Han canviat molt les coses des de la passada tardor. En aquell moment, SARSCoV2 circulava sense cap mena de limitació més enllà de les mesures no farmacèutiques (Non-Pharmaceutical Interventions, NPI) aplicades; mascaretes, distància, mans, aforaments restringits o controlats, franges horàries en restauració, no oci nocturn. Cap vacunat.
Estem a un mes d’entrar a la tardor i ho fem amb una reducció gradual, i lenta, de casos i infeccions d’una rèplica més d’aquesta ÚNICA gran onada (així es veurà quan els seus descendents girin la vista cap a la nostra època dintre de 30-40 o més anys), amb dents de serra.
Les vacunes van entrar en escena fa 8 mesos, i en els països del primer (?) món hi ha molts exemples de 50-60% o 70% de població vacunada (manca infància i adolescència). El desplegament ha estat espectacular en bastants països amb la gran taca de la inequitat en la distribució i que en lloc de comportar-nos com una única espècie, ens hem comportat com un seguit de tribus que es pretenen aïllades.
A les vacunes, i les NPI que no han deixat d’aplicar-se en molts moments i territoris, se’ls hi ha oposat un desplegament de variants que té les seves arrels en els darrers mesos de l’any 2020; per tant NO tenen res a veure amb les vacunes, com a mínim pel que fa a la seva gènesi, i, en la meva opinió, tampoc en la seva selecció o prevalença territorial posterior.
El que faré ara és un repàs de coses que crec rellevants, passades i possibles escenaris futurs. I ho faig per dos motius, el més important, egoista, per endreçar-me les idees, i el segon, també important, per si li serveix a algú.
El virus conegut com SARSCoV2 ara per ara té com origen Wuhan, a Xina, on primer es va destriar els seus efectes clínics. Probablement un salt zoonotic des de ratpenats amb algun hoste intermediari; però possiblement per un accident laboratorial. Cap de les dues hipòtesis ha estat plenament confirmada o desmentida, i alguns científics no han quedat gairebé en la seqüència de fets, i en els interessos creuats que han sortit a la llum pública.
La Xina ha ocultat dades, indubtablement, ha mentit en més d’una ocasió (en el fet que no es venien animals silvestres al mercat de Huanan, per exemple) i la missió de la OMS es va fer en condicions massa constrenyides i al dictat.
La resposta de la OMS va ser lenta, molt lenta al començament, potser perquè realment “NO té PODER”, i la declaració de la pandèmia va trigar 2-3 setmanes més del que realment hagués estat correcte.
La Case Fatality Rate de SARSCoV2 es manté estable al voltant del 2%; ja portem més de 210 milions d’infectats reportats (molts més probablement, dada infravalorada) i gairebé 4,5 milions de morts. Aquesta taxa està en aquests valors des de fa molts mesos, les diferències entre països són escassament significatives (la majoria dels més afectats oscil·len entre 1% i 3%) i li costarà anar cap avall, com correspondria a una estratègia de vacunació massiva, simplement, perquè NO hi ha vacunació massiva, mundialment parlant.
Els humans som TOTS susceptibles; fins on jo sé, no hi ha edat o sexe o condició que ens faci significativament menys susceptibles. Els estudis es desmenteixen els uns als altres. Tots tenim receptors ACE2 i tots podem internalitzar el virus. Però que siguem “igualment susceptibles” no vol dir que ens afecti per igual. Per sobre dels 60-65 anys el risc de patir una CoVID19 greu o mortal és bastant elevat, i puja més encara per edats més avançades o si es presenten malalties cròniques. Diguem que la CoVID19 fa una empenta cap a un desequilibri total de la salut de l’individu. Per contra a edats mitjanes o a infància i adolescència la simptomatologia clínica és molt més benigne, hi ha major nombre d’asimptomàtics o poc simptomàtics i la taxa de mortalitat és MOLT baixa però…
Hi ha CoVID19 persistent, una sèrie de complicacions difuses, de duració variable, que està també lligada a factors individuals i que serà una factura a llarg termini que caldrà continuar pagant.
El virus conegut com SARSCoV2 continuarà mutant i continuaran apareixen variants, però l’espai de mutació no és infinit i té costos; fent una imatge potser massa planera, és com una flassada de llargada concreta, si et tapes el cap descobreixes els peus i a l’inrevés. El virus continuarà mutant cegament i l’ambient anirà seleccionat aquelles mutacions o combinacions de mutacions viables, que moltes vegades tanmateix portaran al virus a carrerons sense sortida. Però el virus SARSCoV2 NO pot mutar gaire lluny perquè llavors deixaria de ser SARSCoV2. S’han descrit mutacions que es repeteixen a diferents variants, en un exemple de certa convergència mutacional que jo crec que anirà a més.
Jo descarto, amb una raonable alta probabilitat, que les noves variants per venir siguin significativament més virulentes que les actuals, en un termini de temps curt/mig. Tampoc espero cap fenomen d’atenuació; no hi ha un intercanvi favorable a menor virulència més transmissibilitat i millor fitness viral. No hi ha gaires casos històrics per recolzar aquesta hipòtesi. A llarg, soc del tot incapaç de predir res, però recordem que la relació hoste-paràsit és dinàmica.
Les vacunes que tenim no són esterilitzants; si algú domina Twitter i pot rastrejar les meves piulades veuran que això ho sabem des de abans que es comencessin a administrar les vacunes (a finals de l’estiu del 2020). No s’ha enganyat a ningú, possiblement alguns polítics i assessors científics han venut llums al final del túnel abans del que tocava. En els experiments pre-clínics amb macacos hi havia ALGUNS macacos que s’infectaven però que no emmalaltien o no ho feien greument. Per tant les vacunes protegeixen parcialment (i jo diria majoritàriament) front a la infecció i gairebé absolutament contra la malaltia greu i la mort.
I això està demostrat i no penso perdre gaire temps; encara que les noves variants puguin trencar l’escut vaccinal respecte la infecció, no crec que puguin acabar gens fàcilment amb el mur de la resposta immune, no el saltaran o l’evadiran, el que sí pot passar és que el vagin erosionant, poc a poc, a salts.
No pensem individualment, pensem poblacionalment, com faria el SARSCoV2 si tingués aquesta capacitat. Les epidèmies, les pandèmies són fenòmens poblacionals; no hi ha LA mesura perfecte, la silver bullet que matarà a l’home llop; vacunes que fan que bona part dels vacunats no s’infectin, i que els que s’infectin transmetin menys el virus, redueixen de forma important la transmissió, que és el 1er objectiu. I addicionalment salva vides i redueix l’estrès de tot el sistema assistencial.
Necessitem una cobertura vacunal homogènia, en el cas de Catalunya, però aplica a qualsevol altre lloc, per barris, per ciutats, per comarques, i a totes les franges d’edat. NO serveix de gaire (més enllà de reduir tensió assistencial i mortalitat) tenir la gent per sobre de 40 anys “ben vacunats” i el sector per sota a mig vacunar o no gaire vacunat.
Aquesta cobertura vacunal ens ha de permetre arribar a una immunitat que ens permeti retornar a una certa normalitat. La immunitat poblacional (que està lligada a la R0, veure més endavant) ens la podem treure del cap; inicialment entre el 65-70%, va pujar després al 80-85% i ara es parlar que necessitem per sobre del 90%; jo la veig inassolible i tampoc tinc clar que sigui del tot necessària… sí necessitem una mena de «immunitat operacional», que ens permeti operar una vida “normal” un cop ben protegits els col·lectius sensibles, i un cop també que tothom hagi estat vacunat (millor que infectat) un cop.
Els vaccins evolucionen menys, o més correctament, més lentament, que els virus. Els vaccins es va dissenyar amb la variant de Wuhan i encara que algunes plataformes (vaccins mRNA) admeten nous dissenys i produccions, la flexibilitat vacunal sempre anirà per darrera de l’evolució vírica. I amb les vacunes actuals estem fent front, de forma prou efectiva, a variants inimaginables fa 1 any. Per què?
Perquè generem una resposta immune la fondària i capacitat de la qual no és fàcilment abastable. Cada cop que es diu que tal o qual variant escapa de la resposta immune perquè els anticossos els neutralitzen menys (crec que no he llegit cap estudi que digui que deixen de neutralitzar absolutament) suposo que deu morir un immunòleg. Per sort, no ho soc. No tota la resposta són anticossos i, a més, la quantitat d’epítops de la molècula de la espícula que poden ser reconeguts i desencadenar resposta MAI s’han mirat en la seva totalitat. I de la resposta cel·lular es parla poc, però està… de fet és la resposta a llarg que necessitarem.
El meu concepte clau, pel que fa a les variants, és circulació. A més circulació del virus, més rondes de replicació, més errades de replicació, més progènie, més variants. Per cada 100 persones susceptibles infectades, 100 possibilitats noves; per cada 100 vacunats potser 20-30 possibilitats noves (no es quedin amb les números si no amb el concepte). Reduint molt la circulació reduïm afectacions presents (infeccions i morts) i problemes futurs.
