comentarisviruslents

Aquest blog és una seguit de comentaris personals i probablement poc transferibles sobre ciència i política.

Archivos por Etiqueta: salut pública

Comentaris virus-lents (171): Virus Zika i sang: suma i segueix.

Deja un comentario Publicado por en junio 20, 2016

En una entrada prèvia parlàvem, a partir d’unes poques dades d’epidèmies prèvies, de la potencial presència i per tant potencial capacitat de transmissió del virus Zika en donacions sanguínies ja que té una fase de virèmia (presencia de partícules infeccioses en sang). Podeu anar a https://comentarisviruslents.org/2016/02/06/comentaris-virus-lents-155-zika-i-sang-elemental-doctor/

 

La problemàtica en les donacions ve donat per l’alt nombre d’infeccions asimptomàtiques, que fa que molts donants puguin estar donant sang sense saber que estan infectats i amb virèmia activa. Per tant, fer un cribatge o selecció de donants a partir de un qüestionari previ no és útil en absolut, pel que fa a Zika.

 

Les autoritats sanitàries dels Estats Units han informat d’un ràpid augment en el nombre d’infeccions a l’illa, a partir de proves de detecció del virus de la Zika realitzades a donants de sang a Puerto Rico.

 

zika-fact-card

Una infografia que no té en compte la trasmissió per via sexual ni sanguinia…la resta és correcte.

 

Com una frontera que serveix, a més, com l’ocellet de les mines, i que permet donar una alerta primària, els EEUU van implantar una prova d’àcid nucleic específica per Zika (Nucleic Acid Tecniques, NAT, en anglès) a les donacions que es generaven a Puerto Rico a partir del mes d’abril, després de ser aprovada per l’Agència d’Aliments i Medicaments (FDA, Food and Drug Administration) al febrer. Fins ara s’ha detectat 68 (0,5%) donants amb probable virèmia (infecció en el torrent sanguini) de les 12.777 donacions que van ser assajades. D’acord amb els Centers for Disease Prevention and Control (CDC), en la setmana del 5 al 11 de juny es va registrar la major incidència de casos, amb el 1,1% del total. Per tant la cinètica és creixent i reflecteix un increment en la fracció de la població infectada, assumint que els donants es distribueixen aleatòriament en aquesta població.

 

Com ja es va indicar a l’entrada prèvia citada, les donacions que van donar positiu en la illa van ser retirades per evitar un possible contagi del virus encara que fins ara no s’ha registrat cap contagi per aquesta via. El que marca el protocol en aquestos casos es reduir, fins i tot eliminar, les donacions de les zones afectades i importar la sang sencera o els seus hemoderivats de zones no afectades (per exemple, zones on no hi viu el mosquit i on la transmissió de Zika és negligible…sempre que la via sexual no agafi embranzida, és clar).

 

Del semen ja hem parlat també en entrades prèvies (mireu entrades 153 i 158, https://comentarisviruslents.org/2016/02/20/comentaris-virus-lents-158-zika-i-quarantena-personal-fent-el-compte-de-la-vella/). La durada de la presència de virus Zika infecciós al semen és realment, desconeguda. S’ha informat de la detecció de ARN víric per tècniques moleculars 62 dies després de la aparició dels símptomes febrils, quan feia setmanes que no es detectava a sang. La càrrega vírica sembla elevada, o potencialment alta; en algun cas s’ha descrit que la carga viral al semen dues setmanes enllà de l’aparició de símptomes era 100.000 vegades més alta que la que es podia trobar a sang o orina.

 

Per ara, el screening, el cribatge de les donacions solament s’està fent en un centre de Houston (Texas). Si veieu en un mapa entendreu que un cop Zika està establert a Puerto Rico els nous territoris a ocupar són Texas i Florida. Fins ara no s’ha detectat cap cas de sang infectada amb el virus en aquesta ubicació.

 

De tota manera recordeu, que pel que fa a tots els hemoderivats (factors de coagulació, immunoglobulines) tenim mètodes robustos i efectius que inactiven i/o eliminen virus més resistents que Zika. Per més detalls mireu entrada 156, https://comentarisviruslents.org/2016/02/10/comentaris-virus-lents-156-arbovirus-i-transfusions-zika-es-possible/ i si encara teniu més ganes les entrades 66, 67 i 68 (feu cerca amb “inactivació vírica”) en aquest mateix blog.

 

Els CDC van informar el dijous dia 16 de juny que actualment hi ha 234 dones sota observació per haver contret el virus Zika durant l’embaràs (entre línies heu de llegir, que hagin mostrat simptomatologia compatible amb Zika i hagin anat a fer-se les proves) i per ara s’han registrat naixements de tres nadons amb defectes congènits relacionats al Zika als Estats Units.

 

Res a veure amb els números de Brasil. Que tampoc lliguen amb els números de casos de microcefàlia de Colòmbia (s’esperen 300 casos per tot l’any 2016 quan el nivell basal, abans de l’epidèmia de Zika estava en uns 130 casos, per una població de 48 milions, i fins a juny únicament 6 casos s’han pogut lligar clarament a infecció per Zika).

 

Però aquesta, aquesta, és una altra història.

etapes inactivació, hemoderivats, salut pública, Tècniques diagnòstiques, virologia, virologia ambiental, zikavirus , , , , ,

Comentaris virus-lents (170): Enterovirus 71, un altre virus global?

Deja un comentario Publicado por en mayo 22, 2016

El que ara segueix és una entrada sobre un virus que no conec gairebé però que preocupa a la gent, a l’apuntar-se la possibilitat que estigui darrera d’una sèrie d’afectacions neurològiques a infants a Catalunya les darreres setmanes.

Enterovirus 71? Si llegiu l’entrada anterior del blog ja sabreu que es tracta d’un virus caracteritzat fa menys de 50 anys a Califòrnia (1969) a partir de casos de malalties neurològiques (recordeu que dins els enterovirus tenim a l’històric poliovirus).

Se’l considera un virus nou, d’evolució i aparició recent (res d’estrany ja que es troba en una família vírica procliu a la generació de continues variants). A banda del brot neurològic de l’any 1969 als EEUU, va començar a afectar països europeus, com Bulgària (1975), Hongria (1978) i desprès diversos països asiàtics, un dels darrers Cambodja, el 2012.

L’enterovirus 71 (EV71) cauria dins l’espècie A dels enterovirus, per això el podeu trobar com EV-A71 o A71, però dins d’ell distingim diferències que s’associen a localitzacions del brot; no és un virus monolític, amb molt poca variació; ve a ser que el brot de la India és causat per un virus lleugerament diferent al que causà el brot de Àustria, o el que es troba en un brot d’algun país africà.

El primer que us ha de quedar clar és que l’enterovirus A71 genera molta infecció asimptomàtica; molts infectats (aquesta probabilitat és més alta als adults; a tall d’exemple la meitat de la població adulta de Taiwan té anticossos front A71 però no recorden haver passat la malaltia) pateixen aquesta infecció de forma subclínica, sense símptomes aparents però poden excretar eficientment el virus. Compte amb les mesures de higiene, doncs!!

enterovirus71

Micrografía d’un enterovirus A, 71.

Habitualment A71 causa diarrea, erupcions cutànies, i la malaltia de mans, peu i boca (hands, foot and mouth disease, HFMD), però…en casos molt particulars pot arribar a generar altercacions neurològiques greus. Al 1997, a Malàisia i Japó, i al 1998 a Taiwan diferents brots de HFMD va acabar amb morts per malaltia neurològica i es va aïllar A71 dels pacients. Brots de A71 són relativament freqüents en països asiàtics amb comerç intens amb Xina (és a dir, gairebé tots). El cas més cridaner, sense dubte, Taiwan, el 1998, amb un gran brot que inclogué vora 130.000 casos, més de 400 infants amb complicacions reus i més de 80 morts. Taiwan, però, també reportà brots al 2000 (amb 25 morts) i al 2001 (amb 26 morts). El cas de Taiwan el 1998 també és important, o s’ha de retenir a la ment perquè l’epidèmia vingué en dues onades, una principal a les dates a les que estem i l’altre, més local geogràficament, a l’octubre. També s’ha reportat a Malàisia al 1997 i al 2000, amb virus lleugerament diferents als altres brots i al Vietnam als primers set mesos del 2012, amb més de 60.000 casos de la malaltia de mans, peus i boca; s’ha assignat la “culpabilitat” del EV71 a més del 50% d’aquests casos.

