comentarisviruslents

Aquest blog és una seguit de comentaris personals i probablement poc transferibles sobre ciència i política.

Archivos por Etiqueta: avaluació de riscos

Comentaris virus-lents (236): SARSCoV2 no fa gaire bon paper.

 

I ara un fil sobre la persistència de #SARSCoV2 sobre #paper i equivalents. Us faré un spoiler. Són bones per nosaltres i dolentes pel virus, però com sempre llegiu per tenir context.

 

L’aproximació, la de sempre. Primer saber que s’ha fet amb #SARSCoV2 i paper; després quines dades tenim de virus propers com #SARSCoV o #MERS (fa una mica de vergonya dir que de MERS no hi res, i des de CReSA hi portem treballant amb ell per altres temes 5 anys) i després saltar de família vírica i veure que hi ha per altres virus embolcallats, com influença.

 

#SARSCoV2 dessecat sobre paper? Les dades de van Doremalen et al., https://www.nejm.org/doi/full/10.1056/NEJMc2004973 diuen que sobre cartró la vida mitja (compte amb el concepte) és d’unes 9 hores. En 9 hores el títol infecciós de l’agent causal de #CoVID19 baixa un 50%…

que no vol dir que desaparegui; en les següents 9 hores caurà un altra 50% (del 50% restant), per tant quedarà un 25%, i així successivament, de manera que assolirien una caiguda del 99,9% de la infectivitat en poc més de 2 dies. Poden fer els comptes vostès mateixos. No sembla gaire preocupant, oi? Però continuem.

 

També tenim a Chin et al., 2020 https://www.thelancet.com/journals/lanmic/article/PIIS2666-5247(20)30003-3/fulltext que aporta dades sobre la persistència en paper d’impressora o mocador de paper (tissues). Aquí parlem ja de caigudes directes de infectivitat 2,5 log en paper i 3,2 log en tissue, en TRENTA MINUTS…

Pel broc gros 3 log de reducció, un 99,9% de reducció de #SARSCoV2 disponible, o eluible, en 30 minuts. I aquestes dades, com vaig dir per l’enfilall de la #roba, tenen un artefacte…la reducció real de títol infecciós de #SARSCoV2 a papers estaria fregant els 4 log, un 99,99% en TRENTA MINUTS.

 

Però encara podem anar a cercar dades del seu cosí llunyà, el #SARSCoV. I això ho trobem a la revisió de Kampf et al. 2020, https://www.journalofhospitalinfection.com/article/S0195-6701(20)30046-3/fulltext. Allà es recull un estudi de Lai et al., 2005 que indica que la persistència en #paper…

Pel #SARSCoV seria de 24 hores o 3 hores o menys de 5 minuts, en funció de la carrega vírica, de 10.000, 1.000 o 100 TCID50/mL, respectivament. Altre cop, com sempre, quants més virus a dessecar més triga en reduir-se el perill però per quantitats infeccioses altes aquest sobre #paper és menystenible.

 

Però anem altre cop a cercar per voltant…d’altres virus respiratoris embolcallats el primer que se’ns ve al cap és el virus de la #grip. Com es comporta sobre paper? Doncs igual o pitjor (o hauria de dir millor per nosaltres?) que #SARSCoV2 segons Bean et al., 1982 https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/6282993

que descriu pèrdua total d’infectivitat del virus #influenza entre 8-12 hores després de dessecat sobre paper. I si mirem un estudi de revisió molt maco de 2007, veure https://aem.asm.org/content/73/6/1687 es pot extreure la següent figura…

 

Coronavirus vs flu virus on fomites

Aquesta figura indica que la inactivació de #coronavirus relacionats a #SARSCoV2 como són #229E 0 #OC43 abastaria de 3 a 4 log, un 99,99% de reducció en 24 hores, i que les dades de #influenza serien un worst case, allà on arribi la persistència del virus de la #grip difícilment arribaria la del #coronavirus.

 

Les conclusions?…la persistència de #SARSCoV2 sobre paper és, amb alta probabilitat, molt curta en el temps i el potencial infecciós de papers tocats per altres mans, en termini de minuts o hores desapareixeria, si considerem les dades conegudes i els nivells de contaminació ambientals descrits.

 

En qualsevol cas una quarantena de paper (24-28 hores) sembla suficient per eliminar qualsevol risc residual de transmissió de #SARSCoV2, partint de la base que el paper seria una superfície/fomite molt segura i epidemiològicament neutra.

 

No com altres.

 

 

Però aquesta, aquesta és una altra historia.

Comentaris virus-lents (235): Proves diagnòstiques vs SARSCoV2; moltes corones, cap Rei.

 

Un altre enfilat de tuits que us poso endreçats i revisats.

 

Amb això dels tests, dels assajos, de les proves ràpides del diagnòstic en front de SARSCoV2 que causa la CoVID19 hi ha una mica de garbuix…anem a posar-ho una mica en ordre o tal com ho entenc jo.

 

Quan volem traçar una malaltia podem fer:

  • Proves per detectar el patogen causant, en aquest cas SARSCoV2 o bé,

  • Proves per detectar la conseqüència de l’entrada del patogen (generació d’anticossos per part del sistema immune de l’infectat); és el que anomenem proves serològiques (ELISA, serumneutralització, immunocromatografia).

 

El patogen es pot detectar prenen mostres i intentant cultivar-lo…per bacteris és relativament fàcil i econòmic, per virus és bastant més complicat i car. Amb això garantim que el patogen que es troba a la mostra està “viu”. En tot cas es un procés que pot durar des de 1-2 dies a més d’una setmana. Si no tenim paciència, o tenim presa, podem anar a cercar la detecció d’antígens de virus o bacteris, les proves antigèniques, o bé fem proves molecular per detectar el genoma (ADN o ARN).

 

Aquestes proves moleculars són el que sentiu moltes vegades resumir dota el paraigües de els PCR (incorrecte) o les PCR (correcte, ja que és abreviatura de LA Reacció en Cadena de la Polimerasa). Les PCR són una eina actualment indispensable en el diagnòstic ràpid.

 

Les PCR (hi ha moltes, no solament per diferents patògens, si no per detectar UN mateix patogen), detecten genoma del virus (ens centrem ja en el SARSCoV2). Per tant donaran negatiu en una persona que hagi passat la CoVID19 fa un mes, perquè ja NO tindrà virus al seu cos.

 

Detecció de genoma és indici de Infecció activa, o no resolta, encara. Així, vostè pot fer una PCR d’una mostra d’una persona avui, infectada ahir per SARSCoV2, i tenir un resultat negatiu; tornar a fer la mateixa PCR en 7 dies i tenir un resultat clarament positiu i fer el mateix en 3 setmanes i tenir un resultat…NEGATIU, altre cop.

 

I una PCR positiva indica infecció en curs o en resolució però no DIRECTAMENT que la persona tingui capacitat de contagi. Alguns positius es deuen a genomes de virus malmesos o de virus ja neutralitzats per anticossos.

 

Les proves serològiques, esmentades al començament, detecten anticossos, i per tant necessiten que s’hagi generat una resposta immune prèvia front el virus. No serveix de res fer una ELISA a una persona infectada al 3er o 4rt dia de la infecció perquè el cos humà necessita més dies per generar anticossos, primer les IgM i més tard, retrassades en el temps, les IgG, que són les que conferiran la famosa immunitat “de llarga durada”. Podríem dir que la PCR permet dir, “aquesta persona ESTÀ infectada” mentre la ELISA i altres proves serològiques ens permeten dir, “aquesta persona VA ESTAR infectada”, però ja no, podríem afegir.

 

SARS portada EID

 

 

I els tests ràpids? De fet res del que us he explicat és un test ràpid. Hi ha equips PCR de camp però aquestes PCR i tècniques serològiques són de laboratori. El resultat, en el millors dels casos, es dona en 6-8 hores. Els test ràpids, per contra, són portàtils, es poden fer a peu de carretera o carrer, i no necessiten aparellatge ni persona tècnic expert. Són tota una altra cosa.

 

Anem, doncs, pels kits ràpids versus la CoVID19. Altre cop la dicotomia, a què disparem, al virus (test d’antígens o proteïnes virals) o al rastre que deixa en nosaltres (els anticossos, test serològic)? Als dos, tindríem de disparar als dos, cap dels dos dona informació complerta, que a més, és dinàmica.

 

El fonament d’aquests tests ràpids? La immunocromatografia en paper, que actua com a plataforma d’ancoratge, ja sia de proteïnes del virus si volem detectar anticossos en la mostra, o bé anticossos en el cas que vulguem detectar la presència del virus, a través de les seves proteïnes.

 

Test ràpid d’antígens: una prova que pot donar un resultat en 15 minuts i que necessita com a mostra secrecions respiratòries, i amb un aspecte i lectura semblant a un test d’embaràs. El problema? Menys fiable i sensible que la RT-PCR quantitativa, o qRT-PCR o RT-PCR Real Time.
La qRT-PCR és molt sensible, teòricament amb un genoma, o uns pocs genomes, presents ja faria per donar positiu. En canvia aquests tests ràpids d’antígens necessiten una mostra més carregada de virus, que resulta que depèn de la dinàmica de la infecció, més aviat de QUAN prenguis la mostra d’un infectat.

