comentarisviruslents

Aquest blog és una seguit de comentaris personals i probablement poc transferibles sobre ciència i política.

Archivos en la Categoría: SARS coronavirus

Comentaris virus-lents (148): Blanc i en ampolla? Potser no serà llet. Gestionant els grup de risc biològic.

Deja un comentario Publicado por en enero 3, 2016

La correcta avaluació del risc biològic (per més detalls veure https://comentarisviruslents.org/2014/04/22/comentaris-virus-lents-4-gestio-de-risc-biologic-avaluacio/) implica, en un dels passos inicials, categoritzar el patogen amb el que ens enfrontem. Per decidir quines contramesures caldrà adoptar en la seva manipulació cal primer saber si el patogen és “prou” patogen, el seu potencial de patogènia, un còctel on entren la dosi infecciosa, les rutes d’entrada en l’hoste, la gravetat de la malaltia, la potencial infectivitat o transmissibilitat, l’existència de mesures pre-exposició (vacunes) i mesures post-exposició (medicaments, antivirals, antibiòtics, etc.).

Risk assessment triad

En una entrada prèvia ja vam parlar una mica dels grups de risc (veure https://comentarisviruslents.org/2014/08/01/comentaris-virus-lents-29-grups-de-risc-nivells-de-bioseguretat-i-avaluacio-de-risc/)  i la seva relació amb la bioseguretat i la bioprotecció (relacionada amb el mal ús voluntari o inadvertit dels agents biològics). Encara que sigui una mica tediós us llisto ara una sèrie de classificacions per aprofundir en el tema i discutir-lo associat amb un tema d’actualitat. És important que es llegeixin perquè us adonareu que per una banda no hi ha cap classificació universal, cada organisme implicat i país ha adoptat la seva, però que, per altra banda, totes són molt semblants deixant únicament algunes zones grises.

 

Així, a Espanya la referència la dona el Real Decret 664/1997 sobre la protección de los trabajadores contra los riesgos relacionados con la exposición a agentes biológicos durante el trabajo.

Segons aquest document distingiríem 4 grups de risc:

  • Agent del grup de risc 1: aquell que resulta poc probable que causi una malaltia en l’ésser humà;

  • Agent del grup de risc 2: aquell que pot causar una malaltia en l’ésser humà i pot suposar un perill per als treballadors, sent poc probable que es propagui a la col·lectivitat i existint generalment profilaxi o tractament eficaç;

  • Agent del grup de risc 3: aquell que pot causar una malaltia greu en l’ésser humà i presenta un seriós perill per als treballadors, amb risc que es propagui a la col·lectivitat i existint generalment una profilaxi o tractament eficaç;

  • Agent del grup de risc 4: aquell que causant una malaltia greu en l’ésser humà, suposa un seriós perill per als treballadors, amb moltes probabilitats que es propagui a la col·lectivitat i sense que existeixi generalment una profilaxi o un tractament eficaç.

 

I ara un altre país europeu, Alemanya, que el 2013 ha implantat la seva darrera classificació:

  • Grup de risc 1: biomaterials, pels que és poc probable que causen malalties en els éssers humans;

  • Grup de risc 2: biomaterials, que poden causar malalties humanes i podrien ser un perill per als treballadors; la dispersió en la població és poc probable; és normalment possible una profilaxi o tractament eficaç.

  • Grup de risc 3: biomaterials, que causen malaltia greu en l’ésser humà i presenten un greu perill per als treballadors; el risc de propagació a la comunitat existeix, però hi ha generalment una profilaxi o un tractament eficaç.

  • Grup de risc 4: agents biològics que causen malaltia greu en l’ésser humà i que són un greu perill per als treballadors; en certes circumstàncies el risc de propagació en la població és alt; no hi ha generalment profilaxi o tractament eficaç.

 

Segons el Ministeri de Sanitat canadenc (més pròpiament la Public Health Agency of Canada); es pot veure a: http://www.phac-aspc.gc.ca/publicat/lbg-ldmbl-04/ch2-eng.php la categorització seria la següent:

  • Grup de risc 1 (baix risc individual i comunitari) engloba a qualsevol agent biològic que és poc probable que causi malaltia en els treballadors o els animals sans.

  • Grup de risc 2 (risc individual moderat, risc poblacional baix) correspon a qualsevol agent patogen que pot causar malaltia en humans, però, en circumstàncies normals, és poc probable que sigui un seriós perill pel personal de laboratoris, la comunitat, la ramaderia i el medi ambient. Les exposicions laboratorials poques vegades causaran infecció conduint cap a la malaltia greu; tractament i les mesures preventives eficaces estan disponibles, i el risc de propagació és limitat.

  • Grup de risc 3 (alt risc individual, baix risc comunitari) correspondria a qualsevol agent patogen que provoca generalment una malaltia humana greu o pot donar lloc a greus conseqüències econòmiques, però que no es transmet per contacte casual d’un individu a un altre, o que causa malalties tractables pels agents antimicrobians o antiparasitaris.

  • I finalment Grup de risc 4 (risc individual alt, alt risc comunitari), inclou qualsevol patogen que sol produir malaltia humana molt greu, sovint intractable, i pot transmetre’s fàcilment d’una persona a una altra, o d’animals a humans o a l’inrevés, directament o indirectament, o per contacte casual.

 

Segons el NIH, National Institutes of Health, dels EEUU, 2013 que es pot veure a: http://osp.od.nih.gov/sites/default/files/NIH_Guidelines.html la classificació seria la següent:

  •  Grup de risc 1 (Risck Group, RG1) Agents que no estan associats amb malalties en humans adults sans.

  • Grup de risc 2 (RG2) Agents que estan associats amb malalties humanes que són rarament greus i per les quals mesures preventives o terapèutiques estan freqüentment disponibles.

  • Grup de risc 3 (RG3) Agents que estan associats amb malalties humanes greus o letals per les quals mesures preventives o terapèutiques poden estar disponibles (alt risc individual però baix risc comunitari)

  • Grup de risc 4 (RG4) Agents que puguin causar malalties humanes greus o letals per les quals no hi ha disponibles mesures preventives o terapèutiques (alt risc individual i l’alt risc comunitari)

 

I finalment, segons la Organització Mundial de la Salut (OMS) parlaríem també de 4 grups de risc amb les seves definicions particulars (segons WHO Classification of Infective Microorganisms by Risk Group, 2004) que són les següents:

  • Grup de risc 1 (sense risc o de baix risc individual i comunitari). Conté tot microorganisme que és poc probable que causi malalties humanes o animals.

  • Grup de risc 2 (risc individual moderat, baix risc poblacional) inclou tot patogen que pot causar malalties humanes o animals, però és poc probable que sigui un seriós perill per als treballadors de laboratori, la comunitat, la ramaderia i el medi ambient. Les exposicions laboratorials poden causar infecció greu, però hi ha disponibles tractaments eficaços i mesures preventives i el risc de propagació de la infecció és limitat.

  • Grup de risc 3 (alt risc individual, baix risc comunitari), inclou tot patogen que provoca  generalment una malaltia humana o animal greu, però que no es transmet d’un individu infectat a un altre. El tractament eficaç i les mesures preventives estan disponibles.

  • Grup de risc 4 (alt risc individual i comunitari). Un patogen que provoca generalment una malaltia humana o animal greu i que es pot transmetre fàcilment d’una persona a una altra, directament o indirectament. No solen haver disponibles tractaments eficaços i mesures preventives.

 

I ara, parlem del virus Zika. Zika és un virus que s’està estenent a cavall d’un vector per nosaltres bastant conegut, Aedes aegypti, cosí proper del mosquit tigre Aedes albopictus, per tota Sudamerica i que a les darreres informacions ha arribat ja al Carib. Si mireu l’entrada https://comentarisviruslents.org/2015/12/13/comentaris-virus-lents-144-a-les-ameriques-el-virus-zika-pot-fer-mal/ veureu que es tracta d’un virus pel qual no hi ha vacuna ni tractament específic adient.

Aquest virus està qualificat com un virus de Grup de Risc 3 (GR2), tanmateix els efectes no previstos que s’estan veient a Brasil (mirar entrada https://comentarisviruslents.org/2015/12/27/comentaris-virus-lents-147-brasil-ara-no-es-pais-per-a-nadons/) el faria caure més aviat en el grup de risc 3 (GR3).

De tota manera, tots els virus transmesos per vectors artròpodes són un pèl menystinguts perquè s’accepta que majoritàriament la seva via d’entrada és a través de picada de artròpode infectat i es descarten perillositat per via aèria (aerosols).

Això ens demostra que fins a cert punt la qualificació dels patògens en GR i per tant els nivells de bioseguretat associats són una convenció (sense intenció pejorativa). Un altre exemple el tenim amb el MERS coronavirus (podeu trobar diverses entrades si feu servir el cercador al mateix blog). El MERS coronavirus és un virus indubtablement letal (altra cosa és la seva transmissibilitat dels camells als humans) pel qual no hi ha encara cap mena de vacuna ni tractament post-exposició i tanmateix el tenim catalogat com un GR3…I aquest seria un cas actual, també podem recórrer a un cas de fa deu anys també bastant semblant…el SARS coronavirus, també letal i sense vacuna disponible i que encara està categoritzat com un GR3, manipulable llavors en instal·lacions de nivell 3.