Cambodja patí també una epidèmia el 2012, entre abril i juliol, que va provocar la mort de 64 nens (altres parlen d’un mínim de 54 morts per encefalitis greu) per sota dels 7 anys d’edat. La mort fou ràpida, en 24 hores i mostraren símptomes que incloïen afectacions respiratòries febre anormalitats neurològiques generalitzades; dels 24 pacient que es prengueren mostres 15 foren positius per EV71 (subgenogrup C4). La causa inicial del brot no ha pogut ser establerta, però una investigació seroepidemiològica publicada aquest gener al Emerging Infectious Diseases assenyalava que dels sèrums, de nens entre els 2 i els 15 anys, disponibles i recollits entre el 2000 i el 2011 (obtinguts en la vigilància rutinària de la incidència de dengue, abans de brot de EV71 del 2012), més d’un 80% mostraven reactivitat, una reactivitat creixent, més baixa al 2000, de més del 95% als darrers anys, a l’enterovirus 71. En altres paraules el virus ja hi era prou circulant pel país, sense treure gaire el cap, més de deu anys abans de generar el brot neurològic, i en onades o pics de circulació cada 2-3 anys, un model de propagació que sembla repetir-se en altres països asiàtics.

Per tant, sí, és un virus «nou» però no és un virus desconegut. Caldrà trobar quina fou la seva via d’entrada a Catalunya però també pot ser que no la trobem mai (recordem el cas de Cambodja). El que sí es podrà és aïllar i seqüenciar el virus a partir de mostres dels pacients i a partir del seu codi de bases veure el seu grau de coincidència amb les altres soques descrites i d’aquí inferir amb certa probabilitat el seu “progenitor/a” però potser no el cas índex (qui va ser el primer cas i d’on va adquirir aquest primer cas el virus).

Tractament? Em sap greu però no hi ha tractament específic encara, ja es va avançar a l’entrada anterior. No hi ha vacuna aprovada a Europa ni antivirals específics (es parla de la potencial utilitat de la rivabirina) un cop infectat. Sí hi ha un desenvolupament vacunal per una empresa xinesa, Sinovac Biotech, que va fer assajos clínics amb més de 10.000 nens de edats entre els 6 i el 35 mesos, completats el 2013 i que esperava una autorització de comercialització, que sembla que ja és definitiva; amb el certificat de Good Manufacturing Practices de finals de gener de 2016, concedit per la China Food and Drug Administration, Sinovac pot començar a produir la vacuna. Començar a produir no vol dir tenir-la disponible de immediat. Per això caldrà esperar al segon quadrimestre de 2016; l’empresa estima que pot produir 20 milions de dosis, en un principi solament pel mercat xinés on tenen un seriós problema amb HFMD; d’acord amb el ministeri de salut xinés entre gener i novembre de 2015 HFMD causà 118 morts i un total de 1.600.000 casos clínics; l’any anterior, més de 500 morts i 2,8 milions de casos. Com veieu els ratios de mortalitat per casos clínics són molt baixos (“calen” vora 10.000 infectats per cada cas mortal), però tot cas és un món en si mateix.

La vacuna que es comercialitzarà és una vacuna inactivada, generada a partir de la soca H07 (subgenotip C4) propagada en cèl·lules Vero. Com a vacuna inactivada és probable que no generi una immunitat de per vida però semblaria que un cop passats els primers anys de vida, una infecció per EV71 no causa gaires problemes, i menys d’indole neurològica.

I quins foren els resultats de l’assaig clínic? dels mes de 10.000 participants que iniciaren l’estudi acabarem el seguiment més de 9.000. En el grup placebo que no reberen administració de la vacuna, s’observaren 106 casos de HFMD o herpangina, o síndromes respiratoris, gastrointestinal o febrils associats a E71 i solament tretze casos de HFMD en el grup tractat, realment vacunat, amb una eficàcia de l’ordre del 88% als dotze mesos del seguiment. El més interessant però és que la vacuna va prevenir l’hospitalització (0 ingressos al grup vacunat vs 24 en el grup placebo) i la severitat en la malaltia (0 casos altre cop als vacunats vs 8 al grup placebo, tots amb complicacions neurològiques). Per més, es pot consultar un article al New England Journal of Medicine, on també figuren les reaccions adverses a la vacunació, equivalents a les trobades al grup placebo (normalment febre, diarrea, pèrdua de la gana, vermellor, dolor  i enduriment de la zona d’inoculació).

Cal administrar la vacuna? Compleix la vacuna que es comercialitzarà en breu a Xina els estàndards de qualitat europeus? No sóc expert en salut publica; deixem que ho diguin els experts.

Enterovirus 71, un altre virus global? Doncs sí, bàsicament perquè ja no en queden gaires, de virus “locals”.

Però aquesta, aquesta és una altra historia.

Dengue, enterovirus, fomites, poliovirus, salut pública, vacunació, virologia, virologia social , , , , , ,

Comentaris virus-lents (169): D68 i A71, escac però no necessàriament mat.

Deja un comentario Publicado por en mayo 20, 2016

Aquests darrers dies s’ha fet publica una alerta epidemiològica per un fort increment d’afectacions neurològiques en infants de una natura vírica, concretament per enterovirus. I no solament per un, a més.

Ara mateix s’esmenten dos culpables; un enterovirus D68, que fins on he llegit s’aïllà en un nena de tres anys que desenvolupà una mielitis que li va provocar tetraplegia, i que no guarda relació amb l’enterovirus A71, al que se li assignen la darrera corrua de casos (s’ha aïllat a diversos pacients al Hospital Vall d’Hebró), aquest darrer afectant al sistema nerviós central i provocant romboencefalitis. No està clar que tots els pacients tinguin la mateixa soca, de fet el més probable es que hi hagi més d’una soca circulant, el que està clar és que comparteixen subgrup, el A. El nombre d’afectat hores d’ara està per sobre de 60 infants i com són casos dispersos (Barcelona, Tarragona) sembla bastant probable que hi hagi més d’una cadena de transmissió, que el virus està corrent per diverses bandes alhora. I no està clar que hagi arribat al seu clímax.

Enterovirus? Que és un enterovirus? Els enterovirus són un grup molt nombrós, amb més de 100 integrants, i ubiques, es troben a tot el món. Són un gènere viral caracteritzat per partícules víriques de mida petita, de 27-30 nm, amb un genoma ARN monocanetari. De fet pertanyen a una família que es diu Picornaviridae, paraula que es descompon en pico (petit) rna (la manera anglesa d’expressar ARN) i viridae, la terminació de família de virus, per tant literalment virus-petits-de-ARN. Dins els enterovirus clàssicament es distingiren els poliovirus, els coxsackievirus de tipus A, els coxackievirus de tipus B, i els echovirus entre d’altres, classificació que es feu en basis a la seva patogènia en humans i animals. Aquesta classificació s’ha abandonat i ara es parla que el gènere enterovirus té 12 especies, anomenades de la A a la J…les tres especies que manquen son rhinovirus A, B i C. El que més us sona, ni que sigui històricament, el virus de la poliomielitis, el poliovirus (del que hi ha tres serotips i que ara estan sota la lletra C), pel que sí hi ha vacuna i està quasi eradicat. Els més recents, però, tenen denominacions més anònimes, de fet un numero correlatiu, EV-68, EV-69, EV-70 fins al EV-121. Epp, que entre aquests n’hi ha que no afecten a humans.

Cal diferenciar clarament els termes enterovirus i virus entèrics. Els virus entèrics són una denominació sense categoria taxonòmica; agrupa a tots aquells virus que poden transmetre’s per via fecal-oral. Segur que us venen a la ment els norovirus dels que van parlar fa unes setmanes relacionats amb el cas d’aigües de Font d’Arinsal. Doncs bé, els norovirus són virus entèrics, com també ho són els rotavirus, els astrovirus però cap d’ells són enterovirus.

Ja hem comentat que hi ha descrits més de 100 enterovirus diferents del poliovirus. La immensa majoria d’aquest virus generen problemes respiratoris o gastrointestinals lleus però en alguns casos particulars, si la virèmia (presència de virus en sang) és prou alta pot haver-hi una disseminació tal que arribi a altres òrgans o teixits, i alguns d’aquest virus tenen tropisme (tendència a) cap el sistema nerviós (no cal més que recordar la poliomielitis, per exemple), podent generar atàxia, tremolors, convulsions, pèrdues de consciència i paràlisi d’alguna extremitat. Sortosament encara que es doni aquesta afectació, la immensa majoria tindrà bona evolució, i la infecció no deixarà seqüeles significatives, com sí és més freqüent que passi a les meningitis bacterianes. Els dos que s’han citat com a potencials culpables en aquest darrer brot són l’enterovirus D68 i l’A71.

ev-d68-photo-2

Micrografia electrònica de EV D68; es veuen dues menes de partícules víriques, unes amb genoma (menys contrastades) i altres buides sense àcid nucleic, més contrastades, més fosques.

