comentarisviruslents

Aquest blog és una seguit de comentaris personals i probablement poc transferibles sobre ciència i política.

Archivos mensuales: mayo 2015

Comentaris virus-lents (111): Norovirus, els axiomes estan per ser trencats.

Un estudi publicat el mes de març al Clinical Infectious Diseases titulat Detection and Quantification of Airborne Norovirus During Outbreaks in Healthcare Facilities, alerta que aquest virus, que infecta anualment centenars de milers de persones a tot el món, i arruïna moltes vacances a creuers (per una entrada específica sobre aquest tema pitgeu enllaç https://comentarisviruslents.org/2014/07/07/comentaris-virus-lents-16-norovirus-i-creuers-laxants/), es troba suspès a l’aire d’ambients amb malalts i per tant pot propagar-se a través d’ell a persones no infectades.

dsnorovirus_379px.jpg

El corol·lari a tot això seria que les precaucions de seguretat implementades actualment per controlar els norovirus podrien no ser suficients i seria una possible explicació de per què els brots de norovirus son difícils de contenir i eliminar.

Les mesures actuals, tenint en compte que es tracta d’un virus de transmissió fecal-oral, als entorns hospitalaris, estan pensades i dissenyades per limitar el contacte directe amb els pacients infectats, i les fomites properes. Tenint en compte aquestes dades, però, potser ha de valorar-se una possible transmissió aèria dels norovirus, amb la qual cosa l’ús d’unitats mòbils de filtració d’aire o la utilització de protecció respiratòria (mascaretes FFP3 o NS95) quan es té cura de pacients amb gastroenteritis podrien ser adients.

norovirus

Norovirus vistos per micrografia electrònica.

Les dades epidemiològiques indiquen que els norovirus són l’agent causal de gairebé el 50% de casos de gastroenteritis vírica (recordeu febre, diarrea, vòmits, i dolors abdominals), el que moltes vegades és mal anomena grip estomacal (la “stomach flu” anglesa) per molt que aquí el virus influenza, el virus de la grip no te cap intervenció.

L’estudi s’ha dut a terme en 8 instal·lacions hospitalàries on s’atenien brots de norovirus. Els investigadors van recol·lectar mostres d’aire, un total de 48 mostres, a un metre dels pacients, al nivell de la porta de les seves habitacions i a les estacions d’infermeria, localitzades en alguns casos a desenes de metres. La recol·lecció es feu amb un mostrejador d’aire, un aparell que filtra l’aire i segresta tot el material particulat que després s’analitza. Per tant no s’analitzava la seva presència a possibles superfícies contaminades o fomites.

En sis dels vuit centres es trobaren norovirus a l’aire. Els virus foren aïllats en un 54% de les habitacions dels pacients malalts que es van assajar; en un 38% de les portes de les habitacions de malalts que menaven als passadissos i en un 50% de les estacions d’infermeria assajades.Les concentracions del virus anaven de les 14 a les 2.350 partícules per metre cúbic d’aire. Els autors de l’estudi assenyalen que una dosi de 20 partícules de norovirus és normalment suficient per infectar algú. Tenint en compte que inhalem una mitjana de 10-15 litres per minut en una activitat normal, basal (http://www.arb.ca.gov/research/resnotes/notes/94-11.htm), en 60-100 minuts haurem arribat als 1.000 litres, o 1 metre cúbic. En una jornada laboral normal de 8 hores, assumint valors constants, hom podria inhalar entre 100 i 18.000 partícules de norovirus.

Tanmateix no saben si tots els norovirus suspesos a l’aire són tots infecciosos, ja que la detecció es feu per presència d’àcid nucleic (fent servir la reacció en cadena de la polimerasa, com a CSI), i els norovirus humans no son cultivables, no es poden propagar. Proves indirectes, però, apunten a que resistirien bé aquestes condicions i arribant a la cavitat nasal podrien vehicular-se passivament cap a gola i tracte digestiu on generar infecció.

És evident que caldran més proves però no deixa de ser un toc d’alerta. No estem parlant de projeccions de vòmits o exudats que resten a poques desenes de centímetres del pacient i es dipositen ràpid, i que es poden gestionar portant guants i desinfectant sovint les superfícies o fomites afectades. Estem parlant d’un material que es manté en suspensió, per temps indeterminat.

Res, doncs, que els norovirus, acostumats als creuers (veure entrada 16) ara s’han tret una mena de passatge d’avió.

Però aquesta, aquesta és una altra historia.

Anuncios

Comentaris virus-lents (110): I els virus cobriran la terra…

Per cada espècie d’ésser viu sobre la Terra hi ha una panòplia de virus diferents capaços d’infectar-lo. Això converteix aquests petits éssers en la major font de biodiversitat sobre la Terra amb el permís dels bacteris. Els núvol poblacional viral, bigarrat i complex, és el que alguns venim a dir “virosfera”, de la que, com a la resta de la natura, en coneixem solament una petita part. A més aquesta petita part està esbiaixada pel nostre interès, ja que practicant un antropocentrisme fins a cert punt explicable, coneixem millor els virus que ens interessen des d’el punt de vista de la salut, els virus que ens infecten, en afecten, a nosaltres, als nostres ramats, o a les nostres collites.

