comentarisviruslents

Aquest blog és una seguit de comentaris personals i probablement poc transferibles sobre ciència i política.

Archivos en la Categoría: avaluació de riscos

Comentaris virus-lents (250): SARSCoV2 endèmic no és menys perillós que SARSCoV2 pandèmic; no individualment.

Deja un comentario Publicado por en octubre 12, 2021

Ara molta gent parla que SARSCoV2 després de generar diverses ondes pandèmiques (per mi només hi ha hagut una, fins que s’hagi assolit una primo-immunitat genèrica, que al detall es desdobla en vàries), està lliscant cap a un estat endèmic, però em sorgeix el dubte de si la gent sap que vol dir realment un estat endèmic.

En el començament de la pandèmia (que la OMS negà més de dues setmanes quan gent com jo mateix, hi ha registres gravats, ja demanàvem la declaració) hi havia diversos possibles escenaris en funció de com evolucionés, i com féssim que evolucionés:

  1. Extinció completa del patogen degut a una ràpida i efectiva resposta,
  2. El que vindria a ser una eradicació total.
  3. Una eliminació local de la malaltia.
  4. Una malaltia que s’aniria transmeten, amb pujades i baixades en la seva incidència, de forma continuada.

La primera opció es va revelar als viròlegs (aquí potser caic en delicte de presumpció) impossible des de gairebé el dia 0. Primer, és la hipòtesi més difícil d’assolir i determinaria que en el llarg termini tothom podria oblidar-se de la malaltia i els seus efectes, però mentre no es demostri el contrari SARSCoV2 vindria del compartiment animal, seria una zoonosi (amb pas o no per un laboratori), i com a tal podria encara estar en aquest compartiment. A banda, al llarg de la nostra historia humana MAI hem extingit un patogen, que a mi em consti.


La segona opció sí que podem dir que l’hem feta algun cop. Cal esmentar la verola, que no està extinta sinó custodiada en dos laboratoris, un nord-americà, l’altre rus. En aquesta opció, també molt difícil d’assolir (jo diria impossible) també tothom podria oblidar-se de la malaltia; tothom menys la gent que la custodia als dos laboratoris esmentats.


La tercera opció es fica en ambients més coneguts; sí que hi ha abundants casos d’eliminació local d’una malaltia i aquí “local” pot ser un país, un grup de països, un continent. És una fita que obliga a suar la cansalada, no és senzilla, i en la que, a llarg termini, no tot el mon, totes les persones, poden oblidar-se de la malaltia. Implica disposar de vacunes, i vacunats o no, si la cobertura és alta, no cal preocupar-se massa. Els que sí estan vigilants són els funcionaris de salut pública controlant les incidències. Exemples? El xarampió, la poliomielitis.


I arribem a l’objectiu d’aquesta entrada, la opció 4, una malaltia present de forma continuada; òbviament no cal fer massa esforç en el curt termini, ja la tenim aquí, oi? Doncs sí que cal esforçar-se. Perquè aquesta definició és molt etèria. Una malaltia present de forma continuada que generi centenars de casos diaris no és igual, no ens preocupa el mateix, que una infecció que en generi unes poques desenes de casos per mes. Aquest patogen que genera una malaltia present de forma continuada en una zona, posem Catalunya, és el que es diu un patogen endèmic. I endèmic també s’hauria de traduir com “controlat o per sota d’un nivell considerat acceptable”. I aquest és el quid que he comentat diversos cops, el nivell. El nivell no ha de ser, i potser no serà, el mateix en diferents territoris, i també serà dinàmic en el temps, però sempre ha d’existir, i en aquest cas fora bo que quedés clarament explícit.


I quin nivell és “acceptable”? Per malalties molt perilloses, que poden ser mortals, el nivell ha de ser forçosament baix; UN cas ha de disparar les alarmes. Un cas, que no és de les nostres contrades, però que torna a estar actiu? Ebolavirus. Per infeccions amb baixes taxes de morbiditat i/o mortalitat els nivells poden ser alts, de centenars i fins i tot milers de casos al mes o a l’any.


És per això que endèmic mai s’ha de traduir com “sense perill”. Fa referència a una circulació possiblement “domesticada”, però per res vol dir que el patogen hagi perdut la seva virulència o que la malaltia no tingui perill. NO ens informa que la gent no morirà. Al contrari, ens informa que sempre hi haurà gent que s’infectarà, i que potser, alguna morirà. Com a corol·lari dels altres casos, voldrà dir que sempre tindrem gent preocupada per SARSCoV2 i la CoVID19, precisament per mantenir-la per sota del nivell de control, i si en cap moment el traspassa, com es fa amb la grip, començar a prendre mesures de control.


Perquè la pandèmia no s’esvairà sola, ni tampoc la pandèmia serà controlada a un nivell en el que ningú s’hagi de preocupar per la infecció. La pandèmia esdevindrà endèmia i haurem de decidir quin nivell de morbiditat (casos) i quin nivell de mortalitat (morts) considerem “acceptables” o “normals”.


I això, ai las, escapa de les capacitats i eines de la virologia.


Això és, definitivament, una altra història.

avaluació de riscos, salut pública, SARS coronavirus, virologia, virologia social , , , ,

Comentaris virus-lents (245): Raons que jo conec i entenc per vacunar-se versus SARSCoV2

Deja un comentario Publicado por en diciembre 27, 2020

Començaré fort. Si no arribem a taxes de vacunació entre el 50-70% l’efecte de les vacunes vs SARSCoV2 es veurà clarament compromès. Recordin que les vacunes no ens protegiran, el que ens protegeix és la vacunació, i com més estesa en l’espai geogràfic i grups d’edat millor. I la rapidesa amb que s’han obtingut aquestes vacunes fa malfiar alguna gent; òbviament hi ha els que no se la poden posar per estar en grups particulars on el quocient benefici/cost no és favorable (immunocompromesos per exemple, gent amb certes patologies) però també estan els a-mi-no-em-passarà-res, o els jo-no-la-necessito, jo-controlo, i després els conspiranoics, aquests ja directament estúpids.

Com és possible que hagin trigat NOMÉS 11 mesos en aprovar una vacuna? Si abans s’estaven anys, 5, 7 anys per aprovar-les, oi? Algunes coses que explicaré ara són producte de lectures, altres són fets comentats per amics/gues que treballen en aquest camp. Únicament els hi diré dues coses; el rigor en tot aquest procés ha estat el mateix de sempre; la transparència és clarament millorable, perquè potser no s’ha explicat prou ni prou bé.

 

Jo ho vaig dir en el seu moment; si les agencies reguladores independents donaven el vistiplau a una vacuna jo me la posaré, sí o sí, quan em toqui (com em poso la de la grip, sí, aquesta de la que molta gent passa). Són les mateixes agencies que regulen l’aprovació dels antibiòtics, o un anti-cancerigen. La diferència és que en aquests darrers casos, “de perduts al riu”, ja que volem tractar problemes. Per contra, amb les vacunes estem tractant amb una eina pre-exposició al patogen, que s’administra a les persones sanes, i llavors, com som molt filiprims, tolerem poc qualsevol efecte secundari, quan ens pot salvar la vida tant o més que un antibiòtic o un anti-cancerigen.

Molt bé, però, per què tenim vacunes administrables en 1 any des de l’emergència del patogen, SARSCoV2?

Primer, la tecnologia del mRNA NO és nova. Poden veure… https://www.nature.com/articles/nrd.2017.243. I havia tingut ja un recorregut en el camp dels tractaments anti-cancerigen https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC4668311/ o https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC4514038/ com un cas específic. Estem parlant del 2014 i 2015. El que necessitava era un impuls, i dissortadament o per sort, tota moneda té dues cares, SARSCoV2 l’ha donat.

Segon, per les vacunes no basades en el mRNA, tampoc es partia de zero perquè des de fa molts anys hi havia grups de recerca treballant en vacunes per a virus semblants (Ebola, pel que tenim vacuna des de 2018, la #ervebo de Merck; MERS per la que no tenim encara però sí s’ha treballat molt en diverses plataformes; aquí el centre on treballo, CReSA té una gran experiència i és del 3 centres al món on es poden fer els estudis amb model animal, etc.).

Tercer, alguns projectes amb altres coronavirus havien arribat a assajos de fase clínica 1, i això també s’ha aprofitat.

Quart, s’ha invertit una quantitat de diners que fa feredat (com de diferent ens aniria si es gastessin habitualment en això i no en tancs, o submarins que no suren, etc.), i els diners, ja ho saben, fa anar tot molt més ràpid. Però quan t’hi va la pell suposo que tots estarem d’acord que no és mala inversió.