L’enterovirus D68 va ser identificat per primer cop a Califòrnia fa poc més de 50 anys. Particularment l’enterovirus D68 causa afectacions respiratòries entre benignes a greus, amb una simptomatologia de mucositat abundant, tos, esternuts, i dolors musculars i corporals que pot progressar en els casos mes greus a una respiració treballosa i sibilant. La transmissió, a través de secrecions respiratòries, com la saliva, la mucositat nasal, els esputs i també les fomites, és a dir totes aquelles superfícies, la primera de totes la pell de les mans que un cop contaminades puguin tocar o ser tocades per una altra persona. També s’elimina virus a través de les femtes, una higiene incorrecta sortint del lavabo pot ser també una via de transmissió. De fet als EEUU va haver-hi una epidèmia de impacte nacional, que afectà a més de 1100 persones, majoritàriament infants, molts amb asma o historia prèvia de problemes respiratoris; 14 d’elles moriren. De les més de 2500 mostres analitzades s’aïllà enterovirus D68 en un terç mentre un altre terç tenien altres enterovirus o rhinovirus (els virus causants dels refredats comuns).

I que podem dir de l’enterovirus A71? Aquest virus, que es va descriure per primer cop a Califòrnia en 1969 en uns casos de malaltia neurològica, és considerat l’agent causal (però no únic, que també hi col·labora el coxsackievirus A16) de la malaltia de mans peus i boca, una malaltia benigna de la que els infants es recuperen en 7-10 dies; únicament algun cas aïllat pot desenvolupar meningitis viral i encara menys freqüentment episodis de paràlisi semblant a la poliomelitis, o encefalitis.

Altre cop estem davant d’un infecció que no té tractament. Ni vacuna ni tractament un cop infectat més enllà del tractament de suport per mantenir constants vitals i alleugerir les símptomes.

El que cal per evitar la infecció és extremar les mesures de higiene:

  • Rentar-se les mans freqüentment i amb sabó durant un mínim de 20 segons i amb una bona tècnica; com en tot la tècnica ÉS important.

  • Evitar el contacte proper, corporal (petons, abraçades, compartir forquilla o got) amb persones malaltes.

  • Evitar tocar-se amb les mans, els llavis, els ulls o el nas, com a criteri general però més encara si no ens hem rentat les mans abans.

  • Cobrir-se els estossecs i els esternuts amb mocadors o la màniga, mai amb les mans.

  • Netejar/desinfectar totes les superfícies susceptibles de ser tocades, com els poms de les portes, telèfons, etc. especialment si els estem compartint amb algun malalt.

No tinc prou dades però si no hi ha hagut cap mutació o un canvi en virulència del A71 o del D68 (que algú considera com el més perillòs…,http://www.elperiodico.com/es/noticias/sanidad/enterovirus-d68-sintomas-5139581, mira que en són d’exagerats…més que poliovirus?) i tenint en compte que les manifestacions neurològiques (es comptabilitzen ja 29) són la punta d’un iceberg d’altres simptomatologies més benignes, entre elles la malaltia de mans peus i boca…hi ha hagut un increment en el diagnòstic de casos d’aquesta darrera? O tenim manifestacions neurològiques sense estar envoltades de d’un increment de simptomatologies més benignes i freqüents? Una pregunta a resoldre els propers dies.

Ara mateix no sembla possible traçar una causa, un origen. Sembla clar que és un virus “exòtic” no habitual a Catalunya (s’ha avançat a Zika, altre exotisme que perilla que aterri aquest any). El que sí és cert és que com molts altres virus, els enterovirus i entre aquestos, els assenyalats com D68 i A71 generen moltes infeccions asimptomàtiques; la major part dels infectats no mostren símptomes (particularment quan més edat tenen) però poden ser excretors del virus i per tant el poden transmetre a individus susceptibles. És una mesura de responsabilitat extremar les mesures d’higiene per no ser transmissors involuntaris.

 

Però aquesta, aquesta és una altra història.

enterovirus, fomites, norovirus, poliovirus, salut pública, virologia ambiental, virologia social , , , , ,

Comentaris virus-lents (168): Zika i Rio2016; molt soroll per no res?

Deja un comentario Publicado por en mayo 4, 2016

Els Jocs Olímpics de Rio de Janeiro (del 5 al 21 d’agost de 2016) i els Paralímpics (del 7 al 18 de setembre) són els dos aconteixements de masses que tindran lloc a Sudamèrica els propers mesos…a l’estat que va desfermar l’alerta de Zika i que sembla està patint la majoria de les conseqüències. S’espera l’arribada de centenars de milers de persones, milions, que després retornaran als seus països, continents.

L’agost a Rio és hivern…un hivern no mediterrani ja que les temperatures romanen més altes. Són els mesos més freds (bé, no massa, la mitjana tèrmica és de 20ºC mentre que els mesos més calorosos és de 26ºC) i secs (bé, tampoc tant secs perquè cauen els seus bons 50 litres al mes, clar que comparat amb els 150 litres d’altres mesos no semblen gaire) la qual cosa redueix, però no elimina, les poblacions de mosquits, reduint significativament el risc d’infecció pels visitants.

Per fer-nos una idea del possible impacte podem recórrer al Mundial de Brasil del 2014…quan encara no s’havia desfermat el Zika. El European Centre for Disease Control and Prevention (ECDC) recopilà les dades d’aquella època i conclou:

El 2014, la quantitat de casos de dengue a Brasil (entre mitjans de juny i setembre) va ser molt baixa. Si assumim analogia respecte el vector, en ambdós casos Aedes aegypti, el risc de transmissió vectorial de Zika durant els Jocs Olímpics seria baix també.

En aquell moment es reportaren solament tres casos de dengue exportat, entre els visitants al Mundial que retornaren als seus països d’origen, que quedaren justament en la banda baixa de la forquilla (entre 3 i 59, mitjana 33) d’afectats que havia predit el model matemàtic emprant com a població d’assaig els 600.000 turistes que acudiren a veure futbol. ECDC conclou que el risc és molt baix però no zero i que hi haurà més d’un turista que tornarà amb Zika al seu país.

Si Zika arriba a Europa ho farà a traves de turistes infectats. No hi ha cap evidència de transmissió aeroportuària, com s’ha demostrat per la malària o és possible per virus respiratoris com influenza o els coronavirus. Una cabina d’avió adequadament desinsectada no suposa cap risc ja que el virus no es transmet per fomites o de forma aèria.

El risc de transmissió dins Europa vindrà marcat per una sèrie de variables:

  • La presència del potencial vector artròpode, el mosquit. Com l’únic mosquit autòcton ara per ara susceptible de ser competent, encara que seria més correcte dir, del que es tenen dades,és Aedes albopictus,la zona en perill és la indicada en vermell en el següent mapa.

Aedes albopictus - current known distribution - January 2016

Aedes albopictus – current known distribution – January 2016

a_aegypti_0--620x349

  • La capacitat del vector per transmetre una infecció ve determinada per una sèrie de factors com ara la pròpia competència vectorial específica del mateix, la densitat poblacional del mosquits, els hostes preferents a l’hora d’alimentar-se, la freqüència de picades i la taxa de supervivència de la població de mosquits. Són d’esperar variacions espai-temporals de la capacitat vectorial en aquelles zones on Aedes albopictus està present ja que és fortament depenent de les condicions ambientals i de les microlocalitzacions. En poques paraules, la presència d’un vector competent és necessària, però pot no ser condició suficient per a permetre la transmissió a humans quan un arbovirus s’introdueix en la població d’un mosquit.

 

Però durant l’estiu, i hem tingut un hivern molt suau i les prediccions climatològiques apunten a uns mesos de Març a Maig amb temperatures per sobre del normal que ajudaran a un inici anticipat de la infestació per mosquits, sobre tot si hi ha episodis habituals de pluges a l’abril i maig, la transmissió autòctona del virus Zika a partir d’un turista virèmic a les zones infestades amb Aedes albopictus és definitivament possible, però poc probable.

 

Però aquesta, aquesta és una altra història.

salut pública, vectors artròpods, virologia, virologia social, zikavirus , , , ,

Comentaris virus-lents (167): En Abril, norovirus mil.

Deja un comentario Publicado por en abril 29, 2016

Tornem al brot de norovirus d’Andorra per discutir alguns temes. Per variar aquest cop ho faré fent servir com a base un article del ARA, l’enllaç del qual és: http://www.ara.cat/societat/Andorra-tanca-dArinsal-origen-gastroenteritis_0_1567043346.html. Els texts extractats de l’article estaran en cursiva, la meva discussió i dades, no.

