comentarisviruslents

Aquest blog és una seguit de comentaris personals i probablement poc transferibles sobre ciència i política.

Comentaris virus-lents (18): Ebola-quatre pinzellades

El virus Ébola és el nom d’ un virus de la família Filoviridae i gènere Filovirus, nom que prové del riu Ébola (en la República Democràtica del Congo, antic Zaire), on va ser identificat per primera vegada al 1976 durant una epidèmia.

 

Aquest virus és el causant de la febre hemorràgica del Ébola, una malaltia infecciosa, altament contagiosa i d’efectes molt greus que afecta tant a animals como a éssers humans, una zoonosi.

 

Els virus Ébola i Marburg són les dues espècies tipus del gènere Filovirus, l’únic conegut en la família Filoviridae. Aquesta família té molts trets semblants a les famílies Paramyxoviridae (xarampió, galteres) y Rhabdoviridae (ràbia). El virus Ébola no presenta reacciones serològiques creuades amb el virus Marburg; sobreviure a un no genera immunitat vers l’altre.

 

Tant el virus Ébola como el virus de Marburg son pleomòrfics (de morfologia variable); els virions solen presentar formes filamentoses (d’aquí el descriptiu nom de «filovirus») que poden assolir grans llargaries (fins 10.000 nm, sí 10 micres, per sobre de molts bacteris) però tenen un diàmetre prou constant d’uns 80 nm.

 

El virió està constituït por un nucleoide proteic de forma tubular (20-30 nm de diàmetre) envoltat d’una càpsida helicoïdal (40-50 nm), i aquesta envoltada d’una membrana amb espícules a intervals regulars, l’embolcall viral, estructuralment integrada por una única glicoproteïna viral. Tot aquest sistema protegeix el genoma viral, una molècula única de ARN monocatenari lineal de polaritat negativa (19,1 kb) que té la informació codificada per set proteïnes estructurals que formen el virió, entre elles una ARN polimerasa.

 

Amb proves circumstancials, no concloents, es considera que els ratpenats frugívors, en particular Hypsignathus monstrosus, Epomops franqueti i Myonycteris torquata, són possibles hostes naturales del virus del Ebola en África; la distribució geogràfica dels Ebolavirus coincideix en bona mesura amb la dels esmentats ratpenats. El virus està actualment present en Àfrica sense “disseminació” a altres continents.

 

El virus es transmet per contacte directe amb líquids corporals infectats como la sang, la saliva, la suor, la orina o els vòmits. El període de incubació varia de 2 a 21 dies, encara que el més normal és de 5 a 12 dies. Els símptomes són variables; l’inici és sobtat, i caracteritzat per febre alta, postració, miàlgia o mal muscular greu, artràlgies, dolor abdominal i cefalea. En el decurs d’una setmana, el cos s’omple d’erupcions, freqüentment hemorràgiques. Les hemorràgies es presenten generalment al conducte gastrointestinal, fent que l’infectat es dessagni tant per la boca com pel recte. La taxa de mortalitat és alta, assolint el 90 % i els infectats generalment moren per xoc hemorràgic degut a la pèrdua de sang.

 

El Ébola-Zaire ha donat brots en diferents països africans el 1994, 1995, 1996, 2001, 2002, 2003, 2007, 2012 i l’actual del 2014 (que desenvoluparem en un proper post); aquest brots han afectat entre una vintena i vora 350 persones i les taxes de mortalitat han oscil•lat entre el 55 i el 90% dels infectats clínicament, amb una mitjana per sobre del 80%.

 

El Ébola-Sudán fou la segona soca classificada del virus, en 1976. Aparentment s’originà entre els treballadors d’una fàbrica de cotó a Nzara, Sudan, ja que el primer cas registrat fou un dels treballadors. Tanmateix un cop analitzada a fons la fàbrica i animals i insectes que en ella hi havia, no es trobà cap mostra que donés positiu al virus Ébola. El transmissor original, doncs, encara és desconegut. La epidèmia acabà causant 151 morts entre las 285 persones que resultaren infectades. Des d’aleshores ha aparegut del nou l’any 1976, 1979, 2000 i 2004 majoritàriament a Sudan i limítrofs (Uganda) amb brots afectant entre 17 i 425 persones, i mortalitats entre 41% i el 65%.

 

L’Ébola-Reston va aparèixer al novembre de 1989 en un grup de cent macacos (Macaca fascicularis) importats des de Filipines fins Reston (Virginia), EE.UU. Un carregament de macacos infectats fou també enviat a Filadelfia, EE. UU. unes setmanes després. Aquesta epidèmia fou altament letal en los macacos, però no causà cap mort entre els manipuladors o investigadors. Tanmateix, 6 dels manipuladors varen seroconvertir, donaren positiu a infecció vírica recents. Més micos infectats amb Ébola-Reston foren enviats de nou a Reston i Texas al febrer de 1990. També es detectaren al 1992 a Siena (Itàlia) i a Texas de nou al març de 1996. Cap humà fou infectat i desenvolupà malaltia en aquests últims brotes. El Govern de Filipines anuncià, al gener del 2009, la detecció de anticossos IgG front virus Ebola Reston (ERV) en cinc persones que podien haver estat en contacte amb porcs infectats, tots ells grangers o carnissers d’escorxador, al nord de la província de Luzón. Milers de porcs foren sacrificats per impedir la expansió d’una epidèmia del virus Ébola-Reston. Aquestos casos recents a Filipines representen la primera vegada que el Ebola Reston ha estat detectat a porcs, i també el primer cop que es sospita transmissió del virus des de porcs cap a éssers humans.

 

L’Ébola-Tai-Forest fou aïllat entre ximpanzés dels boscos de Thai a Costa de Marfil. El novembre de 1994, es trobaren els cadàvers de dos ximpanzés en aquest bosc. Las autòpsies mostraren que havia sang marró al cor dels dos ximpanzés, i que un de ells presentava els pulmons plens de sang. Els estudis histològics a partir d’aquests ximpanzés evidenciaren molts semblances amb la soca Ébola-Zaire que durant 1976 causà estralls a Zaire i Sudan. Una dels científics que feren las autòpsies dels ximpanzés infectats contragué Ébola; els símptomes inicials els mostrà a la setmana de les autòpsies; fou transportada a Suïssa per rebre tractament, i a les sis setmanes ja estava completament recuperada. Als boscos es trobaren, avançat l’any, més ximpanzés morts, i molts donaren positiu a les proves moleculars específiques d’Ébola. Es creu que l’origen del brot estaria en la carn d’alguns micos infectats de l’espècie Colobus vermells que els ximpanzés depreden.

