comentarisviruslents

Aquest blog és una seguit de comentaris personals i probablement poc transferibles sobre ciència i política.

Archivos por Etiqueta: infeccions nosocomials

Comentaris virus-lents (192): Conferència EBSA, “to be or not to be…safe”.

La propera setmana, del 27 al 28 d’abril, tindrà lloc a Madrid la vintena conferència de la EBSA, la European Biosafety Association. L’enllaç al programa extens a… http://www.ebsaweb.eu/20th-annual-meeting-ebsa-conference

 

Serà aquest, com tots, un congrés multidisciplinari, molt transversal on, sota el títol The diverse world of Biosafety, es tocaran moltes temàtiques totes elles amb el fil conductor de la bioseguretat, com manegar els patògens, més o menys bioperillosos, de manera correcta, com fer instal·lacions i processos més segurs, com garantir un transport a resguard de contingències, com atendre a persones infectades altament contagioses, etc.

englisch_biostoffv-G-wordml02000001

El congrés, intens, i en el que també tindran cabuda demostracions d’equips i materials, relacionats amb l’activitat, d’última generació, es divideix en una sèrie de sessions:

  • La de Bioseguretat en instal·lacions hospitalàries on es parlarà de les diverses adaptacions fetes per assistir a infectats d’Ebola a hospitals generals o com traslladar la Bioseguretat a l’assistència.

  • La Bioseguretat i els organismes vectors, en la que es parlarà de com manegar-se amb mosquits infectats amb virus de nivell de Bioseguretat 3, virus de febres hemorràgiques com Rift Valley Fever virus, o West Nile virus o virus Chikungunya, i també Zika, o com experimentar de forma segura amb paràsits.

  • En la Ètica de la bioseguretat es parlarà de com millorar les nostres capacitats per fer front al riscos biològics i tenir una major cultura de bioprotecció o quins components o visions calen aplicar per enfortir els sistemes de bioprotecció nacionals a nivell global.

  • La sessió de Bioseguretat aplicada (doble) tractarà de com prevenir la infecció a laboratoris i hospitals, per exemple en la cerca i elecció de mascaretes respiratòries adequades, i com millorar les capacitats d’una organització de bioseguretat d’un país en desenvolupament a partir del compromís mutu amb una institució donadora, d’un país desenvolupat. També es parlarà dels “accidents tècnics” i de com millorar l’aproximació per classificar els microorganismes en els seus corresponents grups de risc, prenent com exemple els virus influenza A H5N1.

  • La sessió de cloenda serà per un tema sempre present a totes les ments com és la investigació dels incidents als laboratoris per esbrinar les causes últimes o arrels dels problemes.

Risk assessment triad

Un congrés, sense cap dubte, molt interessant, fins i tot un pel mediàtic, perquè es discutiran temes de salut pública, potencials amenaces bioterroristes i com fer-les front, i temàtiques relaciones amb una correcta avaluació dels riscos biològics en una instal·lació, que no ens enganyem abraça des d’els laboratoris de recerca universitaris, o no universitaris, treballant amb patògens fins a hospitals, centres farmacèutics que treballen en desenvolupament  o producció de vacunes, etc.

 

I en aquest congres, en representació de IRTA-CReSA participaré amb una comunicació sobre com treballar amb artròpodes infectats en una instal·lació de biocontenció de nivell 3. Ser picat o no ser picat, vet aquí la qüestió. Ja us contarem detalls en uns quants dies.

 

Però aquesta, aquesta serà una altra història.

Comentaris viruslents (179): Crimea-Congo, i la onada passà…per ara.

Els temes i el seu interès pugen i baixen, fins sortir d’escena finalment. Jo no ho faré encara. Uns presento una nova, i per ara darrera, entrada de diferents aspectes, retalls, de l’epidemiologia i potencial distribució del virus de la febre hemorràgica Crimea Congo (en endavant VFHCC) a Espanya i Catalunya, així com algunes pinzellades de patogènia i afectació a sistemes de salut. Un patchwork…no espereu una unitat d’estil si no pinzellades per esbossar el quadre…o malpintar una paret.

