comentarisviruslents

Aquest blog és una seguit de comentaris personals i probablement poc transferibles sobre ciència i política.

Archivos en la Categoría: fomites

Comentaris virus-lents (187): La soca H5N8 arriba a Catalunya: serem millor que els francesos?

Deja un comentario Publicado por en febrero 24, 2017

Tornem a agafar el tema de la grip aviària ara que no solament ha arribat a Espanya (veure entrada anterior) si no que ja la tenim a Catalunya, primer per la detecció del genoma del virus HPAI H5N8 en mostres d’una cigonya morta trobada als Aiguamolls de l’Empordà (es diu que a començaments de febrer) i ara per la propagació del virus en una granja d’ànecs d’engreix a l’aire lliure ubicada al municipi de Sant Gregori (Gironès), que obliga com marca el protocol a sacrificar tots els animals.

 

800px-ciconia_ciconia_at_the_hamburg_zoo

De: https://ecoxarxanoticies.wordpress.com/2013/09/25/les-cigonyes-sestableixen-a-lleida/

Primer de tot, si el problema s’ha estès més enllà del que veiem tenim mala peça al teler. A França ja fa tres mesos que intenten eradicar-la i no han pogut…encara. Fruit d’aquestes operacions ja van més de 3 milions d’aus sacrificades; fa molt pocs dies (dimarts) es va ordenar el sacrifici preventiu de 360.000 ànecs addicionals com a part dels esforços per prevenir la propagació del virus H5N8, a regions de Pirineus Atlàntics, al sud-oest de França, que és on es concentra bona part de la producció de foie gras del país (veure entrada 185). De fet el Ministeri a França va començar fort, després va obrir la mà al veure que semblava que la propagació del virus minvava però ara tornar a accelerar un cop ha vist que la propagació torna a agafar embranzida. Ara mateix porten 273 brots de la soca H5N8 a granges i 28 deteccions (aïllaments) a animals silvestres. D’aquest 273 brots, més de 120 cauen al departament de les Landes (que concentra una quarta part de la producció de foie gras), i altres 92 a la propera regió de Gers; alta concentració de brots limítrofs amb Espanya, doncs.

 

Aquesta lectura convé tenir-la en ment. Potser és bo ser molt “agressiu” al començament i no obrir la mà abans d’hora.

 

El que és cert és que, com HPAI, H5N8 és un virus que un cop entra en una granja es propagarà a gran velocitat, i amb períodes d’incubació curts o molt curts. És bo recordar un text clàssic que diu què cal per considerar un virus influença aviar (avian influenza, AI) com un HPAI (Highly Pathogenic Avian Influenza):

 

The usage of the term HP implies that the virus is highly virulent for chickens and has been demonstrated to meet one or more of the following three criteria (72, 115):

  1. a) any influenza virus that is lethal for six, seven or eight of eight (>75%) four- to six-week-old susceptible chickens within ten days following intravenous inoculation with 0.2 ml of a 1:10 dilution of a bacteria-free, infectious allantoic fluid

  2. b) any H5 or H7 virus that does not meet the criteria in a), but has an amino acid sequence at the HA cleavage site that is compatible with HPAI viruses

  3. c) any influenza virus that is not an H5 or H7 subtype and that kills one to five of eight inoculated chickens and grows in cell culture in the absence of trypsin.

Sic de Swayme & Suarez. 2000. Rev. sci. tech. Off. int. Epiz., 19 (2), 463-482

És a dir, un HPAI per definició és altament  mortal, un cop que entra en una granja matarà entre el 75% i el 100% dels animals de la mateixa; per tant si es detecten uns, encara que siguin pocs, animals infectats, positius amb H5N8 la conducta humanitària es eliminar-los a tots per evitar patiments. Addicionalment hi ha avantatges com serien evitar una propagació ulterior perquè els animals mors deixen de propagar el virus.

 

Hi ha problemes logístics considerables. No és fàcil matar desenes de milers d’animals si es vol fer d’una manera correcta i es volen eliminar els cadàvers per evitar una ulterior propagació. Hi ha desafiaments logístics darrera. És per això, que el Ministre francès ha dit que el darrer sacrifici massiu ordenat, de 360.000 aus els durà setmanes. Òbviament, quan més ràpidament i dràsticament es faci millor.

 

De la nota de premsa del Departament d’Agricultura, Ramaderia, Pesca i Alimentació (enllaç http://agricultura.gencat.cat/ca/inici/nota-premsa/?id=298190) es deriva que les mesures que s’han pres són les pautades a Europa, com no podia ser d’una altra manera. La determinació del origen, que apunta a les aus silvestres, i amb el que no puc estar més d’acord quedarà encarregat al personal científic tècnic del IRTA-CReSA (on hi treballo).

 

A tal efecte convé recordar una investigació epidemiològica que es va fer amb la primera onada de H5N8 al 2014 a Alemanya (sí, heu llegit bé, al 2014). L’enllaç a l’article és… https://wwwnc.cdc.gov/eid/article/21/5/14-1897_article. El 3 de novembre de 2014, es detectà un sobtat augment de mortalitat (el dia anterior, 2 de novembre havien mort poc més d’un centenar mentre el dia 3 moriren 731 i el dia 4 quasi 900 animals) en una granja de galls d’indi en una instal·lació d’engreix d’aquests animals (31.000 exemplars) al nord-est d’Alemanya. La granja afectada  estava situada en una zona amb baixa densitat d’aus de corral a poc més d’un km del Llac Galenbeck, una zona protegida, reserva natural molt freqüentada per aus silvestres. La finca era d’accés restringit i estava envoltada de camps i boscos. Els galls d’indi eren dins coberts, estables (instal·lació tancada). El dia 6 de novembre van ser tots sacrificats però ja no hi eren tots. En alguns estables la taxa de mortalitat acumulada ja estava per sobre del 90%. La mortalitat va ser relativament depenent dels coberts o estables.

 

Les investigacions epidemiològiques van poder descartar entrada del virus a partir d’ous de gall d’indi o de galls d’indi infectats; aigua, aliments o llit contaminat; o a través de persones que haguessin visitat les àrees infectades, en aquell moment, a Corea del Sud o l’Est d’Àsia. No es va poder descartar, però tampoc es va poder confirmar definitivament, la introducció per acció de les aus silvestres infectades, que podrien haver contaminat aigua, aliments, terres o fomites, ja que estaven en gran nombre al llac proper a la instal·lació, però també als camps de conreu dels voltants. S’analitzaren mostres de femtes d’aus silvestres dels terres dels voltants però totes elles donaren resultat negatiu. Es va detectar, però, mostra positiva en un xarxet sa (Anas crecca) caçat a l’illa de Ruegen, no massa lluny, el 17 de novembre de 2014, pel virus H5N8. UN clar exemple que l’absència de prova no és prova d’absència.

 

Tanmateix i com indica la premsa (veure enllaços http://cat.elpais.com/cat/2017/02/23/catalunya/1487845683_114967.amp.html o http://www.ara.cat/societat/detecta-aviaria-granja-danecs-Girones_0_1747625370.html) la granja afectada, al municipi de Sant Gregori, es trobava fora del perímetre de control determinat pel punt en el que es va trobar la cigonya morta. Per tant o la infecció està més estesa o la cigonya no es representativa com epicentre. Estem gratant la punta del iceberg? perquè no sabem quan de temps porta el virus circulant. Els virus HPAI són extremadament patogènics en aus domestiques o de producció però la seva mortalitat no és tan intensa en aus silvestres que poden excretar el virus patint la infecció, o fins i tot en infeccions asimptomàtiques. No sabem quantes aus silvestres han propagat el virus ni per quines zones ho han fet. No encara.

 

L’època no és bona pel que fa als nostres interessos. El virus de influença és un virus embolcallat que no porta bé la dessecació ni les altes temperatures. Lamentablement estem a l’hivern, amb temperatures baixes (relativament baixes) i humitat relatives altes…les condicions mes favorables per la persistència viral. Una femta recent es pot mantenir relativament fresca i hidratada com per tant mantenir els virus prou viables. Recordem que en un gram de femta podem trobar-nos milions de virus influença que poden contaminar gespa, terres i aigües de llacs o de subministraments pels animals de granja. Si voleu més informació bàsica al respecte aneu a Tenacity of avian influenza viruses a l’enllaç http://www.oie.int/doc/ged/D6189.PDF.

 

En alguns estudis (veure enllaç previ) s’indica que una espècie d’ànec concreta (Cairina moschata, l’ànec mut) pot excretar 6,4 g de material fecal per hora, amb una infectivitat d’1 × 10exp7,8 EID50 per gram (això són 50.000.000 virus), i aquestes aus excretarien potencialment 1 × 10exp10 EID50 en 24 hores….i això són 10.000.000.000 virus.  Per tant potencialment es poden contaminar moltes superfícies, gespa, terres i aigües amb això. Les aus “camperes”, aquelles en regim de llibertat, open range, i que, per tant, poden compartir espais amb les aus silvestres són les que corren el risc principal.

