobre del 99% en hores. I tinc un altre missatge addicional; hi ha un artefacte en aquest estudi…

que detectem els que treballem en aquest tema…Aquests valors són superiors, de l’ordre de 4 logs a les 3 hores, per tant 99,99% inactivació perquè el virus cau UN logaritme addicional mentre s’està assecant; només tenen vostès que comparar el títol víric equivalent sobre acer…

inoxidable. És efecte conegut, a la meva tesi en parlava, i abans, que jo no vaig descobrir res; als materials amb textura, porosos, els virus queden segrestats i no queden gaire disponibles x ser eluïts. Passa amb embolcallats com #SARSCoV2 però també amb no embolcallats.

 

Això que els he comentat és la UNICA dada que tenim publicada de tèxtils i #SARSCoV2 que jo conegui. Però…podem tirar per aproximació. SARSCoV és estructuralment molt semblant a SARSCoV2 i per aquest tenim alguna…

dada addicional en Kampf et al., 2020 https://journalofhospitalinfection.com/article/S0195-6701(20)30046-3/fulltext. Aquí indiquen que per granotes d’un sol ús la persistència de #SARSCoV pot ser de 2 dies, 1 dia o 1 hora a Temperatura ambient. I vostès diran…quina “tonteria” d’aproximació, no? I no, perquè reflecteix un aspecte…

que molts de vostès no consideren i és la carrega vírica inicial. Si fiquem 10.000 virus “sobreviuran” 48 h; si fiquem 1.000 virus es mantindran infecciosos només 24 h. i si només dessequem 100 virus “aguantaran” UNA HORA. Per això saber concentració mitjana de #SARSCoV2…

a exsudats i secrecions ÉS important…i encara no està massa clara.

Però hi ha més, aquest estudi de Kampf porta a l’original de Lai et al., 2005 https://academic.oup.com/cid/article/41/7/e67/310340 que indica que quan es va fer la mateixa prova amb una granota de COTÓ la persistència de #SARSCoV va ser…

de 24 hores, 1 hora i CINC MINUTS, respectivament. CINC MINUTS si dessecàvem 100 #SARSCoV sobre cotó. Jo consideraria aquest temps, fins i tot els 60 min. de la condició amb 1000 virus #SARSCoV un bon marge de seguretat. I això sense res, sense aplicar cap tractament inactivador…

 

A partir d’aquí ja trepitgem “arenes movedisses” (algun Virgili a la sala per ajudar-me?) perquè totes les comparances que fem les faré amb virus d’altres famílies víriques que no comparteixen estructura amb els #coronavirus com #SARSCoV2 i #SARSCoV. I que millor que fixar-nos en…

el virus #influenza, el virus de la #grip. Hi ha dades i apunten en la mateixa direcció…per exemple a l’article https://journalofhospitalinfection.com/article/S0195-6701(16)30574-6/fulltext comparen diverses soques d’influenza en la seva persistència sobre cotó i microfibra i ves per on els resultats són comparables a #SARSCoV2…

 

Influenza on fabrics EXmRvT1XQAE0pNx

 

 

Agafeu aquí acer inoxidable (stainless steel) com control negatiu, com imatge dels virus #influenza en un ambient òptim de supervivència encara que també s’inactiven en el temps. I hi treballen amb títols vírics altíssims. Què es veu? Que a la 1a hora ja hi ha caigudes mitjanes del 99% de la…

infectivitat de diferents soques de #influenza i que a les 24 hores la caiguda ja és de 3 log, un 99,9% de reducció, tant per cotó com per #microfibra. Als 7 dies de quarantena…es pot concloure que “no” hi ha infectivitat residual. Altre cop aviso estudi experimental fet amb…

unes concentracions força lluny de les ambientals, que jo tingui conegudes. Hi ha més però ja hi tornarem.

 

La meva hipòtesi? la roba, sobre tot aquella emprovada ocasionalment mai serà vector rellevant de transmissió de #SARSCoV2 si les normes higièniques passives es compleixen…

i en cas de dubte un microambient calent i sec pot ser suficient per fer caure una hipotètica infectivitat residual de #SARSCoV2. I no posem sobre-tecnologia on no cal, que alguns dels nostres problemes actuals venen d’aquí.

 

 

Però aquesta, aquesta és una altra història.

 

 

El meu deute amb na @martacastells, que des de Twitter m’ha fet garbejar una mica en el tema.

Comentaris virus-lents (236): SARSCoV2 no fa gaire bon paper.

 

I ara un fil sobre la persistència de #SARSCoV2 sobre #paper i equivalents. Us faré un spoiler. Són bones per nosaltres i dolentes pel virus, però com sempre llegiu per tenir context.

 

L’aproximació, la de sempre. Primer saber que s’ha fet amb #SARSCoV2 i paper; després quines dades tenim de virus propers com #SARSCoV o #MERS (fa una mica de vergonya dir que de MERS no hi res, i des de CReSA hi portem treballant amb ell per altres temes 5 anys) i després saltar de família vírica i veure que hi ha per altres virus embolcallats, com influença.

 

#SARSCoV2 dessecat sobre paper? Les dades de van Doremalen et al., https://www.nejm.org/doi/full/10.1056/NEJMc2004973 diuen que sobre cartró la vida mitja (compte amb el concepte) és d’unes 9 hores. En 9 hores el títol infecciós de l’agent causal de #CoVID19 baixa un 50%…

que no vol dir que desaparegui; en les següents 9 hores caurà un altra 50% (del 50% restant), per tant quedarà un 25%, i així successivament, de manera que assolirien una caiguda del 99,9% de la infectivitat en poc més de 2 dies. Poden fer els comptes vostès mateixos. No sembla gaire preocupant, oi? Però continuem.

