comentarisviruslents

Aquest blog és una seguit de comentaris personals i probablement poc transferibles sobre ciència i política.

Comentaris viruslents (127): Qüestió de probabilitats; el mur marca el camí.

A continuació us extracto un fragment del llibre La grandeza de la vida de Stephen Jay Gould de Ed. CRITICA (1996).

“No hay mejor ilustración… que el paradigma conocido como “la marcha el borracho”. Un hombre sale tambaleándose de un bar, completamente bebido. Se detiene en la acera, con la pared del bar a un lado y la calzada al otro. Si llega a la calzada caerá… y la secuencia terminará. Digamos que la acera mide unos 9 metros de ancho y que, en su vacilante caminar, nuestro beodo da tumbos de un lado a otro, de una amplitud media de 1,5 metros…En aras de la simplicidad -dado que se trata de un modelo abstracto, no de a vida real- diremos que el borracho se tambalea a lo largo de una única línea, ya sea hacia la pared o hacia la calzada, pero que no se desplaza…paralelamente a la pared y a la calzada.

¿Dónde dará el beodo con sus huesos si lo libramos por completo al azar y permitimos que de bandazos en tiempo suficiente? Acabará en la calzada todas y cada una de las veces, y ello por la siguiente razón: cada bandazo tomará una de las dos direcciones con una probabilidad del 50 por 100. La pared del bar, en un costado, constituye u limite reflectante”. Si el borracho llega a la pared, simplemente se quedará ahí hasta que el siguiente bandazo lo empuje en dirección contraria. Dicho de otro modo, no queda más que una dirección de movimiento posible para un avance continuo: hacia la calzada. Podemos incluso calcular el tiempo promedio que se requiere para que el beodo dé con su anatomía en la calle…Caer en la calzada siguiendo una trayectoria ininterrumpida a partir de la pared es tan probable como obtener seis caras sucesivas (una probabilidad sobre 64) – seis bandazos de 1,5 metros cada uno permiten recorrer los 9 metros y llegar a la calzada. Iníciese el movimiento en cualquier otra posición y las probabilidades cambian con arreglo a la misma lógica. Por ejemplo, cuando el borracho se encuentra en el centro de la acera, a 4,5 metros de la pared, tres bandazos en una misma dirección (una probabilidad sobre ocho para una trayectoria en sentido único) le llevaran la calzada. Cada bandazo es independiente del resto…

Traigo a colación este viejo ejemplo para ilustrar un único pero importante aspecto: en un sistema de movimiento lineal, limitado estructuralmente por un muro en uno de sus extremos, el desplazamiento aleatorio, desprovisto de cualquier dirección preferente, alejará de forma inevitable la posición promedio de un punto de partida contiguo al muro”.

I fins aquí la cita.

Un llibre, com molt d’altres que m’he portat a Alcúdia, a Mallorca, per llegir o rellegir. Particularment, els llibres sobre evolució de Stephen Jay Gould em van robar el cor fa anys. L’enunciat teòric resumit vindria a ser: en un sistema en moviment…limitat estructuralment per un mur en un dels seus extrems, el desplaçament aleatori (ja no parlo del dirigit), desproveït de tota direcció preferent, allunyarà de forma inevitable la posició de l’objecte del mur o d’un punt proper a ell.

I ara substituïu “mur” per Constitució o Espanya, i les tirades o bandazos com a lleis, accions de menyspreu a llengua o cultura catalana, espoli fiscal, etc., tot fruit d’un molt mal entès igualitarisme i absència de meritocràcia. El borratxo, sí, ho sento, seria Catalunya, el poble català o una bona part d’ell. Rellegiu l’exemple. L’exemple funciona prou bé, no?. Indefectiblement l’individu, Catalunya acabarà a l’extrem de la vorera, al carrer, que representa la independència. Si el mur, la Constitució o Espanya en genèric, hagués tingut portes i algunes de les mesures, lleis o contexts (LOMCE, autonomia universitària, justícia, espoli econòmic, inversions en infraestructures, etc.) no s’haguessin pres, la situació (o la seva intensitat) no seria probablement l’actual. Però el que mostra l’exemple és que sense portes que un vulgui travessar (perquè li resultin atractives), davant d’un mur, indefectiblement Catalunya acabarà a la vorera perquè un estat com Espanya mai acceptarà la diferència de bon grat; sí acceptarà una diferència folklòrica, que no molesti, però no una que interpel·li directament a l’Estat espanyol, mostrant-li les seves febleses i parracs, com és Catalunya. No hi ha portes (no hi haurà portes) i les decisions presses des de Madrid (tant per PP com pel PsoE, per acció i omissió, i aquí el Psc és tan culpable com els abans citats) ens han portat a molts, però molts a l’extrem de la vorera. La pregunta és, volem donar el pas? Jo, particularment, sí.