 

I com arribem a aquesta conclusió tan agosarada. Ja fa 20 anys que el viròleg Stephen Morse va suggerir que hi havia un milió de virus que infectaven vertebrats (pel senzill càlcul de assumir la presència d’un mínim de 20 virus per cadascun dels 50.000 vertebrats del planeta). Vint no és un nombre massa alt; penseu en virus que infectin l’espècie humana i molts hi arribareu sense gaire esforç; i recordeu que nosaltres som una espècie més, i no el cim de res. Per exemple, si parlem d’herpesvirus n’hi ha vuit que infecten a humans, però hi ha nou que infecten equins i 5 que infecten bovins…si això es representatiu, i pensem en les més de 5400 especies de mamífers (que són aquells descoberts, no els existents) tenim un nombre d’herpesvirus més que considerable. Si obrim el focus veurem però que també hi ha herpesvirus que infecten aus, rèptils, amfibis i cadascun d’aquestos excedeixen en nombre als mamífers. I ara ens aturem perquè si incloem en l’equació als invertebrats, la complexitat dels quals ultrapassa a la dels vertebrats, el cap ens començarà a rodar. Però quan heu pensat en virus que ens poden infectar a l’espècie humana potser heu comptat un parell d’herpesvirus (família Herpesviridae) però també, potser, el virus de la hepatitis A, o el poliovirus, de la família Picornaviridae; el virus de la verola (família Poxviridae); el virus de la febre groga, o el dengue, o el virus West Nile (família Flaviviridae); els rotavirus (família Reoviridae), els astrovirus (família Astroviridae); el virus de la grip (família Orthomyxoviridae) el virus de la immunodeficiència humana (un lentivirus de la família Retroviridae). I ara hem de pensar que aquestes famílies víriques potser tindran la mateixa distribució i variació que la família Herpesviridae. I que tenim molts virus pendents de ser classificats, encara. I a tots aquests virus cal afegir els virus no patògens, que circulen silenciosament i que probablement excedeixen en nombre als coneguts. I els virus de plantes, i els virus que infecten bacteris, i els virus que infecten fongs, i els virus que infecten paràsits. Que passa, doncs, amb les virus desconeguts? Podem aixecar una mica el teló?

 

virus families drawn

Fa uns anys es feu un estudi a partir de poc menys de 2000 mostres (orina, hisops bucals o de gola, femtes) d’un ratpenat frugívor (sí, els que s’alimenten de fruites), el Pteropus giganteus, i es cercaren seqüències virals per la reacció en cadena de la polimerasa (PCR), el seu viroma*. L’elecció de l’animal no fou baladí ja que se sap que els ratpenats hostatgen molts virus diferents, alguns patògens d’humans, com el virus Nipah. Els assajos de PCR es dissenyaren per detector virus de nou famílies virals. Es detectaren al final 985 seqüències víriques de 7 famílies virals, que incloïen 11 paramyxovirus (Nipah i deu nous virus), 14 adenovirus (13 d’elles nous, no descrits fins ara), 8 astrovirus (tots ells nous), 4 diferents coronavirus, 3 polyomavirus (tots nous)…i molts herpesviruses, nous també. Per mes detalls veure enllaç http://www.virology.ws/2013/09/06/how-many-viruses-on-earth/

Per tant si no tenim més virus descrits és per no cercar de forma exhaustiva i organitzada.

Sí, sí, això està molt bé, tot plegat, però…quans virus hi ha a la Terra?

En una entrada anterior havíem parlat que nosaltres estem plens de bacteris. Una part del nostre pes són bacteris, el nombre de bacteris excedeix en nombre de les cèl·lules eucariotes del nostre cos. Que pensaríeu si us digues que el nombre de virus excedeix al de bacteris. Som un portaavions viral. I aquí és on més clarament veiem que es trenca la relació mediàtica entre virus i malaltia. La majoria dels virus del nostre cos son “innocus”, no patògens. Certament hi ha bad guys, però son minoria. Con es va comentar prèviament (entrada 16, dedicada als norovirus) en un gram de femtes d’una persona infectada por haver-hi més de 108 virions (100.000.000 partícules víriques). Però quan estem sans també excretem valors semblants, tota una caterva de centenars d’espècies de virus diferents, en cada gram de femtes. Es tracta de virus, els bacteriòfags, que infecten els nostres bacteris intestinals, encara que també podem alliberar virus que adquirim al consumir aliments o aigües contaminades, els virus entèrics, i que poden propagar-se en el nostre tracte gastointestinal, arribant a l’exterior amb les nostres femtes, moltes vegades sense que ens adonem (infeccions asimptomàtiques). També podem alliberar virus a través de totes les nostres secrecions  orals, nasals, oculars, vaginals, etc. I el nostre patró d’alliberament de fraccions del nostre viroma canvia d’individu a individu, i dins d’un mateix individu canvia amb el temps. I el que val per nosaltres val per la resta d’animals, en major o menor grau.

 

Però nosaltres o la resta dels animals tenim un cert pes a la Terra però res comparable amb el volum i la masa de l’aigua de mar.