 

Si la persona mostrejada té simptomatologia clara, la sensibilitat de la tècnica és “bona”, per sobre del 85-90%, però per fases pre-simptomàtiques (o poc simptomàtiques) habitualment lligades a càrregues virals més baixes, pot quedar en el 50%.

 

Poques decisions definitives es poden prendre amb aquests percentatges; és més aviat un mètode de cribratge, els positius SÓN positius a SARSCoV2, els negatius s’haurien de confirmar per un altre test d’antígens uns dies després o bé fent una qRT-PCR (més sensible).

 

Però potser ens interessa més saber de forma ràpida quanta gent ha passat la infecció; en principi si es supera la infecció per #SARSCoV2 estaran immunitzats i no patiran de nou (?) la infecció ni la transmetran. Serien les 1ers persones que podrien tornar a la feina.

 

Per això empraríem els test ràpids d’anticossos (basats també en immunocromatografia) detecten el rastre que ens ha deixat el virus…només té sentit fer-los després que les símptomes hagin desaparegut o si voleu un mínim de 10-15 dies després de l’aparició de símptomes. De fet, sense ser una regla absoluta qui doni positiu a un test ràpid d’anticossos donarà negatiu a una prova ràpida d’antigen.

 

Aquests són els tests a aplicar en el futur per conèixer l’estat immunològic de la població, i fer surar tots els hipotètics asimptomàtics i pocsimtomàtics que es diuen que hi ha, perquè el SARSCoV2… ens acabarà infectant a gairebé tots.

 

Aquest tests ràpids d’anticossos també donen resultats en 10-15 min. Però fan servir una mica de sang (no secreció respiratòria) perquè cerquen les IgM i les IgG circulants a la nostra sang. Les IgM són els primers anticossos que es produeixen en el curs de la infecció i després apareixen les IgG que són les que teòricament ens conferiran la immunitat de llarga durada (?), ja que perduren a la sang, mentre que les IgM desapareixen. De tota manera, per la CoVID19 , la aparició de IgM i IgG és molt propera entre elles i lleugerament tardana, uns 10-15 dies des de l’aparició de símptomes. Però no està exempta de problemes… Pots donar falsos positius perquè tinguis anticossos contra alguna cosa semblant i que reaccionin. I a més, és una prova visual i de vegades, la línia reactiva és difícil de veure, i…es poden donar també falsos negatius.

 

En resum ambdues proves donen informació…complementària, però NO són perfectes, són mes aptes per un cribratge que per prendre decisions absolutes, definitives i demanen un suport addicional de laboratoris amb qRT-PCR, per exemple.

 

Semblen necessàries, però, per desconfinar amb més garanties.

 

 

Però aquesta, aquesta és una altra història.

Comentaris virus-lents (234): Els virus respiratoris no persisteixen 20 dies a superfícies … el coronavirus SARSCoV2 TAMPOC.

 

Aquest és un enfilall vindicatiu i una petició per contrastar dades. Jo, per necessitats diverses, una d’elles, ser el responsable de Bioseguretat de @CReSA_r, HE DE SABER la persistència de virus amb els que treballem i com inactivar-los. I quan es confirmà q treballaríem amb #SARSCoV2, perquè a IRTA-CReSA hi treballarem, vaig cercar tota la informació possible com he fet abans amb altres virus com Chikungunya, West Nile Virus, Zika, HPAI, Virus de la vall del Rift, Virus dengue, MERS coronavirus, influenza (aviar, com H5N1, H7N1 o humana com H1N1), virus amb els que també hem treballat i treballem…i treballarem.

 

Algunes de les conclusions que havia trobat fins ara, de virus embolcallats respiratoris, són:

 

  • Virus influenza A i B persisteixen 24-48 hores a superfícies no poroses com acer inoxidable o plàstic i sols 8-12 hores en roba, paper i tissue. Virus influença deixats assecar sobre acer inoxidable es podien recuperar passant el dit a les 24 hores. Veure doi.org/10.1093/infdis/146.1.47

 

  • El metapneumovirus aviar i el virus grip aviar dessecats sobre 12 superfícies poroses i no poroses, persistí fins a 6 dies però NO 9 dies, i sempre millor en superfícies no poroses que en superfícies poroses (pot haver un problema d’elució, més avall comentem que significa). Veure: doi.org/10.1637/7453-101205R.1

 

  • Es comparà viabilitat i senyal molecular de 5 soques de virus influença dessecats en 3 superfícies (cotó, microfibra, acer inoxidable). Concentració inicial, entre 10.000 i 1.000.000 virus. Els virus viables arribaren tot just als 14 dies, sols en acer inoxidable, i només 7 dies sobre cotó i microfibra; per contra la senyal molecular, la detecció del genoma de influenza va donar positiu TOTA LA DURADA DE L’ESTUDI, set setmanes. NO va haver diferències entre soques, TOTES es comportaven igual. Veure: doi.org/10.1016/j.jhin.2016.12.003

 

  • Influenza A virus dessecat sobre guants de goma, una mascareta N95 (o FFP3, recordeu l’enfilall de protecció respiratòria, o l’entrada anterior d’aquest blog, la 233), o sobre una granota Tyvek o acer inoxidable va mantenir la seva infectivitat 8 hores a tots els materials i nomes arribà a les 24 hores de persistència al guant de goma. Veure: https://link.springer.com/article/10.1007%2Fs12199-010-0149-y

 

  • El virus pandèmic pH1N1 va ser inoculat sobre diverses superfícies “casolanes”. El genoma es detectà sense alteracions significatives a les 24 hores però la infectivitat viral es mantingué nomes 4 hores per molts material i no més enllà de 9 hores en alguns materials no porosos. Caigudes de 4 log, que són 10.000 virus, o un 99,99% d reducció. Els autors conclouen que la transmissibilitat a través de superfícies és possible però improbable si no hi ha recontaminacions (que és el que passa habitualment en el domicili d’un infectat). http://dx.doi.org/10.1371/journal.pone.0027932

 

  • El vius pandèmic influenza A H1N1 romangué infecciós (estem parlant de reduccions de 5 log, és a dir 100.000 virus) durant 48 hores en superfícies de fusta, 24 hores en acer inoxidable i superfícies plàstiques, i 8 hores en roba, encara que els autors apunten a un problema d’elució, que podria ser que el virus quedés segrestat per la textura del material; tanmateix a efectes pràctics si no queda disponible per ser recollit per la suor d’un dit, epidemiològicament seria irrellevant. https://www.ajicjournal.org/article/S0196-6553(13)01332-1/fulltext.

 

  • I, com sempre, el outlier, que ens ha de fer estar alertes, les dades són les que són… Els autors troben que dues soques de virus Influenza A, dessecades sobre acer inoxidable i mantingudes a 18-25ºC en diferents HR, només experimentaven 2 log10R, caigudes del 99% de la seva infectivitat als 7 dies. http://dx.doi.org/10.1128/AEM.04046-15

 

SARS portada EID

 

I òbviament la referència canònica de Kampf et al, 2020 https://www.journalofhospitalinfection.com/article/S0195-6701(20)30046-3/fulltext o l’article d’aquesta setmana sobre SARSCoV1 o SARSCoV2 citat a @basics de @beteve de Doremalen et al., … https://www.medrxiv.org/content/10.1101/2020.03.09.20033217v2

 

Dels dos he fet enfilalls per comentar-los però em sap greu, no els trobo, si algú els pot recuperar i penjar-los seguits a aquest en farà un favor. Ras i curt, com ens hauria d’agradar a tothom, la persistència més enllà del 7 dies és purament anecdòtica i només sobre superfícies no poroses, les més favorables, ja que les caigudes previstes estan per sobre 4 logs. En cartró aquestes inactivacions s’assoleixen abans dels 4 dies (van Doremalen et al., 2020). Però és que si mireu la revisió de Kampf NO hi ha CAP persistència de cap #coronavirus avaluat MÉS ENLLÀ dels 9 dies.

 

En això tenim una miqueta de sort, el #SARSCoV2 no és un virus massa resistent a l’ambient ni tampoc als desinfectants…la resta ja és cosa nostra. Bé, nostra, nostra, no, que des de Madrid ens han de dir el que “ens convé”, oi?

 

 

Però aquesta, aquesta és una altra història, oi.

Comentaris virus-lents (232): Donant-li voltes a la CFR del SARSCoV2.

 

 

Primer, què és la CFR? Es la Case Fatality Rate, o Case Fatality Ratio, o Ratio de Casos Fatals, en altres paraules, quantes persones han mort a conseqüència d’una causa, respecte el total de persones que han patit (o han estat diagnosticades) d’aquesta causa.

El que ve a continuació és un enfilat sense cap modificació que vaig penjar a Twitter i que la gent va valorar positivament. D’això fa ja unes dues setmanes. El poso en aquest canal, que no és equivalent.

 

 

“Serà millor explicar-ho numèricament. Imaginem que tenim 100 casos diaris de infecció per #nCoV2019 o #2019nCoV. El període d’incubació és 1 setmana i als 10-15 dies els casos es recuperen o…es moren. A dia 1 tindrem 100 casos; a dia 2 tindrem 200 casos; a dia 3 tindrem 300 casos, etc.

Fins ara cap mort (sempre hi ha outliers, però, gent que està als extrems de la distribució normal), perquè hem quedat que no es mor ningú fins els 10-15 dies. Bé, seguim. Dia 8, 800 casos, dia 9 arriben a 900 casos i el dia 10 un miler de casos.