Però aquesta, aquesta és una altra història.

Comentaris virus-lents (126): OMS i Ebola; reinventar-se o trobar-se la següent … pedra.

Les crítiques a la resposta de l’OMS (Organització Mundial de la Salut) per l’oest d’Àfrica crisi Ébola ha generat la redacció d’un informe, publicat el 7 de juliol, per part d’un grup de sis experts que ha proposat diverses accions, fins un total de 21, per “restaurar” el bon nom de l’organisme, que segons ells és incapaç «d’oferir una resposta completa de emergència en salut pública» contra una epidèmia greu i salvaguardar el seu paper “preeminent com el guardià de la salut pública mundial«.

El panell va ser encarregat per la pròpia directora general, Margaret Chan, en resposta a les crítiques a la gestió de la resposta a la epidèmia d’Ebola per part de l’OMS. El panell, aquí demostra la seva independència, corrobora moltes de les crítiques. La principal, el retard temporal «injustificable» en la declaració oficial del brot com una «emergència de salut pública d’importància internacional«, que es va produir 5 mesos després de l’inici de l’epidèmia. L’OMS però diu que aquest retard no va afectar les seves operacions.

El panell també dispara contra els països desenvolupats membres de la’OMS. Moltes prohibicions de viatge aplicades durant l’epidèmia es feren sense l’autorització de l’OMS, contravenint amb això les International Health Regulations (IHR) o Reglaments Sanitari Internacionals (RSI) i «provocant conseqüències polítiques, econòmiques i socials negatives per als països afectats«. La crítica més contundent va procedir de Metges sense Fronteres (MSF), de les primeres organitzacions en tenir equips en el terreny al març de 2014. En un informe de MSF (març 2015), es diu que, en aquella època «Els funcionaris de l’OMS ens titllaren d’alarmistes«, quan deien que l’epidèmia estava fora de control.

De l’informe podem destacar quatre recomanacions:

  • els països han de rebre incentius per complir amb les IHR i sancions, si escau, quan es burlen o fugen d’elles,
  • s’ha de constituir un centre nou de l’OMS per a Emergency Preparedness and Response,
  • creació d’un fons de contingència, dotat amb 100 milions de dòlars per finançar exclusivament respostes a brots, sense dependre de finançament “ad hoc”, habitualment “a posteriori”,
  • disseny o creació d’un disparador intermedi, una mena d’alerta a la comunitat mèdica mundial davant una crisi de salut abans que sigui una emergència.

També el panell demana l’enfortiment de mecanismes de resposta d’emergència ja existents com Global Outbreak Alert and Response Network (GOARN), o Alerta Brot Global i Xarxa de Resposta (GOARN), una xarxa prou àgil i sostenible d’epidemiòlegs, especialistes en logística, i altres experts en matèria de suport dels estats membres de l’OMS, que entra immediatament en acció per prevenir que els brots esdevinguin en emergències sanitàries d’abast internacional i que ha demostrat fer bona feina i ser efectiva en anteriors brots d’Ébola i en l’epidèmia de SARS de 2003. Fins i tot, potenciar el GOARN amb més mitjans i personal, amb un grup assessor extern addicional, podria evitar la necessitat del nou centre de resposta d’emergència proposat pel panell.

El quid de tot això serà, però, com es traduiran aquestes recomanacions en una acció “real” sobre el terreny. El disparador intermedi a més ha de tenir un doble efecte, cap enfora per gestionar la percepció del risc a països tercers però també cap endins implicant a les comunitats afectades, i cobrint les seves necessitats d’informació i formació.

Hi ha una cert sensació que l’OMS té una estructura no afinada o ajustada als seus objectius i no està gens clar que els seus estats membres tinguin voluntat de canviar-la per fer-la més eficaç. Per tant, si no executen les recomanacions en una situació com l’actual, on l’epidèmia d’Ebola ha posat de manifest les mancances i debilitats estructurals (excés de burocràcia, capacitat de resposta lenta) de la OMS, i la gent està conscienciada que calen fer canvis, mai ho faran.