 

L’Ébola Bundibugyo, causant d’una febre hemorràgica que infectà, com a poc, 127 persones i matà un mínim de 35, a la regió de Bundibugyo, a Uganda prop de la frontera amb la República Democràtica del Congo, a finals de l’any 2007.

 

El virus Ébola, como tots els “hot viruses”, no té cap cura i cap tractament específic. El tractament que es fa servir actualment és de suport, pal•liatiu, amb suport cardiopulmonar, tenint en compte l’estricte aïllament del pacient i la protecció davant el risc biològic pel personal mèdic implicat. Particular cura extrema cal tenir amb les secrecions del pacient ja que és una infecció molt contagiosa. En contra del que es cregué en un principi, s’ha demostrat que el sèrum obtingut a partir de la sang dels sobrevivent al virus no és efectiu en el tractament de la malaltia (veure entrada 13 d’aquest blog).

 

Pel que fa a la vacuna, se realitzen investigacions però aquestes són complicades per que el virus encara no és del tot conegut i perquè son molt pocs el laboratoris i el personal que poden treballar amb ell, ubicats a EE. UU. (CDC, Centers for Disease Control, i USAMRIID, United States Army Medical Research Institute for Infectious Diseases), Canadà, Rússia, França i Alemanya.

 

És de fàcil (i relativament econòmica) reproducció en laboratoris, molt contagiós, la mortalitat per Ébola pot arribar al 90 %, i el més rellevant de tot plegat és que no hi ha tractament específic. Tots aquestos factors el fan “ideal” com a arma biològica i casos de infecció laboratorial, en la seva manipulació per aquests fins, han estat descrits.

 

Però aquesta, aquesta és una altra història.

Comentaris virus-lents (17): Un cas «històric» d´Ébola a Europa.

El virus pren el seu nom de la ciutat alemanya de Marburg, on va ser aïllat el 1967, fa menys de 50 anys, després d’una epidèmia de febre hemorràgica que va estendre’s entre el personal de laboratori encarregat de cultius cel·lulars d’una factoria de Hoechstque havia treballat amb ronyons de micos verds ugandesos (Cercopithecus aethiops) importats feia poc, que van resultar estar infectats. En total van emmalaltir 31 persones. Dels 25 casos d’infecció entre el personal del laboratori, per contacte directe amb els micos, set d’ells van morir (taxa mortalitat 23%). Els altres casos van comprendre dos metges (infectats al punxar-se accidentalment amb les xeringues que van utilitzar per extreure sang a personal malalt del laboratori), una infermera, un ajudant d’autòpsies i l’esposa d’un metge veterinari. En tots aquests casos el contagi es va produir per contacte directe amb una persona infectada.

Entre 2004-2005 es va donar a Angola el que acabaria sent el major brot de febre hemorràgica de Marburg de la història. Es va originar a la província de Uige l’octubre de 2004. Després d’identificar l’últim cas confirmat en laboratori, el juliol de 2005, el Ministeri de Salut havia notificat un total 374 casos, incloses 329 defuncions (taxa de mortalitat del 88%) a tot el país. 368 casos (incloses 323 morts) es van notificar a la província de Uige. Tots els casos localitzats en altres províncies van ser relacionats directament amb aquest brot. La febre de Marburg és, doncs, una zoonosi, però de moment encara no s’ha identificat el dipòsit, el “reservori” del virus, tot i que s’han pres en consideració moltes espècies animals. Es sospita que el virus de Marburg pugui ser endèmic en moltes àrees de l’Àfrica Central, i que els ratpenats frugívors (menjadors de fruita) del vell mon (Rousettus aegyptiacus) estiguin involucrats en la seva transmissió, encara que no semblen emmalaltir quan son infectats.

¿Com és el virus Marburg? Aquest virus (abreujat MARV), que dona nom al gènere Marburgvirus, un Filovirus de la família Filoviridae, presenta l’estructura clàssica dels filovirus, amb una morfologia irregular (pleomòrfica), ja que té forma de bastonet de longitud variable entre els 800 i els 1400 nm i amb un diàmetre al voltant de 80 nm. De vegades poden també tenir forma circular, d’U o de 6. La nucleocàpsida presenta, al seu interior, una molècula d’ARN de polaritat negativa, i té una simetria helicoïdal. Tots aquests elements estan cobert per un embolcall lipídic que prové de la membrana de la cèl•lula hoste, de la qual surten projeccions (peplòmers) d’uns 7 nm entre les quals hi ha un espai de 10 nm. Aquestes projeccions tenen forma globular.
La transmissió inter-humana és la principal forma de contagi de la gent, com a conseqüència de contacte proper amb el malalt. En particular, el contagi es dóna a través dels líquids del cos: sang, saliva, vòmit, femta, orina i secrecions respiratòries. El pic de màxima infectivitat es dona durant les manifestacions més greus de la malaltia, juntament amb les manifestacions hemorràgiques. El virus també es pot transmetre a través d’instruments contaminats (fomites). És, per tant, molt important l’aïllament del pacient i l’ús de dispositius de protecció individual pel personal mèdic i sanitari.
El període d’incubació de la malaltia està al voltant de 3 a 9 dies, passats els quals apareix una cefalea frontal i temporal acompanyada de malestar general i miàlgies. És característica la febre alta (39-40 º C) que apareix ja des del primer dia de malaltia, a la qual segueix una forta i ràpida debilitació. Prop de la meitat dels malalts poden acusar conjuntivitis. Cap al tercer dia apareix diarrea aquosa amb dolor abdominal i rampes, nàusea i vòmit. La diarrea pot ser també greu i durar fins a una setmana. Els malalts cauen en la inexpressivitat, ulls enfonsats i també letargia i alteracions mentals.
Senyal característica és l’aparició d’un exantema màculo-papulós no pruriginós que apareix, en general des del cinquè dia, a rostre i coll i que successivament s’estén als membres. En el cinquè dia apareixen les manifestacions hemorràgiques. En general la mort esdevé per col•lapse cardiocirculatori a causa de sagnats múltiples. Es pot trobar sang en el vòmit i tenir sagnats de nas, de genives o de vagina. Un problema greu pot ser el sagnat abundant causat per la punció d’agulles. Passada la primera setmana, la febre comença a baixar per després reaparèixer als 12 o 14 dies de la primera manifestació. A la segona setmana poden aparèixer com a signes visibles edema facial o escrotal. Generalment la mort ocorre entre el vuitè o novè dia i el dia 16 per les hemorràgies contínues. Les taxes de mortalitat oscil•len entre el 23% i el 90% depenent del brot.