Tot és dinàmic, la R0 era el número bàsic de reproducció en poblacions naïve, susceptibles. Aquest numero es pot modificar (Re), numero efectiu de reproducció, aplicant confinaments, NPIs i òbviament a mesura que la gent es va infectant naturalment o es va vacunant. Però la R també es modifica per variants més transmissibles; aquest és el cas de la variant de Wuhan a la que s’assignava una R0 de 2-3, mentre que la variant delta se li assigna una R0 de 5-6, mínim. Per una explicació més detallada, en castellà, aquí… https://theconversation.com/que-es-el-r0-el-numero-que-siguen-los-cientificos-para-ver-la-intensidad-del-coronavirus-137744). Aquesta R0 no és baixa, però no és tan alta com la del xarampió que està per sobre de 15. Per tant, teòricament però NO pràcticament, li quedaria camp per córrer encara, a SARSCoV2.
La immunitat que tenim es mantindrà encara mesos però mentre la gent acaba de vacunar-se i es comprova la durada d’aquesta immunitat, i perquè NO volem que el virus circuli gaire fàcilment, perquè tot i la vacunació tenim un excés de mortalitat respecte un any sense pandèmia, caldrà mantenir algunes o moltes de les mesures de mitigació en vigor. Mantenir distància personal, reducció dels aforaments a llocs públics (universitats, hosteleria, restauració, cinemes i teatres); mascareta obligatòria a interiors i recomanable en segons quins exteriors; un bon rastreig de contactes; un compliment estricte els aïllaments en cas de ser contacte, i reforçar atenció primària (que no s’ha fet gaire gens).
Els passaports i passes CoVID19 no solament són possibles, podrien ser probables. Ningú està obligat a vacunar-se, però l’acte de no vacunar-se pot tenir certes conseqüències, un cop tothom ha tingut la possibilitat de decidir un cop oferta la vacuna.
Res és blanc o negre, ni la transmissibilitat, ni la virulència, ni l’evasió (no passarà) o una gradual erosió de la resposta immune (aquesta és més possible), ni es pot generalitzar a individus, amb el seu rerefons genètic, ni a poblacions que poden tenir usos socials, o hàbits que els facin puntualment menys susceptibles. No podem esperar solucions simples i aïllades, i sobre tot no poden esperar-les JA. Ja ho he dit abans en altres formats; estem en un xoc de plaques tectòniques, ja s’ha donat; tindrem rèpliques, ja les tenim, formant part de l’impacte inicial; i tot es donarà en un temps desesperadament lent per alguns però “normal” en una col·lisió d’aquesta mena. No seran dies, ni setmanes, ni mesos, seran anys, i això amb l’ajut de les vacunes. Perquè sí, potser el nostre territori, Catalunya, estarà “prou bé” però com he repetit i copiant a Benjamin Franklin en un altre context, «We must all hang together, or, most assuredly, we shall all hang separately» pot ser adaptada a «»We must all vaccinate together, or, most assuredly, we shall most of all infected separately».
Aprofitant aquesta noticia del BMJ (https://www.bmj.com/content/374/bmj.n2023) i responent l’enquesta que vaig circular fa un parell de dies en el que m’autoritzeu, per aclaparador majoria, a donar-vos la brasa amb això de la #Bioseguretat i la #biocontenció i com es relaciona amb les vacunes vs els efectes de la #CoVID19 causat pel #SARSCoV2.
Aquí que anem. Primer, al món de la recerca amb patògens hi ha 4 nivells de Bioseguretat (des de la bona praxi microbiològica mínima, nivell 1 fins el que s’anomena màxima biocontenció, el nivell 4, on es manipulen els patògens més perillosos, com filovirus, arenavirus, nipahvirus, virus de la febre hemorràgica CrimeaCongo, etc.). Únicament un graó per sota es troba @cresa_r, en el que s’anomena nivell d’alta biocontencio, o nivell 3 de Bioseguretat, o NBS3. Per sota està el nivell 2, o NBS2, que és el propi de la majoria de laboratoris de recerca universitaris o de clínica hospitalària. Entre NBS1 i NBS2 hi ha diferencies, entre NBS2 i NBS3 hi ha MOLTA diferencia, i entre NBS3 (tal com la interpreta @cresa_r) i NBS4 torna ha haver-hi poca diferència, i es que el NBS3 de CReSA treballa no només amb petit animal sinó amb animal de granja, ja que desenvolupa recerca en el camp de les malalties animals (i des de fa més d’una dècada, en les zoonotiques).
Simplificant molt, un NBS1 és una habitació amb equipament de microbiologia, on un porta bata, i treballa, amb bona praxi, amb microorganismes que mot difícilment causen malaltia en personal immunocompetents.
En un nivell 2, NBS2, la mateixa habitació pot disposar del mateix equipament més una cabina de seguretat biològica, #CSB, un equip com això,…..
que funciona com a #barreraprimària i dintre de la qual es treballa amb les mostres o processos que poden generar aerosols. En aquest nivell, treballen amb patògens que si poden generar malaltia en el treballador, però que difícilment es transmetria a la comunitat. Seria el cas de salmonel·la, campilobacter, norovirus, astrovirus, que causen diarrea, el virus de la grip estacional, rinovirus i coronavirus estacionals (229E, OC43, HKU o NL63). Un autoclau, que permet inactivar allò amb el que treballem un cop esdevé residu, ha d’estar a la vora del laboratori, o millor, a dins. I a la porta del laboratori es posa ja un senyal de perill biològic.
El salt tecnològic gran, i el salt en els costos de la instal·lació es donen quan volem passar d’una instal·lació NBS2 a una NBS3, sobre tot si es volem fer proves pre-clíniques amb animals per desenvolupar vacunes o antivirals. I per què ens cal un NBS3? Doncs perquè passem a treballar amb patògens del grup de perill 3, que ja poden provocar fàcilment malaltia greu o mortal al treballador i que tenen CERT potencial de transmissió a la comunitat. Aquí van de cap tots els patògens respiratoris, com grip aviaria altament patogènica, els diferents coronavirus zoonotics, però també virus de febres hemorràgiques com #RVFV, #WNV, i també arbovirus com #Chikungunya, i bacteris respiratoris com Mycobacterium i… molt més. Capítol apart són els virus exclusivament animals, com virus de la pesta porcina africana o virus de la pesta porcina clàssica pels que no hi ha vacunes i pels que no ens interessa cap dispersió a l’exterior del laboratori per obvis motius econòmics i afectació a sectors productius.
I aquí està el canvi de paradigma, per mi.
En NBS2 ens preocupem de no infectar-nos i no necessitem més que la barrera primària de la #CSB, i una bona praxi (bàsicament ser polit i endreçat) per assolir-lo. En #NBS3 la preocupació és DOBLE. El risc d’infectar-nos de quelcom greu és força més alt i això implica un salt important en qualitat i disponibilitat de EPIs però estem tant o més preocupats en assegurar-nos la contenció de l’activitat, que res amb el que treballem surti FORA perquè els efectes podrien ser molt seriosos.
Per començar, oblidin-se de l’habitació del NBS1 i NBS2. I oblidin-se, llevat casos molt particulars, d’adaptar una instal·lació ja existent. Probablement fracassaran. Un NBS3 es dissenya per funcionar com alta biocontenció, i el disseny i la construcció és de l’ordre de 3-4 vegades més cara que un NBS2 d’àrea equivalent. Els adjunto un parell de plànols i després d’explicar un parell de conceptes generals els enumero que cal per tenir un NBS3 mínimament presentable i com això permet fer amb seguretat els estudis amb #SARSCoV2.
Instal·lació 2 exterior i a sota tall de la mateixa instal·lació
Les imatges ja els hi donen una idea; gairebé tots els nivells de Bioseguretat 3 de màxim nivell treballen amb els conceptes de sistema Sandwich i “box in a box”.
El sistema Sandwich és fàcil d’explicar, imaginin-se que el treball és la llonganissa i que necessita una llesca de pa per sobre, que s’encarregarà de filtrar tot l’aire potencialment contaminat de la instal·lació i una altra llesca, per sota, que permetrà una gestió de tots els residus líquids i sòlids que generen animals i persones. Això és el que veuen a les imatges, i esquemes, que són de dos instal·lacions reals, però no de @cresa_r encara que s’assembla força. Hi ha una qüestió que emergeix, immediatament, oi? Sí, instal·lacions molt cares ja que per cada m2 útil tens un mínim de 2-3m2 que donen servei, en certa manera, “inútils”.
L’altra concepte és el box in a box que vol dir que en cada instal·lació tenim petites unitats de biocontenció, independents, dins d’una unitat de biocontenció major.
Això ens garanteix poder treballar amb seguretat amb diversos patògens a l’hora sense barrejar-los, sense contaminació creuada.