Retall 1: Podien haver fet molt més…i millor. Comencen amb el que va recomanar el mateix Ministeri de Sanitat l’any 2011 que s’havia de fer:

  • Abordar de forma integral y multidisciplinar la vigilancia y control del virus de la FHCC en España. Para ello se debe reforzar la coordinación a nivel local, autonómico y nacional entre los sectores de salud humana, animal y ambiental.

  • Establecer un protocolo que defina la vigilancia y manejo de la enfermedad por virus de la FHCC en humanos en España en función de la circulación del virus. Debe hacerse vigilancia activa de la enfermedad en humanos en aquellas áreas en las que se identifique el virus con el fin de detectar posibles casos y limitar su propagación así como la exposición de personas al mismo. En la Unión Europea, las fiebres hemorrágicas víricas son de notificación obligatoria a la Red de Vigilancia Europea desde diciembre de 1999 y en España se está en proceso de revisión de la vigilancia de estas enfermedades.

  • Realizar una investigación más profunda por parte de las autoridades oficiales competentes para determinar si hay circulación establecida del virus en España.

  • Mantener una vigilancia entomológica en las áreas de riesgo de circulación viral con el fin de identificar las especies presentes y potencialmente vectoras del virus y de realizar su seguimiento y control.

  • Caracterizar el virus detectado en España y desarrollar métodos rápidos y sensibles para su detección.

  • En aquellas zonas donde se ha detectado el virus, se debe informar a los profesionales sanitarios para que mantengan una actitud expectante ante la eventual aparición de casos humanos y se tomen las medidas de prevención y control oportunas.

  • Dependiendo de los resultados de la vigilancia del virus se valorará la difusión de información sobre medidas preventivas dirigida a grupos de riesgo o a población general.

  • Reforzar la coordinación con otros países de la zona europea con circulación viral.

Aquestes recomanacions són del 2011. Què s’ha fet? Recordeu que no és el meu tema però després d’un rastreig per les fonts obertes accessibles la resposta és “quasi res, quasi zero”, i allò fet, fruit d’accions individuals. Tots els punts implicaven una certa despesa i alguns són els que podríem denominar vigilància passiva…anar a cercar la presència del virus fent mostrejos de paparres per veure si es troba el genoma viral la qual cosa vol dir que la paparra està infectada; recordeu que una paparra infectada ho està ja per tota la seva vida, i que el virus Crimea Congo té la capacitat de passar d’un estadi de paparra a altra; una larva de paparra infectada donarà una nimfa de paparra infectada que donarà un adult de paparra infectat (és el que es diu transmissió transestadial..entre etapes). Les mostres s’havien d’analitzar i per això calien unes tècniques diagnòstiques, millor validades i això també són temps i diners. També s’hagués hagut de fer una vigilància serològica ben pensada a la fauna silvestre però també als animals de renta, domèstics, com a mínim de la zona assenyalada, Cáceres, i limítrofes per comprovar la presència d’anticossos específics a Crimea Congo que revelarien una circulació passada del virus, i reforçarien, en funció del percentatge de prevalença, i de la seva evolució anual, la informació de possible detecció de genomes per biologia molecular. Si s’haguessin tingut aquestes dades potser s’hagués vit la necessitat de informar i “ensinistrar” els professionals sanitaris de la zona de quina és la simptomatologia inespecífica i específica de Crimea Congo. És normal, molt normal que si una malaltia no està present els professionals puguin errar el diagnòstic o donar-lo massa tard.

Dir que no s’ha fet res, tanmateix, no és del tot cert…sí hi ha un estudi que testà 231 paparres Hyalomma marginatum obtingudes a partir de bòvids portats a escorxador per la presència de genomes de VFHCC a Castilla Lleó, del 2014. Totes resultaren negatives…clar que un estudi que analitza 1 paparra, sí, llegiu bé, 1 de Badajoz, o 1 de Salamanca, o 4 d’Ávila, no sembla tenir gaire criteri ni significació estadística, i els bovins de producció estan bastant lluny de les fonts d’infecció silvestres.