 

Les explotacions tancades amb bones mesures de bioseguretat no haurien de patir (sempre que les condicions de bioseguretat se segueixen estrictament) i per exemple l’aigua que es subministra no hagi tingut contacte amb aportacions exteriors (protegida de deposició de femtes i desinfectada si es capta d’un llac que rep fauna silvestre); que llit i aliments es guardin sempre protegits de l’aire lliure i les dejeccions i que els treballadors no entri inadvertidament el virus amb les seves botes, roba o ítems emmagatzemats a l’exterior.

 

Finalment una precisió a la nota respecte la nul·la afectació a humans. Efectivament totes les proves i coneixements actuals apunten a la seva incapacitat d’infectar humans (enllaç a avaluació de risc de la ECDC http://ecdc.europa.eu/en/publications/Publications/risk-assessment-avian-influenza-H5N8-europe.pdf). Bona part d’aquesta premissa es basa en la diferent afinitat que tenen els virus de la grip aviària, respecte els virus de la grip humana, per uns receptors cel·lulars específics (la seva porta d’entrada a les cèl·lules). Els virus de la grip aviària tindrien afinitat pels receptors àcid siàlic alfa-2,3, mentre que els virus de grip humana tindrien afinitat pels receptors àcid siàlic alfa-2,6. Si voleu una explicació molt planera (en anglès) podeu anar a l’enllaç http://www.virology.ws/2009/05/05/influenza-virus-attachment-to-cells-role-of-different-sialic-acids/). Els receptors àcid siàlic alfa-2,3 estan molt presents a les cèl·lules epitelials de l’intestí d’ànec. Per contra, pel que fa els receptors àcid siàlic alfa-2,6, és el principal tipus d’àcid siàlic present en les cèl·lules epitelials respiratòries humanes. Però res és absolut; receptors àcids siàlic alfa-2,3 també es troben en poblacions cel·lulars menors presents en el tracte respiratori humà…per tant que es infectem de H5N8 no és impossible encara que la dosi i la pressió infectiva hauria de ser molt alta. Això és el que ha passat amb altres virus de influença com H7N9 que està circulant actualment per Àsia i el ja vell conegut H5N1. És molt improbable que un europeu amb contacte ocasional s’infecti…jo no posaria la mà al foc, però, per un xines que visqués, o que visités amb molta freqüència, a mercats d’aus i animals vius a Àsia. La transmissió entre humans sí que sembla requerir reconeixement de receptors àcid siàlic alfa-2,6 perquè sigui eficient (i això indiquen els estudis amb el virus de la grip de les pandèmies de  1918, 1957, i 1968). I fins aquí llegirem per avui.

 

Queden molts més temes del virus influença però aprofitarem temes d’actualitat per anar-los traient.

 

Perquè aquesta, aquesta és una altra història.

 

fomites, Influenza, influenza aviària, virologia ambiental , , , ,

Comentaris virus-lents (170): Enterovirus 71, un altre virus global?

Deja un comentario Publicado por en mayo 22, 2016

El que ara segueix és una entrada sobre un virus que no conec gairebé però que preocupa a la gent, a l’apuntar-se la possibilitat que estigui darrera d’una sèrie d’afectacions neurològiques a infants a Catalunya les darreres setmanes.

Enterovirus 71? Si llegiu l’entrada anterior del blog ja sabreu que es tracta d’un virus caracteritzat fa menys de 50 anys a Califòrnia (1969) a partir de casos de malalties neurològiques (recordeu que dins els enterovirus tenim a l’històric poliovirus).

Se’l considera un virus nou, d’evolució i aparició recent (res d’estrany ja que es troba en una família vírica procliu a la generació de continues variants). A banda del brot neurològic de l’any 1969 als EEUU, va començar a afectar països europeus, com Bulgària (1975), Hongria (1978) i desprès diversos països asiàtics, un dels darrers Cambodja, el 2012.

L’enterovirus 71 (EV71) cauria dins l’espècie A dels enterovirus, per això el podeu trobar com EV-A71 o A71, però dins d’ell distingim diferències que s’associen a localitzacions del brot; no és un virus monolític, amb molt poca variació; ve a ser que el brot de la India és causat per un virus lleugerament diferent al que causà el brot de Àustria, o el que es troba en un brot d’algun país africà.

El primer que us ha de quedar clar és que l’enterovirus A71 genera molta infecció asimptomàtica; molts infectats (aquesta probabilitat és més alta als adults; a tall d’exemple la meitat de la població adulta de Taiwan té anticossos front A71 però no recorden haver passat la malaltia) pateixen aquesta infecció de forma subclínica, sense símptomes aparents però poden excretar eficientment el virus. Compte amb les mesures de higiene, doncs!!

enterovirus71

Micrografía d’un enterovirus A, 71.

Habitualment A71 causa diarrea, erupcions cutànies, i la malaltia de mans, peu i boca (hands, foot and mouth disease, HFMD), però…en casos molt particulars pot arribar a generar altercacions neurològiques greus. Al 1997, a Malàisia i Japó, i al 1998 a Taiwan diferents brots de HFMD va acabar amb morts per malaltia neurològica i es va aïllar A71 dels pacients. Brots de A71 són relativament freqüents en països asiàtics amb comerç intens amb Xina (és a dir, gairebé tots). El cas més cridaner, sense dubte, Taiwan, el 1998, amb un gran brot que inclogué vora 130.000 casos, més de 400 infants amb complicacions reus i més de 80 morts. Taiwan, però, també reportà brots al 2000 (amb 25 morts) i al 2001 (amb 26 morts). El cas de Taiwan el 1998 també és important, o s’ha de retenir a la ment perquè l’epidèmia vingué en dues onades, una principal a les dates a les que estem i l’altre, més local geogràficament, a l’octubre. També s’ha reportat a Malàisia al 1997 i al 2000, amb virus lleugerament diferents als altres brots i al Vietnam als primers set mesos del 2012, amb més de 60.000 casos de la malaltia de mans, peus i boca; s’ha assignat la “culpabilitat” del EV71 a més del 50% d’aquests casos.

Cambodja patí també una epidèmia el 2012, entre abril i juliol, que va provocar la mort de 64 nens (altres parlen d’un mínim de 54 morts per encefalitis greu) per sota dels 7 anys d’edat. La mort fou ràpida, en 24 hores i mostraren símptomes que incloïen afectacions respiratòries febre anormalitats neurològiques generalitzades; dels 24 pacient que es prengueren mostres 15 foren positius per EV71 (subgenogrup C4). La causa inicial del brot no ha pogut ser establerta, però una investigació seroepidemiològica publicada aquest gener al Emerging Infectious Diseases assenyalava que dels sèrums, de nens entre els 2 i els 15 anys, disponibles i recollits entre el 2000 i el 2011 (obtinguts en la vigilància rutinària de la incidència de dengue, abans de brot de EV71 del 2012), més d’un 80% mostraven reactivitat, una reactivitat creixent, més baixa al 2000, de més del 95% als darrers anys, a l’enterovirus 71. En altres paraules el virus ja hi era prou circulant pel país, sense treure gaire el cap, més de deu anys abans de generar el brot neurològic, i en onades o pics de circulació cada 2-3 anys, un model de propagació que sembla repetir-se en altres països asiàtics.

Per tant, sí, és un virus «nou» però no és un virus desconegut. Caldrà trobar quina fou la seva via d’entrada a Catalunya però també pot ser que no la trobem mai (recordem el cas de Cambodja). El que sí es podrà és aïllar i seqüenciar el virus a partir de mostres dels pacients i a partir del seu codi de bases veure el seu grau de coincidència amb les altres soques descrites i d’aquí inferir amb certa probabilitat el seu “progenitor/a” però potser no el cas índex (qui va ser el primer cas i d’on va adquirir aquest primer cas el virus).

Tractament? Em sap greu però no hi ha tractament específic encara, ja es va avançar a l’entrada anterior. No hi ha vacuna aprovada a Europa ni antivirals específics (es parla de la potencial utilitat de la rivabirina) un cop infectat. Sí hi ha un desenvolupament vacunal per una empresa xinesa, Sinovac Biotech, que va fer assajos clínics amb més de 10.000 nens de edats entre els 6 i el 35 mesos, completats el 2013 i que esperava una autorització de comercialització, que sembla que ja és definitiva; amb el certificat de Good Manufacturing Practices de finals de gener de 2016, concedit per la China Food and Drug Administration, Sinovac pot començar a produir la vacuna. Començar a produir no vol dir tenir-la disponible de immediat. Per això caldrà esperar al segon quadrimestre de 2016; l’empresa estima que pot produir 20 milions de dosis, en un principi solament pel mercat xinés on tenen un seriós problema amb HFMD; d’acord amb el ministeri de salut xinés entre gener i novembre de 2015 HFMD causà 118 morts i un total de 1.600.000 casos clínics; l’any anterior, més de 500 morts i 2,8 milions de casos. Com veieu els ratios de mortalitat per casos clínics són molt baixos (“calen” vora 10.000 infectats per cada cas mortal), però tot cas és un món en si mateix.

La vacuna que es comercialitzarà és una vacuna inactivada, generada a partir de la soca H07 (subgenotip C4) propagada en cèl·lules Vero. Com a vacuna inactivada és probable que no generi una immunitat de per vida però semblaria que un cop passats els primers anys de vida, una infecció per EV71 no causa gaires problemes, i menys d’indole neurològica.