Que ens cal per tenir una unitat d’alta biocontenció d’alt estàndard i funcional? • Un accés amb dutxa i vestidors exteriors i interiors. Accés del personal controlat i restringit. • Una pressió negativa constant, en cascada decreixent, a tota la instal·lació. • Una filtració absoluta de tot l’aire de sortida, potencialment contaminat, per filtres HEPA (doble etapa, millor que una de sola). • Sales experimentals independents, cadascuna amb el seu sistema de dutxa o de preparació de EPIs; han de tenir el seu propi sistema de filtració absoluta. • Sistemes barrera (airlocks, autoclaus) per entrada de materials i sortida controlada de residus. • Tanques de descontaminació d’efluents. • Sistemes d’eliminació de carcasses animals (incineració, digestió alcalina, autoclau). • Sistema automàtic de gestió de paràmetres crítics amb històric absolut de totes les incidències i problemes. • Control d’estocs de material biològic infecciós (i especialment aquell sensible, o associat a GoF o a DURC). I més però aquest són rellevants… i continuarem en com això es relaciona amb #SARSCoV2 més tard.
(continuació…)
I ara posem-nos en situació, sorgeix un nou virus, en aquest cas #SARSCoV2 que desencadena una pandèmia i hi ha necessitat de vacunes i antivirals. Però clar, no es pot manegar el virus i els seus cultius i fer proves de la seva infectivitat en laboratoris convencionals ja que per la seva perillositat se li ha assignat internacionalment un grup de perillositat, hazard group, de 3. Tot d’una tots els centres de recerca convencional i els laboratoris de microbiologia hospitalaris no poden FER CRÈIXER el virus, només poden fer confirmació de presència per PCR o ELISA de detecció d’anticossos. En ser un HG3 la recerca amb el virus #SARSCoV2 queda circumscrita a aquelles instal·lacions amb nivell de Bioseguretat 3, que tenen les condicions que comento en l’enllaç a un enfilall previ. A Catalunya, d’instal·lacions que tinguin la capacitat de treballar amb el virus #SARSCoV2 infecciós hi ha poques (em sobren dits de les dues mans) però que puguin treballar amb #SARSCoV2, que tinguin experiència amb altres #coronavirus zoonotics com #MERSCoV i que a més, tinguin més de 15 anys d’experiència en estudis pre-clinics de registre de vacunes en models animals diversos només hi ha UNA instal·lació, IRTA-CReSA.
Si qualsevol empresa, catalana posem pel cas, però de més enllà també, té un desenvolupament, un prototip vacunal a testar vs #SARSCoV2 té la possibilitat de fer-ho a les seves instal·lacions o subcontractar. A Catalunya, imho, només una empresa té un NBS3 state-of-the-art de bona capacitat. No és normal que un empresa tingui una unitat #NBS3, pel tema de costos que vaig explicar també més amunt. Per tant l’activitat es subcontracta, i aquí és on entra @cresa_r, que té la instal·lació, el personal format i les capacitats; en aquest cas una inversió pública, com és IRTA-CReSA (i aquí caldria dir inversió pública catalana perquè l’Estat només té ulls pels centres de Madrid) ha fet també transferència de coneixement intangible a empreses que ho necessiten i que ja els avanço han estat més de 2 o 3. Les unitats d’alta biocontenció són estructures molt complexes que, quan calen, no es poden fer en 4 dies…de fet ni en 4 anys, si considerem disseny, construcció i validació de l’operativitat. Per això cal tenir-la activa, i greixada per la pròxima #zoonosi. #OneHealth #SARSCoV2 #CoVID19Catalunya
Bonus track; mig amagat en el text principal surt “ Sistema automàtic de gestió de paràmetres crítics amb històric absolut de totes les incidències i problemes” i “Control d’estocs de material biològic infecciós (i especialment aquell sensible, o associat a GoF o a DURC)”. En un laboratori de nivell 3, ben portat, se sap que hi ha, i es registren, incidències i errades. I n’hi ha, ningú pot dir que NO ha tingut mai cap incidència o accident. Per això crec que la opció de #labaccident NO pot ser descartada en absència de proves, més que res perquè la més probable, el salt zoonotic ho és solament de forma molt circumstancial.
Ja he dit en un enfilall anterior (veure el meu TL a Twitter) que les reinfeccions seran normals, de fet seran la norma. Els altres coronavirus, com 229E o OC43 que són alfacoronavirus ho fan; SARSCoV2, que és betacoronavirus, probablement ho farà, també com HKU1 o NL63. Però reinfecció no vol dir clínica, tenir simptomatologia clara, i això és el que no queda clar a l’article.
Ens re-infectarem? Sí. Tindrem clínica greu? Probablement NO, però amb molts condicionants. Si ha passat massa temps de la 1a infecció, si la 1a. infecció fou asimptomàtica o molt benigne, si el nostre estat immunològic ha canviat no podem garantir que no tinguem una versió greu de la CoVID19. I com molt bé apunta en Clotet ens deixem la virologia ambiental sempre arraconada; la pressió d’infecció continuada i alta pot desbordar el sistema immune. Els «virus ambientals» importen i la pressió diària (aquí la distància i l’ús de la mascareta redueixen la captació o entrada) és como la gota d’una aixeta mal tancada.
Exemple de reinfecció? Anem als clàssics. Callow et al.,1990… The time course of the immune response to experimental coronavirus infection of man. A l’enllaç https://ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC2271881/ Es tracta d’una infecció experimental de 15 voluntaris humans amb coronavirus 229E. Vuit d’ells, els que tenien títols d’anticossos més baixos, excretaren virus i mostraren símptomes de refredat. Generaren anticossos, que s’havien gairebé esvaït un any després. Es tornà a inocular els voluntaris amb la mateixa dosi. TOTS tornaren a excretar virus, si bé en menys quantitat i per un període més curt. Més benigne, sí, però encara excretaven i eventualment transmetien (això no ho prova l’article).
A això cal que sumem que cap de les vacunes q s’estan desenvolupant serien esterilitzants; els vacunats tindran, amb una eficiència variable (es parla del 50%), menys símptomes i més bon pronòstic però seguiran excretant SARSCoV2, en menor quantitat i període de temps. Un exemple el tenim a la vacuna d’Oxford, la ChAdOx1-nCoV19, que en els experiments en model animal mico ja va descriure anul·lació de simptomatologia però recuperació de virus infecciós en aparell respiratori pels que fa als animals vacunats. Per tant reduir excreció en quantitat i temps és una fita però no LA fita… com a mínim en aquesta primera tongada de vacunes.
Per acabar, que es fa llarg, el títol més adequat de l’article, IMHO, hauria de ser «La reinfecció pot ser la norma, però provocaria menys símptomes.. probablement» i no “La reinfecció pot no ser excepcional, però provocaria menys símptomes.” 79 caràcters vs 70 caràcters.
Però tot es veu en el marc de les nostres finestres mentals, i cadascun té la seva.
He llegit darrerament algunes entrades a tuiter i comentaris en blogs que malparlen de la PCR en relació a SARSCoV2, sí les RCPs serien la denominació catalana, tot era per despistar un xic, amb arguments, alguns, molt peregrins. Aquí us dono quatre dades i comentaris pel que fa a aquesta tècnica, relacionades amb SARSCoV2, tal com ho veig.
Les PCRs no detecten el virus sencer?
No, la PCR és una tècnica diagnòstica en el que ha de primar la rapidesa…i l’especificitat, òbviament. El genoma dels coronavirus té 30.000 nucleòtids, no té sentit amplificar-los tots; el que ens interessa és haver identificat la presència del virus fent servir dues o tres seqüències que siguin especifiques i altament conservades (que es trobin a tots els diferents aïllaments del virus, de SARSCoV2) i no descrites en altres virus que ens permetin fer amplificacions específiques.
Podem seqüenciar el virus sencer? Sí, molt més ràpid que fa uns anys, però tot i així és un procés molt més lent que una qRT-PCR (que es podria transcriure com Transcripció Reversa-Reacció en Cadena de la Polimerasa quantitativa, o en temps real, ja hi tornarem) i quan es tracta de tenir resultats en unes hores perquè d’això depèn un confinament, una definició de contacte a aïllar, o d’un clúster aquest és el “driver”, la rapidesa. No és que no es pugui, és que no facilita la presa de decisions. I de tota manera sempre hi ha una fracció que sí es porta a seqüenciar, però sense la pressió del rellotge assistencial, per poder fer estudis de com varia el virus (si varia) a diferents zones geogràfiques, quin és l’origen, etc. Però aquests són estudis de context, no estudis executius.
Les PCRs es poden contaminar?