En cas que la persona sobrevisqui, la convalescència segueix durant 3 a 4 setmanes amb pèrdua del cabell, anorèxia i disturbis psicòtics. Als supervivents, a més, se’ls ha pogut aïllar el virus a la cambra anterior de l’ull (fins a 4-5 setmanes després de la malaltia) i en el líquid seminal (fins a la dotzena setmana); per tant, la transmissió per via sexual és possible durant unes quantes setmanes després de la manifestació clínica de la malaltia.

No hi ha teràpia específica. Cal recórrer a una teràpia de suport per controlar el volum hemàtic, el balanç electrolític i monitoritzar atentament la presència d’infeccions secundàries. S’han proposat teràpies a base de sèrum obtingut de subjectes curats o amb interferó, però no semblen adients. Tampoc sembla que antivirals como la ribavirina siguin efectius en blocar la replicació del virus de Marburg.

Un virus davant del que no tenim gaires armes més enllà del seu aïllament geogràfic, que evita moltes interaccions, fet aquest del tot circumstancial.

Però aquesta, aquesta és una altra historia.

Comentaris virus-lents (16): Norovirus i creuers «laxants»

Vòmits, diarrea i nàusees; en alguns casos mal de cap (cefalea), dolor muscular (miàlgia), febre i dolors abdominals. Així es trobarien en algun moment del suposat viatge de plaer centenars de passatgers del creuer que feia pocs dies havia salpat de port. El problema de seguretat és que aquesta afecció no delmaria no només a passatgers sinó que hauria arribat al pont de comandament afectant al seu pas a altres sectors crucials com cuines, servei d’habitacions, maquinistes, etc. Aquest escenari portaria al capità a conduir el vaixell de tornada a port no només pels riscos de manejar vaixell i passatgers amb una tripulació reduïda sinó per evitar complicacions de salut en un sector de passatgers habitual (tercera edat).
¿Ciència ficció? ¿Novela catastrofista? No, estem davant d’una manifestació típica dels norovirus o virus de Norwalk (anomenats així perquè van ser per primera vegada aïllats després d’un brot de gastroenteritis aguda en l’any 1968 en una escola primària a Norwalk, Ohio, Estats Units), que s’inclouen actualment dins la Família Caliciviridae.
La gastroenteritis causada per aquest virus cursa després d’un període d’incubació de 12 a 48 hores i la durada dels símptomes és de 2 a 3 dies. No es detecta sang ni moc a la femta. No és una afecció greu (excepte casos aïllats) i el tractament específic es basa en la reposició de líquids i electròlits en els casos greus, habitualment gent gran i lactants, que tenen més risc de deshidratació.
Aquest virus de mida petita, 28-37 nm, no embolcallat, es transmet amb gran facilitat a través dels aliments o aigües contaminades però també de superfícies o fomites (per exemple, les mateixes mans o les baranes o poms de portes) que contaminen com a conseqüència dels aerosols generats pels vòmits en qualsevol sala o habitació i per les esquitxades dels vàters en deixar caure l’aigua després d’un episodi de diarrea.
Respecte al tràfic total de creuers estem parlant de casos aïllats i hem de recordar que aquest virus causa estralls en altres exemples de sistemes tancats com escoles (13%), llars d’infants (23%), menjadors comunitaris o restaurants (36%), etc. a més del 10% que s’atribueix als centres vacacionals i creuers (CDC, Technical Fact Sheet, 2011). No obstant això, en tractar-se d’un virus de mida petita, no embolcallat, i bastant resistent als tractaments de desinfecció habituals (per exemple no és sensible a la desinfecció amb alcohols) quan genera un brot en un vaixell d’aquesta mida és difícil d’eradicar ja que pot persistir per temps perllongat sobre superfícies (passamans, poms, taules cadires, lavabos, etc.) que són tocades de forma més o menys habitual en aquesta i les següents travessies. Pensem en els quilòmetres i quilòmetres de passamans, i els milers de poms i lavabos de transatlàntics de 10 cobertes i més de 1000 cabines. A més, és un virus que s’excreta en grans quantitats durant la fase infecciosa (de l’ordre de 10exp9 virus per gram de femta, sí, estem parlant de 1.000.000.000 virus per gram) (Atmar et al., 2008), i que la dosi infecciosa descrita està entre 1 i 10, tot el més 100 virus.
Equips del Centre per al Control de Malalties (CDC) han anat prenent mostres dels excrements dels passatgers dels diferents brots i no ha detectat virus anormals, és a dir, no estem davant d’una evolució del virus cap a formes més patògens o perilloses.
La manera d’aturar la seva transmissió és el rentat exhaustiu i freqüent de les mans amb aigua i sabó després d’anar al lavabo i abans de menjar per interrompre la cadena de transmissió. Si un està afectat el millor és quedar voluntàriament aïllat a l’habitació o cabina (cosa d’altra banda convenient per tenir al lavabo com més a prop millor) fins a un mínim de 48 hores després de la finalització dels símptomes, si bé s’ha descrit que les persones afectades poden estar excretant virus infecciosos fins a vàries setmanes després de la resolució de la malaltia (Atmar et al., 2008).
I, ja és llàstima, ja, però la infecció no prevé de patir nous episodis. No quedarem vacunats, la immunitat és incompleta i temporal (Lindesmith et al., 2005).

Vaja, que a la farmaciola del viatge hauríem de portar una mica més a part de la Biodramina …

 

Però aquesta, aquesta és una altra historia.