I quins foren els resultats de l’assaig clínic? dels mes de 10.000 participants que iniciaren l’estudi acabarem el seguiment més de 9.000. En el grup placebo que no reberen administració de la vacuna, s’observaren 106 casos de HFMD o herpangina, o síndromes respiratoris, gastrointestinal o febrils associats a E71 i solament tretze casos de HFMD en el grup tractat, realment vacunat, amb una eficàcia de l’ordre del 88% als dotze mesos del seguiment. El més interessant però és que la vacuna va prevenir l’hospitalització (0 ingressos al grup vacunat vs 24 en el grup placebo) i la severitat en la malaltia (0 casos altre cop als vacunats vs 8 al grup placebo, tots amb complicacions neurològiques). Per més, es pot consultar un article al New England Journal of Medicine, on també figuren les reaccions adverses a la vacunació, equivalents a les trobades al grup placebo (normalment febre, diarrea, pèrdua de la gana, vermellor, dolor  i enduriment de la zona d’inoculació).

Cal administrar la vacuna? Compleix la vacuna que es comercialitzarà en breu a Xina els estàndards de qualitat europeus? No sóc expert en salut publica; deixem que ho diguin els experts.

Enterovirus 71, un altre virus global? Doncs sí, bàsicament perquè ja no en queden gaires, de virus “locals”.

Però aquesta, aquesta és una altra historia.

Dengue, enterovirus, fomites, poliovirus, salut pública, vacunació, virologia, virologia social , , , , , ,

Comentaris virus-lents (169): D68 i A71, escac però no necessàriament mat.

Deja un comentario Publicado por en mayo 20, 2016

Aquests darrers dies s’ha fet publica una alerta epidemiològica per un fort increment d’afectacions neurològiques en infants de una natura vírica, concretament per enterovirus. I no solament per un, a més.

Ara mateix s’esmenten dos culpables; un enterovirus D68, que fins on he llegit s’aïllà en un nena de tres anys que desenvolupà una mielitis que li va provocar tetraplegia, i que no guarda relació amb l’enterovirus A71, al que se li assignen la darrera corrua de casos (s’ha aïllat a diversos pacients al Hospital Vall d’Hebró), aquest darrer afectant al sistema nerviós central i provocant romboencefalitis. No està clar que tots els pacients tinguin la mateixa soca, de fet el més probable es que hi hagi més d’una soca circulant, el que està clar és que comparteixen subgrup, el A. El nombre d’afectat hores d’ara està per sobre de 60 infants i com són casos dispersos (Barcelona, Tarragona) sembla bastant probable que hi hagi més d’una cadena de transmissió, que el virus està corrent per diverses bandes alhora. I no està clar que hagi arribat al seu clímax.

Enterovirus? Que és un enterovirus? Els enterovirus són un grup molt nombrós, amb més de 100 integrants, i ubiques, es troben a tot el món. Són un gènere viral caracteritzat per partícules víriques de mida petita, de 27-30 nm, amb un genoma ARN monocanetari. De fet pertanyen a una família que es diu Picornaviridae, paraula que es descompon en pico (petit) rna (la manera anglesa d’expressar ARN) i viridae, la terminació de família de virus, per tant literalment virus-petits-de-ARN. Dins els enterovirus clàssicament es distingiren els poliovirus, els coxsackievirus de tipus A, els coxackievirus de tipus B, i els echovirus entre d’altres, classificació que es feu en basis a la seva patogènia en humans i animals. Aquesta classificació s’ha abandonat i ara es parla que el gènere enterovirus té 12 especies, anomenades de la A a la J…les tres especies que manquen son rhinovirus A, B i C. El que més us sona, ni que sigui històricament, el virus de la poliomielitis, el poliovirus (del que hi ha tres serotips i que ara estan sota la lletra C), pel que sí hi ha vacuna i està quasi eradicat. Els més recents, però, tenen denominacions més anònimes, de fet un numero correlatiu, EV-68, EV-69, EV-70 fins al EV-121. Epp, que entre aquests n’hi ha que no afecten a humans.

Cal diferenciar clarament els termes enterovirus i virus entèrics. Els virus entèrics són una denominació sense categoria taxonòmica; agrupa a tots aquells virus que poden transmetre’s per via fecal-oral. Segur que us venen a la ment els norovirus dels que van parlar fa unes setmanes relacionats amb el cas d’aigües de Font d’Arinsal. Doncs bé, els norovirus són virus entèrics, com també ho són els rotavirus, els astrovirus però cap d’ells són enterovirus.

Ja hem comentat que hi ha descrits més de 100 enterovirus diferents del poliovirus. La immensa majoria d’aquest virus generen problemes respiratoris o gastrointestinals lleus però en alguns casos particulars, si la virèmia (presència de virus en sang) és prou alta pot haver-hi una disseminació tal que arribi a altres òrgans o teixits, i alguns d’aquest virus tenen tropisme (tendència a) cap el sistema nerviós (no cal més que recordar la poliomielitis, per exemple), podent generar atàxia, tremolors, convulsions, pèrdues de consciència i paràlisi d’alguna extremitat. Sortosament encara que es doni aquesta afectació, la immensa majoria tindrà bona evolució, i la infecció no deixarà seqüeles significatives, com sí és més freqüent que passi a les meningitis bacterianes. Els dos que s’han citat com a potencials culpables en aquest darrer brot són l’enterovirus D68 i l’A71.

ev-d68-photo-2

Micrografia electrònica de EV D68; es veuen dues menes de partícules víriques, unes amb genoma (menys contrastades) i altres buides sense àcid nucleic, més contrastades, més fosques.

L’enterovirus D68 va ser identificat per primer cop a Califòrnia fa poc més de 50 anys. Particularment l’enterovirus D68 causa afectacions respiratòries entre benignes a greus, amb una simptomatologia de mucositat abundant, tos, esternuts, i dolors musculars i corporals que pot progressar en els casos mes greus a una respiració treballosa i sibilant. La transmissió, a través de secrecions respiratòries, com la saliva, la mucositat nasal, els esputs i també les fomites, és a dir totes aquelles superfícies, la primera de totes la pell de les mans que un cop contaminades puguin tocar o ser tocades per una altra persona. També s’elimina virus a través de les femtes, una higiene incorrecta sortint del lavabo pot ser també una via de transmissió. De fet als EEUU va haver-hi una epidèmia de impacte nacional, que afectà a més de 1100 persones, majoritàriament infants, molts amb asma o historia prèvia de problemes respiratoris; 14 d’elles moriren. De les més de 2500 mostres analitzades s’aïllà enterovirus D68 en un terç mentre un altre terç tenien altres enterovirus o rhinovirus (els virus causants dels refredats comuns).

I que podem dir de l’enterovirus A71? Aquest virus, que es va descriure per primer cop a Califòrnia en 1969 en uns casos de malaltia neurològica, és considerat l’agent causal (però no únic, que també hi col·labora el coxsackievirus A16) de la malaltia de mans peus i boca, una malaltia benigna de la que els infants es recuperen en 7-10 dies; únicament algun cas aïllat pot desenvolupar meningitis viral i encara menys freqüentment episodis de paràlisi semblant a la poliomelitis, o encefalitis.

Altre cop estem davant d’un infecció que no té tractament. Ni vacuna ni tractament un cop infectat més enllà del tractament de suport per mantenir constants vitals i alleugerir les símptomes.

El que cal per evitar la infecció és extremar les mesures de higiene:

  • Rentar-se les mans freqüentment i amb sabó durant un mínim de 20 segons i amb una bona tècnica; com en tot la tècnica ÉS important.

  • Evitar el contacte proper, corporal (petons, abraçades, compartir forquilla o got) amb persones malaltes.

  • Evitar tocar-se amb les mans, els llavis, els ulls o el nas, com a criteri general però més encara si no ens hem rentat les mans abans.

  • Cobrir-se els estossecs i els esternuts amb mocadors o la màniga, mai amb les mans.

  • Netejar/desinfectar totes les superfícies susceptibles de ser tocades, com els poms de les portes, telèfons, etc. especialment si els estem compartint amb algun malalt.

No tinc prou dades però si no hi ha hagut cap mutació o un canvi en virulència del A71 o del D68 (que algú considera com el més perillòs…,http://www.elperiodico.com/es/noticias/sanidad/enterovirus-d68-sintomas-5139581, mira que en són d’exagerats…més que poliovirus?) i tenint en compte que les manifestacions neurològiques (es comptabilitzen ja 29) són la punta d’un iceberg d’altres simptomatologies més benignes, entre elles la malaltia de mans peus i boca…hi ha hagut un increment en el diagnòstic de casos d’aquesta darrera? O tenim manifestacions neurològiques sense estar envoltades de d’un increment de simptomatologies més benignes i freqüents? Una pregunta a resoldre els propers dies.

Ara mateix no sembla possible traçar una causa, un origen. Sembla clar que és un virus “exòtic” no habitual a Catalunya (s’ha avançat a Zika, altre exotisme que perilla que aterri aquest any). El que sí és cert és que com molts altres virus, els enterovirus i entre aquestos, els assenyalats com D68 i A71 generen moltes infeccions asimptomàtiques; la major part dels infectats no mostren símptomes (particularment quan més edat tenen) però poden ser excretors del virus i per tant el poden transmetre a individus susceptibles. És una mesura de responsabilitat extremar les mesures d’higiene per no ser transmissors involuntaris.