 

earth_blue_planet_globe_219085

Des de fa més de 20 anys se sap que en un litre d’aigua de mar hi ha entre 109 i 1010 partícules víriques. Aquestes concentracions no són fruit d’un estudi aïllat si no que s’ha corroborat a diferents localitzacions i per diferents autors, amb algunes variacions (hi ha més virus a les aigües costaneres i al volum d’aigua on arriba la llum, la zona fòtica, on hi ha més activitat metabòlica, més vida). Si es calcula que la quantitat d‘aigua total a la terra està al voltant de 1.386.000.000 km3, comencem a adonar-nos de l’enormitat dels números. Recordeu que 1 km3 son 1.000.000.000.000 litres, i ara recordeu que les estimacions parlen de 1010 partícules víriques per litre. ¿Que us surt?  A grosso modo estaríem parlant de 1031 partícules víriques. I mirem per on algunes estimacions indiquen que el nombre de virus sobre la Terra podria assolir la xifra de 1031 (Wobus & Nguyen, Curr Opin Virology 2012, 2:60-62). Aquest nombre és 10 vegades més alt que el nombre de procariotes (bacteris) estimat per a tota la Terra.

De fet, en el cos humà s’estima que hi ha 10 bacteris per cadascuna de les nostres cèl·lules i probablement hi ha 10 partícules víriques per cada bacteri.

I ara que sabem l’enormitat numèrica de virus de la nostra virosfera, quan pesarien? Ja sabem com de petits són els virus però una mica sí que pesen i de mica en mica s’omple la pica, que diuen. Si assumim que una partícula vírica mitjana “pesa” al voltant de 10 attograms (10-17 grams; un attogram= 10-18  grams), un senzill càlcul ens diria que la masa total de la virosfera terrestre és de unes 108 tones (100 milions de tones). La masa de la biosfera s’estima en unes  75.000 milions de tones. Els virus són poc cosa, doncs? Bé, si la masa total de la població humana està estimada en 250 milions de tones; el total de animals d’aprofitament ramader, 700 milions de tones, i els cultius, 2.000 milions de tones, jo no diria que són poca cosa tenint en compte la seva mida.

A la vida, la mida no és mesura d’importància.

Però aquesta, aquesta és una altra història.

————-

* Viroma: per viroma entenem el conjunt de genomes de virus present en una mostra determinada, que considerem representativa d’un ambient, o un organisme, sa o malalt. Per extensió, és la població viral de l’esmentat ambient o animal.

Comentaris virus-lents (108): Seguretat alimentària, la ignorància no es bon plat.

La seguretat alimentària té uns components industrials i ecològics i un component individual com és el que resulta d’estar adequadament informat dels perills i les conseqüències de les infeccions per virus i bacteris transmesos pels aliments…i actuar en conseqüència, és clar.

Hi ha molta informació a les xarxes (entre ella algunes entrades d’aquest blog, com l’entrada 16, dedicada als norovirus i els creuers, però també les entrades 14, 15, 86 i 87, més estrictament associades a la seguretat alimentària) però aquest cop la recomanació és que mireu i viatgeu una mica per l’adreça http://mapaperills.grisc.cat/#

Una adreça institucional, amb informació bàsica però clara i ben estructurada sobre els principals riscos alimentaris que podem patir a Catalunya. És una eina creada pel Centre de Recerca en Governança del Risc (GRISC) de la Universitat Autònoma de Barcelona i l’Agència Catalana de Seguretat Alimentària, àrea especialitzada de l’Agència de Salut Pública de Catalunya. Al meu blog de tant en tant anirem al detall d’un brot o d’un patogen però moltes generalitats queden cobertes amb aquesta eina.

Per que, el que està clar (o més aviat el que no està clar) de la presència dels virus a la cadena alimentària, és:

  • Que no es coneix la proporció de norovius que es transmet per aliments. Particularment la contribució de fruites i verdures, però l’impacte per la salut podria ser significatiu atenent els nivells de consum.

  • El pes que tenen els aliments, incloent-hi el porc i els seus derivats, en la transmissió del virus de la hepatitis E, no està ben apamat però podria ser significatiu.

  • No està clar, amb les evidències disponibles, que el procés de pasteurització estàndard mínim actual de 70ºC per dos minuts pugui inactivar el VHE (o això suggereixen dades experimentals  a partir de productes de porc contaminats experimentalment).

  • El VHE podria transmetre per mol·luscs bivalves (com està demostrat per norovirus i virus de la hepatitis A), ja que s’ha aïllat ARN de VHE als mateixos, però no ho sabem del cert ni podem quantificar-ho.

  • No coneixem la rellevància epidemiològica dels portadors asimptomàtics, aquells que excreten els virus però no mostren símptomes clínics, dispersant-los sense adonar-se’n al cuinar o tocar aliments. Cal afegir, si no apliquen normes bàsiques d’higiene, que en principi redueixen força la probabilitat de transmissió.

  • No es fàcil trobar consells clars i coherents sobre la preparació d’aliments; com manipular-los per evitar contaminacions creuades amb superfícies, o fomites, i altres aliments i consells de cuina per reduir riscos més enllà del ja sabut “cocció prou temps”. Per exemple, en carn contaminada amb Salmonella i Campylobacter seria millor no rentar-la amb aigua d’aixeta per evitar la dispersió del patogen per fomites o superfícies properes; taules de tallar, marbres, plats, gots, degut a les esquitxades.