 

També tenim a Chin et al., 2020 https://www.thelancet.com/journals/lanmic/article/PIIS2666-5247(20)30003-3/fulltext que aporta dades sobre la persistència en paper d’impressora o mocador de paper (tissues). Aquí parlem ja de caigudes directes de infectivitat 2,5 log en paper i 3,2 log en tissue, en TRENTA MINUTS…

Pel broc gros 3 log de reducció, un 99,9% de reducció de #SARSCoV2 disponible, o eluible, en 30 minuts. I aquestes dades, com vaig dir per l’enfilall de la #roba, tenen un artefacte…la reducció real de títol infecciós de #SARSCoV2 a papers estaria fregant els 4 log, un 99,99% en TRENTA MINUTS.

 

Però encara podem anar a cercar dades del seu cosí llunyà, el #SARSCoV. I això ho trobem a la revisió de Kampf et al. 2020, https://www.journalofhospitalinfection.com/article/S0195-6701(20)30046-3/fulltext. Allà es recull un estudi de Lai et al., 2005 que indica que la persistència en #paper…

Pel #SARSCoV seria de 24 hores o 3 hores o menys de 5 minuts, en funció de la carrega vírica, de 10.000, 1.000 o 100 TCID50/mL, respectivament. Altre cop, com sempre, quants més virus a dessecar més triga en reduir-se el perill però per quantitats infeccioses altes aquest sobre #paper és menystenible.

 

Però anem altre cop a cercar per voltant…d’altres virus respiratoris embolcallats el primer que se’ns ve al cap és el virus de la #grip. Com es comporta sobre paper? Doncs igual o pitjor (o hauria de dir millor per nosaltres?) que #SARSCoV2 segons Bean et al., 1982 https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/6282993

que descriu pèrdua total d’infectivitat del virus #influenza entre 8-12 hores després de dessecat sobre paper. I si mirem un estudi de revisió molt maco de 2007, veure https://aem.asm.org/content/73/6/1687 es pot extreure la següent figura…

 

Coronavirus vs flu virus on fomites

Aquesta figura indica que la inactivació de #coronavirus relacionats a #SARSCoV2 como són #229E 0 #OC43 abastaria de 3 a 4 log, un 99,99% de reducció en 24 hores, i que les dades de #influenza serien un worst case, allà on arribi la persistència del virus de la #grip difícilment arribaria la del #coronavirus.

 

Les conclusions?…la persistència de #SARSCoV2 sobre paper és, amb alta probabilitat, molt curta en el temps i el potencial infecciós de papers tocats per altres mans, en termini de minuts o hores desapareixeria, si considerem les dades conegudes i els nivells de contaminació ambientals descrits.

 

En qualsevol cas una quarantena de paper (24-28 hores) sembla suficient per eliminar qualsevol risc residual de transmissió de #SARSCoV2, partint de la base que el paper seria una superfície/fomite molt segura i epidemiològicament neutra.

 

No com altres.

 

 

Però aquesta, aquesta és una altra historia.

Comentaris virus-lents (235): Proves diagnòstiques vs SARSCoV2; moltes corones, cap Rei.

 

Un altre enfilat de tuits que us poso endreçats i revisats.

 

Amb això dels tests, dels assajos, de les proves ràpides del diagnòstic en front de SARSCoV2 que causa la CoVID19 hi ha una mica de garbuix…anem a posar-ho una mica en ordre o tal com ho entenc jo.

 

Quan volem traçar una malaltia podem fer:

  • Proves per detectar el patogen causant, en aquest cas SARSCoV2 o bé,

  • Proves per detectar la conseqüència de l’entrada del patogen (generació d’anticossos per part del sistema immune de l’infectat); és el que anomenem proves serològiques (ELISA, serumneutralització, immunocromatografia).

 

El patogen es pot detectar prenen mostres i intentant cultivar-lo…per bacteris és relativament fàcil i econòmic, per virus és bastant més complicat i car. Amb això garantim que el patogen que es troba a la mostra està “viu”. En tot cas es un procés que pot durar des de 1-2 dies a més d’una setmana. Si no tenim paciència, o tenim presa, podem anar a cercar la detecció d’antígens de virus o bacteris, les proves antigèniques, o bé fem proves molecular per detectar el genoma (ADN o ARN).

 

Aquestes proves moleculars són el que sentiu moltes vegades resumir dota el paraigües de els PCR (incorrecte) o les PCR (correcte, ja que és abreviatura de LA Reacció en Cadena de la Polimerasa). Les PCR són una eina actualment indispensable en el diagnòstic ràpid.

 

Les PCR (hi ha moltes, no solament per diferents patògens, si no per detectar UN mateix patogen), detecten genoma del virus (ens centrem ja en el SARSCoV2). Per tant donaran negatiu en una persona que hagi passat la CoVID19 fa un mes, perquè ja NO tindrà virus al seu cos.

 

Detecció de genoma és indici de Infecció activa, o no resolta, encara. Així, vostè pot fer una PCR d’una mostra d’una persona avui, infectada ahir per SARSCoV2, i tenir un resultat negatiu; tornar a fer la mateixa PCR en 7 dies i tenir un resultat clarament positiu i fer el mateix en 3 setmanes i tenir un resultat…NEGATIU, altre cop.

 

I una PCR positiva indica infecció en curs o en resolució però no DIRECTAMENT que la persona tingui capacitat de contagi. Alguns positius es deuen a genomes de virus malmesos o de virus ja neutralitzats per anticossos.