Tanmateix i com a conclusió de l’informe, amb de 20 a 30 casos que ocorren cada setmana, l’ Ébola a l’Àfrica occidental no ha acabat ni molt menys i l’amenaça persistirà per mesos, si és que no esdevé fins a cert punt “crònica” (veure entrada 123).

Perquè un ha de ser prou humil com per reconèixer que mai es fa tot bé; de fet que moltes vegades no es fa prou bé, en tots els camps; i en el de la resposta a crisis sanitàries, amb tantes derivades i gestionant un ens amb certa autonomia com és un brot epidèmic, més encara.

Però aquesta, aquesta és una altra història.

Comentaris virus-lents (125): IRTA-CReSA dins la RELAB; …Umm, que és la RELAB?

La nota breu seria; IRTA-CReSA ha estat admès, s’ha incorporat a la RELAB.

Umm, us preguntaríeu, i què es la RELAB?

Potser convé llavors una mica d’introducció al tema…

bioterrorism signal

Un estat ha d’estar preparat, entre altres coses, per fer front a una amenaça de caire biològic, ja sigui purament natural o induïda per l’esser humà, el que venim a anomenar bioterrorisme.

L’aproximació de tancar fronteres en el cas dels patògens no té cap utilitat; els patògens no en coneixen i en el cas d’un acte de bioterrorisme no és útil perquè el problema ja s’ha desfermat. A més prous agents biològics susceptibles de transformar-se en una arma són relativament de fàcil d’adquirir o produir (propagar); són resistents a factors ambientals; poden tenir un poder altament incapacitant temporalment o permanentment (a les persones, als animals, a les collites), són contagiosos (efecte multiplicatiu) i suposen un baix risc pels terroristes (poden estar lluny de la zona quan es notin els efectes).

Actualment les actuacions es basen més en:

  • Sistemes de ràpida alerta
  • Plans de contingència (o el què faríem si…?)
  • Reserves de subministres o contramesures essencials
  • Sistemes de comunicació ràpida entre xarxes especialitzades

I pel que fa a una amenaça biològica cal:

  • Identificar l’amenaça (normalment lligat a la virulència del patogen, la seva via de transmissió i la quantitat alliberada)
  • Establir estratègies de reducció del risc (contenció del patogen, quarantena de zones i/o persones)
  • Quantificar el risc residual i establir decisions en funció d’un risc acceptable (recordem el risc “0” no existeix i després d’una amenaça biològica menys encara).
  • Fer un seguiment per avaluar si s’ha gestionat degudament el risc.

És evident que un estat present o un estat futur ha de preveure, fins on pugui, aquestes crisis, que mai seran del tot controlables, per apaivagar efectes i conseqüències (per poder contestar SÍ o NO a preguntes i escenaris prèviament plantejats); en poques paraules per no crear una segona crisi dintre o després de la crisi inicial.

Yes No disjuntive ID-10094976

Aquest és l’objectiu de la RELAB, que dins l’actual marc polític fou aprovada el febrer de 2009. La RELAB és la Red de Laboratorios de Alerta Biológica. En la RELAB es troben incorporades una sèrie d’àrees; salut pública; sanitat animal; sanitat alimentària; sanitat ambiental i sanitat vegetal. La finalitat de la RELAB és la de compartir i integrar coneixements i capacitats de centres i laboratoris tant en situacions de normalitat com de crisi, obtenint la màxima eficiència dels recursos disponibles per reforçar les defenses sanitàries front una potencial emissió deliberada d’agents biològics. No menys important, coordinar informacions i comunicacions derivades de les actuacions quan es participa en la resposta a l’emergència (aquí entra el concepte de intentar no generar una segona crisi després de l’esclat de la primera). Finalment la connexió de la RELAB amb altres xarxes d’alertes biològiques de la UE i de la OTAN és necessària per una adequada transmissió de dades i protocols.

Davant d’una amenaça biològica cal per un costat una ràpida detecció de la contaminació i una posterior descontaminació de la zona o espais afectats; secundàriament (des d’el punt de vista temporal, que no d’importància) tractament dels afectats i control de la malaltia (quarantena, per exemple). En una situació de pau, IRTA-CReSA formaria part d’aquest sistema de protecció que ajudaria a la ràpida detecció de la contaminació (amb el seu potencial de diagnòstic i les seves instal·lacions que garantirien una segura manipulació de l’agent biològic perillós) i podria col·laborar en la descontaminació amb la seva experiència en aquest camp; evidentment el tractament dels malalts quedaria per altres nòduls de la RELAB.

