comentarisviruslents

Aquest blog és una seguit de comentaris personals i probablement poc transferibles sobre ciència i política.

Archivos en la Categoría: coronavirus

Comentaris virus-lents (231): Coronavirus en la bifurcació de Wuhan.

 

Des de l’inici “oficial” del brot, en data 31 de desembre, portem ja cinc setmanes d’evolució. Els primers casos, que constitueixen el clúster de Wuhan, van començar a mostrar símptomes a mitjans de desembre encara que hi ha un cas, inconnex amb la resta del clúster, de començaments de desembre, que a més no està lligat epidemiològicament al mercat de carn viva de Wuhan, i que ho complica o incomoda tot. Perquè fa que no puguem descartar que el virus ja estigués circulant unes setmanes abans, inadvertidament.

 

En qualsevol cas, quan escric aquesta entrada, uns 35 dies des de l’inici oficial, les compte oficials, que ens creurem fins que es demostri el contrari, parlen de més de 25000 afectats i al voltant de 600 morts. És una xifra que subestima, SEGUR, l’abast, ni que sigui inconscientment perquè possiblement no compta els casos asimptomàtics i aquells simptomàtics que no reporten el seu estat.

 

En qualsevol cas, la pregunta a fer-se és…fins quan i per convertir-se en què?

 

Perdoneu la personalització poètica però el virus està en una bifurcació i no decidirà conscientment, serà atzarós.

 

S’encaminarà com el SARS a la contenció i fins i tot a una aturada completa de la seva propagació? Per cert un mal negoci perquè no va permetre incentivar el desenvolupament d’una vacuna efectiva…i no va permetre “provar-la”; no sabem si ara hagués estat efectiva.

 

 

SARS portada EID

 

 

O ha vingut per quedar-se, perquè serà capaç de generar brots o epidèmies auto-sostenibles a diferents països i grans ciutats a través de la exportació de casos pre-simptomàtics, en període d’incubació, abans de mostrar símptomes?

 

No estem davant d’un virus de transmissió fecal-oral com és poliovirus, per cert encara no eradicat, o rotavirus o norovirus; estem davant d’un virus respiratori que per definició són especialment difícils de controlar.

 

El nCoV derivarà cap a un coronavirus que generi simptomatologia majoritàriament benigne com les soques 229E o OC43, descobertes a mitjans dels 60 del segle passat, o NL63 o HKU1 descrites tot just després de l’aparició del SARS? Està descrit a més que entre el 20 i el 30% de les infeccions amb els coronavirus clàssics són asimptomàtiques (un aspecte del que hi ha certes proves també pel nCoV). Serà el cinquè coronavirus endèmic humà, un virus que comparat amb la grip o influenza estacional es farà somriure commiserativament? Tindrem un altre virus que col•laborarà com a causa d’una tercera part del refredats, afectant de forma més severa però habitualment no mortal (habitualment per episodis de pneumònia) als mes joves i als mes vells? Un virus que segur contribuirà a generar més infeccions, més malalties i més morts, però un virus més?

 

O nCoV es comportarà com el virus de la grip i vindrà en ones anuals, de caire estacional, però tindrà una distribució global, pandèmica. El petge en infeccions i sobre tot en morts (ara la CFR està en torn del 2% però de ben segur que serà menor un cop avançada la epidèmia perquè pensem que molts casos benignes no estan entrant en el càlcul) seria encara desconegut però dos factors ens bufen a favor.

 

El primer és que els coronavirus són virus ARN però a diferència de molts virus ARN són bastant estables genèticament. Tenen una taxa de mutació baixa, per mecanismes correctors intrínsecs. SARS i nCoV, que té certa homologia amb el primer, i que tenen ancestres comuns amb coronavirus de ratpernats, muten amb molta més lentitud que influenza (recordem, un virus de doble cadena ARN segmentada que pot bescanviar segments) o HIV. I les seqüències estudiades dintre del brot mostren, fins ara, una alta estabilitat. I quantes més rondes de replicació, per poca evolució que hi hagi és possible que entri en un procés d’atenuació, que el faci lliscar cap a una menor virulència. Però potser parlar de menor virulència davant d’una població del tot naive és massa agosarat. El que és cert és que els virus cerquen transmissió, i una persona greu o amb forta simptomatologia transmet menys que una que es pot moure i relacionar-se perquè només té molèsties no incapacitants. I aquí recordeu el que hem anat comentant sobre Ebola virus.