Que sigui una convenció no vol dir que sigui del tot incorrecte o que no hi hagi una raó última. Pujar el nivell de risc de SARS o MERS de 3 a 4 implica que desenes, centenars de laboratoris quedarien descartats de bon principi i per tant les instal·lacions i personal disponible per treballar en un major coneixement del virus i en el disseny i testatge de vacunes passaria a ser del tot insuficient. Hi ha molt poques instal·lacions de nivell de bioseguretat 4 a Europa o al món. De fet un dels motius que han alentit la recerca amb virus de febre hemorràgiques com l’Ebola ha estat el poc nombre de instal·lacions disponibles per fer la recerca i el posterior testatge del prototips vacunals en animals d’experimentació.

A la vista del que se sap i també del que no se sap però s’ensuma apujar la categorització de risc de Zika de nivell 2 a nivell 3, per treballs de recerca i diagnostic em semblaria una errada greu. Altra cosa seria l’experimentacio amb el vector, el mosquit, que sí deixaria resclosa a un nivell 3, més que res pel risc que mosquits potencialment infectius arribin al medi ambient.

En aquestes definicions i categoritzacions, com en molts temes de bioseguretat estem caminant pel tall de la navalla…d’una manera controlada i conscient, això sí.

 

Però aquesta, aquesta és una altra història.

englisch_biostoffv-G-wordml02000001

avaluació de riscos, bioprotecció, bioseguretat, Grups de risc biològic, instal·lacions bioseguretat, MERS Coronavirus, salut pública, SARS coronavirus, zikavirus , , , , , , , , ,

Comentaris virus-lents (145): MERS? Caurem en l’error de l’Ebola altra vegada?

Deja un comentario Publicado por en diciembre 17, 2015

Quan a mitjans de l’any 2014 la Organització Mundial de la Salut (OMS) va cercar, amb certa desesperació, a l’armariet de les medecines algun remei enfront Ebola, se’l va trobar tristament buit. Certament hi havien una sèrie de desenvolupaments terapèutics i vacunals però no estaven ni de lluny prou testats. El resultat tots el coneixem (més de 28.000 infectats i més d’onze mil morts). Per més detalls podeu veure nombroses entrades d’aquest blog.

El problema, l’absència d’eines, podria repetir-se amb el MERS. El MERS CoV (podeu cercar entrades prèvies al blog) és el Middle East Respiratory Syndrome coronavirus, que va començar a treure el cap fa més de tres anys a la Península Aràbiga. Actualment portem més de 1.600 infectats (clínicament, no sabem quants més s’han infectat de forma inaparent) i un mínim de 579 morts. Això dona una taxa de mortalitat de l’ordre del 36%, no massa diferent de l’observada a molts brots d’Ebola.

MERS and airport travel

L’Ebola era (encara és) una malaltia africana; ara estem incorrent en el mateix error, de considerar aquest infecció com una de confinada a la Península Aràbiga; ni el brot que es va esdevenir aquest any a Korea (també té entrades dedicades al blog) que va acumular 186 casos i 37 morts (una mortalitat del 20%) han despertat gaires consciències. Tanmateix tot es va originar d’un únic pacient, un home de negocis que va tornar infectat després de fer turisme per l’Orient Mitja. Es impossible assegurar que això no torni a passar en major menor mesura. De fet Korea va ser una perla més (la més grossa) en el collar de casos esporàdics que s’han donat en un total de 26 països, majoritàriament com a conseqüència de turistes que tornen infectats. Uns nous “Koreas” no són improbables, mancarà conèixer la seva extensió, però.

I en certa manera és més perillós. Aquest coronavirus es transmet a través d’estossecs i esternuts, per via aèria, cavalcant en petites gotes i depositant-se sobre superfícies (no es tenen moltes dades de la seva persistència ambientala aquestes fomites, se suposa curta). És evident que podem evitar infectar-nos d’Ebola restringint el contacte amb el malalt o amb els fluids del malalt però és impossible deixar de respirar, ni tan sols sabent que una atmosfera concreta, una habituació, està compromesa.

Symptoms_of_MERS_(raster)

I que no es digui que és el primer. Tenim la SARS (Severe Acute Respiratory Syndrome) causada per un altre coronavirus que va provocar una alarma total a la OMS des de finals 2002 a maig del 2004, amb el punt àlgid a mitjans de 2003. Per cert, d’aquest virus encara no tenim cap teràpia o vacuna que mereixi la pena d’aplicar.

La llista de coses que encara no sabem sobre aquest MERS coronavirus; com s’infecta la gent, i com el virus treballa o progressa dins l’organisme infectat, és inquietant.

Sabem que el virus passa de camells als humans, però la mena de contacte que porta a la transmissió no està clar…un problema de nassos, doncs (veure https://comentarisviruslents.org/2014/10/10/comentaris-virus-lents-56-mers-coronavirus-probablement-un-problema-de-nassos/). Aquestos casos són esporàdics; la majoria dels casos són per transmissió persona-persona, del infectat als cuidadors o als familiars un cop l’infectat mostra simptomatologia clínica i dins l’àmbit hospitalari). La raó molts cops està en un diagnòstic incorrecte (altre cop la manca d’eines!!) que porten a no aïllar al pacient i a generar diàspores de desenes de casos.

Tot això ve, a més,  dificultat per l’actitud o manca d’actitud dels països que més pateixen el virus. Per un costat son països no gaire bolcats cap a la ciència en general o la virologia en particular, però és que tampoc s’estan generant col·laboracions per superar aquest “gap” entre aquestos i científics d’altres països. Per acabar-ho d’arreglar, trets culturals; les autòpsies són força inusuals als països àrabs. Que se sàpiga cap autòpsia s’ha fet a un infectat de MERS; per tant tampoc s’han pogut obtenir mostres i tenir imatges o idea de com el virus ataca els pulmons (sembla la diana principal) però també altres òrgans.

Intentar dissenyar una vacuna amb tan poca llum sobre la seva patogènesi és fa encara més difícil que en condicions “normals”.

I no masses laboratoris i companyies estan treballant en aquest tema, pel que sembla; i els desenvolupaments estan a les seves primeres fases.

El fet però és que, a diferencia de l’Ebola, tenim un virus potencialment letal que es transmet per l’aire, com els virus el refredat i de la grip. I si en algun moment tot esclata, ja no tindrem temps per fer res i tot serà córrer. I serà quan tothom es preguntarà Perquè no ens vam esmerçar en aturar-lo quan encara podíem?

 

Però aquesta, aquesta és una altra història.

 

Avui a les 8:00 pm Science publica un treball de IRTA-CReSA sobre un desenvolupament vacunal molt prometedor per fer front al MERS Coronavirus.

Enllaç: http://www.sciencemag.org/content/early/2015/12/16/science.aad1283.full

Un camino de diez mil millas empieza siempre con un primer paso.

fomites, infeccions nosocomials, MERS Coronavirus, reservori animal, salut pública, SARS coronavirus, vacunació, virologia ambiental, Zoonosi , , , , , ,

Comentaris virus-lents (137): Els superdisseminadors o quan MERS entra per la porta, costa que surti per la finestra.

Deja un comentario Publicado por en octubre 29, 2015

Cinc, sí, únicament cinc persones són considerades responsables del 83% de casos de MERS coronavirus a Corea, en el darrer brot fora de la Península Aràbiga, en els primers mesos del 2015. Aquestes 5 persones (4 homes i una dona, amb una edat mitjana de 41 anys), que patiren totes pneumònia, i que han estat etiquetats com super-spreaders o super-escampadors o super-disseminadors, han resultat responsables de l’infecció de 153 persones dels 186 casos confirmats de MERS a Corea del Sud a partir d’un primer cas que adquirí la infecció a la Península Aràbiga.

 

I que és un super-spreader? Amb aquest terme ens referim a aquell hoste, aquella persona infectada que transmet la malaltia, infecta, a un nombre desproporcionadament elevada de casos secundaris. Podríem dir que son aquells malalts que es “peten”, fan miques la R0 (per més detalls sobre la R0 veure l’entrada 80; https://comentarisviruslents.org/2015/01/12/comentaris-viruslents-80-guerra-de-xifres-xifres-de-guerra-not-so-bad-but/). Alguns casos de super-spreading, o super-disseminació segueixen la regla 20/80, que es traduiria com que el 20% del infectats són responsables del 8% de les transmissions. Aquesta regla 20/80 també es cita com el principi de Pareto (un economista italià que la formulà a les acaballes del segle XIX). En l’epidèmia de SARS del 2003 es definí com a super-speader tot aquell individu que era capaç d’infectar 8 o més contactes. Cal recordar que per ser un super-spreader no necessàriament has de presentar simptomatologia sinó alliberar el virus, excretar-lo i transmetre’l; en aquella epidèmia se sap d’algun cas d’infectat que transmití la infecció a 33 persones…en sols dos dies. Aquest fenomen no és infreqüent perquè també s’ha detectat pel xarampió, tuberculosis, verola, i els filovirus com l’Ebola, a banda dels coronavirus com el SARS i el MERS.