Igitur qui desiderat pacem, praeparet bellum, que podríem traduir per “qui desitgés la pau, caldria que es preparés per a la guerra”. S’ha fet molt d’abús d’aquesta frase, però, certament, no podem donar una resposta a segons quines amenaces si no tenim estructures organitzades, i alguns supòsits o mecanismes d’actuació no han estat pensants per avançat. O és que pensaríem en com tenir un cos de bombers quan les flames llepessin les parets de casa nostra?

Però aquesta, aquesta és una altra història.

Comentaris virus-lents (124): Unes segones lectures del MERS a Corea; MERS a la baixa.

Aquest brot a la República de Corea, que va començar amb la introducció de la infecció MERS-CoV al país per un sol viatger infectat, es va amplificar per unes rondes secundàries d’infeccions als hospitals i el moviment dels casos infectats dins i entre els hospitals. Això és un fet ja provat i en certa manera ha pres el relleu de Arabia Saudi en la circulació mondial del virus (veure Figura 1).

a-weekly-republic-of-korea-china-other-countries-saudi-arabia2015-07-03Figura 1

La darrera setmana s’ha actualitzat la gràfica de casos nous i vells i com es mostra a la corba epidèmica (veure Figura 2), el nombre de nous casos que ocorren cada dia sembla estar disminuint clarament. Aquesta disminució ha coincidit amb un seguiment molt més estricte i intens dels contactes, i dels procediments de vigilància i quarantena, el que suggereix que les mesures de lluita contra la malaltia estan funcionant. Aquestes mesures també s’han vist facilitades per l’increment en la potència i la rapidesa del sistema de testatge o anàlisi de les mostres. No obstant això, es necessitaran diverses setmanes per confirmar l’impacte de les mesures i si el brot està totalment controlat.

a-daily-epicurve-republic-of-korea-china-cases-deaths2015-07-03

Figura 2

Diversos factors semblen haver contribuït a la difusió inicial d’aquest virus.

  • L’aparició de MERS-CoV a Corea era inesperada i els símptomes no van ser correctament llegits per la majoria dels metges. A més recordem que la simptomatologia inicial es pot confondre amb altres malalties i que el focus del MERS CoV estava localitzat a milers de kilòmetres.
  • Les mesures de prevenció i control d’infeccions als hospitals no eren òptimes.
  • Les sales d’emergència estaven extremadament abarrotades; les habitacions amb diversos llits han pogut contribuir significativament a la infecció nosocomial en alguns hospitals.
  • La pràctica de la cerca d’atenció en diversos centres mèdics («doctor shopping«) bastant comú en aquest país (cercar la millor atenció al menor cost) pot haver estat un factor contribuent.
  • El costum de tenir molts amics i membres de la família que acompanyin o visitin els pacients pot haver contribuït a la propagació secundària de la infecció entre els contactes.

El ràpid augment del nombre de casos ha donat lloc a moltes especulacions sobre si pot haver-hi nous factors que contribueixen a la transmissió. Sense descartar-ho és massa aviat per treure conclusions definitives en aquest moment, però:

  • No hi ha cap evidència forta en l’actualitat per suggerir que el virus hagi mutat en el sentit de fer aquest virus més transmissible.
  • Fins al moment, el patró epidemiològic d’aquest brot sembla similar als brots de  MERS-CoV associats a hospitals (infeccions nosocomials) que han ocorregut ja a l’Orient Mitjà. No es pot determinar, però tampoc excloure, si la contaminació del medi ambient, o de superfícies com les fomites, una ventilació inadequada (per exemple recirculació d’aire entre zones), o altres factors han tingut un paper en la transmissió del virus en aquest brot.

Ara per ara i a la llum de les dades la transmissió comunitària de MERS-CoV a la República de Corea, en el sentit de ser self sustainable, que es mantingui per si sola fora dels hospitals, és molt reduïda o nul·la, però cal esmerçar-se en al vigilància.

Perquè mentre els virus va fer rondes de replicació tot és possible.

Però aquesta, aquesta és una altra història.

Comentaris virus-lents (123): Libèria: Ebola en el carrusel de la cronicitat.

