comentarisviruslents

Aquest blog és una seguit de comentaris personals i probablement poc transferibles sobre ciència i política.

Archivos en la Categoría: variabilitat vírica

Comentaris virus-lents (101): El planeta viral es fa preguntes: ser o no ser.

Els virus són els organismes (en tant que entitats organitzades) més abundosos sobre la Terra (això vam comentar a l’entrada 99) i el repertori de gens virals ultrapassen aquells que es troben hostatjats a les especies cel·lulars (des d’un bacteri fins a una balena, per posar-nos en ambdós extrems de mida). Els virus, per altra banda, han jugat un paper més que significatiu en l’evolució del seus hostes (si filem prim nosaltres tenim molt de virus ja que es calcula que vora la meitat del genoma humà està constituït per virus endògens i elements transponibles). Un món viral, i ara no parlem del món de la comunicació o d’informàtica.

 

Molt parlar de virus però…que és un virus? I ja posats, els virus són essers virus o no? I ja posats més…quin és el coeficient d’intel·ligència d’un esquirol? Quines preguntes més filosòfiques, no? em direu.

 

Els virus es van començar a descriure fa poc més d’un segle. Fins aleshores es coneixien els seus efectes però no es podia aïllar la causa última, l’agent. Únicament és tenia clar que eren elements filtrables, que s’escolaven per filtres que sí retenien els bacteris. Eren “no bacteris” i ja se sap que les definicions en negatiu no són gaire afalagadores. Alguns els menystenen encara parlant de poc més que “envoltoris proteics que embolcallen uns pocs virus, amb la finalitat d’inserir-los en una cèl·lula hoste”…tot un dogma, que parteix d’elements certs però porta la reducció a l’absurd, o així pensen alguns.

 

El concepte enganyós de la natura viral no és trivial. Degut a aquest dogma, milers d’articles científics els consideren únicament “partícules víriques”. James Watson (un dels decobridors del ADN) al seu llibre “Molecular Biology of the Gene” escriu: “all viruses differ fundamentally from cells, which have both DNA and RNA, in that viruses contain only one type of nucleic acid, which may be either DNA or RNA” és a dir “tots els virus difereixen fonamentalment de les cèl·lules, que tenen tant l’ADN i l’ARN, en que els virus contenen un sol tipus d’àcid nucleic, que pot ser ADN o ARN.” Tanmateix, tot viròleg sap que dins la cèl·lula hoste, els virus ADN tenen els dos tipus d’àcids nucleics ja que passen el ADN a ARN per poder generar les proteïnes i els genomes virals.

 

Els virus s’han anat definint i classificant en funció de les seves característiques físiques, bioquímiques i biològiques, i durant moltes dècades únicament en funció de la seva càpside, del seu embolcall. Els virus, en tant que proteïna exterior, admetien ser cristal·litzats, com les esmentades proteïnes. Com proteïnes cristal·litzades podien ser considerades entitats vives? Potser un pel reduccionista també, no?

 

I com es va originar els virus i s’han donat lloc als diferents llinatges virals que actualment ocupen la Terra? Per exemple, els llinatges virals es van originar a partir de “elements genètics” que existiren abans de l’origen dels organismes cel·lulars, actualment la hipòtesi que té més predicament, o…els esmentats llinatges s’originaren després a partir de elements genètics cel·lulars que es van independitzar (vindria a ser una evolució reduccionista, anar a cercar el mínim vital)? Per què, un ens que es perpetua i canvia (en el cas dels virus muta) generació a generació i que causa efectes en altres, no es diu que és viu? I un element que es separa d’un organisme viu i també es manté generació rere generació no és viu també?

 

Que és un virus? I ja posats els virus són essers virus o no? Simplement perquè la resposta a aquestes preguntes no sigui gens clara no per això deixen de ser preguntes interessants o útils.

 

I del coeficient d’intel·ligència de l’esquirol? Ni idea, era un macguffin. Hi ha gent que diu que no és gaire alt perquè no han après a travessar les carreteres sense ser atropellats però també potser perquè els cotxes fa poques dècades que circulen i encara no han tingut temps de resoldre el problema; els canvis evolutius passen a una escala diferent a la humana, la que veiem nosaltres. Menys pels virus, la potència numèrica dels quals pot amb quasi tot.

 

Però aquesta, aquesta és una altra història.

Comentaris virus-lents (90): MERS Coronavirus; de mica en mica, s’esquitxa el món.

Un nou cas de MERS Coronavirus (Middle East Respiratory Syndrome Coronavirus, o, MERS-CoV en breu) a Alemanya. Un turista germà de 65 anys que va regressar d’Abu Dhabi a començament de febrer, va emmalaltir el 10 de febrer, i va tenir que entrar a la unitat de cures intensives una setmana després. Dues mostres preses en dies diferents han detectat el virus. Actualment el seu estat és greu però estable.

S’han rastrejats tots els contactes (persones properes) possibles del malalts però fins ara no s’han identificat casos addicionals. No ha de sorprendre perquè aquest virus no sembla fàcilment transmissible entre humans.

Actualitzant les comptes d’entrades prèvies (veure entrades 7, 42 i 56), ja s’han superat el miler d’infectats amb una mortalitat que es troba a la vora de les 400 persones (una taxa del 38-40%).

Un problema addicional de la infecció per MERS coronavirus però també de moltes altres infeccions víriques es troba en que els primers símptomes no són específics (febre, mal de cap, tos, dificultat al respirar, etc., qui no s’ha trobat així alguns cops els darrers mesos?). Únicament si progressen els símptomes i amb la suma de factors de risc (com haver estat per la Península Aràbiga) el diagnòstic es pot focalitzar cap un ventall estret de possibles agents causals.

És evident que aquest virus és especialment perillos per aquelles persones que tenen un status de salut més precari, com persones diabètiques, amb insuficiència renal, malalties pulmonars cròniques o persones immunocompromeses. Per aquestes, les precaucions si viatgen a la zona afectada (Península Aràbiga) han de ser màximes.

dromedaris sampling _77511930_scientiststestingcamelsinthedesert3-copy

Ara per ara la única via clara i consistent de transmissió del virus és el contacte proper amb camèlids, o amb granges o mercats on aquests animals s’hi trobin. Una neteja acurada de les mans abans i desprès de tocar els animals, i defugir el contacte amb animals que mostrin secrecions nasals aparents són conductes que ajuden a prevenir el contagi.

dromedari de front

Ja que es considera el camell (i el dromedari) com la font primera també es demana evitar el consum de llet de camells o de carn dels esmentats animals, si no ha estat adequadament preparada, cuinada.