Andorra va anunciar ahir per sorpresa el tancament de la font d’Arinsal, després de reconèixer -contràriament al que havia defensat fins ara- que aquest era l’origen del brot de gastroenteritis que va afectar més de 4.100 persones d’empreses de Barcelona i Tarragona….[El ministre andorrà de Salut]… va admetre la contaminació per norovirus de la font natural d’origen i el dany causat a la imatge de la marca. El govern va ordenar també retirar les ampolles que hi ha al mercat, va prohibir que se’n venguin més i va aconsellar no consumir-les a les persones que en puguin tenir.

Bé, s’han acomplert les pitjors previsions que ja avançàvem, un pèl agosaradament, a l’entrada anterior. El virus que ha desfermat el brot es troba a la font, es troba a l’aqüífer. Per tant tot ell està compromès i independentment del format de l’ampolla, l’aigua pot contenir norovirus, en una certa proporció. I és una noticia força dolenta perquè quan un virus entra en un aqüífer pot persistir força temps. Per què? Els aqüífers, les aigües subterrànies, són habitualment considerades com a “segures” microbiològicament perquè hi ha una barrera, que és el propi terra, que evita que hi arribin virus i bacteris des de la seva superfície, on hi han les deposicions/excrecions (si parlem de virus de transmissió fecal-oral, és clar). Aquesta barrera, però, es transforma en un escut si el patogen, aprofitant esquerdes, o senzillament viatjant lentament cap avall, passivament amb l’aigua que s’escola al terra, arriba a l’aqüífer on trobarà un ambient amb poca activitat microbiana (per tant, baixa competència o enemics escassos) i una sèrie de factors (temperatures relativament baixes, absència de radiació ultraviolada) que contribueixen a una alta persistència, de l’ordre de setmanes, mesos o anys. És molt llarg d’explicar (i tampoc l’objecte de l’entrada) però aquest viatge cap a l’aqüífer del virus i/o el bacteri estarà afectat per factors tan variables com la tipologia del sol (sorrenc, argilós, barreja, roca), el nivell de saturació d’aigua, el pH, la conductivitat de l’aigua que percola i la presència i quantitat de matèria orgànica soluble…com a mínim.

Les analítiques rebudes ahir a la tarda pels responsables del ministeri andorrà estableixen uns nivells d’entre 20 i 130 partícules de contaminació per cada cinc litres d’aigua, molt per sota del que havia dit la Generalitat el dia anterior…Sobre aquestes mostres de la Generalitat, el director de Salut andorrà, … va voler matisar que els resultats que situaven la contaminació en uns nivells d’entre 1.000 i 10.000 partícules per litre eren “d’una mostra no oficial”. “No sabem de quina manera es va manipular i no la vam donar com a vàlida”, va afegir.

Una ovació per director de Salut. Intenta, però no gossa, desqualificar la mostra, titllant-la de “no oficial” o “no valida”. El que passa és que entre dues mostres assajades per tècniques de amplificació d’àcids nucleics, una amb més virus (5.000 còpies per litre de norovirus genogrup I i unes 10.000 còpies de genogrup II) que l’altra, jo acostumo a creurem la primera si els controls en els dos casos han sortit correctes. I és que un fals negatiu, o una menor intensitat en la senyal és sempre moooolt més probable quan es fan tècniques d’amplificació d’àcids nucleics que una senyal artificialment augmentada. Manca de capacitat en la concentració de la mostra, en la “preparació” de la mateixa, en la eliminació/separació d’agents inhibidors de la tècnica donen com a resultat senyals baixes que es tradueix en un numero de còpies baix…just els resultats mostrats pel govern andorrà. Llevant d’errada “en factors de conversió” (recordem el cas de les milles per kilòmetres de la sonda Mars Climate de la NASA, el 1999, no?), les dades aportades en la conferència de premsa de dilluns em mereixen més credibilitat.

Per cert, fixeu-vos que jo he parlat de còpies, no de partícules, i menys encara de virus infecciosos. La precisió és important i és que la Reacció en Cadena de la Polimerasa, PCR, el que fa es còpies de la molècula (del segment del genoma) que estem cercant. Però perquè el genoma sigui infectiu li cal (molts cops) que aquest genoma estigui revestit per una càpside, un abric de proteïna que és el que té les senyals que permetran l’entrada del virus a la cèl·lula hoste. Aquesta és la raó per la qual aquestes tècniques ens permeten inicialment parlar de còpies però no de virions infecciosos; la correlació no és correcta, no és equivalent.

L’executiu andorrà, això sí, va voler descartar que la contaminació s’hagués produït per la filtració d’aigües fecals a l’aqüífer perquè l’entorn “no té risc de filtració” i perquè les anàlisis habituals ho haurien detectat. “Si haguessin arribat aigües fecals a la font, les analítiques haurien detectat els bacteris”, va assegurar el ministre, que va recordar que la normativa actual internacional no demana l’estudi dels possibles virus.

I aquí, ja agafant velocitat, el responsable assenyala l’absència de risc de filtració i treu a passejar el Sant Crist Gros dels bacteris. La única afirmació certa en tot el paràgraf, com ja dèiem a l’entrada anterior, és que la norma internacional actual, i jo crec que futura, no demana detectar segons quins virus (la primera baralla entre col·legues la tindríem en decidir quins virus perquè quan cerques un la tècnica et pot detectar aquest però moltes vegades cap altre). L’arribada de virus a aqüífers està bibliogràficament demostrada i en prous casos aquesta aparició no ha estat associada amb l’aïllament de bacteris fecals a la mateixa mostra; senzillament perquè els bacteris fecals s’han inactivat, han estat degradats o eliminats abans, mentre que els virus, molt més petits i resistents han pogut acabar-se d’escolar fins arribar a l’aqüífer.

…l’executiu del Principat va assenyalar que el brot de gastroenteritis es podria haver produït per “un nou agent patogen que s’està començant a estudiar”, tot i que va admetre que ara caldrà definir com van arribar els norovirus a una profunditat de 125 metres sota terra. En diferents casos de gastroenteritis detectats a Andorra -com el març passat al mateix poble d’Arinsal-, Álvarez va preferir negar que es pugui relacionar amb l’aigua d’Arinsal, perquè l’aigua del poble i la que va a la planta embotelladora tenen orígens diferents. “Les gastroenteritis són freqüents i habituals, d’evidències clares no en tenim”, va assenyalar, tot i que va admetre que la incidència de gastroenteritis a Andorra ha sigut “bastant alta enguany”.

Ja ho vaig apuntar a l’entrada passada, i les dades que dona l’executiu són encara més preocupants. Més casos de gastroenteritis al mateix poble d’Arinsal? Significativament més que altres anys? S’està analitzant l’agua del poble? Com pot assegurar que l’aigua del poble i la de la planta embotelladora SÓN diferents? Estan tant delimitats els aqüífers (o els cossos d’aigües subterrànies) com per poder assegurar que no hi ha comunicació entre ells? Què vol dir bastant alta? Significativament alta? Fent clusters o agregats d’afectats? Centrats més en Arinsal que en altres zones d’Andorra? I això és al final del paràgraf perquè jo ja quedo corprès de bon començament quan es parla de “un nou agent patogen que s’està començant a estudiar”. Què vol dir? Què estem davant d’un nou virus? No voldrà dir potser d’un virus que porta entre nosaltres moltíssim anys i que ara, de sobte, veiem? En fi…

Ara que s’ha aclarit el misteri de l’origen falta saber com es va produir la contaminació. Andorra analitzarà també les ampolles que encara són en el circuit comercial, però no hi ha data per disposar dels resultats que resolguin la incògnita.

I aquí tindrem problemes perquè en una contaminació d’aqüífer la contaminació pot estar a centenars de metres, a kilòmetres fins i tot, del punt de captació de la planta embotelladora. I sí, fan bé en no posar data perquè agafar i assajar mostres representatives de tots els elements afectats portarà setmanes i no està gens clar que traguem l’entrellat de tot plegat.

Certament als polítics se’ls ha de demanar que en sàpiguen de política i no de biologia, potser. Però sempre és millor dir que no es tenen clares les coses que no fer asseveracions massa contundents.

Però aquesta, aquesta és una altra història.

Per més informació podeu consultar també…

http://ccaa.elpais.com/ccaa/2016/04/27/catalunya/1461775750_606881.html

aigües, Arbre de la vida, norovirus, salut pública, Tècniques diagnòstiques, virologia, virologia ambiental , , , , ,

Comentaris virus-lents (166): Norovirus i Andorra: res a declarar…per ara.