Cinquè, la recerca s’ha llegit en temps real; els pre-prints han volat i el coneixement s’ha compartit immediatament; els revisors han revisat com si no hi haguessin nits; això ha provocat cert soroll de fons i un biaix mediàtic, ocasionalment tremendista, però és indubtablement positiu i accelerador.

Sisè, s’han solapat fases clíniques, i altre cop aquí, podríem queixar-nos perquè NO s’havia fet abans!! No s’esperava a les dades d’una fase per començar l’altre, és un risc però si el risc te’l cobreixen, i sempre que tinguis una base de coneixement coherent no és un tret a les fosques, possiblement podràs aprofitar tot el cos de dades generat.

Setè, els assajos clínics de fase 3 han reclutat desenes de milers de persones en temps rècord, i no solament perquè la pandèmia era rampant (saben que uns dels problemes d’acabar de desenvolupar i provar la vacuna de ebola era que MAI aconseguien provar-la en un grup prou gran de persones? va tenir que venir l’enorme brot de ebola a Sierra Lleona, Guinea i Libèria, al 2014-16 amb 29.000 infectats per poder-la provar, i el brot a República Democràtica del Congo, del 2018 al 2020 va permetre ja la seva aprovació) sinó perquè tots els comitès i acords entre les empreses que executaven els assajos clínics no trigaven mesos si no dies en formalitzar-se. CoVID19 ha tingut total prioritat i de fet la resta d’assajos d’altre medicaments per altres malalties han quedat molt frenats, que no aturats.

Vuitè, les agencies reguladores han prioritzat tot el que tenia a veure amb avaluació continuada, reduint al mínim els temps d’espera; diguem que han desvestit tota la burocràcia i s’han quedat en allò essencial i realment necessari que és l’avaluació de les etapes sense saltar-se’n cap. Altre cop la pregunta aquí és, i per què NO abans? Fem-ho bé i ràpid, si hem pogut un cop.

Novè, s’ha produït la vacuna a risc, un concepte molt capitalista però amb la xarxa de seguretat dels governs. Els governs han decidit invertir com a socis capitalistes en una empresa arriscada; com els que noliejaven naus per comerciar, fa uns segles, quan la probabilitat que aquestes naus tornessin era baixa. S’ha produït les formulacions, una de les quals es comença a administrar avui fora dels grups d’assajos clínics, sense saber si eren efectives, només se sabia que eren prou segures. Això permetrà administrar milions de dosis les primeres setmanes perquè ja han estat produïdes. Però, compte, la producció i la logística que ens espera aquest 2021 serà diabòlica i jo no crec que s’acompleixi l’escenari optimista de milers de milions de dosis a finals de 2021. Per això, si li toca, posi-se-la.

Desè, les agencies reguladores, i els governs han fet una valoració de la relació cost benefici, que també ha de fer vostè. Que és millor, més de 15 mil morts a Catalunya, i més de 70 mil morts a Espanya i mantenim “impasible el ademan” i no es posen la vacuna o posar-se la vacuna i que en un de cada 100.000 o 1.000.000 casos tinguem un efecte advers?. Ja no parlo de una mica de maldecap, dolor en el punt d’administració, unes dècimes de febre o malestar general si no una cosa més greu. A l’altre costat de la balança, i assumint que #SARSCoV2 deixat al seu aire ens infectarà gairebé a tots en algun moment, comptin un 3% d’hospitalitzats i al voltant d’un 1% de mortalitat. Això a Catalunya serien 77.000 persones. Si vostè coneix a més de 100 persones, i deixem campar a #SARSCoV2, una d’elles, com a mínim, morirà de CoVID19.

Jo si tinc una eina, l’empro. I demano a la gent que l’empri amb mi. Quants més l’emprem més poderosa serà la eina i els seus efectes.

Clar que això també es podria aplicar al tests ràpids; però aquesta, aquesta és tota una altra història.

avaluació de riscos, MERS Coronavirus, Pandèmies, salut pública, SARS coronavirus, vacunació, virologia, virologia social , , , , , , ,

Comentaris virus-lents (243): El primer de la fila, quan em toqui.

2 comentarios Publicado por en noviembre 26, 2020

Faré un spoiler directe…si a partir d’aquí ja els hi ve mandra no els caldrà continuar llegint. A la pregunta, I amb la vacuna de la CoVID19 tu que faràs, la meva resposta serà “El primer de la fila, quan em toqui”.

A tuiter, fa uns dies vaig fer una petita enquesta (veure https://twitter.com/XavierAbadMdG/status/1330923824280440834?s=20). Es bo veure respostes i argumentaris. Els resultats a la pregunta

“Al març 2021 hi ha vacuna vs #SARSCoV2 disponible i aprovada, i estem en onada incidència #CoVID19…altre cop. Li ofereixen posar-se-la. Què decideix?”

Sí, sense dubte                  53%

No, de cap manera            10%

Sí, però a la tardor           14%

No encara. 2022?             22%

Això em permet algunes reflexions i comentaris…

El criteri més important de les vacunes és la seva seguretat; quan sap que una vacuna l’administrarà vostè a 100.000 persones, tenir efectes adversos greus en el 0,01% dels vacunats (10 persones) podria ser tolerable. Quan vostè sap que caldrà vacunar a 1.000 milions de persones això suposa 100.000 persones en aquest grup d’efectes adversos; és el mateix però no és igual.

A l’enquesta, tenim un petit percentatge (10%) que no se la posarà de cap manera i en bona mesura aquesta serà la raó. Decisió personal però basada en una premissa errònia.

Aquestes vacunes, un cop aprovat els seus dossiers seran tan segures com les que han seguit una guia més clàssica (i més llarga). Les fases d’assajos s’han complert, totes, la 1, la 2, i la 3, amb una “n” (individus enrolats) a cada fase més que suficient (de desenes, centenars i desenes de milers, respectivament), i amb dissenys coherents i ja disponibles en obert. Que la epidèmia estigués en un punt àlgid ha ajudat també perquè per tenir resultats i diferencies significatives entre el “braç” vacunat i el que no, placebo, cal tenir casos, molts casos. S’ha anat molt ràpid, sí, però MAI s’havien abocat tants diners, i s’havien aprofitant coneixements i estructures prèvies com ara, i MAI la burocràcia havia estat tant flexible (possiblement a expenses d’aparcar altres dossiers i carpetes). Per tant les vacunes seran tan segures com altres a nivell de registre, altra cosa és la percepció que ha generat la rapidesa i algunes comparacions odioses (Ebola, VIH, etc.).  I això és el que representaria el 36% agregat dels que es vacunarien a la tardor o al 2022. Volen donar temps a les vacunes per que demostrin la seva eficàcia en el terreny i donar temps a que es manifestin efectes adversos de llarga durada. Això és una plena fase 4, que s’aplicarà a totes les vacunes que surtin i que es pot considerar com una farmaco-vigilància; les vacunes estan sota la lupa sempre.

Què faré jo? Em vacunaré sense dubte, quan em toqui o em convoquin (estant exposat a SARSCoV2 al centre de treball potser no seré el darrer col·lectiu). Però potser acabo coincidint amb la gent que diu que es vacunarà a la tardor… perquè el procés serà complex i lent.

Mentre tant, no facin gaire cas als venedors de fum que anuncien vacunacions en setmanes i massives, de milions de persones; el repte logístic que ens ve és enorme. La vacunació necessita, demana, temps.

Però bé, ens vacunarem, els que es vulguin vacunar perquè la vacunació és voluntària, una cosa molt diferent és que realment sigui una opció això de no vacunar-se. Però… amb quina? Òbviament, crec que si els dic que no podrem escollir ja ho tenen coll avall; ens vacunarem amb la que prescrigui el Departament de Salut a on vivim. Però, plantejada la pregunta com si fóssim lliures… “I als que contesten que sí es vacunarien vs #SARSCoV2, quina preferirien amb el que saben o han escoltat?.” (veure a … https://twitter.com/XavierAbadMdG/status/1330927053793845250?s=20). Els resultats foren…

Pfizer/Moderna (mRNA)              22%

Oxford-Astrazeneca                       39%

Una de virus inactivat                    15%

Totes seran prou bones                24%

I això em permet fer alguns comentaris i recordatoris…. jo seria del grup del 24% (que no és majoritari). La majoria relativa opta per la vacuna de Oxford, la #ChAdOx1nCoV19. Potser perquè va ser la més mediàtica en els seus inicis, de fet és una vacuna vectoritzada no replicativa, una tecnologia “nova” que l’únic exemple semblant que tindria comercialment seria la vacuna vs #ebola, la #ervebo de #Merck. Hi ha un altre desenvolupament, xinés, a càrrec de Cansino i basada en Adenovirus 5 (ad5) humà. Jo me la posaria, la de Oxford, vull dir (la basada en Ad5 probablement fracassarà) i de fet és probable que sigui la que li toqui a la majoria ja que és, amb diferència, la que té l’estoc fabricat real més alt (a finals d’any 2020 es parla de 2000 milions de dosis), i la de mes fàcil logística (la més barata, i de dues dosis, però es pot conservar refrigerada).