Sí és més interessant l’anàlisi, entre 2011 i 2013, de 681 paparres de les espècies Rhipicephalus sp., Hyalomma lusitanicum y Hyalomma marginatum. Del total de 681, 24 donaren resultat positius pel VFHCC, totes elles procedents d’ Extremadura, i totes de l’espècie H. lusitanicum. Quasi totes les seqüències víriques detectades foren idèntiques, i alhora homòlogues a aquelles englobades al genogrup III. A aquest estudi s’ha d’afegir les 272 paparres recol•lectades a Extremadura durant l’any 2014 i que permeteren detectar 3 paparres positives, que cavalcaven a sobre d’un cérvol, una guineu i un boví, respectivament.

I en humans? Sí, també hi ha un estudi per detectar la presència d’anticossos enfront VFHCC en persones de Cáceres, que va donar resultat negatiu, no hi havia seroconversió.

Poca cosa però tot apuntant, ja fa anys, a un cicle silvestre ja establert i per tant potencialment susceptible de saltar a l’espècie humana.

 

Hyalomma-rufipes-female-male

Retall 2: Estem connectats, i els fets d’ara tenen arrels, com a mínim, en 2010. El genoma identificat en les paparres positives de Càceres, el 2010 és molt semblant al genotip (o genogrup III) circulant per Africa i no al genotip IV que és propi dels Balcans. Com també es va detectar VFHCC en paparres de Hyalomma marginatum recollides d’ocells migratoris al Marroc el 2011, el més probable és que la via d’introducció hagin estat aquests ocells, però fa ja lustres. L’incident actual no té res a veure amb una aportació actual per part dels ocells, perquè sembla fora de tot dubte que hi ha un cicle tancat d’infecció i propagació independent d’aportacions exteriors des de fa anys.
Anàlisis genètiques preliminars, d’un petit segment del genoma, mostren alta similaritat entre les seqüències dels dos casos humans actuals i la seqüència detectada del VFHCC a les paparres Hyalomma lusitanicum des de 2010 a 2013. Present i passat lligats, causa-efecte probable.

 

Retall 3: Tot el que toca Crimea Congo és de grup de risc 4? La contesta a aquesta pregunta impacta en un tema important com és la manipulació de mostres sospitoses. Aquí cal fer una diferència important, com a mínim, entre mostres de persones amb simptomatologia compatible i mostres de vigilància activa o passiva, paparres, per exemple, o sang d’animals com vaques, ovelles, porcs, etc., per obtenir evidència serològica de la circulació del virus. Les mostres que raonablement, amb criteri mèdic, poden contenir VFHCC s’han de manipular en una instal•lació de nivell de bioseguretat 4, la màxima possible. Un cop la mostra és processada i inactivada pot ser manipulada en un nivell de bioseguretat inferior, nivells 3 i fins i tot 2. Però això, vàlid per a mostres de malalts, no aplica quan cerquem el virus a paparres. Que recol•lectem paparres per detectar el genoma de virus, no porta, automàticament, a considerar aquestes com material de nivell 4, alta contenció. Cal, al camp, reduir la manipulació al mínim, evitar fenòmens d’aerosolització (com seria esclafar la paparra), utilitzar EPIs adequats (mínim guants) i tenir a mà un desinfectant per aplicar-s’ho sovint. Un cop al laboratori, i a banda de seguir bones pràctiques microbiològiques, també, reduir la manipulació al mínim, evitar fenòmens de aerosolització (la homogeneïtzació de la paparra s’ha de fer en sistemes tancats), i inactivar una fracció del homogenat, moment en el qual el material es consideraria ja no infectiu. Per tant, el cribatge i anàlisi de les mostres d’un pla de vigilància es podria fer en un entorn de nivell de bioseguretat 3, perfectament, i els estudis serològics de la circulació del VFHCC en remugants i altres animals en un nivell de bioseguretat 2.