 

Que aquest virus esdevingui pandèmic i desprès sigui un virus que segueixi el “comportament” o l’estela de la grip, en el que a dinàmica d’infeccions es refereix, dependrà de quanta gent s’infecti i fins on de lluny arribi en aquesta primera onada, que podria ser la pitjor precisament per tractar-se del primer contacte amb el virus. Els altres coronavirus generen certa immunitat però no és creuada ni dura tota la vida; per tant gràcies per res, 229E, OC43, NL63, HKU1. En aquest escenari, que jo crec més probable, tindrem, com a mínim, un altre virus que farà la competència al virus de la grip.

 

Més infeccions, més malalties, més mortalitat, particularment en països pobres, sense prou recursos o sanitats malmeses. Particularment, en persones d’edat avançada i/o amb problemes de salut preexistents.

 

Però aquesta, aquesta és una altra història.

Comentaris virus-lents (230): Corona creixent; algunes notes sobre desinfecció.

 

Aquesta és una entrada sobre persistència i inactivació vírica aplicada al nou coronavirus, nCoV2019, o coronavirus de Wuhan, en la que no posaré cites, i que es basa en el que recordo de lectures prèvies, algunes de fa dècades; si cal en un altre moment anirem a les fonts, algunes de les quals ja estan al meu TimeLine de Twiter.

 

Primer, el nou coronavirus 2019 és un virus embolcallat, com a membre de la família Coronaviridae. Per definició, i en general, els virus embolcallat són més sensibles als tractament químics i tèrmics que els virus no embolcallats (per exemple, poliovirus, rotavirus, astrovirus, calicivirus, etc.). I això aplica també als paràmetres ambientals que determinen la supervivència dels virus a l’ambient como són la temperatura, la radiació solar amb el seu component de llum ultravioleta (òbviament això no té cap impacte dins els edificis), la humitat relativa, i els factors biotics que aquí no juguen gaire paper. Això és bo, un virus respiratori no embolcallat que aguantés setmanes seria un malson.

 

 

SARS portada EID

 

 

Segon; els virus, a diferència dels bacteris, NO poden incrementar el seu numero un cop fora del hoste, en aquest cas el cos humà. Tota excreció o secreció vírica perdrà títol infecciós des del segon 1. Per això funcionen les quarantenes d’espais. Deixar un espai abandonat durant dies permet que quan un entri la càrrega víric ambiental s’hagi reduït diversos logaritmes. Per cert, aquest paràmetre sí sortirà diversos cops, una reducció de 1 log10 (1log10R) vol dir una caiguda de títol infecciós del 90%; per tant 3log10R vol dir que s’ha reduït el títol un 99,9%, i per tant que només queden 0,1% dels virus inicials. Això aplica a tots els espais i superfícies. I dintre de les superfícies podem considerar un passamà, un pom de porta, una encimera, un respatller de cadira, un mocador, la pròpia pell del palmell de la mà…

 

Tercer; les superfícies també afecten a la supervivència dels virus. Un mateix virus no sobreviu igual en totes les superfícies. En principi, la regla general és que les superfícies no poroses, llises, com podrien ser metalls, vidres, lacats, etc. permeten que el virus es mantingui viable per més temps. Sobre les superfícies poroses, com serien els tèxtils, cotons, papers, i les seves combinacions, apòsits, bolquers, etc. els virus, en general, mostren menor persistència. I aquesta regla també aplicaria als coronavirus encara que hi ha articles que descriuen o modelitzen transmissió nosocomial (en àmbit hospitalari) del coronavirus del SARS o del MERS per ítems de l’habitació. Hi ha alguna publicació que indica que els coronavirus 229E i OC43 tenen caigudes de 0,2log10 per hora en condicions “ambientals”; per tant en un període de 24 hores hauran perdut prop de 5 log10 del títol víric inicial, és a dir, un 99,999%. Però si tenim 10 o 100 milions de virus per ml, o per cm2 això pot no ser suficient. Com manegar això? Pel que fa a les superfícies poroses, mitjançant els desinfectants; pel que fa les superfícies no poroses mitjançant la neteja en calent…fins on jo recordo, alguns coronavirus han demostrat la seva estabilitat a 56ºC però perden molta infectivitat quan se’ls exposa a 65ºC o temperatures superiors.