 

En aquest brot de MERS, el record el té un pacient de 35 anys (el pacient número 14), un contacte primari del cas índex (recordem que el cas índex en un brot és el primer cas), que ell sol es bastà i sobrà per disseminar la malaltia entre dotzenes de persones que estigueren a la vora mentre s’estava al Samsung Medical Center. L’estudi indica que va infectar a 85 persones.

 

Després molt endarrerits en aquesta classificació trobem al pacient 1, que infecta 28 persones, i al pacient 16 que n’infectà 23. Tots ells patiren tos severa. Els pacients 15 i 75, que rarament estossegaren, infectaren a 6 i 11 persones, un nombre sensiblement menor encara que també elevat. Totalment lògic, l’estossec permet la projecció indiscriminada de petites gotes que poden portar els virus a metres de distància i entrar en contacte amb el personal al voltant sense necessitat de contacte físic amb el malalt.

 

Recordem que el MERS es va transmetre principalment dins de l’àmbit hospitalari; un 44% dels pacients s’infectaren dins un hospital; un 33% foren cuidadors no professionals i un 13% treballadors sanitaris.

 

I les recaigudes…són possibles. Fa un parell de dies, l’OMS informà d’un pacient de 35 anys que es va infectar el 27 de maig i fou donat com a positiu a MERS per prova diagnòstica el 7 de juliol, a Corea. Va estar-se a l’hospital per tres mesos però se li donà l’alta el dia 3 d’octubre després de donar negatiu per dos cops a presència de genoma del virus (recordem, detecció per tècnica molecular, per reacció en cadena de la polimerasa o PCR). Doncs bé, una setmana després era reingressat i el dia 12 tornava a donar positiu per PCR a MERS. Per tant el virus pot estar acantonat o circulant per sota del nivell de detecció de la tècnica i això té evidents implicacions epidemiològiques, perquè si es reactiva, o el pacient torna a una fase aguda pot tornar a infectar altres persones, i si resulta ser un super-spreader pot iniciar un altre brot, una altre ronda d’infeccions.

 

MERS Samsung hospital

 

I per acabar-ho d’embolicar una mica una nova mort ha estat assignada al MERS en aquest país, Corea, la qual cosa demostra que no s’ha fet net…del tot. Això sí es tractava d’un home de 66 anys que ja es va diagnosticar con a infectat el mes de juny (es va infectar al Samsung Medical Center, també). Se’l va donar per curat unes setmanes després, va donar negatiu a la presència del virus, però després va patir complicacions pulmonars i se li va trasplantar un pulmó. Finalment ha mort i amb ell ja arriben a 37 els morts del brot que té una taxa de mortalitat, per tant, al voltant del 20%.

 

Si això ho ajuntem amb casos que es van reproduint a la Península Aràbiga en els darrers dies arribem a la conclusió que el MERS coronavirus dista molt d’estar reduint la seva incidència.

 

Però aquesta, aquesta és una altra història.

eradicació, infeccions nosocomials, MERS Coronavirus, SARS coronavirus, verola, xarampió

Comentaris virus-lents (132): Persistència ambiental d’agents patògens selectes Categoria A.

1 comentario Publicado por en octubre 4, 2015

L’alliberament de patògens letals amb finalitats bioterroristes pot tenir efectes devastadors, provocant un daltabaix social amb pèrdues de vides humanes, carestia de menjar, mortalitat de ramats, i desbaratament de la economia. Aquest potencial és tan més gran quan més es coneix agent i malaltia i més fàcil de manipular o exacerbar és (per tant és màxim ara, encara que les contramesures també han avançat espectacularment).

Un agent biològic potencialment “útil” ha de ser fàcilment produïble i dispersable (aire, aigua, menjar, terres i fomites), ha de causar un efecte retardat i poc traçable (a diferència dels agents químics i de moltes toxines, l’efecte depèn de la replicació dins l’hoste, la qual cosa garanteix un retard de dies, si no setmanes, des de la dispersió a l’aparició de simptomatologies), i ha de ser prou mortal o incapacitant per suposar un repte sanitari o social de primer ordre ja que el que es cerca es generar nerviosisme o histèria, potser més que el dany directe produït.

bioterrorism signal

D’això explicat és evident que una part important de l’efecte d’un agent bioterrorista estarà lligat a la seva capacitat de persistència o viabilitat en el medi ambient en el que sigui alliberat. Alhora, la inactivació o pèrdua de viabilitat en aquestes circumstàncies  tenen a veure amb els processos de descontaminació a seguir a les àrees afectades, i a la delimitació de les mateixes. A més, a l’hora d’alliberar l’agent pot ser que es faci servir una via que no sigui “natural” permeten que el patogen entri també a l’organisme per una via no clàssica. El potencial de transmissió, doncs, estarà lligat al mètode de transport o disseminació i la persistència del patogen en el medi ambient particular en el que sigui alliberat.

No tots els agents biològics tenen potencial bioterrorista. Aquells que ho tenen, pels seus efectes intrínsecs però també pels extrínsecs (socials) se inclouen a la “Category A Select Agents” del Centre de Control de Malalties (CDC, Centers for Disease Control, en anglès). Aquest agents són els virus de la verola, l’antrax (Bacillus anthracis), la pesta (Yersinia Pestis), Franciscella tularensis (agent causal de la tularèmia) i els agents virals causants de febres hemorràgiques (febre de Lassa, febre hemorràgica de Junin, febre hemorràgica veneçolana dins la família Arenaviridae; hantavirus dins la família Bunyaviridae; febres hemorràgiques d’Ebola i Marburg a la família Filoviridae; encefalitis de Sant Louis i encefalitis Japonesa tipus B per la família Flaviviridae). Tanmateix hi ha agents que no estan a la llista que podrien ser emprats com agents bioterroristes com el SARS o el MERS Coronavirus, per exemple.

Tots els patògens esmentats poden arribar al medi ambient a través de les secrecions o excrecions d’animals o persones infectades, en alguns casos a concentracions prou elevades. Des de la seva sortida a l’exterior el patogen es veurà afectat per una sèrie de factors fora del seu control com la temperatura, l’humitat relativa, dessecació, efecte de la radiació ultravioleta. El factor clau, la temperatura; particularment pels agents que no podem replicar-se o propagar-se a l’exterior, com serien els virus, com més alta és la temperatura més progressa la inactivació, menys virus quedaran disponibles per infectar persones o animals. La inactivació durant la dessecació dels aerosols o de l’aigua en la que està l’agent, influïda a l’hora per la humitat relativa ambiental té també importància quan parlem d’aerosols o fomites.

Per poder fer comparacions els investigadors recorrem a paràmetres com T90 o T99, que podrien traduir com el temps necessari per que caigui la infectivitat un 90 o un 99% respectivament. Un 90% de caiguda d’ infectivitat, que restin 10 partícules infeccioses on inicialment havien 100, també pot expressar-se con 1 log10R (1 logaritme de reducció del títol infecciós); un 99% d’inactivació, són doncs 2 log10R. Aquestos càlculs es fan assumint en molts casos que les cinètiques de inactivacions són lineals, és a dir, si un agent té una T90 de 1 dia, la T99 serà de dos dies…i la T99,99 seria de 4 dies. Els que ens dediquen a estudiar la inactivació vírica i bacteriana sabem que no és ben bé així, però de vegades cal treballar amb la brotxa grossa, amb traç gruixut. Anem ara a donar algunes dades de persistència de patògens “letals” en diferents ambients on podrien ser dispersats…

Aerosols: Les formes vegetatives bacterianes són molt més sensibles que les espores bacterianes; de la mateixa manera els virus amb embolcall pateixen durant la formació (moltes vegades implica una liofilització, amb deshidratació prèvia) i exposició de l’aerosol la inactivació per pèrdua de contingut d’aigua i acció radiació ultravioleta. Cal comptar que del títol inicial que es liofilitza es passarà a un títol que pot ser significativament inferior; addicionalment, durant els primers minuts de l’aerosolització s’ha descrit una inactivació major que en moments posteriors. Les formes de resistència, les espores, però, poden persistir per molts mesos a l’aigua de llacs, mars, a la llet i per anys, dècades inclús, en papers o tèxtils, però també a sols i terres. Yesinia pestis presenta T90 i T99 de 30 minuts i 60 minuts respectivament a 26ºC i 50%  d’humitat relativa (HR). En funció de la HR aquestos valors canvien; per HR per damunt del 85% la supervivència és menor. Pel virus Vaccinia, un model del virus de la verola, a 22ºC i 20% HR els valor de T90 i T99 són 55 hores i 5 dies aproximadament, i a les pitjors condicions (32-33ºC) calen 9 hores per assolit T90. Per Franciscella tularensis els valors mitjans estan en un màxim de 2 hores per T90. Pels virus hemorràgics (Arenaviridae, Flaviviridae,…) a temperatures sobre els  20-25ºC els valors de T90 es mouen entre 1 i 2 hores. Sense que sigui un comportament general sembla que HR mitges o baixes (per sota 50%) afavoreixen persistència de virus i bacteris en forma aerosolitzada.

bioterrorism

Fomites:: La persistència en fomites està lligada a les pròpies característiques de la fomite, o superfícies, de la temperatura i de la HR. A tall d’exemple no són el mateix superfícies poroses com fustes, tèxtils i papers que superfícies no poroses com plàstics, acer inoxidable, alumini, vidre. Yersinia pestis manté millor la seva viabilitat en superfície poroses com el paper (a 20ºC la T90 està en 12-24 hores; si han arribat a la fomite 106 bacteris (un milió de bacteris) caldran un mínim de 6 dies, si la inactivació és lineal, per poder començar  a assumir que aquesta fomite no pot propagar la infecció). Per Franciscella, a 25ºC en metall, la T90 està entre 15 i 87 hores depenent de la HR; pels virus hemorràgics entre 1 i 2 hores i pel virus Vaccinia, T90 de 100 a 180 hores.