Les vacunes basades en mARN (la BNT162b2 de Pfizer BioNTech i la mRNA1273 de Moderna) no s’ha fet servir mai, NO provocaran, de cap manera, cap mena de modificació en el nostre genoma (ho sento però això és una absurditat, IMHO); per mi el dubte rau no tant en que generin resposta si no en la durada de la mateixa. I en la complicació logística que suposarà per Pfizer assegurar una distribució i conservació a -75ºC. Ara mateix no crec que massa gent a Catalunya s’acabi vacunant amb aquesta vacuna.

I la vacuna de virus inactivat també me la posaria… seria l’elecció dels que es volen vacunar a la manera clàssica, amb un virus inactivat, potser l’estratègia més segura (però en els processos d’inactivació vírica també es poden donar errades). Dissortadament per ells i elles (i per mi) les vacunes inactivades semblen circumscrites a empreses xineses (Sinovac, Sinopharm, Wuhan Institute of Biological Products)i encara estan en algun lloc entre la fase 2 i la fase 3. I no crec que surtin del mercat xinés, que probablement les absorbirà. En tot cas, si està aprovada, per mi serien intercanviables.

Clar que estar aprovada per la FDA (agencia americana) o la EMEA (agencia europea) és una cosa, i la mateixa aprovació per part de l’agència russa o xinesa una altra. És el mateix però no és ben bé igual.

Però aquesta, aquesta és una altra història.

avaluació de riscos, salut pública, Uncategorized, vacunació, virologia , , , , ,

Comentaris virus-lents (237): SARSCoV2 no sap que posar-se.

Deja un comentario Publicado por en May 11, 2020

Aquest matí (va ser el 9 de maig) m’han preguntat per algun estudi específic de persistència de #SARSCoV2 sobre tèxtils. Òbviament hi ha molt poca informació ja que el virus porta entre nosaltres poc més de 5 mesos. L’únic estudi directe és de Chin et al. https://thelancet.com/journals/lanmic/article/PIIS2666-5247(20)30003-3/fulltext  i dona unes dades lògiques.

 

El virus #SARSCoV2 cau gairebé 2,5 log en dessecar-se sobre «cloth», roba (no donen gaire precisió més), a les 3 hores i vora 3 log a les 24 hores; estem parlant d’inactivacions per sobre del 99% en hores. I tinc un altre missatge addicional; hi ha un artefacte en aquest estudi…

que detectem els que treballem en aquest tema…Aquests valors són superiors, de l’ordre de 4 logs a les 3 hores, per tant 99,99% inactivació perquè el virus cau UN logaritme addicional mentre s’està assecant; només tenen vostès que comparar el títol víric equivalent sobre acer…

inoxidable. És efecte conegut, a la meva tesi en parlava, i abans, que jo no vaig descobrir res; als materials amb textura, porosos, els virus queden segrestats i no queden gaire disponibles x ser eluïts. Passa amb embolcallats com #SARSCoV2 però també amb no embolcallats.

 

Això que els he comentat és la UNICA dada que tenim publicada de tèxtils i #SARSCoV2 que jo conegui. Però…podem tirar per aproximació. SARSCoV és estructuralment molt semblant a SARSCoV2 i per aquest tenim alguna…

dada addicional en Kampf et al., 2020 https://journalofhospitalinfection.com/article/S0195-6701(20)30046-3/fulltext. Aquí indiquen que per granotes d’un sol ús la persistència de #SARSCoV pot ser de 2 dies, 1 dia o 1 hora a Temperatura ambient. I vostès diran…quina «tonteria» d’aproximació, no? I no, perquè reflecteix un aspecte…

que molts de vostès no consideren i és la carrega vírica inicial. Si fiquem 10.000 virus «sobreviuran» 48 h; si fiquem 1.000 virus es mantindran infecciosos només 24 h. i si només dessequem 100 virus «aguantaran» UNA HORA. Per això saber concentració mitjana de #SARSCoV2…

a exsudats i secrecions ÉS important…i encara no està massa clara.

Però hi ha més, aquest estudi de Kampf porta a l’original de Lai et al., 2005 https://academic.oup.com/cid/article/41/7/e67/310340 que indica que quan es va fer la mateixa prova amb una granota de COTÓ la persistència de #SARSCoV va ser…

de 24 hores, 1 hora i CINC MINUTS, respectivament. CINC MINUTS si dessecàvem 100 #SARSCoV sobre cotó. Jo consideraria aquest temps, fins i tot els 60 min. de la condició amb 1000 virus #SARSCoV un bon marge de seguretat. I això sense res, sense aplicar cap tractament inactivador…

 

A partir d’aquí ja trepitgem «arenes movedisses» (algun Virgili a la sala per ajudar-me?) perquè totes les comparances que fem les faré amb virus d’altres famílies víriques que no comparteixen estructura amb els #coronavirus com #SARSCoV2 i #SARSCoV. I que millor que fixar-nos en…

el virus #influenza, el virus de la #grip. Hi ha dades i apunten en la mateixa direcció…per exemple a l’article https://journalofhospitalinfection.com/article/S0195-6701(16)30574-6/fulltext comparen diverses soques d’influenza en la seva persistència sobre cotó i microfibra i ves per on els resultats són comparables a #SARSCoV2…

 

Influenza on fabrics EXmRvT1XQAE0pNx

 

 

Agafeu aquí acer inoxidable (stainless steel) com control negatiu, com imatge dels virus #influenza en un ambient òptim de supervivència encara que també s’inactiven en el temps. I hi treballen amb títols vírics altíssims. Què es veu? Que a la 1a hora ja hi ha caigudes mitjanes del 99% de la…

infectivitat de diferents soques de #influenza i que a les 24 hores la caiguda ja és de 3 log, un 99,9% de reducció, tant per cotó com per #microfibra. Als 7 dies de quarantena…es pot concloure que «no» hi ha infectivitat residual. Altre cop aviso estudi experimental fet amb…

unes concentracions força lluny de les ambientals, que jo tingui conegudes. Hi ha més però ja hi tornarem.

 

La meva hipòtesi? la roba, sobre tot aquella emprovada ocasionalment mai serà vector rellevant de transmissió de #SARSCoV2 si les normes higièniques passives es compleixen…

i en cas de dubte un microambient calent i sec pot ser suficient per fer caure una hipotètica infectivitat residual de #SARSCoV2. I no posem sobre-tecnologia on no cal, que alguns dels nostres problemes actuals venen d’aquí.

 

 

Però aquesta, aquesta és una altra història.

 

 

El meu deute amb na @martacastells, que des de Twitter m’ha fet garbejar una mica en el tema.

avaluació de riscos, coronavirus, fomites, salut pública, SARS coronavirus, virologia, virologia ambiental , , , , ,

Comentaris virus-lents (236): SARSCoV2 no fa gaire bon paper.

Deja un comentario Publicado por en May 10, 2020

 

I ara un fil sobre la persistència de #SARSCoV2 sobre #paper i equivalents. Us faré un spoiler. Són bones per nosaltres i dolentes pel virus, però com sempre llegiu per tenir context.

 

L’aproximació, la de sempre. Primer saber que s’ha fet amb #SARSCoV2 i paper; després quines dades tenim de virus propers com #SARSCoV o #MERS (fa una mica de vergonya dir que de MERS no hi res, i des de CReSA hi portem treballant amb ell per altres temes 5 anys) i després saltar de família vírica i veure que hi ha per altres virus embolcallats, com influença.