La transmissió el virus no acaba de baixar a la Península Aràbiga, per tant el virus continua circulant entre els ramats de camells (i potser en altres animals) i fa ocasionals esquitxos o vessaments al compartiment humà. Per cada dia, per cada infectat, el virus va variant de forma lleugera, de forma “cega”, “aleatòria” (per una lleugera introducció veure entrada 34). Però pot ser que en alguna d’aquestes variacions assoleixi una millora adaptativa (una millor capacitat de transmissió a humans, per exemple, o una major virulència) i el vessament és faci més greu.

 

Però aquesta, aquesta és una altra història.

Comentaris virus-lents (51): Zmapp, un nou insecticida? No, una nova, i arriscada teràpia.

A situacions desesperades, mesures arriscades. Això és el que ha portat el Zmapp a la llum pública aquests darrers mesos amb la propagació, gairebé descontrolada, de l’Ebola per una part de l’Africa de l’Oest.

Davant una infecció es pot tenir una estratègia preventiva, profilàctica, com seria fer vacunacions generals de la població o específiques per grups de risc determinats. Això però no és aplicable pel cas d’Ebola ja que no hi ha cap vacuna disponible.

Alternativament es pot actuar un cop infectada la persona amb mesures terapèutiques, que bloquegin la infecció o la minorin donant temps als organisme infectat a activar o programar adequadament les respostes immunològiques perquè ell mateix derroti la infecció.

Fins ara la supervivència dels infectat d’Ebola, factors genètics a banda, descansaven en minses mesures terapèutiques com son les estratègies de suport: rehidratació dels líquids perduts, ús d’antipirètics per tractar la febre, i si cal suport vital si algun dels òrgans afectats entrava en fallida.

El Zmapp pot canviar això. Algunes dades sobre ell:

  • El Zmapp és un preparat, un còctel de tres anticossos monoclonals optimitzats per unir-se als virus Ebola circulants en una persona infectada. Administrar-lo abans d’estar infectat o d’anar de viatge a la zona conflictiva és un sense sentit. No és una vacuna.
  • No n’hi ha prou amb una dosi única, en calen tres, en intervals de tres dies. La finestra d’oportunitat d’administració del còctel és d’uns pocs dies (en macacos les proves fetes fins ara van de tres a cinc dies) des de que s’ha produït la infecció. Tanmateix, sembla clar que administrar-ho quan un ha donat positiu a Ebola passada la setmana del moment de la infecció o fins i tot després de l’aparició dels primers símptomes no és ineficaç (la mostra d’individus és molt petita, però).

Zmapp Rhesus monkeys 5668832-3x2-940x627                                                                                                           Micos Rhesus

  • El mecanisme d’acció és el que s’anomena immunització passiva. S’administren anticossos neutralitzats (aquest còctel) que substitueix l’acció dels nostres anticossos encara no produïts perquè la infecció avança massa ràpid, per exemple. En certa manera, estem comprant temps, retirem virus dels teixits i del torrent circulatori i donem marge al nostre sistema immune per actuar.
  • La única prova experimental feta en micos, 21 macacos concretament, va determinar supervivència d’aquells que, un cop infectats, reberen el preparat als 3, 4 o 5 dies de la infecció mentre els macacos infectats que no reberen Zmapp, tots moriren. La soca emprada va ser la soca Kikwit, una variant congolesa de l’Ebola (per generalitats d’Ebola mireu entrades 18, 23 o 30). Segons l’estudi publicat per Nature, hi havia fins i tot reversió de símptomes, com hemorràgies, erupcions cutànies i alteració enzimes hepàtiques.
  • Zmapp s’ha produït a partir d’una soca del vius Ebola, que és diferent a l’actual que està corrent per Guinea, Libèria i Sierra Lleona (recordeu que els virus muten, canvien, mireu l’entrada 34). Tanmateix no és massa diferent i això fa que els anticossos monoclonals puguin reconèixer el virus actual i el bloquegin. De fet, sense fer servir micos s’han fet proves in vitro, amb cultius cel•lulars, que demostren que Zmapp inhibeix la replicació de la soca guineana de l’Ebola, l’actual. Per la mateixa raó, si el virus, com a conseqüència de moltíssimes rondes de replicació en un nombre d’infectats que, ja podem dir, és el més alt que tenim notícia, muta prou, potser aquests anticossos deixaran de ser útils ja que no el reconeixeran. Per contra, hem vist que el mecanisme de disseny i producció del Zmapp (humanitzar anticossos a partir de gens que codifiquen anticossos monoclonals de ratolí i fer una producció a gran escala fent servir la planta del tabac Nicotiana benthamiana) és efectiu; caldria únicament prendre el nou virus ara circulant, inocular-lo de nou a ratolins per obtenir les cèl•lules que generarien anticossos monoclonals de la mateixa manera, aïllar els gens implicats, i inserir-los a la planta del tabac, infectant-les. Les plantes del tabac infectades produirien els anticossos que serien extrets i purificats i llavors podríem tornar a subministrar-los als nous malalts. Un procés, però, llarg, que s’estendria per molts mesos. Com veieu un clàssic esquema d’acció-reacció.
  • Dir que no s’investigava en Ebola perquè era una infecció del tercer mon, africana, és fals. Dir que s’ha investigat poc seria més cert. De fet el Zmapp és la combinació de dues aproximacions prèvies, les dues emprant anticossos monoclonals neutralitzants, una la Mapp i l’altra la ZMab, una nord-americana i l’altra canadenca, respectivament.
  • Una de les principals prevencions és que aquesta estratègia terapèutica encara no te acomplertes les proves de seguretat en humans. Abans d’aprovar-se i comercialitzar-se un fàrmac cal fer una sèrie de proves en humans. La primera és la prova (o proves) de seguretat i es tracta de confirmar en persones sanes que no genera reaccions indesitjades: febre, alteracions enzimàtiques, dolors musculars, afectacions oculars, etc. Sense aquestes proves, administrar un medicament front una malaltia lleu o de molt baixa mortalitat seria una autèntica barbaritat. Com ja he dit altres vegades, administrar aquest Zmapp tenint en compte el que suposa no fer-ho per la gravetat de la infecció un cop adquirida, em fa canviar d’opinió. Com assenyalà el panell d’expert de l’Organització Mundial de la Salut el 12 d’agost: “In the particular circumstances of this outbreak, and provided certain conditions are met, the panel reached consensus that it is ethical to offer unproven interventions with as yet unknown efficacy and adverse efects, as potential treatment or prevention”. En poques paraules, aquest brot fa bona la frase inicial, a situacions desesperades, mesures arriscades. Això sí, fins ara els resultats son bastants irregulars per valorar la seva eficàcia. Caldria administra-ho a centenars de persones per començar a veure dades més consistents.