Atmar, R.L., Opekun, A.R., Gilger, M.A., Estes, M.K., Crawford, S.E., Neill, F.H., y Graham, D.Y. 2008. Norwalk Virus Shedding after Experimental Human Infection. Emerg Infect Dis. 14(10): 1553–1557.
Lindesmith, L., Moe, C., Lependu, J., Frelinger, J.A., Treanor, J., Baric, R.S. (2005). Cellular and Humoral Immunity following Snow Mountain Virus Challenge. J. Virol. 79 (5): 2900–2909.

Comentaris virus-lents (15): Seguretat alimentària i virus (2), parelles de fet gastronòmiques

Com dèiem en una entrada prèvia, hi ha uns binomis virus-aliments que estan sòlidament establerts com més «arriscats» des del punt de vista de la seva capacitat (històricament registrada) per generar infeccions víriques alimentàries. Anem a desenvolupar-los en els propers paràgrafs:

• Norovirus i hepatitis A en mol·luscs bivalvs. Hi ha múltiples casos de transmissió de norovirus i hepatitis A després del consum de mol·luscs bivalvs. Aquesta associació directa del risc és d’escala mundial. Hi ha també una relació directa de la contaminació vírica d’aquest aliment i la contaminació amb aigües residuals de les aigües circumdants. Les aigües residuals actuen com un col·lector que agrupa múltiples descàrregues víriques de manera que els mol·luscs que capten virus de manera activa i indiscriminada, com a organismes filtradors que són, capaços de filtrar desenes de litres d’aigua per dia, poden ser vehicles de dues o més espècies víriques. Això porta a la possibilitat llunyana d’aparició de virus recombinants (impredictible i indesitjable) i la més propera de simptomatologia clíniques poc clares i més greus. Les infeccions per norovirus són relativament freqüents però causen una gastroenteritis habitualment lleugera. Les infeccions pel virus de l’hepatitis A són menys comuns però més greus, i encara pot empitjorar a mesura que la proporció d’individus immunes per vacunació va disminuint (fa molts anys que no es vacuna d’hepatitis A).

• Norovirus i hepatitis A en productes frescos. Brots ben documentats amb tendència a generar brots extensos (de vegades de dimensió supranacional), és el cas de brots de gastroenteritis deguts a fruites del bosc (maduixes, maduixetes, etc.) O cebes verdes contaminades. S’ha atribuït l’origen de la contaminació, encara que no de manera concloent, a la irrigació amb aigües polucionades, contaminades.

• Norovirus i hepatitis A en productes processats. Engloba la majoria dels casos registrats, a partir de manipulació d’aliments per persones infectades que a més incomplien habitualment els protocols higiènics. Qualsevol aliment processat manualment per una persona infectada i que després no sigui tractat, per exemple, per cocció o fregit, és una potencial font d’infecció. Els portadors asimptomàtics són un problema, però també aquells que pateixen simptomatologia clínica ja que s’ha descrit que un cop recuperats de l’episodi de diarrea segueixen excretant el virus per períodes variables de temps. Per això alguns postulen que els treballadors afectats no tornin fins com a mínim dos dies després de la remissió dels símptomes. La higiene del personal en aquest cas és clau: rentar-se les mans diverses vegades al dia, i no només després d’anar al lavabo, portar guants sol ús, etc. En algun estudi fins i tot s’ha correlacionat higiene de cuines amb taxa d’infecció (a menor higiene, major probabilitat d’infecció).

• Rotavirus en aigües utilitzades per a la preparació de menjars. Els rotavirus són la major causa de mortalitat infantil per gastroenteritis vírica (seguits per norovirus i astrovirus) al món i són responsables de la mort de més d’un milió de nens anualment, particularment en països del tercer món. La utilització d’aigües compromeses per a la reconstitució de llets en pols en aquests països s’ha postulat com una font probable de transmissió.

• Nous virus, en recursos alimentaris concrets. Estem davant el típic calaix de sastre que convé posar sempre. Casos inicials de transmissió de la SARS coronavirus entre la població s’assignaren a la ingestió o manipulació d’aliments (d’animals com la civeta, que possiblement el va adquirir dels ratpenats). El mateix es pot fer extensiu per al cas de la influença aviària H5N1 (consum de sang d’animals infectats en sopes, carn no prou cuinada, etc.) I de possibles nous patògens i tot per venir. El mercat alimentari global, amb molts aliments generats en països sense els procediments de seguretat alimentària adequats, un transport en condicions òptimes que pot permetre la persistència dels patògens; certs canvis d’hàbits alimentaris sectorials que advoquen pel consum d’aliments crus o escassament cuinats o demanden una «quota d’exotisme» al plat, canvis a nivell de la producció primària (granges) ja sigui per la seva intensificació o per decantar-se pel model free range, i el tan portat però evident canvi climàtic amb el desplaçament subsegüent vectors i malalties van a empènyer o col·laborar en canvis de tendència de les malalties transmeses per aliments i possiblement els nous binomis cauran en aquest calaix.

En vista del que s’exposa anteriorment, davant les infeccions transmeses per aliments conegudes des de fa dècades però també les més recents i inesperades, i considerant que el mercat alimentari s’ha fet global, el desenvolupament de vies o mecanismes per controlar les malalties virals alimentàries hauria de ser una prioritat. Una prioritat més, evidentment.

 

Però aquesta, aquesta és una altra història.

Comentaris virus-lents (14): Seguretat alimentària i virus

La Organització Mundial de la Salut (OMS) xifra en vora 2 milions les persones que moren per malalties diarreiques (2005), com a conseqüència de la ingesta d’aliments o aigües contaminades. I aquest problema no és exclusiu de països pobres o àrees deprimides, encara que en aquests la mortalitat, sobre tot infantil, és força elevada. Més de 300.000 hospitalitzacions i 5000 morts s’atribueixen a aquesta causa als EEUU (1999). La gastroenteritis és motiu de 3,7 milions de visites al metge a l’any als Estats Units (2010) i 3 milions de visites a França (2010). Als EEUU es creu que la gastroenteritis té un cost global de 23.000 milions de dòlars l’any.
Actualment, el control de qualitat microbiològic dels aliments descansa sobre la detecció de la presència i quantificació de bacteris coliforms, que van ser considerats com a indicadors de contaminació fecal ja fa algunes dècades. Tanmateix, des de fa bastants anys se sap que aquest criteri (estar lliure de bacteris coliforms), que evidentment ha contribuït molt a la millora de la seguretat alimentària en general, no és suficient per protegir enfront infeccions víriques des de aliments. Així per aliments concrets (per exemple, mol•luscs bivals, fruits del bosc, enciams, cebes i similars, etc.), que havien passat tots els controls microbiològics reglamentaris, i al nivell de venda al detall o centres de restauració colectius, s’han detectat puntualment càrregues importants de virus patogènics per humans.