I tant, tothom que ha treballat en un laboratori de microbiologia, o específicament virologia, sap que les amplificacions poden portar a contaminacions; però hi ha controls, prou controls per posar-la de manifest i descartar la prova; i repetir-la; hi ha controls positius i negatius d’extracció, controls positius i negatius d’amplificació, etc. I apliquen tant a les PCRs directes, aquelles que ja parteixen de ADN, com a les “indirectes”, les RT-PCR que necessiten una etapa prèvia de conversió de ARN en ADN, una transcripció reversa o Reverse Transcription (RT, en anglès) per amplificar després aquest darrer. La transcripció reversa NO amplifica, només ens canvia, ens transforma, el ARN (si hi ha) per ADN. Recordatori, les PCRs (sí, son femenines, perquès són “reaccions”) són reaccions enzimàtiques en les que un enzim permet fer una còpia idèntica d’un fragment de doble cadena de ADN. Per tant en un cicle passaríem de 1 cadena a 2 cadenes, en el segon cicle de 2 cadenes a 4 cadenes, en el tercer cicle de 4 a 8 cadenes, i si vostès comencen a aplicar el concepte 2n on “n” és el numero de reaccions veuran que amb 10 cicles per exemple ja tindrien 1024 cadenes. La majoria de les reaccions d’amplificacions tenen entre 35 i 40 cicles. Recordin vostès, que el coronavirus, com molts altres virus respiratoris (el virus de la grip per exemple, però aquest està constituït per segments mentre que el coronavirus és una única cadena) és un virus ARN així, que pel que resta d’entrada, parlarem de RT-PCR, o més concretament de qRT-PCR, que, com hem dit abans seria Transcripció Reversa-Reacció en Cadena de la Polimerasa quantitativa. Aquesta reacció doble es pot fer tota ella en un sol tub, i ja va emprar-se en la pandèmia pel virus H1N1 l’any 2009, i el que cerca és amplificar milions de vegades un “petit fragment específic” del SARSCoV2; les “comentes” que acabo de posar tenen importància, les comentarem després.
Un resultat qRT-PCR positiu indica que el virus està present?
Home, si es fa una feina per no concloure això, no anem bé. Sí, un resultat RT-PCR positiu indica que el virus està present amb una molt alta probabilitat, el que no informa fefaentment és de l’estat (infecciós o no) d’aquest virus, només que el seu ARN estava a la mostra. Si una persona no mostra símptomes el que ens indica és que el virus està replicant-se i o bé esdevindrà simptomàtic o estem davant un pressimptomàtics que en 1 o 2 dies mostrarà simptomatologia. Si la persona mostra símptomes ens indiciarà que aquests són deguts, amb alta probabilitat, a SARSCoV2. L’ARN és una molècula que es degrada amb certa facilitat, si no està protegida; si detecten ARN en quantitats important això vol dir que està dins de embolcalls i càpsides víriques senceres, íntegres, que l’han estat protegint fins que nosaltres hem extret la mostra i hem trencat aquestes proteccions (tampons de lisi). I si no es detecta és que la persona no està infectada o ho està però en els dies inicials, quan el virus acaba d’entrar i està iniciant la seva propagació, un període d’eclipsi. Res és tot o res, instantàniament, tampoc a la virologia.
Però se detecta solament el virus SARSCoV2?
Està contestada parcialment més amunt…sí, les RT-PCR emprades ara mateix són extremadament sensibles i eficients en la detecció de SARSCoV2, que no el virus CoVID19. N’hi ha diverses qRT-PCR que permeten amplificar-lo. I els encebadors (“primers”) i les sondes que s’ha dissenyat s’han fet a partir de seqüències presents en SARSCoV2 i no presents en altres coronavirus coneguts (que afecten a humans), o altres virus respiratoris com rinovirus, adenovirus, virus de la grip però també parainfluenzavirus o el virus respiratori sincitial, que no oblidem, poden també estar al nostre cos (a l’estiu amb alta improbabilitat, el mes de novembre o desembre amb una probabilitat molt més alta).
Els hi posaré un exemple. ….Imaginem uns encebadors de 15 nucleotids. Nucleòtids? Són les baules que permeten fer la cadena del ADN, de noms guanina (G), citosina ( C), timina (T) i adenina (A)). Aquests quatre nucleòtids s’endrecen en un ordre concret en aquesta mínicadena, mot curta, que ha de ser recíproc (complementari) al segment específic que hem escollit i que flanqueja la seqüència a amplificar. En certa manera, són les dents d’una cremallera, que “han de casar” amb l’altre banda, per permetre la reacció. Recordin, a més que això passa en dos punts de la cadena del genoma del virus, que potser disten 200 o 300 nucleotids (genoma del coronavirus? al voltant de 30.000 nucleotids). Això vol dir que tenim 15 posicions independents on pot ser que calgui A, o C, o G, o T, i a cada lloc la probabilitat és ¼. Per tant la probabilitat que la seqüència específica es torni a repetir en la natura, i recordem que ja hem cercat que no coincideixi amb moltes “coses víriques” conegudes, és de ¼ x ¼ x ¼ x ¼ x ¼ x ¼… i així fins a 15 cops. Facin servir la calculadora. I ara multipliquin per dos perquè això també ha de passar a l’altre costat. I ara sumin que la sonda fluorescent també s’uneix específicament entre els dos encebadors, però NO emetrà la seva senyal lluminosa fins que es connecti amb el segment amplificant-se, que és el que realment detectem amb l’equip. Sí, detectem solament SARSCoV2.
I com sabem això? Perquè tota tècnica diagnòstica s’ha de validar. I que vol dir validar? Vol dir, entre altres coses, matrius diferents (saliva, esput, mucositat nasals, etc.) inoculades amb el virus que ens interessa, SARSCoV2, o obtingudes d’un malalt, però també, en proves diferents, tots els altes virus esmentats i confirmar que tenim senyes positives pel primer i no per la resta. I confirmar que això passa amb operadors/treballadors diferents, en dies diferents amb sets de reactius diferents, en màquines diferents, fins i tot.
I si això no passa, si tenim senyals positives on no toca, o no tenim senyals positives consistents on toca, s’ajusten les condicions fins assolir-les. I això pot incloure quin és el millor tipus de mostra i com s’ha de conservar aquesta fins que és analitzada. Ens interessa la màxima especificitat sense perdre sensibilitat. I tot està en continua revisió, així que sí, detecten solament SARSCoV2.
Però el cultiu cel·lular és més «real», ens dona informació de virus infecciosos i no sols de genomes, oi?
Jo soc un fan del cultiu cel·lular; si es volen fer estudis de inactivació dels virus per desinfectants, o per agents físics com la temperatura o la radiació ultravioleta necessitem anar a cultius cel·lulars, que ens donaran, però, informació “in vitro”, en condicions controlades.
Però els cultius cel·lulars tenen inconvenients. És gairebé un art, una tècnica lenta (pots necessitar 1 o 2 o 3 setmanes per tenir un resultat), molt cara perquè requereix moltes hores de personal expert, i com dic amb cert art a les mans, i es veu afectat per les condicions d’emmagatzematge i la cadena de fred (vostè pot deixar una mostra a temperatura ambient o en refrigeració uns dies i trobarà senyal molecular; provi de fer el mateix i mirar d’aïllar el virus per cultiu cel·lular i fracassarà; és el que els vinc comentant, i els hi dic des de les espatlles de gegants, de la “escassa” persistència ambiental dels virus embolcallats). I per acabar-ho d’adobar és una tècnica menys sensible, que la PCR, qRT-PCR en el nostre cas.
Ep, que la RT-PCR també té el seu límit de detecció, eh? No pensem que una qRT-PCR pot detectar 1 sola còpia de ARN transcrita a ADN i multicopiada després. El que passa és que aquest límit és molt més baix que el del cultiu cel·lular.
Les dades de cultiu cel·lular es donen habitualment en TCID50/mL; no explicarem ara com s’arriben a aquests valors però sí explicarem, perquè sí és l’objecte, com es donen molts cops els valors de qRT-PCR. Quan es té una corba patró, que relaciona Cts i concentració ARN per mL, les dades es donen com a còpies ARN/mL però és molt freqüent al laboratori i als mitjans parlar de Ct (o les Cts en plural). Aquest valor marca UN cicle, EL cicle en el que la mostra ha arribat al llindar de positivitat. A partir d’aquell moment la mostra pot ser MÉS positiva, si volen, però en principi ja no serà negativa. Com més baix sigui el numero de cicle, indirectament ens dona una mesura de la concentració del ADN a amplificar; al nostre sistema li costa menys cicles en amplificar i donar senyal positiva. Dos mostres amb Cts de 20 i de 32 són dues mostres positives però una, la primera, molt més carregada de virus que la segona; hi ha 12 cicles de diferència; si multipliquen dos per 12 vegades tindran una estima de la diferència de concentració. Desconfiïn de Cts de 36, o 38, o 40; aquestes mostres són tan feblement positives, que probablement són negatives.
I un apunt final…hi ha moltes còpies defectives, no infeccioses, de virus voltant al costat de partícules infectives; el procés de multiplicació vírica no està, per res, exempt d’errades i de fet molts estudis per altres virus indiquen que el número de partícules no infeccioses és (molt) superior al de partícules infeccioses. Des d’aquest punt de vista, la qRT-PCR seria un surrogate, una aproximació perquè molt ARN d’aquestes partícules no infectives és encara amplificable.
Però és molt millor veure bé d’un ull i mig veure d’un altre que no veure-s’hi a dos pams. El primer escenari és el que permeten les tècniques diagnòstiques; el segon és no fer res.