I no parlem del riscos de bacteris, no són estrictament al meu camp d’experiència, i de riscos químics, que desconec com a professional. Cal anar més endins, més enllà en la recerca i alhora s’han de facilitar consells més clars als consumidors. Perquè la ignorància no és plat de grat de ningú. O no hauria de ser-ho.

 

Però aquesta, aquesta és una altra història.

Comentaris virus-lents (109): Frederic Duran-Jordà; la bona gestió de la sang és vida, avançat al seu temps.

Durant la guerra civil espanyola, un metge meticulós, Frederic Duran Jordà va dirigir a Barcelona una complexa i amplia organització de transfusió de sang. Duran Jordà creia que la millor manera d’emmagatzemar sang no era anar darrera d’ella d’un costat a l’altre, com s’havia fet fins aquell moment, si no crear una organització gran i estable encara i els temps caòtics que es vivien.

Superada l’anarquia inicial, amb lluites als carrers a l’inici de la rebel·lió contra el regim democràticament establert, la ciutat de Barcelona, sota autoritat del govern legal, republicà, es convertí en objectiu preferent d’un Franco que, emprant les forces aèries alemanyes i italianes, la bombardejà, afectant seriosament serveis públics com la electricitat, circulació de tramvies. Les vies de transport resultaren totes elles afectades i les mercaderies costaven d’arribar, mancant aliments de primera necessitat: carn, llet, mantega.

En aquestes condicions penoses, el nostre hematòleg creà un servei de Banc de Sang i Transfusió que resultà el més avançat del món en la seva època.

Frederic Duran Jordà

Fins aquell moment les transfusions eren molt majoritàriament directes; s’extreia sang d’un voluntari i es transfonia immediatament al receptor; com a molt es conservava barrejada amb una certa quantitat de citrat sòdic per un temps curt, en fresc. Una de les poquíssimes persones que feia transfusions indirectes a Barcelona, i de fet al món, era Josep Antoni Grífols Roig (sí, avantpassat dels actuals Grífols) amb un sistema de la seva invenció.

Duran, però, ho feu a gran escala. Duran omplí un edifici de varies plantes (ubicat al centre de la ciutat, carrer Mallorca 216, entre Balmes i Enric Granados, el Febrer de 1938) amb laboratoris, neveres elèctriques (molt rares a l’època), sales pels pacients i inclús un menjador ja que en una ciutat ferida per la gana la promesa d’un menjar gratis constituïa un incentiu força interessant pels potencials donants. Decidí, Duran, aplicar les tècniques de producció en sèrie a la tasca d’obtenció de sang de donants vius (descartant, amb molt de sentit comú, l’extracció de sang dels cadàvers deguts als atacs aeris). Les extraccions es feien en dejú, amb un interval entre 3 setmanes i un mes, recollint quantitats de 300-400 ml. Per simplificar els processos, únicament recollia majoritàriament sang del grup O, la del donant universal, que es podia fer servir indiscriminadament, i que guardava en flascons amb petites quantitats d’una solució de citrat (al 0,4% final) i glucosa. Amb aquest mesura evitava la necessitat de conèixer el grup sanguini del receptor, generalment no assajat prèviament. Després de comprovar mitjançant cultius en placa d’agar l’esterilitat de la sang recollida, reunia les donacions en lots de sis, barrejant-les per aconseguir un producte més uniforme, i filtrant-les per un teixit de seda per eliminar els coàguls i agregats que s’haguessin pogut formar durant el sagnat. Finalment pujava la pressió dels flascons injectant aire filtrat per conservar la sang el més oxigenada possible.

Treballar amb lots de sang pot suposar un alt risc en cas que algun donant pateixi malalties transmissibles per via parenteral. Per evitar això, i diferenciant-se d’altres coetanis més coneguts però no per això més rigorosos (Bethune, per exemple, un metge canadenc, que realitzà la primera transfusió sanguínia al Madrid de finals de 1936, després d’haver passat per Barcelona i haver vist el servei de Duran Jordà), s’examinava amb tot el rigor possible cada donació. Es realitzaven dues deteccions diferents de la sífilis, una anàlisi del tipus sanguini, altre de concentració de glòbuls vermells i un reconeixement físic acompanyat d’un qüestionari sobre l’historial mèdic i els hàbits del donant. A més, com a mesura addicional, la sang recollida podia emprar-se únicament per dues setmanes i no més (calia que existís una interfase clara a cada ampolla entre la fase dels glòbuls vermells i el plasma i que aquest mantingués el seu característic color groc; les ampolles hemolítiques es descartaven) i abans de transfundir-se eren escalfades en un bany maria a 40ºC. Per evitar contaminacions bacterianes, el sistema constituït pel braç del donant fins el flascó de transfusió estava connectat a una xarxa esterilitzada de tubs de goma i vidre de disseny i fabricació pròpies. El sistema va funcionar de manera tan professional i inalterable que inclús en els moments de més gran privacions i atacs més ferotges, el Centre de Transfusió de Sang de Barcelona realitzava cada hora fins a setanta cinc donacions de sang. Al final dels dos anys i mig que funcionà, es registraren quasi 29.000 donants, s’arribaren a més de 20.000 donacions, i es prepararen 9.000 litres de sang.

