comentarisviruslents

Aquest blog és una seguit de comentaris personals i probablement poc transferibles sobre ciència i política.

Comentaris virus-lents (8): Walking bent; Aquells que caminen retorçats

Chikungunya, un remot conegut.

Aquells que caminen geperuts, retorçats, això és el que significa kungunyala, en la llengua makonde, parlada al centre d’Àfrica, i d’aquí ha derivat Chikungunya (llegeix-lo com chiki-en-GUN-yah). La primera descripció d’un brot epidèmic d’aquesta malaltia data de principis de la dècada dels 50 del segle passat, en l’altiplà de Makondo, al costat de la frontera entre Tanzània i Moçambic. D’aquí va donar el salt a Àsia; el primer brot asiàtic descrit va ser a Calcuta el 1963 (amb més de 100.000 casos i 200 morts) i es van anar donant brots cíclics entre 1960 i 1982 a Àfrica i Àsia. I, una mica sobtadament, va deixar de detectar.

Les persones que pateixen la malaltia poden patir febre per sobre de 40°C (de dos a tres dies), eritemes, mal de cap, dolor i inflor articular, artritis generalitzada que pot ser discapacitant, calfreds, nàusees, vòmits, i ocasional infecció a la conjuntiva i fotofòbia. Els dolors articulars, que resolen habitualment en un parell de setmanes, poden romandre o reaparèixer fins a diversos mesos després de la primera crisi sobretot en adults i gent gran.

A les persones afectades no se’ls pot donar un altre tractament que no sigui descans en llit, reposició de fluids, i antipirètics (evitant l’aspirina) i antiinflamatoris. No hi ha una altra, ja que no hi ha cap vacuna aprovada.

Ja en aquells dies se sabia que el virus Chikungunya, afortunadament, no es transmetia de persona a persona (com el virus influença o virus de la SIDA) sinó que necessita d’un vector artròpode, d’un missatger, habitualment mosquits del gènere Aedes (aegypti, albopictus, …), que també són transmissors del virus de la febre groga i el virus del dengue. Aquests missatgers succionen sang d’un individu infectat i poden transmetre el virus amb la seva picada a un altre humà. Si no hi ha missatger no hi ha possibilitat de brot, i no tots els mosquits valen, només algunes espècies del gènere Aedes però també algunes espècies dels gèneres Culex, Mansonia, etc. A Europa, l’absència de vectors competents determinava que només es descrivissin casos importats (turistes que adquireixen la malaltia, s’infecten, en un país endèmic i la manifesten a la tornada del viatge) i que no hi hagués perill d’un brot epidèmic.

I amb el segle XXI, emergència.

L’any 2005, un brot de Chikungunya va causar estralls en diferents illes de l’Oceà Índic. Només a l’illa Reunió (possessió francesa a l’Índic) es van comptabilitzar més de 200.000 afectats i uns 200 morts. Els vectors van ser, principalment Aedes albopictus, Aedes aegypti i Anopheles gambiae.

Des de 2005 s’han reportat prop de 1,5 milions de casos de Chikungunya a l’Índia; en algunes zones concretes prop del 50% de la població està afectat.

El virus havia tornat, si és que es va anar alguna vegada, i sembla que ara per quedar-se. Però, alguna cosa havia canviat, subtilment. Ara, Chikungunya no només es transmet per mitjà d’Aedes aegypti com cap clàssicament, sinó que ha enrolat per la seva causa a Aedes albopictus (més conegut com mosquit tigre), un mosquit de mida petita però molt agressiu, d’hàbits diürns, molt lligat a punts d’aigua (petits recipients, bols, safates on s’acumula l’aigua de pluja o de reg) en llocs frescos i ombrívols per la vegetació circumdant. Aquest mosquit, com a conseqüència del canvi climàtic i de la globalització del comerç, ha desbordat la seva residència habitual (sud-est asiàtic) i s’ha introduït a Europa (el 1990 es detecta al nord i centre d’Itàlia, arribant a Roma el 1997; en Espanya es detecta el 2004, a Sant Cugat del Vallès, Catalunya; també ha estat descrit a França i Suïssa). Així doncs, el vector ja estava a Europa.