I llavors comença a morir gent perquè ha transcorregut prou temps d’incubació, i alguns casos han esdevingut greus, fins i tot mortals. Dia 11, 1100 casos i 15 morts (posem 15% dels casos del 1er dia); dia 12, 1200 casos (100 més del dia anterior) i 30 morts… #nCoV2019 #2019nCoV

que resulten d’afegir als 15 morts del dia 1 un cop passats 10 dies, 15 morts més del dia 2, quan han passat 10 dies per ells. Podem seguir un tercer dia, 1300 casos i 45 defuncions (món perfecte, 15 + 15 + 15). I ara ens donen la Case Fatality Rate, #CFR, i ens diuen que han mort 45 persones…

d’un total de 1300 afectats per #nCoV2019 o #2019nCoV, i això fa 45/1300 un #CFR de 3,5%. La dada sembla robusta però estrictament és falsa. Podríem dir que el CFR serà COM A MINIM del 3,5% perquè només els 300 casos inicials han arribat al moment de la veritat, aquell en el que…

es recuperen o sucumbeixen. Per tant si féssim el #CFR només pels 300 que han complert el cicle de 10 (o 14 dies o 3 setmanes) la #CFR seria del…15% ja que han mort 15 persones de cada 100 casos aquells 3 dies. L’autor apunta que això ja va passar a l’epidèmia del #SARS on el…

#CFR va anar escalant setmana rere setmana. En el cas que ens ocupa, la propagació de #nCoV2019 va massa depresa i la #CFR es mantindrà baixa, artefactualment, perquè els nous casos engreixen el denominador. Només si es tallés en sec el nombre de nous casos i es deixés…

evolucionar el numerador, els casos fatals, un cop transcorreguts els 10, 15 dies, al final, tindríem només casos fatals i gent guarida; ara tenim 2-3% de casos fatals respecte el total (incloent els ingressats avui mateix), un 15-20% de casos greus (que inclou a la gent que ha…

arribat a la bifurcació, i la resta casos benignes o gent ja guarida). Aquest 15-20% serà el rebost de nous casos fatals. Cal estar molt atent a evolució del ratio casos fatals:guarits per #nCoV2019. Si queda estable en 1:3 o 1:4 la meva previsió és q tindrem molts milers de morts.

Alhora…si el nombre d’admissions decreix i en lloc de 100 entren 10 cada dia veurem com la #CFR pujarà perquè, maleits números, morirà cada dia més gent (15) per #nCoV2019 o #2019nCoV que la que ingressa (10)!!…com a mínim durant 10 dies.

Com ja vaig dir en el seu moment, tot és molt fluid, tot és molt atzarós. #nCo2019 #2019nCoV.”

 

SARS portada EID

 

I aquí acabà l’enfilat. Des de la data aproximada de difusió per Twitter la #CFR publicada per la OMS, que estava al 2%, ara està en el 3,5% i com diuen a la borsa, amb tendència alcista. I la calculada pel mètode menys ortodox ha baixat del 15% al 7%. I com he repetit diverses vegades, la realitat estarà entre els dos valors…clarament pitjor que la grip, em sap greu, però res cataclísmic.

 

 

I convé que se sàpiga, perquè tots podem fer coses per ajudar a fer caure la #CFR. No us ho havien dit? La #CFR no és immutable, ja ho heu vist si heu llegit aquesta entrada, si no que, a més, canvia en funció d’esforços i actituds col·lectives però també individuals. Sí, depèn de la informació que donen els canals oficials, de les seves accions i de com involucren a la població. I sí, depèn de la teva actitud, de la seva, de la meva…

 

 

Però aquesta, aquesta és TOTA una altra història.

Comentaris virus-lents (226): “The Hot Zone”; a la caça d’errades i llicències.

Soc microbiòleg, per més detall viròleg, i anant al detall màxim, gestor d’una instal·lació d’alta contenció biològica…Òbviament qualsevol sèrie que tracti de forma honesta temes com les epidèmies, els patògens, emergents o no, la gestió d’emergències, m’interessa. Per això, quan un company em va passar la sèrie The Hot Zone sabia que m’ho passaria bé. La sèrie és prou bona i està basada en fets del tot verídics. Tanmateix i encara que aprecio l’esforç posat no puc menys que indicar alguns punts inconsistents o directament erronis del Primer Capítol (podria fer llistes més curtes i potser equivalents dels altres capítols però serveixi això de mostra). Això sí, més series com aquestes, si us plau; la realitat pots ser més engrescadora que la ciència ficció.

Els comentaris surten amb unes xifres prèvies que indiquen el minut i segon del metratge del capítol (versió en castellà). Tots els comentaris poden ser més desenvolupats, i tenen moltes derivades, aquí nomes faig alguns apunts.

Recordeu …. mm : ss …. comentari.

11:35 Apareix un microscopi electrònic, del que es separa el col·laborador negre, en una habitació plenament il·luminada, plena de finestres…malament. Normalment les observacions per microscòpia electrònica demanen certa foscor.

11:40 Arribada d’un paquet de material biològic des de l’estabulari de primats Hazelton ubicat a Reston…la coronel es queixa que no s’han gastat gaires diners…i té raó. El paquet no compleix cap dels preceptes de transport d’un material biològic en la actualitat, ni que sigui exempt, és a dir, sense perillositat descrita.

 

Antiga instal·lació Hazelton-RESTON

moll de càrrega abandonat de la instal·lació Hazelton a Reston

11:59 L’embalatge de tota mostra hauria de ser una triple capa de contenidors. Aquí veieu la mostra continguda en paper d’alumini, que no compta com a contenidor, envoltada de neu carbònica i tot això contingut en una caixa de polispan. El polispan és un material que es trenca i deforma com a conseqüència de tracció…jo no el faria servir com a únic contenidor.

12:20 Ejem, com es pot fer dissecció en un teixit que ja està en neu carbònica des de fa hores. El teixit estaria congelat como una pedra (recordem que la neu carbònica està a -60ºC aproximadament) però la coronel el talla com si allò fos mantega…i des de quin forassenyat protocol es planteja fer la manipulació sense cap barrera primària com pot ser una Cabina de Seguretat Biològica (CSB).

13:00 Quan es manipula material hom ha d’abstenir-se de portar objectes personals; rellotges, braçalets, anells, etc. Aquí es veu un rellotge, malament. Epp!! i perquè no estan en la època actual, que si no els mòbils també haurien d’estar prohibits.

13:40 Per estar al USAMRIID no els han ensenyat gaire bé…les bates s’han de portar del tot botonades i en cap cas arremangades les mànigues.

14:50 Primera menció al Biosafety Level 4, o BL4, però també BSL4, P4, NCB4, etc.

16:20 De passada es comenta la classificació en nivell de Bioseguretat, que guarda relació, però no absoluta, amb els grups de perillositat dels patògens. Vaja, vaja, la coronel surt de laboratori amb bata. Malament. Les bates HAN DE quedar-se sempre al laboratori, mai han de portar-se a zones comuns.

18:05 Mascareta quirúrgica??? Pipetejant sense CSB amb la sola protecció d’una mascareta quirúrgica (i pels no habituals la mascareta quirúrgica NO és cap Equip de Protecció Individual, EPI), un sol parell de guants i centrifugar el material amb rotors sense tapes estanques???

20:24 “En la cabeza de un alfiler caben 100 millones de virus.” No és cap exageració; per exemple se sap que en un gram de femta d’un infectat podem trobar 10exp10 norovirus, sí, 10.000.000.000 virus.

22:06 “Ni ropa ni ningun objeto personal.” En efecte, per treballar als nivells d’alta o màxima contenció biològica, el que es coneix popularment com BSL3 i BSL4, un entra del tot nu i es vesteix amb roba específica de la instal·lació.

22:30 “Entrar en el nivel 4 es nacer, te quedas desnudo en tu más pura sesencia.” Molt poètic…però més que néixer et fa veure que només ets el que veus.

22:45 “Pasamos del nivel 0 al nivel 2” No existeix el nivell 0, a més en el nivell 2 les portes no estan pressuritzades i per tant no suposa cap problema obrir-les, ni tancar-les.

20:52 Persistim en l’error amb els paràmetres actuals, no hi ha pressió negativa habitualment en un nivell 2; sí s’explica bé el perquè de la pressió negativa, que es evitar la sortida de patògens contra-corrent.

23:00 “La luz ultravioleta NO deshace nada” Inactiva els àcids nucleics, això sí. Al meu entendre més que en una zona NBS2 hi som en una pre-sala que mena cap a la zona de màxima contenció, o Hot Zone.

23:16 Això sí, el pas del nivell 2 al nivell 3 s’assoleix…posant-se uns mitjons…bé, m’estalvio els comentaris, òbviament estem en una seqüencia de pre-sales, i entre la 2 i la 4 han posat alguna acció, ridícula això sí, al nivell 3.

23:25 I entra en escena la cinta americana; sí, encara és el sistema de segellat més emprat; barato i sempre disponible, ajusta qualsevol uniforme o vestit a qualsevol extremitat.

23:26 Posar-se talc a les mans; contraindicat, a la llarga generarà problemes dèrmics, millor guants directes.

