comentarisviruslents

Aquest blog és una seguit de comentaris personals i probablement poc transferibles sobre ciència i política.

Archivos por Etiqueta: virologia ambiental

Comentaris viruslents (204): Homenatge als virus desconeguts…bacterians.

Deja un comentario Publicado por en marzo 10, 2018

 

Llegir ciència als diaris és engrescador per dos motius; perquè sempre és bo que la ciència arribi al públic i s’ha de valorar i felicitar a tothom que ho practica i perquè de la lectura crítica de cada article (ningú és perfecte!!) poden sortir comentaris addicionals (que de fet és també un clàssic científic, on és freqüent que les troballes més engrescadores siguin laterals al tronc principal de la recerca pròpia).

 

Fa un dies, El Pais, un desastre de libel si parlem de Catalunya però un diari que encara s’interessa per divulgar certa ciència publicava “A la caza del virus desconocido que amenaza la humanidad” (enllaç https://elpais.com/elpais/2018/02/22/ciencia/1519322760_187107.html). El cos de la noticia és correcte però hi ha algunes errades o mitges veritats que convé ressaltar.

 

“El virus que provoque la siguiente gran pandemia puede estar agazapado en el interior de un animal esperando su momento para saltar al primer humano”…potser no cal ser tan poètic. Els virus no “esperan momentos”; els virus no tenen consciència, de fet fins i tot s’ha dubtat de si els virus estan vius o són essers vius (per més detalls podeu consultat una entrada prèvia https://comentarisviruslents.org/2015/05/01/comentaris-virus-lents-105-i-si-els-virus-no-fossin-els-virions/). Els virus tampoc estan “agazapados” per la senzilla raó que repliquen i es propaguen a la seva conveniència i no tenen perquè mostrar-se. De fet mostrar-se, generar una infecció aguda que pot acabar amb la mort de l’infectat pot ser un mal negoci pel virus, que es queda sense l’energia i els elements per mantenir la seva propagació; és per això que es diu que el virus més adaptat és aquell que es propaga sense malmetre (excessivament) el seu hoste, en una relació més propera al parasitisme benigne, fins i tot al comensalisme.

 

L’errada seriosa la tenim poc després, i reflecteix el nostre antropocentrisme, o animalcentrisme si volem. Diu …” quedan por descubrir alrededor de 1,67 millones (fantàstica previsió ajustada!!) de especies que habitan dentro de mamíferos y aves, los huespedes más habituales de estos microorganismos.” El primer de tot és que és una noticia relativament “antiga”; ja el 2013 es parlava que com a mínim tindríem un milió d’espècies víriques damunt al Terra, de les quals 320.000 ho serien de mamífers (http://www.virology.ws/2013/09/06/how-many-viruses-on-earth/). Però és que el concepte “huespedes más habituales” és una errada radical. Per què són més habituals? Tenen potser els virus preferència pels vertebrats? Si assumim que els virus no són conduits per una força directriu i tenim en compte que hi ha 50 milions de cèl·lules bacterianes en un gram de terra o més de 10 milions de bacteris en un mil·lilitre d’aigua (veure enllaç https://cosmosmagazine.com/biology/hidden-in-plain-sight-massive-new-family-of-ocean-virus-uncovered), de veritat pensem que no hi ha virus que no s’aprofitin d’aquests números? De veritat pensem que les Archea (antigament incloses dins dels bacteris) i els bacteris, que porten sobre la terra desenes, centenars de milions d’anys més que els vertebrats, els mamífers, no han patit l’atac víric des de molt abans i que els virus no han tingut molt més temps per anar-se diversificant amb i en aquests hostes procariotes? Que uns paràsits obligats com són els virus estan menystenint la possibilitat de propagar-se en 10 elevat a 31 organismes procariotes, un 10 seguit per 30 zeros (enllaç http://phenomena.nationalgeographic.com/2013/02/20/an-infinity-of-viruses/ o una prèvia entrada en aquest blog https://comentarisviruslents.org/2015/04/11/comentaris-viruslents-99-mes-virus-que-estels-al-firmament/)?.

De bacteriòfags, que és la manera que tenim de denominar els virus de bacteris n’hi ha una legió…molta d’ella fantasma, sense descriure.

 

Encara que les dades d’un estudi molt citat (Whitman et al, 1998), que calcularen la biomassa bacteriana i la feren molt propera o quasi equivalent a la de les plantes, no sigui del tot correcte, de ben segur els hostes més habituals pels virus no seran els eucariotes, si no els procariotes, els bacteris i les Archea, i la diversitat bacteriofàgica serà també major. Altra cosa és que els prestem tanta atenció.

 

Però aquesta, aquesta és una altra història.

 

 

Referències

Whitman et al., 1998. Prokaryotes: the unseen majority. Proc Natl Acad Sci U S A. 95(12):6578-6583. Enllaç a: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/9618454

bacteriòfags, bacteris, periodisme científic, reservori animal, variabilitat vírica, virologia, virologia ambiental , , , , ,

Comentaris virus-lents (202): I en això arriba l’aigua crua. Crua estupidesa.

Deja un comentario Publicado por en enero 20, 2018

La darrera moda nutricional, que no la final, bé, potser sí per alguns, que s’ha desfermat als Estats Units i que perilla que arribi a Catalunya (sempre hi ha, a tota població, un percentatge de snobs) és el consum de “aigua crua”. És un retorn a la natura més pretèrita i “silvestre” i el seu lloc d’origen, un sarcasme més, ha estat Silicon Valley, el bressol de la tecnologia que consumim.

 

No és país per pobres, però. Cada gerra de 2,5 litres d’aigua crua es pot vendre en aquell lloc al preu gens barat d’uns 30 euros al canvi.

 

I que és l’aigua crua? Coneixem l’aigua de riu, l’aigua continental, l’aigua potable, l’aigua de mar però “aigua crua”? Doncs “aigua crua” és aigua sense processar (habitualment filtrar) ni esterilitzar (habitualment desinfectar). I aquí està el quid, en el retorn a allò no manipulat, a la natura, ha fet forat el fet que es comercialitzi com un aigua “externa a la xarxa municipal o estatal”, que no conté additius ni desinfectants, ni es sotmesa a cap filtració més enllà de la natural, la qual cosa faria aquesta aigua rica en minerals. Eslògans com “Naturally probiotic. Perfected by nature” en alguna d’aquestes aigües van en aquesta direcció.

 

Que qualsevol persona, benintencionada o no, que disposi d’un accés a aigua subterrània pugui obtenir grans quantitats d’aquesta aigua sense sotmetre-la a cap mena de control sanitari i obtenir grans beneficis no sembla generar gaire preocupació pels clients.

 

Existeixen determinades fonts, brolladors, aiguaneix i surgències que poden no necessitar cap mena de filtració, o tractament, i poden embotellar-se directament, però sempre hi ha controls microbiològics. Altres fonts i brolladors poden contenir una gran diversitat de bacteris, i virus (podeu consultar diverses entrades de norovirus en aquest blog), en concentracions variables durant l’any, que poden provocar diarrees benignes o severes i en determinats casos i per segons quin col•lectius mortals.

 

font cano-1081081_1920

 

Però és que a més, aquesta “aigua crua”, com aigua no tractada i per tant aigua no analitzada pot contenir vessaments de tractaments agrícoles (pesticides) però també elements químics naturals com arsènic, radó, urani, a concentracions per sobre dels límits legals.

 

L’existència d’un sistema de tractament centralitzat (si està en mans públiques o privades és tota una altra discussió) de l’aigua potable, o de beguda, i la seva posterior distribució a cases particulars és un actiu imprescindible, que com a país, donem per assumit però com a planeta està molt lluny d’haver-se assolit. Hi ha centenars, milers de milions de persones al mon que no tenen aquest “luxe”. De fet la segregació de les aigües residuals d’aquelles destinades a consum i el posterior tractament d’aquestes darreres estan al darrera de la desaparició del còlera a Europa i Nord Amèrica però també del gran increment en l’esperança de vida humana que ha donat un salt de més de 30 anys des de 1900 fins 1970, per exemple.

 

El 2015, les malalties diarreiques causaren més de 1,3 milions de morts al planeta i fou la quarta causa de mort entre infants per sota de 5 anys d’edat. Rotavirus fou l’agent causal més habitual (per sobre dels 200.000 morts) seguit per Shigella spp i Salmonella spp. Per sota dels 5 anys, Cryptosporidium spp també tingué un paper rellevant. Per més detalls consultar: http://www.thelancet.com/journals/laninf/article/PIIS1473-3099(17)30276-1/fulltext. Aquests patògens poden estar presents en aigües naturals no tractades.

 

Fins i tot, l’aigua potable, l’aigua de distribució o aigua processada vilipendiada per aquest col•lectius snobs pateix episodis de contaminació. Així segons la Organització Mundial de la Salut (OMS), l’aigua potable contaminada causa 502.000 morts por diarrea a l’any, encara que es un producte que teòricament ha passat per tractaments de filtrat i desinfecció (habitualment clor o ozó)…però que moltes vegades es torna a contaminar per deficiències en el procés de distribució. Si voleu més detalls i dades aneu a http://www.who.int/mediacentre/factsheets/fs391/es/. Per tant el mal que pot fer un aigua crua que no es trobarà més a la vora d’un desinfectant que la distància entre el lineal de les aigües al lineal de productes de neteja d’un supermercat, pot ser molt gran.

