comentarisviruslents

Aquest blog és una seguit de comentaris personals i probablement poc transferibles sobre ciència i política.

Archivos en la Categoría: Grups de risc biològic

Comentaris virus-lents (178): El virus Crimea-Congo infecta a Espanya perquè arribar, el que es diu arribar, ho va fer fa uns anys.

Ahir vam dinar amb la noticia de la confirmació dels dos primers casos a la Europa Occidental d’infecció (en un cas, mortal) pel virus de la febre hemorràgica Crimea Congo (en endavant CCHF). Vagi per endavant que era la crònica d’una història anunciada, ja ho discutirem amb més repòs en una altra entrada, perquè el genoma del virus ja havia estat detectat a partir de paparres d’una finca a Extremadura, als anys 2010-11. De fet un informe del ministeri de Sanitat espanyol es va emetre en aquell moment (veure enllaç http://www.msssi.gob.es/profesionales/saludPublica/ccayes/analisisituacion/doc/crimeaCongo.pdf) i ja parlava del tema. Per tant el virus, vingui com hagi vingut, possiblement per au migratòria però també podria ser per importació de remugats, ja estava entre nosaltres fa més d’un lustre. Ara veiem la punta de l’iceberg, probablement…

Hyalomma-rufipes-female-male

Imatge dorsal de Hyalomma rufipes, femella i mascle, respectivament.

En aquesta entrada, però, parlarem de coses més directes. Alguns fets perquè ens quedin a la retina:

  • CCHF virus és un patogen GR4, de grup de risc 4. Si voleu saber sobre les categoritzacions de risc, si us plaus aneu a les entrades 29 https://comentarisviruslents.org/2014/08/01/comentaris-virus-lents-29-grups-de-risc-nivells-de-bioseguretat-i-avaluacio-de-risc/ o 148 https://comentarisviruslents.org/2016/01/03/comentaris-virus-lents-148-blanc-i-en-ampolla-potser-no-sera-llet-gestionant-els-grup-de-risc-biologic/. Resumint en poques paraules, CCHF és un agent “causant una malaltia greu en l’ésser humà, suposa un seriós perill per als treballadors, amb moltes probabilitats que es propagui a la col·lectivitat i sense que existeixi generalment una profilaxi o un tractament eficaç” (veure RD 667/1997).

  • No existeix vacuna comercial…això no vol dir que no hagin desenvolupament diversos i que no s’hagi emprat alguna vacuna, però. Hi ha una vacuna dissenyada i emprada a Bulgària a partir de extractes inactivats de cervell de ratolins infectats. Per més detalls poseu a Google … Papa A, Papadimitriou E, Christova I. The Bulgarian vaccine Crimean-Congo haemorrhagic fever virus strain. Scand J Infect Dis. 2011;43:225–229. doi: 10.3109/00365548.2010.540036. Sembla que s’administra des de 1974 a personal en risc únicament a les zones endèmiques del país.

  • No existeix una silver bullet un cop infectat. Es diu que la rivabirina pot tenir un efecte positiu però les proves, i les postures, són contradictòries. Actualment únicament s’empra en els casos més greus, i amb una durada del tractament d’uns deu dies. Com en el cas d’Ebola, fins la vacuna provada fa un anys, tot s’ha de fer descansar en tractaments de suport i alleugeriment de simptomatologies i dolors dels infectats intentant evitar el fracàs multi-orgànic.

  • Com podem adquirir el virus? bàsicament per picada de paparra infectada (que ha obtingut el virus d’un animal domèstic o silvestre). CCHF virus persisteix sens generar malaltia en animals domèstics com vaques, cabres, ovelles, cavalls, burros, porcs, però també en cèrvids i en petits rosegadors (llebres, eriçons, ratolins). Les aus no són hostes que es conegui a excepció dels estruços. El granges, veterinaris o caçadors involucrats en la manipulació d’aquest animals un cop morts poden infectar-se pels fluids corporals d’aquestos.

  • Per tant, si en una zona no hi ha paparres de la família Ixodidae, particularment del gènere Hyalomma, el risc és molt a prop de zero. La distribució de la malaltia coincideix quasi totalment amb el rang de distribució del seu vector paparra.

  • També es transmet per fluids corporals emesos o expel·lits o supurants d’infectats humans en fase aguda. No hi ha transmissió si no mostrem simptomatologia. Recordem que la simptomatologia s’inicia amb brusca aparició de febre (39-40ºC), miàlgia, dolor i rigidesa al coll, mal de cap, irritacions ocular i fotofòbia, símptomes assignables a d’altres malalties infeccioses….s’ha d’esperar un dies a que apareguin taquicàrdies, adenopaties, hepatomegàlia i sobre tot petèquies (hemorràgies cutànies) en mucoses de la boca, la gola, el nas, i mucoses sexuals, però també a la pell que poden progressar i fer-se més grans i greus (equimosis). Si no es tenen sospites de CCHF no és fins aquesta segona onada de símptomes, probablement, que es pot fer el diagnòstic correcte.

  • També es diu que es transmet per superfícies contaminades o fomites on arriben a contactar els fluids corporals (per exemple, l’estructura del llit, la calaixera del costat, les llums accessòries, la cadira), però no el passadís darrera de la porta de l’habitació o les habitacions adjacents. No és un virus que es transmeti per aerosols però el personal ha d’anar proveït amb protecció respiratòria perquè un estossec, un esternut, una hemorràgia allibera aerosols inestables que poden estar en el aire per segons o minuts. Hi ha informes controvertits sobre la infectivitat d’aerosols a partir de femtes de rosegadors infectats per part d’autors russos, però són això…controvertits.

  • La letalitat no és baixa, de l’ordre del 10 al 40%, en algunes soques per sobre del 50%, amb una mitjana del 30%. Tanmateix hi ha diferències en funció de la soca del virus, que al ser segmentat permet recombinacions; es distingeixen 6 grups genètics principals i moltes variants…cadascuna amb la seva pròpia letalitat…que també està afectada per factors extra-vírics; edat, estat immunològic i nutricional de l’infectat, etc.

  • Els segments de població més susceptible són els treballadors de camp, pagesos, grangers, veterinaris, gent exposada a un continu contacte amb els animals (però no els animals de companyia), l’ambient natural i les paparres. I secundàriament, el personal sanitari que té cura dels infectats. Per això és sorprenent, o simptomàtic, un dels titulars del diario.es (veure enllaç a http://www.eldiario.es/sociedad/Sanidad-paciente-fallecido-fiebre-hemorragica_0_554344965.html) que parla que “El contagio se pudo produir, según la Consejería, por “maniobras habituales en la UCI”, como intubar sin guantes por la urgencia. El riesgo de contagio entre humanos es bajo.” Una persona entubada, de la que es devia saber que era infecciosa (a alguna cosa, però infecciosa) es manega sense guants? Més encara, tenint en compte que la intubació està descrita com una practica que pot generar aerosols, el personal que treballes amb personal infecciós no hauria d’haver anat proveït de mascareta filtrant (no quirúrgica, que aquestes no serveixen per res) si volem tenir protecció enfront aerosols? En aquell moment el pacient mostrava ja algun símptoma d’hemorràgia, ni que fora petit? On queda el principi de precaució? I finalment, en fase aguda, i sense precaucions jo no diria que el risc de contagi és baix…resulta que els nivells de virus, la càrrega vírica, a saliva i orina és del mateix nivell que la que es pot trobar a la sang de l’infectat.

  • No tot són noticies dolentes, però. És un virus fàcilment desinfectable. Com en el cas de Zika (si voleu saber més aneu a entrada…174 https://comentarisviruslents.org/2016/07/24/comentaris-virus-lents-174-virus-zika-i-desinfectants-easy-to-be-killed/) és un virus que s’inactiva amb formulacions alcohòliques (etanol 70%), amb detergents i també amb lleixiu domèstic (al 1%, recordeu que el lleixiu a casa el teniu a un 5% de principi actiu) o pH extrems, per exemple, el del vinagre al 4%. També els tractaments tèrmics a 56ºC per 30 minuts poden ser efectius.