 

Les proves serològiques, esmentades al començament, detecten anticossos, i per tant necessiten que s’hagi generat una resposta immune prèvia front el virus. No serveix de res fer una ELISA a una persona infectada al 3er o 4rt dia de la infecció perquè el cos humà necessita més dies per generar anticossos, primer les IgM i més tard, retrassades en el temps, les IgG, que són les que conferiran la famosa immunitat “de llarga durada”. Podríem dir que la PCR permet dir, “aquesta persona ESTÀ infectada” mentre la ELISA i altres proves serològiques ens permeten dir, “aquesta persona VA ESTAR infectada”, però ja no, podríem afegir.

 

SARS portada EID

 

 

I els tests ràpids? De fet res del que us he explicat és un test ràpid. Hi ha equips PCR de camp però aquestes PCR i tècniques serològiques són de laboratori. El resultat, en el millors dels casos, es dona en 6-8 hores. Els test ràpids, per contra, són portàtils, es poden fer a peu de carretera o carrer, i no necessiten aparellatge ni persona tècnic expert. Són tota una altra cosa.

 

Anem, doncs, pels kits ràpids versus la CoVID19. Altre cop la dicotomia, a què disparem, al virus (test d’antígens o proteïnes virals) o al rastre que deixa en nosaltres (els anticossos, test serològic)? Als dos, tindríem de disparar als dos, cap dels dos dona informació complerta, que a més, és dinàmica.

 

El fonament d’aquests tests ràpids? La immunocromatografia en paper, que actua com a plataforma d’ancoratge, ja sia de proteïnes del virus si volem detectar anticossos en la mostra, o bé anticossos en el cas que vulguem detectar la presència del virus, a través de les seves proteïnes.

 

Test ràpid d’antígens: una prova que pot donar un resultat en 15 minuts i que necessita com a mostra secrecions respiratòries, i amb un aspecte i lectura semblant a un test d’embaràs. El problema? Menys fiable i sensible que la RT-PCR quantitativa, o qRT-PCR o RT-PCR Real Time.
La qRT-PCR és molt sensible, teòricament amb un genoma, o uns pocs genomes, presents ja faria per donar positiu. En canvia aquests tests ràpids d’antígens necessiten una mostra més carregada de virus, que resulta que depèn de la dinàmica de la infecció, més aviat de QUAN prenguis la mostra d’un infectat.

 

Si la persona mostrejada té simptomatologia clara, la sensibilitat de la tècnica és “bona”, per sobre del 85-90%, però per fases pre-simptomàtiques (o poc simptomàtiques) habitualment lligades a càrregues virals més baixes, pot quedar en el 50%.

 

Poques decisions definitives es poden prendre amb aquests percentatges; és més aviat un mètode de cribratge, els positius SÓN positius a SARSCoV2, els negatius s’haurien de confirmar per un altre test d’antígens uns dies després o bé fent una qRT-PCR (més sensible).

 

Però potser ens interessa més saber de forma ràpida quanta gent ha passat la infecció; en principi si es supera la infecció per #SARSCoV2 estaran immunitzats i no patiran de nou (?) la infecció ni la transmetran. Serien les 1ers persones que podrien tornar a la feina.

 

Per això empraríem els test ràpids d’anticossos (basats també en immunocromatografia) detecten el rastre que ens ha deixat el virus…només té sentit fer-los després que les símptomes hagin desaparegut o si voleu un mínim de 10-15 dies després de l’aparició de símptomes. De fet, sense ser una regla absoluta qui doni positiu a un test ràpid d’anticossos donarà negatiu a una prova ràpida d’antigen.

 

Aquests són els tests a aplicar en el futur per conèixer l’estat immunològic de la població, i fer surar tots els hipotètics asimptomàtics i pocsimtomàtics que es diuen que hi ha, perquè el SARSCoV2… ens acabarà infectant a gairebé tots.

 

Aquest tests ràpids d’anticossos també donen resultats en 10-15 min. Però fan servir una mica de sang (no secreció respiratòria) perquè cerquen les IgM i les IgG circulants a la nostra sang. Les IgM són els primers anticossos que es produeixen en el curs de la infecció i després apareixen les IgG que són les que teòricament ens conferiran la immunitat de llarga durada (?), ja que perduren a la sang, mentre que les IgM desapareixen. De tota manera, per la CoVID19 , la aparició de IgM i IgG és molt propera entre elles i lleugerament tardana, uns 10-15 dies des de l’aparició de símptomes. Però no està exempta de problemes… Pots donar falsos positius perquè tinguis anticossos contra alguna cosa semblant i que reaccionin. I a més, és una prova visual i de vegades, la línia reactiva és difícil de veure, i…es poden donar també falsos negatius.

 

En resum ambdues proves donen informació…complementària, però NO són perfectes, són mes aptes per un cribratge que per prendre decisions absolutes, definitives i demanen un suport addicional de laboratoris amb qRT-PCR, per exemple.

 

Semblen necessàries, però, per desconfinar amb més garanties.

 

 

Però aquesta, aquesta és una altra història.

Comentaris virus-lents (234): Els virus respiratoris no persisteixen 20 dies a superfícies … el coronavirus SARSCoV2 TAMPOC.

 

Aquest és un enfilall vindicatiu i una petició per contrastar dades. Jo, per necessitats diverses, una d’elles, ser el responsable de Bioseguretat de @CReSA_r, HE DE SABER la persistència de virus amb els que treballem i com inactivar-los. I quan es confirmà q treballaríem amb #SARSCoV2, perquè a IRTA-CReSA hi treballarem, vaig cercar tota la informació possible com he fet abans amb altres virus com Chikungunya, West Nile Virus, Zika, HPAI, Virus de la vall del Rift, Virus dengue, MERS coronavirus, influenza (aviar, com H5N1, H7N1 o humana com H1N1), virus amb els que també hem treballat i treballem…i treballarem.