 

Quart; òbviament nosaltres podem forçar aquest die-off natural mitjançant els desinfectants, que permeten assolir caigudes de títol víric de 4 o més logaritmes (el llindar d’efectivitat pels desinfectants està posat en aquests 4 ó 5 log; és a dir que permetin assolir reduccions del 99,99% o 99,999% de la població vírica inicial). Un altra discussió és com es fan aquestes proves ja que hi ha test en suspensió (barats, fàcils de fer però que no reflecteixen totalment les condicions d’actuació del desinfectants) i els assajos “carrier” o en superfícies (més cars, difícils de fer però més realistes). En aquest cap i tornem al punt 1, el nou coronavirus, com els vells coronavirus (229E, OC43, descrits ja als 60’s del segle passat, però també SARS i MERS, que són del nostre segle) s’ha demostrat sensibles als alcohols con solucions d’etanol al 70%, isopropanol al 50%. Es pot inferir que tot detergent o solució que tingui un efecte sobre els lípids tindrà un efecte sobre els coronavirus dessecats sobre superfícies senzillament perquè ataca el seu embolcall i altera o fa perdre les molècules proteiques que han de reconèixer els receptors de les cèl·lules susceptible, del hoste.

 

Cinquè; la desinfecció pot ser dissolutiva, o emulsionant, amb alcohols o oxidativa, amb agents oxidants com seria el clor, o els peròxids (com l’aigua oxigenada, el H2O2). Pel que recordo, concentracions de 5000 ppm (1000 ppm podrien ser suficient) de clor lliure (recordem que el lleixiu domèstic té entre 40 i 50 g/l, i això vindrien a ser 40.000 a 50.000 ppm; caldria fer una dilució 1/10 o 1/20 en aigua d’aixeta) són efectives en l’eliminació de virus sobre superfícies i això inclouria els coronavirus, que no són ni de lluny els més resistents. Recordeu però que cal un temps de contacte mínim per que sigui efectiu; la majoria dels estudis de desinfecció estan entre 5 i 10 minuts.

 

Sisè, la desinfecció és un procés complex que ve afectat per paràmetres diversos; parlant planerament, un coronavirus estarà molt més protegit en una secreció voluminosa plena de mucus que no en una equivalent que sigui molt aquosa, perquè la matèria orgànica protegeix els virus de l’acció desinfectant però també, recordeu, de l’acció dels factors inactivadors mediambientals. Un pas més enllà és si el virus, com se sap de SARS, està també a l’orina i les femtes, on la quantitat de matèria orgànica és més elevada encara. Per això és molt important també el concepte del temps de contacte. Quan apliquem un desinfectant cal deixar-lo un temps de contacte amb la superfície a tractar i no retirar-lo immediatament. Les reduccions de títol de coronavirus amb els alcohols esmentats s’assoleixen als 10 minuts de contacte, no són immediates.

 

Setè; totes aquestes notes es fan assumint que els diferents membres de la família coronavirus (els coronavirus felí, caní, boví, porcí, els coronavirus humans 229E i OC43, o el HKU1, o SARS o MERS o nCoV, etc.) es comporten igual. Es una assumpció gens agosarada perquè l’acció desinfectant i mediambiental té a veure amb l’estructura i composició dels virus i no amb les seves característiques antigèniques, o canvis en la seqüència que determinen mínims canvis en receptors, però sempre hi ha excepcions.

 

Ho esmento perquè, vuitè, no us cregueu al peu de la lletra cap reclam de que tal o qual desinfectant és efectiu versus SARS o MERS (òbviament respecte el nou coronavirus és impossible perquè no hi ha hagut temps de testar-lo). Si ho és, és sobre el paper, a partir de les dades que us he comentat breument, però no haurà estat, quasi amb tot seguretat científicament provat amb el virus en qüestió.

 

Però allò principal, abans i després de tot, una bona higiene de mans amb un rentat exhaustiu amb sabó per un mínim de 20 segons. I esternudar contra ja sabeu quina part del cos. I aquests costums no haurien de practicar-se només en període d’epidèmies.

 

 

Però aquesta, aquesta és una altra historia.

Comentaris virus-lents (228): Joc de trons; un altre virus reclama la corona.

Un altra coronavirus ha decidit abandonar l’anonimat que li confereix la seva estada entre animals i ha entrat en contacte amb humans; òbviament no ha estat una decisió voluntària perquè els virus no tenen voluntat si no qüestió de pur atzar. Estem parlant del que s’ha vingut a dir per ara “nou coronavirus de 2019” o “2019nCoV”, que té com epicentre inicial la ciutat de Wuhan i més concretament el mercat de marisc i carn viva de Huanan.