    CCHFV schemeEsquema del virus Crimea Congo, un virus embolcallat, amb nucleocàpside que engloba tres segments de ARN monicatenari (S, Small; M, de Medium i L, de Large)

  • I ara una mica d’història…perquè li diem febre hemorràgica de Crimea-Congo? No trobeu el nom original? El món dels virus és adjectivament molt poètic, però de vegades també molt prosaic. Potser també trobareu original el virus Sin Nombre (podeu mirar l’enllaç https://comentarisviruslents.org/2014/06/25/comentaris-virus-lents-10-el-virus-exposit-no-sin-nombre/). Però tornem al fil de la història. Dels efectes d’aquest virus, o d’un molt semblant, és tenia idea fa ja 8 segles a la zona de Tajikistan però no fou fins 1944-45 quan científics russos començaren a registrar la simptomatologia clínica que es donava en més de dos centenars de soldats russos als que se’ls encomanà recollir les collites de zones de Crimea al final de la II Guerra mundial en lloc dels camperols tàrtars que havien desaparegut (o els havien fet desaparèixer). Dormint al ras, i treballant al camp, foren picats per paparres i sofriren poc després febres hemorràgiques severes, llavors anomenades, Febres Hemorràgiques de Crimea (FHC, CHF en anglès). Els científics russos foren incapaços d’aïllar el virus (només us diré que empraren “voluntaris” (!!) per mirar de confirmar els postulats de Koch…) fins que el 1967 un magistral viròleg rus, Chumakov, el pogué aïllar d’un cas fatal a Samarkanda (a Asia central) i el registraren, però no l’enviaren al centre mundial de referencia en arbovirus, a la universitat de Yale. Mentre tant, o millor abans, Ghislain Curtois, al 1956, un metge que treballava a Kisangani, al Congo Belga (ara República Democràtica del Congo) aïllà un virus de la sang d’un noi de 13 anys que patia febre, mal de cap, nàusea, vòmits, dolors articulars i fotofòbia. Poc després ell mateix es trobà malalt amb símptomes molt semblants. Curtois aïllà de nou el virus, ara de la seva pròpia sang, i l’anomenà V3010 (prosaic!!). Els anys següents aquest virus que es va trobar també a Grècia, Portugal, Sudàfrica, Madagascar, el Magreb, va veure com canviava el seu nom a “virus Congo” (o “Congo  virus” en anglès) però la informació no va estar disponible i “en obert” fins un any abans, 1967, que Chumakov i col·laboradors publiquessin les seves troballes. I ara entra en escena el nostre català, Jordi Casals. Si voleu saber més, de veritat, us recomano molt l’entrada que hi ha en aquest enllaç https://comentarisviruslents.org/2015/04/23/comentaris-virus-lents-103-qui-fou-jordi-casals-ariet/). Al Febrer de 1967, la soca Congo virus V3010 va ser enviada al Rockefeller Foundation Virus Laboratory a Nova York. Allà, Jordi Casals, que tenia gran nombre d’aïllats vírics transmesos per artròpodes però també de febres hemorràgiques va trobar que l’aïllat era idèntic a un altre vius, anomenat Uganda, però a cap altre de conegut. Va ser uns mesos després, que Chumakov li va enviar el seu aïllat, i Jordi Casals va trobar que aquest era idèntic al virus Congo, o “Congo virus”. Ara teníem el Congo-Uganda-Crimea virus? Per embolicar més la troca els britànics descriviren a partir de paparres de vaques ugandeses una soca, la AMP10358, del virus Congo, i al 1973, veterinaris grecs aïllaren la soca Ap92 a partir de paparres de cabres al nord de Grècia i que demostrà ser si no idèntic, sí  molt semblant a tots els anteriorment descrits. Un desastre…perquè uns els hi deien Congo, altres Uganda, altres virus de la febre hemorràgica de Crimea. Habitualment en la taxonomia vírica, el virus pren el nom del primer aïllament i per tant hauria de ser virus Congo, però la descripció de virus de la febre hemorràgica de Crimea (VFHC o CHFV en anglès) aportava el nom d’una malaltia humana rellevant, era descriptiu i es va publicar primer. En contra dels criteris de primar la primera publicació, la ICTV (que és el International Committee on Taxonomy of Viruses) reconegué que virus Congo era l’agent etiològic d’una malaltia greu, que no eren unes simples febres, i que incloïa manifestacions hemorràgiques però com anomenar-lo virus de la febre hemorràgica del Congo (o Congo hemorrhagic fever virus) era ja tard, estant en boca de molts el “virus de la febre hemorràgica de Crimea”, el 1973 se li donà el nom definitiu de virus de la febre hemorràgica Crimea-Congo. Una decisió ben salomònica. Però si cerqueu a google encara trobareu antics articles i informes que parlen del “Congo virus” o del “Congo Crimea hemorrhagic fever virus”.

 

I aquí acabem aquest primer resum. Queda per una entrada posterior una discussió més ecològica, més filosòfica d’aquesta emergència de virus CCHF a Espanya i si estàvem prou preparats, si havíem fet feina per escatir que estava passant.

 

Però aquesta, aquesta és una altra història.

 

 

Comentaris virus-lents (164): Concepte Gain of Function, la ciència sempre guanya?

El concepte Gain of function, que podríem traduir per guany o millora de funció/funcionalitats no és un concepte nou. Els experiments de modificació de funcionament en un sentit general són una pràctica quotidiana a la microbiologia des de fa molts anys. En aquest experiments s’afegeixen o modifiquen propietats o funcions tant a virus com a bacteris, per exemple amb mutacions als gens per generar noves o millorades funcionalitats a les proteïnes resultants. El camí invers, generar pèrdues de funcionalitats també és possible…i pot donar tanta informació com els guanys de funció. Per tant, en un sentit estricte, quan ens parlin d’un experiment que caigui en aquesta categoria no cal desqualificar-lo…immediatament.

GainOfFunction-GOF-1082214doctor

El dilema sorgeix quan estem treballant amb patògens ja de per si prou perillosos, com podria ser la influenza aviaria altament patògena H5N1, el SARS Coronavirus, el MERS Coronavirus i volem fer experiments de guany de funció per específicament cercar un increment en la seva transmissibilitat, patogenicitat, o alterant (fent més ampli) el rang d’hostes susceptibles. Però no solament en aquest casos, perquè també ens han de preocupar experiments que cerquin incrementar la resistència dels bacteris als antibiòtics terapèutics actuals, generar mutants que escapin a les formulacions vacunals actuals i que les facin ineficaces, o generar mutants que escapin, que siguin invisibles, a les tècniques diagnòstiques o de detecció habituals.

Als darrers anys s’ha donat un fort increment de la preocupació oficial pel mal ús o l’ús dual (entenem dual use com els coneixements o tecnologies adquirides a través de la investigació científica que podrien ser mal emprades amb fins criminals o terroristes o en el camp militar) d’una recerca aplicada en el camp de la microbiologia de patògens de grup de risc 3 i superior…un tema no massa entès a les universitats o centres de recerca que no inclouen la bioseguretat, la biocontenció i la bioprotecció com temes en els que també cal formació. I clar, quan la recerca és llavors fiscalitzada per experts en bioseguretat, als que els científics retreuen una baixa o nul·la formació en microbiologia i/o biotecnologia i sempre delerosos de menystenir els beneficis científics i socials d’aquella recerca i de maximitzar els riscos potencials, les amenaces a la seguretat, l’embolic i la desconfiança estan garantides. El problema és encara més gran si tenim en compte que de regulacions i lleis hi ha unes quantes, emeses per diferents cossos regulatoris, ministeris, agències, de diferents estats i en alguns casos aquestes són un pèl abstruses. Manca més claredat regulatòria, de vegades tot rau en l’establiment ferm i sense discussió de qui és EL responsable regulatori de tota la problemàtica en bioseguretat, i més uniformitat, homologació entre els diferents estats.

Per tant, cal cooperació internacional i marcs normatius el més comuns possibles, perquè no se’ns escapa a ningú que la recerca en les ciències biològiques és una recerca molt internacionalitzada; molts projectes són xarxes que involucren estats de diversos continents; els investigadors tenen contactes i bescanvien dades amb col·legues all over the world; hi ha cooperació entre centres de recerca i universitats molt distants i per acabar-ho d’adobar els resultats de la recerca es distribueixen a tot el món a través d’internet. La regulació salta feta miques ja que els riscos del mal ús dels resultats no queda reclosa a l’estat on s’ha desenvolupat físicament la recerca.

I aquesta regulació externa és necessària. La responsabilitat individual dels científics no deixarà de ser un aspecte important per fer front als dilemes dels experiments de Guany de funció, que podrà ser acompanyada o enfortida per comitès d’ ètica o bioseguretat i codis de conducta de la institució. Però tota aquesta autoregulació pot fallar i caldrà un  marc regulatori superior.

Els experiments que es dissenyen per millorar la transmissibilitat, o la virulència, o resistència a les contramesures actuals, de patògens de nivell 3 i 4 evidentment estant modificant el risc per a la salut de la població. Per començar, s’està produint un mutant que no està a la natura…encara. Si a més, no hi ha un benefici immediat, ni previsible, en forma de cura terapèutica o vacuna, són una eina vàlida?

GOF risk and benefits 21666-0309367832-450

Davant d’un experiment d’aquestes característiques una persona “dual”, amb una cama a cada cap, la virologia i la bioseguretat es plantejaria una sèrie de qüestions…Quin coneixement es pot guanyar realment amb aquests experiments? Aquest coneixement podria obtenir-se per altres vies? Es poden realitzar aquests experiments en condicions de seguretat, en instal·lacions ben mantingudes, dirigides i amb el mínim personal involucrat? Quins plans de contingència té la instal·lació? Quin és el benefici per a la salut esperat, tant immediat com a mitja termini? Quina és la probabilitat que els experiments siguin emprats de manera abusiva, per exemple, per terroristes, però també, perquè no, per l’esfera militar? Com de realista és el risc que terroristes o altres persones voldran fer mal ús dels resultats de la recerca, i que tinguin la capacitat real de poder-ho fer? És sempre necessari que els resultats de la recerca estiguin a disposició de tothom?

Moltes d’aquestes preguntes tenen respostes “duals”…en funció de cada cas.