 

#SARSCoV2 dessecat sobre paper? Les dades de van Doremalen et al., https://www.nejm.org/doi/full/10.1056/NEJMc2004973 diuen que sobre cartró la vida mitja (compte amb el concepte) és d’unes 9 hores. En 9 hores el títol infecciós de l’agent causal de #CoVID19 baixa un 50%…

que no vol dir que desaparegui; en les següents 9 hores caurà un altra 50% (del 50% restant), per tant quedarà un 25%, i així successivament, de manera que assolirien una caiguda del 99,9% de la infectivitat en poc més de 2 dies. Poden fer els comptes vostès mateixos. No sembla gaire preocupant, oi? Però continuem.

 

També tenim a Chin et al., 2020 https://www.thelancet.com/journals/lanmic/article/PIIS2666-5247(20)30003-3/fulltext que aporta dades sobre la persistència en paper d’impressora o mocador de paper (tissues). Aquí parlem ja de caigudes directes de infectivitat 2,5 log en paper i 3,2 log en tissue, en TRENTA MINUTS…

Pel broc gros 3 log de reducció, un 99,9% de reducció de #SARSCoV2 disponible, o eluible, en 30 minuts. I aquestes dades, com vaig dir per l’enfilall de la #roba, tenen un artefacte…la reducció real de títol infecciós de #SARSCoV2 a papers estaria fregant els 4 log, un 99,99% en TRENTA MINUTS.

 

Però encara podem anar a cercar dades del seu cosí llunyà, el #SARSCoV. I això ho trobem a la revisió de Kampf et al. 2020, https://www.journalofhospitalinfection.com/article/S0195-6701(20)30046-3/fulltext. Allà es recull un estudi de Lai et al., 2005 que indica que la persistència en #paper…

Pel #SARSCoV seria de 24 hores o 3 hores o menys de 5 minuts, en funció de la carrega vírica, de 10.000, 1.000 o 100 TCID50/mL, respectivament. Altre cop, com sempre, quants més virus a dessecar més triga en reduir-se el perill però per quantitats infeccioses altes aquest sobre #paper és menystenible.

 

Però anem altre cop a cercar per voltant…d’altres virus respiratoris embolcallats el primer que se’ns ve al cap és el virus de la #grip. Com es comporta sobre paper? Doncs igual o pitjor (o hauria de dir millor per nosaltres?) que #SARSCoV2 segons Bean et al., 1982 https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/6282993

que descriu pèrdua total d’infectivitat del virus #influenza entre 8-12 hores després de dessecat sobre paper. I si mirem un estudi de revisió molt maco de 2007, veure https://aem.asm.org/content/73/6/1687 es pot extreure la següent figura…

 

Coronavirus vs flu virus on fomites

Aquesta figura indica que la inactivació de #coronavirus relacionats a #SARSCoV2 como són #229E 0 #OC43 abastaria de 3 a 4 log, un 99,99% de reducció en 24 hores, i que les dades de #influenza serien un worst case, allà on arribi la persistència del virus de la #grip difícilment arribaria la del #coronavirus.

 

Les conclusions?…la persistència de #SARSCoV2 sobre paper és, amb alta probabilitat, molt curta en el temps i el potencial infecciós de papers tocats per altres mans, en termini de minuts o hores desapareixeria, si considerem les dades conegudes i els nivells de contaminació ambientals descrits.

 

En qualsevol cas una quarantena de paper (24-28 hores) sembla suficient per eliminar qualsevol risc residual de transmissió de #SARSCoV2, partint de la base que el paper seria una superfície/fomite molt segura i epidemiològicament neutra.

 

No com altres.

 

 

Però aquesta, aquesta és una altra historia.

avaluació de riscos, coronavirus, fomites, Influenza, salut pública, SARS coronavirus, virologia, virologia ambiental , , , , , , ,

Comentaris virus-lents (235): Proves diagnòstiques vs SARSCoV2; moltes corones, cap Rei.

Deja un comentario Publicado por en abril 9, 2020

 

Un altre enfilat de tuits que us poso endreçats i revisats.

 

Amb això dels tests, dels assajos, de les proves ràpides del diagnòstic en front de SARSCoV2 que causa la CoVID19 hi ha una mica de garbuix…anem a posar-ho una mica en ordre o tal com ho entenc jo.

 

Quan volem traçar una malaltia podem fer:

  • Proves per detectar el patogen causant, en aquest cas SARSCoV2 o bé,

  • Proves per detectar la conseqüència de l’entrada del patogen (generació d’anticossos per part del sistema immune de l’infectat); és el que anomenem proves serològiques (ELISA, serumneutralització, immunocromatografia).

 

El patogen es pot detectar prenen mostres i intentant cultivar-lo…per bacteris és relativament fàcil i econòmic, per virus és bastant més complicat i car. Amb això garantim que el patogen que es troba a la mostra està “viu”. En tot cas es un procés que pot durar des de 1-2 dies a més d’una setmana. Si no tenim paciència, o tenim presa, podem anar a cercar la detecció d’antígens de virus o bacteris, les proves antigèniques, o bé fem proves molecular per detectar el genoma (ADN o ARN).

 

Aquestes proves moleculars són el que sentiu moltes vegades resumir dota el paraigües de els PCR (incorrecte) o les PCR (correcte, ja que és abreviatura de LA Reacció en Cadena de la Polimerasa). Les PCR són una eina actualment indispensable en el diagnòstic ràpid.

 

Les PCR (hi ha moltes, no solament per diferents patògens, si no per detectar UN mateix patogen), detecten genoma del virus (ens centrem ja en el SARSCoV2). Per tant donaran negatiu en una persona que hagi passat la CoVID19 fa un mes, perquè ja NO tindrà virus al seu cos.

 

Detecció de genoma és indici de Infecció activa, o no resolta, encara. Així, vostè pot fer una PCR d’una mostra d’una persona avui, infectada ahir per SARSCoV2, i tenir un resultat negatiu; tornar a fer la mateixa PCR en 7 dies i tenir un resultat clarament positiu i fer el mateix en 3 setmanes i tenir un resultat…NEGATIU, altre cop.

 

I una PCR positiva indica infecció en curs o en resolució però no DIRECTAMENT que la persona tingui capacitat de contagi. Alguns positius es deuen a genomes de virus malmesos o de virus ja neutralitzats per anticossos.

 

Les proves serològiques, esmentades al començament, detecten anticossos, i per tant necessiten que s’hagi generat una resposta immune prèvia front el virus. No serveix de res fer una ELISA a una persona infectada al 3er o 4rt dia de la infecció perquè el cos humà necessita més dies per generar anticossos, primer les IgM i més tard, retrassades en el temps, les IgG, que són les que conferiran la famosa immunitat “de llarga durada”. Podríem dir que la PCR permet dir, “aquesta persona ESTÀ infectada” mentre la ELISA i altres proves serològiques ens permeten dir, “aquesta persona VA ESTAR infectada”, però ja no, podríem afegir.

 

SARS portada EID

 

 

I els tests ràpids? De fet res del que us he explicat és un test ràpid. Hi ha equips PCR de camp però aquestes PCR i tècniques serològiques són de laboratori. El resultat, en el millors dels casos, es dona en 6-8 hores. Els test ràpids, per contra, són portàtils, es poden fer a peu de carretera o carrer, i no necessiten aparellatge ni persona tècnic expert. Són tota una altra cosa.

 

Anem, doncs, pels kits ràpids versus la CoVID19. Altre cop la dicotomia, a què disparem, al virus (test d’antígens o proteïnes virals) o al rastre que deixa en nosaltres (els anticossos, test serològic)? Als dos, tindríem de disparar als dos, cap dels dos dona informació complerta, que a més, és dinàmica.

 

El fonament d’aquests tests ràpids? La immunocromatografia en paper, que actua com a plataforma d’ancoratge, ja sia de proteïnes del virus si volem detectar anticossos en la mostra, o bé anticossos en el cas que vulguem detectar la presència del virus, a través de les seves proteïnes.

 

Test ràpid d’antígens: una prova que pot donar un resultat en 15 minuts i que necessita com a mostra secrecions respiratòries, i amb un aspecte i lectura semblant a un test d’embaràs. El problema? Menys fiable i sensible que la RT-PCR quantitativa, o qRT-PCR o RT-PCR Real Time.
La qRT-PCR és molt sensible, teòricament amb un genoma, o uns pocs genomes, presents ja faria per donar positiu. En canvia aquests tests ràpids d’antígens necessiten una mostra més carregada de virus, que resulta que depèn de la dinàmica de la infecció, més aviat de QUAN prenguis la mostra d’un infectat.