Yes No disjuntive ID-10094976

 

I finalment un apunt sociològic. Si res més començar l’epidèmia d’Ebola haguéssim subministrat el Zmapp a centenars o milers de pacients africans no s’hagués considerat que se’ls feia servir com a conillets d’índies amb un còctel d’anticossos encara insegur. Casos n’hi ha hagut i no només a Àfrica de mala praxi de companyies farmacèutiques. No seria aquest un nou cas?. Però no fer-ho i administrar-lo únicament als infectats americans i europeus, no és també una prova de insensibilitat i arrogància, que recorda als africans les èpoques colonials.

I, vacunes en perspectiva? Seran objectes d’una altra entrada.

Per què aquesta, aquesta és una altra història.

PD: Mapp anuncià l’11 d’agost que les existències de Zmapp s’havien esgotat un cop repartides mostres per tractar infectats a EEUU, Espanya, Gran Bretanya, Libèria…

Comentaris virus-lents (44): Ebolavirus: Alguns fets i comentaris addicionals

  El procés, el argument.

 

La OMS parla ja de 1500 morts amb un total de més de 3000 casos. Compte!! Els casos confirmats ho son per proves de laboratori o amb simptomatologia compatible o morts sospitoses o no explicables; tenint en compte com de debilitades estan les potencialitats diagnòstiques i de supervisió o vigilància epidemiològica en aquest països, encara i la activitat d’ONGs, la xifra de casos totals reals (inclouria probables, sospitosos i no registrats, però també els no declarats) és probablement JA d’uns quants milers més.

 

El període de duplicació de la infecció està en uns 30-35 dies. Per tant cada mes es duplica el nombre d’afectats. Doblar quan tens 100 infectats és una “cosa” (100 infectats més). Doblar en el mateix temps quan tens 1500 infectats és una “cosa” 15 vegades pitjor (1500 infectats més). A tal efecte algú podria recordar la rondalla dels grans d’arròs i el tauler d’escacs. Res semblant!!

 

Definitivament la mortalitat del brot NO és del 90%. Està estabilitzada entre el 50-55%. Encara que segur que hi ha una subestimació de la mortalitat, crec que la subestimació dels casos d’infectats (gent malalta que es queda a casa o s’amaga) és encara més gran el que tibaria la mortalitat cap a percentatges inferiors.

unnamed-chunk-2

Les cinètiques actuals de mortalitat i nombre d’afectats estan en una rampa ascendent de pendent fort (una típica fase exponencial, veure gràfica superior; font: http://grantbrown.github.io/Ebola-2014-Analysis-Archive/Aug_28_2014/Ebola2014/Ebola2014.HTML). Tanmateix qualsevol extrapolació mantenint el valor del pendent és agosarat, per no dir malintencionat. Hi ha tants de paràmetres que és impossible que tots evolucionin en els valors actuals.

wamap_web_large

Que el brot, encara i el moviment de persones, és de lenta transmissió (que no és una grip o que no té la capacitat que tingué SARS en el seu moment) ho indica que 2/3 parts dels casos reportats són al voltant de l’epicentre del brot; una zona fronterera de Guinea, Libèria i Sierra Lleona. Encara que hi ha focus en altres indrets i fins i tot països (ara acaba d’entrar a la llista Senegal) sempre han estat, fins ara, “puntuals”, i si es gestionen adequadament no generaran dispersions addicionals.

 

Hi ha molts factors que també hi juguen, encara que en desconec els percentatges, però la visió de les velocitats de propagació, o més concretament de la progressió del nombre de casos confirmats, probables i sospitosos (les ja esmentades pendents) en els tres països ofereix un contrast força interessant. Al país on es va iniciar, Guinea, no hem arribat als 700 afectats “declarats” mentre a països on el brot es va declarar setmanes o mesos més tard estem ja per mil o mil quatre cents afectats (veure gràfica superior). Millor sanitat? Millor educació i estructures de servei més organitzades? Pur atzar? Tanmateix el factor de una hipotètica millor sanitat pot ser temporal; una estructura estressada, que perd la primera línia de combat (metges, infermeres, que s’infecten al seu lloc de treball) per manca de material de protecció o inobservança de protocols arriba a un punt de no retorn.

GUINEA-LIBERIA-PLAGUE-HEALTH-EBOLA-VIRUS

 

El proper futur i les seves derivades

 

Probablement l’esdevenir de l’epidèmia en les properes setmanes o mesos es jugarà a les ciutats. Eradicar Ébola (o al menys contenir-lo) en cuitats populoses com Conakry (Guinea), Freetown (Sierra Lleona), Monròvia (Libèria) i Lagos (Nigèria) és cabdal per no donar peu a posteriors amplificacions o disseminacions. Ja no son poblets petits mal comunicats, son zones molt poblades amb importants xarxes de comunicació i per tant disseminació.

Paisatges després de la tragèdia. Encara que no hi ha bloqueig ni restriccions dures per viatjar el que és segur és la terrible afectació per l’economia d’aquests països del brot actual. Es de témer que, quan el brot es contingui i esperem sigui esborrat, ens quedaran uns països més pobres, amb sistemes sanitaris encara més debilitats i fora del focus d’atenció mundial i per tant de mesures de suport econòmic o estructural.

 

L’actor

N’hi ha prou amb un salt. Gire i col·laboradors, fa uns dies, mitjançant l’aplicació de les tècniques genòmiques (seqüenciació d’àcids nucleics) a prop de cent genomes de virus procedents d’uns 80 infectats confirmats (que representaven el 70% dels casos confirmats fins la data a Sierra Lleona, per tant una mostra molt representativa) han donat informació sobre l’entrada del patogen a Sierra Lleona, la seva dinàmica de transmissió i la seva evolució dins el brot.