Si vostès tallen una llesca de formatge Emmental trobaran alguns forats; si van fent llesques successives del mateix formatge veuran com alguns forats desapareixen si bé altres es generen en altres punts de la llesca per desaparèixer a les següents llesques, i així successivament. Un exemple potser massa bàsic i gastronòmic (algun formatger a la sala per donar-me un formatge català equivalent?) però molt gràfic per explicar la nostra resposta global a la CoVID19. Perquè la nostra resposta és multicapa: accions individuals responsables, confinaments parcials o generals, restriccions de circulació, rastrejos, tests ràpids, proves diagnòstiques, assistència hospitalària, vacunes, tractaments post-exposició…tractaments de les seqüeles d’aquells infectats (no afecta a la transmissió però és un deure col·lectiu). Cadascuna d’aquestes accions és una capa del nostre formatge. TOTES tenen forats, TOTES són fal·libles per si soles. TOTES juntes i ben gestionades són un laberint gairebé impenetrable (crec) per #SARSCoV2… però anem a discutir-les una mica més.
Accions individuals responsables; per definició són accions d’abast curt que tenen la potencia de la agregació. Generar distància, dur mascareta, rentar-se freqüentment les mans protegeixen a la gent propera o amb aquella que interactuem. Tenen l’inconvenient que ha de néixer d’un convenciment personal; les mesures de coerció funcionen però mai absolutament i a banda les accions (per exemple dur mascaretes mal posades, no rentar-se bé les mans, ser creatius amb això de la distància) no són tot o res, si no un continu d’aproximacions personals, algunes (moltes) incorrectes. Forats.
Confinament parcials o generals i restriccions de circulació. Les mesures socials coercitives com són els confinaments globals (un país) o parcials (territoris, comarques, municipis) són les mesures que hom aplica quan està desbordat o no té altres mesures que plantejar. Són mesures medievals que actuen sobre el global de les persones d’una zona per, evitant el seu moviment, reduir la circulació del virus…però el virus continuarà allà quan s’aixequin les mesures (bé que ho estan veient) i en funció de com es desconfini (velocitat, sectors, etc.) tornarà a agafar velocitats exponencials. Són mesures que no ataquen la base del problema però que compren temps per descongestionar el sistema sanitari, per exemple. Per contra, malmeten l’activitat econòmica i això té i tindrà conseqüència a llarg termini.
Rastrejos. Ja està més que comentat que SARSCoV2 té una R0 entre 2 i 3 (recordin, és una mitjana, tenim també els episodis de superdisseminació); per tant cada infectat pot potencialment infectar 2 o 3 persones, que, en principi, seran persones properes amb les que haig tingut un tracte continuat i sense distància. L’inconvenient és que, a diferencia del SARSCoV1 que només transmetia quan la persona mostrava una clínica evident (i que per tant era fàcilment aïllable), en el cas de SARSCoV2 hi ha transmissió abans de la manifestació de clínica (1 o 2 dies abans) i a banda, hi ha un cert percentatge de asimptomàtics o paucisimptomàtics, que fan tot molt més complicat. Seguir contactes des de que està un malalt té una complicació; decidir des de quan abans de la clínica has d’incloure contactes, i considerar-los de risc, és una altra. Però el seguiment de contactes amb totes les seves mancances (forats) és important; vindria ser practicar la microcirurgia venint de la cirurgia (destralera) del camp de batalla que és el confinament general o territorial; no confinem col·lectius, sinó persones de risc en contacte amb un infectat previ. Per definició són mesures que tenen menys impacte econòmic però requereix un petit exèrcit de rastrejadors, i la implicació de les persones específiques a les que es demana confinar-se. Cadascun d’aquests ítems té forats però sempre serà millor que el gran forat de la seva absència o la seva escassetat.
Test ràpids i proves diagnòstiques. Test ràpids, resultat gairebé immediat, en qüestió de minuts però relativament pocs sensibles i no extremadament específics. Forats. Proves diagnòstiques moleculars; relativament ràpides però menys esteses (fins fa no massa) són molt més especifiques i sensibles; forats pel que fa a la rapidesa en la comunicació (no serveix de gaire una prova diagnòstica si es comuniquen el resultats als 4 dies (allò ideal seria en les primeres 24 hores), però fins i tot amb aquesta rapidesa la prova ens informa del nostre estat en el moment que ens prengueren la mostra, ens podem haver infectat just després. Proves diagnòstiques serològiques, per detecció d’anticossos; més lentes que les PCR també són prou especifiques i sensibles però només ens informen de la immunitat humoral, no de la immunitat cel·lular (que requereix tècniques més lentes i complicades); per contra sí que es donen informació històrica a data de mostra; ens assenyala si hem estat en contacte amb el virus i hem desenvolupat resposta immune; però si aquesta va ser fa 4 o 5 o 6 mesos abans potser el nostre nivell d’anticossos ha baixat per sota del nivell de detecció de la tècnica. Més forats.
Assistència hospitalària. El virus NO ha canviat però l’assistència hospitalària sí. Ja ho vaig comentar fa mesos. El virus ara mateix no ha mutat cap una menor virulència o transmissibilitat, pensar que SARSCoV2 s’acabarà atenuant és una especulació, un wishful thinking, però tampoc està remant en a la direcció contrària); continua sent bàsicament el mateix però qui SÍ ha aprés és el sistema; a força de rebre casos (cada cas és un problema) i de treure lliçons i dades de cada problema ara se sap més bé que fer, es fa abans, i de vegades es prenen mesures preveient situacions futures en base a històrics de casos previs. Això, a més, s’ajunta amb la disponibilitat creixent de tractaments post-exposició (veure més endavant). L’assistència hospitalària té forats (i alguns són culpa nostra, de les nostres prioritats errònies) però està clar que alguns d’aquests forats han minvat o fins i tot desaparegut. Però tot sistema té un límit, i aquest és el gran forat que hem albirat (abril 2020) però pel que no s’ha caigut encara.
Vacunes. Explicitades des de bon començament com LA solució, es faran esperar més del que es va publicitar. Encara hi ha gent que diu que estarà disponible abans que acabi l’any; la OMS va dir que en un escenari optimista estaria disponible en 18 mesos (això ens envia al segon semestre del 2021). Ja coneixen la meva opinió; una vacuna raonablement segura i raonablement efectiva que estigui logísticament prou distribuïda i sigui aplicable no l’espero fins 2022, anant bé. En qualsevol cas les vacunes (perquè possiblement tindrem més d’una) no conferiran una protecció total (esterilitzant), potser només tenen una eficàcia del 50-60%; no es podran administrar a tots els col·lectius (com també passa a altres vacunes, en aquest cas fins i tot més ja que en anar de presa les proves de seguretat han estat les justes); potser caldrà escollir col·lectius a vacunar, potser primer el personal de sector sanitari per mantenir segura la barrera de defensa? són una part petita de la població, no tindran impacte en la corba d’infecció però sí ho farà la seva tasca; o podem mirar de vacunar al segment d’edat per sobre dels 60 o 65 anys? amb aquesta aproximació segur reduiríem les taxes de mortalitat; però sí realment tinguéssim disponibilitat i volguéssim reduir al màxim la transmissió caldria vacunar la gent entre 20 i 40 anys; les vacunes poden tenir restriccions logístiques, o estocs parcialment embargats pels països productors; no sabem si caldran dues dosis (un booster) i això seria una complicació logística; no sabem l’abast de la immunitat conferida. Més forats. Però fins i tot una vacuna imperfecta, que faci a SARSCoV2 més difícil circular, en trobar-se més gent protegida, seria útil ja que alentiria la seva propagació, i indirectament facilitaria el treball dels rastrejadors, el seguiment i el confinament dels casos. I per cert, treguin-se del cap que erradicarem aquest virus; potser alguns països l’eliminaran, però no l’erradicarem globalment, per la qual cosa aquest països patiran re-introduccions que tindran que tornar a gestionar. Només ha passat amb la verola, i amb el SARSCoV1, està a punt de passar amb el poliovirus, no passarà amb SARSCoV2; s’ha escampat massa i ara mateix no veig quan deixaran d’haver bosses de població susceptibles.
Tractaments post-exposició. Tothom coneix el cas de la hidroxicloroquina. Un fracàs. Un altre forat. Però ja s’han trobat i es trobaran molècules que tindran cert efecte protector sobre els casos greus o reservats dels infectats per SARSCoV2. Qualsevol medicament que eviti entrada a la UCI o que escurci l’estada a la mateixa (remdesivir, que va fracassar per Ebola però que aquí a trobat una segona oportunitat; la dexametasona, un corticoesteroide amb propietats antiinflamatòries que, sembla, redueix 1/3 la mortalitat de pacients amb ventilació assistida i 1/5 part la mortalitat d’aquells requerint oxigeno teràpia però sense cap benefici per la resta de pacients; els preparats de sèrum hiperimmune de Grifols a partir de plasma de infectats guarits, encara pendent d’assaigs, etc.) és un forat menys perquè desestresa el sistema sanitari en el seu extrem, i farà baixar la taxa de mortalitat. Els guanys es poden considerar residuals però són forats petits que també tanquem.