Fins i tot va ser capaç d’idear un sistema per portar la sang al front de guerra, amb la primera unitat mòbil al món, un camió frigorífic d’un repartidor de peix (i que per exemple va ser enviat a la batalla de Brunete, quan el Servei Canadenc de Transfusió de Sang, que operava a Madrid estava en col·lapse després de la sortida de Bethune, que decidí anar-se a la Xina, on va acabar muntant el Servei de Sanitat de les tropes de Mao Tse Tung). Ja abans, però, a l’agost de 1936 el camió va ser capaç de transportat sang en perfecte estat a 300 km (tot un rècord de l’època).

La qualitat del seu treball fou reconeguda a diferents països europeus. A França, Arnault Tzanck, partidari de convocar als donants solament quan es necessitava una transfusió per evitar l’emmagatzematge, adoptà el mètode del metge català, el 11938. A Gran Bretanya, The Lancet elogià el nou mètode com “un gran avenç en qualsevol sistema que es postuli per aquest país (referint-se a Gran Bretanya). El gran avantatge, sobre tot en temps de guerres, és que resulta possible extreure grans quantitats de sang… i prepara-la per ser utilitzada en un temps molt curt sota condicions d’esterilitat”.

Tanmateix, Duran al que suposem satisfet i orgullós de la seva obra, no va tenir temps d’assaborir el triomf el seu mètode. L’hivern de 1938 els bombardejos sobre Barcelona van ser intensos i centenars de milers de refugiats de tota Espanya s’amuntegaren a Barcelona. A mesura que el front de destrucció s’apropà a Barcelona, la desmoralització es va anar fent palesa. Un terrible èxode començà de Barcelona cap a la frontera amb França. Duran Jordà fou un d’ells.

Duran Jordà s’exilià a Londres, amb la seva segona dona, Vicenta Vilaró, una infermera del seu equip, invitat oficialment per un metge britànic que havia estat al costat dels republicans a Espanya. Allà conegué la doctora Janet Vaughan, llicenciada per Òxford, patòloga de la Royal Postgraduate Medical School i de l’hospital Hammersmith de Londres, mitjançant el Comitè Republicà de Metges. S’estigué a casa de la família de Janet, treballà en el seu laboratori i ajudà els membres de l’equip de Janet a ensinistrar-se en les tècniques que havia desenvolupat a Barcelona. De fet la doctora havia format part d’un grup de metges britànics que recolzaren al republicans durant la guerra civil espanyola, i al familiaritzar-se amb la feina i els resultats de Duran Jordà es convencé que Londres, on s’albirava una imminent guerra, devia comptar amb magatzems de sang. Conceberen un sistema amb quatre centres a diferents punts de Londres, cadascun amb un hematòleg i un equip de transfusió, que depenien administrativament dels hospitals locals i enviaren la proposta al Medical Research Council, encara que no havia estat sol·licitada.

Al poc temps Duran Jordà es mudà a Manchester on va ser cap del departament de investigacions microscòpiques de l’Hospital Ancoats.  Va ser també Director del departament d patologia del Hall Children’s Hospital i del Monsall Hospital. Obtingué la ciutadania britànica i així va poder tornar a visitar Barcelona el 1950.

Duran-Jordà fou militant del PSUC, enamorat dels idiomes, estudià esperant. Defenia un servei de medicina de l’Estat, per evitar que els malalts paguessin per guarir-se; de fet deia que la salut era un dret fonamental de la persona. Participà amb un petit escrit en l’homenatge a Companys en el cinquè aniversari de la seva mort recordant com Companys li concedí els diners per arrencar la creació dels Serveis de Transfusió de Sang a Barcelona.

El 30 de març de 1957 morí al Royal Infermery de Manchester, vorejava ja els 52 anys, de leucèmia; fins i tot és podria parlar d’una broma del destí en una persona que havia lluita tant per una sang segura.

Però aquesta, aquesta és una altra història.

Altres fonts:

Comentaris virus-lents (121): Entrenant-se per caminar pel tall de la navalla.

Nova edició del curs de Post-grau en Estrategias en Bioseguridad y Biocontención. El primer es va celebrar amb èxit, i una espectacular bona valoració per part de l’alumnat, el passat octubre, del 2014. Aquest any, amb una reformulació de continguts se celebra la segona edició, en la Facultat de Veterinària de la Universitat Autònoma de Barcelona, ​​i en les instal·lacions de l’IRTA-CReSA (Centre de Recerca en Sanitat Animal).

A més dels professors de la passada edició s’ha obert la porta a professionals de reconegut prestigi amb molts anys d’experiència en camps com la filtració d’aire HEPA (high efficiency particulate air) i disseny de cabines de seguretat biològica, mètodes físics i químics de desinfecció i esterilització, normativa de transport de materials biològics, i equips de protecció individual, entre altres. Tot això acompanyat per personal que treballa dia a dia en instal·lacions d’alta seguretat biològica, que pot donar no només un coneixement teòric sobre el disseny, construcció, validació operativa i funcionament de les mateixes si no el dia a dia, la gestió de les activitats i de les potencials incidències.