 

De fet les aigües naturals poden portar paràsits com Giardia spp i Cryptosporidium spp, que arriben a través de les femtes d’animals bovins, i que són molt residents a les condicions ambientals i als tractaments desinfectants. Aquest és un dels motius pels que no convé beure aigua de rierols o corrents de prats o zones amb abundants ramats o poblacions de cérvols, isards, cabirols, si és que no ha estat ben desinfectada o bullida abans de ser consumida.

 

manantial

 

Aquests genis del màrqueting que proposen un retorn al “producte natural” com és l’aigua crua poden argüir (fins i tot sense proves) que la seva serà un aigua rica en minerals (?) però nosaltres podem afegir que també rica, ben carregada, d’elements tòxics, matèria orgànica sense caracteritzar, bactèries i paràsits. Aparteu de mi aquest calze, si us plau.

 

Però aquesta, aquesta és una altra història.

aigües, desinfecció, enterovirus, norovirus, Salmonella enterica, salut pública, seguretat alimentària, virologia ambiental , , , , , , ,

Comentaris virus-lents (197): Treballar amb artròpodes infectats a NBS3; ser picat o no ser picat? Vet aquí la qüestió-i 3.

1 comentario Publicado por en mayo 11, 2017

 

En una instal·lació en la que es treballi amb vectors artròpodes (en el nostre cas mosquits) cal tenir clar el nivell de contenció a aplicar en cada moment. Us poso una taula que vaig presentar en una conferència (EBSA 2017, veure entrada a https://comentarisviruslents.org/2017/04/19/comentaris-virus-lents-192-conferencia-ebsa-to-be-or-not-to-be-safe/) fa uns dies i us l’explico.

 

ACL table-2

 

En un ACL1 (Arthropod Containment Level 1) hi maneguem els vectors autòctons ja establerts al nostre ambient (i per tant difícilment en tindrem nosaltres més a dins que els que hi han a fora) i aquells vectors exòtics pels que és inviable la seva supervivència exterior, sempre i quant no estiguin infectats amb cap patogen que afecti éssers humans o animals. La impossibilitat de supervivència exterior té a veure bàsicament amb consideracions climàtiques.

 

Al ACL2 es planteja la manipulació d’artròpodes autòctons o exòtics infectats amb microorganismes de grup de risc 2, o GR2, o mosquits modificats genèticament sempre i quan aquests modificacions siguin neutres o fins i tot negatives per paràmetres crítics del mosquit com viabilitat, rang d’hostes, fitness reproductiu, etc.

 

I els nivells ACL3 i ACL4 van marcats directament pel grup de risc del patogen manipulat. A un virus de GR3 li correspondria un NBS3, i en el cas que s’inoculi aquest virus en un mosquit, encara que aquest sigui autòcton, haurem de treballar sota un ACL3. I el mateix passaria amb un GR4, que requerirà al final un ACL4.

 

No parlarem extensament de la feina al meu centre, IRTA-CReSA, on es treballa en competència vectorial amb un seguit de virus de GR3 com són West Nile virus, Rift Valley Fever virus, Chikungunya, virus dengue i ara darrerament Zika (encara que aquest és un patogen GR2), per això millor aneu al blog específic del centre CReSA & the city, http://www.cresa.cat/blogs/sociedad/ però sí que acabarem aquest seguit d’entrades relacionades amb unes consideracions finals sobre la manipulació d’artròpodes infectats en condicions de contenció.

 

englisch_biostoffv-G-wordml02000001

 

Consideració 1: Les avaluacions de risc s’han de fer cas a cas, per a cada estudi. No serà el mateix treballar amb Aedes albopictus i Zika que amb Aedes aegypti i virus dengue, per exemple. I poso aquesta combinació de casos perquè és una mica excepcional. Expliquem-ho. Que és Aedes aegypti? Un vector exòtic al nostre territori, així que com a mínim li assignaríem un ACL2 (no podem assignar-li un ACL1 perquè si s’escapés aquest sí que té possibilitats d’establir-se a les nostres contrades). I l’apugem al ACL3 al treballar-hi en combinació amb el virus dengue, un virus exòtic i de GR3. Per contra, Aedes albopictus està completament establert a tot el Llevant de la península, per tant podria ser considerat un ACL1 per si sol; Zika està categoritzat com un virus de GR2, i nosaltres la combinació artròpode-virus la treballem a NBS3, si bé amb modificacions pel que fa als protocols i nombre i disposició d’EPIs, precisament per evitar que se’ns escapi un mosquit infectat amb Zika, que no està al nostre territori, i pugui establir un cicle autòcton de replicació amb els problemes de salut pública que això suposaria. A Brasil, on Zika ja està establert, aquests estudis es podrien fer en condicions ACL2.

 

Consideració 2: El treball amb artròpodes pot arribar a ser molt fi, i requerir molta precisió. Es fan disseccions de mosquits infectats, òbviament amb lupes i tècniques precises. Tots aquests treballs, com també l’obtenció de saliva de mosquits a partir de les seves glàndules salivars es veurien dificultats si carreguem els nostres treballadors d’un nombre d’EPIs excessius i en alguns casos inútils o si col·loquem massa barreres entre ells i el material amb el que treballen. Per tant, mantenint la bioseguretat, cal facilitar la feina a l’investigador, ja que si no, se li està portant a la vora de l’incident o l’accident. De fet, un element paradigmàtic quan es treballa a NBS3 és que sempre cal fer servir la CSB per a qualsevol treball experimental. Això per mosquits és bastant difícil si no impossible, ja que els mosquits anestesiats o adormits per a ser manipulats, si no estan continguts en capses o recipients, poden ser arrastrats pel corrent d’aire, el flux, de la pròpia CSB.

 

Consideració 3: Sempre que sigui possible, per exemple a les disseccions, treballar amb el mosquit mort i no amb el mosquit anestesiat (es fa deixant el mosquit sobre una placa que deixa anar CO2, per exemple). Treballar amb el primer garanteix més seguretat ja que no es pot despertar i aixecar el vol, amb el problema que això suposaria.

 

Consideració 4: Una màxima del control de riscos és si no eliminar-los sí reduir aquests el més ràpidament possible. Si es vol fer extraccions d’àcids nucleics per esbrinar si un patogen s’ha disseminat pel mosquit (recordeu que cal que el virus no solament sigui xuclat si no que ha de travessar el sistema digestiu del mosquit i disseminar-se per ell fins arribar a les glàndules salivars perquè el mosquit pugui infectar) res més fàcil i segur que agafar una fracció d’aquest i posar-lo en un tub que contingui un tampó de lisi comercial (són solucions d’agents caotròpics que desnaturalitzen i inactiven proteïnes i permeten recuperar després els àcids nucleics). Aquest tub encara que contingui una pota, o un cos de mosquit infectat, té la consideració de no infecciós o inactivat i es pot treballar en condicions de bioseguretat menys estrictes, i per tant es redueixen les probabilitats d’accidents amb material infecciós.

 

Consideració 5: Seguint amb la màxima de control de riscos anterior, l’accés a les àrees experimentals d’estudis de competència vectorial està fortament restringida. Només el personal que hi treballa i personal de gestió o control d’instal·lació hi té accés (no els serveis de neteja, no els serveis de manteniment extern o de calibratge d’equips), que sap el que ha de fer en cas d’incidents o accidents.

 

Consideració 6: Expect the unexpected. Sempre cal tenir plans de contingència. En el món dels artròpodes això es fa amb dues eines molt senzilles però efectives. Una, el comptatge dels subjectes experimentals. Als laboratoris d’artròpodes, durant els processos experimentals es compten els animals contínuament, al començament i al final de cada dia, i els comptatges han de coincidir. Això garanteix que no hi ha cap escapament. Si el comptatge no és idèntic s’ha de rastrejar, trobar i eliminar l’espècimen que s’ha alliberat. Això pot semblar difícil però és aquí on entra la segona eina. Entre l’artròpode, infectat o no, i l’exterior s’han posat prèviament una sèrie de barreres per dificultar la seva sortida i facilitar que pugui ser trobat i eliminat. Els panels de les habitacions de treball són llisos i clars (blancs); hi ha sistemes (un o més d’un) de dues portes commutades, que no es poden obrir alhora, on la gent que transita està estones curtes confirmant visualment l’absència d’espècimens; el personal es sotmet com a mínim a una dutxa de sortida (pot ser d’aigua però també d’aire, sols que en aquest cas és un corrent molt potent d’aire) en un sistema de doble porta també commutada per arrastrar contaminants; en cadascun d’aquest compartiments entre barreres hi ha sistemes de captura, trampes de llum o de CO2, trampes adhesives, etc. Tot això, que superposat pot suposar de 5 a 7 ó 8 barreres que ha de travessar l’insecte, fa gairebé impossible el seu escapament (i recordem que el cicle biològic del mosquit fa que aquesta amenaça s’estengui per un període d’uns quants dies, unes poques setmanes).

 

I amb això acabem aquest curt passeig per la bioseguretat i els seus nivells, la biocontenció, i el maneig d’artròpodes infectats. Però com ja hem dit cada cas experimental serà sempre un cas nou, un cas diferent.

 

Risk assessment triad

Però aquestes, aquestes són altres històries.

avaluació de riscos, biocontenció, bioseguretat, Chikungunya, Dengue, febre groga, Grups de risc biològic, Infeccions Laboratorials (LAIs), instal·lacions bioseguretat, malària, paparres, paràsits, reservori animal, salut pública, vectors artròpods, virologia ambiental, virus Crimea-Congo, virus hemorràgics, zikavirus, Zoonosi , , , , , , , , , , , , , , , , , , ,

Comentaris virus-lents (196): Treballar amb artròpodes infectats a NBS3; ser picat o no ser picat? Vet aquí la qüestió-2.