Aigües: Clarament el medi en el que s’han fet menys estudis; abunden però els estudis per patògens vírics i bacterianes de transmissió fecal/oral; aquests patògens de Categoria A també poden secretar-se i excretar-se i arribar a rius i llacs. A més tant Franciscella turalensis com Bacillus anthracis poden propagar-se en el medi ambient en absència d’hoste. Yersinia pestis és capaç de persistir per 16 dies en aigües, i si aquestes s’aerosolitzen poden ser infeccioses; novament la ingesta no té una gran capacitat de transmissió, ja que no és la ruta habitual de transmissió. La persistència d’espores de Bacillus anthracis és espectacular i es xifra en dècades o segles. Les formes vegetatives però tenen T90 d’uns pocs dies. Altre cop, la ruta de entrada, “massa original” dificulta molt la posterior infecció. Per virus de la família Hantavirus es precisen de 20 dies per assolir caigudes de 99,9%. Vaccinia virus té T90 de 3 a 5 dies depenent del tipus d’aigua, a temperatures de 19-23ºC.

Terres: Pels virus, els terres funcionen com les fomites i estan subjectes als mateixos agents: temperatura, HR (o activitat d’aigua). Bacillus i Franciscella poden propagar-se en condicions favorables. Y.pestis pot persistir per més de 10 mesos a sols a 4-8ºC, a terres amb un adequat contingut de matèria orgànica i humitat, i per més de 3 mesos a 20-22ºC. Les espores de Bacillus poden persistir per anys, més enllà de la nostra vida.

De tot allò mostrat es poden extreure unes poques generalitzacions:

  • Totes les dades s’han d’agafar amb prevenció; recordem que les cinètiques no són lineals, que és molt habitual una forta inactivació inicial i una lenta inactivació posterior de les partícules infeccioses restants. Si de cas les dades s’han d’agafar com valors mínims, períodes de temps mínims.
  • Sembla que l’estabilitat està promoguda en els ambients aquàtics (particularment favorables per Franciscella tularensis) i és més reduïda en els processos d’aerosolització i persistència en fomites. Com si diguéssim (sobre tot pels virus i les formes vegetatives) la dessecació és garantia raonable de reducció intensa de l’infectivitat.
  • La forma aerosol és transitòria, i “ràpidament” es diposita sobre superfícies líquides (aigües), o fomites (superfícies sòlides). D’aquests compartiments poden tornar-se a donar fenòmens d’aerosolització.
  • Els virus, però, semblen més estables en forma aerosol que les formes vegetatives bacterianes.
  • Vaccinia (model de la verola) i les espores de anthracis són els agents bioterroristes més estables a les condicions mediambientals, en forma natural, no modificada.

Poques conclusions i potser massa generals, pensareu, no?. Però és el que sovinteja a la microbiologia ambiental i més quan bona part de les dades estan classificades.

Però aquesta, aquesta és una altra història.

aigües, avaluació de riscos, bioterrorisme, fomites, Grups de risc biològic, Hantavirus, Junin, MERS Coronavirus, salut pública, SARS coronavirus, virologia ambiental, virus hemorràgics, Yersinia

Comentaris virus-lents (130): Malalties infeccioses emergents; Play it again, Sam

Deja un comentario Publicado por en agosto 20, 2015

 

Avui dia, encara i el nostre arsenal de contramesures per fer front a les malalties infeccioses (eines diagnòstiques, vacunes i mesures terapèutiques post-exposició), els aspectes negatius de la globalització, que han sacsejat aquest melting pot que és la humanitat (les facilitats pels desplaçaments a llargues distàncies, la interdependència global de mercaderies, matèries primeres i aliments) fan difícil, molt difícil, la contenció, barrar el pas, a les malalties infeccioses. Aquestes malalties infeccioses no solament afecten la salut de la població si no també l’estabilitat econòmica de les seves societats (al generar interferències amb els viatges, els negocis, el transport de mercaderies i fins i tot la vida normal, com serien les quarantenes). Per més sobre aquest tema només mireu entrades 35, 36, 95, i 119 d’aquest mateix blog. L’impacte “social” d’aquestes malalties pot ultrapassar en molt l’impacte sanitari i l’efecte fer-se durador; mesos, fins i tot anys.

 

earth_blue_planet_globe_219085

 

En el mon actual a banda de les infeccions clàssiques podem distingir malalties infeccioses emergents o malalties novament emergents (re-emergents). Les primeres són les que han tret el nas entre nosaltres (entre la població humana) les darreres dècades (tenim el SARS, però també el MERS, la grip aviaria altament patògena però també la SIDA, que es va descriure fa poc més e 30 anys, i que s’ha cobrat un peatge de més de 35 milions de morts). Les darreres, les re-emergents, són aquelles malalties que històricament van infectar a la humanitat però que no estan controlades, continuen sorgint a noves àrees o en noves formes (per exemple, resistents als antibiòtics). Com exemples d’aquesta darrera afirmació tenim les formes de tuberculosis resistents o multi-resistents a antibiòtics, XDR i MDR respectivament; Staphylococcus aureus resistents a la meticil·lina (MRSA Staphylococcus), infeccions hospitalàries, nosocomials, de Clostridium difficile; enterococs resistents a la vancomicina; el colera (Vibrio Cholera) que re-emergeix amb cada catàstrofe humanitària (Haiti, Nepal), etc.

 

Vora el 70% de les noves malalties infeccioses que afecten humans són d’origen animal (si voleu saber més mireu entrades 35 i 36). Aquesta declaració està tenyida d’un clar antropocentrisme (l’ésser humà al centre de tot) quan de fet no som més que una petita contingència, una molt petita branca de l’evolució “general”. Som animals i per tant els virus poden trobar la manera d’entrar-nos, i  propagar-se dins de nosaltres. El que sí és cert és que bona part d’aquestes noves malalties ens han vingut a traves de rosegadors (Hantavirus, febre de Lassa, …) i ratpenats (encefalitis per Nipah virus, Ebola, probablement MERS), ambdós mamífers, uns molt habituats a interactuar i penetrar en els habitats humans; els segons patint la nostra intromissió en  els seus habitats.

 

L’emergència o re-emergència d’una malaltia infecciosa vindria a ser  un tamboret i els factors que la modulen s’agruparien en tres potes. Una pota és intrínseca del agent microbià: del seu genoma, de les seves capacitats de adaptació i canvi genètic, i de la possible col·laboració amb altres microbis per donar infeccions complexes, polimicrobianes. Una segona pota afecta a l’hoste humà i inclou la susceptibilitat a la infecció (individual i poblacional), la demografia i els desplaçaments de poblacions, el comerç internacional, l’ús malintencionat dels agents biològics (bioterrorisme, si voleu  més informació específica aneu a entrades 107, 113), les exposicions ocupacionals (els accidents  laboratorials o per exemple la mortalitat del personal sanitari en la darrera epidèmia d’Ebola) i l’ús inapropiat d’antibiòtics. Finalment la tercera i darrera pota, el medi ambient humà, el clima, l’impacte dels canvis d’ecosistemes (inclou l’ús o abús de la terra), el compartiment d’animals silvestres (que actuaria com un reservori), els conflictes que accentuïn pobresa, fam o guerra, etc.