  • A la pregunta si el brot tenia un origen únic i després ha caminat sol dins la població humana o si hi hagut diferents salts del virus des d’el reservori animal cap a humans, posant més combustible al foc, la resposta és que el salt ha estat únic. A Sierra Lleona el virus va entrar a partir d’un enterrament d’un sanador que havia estat a Guinea, que va generar una corona de primers contactes. Les seqüències analitzades son “molt homogènies”, tenen pocs canvis entre si, entre el cas índex (el sanador), les dones que l’enterraren (primera corona) i els infectats posteriors. Si l’epidèmia tingues actors diversos (virus ARN, recordem amb una alta variabilitat) el més probable es que haguéssim trobat virus amb unes quantes diferencies en el genoma ja que vindrien de virus parentals cadascun de branquetes o branquillons evolutius diferents (propagant-se a diferents colònies de ratpenats sense contacte entre elles, per exemple, i infectant ésser humans cadascun pel seu compte en llocs diversos). Com això no s’ha trobat l’entrada és única.
  • La velocitat d’aquests canvis a la seqüència pot ser mesurada (hi ha estimacions, per un breu esbós del mecanisme mireu entrada 34). Els autors indiquen una taxa de substitució de 8×10-4 per lloc (o posició) a la seqüència i any. Llavors, comptant els canvis d’una seqüència “general” d’un brot (com l’actual) respecte la d’un altre brot previ del que assumim que procedeix podem inferir (comptant cap enrere) en quin moment aquells virus van divergir, van començar a viure histories evolutives diferents. És un procés d’inferència a partir d’una foto actual. La conclusió dels autors és que aquest Ebolavirus ara actiu es va separar del tronc comú pels vols del 2004 i ha donat el brot de 2007-2008 a la República Democràtica del Congo i l’actual (Guinea, Sierra Lleona, Libèria, Nigèria). Per distància de seqüència la seqüència del brot de Gabon encara és propera (2002) mentre que les seqüències del sXX estan ja bastant separades.
  • A les seqüències d’aquest brot s’han trobat desenes i desenes de mutacions (vora quatre-centes); algunes son “sinònimes”, és a dir, la mutació no arriba a canviar l’aminoàcid de la proteïna; altres son “no sinònimes” i sí impliquen un canvi en un aminoàcid que afecta a la proteïna fent aquesta no funcional, o igual de funcional, o conferint-li alguna nova característica. Els autors mostren que, en aquest brot, aquesta taxa de substitució és el doble que en altres brots i a més que hi ha més mutacions “no sinònimes” dins el brot, és a dir, que determinen canvis visibles, a nivell de proteïna. No s’han fet anàlisis funcionals amb la qual cosa no sabem si aquestes mutacions “no sinònimes” son majoritàriament deletèries o adaptatives (per tant milloren el fitness, les capacitats del virus). Sí que han descrit, però, que unes quantes mutacions “no sinònimes” han estat fixades, se estan mantenint durant la propagació del virus, la qual cosa vol dir que probablement li donen algun avantatge al virus o bé que en un relació cost/benefici li son favorables. El que sí apunten els autors és que com més gran sigui el terreny de joc (el nombre d’infectats), més marge s’està donant al virus perquè vagi ajustant la seva maquinària al nou hoste, recordem que els humans no som l’hoste natural d’aquest virus, i li estem donant oportunitats per adaptar-se, per fer-nos seus, en un sentit més evolutiu. Per això els autors criden per una ràpida contenció del brot, per no donar possibilitats als virus circulants.
  • No ens posem nerviosos, però. Que les mutacions o canvis en el genoma no han de tenir necessariament una relació amb la severitat del brot. Les 50 mutacions no sinònimes fixades, 8 d’elles a zones altament conservades del genoma de tots els ebolavirus, poden ser la base per investigar si anem cap a una major virulència o cap una certa atenuació i menor agressivitat del virus (en termes de mortalitat). Sense més dades, jo “crec” (i el verb està ben posat, és una creença) que anirem cap al segon escenari i no cap al primer.

 

Llegiu el final de l’article, per cert (us poso el link) http://www.sciencemag.org/content/early/2014/08/27/science.1259657.full

 

Fa que tot el que està escrit al paper tingui un sentit molt, però que molt, diferent.

bleachbucketchallenge-629x413

Però aquesta, aquesta és una altra història.

 

 

Gire et al. 2014. Genomic surveillance elucidates Ebola virus origin and transmission durting the 2014 outbreak. Sciencexpress Reports

Comentaris virus-lents (42): Camèlids i MERS CoV; aquest cop el “regal” que ens porten no és benvingut

Ja he parlat en una altra entrada (veure entrada 7 d’aquest blog) sobre el MERS, que està afectant amb un degoteig de casos a països com Aràbia Saudí, Qatar, Kuwait, Oman, Emirats Àrabs Units i Jordània però amb algunes derivades per casos importats a països europeus (veure mapa adjunt, no actualitzat).

MERS_CoV_map_web

 

En aquella entrada comentava que una de les font probables eren els camèlids (dromedaris i camells) . Aquesta asseveració venia sustentada pel fet que el sèrum de molts dels camèlids analitzats tenien anticossos que reconeixien el MERS-CoV i que el neutralitzaven, indici d’una infecció passada, no sabem si amb simptomatologia clínica o inaparent, sense símptomes. Una infecció passada però bastant generalitzada, amb una alta prevalença. Anem a aprofundir una mica més en el tema, a partir d’un article que m’ha arribat a les mans.

mers-cov and farm

 

Es tracta d’un estudi fet a partir de mostres de dromedaris i també de dues persones. Ambdues persones, una com a propietari, la segona com a empleat treballaven en una granja on hi havia camells, ovelles, gallines. El propietari, de 61 anys, i l’empleat, de 23 anys, van emmalaltir de MERS CoV i en conseqüència es recollirem mostres dels malalts però també dels animals de la granja per veure si havien actuat de vectors. En els cas dels camells s’obtingueren, amb penes i treballs, hisops rectals (del cul), nasals, i mostres de sèrum. Com els animals es consideraven com a sospitosos (recordem que la taxa de mortalitat dels humans infectats està en el 45%; l’epidèmia actual d’Ébola esta un pel per sobre del 50%), la presa de mostres es feu amb personal equipat amb granotes integrals amb caputxa, protecció respiratòria i ocular guants segellats. Tot un Ebola-like.

MERS-CoV ppeMERS PPE-2

A partir d’aquestes mostres i de les obtingudes de les dues persones infectades es feu una extracció d’àcids nucleics i, després d’alguns passos, una posterior seqüenciació del genoma. També es mira, per diferents reaccions de PCR, cadascuna dissenyada per evidenciar una fracció de genoma, de detectar el genoma viral del MERS CoV en les mostres nasals o fecals. Finalment amb el sèrum (la fracció no corpuscular de la sang, aquella que resta desprès de retirar eritròcits, glòbuls blancs i plaquetes) es cercava la detecció d’anticossos neutralitzants.

 

Les conclusions foren:

  • Es detecta genoma viral a les mostres nasals de la majoria dels camells, únicament 3 dels 14 foren totalment negatius, i 6 dels 14 es consideraren “completament” positius. Això vol dir presència de virus a mucoses, en aquest cas nasals. El perquè no s’havia detectat abans rauria potser en que fins ara s’havien agafat mostres rectals o de femtes o bé s’havia provat la detecció en la sang (a partir de sèrum) on potser el virus no està present o està present en una finestra de temps molt curta (d’uns pocs dies). Si agafem la mostra abans o desprès d’aquesta finestra donaríem el camell com a negatiu a MERS quan no ho és. En aquest estudi les mostres s’agafaren pocs dies desprès d’emmalaltir les persones, per tant el virus encara estava circulant a la granja.