Deja un comentario Publicado por en mayo 6, 2017

 

Com dèiem a l’entrada anterior, i resumint d’una entrada encara més prèvia (enllaç https://comentarisviruslents.org/2014/08/01/comentaris-virus-lents-29-grups-de-risc-nivells-de-bioseguretat-i-avaluacio-de-risc/) i explicant-ho d’un altra manera, distingim 4 nivells de bioseguretat (o biosafety levels); 2 són nivells molt habituals i els altres dos són nivell d’alta contenció: high containment, alta contenció, o nivell de bioseguretat 3, NBS3,  i màxima contenció (nivell de bioseguretat 4 o Biosafety Level 4, BSL4).

 

englisch_biostoffv-G-wordml02000001

 

Tot comença amb el nivell de bioseguretat 1. Per aquest només cal unes mínimes proteccions com una bata de laboratori correctament portada, un parell de guants, i una bona pràctica microbiològica (que entre altres coses exigeix un rentat de mans sovint, sempre que es canvia d’activitat i en acabar aquesta). Aquell nivell és fonamental perquè la gent que no sàpiga treballar realment bé en aquest nivell portarà vicis i males pràctiques cap els nivells superiors i un element de protecció individual (EPI) mal portat en nivells de bioseguretat superiors no protegirà d’una infecció.

 

Al nivell de bioseguretat 2, on manegem patògens que poden provocar malalties, no massa greus, en éssers humans, pels que tenim vacunes i tractaments, i que tenen una baixa probabilitat de transmissió als treballadors, i a la comunitat, sí s’implementen ja barreres primàries. És un nivell en el que es comença a filtrar l’entrada de personal al laboratori, s’adverteix del perill biològic per rètols i senyalitzacions. En aquest nivell el personal ja treballa amb bata de laboratori i guants per a totes les activitats, i si és necessari protecció respiratòria en forma de mascaretes, i fa servir un element de barrera primària com són les cabines de seguretat biològica (CSB) uns espais que, per un flux unidireccional d’aire filtrat, poden contenir els potencials aerosols de mostres i cultius perquè no afectin el treballador. A més, els residus generats ja són sotmesos a tractaments d’esterilització per autoclau.

 

Al nivell de bioseguretat 3, ja un nivell de alta contenció, les mesures s’extremen però no tant pel treballador si no per protegir al medi ambient i la comunitat. L’accés ja està restringit per lectors biomètrics, o digitals, o claus. El personal treballa amb roba específica que es descontamina dins la instal·lació prèviament a la seva bugada. El treball en CSB és obligatori per a tot mostra i cultiu (no es pot treballar en bancada amb mostra no inactivada). Els EPI són més abundants (l’ús de protecció respiratòria és més freqüent) i és norma a molts laboratoris portar doble guant (en alguns casos, sobre tot en treballs amb animals infectats, triple guant), per tenir sempre una capa segura si l’externa es veu afectada/contaminada. El salt, però, es dona a nivell de barreres secundàries, o d’instal·lació: pressió negativa en tot el laboratori, que genera una corrent oposada a l’escapament de microorganismes; dobles portes commutades a entrada i sortida de personal; segellament de totes les fissures o penetracions per aïllar el màxim el laboratori (el laboratori no té finestres o les té segellades a la paret, sense fissures per l’aire); tot l’aire és filtrat de forma absoluta prèviament a la seva sortida del laboratori; tots els residus són autoclavats, com a mínim un cop, abans de sortir de la instal·lació en autoclaus que estan dins la instal·lació; tots els efluents (aigua de piques, medis de cultiu, aigües de dutxes de personal, perquè el personal habitualment es dutxa a la seva sortida per garantir que si porta res patogen quedi arrastrat per l’aigua altre cop dins la instal·lació) són també inactivats químicament o tèrmicament, etc.

 

El nivell de bioseguretat 4, és on es manipulen patògens que provoquen generalment una greu o molt greu malaltia humana o animal i que es transmeten fàcilment d’una persona (o animal) a una altra, directament o indirectament. Per ells no hi ha disponibles tractaments i mesures preventives eficaces. Aquest NBS4 (o BSL4 en anglès) és el nivell de màxima contenció i en ell no s’incrementen en excés les barreres secundàries, aquelles que protegeixen a la comunitat i al medi ambient, que ja s’havien millorat força a NBS3;  el que es fa es assegurar el seu funcionament afegint més controls o sistemes redundants que fan que si falla un sistema en salti un altre al seu rescat, i es dona un pas més aïllant al treballador de les mostres ja que se’l fa treballar en un tipus especial de CSB, les de classe III, i/o se’l fica dins de vestits segellats de pressió positiva (per evitar entrada del patogen) i amb subministrament d’aire net des de l’exterior mitjançant mànega, la qual cosa els confereix un aspecte una mica astronàutic. A més quant surten de l’instal·lació el personal ha de rebre una dutxa química mentre encara porta el vestit posat, que arrastra i inactiva qualsevol patogen que hagi quedat adherit en la seva superfície.

 

Però, com portem aquest nivells de bioseguretat al camp dels artròpodes, i essent més específics, al camp dels mosquits vectors de malalties i als estudis de la seva competència vectorial (per saber més de competència vectorial aneu a l’entrada https://comentarisviruslents.org/2015/12/27/comentaris-virus-lents-146-competencia-vectorial-o-quan-la-competencia-ens-fibla-de-veritat/)? Perquè els mosquits tenen ales i volen, i ja us dic jo que la pressió negativa dels laboratoris no impedirien el seu escapament. La pressió negativa als laboratoris de microbiologia s’ha dissenyat per fer front a elements passius, pols i micro-gotes, aerosols, que es mouran sempre en la direcció del flux d’aire, fet aquest que no podem aplicar als mosquits.

 

Doncs bé, totes les classificacions dels nivells de contenció dels mosquits per fer estudis de competència vectorial, com els contenim quan estiguin experimentalment infectats, apliquen els nivells de bioseguretat microbiològics. El missatge és que la patogenicitat d’un agent infecciós (virus, bacteri, paràsit, etc.) ha de ser la consideració més important a l’hora d’avaluar el risc d’un vector artròpode infectat; com més greu és la malaltia microbiològica vectorizada per l’artròpode més alt és el risc i la seva necessitat de contenció i com la malaltia és causada pel microbi els nivells a aplicar són els microbiològics. Ja veurem però, que es fan adaptacions.

 

a_aegypti_0--620x349

Però també caldria tenir en compte les consideracions ecològiques; què passa si treballem amb un vector exòtic, un mosquit, potencial transmissor de malalties, encara que la nostra colònia no estigui infectada, si aquest s’escapa a l’exterior, un exterior amb un clima que afavoriria el seu establiment i propagació? Això també exigeix preocupació i un cert nivell de contenció, no?

Doncs això, que continuarà.

 

Però aquesta, aquesta és una altra història.

avaluació de riscos, biocontenció, bioseguretat, Chikungunya, Dengue, febre groga, Grups de risc biològic, Infeccions Laboratorials (LAIs), instal·lacions bioseguretat, malària, paparres, paràsits, reservori animal, salut pública, vectors artròpods, virologia ambiental, virus Crimea-Congo, virus hemorràgics, zikavirus, Zoonosi , , , , , , , , , , , , , , , , , , ,

Comentaris virus-lents (195): Treballar amb artròpodes infectats a NBS3; ser picat o no ser picat? Vet aquí la qüestió-1.

Deja un comentario Publicado por en mayo 3, 2017

 

Les malalties infeccioses transmeses per artròpodes poden ser molt greus, incapacitant per mesos o anys, o ser mortals, estan molt esteses i s’estan expandint.

 

Actualment ja representen més del 17% de totes les malalties infeccioses, causant més d’1 milió de morts anualment. Més de 2.500 milions de persones en més de 100 països estan en risc de contraure el dengue. La malària causa més de 400.000 morts a l’any a tot el món, la majoria d’ells nens menors de 5 anys. Altres malalties, com la malaltia de Chagas, la leishmaniosi i l’esquistosomiasi afecta centenars de milions de persones a tot el món. Chikungunya ha passat com una onada sobre el Carib i més recentment Zika des de Brasil també ha passat el corró sobre tota Sud-Amèrica i Centre-Amèrica i Carib.

 

a_aegypti_0--620x349

I a més, com a conseqüència de l’escalfament global que desplaça els vectors cap a zones més septentrionals, com la conca mediterrània i més al nord, aquestes malalties truquen ja a la nostra porta.

 

Independentment del seu rang geogràfic creixent cal fer recerca controlada amb els patògens que porten aquests vectors (mosquits, tàvecs, paparres, puces, etc.) i per això calen instal·lacions d’alta seguretat biològica que efectivament continguin tant el patogen com el mosquit perquè els productes dels experiments, mosquits infectats, no arribin a la comunitat, a casa teva.

 

Quan manipulen un mosquit, o una colònia de mosquits podem fer una avaluació directa o indirecta del risc. L’avaluació directa és fàcil, em picarà?, no em picarà?, m’infestarà l’habitació o l’edifici?. Aquesta avaluació empal·lideix quan pensem en els efectes indirectes, que es basen en la morbilitat i mortalitat degudes als patògens que aquests mosquits portarien al seu interior, i que poden ser letals per humans…i animals. És aquesta avaluació indirecta la que liderarà les nostres aproximacions a les barreres de biocontenció i procediments a implementar.