 

Si la persona mostrejada té simptomatologia clara, la sensibilitat de la tècnica és “bona”, per sobre del 85-90%, però per fases pre-simptomàtiques (o poc simptomàtiques) habitualment lligades a càrregues virals més baixes, pot quedar en el 50%.

 

Poques decisions definitives es poden prendre amb aquests percentatges; és més aviat un mètode de cribratge, els positius SÓN positius a SARSCoV2, els negatius s’haurien de confirmar per un altre test d’antígens uns dies després o bé fent una qRT-PCR (més sensible).

 

Però potser ens interessa més saber de forma ràpida quanta gent ha passat la infecció; en principi si es supera la infecció per #SARSCoV2 estaran immunitzats i no patiran de nou (?) la infecció ni la transmetran. Serien les 1ers persones que podrien tornar a la feina.

 

Per això empraríem els test ràpids d’anticossos (basats també en immunocromatografia) detecten el rastre que ens ha deixat el virus…només té sentit fer-los després que les símptomes hagin desaparegut o si voleu un mínim de 10-15 dies després de l’aparició de símptomes. De fet, sense ser una regla absoluta qui doni positiu a un test ràpid d’anticossos donarà negatiu a una prova ràpida d’antigen.

 

Aquests són els tests a aplicar en el futur per conèixer l’estat immunològic de la població, i fer surar tots els hipotètics asimptomàtics i pocsimtomàtics que es diuen que hi ha, perquè el SARSCoV2… ens acabarà infectant a gairebé tots.

 

Aquest tests ràpids d’anticossos també donen resultats en 10-15 min. Però fan servir una mica de sang (no secreció respiratòria) perquè cerquen les IgM i les IgG circulants a la nostra sang. Les IgM són els primers anticossos que es produeixen en el curs de la infecció i després apareixen les IgG que són les que teòricament ens conferiran la immunitat de llarga durada (?), ja que perduren a la sang, mentre que les IgM desapareixen. De tota manera, per la CoVID19 , la aparició de IgM i IgG és molt propera entre elles i lleugerament tardana, uns 10-15 dies des de l’aparició de símptomes. Però no està exempta de problemes… Pots donar falsos positius perquè tinguis anticossos contra alguna cosa semblant i que reaccionin. I a més, és una prova visual i de vegades, la línia reactiva és difícil de veure, i…es poden donar també falsos negatius.

 

En resum ambdues proves donen informació…complementària, però NO són perfectes, són mes aptes per un cribratge que per prendre decisions absolutes, definitives i demanen un suport addicional de laboratoris amb qRT-PCR, per exemple.

 

Semblen necessàries, però, per desconfinar amb més garanties.

 

 

Però aquesta, aquesta és una altra història.

avaluació de riscos, coronavirus, Pandèmies, salut pública, SARS coronavirus, Tècniques diagnòstiques, virologia , , , , , ,

Comentaris virus-lents (234): Els virus respiratoris no persisteixen 20 dies a superfícies … el coronavirus SARSCoV2 TAMPOC.

Deja un comentario Publicado por en marzo 17, 2020

 

Aquest és un enfilall vindicatiu i una petició per contrastar dades. Jo, per necessitats diverses, una d’elles, ser el responsable de Bioseguretat de @CReSA_r, HE DE SABER la persistència de virus amb els que treballem i com inactivar-los. I quan es confirmà q treballaríem amb #SARSCoV2, perquè a IRTA-CReSA hi treballarem, vaig cercar tota la informació possible com he fet abans amb altres virus com Chikungunya, West Nile Virus, Zika, HPAI, Virus de la vall del Rift, Virus dengue, MERS coronavirus, influenza (aviar, com H5N1, H7N1 o humana com H1N1), virus amb els que també hem treballat i treballem…i treballarem.

 

Algunes de les conclusions que havia trobat fins ara, de virus embolcallats respiratoris, són:

 

  • Virus influenza A i B persisteixen 24-48 hores a superfícies no poroses com acer inoxidable o plàstic i sols 8-12 hores en roba, paper i tissue. Virus influença deixats assecar sobre acer inoxidable es podien recuperar passant el dit a les 24 hores. Veure doi.org/10.1093/infdis/146.1.47

 

  • El metapneumovirus aviar i el virus grip aviar dessecats sobre 12 superfícies poroses i no poroses, persistí fins a 6 dies però NO 9 dies, i sempre millor en superfícies no poroses que en superfícies poroses (pot haver un problema d’elució, més avall comentem que significa). Veure: doi.org/10.1637/7453-101205R.1

 

  • Es comparà viabilitat i senyal molecular de 5 soques de virus influença dessecats en 3 superfícies (cotó, microfibra, acer inoxidable). Concentració inicial, entre 10.000 i 1.000.000 virus. Els virus viables arribaren tot just als 14 dies, sols en acer inoxidable, i només 7 dies sobre cotó i microfibra; per contra la senyal molecular, la detecció del genoma de influenza va donar positiu TOTA LA DURADA DE L’ESTUDI, set setmanes. NO va haver diferències entre soques, TOTES es comportaven igual. Veure: doi.org/10.1016/j.jhin.2016.12.003

 

  • Influenza A virus dessecat sobre guants de goma, una mascareta N95 (o FFP3, recordeu l’enfilall de protecció respiratòria, o l’entrada anterior d’aquest blog, la 233), o sobre una granota Tyvek o acer inoxidable va mantenir la seva infectivitat 8 hores a tots els materials i nomes arribà a les 24 hores de persistència al guant de goma. Veure: https://link.springer.com/article/10.1007%2Fs12199-010-0149-y

 

  • El virus pandèmic pH1N1 va ser inoculat sobre diverses superfícies “casolanes”. El genoma es detectà sense alteracions significatives a les 24 hores però la infectivitat viral es mantingué nomes 4 hores per molts material i no més enllà de 9 hores en alguns materials no porosos. Caigudes de 4 log, que són 10.000 virus, o un 99,99% d reducció. Els autors conclouen que la transmissibilitat a través de superfícies és possible però improbable si no hi ha recontaminacions (que és el que passa habitualment en el domicili d’un infectat). http://dx.doi.org/10.1371/journal.pone.0027932

 

  • El vius pandèmic influenza A H1N1 romangué infecciós (estem parlant de reduccions de 5 log, és a dir 100.000 virus) durant 48 hores en superfícies de fusta, 24 hores en acer inoxidable i superfícies plàstiques, i 8 hores en roba, encara que els autors apunten a un problema d’elució, que podria ser que el virus quedés segrestat per la textura del material; tanmateix a efectes pràctics si no queda disponible per ser recollit per la suor d’un dit, epidemiològicament seria irrellevant. https://www.ajicjournal.org/article/S0196-6553(13)01332-1/fulltext.

 

  • I, com sempre, el outlier, que ens ha de fer estar alertes, les dades són les que són… Els autors troben que dues soques de virus Influenza A, dessecades sobre acer inoxidable i mantingudes a 18-25ºC en diferents HR, només experimentaven 2 log10R, caigudes del 99% de la seva infectivitat als 7 dies. http://dx.doi.org/10.1128/AEM.04046-15

 

SARS portada EID

 

I òbviament la referència canònica de Kampf et al, 2020 https://www.journalofhospitalinfection.com/article/S0195-6701(20)30046-3/fulltext o l’article d’aquesta setmana sobre SARSCoV1 o SARSCoV2 citat a @basics de @beteve de Doremalen et al., … https://www.medrxiv.org/content/10.1101/2020.03.09.20033217v2

 

Dels dos he fet enfilalls per comentar-los però em sap greu, no els trobo, si algú els pot recuperar i penjar-los seguits a aquest en farà un favor. Ras i curt, com ens hauria d’agradar a tothom, la persistència més enllà del 7 dies és purament anecdòtica i només sobre superfícies no poroses, les més favorables, ja que les caigudes previstes estan per sobre 4 logs. En cartró aquestes inactivacions s’assoleixen abans dels 4 dies (van Doremalen et al., 2020). Però és que si mireu la revisió de Kampf NO hi ha CAP persistència de cap #coronavirus avaluat MÉS ENLLÀ dels 9 dies.

 

En això tenim una miqueta de sort, el #SARSCoV2 no és un virus massa resistent a l’ambient ni tampoc als desinfectants…la resta ja és cosa nostra. Bé, nostra, nostra, no, que des de Madrid ens han de dir el que “ens convé”, oi?

 

 

Però aquesta, aquesta és una altra història, oi.

avaluació de riscos, coronavirus, fomites, Influenza, salut pública, SARS coronavirus, virologia ambiental , , , , , ,

Comentaris virus-lents (232): Donant-li voltes a la CFR del SARSCoV2.