 

Algunes de les conclusions que havia trobat fins ara, de virus embolcallats respiratoris, són:

 

  • Virus influenza A i B persisteixen 24-48 hores a superfícies no poroses com acer inoxidable o plàstic i sols 8-12 hores en roba, paper i tissue. Virus influença deixats assecar sobre acer inoxidable es podien recuperar passant el dit a les 24 hores. Veure doi.org/10.1093/infdis/146.1.47

 

  • El metapneumovirus aviar i el virus grip aviar dessecats sobre 12 superfícies poroses i no poroses, persistí fins a 6 dies però NO 9 dies, i sempre millor en superfícies no poroses que en superfícies poroses (pot haver un problema d’elució, més avall comentem que significa). Veure: doi.org/10.1637/7453-101205R.1

 

  • Es comparà viabilitat i senyal molecular de 5 soques de virus influença dessecats en 3 superfícies (cotó, microfibra, acer inoxidable). Concentració inicial, entre 10.000 i 1.000.000 virus. Els virus viables arribaren tot just als 14 dies, sols en acer inoxidable, i només 7 dies sobre cotó i microfibra; per contra la senyal molecular, la detecció del genoma de influenza va donar positiu TOTA LA DURADA DE L’ESTUDI, set setmanes. NO va haver diferències entre soques, TOTES es comportaven igual. Veure: doi.org/10.1016/j.jhin.2016.12.003

 

  • Influenza A virus dessecat sobre guants de goma, una mascareta N95 (o FFP3, recordeu l’enfilall de protecció respiratòria, o l’entrada anterior d’aquest blog, la 233), o sobre una granota Tyvek o acer inoxidable va mantenir la seva infectivitat 8 hores a tots els materials i nomes arribà a les 24 hores de persistència al guant de goma. Veure: https://link.springer.com/article/10.1007%2Fs12199-010-0149-y

 

  • El virus pandèmic pH1N1 va ser inoculat sobre diverses superfícies “casolanes”. El genoma es detectà sense alteracions significatives a les 24 hores però la infectivitat viral es mantingué nomes 4 hores per molts material i no més enllà de 9 hores en alguns materials no porosos. Caigudes de 4 log, que són 10.000 virus, o un 99,99% d reducció. Els autors conclouen que la transmissibilitat a través de superfícies és possible però improbable si no hi ha recontaminacions (que és el que passa habitualment en el domicili d’un infectat). http://dx.doi.org/10.1371/journal.pone.0027932

 

  • El vius pandèmic influenza A H1N1 romangué infecciós (estem parlant de reduccions de 5 log, és a dir 100.000 virus) durant 48 hores en superfícies de fusta, 24 hores en acer inoxidable i superfícies plàstiques, i 8 hores en roba, encara que els autors apunten a un problema d’elució, que podria ser que el virus quedés segrestat per la textura del material; tanmateix a efectes pràctics si no queda disponible per ser recollit per la suor d’un dit, epidemiològicament seria irrellevant. https://www.ajicjournal.org/article/S0196-6553(13)01332-1/fulltext.

 

  • I, com sempre, el outlier, que ens ha de fer estar alertes, les dades són les que són… Els autors troben que dues soques de virus Influenza A, dessecades sobre acer inoxidable i mantingudes a 18-25ºC en diferents HR, només experimentaven 2 log10R, caigudes del 99% de la seva infectivitat als 7 dies. http://dx.doi.org/10.1128/AEM.04046-15

 

SARS portada EID

 

I òbviament la referència canònica de Kampf et al, 2020 https://www.journalofhospitalinfection.com/article/S0195-6701(20)30046-3/fulltext o l’article d’aquesta setmana sobre SARSCoV1 o SARSCoV2 citat a @basics de @beteve de Doremalen et al., … https://www.medrxiv.org/content/10.1101/2020.03.09.20033217v2

 

Dels dos he fet enfilalls per comentar-los però em sap greu, no els trobo, si algú els pot recuperar i penjar-los seguits a aquest en farà un favor. Ras i curt, com ens hauria d’agradar a tothom, la persistència més enllà del 7 dies és purament anecdòtica i només sobre superfícies no poroses, les més favorables, ja que les caigudes previstes estan per sobre 4 logs. En cartró aquestes inactivacions s’assoleixen abans dels 4 dies (van Doremalen et al., 2020). Però és que si mireu la revisió de Kampf NO hi ha CAP persistència de cap #coronavirus avaluat MÉS ENLLÀ dels 9 dies.

 

En això tenim una miqueta de sort, el #SARSCoV2 no és un virus massa resistent a l’ambient ni tampoc als desinfectants…la resta ja és cosa nostra. Bé, nostra, nostra, no, que des de Madrid ens han de dir el que “ens convé”, oi?

 

 

Però aquesta, aquesta és una altra història, oi.

Comentaris virus-lents (233): Protecció respiratòria i SARSCoV2.

 

Fa uns quants dies vaig publicar un enfilat de tuïts sobre mascaretes i protecció respiratòria. L’objectiu del fil era, i és, que la gent no acostumada a aquests elements entengués els seus usos i diferències.

Que calguin o no ara mateix, o en un moment futur, és tema de més d’una discussió. Anem amb el fil, que alguns ja coneixereu…

 

“Bé, posem-nos en situació. #SARSCoV2 està a casa del veí i ara toca pensar que fer. Ja he fet un fil previ sobre la capacitat de persistència i resistència a la desinfecció dels #coronavirus. Ara anem a això de la protecció respiratòria.