 

L’avaluació del risc per binomis vector-patogen (ja sigui virus, bacteri o paràsit) és encara molt qualitativa perquè molts dels paràmetres no tenen encara quantificació possible i en altres casos la informació és senzillament inexistent. Això determina una tensió entre una aproximació conservativa (pensar que tots els elements que intervenen són altament perillosos) i una judici subjectiu més benvolent. No tenim ara mateix un algoritme que puguem alimentar amb dades i que ens doni un valor o unes recomanacions concretes.

 

Abans de començar a treballar amb el binomi vector-patogen ens hem d’asseure i plantejar-nos algunes qüestions.

  • Està el vector artròpode amb el que volem treballar ja present al nostre territori, o és exòtic? No seria el mateix treballar amb Aedes albopictus (mosquit tigre) del que pot haver més en alguns jardins que dintre d’un box experimental que amb Aedes aegypti, espècie exòtica a Catalunya (s bé fa menys d’un segle no diríem el mateix).

  • Si aquest vector és exòtic, és probable que s’estableixi al territori temporal o permanentment si se’ns escapés?

  • Els agents patògens amb els que treballarem també estan presents al territori o són exòtics?

  • Si els agents amb els que treballem són zoonótics, el reservori animal està present al territori? És a dir, si se’ns escapa el mosquit infectat aquest trobarà un animal susceptible que en ser picat propagarà el virus i permetrà que altres mosquits en alimentar-se iniciïn de nou el cicle?

  • Podríem controlar o eradicar l’artròpode per mètodes tradicionals si s’escapés?

  • Poden emprar estirps de mosquits que tinguin alguna discapacitat fisiològica que limiti la seva viabilitat si s’escapen?

 

Com veieu mirem molt, en aquest a primera aproximació, cap enfora. Tot va de que passaria si l’artròpode s’escapés, fins i tot artròpodes no infectats, perquè no volem que una nova espècie s’implanti en un territori, nova espècie que podria ser la pista d’aterratge per a la futura transmissió de nous patògens, aquest no introduïts experimentalment o encara no presents naturalment.

 

Això fa sorgir naturalment la següent pregunta, cóm ho fem per prevenir el seu escapament i aquí cal dir que no hi ha cap regla general o una aproximació universal als nivells de contenció per artròpodes. Agafem en préstec els nivells de bioseguretat i els mesures i protocols marcats pels patògens i el seu nivell de risc (mireu entrada 29, https://comentarisviruslents.org/2014/08/01/comentaris-virus-lents-29-grups-de-risc-nivells-de-bioseguretat-i-avaluacio-de-risc/) i els adaptem sempre amb un ull en les conseqüències ecològiques…Si se’ns escapa un vector, no infectat, que pot transmetre la malaltia X en una zona endèmica de aquesta malaltia X estem afegint un risc suplementari d’incrementar la transmissió que no es dona si aquest escapament es fa en una regió on aquesta malaltia X no existeix, per exemple.

 

L’avaluació del risc cerca reduir, en el millor cas eliminar, el risc. I això es pot assolir a quatre nivells:

  • Eliminant les exposicions potencials (si el nostre objectiu es treballar amb un binomi vector-patògens això no ho podrem fer però si podem minimitzar l’exposició; emprant els mínims volums de patògens o mosquits, reduint el nombre de persones involucrades, etc.)

  • Actuant sobre els controls d’enginyeria, control de processos, o sobre la tecnologia de la instal·lació (pressions negatives, dutxes de sortida del personal, autoclaus murals on site, sistemes de doble comporta commutada, inactivació química de tots el efluents, filtració HEPA de l’aire de sortida), sense que es mal interpreti, en alguns moments matant mosques a canonades.

  • A nivell de protocols i procediments de treball: fent procediments clars i segurs, treball en equip, eliminat objectes punxants sempre que sigui possible…poques coses hi ha més perilloses que llancetes o altres estris punxants en un laboratori on es treballi amb mosquits i virus, pel perill de transmissió percutània. Un altra activitat que minimitza el risc seria fer experiments amb mosquits en època hivernal quan els artròpodes escapats serien anihilats per les condicions ambientals adverses en hores o dies…però dissortament molts dels mosquits amb les que treballem entren en diapausa, en un període d’inactivitat hivernal que no fa possible aquesta aproximació.

  • Emprant equips de protecció individual, que protegeixen el treballador però l’abús dels quals pot fer tan feixuga la feina que condueixi o ajudi a que es donin accidents per inseguretat.

 

Combinant mesures d’aquests quatre nivells de control de risc és com es defineixen els nivells de bioseguretat, també quatre, establerts a diferents guies; la guia de la Organització Mundial de la Salut (OMS), la guia del Center for Disease Control and Prevention, CDC (titulada Biosafety in Microbiological and Biomedical Laboratories o BMBL), la guia del govern canadenc (Canadian Biosafety Standard (CBS) Second Edition a https://www.canada.ca/en/public-health/services/canadian-biosafety-standards-guidelines/second-edition.html), etc. Com veieu, cap estàndard universal, encara que tots prou semblants, per fer-se cadascú un vestit una mica a mida. Continuarà.

 

Perquè aquesta, aquesta és una altra història.

biocontenció, bioseguretat, Chikungunya, Dengue, EPI's, Grups de risc biològic, Infeccions Laboratorials (LAIs), instal·lacions bioseguretat, malària, paparres, reservori animal, salut pública, vectors artròpods, virologia ambiental, virus Crimea-Congo, virus hemorràgics, zikavirus , , , , , , , , , , , , , , , ,

Comentaris virus-lents (193): A voltes amb el virus Crimea-Congo, tot un paparra.

Deja un comentario Publicado por en abril 22, 2017

Fa uns quanta mesos vam dedicar un parell d’entrades a les primeres infeccions en humans del virus de la febre hemorràgica Crimea Congo a Espanya. Per recordar els fets i algunes opinions us recomano aneu als enllaços de l’entrada 179 https://comentarisviruslents.org/2016/09/10/comentaris-viruslents-179-crimea-congo-i-la-onada-passa-per-ara/ i a l’anterior, entrada 178, https://comentarisviruslents.org/2016/09/02/comentaris-virus-lents-178-el-virus-crimea-congo-infecta-a-espanya-perque-arribar-el-que-es-diu-arribar-ho-va-fer-fa-uns-anys/

 

Ara, entre altres, el diari EL Pais publica les dades principals d’un estudi coordinat pel Ministerio de Sanidad, Servicios Sociales e Igualdad que ha detectat la presència de paparres infectades amb el virus de la febre hemorràgica de Crimea-Congo (en endavant FHCC) a diverses zones de Madrid, Castilla-La Mancha, Extremadura i Castilla y León. Per llegir la noticia en tota la seva literalitat anar a… http://politica.elpais.com/politica/2017/04/21/actualidad/1492762759_727863.html?id_externo_rsoc=TW_CC.

 

Breument, s’analitzaren un total de 9.500 paparres obtingudes d’animals silvestres i ramats domèstics. Del total de mostres, unes 300, del gènere Hyalomma, i concretament de forma majoritària de l’espècie Hyalomma lusitanicum, mostraren positivitat front el virus FHCC, el que vindria a ser entre 3-4% de les mostres analitzades, i en comarques properes/limítrofes amb la localització geogràfica del cas índex humà de la tardor de l’any passat, que va morir a conseqüència de la infecció. A més, per relativitzar més el risc, totes les paparres infectades procedien d’animals silvestres, sobre tot cérvols, però també daines, porcs senglars i muflons. La conclusió de l’estudi és que, encara que es trobin paparres infectades amb el virus FHCC, el risc de contagi a humans a Espanya continua essent molt baix.

 

Sense dissentir de la conclusió general, però, alguns comentaris.

 

El diari diu de l’estudi…” Las muestran se extrajeron entre septiembre de 2016 y enero de este año y posteriormente fueron analizadas por el Centro Nacional de Microbiología, perteneciente al Carlos III.”. Tanmateix com organismes poiquiloterms que són, i con indica abastament la bibliografia, per exemple, Valcárcel i col·laboradors, l’any 2016…”H. lusitanicum adults begin questing activity around March, numbers rising quickly reaching their peak in May–June and then diminishing until the end of the year, with a small increase in September–October. This pattern was clear and constant throughout the years, irrespective of the microclimate or biotope tested.”, en resum l’activitat de Hyalomma lusitanicum és màxima entre Maig-Juny i perdura fins Setembre-Octubre, clarament fora del rang temporal de l’estudi; per tant es pot concloure que aquesta afectació descrita a l’estudi del Ministeri és la MÍNIMA possible, i possiblement serà major amb més mostrejos en època de major activitat biològica de les paparres i/o moviments dels seus hostes infectats.

 

A més, l’article diu… El virus persiste desde entonces en la península gracias a la presencia de varias especies de garrapata del género Hyalomma, uno de los principales vectores de la enfermedad, cuyo hábitat es más habitual en la zona centro y suroeste del país. Tanmateix quan un consulta el mapa de distribució de Hyalomma, ja no parlem d’altres gèneres de paparres, al European Centre for Disease Prevention and Control (ECDC) es veu que la distribució de Hyalomma arriba fins els Pirineus, les úniques àrees “netes” o més aviat sense dades són el Llevant de la península des de Castelló fins França i la zona cantàbrica.