 

MERS-CoV ppe

 

Retall 4: El VFHCC no és massa transmissible però perillós. És comunment acceptat que no hi ha virèmia durant el període d’incubació. Això és important perquè una persona que no mostri símptomes compatibles NO podria transmetre la malaltia, i la probabilitat de transmissió serà tant més alta com més en endinsem en les seves fases (fase pre-hemorràgica, fase hemorràgica, fase de resolució, alguns diuen convalescència). Però res en biologia és absolut…és probable que alguns casos de FHCC s’hagin transmès per via sexual per part d’infectats (homes però també dones) a les seves parelles (dones però també homes) just un o dos dies abans de l’aparició de símptomes. Un fenomen de baixa probabilitat però un carreró lateral de transmissió (per més detalls… http://www.ijidonline.com/article/S1201-9712(16)30992-4/pdf ).
Com a corol•lari, les infeccions nosocomials són possibles si no es fa un diagnòstic correcte i conseqüentment el personal sanitari no adopta les degudes precaucions, o bé per mal ús dels equips de protecció individual. A tal efecte, a banda de guants i indumentària adequada, la mascareta antipartícules FFP3 o equivalent, i ulleres estanques o pantalles són fonamentals per la possible aerosolització de fluids corporals del pacient, a més de barrera física enfront possible transmissió per fomites al evitar els contactes mans-boca. Com exemple, un estudi multicentric retrospectiu a 9 centres regionals turcs de referència de Crimea Congo, en un període comprés entre 2002 i 2014 identificà 25 infeccions laboratorials nosocomials confirmades, incloent 4 casos fatals a partir de 51 treballadors sanitaris exposats.
Com a segon corol•lari, en principi això no ha d’afectar a les donacions de sang; per tant no calen restriccions o cribatge de donants. A més, en cas d’entrada del VFHCC a les donacions, i degut a les característiques físico-químiques de la partícula vírica, és un virus embolcallat, els tractaments dels derivats sanguinis (tractaments tèrmics) i els que es dissenyaren per fer front el virus de la immunodeficiència humana (solvent-detergent, i posteriorment nanofiltració) garantirien la seguretat d’aquests hemoderivats. Diferiria del Zika pel que sí es va demostrar alguns episodis de transmissió a partir de donacions de sang.

 

CCHFV scheme

 

Retall 5. Un metge en funció de la càrrega viral d’un infectat per Crimea Congo pot avançar el pronòstic? En principi, i amb els obvies salvetats específiques de cada persona, sí. Això és el que mostra un estudi de 2007 (per més detalls anar a … http://wwwnc.cdc.gov/eid/article/13/11/07-0222_article) . Els autors apunten a la freqüència de les infeccions nosocomials o dins l’àmbit familiar…transmissions secundàries a partir d’una persona infectada per la mossegada d’una paparra. Com la ribavirina, que es fa servir com a recurs un cop infectat, té efectes col•laterals severs en alguns casos és convenient saber a qui donar-li i qui no…si no cal, no cal medicar. L’experiment consistí en agafar un grup de pacients infectats i els van classificar en tres categories en funció de la severitat de la malaltia; fatals, greus i moderats en funció de símptomes i nivells de cert metabòlits en sang. Després començaren a mesurar la carrega viral de Crimea Congo als infectats així com el títol d’anticossos IgM i IgG. Quines conclusions tragueren: que el nombre de virus en sang, la carrega vírica era el millor predictor. Amb nivells de 1.000.000.000 de copies del virus per mil·lilitre a sang el final sempre era fatal. Per sota de 1.000.000 còpies del virus per mil·lilitre la persona es guaria; no es pogué trobar un punt de tall, un nombre de còpies per discriminar entre casos greus i moderats. Alhora la detecció de nivells alts de IgG correlacionaren inversament amb els títols, a més anticossos menor càrrega vírica, el que suggereix que aquests anticossos podrien neutralitzar els virus circulants.