 

Però aquesta, aquesta és una altra història.

enterovirus, fomites, norovirus, poliovirus, salut pública, virologia ambiental, virologia social , , , , ,

Comentaris virus-lents (166): Norovirus i Andorra: res a declarar…per ara.

1 comentario Publicado por en abril 25, 2016

La setmana passada va haver un cert rebombori per un brot considerable (per sobre de 4.000 afectats) de gastroenteritis deguda a aigua envasada que va afectar bàsicament a la zona metropolitana de Barcelona i a Tarragona. El vehicle, aigua envasada en garrafes, subministrada por la companyia de vending Eden i que ha resultat provenir d’una línia de producció de la planta Font d’Arinsal, a Andorra.

 

He sentit alguns comentaris sobre la necessitat de més controls de laboratori. El fons del comentari és cert i irrefutable però s’estavella amb la factibilitat o la relació cost-benefici dels mateixos. Els indicadors de la qualitat microbiològica de l’aigua són, segons la normativa europea, bacteriològics. La detecció de segons quines bacteris fecals implica la possibilitat de presència de virus, també de transmissió fecal-oral. Un aigua que doni positiu a aquests bacteris fecals en una mostra d’un volum concret, per exemple, 100 ml ha de ser retirada del consum. Però, desgraciadament se sap abastament que els virus poden estar present en aigües que ja no continguin aquests bacteris fecals viables, és a dir, la presència de bacteris anuncia possible presència de virus de transmissió fecal-oral (norovirus; astrovirus; virus de la hepatitis A; en temps passats, poliovirus) però l’absència de bacteris no implica absència paral·lela de virus. Els virus poden ser molt persistents i mantenir-se infecciosos per setmanes o mesos a l’aigua un cop hi arriben. Perquè no es fan proves de detecció de virus? Pel seu cost, perquè les tècniques moleculars ens donen senyal de la presencia del genoma del virus però no de que aquest virus sigui encara infecciós, perquè si volem trobar virus viables cal esperar dies, fins i tot setmanes de cultiu en línies cel·lulars (això els que són susceptibles de propagar-se, que no ho són tots), etc. Per tant des d’aquest punt de vista cal assumir que aquí tenim un forat pel que ocasionalment se’ns pot escolar un brot.

 

Res més sentir del brot al meu centre, CReSA, vaig enviar un correu intern dient més o menys…ja veureu com serà norovirus. La simptomatologia evident, l’autoresolucio de l’infecció, que és sempre benigne llevat casos molt particulars; l’apunt inicial a l’aigua com a mitjà de transmissió, eren pistes prou clares. Hi hauria altres virus que podrien mostrar una pistola fumejant com rotavirus o astrovirus, però norovirus acostuma a ser una elecció segura en països europeus.

Assumint la inevitabilitat del brot pel que fa a les proves bacteriològiques altra cosa són les errades procedimentals o saltar-se alguns controls recolzant-se en l’històric. Aixa, Ara el 20 d’abril publicava…”la línia de producció que proveïa l’aigua a Eden és de nova creació-va començar a operar a principis del mes d’abril-, per tant, no havia passat el darrer control oficial.” Mai sabrem si aquest control hagués pogut tenir impacte en la dinàmica del brot, o hagués permès alertar d’alguna mancança.

 

També sembla, per ara, que el problema podria raure en el reciclatge dels recipients. Així com les ampolles de litre i mig no es reciclen, són d’un sol ús, i no s’ha registrat, que se sàpiga, episodis de gastroenteritis d’aigua d’aquesta planta d’Arinsal per aquests envasos, les garrafes de les fonts d’aigua es reciclen entre usos. Dit altrament s’higienitzen, es desinfecten abans de rebre altre cop aigua de la font. Per desgràcia, els norovirus, molt petits, també són força resistents a la inactivació; són perfectament capaços de resistir pH àcids o bàsics (al voltant de pH 2 i pH 12, respectivament per 30 minuts a 37ºC) i necessiten un bon raig de lleixiu (de l’ordre de 300 ppm o més en funció de la presència de material orgànica) mentre que per “matar” bacteris fecals habituals n’hi ha prou amb una dosi de 70 ppm. A tall d’exemple us recordo que el lleixiu domèstic es ven com una solució d’hipoclorit sòdic a 40-50 g/l i això vol dir 40.000-50.000 ppm…per tant es pot diluir força i encara ser efectiu. Tanmateix suposo que la higienització dels recipients es deu fer per mètodes químics (el pH, probablement hidròxid sòdic) o per mètodes tèrmics i per aquests darrers els norovirus també són força resistents; poden resistir 60ºC per 3 minuts i 100ºC per un minut. Tot un petit milhomes de la natura microscòpica.

 

Aquí un apunt, tenint en compte la lleugeresa dels símptomes no descarto que hi hagi hagut casos de gastroenteritis per aigua en ampolles individuals (si assumim que el problema ve de l’aigua, de la font); a nivell domèstic aquests episodis són poc traçables i no permeten lligar caps; també seria interessant saber com ha acabat la investigació epidemiològica de un brot de gastroenteritis en dos hotels de la Massana, a Andorra, que es van reportar a la premsa andorrana el 24 de març. A nivell d’una empresa, d’una comunitat, que 2, 3 ó 5 treballadors emmalalteixin alhora vol dir un punt de connexió comú, més fàcil de traçar o d’aixecar l’alerta.

 

Pel que llegeixo s’han retirat més de 6000 garrafes dels lots produïts els dies 7, 8, 11, 12 i 13. El 9 i 10 no es treballava, que era cap de setmana. No tinc dades del nombre d’empreses afectades (en alguns llocs he llegit vora 200 empreses, encara que s’ha retirat l’agua de més de 900 localitzacions) ni per tant del nombre de garrafes directament involucrades però és un episodi de contaminació “estrany”.

 

Fem un petit càlcul…la dosi infecciosa de norovirus es suposa baixa (1-10 partícules infeccioses són suficient per disparar la gastroenteritis). Per tant aquestes 10 partícules havien d’estar en un got d’aigua consumit de la font (evidentment podem parlar de treballador assedegats que veuen com peixos però és una variable que deixarem fixada). Això vol dir que hi calien presència de 10 virus en 200 ml. Si hi ha 200 empreses afectades, assumint un parell de garrafes per empresa, dona 400 garrafes, que a 19 litres per garrafa dona uns 8.000 litres. Per tant, 40.000 gots de 200 ml i 400.000 norovirus assumint barreja homogènia. Recordem quants norovirus hi ha en un gram de femta d’un malalt de gastroenteritis (per més detalls veure entrada https://comentarisviruslents.org/2014/07/07/comentaris-virus-lents-16-norovirus-i-creuers-laxants/). Doncs sí, més de 1.000.000.000 virus per gram. Per tant caldria 1 mil·lèsima part d’un gram de femta, ben posat, per generar aquest brot. Acabant d’escriure l’entrada he llegit que la concentració de norovirus detectada a l’aigua ha estat anormalment alta (veure http://www.ara.cat/societat/Salut-culpa-Andorra-gastroenteritis-aigua-envasada-Eden-Aigua-Pirineu_0_1565243555.html) de l’ordre de 1.000-10.000 virus per litre; estaríem parlant llavors de 0,1-1 gr de femta.

 

norovirus vital-signs-transmission-lg

Desafortunades trobo les declaracions de Jordi Guix, secretari de la Agència de Salut Pública de Catalunya (ASPCAT) que en La Vanguardia del dia 19 senyalava (o li feien senyalar, un ja no sap): “La probabilitat de contagio de persona a persona es muy baja”. Poc encertada la frase perquè se sap que el norovirus un cop entra en una col·lectivitat arrasa, és molt transmissible…certament no se transmet de persona a persona però sí de persona a fomites i de fomites a persona. Per posar un exemple, si comparteixes un lavabo amb una persona que està en un episodi de gastroenteritis per norovirus, i no vas amb molt de compte, bé, ja pots trucar a la feina i dir que no aniràs en dos dies. Per més detalls veure l’entrada 16 del present blog. O millor encara, entreu a l’adreça http://www.cdc.gov/norovirus/ i mireu el vídeo Have You Ever Heard of Norovirus? És en anglès però és radicalment clar.

 

norovirus-2

 

En resum, ja tenim el culpable, i els que han fet la feina de recerca i identificació són de total confiança però ara queda el més dur que és trobar la via exacta de transmissió que implicarà aïllar el virus d’elements de la línia d’embotellat o confirmar errades o incidències en el procés d’higienització…sense descartar la font primigènia. Esperem que esmercin forces comandades per tot un Sherlock Holmes i no per un inspector Clouseau.

Però aquesta, aquesta és una altra història.

avaluació de riscos, desinfecció, fomites, norovirus, poliovirus, salut pública, seguretat alimentària, virologia, virologia ambiental, virologia social , , , , , , , ,

Comentaris virus-lents (145): MERS? Caurem en l’error de l’Ebola altra vegada?

Deja un comentario Publicado por en diciembre 17, 2015

Quan a mitjans de l’any 2014 la Organització Mundial de la Salut (OMS) va cercar, amb certa desesperació, a l’armariet de les medecines algun remei enfront Ebola, se’l va trobar tristament buit. Certament hi havien una sèrie de desenvolupaments terapèutics i vacunals però no estaven ni de lluny prou testats. El resultat tots el coneixem (més de 28.000 infectats i més d’onze mil morts). Per més detalls podeu veure nombroses entrades d’aquest blog.