 

Un patogen ideal passaria per una sèrie d’etapes en la seva evolució infecciosa. Inicialment donaria el salt a un nou hoste i s’adaptaria a ell. Així quan sentiu que el virus MERS o el virus de la grip aviaria són transmissibles a l’esser humà però amb baixa eficàcia, vol dir això; es necessiten molts events, moltes tirades dels daus perquè un salt sigui exitós. A més l’adaptació no implica sols una millora en la transmissió interespecífica sinó també interespecífica (que una persona infectada pugui infectar-ne d’altres, si no ens trobaríem amb un dead way, una via morta (federalista, probablement). Per això cal desenvolupar una propagació eficient en un o diversos òrgans del cos de manera que el virus pugui sortir per algunes de les finestres corporal (mucosa bucal, anal, vaginal, ocular, secrecions i excrecions diverses, etc.). Tot això portarà a l’estat epidèmic o patogènic; el microorganisme pot saltar, infectar, propagar-se i afectar altres individus. Una tercer etapa seria l’endèmica; el patogen passa a circular a un baix nivell però es manté a la població aprofitant els nínxols adequats (sector no vacunats o població susceptible per altres motius, immunosuprimits). Finalment en una quarta etapa ideal, hi trobem l’adaptació total en la que el microorganisme esdevé no patogènic (per exemple el nostre genoma està ple de retrovirus endògens) o inclús beneficiós (la microbiota del nostre intestí). No cal dir que el mon microbià és tan complex i ple de cassos particulars que hi ha alguns microorganismes que pugen els quatre graons i altres que mai ho faran o com a molt arribaran al segon.

 

Yes No disjuntive ID-10094976

 

Acabarem algun dia amb les malalties infeccioses emergents?

 

No, o jo no ho veuré, que pel cas egoistament és el mateix. Ha estat possible eradicar certes malalties infeccioses (la verola en humans, però encara no la polio, per exemple; la malaltia rinderpest en animals) i controlar moltes altres (polio, xarampió, mireu entrades 81, 82 i 85) però no podrem eliminar-les. Recordem que nosaltres actuem a partir d’una foto fixa, la situació actual, però que quan implementem les contramesures la situació ha canviat perquè els patògens poden haver sofert canvis genètics, que determinin canvis fenotípics (no tan d’aspecte, que son microbis però sí d’habilitats, de capacitat de poder infectar millor aquest o aquell teixit o òrgans, de persistir millor fora de l’hoste) que els permetin treure avantatges d’oportunitats mediambientals que tampoc podem controlar encara que siguin generades per nosaltres. Els esser humans poden encetar una guerra però tot el que es genera: desplaçaments de poblacions, gana, trencament d’infraestructures sanitàries i d’abastament d’aigua potable, escapa al seu control. I qui diu guerra diu un terratrèmol, un tsunami, un inundació, una erupció volcànica. Cada nova malaltia infecciosa o re-emergència d’altra ja coneguda ens enfronta a un nou repte, a una adaptació a amenaces sempre canviants; és aquest un procés continu, en el que la victòria no s’assolirà probablement amb l’eradicació de la malaltia si no en el seu control i en estar més ben preparats per la propera emergència.

 

Però aquesta, aquesta és una altra història.

eradicació, MERS Coronavirus, poliovirus, salut pública, SARS coronavirus, vacunació, verola, Virus de Lassa, virus hemorràgics

Comentaris virus-lents (129): «España tambien quiere manipular los virus mas peligrosos.» El País…Parlem-ne un xic.

3 comentarios Publicado por en agosto 7, 2015

Un article benintencionat, aquest aparegut en data 6 d’agost del 2015, però amb algunes errades o mancances d’informació i que no entra al fons del tema.

Algunes imprecisions; el nivell P3 no és “el nivel de bioseguridad que permite manipular agentes capaces de provocar graves enfermedades al ser humano”; és massa reduccionista; és el nivell que permet manipular agents capaços de provocar greus malalties als esser humans i que poden provocar problemes a la col·lectivitat, però enfront dels quals hi ha (quasi sempre) mesures profilàctiques o terapèutiques disponibles.

Un reduccionisme absurd el trobem poc mes endavant: “Un ejemplo de los mecanismos (de control de patógenos) empleado es la presión negativa del laboratorio que  hace que las partículas del ambiente se vean empujadas hacia el interior de la instalación de máxima seguridad”. Fantàstic…i què? Que traiem que vagin cap endins, potser la instal·lació es pot anar inflant per acumular aquest aire de forma indefinida? Manca l’element més important. Aquesta pressió negativa que obliga a una entrada continuada d’aire de manera que el patògens no pugui escapar contracorrent (recordem, el patògens no tenen ales ni peus) implica un posterior tractament de l’aire en algun punt de la instal·lació mitjançant filtres absoluts, filtres HEPA (de High Efficiency Particulate Air), que retenen les partícules, al final els patògens no són mes que partícules, i deixen sortir l’aire estèril. Sense aquest afegit l’explicació perd tot el seu sentit.

Ara, l’asseveració que “en pleno agosto…”hay menor riesgo de problemas” em sembla (cert que no disposo de les dades epidemiològiques a mà ara mateix, però si hi ha algú que em pugui desmentir, perfecte) d’una lleugeresa extraordinària. Sembla més aviat que es tracta que ja que el Pisuerga passa per Valladolid (la gent fa vacances a l’agost) fem el tancament aleshores. Mai és temporada baixa per les malalties infeccioses. De fet, a l’estiu és quan més malalties importades podem tenir, ja que es quan els espanyols i els catalans van de vacances a indrets exòtics. Em sembla inversemblant…i perillós per un centre dedicat a la salut publica. També és possible que el periodista ho hagi entès malament però l’aturada tècnica no acabi de ser total, com s’insinua a l’article.

És evident que un NBS3 (o BSL3, Biosafety Level 3, en anglès, la denominació P3 és incorrecta) és suficient per fer el tractament inicial de mostres diagnòstiques de malalts d’Ebola, Chikungunya, WNV o Crimean Congo, per un cop inactivades (habitualment amb tampons de lisi) ser portades a NBS2, un nivell de bioseguretat inferior. De fet hi ha diversos centres amb nivell NBS3 a Espanya (sobta però que no hi hagi un catàleg o un llistat d’aquestes instal·lacions que sigui públic); un altre, el més gran, i que disposa d’una zona adaptada per treballar com a NBS4 (en parlarem més endavant) és el CISA a Valdeolmos. Un centre al que se l’ha negat més d’un inversió per actualitzar i mantenir el seu potencial. Un altre, una estructura d’estat, la tenim també a Catalunya i és el CReSA, Centre de Recerca en Sanitat Animal, a Bellaterra, que podria fer exactament el que està fent ara mateix el ISCIII, i que es va dissenyar i construir en el seu moment per poder treballar també amb el virus de la febre aftosa, el virus de nivell 4 en el camp de la sanitat animal (no oblidem que al capdabaix, els humans som animals).

De grups de risc (abreujat GR) de patògens i nivells de bioseguretat se’n podria parlar molt, perquè l’equivalència no és total. De fet el grup de risc 4 es reserva per patògens letals per l’especia humana i que suposin un greu perill per la col·lectivitat (perquè siguin fàcilment transmissibles) i enfront dels quals no hi ha vacuna ni mesures terapèutiques disponibles. És evident que l’Ebola ho és (o ho era, mireu entrada anterior) però no és menys cert que el SARS i el MERS compleixen les mateixes premisses i han estat catalogat com a GR3 manejables doncs en un nivell 3 de bioseguretat. I ara jo em pregunto, en les condicions de treball de personal sanitari enfront Ebola als països afectats, sense pressió negativa, ni vestit integrals de pressió positiva, ni dutxes químiques, i en fi, no veig condicions NBS4 per enlloc. De fet el salt fonamental entre NBS2 i NBS3 no està tant en un increment de la protecció de l’operador si no en un control exhaustiu dels paràmetres (d’enginyeria i de protocol) per evitar la sortida del patogen a l’exterior. De la mateixa manera entre NBS3 i NBS4 les diferencies no rauen tant en les barreres físiques per evitar la sortida del patogen, que s’apliquen ja a la majoria dels NBS3 actuals, com en l’ increment de la protecció individual al treballador.

De tota manera el que m’encén algunes alarmes és la possibilitat de fer un NBS4 a Espanya. No cal dir que en la meva opinió, en una Catalunya independent, no caldria un NBS4; sí que li veuria sentit a tenir catalans fent training en algunes de les instal·lacions ja existents a Europa, Hamburg, però també el Karolinska a Suècia (que va estar a punt de tancar per restriccions pressupostaries), o a Gran Bretanya (encara que la seva sistemàtica de treball no és la continental) mitjançant convenis entre institucions o governs. Per alarmes i diagnòstics un NBS3 seria més que suficient i sempre es podria enviar a aquesta gent (ja prèviament entrenada) a col·laborar en la recerca a la instal·lació europea designada. Això sí que seria FER Europa. Però és que a més ja ens coneixem a Espanya. La viabilitat d’una instal·lació NBS4 és difícil durant la seva construcció perquè, com molt bé esmenta l’article, els NBS4 (ni que siguin “petits”) són “muy costosos y requieren un personal extremadamente cualificado”. Es diu que un NBS3 triplica o quadruplica les despeses de construcció d’un laboratori normal NBS2. Doncs per un NBS4 encara és pitjor. Però el pitjor del pitjors, des d’el punt de vista pressupostari, és que després de les proves es posi en marxa el centre. Les despeses de manteniment poden ser de 6 a 8 vegades més elevades que les d’un laboratori normal…i no el pots aturar. Ha de funcionar 365 dies a l’any durant 24 hores. Certament, pots aturar-lo si fas una aturada tècnica, en la que deixes de treballar però continués pagant sous i moltes de les despeses fixes (electricitat, per mantenir la pressió negativa per exemple). Dit altrament, un sospita que un país com Espanya es comportaria com amb els AVEs, faria una despesa faraònica en una instal·lació costosa i després drenaria els recursos que calgués d’altres partides de recerca, o d’altres centres, per mantenir-lo obert, per la publicitat negativa que implicaria tancar-lo. Igualito, igualito que amb els AVEs que han rebut moltes partides pressupostàries que haurien d’haver-se adreçat a un transport ferroviari estatal de mercaderies, al famós corredor ferroviari mediterrani o a les Rodalies de Barcelona, per exemple.