Però aquesta, aquesta és una altra història.

Comentaris virus-lents (161): MERS Coronavirus, sumant i seguint.

Com sabeu, IRTA-CReSA, Centre de Recerca en Sanitat Animal, on faig la meva feina, treballa amb el Middle East Respiratory Syndrome Coronavirus o MERS-CoV dins una iniciativa europea, ZAPI (que no solament hi ha Zika) que intenta trobar vacunes per dues malalties zoonótiques com serien el MERS, la febre de la vall del Rift i una d’exclusivament animal, deguda al virus Schmallenberg.

Els que vau llegir l’entrada 7 https://comentarisviruslents.org/2014/06/18/comentaris-virus-lents-7-en-infeccions-viriques-millor-republicans-2/ fa ja quasi dos anys i algunes entrades posteriors al blog, acabant a la darrera dedicada a aquest tema … https://comentarisviruslents.org/2015/12/17/comentaris-virus-lents-145-mers-caurem-en-lerror-de-lebola-altra-vegada/, no cal que us presenti el coronavirus MERS, agent causal de més de 1630 infectats, més de 585 morts (dades de mitjans de febrer 2016) i que va fer una incursió molt mediàtica a Corea fa un any. Únicament recordaré que és un virus del grup de risc 3 pel que no hi ha vacuna ni tractament post-exposició específic.

SARS portada EID

Ara que ja hem començat un altre set d’experiments amb MERS, que va ser descrit per primer cop el 2012, convé explicar els resultats del que van culminar fa poc més d’un any.

El disseny experimental fou el següent. S’agafà un grup de 8 camells joves, d’uns 6-8 mesos i es dividiren en dos grups. Un grup rebé, per via nasal i injecció intramuscular, dues dosis, separades per 4 setmanes, d’una construcció d’un vector vacunal (MVA) amb una proteïna espicular (de la envolta) del virus MERS; aquesta construcció, o combinació (MVA-S), constitueix la vacuna experimental de la que es vol conèixer la seva eficàcia. Dels altres quatre camells dos reberen idèntics volums, en dos administracions, de PBS (vindria a ser aigua, o un remei homeopàtic, és a dir, res que pugui tenir cap efecte) i els altres dos reberen dosis del vector vacunal (MVA) sense cap modificació (i aquest grup ens donarà informació de si la base de la vacuna, el virus que no porta el gen aliè que ens pot protegir, o el pa sense embotit, té algun efecte “per se” en una protecció inespecífica a la infecció posterior). Al cap de 3 setmanes de la darrera immunització, tots els camells foren inoculats amb 107 TCID50/ml  (10.000.000 virus aproximadament) de MERS-CoV per via intranasal i s’esperà a veure els efectes mentre es treien a dies regulars mostres de hisop nasal i rectal, i mostres de sèrum. Finalment a dia 14 post-inoculació els animals foren eutanasiats i es cercà com s’havia propagat el virus en diferents teixits, amb particular atenció a nas i aparell respiratori.

El primer que cal tenir present és la disposició de grups a l’hora de dissenyar l’experiment. Pot ser crucial perquè ens han de donar tota la informació possible respecte el que considerem com valors de referència o controls negatius.

En el nostre cas analitzant el grup MVA-S contra el grup MVA veurem diferències degudes a l’administració de la proteïna del MERS i el seu potencial protectiu; analitzant el grup MVA versus el grup PBS veurem si l’administració d’un vector vacunal, en principi neutre, té algun efecte en la infecció per MERS-CoV; el grup PBS funciona aquí com a control positiu d’infecció, ja que abans de la inoculació del virus res ha preparat al camell per fer-hi front.

Que veiérem a ull nu? Doncs que els camells tractats amb PBS i després inoculats amb MERS-CoV mostraren abundoses secrecions nasals, nassos gotejant a partir del dia 8-10 post-inoculació, que no es veié als animals vacunats amb MVA-S. No es veié cap altra simptomatologia ni lleu, ni severa. Aquest fou el primer senyal positiu. Recordem que els camells al món real no moren de MERS, i el que volem és un model que s’assembli el més possible al món real.

Quan estudiarem la presència del virus MERS als hisops nasals i rectals dels camells tinguérem la primera confirmació. Es trobaren alts títols (quantitats grans) de MERS-CoV als animals controls (el grup PBS però també el grup MVA) i uns títols infecciosos molt inferiors als animals del grup MVA-S. La vacuna era capaç de reduir el títol i per tant el seu efecte visible, la mucositat nasal, però no de bloquejar completament el virus. A dia 8 post-infecció tant els animals del grup MVA-S com els dels grups PBS i MVA no presentaren virus infecciosos ja que s’havien començat a generar els anticossos específics contra la infecció. Als hisops rectals no es trobaren virus infecciosos en cap moment de l’experiment per cap dels animals assajats la qual cosa referma la hipòtesi que ens trobem davant un virus respiratori amb poca disseminació i per tant excreció.

La conclusió de l’estudi era que la vacunació de camells amb la vacuna MVA-S induïa una resposta immunitària protectiva, no esterilitzant; reduíem molt l’excreció nasal de virus MERS-CoV, però no l’eliminàvem completament. Però una reducció intensa en la quantitat de virus excretat suposa una disminució també intensa de la potencial transmissibilitat … cap els humans.

És probable que no es pugui anar més lluny perquè se sap que molts virus respiratoris son capaços de replicar al tracte respiratori superior en presència d’anticossos específics; de fet se sap que els camells de camp que són seropositius a MERS-CoV, que tenen anticossos front el MERS, també tenen MERS-CoV RNA a les seves secrecions nasals.

Per la poca durada de l’experiment queda pendent demostrar que aquesta immunitat es perllonga en el temps, mesos després.

Aquesta vacuna seria administrable a camells i dromedaris joves, dels que se sap que excreten més virus infecciosos MERS-CoV que els seus companys adults; a més ja que el suport vacunal, el MVA, sobre el que muntem la proteïna de l’espícula (S) del coronavirus, és un virus Vaccinia atenuat (la soca Ankara), tenim un benefici col·lateral i es que genera anticossos contra el camelpox, un cosí proper al smallpox, la verola. El virus de la verola del camell (camelpox) causa lesions a la pell del camell i una infecció generalitzada; aproximadament un 25% dels camells joves que són infectats moren; els camells de més de tres anys que s’infecten tenen una simptomatologia més benigna i sobreviuen. Aquest brots per camelpox suposen un cop fort per les economies locals; suposen la pèrdua d’exemplars joves, i fa caure la producció de llet i carn d’aquest animals a banda que no poden emprar-se com a medi de transport. Així la vacunació amb MVA-S tindria un efecte col·lateral, en aquest cas beneficiós.

CamelMers

Finalment, podria plantejar-se la seva administració després dels assajos clínics necessaris a aquells segments de la població en risc als països afectats com serien els treballadors sanitaris en contacte amb pacient infectats amb MERS i els cuidadors o personal en contacte directe amb camells.

Però com sempre, calen més dades, i en això estem.

Però aquesta, aquesta és una altra historia.

 

Per veure enllaç original… http://classic.sciencemag.org/content/351/6268/77.long

Comentaris virus-lents (148): Blanc i en ampolla? Potser no serà llet. Gestionant els grup de risc biològic.

La correcta avaluació del risc biològic (per més detalls veure https://comentarisviruslents.org/2014/04/22/comentaris-virus-lents-4-gestio-de-risc-biologic-avaluacio/) implica, en un dels passos inicials, categoritzar el patogen amb el que ens enfrontem. Per decidir quines contramesures caldrà adoptar en la seva manipulació cal primer saber si el patogen és “prou” patogen, el seu potencial de patogènia, un còctel on entren la dosi infecciosa, les rutes d’entrada en l’hoste, la gravetat de la malaltia, la potencial infectivitat o transmissibilitat, l’existència de mesures pre-exposició (vacunes) i mesures post-exposició (medicaments, antivirals, antibiòtics, etc.).

Risk assessment triad

En una entrada prèvia ja vam parlar una mica dels grups de risc (veure https://comentarisviruslents.org/2014/08/01/comentaris-virus-lents-29-grups-de-risc-nivells-de-bioseguretat-i-avaluacio-de-risc/)  i la seva relació amb la bioseguretat i la bioprotecció (relacionada amb el mal ús voluntari o inadvertit dels agents biològics). Encara que sigui una mica tediós us llisto ara una sèrie de classificacions per aprofundir en el tema i discutir-lo associat amb un tema d’actualitat. És important que es llegeixin perquè us adonareu que per una banda no hi ha cap classificació universal, cada organisme implicat i país ha adoptat la seva, però que, per altra banda, totes són molt semblants deixant únicament algunes zones grises.

 

Així, a Espanya la referència la dona el Real Decret 664/1997 sobre la protección de los trabajadores contra los riesgos relacionados con la exposición a agentes biológicos durante el trabajo.