Les característiques fonamentals dels virus pel que fa a la seva transmissió en aliments son:
• Els virus no poden multiplicar-se en el menjar. Els virus necessiten cèl·lules metabòlicament actives per replicar. Com la majoria dels virus transmesos per aliments son estrictament patògens humans (perdonem-nos aquí el biaix antropocèntric), la seva presència en els aliments és un reflex d’una contaminació fecal prèvia i d’una ulterior persistència del virus però no de la seva multiplicació. La necessària persistència fora del hoste, i el fet que per infectar-lo s’hagi de travessar ambients força desagradables (com serien el nostre estomac i una fracció de l’intestí, a pH molt baixos i plens d’enzims digestius i sals biliars), fa que la majoria dels virus implicats siguin virus no embolcallats amb forta estabilitat enfront la dessecació, enzims, productes químics agressius, etc.
• La majoria dels virus transmesos per aliments son molt infecciosos, es propaguen ràpidament entre individus. Per la majoria dels virus de transmissió alimentària, unes poques partícules infeccioses (10-100) poden determinar una infecció, i per cada persona infectada es poden alliberar de l’ordre de 10 a 100 milions de partícules per gram de femta (com en el cas dels norovirus). Aquesta és la raó per la que si els primers casos de la transmissió alimentària no son detectats ràpidament, el brot por semblar un brot de transmissió persona-persona, ja que hi ha moltes vegades una forta incidència de casos secundaris, no atribuïble al aliment com a causa primigènia. Conseqüentment hi ha una subestimació clara de les infeccions pròpiament alimentaries.
• No hi ha un sistemàtic pla de vigilància per malalties víriques transmeses per aliments. Alguns estudis apunten que únicament un 1% (o menys) dels casos d’infeccions víriques per aliments son efectivament registrats en els sistemes de vigilància nacionals. Si recordem que pels icebergs únicament 1/10 part es mostra i 9/10 parts estan submergides, pel cas de les infeccions alimentàries les estimacions apunten que 99 de cada 100 infeccions no son reportades o registrades (estan, doncs, submergides). Tinguem en compte que els virus que poden fer servir els aliments com a via de transmissió s’engloben en 11 famílies víriques diferents, que recullen tota la diversitat vírica (virus de ADN, virus de ARN, amb embolcall, sense embolcall, “petits” de l’ordre de 25 nm o “grans” de l’ordre de 150 a 200 nm) i que determinen moltes simptomatologies clíniques diferents (gastroenteritis amb vòmits i diarrea, dolors abdominals, icterícia, meningitis, erupcions, …) algunes de les quals es poden confondre amb infeccions no alimentàries.

Aquests tres factors determinen una problemàtica complexa que necessita més recerca i alhora bastir processos que garanteixin aliments segurs des d’el seu origen i, alternativa o complementàriament, tractaments que assegurin que en cas hipotètic de presència d’aquests virus, el tractament pugui eliminar llurs infectivitats.

Aquesta problemàtica és particularment punyent i necessitada de solucions en uns quants binomis virus-aliments, que seran objecte d’un altre entrada.

Però aquesta, aquesta és una altra historia.

Comentaris virus-lents (13): Una de cinema versió “gore-hemorragic”

La epidèmia de Ébola que aquests últims mesos està afectant a diversos països de l’ Àfrica occidental, i a la que dedicarem una pròxima entrada, m’ha fet anar a la videoteca a revisar una pel·lícula que en el seu moment m’impactà, de això fa ja quasi 20 anys.

Es tracta de la pel·lícula Outbreak (se estrenà com Estallido a Catalunya, versió en castellà) amb protagonisme de Dustin Hoffman, Rene Russo, Kevin Spacey i Cuba Gooding Jr, tots ells viròlegs amb diferents tarannàs, un dolent bo (Morgan Freeman) que sembla complir ordres sense qüestionar-les  i un dolent-dolent (Donald Sutherland), que vol complir-les independentment de consideracions morals o del sacrifici de vides humanes.

La pel·lícula va de la introducció d’un virus hemorràgic (equivalent al Ébola, aquí soca Motaba) a EEUU com a conseqüència de la introducció d’animals de forma il·legal, que no han passat els controls veterinaris corresponents. Aquest és un del elements que ha portat la globalització, la possibilitat que moltes malalties (prou d’elles zoonotiques) recloses a indrets recondits del mon puguin donar salts continentals degut a la pressió humana sobre aquests indrets i la facilitat de viatjar actual. Les discussions a la pel·lícula entre els científics, que pertanyen a diferents instituts (USAMRIID i CDC, altre cop el binomi militar-civil), sobre la via d’entrada del virus, els mecanismes de transmissió i les possibles mesures de quarantena per evitar la seva propagació son raonablement versemblants.

Treballant com treballo en un centre de alta seguretat biològica tota la part dels nivells de bioseguretat m’interessa força. El tractament que li dona la pel·lícula és acceptable (es podrien haver equivocat molt més!!). Tanmateix als laboratoris “reals” d’alta seguretat (nivells 3 i 4) mai es podrien obrir portes directes a l’exterior (com es fa aquí), ni treure’ns els equips de protecció (particularment respiratòria) abans de sortir de la zona de treball biocontinguda. Per altra banda les indumentàries de nivell de Bioseguretat 4, en aquest cas granotes grogues pressuritzades (pressió positiva), tenen un aspecte de ninot Michelin que aquí no es veu; si es trenques o hi hagués un forat l’aire escaparia cap a fora de forma continua evitant l’entrada d’agents de transmissió aerògena.

Sorprèn també que una persona intubada infectada al llit d’un hospital pugui parlar, ja que els tubs passen a través de les seves cordes bucals. També xoca que els investigadors intentin trobar un virus a la sang mirant aquesta per un microscopi òptic; o que ja el puguin estar mirant al microscopi electrònic a les hores d’haver-lo descobert.