Deja un comentario Publicado por en marzo 1, 2020

 

 

Primer, què és la CFR? Es la Case Fatality Rate, o Case Fatality Ratio, o Ratio de Casos Fatals, en altres paraules, quantes persones han mort a conseqüència d’una causa, respecte el total de persones que han patit (o han estat diagnosticades) d’aquesta causa.

El que ve a continuació és un enfilat sense cap modificació que vaig penjar a Twitter i que la gent va valorar positivament. D’això fa ja unes dues setmanes. El poso en aquest canal, que no és equivalent.

 

 

“Serà millor explicar-ho numèricament. Imaginem que tenim 100 casos diaris de infecció per #nCoV2019 o #2019nCoV. El període d’incubació és 1 setmana i als 10-15 dies els casos es recuperen o…es moren. A dia 1 tindrem 100 casos; a dia 2 tindrem 200 casos; a dia 3 tindrem 300 casos, etc.

Fins ara cap mort (sempre hi ha outliers, però, gent que està als extrems de la distribució normal), perquè hem quedat que no es mor ningú fins els 10-15 dies. Bé, seguim. Dia 8, 800 casos, dia 9 arriben a 900 casos i el dia 10 un miler de casos.

I llavors comença a morir gent perquè ha transcorregut prou temps d’incubació, i alguns casos han esdevingut greus, fins i tot mortals. Dia 11, 1100 casos i 15 morts (posem 15% dels casos del 1er dia); dia 12, 1200 casos (100 més del dia anterior) i 30 morts… #nCoV2019 #2019nCoV

que resulten d’afegir als 15 morts del dia 1 un cop passats 10 dies, 15 morts més del dia 2, quan han passat 10 dies per ells. Podem seguir un tercer dia, 1300 casos i 45 defuncions (món perfecte, 15 + 15 + 15). I ara ens donen la Case Fatality Rate, #CFR, i ens diuen que han mort 45 persones…

d’un total de 1300 afectats per #nCoV2019 o #2019nCoV, i això fa 45/1300 un #CFR de 3,5%. La dada sembla robusta però estrictament és falsa. Podríem dir que el CFR serà COM A MINIM del 3,5% perquè només els 300 casos inicials han arribat al moment de la veritat, aquell en el que…

es recuperen o sucumbeixen. Per tant si féssim el #CFR només pels 300 que han complert el cicle de 10 (o 14 dies o 3 setmanes) la #CFR seria del…15% ja que han mort 15 persones de cada 100 casos aquells 3 dies. L’autor apunta que això ja va passar a l’epidèmia del #SARS on el…

#CFR va anar escalant setmana rere setmana. En el cas que ens ocupa, la propagació de #nCoV2019 va massa depresa i la #CFR es mantindrà baixa, artefactualment, perquè els nous casos engreixen el denominador. Només si es tallés en sec el nombre de nous casos i es deixés…

evolucionar el numerador, els casos fatals, un cop transcorreguts els 10, 15 dies, al final, tindríem només casos fatals i gent guarida; ara tenim 2-3% de casos fatals respecte el total (incloent els ingressats avui mateix), un 15-20% de casos greus (que inclou a la gent que ha…

arribat a la bifurcació, i la resta casos benignes o gent ja guarida). Aquest 15-20% serà el rebost de nous casos fatals. Cal estar molt atent a evolució del ratio casos fatals:guarits per #nCoV2019. Si queda estable en 1:3 o 1:4 la meva previsió és q tindrem molts milers de morts.

Alhora…si el nombre d’admissions decreix i en lloc de 100 entren 10 cada dia veurem com la #CFR pujarà perquè, maleits números, morirà cada dia més gent (15) per #nCoV2019 o #2019nCoV que la que ingressa (10)!!…com a mínim durant 10 dies.

Com ja vaig dir en el seu moment, tot és molt fluid, tot és molt atzarós. #nCo2019 #2019nCoV.”

 

SARS portada EID

 

I aquí acabà l’enfilat. Des de la data aproximada de difusió per Twitter la #CFR publicada per la OMS, que estava al 2%, ara està en el 3,5% i com diuen a la borsa, amb tendència alcista. I la calculada pel mètode menys ortodox ha baixat del 15% al 7%. I com he repetit diverses vegades, la realitat estarà entre els dos valors…clarament pitjor que la grip, em sap greu, però res cataclísmic.

 

 

I convé que se sàpiga, perquè tots podem fer coses per ajudar a fer caure la #CFR. No us ho havien dit? La #CFR no és immutable, ja ho heu vist si heu llegit aquesta entrada, si no que, a més, canvia en funció d’esforços i actituds col·lectives però també individuals. Sí, depèn de la informació que donen els canals oficials, de les seves accions i de com involucren a la població. I sí, depèn de la teva actitud, de la seva, de la meva…

 

 

Però aquesta, aquesta és TOTA una altra història.

avaluació de riscos, coronavirus, salut pública, SARS coronavirus, virologia , , , ,

Comentaris virus-lents (226): «The Hot Zone»; a la caça d’errades i llicències.

Deja un comentario Publicado por en diciembre 24, 2019

Soc microbiòleg, per més detall viròleg, i anant al detall màxim, gestor d’una instal·lació d’alta contenció biològica…Òbviament qualsevol sèrie que tracti de forma honesta temes com les epidèmies, els patògens, emergents o no, la gestió d’emergències, m’interessa. Per això, quan un company em va passar la sèrie The Hot Zone sabia que m’ho passaria bé. La sèrie és prou bona i està basada en fets del tot verídics. Tanmateix i encara que aprecio l’esforç posat no puc menys que indicar alguns punts inconsistents o directament erronis del Primer Capítol (podria fer llistes més curtes i potser equivalents dels altres capítols però serveixi això de mostra). Això sí, més series com aquestes, si us plau; la realitat pots ser més engrescadora que la ciència ficció.

Els comentaris surten amb unes xifres prèvies que indiquen el minut i segon del metratge del capítol (versió en castellà). Tots els comentaris poden ser més desenvolupats, i tenen moltes derivades, aquí nomes faig alguns apunts.

Recordeu …. mm : ss …. comentari.

11:35 Apareix un microscopi electrònic, del que es separa el col·laborador negre, en una habitació plenament il·luminada, plena de finestres…malament. Normalment les observacions per microscòpia electrònica demanen certa foscor.

11:40 Arribada d’un paquet de material biològic des de l’estabulari de primats Hazelton ubicat a Reston…la coronel es queixa que no s’han gastat gaires diners…i té raó. El paquet no compleix cap dels preceptes de transport d’un material biològic en la actualitat, ni que sigui exempt, és a dir, sense perillositat descrita.

 

Antiga instal·lació Hazelton-RESTON

moll de càrrega abandonat de la instal·lació Hazelton a Reston

11:59 L’embalatge de tota mostra hauria de ser una triple capa de contenidors. Aquí veieu la mostra continguda en paper d’alumini, que no compta com a contenidor, envoltada de neu carbònica i tot això contingut en una caixa de polispan. El polispan és un material que es trenca i deforma com a conseqüència de tracció…jo no el faria servir com a únic contenidor.

12:20 Ejem, com es pot fer dissecció en un teixit que ja està en neu carbònica des de fa hores. El teixit estaria congelat como una pedra (recordem que la neu carbònica està a -60ºC aproximadament) però la coronel el talla com si allò fos mantega…i des de quin forassenyat protocol es planteja fer la manipulació sense cap barrera primària com pot ser una Cabina de Seguretat Biològica (CSB).

13:00 Quan es manipula material hom ha d’abstenir-se de portar objectes personals; rellotges, braçalets, anells, etc. Aquí es veu un rellotge, malament. Epp!! i perquè no estan en la època actual, que si no els mòbils també haurien d’estar prohibits.

13:40 Per estar al USAMRIID no els han ensenyat gaire bé…les bates s’han de portar del tot botonades i en cap cas arremangades les mànigues.

14:50 Primera menció al Biosafety Level 4, o BL4, però també BSL4, P4, NCB4, etc.

16:20 De passada es comenta la classificació en nivell de Bioseguretat, que guarda relació, però no absoluta, amb els grups de perillositat dels patògens. Vaja, vaja, la coronel surt de laboratori amb bata. Malament. Les bates HAN DE quedar-se sempre al laboratori, mai han de portar-se a zones comuns.