I en aquestes, en els mesos d’estiu del 2007, en un parell de poblets separats per un riu al nord d’Itàlia (Ravenna), prop de 200 persones van emmalaltir, i 11 van ser hospitalitzades, d’un brot epidèmic caracteritzat per un fort però curt estadi febril, exantemas i intens dolor articular que persistia encara en acabar la febre. El brot es va resoldre, autolimitar, en menys d’un mes. Ens sona? Sí, era Chikungunya amb la sorpresa que cap dels afectats s’havia desplaçat a cap país endèmic. En capturar mosquits tigre dins la zona afectada es va comprovar que albergaven el genoma del virus, per tant, actuaven de vectors. El binomi virus-vector s’havia establert, ni que fos una vegada, a Europa.

Aquests dos poblets han adquirit la dubtosa distinció d’albergar el primer brot epidèmic a Europa d’una malaltia fins ara només coneguda als tròpics. És una més de les conseqüències laterals i indesitjades de la globalització i l’escalfament global, i obre la porta a una possible entrada d’agents encara més perillosos com els causants del dengue, la febre groga o la febre de la vall del Rift ja que els vectors que permeten la seva propagació ja estan entre nosaltres.

I ara, a Catalunya ja tenim una petita col·lecció de casos importats diagnosticats de Chikungunya i també al nostre vector fermament instal·lat al Maresme i el Vallès. Els daus es van carregant …

Però, aquesta, aquesta ja és una altra història.

Comentaris virus-lents (7): En infeccions víriques, millor republicans?

El MERS coronavirus (o Middle East respiratory syndrome coronavirus) va trencant barreres i desmentint axiomes que semblaven certs fa uns pocs mesos. L’OMS segueix considerant que no sembla fàcilment transmissible entre humans de manera sostenible, la qual cosa permetria mantenir sota control.

No obstant això, en la segona meitat del passat mes de maig van emmalaltir quatre membres d’una mateixa família en una província sud-oriental d’Iran, una de les quals d’extrema gravetat. No es pot descartar, però, que les quatre persones haguessin estat exposades a una font comuna d’infecció, i no s’infectessin unes a les altres.

Han començat a aparèixer casos secundaris, també. Aquests casos són persones que s’infecten a partir del contacte amb una persona infectada, el que corrobora la transmissió persona-persona. El Centre de Control de Malalties (CDC, en anglès) va detectar a principis de maig la infecció amb MERS coronavirus d’una persona després d’haver estat en contacte amb un infectat, que havia retornat a finals d’abril d’Aràbia Saudita, ja infectat. El cas secundari no va requerir assistència mèdica i desenvolupar anticossos (va seroconvertir).

El que comença a estar clar és una de les fonts de la infecció. Així, un grup d’investigadors han establert (veure New England Journal Of Medicine (NEJM), http://www.nejm.org/doi/full/10.1056/NEJMoa1401505) un nexe entre un propietari de camells de 44 anys del sud-oest Aràbia Saudita, que va morir el novembre passat per la síndrome respiratòria de l’Orient Mitjà (MERS) i els camells: tant camells com a propietari estaven infectats amb el «mateix» virus; alguns camells es van infectar primer (mostraren congestió nasal i mucositat) i l’home va emmalaltir després de tractar amb un medicament el nas dels animals (suposa contacte estret, no ocasional), a la setmana d’emmalaltir dels animals, mostrant una simptomatologia semblant a la de un refredat. Hospitalitzat a principis de novembre, va morir dues setmanes més tard. Ja havia sospites fundades d’aquesta transmissió camell-humans però en aquest cas es va poder evidenciar de manera total i inequívoca. Això no exclou que hi hagi altres animals que també transmetin aquests coronavirus als éssers humans. A principis de juny l’OMS va assegurar que el nombre de persones infectades havia arribat a les 800, de les quals unes 300 han mort. La majoria dels casos es donen a l’Aràbia Saudita i països veïns, i quan s’han detectat casos en altres països, com els EUA, Canadà o ONG Kong sempre s’ha trobat un nexe en forma de viatger o turista a la primera zona esmentada. Em pregunto si no estarem incorrent en l’error de «Quan el savi assenyala la lluna, el neci mira el dit» i no caure en que podem estar davant d’una infecció amb un gran nombre de casos subclínics o infradiagnosticats, i agafar-nos a la idea, per ara certa, de l’esporàdica, per ineficient, transmissió entre humans.