On al guionista se li va anar la mà, però, va ser en els dos següents punts. El virus Motaba és una soca que provoca hemorràgies extremadament evidents i ràpides, amb patiment extrem (2-3 dies) i amb una mortalitat del 100%. Un es pregunta, una mica maquiavèl·licament, si no seria millor aïllar el poble i esperar que tothom es morís si el problema s’autolimita  si mateix en 48-72 hores. Les soques de virus Ebola més mortals estan en una mitjana del 50-60% (l’actual, si fem els càlculs a partir de les xifres oficials està en el 56% a data finals juny), amb un període d’incubació molt més llarg (entre 2 dies i 3 setmanes, habitualment entre 1 i 2 setmanes) i una fase clínica que dura bastant dies fins resolució positiva o mort.

La consecució de l’antídot em fa pensar ja en una ingesta massiva d’alcohol i psicotròpics pel guionista. Ens trobem davant una carrera contrarellotge per robar un petit mono caputxí (que mira per on ells fan africà quan únicament viuen a Sud-Amèrica)  del que saben portador de virus però que com no ha mort vol dir que ha trobat la manera de neutralitzar-lo (anticossos, potser?). Aquí la versemblança es perd ja totalment sobre tot quan capturen el mico, de la mida d’un gat si fa no fa, li treuen sang sense matar-lo (difícil perquè s’arriba a veure el volum extret en una bossa i no crec el mico tingues tanta sang “total”) i en el temps increïble de ¿unes hores? poden purificar prou els anticossos com per injectar-los a la protagonista femenina (Rene Russo) a punt de morir de la infecció però ¡¡també a tots els habitants del poble infectat!! (un parell de milers com a mínim). I tot això acceptant que en “una situació crítica, solucions expeditives” perquè se sap que els micos tenen entre altres virus el SIV (sí, el HIV en versió primat) i no es parla que facin cap prova per verificar la seva absència. A la vida real un equips de viròlegs i immunòlegs es passarien setmanes o mesos caracteritzant el virus, desenvolupant kits diagnòstics i generant un antídot per a la seva distribució.

I que dir que centenars de persones a les portes de la mort, amb hemorràgies internes, sembla que generalitzades, es recuperin “en hores” després de prendre l’antídot.

Però vaig disfrutar, sí senyor, altre cop! Se n’han fet de molt pitjors. Algun dia caldrà entrar en discutir aquestes altres.

 

Però aquesta, aquesta és una altra història.

Comentaris virus-lents (12): Poliovirus carioca, o com un aïllament no fa epidemia.

Aquest 18 de juny, Brasil ha informat de l’aïllament de poliovirus salvatge de tipus 1 (WPV1) a partir de mostres d’aigües residuals recollides al març de 2014 l’aeroport de Viracopos, a l’Estat de São Paulo. Al repetir els anàlisis al mateix lloc i indrets propers aquesta ha donat negativa, i solament ha donat positiu per a les soques Sabin o enterovirus no polio. L’escenari es completa amb cap notificació de poliomielitis paralítica (o paràlisis flàccida aguda, PFA) i que no hi ha evidència de transmissió de poliovirus salvatge tipus 1. De fet el continent americà està lliure de la transmissió autòctona de poliovirus salvatge des de 1991 i Brasil des de 1989. Les mostres recollides a través de la vigilància del medi ambient en aquest zona i altres llocs al Brasil des de 1994, han estat sempre negatives a la presència de poliovirus.

Les aigües residual son un bon lloc per cercar virus entèrics de transmissió fecal oral, i poliovirus n’és un representat típic. Es normal aïllar poliovirus vacunals després de campanyes de vacunació amb la vacuna Sabin (Oral Polio Vaccine (OPV)) ja que s’excreten en les femtes com els virus salvatges. En alguns estudis (mireu Deshpande et al., 2003) es poden aïllar dels dos tipus, vacunal i salvatge, a les mateixes mostres.

L’estudi de la seqüència del genoma del aïllat indica una alta homologia (semblança) amb una soca de poliovirus salvatge tipus 1 recentment aïllada d’un cas de poliomielitis a Guinea Equatorial. Una investigació epidemiològica addicional està en curs per esbrinar com ha pogut saltar l’oceà aquesta soca vírica. Tanmateix, l’Organització Mundial de la Salut (OMS) avalua com probable exportacions futures de poliovirus salvatges des de Guinea Equatorial degut a: l’actual brot, no tancat encara; la baixa cobertura d’immunització sistemàtica a nivell nacional, i la qualitat desigual de les campanyes de vacunació com a resposta als brots inicials. Tanmateix aquest poliovirus potser ha fet un llarg viatge per no res. La cobertura de vacunació contra la poliomielitis en l’Estat de São Paulo i Campinas municipi és superior al 95% en el programa rutinari de vacunació. L’ultima administració de OPV  es va dur a terme el juny de 2013. La campanya d’aquest any està prevista al novembre de 2014, amb grup objectiu els nens de 6 mesos a menys de 5 anys d’edat. Donats els alts nivells d’immunitat de la població indicada per l’alta cobertura d’immunització sistemàtica i l’execució de campanyes de vacunació periòdiques a la zona, la OMS considera mot baix el risc d’una propagació internacional d’aquest virus tenint com a base Brasil.

Una cosa mol diferent fora si aquest poliovirus hagués caigut en mig d’una població susceptible no vacunada ja que el virus podria haver persistit per setmanes, si no mesos al medi ambient esperant la seva oportunitat. Els virus de transmissió fecal-oral, i poliovirus ho és, han desenvolupat una particular resistència a factors ambientals (pH, temperatura, salinitat, agents químics, etc.) per retenir la seva infectivitat per més temps. Així s’ha descrit que els poliovirus retenen la seva infectivitat fins a 90 dies en terres o sorres, més de 300 dies en aigües molt netes, durant setmanes sobre teixits de cotó i llana, més d’una setmana sobre aliments frescos contaminats en condicions de refrigeració, (per més detalls consultar Sobsey and Meschke, 2003), etc.  Aquests poliovirus aïllats el mes de març poden no estar encara “morts” però no tenen cap possibilitat.

En el mon dels virus, però, sempre hi ha escletxes.