Una manera futura de malbaratar recursos. Hipotètica, tot s’ha de dir, per ara. Però potencialment #MarcaEspaña. I d’això a Catalunya tenim proves dia rere dia.

Però aquesta, aquesta és una altra història.

avaluació de riscos, biocontenció, Finançament ciència, Grups de risc biològic, instal·lacions bioseguretat, MERS Coronavirus, SARS coronavirus, virus hemorràgics

Comentaris virus-lents (119): SARS i MERS; efectes econòmics.

Deja un comentario Publicado por en junio 21, 2015

 

Per ara ja van per 25 les persones mortes pel MERS CoV a Corea del Sud (deixa la taxa de mortalitat al voltant del 14%) després de la última mort el dissabte, un home de 63 anys. La majoria del decessos són persones grans i/o que patien altres problemes de salut, principalment de caire respiratori. Per contra el nombre de persones en quarantena ha baixat, fins als 4.035, respecte als més de 5.200 en dies previs. Suposo que els camells aïllats, d’un zoològic al sud de Seül, encara continuen en aïllament.

 

L’altra cara de la moneda són les més de 40 persones donades d’alta després de guarir-se completament de la infecció. El nombre tota de persones diagnosticades (recordem que no sabem quantes poden estar infectades i cursar la infecció sense simptomatologia) és de 169  a Corea del Sud.

 

El MERS (Middle East Respiratory Syndrome) és cosí, que no germà bessó, del SARS (Severe Acute Respiratory Syndrome) que ja va fer de les seves per aquelles contrades fa uns anys.

 

SARS Portada Newsweek

 

Fem un recordatori. El SARS coronavirus (teniu altres entrades al blog) aparegué a la província de Guandong en novembre 2002, i saltà a Hong Kong a finals de Febrer de 2003. Quatre mesos després, més de 8.500 infectats a tot el mon i per sobre de 800 morts. L’OMS informà diàriament de l’evolució dels casos però es pot considerar que el tema assolí l’esclat mediàtic a finals de març del 2003, també com una manera de pressionar la Xina perquè expliques que estava passant dins les seves fronteres. Durant els mesos de març i abril se sabia que calia enfrontar-se a un què però no es sabia ben bé què i evidentment el com estava per establir. La manca d’una base potent d’informació epidemiològica, vies de transmissió, possibles contramesures, etc. dispararen la por i de retruc afectaren l’economia de les zones afectades i portaren a una certa culpabilització de les estructures de salut pública implicades. Aquest efecte perdurà en el temps més enllà de la infecció, que es va donar per “eliminada” per mitjans de Juny. La possibilitat de una emergència, o riscos romanents a zones rurals de Xina, mal comunicades, mantingueren al flama encesa.

 

Havíem dit en una entrada prèvia que aprofundiríem en aquest aspecte i és el que farem ara.

 

El SARS fou una bufetada per les economies de les zones afectades, l’any 2003. En aquell moment els preus del petroli anaven alts, les exportacions de productes de tecnologia estaven frenades, i el creixement econòmic era feble, al Sud-est asiàtic.

 

La por de contreure SARS afectà el comportament dels individus que deixaren de freqüentar espais públics (amb la conseqüent forta davallada de facturació de la restauració i dels centres comercials), viatjar (caiguda de preu d’accions d’algunes companyies aèries, baixada de facturació de les mateixes i d’agències de viatges i hotels). A Hong Kong, Singapur i parts de la Xina les escoles tancaren, les convencions i congressos foren posposats o senzillament cancel·lats (impacte econòmic directe, en restauració i hoteleria). Però en general tot això implica una reducció mot aguda en el consum de serveis diversos i atacà indiscriminadament al sector terciari.

 

Els viatges d’avió a les zones afectades, les arribades de turistes i les pernoctacions caigueren a plom. En alguns d’aquestos països el turisme representa el 5% del PIB (compte que a Espanya suposa el 11%, i a Catalunya, específicament, el 12%) però venia ja tocat pels esdeveniments de Bali (Octubre 2002). La mitjana de caiguda d’arribada de turistes estigué en el …30-40%.

 

I les vendes minoristes notaren les conseqüències i davallaren entre un 5 i un 15% (en qüestió de setmanes).

 

El SARS tingué un efecte directe sobre l’absentisme laboral. Es perderen milers i milers d’hores laborals per absències “injustificades”, persones infectades o persones en quarantena, sotmeses a les mesures precautòries establertes pels governs.

 

Els enviaments regionals i internacionals de matèries primeres però també de producte acabat també experimentaren endarreriments, amb una forta frenada del comerç transfronterer.

 

La crisi de confiança també afectà les borses i els mercats financers, amb caigudes de cotitzacions continuades durant setmanes.

 

Tots aquests efectes començaren a revertir passat el mes de Juny a la majoria dels països.

 

El lloc més afectat fou Hong Kong, on es concentrarem bona part dels infectats i dels morts, en termes relatius. Per una societat bàsicament terciària (el 80% del producte interior brut (PIB) dedicat/generat a serveis diversos, viatges de negocis i turisme) fou una estocada profunda. El PIB es va contreure al març 2003 un 0,3%, i l’abril amb la severa davallada de turisme, la venda minorista i els intercanvis internacionals, les previsions inicials de PIB anual (xifrades en el 3%) es corregiren fins el 1,5%. Tot això tingué un efecte al mercat laboral i Hong Kong, que no estava en el seu millor moment va passar de taxes d’atur del 7,2% del gener al 8,3% al maig de 2003.

 

Xina fou l’estat que sofrí el SARS més en temes absoluts però no en termes relatius degut a la seva enorme població. L’efecte a la economia xinesa fou mínim, ja que les autoritats no van parlar del SARS obertament fins finals d’abril, a l’hora que informava de les mesures preses per contenir-lo. El PIB es contragué aquells dos mesos però el “boom” exportador xines ho emmascarà tot ràpidament.

 

A més d’aquest efecte “indirecte” hi hagué un efecte directe ja que els governs tinguérem que ficar la mà a la butxaca i dedicar recursos a lluitar contra la infecció o a subsidiar sectors afectats. Això, a Xina implica dedicar-hi un 0,5% del PIB, mentre que Hong Kong i Taiwan es deixaren un 1% del mateix.

 

Algunes estimacions parlen d’un efecte econòmic de 40.000 milions de dòlars, per un brot infecciós que durà no més de 6 mesos.

 

Un any després, però, tots aquests efectes s’havien esvaït.

 

I ara? Ara, Corea del Sud sap que la infecció porta un segon enemic amagat al seu darrera. Per això el president Park Geun-hye, en cotes baixes de popularitat per la molt deficient gestió de la crisi del ferri Sewol (Abril 2014) diu: “I ask the business community,to continue to go on with investment, production and management activities as normal and particularly help with ensuring that consumers don’t hold back from spending money.” Ras i curt, manteniu inversions i despeses, perquè, i aquesta cita és meva, “les principals pèrdues econòmiques són degudes a les percepcions que altres (governs, poblacions, corporacions, etc.) tenen de com estem gestionant la crisi nosaltres”.

 

Així, el govern coreà ha baixat les taxes d’interès bancàries del país a mínims històrics; un moviment interpretat com un mitjà per impulsar el creixement econòmic en  mig de l’epidèmia.

 

Però està per veure si podran contrarestar l’impacte econòmic negatiu. El Ministeri de Cultura, Esports i Turisme ha dit que més de 100.000 persones ja han cancel·lat viatges, i estima una pèrdua d’ingressos de  900 milions de dòlars. Les visites turístiques s’han desplomat un 20 % l’últim mes. S’està parlant de facilitar línees de crèdit o préstecs per suportar l’activitat d’agències de viatges i hotels, i fins i tot assegurances als visitants estrangers, com un incentiu, en el cas que es posen malalts i hagin de ser hospitalitzats. Probablement, si no hi ha un control ràpid contemplarem una pujada intensa de les compres on line a grans empreses, en lloc de sortir al carrer per fer compra minorista la qual cosa enfonsarà encara més aquest sector. I tothom sap que un país no tira, no fa una base àmplia, si únicament guanyen les grans companyies.