Mentrestant el virus i els seus mecanismes de replicació i variabilitat poden trobar una nova combinació just abans d’un període de grans aglomeracions, com les festivitats religioses del Ramadà, a finals d’aquest juny, per estendre de forma marcada i intensa, com la majoria de les infeccions respiratòries.

Per cert, els camells sí que van aconseguir recuperar-se.

Però aquesta, aquesta és una altra història.

Comentaris virus-lents (6): Compte amb els gols en pròpia porta!!

Ara que ha començat la Copa del Món de Futbol convé fer-se ressò d’un estudi realitzat per la Universitat de Harvard (EUA) sobre les malalties més comunes que afecten els turistes que visiten aquest país. Per a aquest estudi retrospectiu es van utilitzar els informes de casos de 1,6 milions de persones que van emmalaltir després de viatjar al Brasil entre 1997 i 2011.

Les malalties més mediàtiques com la malària o el dengue (en tercer lloc) o les simptomatologies diarreiques (en segon lloc però amb agents causals molt diversos) no lideren la classificació. Són els problemes dèrmics els que més afecten, entre ells la bestiola del peu (bicho do pé, o Tunga penetrans però també anomenat noia, chigga, chigger, chigo, nigua, bec, piqui, piroque …), una puça de color marró vermellós que mesura 1 mm de longitud encara que la femella fecundada aconsegueix 1 cm, que habita en les sorres de les platges (preferentment humides i a l’ombra). Les femelles fecundades penetren en la pell dels peus (dits, plantes, interdigital i subunguial) sense requerir una ferida que li serveixi de portal d’entrada. Si això et passa tens una tungiasi, que porta a l’aparició de pàpules de 2-3 mm amb un punt negre central que ocasionen pruïja i dolors a la fricció o amb la pressió de la zona afectada, al punt que poden impedir caminar.

La principal font del bicho do pé són els excrements de gossos i gats, i en les zones rurals, els porcs. De fet, en alguns estudis amb aquells animals domèstics (Sao Paulo) es va trobar que el paràsit era present en el 90% dels mateixos. Un mostreig en una platja de Recife va permetre detectar presència de puces en un terç de les mostres de sorra analitzades.

Evidentment freqüència i gravetat dels efectes no van de la mà. Les picades de mosquits que poden transmetre dengue, malària i febre groga poden ser, són, més greus, a la llarga. A aquest trio se li ha unit ara Chikungunya, recentment arribat al Carib. Quatre de les seus de la Copa del Món (Cuiabá, Brasília, Belo Horizonte i Manaus) es troben en regions endèmiques de febre groga o malària. No obstant això, tant aquesta Copa del Món com els Jocs Olímpics de 2016 es celebraran a «hivern», quan la incidència d’aquestes malalties vectorials és més baixa.

L’estudi també reflecteix l’impacte per a la salut dels viatgers de pràctiques «voluntàries». No hi ha temporada «baixa» per a les pràctiques sexuals, no hi ha «hivern» o «estiu». Un de cada quatre turistes va declarar haver tingut sexe amb una «nova» parella durant el seu viatge, dos terços d’aquests van assegurar no haver fet servir preservatiu, segons un estudi de la Universitat d’Oxford. No està de més recordar que el VIH està molt estès, és endèmic en països com Brasil entre grups específics com els/les treballadors/es del sexe.

Del bicho do pé i dels mosquits portadors de dengue, malària, febre groga o Chikungunya podem protegir però sempre hi ha una contrapart (el mosquit, la puça, l’ambient …) que no controlem; per la malaltia de transmissió sexual el control, aparentment, és «tot» el nostre. Però aquesta, aquesta és una altra història.