1 comentario Publicado por en abril 25, 2016

La setmana passada va haver un cert rebombori per un brot considerable (per sobre de 4.000 afectats) de gastroenteritis deguda a aigua envasada que va afectar bàsicament a la zona metropolitana de Barcelona i a Tarragona. El vehicle, aigua envasada en garrafes, subministrada por la companyia de vending Eden i que ha resultat provenir d’una línia de producció de la planta Font d’Arinsal, a Andorra.

 

He sentit alguns comentaris sobre la necessitat de més controls de laboratori. El fons del comentari és cert i irrefutable però s’estavella amb la factibilitat o la relació cost-benefici dels mateixos. Els indicadors de la qualitat microbiològica de l’aigua són, segons la normativa europea, bacteriològics. La detecció de segons quines bacteris fecals implica la possibilitat de presència de virus, també de transmissió fecal-oral. Un aigua que doni positiu a aquests bacteris fecals en una mostra d’un volum concret, per exemple, 100 ml ha de ser retirada del consum. Però, desgraciadament se sap abastament que els virus poden estar present en aigües que ja no continguin aquests bacteris fecals viables, és a dir, la presència de bacteris anuncia possible presència de virus de transmissió fecal-oral (norovirus; astrovirus; virus de la hepatitis A; en temps passats, poliovirus) però l’absència de bacteris no implica absència paral·lela de virus. Els virus poden ser molt persistents i mantenir-se infecciosos per setmanes o mesos a l’aigua un cop hi arriben. Perquè no es fan proves de detecció de virus? Pel seu cost, perquè les tècniques moleculars ens donen senyal de la presencia del genoma del virus però no de que aquest virus sigui encara infecciós, perquè si volem trobar virus viables cal esperar dies, fins i tot setmanes de cultiu en línies cel·lulars (això els que són susceptibles de propagar-se, que no ho són tots), etc. Per tant des d’aquest punt de vista cal assumir que aquí tenim un forat pel que ocasionalment se’ns pot escolar un brot.

 

Res més sentir del brot al meu centre, CReSA, vaig enviar un correu intern dient més o menys…ja veureu com serà norovirus. La simptomatologia evident, l’autoresolucio de l’infecció, que és sempre benigne llevat casos molt particulars; l’apunt inicial a l’aigua com a mitjà de transmissió, eren pistes prou clares. Hi hauria altres virus que podrien mostrar una pistola fumejant com rotavirus o astrovirus, però norovirus acostuma a ser una elecció segura en països europeus.

Assumint la inevitabilitat del brot pel que fa a les proves bacteriològiques altra cosa són les errades procedimentals o saltar-se alguns controls recolzant-se en l’històric. Aixa, Ara el 20 d’abril publicava…”la línia de producció que proveïa l’aigua a Eden és de nova creació-va començar a operar a principis del mes d’abril-, per tant, no havia passat el darrer control oficial.” Mai sabrem si aquest control hagués pogut tenir impacte en la dinàmica del brot, o hagués permès alertar d’alguna mancança.

 

També sembla, per ara, que el problema podria raure en el reciclatge dels recipients. Així com les ampolles de litre i mig no es reciclen, són d’un sol ús, i no s’ha registrat, que se sàpiga, episodis de gastroenteritis d’aigua d’aquesta planta d’Arinsal per aquests envasos, les garrafes de les fonts d’aigua es reciclen entre usos. Dit altrament s’higienitzen, es desinfecten abans de rebre altre cop aigua de la font. Per desgràcia, els norovirus, molt petits, també són força resistents a la inactivació; són perfectament capaços de resistir pH àcids o bàsics (al voltant de pH 2 i pH 12, respectivament per 30 minuts a 37ºC) i necessiten un bon raig de lleixiu (de l’ordre de 300 ppm o més en funció de la presència de material orgànica) mentre que per “matar” bacteris fecals habituals n’hi ha prou amb una dosi de 70 ppm. A tall d’exemple us recordo que el lleixiu domèstic es ven com una solució d’hipoclorit sòdic a 40-50 g/l i això vol dir 40.000-50.000 ppm…per tant es pot diluir força i encara ser efectiu. Tanmateix suposo que la higienització dels recipients es deu fer per mètodes químics (el pH, probablement hidròxid sòdic) o per mètodes tèrmics i per aquests darrers els norovirus també són força resistents; poden resistir 60ºC per 3 minuts i 100ºC per un minut. Tot un petit milhomes de la natura microscòpica.

 

Aquí un apunt, tenint en compte la lleugeresa dels símptomes no descarto que hi hagi hagut casos de gastroenteritis per aigua en ampolles individuals (si assumim que el problema ve de l’aigua, de la font); a nivell domèstic aquests episodis són poc traçables i no permeten lligar caps; també seria interessant saber com ha acabat la investigació epidemiològica de un brot de gastroenteritis en dos hotels de la Massana, a Andorra, que es van reportar a la premsa andorrana el 24 de març. A nivell d’una empresa, d’una comunitat, que 2, 3 ó 5 treballadors emmalalteixin alhora vol dir un punt de connexió comú, més fàcil de traçar o d’aixecar l’alerta.

 

Pel que llegeixo s’han retirat més de 6000 garrafes dels lots produïts els dies 7, 8, 11, 12 i 13. El 9 i 10 no es treballava, que era cap de setmana. No tinc dades del nombre d’empreses afectades (en alguns llocs he llegit vora 200 empreses, encara que s’ha retirat l’agua de més de 900 localitzacions) ni per tant del nombre de garrafes directament involucrades però és un episodi de contaminació “estrany”.

 

Fem un petit càlcul…la dosi infecciosa de norovirus es suposa baixa (1-10 partícules infeccioses són suficient per disparar la gastroenteritis). Per tant aquestes 10 partícules havien d’estar en un got d’aigua consumit de la font (evidentment podem parlar de treballador assedegats que veuen com peixos però és una variable que deixarem fixada). Això vol dir que hi calien presència de 10 virus en 200 ml. Si hi ha 200 empreses afectades, assumint un parell de garrafes per empresa, dona 400 garrafes, que a 19 litres per garrafa dona uns 8.000 litres. Per tant, 40.000 gots de 200 ml i 400.000 norovirus assumint barreja homogènia. Recordem quants norovirus hi ha en un gram de femta d’un malalt de gastroenteritis (per més detalls veure entrada https://comentarisviruslents.org/2014/07/07/comentaris-virus-lents-16-norovirus-i-creuers-laxants/). Doncs sí, més de 1.000.000.000 virus per gram. Per tant caldria 1 mil·lèsima part d’un gram de femta, ben posat, per generar aquest brot. Acabant d’escriure l’entrada he llegit que la concentració de norovirus detectada a l’aigua ha estat anormalment alta (veure http://www.ara.cat/societat/Salut-culpa-Andorra-gastroenteritis-aigua-envasada-Eden-Aigua-Pirineu_0_1565243555.html) de l’ordre de 1.000-10.000 virus per litre; estaríem parlant llavors de 0,1-1 gr de femta.

 

norovirus vital-signs-transmission-lg

Desafortunades trobo les declaracions de Jordi Guix, secretari de la Agència de Salut Pública de Catalunya (ASPCAT) que en La Vanguardia del dia 19 senyalava (o li feien senyalar, un ja no sap): “La probabilitat de contagio de persona a persona es muy baja”. Poc encertada la frase perquè se sap que el norovirus un cop entra en una col·lectivitat arrasa, és molt transmissible…certament no se transmet de persona a persona però sí de persona a fomites i de fomites a persona. Per posar un exemple, si comparteixes un lavabo amb una persona que està en un episodi de gastroenteritis per norovirus, i no vas amb molt de compte, bé, ja pots trucar a la feina i dir que no aniràs en dos dies. Per més detalls veure l’entrada 16 del present blog. O millor encara, entreu a l’adreça http://www.cdc.gov/norovirus/ i mireu el vídeo Have You Ever Heard of Norovirus? És en anglès però és radicalment clar.

 

norovirus-2

 

En resum, ja tenim el culpable, i els que han fet la feina de recerca i identificació són de total confiança però ara queda el més dur que és trobar la via exacta de transmissió que implicarà aïllar el virus d’elements de la línia d’embotellat o confirmar errades o incidències en el procés d’higienització…sense descartar la font primigènia. Esperem que esmercin forces comandades per tot un Sherlock Holmes i no per un inspector Clouseau.

Però aquesta, aquesta és una altra història.

avaluació de riscos, desinfecció, fomites, norovirus, poliovirus, salut pública, seguretat alimentària, virologia, virologia ambiental, virologia social , , , , , , , ,

Comentaris virus-lents (165): Lassa virus, altre virus hemorràgic.