Segons aquest document distingiríem 4 grups de risc:

  • Agent del grup de risc 1: aquell que resulta poc probable que causi una malaltia en l’ésser humà;

  • Agent del grup de risc 2: aquell que pot causar una malaltia en l’ésser humà i pot suposar un perill per als treballadors, sent poc probable que es propagui a la col·lectivitat i existint generalment profilaxi o tractament eficaç;

  • Agent del grup de risc 3: aquell que pot causar una malaltia greu en l’ésser humà i presenta un seriós perill per als treballadors, amb risc que es propagui a la col·lectivitat i existint generalment una profilaxi o tractament eficaç;

  • Agent del grup de risc 4: aquell que causant una malaltia greu en l’ésser humà, suposa un seriós perill per als treballadors, amb moltes probabilitats que es propagui a la col·lectivitat i sense que existeixi generalment una profilaxi o un tractament eficaç.

 

I ara un altre país europeu, Alemanya, que el 2013 ha implantat la seva darrera classificació:

  • Grup de risc 1: biomaterials, pels que és poc probable que causen malalties en els éssers humans;

  • Grup de risc 2: biomaterials, que poden causar malalties humanes i podrien ser un perill per als treballadors; la dispersió en la població és poc probable; és normalment possible una profilaxi o tractament eficaç.

  • Grup de risc 3: biomaterials, que causen malaltia greu en l’ésser humà i presenten un greu perill per als treballadors; el risc de propagació a la comunitat existeix, però hi ha generalment una profilaxi o un tractament eficaç.

  • Grup de risc 4: agents biològics que causen malaltia greu en l’ésser humà i que són un greu perill per als treballadors; en certes circumstàncies el risc de propagació en la població és alt; no hi ha generalment profilaxi o tractament eficaç.

 

Segons el Ministeri de Sanitat canadenc (més pròpiament la Public Health Agency of Canada); es pot veure a: http://www.phac-aspc.gc.ca/publicat/lbg-ldmbl-04/ch2-eng.php la categorització seria la següent:

  • Grup de risc 1 (baix risc individual i comunitari) engloba a qualsevol agent biològic que és poc probable que causi malaltia en els treballadors o els animals sans.

  • Grup de risc 2 (risc individual moderat, risc poblacional baix) correspon a qualsevol agent patogen que pot causar malaltia en humans, però, en circumstàncies normals, és poc probable que sigui un seriós perill pel personal de laboratoris, la comunitat, la ramaderia i el medi ambient. Les exposicions laboratorials poques vegades causaran infecció conduint cap a la malaltia greu; tractament i les mesures preventives eficaces estan disponibles, i el risc de propagació és limitat.

  • Grup de risc 3 (alt risc individual, baix risc comunitari) correspondria a qualsevol agent patogen que provoca generalment una malaltia humana greu o pot donar lloc a greus conseqüències econòmiques, però que no es transmet per contacte casual d’un individu a un altre, o que causa malalties tractables pels agents antimicrobians o antiparasitaris.

  • I finalment Grup de risc 4 (risc individual alt, alt risc comunitari), inclou qualsevol patogen que sol produir malaltia humana molt greu, sovint intractable, i pot transmetre’s fàcilment d’una persona a una altra, o d’animals a humans o a l’inrevés, directament o indirectament, o per contacte casual.

 

Segons el NIH, National Institutes of Health, dels EEUU, 2013 que es pot veure a: http://osp.od.nih.gov/sites/default/files/NIH_Guidelines.html la classificació seria la següent:

  •  Grup de risc 1 (Risck Group, RG1) Agents que no estan associats amb malalties en humans adults sans.

  • Grup de risc 2 (RG2) Agents que estan associats amb malalties humanes que són rarament greus i per les quals mesures preventives o terapèutiques estan freqüentment disponibles.

  • Grup de risc 3 (RG3) Agents que estan associats amb malalties humanes greus o letals per les quals mesures preventives o terapèutiques poden estar disponibles (alt risc individual però baix risc comunitari)

  • Grup de risc 4 (RG4) Agents que puguin causar malalties humanes greus o letals per les quals no hi ha disponibles mesures preventives o terapèutiques (alt risc individual i l’alt risc comunitari)

 

I finalment, segons la Organització Mundial de la Salut (OMS) parlaríem també de 4 grups de risc amb les seves definicions particulars (segons WHO Classification of Infective Microorganisms by Risk Group, 2004) que són les següents:

  • Grup de risc 1 (sense risc o de baix risc individual i comunitari). Conté tot microorganisme que és poc probable que causi malalties humanes o animals.

  • Grup de risc 2 (risc individual moderat, baix risc poblacional) inclou tot patogen que pot causar malalties humanes o animals, però és poc probable que sigui un seriós perill per als treballadors de laboratori, la comunitat, la ramaderia i el medi ambient. Les exposicions laboratorials poden causar infecció greu, però hi ha disponibles tractaments eficaços i mesures preventives i el risc de propagació de la infecció és limitat.

  • Grup de risc 3 (alt risc individual, baix risc comunitari), inclou tot patogen que provoca  generalment una malaltia humana o animal greu, però que no es transmet d’un individu infectat a un altre. El tractament eficaç i les mesures preventives estan disponibles.

  • Grup de risc 4 (alt risc individual i comunitari). Un patogen que provoca generalment una malaltia humana o animal greu i que es pot transmetre fàcilment d’una persona a una altra, directament o indirectament. No solen haver disponibles tractaments eficaços i mesures preventives.

 

I ara, parlem del virus Zika. Zika és un virus que s’està estenent a cavall d’un vector per nosaltres bastant conegut, Aedes aegypti, cosí proper del mosquit tigre Aedes albopictus, per tota Sudamerica i que a les darreres informacions ha arribat ja al Carib. Si mireu l’entrada https://comentarisviruslents.org/2015/12/13/comentaris-virus-lents-144-a-les-ameriques-el-virus-zika-pot-fer-mal/ veureu que es tracta d’un virus pel qual no hi ha vacuna ni tractament específic adient.

Aquest virus està qualificat com un virus de Grup de Risc 3 (GR2), tanmateix els efectes no previstos que s’estan veient a Brasil (mirar entrada https://comentarisviruslents.org/2015/12/27/comentaris-virus-lents-147-brasil-ara-no-es-pais-per-a-nadons/) el faria caure més aviat en el grup de risc 3 (GR3).

De tota manera, tots els virus transmesos per vectors artròpodes són un pèl menystinguts perquè s’accepta que majoritàriament la seva via d’entrada és a través de picada de artròpode infectat i es descarten perillositat per via aèria (aerosols).

Això ens demostra que fins a cert punt la qualificació dels patògens en GR i per tant els nivells de bioseguretat associats són una convenció (sense intenció pejorativa). Un altre exemple el tenim amb el MERS coronavirus (podeu trobar diverses entrades si feu servir el cercador al mateix blog). El MERS coronavirus és un virus indubtablement letal (altra cosa és la seva transmissibilitat dels camells als humans) pel qual no hi ha encara cap mena de vacuna ni tractament post-exposició i tanmateix el tenim catalogat com un GR3…I aquest seria un cas actual, també podem recórrer a un cas de fa deu anys també bastant semblant…el SARS coronavirus, també letal i sense vacuna disponible i que encara està categoritzat com un GR3, manipulable llavors en instal·lacions de nivell 3.

Que sigui una convenció no vol dir que sigui del tot incorrecte o que no hi hagi una raó última. Pujar el nivell de risc de SARS o MERS de 3 a 4 implica que desenes, centenars de laboratoris quedarien descartats de bon principi i per tant les instal·lacions i personal disponible per treballar en un major coneixement del virus i en el disseny i testatge de vacunes passaria a ser del tot insuficient. Hi ha molt poques instal·lacions de nivell de bioseguretat 4 a Europa o al món. De fet un dels motius que han alentit la recerca amb virus de febre hemorràgiques com l’Ebola ha estat el poc nombre de instal·lacions disponibles per fer la recerca i el posterior testatge del prototips vacunals en animals d’experimentació.

A la vista del que se sap i també del que no se sap però s’ensuma apujar la categorització de risc de Zika de nivell 2 a nivell 3, per treballs de recerca i diagnostic em semblaria una errada greu. Altra cosa seria l’experimentacio amb el vector, el mosquit, que sí deixaria resclosa a un nivell 3, més que res pel risc que mosquits potencialment infectius arribin al medi ambient.

En aquestes definicions i categoritzacions, com en molts temes de bioseguretat estem caminant pel tall de la navalla…d’una manera controlada i conscient, això sí.

 

Però aquesta, aquesta és una altra història.

englisch_biostoffv-G-wordml02000001

Comentaris virus-lents (139): CReSA dins del mapa ICTS? I que és una ICTS?

La ciència es pot fer amb pocs mitjans, però bons plantejaments, millors preguntes i un molt de cervell. Tanmateix molta de la ciència actual necessita grans mitjans…i molt de cervell per aprofitar-los.

 

A Espanya, a Catalunya, tenim també grans mitjans si bé mancats de la priorització que els caldria per part d’uns governs centrals que mai han entès que la ciència i la recerca (no militar) és un benefici per a la societat, a present i a futur. En les darreres dècades, a Espanya i a Catalunya, s’han construït i han començat a operar una sèrie d’infraestructures  i equipament científic-tècnic, amb la finalitat de ser líders als seus camps, captar talent i atreure activitats empresarials de R+D+i.