Comentaris virus-lents (5): Ciència i Recursos humans, «Quiéreme, quiéreme muchoooo!»

Fa uns anys es va fer una enquesta entre líders d’equips científics (una visió de insider) en la que es demanava definició i exemples de lideratge efectiu i inefectiu, i del impacte del mateix en la recerca, però també que identifiquessin de quines habilitats es consideraven mancats. La enquesta, que no cercava una representativitat plena, va ser contestada per més de 200 persones i les preguntes a les que s’enfrontaren foren:

  • Descriure el millor exemple de lideratge científic viscut i perquè aquella persona era efectiva?
  • Descriure  el pitjor lideratge científic viscut i perquè aquella persona era inefectiva?
  • Quin és el problema típicament més difícil al que t’has tingut d’enfrontar?

 

El resultats foren relativament sorprenents (o no, segons com es miri). Les qualitat de compassió, educació i cura rebien molt millor valoració que la pura intel·ligència o la més alta capacitat tècnica. Fins i tot les habilitats de gestió o “management” (capacitat comunicativa, d’escoltar, de resolució de conflictes, de gestió de reunions…) eren més valorades que aquesta intel·ligència o capacitat científica. En poques paraules un bon cap Not only criticizes but also praises. (…) Very few people tell you when you’ve done something right”. En definitiva l’efectivitat del lideratge s’associava a un clima de treball positiu, una atmosfera que forçava a l’èxit científic a sorgir de forma natural. El resultat era una alta productivitat (en qualitat i/o quantitat).

Per contra el lideratge inefectiu rebia els qualificatius de mal educat, explotador i radicalment incapaç de manegar/gestionar els conflictes. Tot això potencialment generador d’una atmosfera poderosament negativa que desembocava o amplificava conflictes interpersonals afectant a la feina científica i els seus resultats.

Respecte els problemes o les mancances més difícils a la que tingueren d’enfrontar-se els líders o caps que contestaren l’enquesta, foren en ordre de importància: el procés de convertir-se en cap o líder de grup de recerca (mantenir el focus, balancejar adequadament gestió i ciència pura, i la delegació de funcions o responsabilitats); com afrontar i manegar els conflictes; com motivar a la gent i mantenir-la entusiasmada amb la seva feina; i finalment com comunicar-se adequadament, com donar un feedback no bel·ligerant.

 

La principal conclusió de l’estudi, segons els propis investigadors enquestats, era que com a científics no estaven preparats, no havien rebut formació, per liderar un grup de persones.

 

El procés de convertir-se en cap o líder de grup, o de programa era descrit com na lluita incansable per balancejar les activitats de impuls de la seva ciència i les activitats de gestió (o no científiques). La distribució de la feina entre els components de l’equip i el convèncer a la gent que han de canviar de recerca, o focus, sense que es prengui com una critica personal és un tema tan espinós com la manca de confiança a la hora de delegar que ells reconeixen, paral·lela a certa incapacitat de dir “NO” davant noves vies o propostes encara trobar-se davant escenaris de “too much work, too little time, to few hands”.

Motivar a la teva gent. Hi ha molts models; el de “Be cheerleader” de cadascun dels membres del teu equip, que pot ser vàlid fins a cert punt; el de “Massaging egos of scientists who require attention”, que probablement no et durà enlloc, o el més costós, en temps i capacitats, que seria el de lloar la feina ben feta en tot moment, donar suport,  entabanar i engrescar amb la feina, i ser font d’inspiració però també deixar-se inspirar pels altres. “Spending a lot of time in the lab, talking with individually about their work”.

Aquesta capacitat de motivació està íntimament lligada a haver desenvolupat la capacitat de retroalimentar discursos, donar feedback als altres d’una forma que no sigui considerat un atac personal, que els comentaris i suggeriments no semblin cercar la confrontació, perquè qualsevol discussió ens allunya del nostre focus i al nostre mon hi ha “too much work and too little time”. La capacitació en una comunicació efectiva és una habilitat bàsica, fundacional, a l’hora de gestionar conflictes i motivar la teva gent. Es resumia l’opinió general en un “who wants to manage science must be teached about non-science … psychology of people and their needs”, és a dir, per gestionar ciència s’han de saber abans de sociologia, de persones i de les seves necessitats.