Gairebé 2 mesos després de ser declarat lliure d’Ebola i 3 mesos després del seu últim cas, Libèria van reportar fa uns dies un nou cas que involucrà un jove de 17 anys d’edat, que va emmalaltir el 21 de juny, i va morir el 28 de juny. La infecció no se li va detectar fins a la seva mort.

L’últim cas a Libèria fins aquest darrer va ser una dona que vivia al voltants de Monròvia, que morí el 28 de març. Es creu que va contraure la malaltia per contacte sexual amb una supervivent de l’Ébola. Els científics saben que després que els pacients es recuperen, el virus Ébola pot persistir molt més temps en el semen i en òrgans amb una immunitat particular com els ulls.

En certa manera és la crònica d’una historia anunciada. Libèria era el país de la triada (Guinea, Serra Lleona i la mateixa Libèria) que s’havia esborrat de la llista de països amb Ebola circulant (el dia 9 de maig després de transcorreguts dos períodes complerts d’incubació, 21 i 21 dies, sense nous casos) però comparteix centenars de kilòmetres de fronteres amb dos països amb Ebola; el virus no coneixen fronteres. A més les últimes setmanes les restriccions de circulació través de la frontera s’havien relaxat, per tant la probabilitat de transferència d’un compartiment, país, a un altre, havien augmentat.

És preocupant, però, que aquest darrer (o primer d’una nova onada) cas a Libèria s’hagi produït en una part del país que no està a prop de la frontera amb els dos països afectats, a la província de Margibi, en un poble “remot” al sud-est de la capital, Monròvia, i projecta ombres sobre d’on va venir el virus i per què no es va detectar fins que el jove va morir.

Addicionalment el fet que la detecció fora post-mortem ha implicat haver de traçar tots els contactes (familiars) del jove, ja que el pacient no va ser aïllat ni tractat en vida i l’etapa final de la infecció, prèvia a la mort, és la més perillosa des d’el punt de vita de la transmissibilitat. Fins ara sembla que n’hi ha 27 persones en aquesta llista de contactes; dues llars s’ha  posat en quarantena i se’ls envia menjar per evitar que surtin de les mateixes. El que sí es sap és que el jove es va enterrar seguint un protocol segur d’enterrament.

Els avenços en la reducció de casos a Guinea i Sierra Leone s’ha estancat en les darreres setmanes, amb una mitjana de 20 a 27 casos per setmana. Encara s’estan veient infeccions en persones que no estan a les llistes de contactes d’infectats previs i d’altres que moren en entorns comunitaris (per tant for d’hospitals o instal·lacions d’aïllament), dos marcadors que mostren que el virus no està sota control.

bleachbucketchallenge-629x413

Veníem d’un escenari molt pitjor, però. Guinea, de setembre a desembre del 2014, tingué un pic continuat de casos Ebola amb 100-200 casos setmanals, per després veure aplanar-se aquesta incidència i des de fa setmanes (des d’abril) trobar-se per sota dels 20 casos setmanals, les darrers setmanes fins i tot a un nivell d’un 10-15 casos setmanals.

A Sierra Lleona tot fou molt més abrupte; d’agost a novembre del 2014 la incidència va  pujar un pendent molt empinat passant de 100 casos setmanals a més de 500. El mes de novembre va ser particularment dur perquè en dues setmanes es va estar a prop d’arribar als 600 casos setmanals. Des d’aleshores la davallada també ha estat forta, 250 casos a començaments de gener, una vuitantena a començaments de febrer, i des de finals de març un degoteig constant de 5, 10 no més de 15 casos setmanals.

La Missió de les Nacions Unides per l’Ébola (UNMEER) ha dit que Libèria té la capacitat de contenir el nou cas, però segueix sent vulnerable fins a casos en tots els països de la regió arriben a zero. De fet això és cert, per Libèria i pels altres dos països, però…