 

Per racionalitzar i permetre sinèrgies i col·laboracions entre aquestes infraestructures s’ha construït un mapa de Infraestructuras Científicas y Técnicas Singulares (ICTS). La presència d’una infraestructura en aquest llistat vol dir estar davant d’una infraestructura de titularitat pública; haver passat una avaluació independent per experts internacionals; ser única al seu gènere, amb costos d’inversió, manteniment i operació molt alts (un mínim de 10 milions d’euros d’inversió acumulada en actius tecnològics) i estar oberta a l’accés d’investigadors d’institucions públiques o privades. Per tant no estar-hi no vol dir no fer bona ciència si no absència de compliments dels paràmetres anteriors. La idea d’aquest mapa és fer-ho visible a la societat, a altres centres de recerca i a les empreses, per potenciar les seves capacitats mitjançant una millor coordinació entre elles, evitar la seva obsolescència, evitar redundàncies (si n’hi ha una ICTS ja activa no es farà una altra equivalent sense aprofitar abans al màxim la ja existent) i aconseguir la implicació del sector industrial. El mapa actual (2013-2016) es va aprovar a finals del 2014 i substitueix el primer mapa, creat el gener del 2007, i és un mapa obert, que pot incorporar noves infraestructures si compleixen els criteris però també pot fer fora aquelles que no els compleixin.

 

Les ICTS cal que comptin amb una Pla Estratègic quadriennal que sigui sotmès a revisió periòdica, establint periòdicament objectius, estratègies i recursos. També ha de tenir constituït un Comitè Científic Assessor amb experts internacionals i comptar amb esquemes i personal de gestió professionals.

 

Aquestes ICTS  han de tenir mecanismes d’accés públics i transparents de manera que tot personal investigador pugui presentar propostes d’activitats que un cop avaluades, si demostren prou qualitat científica i/o tecnològica seran prioritzades a la seva realització.

 

Les ICTS (un total de 59 centres agrupats en 29 ICTS) es reparteixen en 8 àmbits: astronomia i astrofísica; ciències del mar, de la vida i de la terra; ciències de la salut i biotecnologia; tecnologia de la informació i les comunicacions; energia; enginyeria; materials; i ciències socio-econòmiques i humanitats. Aquelles ICTS amb una única localització, un únic edifici, s’anomenen Infraestructuras con localización única; altres poden formar part d’una Red de Infraestructuras (RI) o constituir-se com una Infraestructura Distribuida (ID), depenen del nivell d’integració i coordinació de les seves capacitats.

 

A Catalunya n’hi ha 10 d’aquestes ICTS, que serien també les ICTS en una Catalunya independent si apliquéssim els mateixos criteris, amb algunes incorporacions de centres de l’esfera CERCA (una de les exitoses eines catalanes sense contrapart a Espanya). Estem parlant, entre altres, del CNAG (Centre Nacional d’Anàlisi Genòmica), del Barcelona Supercomputing Center (BSC), del Sincrotró ALBA…i del Centre de Recerca en Sanitat Animal (CReSA).

 

CReSA entra al Mapa de les ICTS per constituir, juntament amb el CISA (Centro de Investigación en Sanidad Animal) una xarxa de dos nodes, la xarxa de Laboratoris d’Alta Seguretat Biològica (red de Laboratorios de Alta Seguridad Biológica, RLASB). Som dues institucions que ens dediquem a la recerca en patògens animals però també zoonòtics, per tant afectant a humans, alguns d’elles extremadament perillosos (influenza aviaria, virus de febres hemorràgiques, West Nile Fever Virus, Chikungunya, MERS Coronavirus, prions, etc.).  Els dos centres formen també part de la Red de Laboratorios de Alerta Biológica (RELAB), per més detalls veure entrada 125 https://comentarisviruslents.org/2015/07/19/comentaris-virus-lents-125-irta-cresa-dins-la-relab-umm-que-es-la-relab/.

 

Com a xarxa CReSA i CISA hauran de bastir un pla estratègic conjunt encara que mantindran autonomia en les seves activitats. Aquesta xarxa hauria de permetre un millor accés a les capacitats de maneig experimental amb patògens perillosos per promoure la recerca en vacunes, teràpies post-infecció i un millor coneixement de les malalties que aniran trucant a la nostra porta els propers anys.

 

Que això sigui així depèn de tots nosaltres però principalment dels organismes rectors i finançadors de la ciència a Espanya…i a Catalunya.

 

Però aquesta, aquesta és una altra historia.

 

Per saber més d’aquesta però també altres ICTS pitjar enllaç   http://www.idi.mineco.gob.es/stfls/MICINN/Innovacion/FICHEROS/ICTS_esp.pdf

Comentaris virus-lents (135): Bioseguretat a Catalunya; entrenant, sembrant als futurs formadors.

Les últimes emergències virals mediàtiques (Ebola, MERS-Coronavirus, Chikungunya) no fan més que alimentar la necessitat d’una bona pràctica en el disseny, ús, manteniment de laboratoris o instal·lacions que treballin amb patògens d’elevada perillositat i greus conseqüències en cas del seu alliberament involuntari o malintencionat. També en el transport de materials infecciosos (no solament mostres valuoses, si no, el que és més important, encara que només sigui volumètricament, els residus infecciosos), en la correcta selecció i l’adequat ús dels equips de protecció individual (EPIs), en una adequada gestió del risc biològic, en l’adequada selecció dels processos de desinfecció i descontaminació, i en una gestió eficient i transparent dels accidents i les emergències, entre altres temes.

InfectiousSymbol

Per segon any una visió moderna i actual de tots aquests temes ha estat donada dins el marc del Postgrau “Estrategias en bioseguridad y biocontención” organitzat per la Universitat Autònoma de Barcelona, entre els dies 5 i 9 d’octubre, en sessions de matí i tarda, amb suports pràctics. El temari del Postgrau reflecteix fil per randa allò enumerat al paràgraf anterior i compta addicionalment amb una visita intensiva a les instal·lacions de IRTA-CReSA, una instal·lació de alta seguretat biològica de primer nivell europeu ubicada a Catalunya.

Aquest any he tingut el plaer novament de participar parlant de la guia CWA 15793 sobre “Gestión del riesgo biológico”, una guia que integra els conceptes de gestió de la qualitat i millora continua camb un enfocament principal sobre la gestió de la bioseguretat i la bioprotecció, però aquest és un altre tema que tractarem en el futur.

El que vull parlar és de la necessitat de formar personal en aquest camp. Les emergències biològiques continuaran succeint-se en el futur, amb major o menor cobertura mediàtica. Per informar adequadament a la població caldria que a tots els nivells hi hagués gent que entengués com es gestiona la bioseguretat, la biprotecció, com es maneguen els patògens, i el que és més important que una gestió “perfecte” del risc biològic no implica risc “zero” si no un reducció molt significativa del mateix que no evita, però, possibles accidents i/o conductes malèvoles. I quan dic tots els nivells, vull dir tots els nivells: policia, serveis d’emergències, funcionaris del Departament de Salut, responsables de prevenció a hospitals, membres de gabinets de comunicació, periodistes, etc.

Pel professorat que no quedi, però; per fer la formació més propera el Postgrau es limita a un màxim de quinze alumnes; aquest any han estat dotze alumnes, alguns d’ells iberoamericans. L’èxit del curs es mesura per l’opinió de l’alumnat i aquesta, per segon any, ha estat molt positiva com mostren les mètriques dels qüestionaris (l’estructura i contingut del curs, la qualitat dels continguts i del material docent, les visites i sessions pràctiques, i l’adequació a les expectatives han superat una puntuació de 9 sobre 10).

Qui vulgui saber més pot entrar a l’enllaç http://www.uab.cat/web/postgrado/curso-en-estrategias-en-bioseguridad-y-biocontencion/informacion-general-1206597475768.html/param1-3045_es/param2-2012/ que detalla el programa d’aquest curs ja passat.

Pel proper curs segur que es farà algun canvi per millorar-lo, o per entrar temes nous de resultes de les alertes biològiques que es generin. Pel que el risc biològic i la seva gestió, com tot a la vida, muta contínuament.

Però aquesta, aquesta és una altra historia.

Comentaris virus-lents (132): Persistència ambiental d’agents patògens selectes Categoria A.

L’alliberament de patògens letals amb finalitats bioterroristes pot tenir efectes devastadors, provocant un daltabaix social amb pèrdues de vides humanes, carestia de menjar, mortalitat de ramats, i desbaratament de la economia. Aquest potencial és tan més gran quan més es coneix agent i malaltia i més fàcil de manipular o exacerbar és (per tant és màxim ara, encara que les contramesures també han avançat espectacularment).