23:35 Guants de làtex, encara que són molt útils, per temes d’al·lèrgia han estat substituïts, com a mínim pel que fa a la capa de guants en contacte amb la pell, pels guants de nitril, que són un xic més impermeables i tenen millor efecte barrera.

23:57 Els vestits químics de protecció, del tot impermeables, amb costures segellades. Apareix ja a la esquerra una manega en espiral que és la que subministra l’aire no compromès al vestit de protecció de nivell 4 i que farà que quedi inflat, amb pressió positiva.

24:08 “En el nivel 4 no hay esquina sin matar”; vol dir que totes les cantoneres estan arrodonides no hi ha angles per evitar que els vestit puguin estripar-se.

24:20 “Nadie entra en el nivel 4 solo” Cert, està prohibit; de fet també es una regla més que habitual, quasi obligatòria en el nivell 3. El que no es diu es que habitualment quan una parella entra en el nivell 4 hi ha una altra amb la mateixa formació vigilant, o de back up fora.

25:00 Els pitjors segons són aquells en els que estàs dins del vestit i encara no t’han connectat l’aire; són vestits impermeables i hom comença a suar quasi immediatament; el corrent d’aire estèril, o no compromès infla el vestit , proporciona un corrent d’aire i asseca la suor.

25:26 La porta metàl·lica té uns rètols; “Do not enter without ventilated suit”, “Caution Biohazard area” and “No glass allowed beyond this point·”. Els vestits ventilats són els que hem vist; el darrer rètol té a veure amb la necessitat imperiosa de reduir les fonts de perill pel que fa a talls i perforacions. Estem entrant i no hi ha hagut cap control, cap teclat amb paraula de pas, cap lectura de empremta dactilar (a la primera porta) o de pupil·la; no passarien una auditoria de bioprotecció amb els estàndards actuals.

25:31 Estem veien la sala de descontaminació amb un sistema de mànegues i uns ruixadors que seran els que llençaran els químics desinfectants en la tornada del personal cap a l’exterior. Tot ha de ser d’acer inoxidable, correcte.

25:42 Veieu que els vestits a la seva part posterior porten com dos cercles foscos protegits per una mena de caputxes transparents. Es tracta del filtres d’exhalació, o sortida; tenim un aport continuat d‘aire net que ha de sortir d’alguna manera; aquests sistemes tenen vàlvules d’un sol sentit, anti-retorn, que eviten que aire de l’exterior passi al vestit; la protecció plàstica és òbvia; evitar que res els pugui obstruir i protegir-los d’esquitxades. Si mireu veieu que els vestits estan clarament inflats. A la majoria dels NBS4 actuals no veureu totxo, que és el que esteu veient a les parets verticals, i la pintura fa pinta de no ser epoxídica, un altre requeriment comú habitualment.

26:40 La heroïna prem un botó i s’obre una comporta vertical permeten recollir les mostres. No s’ha vist com carregaven les mostres abans d’entrar i tenint en compte les voltes que han donat sembla físicament impossible però això que esteu veien és un SAS o airlock (hi ha controvèrsia; la gent li diu SAS a aquest equips quan són relativament petits, com el de la sèrie o airlocks quan són tan grans com per permetre el trànsit d’una o més persones).

26:29 Botes de goma, imprescindibles, impermeables…però com veieu no es segellen.

26:20 Conduccions a la vista…malament, cal que el màxim de superfícies siguin llises, sense zones d’ombres; no hi ha parets connectades al terra amb mitges canyes,, malament altre cop perquè ofereixen cantonades de difícil descontaminació. Altre cop tot el metall que veiem sembla d’acer inoxidable.

26:56 Absolutament improcedent. Una mostra MAI s manipula directament sobre bancada si no dins una cabina de seguretat biològica (CSB), que és el que diem barrera primària. L’operació de tallat d’un teixit allibera aerosols i petits trossos; fer-ho en ambient obert és una salvatjada.

27:08 El guant de la coronel està tacat amb algunes gotes de sang. També inacceptable. I que el pot presenti restes de sang PER FORA és també una errada de contenció i procedimental greu.

27:12 Errada molt greu; ja la dispensació d’un líquid amb pipeta en alçada sobre la mostra sense estar treballant dins una CSB és una errada majúscula però fer servir un homogeneïtzador sense cap mena de barrera ja passa de taca d’oli.

27:24 Havent-hi dues persones el treball en equip hauria de fer que una obris portes i l’altra estigues atenent únicament a la mostra.

27:16 Totes les operacions que es fan amb pipeta fora de la CSB són incorrectes.

27:41 Per fi apareix la CSB, que és l’aparell en el que està treballant la coronel; old fasion one. A dalt a l’ esquerra del frontal de l’aparell veieu un rellotge circular que controla la pressió d’impulsió de la CSB (actualment tenen moltes alarmes i sensors). Altre cop una errada greu; veieu que a l’esquerra hi ha una pipetejador, un assistent electrònic de pipeteig; està col·locat en una posició del tot incorrecta que pot provar la contaminació de l’aparell amb restes de mostres que contingui la pipeta, lliscant a favor de gravetat.

27:44 El pipetejador ha canviat de posició per art de màgia però continua en posició incorrecte.

27:46 Bé, correcte, en principi quasi totes les operacions s’han de fer sobre una safata recull vessaments; la safata metàl·lica fa el fet.

27:55 La cetona és un fixador típic, però una bona praxi faria que si saps que la necessitaries la tinguessis dintre de la CSB; això evitaria que el company fiques les mans dintre de la CSB mentre tu estàs treballant.

28:02 El contenidor groc amb boca estreta blanca i amb tapa esta destinat a recollir tot el material residual; puntes de pipetes, portaobjectes i altre material tallant; el seu destí final serà l’autoclau prèvia descontaminació externa. Es veu de nou al 29:17.

28:04 La heroïna ha estat manipulant material presumptament infecciós dins la CSB i sense encomanar-se a ningú ni descontaminar-se els guants treu les mans de la CSB; per mi errada greu.

28:25 Per accedir a les mostres de l’ultracongelador sí cal fer servir un teclat i una paraula de pas, que a més sembla que canvia freqüentment perquè la coronel ha de demanar-la. Bé.

28:37 Impossible, l’ espècie humana no acabaria encara que tots els virus de l’ultracongelador sortissin d’excursió. La mortalitat més elevada d’ebola sense tractament està al voltant del 90%; un 10% de la humanitat encara és molta humanitat.

28:58 Un ultracongelador sense gel, sense una mica de gel? Molt fals, o això o ho netegen cada dia, que és inversemblant.

29:35 De que estan fets els portaobjectes? Sí, de vidre. I que deia el rètol de la entrada al nivell 4? Mecatxis, que “glass” NO!!

30:04 Bates desbotonades, recipients amb creixements d’una mostra desconeguda oberts, i a més ensumen. Mereixen morir.

31:27 Tall al guant de la mà dreta de la coronel, possiblement en el moviment de cisalla al tancar l’ultracongelador (ara aquestes manetes són totes de plàstic arrodonit).

31:30 NO és en absolut bona praxi agafar un tub de mostra directament amb les mans; s’agafa un moment i es posa en alguna gradeta o suport; mireu que els guants dels vestits són poc tàctils!!!.

31:47 En una sortida d’emergència haurien de sortir els dos; dit d’una altra manera si un es queda s’incompleix el precepte d’estar sempre acompanyat a BSL4. Per altra banda, si hi ha un tall la primera acció és tancar-lo (per exemple amb la cintra groga que la protagonista ha portat tota la estona “per si de cas”).

31:52 L’apagament de la llum, l’inici de les pampallugues de llum vermella i l’alarma acústica del tot inversemblant. No seria el procediment habitual.

32:20 Accionament de la dutxa química. Com veieu durant la dutxa el vestit està connectat a aire net a traves de la mànega i permet que la persona continuï respirant normalment. La dutxa química dura minuts.

32:46 No és gens lògic i impropi de protocols d’emergència que no hi hagi una o més persones esperant la sortida de la coronel per avaluar-la; per cert que la coronel no actua bé rentant-se les mans…no encara amb els guants posats. El lògic és treure’s els guants totalment, munyint-se la ferida forçant la sortida de sang i mentre tant aigua a doll.

32:52 Arriba la cavalleria…amb un parell de guants de làtex (bé) i una mascareta quirúrgica (malament): la mascareta no és cap EPI, no els protegia de res i a més la persona ha tingut un tall i per molt ràpid que vagi el virus no generarà aerosols ni dintre d’una hora, ni d’un dia. Per cert, si estan al nivell 3 com és que ells encara porten uniforme? I si estem al nivell 0, com és que el vestit químic està al terra en primer pla?

33:05 En principi no s’hauria d’acceptar que personal sense la dermis en perfecte estat accedís a instal·lacions d‘alta o màxima contenció. Ni amb apòsit. És el que recrimina a la coronel el seu cap a 33:35.

35:40 Tot incident o accident en una instal·lació d’alta o màxima contenció implica una investigació per esbrinar causes i proposar millores.

36:20 “Voy a ver que dice laboratorio sobre tu análisis” Bé, de fet no pot dir més que està perfectament. Que un virus t’infecti no vol dir que tinguis una propagació immediata. Poden passar dies o setmanes per tenir presència de virus en sang (virèmia); i en aquella època, encara no hi havia les tècniques d’amplificació molecular. I tampoc podien fer cap prova amb anticossos perquè per això cal haver generat una resposta immune que només es mostra uns quants dies després del dia d’infecció.