Jo recordo la hipòtesi que vaig plantejar en altres entrades prèvies, i en piulades (els que em seguiu per Twitter) i és que Ebola esdevingui una malaltia crònica en aquestes àrees. No crònica com una hepatitis, o com la gota, si no com una infecció que un cop estesa (recordem que portem més de 27.500 casos amb més de 11.200 morts) tindrà una circulació de baixa intensitat (amb brots puntuals) durant mesos o anys. A tal efecte recordem les paraules de Christopher Martin, director adjunt d’operacions del CICR, Comitè Internacional de la Creu Roja, fetes a finals del 2014 a l’agència Efe, «Hi ha una tendència clara a cantar victòria massa ràpid i un risc d’entrar en una situació de cursi crònica, sense centenars de morts a la setmana o al mes, però amb brots que sorgirien a la perifèria de les ciutats i d’altres regions«. Factors que “ajudaran”…un sistemes sanitaris que no poden controlar quarantenes ni abastar tots els casos de llogarets, ni que els sistemes estiguessin indemnes; una recança de persones amb símptomes d’anar als centres sanitaris (recordem que els símptomes de la malària i altres malalties febrils són molt semblant a l’Ebola als estadis inicials, de resultes pots tenir malària i quedar en quarantena en un lloc amb malalts d’Ebola); un període d’incubació amb la durada del qual no tothom està d’acord (veure entrada 60, https://comentarisviruslents.org/2014/10/22/comentaris-virus-lents-60-ebola-21-dies-i-no-no-es-una-pel%E2%80%A2licula/); una possible transmissió secundària a través de semen i mucoses de infectats ja curats (el que diuen les anàlisi és que el virus Ebola es pot mantenir a semen fins els 60 dies però no diu que no pugui mantenir-se més temps, dependrà de cada individu i de la mida de la mostra analitzada); una baixa acceptació de les barreres físiques com els preservatius per aturar aquesta ruta de transmissió entre la població, etc.

Prenguem-nos aquest cas com un cop a les consciències, res està guanyat i tot es pot perdre si no mantenim l’esforç.

Però aquesta, aquesta és una altra història.

Per tenir més dades, aquell amb curiositat o temps: http://apps.who.int/ebola/ebola-situation-reports

Comentaris virus-lents (122): IRTA-CReSA una estructura capital cada cop més internacional.

El Global Virus Network ha acceptat a IRTA-CReSA, Centre de Recerca en Sanitat Animal com a centre de ple dret, centre d’excel·lència, a la seva xarxa de centres i institucions capdavanteres a nivell mundial en l’àmbit de la virologia.

GVN black-logo

La incorporació de CReSA, un centre molt jove, de fet el més jove que s’ha integrat al Global Virus Network, es deu a la seva consideració com a líder internacional en la recerca en sanitat animal i de les seves implicacions en la salut humana. GVN considera que les instal·lacions de nivell de bioseguretat 3 de CReSA, a l’avantguarda en solucions tècniques i procedimentals, juntament amb l’equip humà, amb grups de recerca multidiciplinar que cobreixen des de la ciència bàsica a la ciència més aplicada, faculten a CReSA per estar dins d’aquesta selecta xarxa. Més quan aquests grups cobreixen camps diversos com la epidemiologia, el desenvolupament de vacunes i eines diagnòstiques, sobre, entre altres, malalties zoonotiques notificables (de declaració obligatòria) como el West Nile virus, Rift Valley Fever virus, la influença aviar altament patògena i darrerament, el MERS coronavirus; altres d’exclusivament humans, com Chikungunya, i d’altres exclusivament animals, com el virus de la Llengua Blava, el virus Schmallenberg, el PRRSV, el virus de la síndrome respiratòria i reproductora porcina, el circovirus porcí de tipus 2 o la influença porcina; i un coneixement profund i pràctic de com manegar temes o problemàtiques de bioseguretat, biocontenció envers patògens en alguns casos prou letals.

El GVN es creà el 2011, per una iniciativa d’uns pocs centres de recerca i investigadors, animats per la creença de l’existència d’una necessitat de enfortir les xarxes globals envers les malalties virals. L’esperit de la iniciativa era lligar, apropar, centres de recerca excel·lents que treballessin amb virus que afecten als éssers humans per potenciar les col·laboracions i proveir amb una educació puntera a la propera generació de viròlegs, allà on es trobessin. Els viròlegs mèdics, els metges que es dediquen a la virologia comprenen cada cop més l’enormitat de l’amenaça (sovint mortal) en la que ens posen els virus existents, els que emergeixen i els que reemergeixen, i veuen el GVN com una eina que apropa la virologia animal, les malalties zoonotiques, i la relaciona amb la virologia mèdica humana. En 4 anys, 34 centres d’excel·lència en 24 països han estat admesos. CReSA acompanya des de fa uns mesos al Robert Koch Institute, al Karolinska Intitute; al Pirbright Institute, a la Fundació Osvaldo Cruz, la John Hopkins School, el Craig Venter Institute, The Scripps Research Institute, la University of Texas Medical Branch-Galveston, però també centres a la India, Japó, etc. No estan tots els que calen, potser; però tampoc estan tots els que han picat a la porta perquè els requisits d’admissió són alts.