Primer, #SARSCOV2 però també els anteriors, #MERS i #SARS, NO SON AEROGENS. NO és podem TRANSMETRE per l’aire. Els #coronavirus pesen, van cavalcant en gotes, que tenen un pes i volum que les fa caure en el primer parell de metres. Això si, allò que cau, es diposita…

sobre superfícies i les contamina.
Quan un esternuda o estossega genera aquest núvol de microgotes, inestables, q cauen, no hi ha #coronavirus a 10 o 15 metres de distància. Per evitar això és per la única cosa que són útils les mascaretes quirúrgiques,

que no s’ajusten a la cara però q sí q bloquegen les flegmes q surten de boca i nas.
Per tant ajuden a q tu no encomanis si tens la infecció, però no sols de #SARSCoV2 si no també si tinguessis la grip. Però res més, les mascaretes quirúrgiques no són Equips de Protecció Respiratòria, #EPIs.

I les mascaretes de “veritat”? Les mascaretes autofiltrants tenen un petit filtre que retè les partícules i recordeu que els #coronavirus són partícules i van sobre altres partícules (les gotes). Però si no es porta ben ajustada al nas, la barbeta i les galtes, no serveix de res.

Per cert s’han acabat les barbes, cal afaitar-se. De fet més d’un em mira malament al @cresa per això, però és el que té ser responsable de Bioseguretat. Bé, seguim. Segons la norma europea EN 149, s’estableixen tres nivells de protecció: FFP1, FFP2 i FFP3 en funció d’eficàcia filtradora.

FFP1, FFP2, FFP3 tenen respectivament una eficàcia de filtració MÍNIMA del 80%, 92% y 99%. Cap filtra absolutament, i porten el filtre integrat, no necessiten ni admeten recanvis ni manteniment especial (si us plau NO les doblegueu), i es descarten UN COP USADES.

Per cert, els que s’estiguin preguntant, FFP? FFP? Què és FFP? Aquí les coneixem com mascaretes però als països anglosaxons és la “Filtering Face Piece”. Les mascaretes només cobreixen boca i nas i poden tenir una vàlvula d’exhalació per millor les prestacions i reduir la humitat interior.

I abans de fer un descans, i sopar… què són llavors les mascaretes N95, N99 i N100 americanes? Com les fem correspondre a les “FFP europees”? #Filtració #SARSCoV2 #virusrespiratoris #EPIs

Tornem-hi, amb aroma de taronja a les mans. Les mascaretes N95, N99 i N100 corresponen a la descripció americana i fa referència a la seva eficiència, del 95%, 99% i 99,9% (que arrodoneixen a 100%). Normalment les N95 es fan equivaldre a les FFP2 i les N99 a les FFP3.

La @WHO recomana sempre que estem davant d’una possible font d’emissió d’ aerosols (núvol de microgotes) infecciosos (però no per #SARSCoV2 si no per coses més clàssiques però també mortals com tuberculosis, xarampió..) una mascareta que filtri un mínim del 95%…

el que equival a una N95 americana o bé una #FFP2 o #FFP3 europees. Però compte, una FFP1, FFP2 o FFP3 quasi són indistingibles en la distància; el marcatge és diminut però fàcilment localitzable. Cal mirar el filtre de la màscara i la caixa, que no us passin bou per bestia grossa.

Aquí teniu una imatge d’una FFP3…

3m-9332-mascarilla-ffp3-con-valvula_ml

I ara una imatge d’una FFP2…

mascarillas-fpp2-con-valvula-3m-8825_ml

I ara una imatge d’una FFP1…

98953-9061957 ffp1

I un cop vistes, ja us dic jo que sempre em miro el marcatge perquè cada empresa té els seus disseny i es poden confondre les qualitats. I ara, el debat…com posar-se la mascareta. Al nostre centre, @cresa la instrucció es posar-se-la així. La col•locació es important però la retirada…

ENCARA ho és molt més, sobre tot en ambients compromesos com habitacions d’hospitals amb malalts o laboratoris on es treballa amb el #SARSCoV2. El donning and dofing que diuen els anglesos millor explicat aquí…
https://www.registerednursern.com/how-to-don-and-doff-n-95-mask-respirator/

I uns darrers consells. Són d’un sol ús? Sí. Les reutilitzem a molts centres? No hauríem però per segons quins usos, sí. Quantes vegades? A criteri format; si està perfecta, no arrugada, no bruta, i en funció de l’activitat, diversos cops, però NO massa cops. Si la recicleu, guardeu-la en lloc sec,

perquè s’assequi el filtre. I renteu-vos les mans abans i després de fer-la servir. Hi ha més coses però aniran sortint. I sobre tot, recordeu que protegeixen fins a cert punt. Tot risc es producte de probabilitat i conseqüències, i va bé recordar-ho sempre. #SARSCoV2 #filtració #EPIs”.

 

 

I aquí acaba el fil. La situació des de que el vaig escriure ha canviat força. Per exemple ara hi ha diversos cops més casos de SARSCoV2 a Catalunya, i a Espanya hi ha 15 o 20 vegades més. El SARSCoV2 es va estenent però amb les circumstàncies i densitats d’infecció actuals l’ús de mascaretes pel carrer és i serà una mesura sense cap utilitat. I encara que tinguéssim milers de infectats repartits per Catalunya serien probablement inútils.

 

Les mascaretes són útils, i repeteixo, són útils, no feu cas de ningú que digui que no són efectives, quan estem de forma continuada i propera exposats a una font emissora, com un malalt, i molts cops en situacions de risc, com ho són algunes manipulacions o pràctiques mèdiques.

 

Perquè el sistema sanitari i els seus treballadors són la nostra primera barrera de defensa. Si la debilitem, o comencem a tenir baixes per infecció quan tenen cura dels infectats previs tindrem un problema seriós, permeteu-me ser cru, de reposició, per un costat, i de massificació hospitalària per l’altra.

 

Però aquesta, aquesta és una altra història.

Comentaris virus-lents (232): Donant-li voltes a la CFR del SARSCoV2.