 

Totes aquestes respostes tenen una sèrie d’implicacions. Encara que la carrera científica parla i no acaba del treball en equip i de la col·laboració interdisciplinària, l’entrenament acadèmic que ens porta a ser científics produeix “solo contributors”, professionals excel·lents de abast (o camp de experiència) estret, el progrés i les recompenses dels quals estan basades en assoliments individualistes. Es promou la autonomia i l’esforç solitari o individual. Durant la formació acadèmica, competències desprès molt importants como la capacitat de delegar, de resolució de conflictes, de motivar i comunicar adequadament decisions, no estan a la base, no són el “focus” ni són  resultats esperats o valorats.

La pobra gestió del capital humà de recerca porta a una ciència de baixa qualitat. Els investigadors afirmen que una gestió efectiva afavoreix alts outputs i que una d’inefectiva condueix a manca d’aquestos. Tanmateix, no n’hi ha prou amb la interacció binària entre cap de grup i investigador, ja que hi ha un munt d’elements de l’entorn no estrictament científic que juguen el seu paper: l’organització del treball, les polítiques de reclutament, el reconeixement de la performance, la política de recompenses i promocions, etc..

De l’estudi prospectiu es poden extraure una sèrie de conclusions. La necessitat d’incloure un entrenament de “habilitats socials” (obligatori o optatiu) en els graus i postgraus científics, o com a mínim proveir unes bàsiques habilitats de supervisió. Les direccions de centre o de instituts han de tenir clar que no tot supervisor d’ un petit equip pot convertir-se en un manager competent d’un grup més gran, un departament o un programa. Finalment, les capacitats de lideratge caldria que fossin posades a prova o avaluades regularment, com un element integral més de la formació continuada, que sí, també han de rebre els caps o directors.

Un apunt final. Encara que a l’enquesta no es preguntava per això, un nombre important de contestes citaven problemes d’igualtat de gènere (normalment associats a lideratge inefectiu), des de la més rampant discriminació fins a inigualtats molt més subtils, i  apuntaven que sense polítiques governamentals “the inherent masculine bias (that) dominates education and research on many levels and in many forms” no seria reduït significativament.

 

La conclusió final, el missatge per endur-se a casa es podria resumir en: “It is not longer enough to be excellent in (one’s) scientific discipline … A researcher leader needs to get work done with and through other people … Time, money, morale and quality of product are only a few of the elements that are at risk…”

I segur que molts de nosaltres ens hem enfrontat a bons exemples i a caps o líders dolents, ineficaços. I segur que hem sentit històries a companys de bones i males pràctiques.

 

Però aquesta, aquesta és una altra història.

 

Alice M. Sapienza. 2005. From the inside: scientists’ own experience of good (and bad) management. R&D Management 35, 5.

Comentaris virus-lents (4): Gestió de risc biològic-Avaluació

 

Què és un perill? Un perill és una font o un objecte que pot causar un mal. Però un perill no és un risc sinó dintre d’un context, situació o ambient concret. El risc és la probabilitat que es materialitzi un perill que té intrínsecament unes conseqüències concretes. El risc (R) és una funció de temps (associada a la probabilitat) i de la severitat (conseqüències) del perill. Finalment tenim les amenaces. Quina es la diferencia entre un perill i una amenaça? Que el perill no és antropogènic i l’amenaça sí, l’amenaça està associada sempre a un comportament humà que cerca causar un dany, un mal.

 

Resumint doncs,

R = f (P, C)      on P= Probabilitat i C= Conseqüències.

 

Aquesta fórmula es pot representar gràficament en forma d’una matriu.