38:00 “Intacta” Bé, m’estalvio els comentaris.

42:40 Micos congelats al maleter. Però el cuidador diu que han mort avui (??)

42:57 Però després resulta que ja estan congelats. I en el transvasament de cotxes i tenint en compte que podien descongelar-se la coronel comet dues errades evidents. La primera és no proveir-se de bosses d’escombraries en el mercat que té just darrera seu, o film transparent i amb aquests folrar el maleter del seu cotxe; per seguretat pròpia però per IMPERMEABILITZAR-LO també. La segona, no comprar paper de cuina o equivalent i repartir-lo pel maleter com a element amortidor i evitar que els micos de les bosses es donin cops contra les parets i alhora per absorbir els líquids produïts amb la descongelació. De tota manera, un mico congelat difícilment pot generar líquids en un parell d’hores de descongelació.

44:07 Correcte; en el procés d’agafar les bosses amb material compromès, encara que hagin estat descontaminades exteriorment amb lleixiu sempre cal mantenir les mans el més separades possible del cos amb els braços estesos per separar-se del material.

45:02 “El microscopio electrónico detectó lacitos”…en fi, Ebola és filiforme, no laciforme. No cal abaixar el nivell; el públic és molt més intel·ligent del que pensem.

 

Ebola_Virus_TEM_PHIL_1832_lores

 

I no us confoneu, no, a mi em va agradar força el capítol…i la sèrie, però és que soc una mica llepafils, jo.

 

 

 

Però aquesta, aquesta és una altra història.

Comentaris virus-lents (214): Ebola i ARA, no et contestaré la pregunta…

El diari Ara va publicar el 13 de desembre una peça, continuació del seguit d’articles que està dedicant a l’epidèmia d’Ebola a la República Democràtica del Congo (en endavant RDC), esforç lloable i per agrair. El títol, enganyós, de l’article és una pregunta…L’Ebola podria arribar a Europa? Enllaç: https://www.ara.cat/internacional/Ebola-podria-arribar-Europa_0_2142385813.html

 

El títol és enganyós perquè es planteja la pregunta però es fuig d’estudi… en cap moment durant l’article es fa la intenció de contestar-la. S’aprofita per fer una actualització de les dades a data 13 de desembre i poc més, més enllà dels controls de temperatura dels passatgers a l’aeroport congolès i a la primera escala habitual, Addis Abeba, i del seguiment “intensiu” que fan les organitzacions humanitàries dels seus cooperants un cop retornats al país d’origen.

 

A més, si bé és un conveni acceptat per la Organització Mundial de la Salut, la vigilància per 21 dies per si es manifesta febre, el primer símptoma inespecífic de poder estar infectat d’Ebola, està descrit que aquest període no és a prova de “outliers”. Hi ha gent que ha tingut períodes d’incubació superiors. Això ja es va explicar fa més de quatre anys a una entrada del blog… https://comentarisviruslents.org/2014/10/22/comentaris-virus-lents-60-ebola-21-dies-i-no-no-es-una-pel%E2%80%A2licula/

 

Contestarem la resposta que la periodista va deixar a l’aire.

 

Yes No disjuntive ID-10094976

SÍ.

 

SÍ, amb una molt baixa probabilitat, però SÍ.

 

Per començar perquè el període d’incubació és de mitjana una setmana; hom pot haver contret Ebola dos o tres dies abans d’abandonar RDC i començar a experimentar febre 3 o 4 dies després d’arribar a destinació….i com és un símptoma inespecífic no atribuir-lo a Ebola (jo ho atribuiria però es que jo soc malpensat de mena).

 

Per continuar perquè com ja hem dit el període de incubació s’accepta per conveni que és de 21 dies però hi ha gent que s’escapa a l’estadística, a aquesta finestra. No és impossible que transcorreguts el 21 dies un pugui desenvolupar la infecció.

 

I tercer perquè en tots aquells infectats, homes, que sobreviuen a la infecció hi ha un percentatge no menystenible de casos en el que el virus queda resident als testicles, i per tant al semen per moltes setmanes, mesos inclús. Un pot sobreviure a Ebola i passar-lo a la seva companya o company en relacions sexuals sense protecció, setmanes o mesos després de recuperar-se clínicament…sense cap mena de control post-exposició si no s’educa a l’afectat. Això també és va tractar ja fa anys en una altra entrada del blog… https://comentarisviruslents.org/2015/10/16/comentaris-virus-lents-134-ebola-i-semen-una-historia-de-persistencia/.

 

En resum, el risc és baix però indubtablement existeix, encara per sota del llindar de la declaració d’emergència sanitària internacional. Però independentment d’aquest es pot materialitzar en qualsevol moment perquè els virus no entenen de fronteres ni de convencionalismes i la rapidesa de les comunicacions els hi faciliten la dispersió abans de manifestar-se simptomatologicament.

 

Però aquesta, aquesta és una altra història.

Comentaris virus-lents (209): Bioseguretat a través d’avaluacions de risc; més flexibilitat, segur, però…més dispersió?

És imminent la sortida de Manual de Bioseguretat per Laboratoris de la Organització Mundial de la Salut (OMS). La darrera edició data del 2004 i s’ha convertit en un dels textos de referència per bé que no dona informació tècnica si no que dona consells i organitza com aproximar-se al mon de la Bioseguretat a través de la classificació dels microorganismes en funció del seu risc i els corresponents nivells de Bioseguretat de les instal·lacions i els seus requeriments.

 

OMS Biosafety portada Manual

 

La nova versió descol·locarà a molts ja que suposa un canvi prou radical; es vol passar d’una aproximació prescriptiva (si-fas-servir-tal-patogen-et-calen-aquestes-mesures) a una aproximació basada en l’avaluació de risc en base a evidències (si-treballo-amb-tal-patogen-a-certa-concentració-per-fer-aquesta-tècnica-amb-aquest-personal-i-instal·lacions-i-la-informació-de-la-transmissió-del-patogen-és-aquesta, les-infeccions-laboratorials-descrites-són-aquestes, com-he-de-gestionar-el-risc-biològic-de-tot-plegat?).

 

L’OMS s’adreça una audiència molt àmplia que cobreix des de responsables de Bioseguretat d’economies avançades com la nostra fins gestors d’instal·lacions o hospitals d’economies del tercer mon on l’accés continuat a equips de protecció individuals (guants, mascaretes, etc.) o el manteniment programat d’equips crítics dista molt d’estar assegurat. Us podeu imaginar que la Bioseguretat aplicada en ambdós llocs és molt diferent però és que fins i tot dintre d’un mateix estat això es pot donar. En algunes altres entrades m’heu llegit blasmant d’aquells que parlen d’instal·lacions de nivell de Bioseguretat 3 (NBS3) plus o NBS3+ o NBS2+ però és que hi ha instal·lacions NBS3 que són quasi NBS4 (com la que hi treballo) mentre altres no són més que un NBS2 apanyat, o són NBS3 modulars. Això té molt a veure amb l’economia, també, ja que les instal·lacions d’alta o màxima contenció són caríssimes de construir i també de mantenir…entre 4 i 8 vegades l’equivalent a NBS2 i aproximadament un 10% dels costos de construcció (és a dir, en 10 anys t’has gastant l’equivalent a la construcció). És per això que el meu consell a qui es planteja construir un NBS3, al primer mon és una pregunta: tens assegurat el triple de diners dels que et caldran per construir la instal·lació? Si la resposta és sí, endavant, si és no, compte!!

 

I és que, potser, no cal tanta tècnica (sobre tot si no la pots tenir) per manegar patògens letals. Crimea-Congo, un virus de grup de risc microbiològic 4, que ara mateix només es pot treballar en un nivell de Bioseguretat 4 a Catalunya és diagnosticat en Laboratoris NBS2 a Turquia i es té cura dels infectats en hospitals “convencionals” i no hi ha informes d’infeccions laboratorials o assistencials. De forma anàloga, el diagnòstic i processat de mostres d’un pacient infectat d’Ebola no es fa en complexes instal·lacions NBS4, amb pressió negativa, vestits de pressió positiva i dutxes químiques a origen (Sierra Lleona, o Libèria o Congo); una bona indumentària barrera i una cabina artesanal amb guants poden bastar.

 

El canvi radical que plantejarà la OMS serà deixar de centrar-nos en una classificació de patògens en funció de seu risc que porta aparellat uns nivells de Bioseguretat dels laboratoris i pensar en cada cas les mesures de contenció adequades per cada patogen (la font de perill) i els processos associats que volem fer (que determinaran la probabilitat de l’accident). El risc mai depèn sols del patogen si no del procés que es fa amb ell, i cada procés te la seva probabilitat de generar un dany. I cada dany pot tenir diversos graus de gravetat.

 

I formació, molta formació. El nou manual de la OMS reforçarà molt la necessitat d’una necessària competència del personal, i en definitiva d’una bona practica microbiològica. Aquestes són dues de les potes del trípode, juntament amb l’avaluació de risc, amb les que la OMS vol recolzar la Bioseguretat com a mínim per la propera dècada.