 

 

Primer, què és la CFR? Es la Case Fatality Rate, o Case Fatality Ratio, o Ratio de Casos Fatals, en altres paraules, quantes persones han mort a conseqüència d’una causa, respecte el total de persones que han patit (o han estat diagnosticades) d’aquesta causa.

El que ve a continuació és un enfilat sense cap modificació que vaig penjar a Twitter i que la gent va valorar positivament. D’això fa ja unes dues setmanes. El poso en aquest canal, que no és equivalent.

 

 

“Serà millor explicar-ho numèricament. Imaginem que tenim 100 casos diaris de infecció per #nCoV2019 o #2019nCoV. El període d’incubació és 1 setmana i als 10-15 dies els casos es recuperen o…es moren. A dia 1 tindrem 100 casos; a dia 2 tindrem 200 casos; a dia 3 tindrem 300 casos, etc.

Fins ara cap mort (sempre hi ha outliers, però, gent que està als extrems de la distribució normal), perquè hem quedat que no es mor ningú fins els 10-15 dies. Bé, seguim. Dia 8, 800 casos, dia 9 arriben a 900 casos i el dia 10 un miler de casos.

I llavors comença a morir gent perquè ha transcorregut prou temps d’incubació, i alguns casos han esdevingut greus, fins i tot mortals. Dia 11, 1100 casos i 15 morts (posem 15% dels casos del 1er dia); dia 12, 1200 casos (100 més del dia anterior) i 30 morts… #nCoV2019 #2019nCoV

que resulten d’afegir als 15 morts del dia 1 un cop passats 10 dies, 15 morts més del dia 2, quan han passat 10 dies per ells. Podem seguir un tercer dia, 1300 casos i 45 defuncions (món perfecte, 15 + 15 + 15). I ara ens donen la Case Fatality Rate, #CFR, i ens diuen que han mort 45 persones…

d’un total de 1300 afectats per #nCoV2019 o #2019nCoV, i això fa 45/1300 un #CFR de 3,5%. La dada sembla robusta però estrictament és falsa. Podríem dir que el CFR serà COM A MINIM del 3,5% perquè només els 300 casos inicials han arribat al moment de la veritat, aquell en el que…

es recuperen o sucumbeixen. Per tant si féssim el #CFR només pels 300 que han complert el cicle de 10 (o 14 dies o 3 setmanes) la #CFR seria del…15% ja que han mort 15 persones de cada 100 casos aquells 3 dies. L’autor apunta que això ja va passar a l’epidèmia del #SARS on el…

#CFR va anar escalant setmana rere setmana. En el cas que ens ocupa, la propagació de #nCoV2019 va massa depresa i la #CFR es mantindrà baixa, artefactualment, perquè els nous casos engreixen el denominador. Només si es tallés en sec el nombre de nous casos i es deixés…

evolucionar el numerador, els casos fatals, un cop transcorreguts els 10, 15 dies, al final, tindríem només casos fatals i gent guarida; ara tenim 2-3% de casos fatals respecte el total (incloent els ingressats avui mateix), un 15-20% de casos greus (que inclou a la gent que ha…

arribat a la bifurcació, i la resta casos benignes o gent ja guarida). Aquest 15-20% serà el rebost de nous casos fatals. Cal estar molt atent a evolució del ratio casos fatals:guarits per #nCoV2019. Si queda estable en 1:3 o 1:4 la meva previsió és q tindrem molts milers de morts.

Alhora…si el nombre d’admissions decreix i en lloc de 100 entren 10 cada dia veurem com la #CFR pujarà perquè, maleits números, morirà cada dia més gent (15) per #nCoV2019 o #2019nCoV que la que ingressa (10)!!…com a mínim durant 10 dies.

Com ja vaig dir en el seu moment, tot és molt fluid, tot és molt atzarós. #nCo2019 #2019nCoV.”

 

SARS portada EID

 

I aquí acabà l’enfilat. Des de la data aproximada de difusió per Twitter la #CFR publicada per la OMS, que estava al 2%, ara està en el 3,5% i com diuen a la borsa, amb tendència alcista. I la calculada pel mètode menys ortodox ha baixat del 15% al 7%. I com he repetit diverses vegades, la realitat estarà entre els dos valors…clarament pitjor que la grip, em sap greu, però res cataclísmic.

 

 

I convé que se sàpiga, perquè tots podem fer coses per ajudar a fer caure la #CFR. No us ho havien dit? La #CFR no és immutable, ja ho heu vist si heu llegit aquesta entrada, si no que, a més, canvia en funció d’esforços i actituds col·lectives però també individuals. Sí, depèn de la informació que donen els canals oficials, de les seves accions i de com involucren a la població. I sí, depèn de la teva actitud, de la seva, de la meva…

 

 

Però aquesta, aquesta és TOTA una altra història.

Comentaris virus-lents (231): Coronavirus en la bifurcació de Wuhan.

 

Des de l’inici “oficial” del brot, en data 31 de desembre, portem ja cinc setmanes d’evolució. Els primers casos, que constitueixen el clúster de Wuhan, van començar a mostrar símptomes a mitjans de desembre encara que hi ha un cas, inconnex amb la resta del clúster, de començaments de desembre, que a més no està lligat epidemiològicament al mercat de carn viva de Wuhan, i que ho complica o incomoda tot. Perquè fa que no puguem descartar que el virus ja estigués circulant unes setmanes abans, inadvertidament.

 

En qualsevol cas, quan escric aquesta entrada, uns 35 dies des de l’inici oficial, les compte oficials, que ens creurem fins que es demostri el contrari, parlen de més de 25000 afectats i al voltant de 600 morts. És una xifra que subestima, SEGUR, l’abast, ni que sigui inconscientment perquè possiblement no compta els casos asimptomàtics i aquells simptomàtics que no reporten el seu estat.

 

En qualsevol cas, la pregunta a fer-se és…fins quan i per convertir-se en què?