 

Retall 6: Espanya és endèmica al VFHCC? Un interessant article de Mertens et al. 2013 (enllaç al resum a http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/23458713 ) fa una sèrie de consideracions sobre salut pública lligades a aquesta malaltia. Per una bona gestió europea parla de classificar els estats en funció de que ocupin espais que siguin habitats potencials per les paparres; i en funció de grau de tràfic d’animals amb zones endèmiques. Així tindríem 5 zones, des de les zones 0 que serien aquelles que no són hàbitats adequats per les paparres i no tenen tràfic d’animals amb zones endèmiques; a zones amb hàbitats adequats però sense tràfic d’animals (1); zones on se sap que hi ha poblacions de Hyalomma i també tràfic d’animals amb zones endèmiques (2); a zones frontereres a zones endèmiques (3) i finalment zones endèmiques (4). En funció de la classificació, objectiva, caldria prendre un d’entre diversos paquets de mesures que van des d’el paquet “no prendre mesures-no informar-no educar” (però potser tenir les eines diagnòstiques per VFHCC preparades) apte per les zones 0; a fer vigilància en animals, humans i paparres, que seria el propi d’una zona 1; a sumar a aquesta vigilància, la informació al personal sanitari i altre personal en risc, que seria el propi d’una zona 2 (el que era Espanya fins fa dues setmanes, si tancàvem els ulls a certes proves i estudis). La zona 3 suma a tot allò citat prèviament el control dels moviment de la fauna silvestre i l’educació i entrenament de personal sanitari, però també al públic, de la transmissió, símptomes clínics i mesures de protecció. I finalment la zona 4, estat endèmic, afegeix el control de les poblacions de paparres, per ús de repel•lents en animals, i l’estudi i control dels fluxos del compartiment silvestre cap al d’animals de producció; una tasca més de gestió i control, ja que la prevenció s’ha vist superada. Com una zona es defineix com àrea endèmica si s’han reportat casos humans, o si el virus ha estat detectat en animals o paparres al menys durant dos anys consecutius es pot dir que des de 2012, probablement, Espanya era endèmica. En qualsevol cas, amb els dos afectats aquest 2016 Espanya ÉS ARA endèmica, segons els autors.

 

En resum els episodis de transmissió de CCHF en Espanya són plausibles i esperables a partir d’ara perquè:

  • Els vectors principals de la malaltia, Hyalomma marginatum (però també Hyalomma lusitanicum amb una distribució molt mes restringida) viuen entre nosaltres a la península.

  • Un cop el virus entra en un ecosistema i demostra que s’ha mantingut (i això sembla perquè tenim proves de presència del 2010 fins ara, que ha emergit) difícilment serà “eliminat” si no se eliminen tots els hostes i vectors que el sustenten. Dit d’una altra manera Espanya és endèmica al VFHCC i ho serà molt de temps.

  • Les condicions climàtiques de la península son adequades (i potser cada any ho seran una mica més) pel manteniment del cicle epidemiològic.

  • La probabilitat d’infecció, fins i tot a les zones més proclius, s’ha de considerar escassa, amb casos esporàdics, però urgeix un seriós estudi sero-epidemiològic en hostes amplificadors i mantenidors (de petits mamífers a grans herbívors) i de vigilància passiva i activa de paparres per confirmar no tant la circulació del virus, si no l’abast de la mateixa.

Però tot això, això, és una altra història.

Comentaris virus-lents (145): MERS? Caurem en l’error de l’Ebola altra vegada?

Quan a mitjans de l’any 2014 la Organització Mundial de la Salut (OMS) va cercar, amb certa desesperació, a l’armariet de les medecines algun remei enfront Ebola, se’l va trobar tristament buit. Certament hi havien una sèrie de desenvolupaments terapèutics i vacunals però no estaven ni de lluny prou testats. El resultat tots el coneixem (més de 28.000 infectats i més d’onze mil morts). Per més detalls podeu veure nombroses entrades d’aquest blog.

El problema, l’absència d’eines, podria repetir-se amb el MERS. El MERS CoV (podeu cercar entrades prèvies al blog) és el Middle East Respiratory Syndrome coronavirus, que va començar a treure el cap fa més de tres anys a la Península Aràbiga. Actualment portem més de 1.600 infectats (clínicament, no sabem quants més s’han infectat de forma inaparent) i un mínim de 579 morts. Això dona una taxa de mortalitat de l’ordre del 36%, no massa diferent de l’observada a molts brots d’Ebola.