Un agent biològic potencialment “útil” ha de ser fàcilment produïble i dispersable (aire, aigua, menjar, terres i fomites), ha de causar un efecte retardat i poc traçable (a diferència dels agents químics i de moltes toxines, l’efecte depèn de la replicació dins l’hoste, la qual cosa garanteix un retard de dies, si no setmanes, des de la dispersió a l’aparició de simptomatologies), i ha de ser prou mortal o incapacitant per suposar un repte sanitari o social de primer ordre ja que el que es cerca es generar nerviosisme o histèria, potser més que el dany directe produït.

bioterrorism signal

D’això explicat és evident que una part important de l’efecte d’un agent bioterrorista estarà lligat a la seva capacitat de persistència o viabilitat en el medi ambient en el que sigui alliberat. Alhora, la inactivació o pèrdua de viabilitat en aquestes circumstàncies  tenen a veure amb els processos de descontaminació a seguir a les àrees afectades, i a la delimitació de les mateixes. A més, a l’hora d’alliberar l’agent pot ser que es faci servir una via que no sigui “natural” permeten que el patogen entri també a l’organisme per una via no clàssica. El potencial de transmissió, doncs, estarà lligat al mètode de transport o disseminació i la persistència del patogen en el medi ambient particular en el que sigui alliberat.

No tots els agents biològics tenen potencial bioterrorista. Aquells que ho tenen, pels seus efectes intrínsecs però també pels extrínsecs (socials) se inclouen a la “Category A Select Agents” del Centre de Control de Malalties (CDC, Centers for Disease Control, en anglès). Aquest agents són els virus de la verola, l’antrax (Bacillus anthracis), la pesta (Yersinia Pestis), Franciscella tularensis (agent causal de la tularèmia) i els agents virals causants de febres hemorràgiques (febre de Lassa, febre hemorràgica de Junin, febre hemorràgica veneçolana dins la família Arenaviridae; hantavirus dins la família Bunyaviridae; febres hemorràgiques d’Ebola i Marburg a la família Filoviridae; encefalitis de Sant Louis i encefalitis Japonesa tipus B per la família Flaviviridae). Tanmateix hi ha agents que no estan a la llista que podrien ser emprats com agents bioterroristes com el SARS o el MERS Coronavirus, per exemple.

Tots els patògens esmentats poden arribar al medi ambient a través de les secrecions o excrecions d’animals o persones infectades, en alguns casos a concentracions prou elevades. Des de la seva sortida a l’exterior el patogen es veurà afectat per una sèrie de factors fora del seu control com la temperatura, l’humitat relativa, dessecació, efecte de la radiació ultravioleta. El factor clau, la temperatura; particularment pels agents que no podem replicar-se o propagar-se a l’exterior, com serien els virus, com més alta és la temperatura més progressa la inactivació, menys virus quedaran disponibles per infectar persones o animals. La inactivació durant la dessecació dels aerosols o de l’aigua en la que està l’agent, influïda a l’hora per la humitat relativa ambiental té també importància quan parlem d’aerosols o fomites.

Per poder fer comparacions els investigadors recorrem a paràmetres com T90 o T99, que podrien traduir com el temps necessari per que caigui la infectivitat un 90 o un 99% respectivament. Un 90% de caiguda d’ infectivitat, que restin 10 partícules infeccioses on inicialment havien 100, també pot expressar-se con 1 log10R (1 logaritme de reducció del títol infecciós); un 99% d’inactivació, són doncs 2 log10R. Aquestos càlculs es fan assumint en molts casos que les cinètiques de inactivacions són lineals, és a dir, si un agent té una T90 de 1 dia, la T99 serà de dos dies…i la T99,99 seria de 4 dies. Els que ens dediquen a estudiar la inactivació vírica i bacteriana sabem que no és ben bé així, però de vegades cal treballar amb la brotxa grossa, amb traç gruixut. Anem ara a donar algunes dades de persistència de patògens “letals” en diferents ambients on podrien ser dispersats…

Aerosols: Les formes vegetatives bacterianes són molt més sensibles que les espores bacterianes; de la mateixa manera els virus amb embolcall pateixen durant la formació (moltes vegades implica una liofilització, amb deshidratació prèvia) i exposició de l’aerosol la inactivació per pèrdua de contingut d’aigua i acció radiació ultravioleta. Cal comptar que del títol inicial que es liofilitza es passarà a un títol que pot ser significativament inferior; addicionalment, durant els primers minuts de l’aerosolització s’ha descrit una inactivació major que en moments posteriors. Les formes de resistència, les espores, però, poden persistir per molts mesos a l’aigua de llacs, mars, a la llet i per anys, dècades inclús, en papers o tèxtils, però també a sols i terres. Yesinia pestis presenta T90 i T99 de 30 minuts i 60 minuts respectivament a 26ºC i 50%  d’humitat relativa (HR). En funció de la HR aquestos valors canvien; per HR per damunt del 85% la supervivència és menor. Pel virus Vaccinia, un model del virus de la verola, a 22ºC i 20% HR els valor de T90 i T99 són 55 hores i 5 dies aproximadament, i a les pitjors condicions (32-33ºC) calen 9 hores per assolit T90. Per Franciscella tularensis els valors mitjans estan en un màxim de 2 hores per T90. Pels virus hemorràgics (Arenaviridae, Flaviviridae,…) a temperatures sobre els  20-25ºC els valors de T90 es mouen entre 1 i 2 hores. Sense que sigui un comportament general sembla que HR mitges o baixes (per sota 50%) afavoreixen persistència de virus i bacteris en forma aerosolitzada.

bioterrorism

Fomites:: La persistència en fomites està lligada a les pròpies característiques de la fomite, o superfícies, de la temperatura i de la HR. A tall d’exemple no són el mateix superfícies poroses com fustes, tèxtils i papers que superfícies no poroses com plàstics, acer inoxidable, alumini, vidre. Yersinia pestis manté millor la seva viabilitat en superfície poroses com el paper (a 20ºC la T90 està en 12-24 hores; si han arribat a la fomite 106 bacteris (un milió de bacteris) caldran un mínim de 6 dies, si la inactivació és lineal, per poder començar  a assumir que aquesta fomite no pot propagar la infecció). Per Franciscella, a 25ºC en metall, la T90 està entre 15 i 87 hores depenent de la HR; pels virus hemorràgics entre 1 i 2 hores i pel virus Vaccinia, T90 de 100 a 180 hores.

Aigües: Clarament el medi en el que s’han fet menys estudis; abunden però els estudis per patògens vírics i bacterianes de transmissió fecal/oral; aquests patògens de Categoria A també poden secretar-se i excretar-se i arribar a rius i llacs. A més tant Franciscella turalensis com Bacillus anthracis poden propagar-se en el medi ambient en absència d’hoste. Yersinia pestis és capaç de persistir per 16 dies en aigües, i si aquestes s’aerosolitzen poden ser infeccioses; novament la ingesta no té una gran capacitat de transmissió, ja que no és la ruta habitual de transmissió. La persistència d’espores de Bacillus anthracis és espectacular i es xifra en dècades o segles. Les formes vegetatives però tenen T90 d’uns pocs dies. Altre cop, la ruta de entrada, “massa original” dificulta molt la posterior infecció. Per virus de la família Hantavirus es precisen de 20 dies per assolir caigudes de 99,9%. Vaccinia virus té T90 de 3 a 5 dies depenent del tipus d’aigua, a temperatures de 19-23ºC.

Terres: Pels virus, els terres funcionen com les fomites i estan subjectes als mateixos agents: temperatura, HR (o activitat d’aigua). Bacillus i Franciscella poden propagar-se en condicions favorables. Y.pestis pot persistir per més de 10 mesos a sols a 4-8ºC, a terres amb un adequat contingut de matèria orgànica i humitat, i per més de 3 mesos a 20-22ºC. Les espores de Bacillus poden persistir per anys, més enllà de la nostra vida.

De tot allò mostrat es poden extreure unes poques generalitzacions:

  • Totes les dades s’han d’agafar amb prevenció; recordem que les cinètiques no són lineals, que és molt habitual una forta inactivació inicial i una lenta inactivació posterior de les partícules infeccioses restants. Si de cas les dades s’han d’agafar com valors mínims, períodes de temps mínims.
  • Sembla que l’estabilitat està promoguda en els ambients aquàtics (particularment favorables per Franciscella tularensis) i és més reduïda en els processos d’aerosolització i persistència en fomites. Com si diguéssim (sobre tot pels virus i les formes vegetatives) la dessecació és garantia raonable de reducció intensa de l’infectivitat.
  • La forma aerosol és transitòria, i “ràpidament” es diposita sobre superfícies líquides (aigües), o fomites (superfícies sòlides). D’aquests compartiments poden tornar-se a donar fenòmens d’aerosolització.
  • Els virus, però, semblen més estables en forma aerosol que les formes vegetatives bacterianes.
  • Vaccinia (model de la verola) i les espores de anthracis són els agents bioterroristes més estables a les condicions mediambientals, en forma natural, no modificada.

Poques conclusions i potser massa generals, pensareu, no?. Però és el que sovinteja a la microbiologia ambiental i més quan bona part de les dades estan classificades.

Però aquesta, aquesta és una altra història.

Comentaris virus-lents (129): “España tambien quiere manipular los virus mas peligrosos.” El País…Parlem-ne un xic.

Un article benintencionat, aquest aparegut en data 6 d’agost del 2015, però amb algunes errades o mancances d’informació i que no entra al fons del tema.

Algunes imprecisions; el nivell P3 no és “el nivel de bioseguridad que permite manipular agentes capaces de provocar graves enfermedades al ser humano”; és massa reduccionista; és el nivell que permet manipular agents capaços de provocar greus malalties als esser humans i que poden provocar problemes a la col·lectivitat, però enfront dels quals hi ha (quasi sempre) mesures profilàctiques o terapèutiques disponibles.