 

Yes No disjuntive ID-10094976

 

En un parell de setmanes tindrem una “cruilla”; si el nombre de casos cau dràsticament voldrà dir que MERS s’esgota, que ha estat efectivament controlat i l’activitat econòmica es redreçarà després d’un sotrac de setmanes, no mesos. Tanmateix, si continuen degotat casos de forma continuada i més important, no es lliga una explicació epidemiològica precisa d’aquestos casos, la incertesa i la por no retrocediran i els efectes seran més aguts i més duradors.

 

I recordem que ara mateix estem tots molt més interconnectats del que podríem pensar.

 

 

Però aquesta, aquesta és una altra història.

MERS Coronavirus, Pandèmies, SARS coronavirus, virologia ambiental, virologia social

Comentaris virus-lents (117): Corea del Sud i MERS; el malson s’està materialitzant.

Deja un comentario Publicado por en junio 15, 2015

Les autoritats de Corea del Sud van reportar aquest diumenge set nous casos d’infeccions pel MERS (Middle East Respiratory Syndrome) coronavirus, que ha provocat la mort de 16 persones al país. Les dues darreres víctimes mortals foren dos homes, un de 58 anys que patia diabetis i un altre de 61 anys sense patologies cròniques conegudes. A més, del centenar de persones infectades i hospitalitzades, uns 17 casos estan en una situació força “inestable”.

Els  nous casos van pujar el total de contagiats al país a uns 150, informaren aquest diumenge les autoritats sanitàries coreanes. El brot actual a Corea del Sud, que únicament porta 4 setmanes, és el més greu fora de l’Aràbia Saudita des de que s’identificà el virus, el 2012.

Tres dels nous contagis es van produir al centre mèdic Samsung a Seül, un dels hospitals més importants del país, on s’han produït 70 infeccions (vora la meitat del total de casos). De fet, aquest hospital ha suspès la majoria dels seus serveis externs, no accepta nous pacients, ni executa operacions no urgents.

MERS Samsung hospital

Entrada hospital Samsung

Fins el moment, 2/3 dels casos confirmats dels infectats han estat pacients internats o treballadors sanitaris que tingueren un contacte “estret” o proper amb els infectats inicials. És un escenari que es podia i es pot entendre, ja que els primers hospitals tractaren, sense saber encara l’agent causal, als portadors del virus MERS seguint protocols de seguretat i assistència estàndard ( o no seguint-los com ara llegireu). Tanmateix se sap que al Samsung va haver un assistent de sala d’emergència que anà a treballar uns quants dies amb símptomes compatibles amb infecció per MERS i que com a mínim tingué contacte proper amb 200 persones. Però és que, a més, aquest ordenança agafà el virus d’una persona infectada que s’estigué uns dies a diversos espais de la sala d’emergència, exposant potencialment al virus a més de 900 persones entre staff, pacients i visitants. I que l’afectació és bàsicament de  personal que te cura dels malalts es veu en que dels darrers casos, un dels malalts és un paramèdic que va ajudar a traslladar a un malalt a l’hospital el 7 de juny, un contagi que se suma al del xofer que va participar en l’operació.

MERS South+Korea+Continues+Handle+Outbreak

Lamentablement, el virus potser ha tornat a saltar de continent i ha arribat a Europa doncs s’informa d’un cas sospitós a Eslovàquia. Dissabte, l’hospital universitari de Bratislava va informar que hi ha un cas sospitós d’un home de 38 anys que arribà de Corea del Sud el 3 de juny i començà a mostrar símptomes com febre, diarrea i lesions a la pell; l’home és un empleat d’una empresa subcontractada per la fàbrica automobilística sud-coreana KIA, que, per ara, ha donat negatiu o dubtós a les proves diagnòstiques, però que està en quarantena.

L’Organització Mundial de la Salut (OMS) va afirmar aquest dissabte que el brot del MERS a Corea del Sud era «gran i complex» i que era esperable que apareguessin més casos, encara que no veia cap senyal que la malaltia s’estigui propagant entre la població. Ja que sembla que la transmissió és de caire nosocomial, intra-hospitalària, l’OMS ja ha recomanat tornar a obrir les escoles, que no es consideren focus potencial. Tampoc, afegeix l’OMS, hi ha proves al respecte d’un increment de la transmissibilitat del MERS coronavirus.

MERS south-korea-PPE hospital

Personal mèdic equipat amb els equips de protecció personal necessaris, en un hospital coreà.

Tanmateix fins ara més de 5.200 persones han estat aïllades, mentre que més de 2500 persones han estat descartades pel que fa a la infecció per haver donat negatiu a les proves o per no haver desenvolupat els símptomes durant el termini màxim d’incubació fixat en 14 dies.

I el peatge que esta pagant el país no es exclusivament en vides humanes i despesa sanitària. El brot de MERS coronavirus a Corea del Sur li podria retallar algunes dècimes, per tant milers de milions de dòlars, al seu creixement. Recordem que Corea de Sur és la quarta economia asiàtica però que ara lluitava contra una disminució del ritme d’exportacions i una demanda interna tèbia. La industria turística coreana, que mou 30.000 milions de dòlars anualment, s’endurà la pitjor part de l’impacte econòmic ja que els viatgers estan cancel·lant o ajornen moltes reserves. De fet diverses estimacions parlen de reduccions del PIB del 0,15% si es soluciona en un mes o del 0,8% si triga tres mesos (o impacta com el SARS a Taiwan el 2002) en fer-ho de forma clara; altres parlen de caigudes de turistes del 11% al 15% amb reduccions dels PIB del 0,1-0,2%. Una imatge clara com en un mon globalitzat les malalties, i les alarmes que provoquen, poden malmetre molts plans econòmics. Queda per una propera entrada unes dades i discussió com el SARS afectà la vida econòmica d’aquella zona d’Àsia el 2002-2003.

I no vulguem imaginar-nos si això passés a Catalunya, o a Espanya, on la dependència del turisme és més gran.

 

Però aquesta, aquesta és una altra història.

infeccions nosocomials, MERS Coronavirus, salut pública, SARS coronavirus, virologia ambiental, Zoonosi

Comentaris virus-lents (114): El MERS es fa Coreanvirus, però manté la seva Corona.

Deja un comentario Publicado por en junio 6, 2015

Potser una sobre-reacció, explicable, i benvinguda, tenint en compte que Corea patí el SARS (Severe Acute Respiratory Syndrome) fa poc més d’una dècada, explica la petició de les autoritats de Seul a més de 1550 persones que es mantinguin en quarantena voluntària a casa seva després de haver compartit espais i potser converses en un simposi al que acudí un doctor, que ja es trobava malalt, ja experimentava símptomes, i que ha resultat infectat per MERS Coronavirus (confirmació laboratorial en data 1 de juny). Aquest doctor, “cadena de favors”, havia tractat a un pacient infectat amb MERS (Middle East Respiratory Syndrome) una setmana abans. Tenint en compte que el període d’incubació del MERS està al voltant d’una setmana, però es donen casos fins als 15 dies, pot ser una situació de reclusió feixuga per molts.

Des de que el virus arribà a Corea fa unes tres setmanes, ha provocat 4 morts (d’un total de 41 afectats, una xifra que quan llegiu aquestes línies segur que haurà augmentat) i les autoritats han decidir tancar temporalment més de 1000 escoles per prevenir la disseminació del virus. Com a conseqüència indesitjada sembla que milers de reserves de viatges i estades han estat cancel·lades (repetint, ara per ara a petita escala, l’escenari que es visqué el 2003-2003 amb el brot de SARS).

Aquest brot epidèmic de MERS a Corea és el més gran fora d’Aràbia Saudí, la seva zona habitual. Però tot és relatiu si ho comparem amb l’historial de casos (en vermell a l’extrem dret els casos coreans).

mers-epi-update-may 2015

I tot partí d’un cas índex que havia visitat la zona, que va tornar a començaments de Maig, va trobar-se malalt una setmana després i va ser finalment diagnosticat, a Corea, el 20 de Maig. A la fase inicial de la malaltia, just desprès de l’hospitalització i quan els símptomes es van agreujant és quan l’excreció de virus per part del malalt és més alta, i això per dates degué passar entre el 10 i el 20 de maig. Com un únic cas ha generat aquesta flamarada de casos secundaris pot tenir diverses explicacions i una apunta a que estem davant d’un “superspreading event” un situació de súper disseminació. Concretament en la seva estada a l’hospital, quan encara no havia estat diagnosticat (i per tant no s’aplicava cap mesura de contenció particular) va infectar a un mínim de 22 persones entre familiars, cuidadors i altres malalts. Per exemple, se sap per l’experiència del SARS, de fa més de 10 anys, que una de les vies de propagació del SARS fou la intubació dels pacients per fer front als problemes de ventilació respiratòria, amb la conseqüència indesitjada de provocar l’aerosolització de l’agent i la seva insidiositat, el fet que pogués arribar més lluny i amb més capacitat de penetració. Però en aquest cas, ara per ara, no se sap si aquest malalt va ser intubat o no.