  • Sabem que el virus va de camells a persones? L’estudi no pot confirmar-lo. Hem fet una foto fixa i hem trobat genomes del virus MERS-coV a camells i a dues persones d’una granja però no podem dir si va ser abans la gallina que l’ou; també podria ser que els humans haguessin transferit el virus als camells. El que si és cert és que es tracta del mateix virus perquè quan es feu al seqüenciació de les mostres de camells i humans aquestes seqüències eren pràcticament idèntiques i diferien únicament en un o dos nucleòtids. Tampoc podem descartar que camells i humans s’infectessin ambdós d’un tercer animal, un reservori no conegut.

  • Tots els animals foren seropositius, es a dir, tenien anticossos neutralitzants. En una infecció vírica el virus entra, es propaga, en molts casos dona virèmia (presencia de virus en sang) i després, idealment, les defenses de l’hoste actuen i es generen anticossos que poden ser neutralitzants (s’uneixen al virus bloquejant la seva infectivitat i permeten la seva eliminació). Si prenem mostres al començament de la infecció trobarem el virus i per tant detectarem el seu àcid nucleic per PCR, però no trobarem anticossos perquè l’hoste no ha tingut temps de reaccionar encara; si prenem les mostres uns dies o setmanes desprès no trobarem rastre del virus i sí trobarem anticossos neutralitzants, que és el rastre que deixa el virus desprès de la infecció. Un escenari amb tots els animals seropositius i detecció de genomes vírics en algunes mostres indica una infecció que no és massa recent ja que els hostes, els camells en aquest cas, han tingut temps de generar els anticossos.

 

Com veieu traçar inequívocament una font d’infecció en el camp no és una tasca gens fàcil i els resultats de vegades aboquen a noves preguntes i noves incerteses. Res que s’assembli a la ciència de les sèries de televisió.

 

Però aquesta, aquesta es una altra història.

MERS-Coronavirus

 

Font: Haagmans et al., 2014. Middle East respiratory syndrome coronavirus in dromedary camels: an outbreak investigation. The Lancet 14, 140-145.

 

Comentaris virus-lents (41): Ebola-Zaire, perquè a Guinea? Perquè ara? Algunes especulacions no malicioses.

 

El gènere Ebolavirus, que amb el gènere Marburg constitueix la família dels filovirus, esta constituït per cinc especies o soques: Zaire, Sudan, Tai Forest, Bundibugyo i Reston. Fins ara la soca Zaire s’havia aïllat de forma exclusiva a paises centreafricans (La República Democràtica del Congo, la República de Congo i Gabón). La soca geogràfica més propera aïllada, ja fa anys, va ser la Tai Forest, a Costa de Marfil, limítrof amb Libèria i Guinea (veieu mapa a sota).

 

texte_alt_jlevir00152_gr5

 

Com va arribar la soca Zaire llavors? Dues possibles alternatives obvies: la primera, que no va arribar, ja estava, però no havia estat detectada; la segona que va ser introduïda fa pocs anys. Els estudis filogenètics que es tenen fins ara, no concloents, indiquen que la soca Zaire actualment activa a Guinea no és idèntica a la que circulava per Àfrica Central. Quan dues soques son pràcticament idèntiques el més probable es que siguin molt properes en el espai i en el temps (mireu entrada 34 sobre variabilitat vírica). Conseqüentment, si son relativament diferents, això implica uns quans anys de història i vida divergent, o alternativament un motor evolutiu potent que forci els canvis o mutacions.

 

Assumim com a certa l’especulació que el virus ja hi era feia lustres per Guinea. Com és que no en teníem noticia? Senyors/es, perquè no som el centre d’aquest mon. Molts patògens, uns quants d’ells vírics, poden mantenir-se en cicles animals sense tenir contacte ni precisar intervenció humana. Si els animals que actuen com mantenidors o reservoris tenen un contacte escàs amb els assentaments humans les oportunitats d’infecció per aquestos són molt limitades. A més, que una espècie animal concreta actui com a reservori no vol dir que molts individus de la població estiguin infectats. En aquest cas encara que els humans tinguéssim contacte freqüent amb aquestes poblacions la probabilitat de ser infectat seria baixa (tan baixa com que ens toques una travessa). Però és que a més, la presentació clínica de Ébola és prou enganyosa; les cinematogràfiques i impactants hemorràgies que es poden donar al tram final de la infecció no són la norma general i la infecció que inicialment té els símptomes inespecífics d’una grip pot arribar a confondre’s amb altres febres hemorràgiques que sí son típiques de la regió, com la febre de Lassa. És a dir, podríem haver tingut una circulació de baix nivell, un run-run d’Ébola els últims anys que s’hauria confós amb alguna altra malaltia; tinguem en compte que les tècniques de diagnòstic de laboratori en aquella zona no són sempre disponibles.

 

Anem a l’altra hipòtesi…i si va ser introduït? Primer traieu-vos del cap tota interpretació maliciosa o conspirativa. Em moure sempre pel terreny de la involuntarietat. La introducció per viatger/turista és improbable. Si aquest viatger el va portar des de Zaire, recentment, era realment un “outsider” ja que va anar a petar molt lluny de les zones habituals de trànsit, doncs el cas índex, el primer, s’ha fixat en Guéckédou, una zona a un dia de camí per carreteres dolentes de la capital de Guinea o Sierra Lleona. Tenint en compte els medis de transport (una persona pot donar la volta al mon en menys de 24 hores però en segons quins llocs i amb segons quins mitjans avança unes poques desenes de kilòmetres al dia) i el període d’incubació del virus (mitjana una setmana-10 dies) potser el nostre viatger no arribaria viu.

 

ebolaafrica02

 

No, probablement tornaren a ser els animals. Des de fa una dècada s’acumulen proves (detecció genomes per PCR i serologies positives, és a dir presència d’anticossos) de la estreta relació entre Ebolavirus i tres especies de ratpenats de la fruita el radi geogràfic dels quals cobreix tota Àfrica Central, Sud i Occidental (el Sàhara fa de barrera). Es tracta de Hypsignathus (monstrosus), Epomops (franqueti) i Myonycteris (torquata). Si cerqueu a Google imatges la distribució geogràfica dels tres gèneres veureu que es solapa d’una manera molt clara amb els diferents brots infecciosos d’Ébola. Aquests animals poden migrar llargues distàncies; i sí, no reconeixen les fronteres. I resulta que aquests ratpenats formen part dels materials culinaris de la gastronomia de la regió, el que hagués facilitat exposició i infecció. De fet una de les primeres mesures del govern de Guinea davant el brot fou prohibir la caça, venda i consum d’aquests animals.

 

Un incís, la carn d’aquests ratpenats i d’altres animals infectats, un cop bullida, fregida, etc. és completament segura però el problema és que per arribar a aquest estat s’ha de manipular, tocar, tallar, preparar i aquí rau el risc d‘exposició i infecció.