 

És evident que aquesta aproximació, més basada en l’avaluació el risc en base a evidències (dades) és una passa cap a una major flexibilitat, o si és vol practicitat. Per un mateix virus les mesures podran ser molt diferents; no és el mateix treballar al costat de camells infectats amb MERS coronavirus (alt risc inherent) que fer dilucions seriades d’una mostra inactivada…del mateix camell, o bé un ELISA a partir de sèrums d’aquests animals infectats.

 

Per tant, el que la OMS demanarà serà que es facin avaluacions de risc cas per cas per determinar el requisits mínims per treballar-hi. A mesura que el procés sigui més complex o el patogen estigui a major concentració, etc. caldrà implantar contramesures addicionals.
En qualsevol cas aquest Manual no és “reglamentari” i no té intenció, mai l’ha tingut, de reemplaçar o competir amb les regulacions nacionals, si bé moltes vegades aquestes han fet servir el Manual com a base…per tant, és probable que aquesta nova aproximació basada en l’avaluació de risc basada en evidències, i sense dogmatismes, acabi fent forat a molts països.

 

El problema és si aquesta aproximació a la Bioseguretat per avaluacions de risc basades en evidències no incrementarà la dispersió d’aproximacions; una mica com allò de tants caps, tants barrets. I és que tampoc tenim tantes evidències de transmissibilitat o no del molts patògens, de la seva capacitat de formar aerosols o de la seva persistència a diferents condicions ambientals, i menys encara del emergents; moltes de les nostres dades són qualitatives o semi-quantitatives i serien difícils de considerar com a “veritables” evidències.

 

Però aquesta, aquesta és una altra història.

Comentaris virus-lents (208): El bioterrorisme pot ser molt, molt animal (2).

 

Com acabàvem a l’entrada 206 (https://comentarisviruslents.org/2018/04/13/comentaris-virus-lents-206-el-bioterrorisme-pot-ser-molt-molt-animal/) un cop tenim clar que al bioterrorisme no li cal actuar sobre els éssers humans per provocar tota una disrupció social o econòmica en un país, fent trontollar el sector ramader i tota la industria agroalimentària associada, hem de interessar-nos per aquests efectes.

 

Un brot epidèmic té una sèrie de costos directes com són aquells relacionats amb la morbilitat, moralitat, pèrdues productives, cost de tractaments, stamping out (o sacrificis generals), suport econòmic al mercat i als ramaders, restriccions de criança, vacunacions d’emergència, vigilància per detectar animals potencialment infectats, activitats diagnòstiques (costos de personal i reactius) i l’establiment de restriccions de moviment i quarantenes. Però també té costos indirectes, com són el temps necessari per tornar als valors de producció inicial sobre tot si s’han fet sacrificis generals i les disrupcions comercials (el status de regió lliure d’una malaltia es pot reclamar però només quan han passat unes setmanes o mesos des d’el darrer cas detectat).

 

Tornem al nostre hipotètic terrorista…les preguntes que es faria serien… I quin escullo? Què li he de demanar al meu agent biològic per poder tenir èxit?

 

La resposta genèrica és obvia, allò que faci més mal (econòmic) i tingui major facilitat de transmissió. I el mal no necessàriament implica altes taxes de morbilitat o letalitat; n’hi ha prou amb que la declaració de la infecció canviï l’estatus sanitari del país i bloquegi les exportacions perquè el mal ja estigui fet. I si portem això al detall, podríem fer aquesta carta de “desitjos”:

  • Altament infecció i contagiós (recordeu que són conceptes diferents).

  • Bona persistència a les condicions ambientals (habitualment temperatura, dessecació, acció del component UV de la radiació solar).

  • Capaç de ser efectiu i predible, generant un patró de malaltia clínica consistent.

  • Que no deixi traça, que pugui ser confós amb un brot natural (com a mínim en el seu inici).

  • Òbviament, patogènic pels ramats locals.

  • Disponible, i fàcilment produïble o adquirible.

  • No perillós pel manipulador o dispensador (el/la bioterrorista).

  • Fàcilment disseminable.

No serà possible trobar cap agent que compleixi tos els criteris per la qual cosa la priorització i elecció dels importants estarà molts cops delimitada pels recursos humans, econòmics i tècnics dels bioterroristes.

 

No parlarem aquí dels 4 primers “desitjos”…sense manipulació genètica, que entraria dins de la recerca dual “problemàtica” (el que es diu DURC, Dual Use Research of Concern), aquests desitjos estan marcat per la biologia i les característiques del patogen i de la seva interacció amb els animals susceptibles. El cinquè és obvi…caldrà escollir una soca vírica, o una espècie bacteriana en front la qual els animals siguin “naive”, no hagin tingut contacte previ, encara que no és indispensable, tenint en compte les taxes de reposició, el fort recanvi d’individus a granges i explotacions.

 

bioterrorism colour team

 

Com aconseguir l’agent?

 

El fluid vesicular (habitualment amb un títol alt) d’un porc infectat amb virus de la febre aftosa (VFA) pot ser transportat a una altra regió, i retenint encara prou infectivitat, per contaminar un gran nombre d’altres animals (sempre que pugis accedir a les granges, és clar). I això seria també extrapolable per VPPA, VPPC o NV (veure entrada 206). Tinguem present però, que les tècniques actuals de biologia molecular podrien traçar l’origen inicial perquè les soques dels brots tenen “marques” específiques, es poden destriar en funció de la seva seqüència genòmica.

 

Com manipular-lo i emmagatzemar-ho?

 

També podem optar no per una aplicació directa si no per una prèvia amplificació, una producció en grans quantitats, ja sigui in vivo (per exemple, en una explotació fora de circuit veterinari) o in vitro. La primera no és impossible; la segona tampoc, però necessitaria uns laboratoris de microbiologia convencional, recordeu que no són agents zoonotics i els éssers humans podem manipular-los amb seguretat, i quantitats importants de reactius (que podrien deixar traça), i personal amb bons coneixements de cultiu cel·lular i propagació vírica. Una combinació no tan senzilla de donar-se.

 

I aquesta producció, si es vol emmagatzemar ha de fer front al repte de mantenir la infectivitat durant setmanes o mesos; a diferencia de les armes químiques o nuclears, les armes biològiques tenen una data de caducitat molt propera a la data de producció sobre tot si es troben en forma líquida, per ser aerosolitzades. Els agents esmentats a l’entrada anterior poden ser dessecats o liofilitzats però perden bona part de la seva infectivitat i després caldria reconstituir-los i aerosolitzar-los i aquí tenim un altre repte, perquè per una aerosolitació efectiva fa falta generar unes gotícules molt petites i homogènies de mida 1 a 10 um, si volem que es mantinguin a l’aire i es desplacin molts metres des d’origen, i això tècnicament no és gens senzill.

 

I que en el moment que aerosolitzem, si ho fem a camp obert al costat d’una granja les condicions climàtiques són una ruleta rusa addicional; insolació, llum UV, regim de vents, humitat relativa poden fer que l’aerosol s’inactivi en minuts, o hores o bé que s’escampi en la direcció no desitjada.

 

Com aplicar-ho? Target ideals?

 

El target ideal, la diana per un atac bioterrorista seria, sense dubte, les unitats de producció intensiva, amb un gran nombre d’animals en espais relativament reduïts que garantirien la infecció d’una fracció dels mateixos i la disseminació de l’agent a la resta. Tanmateix si únicament s’actua en una granja l’acció pot ser blocada ràpidament, i pot deixar rastre (ja que es posaria sota lupa tota l’activitat, entrades, visites, etc. d’aquesta granja).

 

L’alternativa seria actuar en un nombre, important, de petites granges relativament disperses, el que resultaria en un brot epidèmic més extens i més difícil de controlar (encara que els nombre d’animals infectats fora al final menor). Aquí es jugaria amb els perímetres de control i exclusió que podria bloquejar tota l’activitat de moviment d’animals d’una regió.

 

Finalment sempre hi ha la possibilitat d’infectar animals silvestres, el que podria resultar en un brot epidèmic molt més difícil de descobrir, traçar i controlar…pel terrorista també, perquè la variabilitat i els paràmetres que s’escapen al seu control són encara més grans.

 

I què podem fer per evitar-ho?

 

Deixant de banda els alts nivells (representats per la BTWC, Biological and Toxin Weapons Convention) que ha estat ratificada per 141 estats i en vigor des de 1975, a nivell local, de país, l’acció es basa en estratègies i plans de contingència: definir el rol de les agències i departaments involucrats; millorar i mantenir engreixades les capacitats diagnòstiques (no solament amb laboratoris equipats si no també ensinistrant els grangers, veterinaris i altres interessats per reconèixer i reportar qualsevol malaltia sospitosa, o símptoma clínic “fora de lloc”; i mantenir actualitzar un estoc de vacunes contra les malalties més greus (els casos de VFA i rinderpest, perquè per VPPA i VPPC no en tenim vacuna ara mateix).

 

I si finalment esdevé l’atac? Si finalment hi ha confirmació el que cal és mitigar els efectes mirant de reduir l’abast del brot i fer-ho des d’el primer moment amb una comunicació transparent, cercant col·laboració però aplicant protocols de forma estricta, sense miraments (diagnosis, sacrifici, destrucció dels animals infectats, desinfecció), i sense excepcions. I aplicar vacunació d’emergència, si procedeix, encara que això està sotmès a discussió.