El problema, l’absència d’eines, podria repetir-se amb el MERS. El MERS CoV (podeu cercar entrades prèvies al blog) és el Middle East Respiratory Syndrome coronavirus, que va començar a treure el cap fa més de tres anys a la Península Aràbiga. Actualment portem més de 1.600 infectats (clínicament, no sabem quants més s’han infectat de forma inaparent) i un mínim de 579 morts. Això dona una taxa de mortalitat de l’ordre del 36%, no massa diferent de l’observada a molts brots d’Ebola.

MERS and airport travel

L’Ebola era (encara és) una malaltia africana; ara estem incorrent en el mateix error, de considerar aquest infecció com una de confinada a la Península Aràbiga; ni el brot que es va esdevenir aquest any a Korea (també té entrades dedicades al blog) que va acumular 186 casos i 37 morts (una mortalitat del 20%) han despertat gaires consciències. Tanmateix tot es va originar d’un únic pacient, un home de negocis que va tornar infectat després de fer turisme per l’Orient Mitja. Es impossible assegurar que això no torni a passar en major menor mesura. De fet Korea va ser una perla més (la més grossa) en el collar de casos esporàdics que s’han donat en un total de 26 països, majoritàriament com a conseqüència de turistes que tornen infectats. Uns nous “Koreas” no són improbables, mancarà conèixer la seva extensió, però.

I en certa manera és més perillós. Aquest coronavirus es transmet a través d’estossecs i esternuts, per via aèria, cavalcant en petites gotes i depositant-se sobre superfícies (no es tenen moltes dades de la seva persistència ambientala aquestes fomites, se suposa curta). És evident que podem evitar infectar-nos d’Ebola restringint el contacte amb el malalt o amb els fluids del malalt però és impossible deixar de respirar, ni tan sols sabent que una atmosfera concreta, una habituació, està compromesa.

Symptoms_of_MERS_(raster)

I que no es digui que és el primer. Tenim la SARS (Severe Acute Respiratory Syndrome) causada per un altre coronavirus que va provocar una alarma total a la OMS des de finals 2002 a maig del 2004, amb el punt àlgid a mitjans de 2003. Per cert, d’aquest virus encara no tenim cap teràpia o vacuna que mereixi la pena d’aplicar.

La llista de coses que encara no sabem sobre aquest MERS coronavirus; com s’infecta la gent, i com el virus treballa o progressa dins l’organisme infectat, és inquietant.

Sabem que el virus passa de camells als humans, però la mena de contacte que porta a la transmissió no està clar…un problema de nassos, doncs (veure https://comentarisviruslents.org/2014/10/10/comentaris-virus-lents-56-mers-coronavirus-probablement-un-problema-de-nassos/). Aquestos casos són esporàdics; la majoria dels casos són per transmissió persona-persona, del infectat als cuidadors o als familiars un cop l’infectat mostra simptomatologia clínica i dins l’àmbit hospitalari). La raó molts cops està en un diagnòstic incorrecte (altre cop la manca d’eines!!) que porten a no aïllar al pacient i a generar diàspores de desenes de casos.

Tot això ve, a més,  dificultat per l’actitud o manca d’actitud dels països que més pateixen el virus. Per un costat son països no gaire bolcats cap a la ciència en general o la virologia en particular, però és que tampoc s’estan generant col·laboracions per superar aquest “gap” entre aquestos i científics d’altres països. Per acabar-ho d’arreglar, trets culturals; les autòpsies són força inusuals als països àrabs. Que se sàpiga cap autòpsia s’ha fet a un infectat de MERS; per tant tampoc s’han pogut obtenir mostres i tenir imatges o idea de com el virus ataca els pulmons (sembla la diana principal) però també altres òrgans.

Intentar dissenyar una vacuna amb tan poca llum sobre la seva patogènesi és fa encara més difícil que en condicions “normals”.

I no masses laboratoris i companyies estan treballant en aquest tema, pel que sembla; i els desenvolupaments estan a les seves primeres fases.

El fet però és que, a diferencia de l’Ebola, tenim un virus potencialment letal que es transmet per l’aire, com els virus el refredat i de la grip. I si en algun moment tot esclata, ja no tindrem temps per fer res i tot serà córrer. I serà quan tothom es preguntarà Perquè no ens vam esmerçar en aturar-lo quan encara podíem?

 

Però aquesta, aquesta és una altra història.

 

Avui a les 8:00 pm Science publica un treball de IRTA-CReSA sobre un desenvolupament vacunal molt prometedor per fer front al MERS Coronavirus.

Enllaç: http://www.sciencemag.org/content/early/2015/12/16/science.aad1283.full

Un camino de diez mil millas empieza siempre con un primer paso.

fomites, infeccions nosocomials, MERS Coronavirus, reservori animal, salut pública, SARS coronavirus, vacunació, virologia ambiental, Zoonosi , , , , , ,

Comentaris virus-lents (134): Ebola i semen, una historia de persistència?

1 comentario Publicado por en octubre 16, 2015

Que l’Ebola es pot transmetre per relacions sexuals sense protecció es sap des de fa més de 45 anys, ja que esta documentat UN cas de transmissió heterosexual de Marburg, un filovirus com Ebola, d’un home supervivent a la seva parella femenina, en un brot del 1967.

Ara, els resultats preliminars d’un estudi sobre la persistència del virus Ebola als fluids corporals mostren que alguns homes, nou mesos després de l’aparició dels símptomes, segueixen produint semen que dona resultat positiu per al virus d’Ebola. L’estudi, publicat recentment a la revista New England Journal of Medicine, ofereix els primers resultats d’un estudi a llarg termini que es va dur a terme en forma conjunta pel Ministeri de Salut de Sierra Lleona, l’Organització Mundial de la Salut (OMS) i els Centres per al Control i la Prevenció de Malalties (CDC).

Ori-Ebola-450x330

La primera fase d’aquest estudi s’ha centrat en la detecció del virus d’Ebola en el semen ja que investigacions anteriors havien demostrat la persistència del virus en aquest fluid corporal per un període de moltes setmanes (l’OMS indicava uns 80-90 dies), molt més enllà de la presència de virus a la sang (virèmia) per la que s’estableix un estàndard de 21 dies (veure entrada 60, https://comentarisviruslents.org/2014/10/22/comentaris-virus-lents-60-ebola-21-dies-i-no-no-es-una-pel%e2%80%a2licula/) . Una millor comprensió de la persistència viral al semen és important per donar consell als supervivents per recuperar-se i seguir endavant amb les seves vides i relacions.

«Aquests resultats arriben en un moment d’importància crítica, que ens recorda que, si bé el nombre de casos d’Ebola continuen caient, els supervivents d’Ebola i les seves famílies continuen lluitant amb els efectes de la malaltia. Aquest estudi proporciona una prova més que els supervivents han de seguir rebent un suport substancial per als propers 6 a 12 mesos per respondre a aquests desafiaments i assegurar que els seus companys o família no estaran potencialment exposats al virus «, va dir Bruce Aylward, representant especial de la directora general sobre la resposta de l’Ebola de l’OMS.

A l’estudi, noranta-tres homes majors de 18 anys  de Freetown, Sierra Lleona, proporcionaren mostres de semen que foren analitzades per detectar la presència de material genètic del virus Ebola. Els homes enrolats a l’estudi feia entre 2 i 10 mesos que havien sofert la fase aguda de la malaltia. Tots els semen d’homes que havien estat malalts menys de tres mesos abans de l’anàlisi resultaren positius (9/9; 100%). Més de la meitat dels homes (26/40; 65%) que van ser avaluats entre quatre a sis mesos després del començament de la seva malaltia van aportar semen positius, mentre que un quart (11/43; 26%) dels avaluats entre 7 i 9 mesos després de la seva malaltia començar també va donar positiu. Evidentment a l’hora de donar-los els resultats els van donar també … condons.

El per què alguns dels participants de l’estudi donen negatiu (han netejat, eliminat el virus) mentre altres encara donen positiu encara no està clar. No oblidem, però, que tots aquestos positius ho són per detecció de senyal molecular, per amplificació del genoma del virus i que no sabem si aquest material és realment infecciós (s’estan fent les proves ara). Però és ben cert que la detecció de material genètic del virus molts mesos després d’inici dels símptomes se suposa ha de reflectir una contínua, o almenys molt recent, propagació del virus dins l’individu i el fet que aquest sigui encara potencialment transmissor de la malaltia.

Com ja vaig apuntar a l’entrada anterior, els «supervivents a l’Ebola s’enfronten a un nombre cada vegada més gran de reconeixibles complicacions de salut«, com diu el director dels CDC, Tom Frieden. Tota informació que sorgeixi d’aquestes proves serà de segur molt útil per fer recomanacions sanitàries i de salut als supervivents i a les seves famílies i amics per evitar possibles noves infeccions.