 

Molt bé, però els ratpenats no van anar específicament a Guéckédou, no? Efectivament, els ratpenats, si van introduir el virus, es van distribuir “aleatòriament” pel territori, i aquí el brot d’Ébola passa de tenir un “culpable” animal a tenir un “culpable” molt més humà. La major part dels brots d’Ébola que passen a l’Àfrica no són aleatoris, invariablement han passat en àrees on el sistema econòmic i sanitari ha estat destruït o fortament afectats per anys de guerres, conflictes o satrapies autòctones. Ara cerqueu la historia recent de Libèria i Sierra Lleona i veureu que han estat en guerra civil uns quants anys; Guinea és un del països més pobres d’Àfrica, per tant del mon, amb una rampant satrapia corrupte, la meitat del guineans estan per sota del llindar de pobresa…interior, marcat per la pròpia Guinea. I Guéckédou, i la seva població, estaria clarament sota el llindar de pobresa com a representat de la Guinea selvàtica, rural, on rarament el govern del país fa cap inversió més enllà de desforestar per treure profit de la fusta. En certa manera la zona del cas índex s’ha anat des-desenvolupant, regressionant. L’ecologia porta el virus a la nostra porta i l’escenari sociopolític generat per nosaltres li obrà la porta un mica (brot petit) o de bat a bat (brot actual).

 

Com contribuïm els humans? Primer, la pobresa porta a la gent dels pobles a endinsar-se més a la selva per caçar menjar (incrementant el rang d’animals i exposicions als mateixos), treure fusta per fer carbó o treballar en mines per extreure minerals. Aquestes incursions, quant més nombroses i profundes siguin més incrementen la probabilitat d’exposicions al virus. Segon, els sistemes sanitaris són molt bàsics i moltes de les “coses” que donem per fetes (guants d’un sol ús, xeringues rebutjables, mascaretes, ulleres de seguretat, profusió de desinfectants, etc.) no estan disponibles de forma continua, la qual cosa provoca infecció nosocomial en el personal sanitari i la mort d’aquest. Per tant debilita uns sistemes sanitaris de per si bàsics i genera un efecte pànic en el personal sanitari restant. Inclús, els hospitals poden haver contribuït a propagar la malaltia a alguns malalts que es trobaven allà per altres causes i que al tornar a casa la passaren a alguns contactes familiars. I tercer, les estructures governamentals no són eficients ni estan coordinades entre elles, i el personal funcionari es escàs, mal pagat i és incapaç de fer efectives les quarantenes a hospital o àrees delimitades. Certament a més, les fronteres són molt poroses, les xarxes de comunicació deficients a àrees remotes i hi ha un cúmul de llengües que poden actuar de barreres comunicatives.

 

 ebola-map-aug14-1200px

 

I perquè ara? Tot això explicat sembla un discurs especulatiu coherent, però, …perquè ara, perquè no fa 3 o 5 o més anys? El primer que cal assenyalar és que el cas índex és de desembre 2013 que correspon a l’inici de la temporada seca; aquesta dada està en consonància amb altres brots d’Ébola que també s’inicien a les transicions de temporada de pluges a temporada seca. A més l’any passat va ser un any amb un final de temporada de pluges particularment sec seguit d’una temporada seca particularment àrida, tot això possiblement lligat a l’extrema deforestació de la zona durant dècades recents. Tot això podria haver incrementat molt el nombre o la proporció de ratpenats infectats però també la freqüència de contactes entre ratpenats infectats i éssers humans.

 

Tenir una idea més clara de l’interruptor que encén el brot, i dels seus components tan ambientals o selvàtics (ratpenats, cobertura vegetal, regim pluges) com socials (pobresa, aprofitament forestal, estructures sanitàries, governs) hauria d’ajudar a prevenir, i no sols curar, properes epidèmies d’Ébola. Ara per ara, però, s’ha d’afrontar l’epidèmia actual, un seriós repte.

 

Però aquesta, aquesta és un altra història…encara sense final.

 

Per més sobre Ebola mireu entrades 18, 23, 30, 31 i 38 d’aquest mateix blog.

Comentaris virus-lents (34): La banca? Qià, els virus sí juguen i guanyen.

Els virus que tenen com genoma ARN (picornavirus com la polio o la hepatitis A; ortomixovirus com el virus de la grip; paramixovirus com el virus de xarampió o el virus de les galteres; reovirus com els rotavirus, calicivirus com el virus de Norwalk (entrada 16) flavivirus com el virus de la febre del Nil Occidental, el virus de l’encefalitis japonesa o el virus de la febre groga; i més…) tenen una elevada o molt elevada taxa de mutació. Això els fa diferents dels organismes amb genoma ADN (com nosaltres, els humans, però també els mamífers, aus, invertebrats, bacteris…). La mutació permet introduir canvis a l’atzar (com llençar els daus) i deixar que l’ambient o les circumstàncies dictin sentència i confereix una plasticitat quasi imbatible.

Posem un exemple. Un virus ARN que té un genoma constituït per 10.000 molècules anomenades nucleòtids. Per fer còpies, per replicar el genoma, es fa servir una molècula (un enzim, més concretament) que té una certa taxa d’error (com nosaltres en qualsevol tasca rutinària), que es diu ARN polimerasa. Bé, se sap que aquests enzims se equivoquen entre 1 vegada de cada 10.000-100.000 operacions (sí, molt millor que nosaltres). Per contra, les ADN polimerases que fan aquesta funció de copia o replicació de genomes en tots els organismes de genoma ADN son molt més fidels, erren una vegada de cada 10 a 1000 milions d’operacions.

Per tant tenim que per cada còpia que faci del genoma el nostre virus ARN hi haurà probablement una errada (la que resulta d’equivocar-se més o menys 1 vegada de cada 10.000 quan el genoma te 10.000 nucleòtids, per tant, 10.000 operacions); o en tot cas que aquest serà el promig. I pensem que aquestes errades seran aleatòries, es repartiran a l’atzar per tot el genoma. Aquest virus i aquest genoma ha infectat una cèl·lula i cada cèl·lula pot perfectament produir 10.000 virus (per exemple) abans d’alliberar-los (i morir en molts casos). I aquestos virus infectaran unes altres cèl·lules. Suma i segueix. Quan arribem a la desena ronda d’infecció tindrem que cada virus pot haver acumulat 10 mutacions, en una combinació moltes vegades prou específica per cada virus. Per tant quan parlem dels virus (per exemple dels 108 o més virions de rotavirus o virus Norwalk que trobem en un gram de femta) no estem parlant d’un ens definit si no d’una mena de núvol altament heterogeni de genomes diferents més o menys allunyats d’un majoritari que s’anomenaria “consensus”, i que no necessàriament és el que va originar la cascada de canvis, l’original.