 

Perdoneu la personalització poètica però el virus està en una bifurcació i no decidirà conscientment, serà atzarós.

 

S’encaminarà com el SARS a la contenció i fins i tot a una aturada completa de la seva propagació? Per cert un mal negoci perquè no va permetre incentivar el desenvolupament d’una vacuna efectiva…i no va permetre “provar-la”; no sabem si ara hagués estat efectiva.

 

 

SARS portada EID

 

 

O ha vingut per quedar-se, perquè serà capaç de generar brots o epidèmies auto-sostenibles a diferents països i grans ciutats a través de la exportació de casos pre-simptomàtics, en període d’incubació, abans de mostrar símptomes?

 

No estem davant d’un virus de transmissió fecal-oral com és poliovirus, per cert encara no eradicat, o rotavirus o norovirus; estem davant d’un virus respiratori que per definició són especialment difícils de controlar.

 

El nCoV derivarà cap a un coronavirus que generi simptomatologia majoritàriament benigne com les soques 229E o OC43, descobertes a mitjans dels 60 del segle passat, o NL63 o HKU1 descrites tot just després de l’aparició del SARS? Està descrit a més que entre el 20 i el 30% de les infeccions amb els coronavirus clàssics són asimptomàtiques (un aspecte del que hi ha certes proves també pel nCoV). Serà el cinquè coronavirus endèmic humà, un virus que comparat amb la grip o influenza estacional es farà somriure commiserativament? Tindrem un altre virus que col•laborarà com a causa d’una tercera part del refredats, afectant de forma més severa però habitualment no mortal (habitualment per episodis de pneumònia) als mes joves i als mes vells? Un virus que segur contribuirà a generar més infeccions, més malalties i més morts, però un virus més?

 

O nCoV es comportarà com el virus de la grip i vindrà en ones anuals, de caire estacional, però tindrà una distribució global, pandèmica. El petge en infeccions i sobre tot en morts (ara la CFR està en torn del 2% però de ben segur que serà menor un cop avançada la epidèmia perquè pensem que molts casos benignes no estan entrant en el càlcul) seria encara desconegut però dos factors ens bufen a favor.

 

El primer és que els coronavirus són virus ARN però a diferència de molts virus ARN són bastant estables genèticament. Tenen una taxa de mutació baixa, per mecanismes correctors intrínsecs. SARS i nCoV, que té certa homologia amb el primer, i que tenen ancestres comuns amb coronavirus de ratpernats, muten amb molta més lentitud que influenza (recordem, un virus de doble cadena ARN segmentada que pot bescanviar segments) o HIV. I les seqüències estudiades dintre del brot mostren, fins ara, una alta estabilitat. I quantes més rondes de replicació, per poca evolució que hi hagi és possible que entri en un procés d’atenuació, que el faci lliscar cap a una menor virulència. Però potser parlar de menor virulència davant d’una població del tot naive és massa agosarat. El que és cert és que els virus cerquen transmissió, i una persona greu o amb forta simptomatologia transmet menys que una que es pot moure i relacionar-se perquè només té molèsties no incapacitants. I aquí recordeu el que hem anat comentant sobre Ebola virus.

 

Que aquest virus esdevingui pandèmic i desprès sigui un virus que segueixi el “comportament” o l’estela de la grip, en el que a dinàmica d’infeccions es refereix, dependrà de quanta gent s’infecti i fins on de lluny arribi en aquesta primera onada, que podria ser la pitjor precisament per tractar-se del primer contacte amb el virus. Els altres coronavirus generen certa immunitat però no és creuada ni dura tota la vida; per tant gràcies per res, 229E, OC43, NL63, HKU1. En aquest escenari, que jo crec més probable, tindrem, com a mínim, un altre virus que farà la competència al virus de la grip.

 

Més infeccions, més malalties, més mortalitat, particularment en països pobres, sense prou recursos o sanitats malmeses. Particularment, en persones d’edat avançada i/o amb problemes de salut preexistents.

 

Però aquesta, aquesta és una altra història.

Comentaris virus-lents (230): Corona creixent; algunes notes sobre desinfecció.

 

Aquesta és una entrada sobre persistència i inactivació vírica aplicada al nou coronavirus, nCoV2019, o coronavirus de Wuhan, en la que no posaré cites, i que es basa en el que recordo de lectures prèvies, algunes de fa dècades; si cal en un altre moment anirem a les fonts, algunes de les quals ja estan al meu TimeLine de Twiter.

 

Primer, el nou coronavirus 2019 és un virus embolcallat, com a membre de la família Coronaviridae. Per definició, i en general, els virus embolcallat són més sensibles als tractament químics i tèrmics que els virus no embolcallats (per exemple, poliovirus, rotavirus, astrovirus, calicivirus, etc.). I això aplica també als paràmetres ambientals que determinen la supervivència dels virus a l’ambient como són la temperatura, la radiació solar amb el seu component de llum ultravioleta (òbviament això no té cap impacte dins els edificis), la humitat relativa, i els factors biotics que aquí no juguen gaire paper. Això és bo, un virus respiratori no embolcallat que aguantés setmanes seria un malson.

