comentarisviruslents

Aquest blog és una seguit de comentaris personals i probablement poc transferibles sobre ciència i política.

Archivos en la Categoría: avaluació de riscos

Comentaris virus-lents (166): Norovirus i Andorra: res a declarar…per ara.

La setmana passada va haver un cert rebombori per un brot considerable (per sobre de 4.000 afectats) de gastroenteritis deguda a aigua envasada que va afectar bàsicament a la zona metropolitana de Barcelona i a Tarragona. El vehicle, aigua envasada en garrafes, subministrada por la companyia de vending Eden i que ha resultat provenir d’una línia de producció de la planta Font d’Arinsal, a Andorra.

 

He sentit alguns comentaris sobre la necessitat de més controls de laboratori. El fons del comentari és cert i irrefutable però s’estavella amb la factibilitat o la relació cost-benefici dels mateixos. Els indicadors de la qualitat microbiològica de l’aigua són, segons la normativa europea, bacteriològics. La detecció de segons quines bacteris fecals implica la possibilitat de presència de virus, també de transmissió fecal-oral. Un aigua que doni positiu a aquests bacteris fecals en una mostra d’un volum concret, per exemple, 100 ml ha de ser retirada del consum. Però, desgraciadament se sap abastament que els virus poden estar present en aigües que ja no continguin aquests bacteris fecals viables, és a dir, la presència de bacteris anuncia possible presència de virus de transmissió fecal-oral (norovirus; astrovirus; virus de la hepatitis A; en temps passats, poliovirus) però l’absència de bacteris no implica absència paral·lela de virus. Els virus poden ser molt persistents i mantenir-se infecciosos per setmanes o mesos a l’aigua un cop hi arriben. Perquè no es fan proves de detecció de virus? Pel seu cost, perquè les tècniques moleculars ens donen senyal de la presencia del genoma del virus però no de que aquest virus sigui encara infecciós, perquè si volem trobar virus viables cal esperar dies, fins i tot setmanes de cultiu en línies cel·lulars (això els que són susceptibles de propagar-se, que no ho són tots), etc. Per tant des d’aquest punt de vista cal assumir que aquí tenim un forat pel que ocasionalment se’ns pot escolar un brot.

 

Res més sentir del brot al meu centre, CReSA, vaig enviar un correu intern dient més o menys…ja veureu com serà norovirus. La simptomatologia evident, l’autoresolucio de l’infecció, que és sempre benigne llevat casos molt particulars; l’apunt inicial a l’aigua com a mitjà de transmissió, eren pistes prou clares. Hi hauria altres virus que podrien mostrar una pistola fumejant com rotavirus o astrovirus, però norovirus acostuma a ser una elecció segura en països europeus.

Assumint la inevitabilitat del brot pel que fa a les proves bacteriològiques altra cosa són les errades procedimentals o saltar-se alguns controls recolzant-se en l’històric. Aixa, Ara el 20 d’abril publicava…”la línia de producció que proveïa l’aigua a Eden és de nova creació-va començar a operar a principis del mes d’abril-, per tant, no havia passat el darrer control oficial.” Mai sabrem si aquest control hagués pogut tenir impacte en la dinàmica del brot, o hagués permès alertar d’alguna mancança.

 

També sembla, per ara, que el problema podria raure en el reciclatge dels recipients. Així com les ampolles de litre i mig no es reciclen, són d’un sol ús, i no s’ha registrat, que se sàpiga, episodis de gastroenteritis d’aigua d’aquesta planta d’Arinsal per aquests envasos, les garrafes de les fonts d’aigua es reciclen entre usos. Dit altrament s’higienitzen, es desinfecten abans de rebre altre cop aigua de la font. Per desgràcia, els norovirus, molt petits, també són força resistents a la inactivació; són perfectament capaços de resistir pH àcids o bàsics (al voltant de pH 2 i pH 12, respectivament per 30 minuts a 37ºC) i necessiten un bon raig de lleixiu (de l’ordre de 300 ppm o més en funció de la presència de material orgànica) mentre que per “matar” bacteris fecals habituals n’hi ha prou amb una dosi de 70 ppm. A tall d’exemple us recordo que el lleixiu domèstic es ven com una solució d’hipoclorit sòdic a 40-50 g/l i això vol dir 40.000-50.000 ppm…per tant es pot diluir força i encara ser efectiu. Tanmateix suposo que la higienització dels recipients es deu fer per mètodes químics (el pH, probablement hidròxid sòdic) o per mètodes tèrmics i per aquests darrers els norovirus també són força resistents; poden resistir 60ºC per 3 minuts i 100ºC per un minut. Tot un petit milhomes de la natura microscòpica.

 

Aquí un apunt, tenint en compte la lleugeresa dels símptomes no descarto que hi hagi hagut casos de gastroenteritis per aigua en ampolles individuals (si assumim que el problema ve de l’aigua, de la font); a nivell domèstic aquests episodis són poc traçables i no permeten lligar caps; també seria interessant saber com ha acabat la investigació epidemiològica de un brot de gastroenteritis en dos hotels de la Massana, a Andorra, que es van reportar a la premsa andorrana el 24 de març. A nivell d’una empresa, d’una comunitat, que 2, 3 ó 5 treballadors emmalalteixin alhora vol dir un punt de connexió comú, més fàcil de traçar o d’aixecar l’alerta.

 

Pel que llegeixo s’han retirat més de 6000 garrafes dels lots produïts els dies 7, 8, 11, 12 i 13. El 9 i 10 no es treballava, que era cap de setmana. No tinc dades del nombre d’empreses afectades (en alguns llocs he llegit vora 200 empreses, encara que s’ha retirat l’agua de més de 900 localitzacions) ni per tant del nombre de garrafes directament involucrades però és un episodi de contaminació “estrany”.

 

Fem un petit càlcul…la dosi infecciosa de norovirus es suposa baixa (1-10 partícules infeccioses són suficient per disparar la gastroenteritis). Per tant aquestes 10 partícules havien d’estar en un got d’aigua consumit de la font (evidentment podem parlar de treballador assedegats que veuen com peixos però és una variable que deixarem fixada). Això vol dir que hi calien presència de 10 virus en 200 ml. Si hi ha 200 empreses afectades, assumint un parell de garrafes per empresa, dona 400 garrafes, que a 19 litres per garrafa dona uns 8.000 litres. Per tant, 40.000 gots de 200 ml i 400.000 norovirus assumint barreja homogènia. Recordem quants norovirus hi ha en un gram de femta d’un malalt de gastroenteritis (per més detalls veure entrada https://comentarisviruslents.org/2014/07/07/comentaris-virus-lents-16-norovirus-i-creuers-laxants/). Doncs sí, més de 1.000.000.000 virus per gram. Per tant caldria 1 mil·lèsima part d’un gram de femta, ben posat, per generar aquest brot. Acabant d’escriure l’entrada he llegit que la concentració de norovirus detectada a l’aigua ha estat anormalment alta (veure http://www.ara.cat/societat/Salut-culpa-Andorra-gastroenteritis-aigua-envasada-Eden-Aigua-Pirineu_0_1565243555.html) de l’ordre de 1.000-10.000 virus per litre; estaríem parlant llavors de 0,1-1 gr de femta.

 

norovirus vital-signs-transmission-lg

Desafortunades trobo les declaracions de Jordi Guix, secretari de la Agència de Salut Pública de Catalunya (ASPCAT) que en La Vanguardia del dia 19 senyalava (o li feien senyalar, un ja no sap): “La probabilitat de contagio de persona a persona es muy baja”. Poc encertada la frase perquè se sap que el norovirus un cop entra en una col·lectivitat arrasa, és molt transmissible…certament no se transmet de persona a persona però sí de persona a fomites i de fomites a persona. Per posar un exemple, si comparteixes un lavabo amb una persona que està en un episodi de gastroenteritis per norovirus, i no vas amb molt de compte, bé, ja pots trucar a la feina i dir que no aniràs en dos dies. Per més detalls veure l’entrada 16 del present blog. O millor encara, entreu a l’adreça http://www.cdc.gov/norovirus/ i mireu el vídeo Have You Ever Heard of Norovirus? És en anglès però és radicalment clar.

 

norovirus-2

 

En resum, ja tenim el culpable, i els que han fet la feina de recerca i identificació són de total confiança però ara queda el més dur que és trobar la via exacta de transmissió que implicarà aïllar el virus d’elements de la línia d’embotellat o confirmar errades o incidències en el procés d’higienització…sense descartar la font primigènia. Esperem que esmercin forces comandades per tot un Sherlock Holmes i no per un inspector Clouseau.

Però aquesta, aquesta és una altra història.