Que tenim? Tenim els virus caminant pel tall d’una navalla; per un costat els virus necessiten mantenir un cert nivell de variabilitat per fer front a canvis ambientals (és com si tinguéssim una butxaca enorme d’eines i variants i en cada moment seleccionéssim passivament les òptimes); per altra banda no s’han d’allunyar gaire de la seva eficàcia biològica malgastant esforços en mutacions en molt casos deletèries, no productives, inútils, “aberrants” que impedirien la propagació del virus (com llençar recursos o diners en coses que sabem que no es calen o no permeten generar més diners). És a dir, necessiten fer errades en el seu genoma però no se’ls ha d’anar la ma perquè si es fan massa diferents podrien traspassar l’anomenat dintell d’error. Un cop ultrapassat aquest el virus s’ha allunyat tant del que era que difícilment pot tornar enrere, realment no sap com tornar enrere, ha perdut massa informació genètica i entra en el que es diu catàstrofe d’error.

I de fet sí caminen pel tall de la navalla perquè els virus es propaguen molta a la vora del dintell d’errada que se’ls ha calculat teòricament, però superen els problemes per la gran mida poblacional (una infecció pot generar desenes i desenes de milions de virions); per tant encara que hi hagi genomes deleteris, continuen havent-hi prous genomes viables per mantenir la població.

Sembla simple, senzill, no? Però no ho és, realment, quan furgues més.

 

Però aquesta, aquesta serà una altra història.

Comentaris virus-lents (33): Guany de funció vs reducció de bioseguretat

Els últims anys han aparegut treballs, en alguns casos després de mesos de discussions i bloquejos o auto-bloquejos per part dels propis investigadors, sobre la millora en la funcionalitat vírica; per exemple fer més eficient la transmissió o la virulència d’un virus, com el virus de la grip aviaria H5N1 (altament patogen i sovint mortal però que es transmet de manera força ineficient d’animals a humans i menys encara entre humans), per conèixer més profondament els mecanismes que intervenen i a partir d’aquest coneixement aplicar-lo en contra del virus. Son els treballs que es poden cobrir sota el paraigües de gain-of-function experiments.

Els problemes de bioseguretat que s’han notificat últimament per part de la CDC (alguns amb virus de la grip aviaria, veure entrades 19 i 25) poden ficar pressió a aquests experiments i donar arguments als que discuteixen la utilitat o el balanç benefici / risc de les activitats experimentals que suposen la manipulació de virus influenza aviar per fer-los més eficients. De fet, Ron Fouchier, un viròleg holandes que ha estat dirigint algun d’aquests experiments va declarar: “When incidents like this happen, it’s going to be bad for all of us.”

Aquests experiments poden ser dirigits, és a dir, mutant el virus “al laboratori” i comprovant la seva transmissibilitat en un model (el model humà pels virus de la grip és la fura, per molts laboratoris) o bé passant directament vàries vegades el virus en fures (això vol dir inocular el virus H5N1 en una fura, recollir els virus que es generin i inoculant amb aquestos una segona fura, i així repetint el procés fins que s’estableixi) comprovant en cada ronda, o torn, si la població vírica resultant és més transmissible (si infecta més fures, si les infecta més ràpid, si fa virèmia més perllongada i/o intensa, si es dissemina més pel cos de la fura, etc.). En aquest segon cas es deixa que sigui la pròpia població vírica la que es mogui, llisqui cap una població més adaptada, més transmissible sense intervenció humana. Després s’analitzaran en detall les poblacions de cada torn o ronda d’infecció per trobar les mutacions que s’han produït.

Per tant es pot/poden acumular mutant o mutants amb major virulència, encara que sia simplement per l’increment de la seva capacitat de transmissió. I clar, si tenim “més” mutants més virulents la probabilitat que algun s’escapi s’incrementa, perquè encara que la instal·lació que els guarda sigui molt segura el risc “zero” no existeix. Així, en 1977 un virus de la grip va escapar d’un laboratori rus desencadenant l’anomenada “grip russa” , i que s’assemblava molt a una que havia circulant per la dècada des 50 del segle passat i que havia “pràcticament” desaparegut. Es creu (era encara en plena guerra freda) que el virus es va escapar d’un laboratori o bé es va fer servir en uns experiments de vacunació que no van anar bé.

Com sempre serà una qüestió de balanç entre el perill i les mesures actuals que tenim per mitigar-lo, el que anomenaríem risc potencial, i els guanys també potencials de la recerca desenvolupada. I aquesta decisió no és únicament científica, però tampoc pot no ser-ho (Osterholm director del University of Minnesota’s Center for Infectious Diseases Research and Policy va declarar fa unes setmanes: “When you start running your science by political vote, then you really are in trouble”). I potser caldria focalitzar part dels nostres esforços en aquells patògens sense vacuna disponible. Per ells, qualsevol avenç en termes de profilaxis o tractament post-infecció seria un gran pas. I aquesta decisió sí és més política que científica.

 

Però aquesta, aquesta és una altra història.

Comentaris virus-lents (28): Per què “m’agraden” els virus?

 

Per què m’agraden els virus? Unes quantes raons desendreçades…

 

Els virus no són estàtics. Ells muten, es recombinen, es barregen (els seus àcids nucleics) per generar noves combinacions de gens i proteïnes que modifiquen o alteren les propietats inicials. És el cas, llargament conegut, de la infecció amb dos virus d’influenza diferents dins d’un mateix animal (el porc, les aus, nosaltres mateixos) que pot donar lloc a una estirp més virulenta senzillament per tornar a combinar les cartes (els genomes). Si jugues milers i milers de vegades amb una baralla de cartes és impossible que no et surti un pòquer i això ho fan els virus un dia rere altre a una escala que difícilment podem imaginar. I un pòquer no vol dir ser més patogen, si no ser més transmissible, més resistent a condicions ambientals, tenir més afinitat per receptors cel·lulars, envair nous teixits, etc.

 

Fa de mal dir però els virus tenen un costat fosc. I és de mal dir perquè ens col·loquem nosaltres al centre i els hi assignem el paper, perquè poden causar malalties greus. Des de la verola a la polio, la influença pandèmica i la SIDA (aquest un “arribista” de l’últim segle, un clar exemple de virus emergent), moltes de les més gran epidèmies afectant a humans han estat malalties víriques. Però els virus no solament causen malalties altament contagioses si no també estan involucrats en malalties cròniques sense un component infecciós obvi. S’assigna un 15% de la mortalitat mundial de càncer a infeccions víriques ocorregudes anys o fins i tot dècades abans. I els virus també intervenen en les malalties autoimmunes, en malalties neurològiques cròniques, en la síndrome de la fatiga crònica, fins i tot en les patologies de l’obesitat. Recentment s’ha establert un link epidemiològic entre la infecció pel adenovirus tipus 36 i la obesitat en humans, per exemple. I finalment, és molt probable que molts virus puguin disparar un procés de propagació en un hoste i abandonar-lo sense desar cap traça física (potser seria més correcte dir química) del seu genoma, un mecanisme de hit-and-run. En aquest cas l’univers dels virus podria ser inabastable.