 

 

Perquè aquesta, aquesta és una altra història.

Comentaris virus-lents (205): To DURC or not to DURC? Aquesta és la qüestió.

 

L’ús de la tecnologia per obtenir avantatge en un conflicte és molt antic. Passar de la pedra al bronze; passar del bronze al ferro, etc. La historia està plena de com avenços tecnològics i científics s’ha adaptat per a la guerra o bé han nascut de la guerra. Ben bé es pot dir que tota tecnologia té un ús dual (un cotxe és “per se” pacífic però si se’l fa servir per atropellar indiscriminadament és un arma terorrista). I molta biologia ara mateix descansa en la tecnologia. Ja no es tracta de llençar cadàvers infectats per sobre les muralles o regalar flassades infectades a indis per aconseguir la seva rendició (podeu veure al respecte en aquest blog https://comentarisviruslents.org/2015/05/02/comentaris-virus-lents-107-el-bioterrorisme-no-es-una-nova-estrategia/) si no de modificar microorganismes en la direcció que desitgem però també en aquella que potser no desitgem.

 

L’atac per àntrax va generar una allau de normatives als EEUU que implicarem regulacions sobre la recerca biològica i l’aparició duna llista de agents i toxines seleccionats (o selectes). Uns pocs anys després, i entre altres exemples, la tecnologia de la biologia molecular permeté la síntesi química de poliovirus i la reconstrucció del virus de la influença pandèmica de 1918; en el dos casos dos virus extints, o quasi extints que semblaven es podien tornar a produir en el backyard, al patí de darrera (algun dia caldrà explicar que això ni de bon tros és tan fàcil).

 

Per gestionar un problema el primer que cal fer el definir-lo i acotar-lo. Que era, en aquell moment, o és ara la recerca d’ús dual (Dual Use Research, o DUR) a les ciències biològiques (tinguem present que en principi hi ha una prohibició total de fer servir armes biològiques, segons la Biological Weapons Convention de 1972). Podríem dir que una “cosa” (i per cosa volem dir tecnologia però també la informació sobre aquesta) és d’ús dual quan es pot fer un ús beneficiós o malvat/criminal. Tanmateix si volem recórrer a una definició canònica podem agafar la que va formular la National Science Advisory Board for Biosecurity (NSABB)…”life Science research that, based on current understanding, can be reasonably anticipated to provide knowledge, information, products, or technologies that could be directly misapplied to pose a significant threat with broad potential consequences to public health and safety, agricultural crops and other plants, animals, the environment, material and national security.

 

En principi una recerca d’ús dual ha d’aixecar certa prevenció o preocupació (que cal gestionar). Estem llavors parlant de la DURC, o Dual Use Research of Concern, en anglès. I dintre de la DURC es troba la controvèrsia GOF, o Gain Of Function.

 

GainOfFunction-GOF-1082214doctor

Què és Gain Of Function? En el nivell més planer es pot traduir com guany de funció i és exactament això, donar una nova propietat o habilitat a una entitat biològica. Els experiments GOF poden donar resultats molt desitjables, com és el cas de la insulina recombinant, que és l’habitualment subministrada i que es genera a partir d’un microorganisme que expressa aquesta proteïna, que no estava inicialment al seu genoma. També és un resultat d’una aproximació GOF, les noves variants vegetals que són més persistents a les plagues o resisteixen millor la dessecació. Però si tenim l’habilitat de fer aquestes manipulacions també vol dir que també som capaços tècnicament de modificar-los amb noves propietats que incrementin la seva virulència i / o transmissibilitat.

 

Això és el que passà el 2011 i que ja va ser comentat en una entrada del blog (veure https://comentarisviruslents.org/2016/04/01/comentaris-virus-lents-164-concepte-gain-of-function-la-ciencia-sempre-guanya/). En resum, dos articles mostraven “com” incrementar la transmissibilitat del virus de la influença aviar altament patogen H5N1. El problema no era només que la informació fos pública si no que malauradament la transmissibilitat s’aconseguia amb uns pocs canvis i semblava fàcil d’assolir per persones amb habilitat i medis convencionals (encara que jo aquí discrepo en l’abast). Després de controvèrsies i certs intents d’amagar o classificar la informació com a reservada, els articles es van publicar el 2012 sense retallades. Una altra erupció aparegué el 2014, aquest cop amb la influença pandèmica. En tots els casos es tractava de treballs de gran vàlua que aixecaven però preocupació des d’els punts de vista de la bioseguretat i la bioprotecció. Aquestes controvèrsies generaren un nou acrònim, PPPs, o Potential Pandemic Pathogens amb el que es volia etiquetar aquells patògens millorats, i per tant nous, amb majors capacitat de transmissibilitat o virulència.

 

D’aquella època ve la moratòria d’execució d’estudis GOF operativa als EEUU i que s’ha aixecat a finals de l’any passat 2017. Unes “portes al camp” com una casa de pagès perquè molta recerca GOF es fa fora de les fronteres dels EEUU i amb fons que no són controlats o derivats pel govern nord-americà.

 

A més, per acabar d’embolicar el tema no hi ha normes clares al món editorial. Quan a les revistes científiques senyeres els arriba un article GOF, en la immensa majoria dels casos que conec s’acaba publicant l’article en tota l’extensió, sense cap o poques restriccions i amb editorials que fan una certa olor a “qui s’excusa, s’acusa” ja que es defensen obvietats com són la vàlua científica de la recerca publicada.
I a banda de les revistes científiques serioses, que poden pre-publicar abans d’una revisió, ara tenim centenars, milers de revistes que permeten la publicació pagant unes taxes. Encara que és molt improbable que es publiqui informació valuosa en aquestes revistes, ja que acostumen a tenir un baix índex d’impacte en la comunitat científica, són forats molt evidents en una estratègia de contenció.

 

El problema és que la tecnologia la tenim i la podem fer servir però no sembla que hi hagi manera de consensuar quins experiments estan justificats pel guany que impliquen encara i els costos/risc potencials associats. I el problema és que a la primera controvèrsia mediàtica (recordeu, el 2012) no hi havia gaire desenvolupades alguna de les tecnologies actuals com CRISPR/Cas9 o una més eficient biologia sintètica. I el problema és que els guanys no poden ser mesurats en temps real o immediat mentre que les assumpcions de riscos catastròfics sí que es porten al present immediat. I que sense valors numèrics reals, moltes avaluacions de risc són purament qualitatives o semi-quantitatives, divergeixen fortament en funció de la subjectivitat de l’avaluador. De fet, de la controvèrsia del 2012 hi ha algunes publicacions que suggerien que un accident greu o molt greu associat a un patogen sota GOF ocorreria en pocs anys (veure referencies al final). Així el 2014 a partir de dades, aportades pel CDC sobre infeccions laboratorials inadvertides en el període 2004-2010, s’arribava a la conclusió que un escapament era possible amb un 0,2% de probabilitat per laboratori i any. Per tant si 50 laboratoris hi treballen durant 10 anys la probabilitat al final d’aquest 10 anys és del…100%. S’ha de dir, però, que portem més de la meitat del període i no s’han vist cap escapament significatiu i hi ha més de 50 laboratoris treballant amb Ebola, SARS, MERS, HPAIV o influença pandèmica i altres patògens.

 

Tot això foragita el personal i el finançament lluny d’aquests patògens que són prou perillosos com per ser subjectes d’una DURC. I això es perillós perquè en els darrers anys hem patit o estem patint, una epidèmia d’Ebola, la emergència de Zika, la progressió de Chikungunya, MERS coronavirus a la Península Aràbiga i Corea, etc. Si la gent no fa recerca, ni que hi hagi el perill que resulti en un risc d’ús dual, mai estarem prou preparats per fer front a la propera epidèmia (us recomano que aneu a http://www.who.int/blueprint/en/ que marca les prioritats de la OMS per aquest any 2018).

 

Particularment jo soc un fervent seguidor del principi de Hanlon que diu…. “Mai atribueixis a la maldat el que pot ser explicat per la estupidesa”. Si substituïu estupidesa per incompetència tenim l’escenari. I el escenari és que sembla molt més probable que si tenim algun problema vingui d’un escapament involuntari d’un patogen modificat, o silvestre, d’alguna de les centenars, milers d’instal·lacions de nivell de Bioseguretat 3 que hi ha al món, o de la cinquantena d’instal·lacions de màxima biocontenció (nivell 4) que d’una acció terrorista o criminal. I no està tan lluny de la nostra imaginació senzillament…perquè ja ha passat. Nomes cal recordar els gaps de bioseguretat que es van donar (i es van fer públics) al CDC i altres laboratoris governamentals dels EEUU a l’any 2015 (podeu consultar aquest mateix blog a https://comentarisviruslents.org/2015/02/26/comentaris-virus-lents-88-incident-ebola-al-cdc-el-diable-esta-als-detalls/ o https://comentarisviruslents.org/2014/07/25/comentaris-virus-lents-25-pero-que-mheu-enviat/). Per tant és bastant més probable que un benintencionat maldestre (un tema de Bioseguretat, o biosafety) acabi provocant el problema (l’epidèmia) que no un malintencionat ben informat (un terrorista, o un biocriminal, un tema de bioprotecció, o biosecurity, com diuen mar enllà).