En resum, totes les capes tenen forats; alguns forats podran fer-se més petits en el temps (més responsabilitat individual; vacunes més efectives i segures i millor distribuïdes; més i millors tractaments post-exposició, més quantitat i més “qualitat”, i alguns desapareixeran però el nostre formatge continuarà foradat. El que caldrà evitar és que els forats coincideixin gaire i permetin al virus travessar, percolar, totes les capes, donar-li una trajectòria d’oportunitat, perquè això, gràficament, voldrà dir una mort més.
De les seqüeles i del tot el que impliquen els grans números en els que s’està movent el SARSCoV2 parlarem en una propera entrada.
Però aquesta, aquesta és una altra història.
De fet aquest model, que pot semblar simplista, l’apliquem en avaluació de riscos, també biològics, i és un model que ja té els seus anys (al voltant de 30 anys) i es deu a James Reason. Es pot consultar.. «Human error: models and management». British Medical Journal 320 (7237): 768-770. PMC 1117770. PMID 10720363. doi:10.1136/bmj.320.7237.768.
És evident que en un horitzó a curt termini (pels optimistes) a mitja termini (pels realistes, que no monàrquics), o sense terminis (pels pessimistes) hom espera que apareguin una o més vacunes que tinguin efecte sobre el SARSCoV2 que causa la CoVID19. Però una pregunta que no ens estem fent (o que no sento gaire) és…i com seran aquestes vacunes? Com la vacuna de la grip, que té eficiències que oscil·len entre el 40 i el 60%? O seran vacunes esterilitzants, que ens faran realment i llargament immunes, com la del xarampió (us recordo que és vacuna de doble dosi) que protegeix de forma gairebé completa?
A l’imaginari popular una vacuna ve a ser l’arma definitiva, però des de sempre ha distat molt de ser això. Idealment una vacuna hauria de prevenir fins i tot el desenvolupament de la infecció més enllà d’una etapa molt inicial, i molt abans de la manifestació clínica, induint allò que s’anomenaria una immunitat esterilitzant. Però més aviat sembla que els desenvolupaments que s’estan coneixent dels candidats vacunals públics, pel que fa a SARSCoV2, semblen apuntar a que no podran detenir totalment la infecció, com a molt l’acantonaran a l’aparell respiratori superior, i conseqüentment podrien no aturar la transmissió de persones infectades a d’altres, a través de l’estossec o l’esternut.
És a dir, anirem a vacunes que reduirien la càrrega viral, o que contribueixin intensament a la mitigació de la severitat dels símptomes (incrementant la taxa de supervivència amb tota seguretat). Vindrien a ser vacunes que permetrien passar d’estats pneumònics a refredats intensos, que restringirien al virus SARSCoV2 a generar patologia a les vies respiratòries superiors.
Com exemple, les dades de la vacuna (contenint informació del gen de la proteïna de l’espícula de SARSCoV2 vectoritzada per un adenovirus de mico) assajada amb macacos per un grup de recerca de la Universitat d’Oxford, (veure enllaç, encara no revisat per parells a… https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2020.05.13.093195v1) que demostra la generació d’anticossos, a més neutralitzants (experiment massa curt perquè no s’ha pogut establir la seva durada en el llarg termini)…però, ai las, els macacos, encara que “protegits”, sense mostrar pneumònia, presentaren títols vírics infecciosos a les seves vies respiratòries superiors. S’ha de dir, però, que l’inòcul que es va emprar estava en la franja alta, unes concentracions poc “ambientals”. Per tant virus a les vies respiratòries superiors, vol dir virus en exsudats o microgotes, virus disponibles per sortir, virus disponibles per fer una nova ronda.
De fet, també a les poques dades mostrades aquesta setmana per Moderna (veure entre altres… https://theconversation.com/what-the-phase-1-trials-of-the-first-covid-19-vaccine-really-mean-139020), que parla d’anticossos neutralitzants en alguns voluntaris, li falta la dada crítica, impossible d’obtenir en un assaig de fase I;… aquests anticossos neutralitzants blocaran la propagació del virus a les vies respiratòries superiors?
Hi ha un altre obstacle…a la natura, els coronavirus no generen immunitat permanent. M’han sentit dir (escriure) que els coronavirus coneguts, que afecten humans, com són 229E, OC43, NL63 i HKU1 però també altres virus que causen refredats, no generen immunitat PERMANENT, de per vida, si no que aquesta es pot comptar en molts mesos o pocs anys. Poden veure també… https://www.sciencedirect.com/topics/immunology-and-microbiology/human-coronavirus-229e i especialment https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/2170159/?dopt=Abstract. Serem capaços de forcar la mà a la natura, a on ens ha portat l’evolució? Jo crec que no.
I ara es té presa, per tant és més que possible que s’estigui aplicant la frase “el que és millor es enemic del que és bo”. Les vacunes de primera generació front SARSCoV2 donaran pas a, més que possiblement, vacunes de segona generació més refinades i més efectives, o protectores, d’aquí uns anys, si el virus les demana. Però ara tocarà ser realista (altre cop); si podem protegir de la malaltia greu als col·lectius vulnerables (i per això cal que sigui MOLT segura) i al personal sanitari haurien de dir que hem fet cim. El primer.
No cometem un nou però vell error, de comunicació. La gent ha de saber que NO tindrem una vacuna perfecta en anys…al màxim que podem aspirar és tenir unes vacunes acceptables (amb sort més d’una) en uns pocs anys. Però que caldrà posar-se-la. Si la percepció que s’instal·la és la que jo veig en la gent pel que fa la vacuna de la grip potser, potser alguns beuran oli. Perquè cerquen la seva protecció (la pròpia, l’egoisme de no tenir cap símptoma si te la poses) sense tenir en compte la prevenció d’altres infeccions que no veuen i que no es produeixen gràcies a ella.
Així doncs, no previndrem TOTES les infeccions, ara mateix aniríem a prevenir les malalties greus. I no prevenint totes les infeccions entrarem novament en un escenari de consecució de immunitat grupal per circulació continuada però de baix nivell del virus, que ajudaria a mantenir els nivells d’immunitat de la població ja vacunada parcialment; i que podrien permetre que els efectes d’un sola vacunació s’allarguessin en el temps. Però això no treu d’enrolar en la vacunació “obligatòria” els col·lectius vulnerables, o de risc.
I compte, que no estem dient res de la immunitat cel·lular, encara poc estudiada i de la immunitat innata. I de la possibilitat, que jo no puc descartar encara, que una fracció de la població que no ha sero-convertit sí hagi tingut contacte amb SARSCoV2 però que l’hagi “netejat” abans de generar cap resposta/senyal identificable, per exemple perquè sí tinguem certa protecció creuada com a resultat d’infeccions prèvies.
Però potser tota aquesta és una explicació ad hoc auto-feta perquè veig (veiem) el raïm de la protecció total massa lluny i ens diem a nosaltres mateixos que està massa verd. I que no assolir un bloqueig de la transmissió ens obligarà a vacunar a molta, moooolta gent per assolir una immunitat grupal significativa.
Massa poc temps que hi estem, estan; masses urgències.
Aquest matí (va ser el 9 de maig) m’han preguntat per algun estudi específic de persistència de #SARSCoV2 sobre tèxtils. Òbviament hi ha molt poca informació ja que el virus porta entre nosaltres poc més de 5 mesos. L’únic estudi directe és de Chin et al. https://thelancet.com/journals/lanmic/article/PIIS2666-5247(20)30003-3/fulltext i dona unes dades lògiques.
El virus #SARSCoV2 cau gairebé 2,5 log en dessecar-se sobre «cloth», roba (no donen gaire precisió més), a les 3 hores i vora 3 log a les 24 hores; estem parlant d’inactivacions per sobre del 99% en hores. I tinc un altre missatge addicional; hi ha un artefacte en aquest estudi…
que detectem els que treballem en aquest tema…Aquests valors són superiors, de l’ordre de 4 logs a les 3 hores, per tant 99,99% inactivació perquè el virus cau UN logaritme addicional mentre s’està assecant; només tenen vostès que comparar el títol víric equivalent sobre acer…
inoxidable. És efecte conegut, a la meva tesi en parlava, i abans, que jo no vaig descobrir res; als materials amb textura, porosos, els virus queden segrestats i no queden gaire disponibles x ser eluïts. Passa amb embolcallats com #SARSCoV2 però també amb no embolcallats.
Això que els he comentat és la UNICA dada que tenim publicada de tèxtils i #SARSCoV2 que jo conegui. Però…podem tirar per aproximació. SARSCoV és estructuralment molt semblant a SARSCoV2 i per aquest tenim alguna…
dada addicional en Kampf et al., 2020 https://journalofhospitalinfection.com/article/S0195-6701(20)30046-3/fulltext. Aquí indiquen que per granotes d’un sol ús la persistència de #SARSCoV pot ser de 2 dies, 1 dia o 1 hora a Temperatura ambient. I vostès diran…quina «tonteria» d’aproximació, no? I no, perquè reflecteix un aspecte…
que molts de vostès no consideren i és la carrega vírica inicial. Si fiquem 10.000 virus «sobreviuran» 48 h; si fiquem 1.000 virus es mantindran infecciosos només 24 h. i si només dessequem 100 virus «aguantaran» UNA HORA. Per això saber concentració mitjana de #SARSCoV2…
a exsudats i secrecions ÉS important…i encara no està massa clara.