Hyaloma marginatum

Si a més creuem aquest mapa no ja amb la distribució de senglars, pràcticament omnipresents, si no dels cèrvids més freqüents (veure els mapes següents) està clar que la distribució de la paparra, ja sigui Hyalomma marginatum o Hyalomma lusitanicum o d’altres, pot arribar a ser molt més extensa que la que es vol donar a entendre.

 

cervol ibèric especies_49_1315257972

Distribuciò del cérvol (Cervus elaphus). De:  http://www.cienciaycaza.org

 

rebecos distribución especies_63_1315257331

Distribució dels isards (Rupicabra rupicabra). De:  http//www.cienciaycaza.org

 

Daina dama distribució

Distribució de la daina (Dama dama). De: http://www.tierrasylvana.blogspot.com.es

 

I una consideració ecològica final, sense ser un expert. Si la introducció del virus ha estat recent (relativament recent, possiblement porta entre nosaltres una dècada) encara li queden molts hostes naïve, no infectats, per descobrir, i moltes zones per cobrir. Com passa amb altres malalties vectorials i posant-nos en el pitjor cas, la distribució del virus serà equivalent al final a la distribució del seu vector, en aquest cas paparres del gènere Hyalomma, que al seu cop dependrà de la distribució del seus hostes, ja siguin silvestres o en el pitjor cas, domèstics, de ramats que viuen en llibertat i poden interactuar amb la fauna silvestre. I si el virus CCHF entra als ramats de producció en llibertat el perill es farà molt més proper.

 

Però aquesta, aquesta és una altra història.

 

 

 

Referències

Valcárcel J. González J. L. Pérez Sánchez  J. M. Tercero Jaime A. S. Olmeda. 2016. Long-Term Ecological Study of Host-Seeking Adults of Hyalomma lusitanicum (Acari: Ixodidae) in a Meso-Mediterranean Climate. J Med Entomol (2016) 53 (1): 221-224. DOI: https://doi.org/10.1093/jme/tjv152

 

paparres, paràsits, reservori animal, vectors artròpods, virologia ambiental, virus Crimea-Congo, virus hemorràgics, Zoonosi , , , , , , ,

Comentaris virus-lents (190): No sols circula H5N8…més perillós és H7N9.

Deja un comentario Publicado por en marzo 6, 2017

Estem molt ocupat i preocupats per la soca H5N8 de la grip aviaria…Si fos “el” virus de la grip aviaria estaria un pel emprenyat…jo envio les meves soques en un núvol de genomes en continua variació a infectar el que trobin…no tinc objectius selectes…no tinc una divisió aviar, una porquina o una humana…o no com perquè mereixin un adjectiu qualificatiu. Bé, com deia estem molt ocupats per la soca H5N8, recordem una soca d’alta patogenicitat en aus i nul•la afectació descrita en humans. Aquesta nul•la afectació s’explica grosso modo pel fet d’un reconeixement diferencial de receptors a les cèl•lules epitelials de l’aparell respiratori de aus i esser humans (veure entrada 188). Però circulants al mon ara mateix hi ha desenes i desenes de soques de la grip i algunes no mostren tanta recança a infectar humans.

 

h7n9-february-map_2017_02_22
Distribució del casos humans de H7N9 a la Xina, en vermell, els recents. Font: http://www.fao.org/ag/againfo/programmes/en/empres/H7N9/index.html

 

La soca H7N9 sí és una soca zoonotica. Va emergir el març del 2013, com no, a la Xina i des d’ aleshores ha causat més de 1230 casos en éssers humans…el nombre d’infectats asimptomàtics serà probablement de desenes de milers. La taxa de mortalitat entre els casos clínics és del 35-40% (comparable doncs a MERS Coronavirus i Ebola, i superior a la del SRAS Coronavirus, per exemple). El 80% dels casos clínics descrits en humans han tingut un contacte directe o indirecta amb aus vives abans de l’inici de la simptomatologia: visites a mercats d’aus vives, manipulació i/o transport d’aus, escorxat de les mateixes, etc. Aquests casos es circumscriuen a la Xina continental (i més específicament a tres províncies, que suposen 2/3 parts dels casos humans, Zhejiang, Guangdong i Jiangsu, cada any des del 2013) amb uns pocs casos a Macao, Hong Kong, Taiwan però ja s’ha donat una trentena de casos de turistes que han manifestat la simptomatologia en tornar a les seves cases. La raó, la de sempre. Un brou, generat pel comerç i transport humà, de contacte proper en condicions sovint molt poc segures sanitàriament, atestades, estressades, com és el generat per mercats d’aus vives a la immensa majoria de pobles grans i ciutats a motles províncies xineses. D’allà va sorgir (o així s’ha resseguit) la soca H7N9 que cada hivern (hemisferi nord, des de desembre fins a març-abril) en onades anuals ha anat fent la seva collita…I aquest 2016-17 és més preocupant perquè es la onada més intensa des de la del 2014 (segona onada).

 

h7n9-fig3_human_week_2017_02_22
Gràfica dels casos humans; es veuen clarament les onades anuals. Font: http://www.fao.org/ag/againfo/programmes/en/empres/H7N9/index.html

 

La soca d’influença A (h7N9) va aparèixer com a resultat de diversos arranjaments o recombinacions d’altres soques de virus influença durant el 2012: H7N9 té quatre progenitors, quatre soques que li han cedit part del seu material genètic, i que havien estat prèviament detectades en aus silvestres (virus de H7 i virus amb N9) i pollastres (dues soques diferents de virus H9N2) a Àsia.

 

A cap de les onades s’ha pogut establir una selectivitat del virus per raó de sexe o edat a la població humana…si bé la major, quasi exclusiva, afectació té a veure amb gent de pagès, ramaders i comerciants d’aus vives i els seus contactes propers.

 

La simptomatologia és l’habitual; febre i tos amb molt freqüència, vòmits i diarrea menys freqüent. Es consens general que H7N9 és menys greu que H5N1 però molt més greu que la grip pandèmica H1N1 del 2009. L’estimació és que el ratio entre un cas fatal i casos simptomàtics (que inclou els que requereixen o no hospitalització) és mou en una forquilla de 160-2.800 per cada 100.000 casos simptomàtics.

 

Quina és la única bona noticia? Que sense descartar-se, la transmissió persona-persona no s’ha demostrat encara. Sembla que cal molta proximitat i continuïtat en el tracte amb animals o zones contaminades com per agafar la infecció, i un cop agafada no s’han descrit transmissions sostingudes (en aquesta darrera onada, 2017, s’han detectat dos clústers, cadascun amb un parell de casos, però sense cap transmissió terciària). I això es deu a que no s’ha detectat canvis en els marcadors genètics que implicarien adaptació a humans i/o resistència enfront antivirals, que es mantenen com a les onades anteriors. De fet per a totes les onades des d’el 2013 la taxa de mortalitat s’ha mantingut constant.

 

Per trencar més esquemes, la soca H5N8 és una soca d’alta patogenicitat (HPAI en anglès) que no causa infecció en humans, i la soca H7N8 causa infecció en humans i…no és una soca d’alta patogenicitat en aus. És una soca de baixa patogenicitat, el que diem Low pathogenic avian influenza (LPAI). Les característiques genètiques d’aquesta soca li permeten lligar-se (amb una eficiència variable, als receptors cel•lulars pel virus influença en humans i aus (àcid siàlic alfa-2,6 o àcid siàlic alfa-2,3 respectivament). Però se saben de diversos casos, dins de les soques H7, de LPAI, que han derivat, evolucionat, cap a HPAI, com va passar a Xile (202) i Canada (2004), i a diversos països europeus. De tota manera mentre es mantingui com LPAI únicament es podrà detectar per vigilància activa ja que no causa mortalitat ni simptomatologia evident a les aus (que seria el que detectaríem en una vigilància passiva). És a dir, podem estar al costat d’una au carregada de H7N9 i no “veure” res anormal.

 

Com quasi sempre estar al costat d’un perill no vol dir caure-hi…hi ha ”coses” que es diuen concentració ambiental, rutes de transmissió, vies d’entrada, probabilitat de contacte, pràctiques de risc, mesures de higiene, estat immunològic, fons genètic, que modificaran la probabilitat final per a cadascun.

 

 

Però aquesta, aquesta és una altra història.

fomites, Influenza, influenza aviària, reservori animal, salut pública, variabilitat vírica, virologia ambiental, Zoonosi , , , , , , ,

Comentaris virus-lents (189): I què diu l’avaluació de risc de ECDC de la soca H5N8?

Deja un comentario Publicado por en marzo 3, 2017

I ara un bonus track pel que fa a informacions sobre la soca H5N8.

 

L’avaluació de risc que va fer la ECDC (European Center for Disease Prevention and Control) fa uns pocs mesos indicà que el personal exposat ha d’estar prou protegit enfront la infecció, la qual cosa implica l’ús d’equips de protecció individual (EPIs) i en particular de la protecció respiratòria. Circumscriu correctament el personal en risc al personal en contacte directe amb els animals, que els maneguen o manipulen ja siguin vius, ja siguin els seus cadàvers, ja sigui netejant i descontaminant les instal·lacions afectades (grangers, veterinaris, equips de sacrifici, etc.) per tornar-les a posar en servei: Aquests EPIs han de ser adequadament eliminats abans de sortir de la instal·lació afectada, complint mesures de bioseguretat estrictes per evitar exportar el problema a l’exterior de la granja, o el que seria pitjor a un altra granja.