Fins que se sàpiga més, els més de 8.000 homes supervivents d’Ebola als tres països (recordem que hi ha un total de més de 17.000 infectats que s’han guarit de la infecció) necessitaran una educació adequada, assessorament i proves regulars perquè sàpiguen si el virus Ebola persisteix en el seu semen; així com informació sobre totes les mesures que han de prendre per evitar l’exposició al virus dels seus companys/es de llit. En principi, fins que dues analítiques consecutives de semen d’una persona (separades les preses de mostres un mínim d’una semana) no donin resultat negatiu, seria obligatori abstenir de tot tipus de relacions sexuals o utilitzar condons quan participen en l’activitat sexual. No cal dir que el rentat de mans després de qualsevol contacte físic amb el semen (això inclou la masturbació) també entra dins la recepta.

I també cal parlar de les dones…el genoma ARN del virus d’Ebola també s’ha detectat per tècniques moleculars de RT-PCR en el líquid vaginal d’una dona 33 dies després de l’aparició dels símptomes…però el virus viu, infecciós mai ha estar aïllat de fluids vaginals. És impossible, amb tan pocs referents, saber per quant temps el virus persisteix típicament en els fluids vaginals, o si es pot transmetre per via sexual de les dones als homes.

Caldrà, doncs, allargar o fer més intensives les proves, per assignar un valor, un risc concret, a la transmissió sexual del virus Ebola, possible d’homes a dones, improbable a l’inversa.

El que està clar és que, en base a l’evidència actual:

  • Tots els supervivents haurien d’abstenir-se de mantenir relacions sexuals o mantenir relacions sexuals segures (condons) com a precaució…fins que dues analítiques consecutives de semen separades com a mínim una setmana entre elles donin resultat negatiu.

  • Assolir aquesta doble negativitat del semen pot allargar-se un mínim de nou mesos, potser un any en alguns casos. Un cop assolida, els supervivents poden reprendre de manera segura les pràctiques sexuals normals sense por de transmetre el virus Ebola.

  • La masturbació no dona seguretat doncs el semen és potencialment infecciós. Imprescindible rentar-se bé les mans amb aigua i sabó per no transmetre’l a objectes o persones. No cal dir que els condons o tot allò en contacte amb semen s’ha de descartar de forma segura i no deixar a l’abast d’altres persones.

  • Aquesta via de transmissió pot haver col·laborat en el brot però no ha estat en cap cas principal. El que sí podria generar és un rebrot puntual, en alguns casos, si es confirma que els genomes detectats són infecciosos.

I un corolari…no estigmatitzem novament els infectats. Són tan dignes com nosaltres, no infectats. No els cal compassió, si no respecte i ajut.

Però aquesta, aquesta és una altra història.

Enllaç original a l’article en anglès: http://www.nejm.org/doi/full/10.1056/NEJMoa1511410

avaluació de riscos, eradicació, fomites, Malalties transmissió sexual (MTS), salut pública, virus hemorràgics

Comentaris virus-lents (132): Persistència ambiental d’agents patògens selectes Categoria A.

1 comentario Publicado por en octubre 4, 2015

L’alliberament de patògens letals amb finalitats bioterroristes pot tenir efectes devastadors, provocant un daltabaix social amb pèrdues de vides humanes, carestia de menjar, mortalitat de ramats, i desbaratament de la economia. Aquest potencial és tan més gran quan més es coneix agent i malaltia i més fàcil de manipular o exacerbar és (per tant és màxim ara, encara que les contramesures també han avançat espectacularment).

Un agent biològic potencialment “útil” ha de ser fàcilment produïble i dispersable (aire, aigua, menjar, terres i fomites), ha de causar un efecte retardat i poc traçable (a diferència dels agents químics i de moltes toxines, l’efecte depèn de la replicació dins l’hoste, la qual cosa garanteix un retard de dies, si no setmanes, des de la dispersió a l’aparició de simptomatologies), i ha de ser prou mortal o incapacitant per suposar un repte sanitari o social de primer ordre ja que el que es cerca es generar nerviosisme o histèria, potser més que el dany directe produït.

bioterrorism signal

D’això explicat és evident que una part important de l’efecte d’un agent bioterrorista estarà lligat a la seva capacitat de persistència o viabilitat en el medi ambient en el que sigui alliberat. Alhora, la inactivació o pèrdua de viabilitat en aquestes circumstàncies  tenen a veure amb els processos de descontaminació a seguir a les àrees afectades, i a la delimitació de les mateixes. A més, a l’hora d’alliberar l’agent pot ser que es faci servir una via que no sigui “natural” permeten que el patogen entri també a l’organisme per una via no clàssica. El potencial de transmissió, doncs, estarà lligat al mètode de transport o disseminació i la persistència del patogen en el medi ambient particular en el que sigui alliberat.

No tots els agents biològics tenen potencial bioterrorista. Aquells que ho tenen, pels seus efectes intrínsecs però també pels extrínsecs (socials) se inclouen a la “Category A Select Agents” del Centre de Control de Malalties (CDC, Centers for Disease Control, en anglès). Aquest agents són els virus de la verola, l’antrax (Bacillus anthracis), la pesta (Yersinia Pestis), Franciscella tularensis (agent causal de la tularèmia) i els agents virals causants de febres hemorràgiques (febre de Lassa, febre hemorràgica de Junin, febre hemorràgica veneçolana dins la família Arenaviridae; hantavirus dins la família Bunyaviridae; febres hemorràgiques d’Ebola i Marburg a la família Filoviridae; encefalitis de Sant Louis i encefalitis Japonesa tipus B per la família Flaviviridae). Tanmateix hi ha agents que no estan a la llista que podrien ser emprats com agents bioterroristes com el SARS o el MERS Coronavirus, per exemple.

Tots els patògens esmentats poden arribar al medi ambient a través de les secrecions o excrecions d’animals o persones infectades, en alguns casos a concentracions prou elevades. Des de la seva sortida a l’exterior el patogen es veurà afectat per una sèrie de factors fora del seu control com la temperatura, l’humitat relativa, dessecació, efecte de la radiació ultravioleta. El factor clau, la temperatura; particularment pels agents que no podem replicar-se o propagar-se a l’exterior, com serien els virus, com més alta és la temperatura més progressa la inactivació, menys virus quedaran disponibles per infectar persones o animals. La inactivació durant la dessecació dels aerosols o de l’aigua en la que està l’agent, influïda a l’hora per la humitat relativa ambiental té també importància quan parlem d’aerosols o fomites.

Per poder fer comparacions els investigadors recorrem a paràmetres com T90 o T99, que podrien traduir com el temps necessari per que caigui la infectivitat un 90 o un 99% respectivament. Un 90% de caiguda d’ infectivitat, que restin 10 partícules infeccioses on inicialment havien 100, també pot expressar-se con 1 log10R (1 logaritme de reducció del títol infecciós); un 99% d’inactivació, són doncs 2 log10R. Aquestos càlculs es fan assumint en molts casos que les cinètiques de inactivacions són lineals, és a dir, si un agent té una T90 de 1 dia, la T99 serà de dos dies…i la T99,99 seria de 4 dies. Els que ens dediquen a estudiar la inactivació vírica i bacteriana sabem que no és ben bé així, però de vegades cal treballar amb la brotxa grossa, amb traç gruixut. Anem ara a donar algunes dades de persistència de patògens “letals” en diferents ambients on podrien ser dispersats…

Aerosols: Les formes vegetatives bacterianes són molt més sensibles que les espores bacterianes; de la mateixa manera els virus amb embolcall pateixen durant la formació (moltes vegades implica una liofilització, amb deshidratació prèvia) i exposició de l’aerosol la inactivació per pèrdua de contingut d’aigua i acció radiació ultravioleta. Cal comptar que del títol inicial que es liofilitza es passarà a un títol que pot ser significativament inferior; addicionalment, durant els primers minuts de l’aerosolització s’ha descrit una inactivació major que en moments posteriors. Les formes de resistència, les espores, però, poden persistir per molts mesos a l’aigua de llacs, mars, a la llet i per anys, dècades inclús, en papers o tèxtils, però també a sols i terres. Yesinia pestis presenta T90 i T99 de 30 minuts i 60 minuts respectivament a 26ºC i 50%  d’humitat relativa (HR). En funció de la HR aquestos valors canvien; per HR per damunt del 85% la supervivència és menor. Pel virus Vaccinia, un model del virus de la verola, a 22ºC i 20% HR els valor de T90 i T99 són 55 hores i 5 dies aproximadament, i a les pitjors condicions (32-33ºC) calen 9 hores per assolit T90. Per Franciscella tularensis els valors mitjans estan en un màxim de 2 hores per T90. Pels virus hemorràgics (Arenaviridae, Flaviviridae,…) a temperatures sobre els  20-25ºC els valors de T90 es mouen entre 1 i 2 hores. Sense que sigui un comportament general sembla que HR mitges o baixes (per sota 50%) afavoreixen persistència de virus i bacteris en forma aerosolitzada.

bioterrorism

Fomites:: La persistència en fomites està lligada a les pròpies característiques de la fomite, o superfícies, de la temperatura i de la HR. A tall d’exemple no són el mateix superfícies poroses com fustes, tèxtils i papers que superfícies no poroses com plàstics, acer inoxidable, alumini, vidre. Yersinia pestis manté millor la seva viabilitat en superfície poroses com el paper (a 20ºC la T90 està en 12-24 hores; si han arribat a la fomite 106 bacteris (un milió de bacteris) caldran un mínim de 6 dies, si la inactivació és lineal, per poder començar  a assumir que aquesta fomite no pot propagar la infecció). Per Franciscella, a 25ºC en metall, la T90 està entre 15 i 87 hores depenent de la HR; pels virus hemorràgics entre 1 i 2 hores i pel virus Vaccinia, T90 de 100 a 180 hores.