Anuncios

Comentaris virus-lents (164): Concepte Gain of Function, la ciència sempre guanya?

El concepte Gain of function, que podríem traduir per guany o millora de funció/funcionalitats no és un concepte nou. Els experiments de modificació de funcionament en un sentit general són una pràctica quotidiana a la microbiologia des de fa molts anys. En aquest experiments s’afegeixen o modifiquen propietats o funcions tant a virus com a bacteris, per exemple amb mutacions als gens per generar noves o millorades funcionalitats a les proteïnes resultants. El camí invers, generar pèrdues de funcionalitats també és possible…i pot donar tanta informació com els guanys de funció. Per tant, en un sentit estricte, quan ens parlin d’un experiment que caigui en aquesta categoria no cal desqualificar-lo…immediatament.

GainOfFunction-GOF-1082214doctor

El dilema sorgeix quan estem treballant amb patògens ja de per si prou perillosos, com podria ser la influenza aviaria altament patògena H5N1, el SARS Coronavirus, el MERS Coronavirus i volem fer experiments de guany de funció per específicament cercar un increment en la seva transmissibilitat, patogenicitat, o alterant (fent més ampli) el rang d’hostes susceptibles. Però no solament en aquest casos, perquè també ens han de preocupar experiments que cerquin incrementar la resistència dels bacteris als antibiòtics terapèutics actuals, generar mutants que escapin a les formulacions vacunals actuals i que les facin ineficaces, o generar mutants que escapin, que siguin invisibles, a les tècniques diagnòstiques o de detecció habituals.

Als darrers anys s’ha donat un fort increment de la preocupació oficial pel mal ús o l’ús dual (entenem dual use com els coneixements o tecnologies adquirides a través de la investigació científica que podrien ser mal emprades amb fins criminals o terroristes o en el camp militar) d’una recerca aplicada en el camp de la microbiologia de patògens de grup de risc 3 i superior…un tema no massa entès a les universitats o centres de recerca que no inclouen la bioseguretat, la biocontenció i la bioprotecció com temes en els que també cal formació. I clar, quan la recerca és llavors fiscalitzada per experts en bioseguretat, als que els científics retreuen una baixa o nul·la formació en microbiologia i/o biotecnologia i sempre delerosos de menystenir els beneficis científics i socials d’aquella recerca i de maximitzar els riscos potencials, les amenaces a la seguretat, l’embolic i la desconfiança estan garantides. El problema és encara més gran si tenim en compte que de regulacions i lleis hi ha unes quantes, emeses per diferents cossos regulatoris, ministeris, agències, de diferents estats i en alguns casos aquestes són un pèl abstruses. Manca més claredat regulatòria, de vegades tot rau en l’establiment ferm i sense discussió de qui és EL responsable regulatori de tota la problemàtica en bioseguretat, i més uniformitat, homologació entre els diferents estats.

Per tant, cal cooperació internacional i marcs normatius el més comuns possibles, perquè no se’ns escapa a ningú que la recerca en les ciències biològiques és una recerca molt internacionalitzada; molts projectes són xarxes que involucren estats de diversos continents; els investigadors tenen contactes i bescanvien dades amb col·legues all over the world; hi ha cooperació entre centres de recerca i universitats molt distants i per acabar-ho d’adobar els resultats de la recerca es distribueixen a tot el món a través d’internet. La regulació salta feta miques ja que els riscos del mal ús dels resultats no queda reclosa a l’estat on s’ha desenvolupat físicament la recerca.

I aquesta regulació externa és necessària. La responsabilitat individual dels científics no deixarà de ser un aspecte important per fer front als dilemes dels experiments de Guany de funció, que podrà ser acompanyada o enfortida per comitès d’ ètica o bioseguretat i codis de conducta de la institució. Però tota aquesta autoregulació pot fallar i caldrà un  marc regulatori superior.

Els experiments que es dissenyen per millorar la transmissibilitat, o la virulència, o resistència a les contramesures actuals, de patògens de nivell 3 i 4 evidentment estant modificant el risc per a la salut de la població. Per començar, s’està produint un mutant que no està a la natura…encara. Si a més, no hi ha un benefici immediat, ni previsible, en forma de cura terapèutica o vacuna, són una eina vàlida?

GOF risk and benefits 21666-0309367832-450

Davant d’un experiment d’aquestes característiques una persona “dual”, amb una cama a cada cap, la virologia i la bioseguretat es plantejaria una sèrie de qüestions…Quin coneixement es pot guanyar realment amb aquests experiments? Aquest coneixement podria obtenir-se per altres vies? Es poden realitzar aquests experiments en condicions de seguretat, en instal·lacions ben mantingudes, dirigides i amb el mínim personal involucrat? Quins plans de contingència té la instal·lació? Quin és el benefici per a la salut esperat, tant immediat com a mitja termini? Quina és la probabilitat que els experiments siguin emprats de manera abusiva, per exemple, per terroristes, però també, perquè no, per l’esfera militar? Com de realista és el risc que terroristes o altres persones voldran fer mal ús dels resultats de la recerca, i que tinguin la capacitat real de poder-ho fer? És sempre necessari que els resultats de la recerca estiguin a disposició de tothom?

Moltes d’aquestes preguntes tenen respostes “duals”…en funció de cada cas.

Però aquesta, aquesta és una altra història.

Comentaris virus-lents (163): Zika i mosquits; la competència va per barris.

Són tots els mosquits capaços de transmetre eficientment Zika? No tots. Són els mosquits del gènere Aedes capaços de fer-ho amb eficiència, llavors? No tots, tampoc, algunes espècies. Hi ha una espècie o espècies concretes que siguin les més eficients i per tant les més “perilloses”? Probablement dependrà del lloc, de la raça, del genotip del mosquit.

a_aegypti_0--620x349

Un estudi molt recent (enllaç original: http://journals.plos.org/plosntds/article?id=10.1371/journal.pntd.0004543) indica que no tots els Aedes albopictus o Aedes aegypti serien eficaços transmissors de Zika, dependria de la seva localització. Així les poblacions americanes d’aquests mosquits mostrarien diferències entre elles (per exemple, pel que fa a la transmissibilitat de Zika, Aedes aegypti de Rio de Janeiro seria força més competent que Aedes albopictus de Florida; però mentre que les dues races, genotips, d’Aedes aegypti, la brasilera i l’estadounidenca no diferien, la població d’Aedes albopictus de Florida seria més competent que la brasilera, més del doble de competent), i serien menys eficients, en conjunt, que les asiàtiques (Singapur). L’estudi conclou que encara que Aedes aegypti i Aedes albopictus (americans i caribenys) són susceptibles a la infecció, es mostraren inesperadament poc competents, poc eficaços en la transmissió de Zika per la qual cosa altres factors han d’explicar aquesta transmissió tant accelerada: poblacions humanes naïve, sense contacte prèvia amb el patogen; altes densitats de mosquits i/o alta freqüència de events/picades per individu…

Anem a explicar-ho més a fons. Establim unes premisses, però. Una transmissió a través d’un vector depèn de la compatibilitat de vector i allò que vol ser transmès. Un vector molt competent per transmetre Chikungunya pot no ser-ho tant per transmetre una altre virus com és Zika. Per tant a l’hora de la transmissió cal valorar quina és la parella de ball…i si valorem això cal saber que de llinatges vírics de Zika se’n coneixen com a mínim tres (oest d’África, est d’África i l’asiàtic, que és el que ara està propagant-se a Amèrica) i de mosquits Aedes albopictus o Aedes aegypti la població que es troba a Rio de Janeiro no és probablement la mateixa que s’està a Florida…o la que tenim a Barcelona, o a Sant Carles de la Ràpita.

Una altra sèrie de conceptes que cal tenir clars (veure entrada sobre competència vectorial, https://comentarisviruslents.org/2015/12/27/comentaris-virus-lents-146-competencia-vectorial-o-quan-la-competencia-ens-fibla-de-veritat/) és entendre que el fet que un mosquit xucli sang d’un humà infectat no vol dir que pugui transmetre la infecció. Els entomòlegs parlen de taxa d’infecció (TI) com el ratio de mosquits que tenen el cos (abdomen i tòrax) infectat uns dies després de la ingesta de la sang amb virus. La taxa de disseminació (TD) fa referència a la fracció d’aquests mosquits amb el cos infectat que tenen (uns dies després) el cap infectat (recordem que al cap és on es troben les glàndules salivars). Per tant, és un ratio d’un ratio previ. Finalment la taxa de transmissió (TT) representa un altre ratio, els dels mosquits amb el cap infectat que tenen presència de virus a la saliva que és l’autèntic contagium vivum fluidum. De tot això, podem treure un índex general, la taxa d’eficiència en la transmissió (TET) que seria la proporció de mosquits amb saliva infectada respecte el total de mosquits i que podrien representar com TET = TI x TD x TT. Suposo que no se us escapa que qualsevol “zero” en algun d’aquests índexs bloqueja la transmissió i que un valor d’un posem 50% (o ½, que no està gens, gens malament) en els tres factors implica que l’eficiència final és del…13%.