 

Algú haurà arrufat les celles…equips de protecció respiratòria? Però que no havíem quedat a l’entrada anterior que era de transmissió majoritàriament fecal? Ben pensat, però us recordo (als que hàgiu estat) que una nau d’una granja avícola està plena de moviment, de pols, i de femtes que es resuspenen amb les trepitjades i els moviments dels animals, i de les persones que hi feinegen. Millor portar protecció respiratòria i fins i tot ocular per evitar que la pols o les femtes arribin a les mucoses respiratòries o oculars.

 

L’avaluació de risc també encoratja a la vacunació de la grip estacional a tot el personal involucrat, grangers i veterinaris en primera instància, no tant per la grip estacional de cada any, que també, si no per evitar la possibilitats de co-infeccions (dues infeccions per dues soques, una humana i una aviar, per exemple, que coincideixen en el temps i l’individu i que pot permetre l’aparició de combinacions, reassortments, noves de hemaglutinina (H) i neuraminidasa (N) potencialment més patògenes o més transmissibles.

 

Aquesta avaluació indica que, pel personal involucrat en les tasques de neteja i buidat sanitari (el sacrifici i eliminació dels cadàvers), és obligatori un seguiment de la salut per un mínim de 10 dies; en alguns països s’inclou tractament amb antivirals (oseltamivir) en aquest període. Veterinaris, grangers i altre personal han d’informar de símptomes compatibles amb la grip, febre o conjuntivitis per evitar esdevenir transmissors secundaris de la infecció.

 

Clar que fins ara, tot indica que la soca H5N8 no es transmet als éssers humans…amb el permís de la variabilitat vírica, és clar.

 

Però aquesta, aquesta és una altra història.

 

 

Per anar al document original:

http://ecdc.europa.eu/en/publications/Publications/risk-assessment-avian-influenza-H5N8-europe.pdf

bioseguretat, EPI's, fomites, Influenza, influenza aviària, salut pública, variabilitat vírica, virologia, virologia ambiental , , , , , , , , ,

Comentaris virus-lents (188): I ara como inactivem H5N8 un cop ens ha entrat…

Deja un comentario Publicado por en febrero 28, 2017

Estem en plena onada de la soca H5N8 del virus de la grip aviaria a Europa…veurem com es van desenvolupant els esdeveniments de la seva progressió però el motiu d’aquesta entrada no és aquest, és parlar de com inactivar el virus, de com descontaminar o desinfectar un àrea, element o estri contaminat.

cabezal_influenza_cataluna

de: https://avicultura.info/influenza-aviar-control-cataluna/

El primer fet a constatar és que la inactivació és un procés físic o químic (també pot ser biològic però no embolicarem la troca) que no és massa depenent de soca. La inactivació actua sobre el embolcall, la càpside o l’àcid nucleic; per a tots els virus de influença A que ens ocupen les diferències es troben a nivell de seqüència, ja sigui de nucleòtids o aminoàcids però no tenen un trasllat evident a una major o menor estabilitat del embolcall o de la càpside (o no ha estat descrit fins ara). Un H5N8 és “igual” que un H5N1, un H7N1 o un H7N9 quan s’enfronta a una solució alcohòlica, una dilució de lleixiu o l’acció de la llum ultraviolada. Sí que s’ha trobat algunes diferencies entre soques en condicions ambientals, en principi, menys agressives. Fent una imatge gràfica, tots els virus influença A responen igual quan els disparem un obús però no quan els disparem amb una fona de forma continuada.

Sí té molta importància, però, el medi circumdant. Per fer una bona desinfecció ens cal abans haver retirat la major part de la matèria orgànica interferent (això pot semblar fàcil, relativament, en estris, aparells, maquines i roba però no ho és gens en naus o instal·lacions que han contingut animals). Aquesta retirada o reducció és fonamental. Si no es fa així pot passar que el consum de desinfectant sigui superior, o molt superior al teòric ja que cal comptar que una part del mateix no es dedicarà a inactivar el virus si no que quedarà segrestat i inutilitzat per la matèria orgànica.

I contra el pensament generalitzat el virus de la influença aviar H5N8, com les altres soques HPAI (Highly Pathogenic Avian Influenza), s’excreta majoritàriament a través de les femtes; certament també ho fa en menors quantitats per tràquea i vies respiratòries però la via principal és la fecal. I parlem de paraules majors, del ordre de 10.000.000 virus infecciosos per gram de femtes en animal infectat. Les femtes, quan s’assequen, poden ser resuspeses pel vent, per accions mecàniques com escombrats o trepitjades fortes i llavors passen a l’aire si bé de forma inestable (acaben tornant al terra o sobre objectes i superficies). A més un cop infectat l’au pot estar excretant el virus per dies…fins a la seva mort, que en el cas d’aus infectades per HPAI és pocs dies després.

 

SANT GREGORI GIRONES SOCIETAT GRANJA ANECS 23 02 17 FOTO ICONNAde: http://www.elperiodico.com/es/noticias/medio-ambiente/agricultura-ordena-sacrificio-granjas-patos-gripe-aviar-5859245

Llegim ara aquest petit extracte…

Tras la eliminación de los cadáveres, todas las naves o recintos en los que se hayan alojado las aves de corral u otras aves cautivas, los pastos o terrenos, los vehículos utilizados para su transporte o el de sus cadáveres, carne, piensos, estiércol, purines, yacija y cualquier otro material o sustancia que pueda estar contaminado, serán sometidos a un procedimiento de limpieza y desinfección…. Se certificará la misma mediante acta oficial.

A: MANUAL PRÁCTICO DE OPERACIONES EN LA LUCHA CONTRA LA INFLUENZA AVIAR en: http://rasve.magrama.es/Recursos/Ficheros/Manuales/MARM/78_Manual%20IA%20Actualiz%20septiembre%202014.pdf

 

En el buidat d’una granja es donen una sèrie d’accions successives i complementàries. S’han d’eliminar els animals de la forma més humanitària possible; s’han de processar els seus cadàvers perquè no puguin transmetre la infecció; i s’ha de desinfectar la instal·lació per poder tornar a entrar animals que no s’infectin altre cop amb virus encara existents a la mateixa…si tornen a entrat “de novo” pot ser un problema de maneig o de manca de bioseguretat atribuïble al granger (en el cas d’instal·lacions tancades; quan són obertes, el medi ambient mana). Desenvolupem una mica cada acció.

 

La neteja i la desinfecció de les explotacions infectades s’ha de dur a terme seguint un protocol bastant estricte.

Cal una neteja i desinfecció prèvies: En el moment de matar les aus caldrà fer-ho de forma que s’eviti o redueixi al mínim la dispersió dels virus; per això és convenient portar els equips temporals de gasificació i desinfecció al costat de la nau, el subministrament de vestimenta protectora, dutxes, i sistemes de descontaminació de l’equip, instruments i elements utilitzats, així com anular, o no alimentar, el sistema de ventilació.

Tot l’equip portàtil es desmantellarà per a la seva neteja i desinfecció separada. Es desinfectarà tot el material que s’hagi utilitzat en el sacrifici (roba, botes, estris, vehicles, bolquets, pales, etc.). Els materials d’un sol ús seran retirats de forma segura (recipients tancats i hermètics) per la seva posterior eliminació (idealment incineració). Les instal·lacions elèctriques i equips electrònics s’han de protegir per al seu posterior tractament específic, que normalment implica una fumigació amb formaldehid.

Les parts de l’explotació en què s’haguessin allotjat els animals sacrificats, així com parts d’altres contaminades durant el sacrifici o la necròpsia, es fregaran i netejaran de tota matèria orgànica emprant un producte de neteja de les superfícies, començant pel sostre o teulada, a continuació les parets, de dalt a baix i finalitzant per terra. Després de la neteja es ruixen les superfícies amb desinfectants autoritzats (veure un llistat bàsic més a baix). Les operacions de neteja (aigua i detergent), a fons, han de ser prèvies a les operacions de desinfecció per eliminar gran part de la matèria orgànica que impedeix l’adequada actuació de molts dels desinfectants. El desinfectant aplicant romandrà sobre la superfície tractada durant almenys 24 hores (és a dir, no esbandirà, es deixarà assecar).

Després es farà una neteja i desinfecció finals, que implica un nou desengreixat de les superfícies per treure brutícia residual i aclarit amb aigua freda tornant a ruixar de nou les superfícies amb desinfectant. Transcorreguts set dies es tornaran a repetir totes les operacions de neteja i desinfecció.

 

Com eliminar el llit i les femtes dels animals? El llit i els fems de l’explotació, un cop eliminats els animals, s’hauran de tractar mitjançant un mètode idoni per eliminar el virus. Els mètodes contemplats per la legislació europea són: tractar-los amb vapor fins assolir 70ºC; destrucció per incineració o enterrament a una fondària tal que impedeixi l’accés d’aus silvestres i altres animals,;o ser sotmesos a un compostatge/compactació que generi calor interna, ruixats amb desinfectants i deixats almenys per 6 setmanes abans de qualsevol altra manipulació. Umm, 70ºC, incineració, calor interna? L’explicació és obvia; està més que demostrat que independentment de la soca aquests virus són molt poc estables tèrmicament i temperatures de 56-60-65ºC determinen inactivacions de 4-5 o més log (això vol dir inactivar 10.000-100.000 virus) en períodes curts de temps 30 min., mentre que temperatures de 70-80ºC o superiors poden assolir la inactivació total en terminis molt més curts, 1-5 min.