Un reduccionisme absurd el trobem poc mes endavant: “Un ejemplo de los mecanismos (de control de patógenos) empleado es la presión negativa del laboratorio que  hace que las partículas del ambiente se vean empujadas hacia el interior de la instalación de máxima seguridad”. Fantàstic…i què? Que traiem que vagin cap endins, potser la instal·lació es pot anar inflant per acumular aquest aire de forma indefinida? Manca l’element més important. Aquesta pressió negativa que obliga a una entrada continuada d’aire de manera que el patògens no pugui escapar contracorrent (recordem, el patògens no tenen ales ni peus) implica un posterior tractament de l’aire en algun punt de la instal·lació mitjançant filtres absoluts, filtres HEPA (de High Efficiency Particulate Air), que retenen les partícules, al final els patògens no són mes que partícules, i deixen sortir l’aire estèril. Sense aquest afegit l’explicació perd tot el seu sentit.

Ara, l’asseveració que “en pleno agosto…”hay menor riesgo de problemas” em sembla (cert que no disposo de les dades epidemiològiques a mà ara mateix, però si hi ha algú que em pugui desmentir, perfecte) d’una lleugeresa extraordinària. Sembla més aviat que es tracta que ja que el Pisuerga passa per Valladolid (la gent fa vacances a l’agost) fem el tancament aleshores. Mai és temporada baixa per les malalties infeccioses. De fet, a l’estiu és quan més malalties importades podem tenir, ja que es quan els espanyols i els catalans van de vacances a indrets exòtics. Em sembla inversemblant…i perillós per un centre dedicat a la salut publica. També és possible que el periodista ho hagi entès malament però l’aturada tècnica no acabi de ser total, com s’insinua a l’article.

És evident que un NBS3 (o BSL3, Biosafety Level 3, en anglès, la denominació P3 és incorrecta) és suficient per fer el tractament inicial de mostres diagnòstiques de malalts d’Ebola, Chikungunya, WNV o Crimean Congo, per un cop inactivades (habitualment amb tampons de lisi) ser portades a NBS2, un nivell de bioseguretat inferior. De fet hi ha diversos centres amb nivell NBS3 a Espanya (sobta però que no hi hagi un catàleg o un llistat d’aquestes instal·lacions que sigui públic); un altre, el més gran, i que disposa d’una zona adaptada per treballar com a NBS4 (en parlarem més endavant) és el CISA a Valdeolmos. Un centre al que se l’ha negat més d’un inversió per actualitzar i mantenir el seu potencial. Un altre, una estructura d’estat, la tenim també a Catalunya i és el CReSA, Centre de Recerca en Sanitat Animal, a Bellaterra, que podria fer exactament el que està fent ara mateix el ISCIII, i que es va dissenyar i construir en el seu moment per poder treballar també amb el virus de la febre aftosa, el virus de nivell 4 en el camp de la sanitat animal (no oblidem que al capdabaix, els humans som animals).

De grups de risc (abreujat GR) de patògens i nivells de bioseguretat se’n podria parlar molt, perquè l’equivalència no és total. De fet el grup de risc 4 es reserva per patògens letals per l’especia humana i que suposin un greu perill per la col·lectivitat (perquè siguin fàcilment transmissibles) i enfront dels quals no hi ha vacuna ni mesures terapèutiques disponibles. És evident que l’Ebola ho és (o ho era, mireu entrada anterior) però no és menys cert que el SARS i el MERS compleixen les mateixes premisses i han estat catalogat com a GR3 manejables doncs en un nivell 3 de bioseguretat. I ara jo em pregunto, en les condicions de treball de personal sanitari enfront Ebola als països afectats, sense pressió negativa, ni vestit integrals de pressió positiva, ni dutxes químiques, i en fi, no veig condicions NBS4 per enlloc. De fet el salt fonamental entre NBS2 i NBS3 no està tant en un increment de la protecció de l’operador si no en un control exhaustiu dels paràmetres (d’enginyeria i de protocol) per evitar la sortida del patogen a l’exterior. De la mateixa manera entre NBS3 i NBS4 les diferencies no rauen tant en les barreres físiques per evitar la sortida del patogen, que s’apliquen ja a la majoria dels NBS3 actuals, com en l’ increment de la protecció individual al treballador.

De tota manera el que m’encén algunes alarmes és la possibilitat de fer un NBS4 a Espanya. No cal dir que en la meva opinió, en una Catalunya independent, no caldria un NBS4; sí que li veuria sentit a tenir catalans fent training en algunes de les instal·lacions ja existents a Europa, Hamburg, però també el Karolinska a Suècia (que va estar a punt de tancar per restriccions pressupostaries), o a Gran Bretanya (encara que la seva sistemàtica de treball no és la continental) mitjançant convenis entre institucions o governs. Per alarmes i diagnòstics un NBS3 seria més que suficient i sempre es podria enviar a aquesta gent (ja prèviament entrenada) a col·laborar en la recerca a la instal·lació europea designada. Això sí que seria FER Europa. Però és que a més ja ens coneixem a Espanya. La viabilitat d’una instal·lació NBS4 és difícil durant la seva construcció perquè, com molt bé esmenta l’article, els NBS4 (ni que siguin “petits”) són “muy costosos y requieren un personal extremadamente cualificado”. Es diu que un NBS3 triplica o quadruplica les despeses de construcció d’un laboratori normal NBS2. Doncs per un NBS4 encara és pitjor. Però el pitjor del pitjors, des d’el punt de vista pressupostari, és que després de les proves es posi en marxa el centre. Les despeses de manteniment poden ser de 6 a 8 vegades més elevades que les d’un laboratori normal…i no el pots aturar. Ha de funcionar 365 dies a l’any durant 24 hores. Certament, pots aturar-lo si fas una aturada tècnica, en la que deixes de treballar però continués pagant sous i moltes de les despeses fixes (electricitat, per mantenir la pressió negativa per exemple). Dit altrament, un sospita que un país com Espanya es comportaria com amb els AVEs, faria una despesa faraònica en una instal·lació costosa i després drenaria els recursos que calgués d’altres partides de recerca, o d’altres centres, per mantenir-lo obert, per la publicitat negativa que implicaria tancar-lo. Igualito, igualito que amb els AVEs que han rebut moltes partides pressupostàries que haurien d’haver-se adreçat a un transport ferroviari estatal de mercaderies, al famós corredor ferroviari mediterrani o a les Rodalies de Barcelona, per exemple.

Una manera futura de malbaratar recursos. Hipotètica, tot s’ha de dir, per ara. Però potencialment #MarcaEspaña. I d’això a Catalunya tenim proves dia rere dia.

Però aquesta, aquesta és una altra història.

Comentaris virus-lents (121): Entrenant-se per caminar pel tall de la navalla.

Nova edició del curs de Post-grau en Estrategias en Bioseguridad y Biocontención. El primer es va celebrar amb èxit, i una espectacular bona valoració per part de l’alumnat, el passat octubre, del 2014. Aquest any, amb una reformulació de continguts se celebra la segona edició, en la Facultat de Veterinària de la Universitat Autònoma de Barcelona, ​​i en les instal·lacions de l’IRTA-CReSA (Centre de Recerca en Sanitat Animal).

A més dels professors de la passada edició s’ha obert la porta a professionals de reconegut prestigi amb molts anys d’experiència en camps com la filtració d’aire HEPA (high efficiency particulate air) i disseny de cabines de seguretat biològica, mètodes físics i químics de desinfecció i esterilització, normativa de transport de materials biològics, i equips de protecció individual, entre altres. Tot això acompanyat per personal que treballa dia a dia en instal·lacions d’alta seguretat biològica, que pot donar no només un coneixement teòric sobre el disseny, construcció, validació operativa i funcionament de les mateixes si no el dia a dia, la gestió de les activitats i de les potencials incidències.

Un curs altament recomanable per a tots aquells que volen iniciar-se amb una bona base en el món de la bioseguretat o la biocontenció; o per aquells que ja tenen aquesta base, però que vulguin veure enfocaments o punts de vista diferents a temàtiques concretes. Perquè ningú ho sap tot, de totes les maneres possibles. I perquè a la solució adient es pot arribar transitant per camins diversos.

Però aquesta, aquesta és una altra història.

Per més detalls es pot consultar l’enllaç: http://www.uab.cat/web/postgrado/curso-en-estrategias-en-bioseguridad-y-biocontencion/informacion-general-1206597475768.html/param1-3045_es/param2-2012/

Comentaris virus-lents (103): Qui fou Jordi Casals Ariet?

Qui era Jordi Casals Ariet? Un català de Viladrau (Osona) amb una trajectòria vital un pel novel·lesca, com la de molts quan grates una mica, que el 1969 va estar a punt de perdre la vida (morí un col·laborador seu, a la Universitat de Yale) al manipular un parell de vials de sèrum de dues missioneres mortes a un llogaret de Lassa (Nigèria) abans de descobrir el virus de Lassa, un virus transmès vectorialment, a través de mosquits.