Un curs altament recomanable per a tots aquells que volen iniciar-se amb una bona base en el món de la bioseguretat o la biocontenció; o per aquells que ja tenen aquesta base, però que vulguin veure enfocaments o punts de vista diferents a temàtiques concretes. Perquè ningú ho sap tot, de totes les maneres possibles. I perquè a la solució adient es pot arribar transitant per camins diversos.

Però aquesta, aquesta és una altra història.

Per més detalls es pot consultar l’enllaç: http://www.uab.cat/web/postgrado/curso-en-estrategias-en-bioseguridad-y-biocontencion/informacion-general-1206597475768.html/param1-3045_es/param2-2012/

Comentaris virus-lents (106): Repòquer d’assos per definir un virus.

Avui una entradeta curta, de fet una traducció amb alguna idea pròpia d’una entrada al blog the Vicent Racaniello, i que permet aportar una altra visió sobre la pregunta Què són els virus? que ja hem desenvolupat una mica a les entrades 99, 101 i 103.

Vicent Racaniello diu que els virus són entitats biològiques diferenciades amb les següents propietats:

1. Un virus és un paràsit intracel·lular obligat, infecciós.

2. El material genètic d’un virus és ADN o ARN (entès com una disjunció).

3. El material genètic d’un virus entra en una cèl·lula hoste i dirigeix ​​la producció dels maons o peces (proteïnes, àcids nucleic) que constituiran les noves partícules del virus (anomenades virions).

4. Nous virions es fan dins en la cèl·lula hoste per acoblament d’aquests maons o peces.

5. Els nous virions produïts en una cèl·lula hoste transportar després el material genètic viral a una altra cèl·lula o organisme hoste per dur a terme una altra ronda d’infecció.

Els virus són fàcils d’entendre quan reduïm les seves propietats a descripcions simples, com ara les esmentades anteriorment. Els problemes de confusió venen de fixar-se molt en els detalls…i amb els virus hi ha molts, molts, de detalls.

Però aquesta, aquesta, és una altra història.

Enllaç al blog original

http://www.virology.ws/2004/07/28/what-is-a-virus/

Comentaris virus-lents (107): El bioterrorisme no és una nova estratègia.

El bioterrorisme no és una nova estratègia. S’ha aplicat de forma inconscient pel que fa als mecanismes però conscient pel que fa als seus efectes des de fa milers d’anys. Una amplia varietat d’agent biològics com bacteris, fongs, virus, però també insectes, rèptils, toxines i verins, estesos per les més imaginatives solucions tècniques (o les més primàries i barroeres), s’han fet servir en diverses ocasions. No farem avui un recorregut exhaustiu pels casos històrics però si unes breus pinzellades.

La Pesta d’Atenes. La informació d’aquesta epidèmia la tenim a partir dels relats de Tucídides. Aquesta epidèmia passà a Atenes en lluita amb Esparta (molt freqüents les lluites a les ciutats estats gregues) entre el 430 i el 426 aC. Tucídides apuntà als seus relats que la sobtada manifestació del brot (que es manifestà primer a Pireus, la zona del port, i després a la part alta de la ciutat) podia estar lligada a l’enverinament dels subministraments d’aigua pels espartans. No hi havia proves, però. Tanmateix al 2013 es van detectar la presència de Salmonella enterica serovar Typhi en ossos de enterraments datats i documentats de l’època. Encara que és evident que en un setge es donen múltiples malalties infeccioses, la simptomatologia descrita per Tucídides i aquesta troballa fa el lligam molt intens i prou probatori. Queda per esbrinar com va entrar la malaltia a la ciutat, encara que la imatge d’espies espartans i còmplices reptant dins la gran muralla que envoltava la ciutat assetjada i enverinant intencionadament l’aigua amb material contaminat (en aquella època les diarrees infeccioses i la disenteria, les febres tifoides, estaven a l’ordre del dia, també entre els assetjadors) se’m fa prou vívida al cap.

De fet l’enverinament de subministraments d’aigua ja havia tingut un precedent descrit a l’historia, com apunta Pausanias en el setge de l’antiga Kirra (595-585 aC) fins al complert extermini de la població de la ciutat.