 

A mitjans del mes de desembre de 2019 començaren a ingressar a hospitals persones afectades per un procés de pneumònia, a la ciutat de Wuhan. Recordem que és temporada alta de grip i altres virus respiratoris. Tanmateix aviat es va veure que hi havia una particular comú denominador per uns quants pacients i aquest era que treballaven o visitaven amb freqüència el mercat de marisc i carn viva de Huanan. El dia 31 de desembre, el govern xinés informa a la OMS d’un possible focus i el dia 1 de gener de 2020 es clausura el mercat i s’inicia la seva desinfecció.

 

Una setmana després, el 7 de gener es descriu el primer cas a Tailàndia i un altre primer cas a Japó; en els dos casos persones que havien visitat Wuhan, i el dia 9 de gener es lliga la pneumònia a un nou coronavirus al poder descriure’s seccions de la seqüència; això és cabdal perquè permet dissenyar i posar a punt proves de diagnòstic específic que permetin assignar una simptomatologia comuna com pot ser mal de cap i problemes respiratoris que també son causats per al grip, per exemple, específicament al nou coronavirus.

 

El dia 1 de gener mor el primer pacient de pneumònia per coronavirus; el dia 17 morirà el segon; entremig un segon cas a Tailàndia. Els dos casos fatals gents d’edat avançada amb problemes de salut previs. La taxa de letalitat escala al 4-5%.

 

El dia 17 es reporten 17 nous casos a Xina.

 

El dia 18 es reporten 59 nous casos a Xina.

 

El dia 19 es reporten 77 nous casos a Xina, i un nou cas fatal. La taxa de letalitat està al voltant del 1,5%. El creixement de casos, i el fet que ja fa vora tres setmanes que el mercat de carn viva va ser clausurat, apunta a altres fonts d’infecció i/o una transmissió entre persones més sostinguda, menys limitada del que es pensava al principi.

 

Mentre tant un grup d’epidemiòlegs aplicant modelització matemàtica conclouen que a partir dels 3 casos de fora de Xina, i per probabilitat, el nombre de casos reals ha d’estar en una forquilla entre uns pocs centenars i més de 4.400, amb una mitjana d’uns 1.723. Per més detalls, https://www.imperial.ac.uk/mrc-global-infectious-disease-analysis/news–wuhan-coronavirus/. De fet expressen en números el que molts pensàvem, i és que per cada cas clínic pot haver una desena o desenes de casos asimptomàtics, benignes, però que ajuden a la circulació del virus.

 

En qualsevol cas estem, per ara, davant d’un coronavirus més aviat benigne; el SARS amb el que està lleugerament emparentat (un 70% d’homologia de seqüència) va matar vora 800 persones i infectar unes 8.000 amb una taxa de mortalitat al voltant del 10%; MERS coronavirus, encara actiu però geogràficament contingut a la península aràbiga, han infectat prop de 2.500 persones amb més de 850 casos fatals amb una mortalitat del 35%.

 

SARS portada EID

 

I un últim apunt en aquesta primera entrada dedicada a aquest “NOU” patogen. NO és realment un NOU patogen; això està molt tenyit amb el nostre antropocentrisme. Nosaltres formem part del compartiment animal; els coronavirus habiten i es propaguen entre els mamífers amb més o menys sort; simplement aquest cop una varietat ha iniciat una excursió en una espècie, nosaltres, en la que no havia (?) estat abans. I òbviament no és cap nou patogen creat en el laboratori o mutat en un sentit dirigista cap a una major virulència o capacitat de propagació.

 

Per això sobta, per ara, la poca informació que hi ha sobre la font original; s’apunta al mercat de carn viva però no sabem res dels animals que hi havia més enllà de vaguetats…Amb la clausura del mercat, es van mostrejar els animals abans de sacrificar-los? Quines espècies es venien? S’estan mostrejant els animals dels altres mercats de carn viva de Wuhan? Algunes fonts informen que el mostreig de superfícies al mercat havia donat positiu…s’està fent mostreig en altres mercats? S’ha traçat l’origen inicial dels animals? Aquestes granges inicials s’han mostrejat? Són preguntes sense resposta i sorprèn quan de bon començament s’ha parlat que això era (i ho és) una zoonosi.

 

Però en el principi de qualsevol brot, recordeu el cas del brot de Ebola Reston del que parlaven fa poques entrades, moltes coses són força confuses.

 

 

Aquesta, però, és una altra història.