Deja un comentario Publicado por en abril 18, 2016

El Lassa virus (LASV), que pren el nom d’un petit poble nigerià, és un arenavirus que causa una febre hemorràgica (una simptomatologia que compartiria amb l’Ebola) a essers humans i d’altres primats.

Lassa fever virus particle

Partícula vírica de Lassa virus, tenyida per mostrar les projeccions superficials (de color groc) que permeten el virus infectar la cèl·lula hoste. London School of Hygiene & Tropical Medicine

És un virus endèmic de països de l’oest d’Africa, especialment Sierra Lleona, Libèria, Guinea (us sonen no?) i Nigèria (són paraules majors, estem parlant d’un estat de més de 170 milions d’habitants), encara que les últimes dades apuntarien a que estaria força estès en tota la zona de sabana tropical africana. Con a conseqüència d’aquesta endemicitat quan es cerquen anticossos front el virus a la població d’aquests països els percentatges oscil·len entre el 15 i el 50% de població que ha seroconvertit.

Lassafever distribution

S’han trobat quatre llinatges o branques del virus, tres nigerianes, probablement el focus geogràfic d’on va sorgir el virus, i una altra estesa per Sierra Lleona, Libèria i Guinea. La febre de Lassa és una de les més prevalents febres virals hemorràgiques a l’oest africà, responsable de la mort de milers de persones, unes 5.000, anualment. I sorprenentment, o no, és un virus que es va descobrir fa no massa, al 1969, quan dues infermeres moriren d’una estranya febre hemorràgica a Lassa, Nigèria. Per més detalls consulteu la biografia de Jordi Casals en aquest mateix blog (https://comentarisviruslents.org/2015/04/23/comentaris-virus-lents-103-qui-fou-jordi-casals-ariet/).

pub298w417_59720jordi_lg

Jordi Casals

Quina és la simptomatologia? Els símptomes s’assemblen (altre cop) a la grip, i suposa febre, mal de cap, debilitat general, tos, sequedat a la gola, i alteracions digestives (vòmits, diarrea) arribant fins les manifestacions hemorràgiques en els casos més greus.

Els casos asimptomàtics no solament són possibles si no freqüents, al voltant del 80%; els Centers for Disease Control and Prevention (CDC) apunta, però, que en un 20% de casos els infectats sí mostren simptomatologia i si no és adequadament diagnosticada i tractada poden arribar a sofrir un greu malaltia multi-sistèmica, i que el ratio de mortalitat en els casos hospitalitzats es troba entre el 15-20%. La mortalitat sobre el total de casos s’estima en el 1%.

Altre cop no tenim vacuna disponible i el tractament torna a ser de suport per apaivagar els símptomes (reposició de fluids i electròlits, i nivells oxigen) encara que l’ús de ribavirina, que s’inicià el 1979, sembla ser força efectiu sobre tot si és emprada d’hora, al començament de la infecció oberta, després d’un diagnòstic ràpid i més si s’administra per via intravenosa que no per via oral.

Les principals dianes del virus a l’hora de propagar-se són les cèl·lules presentadores d’antígens (les anomenades cèl·lules dendrítiques) i les cèl·lules endotelials (que recobreixen els capil·lars i els vasos sanguinis, això explica el desenllaç hemorràgic en alguns casos), però el virus és capaç d’infectar quasi qualsevol teixit humà…mucosa, intestí, pulmons i sistema urinari, en una progressió fins arribar al sistema vascular.

No hi ha vacuna comercial. S’està avaluant una vacuna, la ML29, una vacuna recombinant que expressa gens del virus Lassa i de virus Mopeia, i que sembla ser efectiva per protegir de la infecció del virus Lassa com a mínim en els models animals (inclosos primats no humans) emprats.

Aquesta és una febre hemorràgica de la que no es parla gaire però que és molt més constant i acumula més morts que la causada per Ebola (de fet el virus Lassa, Ebola i Marburg són de la mateixa família vírica) des de que es té coneixement. Es calcula que anualment hi ha entre 100.000 i 300.000 afectats i se la responsabilitza d’unes 5.000 morts, també anuals. Els darrers dos brots intensos han tingut com escenari Nigèria; el 2012, 1.700 persones mostraren simptomatologia, i 112 moriren. En aquesta epidèmia del 2015-2016, que es va iniciar el mes d’agost, però que el govern nigerià no va “oficialitzar” fins gener 2016, el nombre total de casos és menor (fins ara 250) però la taxa de mortalitat és anormalment alta (135), com també ho és la seva dispersió geogràfica, que ha arribat als estats veïns, com Benin amb 9 morts i 20 casos sospitosos. De mitjana, la febre de Lassa es mortal per l’1% dels individus infectats, amb taxes del 15% si considerem solament aquells que son hospitalitzats però en el brot actual aquest percentatge arriba al 50%.

I la febre hemorràgica de Lassa és també, fins a cert punt, estacional. Els brots generalment es donen durant l’estació seca, típicament entre novembre i febrer (això fa aquesta darrera epidèmia més greu perquè sembla que esta trencant el cicle estacional; també es defensa la hipòtesi que l’increment de la vigilància i la conscienciació degut a la epidèmia d’Ebola fa que es diagnostiquin ara molts més casos; que abans d’Ebola estàvem en un escenari de baixa detecció i declaració de casos, particularment a les remotes zones rurals). I l’estacionalitat no té res a veure específicament amb el clima i sí amb el seu efecte en els éssers vius.

Lassa-Fever..-Rats

Lassa fever fried-rat

Rosegador Mastomys natalensis, també consumit com una delikatessen.

L’estació seca empeny els rosegadors (rates, Mastomys natalensis), que són el reservori del virus, a la vora o a l’interior dels pobles i vil·les per alimentar-se del gra (arròs, blat) recollit i emmagatzemat. Els rosegadors infectats deixen anar el virus en els seves femtes i excrecions. Si el gra no és cuinat o ho és insuficientment la persona que l’ingereix pot infectar-se. La transmissió també és possible, i més directe, per inhalació d’aerosols, pols, que contingui aquestes excrecions infectades (qui ha entrat a un paller, magatzem de gra, m’entendrà perfectament) o al tocar superfícies on s’hagin assecat aquestes excrecions (orina o femtes), o al menjar carn d’aquests rosegadors (vindria a ser el nostre conill) i també per contacte entre persones encara que poc freqüent (en això es diferencia un xic de l’Ebola, més transmissible per contacte humà). I és aquesta estacionalitat la que fa pensar els funcionaris nigerians que el brot s’autolimitarà per si mateix a finals de març-abril…ningú està del tot segur d’això.

 

Però aquesta, aquesta és una altra historia.

 

reservori animal, salut pública, teràpies, virologia, Virus de Lassa, virus hemorràgics, Zoonosi , , , , , , ,

Comentaris virus-lents (164): Concepte Gain of Function, la ciència sempre guanya?

Deja un comentario Publicado por en abril 1, 2016

El concepte Gain of function, que podríem traduir per guany o millora de funció/funcionalitats no és un concepte nou. Els experiments de modificació de funcionament en un sentit general són una pràctica quotidiana a la microbiologia des de fa molts anys. En aquest experiments s’afegeixen o modifiquen propietats o funcions tant a virus com a bacteris, per exemple amb mutacions als gens per generar noves o millorades funcionalitats a les proteïnes resultants. El camí invers, generar pèrdues de funcionalitats també és possible…i pot donar tanta informació com els guanys de funció. Per tant, en un sentit estricte, quan ens parlin d’un experiment que caigui en aquesta categoria no cal desqualificar-lo…immediatament.

GainOfFunction-GOF-1082214doctor

El dilema sorgeix quan estem treballant amb patògens ja de per si prou perillosos, com podria ser la influenza aviaria altament patògena H5N1, el SARS Coronavirus, el MERS Coronavirus i volem fer experiments de guany de funció per específicament cercar un increment en la seva transmissibilitat, patogenicitat, o alterant (fent més ampli) el rang d’hostes susceptibles. Però no solament en aquest casos, perquè també ens han de preocupar experiments que cerquin incrementar la resistència dels bacteris als antibiòtics terapèutics actuals, generar mutants que escapin a les formulacions vacunals actuals i que les facin ineficaces, o generar mutants que escapin, que siguin invisibles, a les tècniques diagnòstiques o de detecció habituals.