Imagen

 

L’avaluació del risc (risk assessment en anglès) tracta de sospesar la probabilitat que es materialitzi un perill (i per tant analitza l’ambient en el que es desenvolupa l’activitat, els procediments emprats, el personal involucrat i la seva formació, la concentració del patogen i la seva manipulació, etc.) i la relaciona amb les seves potencials conseqüències (el que passa justament desprès de l’incident). Les conseqüències tenen més a veure amb característiques intrínseques del patogen i de la seva relació amb l’hoste i l’ambient (morbiditat, mortalitat, vies de transmissió, estabilitat de l’agent a condicions ambientals, rang de hostes o comunicabilitat, mesures de prevenció i tractament o profilaxis, afectació a la col·lectivitat i al medi ambient, etc.) Qualsevol canvi en la probabilitat (per millora dels procediments, millor formació del personal, etc.) modifica l’avaluació de risc prèvia, que també pot veure’s modificada si s’adopten mesures per reduir les seves potencials conseqüències. Aquest conjunt de mesures procedimentals, de formació, de barreres a la potencial infecció constitueixen el paquet de mesures de mitigació.

 

Una avaluació del risc biològic robusta permet que aquest sigui repetible i reproduïble, i facilita la presa de decisions respecte a les estratègies de mitigació.

 

Quin és el risc acceptable? En cada circumstància, activitat i fins i tot societat pot variar, i la variable del temps també compta. En funció de la tolerància cap l’activitat, o de la necessitat d’aquesta, la comunitat pot modificar les seves apreciacions del risc o de la relació risc-benefici fent que la mateixa avaluació de risc (que no incorpora consideracions socials, culturals, polítiques socials o ètiques) permeti en algun cas l’activitat i en altres la bloquegi fins que les mesures de mitigació estiguin en acció (veure figura). L’acceptació del risc depèn del propietari del risc; la societat pot ser adversa al risc o tolerant al mateix en funció dels objectius o de l’entorn cultural.

 

Deixem per properes entrades parlar de les altres dues potes de l’avaluació del risc: la mitigació i l’execució / implementació.

 

Perquè aquesta, aquesta és una altra història.

 

Comentaris viruslents (3): Científics i resilients a Espanya

Alguns, potser molts de fet, no es recordaran però hi havia un programa concurs molt famós quan hi havia una única televisió a Espanya on als concursats se’ls presentava com “Tal i tal, amics i residents a ….”. A Espanya, actualment, parlar de científics és parlar de “Tal i tal, científics i resilients a…, i parlar de ciència es parlar de resiliència.
Pels pocs que no ho sàpiguen encara la resiliència es defineix com la capacitat humana d’assumir amb flexibilitat situacions límits i sobreposar-se a elles. La definició original tenia una base mecànica ja que era la capacitat d’un material elàstic per absorbir i emmagatzemar energia de deformació.
I aquest Govern que tenim (l’estatal i en menor mesura el català perquè ha desplegat les seves eines de forma diferent) s’està esforçant de valent en trobar el punt de no retorn de la resiliència del sistema de ciència i innovació a Espanya. El punt en el que no recuperarem les potencialitats que teníem i que havíem demostrat. El punt en el que no podrem mantenir un nivell d’excel•lència en les nostres infraestructures científiques però tampoc en el nostre personal tècnic i científic que les omple i les dona significat, ja sigui perquè part d’ell cerqui noves oportunitats a l’exterior o bé perquè acabi desmotivant-se de forma irrecuperable.
L’atac és doble; una reducció salarial i la pèrdua de certs beneficis laborals o adquirits per conveni amb reducció i reconversió de dies d’assumptes propis i una molt més greu (que no té gaire paral•lelisme en altres sectors) perquè afecta a la base del sistema i al futur general del país que és l’endarreriment, escapçament, reducció i fins i tot anihilació de les convocatòries de plans o programes, personal investigador en formació, ajuts complementaris, sectorials…
Tanmateix la resiliència té a veure també amb l’autoestima pròpia i la del col•lectiu. Encara que està malament dir-ho i és malinterpretable (en ocasions amb raó) el col•lectiu d’investigadors acostuma a tenir una alta autoestima. Es considera altament capacitat i no s’enfonsa a la primera negativa, mal resultat o entrebanc. Però aquesta reserva d’autoestima també tindrà un límit perquè necessita alimentar-se amb nous reptes, nous desenvolupaments, nous resultats que únicament seran possibles mantenint el finançament de la recerca en un cert nivell. I sobre tot si els gestors no cauen de nou en un dels mals d’aquest estat, Espanya, l’estratègia d’igualar per baix, aplicant novament una metodologia de cafè per a tots.
En fi, que la desconeguda resiliència del sistema és la salsa en la que els idiotes confien mentre aboquen les seves mesures sobre la ciència per ocultar el sabor de la seva incompetència (aquesta frase és un préstec molt lliure del gran Tyrion Lannister).
Però aquesta, aquesta és una altra historia.