El precedent de Kirra. Kirra era un port del golf de corinti, la via més fàcil per arribar al santuari de Delfos (recordeu l’oracle, no?). Els habitants de Kirra aprofitaren aquesta ubicació per carregar amb impostos el pas per la ciutat i per estafar i robar sovint els pelegrins. Cansats d’aquesta actitud altres ciutats gregues s’uniren en la Lliga Anfictionica i al demanar al déu Apol·lo (i se suposa que a l’oracle de Delfos, part interessada) que calia fer amb la ciutat aquest els va aconsellar (¿?) exterminar a  tots i cadascun dels habitants de Kirra. La guerra subseqüent va durar  deu anys (595 aC-585 aC) i va ser coneguda com la Primera Guerra Sagrada. Hi ha diferents versions dels fets però en tots els casos es parla de l’enverinament del subministrament d’aigua per una planta verinosa, el el·lèbor. Als albors de la medicina es reconeixien dos tipus d’el·lèbor; l’el·lèbor negre, que incloïa diverses especies del gènere Helleborus, i l’el·lèbor blanc, ara conegut com Veratrum album, que pertany a una família diferent. Es pensa que aquesta última, encara que altament tòxica, era emprada per Hipòcrates com a purgant. L’el·lèbor negre, també tòxic, causa vertigen, set, sensació d’ofec, inflor de la llengua i la gola, vòmits, bradicàrdia (disminució de la freqüència cardíaca), i finalment, en alguns casos col·lapse i mort per aturada cardíaca. Sembla que el consell va venir d’un asclepíade, un metge, anomenat Nebros. El el·lèbor aviat va fer rendir els defensors, que estaven tant febles per les diarrees que patien que no van ser capaços de seguir resistint l’assalt. Kirra va ser capturada i tota la població, massacrada. Nebros era un avantpassat d’Hipòcrates de Cos, de manera que aquesta història ha portat a molts a preguntar-se si no podria haver estat culpa del mal ús que el seu avantpassat va fer dels seus coneixements de plantes i verins el que va portar a Hipòcrates a establir el jurament hipocràtic, com un fre a futures temptacions o desviacions.

Un altre episodi involucrà un alt cap militar britànic a la Amèrica encara colonial en lluita amb les tribus indies. Es tracta de Jeffrey Amherst (1717-1797).

220px-Jeffrey_AmherstAmherst smallpox blankets

Jeffrey (o Jefferey) Amherst

La correspondència que va mantenir amb el seu subaltern Henri Bouquet, un mercenari de origen suís, mostra que pel seu cap passà practicar la guerra biològica amb les tribus indies, al suggerir el repartiment de mantes contaminades amb el virus de la verola als indis que assetjaven una fortificació, Fort Pitt. Concretament escriví: will do well to try to innoculate the Indians by means of blankets, as well as every method that can serve to extirpate this execrable race (faries bé en intentar infectar els indis amb mantes, o per qualsevol altre mètode tendent a extirpar a questa execrable raça). Tanmateix la historia diu que el comandant de l’esmentada plaça fortificada ja havia fet el repartiment de mantes per pròpia iniciativa, abans de l’intercanvi de missatges. Al repartiment de les mantes li seguí una epidèmia de verola que afectà enormement als amerindis, que no havien estat gaire exposats a la malaltia (va arribar a Amèrica amb els europeus) i per tant no havien desenvolupat immunitat. Pels europeus però, era relativament benigna. Alguns autores senyalen, no obstant, la dificultat de provar que el repartiment de mantes fos causa directa de l’epidèmia, ja que els brots eren freqüents en aquella època i els caps indis que reberen les mantes no es van infectar. En qualsevol cas, segons afirmà Jeffrey Amherst al seu propi diari, l’epidèmia resultant arribà a les 100.000 víctimes.

Un bacteri, un verí i un virus. Tres mecanismes i un sol efecte, la mort o rendició dels adversaris. Per res culpables els agents si no les mans que els feren servir. I en tindríem per diverses entrades al blog.

Però aquesta, aquesta, és una altra historia.

Comentaris virus-lents (105): I si els virus no fossin els virions.

La teoria cel·lular de la naturalesa de la vida ha estat un dels grans avenços en biologia. Els virus, tanmateix, potser la “forma de vida” més abundant sobre la Terra estan exclosos, com també estan exclosos de l’arbre de la vida, una imatge ja insinuada per Darwin a l’Origen de les Espècies. Això no deixa de ser una paradoxa pels biòlegs.Des de fa dècades hi ha una teoria (que no s’ha imposat per ara) que sí permet incloure els virus dins aquest arbre de la vida (que clàssicament contenia Bacteria, Archaea i Eukaryota), i que en certa manera unifica l’origen i evolució dels dominis cel·lulars i virals, desafiant totes les opinions convencionals sobre la història de la vida. La co-evolució dels virus i les seves cèl·lules hoste ha portat a alguns dels esdeveniments i les transicions més notables en l’evolució de la vida, com és l’existència de grans quantitats d’ADN no codificant (que no significa res) dins els nuclis de les nostres cèl·lules, com a dispositiu de protecció contra el dany genòmic per una potencial inserció viral. Bàsicament si tenim molt ADN potser els virus s’insereixen en un fragment que no ens importa i que no afecta la pauta de transcripció i cap proteïna o activitat resulta afectada.

La hipotesi de Claudiu Bandea diu que els “virus són organismes”. Segons aquesta hipòtesi cal fer cas omís de la partícula infecciosa (el que anomenem “virió”) quan es pensa en què és un virus, en el cicle vital del virus. El virió, amb la seva càpside de proteïnes que embolcalla l’àcid nucleic, la memòria, està essencialment inert (talment com una espora) però no és més que una baula, la més visible durant dècades, d’un cicle més complex. La fase madura del virus és la cèl·lula infectada; de fet la cèl·lula infectada és el virus. És a dir, els virions al entrar en una cèl·lula la transformen en el  virus. Aquesta “transformació” pot arribar a ser molt dramàtica; molts bacteriòfags, virus de bacteris, poden bloquejar o inactivar completament el genoma del bacteri hoste, amb el resultat que l’únic genoma que s’expressa és el del virus.