18:05 Mascareta quirúrgica??? Pipetejant sense CSB amb la sola protecció d’una mascareta quirúrgica (i pels no habituals la mascareta quirúrgica NO és cap Equip de Protecció Individual, EPI), un sol parell de guants i centrifugar el material amb rotors sense tapes estanques???

20:24 “En la cabeza de un alfiler caben 100 millones de virus.” No és cap exageració; per exemple se sap que en un gram de femta d’un infectat podem trobar 10exp10 norovirus, sí, 10.000.000.000 virus.

22:06 “Ni ropa ni ningun objeto personal.” En efecte, per treballar als nivells d’alta o màxima contenció biològica, el que es coneix popularment com BSL3 i BSL4, un entra del tot nu i es vesteix amb roba específica de la instal·lació.

22:30 “Entrar en el nivel 4 es nacer, te quedas desnudo en tu más pura sesencia.” Molt poètic…però més que néixer et fa veure que només ets el que veus.

22:45 “Pasamos del nivel 0 al nivel 2” No existeix el nivell 0, a més en el nivell 2 les portes no estan pressuritzades i per tant no suposa cap problema obrir-les, ni tancar-les.

20:52 Persistim en l’error amb els paràmetres actuals, no hi ha pressió negativa habitualment en un nivell 2; sí s’explica bé el perquè de la pressió negativa, que es evitar la sortida de patògens contra-corrent.

23:00 “La luz ultravioleta NO deshace nada” Inactiva els àcids nucleics, això sí. Al meu entendre més que en una zona NBS2 hi som en una pre-sala que mena cap a la zona de màxima contenció, o Hot Zone.

23:16 Això sí, el pas del nivell 2 al nivell 3 s’assoleix…posant-se uns mitjons…bé, m’estalvio els comentaris, òbviament estem en una seqüencia de pre-sales, i entre la 2 i la 4 han posat alguna acció, ridícula això sí, al nivell 3.

23:25 I entra en escena la cinta americana; sí, encara és el sistema de segellat més emprat; barato i sempre disponible, ajusta qualsevol uniforme o vestit a qualsevol extremitat.

23:26 Posar-se talc a les mans; contraindicat, a la llarga generarà problemes dèrmics, millor guants directes.

23:35 Guants de làtex, encara que són molt útils, per temes d’al·lèrgia han estat substituïts, com a mínim pel que fa a la capa de guants en contacte amb la pell, pels guants de nitril, que són un xic més impermeables i tenen millor efecte barrera.

23:57 Els vestits químics de protecció, del tot impermeables, amb costures segellades. Apareix ja a la esquerra una manega en espiral que és la que subministra l’aire no compromès al vestit de protecció de nivell 4 i que farà que quedi inflat, amb pressió positiva.

24:08 “En el nivel 4 no hay esquina sin matar”; vol dir que totes les cantoneres estan arrodonides no hi ha angles per evitar que els vestit puguin estripar-se.

24:20 “Nadie entra en el nivel 4 solo” Cert, està prohibit; de fet també es una regla més que habitual, quasi obligatòria en el nivell 3. El que no es diu es que habitualment quan una parella entra en el nivell 4 hi ha una altra amb la mateixa formació vigilant, o de back up fora.

25:00 Els pitjors segons són aquells en els que estàs dins del vestit i encara no t’han connectat l’aire; són vestits impermeables i hom comença a suar quasi immediatament; el corrent d’aire estèril, o no compromès infla el vestit , proporciona un corrent d’aire i asseca la suor.

25:26 La porta metàl·lica té uns rètols; “Do not enter without ventilated suit”, “Caution Biohazard area” and “No glass allowed beyond this point·”. Els vestits ventilats són els que hem vist; el darrer rètol té a veure amb la necessitat imperiosa de reduir les fonts de perill pel que fa a talls i perforacions. Estem entrant i no hi ha hagut cap control, cap teclat amb paraula de pas, cap lectura de empremta dactilar (a la primera porta) o de pupil·la; no passarien una auditoria de bioprotecció amb els estàndards actuals.

25:31 Estem veien la sala de descontaminació amb un sistema de mànegues i uns ruixadors que seran els que llençaran els químics desinfectants en la tornada del personal cap a l’exterior. Tot ha de ser d’acer inoxidable, correcte.

25:42 Veieu que els vestits a la seva part posterior porten com dos cercles foscos protegits per una mena de caputxes transparents. Es tracta del filtres d’exhalació, o sortida; tenim un aport continuat d‘aire net que ha de sortir d’alguna manera; aquests sistemes tenen vàlvules d’un sol sentit, anti-retorn, que eviten que aire de l’exterior passi al vestit; la protecció plàstica és òbvia; evitar que res els pugui obstruir i protegir-los d’esquitxades. Si mireu veieu que els vestits estan clarament inflats. A la majoria dels NBS4 actuals no veureu totxo, que és el que esteu veient a les parets verticals, i la pintura fa pinta de no ser epoxídica, un altre requeriment comú habitualment.

26:40 La heroïna prem un botó i s’obre una comporta vertical permeten recollir les mostres. No s’ha vist com carregaven les mostres abans d’entrar i tenint en compte les voltes que han donat sembla físicament impossible però això que esteu veien és un SAS o airlock (hi ha controvèrsia; la gent li diu SAS a aquest equips quan són relativament petits, com el de la sèrie o airlocks quan són tan grans com per permetre el trànsit d’una o més persones).

26:29 Botes de goma, imprescindibles, impermeables…però com veieu no es segellen.

26:20 Conduccions a la vista…malament, cal que el màxim de superfícies siguin llises, sense zones d’ombres; no hi ha parets connectades al terra amb mitges canyes,, malament altre cop perquè ofereixen cantonades de difícil descontaminació. Altre cop tot el metall que veiem sembla d’acer inoxidable.

26:56 Absolutament improcedent. Una mostra MAI s manipula directament sobre bancada si no dins una cabina de seguretat biològica (CSB), que és el que diem barrera primària. L’operació de tallat d’un teixit allibera aerosols i petits trossos; fer-ho en ambient obert és una salvatjada.

27:08 El guant de la coronel està tacat amb algunes gotes de sang. També inacceptable. I que el pot presenti restes de sang PER FORA és també una errada de contenció i procedimental greu.

27:12 Errada molt greu; ja la dispensació d’un líquid amb pipeta en alçada sobre la mostra sense estar treballant dins una CSB és una errada majúscula però fer servir un homogeneïtzador sense cap mena de barrera ja passa de taca d’oli.

27:24 Havent-hi dues persones el treball en equip hauria de fer que una obris portes i l’altra estigues atenent únicament a la mostra.

27:16 Totes les operacions que es fan amb pipeta fora de la CSB són incorrectes.

27:41 Per fi apareix la CSB, que és l’aparell en el que està treballant la coronel; old fasion one. A dalt a l’ esquerra del frontal de l’aparell veieu un rellotge circular que controla la pressió d’impulsió de la CSB (actualment tenen moltes alarmes i sensors). Altre cop una errada greu; veieu que a l’esquerra hi ha una pipetejador, un assistent electrònic de pipeteig; està col·locat en una posició del tot incorrecta que pot provar la contaminació de l’aparell amb restes de mostres que contingui la pipeta, lliscant a favor de gravetat.

27:44 El pipetejador ha canviat de posició per art de màgia però continua en posició incorrecte.

27:46 Bé, correcte, en principi quasi totes les operacions s’han de fer sobre una safata recull vessaments; la safata metàl·lica fa el fet.

27:55 La cetona és un fixador típic, però una bona praxi faria que si saps que la necessitaries la tinguessis dintre de la CSB; això evitaria que el company fiques les mans dintre de la CSB mentre tu estàs treballant.

28:02 El contenidor groc amb boca estreta blanca i amb tapa esta destinat a recollir tot el material residual; puntes de pipetes, portaobjectes i altre material tallant; el seu destí final serà l’autoclau prèvia descontaminació externa. Es veu de nou al 29:17.

28:04 La heroïna ha estat manipulant material presumptament infecciós dins la CSB i sense encomanar-se a ningú ni descontaminar-se els guants treu les mans de la CSB; per mi errada greu.

28:25 Per accedir a les mostres de l’ultracongelador sí cal fer servir un teclat i una paraula de pas, que a més sembla que canvia freqüentment perquè la coronel ha de demanar-la. Bé.

28:37 Impossible, l’ espècie humana no acabaria encara que tots els virus de l’ultracongelador sortissin d’excursió. La mortalitat més elevada d’ebola sense tractament està al voltant del 90%; un 10% de la humanitat encara és molta humanitat.