MERS and airport travel

L’Ebola era (encara és) una malaltia africana; ara estem incorrent en el mateix error, de considerar aquest infecció com una de confinada a la Península Aràbiga; ni el brot que es va esdevenir aquest any a Korea (també té entrades dedicades al blog) que va acumular 186 casos i 37 morts (una mortalitat del 20%) han despertat gaires consciències. Tanmateix tot es va originar d’un únic pacient, un home de negocis que va tornar infectat després de fer turisme per l’Orient Mitja. Es impossible assegurar que això no torni a passar en major menor mesura. De fet Korea va ser una perla més (la més grossa) en el collar de casos esporàdics que s’han donat en un total de 26 països, majoritàriament com a conseqüència de turistes que tornen infectats. Uns nous “Koreas” no són improbables, mancarà conèixer la seva extensió, però.

I en certa manera és més perillós. Aquest coronavirus es transmet a través d’estossecs i esternuts, per via aèria, cavalcant en petites gotes i depositant-se sobre superfícies (no es tenen moltes dades de la seva persistència ambientala aquestes fomites, se suposa curta). És evident que podem evitar infectar-nos d’Ebola restringint el contacte amb el malalt o amb els fluids del malalt però és impossible deixar de respirar, ni tan sols sabent que una atmosfera concreta, una habituació, està compromesa.

Symptoms_of_MERS_(raster)

I que no es digui que és el primer. Tenim la SARS (Severe Acute Respiratory Syndrome) causada per un altre coronavirus que va provocar una alarma total a la OMS des de finals 2002 a maig del 2004, amb el punt àlgid a mitjans de 2003. Per cert, d’aquest virus encara no tenim cap teràpia o vacuna que mereixi la pena d’aplicar.

La llista de coses que encara no sabem sobre aquest MERS coronavirus; com s’infecta la gent, i com el virus treballa o progressa dins l’organisme infectat, és inquietant.

Sabem que el virus passa de camells als humans, però la mena de contacte que porta a la transmissió no està clar…un problema de nassos, doncs (veure https://comentarisviruslents.org/2014/10/10/comentaris-virus-lents-56-mers-coronavirus-probablement-un-problema-de-nassos/). Aquestos casos són esporàdics; la majoria dels casos són per transmissió persona-persona, del infectat als cuidadors o als familiars un cop l’infectat mostra simptomatologia clínica i dins l’àmbit hospitalari). La raó molts cops està en un diagnòstic incorrecte (altre cop la manca d’eines!!) que porten a no aïllar al pacient i a generar diàspores de desenes de casos.

Tot això ve, a més,  dificultat per l’actitud o manca d’actitud dels països que més pateixen el virus. Per un costat son països no gaire bolcats cap a la ciència en general o la virologia en particular, però és que tampoc s’estan generant col·laboracions per superar aquest “gap” entre aquestos i científics d’altres països. Per acabar-ho d’arreglar, trets culturals; les autòpsies són força inusuals als països àrabs. Que se sàpiga cap autòpsia s’ha fet a un infectat de MERS; per tant tampoc s’han pogut obtenir mostres i tenir imatges o idea de com el virus ataca els pulmons (sembla la diana principal) però també altres òrgans.

Intentar dissenyar una vacuna amb tan poca llum sobre la seva patogènesi és fa encara més difícil que en condicions “normals”.

I no masses laboratoris i companyies estan treballant en aquest tema, pel que sembla; i els desenvolupaments estan a les seves primeres fases.

El fet però és que, a diferencia de l’Ebola, tenim un virus potencialment letal que es transmet per l’aire, com els virus el refredat i de la grip. I si en algun moment tot esclata, ja no tindrem temps per fer res i tot serà córrer. I serà quan tothom es preguntarà Perquè no ens vam esmerçar en aturar-lo quan encara podíem?

 

Però aquesta, aquesta és una altra història.

 

Avui a les 8:00 pm Science publica un treball de IRTA-CReSA sobre un desenvolupament vacunal molt prometedor per fer front al MERS Coronavirus.

Enllaç: http://www.sciencemag.org/content/early/2015/12/16/science.aad1283.full

Un camino de diez mil millas empieza siempre con un primer paso.