Que Zika cavalca sobre Aedes és de sobra conegut. A Àfrica s’ha aïllat Zika de Ae. africanus, Ae. apicoargenteus, Ae. luteocephalus, Ae. furcifer and Ae. taylori, and Ae. vittatus. Tanmateix Ae. aegypti no sembla que el transmeti a zones d’Àfrica (estudi a Senegal, veure enllaç original a http://bmcinfectdis.biomedcentral.com/articles/10.1186/s12879-015-1231-2), mentre que Ae. albopictus (la població de Singapur) sembla ser eficient en la transmissió (l’enllaç a l’article original http://journals.plos.org/plosntds/article?id=10.1371/journal.pntd.0002348). Tot es torna encara més fosc quan un altre estudi a Senegal, amb mosquits Ae. aegypti capturats en una altra localització, Kebemer (a prop de Dakar), exhibiren taxes de transmissió del 88% al 95%. Això ja fa ensumar la importància del perfil genètic de la població del vector pel que fa a la seva “competència”.

Tornem a l’estudi inicial; els investigadors (per aquelles condicions experimentals concretes) han trobat que les TET pel Zika de les espècies Aedes albopictus de Florida i Aedes aegypti de Rio de Janeiro foren del 3,3 i del 10%, respectivament. Un de cada 30 i un de cada 10 mosquit alimentat amb sang infectada aconseguia portar el virus a les glàndules salivars i per tant potencialment podia transmetre la infecció. Not so bad, diríeu.

I jo també ho diria però…aquest estudi es va fer alimentant els mosquits amb sang infectada amb 107 TCID50/ml de virus Zika. Ja us podeu imaginar que una femella de mosquit pot xuclar 1-2 µl com a molt; per tant al mosquit haguessin entrat en el millor dels casos 104 virus infecciosos i amb aquestos valors tenim aquests rendiments del 3% al 10% de transmissió. I quina és la virèmia descrita per Zika als humans? Doncs a diferència de Chikungunya, amb virèmies de 107 a 109 copies RNA/ml, o fins i tot el dengue amb 106-107 copies ARN/ml, la virèmia de Zika és bastant baixa de 103-106 copies ARN/ml. Una còpia ARN en el millor dels casos es pot fer equivalent a un virus infecciós. Per tant estem parlant que la virèmia habitual per Zika està entre 1 i 4 ordres de magnitud (entre 10 i 10.000 vegades) per sota de les concentracions víriques de l’experiment.

CHIK transmission cycle viruses-06-04628-g002-1024

Esquema que reflecteix la incubació extrínseca d’un virus (Chikungunya, dengue, Zika, etc.) en un vector

Que vol dir això? Per un costat, que la freqüència de competència baixaria molt més enllà dels valors descrits…si no entren prous virus possiblement cap ni un arribarà a glàndules salivars i que encara que hi arribessin potser ho farien massa tard, quan el mosquit està al final del seu cicle vital. De la mateixa manera que un increment de la càrrega vírica a la sang xuclada escurça el període d’incubació extrínseca (PIE, per més detalls veure https://comentarisviruslents.org/2015/12/27/comentaris-virus-lents-146-competencia-vectorial-o-quan-la-competencia-ens-fibla-de-veritat/) un decrement de la mateixa, un baix títol víric el pot allargar més enllà del cicle vital del mosquit. Per exemple, per Chikungunya s’han descrit PIE de…dos dies!! com a conseqüència de les altes virèmies.

Per tant, un escenari de baixa capacitat de transmissió encara més tibada cap abaix per la baixa virèmia però potser compensada per l’enorme nombre d’éssers humans susceptibles i els contactes altament freqüents d’aquests amb poblacions molt nombroses de vectors. Aquesta situació no és original, ni és anormal; una població de Aedes aegypti, de baixa competència per transmetre la febre groga però una molt alta densitat poblacional, es considerà responsable del brot de febre groga a Nigèria al 1987.

L’estudi de les poblacions específiques de vectors cada zona, doncs, sembla imprescindible per fer una avaluació de risc real. I en aquesta avaluació de risc caldria obrir el focus d’atenció i incloure altres mosquits que, no per portar molt temps entre nosaltres (Culex spp. per exemple) poden acabar essent eventualment competents. Tant Zika con Chikungunya que s’estan expandint de forma accelerada inicialment es mantingueren en un cicle enzootic que involucrava a primats no humans i una amplia varietat de mosquits zoofílics (no antropofílics). Aedes aegypti i en menor mesura Aedes albopictus són vectors antropofílics; qualsevol mosquit antropofílic mereixeria la nostra atenció inicial.

I a Catalunya, per instal·lacions i capacitat, això ho pot fer solament el Centre de Recerca en Sanitat Animal (CReSA), dins de l’institut IRTA.

Però aquesta, instal·lacions i capacitats, és una altra història.

Comentaris virus-lents (158): Zika i quarantena personal; fent el compte de la vella.

Una típica pregunta que es farà tothom a partir d’ara quan torni de Brasil, o Colòmbia, o Veneçuela i així fins a més de 20 països americans per on s’estén el virus Zika podria ser…Quan temps ha de transcórrer fins que estigui segur que no puc transmetre el virus? … sabent com sabem que per un 80% dels infectats el virus es propagarà pel cos però no donarà una simptomatologia evident (febre, erupcions dèrmiques, dolor articular…), que cursarà com infecció asimptomàtica.

Un mes com a poc, seria la resposta actual. Clar que és una resposta dual perquè nosaltres podem contribuir a la propagació indirectament o directament. Indirectament?…oferint el nostre cos per ser picat per mosquits (que després hauran de ser competents per la propagació). Directament?, amb baixa probabilitat, transmetent el virus a la teva parella mentre es té sexe (ja es va introduir el tema a l’entrada 153).

El període d’incubació per Zika un cop t’ha picat un mosquit i t’ha transmès el virus oscil·la entre els 2 i els 10-12 dies. Si tens alguna mena de simptomatologia aquesta dura entre tres i set dies. La malaltia és quasi sempre autolimitant ja que el sistema immune genera anticossos prou efectius que neutralitzen el virus. Per tant, si vas tenir la mala sort que t’infectés un mosquit el darrer dia de la teva estada a un país amb Zika, sumant els dos períodes, el de 10-12 dies, i el període de recuperació màxim de set dies, tenim un total de 20 dies. Un cop passats aquests 20 dies és molt difícil que puguis transmetre res a cap mosquit per iniciar cap mena de cicle. El mateix comptatge pots fer si no has patit cap símptoma i et consideres un cas asimptomàtic. Si en 20 dies cap mosquit no t’ha tret sang difícilment contribuiràs a cap establiment de cicle autòcton del virus a Catalunya.

I amb el sexe? Amb el sexe, i específicament amb el semen, tenim poques dades encara. Té pinta, però, que el virus pugui quedar allotjat als testicles dels homes per un període de mesos; recordem que els testicles, els aparells reproductors són llocs un pèl grisos pel que fa al sistema immunitari, que patrulla amb menys freqüència i eficiència. El virus pot haver estat eliminat de la sang (virèmia) en uns dies, però encara trobar-se a la orina, i quan no es troba a la orina, unes setmanes després, encara pot trobar-se al semen. Recordem el que s’ha descrit per Ebola perquè el mecanisme vindria a ser el mateix (veure entrada 134, https://comentarisviruslents.org/2015/10/16/comentaris-virus-lents-134-ebola-i-semen-una-historia-de-persistencia/).