Comentaris virus-lents (2): Bioseguretat, bioprotecció i biocontenció no son sinòmins.

Seguretat, protecció i contenció no son paraules sinònimes; tampoc ho son bioseguretat, bioprotecció (biocustòdia diuen alguns) i biocontenció. 

La Bioseguretat està estretament lligada a l’establiment i execució de procediments o protocols per l’ús manipulació (entenent que es fa amb risc mínim ja que el risc zero es inabastable) de microorganismes patògens (de animals, plantes o ésser humans), i es pot considerar tancada a les 4 parets d’un centre de producció o institució de recerca. Per tant, les practiques i protocols de bioseguretat depenent de factors associats a l’agent microbià (la seva patogenicitat, rang d’hoste, estabilitat ambiental i via de transmissió, per exemple) i al grau i tipus d’activitat (volum i títol infecciós manipulat, si hi ha experimentació animal, etc.). La bioseguretat posa el seu focus en reduir les probabilitats d’exposició i de dispersió dels material biològics infecciosos i les possibles contramesures front el seu alliberament accidental. 

La biocointenció està, a la meva opinió, més properament relacionada als factors físics i constructius associats amb el disseny d’una instal·lació, i implica una participació activa de arquitectes, enginyers i equips constructius sota unes directius estrictes per part dels usuaris finals. La biocontenció és un assumpte altament tècnic i tecnològic (sistemes electrònics accés personal, calefacció, ventilació, estanquitat instal·lacions, filtració absoluta d’aire, tractament efluents i residus sòlids, sistemes de descontaminació, etc.) en el que hi ha pocs estàndards reconeguts. És un element crucial ja que el cost d’una instal·lació de biocontenció (nivell 3 bioseguretat) és de l’ordre de 2 a 4 vegades més alt que una instal·lació de nivell bioseguretat 2 (un laboratori microbiològic estàndard), i els seus costos operacionals seran del ordre de 4 a 8 vegades més alts. Qualsevol mesura estructural no ben presa al seu moment tindrà un impacte creixent al llarg del temps. 

Finalment, la bioprotecció (o la biocustòdia) està estretament lligada al reforçament de les mesures de protecció de la instal·lació amb la finalitat de prevenir les activitats externes, però també internes, de persones que vulguin comprometre la contenció de patògens. La bioprotecció s’ocupa de dissenyar i reforçar mesures per prevenir el robatori o ús il·lícit de material biològics perillosos, i oposar-se al seu alliberament deliberat. 

L’objectiu de la bioseguretat es reduir i minorar el risc biològic mentre la bioprotecció intenta prevenir la proliferació o descontrol dels agents que poden suposar un risc biològic. La primera és habitualment desenvolupada pel personal científic i tècnic, en alguns casos en càrrecs de gestió mentre la segona està sota el personal de gestió del centre i els poders públics. 

Cap d’aquestos conceptes és un concepte absolut. Mai podrem fer una instal·lació del tot biosegura, de risc zero, i amb biocontenció total. El risc zero no existeix, ni probablement existirà, en cap activitat humana; hem de treballar, però, per que aquest sigui el menys baix possible, per sota dels nostres límits de tolerància o acceptabilitat, sempre tenint al cap els potencials beneficis del treball amb aquests patògens per a tota la nostra societat.