Però hi ha més, aquest estudi de Kampf porta a l’original de Lai et al., 2005 https://academic.oup.com/cid/article/41/7/e67/310340 que indica que quan es va fer la mateixa prova amb una granota de COTÓ la persistència de #SARSCoV va ser…
de 24 hores, 1 hora i CINC MINUTS, respectivament. CINC MINUTS si dessecàvem 100 #SARSCoV sobre cotó. Jo consideraria aquest temps, fins i tot els 60 min. de la condició amb 1000 virus #SARSCoV un bon marge de seguretat. I això sense res, sense aplicar cap tractament inactivador…
A partir d’aquí ja trepitgem «arenes movedisses» (algun Virgili a la sala per ajudar-me?) perquè totes les comparances que fem les faré amb virus d’altres famílies víriques que no comparteixen estructura amb els #coronavirus com #SARSCoV2 i #SARSCoV. I que millor que fixar-nos en…
el virus #influenza, el virus de la #grip. Hi ha dades i apunten en la mateixa direcció…per exemple a l’article https://journalofhospitalinfection.com/article/S0195-6701(16)30574-6/fulltext comparen diverses soques d’influenza en la seva persistència sobre cotó i microfibra i ves per on els resultats són comparables a #SARSCoV2…
Agafeu aquí acer inoxidable (stainless steel) com control negatiu, com imatge dels virus #influenza en un ambient òptim de supervivència encara que també s’inactiven en el temps. I hi treballen amb títols vírics altíssims. Què es veu? Que a la 1a hora ja hi ha caigudes mitjanes del 99% de la…
infectivitat de diferents soques de #influenza i que a les 24 hores la caiguda ja és de 3 log, un 99,9% de reducció, tant per cotó com per #microfibra. Als 7 dies de quarantena…es pot concloure que «no» hi ha infectivitat residual. Altre cop aviso estudi experimental fet amb…
unes concentracions força lluny de les ambientals, que jo tingui conegudes. Hi ha més però ja hi tornarem.
La meva hipòtesi? la roba, sobre tot aquella emprovada ocasionalment mai serà vector rellevant de transmissió de #SARSCoV2 si les normes higièniques passives es compleixen…
i en cas de dubte un microambient calent i sec pot ser suficient per fer caure una hipotètica infectivitat residual de #SARSCoV2. I no posem sobre-tecnologia on no cal, que alguns dels nostres problemes actuals venen d’aquí.
Però aquesta, aquesta és una altra història.
El meu deute amb na @martacastells, que des de Twitter m’ha fet garbejar una mica en el tema.
I ara un fil sobre la persistència de #SARSCoV2 sobre #paper i equivalents. Us faré un spoiler. Són bones per nosaltres i dolentes pel virus, però com sempre llegiu per tenir context.
L’aproximació, la de sempre. Primer saber que s’ha fet amb #SARSCoV2 i paper; després quines dades tenim de virus propers com #SARSCoV o #MERS (fa una mica de vergonya dir que de MERS no hi res, i des de CReSA hi portem treballant amb ell per altres temes 5 anys) i després saltar de família vírica i veure que hi ha per altres virus embolcallats, com influença.
#SARSCoV2 dessecat sobre paper? Les dades de van Doremalen et al., https://www.nejm.org/doi/full/10.1056/NEJMc2004973 diuen que sobre cartró la vida mitja (compte amb el concepte) és d’unes 9 hores. En 9 hores el títol infecciós de l’agent causal de #CoVID19 baixa un 50%…
que no vol dir que desaparegui; en les següents 9 hores caurà un altra 50% (del 50% restant), per tant quedarà un 25%, i així successivament, de manera que assolirien una caiguda del 99,9% de la infectivitat en poc més de 2 dies. Poden fer els comptes vostès mateixos. No sembla gaire preocupant, oi? Però continuem.
Pel broc gros 3 log de reducció, un 99,9% de reducció de #SARSCoV2 disponible, o eluible, en 30 minuts. I aquestes dades, com vaig dir per l’enfilall de la #roba, tenen un artefacte…la reducció real de títol infecciós de #SARSCoV2 a papers estaria fregant els 4 log, un 99,99% en TRENTA MINUTS.
Pel #SARSCoV seria de 24 hores o 3 hores o menys de 5 minuts, en funció de la carrega vírica, de 10.000, 1.000 o 100 TCID50/mL, respectivament. Altre cop, com sempre, quants més virus a dessecar més triga en reduir-se el perill però per quantitats infeccioses altes aquest sobre #paper és menystenible.
Però anem altre cop a cercar per voltant…d’altres virus respiratoris embolcallats el primer que se’ns ve al cap és el virus de la #grip. Com es comporta sobre paper? Doncs igual o pitjor (o hauria de dir millor per nosaltres?) que #SARSCoV2 segons Bean et al., 1982 https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/6282993
que descriu pèrdua total d’infectivitat del virus #influenza entre 8-12 hores després de dessecat sobre paper. I si mirem un estudi de revisió molt maco de 2007, veure https://aem.asm.org/content/73/6/1687 es pot extreure la següent figura…
Aquesta figura indica que la inactivació de #coronavirus relacionats a #SARSCoV2 como són #229E 0 #OC43 abastaria de 3 a 4 log, un 99,99% de reducció en 24 hores, i que les dades de #influenza serien un worst case, allà on arribi la persistència del virus de la #grip difícilment arribaria la del #coronavirus.
Les conclusions?…la persistència de #SARSCoV2 sobre paper és, amb alta probabilitat, molt curta en el temps i el potencial infecciós de papers tocats per altres mans, en termini de minuts o hores desapareixeria, si considerem les dades conegudes i els nivells de contaminació ambientals descrits.
En qualsevol cas una quarantena de paper (24-28 hores) sembla suficient per eliminar qualsevol risc residual de transmissió de #SARSCoV2, partint de la base que el paper seria una superfície/fomite molt segura i epidemiològicament neutra.
Un altre enfilat de tuits que us poso endreçats i revisats.
Amb això dels tests, dels assajos, de les proves ràpides del diagnòstic en front de SARSCoV2 que causa la CoVID19 hi ha una mica de garbuix…anem a posar-ho una mica en ordre o tal com ho entenc jo.
Quan volem traçar una malaltia podem fer:
Proves per detectar el patogen causant, en aquest cas SARSCoV2 o bé,
Proves per detectar la conseqüència de l’entrada del patogen (generació d’anticossos per part del sistema immune de l’infectat); és el que anomenem proves serològiques (ELISA, serumneutralització, immunocromatografia).
El patogen es pot detectar prenen mostres i intentant cultivar-lo…per bacteris és relativament fàcil i econòmic, per virus és bastant més complicat i car. Amb això garantim que el patogen que es troba a la mostra està “viu”. En tot cas es un procés que pot durar des de 1-2 dies a més d’una setmana. Si no tenim paciència, o tenim presa, podem anar a cercar la detecció d’antígens de virus o bacteris, les proves antigèniques, o bé fem proves molecular per detectar el genoma (ADN o ARN).
Aquestes proves moleculars són el que sentiu moltes vegades resumir dota el paraigües de els PCR (incorrecte) o les PCR (correcte, ja que és abreviatura de LA Reacció en Cadena de la Polimerasa). Les PCR són una eina actualment indispensable en el diagnòstic ràpid.
Les PCR (hi ha moltes, no solament per diferents patògens, si no per detectar UN mateix patogen), detecten genoma del virus (ens centrem ja en el SARSCoV2). Per tant donaran negatiu en una persona que hagi passat la CoVID19 fa un mes, perquè ja NO tindrà virus al seu cos.
Detecció de genoma és indici de Infecció activa, o no resolta, encara. Així, vostè pot fer una PCR d’una mostra d’una persona avui, infectada ahir per SARSCoV2, i tenir un resultat negatiu; tornar a fer la mateixa PCR en 7 dies i tenir un resultat clarament positiu i fer el mateix en 3 setmanes i tenir un resultat…NEGATIU, altre cop.
I una PCR positiva indica infecció en curs o en resolució però no DIRECTAMENT que la persona tingui capacitat de contagi. Alguns positius es deuen a genomes de virus malmesos o de virus ja neutralitzats per anticossos.
Les proves serològiques, esmentades al començament, detecten anticossos, i per tant necessiten que s’hagi generat una resposta immune prèvia front el virus. No serveix de res fer una ELISA a una persona infectada al 3er o 4rt dia de la infecció perquè el cos humà necessita més dies per generar anticossos, primer les IgM i més tard, retrassades en el temps, les IgG, que són les que conferiran la famosa immunitat “de llarga durada”. Podríem dir que la PCR permet dir, “aquesta persona ESTÀ infectada” mentre la ELISA i altres proves serològiques ens permeten dir, “aquesta persona VA ESTAR infectada”, però ja no, podríem afegir.