28:58 Un ultracongelador sense gel, sense una mica de gel? Molt fals, o això o ho netegen cada dia, que és inversemblant.

29:35 De que estan fets els portaobjectes? Sí, de vidre. I que deia el rètol de la entrada al nivell 4? Mecatxis, que “glass” NO!!

30:04 Bates desbotonades, recipients amb creixements d’una mostra desconeguda oberts, i a més ensumen. Mereixen morir.

31:27 Tall al guant de la mà dreta de la coronel, possiblement en el moviment de cisalla al tancar l’ultracongelador (ara aquestes manetes són totes de plàstic arrodonit).

31:30 NO és en absolut bona praxi agafar un tub de mostra directament amb les mans; s’agafa un moment i es posa en alguna gradeta o suport; mireu que els guants dels vestits són poc tàctils!!!.

31:47 En una sortida d’emergència haurien de sortir els dos; dit d’una altra manera si un es queda s’incompleix el precepte d’estar sempre acompanyat a BSL4. Per altra banda, si hi ha un tall la primera acció és tancar-lo (per exemple amb la cintra groga que la protagonista ha portat tota la estona “per si de cas”).

31:52 L’apagament de la llum, l’inici de les pampallugues de llum vermella i l’alarma acústica del tot inversemblant. No seria el procediment habitual.

32:20 Accionament de la dutxa química. Com veieu durant la dutxa el vestit està connectat a aire net a traves de la mànega i permet que la persona continuï respirant normalment. La dutxa química dura minuts.

32:46 No és gens lògic i impropi de protocols d’emergència que no hi hagi una o més persones esperant la sortida de la coronel per avaluar-la; per cert que la coronel no actua bé rentant-se les mans…no encara amb els guants posats. El lògic és treure’s els guants totalment, munyint-se la ferida forçant la sortida de sang i mentre tant aigua a doll.

32:52 Arriba la cavalleria…amb un parell de guants de làtex (bé) i una mascareta quirúrgica (malament): la mascareta no és cap EPI, no els protegia de res i a més la persona ha tingut un tall i per molt ràpid que vagi el virus no generarà aerosols ni dintre d’una hora, ni d’un dia. Per cert, si estan al nivell 3 com és que ells encara porten uniforme? I si estem al nivell 0, com és que el vestit químic està al terra en primer pla?

33:05 En principi no s’hauria d’acceptar que personal sense la dermis en perfecte estat accedís a instal·lacions d‘alta o màxima contenció. Ni amb apòsit. És el que recrimina a la coronel el seu cap a 33:35.

35:40 Tot incident o accident en una instal·lació d’alta o màxima contenció implica una investigació per esbrinar causes i proposar millores.

36:20 “Voy a ver que dice laboratorio sobre tu análisis” Bé, de fet no pot dir més que està perfectament. Que un virus t’infecti no vol dir que tinguis una propagació immediata. Poden passar dies o setmanes per tenir presència de virus en sang (virèmia); i en aquella època, encara no hi havia les tècniques d’amplificació molecular. I tampoc podien fer cap prova amb anticossos perquè per això cal haver generat una resposta immune que només es mostra uns quants dies després del dia d’infecció.

38:00 “Intacta” Bé, m’estalvio els comentaris.

42:40 Micos congelats al maleter. Però el cuidador diu que han mort avui (??)

42:57 Però després resulta que ja estan congelats. I en el transvasament de cotxes i tenint en compte que podien descongelar-se la coronel comet dues errades evidents. La primera és no proveir-se de bosses d’escombraries en el mercat que té just darrera seu, o film transparent i amb aquests folrar el maleter del seu cotxe; per seguretat pròpia però per IMPERMEABILITZAR-LO també. La segona, no comprar paper de cuina o equivalent i repartir-lo pel maleter com a element amortidor i evitar que els micos de les bosses es donin cops contra les parets i alhora per absorbir els líquids produïts amb la descongelació. De tota manera, un mico congelat difícilment pot generar líquids en un parell d’hores de descongelació.

44:07 Correcte; en el procés d’agafar les bosses amb material compromès, encara que hagin estat descontaminades exteriorment amb lleixiu sempre cal mantenir les mans el més separades possible del cos amb els braços estesos per separar-se del material.

45:02 “El microscopio electrónico detectó lacitos”…en fi, Ebola és filiforme, no laciforme. No cal abaixar el nivell; el públic és molt més intel·ligent del que pensem.

 

Ebola_Virus_TEM_PHIL_1832_lores

 

I no us confoneu, no, a mi em va agradar força el capítol…i la sèrie, però és que soc una mica llepafils, jo.

 

 

 

Però aquesta, aquesta és una altra història.

avaluació de riscos, biocontenció, bioprotecció, bioseguretat, descontaminació, desinfecció, Grups de risc biològic, instal·lacions bioseguretat, transport mat. infecciós, virologia, virus hemorràgics , , , , , , , , , ,

Comentaris virus-lents (214): Ebola i ARA, no et contestaré la pregunta…

Deja un comentario Publicado por en diciembre 17, 2018

El diari Ara va publicar el 13 de desembre una peça, continuació del seguit d’articles que està dedicant a l’epidèmia d’Ebola a la República Democràtica del Congo (en endavant RDC), esforç lloable i per agrair. El títol, enganyós, de l’article és una pregunta…L’Ebola podria arribar a Europa? Enllaç: https://www.ara.cat/internacional/Ebola-podria-arribar-Europa_0_2142385813.html

 

El títol és enganyós perquè es planteja la pregunta però es fuig d’estudi… en cap moment durant l’article es fa la intenció de contestar-la. S’aprofita per fer una actualització de les dades a data 13 de desembre i poc més, més enllà dels controls de temperatura dels passatgers a l’aeroport congolès i a la primera escala habitual, Addis Abeba, i del seguiment “intensiu” que fan les organitzacions humanitàries dels seus cooperants un cop retornats al país d’origen.

 

A més, si bé és un conveni acceptat per la Organització Mundial de la Salut, la vigilància per 21 dies per si es manifesta febre, el primer símptoma inespecífic de poder estar infectat d’Ebola, està descrit que aquest període no és a prova de “outliers”. Hi ha gent que ha tingut períodes d’incubació superiors. Això ja es va explicar fa més de quatre anys a una entrada del blog… https://comentarisviruslents.org/2014/10/22/comentaris-virus-lents-60-ebola-21-dies-i-no-no-es-una-pel%E2%80%A2licula/

 

Contestarem la resposta que la periodista va deixar a l’aire.

 

Yes No disjuntive ID-10094976

SÍ.

 

SÍ, amb una molt baixa probabilitat, però SÍ.

 

Per començar perquè el període d’incubació és de mitjana una setmana; hom pot haver contret Ebola dos o tres dies abans d’abandonar RDC i començar a experimentar febre 3 o 4 dies després d’arribar a destinació….i com és un símptoma inespecífic no atribuir-lo a Ebola (jo ho atribuiria però es que jo soc malpensat de mena).

 

Per continuar perquè com ja hem dit el període de incubació s’accepta per conveni que és de 21 dies però hi ha gent que s’escapa a l’estadística, a aquesta finestra. No és impossible que transcorreguts el 21 dies un pugui desenvolupar la infecció.

 

I tercer perquè en tots aquells infectats, homes, que sobreviuen a la infecció hi ha un percentatge no menystenible de casos en el que el virus queda resident als testicles, i per tant al semen per moltes setmanes, mesos inclús. Un pot sobreviure a Ebola i passar-lo a la seva companya o company en relacions sexuals sense protecció, setmanes o mesos després de recuperar-se clínicament…sense cap mena de control post-exposició si no s’educa a l’afectat. Això també és va tractar ja fa anys en una altra entrada del blog… https://comentarisviruslents.org/2015/10/16/comentaris-virus-lents-134-ebola-i-semen-una-historia-de-persistencia/.

 

En resum, el risc és baix però indubtablement existeix, encara per sota del llindar de la declaració d’emergència sanitària internacional. Però independentment d’aquest es pot materialitzar en qualsevol moment perquè els virus no entenen de fronteres ni de convencionalismes i la rapidesa de les comunicacions els hi faciliten la dispersió abans de manifestar-se simptomatologicament.

 

Però aquesta, aquesta és una altra història.

avaluació de riscos, Malalties transmissió sexual (MTS), periodisme científic, salut pública, Tècniques diagnòstiques, virologia, virus hemorràgics , , , , ,

← Entradas anteriores