Aigües: Clarament el medi en el que s’han fet menys estudis; abunden però els estudis per patògens vírics i bacterianes de transmissió fecal/oral; aquests patògens de Categoria A també poden secretar-se i excretar-se i arribar a rius i llacs. A més tant Franciscella turalensis com Bacillus anthracis poden propagar-se en el medi ambient en absència d’hoste. Yersinia pestis és capaç de persistir per 16 dies en aigües, i si aquestes s’aerosolitzen poden ser infeccioses; novament la ingesta no té una gran capacitat de transmissió, ja que no és la ruta habitual de transmissió. La persistència d’espores de Bacillus anthracis és espectacular i es xifra en dècades o segles. Les formes vegetatives però tenen T90 d’uns pocs dies. Altre cop, la ruta de entrada, “massa original” dificulta molt la posterior infecció. Per virus de la família Hantavirus es precisen de 20 dies per assolir caigudes de 99,9%. Vaccinia virus té T90 de 3 a 5 dies depenent del tipus d’aigua, a temperatures de 19-23ºC.

Terres: Pels virus, els terres funcionen com les fomites i estan subjectes als mateixos agents: temperatura, HR (o activitat d’aigua). Bacillus i Franciscella poden propagar-se en condicions favorables. Y.pestis pot persistir per més de 10 mesos a sols a 4-8ºC, a terres amb un adequat contingut de matèria orgànica i humitat, i per més de 3 mesos a 20-22ºC. Les espores de Bacillus poden persistir per anys, més enllà de la nostra vida.

De tot allò mostrat es poden extreure unes poques generalitzacions:

  • Totes les dades s’han d’agafar amb prevenció; recordem que les cinètiques no són lineals, que és molt habitual una forta inactivació inicial i una lenta inactivació posterior de les partícules infeccioses restants. Si de cas les dades s’han d’agafar com valors mínims, períodes de temps mínims.
  • Sembla que l’estabilitat està promoguda en els ambients aquàtics (particularment favorables per Franciscella tularensis) i és més reduïda en els processos d’aerosolització i persistència en fomites. Com si diguéssim (sobre tot pels virus i les formes vegetatives) la dessecació és garantia raonable de reducció intensa de l’infectivitat.
  • La forma aerosol és transitòria, i “ràpidament” es diposita sobre superfícies líquides (aigües), o fomites (superfícies sòlides). D’aquests compartiments poden tornar-se a donar fenòmens d’aerosolització.
  • Els virus, però, semblen més estables en forma aerosol que les formes vegetatives bacterianes.
  • Vaccinia (model de la verola) i les espores de anthracis són els agents bioterroristes més estables a les condicions mediambientals, en forma natural, no modificada.

Poques conclusions i potser massa generals, pensareu, no?. Però és el que sovinteja a la microbiologia ambiental i més quan bona part de les dades estan classificades.

Però aquesta, aquesta és una altra història.

aigües, avaluació de riscos, bioterrorisme, fomites, Grups de risc biològic, Hantavirus, Junin, MERS Coronavirus, salut pública, SARS coronavirus, virologia ambiental, virus hemorràgics, Yersinia

Comentaris virus-lents (118): Ebola i persistència ambiental, dades finals per ara (¿?) i discussió

Deja un comentario Publicado por en junio 20, 2015

Un altre, i paro. No em feu massa cas, però.

Quantes més dades es tenen més acurada es pot fer la desinfecció i el tractament de superfícies o ambients contaminats amb Ebola. Un estudi pràcticament contemporani al discutit a les entrades 114 i 116 ha estat publicat al Emerging and Infectious Diseases (enllaç al final).

Els autors es pregunten de nou la capacitat del virus Ebola de persistir dessecat sobre superfícies habituals en àmbit hospitalari como pot ser acer inoxidable, plàstic o Tyvek (el material del que es fan les granotes de protecció). A diferencia de l’altre estudi però, assagen dues condicions ambientals que difereixen en temperatura i humitat relativa (HR); Així assagen virus dessecats a 21ºC i un 40% de HR o bé 27ºC i un 80% de HR, durant un termini de 14 dies.

Com es veu a les gràfiques que adjuntem les corbes d’inactivació segueixen unes cinètiques de primer ordre (es diuen així aquelles cinètiques lineals un cop transformades a escala logarítmica). Això permet fer algunes transformacions matemàtiques (regressions) i comparar també de forma matemàtica si hi ha diferències i si aquestes són significatives entre les condicions ambientals i superfície assajades.

Novament es manifesten veritats de calaix; com més alta es la temperatura més ràpida és la inactivació vírica. Així …

Ebola persistence fomites 15-0253-F1La inactivació vírica s’expresa en reducció logaritmica del titol viric respecte el temps; acer inoxidable: stainless steel.

 

Si comparem A i B veiem com la caiguda, el pendent de la corba és molt més intens a A (27ºC) que no a B (21ºC). El virus no aguanta bé els increments de temperatura i per cada grau d’augment es deixa una mica de la seva persistència. La HR també deu jugar un paper però per articles previs amb altres virus serà menys significatiu. Per altra banda, quan la inactivació és molt intensa és difícil robar diferències entre materials; Ebola perd un 99,99% del seu títol en 3 dies i més del 99,9999% als 4 dies; això son 4 log10R i 6log10R respectivament. I tots els materials semblen comportar-se igual.

A 21ºC (B) amb una caiguda més suau si que es veuen diferències entre materials; el virus persisteix més i pot estar encara viable, i amb un títol infecciós significatiu passada 1 setmana. El material menys permissiu sembla l’acer inoxidable i el que més afavoreix la persistència vírica el tèxtil Tyvek.

Per altra banda els autors es pregunten sobre la persistència del virus si fluids o sang infectada arriben a l’aigua de rius o dipòsits susceptibles de ser emprats com aigua de beguda. Recordem també que Ebola ha estat aïllat de l’orina que pot acabar arribant a rius i llacs. La persistència d’Ebola en aigua, també fortament marcada per l’efecte de la temperatura és veu a la Figura 2. Ebola pot mantenir-se viable amb caigudes de 3 log10R a 3 dies per 27ºC i fins a 5-6 dies per 21ºC. Això vol dir que si el virus arriba a l’aigua i aquesta no és tractada aquesta aigua pot ser un medi de transmissió.

Ebola persistence water 15-0253-F2

També avaluaren la persistència d’Ebola a taques de sang que es deixaren dessecar sobre plàstic estèril en ambdues condicions ambientals (és la figura B). El virus mantingué la seva infectivitat fins a 6 dies en condicions tropicals. Per tant tots les estris i materials que estiguessin tacats amb sang o exudats externs dels infectats serien fonts potencials de transmissió.

I fins i tot hi ha estudis que han demostrat la viabilitat del Ebola virus a la sang de cossos de micos morts fins a 7 dies després del decés. I bioquímicament no ens separa gaire per no dir gens, als humans, dels micos. Això sí que és tenir una “mà activa”, un efecte, després de la mort.

Tinguem present però algunes limitacions una, que cada sang és particular, i que la concentració específica de proteïnes, i altres molècules poden fe una sang més favorable que altra a la persistència d’Ebola; la segona molt mes important, que aquest experiment s’ha fet en condicions controlades de laboratori, en esterilitat, i que en un ambient natural, com l’africà, l’acció de bacteris i compostos químics poden influenciar, sempre negativament, la persistència del virus. És a dir, aquestes dades són un millor cas, un best case, per la persistència vírica, difícilment sobreviurà més, molt probablement sobreviurà menys.

Més dades, mai en tindrem prou!!. Tanmateix, quan això t’ho trobes “al camp”, en una situació real, s’ha de tenir el cap molt fred per tenir-les en compte.

Però aquesta, aquesta és una altra història.

 

Enllaç a l’article: http://wwwnc.cdc.gov/eid/article/21/7/15-0253_article

avaluació de riscos, descontaminació, fomites, salut pública, virologia ambiental, virus hemorràgics, Zoonosi

Comentaris virus-lents (116): Ebola i desinfectants domèstics; noves dades.

Deja un comentario Publicado por en junio 13, 2015

Quan un s’enfronta a un virus al laboratori, o en mig d’una emergència, necessita posar distància entre ell i el virus. Això es pot aconseguir amb indumentària especial, molts cops hidròfoba, que repel·leix l’aigua i fluids i per tant evita l’entrada dels virus; amb mascaretes o sistemes de filtració d’aire, que els atrapen i eviten la seva inhalació; amb guants, botes, maneguets. Dins els laboratoris encara creem més distancies ja que manipulem les mostres dins cabines de seguretat biològica que generen una cortina d’aire que atrapa i conté els virus potencialment presents a mostres i materials.

Tanmateix cap sistema és absolut, completament segur i a més resulta que tot allò que es fa servir un cop, queda potencialment contaminat i el seu cost fa que sigui impossible assumir single use, un únic ús, un emprar i llençar. És aleshores quan els desinfectants entren en escena.