I els tests ràpids? De fet res del que us he explicat és un test ràpid. Hi ha equips PCR de camp però aquestes PCR i tècniques serològiques són de laboratori. El resultat, en el millors dels casos, es dona en 6-8 hores. Els test ràpids, per contra, són portàtils, es poden fer a peu de carretera o carrer, i no necessiten aparellatge ni persona tècnic expert. Són tota una altra cosa.
Anem, doncs, pels kits ràpids versus la CoVID19. Altre cop la dicotomia, a què disparem, al virus (test d’antígens o proteïnes virals) o al rastre que deixa en nosaltres (els anticossos, test serològic)? Als dos, tindríem de disparar als dos, cap dels dos dona informació complerta, que a més, és dinàmica.
El fonament d’aquests tests ràpids? La immunocromatografia en paper, que actua com a plataforma d’ancoratge, ja sia de proteïnes del virus si volem detectar anticossos en la mostra, o bé anticossos en el cas que vulguem detectar la presència del virus, a través de les seves proteïnes.
Test ràpid d’antígens: una prova que pot donar un resultat en 15 minuts i que necessita com a mostra secrecions respiratòries, i amb un aspecte i lectura semblant a un test d’embaràs. El problema? Menys fiable i sensible que la RT-PCR quantitativa, o qRT-PCR o RT-PCR Real Time.
La qRT-PCR és molt sensible, teòricament amb un genoma, o uns pocs genomes, presents ja faria per donar positiu. En canvia aquests tests ràpids d’antígens necessiten una mostra més carregada de virus, que resulta que depèn de la dinàmica de la infecció, més aviat de QUAN prenguis la mostra d’un infectat.
Si la persona mostrejada té simptomatologia clara, la sensibilitat de la tècnica és “bona”, per sobre del 85-90%, però per fases pre-simptomàtiques (o poc simptomàtiques) habitualment lligades a càrregues virals més baixes, pot quedar en el 50%.
Poques decisions definitives es poden prendre amb aquests percentatges; és més aviat un mètode de cribratge, els positius SÓN positius a SARSCoV2, els negatius s’haurien de confirmar per un altre test d’antígens uns dies després o bé fent una qRT-PCR (més sensible).
Però potser ens interessa més saber de forma ràpida quanta gent ha passat la infecció; en principi si es supera la infecció per #SARSCoV2 estaran immunitzats i no patiran de nou (?) la infecció ni la transmetran. Serien les 1ers persones que podrien tornar a la feina.
Per això empraríem els test ràpids d’anticossos (basats també en immunocromatografia) detecten el rastre que ens ha deixat el virus…només té sentit fer-los després que les símptomes hagin desaparegut o si voleu un mínim de 10-15 dies després de l’aparició de símptomes. De fet, sense ser una regla absoluta qui doni positiu a un test ràpid d’anticossos donarà negatiu a una prova ràpida d’antigen.
Aquests són els tests a aplicar en el futur per conèixer l’estat immunològic de la població, i fer surar tots els hipotètics asimptomàtics i pocsimtomàtics que es diuen que hi ha, perquè el SARSCoV2… ens acabarà infectant a gairebé tots.
Aquest tests ràpids d’anticossos també donen resultats en 10-15 min. Però fan servir una mica de sang (no secreció respiratòria) perquè cerquen les IgM i les IgG circulants a la nostra sang. Les IgM són els primers anticossos que es produeixen en el curs de la infecció i després apareixen les IgG que són les que teòricament ens conferiran la immunitat de llarga durada (?), ja que perduren a la sang, mentre que les IgM desapareixen. De tota manera, per la CoVID19 , la aparició de IgM i IgG és molt propera entre elles i lleugerament tardana, uns 10-15 dies des de l’aparició de símptomes. Però no està exempta de problemes… Pots donar falsos positius perquè tinguis anticossos contra alguna cosa semblant i que reaccionin. I a més, és una prova visual i de vegades, la línia reactiva és difícil de veure, i…es poden donar també falsos negatius.
En resum ambdues proves donen informació…complementària, però NO són perfectes, són mes aptes per un cribratge que per prendre decisions absolutes, definitives i demanen un suport addicional de laboratoris amb qRT-PCR, per exemple.
Semblen necessàries, però, per desconfinar amb més garanties.
Aquest és un enfilall vindicatiu i una petició per contrastar dades. Jo, per necessitats diverses, una d’elles, ser el responsable de Bioseguretat de @CReSA_r, HE DE SABER la persistència de virus amb els que treballem i com inactivar-los. I quan es confirmà q treballaríem amb #SARSCoV2, perquè a IRTA-CReSA hi treballarem, vaig cercar tota la informació possible com he fet abans amb altres virus com Chikungunya, West Nile Virus, Zika, HPAI, Virus de la vall del Rift, Virus dengue, MERS coronavirus, influenza (aviar, com H5N1, H7N1 o humana com H1N1), virus amb els que també hem treballat i treballem…i treballarem.
Algunes de les conclusions que havia trobat fins ara, de virus embolcallats respiratoris, són:
Virus influenza A i B persisteixen 24-48 hores a superfícies no poroses com acer inoxidable o plàstic i sols 8-12 hores en roba, paper i tissue. Virus influença deixats assecar sobre acer inoxidable es podien recuperar passant el dit a les 24 hores. Veure doi.org/10.1093/infdis/146.1.47
El metapneumovirus aviar i el virus grip aviar dessecats sobre 12 superfícies poroses i no poroses, persistí fins a 6 dies però NO 9 dies, i sempre millor en superfícies no poroses que en superfícies poroses (pot haver un problema d’elució, més avall comentem que significa). Veure: doi.org/10.1637/7453-101205R.1
Es comparà viabilitat i senyal molecular de 5 soques de virus influença dessecats en 3 superfícies (cotó, microfibra, acer inoxidable). Concentració inicial, entre 10.000 i 1.000.000 virus. Els virus viables arribaren tot just als 14 dies, sols en acer inoxidable, i només 7 dies sobre cotó i microfibra; per contra la senyal molecular, la detecció del genoma de influenza va donar positiu TOTA LA DURADA DE L’ESTUDI, set setmanes. NO va haver diferències entre soques, TOTES es comportaven igual. Veure: doi.org/10.1016/j.jhin.2016.12.003
Influenza A virus dessecat sobre guants de goma, una mascareta N95 (o FFP3, recordeu l’enfilall de protecció respiratòria, o l’entrada anterior d’aquest blog, la 233), o sobre una granota Tyvek o acer inoxidable va mantenir la seva infectivitat 8 hores a tots els materials i nomes arribà a les 24 hores de persistència al guant de goma. Veure: https://link.springer.com/article/10.1007%2Fs12199-010-0149-y
El virus pandèmic pH1N1 va ser inoculat sobre diverses superfícies “casolanes”. El genoma es detectà sense alteracions significatives a les 24 hores però la infectivitat viral es mantingué nomes 4 hores per molts material i no més enllà de 9 hores en alguns materials no porosos. Caigudes de 4 log, que són 10.000 virus, o un 99,99% d reducció. Els autors conclouen que la transmissibilitat a través de superfícies és possible però improbable si no hi ha recontaminacions (que és el que passa habitualment en el domicili d’un infectat). http://dx.doi.org/10.1371/journal.pone.0027932
El vius pandèmic influenza A H1N1 romangué infecciós (estem parlant de reduccions de 5 log, és a dir 100.000 virus) durant 48 hores en superfícies de fusta, 24 hores en acer inoxidable i superfícies plàstiques, i 8 hores en roba, encara que els autors apunten a un problema d’elució, que podria ser que el virus quedés segrestat per la textura del material; tanmateix a efectes pràctics si no queda disponible per ser recollit per la suor d’un dit, epidemiològicament seria irrellevant. https://www.ajicjournal.org/article/S0196-6553(13)01332-1/fulltext.
I, com sempre, el outlier, que ens ha de fer estar alertes, les dades són les que són… Els autors troben que dues soques de virus Influenza A, dessecades sobre acer inoxidable i mantingudes a 18-25ºC en diferents HR, només experimentaven 2 log10R, caigudes del 99% de la seva infectivitat als 7 dies. http://dx.doi.org/10.1128/AEM.04046-15
Dels dos he fet enfilalls per comentar-los però em sap greu, no els trobo, si algú els pot recuperar i penjar-los seguits a aquest en farà un favor. Ras i curt, com ens hauria d’agradar a tothom, la persistència més enllà del 7 dies és purament anecdòtica i només sobre superfícies no poroses, les més favorables, ja que les caigudes previstes estan per sobre 4 logs. En cartró aquestes inactivacions s’assoleixen abans dels 4 dies (van Doremalen et al., 2020). Però és que si mireu la revisió de Kampf NO hi ha CAP persistència de cap #coronavirus avaluat MÉS ENLLÀ dels 9 dies.
En això tenim una miqueta de sort, el #SARSCoV2 no és un virus massa resistent a l’ambient ni tampoc als desinfectants…la resta ja és cosa nostra. Bé, nostra, nostra, no, que des de Madrid ens han de dir el que “ens convé”, oi?
comentarisviruslents 
Comentarios recientes