 

Però aquesta, aquesta és una altra història.

 

 

  • Deshpande, JM., Shetty, SJ., and Siddiqui, ZA. 2003. Environmental surveillance system to track wild poliovirus transmission. Appl. Environ. Microbiol. 69,2919-2927.
  •  Sobsey, MD., and Meschke, JS. 2003. Virus survival in the environment with special attention to survival in sewage droplets and other environmental media of fecal or respiratory origin. Draft – August 21, 2003. WHO virus survival Report

Comentaris virus-lents (11): Poliovirus eradicat al 2020?, Un altre important HORIZON

No abandonarà fàcilment. La poliomielitis, causada pel virus de la polio, poliovirus, es resisteix a desaparèixer. S’havia previst la seva eradicació per a l’any 2000 (acord de l’OMS, 1988, quan es registraven més de 300.000 casos anuals amb 2000 casos de paràlisi permanent en 125 països) però durant  l’any passat es van registrar 405 casos, un registre pitjor que el del 2012, amb 223 casos. Aquesta hauria estat la segona eradicació d’un patogen i la seva malaltia de la Terra, després de la verola que es va donar per eradicada el 1980 (als 4 anys de l’últim cas).

Hi ha continents sencers lliures de poliomielitis però el virus encara persisteix de forma endèmica en tres països: Pakistan i Afganistan (països limítrofs, Àsia Central) i Nigèria (a Àfrica). No obstant això aquest mateix 2013 es van registrar casos de poliomielitis a 10 països com Somàlia, Israel, Iraq, Síria, Camerun, etc.

Clarament un «hot spot» fora però prop d’una zona endèmica, Àsia Central, és el constituït per Israel, Síria, l’Iraq. El virus salvatge vessa de les zones endèmiques i s’exporta a si mateix a zones pròximes on si la vacunació no s’ha efectuat de forma efectiva podria tornar a establir-se en la població infantil. I el seu establiment permetria noves exportacions a partir d’aquestes noves «bases». És també el cas de Somàlia i de Kenya; al nord-oest de Kenya està el camp de refugiats més gran del món, a Dadaab, on es troben més de 65.000 nens menors de 5 anys, la majoria procedents de Somàlia, que fugen del conflicte però que potencialment poden ser portadors del virus.

El problema, com quasi sempre, no són les eines sinó l’actitud i activitat humana. Hi ha una vacuna molt eficaç i fàcil d’administrar, la vacuna atenuada de Sabin, administrada per via oral, abreujada com OPV (Oral Polio Vaccine), dolça per fer-la atractiva als nens … És una eina potent que ha demostrat sobradament la seva utilitat, i té més de 60 anys.

Fem un petit incís. De vacunes de la pòlio hi ha realment 2. La vacuna de Salk, o vacuna de virus inactivats, etiquetada com IPV (Inactivated Polio Vaccine) la primera descoberta, fa més de 60 anys, que s’administra per via intramuscular i que és la de referència en molts països desenvolupats com els EUA, la Gran Bretanya, Espanya en els quals no hi ha poliovirus circulants des de fa dècades. Només confereix protecció, i no de per vida, als individus vacunats. Uns anys després es va autoritzar la vacuna Sabin, de virus atenuats, que es replica de forma eficient en l’intestí, recordem que la poliomielitis és una malaltia de transmissió fecal-oral, però no pot replicar eficientment al teixit del sistema nerviós. La via d’administració oral (un parell de gotes) confereix la principal avantatge a aquesta vacuna respecte a l’alternativa de virus inactivats, ja que en vacunar els individus per via oral s’emula la infecció natural per poliovirus. El virus atenuat provinent de la vacuna es replica i genera una resposta immunològica a nivell intestinal. La via d’administració de la vacuna Sabin permet també generar també una «immunitat de ramat» o immunitat poblacional. Els individus vacunats excreten virus vius atenuats en la seva femta (recordeu, transmissió fecal-oral) durant alguns dies després de la immunització. La família i els contactes propers que no estiguin immunitzats però que s’exposin a aquest virus vacunal poden desenvolupar immunitat per contacte fecal-oral amb l’individu vacunat. Res és perfecte, però. Això pot ser contraproduent en el cas de pacients immunodeficients. Existeixen, a més, el risc de fenòmens de reversió de l’estat d’atenuació, activació del poliovirus i la seva replicació en l’organisme, fet aquest greu en individus immunològicament competents, però molt greu per a individus sense una resposta immunològica que freni la infecció. Aquesta és la vacuna de referència en zones endèmiques tot i tenir requeriments estrictes quant al seu transport i emmagatzematge, tot un problema en regions de temperatures altes o en zones aïllades, ja que ha de transportar i mantenir-se a una temperatura d’entre 2 i 8°C.

Tenim dues eines, doncs, a fer servir en diferents ambients i poblacions. No obstant això, els conflictes armats (i els seus corol·laris: destrucció infraestructures sanitàries, manca de professionals mèdics, proveïment de medicines), el moviment massiu de refugiats i les condicions de nul·la salubritat en què aquests viuen moltes vegades, i les repercussions (assassinats inclosos sobre equips de vacunació) d’una concepció anti-vacunació (perquè pot causar esterilitat?) i d’una actitud hostil d’autoritats moltes vegades no reconegudes i líders tribals (en algun cas «justificat» per l’ús d’equips de vacunació com “tapadores” per activitats d’espionatge occidental) fan que es generin bosses de nens no vacunats en zones en conflicte dins les quals pot tornar a sorgir la poliomielitis. I si un nen té polio, tots els altres al voltant corren el risc de contraure la malaltia. Somàlia i Síria que es consideraven pacificades s’estan perdent (hi ha cada vegada més casos) com a conseqüència dels conflictes armats que no només promouen l’ascens de la poliomielitis sinó també d’hepatitis A, febre tifoide (malalties ambdues de transmissió fecal oral), xarampió , etc. Encara que l’OMS i MSF despleguen equips a Turquia, Líban i Jordània per donar suport i subministrar material als metges dins de la zona de conflicte, l’única medicina i estratègia real que acabarà amb l’amenaça del ressorgiment de la poliomielitis seria no barrejar la salut de la població (sobretot en zones en conflicte) amb les estratègies geo-polítiques i de domini econòmic.