Qualsevol moviment de llit o femtes d’animals, al lloc on seran eliminats o bé a un lloc d’emmagatzematge transitori abans de la seva destrucció o tractament, es realitzarà en vehicles o recipients tancats i estancs, sota supervisió oficial, per evitar propagació ulterior del virus.

Si es determina que no és possible netejar i desinfectar alguna de les explotacions o part de les mateixes, es podrà prohibir l’entrada de persones, vehicles, aus de corral, aus captives, mamífers d’espècies domèstiques o objectes a aquestes explotacions o part de les mateixes per un mínim de 12 mesos.

 

L’elecció dels desinfectants i dels procediments de desinfecció es farà en funció de la naturalesa de les explotacions, vehicles i objectes que es s’hagin de tractar.

Els desinfectants que s’hagin d’utilitzar i les seves concentracions hauran estat prèviament autoritzats i s’utilitzaran seguint, o bé les recomanacions del fabricant quan es disposi d’elles o bé les instruccions del veterinari oficial.

Els desinfectants, productes químics, i / o procediments que pot ser necessari emprar són els següents:

Objecte a desinfectar Desinfectant / producte químic / procediments
Aus vives Eutanàsia (diòxid de carbono;dislocació del coll)
Canals Enterrar o cremar
Galliners/equips Sabons i detergents; agents oxidants i àlcalis
Humans Sabons i detergents
Equips elèctrics Fumigació amb formaldehid
Aigua Drenar al camp quan sigui possible
Pinso Enterrar
Efluent, fems Enterrar o cremar; àcids, àlcalis
Vivendes Sabons i detergents, agents oxidants
Maquinària, vehicles Sabons i detergents, àlcalis
Roba Sabons i detergents, agents oxidants i àlcalis

 

I el llistat de detergents i desinfectants genèrics d’elecció seria el següent:

Sabons i detergents: temps de contacte 10 minuts.

Agents oxidants:

  • hipoclorit sòdic: líquid, diluir fins a 2-3% de clor disponible, no és adequat per a materials orgànics, degut a l’emissió de cloramines i gasos amoniacals. Temps de contacte 10-30 minuts.

  • hipoclorit càlcic: sòlid o en pols, diluir fins a 2-3% de clor disponible (20 g/litre si és pols, 30 g/litre si és sòlid), no adequat per a materials orgànics. Temps de contacte 10-30 minuts.

  • Virkon®: 2% (20 g/litre). Temps de contacte 10 minuts.

Àlcalis: (no utilitzar amb alumini o altres aliatges similars)

  • hidròxid sòdic (NaOH): 2% (20 g / litre). Temps de contacte 10 minuts.

  • carbonat de sodi (Na2CO3. 10 H2O): 4% (40 g/litre si és en pols, 100 g/litre si està cristal·litzat), recomanat per a ús en presència de materials orgànics. Temps de contacte 10-30 minuts.

 Àcids:

  • àcid clorhídric (HCl): 2% (20 ml/litre), Corrosiu, utilitzar només si no es disposa d’altres productes químics.

  • àcid cítric: 0.2% (2 g/litre), segur per descontaminar la roba i el cos. Temps de contacte 30 minuts.

Gas formaldehid: tòxic, només si no fos possible utilitzar altres productes. Temps d’exposició 15-24 hores.

Una llista més extensa i detallada la trobareu a:

http://www.fao.org/avianflu/en/disinfection.html

 

En resum, es cerca portar l’embolcall i/o la càpside del virus a la seva degradació. Els detergents i tensioactius actuen sobre la bicapa lipídica del embolcall desorganitzant-la i trencant-la. Els pH extrem d’àcids i àlcalis són útils ja que els virus influença són molt sensibles a pH força àcids (per sota de 3) o força bàsics (per sobre de 12). Qualsevol agent oxidant com el Virkon o el lleixiu actua sobre els radicals lliures del proteïnes de càpside i embolcall degradant-les. Si la concentració de lleixiu és prou alta fins i tot pot trencar els àcids nucleics per punts inespecífics.

 

Eliminació de cadàvers:

Els mètodes autoritzats de destrucció dels cadàvers són: l’enterrament, la incineració i l’enviament a plantes de transformació de cadàvers i subproductes carnis. L’elecció del mètode de destrucció dependrà de diferents factors, com: la localització de les naus infectades, el nombre d’animals de l’explotació, el tipus d’explotació, la disponibilitat i característiques del terreny per efectuar la incineració o l’enterrament i la proximitat a l’explotació d’una planta de transformació.

En qualsevol cas els cadàvers de les aus sacrificades s’han de ruixar amb desinfectant i ser retirats de l’explotació en vehicles o recipients tancats i estancs. Els teixits o la sang que s’hagin vessat durant sacrificis o necròpsies s’ha de recollir amb cura i eliminar juntament amb les aus sacrificades.

Si el mètode escollit és l’enterrament:

  • Els cadàvers a la fossa han de ser ruixats amb calç viva entre capa i capa que serà distribuïda uniformement.

  • Per tancar la fossa es cobrirà, com a mínim, amb 1,5 metres de terra.

  • Abans de cobrir la fossa totalment es llançarà tot el material d’un sol ús, vestidors, calçat, utilitzat pel personal durant les operacions.

  • L’àrea al voltant de la fossa serà ruixada amb un desinfectant adequat.

  • L’entrada a aquesta fossa serà tancada i es prohibirà l’accés. Vigilar l’entrada de gossos, gats, ocells, etc. als voltants de la fossa.

  • Tot el material i equips emprats en aquestes operacions han de ser apropiadament desinfectats.

Si la fossa d’enterrament està situada fora de l’explotació, caldrà que estigui el més allunyada possible de camins públics, habitatges i altres explotacions però alhora que sigui de fàcil accés pels camions i maquines excavadores.

Si el mètode d’elecció és la incineració, caldrà emprar una gran quantitat de material inflamable per a la incineració dels cadàvers i caldrà una supervisió i custodia constant del material a incinerar. Això porta el problema logístic de com fer arribar els cadàvers a la instal·lació incineradora; com bé sabeu no n’hi ha gaires incineradores.

En qualsevol cas, els vehicles utilitzats per al transport, han d’anar precintats i ser a prova de fuites per evitar les pèrdues de líquids durant el transport, per a això són convenients els vehicles amb cubetes estanques, que impedeixin l’eliminació de material (sang, excrements,…) durant el transport; aquests vehicles hauran de ser subjectes d’una completa neteja i desinfecció posterior.

 

Com veieu és un problema logístic important que es multiplica quan el nombre d’animals creix i encara es multiplica més quan tens diversos focus que gestionar. Descartant l’atzar, si un no és completament estricte en tots els focus del brot pot involuntàriament permetre propagacions secundàries o el que és pitjor, en trànsit. Això pot explicar, ni que sigui parcialment, que en tres mesos a França encara estiguin bregant amb la soca H5N8.

 

Però aquesta, aquesta és una altra història.

descontaminació, desinfecció, fomites, Influenza, influenza aviària, microbiologia ambiental, salut pública, transport mat. infecciós, virologia, virologia ambiental , , , , , , , ,

Comentaris virus-lents (187): La soca H5N8 arriba a Catalunya: serem millor que els francesos?

Deja un comentario Publicado por en febrero 24, 2017

Tornem a agafar el tema de la grip aviària ara que no solament ha arribat a Espanya (veure entrada anterior) si no que ja la tenim a Catalunya, primer per la detecció del genoma del virus HPAI H5N8 en mostres d’una cigonya morta trobada als Aiguamolls de l’Empordà (es diu que a començaments de febrer) i ara per la propagació del virus en una granja d’ànecs d’engreix a l’aire lliure ubicada al municipi de Sant Gregori (Gironès), que obliga com marca el protocol a sacrificar tots els animals.

 

800px-ciconia_ciconia_at_the_hamburg_zoo

De: https://ecoxarxanoticies.wordpress.com/2013/09/25/les-cigonyes-sestableixen-a-lleida/

Primer de tot, si el problema s’ha estès més enllà del que veiem tenim mala peça al teler. A França ja fa tres mesos que intenten eradicar-la i no han pogut…encara. Fruit d’aquestes operacions ja van més de 3 milions d’aus sacrificades; fa molt pocs dies (dimarts) es va ordenar el sacrifici preventiu de 360.000 ànecs addicionals com a part dels esforços per prevenir la propagació del virus H5N8, a regions de Pirineus Atlàntics, al sud-oest de França, que és on es concentra bona part de la producció de foie gras del país (veure entrada 185). De fet el Ministeri a França va començar fort, després va obrir la mà al veure que semblava que la propagació del virus minvava però ara tornar a accelerar un cop ha vist que la propagació torna a agafar embranzida. Ara mateix porten 273 brots de la soca H5N8 a granges i 28 deteccions (aïllaments) a animals silvestres. D’aquest 273 brots, més de 120 cauen al departament de les Landes (que concentra una quarta part de la producció de foie gras), i altres 92 a la propera regió de Gers; alta concentració de brots limítrofs amb Espanya, doncs.

 

Aquesta lectura convé tenir-la en ment. Potser és bo ser molt “agressiu” al començament i no obrir la mà abans d’hora.