 

Només unes poques instal·lacions d’alta i màxima biocontenció fan projectes DURC. Potser una via es reduir encara més aquest nombre ja sigui reglamentàriament: al mon hi ha ara mateix dos únics laboratoris que poden tenir i treballar la verola (smallpox), o en funció de registres històrics (laboratoris sense incidències o amb molts bon registres en Bioseguretat serien els únics amb permís, o procedimentals (obligació de complir un estàndards molt alts respecte entrenament i capacitació de personal, tecnologia punta de la instal·lació i traçabilitat).

 

 

englisch_biostoffv-G-wordml02000001

 

Qui tot ho vol, tot ho perd…però també es podria dir que qui vol molt poc, en perd molt també. Fer una llista d’agents selectes d’abast estatal i vigilar atentament tot el que es fa amb ella, qui els té i sota quines condicions, pot donar una falsa impressió de seguretat. Cert que tot el que estigui a la llista estarà controlat (dins de les teves fronteres) però…hi ha molt més enllà de les teves fronteres, i aquest patògens seleccionats es poden obtenir de forma natural (hi ha descrits alguns intents d’obtenir Ebola amb finalitats criminals a partir de mostres d’afectats d’una epidèmia) i fora de la llista també hi ha patògens d’ús dual de potencial més que considerable.

 

En definitiva, hi ha molta recerca actual amb patògens perillosos repartida per centenars de centres d’alta i màxima biocontenció al món. D’aquesta la gran majoria no cau dintre de la definició de la DURC i es continua fent sense aixecar gaire controvèrsia. És un petit subset d’experiments (aquells que poden millorar la letalitat o la transmissibilitat d’un patogen ja perillós) els que generen nerviosisme i és aquest grup el que necessita una aproximació internacional comuna, que generi un estàndard assumible per a la majoria.

 

Potser no podem recórrer exclusivament a una avaluació de risc que es fa un cop l’experiment dissenyat i fins i tot finançat i en vies d’execució perquè com ja he dit moltes d’aquestes avaluacions estan un pel viciades o per biaix dels avaluadors o per la manca de dades empíriques o quantitatives. Potser el resultat no és el que necessitem, si no la eina. Preguntar-se pels riscos i els possible perills promou una anàlisi i discussió més profunda, la qual cosa millora indefectiblement el disseny experimental i els protocols de bioseguretat. No és poc però pot no ser suficient.

 

Potser el que cal es preguntar-se què volem investigar, quines preguntes volem contestar i que són realment valuoses i permetre la recerca que intenti contestar-les tot i el risc que hi pugui haver. I això fer-ho des d’una governança internacional per bé que les decisions serien estatals. Tot sigui per mancomunar el risc. Perquè de risc zero, com tots i totes ja sabeu, no n’hi ha.

 

 

Però aquesta, aquesta és una altra història.

 

• Klots, LC, and Syvester, EJ. (2014). The consequences of a lab escape of a potential pandemic pathogen. Frontiers in Public Health. 2, 1-3 doi: 10.3389/pubh.2014.00116.
• Klotz, LC, and Sylvester, EJ. 2012. The unacceptable risks of a man-made pandemic. Bulletin of teh Atomic Scientist.

Comentaris virus-lents (201): XARXA D’INSTAL·LACIONS D’ALTA I MÀXIMA CONTENCIÓ promoguda per la OMS: discutint plegats per avançar.

 

Els laboratoris d’alta bioseguretat (nivell 3; BSL3 en anglès) i de màxima bioseguretat (nivell 4, BSL4 en anglès) de tot el món representen els nivells més alts de contenció biològica, oferint sobre el paper una gran protecció per a l’usuari, la mostra i el medi ambient. Actualment hi ha més de 50 instal·lacions de contenció màxima (BSL4) al món que manegen alguns dels patògens més perillosos per a la salut humana i animal (Ebola i altres filovirus, SARS i MERS Coronavirus, virus de la febre hemorràgica Crimea Congo, diversos Arenavirus, virus de la febre de la vall del Rift, etc.) amb finalitats d’investigació i diagnòstic; les instal·lacions BSL3 es compten per molts centenars (el lloc on jo hi treballo, IRTA-CReSA és una d’elles). Donada aquesta distribució mundial, s’han celebrat reunions i s’han establert xarxes en el passat centrades en concertar esforços de laboratoris dins d’aquest grup. Aquestes inclouen la Xarxa Europea de Laboratoris BSL-4 (Euronet-P4) establerta el 2005, un Workshop de Desafiaments de Bioseguretat de l’Expansió Global de Laboratoris Biològics d’Alta Confinament celebrat el 2011, i més recentment, 2017, un segon Workshop Xina- EUA sobre els desafiaments de les infeccions emergents, la seguretat laboratorial i la seguretat sanitària mundial. Tres temes recurrents de discussió en aquestes reunions han estat:

  1. Com establir i garantir una capacitació adequada,

  2. El desenvolupament i manteniment de les millors pràctiques i

  3. La importància de la col·laboració per a l’avanç de la ciència i en resposta a un brot de malaltia.

La capacitació i pràctiques de laboratori segures també són un enfocament del Grup de Directors de Laboratoris d’Alta Contenció (GOHLD), compost principalment per directors/es d’instal·lacions per a animals. Aquests esforços, encara que significatius i constructius, només han servit a un nombre limitat de laboratoris de màxima contenció, BSL4.

englisch_biostoffv-G-wordml02000001
Per pal·liar aquest fet, l’Organització Mundial de la Salut (OMS) va convocar un Fòrum d’Instal·lacions d’alta i màxima contenció entre els dies 13 i 15 d’aquest desembre, a Lió. L’objectiu, generar interaccions i relacions entre els responsables d’aquestes instal·lacions amb l’objectiu de l’enfortiment mutu de laboratoris d’alta i màxima biocontenció a tot el món a través de la col·laboració per garantir la bioseguretat i bioprotecció a totes les instal·lacions.

La bioseguretat i la bioprotecció es basen en l’enginyeria de les instal·lacions, una capacitació adequada del personal i una supervisió acurada. Però d’enginyeries i capacitacions hi ha un gran rang, i no està clara la referència, el gold standard, que pot ser continent, estat o fins i tot instal·lació dependent.

A més, el cost operacional de les instal·lacions d’alta i màxima biocontenció suposa un desafiament no només pels laboratoris recentment oberts, sinó també pels laboratoris ja operatius des de fa anys. L’immens cost i els recursos que s’han de dedicar al funcionament d’instal·lacions d’alta/màxima contenció poden representar un gran percentatge del pressupost d’una organització o país i s’han de tenir en compte per a l’expansió i el desenvolupament d’instal·lacions futures. Finalment, la percepció pública, afectada per aspectes culturals i socials, pot tenir una influència significativa en l’obertura i l’ús continu de laboratoris BSL4 en alguns països.

Els objectius específics plantejats en aquesta primera reunió han estat:

  • Col·laboració bilateral o multilateral dels laboratoris d’alta o màxima contenció de tot el món, amb l’OMS com a facilitadora, en la missió comuna de l’enfortiment propi de les mesures de bioseguretat i bioprotecció.

  • Una discussió de les millors pràctiques emprades a les instal·lacions i la identificació d’un mecanisme per compartir i disseminar aquesta informació a altres laboratoris d’alta o màxima contenció.

  • Revisar els desafiaments a què s’enfronten aquestes instal·lacions, i que caldria considerar per al desenvolupament, l’expansió i el manteniment de les mateixes, i quines mesures s’han emprat per superar aquests obstacles.

  • Discussió de la importància de la supervisió per tenir la confiança de la comunitat global i el que es pot fer per enfortir les relacions entre reguladors i científics, per no impedir el progrés científic mantenint la bioseguretat.

  • Abordar el risc percebut pels entorns comunitaris a les instal·lacions d’alta/màxima contenció i què es pot fer per mitigar aquestes preocupacions a través de la divulgació.

  • La possibilitat d’establir un sistema per a la transferència de materials entre laboratoris que hagin demostrat competència tant en bioseguretat com en bioprotecció.

  • Explorar la possibilitat de constituir un mecanisme de revisió internacional amb el propòsit de proporcionar reconeixement internacional a les instal·lacions BSL3/BSL4 a través de l’observació i orientació in situ.

  • Oferir una plataforma de coneixement a les instal·lacions d’alta/màxima biocontenció recentment planificades i/o construïdes, per garantir l’èxit i l’operació segura de les mateixes. En certa manera, que els “vells” ensenyin als “joves”.

  • Sospesar els avantatges/inconvenients de crear una base de dades sobre dades empíriques recopilades en mètodes de descontaminació / desinfecció diversos, validació de sistemes crítics, resistència de vestits integrals i altres dades qualitatives sobre seguretat.

 

InfectiousSymbol

En la meva opinió, “Objectius aquests que caldrà valorar en el llarg termini, ja que són impossibles d’aconseguir en aquest primer Fòrum”. Establir relacions de confiança, compartir informacions per sobre de traves idiomàtiques, d’aproximació tecnològica i fins i tot legals, es feina de mesos o anys però sempre tot té un començament.

La constitució d’una xarxa professional, i més en un tema crític i sensible com aquest, per intercanviar coneixements i estandarditzar procediments, és sempre una bona notícia. Que doni els fruits esperats, això mereixerà una explicació futura a banda.

Però aquesta, aquesta és una altra història.