Als darrers anys s’ha donat un fort increment de la preocupació oficial pel mal ús o l’ús dual (entenem dual use com els coneixements o tecnologies adquirides a través de la investigació científica que podrien ser mal emprades amb fins criminals o terroristes o en el camp militar) d’una recerca aplicada en el camp de la microbiologia de patògens de grup de risc 3 i superior…un tema no massa entès a les universitats o centres de recerca que no inclouen la bioseguretat, la biocontenció i la bioprotecció com temes en els que també cal formació. I clar, quan la recerca és llavors fiscalitzada per experts en bioseguretat, als que els científics retreuen una baixa o nul·la formació en microbiologia i/o biotecnologia i sempre delerosos de menystenir els beneficis científics i socials d’aquella recerca i de maximitzar els riscos potencials, les amenaces a la seguretat, l’embolic i la desconfiança estan garantides. El problema és encara més gran si tenim en compte que de regulacions i lleis hi ha unes quantes, emeses per diferents cossos regulatoris, ministeris, agències, de diferents estats i en alguns casos aquestes són un pèl abstruses. Manca més claredat regulatòria, de vegades tot rau en l’establiment ferm i sense discussió de qui és EL responsable regulatori de tota la problemàtica en bioseguretat, i més uniformitat, homologació entre els diferents estats.

Per tant, cal cooperació internacional i marcs normatius el més comuns possibles, perquè no se’ns escapa a ningú que la recerca en les ciències biològiques és una recerca molt internacionalitzada; molts projectes són xarxes que involucren estats de diversos continents; els investigadors tenen contactes i bescanvien dades amb col·legues all over the world; hi ha cooperació entre centres de recerca i universitats molt distants i per acabar-ho d’adobar els resultats de la recerca es distribueixen a tot el món a través d’internet. La regulació salta feta miques ja que els riscos del mal ús dels resultats no queda reclosa a l’estat on s’ha desenvolupat físicament la recerca.

I aquesta regulació externa és necessària. La responsabilitat individual dels científics no deixarà de ser un aspecte important per fer front als dilemes dels experiments de Guany de funció, que podrà ser acompanyada o enfortida per comitès d’ ètica o bioseguretat i codis de conducta de la institució. Però tota aquesta autoregulació pot fallar i caldrà un  marc regulatori superior.

Els experiments que es dissenyen per millorar la transmissibilitat, o la virulència, o resistència a les contramesures actuals, de patògens de nivell 3 i 4 evidentment estant modificant el risc per a la salut de la població. Per començar, s’està produint un mutant que no està a la natura…encara. Si a més, no hi ha un benefici immediat, ni previsible, en forma de cura terapèutica o vacuna, són una eina vàlida?

GOF risk and benefits 21666-0309367832-450

Davant d’un experiment d’aquestes característiques una persona “dual”, amb una cama a cada cap, la virologia i la bioseguretat es plantejaria una sèrie de qüestions…Quin coneixement es pot guanyar realment amb aquests experiments? Aquest coneixement podria obtenir-se per altres vies? Es poden realitzar aquests experiments en condicions de seguretat, en instal·lacions ben mantingudes, dirigides i amb el mínim personal involucrat? Quins plans de contingència té la instal·lació? Quin és el benefici per a la salut esperat, tant immediat com a mitja termini? Quina és la probabilitat que els experiments siguin emprats de manera abusiva, per exemple, per terroristes, però també, perquè no, per l’esfera militar? Com de realista és el risc que terroristes o altres persones voldran fer mal ús dels resultats de la recerca, i que tinguin la capacitat real de poder-ho fer? És sempre necessari que els resultats de la recerca estiguin a disposició de tothom?

Moltes d’aquestes preguntes tenen respostes “duals”…en funció de cada cas.

Però aquesta, aquesta és una altra història.

avaluació de riscos, bioprotecció, bioseguretat, bioterrorisme, GOF, Grups de risc biològic, guany funcional, Influenza aviar H5N1, instal·lacions bioseguretat, MERS Coronavirus, salut pública, SARS coronavirus , , , , , , , , , , ,

Comentaris virus-lents (163): Zika i mosquits; la competència va per barris.

Deja un comentario Publicado por en marzo 26, 2016

Són tots els mosquits capaços de transmetre eficientment Zika? No tots. Són els mosquits del gènere Aedes capaços de fer-ho amb eficiència, llavors? No tots, tampoc, algunes espècies. Hi ha una espècie o espècies concretes que siguin les més eficients i per tant les més “perilloses”? Probablement dependrà del lloc, de la raça, del genotip del mosquit.

a_aegypti_0--620x349

Un estudi molt recent (enllaç original: http://journals.plos.org/plosntds/article?id=10.1371/journal.pntd.0004543) indica que no tots els Aedes albopictus o Aedes aegypti serien eficaços transmissors de Zika, dependria de la seva localització. Així les poblacions americanes d’aquests mosquits mostrarien diferències entre elles (per exemple, pel que fa a la transmissibilitat de Zika, Aedes aegypti de Rio de Janeiro seria força més competent que Aedes albopictus de Florida; però mentre que les dues races, genotips, d’Aedes aegypti, la brasilera i l’estadounidenca no diferien, la població d’Aedes albopictus de Florida seria més competent que la brasilera, més del doble de competent), i serien menys eficients, en conjunt, que les asiàtiques (Singapur). L’estudi conclou que encara que Aedes aegypti i Aedes albopictus (americans i caribenys) són susceptibles a la infecció, es mostraren inesperadament poc competents, poc eficaços en la transmissió de Zika per la qual cosa altres factors han d’explicar aquesta transmissió tant accelerada: poblacions humanes naïve, sense contacte prèvia amb el patogen; altes densitats de mosquits i/o alta freqüència de events/picades per individu…

Anem a explicar-ho més a fons. Establim unes premisses, però. Una transmissió a través d’un vector depèn de la compatibilitat de vector i allò que vol ser transmès. Un vector molt competent per transmetre Chikungunya pot no ser-ho tant per transmetre una altre virus com és Zika. Per tant a l’hora de la transmissió cal valorar quina és la parella de ball…i si valorem això cal saber que de llinatges vírics de Zika se’n coneixen com a mínim tres (oest d’África, est d’África i l’asiàtic, que és el que ara està propagant-se a Amèrica) i de mosquits Aedes albopictus o Aedes aegypti la població que es troba a Rio de Janeiro no és probablement la mateixa que s’està a Florida…o la que tenim a Barcelona, o a Sant Carles de la Ràpita.

Una altra sèrie de conceptes que cal tenir clars (veure entrada sobre competència vectorial, https://comentarisviruslents.org/2015/12/27/comentaris-virus-lents-146-competencia-vectorial-o-quan-la-competencia-ens-fibla-de-veritat/) és entendre que el fet que un mosquit xucli sang d’un humà infectat no vol dir que pugui transmetre la infecció. Els entomòlegs parlen de taxa d’infecció (TI) com el ratio de mosquits que tenen el cos (abdomen i tòrax) infectat uns dies després de la ingesta de la sang amb virus. La taxa de disseminació (TD) fa referència a la fracció d’aquests mosquits amb el cos infectat que tenen (uns dies després) el cap infectat (recordem que al cap és on es troben les glàndules salivars). Per tant, és un ratio d’un ratio previ. Finalment la taxa de transmissió (TT) representa un altre ratio, els dels mosquits amb el cap infectat que tenen presència de virus a la saliva que és l’autèntic contagium vivum fluidum. De tot això, podem treure un índex general, la taxa d’eficiència en la transmissió (TET) que seria la proporció de mosquits amb saliva infectada respecte el total de mosquits i que podrien representar com TET = TI x TD x TT. Suposo que no se us escapa que qualsevol “zero” en algun d’aquests índexs bloqueja la transmissió i que un valor d’un posem 50% (o ½, que no està gens, gens malament) en els tres factors implica que l’eficiència final és del…13%.

Que Zika cavalca sobre Aedes és de sobra conegut. A Àfrica s’ha aïllat Zika de Ae. africanus, Ae. apicoargenteus, Ae. luteocephalus, Ae. furcifer and Ae. taylori, and Ae. vittatus. Tanmateix Ae. aegypti no sembla que el transmeti a zones d’Àfrica (estudi a Senegal, veure enllaç original a http://bmcinfectdis.biomedcentral.com/articles/10.1186/s12879-015-1231-2), mentre que Ae. albopictus (la població de Singapur) sembla ser eficient en la transmissió (l’enllaç a l’article original http://journals.plos.org/plosntds/article?id=10.1371/journal.pntd.0002348). Tot es torna encara més fosc quan un altre estudi a Senegal, amb mosquits Ae. aegypti capturats en una altra localització, Kebemer (a prop de Dakar), exhibiren taxes de transmissió del 88% al 95%. Això ja fa ensumar la importància del perfil genètic de la població del vector pel que fa a la seva “competència”.