 

 

SARS portada EID

 

 

Segon; els virus, a diferència dels bacteris, NO poden incrementar el seu numero un cop fora del hoste, en aquest cas el cos humà. Tota excreció o secreció vírica perdrà títol infecciós des del segon 1. Per això funcionen les quarantenes d’espais. Deixar un espai abandonat durant dies permet que quan un entri la càrrega víric ambiental s’hagi reduït diversos logaritmes. Per cert, aquest paràmetre sí sortirà diversos cops, una reducció de 1 log10 (1log10R) vol dir una caiguda de títol infecciós del 90%; per tant 3log10R vol dir que s’ha reduït el títol un 99,9%, i per tant que només queden 0,1% dels virus inicials. Això aplica a tots els espais i superfícies. I dintre de les superfícies podem considerar un passamà, un pom de porta, una encimera, un respatller de cadira, un mocador, la pròpia pell del palmell de la mà…

 

Tercer; les superfícies també afecten a la supervivència dels virus. Un mateix virus no sobreviu igual en totes les superfícies. En principi, la regla general és que les superfícies no poroses, llises, com podrien ser metalls, vidres, lacats, etc. permeten que el virus es mantingui viable per més temps. Sobre les superfícies poroses, com serien els tèxtils, cotons, papers, i les seves combinacions, apòsits, bolquers, etc. els virus, en general, mostren menor persistència. I aquesta regla també aplicaria als coronavirus encara que hi ha articles que descriuen o modelitzen transmissió nosocomial (en àmbit hospitalari) del coronavirus del SARS o del MERS per ítems de l’habitació. Hi ha alguna publicació que indica que els coronavirus 229E i OC43 tenen caigudes de 0,2log10 per hora en condicions “ambientals”; per tant en un període de 24 hores hauran perdut prop de 5 log10 del títol víric inicial, és a dir, un 99,999%. Però si tenim 10 o 100 milions de virus per ml, o per cm2 això pot no ser suficient. Com manegar això? Pel que fa a les superfícies poroses, mitjançant els desinfectants; pel que fa les superfícies no poroses mitjançant la neteja en calent…fins on jo recordo, alguns coronavirus han demostrat la seva estabilitat a 56ºC però perden molta infectivitat quan se’ls exposa a 65ºC o temperatures superiors.

 

Quart; òbviament nosaltres podem forçar aquest die-off natural mitjançant els desinfectants, que permeten assolir caigudes de títol víric de 4 o més logaritmes (el llindar d’efectivitat pels desinfectants està posat en aquests 4 ó 5 log; és a dir que permetin assolir reduccions del 99,99% o 99,999% de la població vírica inicial). Un altra discussió és com es fan aquestes proves ja que hi ha test en suspensió (barats, fàcils de fer però que no reflecteixen totalment les condicions d’actuació del desinfectants) i els assajos “carrier” o en superfícies (més cars, difícils de fer però més realistes). En aquest cap i tornem al punt 1, el nou coronavirus, com els vells coronavirus (229E, OC43, descrits ja als 60’s del segle passat, però també SARS i MERS, que són del nostre segle) s’ha demostrat sensibles als alcohols con solucions d’etanol al 70%, isopropanol al 50%. Es pot inferir que tot detergent o solució que tingui un efecte sobre els lípids tindrà un efecte sobre els coronavirus dessecats sobre superfícies senzillament perquè ataca el seu embolcall i altera o fa perdre les molècules proteiques que han de reconèixer els receptors de les cèl·lules susceptible, del hoste.

 

Cinquè; la desinfecció pot ser dissolutiva, o emulsionant, amb alcohols o oxidativa, amb agents oxidants com seria el clor, o els peròxids (com l’aigua oxigenada, el H2O2). Pel que recordo, concentracions de 5000 ppm (1000 ppm podrien ser suficient) de clor lliure (recordem que el lleixiu domèstic té entre 40 i 50 g/l, i això vindrien a ser 40.000 a 50.000 ppm; caldria fer una dilució 1/10 o 1/20 en aigua d’aixeta) són efectives en l’eliminació de virus sobre superfícies i això inclouria els coronavirus, que no són ni de lluny els més resistents. Recordeu però que cal un temps de contacte mínim per que sigui efectiu; la majoria dels estudis de desinfecció estan entre 5 i 10 minuts.

 

Sisè, la desinfecció és un procés complex que ve afectat per paràmetres diversos; parlant planerament, un coronavirus estarà molt més protegit en una secreció voluminosa plena de mucus que no en una equivalent que sigui molt aquosa, perquè la matèria orgànica protegeix els virus de l’acció desinfectant però també, recordeu, de l’acció dels factors inactivadors mediambientals. Un pas més enllà és si el virus, com se sap de SARS, està també a l’orina i les femtes, on la quantitat de matèria orgànica és més elevada encara. Per això és molt important també el concepte del temps de contacte. Quan apliquem un desinfectant cal deixar-lo un temps de contacte amb la superfície a tractar i no retirar-lo immediatament. Les reduccions de títol de coronavirus amb els alcohols esmentats s’assoleixen als 10 minuts de contacte, no són immediates.

 

Setè; totes aquestes notes es fan assumint que els diferents membres de la família coronavirus (els coronavirus felí, caní, boví, porcí, els coronavirus humans 229E i OC43, o el HKU1, o SARS o MERS o nCoV, etc.) es comporten igual. Es una assumpció gens agosarada perquè l’acció desinfectant i mediambiental té a veure amb l’estructura i composició dels virus i no amb les seves característiques antigèniques, o canvis en la seqüència que determinen mínims canvis en receptors, però sempre hi ha excepcions.

 

Ho esmento perquè, vuitè, no us cregueu al peu de la lletra cap reclam de que tal o qual desinfectant és efectiu versus SARS o MERS (òbviament respecte el nou coronavirus és impossible perquè no hi ha hagut temps de testar-lo). Si ho és, és sobre el paper, a partir de les dades que us he comentat breument, però no haurà estat, quasi amb tot seguretat científicament provat amb el virus en qüestió.

 

Però allò principal, abans i després de tot, una bona higiene de mans amb un rentat exhaustiu amb sabó per un mínim de 20 segons. I esternudar contra ja sabeu quina part del cos. I aquests costums no haurien de practicar-se només en període d’epidèmies.

 

 

Però aquesta, aquesta és una altra historia.