 

Els virus no son “iguals. Contínuament es descobreixen nous virus que han eixamplat el seu rang des d’els circovirus minimalistes fins els virus gegants d’algunes amebes (veure entrada 1).

 

L’univers dels virus està en continua expansió; està incomplert. De fa anys se sap que en una gota d‘aigua marina o d’aigua residual es trobem milers, milions de virus o estructures virus-like amb proteïnes de funció desconeguda. L’inventari de virus que poden infectar a humans està també incomplert. Les últimes estimacions (per tècniques de seqüenciació) apunten a que els mamífers poden contenir centenars de milers de virus diferents, la immensa majoria dels quals no han estat realment aïllats i tenen una patogenicitat desconeguda. I dintre dels no mamífers, per exemple les aus, també porten virus potencialment molt perillosos com els vius influenza. I ja no parlem dels insectes. I tampoc esmentem els bacteris, que van estar abans que nosaltres i que ens persistiran, afectats per milers i milers de virus, que reben un nom més específic, els bacteriofags o “fags”.

 

Els virus ens demostrem que som part d’un tot més gran. No som un compartiment estanc, els éssers humans. Els virus que infecten animals també poden desbordar el seu compartiment, i afectar a humans, amb un efecte catastròfic sobre tot si el virus es transmet eficientment entre nosaltres. Així, amb una freqüència creixent nous agents vírics estan emergint; el virus de la sida o VIH, Ébola (entrades 17, 18, 23), Nipah, Hantavirus (entrada 10), els virus de la grip aviaria, el SARS Coronavirus, el MERS Coronavirus (aquest últim molt recent, de fa un parell d’anys, encara circumscrit a la Península Aràbiga, transmès pels camells i que està matant vora un 40% de les persones que resulten infectades, veure entrada 7). Per cert que MERS Coronavirus i virus Ebola o Marburg semblen tenir com a font original els ratpenats. Mereixeran una propera entrada per ells sols, els ratpenats.

 

Els virus treuen profit dels canvis, no es queixen. Per exemple, treuen profit del canvi climàtic, que ells no han provocat. L’escalfament global està expandint l’abast geogràfic d’una sèrie de artròpodes vectors i de retruc dels virus que poden hostatjar i propagar, expandint el vius dengue o el virus Chikungunya (entrades 8, 20, 26) cap a regions més temperades, les nostres, per cert.

 

La variabilitat, diversitat, velocitat de replicació, la seva capacitat d’amagar-se en reservoris (animals) donen fe de la robustessa, adaptabilitat, constància, plasticitat evolutiva dels virus. Un compendi de tot el que HOM voldria ser. O no?

 

 

Però aquesta, aquesta és una altra història.

Comentaris virus-lents (20): Chikungunya canvia de cavall a mitja cursa.

Chikungunya (CHIK) ha agafat ressò aquests últims anys per haver desbordat el seu àmbit geogràfic habitual (algunes zones d’Àfrica i Àsia principalment) i aquests darrers mesos per una epidèmia intensa, amb centenars de milers d’afectats per la zona del Carib i nord-est de Sud-Amèrica. Aquest virus determina una patologia no mortal (llevat casos excepcionals) però sí incapacitant, molt dolorosa, i econòmicament onerosa.

Històricament CHIK tenia com a parella de ball el mosquit Aedes aegypti (solament les femelles), que funcionava com a vector, que captava el virus xuclant sang d’un animal infectat, el propagava dins els seu cos i l’acumulava a les glàndules salivars per transmetre’l a un altre individu no infectat en una futura fiblada. Tanmateix fa menys d’una dècada, als brots que es van desfermar a l’illa Reunió (2005), Madagascar i posteriors, CHIK va començar a emprar un altre mosquit, un mosquit que malauradament a conseqüència del canvi climàtic ha estès molt la seva àrea de distribució i que tenim ara mateix a Catalunya; el mosquit tigre o Aedes albopictus. Aquest mosquit a més a desplaçat moltes vegades al Aedes aegypti.

El gran nombre de virus que es generen en un sol individu infectat (vertebrat o mosquit) permet, jugant amb la variabilitat, provar moltes combinacions, canvis o mutacions en el genoma víric que desprès tenen una translació al ser traduït a proteïnes amb algun canvi d’aminoàcid. Aquest canvis poden modificar l’acció de la proteïna fent-la més estable, o menys, o permeten que reconegui altres receptors cel•lulars, per exemple. Els virus “tiren” tantes vegades els daus que finalment troben combinacions guanyadores que els permeten “plàsticament” ocupar nous nínxols o vectors.

Això és el que descriu l’article de Lamballerie (veure enllaç al final). Una mutació que determinà un canvi en un aminoàcid explica l’adaptació del virus a un segon vector i també una millora en la replicació vírica i la eficiència de la transmissió dins aquest Aedes albopictus. Aquesta mutació trobà el seu “forat” quan el virus va arribar a un àrea on Aedes aegypti era escàs i Aedes albopictus nombrós. En algun moment la mutació va aparèixer i va anar essent seleccionada positivament per la relació poblacional favorable al mosquit tigre.

Estaríem davant de mutacions adaptatives a canvis ambientals (una nova àrea amb nous potencials vectors), una mena d’evolució adaptativa per convergir a una solució òptima, per el moment. Aquest fet és molt difícil de veure a la natura i és més propi d’aplicar pressions selectives extremes en teràpies antivirals de malalties virals agudes (grip) o quasi cròniques (com la SIDA). Les constriccions ambientals o generades per l’home (en el cos d’un malat/a per la medicació o en el mateix medi ambient) generen una pressió selectiva que afavoreix noves formes per circumvenir la dificultat (el medicament, el nou vector).

La implicació és seriosa ja que al poder jugar amb dos vectors (un tafur jugant amb més cartes) Aedes aegypti i Aedes albopictus el virus té més possibilitats i un espai geogràfic mes ampli per propagar-se ja que suma l’àmbit geogràfic de les dues especies de mosquits. Particularment, com a conseqüència indesitjada de la globalització i del canvi climàtic, és ara Aedes albopictus el que tira del carro progressant geogràficament, com la greu epidèmia del Carib (amb més de 280.000 infectats i 22 morts a 4 de juliol de 2014), s’està encarregant de demostrar.

Però aquesta, aquesta és una altra historia.

Lamballerie, X., Leroy, E., Charrel, R.N., et al. 2008. Chikungunya virus adapts to tiger mosquito via evolutionary convergence: a sign of things to come? Virology Journal 5:33 doi:10.1186/1743-422X-5-33