Quan els virus són letals, i per tant força difícil fer proves “in vitro” amb ells, moltes vegades recorrem a l’efectivitat demostrada dels desinfectants en virus de la mateixa família o bé virus que comparteixen característiques semblants però que són més “amables” a l’hora de treballar (bàsicament que no t’hi jugues la vida cada dia). Per característiques semblants entenem presència d’embolcall, estructura d’aquest embolcall, mida de la partícula, tipus i mida de l’acid nucleic, etc. Així, els desinfectants emprats per l’Ebola ho son més per proves indirectes, o escasses, que no per una munió de dades i cites bibliogràfiques.

A més, en una situació de crisi no pot ser que el desinfectant d’elecció sigui  el-no-va-més del desinfectants, distribuït per una o unes poques empreses. Calen desinfectants que pugis trobar a qualsevol llar, d’ampli espectre, de fàcil distribució i emmagatzematge, i de fàcil manipulació i ús, que no deixi residus poc gestionables ambientalment.

Dos que em venen al cap i que faig servir abundosament a la meva feina…l’etanol i el lleixiu domèstic.

I aquesta mateixa aproximació fan els autors de l’article (veure link al final) pel que fa a la desinfecció de l’Ebola.

Farem la discussió a partir de la gràfica del seu article.

Ebola viruses-07-01975-g002-1024-disinfectants

Si mireu el lleixiu domèstic que teniu a casa veureu que té entre 40-50 gr de clor actiu per litre. Això ve a ser un 4-5% de clor actiu. Els investigadors avaluaren l’eficàcia de solucions amb concentracions finals de lleixiu de 1%, 0,5%, 0,1% i 0,01% (si diluíssim el nostre lleixiu 5 vegades, o 10 vegades o 50 vegades o 500 vegades respectivament) sobre ebolavirus prèviament dessecats damunt superfícies d’acer inoxidable. Pel que fa a l’etanol barrejaren aquest amb aigua fins assolir una solució al 67% d’etanol. Pels dos desinfectants els temps escollits per veure la càrrega vírica que persistia foren 1 minut, 5 minuts i 10 minuts.

El lleixiu diluït al 0,01%  resultà del tot inefectiu fins i tot als 10 minuts de contacte. Quan era diluït 1/50 (al 0,1%) es notava efecte als 10 minuts però encara hi havia una forta infectivitat residual. Diferencialment, aplicar sobre superfícies contaminades amb Ebola solucions de lleixiu al 1% o al 0,5% era totalment efectiu als 10 minuts de contacte (més de 6 log10 de reducció del títol infecciós) però també per períodes més curts, 5 min. Per temps de contacte de 1 min la reducció del títol era de 2-3 log10, el desinfectant encara no ha pogut desplegar tota la seva acció i encara n’hi ha força de virus infecciosos. L’etanol al 67% fou extremadament eficient (no es detectaren virus infecciosos) per temps de contacte 5 i 10 minuts i per temps de contacte breus, 1 min, era clarament més efectiu que el lleixiu.

Algunes conclusions…

  • La Organització Mundial de la Salut (OMS) recomana aplicar solucions de clor disponible al 0,5% per desinfectar superfícies contaminades. Tot correcte i coherent. Però cal reforçar i tenir sempre en ment el temps de contacte perquè aquestes concentracions no tenen un efecte miraculós, cal deixar treballar al desinfectant. És la combinació de desinfectant adequat i temps de contacte prou llarg la que confereix seguretat. Ni tan sols la concentració més elevada assajada (1%) és efectiva durant el primer minut.
  • A la llum del resultats aplicacions de desinfectants per temps de contacte inferior als 5 minuts és jugar a la ruleta russa.
  • El etanol resulta més efectiu que el lleixiu i això es una bona noticia per tos aquells materials que pateixen corrosió si entren en contacte massa sovint amb l’hipoclorit sòdic. Però també per les nostres mans i pell. A més és menys tòxic i més fàcilment gestionable ambientalment.
  • Potser no calen fer recerca, i despesa, en desinfectants més efectius i derivar esforços en aquest camp a aquelles àrees terapèutiques que precisen dels recursos.

La bona pràctica microbiològica ens ajudarà a mantenir-nos a distància dels materials contaminats o dels malalts infectats però totes les barreres que fem servir cal desinfectar-les abans d’eliminar-les o reutilitzar-les. I això és el que fan els desinfectants; els polis dolents, amb el que el poli bo (el metge, l’infermer, l’investigador) ha de tenir una confiança “absoluta”, si volen fer bona parella.

Però aquesta, aquesta és una altra història.

Enllaç: http://www.mdpi.com/1999-4915/7/4/1975

avaluació de riscos, descontaminació, desinfecció, fomites, Infeccions Laboratorials (LAIs), infeccions nosocomials, virologia ambiental, virus hemorràgics

Comentaris virus-lents (115): Ebola i persistència ambiental; noves dades.

Deja un comentario Publicado por en junio 11, 2015

Quan un s’enfronta a un virus al laboratori, o en mig d’una emergència, necessita posar distància entre ell i el virus. Això es pot aconseguir amb indumentària especial, molts cops hidròfoba, que repel·leix l’aigua i fluids i per tant evita l’entrada dels virus; amb mascaretes o sistemes de filtració d’aire, que els atrapen i eviten la seva inhalació; amb guants, botes, maneguets, etc. Dins els laboratoris encara creem més distancies ja que manipulem les mostres dins cabines de seguretat biològica que generen una cortina d’aire que atrapa i conté els virus que potencialment puguin haver.

Tanmateix cap sistema és absolut, completament segur i a més resulta que tot allò que es fa sevir un cop queda potencialment contaminat i el seu cost fa que sigui impossible assumir single use, un únic ús, un emprar i llençar. Es aleshores quan podríem fer servir un concepte que si és absolut…el temps.

I aquesta aproximació fan els autors de l’article (veure link al final) pel que fa a la inactivació (natural) de l’Ebola.

Els autors suspenen el virus Ebola, la soca Makona, el barregen, amb un equivalent artificial de la sang, amb elevada càrrega proteica, i el deixaren assecar damunt superfícies, simulant la gota o l’esput projectat pel malalt i que cau al voltant seu. Els materials escollit foren superfícies d’acer inoxidable, molt comunes als hospitals i els materials plàstic-textils (mascaretes, granotes plàstiques impermeables) que constitueixen les barreres de protecció de cuidadors i personal sanitari. A l’estudi mesuraren la viabilitat del virus a 1 hora, 24 hores, 3 dies i 8 dies.

I quins foren els resultats? Us adjunto una gràfica i ho discutim.

viruses-07-01975-g001-1024

En aquesta figura es mostra la persistència ambiental de EBOV Makona (EBOV/Mak) suspès en un líquid amb alta càrrega proteica. S’escolliren com a condicions ambientals 21.5 °C i 30% humitat relativa. Cada punt de la gràfica és la mitjana de tres resultats i les barres d’error que es veuen reflecteixen la dispersió entre aquestes tres dades a cada punt.

Les superfícies poroses, com són les granotes, els “monos” de cotó fan perdre la viabilitat vírica més ràpidament. Així en una hora es veu una caiguda de 3 log10; és a dir, del 100% de virus passem al 0,1% de virus però és un magre consol perquè la dosi infecciosa d’aquest virus és molt baixa, de l’ordre de 1 a 10 partícules víriques. La inactivació complerta s’assoleix a les 24 hores. Dit d’altra manera, un tèxtil de cotó tacat amb una secreció que conté Ebola probablement no seria infecciós, en les condicions assenyalades, passades 24 hores (amb més seguretat als dos dies). Aquest efecte dels materials porosos ja ha estat força descrit per altres anteriorment per la qual cosa el podem donar per bo. Per contra, per superfícies no poroses, més impermeables, com són els materials de les mascaretes respiratòries i les granotes plàstiques la persistència del virus es perllonga en el temps, Cal esperar 24 hores per veure caigudes de poc més d’1 log10 (passar del 100% al 10%) i si deixéssim actuar purament al temps als 8 dies encara que tinguéssim una reducció d’entre 3 i 4 log10 restaríen prou virus per infectar el personal que manipulés aquests elements. No s’observaren diferències significatives entre els materials no porosos, per tant sembla un comportament que podríem extrapolar a altres materials com vidres, utensilis plàstics, recobriment armaris, pintures, etc.

Aquí no s’estan valorant efectes de la radiació solar i del component UV de la mateixa, i les condicions de temperatura es poden considerar suaus. Hom podria pensar que en aquests països on són més que freqüents les temperatures per sobre dels 30-35ºC una dessecació al sol, amb el seu component ultraviolat, i més ràpid degut a una temperatura més alta, tindria un efecte més devastador sobre la persistència vírica. Però és una suposició, no puc provar-ho.

I és així com, per forçar la mà, per anar més despresa i assegurar-nos absència d’infectivitat abans de manipular materials, equips o superfícies, que recorrem als desinfectants.

Però aquesta, aquesta és una altra història.

Enllaç: http://www.mdpi.com/1999-4915/7/4/1975

avaluació de riscos, descontaminació, etapes inactivació, fomites, virologia ambiental, virus hemorràgics

← Entradas anteriores

Entradas siguientes →