Cada país està emetent les seves recomanacions; així les autoritats britàniques (més específicament les angleses) recomanen als homes que tornen de les zones afectades un període de  4 setmanes de sexe amb protecció (preservatius) per evitar riscos…i de sis mesos!! en cas que el retornat hagi patit la infecció de forma simptomàtica i hagi estat confirmat a nivell laboratorial (veure enllaç http://www.nhs.uk/Conditions/zika-virus/Pages/Introduction.aspx). Els Centers for Disease Control and Prevention, als EEUU, recomanen a les dones embarassades que evitin el contacte amb el semen d’homes que han estat a zones infestades de Zika durant el seu embaràs; això implica ús de preservatius o abstinència (enllaç a http://www.cdc.gov/zika/hc-providers/qa-pregnant-women.html). Pel que fa a Espanya les darreres recomanacions del Ministeri de Sanitat, Serveis Socials i Igualtat al respecte es poden trobar a aquest pdf  http://www.msssi.gob.es/profesionales/saludPublica/ccayes/alertasActual/DocsZika/Protocolo2actuacion_embarazadasZika_15.02.2016.pdf. No hi ha cap recomanació específica pel que fa a la transmissió sexual, únicament a la vectorial. Evidentment aquestes recomanacions es modificaran en quant es sàpiga més d’aquesta via de transmissió. Perquè ara mateix hi ha una sèrie de preguntes per les que no tenim resposta:

  • Per que el semen sigui infecciós és necessari estar patint un episodi d’hematospèrmia, sang al semen (veure entrada 153, https://comentarisviruslents.org/2016/02/02/comentaris-virus-lents-153-zika-i-semen-amistat-puntual-i-perillosa/)? O el virus pot estar present i infecciós en un semen “normal”?

  • ¿Pot una dona transmetre el virus a traves del sexe? ¿El risc és equivalent per a totes les formes de sexe? Recordem per exemple que per Ebola està perfectament descrita la transmissió de home a dona però els casos inversos són escassísims.

  • I que passa amb tots els casos asimptomàtics…els casos de transmissió per semen sempre seran de casos simptomàtics, de persones que hagin patit febre o erupcions dèrmiques o també pot el virus resistir en el semen de persones que no sàpiguen que han passat la infecció?

I potser el més important i difícil de contestar perquè és una variable quasi individual (mireu entrada sobre Ebola), quant de temps el virus Zika pot restar infecciós al semen? Perquè recordem que la senyal molecular (la presència de genoma) en el semen no és sinònim del caràcter infecciós del mateix.

Moltes preguntes pendents, per altra banda normal perquè aquest virus porta sota el focus d’atenció uns pocs anys i únicament ara, amb molts afectats, tindrem prous dades per arribar a conclusions significatives, que no definitives.

Però aquesta, aquesta és una altra història.

Comentaris virus-lents (148): Blanc i en ampolla? Potser no serà llet. Gestionant els grup de risc biològic.

La correcta avaluació del risc biològic (per més detalls veure https://comentarisviruslents.org/2014/04/22/comentaris-virus-lents-4-gestio-de-risc-biologic-avaluacio/) implica, en un dels passos inicials, categoritzar el patogen amb el que ens enfrontem. Per decidir quines contramesures caldrà adoptar en la seva manipulació cal primer saber si el patogen és “prou” patogen, el seu potencial de patogènia, un còctel on entren la dosi infecciosa, les rutes d’entrada en l’hoste, la gravetat de la malaltia, la potencial infectivitat o transmissibilitat, l’existència de mesures pre-exposició (vacunes) i mesures post-exposició (medicaments, antivirals, antibiòtics, etc.).

Risk assessment triad

En una entrada prèvia ja vam parlar una mica dels grups de risc (veure https://comentarisviruslents.org/2014/08/01/comentaris-virus-lents-29-grups-de-risc-nivells-de-bioseguretat-i-avaluacio-de-risc/)  i la seva relació amb la bioseguretat i la bioprotecció (relacionada amb el mal ús voluntari o inadvertit dels agents biològics). Encara que sigui una mica tediós us llisto ara una sèrie de classificacions per aprofundir en el tema i discutir-lo associat amb un tema d’actualitat. És important que es llegeixin perquè us adonareu que per una banda no hi ha cap classificació universal, cada organisme implicat i país ha adoptat la seva, però que, per altra banda, totes són molt semblants deixant únicament algunes zones grises.

 

Així, a Espanya la referència la dona el Real Decret 664/1997 sobre la protección de los trabajadores contra los riesgos relacionados con la exposición a agentes biológicos durante el trabajo.

Segons aquest document distingiríem 4 grups de risc:

  • Agent del grup de risc 1: aquell que resulta poc probable que causi una malaltia en l’ésser humà;

  • Agent del grup de risc 2: aquell que pot causar una malaltia en l’ésser humà i pot suposar un perill per als treballadors, sent poc probable que es propagui a la col·lectivitat i existint generalment profilaxi o tractament eficaç;

  • Agent del grup de risc 3: aquell que pot causar una malaltia greu en l’ésser humà i presenta un seriós perill per als treballadors, amb risc que es propagui a la col·lectivitat i existint generalment una profilaxi o tractament eficaç;

  • Agent del grup de risc 4: aquell que causant una malaltia greu en l’ésser humà, suposa un seriós perill per als treballadors, amb moltes probabilitats que es propagui a la col·lectivitat i sense que existeixi generalment una profilaxi o un tractament eficaç.

 

I ara un altre país europeu, Alemanya, que el 2013 ha implantat la seva darrera classificació:

  • Grup de risc 1: biomaterials, pels que és poc probable que causen malalties en els éssers humans;

  • Grup de risc 2: biomaterials, que poden causar malalties humanes i podrien ser un perill per als treballadors; la dispersió en la població és poc probable; és normalment possible una profilaxi o tractament eficaç.

  • Grup de risc 3: biomaterials, que causen malaltia greu en l’ésser humà i presenten un greu perill per als treballadors; el risc de propagació a la comunitat existeix, però hi ha generalment una profilaxi o un tractament eficaç.

  • Grup de risc 4: agents biològics que causen malaltia greu en l’ésser humà i que són un greu perill per als treballadors; en certes circumstàncies el risc de propagació en la població és alt; no hi ha generalment profilaxi o tractament eficaç.

 

Segons el Ministeri de Sanitat canadenc (més pròpiament la Public Health Agency of Canada); es pot veure a: http://www.phac-aspc.gc.ca/publicat/lbg-ldmbl-04/ch2-eng.php la categorització seria la següent:

  • Grup de risc 1 (baix risc individual i comunitari) engloba a qualsevol agent biològic que és poc probable que causi malaltia en els treballadors o els animals sans.

  • Grup de risc 2 (risc individual moderat, risc poblacional baix) correspon a qualsevol agent patogen que pot causar malaltia en humans, però, en circumstàncies normals, és poc probable que sigui un seriós perill pel personal de laboratoris, la comunitat, la ramaderia i el medi ambient. Les exposicions laboratorials poques vegades causaran infecció conduint cap a la malaltia greu; tractament i les mesures preventives eficaces estan disponibles, i el risc de propagació és limitat.

  • Grup de risc 3 (alt risc individual, baix risc comunitari) correspondria a qualsevol agent patogen que provoca generalment una malaltia humana greu o pot donar lloc a greus conseqüències econòmiques, però que no es transmet per contacte casual d’un individu a un altre, o que causa malalties tractables pels agents antimicrobians o antiparasitaris.

  • I finalment Grup de risc 4 (risc individual alt, alt risc comunitari), inclou qualsevol patogen que sol produir malaltia humana molt greu, sovint intractable, i pot transmetre’s fàcilment d’una persona a una altra, o d’animals a humans o a l’inrevés, directament o indirectament, o per contacte casual.

 

Segons el NIH, National Institutes of Health, dels EEUU, 2013 que es pot veure a: http://osp.od.nih.gov/sites/default/files/NIH_Guidelines.html la classificació seria la següent:

  •  Grup de risc 1 (Risck Group, RG1) Agents que no estan associats amb malalties en humans adults sans.

  • Grup de risc 2 (RG2) Agents que estan associats amb malalties humanes que són rarament greus i per les quals mesures preventives o terapèutiques estan freqüentment disponibles.

  • Grup de risc 3 (RG3) Agents que estan associats amb malalties humanes greus o letals per les quals mesures preventives o terapèutiques poden estar disponibles (alt risc individual però baix risc comunitari)

  • Grup de risc 4 (RG4) Agents que puguin causar malalties humanes greus o letals per les quals no hi ha disponibles mesures preventives o terapèutiques (alt risc individual i l’alt risc comunitari)

 

I finalment, segons la Organització Mundial de la Salut (OMS) parlaríem també de 4 grups de risc amb les seves definicions particulars (segons WHO Classification of Infective Microorganisms by Risk Group, 2004) que són les següents:

  • Grup de risc 1 (sense risc o de baix risc individual i comunitari). Conté tot microorganisme que és poc probable que causi malalties humanes o animals.

  • Grup de risc 2 (risc individual moderat, baix risc poblacional) inclou tot patogen que pot causar malalties humanes o animals, però és poc probable que sigui un seriós perill per als treballadors de laboratori, la comunitat, la ramaderia i el medi ambient. Les exposicions laboratorials poden causar infecció greu, però hi ha disponibles tractaments eficaços i mesures preventives i el risc de propagació de la infecció és limitat.