MERS-CoV Superspreading event CGweth7WoAAKqSM

A l’esquema es veu el cas index i al voltant els casos secundaris que deriven d’infecció del primer. En alguns casos secundaris hi ha relacions entre ells i en alguns casos també comencen noves onades de propagació.

No deixa de ser sorprenent la rapidesa i la magnitud del brot ja que no es considerava que MERS pogués transmetre’s amb facilitats entre humans. I això era així perquè fins ara semblava interessar-se i afectar el tracte respiratori inferior, des d’el qual el camí fins a nous hostes és més llarg i difícil (per això la intubació els obre la porta, els dona una sortida més fàcil). De fet, la OMS espera encara més infeccions a Corea encara que s’esforça en assenyalar que “no evidence of sustained transmission in the community”. Per altra banda el sistema sanitari coreà és francament bo, sofisticat i modern però això no necessàriament redueix la transmissió vírica, i sí la cura dels malalts un cop es mostren els símptomes.

Sigui un superspreading event, que el virus hagi acumulat en aquest brot alguna mutació que l’hagi fet més transmissible o que els coreans (o els asiàtics) siguin més susceptibles al virus que altres poblacions o races, són explicacions esperant les seves proves.

Per conèixer sobre la seqüència genètica les autoritats coreanes enviaran mostres entre altres al Erasmus Medical Center a Rotterdam, per esbrinar si s’han donat canvis recents, a les darreres setmanes, respecte  a les seqüències ja reportades de MERS a Aràbia Saudí.

Però el tema ja no es sols coreà. Ja ha arribat a Xina, a la província de Guandong, d’on es creu s’originà el SARS. Un home de 44 anys que va visitar familiars hospitalitzats a Seul ignorà les ordres de quarantena i viatjà a Hong-Kong (26 de Maig) i va ser aïllat després de l’avís de les autoritats coreanes el 27 de maig. Les proves demostraren que era positiu a MERS el 29 de maig; la consecutivitat de les dates fa pensar que no ha tingut temps de desenvolupar simptomatologia i per tant, que l’aïllament serà efectiu. Per si de cas, però, les autoritats xineses han posat en quarantena 67 persones que van estar en contacte amb el pacient però…estan cercant 10 més que no troben (informació del 2 de maig). Fins ara, cap dels contactes que aquest home va fer en la seva escala a Hong-Kong ha mostrat cap símptoma de malaltia.

MERS-Koreacluster

La taxa de mortalitat del MERS Coronavirus esta actualment entre el 30 i el 40% dels infectats amb simptomatologia (si voleu més informació mireu entrades 7, 42, 56, 90). Majoritàriament els morts acompanyen la infecció amb condicionants de salut que els fan més vulnerables a la infecció, com problemes asmàtics, o malalties pulmonars cròniques.

Fa una setmana el comptatge global al Món permetia parlar de 1179 casos confirmats des de 2012 (fa tres anys, doncs) i un mínim de 442 morts, repartits en 25 països.

Com a virus recent, té menys de 3 anys a l’esfera de la sanitat pública, no hi ha vacunes ni tractaments terapèutics específics efectius. Com protegir-se, doncs? Aplicant velles receptes, que mai han de caure en l’oblit, com rentant-se sovint les mans i no portant-les a la boca o al nas, cobrir la tos i els esternuts amb mocadors de paper, descartar-los de forma segura i…rentar-se les mans, i evidentment evitant contacte “directe” amb malalts.

I en la vacuna s’hi treballa; hi ha projectes europeus sobre el tema. En un s’hi troba el Erasmus Medical Center de Rotterdam i IRTA-CReSA, on treballo. Algun dia caldrà parlar també d’això.

Però aquesta, aquesta és una altra història.

avaluació de riscos, infeccions nosocomials, MERS Coronavirus, Pandèmies, SARS coronavirus, virologia ambiental

Comentaris virus-lents (113): El ABC del bioterrorisme.

Deja un comentario Publicado por en junio 5, 2015

Què és el bioterrorisme? Aquell terrorisme que vol treure profit de l’efecte de l’alliberament o disseminació intencional de virus, bacteris o toxines, ja siguin naturals o prèviament modificats per l’ésser humà.

El focus no ha de ser necessàriament l’ésser humà. El focus pot estar en els animals o les plantes ja que a un estat, a una població, se la pot posar de genolls també per fam. Recordeu l’epidèmia del virus de la febre aftosa (foot-and-mounth disease virus) a Gran Bretanya el 2001 i el trasbals econòmic que suposà per un país desenvolupat que no tenia d’enfrontar-se a una segona crisi simultània, com seria una guerra.

En condicions “ideals” l’agent ha estat modificat per la mà humana incrementant la capacitat de generar malaltia, o la seva resistència a factors ambientals o a medicines, o millorant la seva capacitat de disseminació. “Idealment” també, interessen agents que tinguin una certa latència, que generin el seu efecte passats alguns dies per dificultar o impossibilitar la recerca epidemiològica posterior. Aquests llargs períodes d’incubació, a més, permetent una més gran penetració de la infecció a la població abans de que sigui possible cap diagnòstic. Així, un únic disseminador (bioterrorista) podria assolir diversos objectius (alliberar l’agent biològic) en diferents llocs abans que l’atac no fos ni tan sols sospitat pel sistemes de vigilància. Encara que un nombre important de persones comencessin a manifestar símptomes no específics pocs dies després de l’atac, a la comunitat mèdica li costaria un cert temps (dies o setmanes) en unir les peces del trencaclosques i provar l’origen bioterrorista de l’epidèmia. Les vies de disseminació són totes les possibles; aire, aigua o menjar.

bioterrorism

L’atractiu dels agents biològics ve de que són relativament fàcils i barats d’obtenir, es poden disseminar amb certa facilitat, i generen una disrupció, un pànic, una histèria, un caos en la població que pot ultrapassar llargament l’efecte real del brot o de la malaltia. Tanmateix l’ús convencional al camp de batalla clàssic té importants limitacions; els patògens no distingeixen banderes i no destrien entre les forces enemigues i les pròpies; ni tampoc entre la població pròpia i l’aliena.

El bioterrorisme no necessàriament cerca causar un nombre gran de morts immediates per fer efectiu; de fet, la majoria del agents biològics estan etiquetats com “agents incapacitants”, que no produeixen malalties letals. Són més “efectius” si incapaciten i posen en tensió els sistemes de salut a l’inundar-los de centenars o milers de malalts infectats, ultrapassant les reserves de medicaments o altres mesures terapèutiques i les instal·lacions d’aïllament o contenció.

Als Estat Units, els agents biològics que tenen potencial per suposar una amenaça greu per la salut i la seguretat pública son etiquetats com “select agents”, o “agents selectes”.

El Centre de Control de Malalties (Center for Disease Control, CDC) divideix aquests agents en 3 categories; A, B i C. Anem per parts:

  • Categoria A: Agents d’alta prioritat, que poden transmetre’s i disseminar-se fàcilment, resultant en altes taxes de mortalitat, amb un fort impacte a la salut publica, i potencials generadors de situacions de pànic. Dintre d’aquest grup es troba Francisella tularensis (causant de la tularèmia), Bacillus anthracis (àntrax), el virus de la verola, la toxina botulínica, Yersinia pestis (causant de la pesta bubònica, veure entrades 69 i 73), i els virus de febres hemorràgiques (no solament Filovirus, com Ebola i Marburg, si no també Arenavirus, com els virus Lassa i Machupo).
  • Categoria B: Agents amb moderada capacitat de transmissió i disseminació i baixes taxes de mortalitat. Dintre d’aquest grup es troben especies de Brucella, Burkholderia, Rickettsia, Coxiella, Chlamydia; Vibrio cholerae (el bacteri, que no virus, del colera), Cryptosporidium parvum; i bacteris de transmissió alimentària com especies de Salmonella, Shigella, Staphylococcus aureus o Escherichia coli enteropatogèniques com la E.coli O157:H7.
  • Categoria C: patògens “naturals” emergents que poden ser manipulats per afavorir la seva disseminació massiva; o agents fàcils d’obtenir o produir, amb altes taxes de mortalitat o amb potencial impacte en salut pública. Dintre d’aquest darrer grup tindríem els Hantavirus (veure entrades 10 i 102), els virus Nipah (veure entrada 102), el SARS coronavirus (veure entrades 35, 36 i 37), o el VIH/SIDA (veure entrades 79, 91, 92, 98 i 104).

De bastant d’ells hem parlat a diferents entrades del blog. Feu una cerca per categories i trieu…si voleu.

Els agents de la categoria A mereixeran una entrada especifica al blog, properament.

Realment ells, els patògens, passaven per allà, bé, ells ja hi eren i som alguns de nosaltres els que els forcem la mà.

Però aquesta, aquesta és una altra historia.

aigües, avaluació de riscos, bioprotecció, bioseguretat, bioterrorisme, Hantavirus, SARS coronavirus, VIH/SIDA, virologia ambiental, Virus de Lassa, virus hemorràgics, Yersinia

← Entradas anteriores

Entradas siguientes →