Tornem a l’estudi inicial; els investigadors (per aquelles condicions experimentals concretes) han trobat que les TET pel Zika de les espècies Aedes albopictus de Florida i Aedes aegypti de Rio de Janeiro foren del 3,3 i del 10%, respectivament. Un de cada 30 i un de cada 10 mosquit alimentat amb sang infectada aconseguia portar el virus a les glàndules salivars i per tant potencialment podia transmetre la infecció. Not so bad, diríeu.

I jo també ho diria però…aquest estudi es va fer alimentant els mosquits amb sang infectada amb 107 TCID50/ml de virus Zika. Ja us podeu imaginar que una femella de mosquit pot xuclar 1-2 µl com a molt; per tant al mosquit haguessin entrat en el millor dels casos 104 virus infecciosos i amb aquestos valors tenim aquests rendiments del 3% al 10% de transmissió. I quina és la virèmia descrita per Zika als humans? Doncs a diferència de Chikungunya, amb virèmies de 107 a 109 copies RNA/ml, o fins i tot el dengue amb 106-107 copies ARN/ml, la virèmia de Zika és bastant baixa de 103-106 copies ARN/ml. Una còpia ARN en el millor dels casos es pot fer equivalent a un virus infecciós. Per tant estem parlant que la virèmia habitual per Zika està entre 1 i 4 ordres de magnitud (entre 10 i 10.000 vegades) per sota de les concentracions víriques de l’experiment.

CHIK transmission cycle viruses-06-04628-g002-1024

Esquema que reflecteix la incubació extrínseca d’un virus (Chikungunya, dengue, Zika, etc.) en un vector

Que vol dir això? Per un costat, que la freqüència de competència baixaria molt més enllà dels valors descrits…si no entren prous virus possiblement cap ni un arribarà a glàndules salivars i que encara que hi arribessin potser ho farien massa tard, quan el mosquit està al final del seu cicle vital. De la mateixa manera que un increment de la càrrega vírica a la sang xuclada escurça el període d’incubació extrínseca (PIE, per més detalls veure https://comentarisviruslents.org/2015/12/27/comentaris-virus-lents-146-competencia-vectorial-o-quan-la-competencia-ens-fibla-de-veritat/) un decrement de la mateixa, un baix títol víric el pot allargar més enllà del cicle vital del mosquit. Per exemple, per Chikungunya s’han descrit PIE de…dos dies!! com a conseqüència de les altes virèmies.

Per tant, un escenari de baixa capacitat de transmissió encara més tibada cap abaix per la baixa virèmia però potser compensada per l’enorme nombre d’éssers humans susceptibles i els contactes altament freqüents d’aquests amb poblacions molt nombroses de vectors. Aquesta situació no és original, ni és anormal; una població de Aedes aegypti, de baixa competència per transmetre la febre groga però una molt alta densitat poblacional, es considerà responsable del brot de febre groga a Nigèria al 1987.

L’estudi de les poblacions específiques de vectors cada zona, doncs, sembla imprescindible per fer una avaluació de risc real. I en aquesta avaluació de risc caldria obrir el focus d’atenció i incloure altres mosquits que, no per portar molt temps entre nosaltres (Culex spp. per exemple) poden acabar essent eventualment competents. Tant Zika con Chikungunya que s’estan expandint de forma accelerada inicialment es mantingueren en un cicle enzootic que involucrava a primats no humans i una amplia varietat de mosquits zoofílics (no antropofílics). Aedes aegypti i en menor mesura Aedes albopictus són vectors antropofílics; qualsevol mosquit antropofílic mereixeria la nostra atenció inicial.

I a Catalunya, per instal·lacions i capacitat, això ho pot fer solament el Centre de Recerca en Sanitat Animal (CReSA), dins de l’institut IRTA.

Però aquesta, instal·lacions i capacitats, és una altra història.

avaluació de riscos, salut pública, vectors artròpods, virologia, virologia ambiental, zikavirus , , , , ,

Comentaris virus-lents (162): Perseguint Ebola; North by Northwest.

Deja un comentario Publicado por en marzo 20, 2016

S’ha informat de nous casos d’Ebola a Guinea, que reafirmen una hipòtesi exposada en aquest blog fa ja molts mesos que anem cap a un escenari de certa “cronicitat”, de un continu de microbrots o “flare-up” (veure per ex. entrada 138, https://comentarisviruslents.org/2015/10/31/comentaris-virus-lents-138-sequeles-de-lebola-un-estudi-anuncia-el-que-vindra/). Aquesta comunicació s’ha produït al mateix temps que l’Organització Mundial de la Salut (OMS) informava que donava per acabat l’últim brot a Sierra Lleona a l’haver transcorregut 42 dies (dos cicles d’incubació d’Ebola) sense nous casos.

Els casos es descobriren a l’investigar amb detall tres morts misterioses en una zona rural (Koropara, a Nzérékoré) a més de 1000 km de la capital… una cosa que no s’hagués fet possiblement fa tres anys quan no hi havia cap mena d’alarma. Altres membres de la família del difunts són considerats com a casos sospitosos, al mostrar simptomatologia clínica compatible amb Ebola i estan sota seguiment. Una dona i el seu fill de cinc anys, familiars dels morts, han donat positiu a Ebola als assajos de laboratori.

Com a conseqüència s’han desplaçat equips sanitaris, d’epidemiologia i equips de vacunadors per intentat aturar una possible transmissió secundària. Per què equips de vacunació? Perquè ara tenim una vacuna, que sembla que funciona, i que cal aplicar en cadascun d’aquests petits brots per acumular dades sobre la seva eficàcia i seguretat. Per més detalls veure l’entrada 128 https://comentarisviruslents.org/2015/08/03/comentaris-virus-lents-128-vacuna-contra-ebola-si-no-es-una-bala-de-plata-ho-sembla/.

Ebola africa_vaccination2

 

Resta la pregunta clau, i d’on ha vingut aquest cop el virus? Sense descartar la possibilitat d’un nou vessament del compartiment animal, d’un altre episodi de zoonosi, transmissió del virus d’un animal a l’esser humà, el més probable es que el virus no hagi vingut si no que encara estigui entre nosaltres i perduri durant mesos o anys. Ho sabrem aviat quan es trobi la seqüència del virus d’aquest darrer flare up i es confirmi o no la seva identitat amb la soca circulant des de el 2014. Probablement serà el mateix o això és el apuntarien les dades de l’alta persistència del virus semen i altres líquids i humors en els infectats guarits d’Ebola. Dit d’una altra manera Ebola inicia un nou brot per una via no habitual, la via sexual i després torna a transmetre’s per la via habitual (contacte proper amb malalts, cura i preparació als enterraments, etc.). També cal que valorem que aquest flare up s’ha produït en una zona rural…em resulta difícil de pensar que no pugui estar passant ara mateix en un altre llogaret on no arribin els serveis d’assistència o on s’amaguin els primers casos.

I sí, sabem molt poc de com de transmissible és el virus en homes infectats i posteriorment guarits, i quin és el percentatge d’homes que excreten el virus en el seu semen i fins quan (per més detalls veure l’entrada 134, https://comentarisviruslents.org/2015/10/16/comentaris-virus-lents-134-ebola-i-semen-una-historia-de-persistencia/). Aquesta via és nova i l’hem vista ara com a conseqüència dels milers i milers d’afectats. Recordem, però, que “únicament” tenim comptabilitzats vora 30.000 casos clínics, potser unes quantes desenes de milers d’infectats asimptomàtics més, però que a la zona hi ha encara milions de persones completament susceptibles a patir al malaltia. D’aquí el neguit que causen aquests “flare up”.

 

Ori-Ebola-450x330

La OMS declarà Guinea lliure d’Ebola el 29 de desembre de 2015, seguida per Libèria el 14 de gener (però compte, que Libèria va inaugurar aquesta llista el mes de maig del 2015, però va sortir al juliol i altre cop al novembre al trobar-se nous casos, veure entrada 123 https://comentarisviruslents.org/2015/07/05/comentaris-virus-lents-123-liberia-ebola-en-el-carrusel-de-la-cronicitat/). Sierra Lleona ha entrat a aquesta llista fa uns dies (ja havia entrat en 7 de novembre però va tornar a tenir casos i va caure de la llista) i d’aquesta llista ara ha caigut Guinea, com a mínim pels propers 42 dies. Veurem entrades i sortides d’aquesta llista durant mesos o anys, en la meva opinió.

Si això és “cronicitat” ambiental o epidemiològica, o una cua molt llarga de microbrots després d’una epidèmia molt extensa és un tema a discutir…llargament.

Però aquesta, aquesta és una altra història.

salut pública, vacunació, virologia, virologia ambiental, virus hemorràgics, Zoonosi , , , , ,

← Entradas anteriores

Entradas siguientes →