  • Grup de risc 3 (alt risc individual, baix risc comunitari), inclou tot patogen que provoca  generalment una malaltia humana o animal greu, però que no es transmet d’un individu infectat a un altre. El tractament eficaç i les mesures preventives estan disponibles.

  • Grup de risc 4 (alt risc individual i comunitari). Un patogen que provoca generalment una malaltia humana o animal greu i que es pot transmetre fàcilment d’una persona a una altra, directament o indirectament. No solen haver disponibles tractaments eficaços i mesures preventives.

 

I ara, parlem del virus Zika. Zika és un virus que s’està estenent a cavall d’un vector per nosaltres bastant conegut, Aedes aegypti, cosí proper del mosquit tigre Aedes albopictus, per tota Sudamerica i que a les darreres informacions ha arribat ja al Carib. Si mireu l’entrada https://comentarisviruslents.org/2015/12/13/comentaris-virus-lents-144-a-les-ameriques-el-virus-zika-pot-fer-mal/ veureu que es tracta d’un virus pel qual no hi ha vacuna ni tractament específic adient.

Aquest virus està qualificat com un virus de Grup de Risc 3 (GR2), tanmateix els efectes no previstos que s’estan veient a Brasil (mirar entrada https://comentarisviruslents.org/2015/12/27/comentaris-virus-lents-147-brasil-ara-no-es-pais-per-a-nadons/) el faria caure més aviat en el grup de risc 3 (GR3).

De tota manera, tots els virus transmesos per vectors artròpodes són un pèl menystinguts perquè s’accepta que majoritàriament la seva via d’entrada és a través de picada de artròpode infectat i es descarten perillositat per via aèria (aerosols).

Això ens demostra que fins a cert punt la qualificació dels patògens en GR i per tant els nivells de bioseguretat associats són una convenció (sense intenció pejorativa). Un altre exemple el tenim amb el MERS coronavirus (podeu trobar diverses entrades si feu servir el cercador al mateix blog). El MERS coronavirus és un virus indubtablement letal (altra cosa és la seva transmissibilitat dels camells als humans) pel qual no hi ha encara cap mena de vacuna ni tractament post-exposició i tanmateix el tenim catalogat com un GR3…I aquest seria un cas actual, també podem recórrer a un cas de fa deu anys també bastant semblant…el SARS coronavirus, també letal i sense vacuna disponible i que encara està categoritzat com un GR3, manipulable llavors en instal·lacions de nivell 3.

Que sigui una convenció no vol dir que sigui del tot incorrecte o que no hi hagi una raó última. Pujar el nivell de risc de SARS o MERS de 3 a 4 implica que desenes, centenars de laboratoris quedarien descartats de bon principi i per tant les instal·lacions i personal disponible per treballar en un major coneixement del virus i en el disseny i testatge de vacunes passaria a ser del tot insuficient. Hi ha molt poques instal·lacions de nivell de bioseguretat 4 a Europa o al món. De fet un dels motius que han alentit la recerca amb virus de febre hemorràgiques com l’Ebola ha estat el poc nombre de instal·lacions disponibles per fer la recerca i el posterior testatge del prototips vacunals en animals d’experimentació.

A la vista del que se sap i també del que no se sap però s’ensuma apujar la categorització de risc de Zika de nivell 2 a nivell 3, per treballs de recerca i diagnostic em semblaria una errada greu. Altra cosa seria l’experimentacio amb el vector, el mosquit, que sí deixaria resclosa a un nivell 3, més que res pel risc que mosquits potencialment infectius arribin al medi ambient.

En aquestes definicions i categoritzacions, com en molts temes de bioseguretat estem caminant pel tall de la navalla…d’una manera controlada i conscient, això sí.

 

Però aquesta, aquesta és una altra història.

englisch_biostoffv-G-wordml02000001

Comentaris virus-lents (147): Brasil, ara, no és pais per a nadons.

Ja sabeu que, hem parlat una mica, a les darreres entrades (mireu l’entrada 143, introductòria, de Zika  https://comentarisviruslents.org/2015/12/06/comentaris-virus-lents-143-zika-altre-flavivirus-que-sen-va-a-fer-les-ameriques/ i entrada 144 https://comentarisviruslents.org/2015/12/13/comentaris-virus-lents-144-a-les-ameriques-el-virus-zika-pot-fer-mal/) del virus Zika, que s’està estenen per Sudamerica, principalment Brasil, ara per ara, i que podria emular a Chikungunya arribant al Carib. Resumint la infecció amb aquest virus durant l’embaràs està causant un fort increment de casos de desordre neurològic als fetus: Microcefàlia, que evita que el cervell de l’embrió es desenvolupi completament i els nadons neixen amb caps petits que causen seriosos problemes de desenvolupament i fins i tot pot ocasionar la mort prematura.

countries-reporting-autochthonous-zika-virus-cases

Al Brasil, el Ministeri de Salut ha estimat que el nombre d’infectats (recordem que infecció i simptomatologia clínica no són sinònims) estaria entre el mig milió i el milió i mig de casos en aquest últim brot, una situació inaudita en termes de velocitat de propagació. Pel que fa als casos de microcefalia estaríem ja en més de 2400, amb confirmació ferma de més de 130 i 27 morts de nadons probablement associades. Per avaluar l’impacte, el nombre de casos anuals de microcefàlia a Brasil oscil·lava entre els 120 i els 200 (en el període 2010 al 2014).

La preocupació ha arribat a tal nivell, per l’espectacular nombre de casos nous de microcefalia respecte a allò normalment registrat, que aquest virus ha causat una alerta sanitària poc comuna, com és que el govern del Brasil demani a les dones no quedar embarassades fins a tenir més informació sobre aquest brot. Evidentment s’ha d’entendre com una recomanació, no com una obligació, ja que és una decisió del tot personal però ara en un cert ambient d’incertesa.

virus-zica

Aquest no és un virus nou (se’l coneix des de fa més de 60 anys) però és certament un virus emergent ja que ha colonitzat noves contrades. Alhora en incrementar la seva propagació i per tant el nombre de casos (i també per unes tècniques de vigilància més properes) es poden manifestar símptomes que abans no es donaven o es donaven en una baixa proporció. Dit d’una altra manera, si la microcefàlia afecta a un, posem, 10% de les embarassades que són infectades i fins el brot de Brasil mai cap brot havia assolit infectar més de 5-10 embarassos, potser aquesta manifestació no es va donar…o es va veure i no es va relacionar. Ara, amb l’àmplia extensió de l’hàbitat del mosquit vector Aedes aegypti a Brasil, i amb centenars, si no milers de dones embarassades infectades, aquest símptoma es manifesta en tota la seva cruesa.

Salvant distàncies és semblant al que ja es va indicar en unes entrades prèvies sobre Ebola (entrada 134, sobre capacitats/vies alternatives de transmissió https://comentarisviruslents.org/2015/10/16/comentaris-virus-lents-134-ebola-i-semen-una-historia-de-persistencia/ i entrada 138 sobre seqüeles no conegudes de l’Ebola fins darrer brot https://comentarisviruslents.org/2015/10/31/comentaris-virus-lents-138-sequeles-de-lebola-un-estudi-anuncia-el-que-vindra/). Quan un brot es fa molt més gran que els habituals (10, 20, 50 vegades més gran) apareixen símptomes poc freqüents o successos relativament poc probables…un 1% de presència en 100.000 infectats dona per molta gent afectada.

De fet aquestes transmissions “poc” vectorials poden ser la crònica d’una historia ja anunciada, encara que amb la lletra petita, fa uns pocs anys http://www.healthmap.org/site/diseasedaily/article/spotlight-zika-virus-insect-borne-std-2514. Un investigador nord-americà assenyalà, el 2011, la possible transmissió de zikavirus d’un investigador, que havia anat a Senegal i havia manifestat la malaltia al tornar a Colorado (EEUU), a la seva dona però no als seus fills. Ja que els vectors competents (els mosquits, específicament Aedes aegypti, mireu entrada anterior) no estaven presents al nord d’aquest estat, i que la parella havia mantingut relacions sexuals en dates compatibles amb la infecció de la dona, la conclusió lògica fou la transmissió per activitat sexual. Per cert, l’autor, Brian Foy, sap bé del que parla ja que ell era l’investigador infectat.

I per Ebola podem dir ara que tenim vacunes que semblen efectives. Per Zikavirus això no podem dir-ho. No tenim ni vacuna ni tractaments específics.

A més cal recordar que el mosquit portador, Aedes aegypti, proper al nostre mosquit tigre, Aedes albopictus, ja es troba en gran part d’Amèrica Llatina, incloent a Mèxic i als Estats Units on s’han trobat a Texas, Florida i Hawaii. No fora estrany que a les properes setmanes l’advertiment d’ajornar voluntàriament embarassos o protegir-se molt de contacte amb mosquits en cas de gestació acabi estenent-se a bona part del continent americà.