 

El que és cert és que, com HPAI, H5N8 és un virus que un cop entra en una granja es propagarà a gran velocitat, i amb períodes d’incubació curts o molt curts. És bo recordar un text clàssic que diu què cal per considerar un virus influença aviar (avian influenza, AI) com un HPAI (Highly Pathogenic Avian Influenza):

 

The usage of the term HP implies that the virus is highly virulent for chickens and has been demonstrated to meet one or more of the following three criteria (72, 115):

  1. a) any influenza virus that is lethal for six, seven or eight of eight (>75%) four- to six-week-old susceptible chickens within ten days following intravenous inoculation with 0.2 ml of a 1:10 dilution of a bacteria-free, infectious allantoic fluid

  2. b) any H5 or H7 virus that does not meet the criteria in a), but has an amino acid sequence at the HA cleavage site that is compatible with HPAI viruses

  3. c) any influenza virus that is not an H5 or H7 subtype and that kills one to five of eight inoculated chickens and grows in cell culture in the absence of trypsin.

Sic de Swayme & Suarez. 2000. Rev. sci. tech. Off. int. Epiz., 19 (2), 463-482

És a dir, un HPAI per definició és altament  mortal, un cop que entra en una granja matarà entre el 75% i el 100% dels animals de la mateixa; per tant si es detecten uns, encara que siguin pocs, animals infectats, positius amb H5N8 la conducta humanitària es eliminar-los a tots per evitar patiments. Addicionalment hi ha avantatges com serien evitar una propagació ulterior perquè els animals mors deixen de propagar el virus.

 

Hi ha problemes logístics considerables. No és fàcil matar desenes de milers d’animals si es vol fer d’una manera correcta i es volen eliminar els cadàvers per evitar una ulterior propagació. Hi ha desafiaments logístics darrera. És per això, que el Ministre francès ha dit que el darrer sacrifici massiu ordenat, de 360.000 aus els durà setmanes. Òbviament, quan més ràpidament i dràsticament es faci millor.

 

De la nota de premsa del Departament d’Agricultura, Ramaderia, Pesca i Alimentació (enllaç http://agricultura.gencat.cat/ca/inici/nota-premsa/?id=298190) es deriva que les mesures que s’han pres són les pautades a Europa, com no podia ser d’una altra manera. La determinació del origen, que apunta a les aus silvestres, i amb el que no puc estar més d’acord quedarà encarregat al personal científic tècnic del IRTA-CReSA (on hi treballo).

 

A tal efecte convé recordar una investigació epidemiològica que es va fer amb la primera onada de H5N8 al 2014 a Alemanya (sí, heu llegit bé, al 2014). L’enllaç a l’article és… https://wwwnc.cdc.gov/eid/article/21/5/14-1897_article. El 3 de novembre de 2014, es detectà un sobtat augment de mortalitat (el dia anterior, 2 de novembre havien mort poc més d’un centenar mentre el dia 3 moriren 731 i el dia 4 quasi 900 animals) en una granja de galls d’indi en una instal·lació d’engreix d’aquests animals (31.000 exemplars) al nord-est d’Alemanya. La granja afectada  estava situada en una zona amb baixa densitat d’aus de corral a poc més d’un km del Llac Galenbeck, una zona protegida, reserva natural molt freqüentada per aus silvestres. La finca era d’accés restringit i estava envoltada de camps i boscos. Els galls d’indi eren dins coberts, estables (instal·lació tancada). El dia 6 de novembre van ser tots sacrificats però ja no hi eren tots. En alguns estables la taxa de mortalitat acumulada ja estava per sobre del 90%. La mortalitat va ser relativament depenent dels coberts o estables.

 

Les investigacions epidemiològiques van poder descartar entrada del virus a partir d’ous de gall d’indi o de galls d’indi infectats; aigua, aliments o llit contaminat; o a través de persones que haguessin visitat les àrees infectades, en aquell moment, a Corea del Sud o l’Est d’Àsia. No es va poder descartar, però tampoc es va poder confirmar definitivament, la introducció per acció de les aus silvestres infectades, que podrien haver contaminat aigua, aliments, terres o fomites, ja que estaven en gran nombre al llac proper a la instal·lació, però també als camps de conreu dels voltants. S’analitzaren mostres de femtes d’aus silvestres dels terres dels voltants però totes elles donaren resultat negatiu. Es va detectar, però, mostra positiva en un xarxet sa (Anas crecca) caçat a l’illa de Ruegen, no massa lluny, el 17 de novembre de 2014, pel virus H5N8. UN clar exemple que l’absència de prova no és prova d’absència.

 

Tanmateix i com indica la premsa (veure enllaços http://cat.elpais.com/cat/2017/02/23/catalunya/1487845683_114967.amp.html o http://www.ara.cat/societat/detecta-aviaria-granja-danecs-Girones_0_1747625370.html) la granja afectada, al municipi de Sant Gregori, es trobava fora del perímetre de control determinat pel punt en el que es va trobar la cigonya morta. Per tant o la infecció està més estesa o la cigonya no es representativa com epicentre. Estem gratant la punta del iceberg? perquè no sabem quan de temps porta el virus circulant. Els virus HPAI són extremadament patogènics en aus domestiques o de producció però la seva mortalitat no és tan intensa en aus silvestres que poden excretar el virus patint la infecció, o fins i tot en infeccions asimptomàtiques. No sabem quantes aus silvestres han propagat el virus ni per quines zones ho han fet. No encara.

 

L’època no és bona pel que fa als nostres interessos. El virus de influença és un virus embolcallat que no porta bé la dessecació ni les altes temperatures. Lamentablement estem a l’hivern, amb temperatures baixes (relativament baixes) i humitat relatives altes…les condicions mes favorables per la persistència viral. Una femta recent es pot mantenir relativament fresca i hidratada com per tant mantenir els virus prou viables. Recordem que en un gram de femta podem trobar-nos milions de virus influença que poden contaminar gespa, terres i aigües de llacs o de subministraments pels animals de granja. Si voleu més informació bàsica al respecte aneu a Tenacity of avian influenza viruses a l’enllaç http://www.oie.int/doc/ged/D6189.PDF.

 

En alguns estudis (veure enllaç previ) s’indica que una espècie d’ànec concreta (Cairina moschata, l’ànec mut) pot excretar 6,4 g de material fecal per hora, amb una infectivitat d’1 × 10exp7,8 EID50 per gram (això són 50.000.000 virus), i aquestes aus excretarien potencialment 1 × 10exp10 EID50 en 24 hores….i això són 10.000.000.000 virus.  Per tant potencialment es poden contaminar moltes superfícies, gespa, terres i aigües amb això. Les aus “camperes”, aquelles en regim de llibertat, open range, i que, per tant, poden compartir espais amb les aus silvestres són les que corren el risc principal.

 

Les explotacions tancades amb bones mesures de bioseguretat no haurien de patir (sempre que les condicions de bioseguretat se segueixen estrictament) i per exemple l’aigua que es subministra no hagi tingut contacte amb aportacions exteriors (protegida de deposició de femtes i desinfectada si es capta d’un llac que rep fauna silvestre); que llit i aliments es guardin sempre protegits de l’aire lliure i les dejeccions i que els treballadors no entri inadvertidament el virus amb les seves botes, roba o ítems emmagatzemats a l’exterior.

 

Finalment una precisió a la nota respecte la nul·la afectació a humans. Efectivament totes les proves i coneixements actuals apunten a la seva incapacitat d’infectar humans (enllaç a avaluació de risc de la ECDC http://ecdc.europa.eu/en/publications/Publications/risk-assessment-avian-influenza-H5N8-europe.pdf). Bona part d’aquesta premissa es basa en la diferent afinitat que tenen els virus de la grip aviària, respecte els virus de la grip humana, per uns receptors cel·lulars específics (la seva porta d’entrada a les cèl·lules). Els virus de la grip aviària tindrien afinitat pels receptors àcid siàlic alfa-2,3, mentre que els virus de grip humana tindrien afinitat pels receptors àcid siàlic alfa-2,6. Si voleu una explicació molt planera (en anglès) podeu anar a l’enllaç http://www.virology.ws/2009/05/05/influenza-virus-attachment-to-cells-role-of-different-sialic-acids/). Els receptors àcid siàlic alfa-2,3 estan molt presents a les cèl·lules epitelials de l’intestí d’ànec. Per contra, pel que fa els receptors àcid siàlic alfa-2,6, és el principal tipus d’àcid siàlic present en les cèl·lules epitelials respiratòries humanes. Però res és absolut; receptors àcids siàlic alfa-2,3 també es troben en poblacions cel·lulars menors presents en el tracte respiratori humà…per tant que es infectem de H5N8 no és impossible encara que la dosi i la pressió infectiva hauria de ser molt alta. Això és el que ha passat amb altres virus de influença com H7N9 que està circulant actualment per Àsia i el ja vell conegut H5N1. És molt improbable que un europeu amb contacte ocasional s’infecti…jo no posaria la mà al foc, però, per un xines que visqués, o que visités amb molta freqüència, a mercats d’aus i animals vius a Àsia. La transmissió entre humans sí que sembla requerir reconeixement de receptors àcid siàlic alfa-2,6 perquè sigui eficient (i això indiquen els estudis amb el virus de la grip de les pandèmies de  1918, 1957, i 1968). I fins aquí llegirem per avui.

 

Queden molts més temes del virus influença però aprofitarem temes d’actualitat per anar-los traient.

 

Perquè aquesta, aquesta és una altra història.

 

fomites, Influenza, influenza aviària, virologia ambiental , , , ,

← Entradas anteriores

Entradas siguientes →