I en aquestes, fa uns dies, s’ha trobat poliovirus en aigües residuals a Brasil.

Però aquesta, aquesta és una altra història.

Comentaris virus-lents (10): El virus Expòsit? No, «Sin Nombre».

Habitualment, a l’hora de posar una nom a una forma de vida, i els virus ho son, es pot recórrer a diverses vies: la malaltia que generen (el virus de la immunodeficiència humana, virus de la febre groga), el nom d’investigador (o investigadors) que l’aïllaren pel primer cop (per ex. Epstein-Barr) i el lloc geogràfic d’on sortí la mostra o l’individu primer diagnosticat (per ex. Virus de la febre de la vall del Rift, virus del Nilo Occidental, o virus Nàpols o virus Marburg). A ningú li agrada, però, que el racó on viu, la seva regió, o població quedi lligat a una malaltia, ja no diguem si és  greu o mortal.

Un clar exemple, resolt amb certa sorna, va succeir l’any 1993 a Nou Mèxic, en una àrea coneguda com a “Four Corners”, no gaire lluny del Gran Canyó del Colorado. Els països joves tenen fronteres marcades amb regla i als “Four Corners” conflueixen 4 estats (Arizona, Colorado, Nuevo México, i Utah). Allà, al 1993, es va alertar d’un brot epidèmic d’una síndrome pulmonar caracteritzada per febre, tos, mal de cap, letargia, falta d’alè, evolucionant ràpidament cap un edema pulmonar, mai descrit fins aquell moment. De fet, tenint en compte els símptomes inicials alguns la van anomenar la Navajo flu, la grip dels Navajos. Al poc temps s’identificà l’agent causal, un membre de la família Hantavirus, que com d’altres del mateix gènere te com a hoste natural un rosegador, en aquest cas, el Peromiscus maniculatus (o ratolí cérvol, deer mouse en anglès), que havia assolit un pic de superpoblació per la zona. El brot acabà amb 24 afectats, més de la meitat de la nació Navajo, i 12 morts (un 50% de letalitat!!). Arribat l’hora d’etiquetar al virus se li va dir “Four Corners”. Però aquí es començà a embolicar la troca; els indis navajos (que amb els Hopi, Ute i Zune tenen allà Reserves) no acceptaren la denominació i els empresaris turístics, els hi feren costat interessadament. Es cercà una segon alternativa “Muerto canyon”, un indret proper al lloc del primer aïllament del virus, pe`ro encara era massa “conegut”. Finalment, un funcionari, no sabem si resseguint el mapa amb un dit cercant alguna sortida, o potser travessat amb una rara clarividència humorística, va trobar a la regió un petit llogaret que rebia el nom de “Sin nombre” (tal com sona, sí), des de l’ època de la dominació espanyola. Aquest nom sí aconseguí una ràpida unanimitat.

I així fou com el primer Hantavirus aïllat al continent americà, provocant una patologia respiratòria desconeguda, el Hantavirus Pulmonary Syndrome (HPS), passà a anomenar-se virus Sin Nombre (o “Sin Nombre virus” en anglès). Aquest Hantavirus inaugurà l’estirpe de Hantavirus americans que generen unes malalties amb simptomatologies i desenllaços força diferents a les dels seus germans europeus.

Però aquesta, aquesta és una altra historia.

 

Font parcial: Tenorio, A. et al. (2009) Virus con denominación de origen; sin nombre, Nápoles, West Nile. Enferm. Infecc. Microbiol. Clin. 27:308-312.

Comentaris virus-lents (9): Allò que la «normalitat» amaga

Potser ningú de vosaltres ha sentit a parlar del Tersicoccus phoenicis. De fet molt poca gent es pot dir que l’hagi vist o l’hagi tingut a les mans. No és un petit mamífer que viu en una aïllada selva o desert, ni un bacteri o alga trobada en ambients naturals molt, molt particulars, lluny de tota petjada humana.

És un bacteri que únicament s’ha aïllat dos cops a la Terra. Els dos cops, a més, en ambients mot semblants, dues sales netes que fan servir la NASA (National Aeronautics and Space Administration) i la ESA (European Space Agency) per l’assemblatge dels seus enginys espaials, i que estan sotmeses a una estricta i rígida neteja i desinfecció (desinfecció química, irradiació ultravioleta, etc.). Intrigant a més que ambdues sales estiguin separades per més de 4000 km, una a Florida i l’altre a la Guaiana Francesa.

El bacteri, un membre de la família Micrococcaceae, és un bacteri amb una forma aproximadament esfèrica, de 1 micra (0,001 mm) de diàmetre, aeròbic, Gram-positiu, que no forma espores. Això fa més sorprenent encara, ja que l’espora bacteriana és una forma per persistir condiciones ambientals molt adverses, l’aïllament del bacteri en aquests ambients tan controlats. Se li accepta la capacitat de persistir en ambients amb molts pocs nutrients i per això se li ha donat l’etiqueta d’extremofil, que comparteix amb altres bacteris que persisteixen i creixen en condicions gairebé abiotiques. D’aquest bacteri tenim únicament dues soques o variants ja que únicament s’ha aïllat a dos llocs.

El seu origen és indubtablement terrestre. Segons algunes opinions, aquestes sales haurien exercit una mena de “selecció positiva” cap aquest bacteri en termes de persistència i habilitat per mantenir-se viu sens gairebé nutrients. Per altre banda seria un bacteri poc comú que quedaria sempre “tapat” per altres bacteris numèricament més importants o metabòlicament més actius, que el desplaçaren en tots els intents fets per aïllar-lo en altres condicions.

Això sí, s’ha estudiat i seqüenciat el seu material genètic perquè si alguna vegada alguna forma de vida (bacteriana o vírica, per suposat) arribes a la terra dins d’un enginy espaial, poguessin descartar que no haguéssim estat nosaltres qui l’haguéssim llençat a l’espai per desprès recuperar-lo.

De la mateixa manera, per evitar contaminar nosaltres altres cossos estel·lars o planetes, s’ha fet servir aquest bacteri com a control per millorar els mecanismes i mètodes d’esterilització d’aquest ambients tan controlats.

La vida, en tota les seves formes, eucariota però sobre tot procariota, no entén de controls, però.

Però aquesta, aquesta és una altra historia.