Un bon embolica que fa fort. Un virus que progressa a cavall d’unes poblacions de mosquits ben establertes, que també transmeten dengue i Chikungunya i un rosari de manifestacions i events de transmissió vírica poc probables però, per això, ara evidents en funció del gran nombre d’afectats.

Però aquesta, aquesta és una altra història.

Comentaris virus-lents (139): CReSA dins del mapa ICTS? I que és una ICTS?

La ciència es pot fer amb pocs mitjans, però bons plantejaments, millors preguntes i un molt de cervell. Tanmateix molta de la ciència actual necessita grans mitjans…i molt de cervell per aprofitar-los.

 

A Espanya, a Catalunya, tenim també grans mitjans si bé mancats de la priorització que els caldria per part d’uns governs centrals que mai han entès que la ciència i la recerca (no militar) és un benefici per a la societat, a present i a futur. En les darreres dècades, a Espanya i a Catalunya, s’han construït i han començat a operar una sèrie d’infraestructures  i equipament científic-tècnic, amb la finalitat de ser líders als seus camps, captar talent i atreure activitats empresarials de R+D+i.

 

Per racionalitzar i permetre sinèrgies i col·laboracions entre aquestes infraestructures s’ha construït un mapa de Infraestructuras Científicas y Técnicas Singulares (ICTS). La presència d’una infraestructura en aquest llistat vol dir estar davant d’una infraestructura de titularitat pública; haver passat una avaluació independent per experts internacionals; ser única al seu gènere, amb costos d’inversió, manteniment i operació molt alts (un mínim de 10 milions d’euros d’inversió acumulada en actius tecnològics) i estar oberta a l’accés d’investigadors d’institucions públiques o privades. Per tant no estar-hi no vol dir no fer bona ciència si no absència de compliments dels paràmetres anteriors. La idea d’aquest mapa és fer-ho visible a la societat, a altres centres de recerca i a les empreses, per potenciar les seves capacitats mitjançant una millor coordinació entre elles, evitar la seva obsolescència, evitar redundàncies (si n’hi ha una ICTS ja activa no es farà una altra equivalent sense aprofitar abans al màxim la ja existent) i aconseguir la implicació del sector industrial. El mapa actual (2013-2016) es va aprovar a finals del 2014 i substitueix el primer mapa, creat el gener del 2007, i és un mapa obert, que pot incorporar noves infraestructures si compleixen els criteris però també pot fer fora aquelles que no els compleixin.

 

Les ICTS cal que comptin amb una Pla Estratègic quadriennal que sigui sotmès a revisió periòdica, establint periòdicament objectius, estratègies i recursos. També ha de tenir constituït un Comitè Científic Assessor amb experts internacionals i comptar amb esquemes i personal de gestió professionals.

 

Aquestes ICTS  han de tenir mecanismes d’accés públics i transparents de manera que tot personal investigador pugui presentar propostes d’activitats que un cop avaluades, si demostren prou qualitat científica i/o tecnològica seran prioritzades a la seva realització.

 

Les ICTS (un total de 59 centres agrupats en 29 ICTS) es reparteixen en 8 àmbits: astronomia i astrofísica; ciències del mar, de la vida i de la terra; ciències de la salut i biotecnologia; tecnologia de la informació i les comunicacions; energia; enginyeria; materials; i ciències socio-econòmiques i humanitats. Aquelles ICTS amb una única localització, un únic edifici, s’anomenen Infraestructuras con localización única; altres poden formar part d’una Red de Infraestructuras (RI) o constituir-se com una Infraestructura Distribuida (ID), depenen del nivell d’integració i coordinació de les seves capacitats.

 

A Catalunya n’hi ha 10 d’aquestes ICTS, que serien també les ICTS en una Catalunya independent si apliquéssim els mateixos criteris, amb algunes incorporacions de centres de l’esfera CERCA (una de les exitoses eines catalanes sense contrapart a Espanya). Estem parlant, entre altres, del CNAG (Centre Nacional d’Anàlisi Genòmica), del Barcelona Supercomputing Center (BSC), del Sincrotró ALBA…i del Centre de Recerca en Sanitat Animal (CReSA).

 

CReSA entra al Mapa de les ICTS per constituir, juntament amb el CISA (Centro de Investigación en Sanidad Animal) una xarxa de dos nodes, la xarxa de Laboratoris d’Alta Seguretat Biològica (red de Laboratorios de Alta Seguridad Biológica, RLASB). Som dues institucions que ens dediquem a la recerca en patògens animals però també zoonòtics, per tant afectant a humans, alguns d’elles extremadament perillosos (influenza aviaria, virus de febres hemorràgiques, West Nile Fever Virus, Chikungunya, MERS Coronavirus, prions, etc.).  Els dos centres formen també part de la Red de Laboratorios de Alerta Biológica (RELAB), per més detalls veure entrada 125 https://comentarisviruslents.org/2015/07/19/comentaris-virus-lents-125-irta-cresa-dins-la-relab-umm-que-es-la-relab/.

 

Com a xarxa CReSA i CISA hauran de bastir un pla estratègic conjunt encara que mantindran autonomia en les seves activitats. Aquesta xarxa hauria de permetre un millor accés a les capacitats de maneig experimental amb patògens perillosos per promoure la recerca en vacunes, teràpies post-infecció i un millor coneixement de les malalties que aniran trucant a la nostra porta els propers anys.

 

Que això sigui així depèn de tots nosaltres però principalment dels organismes rectors i finançadors de la ciència a Espanya…i a Catalunya.

 

Però aquesta, aquesta és una altra historia.

 

Per saber més d’aquesta però també altres ICTS pitjar enllaç   http://www.idi.mineco.gob.es/stfls/MICINN/Innovacion/FICHEROS/ICTS_esp.pdf

Comentaris virus-lents (135): Bioseguretat a Catalunya; entrenant, sembrant als futurs formadors.

Les últimes emergències virals mediàtiques (Ebola, MERS-Coronavirus, Chikungunya) no fan més que alimentar la necessitat d’una bona pràctica en el disseny, ús, manteniment de laboratoris o instal·lacions que treballin amb patògens d’elevada perillositat i greus conseqüències en cas del seu alliberament involuntari o malintencionat. També en el transport de materials infecciosos (no solament mostres valuoses, si no, el que és més important, encara que només sigui volumètricament, els residus infecciosos), en la correcta selecció i l’adequat ús dels equips de protecció individual (EPIs), en una adequada gestió del risc biològic, en l’adequada selecció dels processos de desinfecció i descontaminació, i en una gestió eficient i transparent dels accidents i les emergències, entre altres temes.

InfectiousSymbol

Per segon any una visió moderna i actual de tots aquests temes ha estat donada dins el marc del Postgrau “Estrategias en bioseguridad y biocontención” organitzat per la Universitat Autònoma de Barcelona, entre els dies 5 i 9 d’octubre, en sessions de matí i tarda, amb suports pràctics. El temari del Postgrau reflecteix fil per randa allò enumerat al paràgraf anterior i compta addicionalment amb una visita intensiva a les instal·lacions de IRTA-CReSA, una instal·lació de alta seguretat biològica de primer nivell europeu ubicada a Catalunya.

Aquest any he tingut el plaer novament de participar parlant de la guia CWA 15793 sobre “Gestión del riesgo biológico”, una guia que integra els conceptes de gestió de la qualitat i millora continua camb un enfocament principal sobre la gestió de la bioseguretat i la bioprotecció, però aquest és un altre tema que tractarem en el futur.

El que vull parlar és de la necessitat de formar personal en aquest camp. Les emergències biològiques continuaran succeint-se en el futur, amb major o menor cobertura mediàtica. Per informar adequadament a la població caldria que a tots els nivells hi hagués gent que entengués com es gestiona la bioseguretat, la biprotecció, com es maneguen els patògens, i el que és més important que una gestió “perfecte” del risc biològic no implica risc “zero” si no un reducció molt significativa del mateix que no evita, però, possibles accidents i/o conductes malèvoles. I quan dic tots els nivells, vull dir tots els nivells: policia, serveis d’emergències, funcionaris del Departament de Salut, responsables de prevenció a hospitals, membres de gabinets de comunicació, periodistes, etc.