El virus de la Febre de Lassa és un dels virus que causa febres hemorràgiques, i el seu descobriment va ser tan sorprenent com molts altres en la història de la virologia. Inicialment les tasques amb les mostres de les persones infectades i l’aïllament del virus es desenvoluparen a la Universitat de Yale, un centre aleshores de reconegut prestigi en el camp de les malalties arbovirals (transmeses per vectors). La greu infecció patida per en Jordi Casals i la mort posterior d’un col·laborador, van obrir una nova era en la investigació de malalties infeccioses als laboratoris, ja que van adoptar més mesures de seguretat, aïllament i protecció. De fet la recerca sobre aquest virus es va acabar en un laboratori de màxima seguretat, els ja existents Centres per al Control i Prevenció de Malalties (CDC) a Atlanta.

pub298w417_59720jordi_lgJordi Casals-Ariet va néixer a Viladrau, Girona, el 15 de maig de 1911. Va servir a l’exèrcit abans d’obtenir el seu títol de metge a la Universitat de Barcelona en 1934. Després d’una passantia allà, en Jordi Casals es va mudar a Manhattan i va treballar a la Universitat de Cornell, al Medical College entre 1936 i 1938, quan es va incorporar a l’Institut Rockefeller d’Investigació Mèdica, també a Manhattan.

En Jordi Casals utilitzà les tècniques rudimentàries disponibles llavors (la hemaglutinació i la tècnica de inhibició del complement, encara emprades) per començar a classificar els virus. Quan es van desenvolupar mètodes més sofisticats (bàsicament tècniques de biologia molecular), la immensa majoria de les seves troballes i classificacions van quedar confirmades, mostra de la seva meticulositat. En bona mesura, el camp de la taxonomia viral es va desenvolupar a partir de la feina feta per en Jordi Casals. A més va ser el primer en identificar els alfavirus i els flavivirus (virus de la febre groga, del dengue,…) i la llegenda el fa responsable de l’acrònim arbovirus (de arthropod borne viruses), o virus transmesos per artròpodes (no només mosquits, també paparres, puces i d’altres.

Entre altres mèrits, va recolzar i potenciar l’establiment d’estacions de camp de l’Institut Rockefeller a tot el món que permeteren els científics la recollida de mostres de persones i animals i treure profit del seu posterior enviament cap el grup del Dr. Casals, per aïllar i identificar les virus que contenien.

Quan la Fundació Rockefeller va traslladar el seu programa relatiu a les infeccions transmeses per insectes de Nova York a la Universitat de Yale, a New Haven, Connecticut, el 1964, el Dr. Casals es va convertir en professor d’epidemiologia allà, on continuà fins a la seva jubilació el 1981. Aleshores, l’inquiet Dr. Casals es va unir a la Mount Sinai School of Medicine a Manhattan, on es va mantenir actiu fins a la seva mort.

Va ser a la Universitat de Yale, el 1969, on van arribar les mostres de sang de tres infermeres missioneres estadounidenques que havien emmalaltit al nord de Nigèria, en un llogaret anomenat Lassa. Dues de les infermeres van morir allà. La tercera, de nom Lily Pinneo, que havia tingut cura de les seves dues col·legues a Nigèria, va volar de tornada als EEUU, a Nova York on va ser ingressada i es recuperà després d’una hospitalització de més de dos mesos.

El equip de Jordi Casals ja coneixia que les mostres procedien de persones infectades per un virus i que patien una malaltia que produïa febres molt altes (41ºC), úlceres a la boca, erupcions a la pell amb petites hemorràgies, pneumònia i altres problemes, i que dues d’elles havien mort.

En aquella època (i encara ara amb totes les mesures tecnològiques disponibles) treballar amb aquestes mostres era força arriscat. De fet hi havia un degoteig de casos de infeccions laboratorials, de morts per febre groga o per poliomelitis, aleshores encara prou estesa pel món. En Jordi Casals ho coneixia però com va indicar en una entrevista: “We were aware of the dangers of our research, but we had commitments to the doctors and patients.” És a dir: “Érem conscients dels perills de la nostra investigació, però teníem compromisos amb els metges i els pacients”.

L’equip de Casals va aïllar el virus del sèrums de les persones afectades i va demostrar que era un virus nou. Per costum, es va nomenar el virus pel lloc on va ser detectat per primera vegada, en aquest cas, de Lassa, un poble nigerià a uns 150 quilòmetres al sud del Sàhara (si voleu llegir més sobre el tema de les denominacions víriques aneu a la entrada 10).

El Dr. Casals va trobar-se malalt a primers de juny de 1969, poc després de començar a treballar amb el virus. No obstant això, no va creure que tingués la febre de Lassa, perquè la simptomatologia que sofria no havia estat mostrada per les infermeres. Un amic el va convèncer per anar a un hospital, el Columbia-Presbyterian. La malaltia d’en Jordi Casals es va anar agreujant i entre els seus metges van créixer la sospita que el causant havia de ser el virus amb el que estava investigant.No hi havia vacuna i les eines terapèutiques eren escasses. Davant aquesta situació dramàtica, els metges d’en Jordi Casals van fer cridar la missionera que s’havia guarit de la febre de Lassa, Lily Pinneo, a Manhattan, per treure-li sang i un cop processada, obtenir la fracció que contenia anticossos, per injectar-se-la al malalt i que aquestos lluitessin contra el virus circulant en sang. “Ens vam reunir en una habitació i van esta debatent els pros i contres, un i altre cop mentre l’estat d’en Jordi empitjorava molt, molt ràpid”, recorda un dels doctors. “No sabíem del cert si donar-li aquests anticossos seria una cosa bona o dolenta, però vam decidir seguir endavant, i vam contenir la respiració. Era francament aterridor.”

Els anticossos van salvar la vida d’en Jordi Casals que un cop recuperat va continuar investigant. Uns mesos després, al desembre, però, morí una persona del seu equip, Juan Roman.

Els accidents, fins a cert punt inevitables, ja que no es disposava de la tecnologia actual, i que la dosi infecciosa dels virus pot arribar a ser molt baixa (d’un a o unes poques partícules víriques) també van coincidir amb la publicació de “The Andromeda Strain“, la novel·la best-seller de Michael Crichton sobre una amenaça biològica que es desferma després del retorn d’un satèl·lit a la terra, contaminat amb un microorganisme inclassificable i aparentment imparable. L’alarma social era un factor que ja hi jugava el seu paper.

Treballar amb aquest virus, potencialment mortal en mig d’una zona poblada, com New Haven i la costa est dels EEUU, potser no era el més indicat, pensà el director del laboratori de Yale, el Dr. Wilbur G. Downs. Els treballs es van aturar i es van continuar posteriorment al centre de més alta seguretat disponible aleshores, el CDC.

Jordi Casals era un investigador meticulós, que feia tot per triplicat en una època en que amb resultats individuals hi havia gent que ja bastia teories. No li preocupava publicar, o publicar ràpid, ell el que volia era publicar bé. Una època potser passada però no per això menys enyorada. Com digué la seva dona: “He’d repeat a successful test over and over and over again. Now we see just one test being used to promote something. What’s good one day is bad the next. It causes the public to despair. Jordi was upset by researchers who didn’t repeat their tests. He said they were too anxious to get published or be first with a discovery.” Un dels seus col·laboradors recorda: “He was more of an artist than anything…He did everything in triplicate. He told me I would have a good career in science if every time I found something I tried to prove myself wrong. He would look at everything from 40 angles to find a flaw.” Un gran consell, tot i els temps que corren.

Potser un reconeixement indirecte de la seva tasca, que probablement a en Jordi Casals no l’importava gaire, l’aporta la seva dona, Evelyn. La Sra Casals-Ariet digué que quan la gent sentia el seu nom de casada solien dir, “Casals? Casals! És vostè parent de Pau Casals [el violoncel·lista]? “Però un dia, per gran plaer seu, un metge europeu visitant va exclamar: “Casals? Casals! Està vostè relacionada amb Jordi Casals?

En Jordi Casals fou un investigador compromès amb la igualtat, conegut per la contractació de dones (recordem l’època) i membres de grups minoritaris com a personal del seu laboratori. Era, segons diuen, el tipus de persona amb la que tothom volia treballar, i gent d’arreu del món venia a treballar al seu laboratori. Potser, sols potser, alguna part de culpa podria tenir la lleu coixesa a la seva cama esquerra com a conseqüència d’un atac de poliomielitis infantil que, en els seus anys de jubilació, el va deixar amb debilitat muscular com a conseqüència de la síndrome postpolio. Allò el feia diferent, però ell sabia que per sota de les aparences tots som bàsicament iguals. Era, en definitiva, una bona persona…i un millor científic.

En Jordi Casals va morir als 92 anys, el 10 de febrer de 2004, a Manhattan. Va estar publicant recerca fins pocs anys abans de la seva mort. Un home apassionat, una biografia apassionant.

Però aquesta, aquesta és una altra historia.

Si voleu llegir més, uns enllaços en anglès.

http://www.thelancet.com/pdfs/journals/lancet/PIIS0140673604160200.pdf

http://yalemedicine.yale.edu/fw2004/features/capsule/52785/

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC390228/