Comentaris virus-lents (1) : Pandoravirus : la mida sí que importa !

Cada dia sabem més i entenem menys. Aquesta frase ve al cap quan un llegeix una mica sobre els Pandoravirus . Els virus ja no són, tots, aquest contagium vivum fluidum (fluid vivent contagiós) que deia el científic holandès Martinus Beijerinck en la seva primera descripció del virus del mosaic del tabac (finals del segle XIX) . Des de fa uns anys, i precisament per haver posat el focus en aquest tema (quants temes romanen en la foscor perquè no tenim diners per posar-los el focus!) , s’han vingut descrivint virus que desafien la nostra idea sobre la seva escala. Ja no són tan petits (20 a 200-300 nm, és a dir, menors a una deumil·lèsima de mil·límetre), s’ha esborrat la frontera amb els bacteris «clàssics» ja que els membres descrits del gènere Pandoravirus descrits fins ara tenen una mida de 1 micra i poden acumular més de 2500 gens.

Però anem per parts (com deia Jack l’ esbudellador). A principis dels 90 es van descriure uns ens, que infectaven amebes de vida lliure, Acanthamoeba , aïllades en l’aigua de torres de refrigeració, i que van ser assignats erròniament com bacteris gram positius ( Bradfordcoccus ) ; ningú podia imaginar que alguna cosa d’aquesta mida fora un virus. No va ser fins l’any 2003 que un grup d’investigadors francesos els van tombar del dret i del revés i el reescriviren / redescobriren com un virus (Mimivirus) , amb una mida de 400 nm , i projeccions filamentoses que li feien arribar a un diàmetre final mitjà de 600 nm. El genoma era enorme, per ser un virus, una doble cadena de DNA de 1 milió de parells de bases, amb prop de 1000 gens codificants ( molts d’ells únics, no presents en altres virus, o més rar encara, només presents en organismes cel·lulars). El 2011, un aïllat víric a partir d’aigua de mar a la costa xilena porta a la constitució del gènere Megavirus, un altre virus gegant amb més de 1100 gens. A Mimivirus li havia sortit competència de la seva mida. I aquest any (Science 2013) , dos nous titans han entrat en escena: Pandoravirus dulcis (aïllat en amebes en aigua «dolça» , és a dir aigua d’un llac a prop de Melbourne, Austràlia) i Pandoravirus salinus (trobat en el sediment marí davant a la costa xilena). Aquests virus té una grandària que arriba al micròmetre, i contenen un genoma de 2,5 milions de parells de bases (P. dulcis) o proper als 2 milions (P. salinus). Més de 2000 gens per virus i només un 6% d’ells amb paral·lelismes (homologies) en gens ja coneguts. Això complica molt situar-los en l’arbre evolutiu i ha portat a llançar la hipòtesi que ens trobem davant uns virus que infectarien una branca (o un tipus cel·lular, si es vol) de l’arbre de la vida ja extinta (o no aïllada encara). I no només al mar … Un article recent descriu l’aïllament de virus gegants a partir de la sang d’un voluntari sa, i rastres de la seva presència a quatre donants, tots ells sans, possiblement a l’aguait de les amebes que allotgem en el nostre cos. Tots aquests virus s’han deixat caure per ara en una mena de calaix de sastre d’ acrònim NCLVD (Nucleocytoplasmic large DNA viruses) per distingir-los dels virus «clàssics » la frontera de mida dels quals era als poxvirus, amb representants com el virus de la verola (190.000 parells de bases i una mida de 250-350 nm). Una conseqüència addicional d’aquests descobriments és el debat que s’ha obert sobre el rastre fòssil de la vida, el concepte LUCA (Last Universal Common Ancestor o Últim Ancestre Comú o Cel·lular Universal) i el paper jugat pels virus dins tot l’anterior. Em guardi ningú de suggerir el nom de Machotevirus pel proper aïllat de virus gegant que desafiarà antigues convencions o conviccions però aquest focus de ciència ens oferirà més sorpreses, de ben segur. Però aquesta, aquesta és una altra història.