Pel professorat que no quedi, però; per fer la formació més propera el Postgrau es limita a un màxim de quinze alumnes; aquest any han estat dotze alumnes, alguns d’ells iberoamericans. L’èxit del curs es mesura per l’opinió de l’alumnat i aquesta, per segon any, ha estat molt positiva com mostren les mètriques dels qüestionaris (l’estructura i contingut del curs, la qualitat dels continguts i del material docent, les visites i sessions pràctiques, i l’adequació a les expectatives han superat una puntuació de 9 sobre 10).

Qui vulgui saber més pot entrar a l’enllaç http://www.uab.cat/web/postgrado/curso-en-estrategias-en-bioseguridad-y-biocontencion/informacion-general-1206597475768.html/param1-3045_es/param2-2012/ que detalla el programa d’aquest curs ja passat.

Pel proper curs segur que es farà algun canvi per millorar-lo, o per entrar temes nous de resultes de les alertes biològiques que es generin. Pel que el risc biològic i la seva gestió, com tot a la vida, muta contínuament.

Però aquesta, aquesta és una altra historia.

Comentaris virus-lents (134): Ebola i semen, una historia de persistència?

Que l’Ebola es pot transmetre per relacions sexuals sense protecció es sap des de fa més de 45 anys, ja que esta documentat UN cas de transmissió heterosexual de Marburg, un filovirus com Ebola, d’un home supervivent a la seva parella femenina, en un brot del 1967.

Ara, els resultats preliminars d’un estudi sobre la persistència del virus Ebola als fluids corporals mostren que alguns homes, nou mesos després de l’aparició dels símptomes, segueixen produint semen que dona resultat positiu per al virus d’Ebola. L’estudi, publicat recentment a la revista New England Journal of Medicine, ofereix els primers resultats d’un estudi a llarg termini que es va dur a terme en forma conjunta pel Ministeri de Salut de Sierra Lleona, l’Organització Mundial de la Salut (OMS) i els Centres per al Control i la Prevenció de Malalties (CDC).

Ori-Ebola-450x330

La primera fase d’aquest estudi s’ha centrat en la detecció del virus d’Ebola en el semen ja que investigacions anteriors havien demostrat la persistència del virus en aquest fluid corporal per un període de moltes setmanes (l’OMS indicava uns 80-90 dies), molt més enllà de la presència de virus a la sang (virèmia) per la que s’estableix un estàndard de 21 dies (veure entrada 60, https://comentarisviruslents.org/2014/10/22/comentaris-virus-lents-60-ebola-21-dies-i-no-no-es-una-pel%e2%80%a2licula/) . Una millor comprensió de la persistència viral al semen és important per donar consell als supervivents per recuperar-se i seguir endavant amb les seves vides i relacions.

Aquests resultats arriben en un moment d’importància crítica, que ens recorda que, si bé el nombre de casos d’Ebola continuen caient, els supervivents d’Ebola i les seves famílies continuen lluitant amb els efectes de la malaltia. Aquest estudi proporciona una prova més que els supervivents han de seguir rebent un suport substancial per als propers 6 a 12 mesos per respondre a aquests desafiaments i assegurar que els seus companys o família no estaran potencialment exposats al virus “, va dir Bruce Aylward, representant especial de la directora general sobre la resposta de l’Ebola de l’OMS.

A l’estudi, noranta-tres homes majors de 18 anys  de Freetown, Sierra Lleona, proporcionaren mostres de semen que foren analitzades per detectar la presència de material genètic del virus Ebola. Els homes enrolats a l’estudi feia entre 2 i 10 mesos que havien sofert la fase aguda de la malaltia. Tots els semen d’homes que havien estat malalts menys de tres mesos abans de l’anàlisi resultaren positius (9/9; 100%). Més de la meitat dels homes (26/40; 65%) que van ser avaluats entre quatre a sis mesos després del començament de la seva malaltia van aportar semen positius, mentre que un quart (11/43; 26%) dels avaluats entre 7 i 9 mesos després de la seva malaltia començar també va donar positiu. Evidentment a l’hora de donar-los els resultats els van donar també … condons.

El per què alguns dels participants de l’estudi donen negatiu (han netejat, eliminat el virus) mentre altres encara donen positiu encara no està clar. No oblidem, però, que tots aquestos positius ho són per detecció de senyal molecular, per amplificació del genoma del virus i que no sabem si aquest material és realment infecciós (s’estan fent les proves ara). Però és ben cert que la detecció de material genètic del virus molts mesos després d’inici dels símptomes se suposa ha de reflectir una contínua, o almenys molt recent, propagació del virus dins l’individu i el fet que aquest sigui encara potencialment transmissor de la malaltia.

Com ja vaig apuntar a l’entrada anterior, els “supervivents a l’Ebola s’enfronten a un nombre cada vegada més gran de reconeixibles complicacions de salut“, com diu el director dels CDC, Tom Frieden. Tota informació que sorgeixi d’aquestes proves serà de segur molt útil per fer recomanacions sanitàries i de salut als supervivents i a les seves famílies i amics per evitar possibles noves infeccions.

Fins que se sàpiga més, els més de 8.000 homes supervivents d’Ebola als tres països (recordem que hi ha un total de més de 17.000 infectats que s’han guarit de la infecció) necessitaran una educació adequada, assessorament i proves regulars perquè sàpiguen si el virus Ebola persisteix en el seu semen; així com informació sobre totes les mesures que han de prendre per evitar l’exposició al virus dels seus companys/es de llit. En principi, fins que dues analítiques consecutives de semen d’una persona (separades les preses de mostres un mínim d’una semana) no donin resultat negatiu, seria obligatori abstenir de tot tipus de relacions sexuals o utilitzar condons quan participen en l’activitat sexual. No cal dir que el rentat de mans després de qualsevol contacte físic amb el semen (això inclou la masturbació) també entra dins la recepta.

I també cal parlar de les dones…el genoma ARN del virus d’Ebola també s’ha detectat per tècniques moleculars de RT-PCR en el líquid vaginal d’una dona 33 dies després de l’aparició dels símptomes…però el virus viu, infecciós mai ha estar aïllat de fluids vaginals. És impossible, amb tan pocs referents, saber per quant temps el virus persisteix típicament en els fluids vaginals, o si es pot transmetre per via sexual de les dones als homes.

Caldrà, doncs, allargar o fer més intensives les proves, per assignar un valor, un risc concret, a la transmissió sexual del virus Ebola, possible d’homes a dones, improbable a l’inversa.

El que està clar és que, en base a l’evidència actual:

  • Tots els supervivents haurien d’abstenir-se de mantenir relacions sexuals o mantenir relacions sexuals segures (condons) com a precaució…fins que dues analítiques consecutives de semen separades com a mínim una setmana entre elles donin resultat negatiu.

  • Assolir aquesta doble negativitat del semen pot allargar-se un mínim de nou mesos, potser un any en alguns casos. Un cop assolida, els supervivents poden reprendre de manera segura les pràctiques sexuals normals sense por de transmetre el virus Ebola.

  • La masturbació no dona seguretat doncs el semen és potencialment infecciós. Imprescindible rentar-se bé les mans amb aigua i sabó per no transmetre’l a objectes o persones. No cal dir que els condons o tot allò en contacte amb semen s’ha de descartar de forma segura i no deixar a l’abast d’altres persones.

  • Aquesta via de transmissió pot haver col·laborat en el brot però no ha estat en cap cas principal. El que sí podria generar és un rebrot puntual, en alguns casos, si es confirma que els genomes detectats són infecciosos.

I un corolari…no estigmatitzem novament els infectats. Són tan dignes com nosaltres, no infectats. No els cal compassió, si no respecte i ajut.

Però aquesta, aquesta és una altra història.

Enllaç original a l’article en anglès: http://www.nejm.org/doi/full/10.1056/NEJMoa1511410

Comentaris virus-lents (132): Persistència ambiental d’agents patògens selectes Categoria A.

L’alliberament de patògens letals amb finalitats bioterroristes pot tenir efectes devastadors, provocant un daltabaix social amb pèrdues de vides humanes, carestia de menjar, mortalitat de ramats, i desbaratament de la economia. Aquest potencial és tan més gran quan més es coneix agent i malaltia i més fàcil de manipular o exacerbar és (per tant és màxim ara, encara que les contramesures també han avançat espectacularment).