En resum: els virus serien organismes cel·lulars, però sense una estructura morfològica cohesionada, amb subsistemes que no estan en continuïtat estructural, però sí són consecutius temporalment. En el seu cicle tindríem dues fases fenotípiques: (1) la fase vegetativa i (2) la fase de la partícula viral o d’àcid nucleic. En la fase vegetativa, que l’autor considera com la fase madura del virus, les seves molècules components es dispersen dins de la cèl·lula hoste. En aquesta fase, el virus mostra les principals propietats fisiològiques d’altres organismes: metabolisme, creixement i la reproducció. La fase de partícula viral són les espores, les formes dispersants. La hipòtesi planteja que estem massa centrats en el virió quan es pensa sobre els virus. Se’ns demana que mirem al revés, que girem la nostra perspectiva com un mitjó, sobre la nostra concepció clàssica del que és un virus.

El virus (no la partícula vírica o virió) seria un organisme cel·lular. Un organisme capaç de mobilitzar el seu genoma i enviar-lo al món exterior per segrestar un altre organisme, una altra cèl·lula, que un cop infectada es convertirà en una còpia de l’original, abans de reiniciar el cicle. Solament per això ja convé detenir-se per pensar-ne. I si aquesta visió acabés sent acceptada caldria girar com un mitjó moltes de les idees establertes en diferents àrees de la biologia. Aquesta hipòtesi, però, no és recent, ja va ser plantejada fa 30 anys però va ser bandejada fins que el descobriment dels Mimivirus (veure entrada 1) la va tornar a il·luminar.

Per què? Perquè els Mimivirus fan una cosa molt semblant a la descrita per Bandea ja que repliquen el seu genoma d’ADN i produeix nous virions en el citoplasma dins d’unes complexes estructures a mode de factories virals. Claverie, un dels descobridors d’aquests virus, suggereix que la fàbrica viral es correspon amb l’organisme, mentre que el virió s’utilitza per propagar-se de cèl·lula a cèl·lula.  Diu Claverie: …one can conclude that infected eukaryotic cells in which viral factories have taken control of the cellular machinery became viruses themselves, the viral factory being in that case the equivalent of the nucleus. By adopting this viewpoint, one should finally consider viruses as cellular organisms. They are of course a particular form of cellular organism, since they do not encode their own ribosomes and cell membranes, but borrow those from the cells in which they live.

Tot això conduiria a acceptar que els virus viuen, d’acord amb la definició clàssica d’organismes com organismes cel·lulars vivents. Per tant, a l’arbre de la vida se’ls hauria de fer un lloc, ni que fora petit. Dues branques tindria l’arbre de la vida, dels organismes vius, han proposat Raoult i Forterre; la branca dels organismes que codifiquen els seus propis ribosomes (arqueobacteris, bacteris i eucariotes)  i aquells que codifiquen càpsida (els virus) i ja de pas treuen profit dels ribosomes d’altres.

Els virus sempre han causat divisió entre els biòlegs. Alguns diríem que estan vius, mentre altres diuen que no ho estan. Ara mateix és possible que els dos estem encertats o errats.

La hipòtesi de Claudiu Bandea suggereix que l’objecte que estem tractant d’incloure / excloure del domini de la vida no és en realitat el virus, si no una fase del seu cicle, la fase inert, com les espores de les plantes o d’alguns bacteris. Potser tot ve d’un biaix històric de dècades de tractes amb els virions, amb les seves simetries i estructures, amb la dèria de considerar-lo com l’objecte subjecte de classificació que no ens ha deixat veure el que hi havia al costat, abans i després, ple de potència vital, ple de potència viral. No puc acabar de prendre partit, del tot, però com esmenta Claverie, vindria a ser com si aquestes darreres dècades haguéssim estat observant i classificant les cèl·lules espermàtiques i no l’organisme que en última instància ajuda a originar.

Però aquesta, aquesta és una altra història.

  • Bandea, C. (1983). A new theory on the origin and the nature of virusesJournal of Theoretical Biology, 105 (4), 591-602 DOI: 1016/0022-5193(83)90221-7
  • Forterre, P. (2010). Defining Life: The Virus ViewpointOrigins of Life and Evolution of Biospheres, 40 (2), 151-160 DOI: 1007/s11084-010-9194-1
  • La Scola B, Audic S, Robert C, Jungang L, de Lamballerie X, Drancourt M, Birtles R, Claverie JM, Raoult D. (2003). A giant virus in amoebae. Science. 28; 299(5615): 2033.
  • Raoult, D., and Forterre, P. (2008). What makes a virus a virus: reply…Nature Rev. Microbiol. 6, 643 doi:10.1038/nrmicro1858-c2
  • Raoult, D., and Forterre, P (2008). Redefining viruses: lessons from mimivirus. Nature Rev. Microbiol. 6, 315–319. doi:10.1038/nrmicro1858