Un agent biològic potencialment “útil” ha de ser fàcilment produïble i dispersable (aire, aigua, menjar, terres i fomites), ha de causar un efecte retardat i poc traçable (a diferència dels agents químics i de moltes toxines, l’efecte depèn de la replicació dins l’hoste, la qual cosa garanteix un retard de dies, si no setmanes, des de la dispersió a l’aparició de simptomatologies), i ha de ser prou mortal o incapacitant per suposar un repte sanitari o social de primer ordre ja que el que es cerca es generar nerviosisme o histèria, potser més que el dany directe produït.

bioterrorism signal

D’això explicat és evident que una part important de l’efecte d’un agent bioterrorista estarà lligat a la seva capacitat de persistència o viabilitat en el medi ambient en el que sigui alliberat. Alhora, la inactivació o pèrdua de viabilitat en aquestes circumstàncies  tenen a veure amb els processos de descontaminació a seguir a les àrees afectades, i a la delimitació de les mateixes. A més, a l’hora d’alliberar l’agent pot ser que es faci servir una via que no sigui “natural” permeten que el patogen entri també a l’organisme per una via no clàssica. El potencial de transmissió, doncs, estarà lligat al mètode de transport o disseminació i la persistència del patogen en el medi ambient particular en el que sigui alliberat.

No tots els agents biològics tenen potencial bioterrorista. Aquells que ho tenen, pels seus efectes intrínsecs però també pels extrínsecs (socials) se inclouen a la “Category A Select Agents” del Centre de Control de Malalties (CDC, Centers for Disease Control, en anglès). Aquest agents són els virus de la verola, l’antrax (Bacillus anthracis), la pesta (Yersinia Pestis), Franciscella tularensis (agent causal de la tularèmia) i els agents virals causants de febres hemorràgiques (febre de Lassa, febre hemorràgica de Junin, febre hemorràgica veneçolana dins la família Arenaviridae; hantavirus dins la família Bunyaviridae; febres hemorràgiques d’Ebola i Marburg a la família Filoviridae; encefalitis de Sant Louis i encefalitis Japonesa tipus B per la família Flaviviridae). Tanmateix hi ha agents que no estan a la llista que podrien ser emprats com agents bioterroristes com el SARS o el MERS Coronavirus, per exemple.

Tots els patògens esmentats poden arribar al medi ambient a través de les secrecions o excrecions d’animals o persones infectades, en alguns casos a concentracions prou elevades. Des de la seva sortida a l’exterior el patogen es veurà afectat per una sèrie de factors fora del seu control com la temperatura, l’humitat relativa, dessecació, efecte de la radiació ultravioleta. El factor clau, la temperatura; particularment pels agents que no podem replicar-se o propagar-se a l’exterior, com serien els virus, com més alta és la temperatura més progressa la inactivació, menys virus quedaran disponibles per infectar persones o animals. La inactivació durant la dessecació dels aerosols o de l’aigua en la que està l’agent, influïda a l’hora per la humitat relativa ambiental té també importància quan parlem d’aerosols o fomites.

Per poder fer comparacions els investigadors recorrem a paràmetres com T90 o T99, que podrien traduir com el temps necessari per que caigui la infectivitat un 90 o un 99% respectivament. Un 90% de caiguda d’ infectivitat, que restin 10 partícules infeccioses on inicialment havien 100, també pot expressar-se con 1 log10R (1 logaritme de reducció del títol infecciós); un 99% d’inactivació, són doncs 2 log10R. Aquestos càlculs es fan assumint en molts casos que les cinètiques de inactivacions són lineals, és a dir, si un agent té una T90 de 1 dia, la T99 serà de dos dies…i la T99,99 seria de 4 dies. Els que ens dediquen a estudiar la inactivació vírica i bacteriana sabem que no és ben bé així, però de vegades cal treballar amb la brotxa grossa, amb traç gruixut. Anem ara a donar algunes dades de persistència de patògens “letals” en diferents ambients on podrien ser dispersats…

Aerosols: Les formes vegetatives bacterianes són molt més sensibles que les espores bacterianes; de la mateixa manera els virus amb embolcall pateixen durant la formació (moltes vegades implica una liofilització, amb deshidratació prèvia) i exposició de l’aerosol la inactivació per pèrdua de contingut d’aigua i acció radiació ultravioleta. Cal comptar que del títol inicial que es liofilitza es passarà a un títol que pot ser significativament inferior; addicionalment, durant els primers minuts de l’aerosolització s’ha descrit una inactivació major que en moments posteriors. Les formes de resistència, les espores, però, poden persistir per molts mesos a l’aigua de llacs, mars, a la llet i per anys, dècades inclús, en papers o tèxtils, però també a sols i terres. Yesinia pestis presenta T90 i T99 de 30 minuts i 60 minuts respectivament a 26ºC i 50%  d’humitat relativa (HR). En funció de la HR aquestos valors canvien; per HR per damunt del 85% la supervivència és menor. Pel virus Vaccinia, un model del virus de la verola, a 22ºC i 20% HR els valor de T90 i T99 són 55 hores i 5 dies aproximadament, i a les pitjors condicions (32-33ºC) calen 9 hores per assolit T90. Per Franciscella tularensis els valors mitjans estan en un màxim de 2 hores per T90. Pels virus hemorràgics (Arenaviridae, Flaviviridae,…) a temperatures sobre els  20-25ºC els valors de T90 es mouen entre 1 i 2 hores. Sense que sigui un comportament general sembla que HR mitges o baixes (per sota 50%) afavoreixen persistència de virus i bacteris en forma aerosolitzada.

bioterrorism

Fomites:: La persistència en fomites està lligada a les pròpies característiques de la fomite, o superfícies, de la temperatura i de la HR. A tall d’exemple no són el mateix superfícies poroses com fustes, tèxtils i papers que superfícies no poroses com plàstics, acer inoxidable, alumini, vidre. Yersinia pestis manté millor la seva viabilitat en superfície poroses com el paper (a 20ºC la T90 està en 12-24 hores; si han arribat a la fomite 106 bacteris (un milió de bacteris) caldran un mínim de 6 dies, si la inactivació és lineal, per poder començar  a assumir que aquesta fomite no pot propagar la infecció). Per Franciscella, a 25ºC en metall, la T90 està entre 15 i 87 hores depenent de la HR; pels virus hemorràgics entre 1 i 2 hores i pel virus Vaccinia, T90 de 100 a 180 hores.

Aigües: Clarament el medi en el que s’han fet menys estudis; abunden però els estudis per patògens vírics i bacterianes de transmissió fecal/oral; aquests patògens de Categoria A també poden secretar-se i excretar-se i arribar a rius i llacs. A més tant Franciscella turalensis com Bacillus anthracis poden propagar-se en el medi ambient en absència d’hoste. Yersinia pestis és capaç de persistir per 16 dies en aigües, i si aquestes s’aerosolitzen poden ser infeccioses; novament la ingesta no té una gran capacitat de transmissió, ja que no és la ruta habitual de transmissió. La persistència d’espores de Bacillus anthracis és espectacular i es xifra en dècades o segles. Les formes vegetatives però tenen T90 d’uns pocs dies. Altre cop, la ruta de entrada, “massa original” dificulta molt la posterior infecció. Per virus de la família Hantavirus es precisen de 20 dies per assolir caigudes de 99,9%. Vaccinia virus té T90 de 3 a 5 dies depenent del tipus d’aigua, a temperatures de 19-23ºC.

Terres: Pels virus, els terres funcionen com les fomites i estan subjectes als mateixos agents: temperatura, HR (o activitat d’aigua). Bacillus i Franciscella poden propagar-se en condicions favorables. Y.pestis pot persistir per més de 10 mesos a sols a 4-8ºC, a terres amb un adequat contingut de matèria orgànica i humitat, i per més de 3 mesos a 20-22ºC. Les espores de Bacillus poden persistir per anys, més enllà de la nostra vida.

De tot allò mostrat es poden extreure unes poques generalitzacions:

  • Totes les dades s’han d’agafar amb prevenció; recordem que les cinètiques no són lineals, que és molt habitual una forta inactivació inicial i una lenta inactivació posterior de les partícules infeccioses restants. Si de cas les dades s’han d’agafar com valors mínims, períodes de temps mínims.
  • Sembla que l’estabilitat està promoguda en els ambients aquàtics (particularment favorables per Franciscella tularensis) i és més reduïda en els processos d’aerosolització i persistència en fomites. Com si diguéssim (sobre tot pels virus i les formes vegetatives) la dessecació és garantia raonable de reducció intensa de l’infectivitat.
  • La forma aerosol és transitòria, i “ràpidament” es diposita sobre superfícies líquides (aigües), o fomites (superfícies sòlides). D’aquests compartiments poden tornar-se a donar fenòmens d’aerosolització.
  • Els virus, però, semblen més estables en forma aerosol que les formes vegetatives bacterianes.
  • Vaccinia (model de la verola) i les espores de anthracis són els agents bioterroristes més estables a les condicions mediambientals, en forma natural, no modificada.

Poques conclusions i potser massa generals, pensareu, no?. Però és el que sovinteja a la microbiologia ambiental i més quan bona part de les dades estan classificades.

Però aquesta, aquesta és una altra història.