Una iniciativa que de segur millorarà els nostres coneixements teòrics però també pràctics sobre les malalties virals zoonotiques emergents o re-emergents. Perquè cal estar preparat per allò inesperat, que a la virologia és el pa de cada dia.

Però aquesta, aquesta és una altra història.

Comentaris virus-lents (120): Esser humans i virus, un continu Zipi i ZAPI.

Les relacions esser humà i virus són complicades com són complicades totes les relacions entre hostes i paràsits. A més són unes relacions que han durat desenes, centenes de milers d’anys en una carrera continua d’atacs i defenses, ardits i contramesures. El contacte de l’ésser humà amb un nou virus, o un virus prou modificat (mutat) com per ser vist pel nostre organisme com un virus nou, determina un període d’uns quants anys en els que l’espècie humana és altament susceptible (en altres paraules, per segons quins virus, pot ser letal) fins que es restableix l’equilibri inestable hoste-paràsit (molts vegades amb la col·laboració de vacunes, anticossos neutralitzants o antívirics). És evident que si s’aconsegueix reduir el temps (que es xifra en 10-15 anys) des de que es començà el disseny d’una vacuna davant un nou virus fins que aquesta esta à disposició de la població aquest “equilibri forçat” arribaria abans.

El projecte ZAPI, de “Zoonoses Anticipation and Preparedness Initiative” és un projecte europeu gran en objectius i finançament (5 anys amb uns costos estimats de més de 12 milions d’euros pels que es demana un finançament per sobre dels 9,5 milions).  Aquest projecte cerca reduir el màxim possible el termini de temps des de que es desferma una emergència, una necessitat, per exemple, la disponibilitat d’anticossos neutralitzants (recordeu els tractaments que reberen les primeres persones a EEUU i Espanya infectades per Ebola als vols de l’estiu de l’any passat), o d’una nova vacuna envers un nou patogen (també podríem posar el cas de l’Ebola, o del propi Middle East Respiratory Syndrome coronavirus, o MERS CoV , pel que encara no disposen de cap vacuna), i el moment en que aquestes es fan realitat, arriben al “mercat”, a la població susceptible, o pot ser subministrada de forma segura.

Aquesta aproximació innovadora, que implica la participació col·laborativa d’estructures, instituts o empreses, que han viscut moltes vegades ignorant-se les unes a les altres com són grups de recerca universitaris, plataformes de servei d’expressió d’antígens, petita i mitjana empresa desenvolupadores de reactius, experts reguladors i les pròpies agencies reguladores, hauria de permetre desenvolupar recerca en immunògens o anticossos neutralitzants que es considerin rellevants per desprès tenir ja disponibles les capacitats pera la seva producció en volums importants. Englobant tota aquesta recerca, desenvolupament  i producció un equip cercaria el procés regulatori més ràpid i efectiu (Fast-Track) per escurçar els temps d’arribada a la població. És un projecte que engloba a 20 participants entre els que es troben l’Institut Pasteur, el Erasmus Medical Center de Rotterdam, la Utrecht University, el Central Veterinary Institute (CVI) holandès, el Friedrich Loeffle Institute (FLI) alemany, Merial, la International Alliance for Biological Standardization (IABS), Boehringer Ingelheim Veterinary Research Center, entre altres…i CReSA, on hi treballo.

Com el sistema s’ha de posar a prova amb patògens “reals” i les seves contramesures (anticossos neutralitzants i vacunes) s’han escollit tres patògens rellevants; un que afecta a animals, el virus Schmallenberg i dos que encara que afecten animals  tenen un clar vector zoonotic i poden causar greus malalties en humans, con serien el virus de la febre de la vall del Rift i el MERS-CoV, que des de el 2012 ocupa titulars de premsa amb una inicial incidència a la Península Aràbiga que ara s’ha estès a Corea del Sud (per més detall mireu altres entrades d’aquest blog).

MERScov-1 CDC

Micrografia electrónica de MERS Coronavirus

El CReSA hi col·labora de forma crítica en l’avaluació de la capacitat protectora del prototips vacunals dissenyats, a les especies diana, com són els dromedaris pel que respecta al MERS CoV, o altres remugats, que podrien ser un bon model i més fàcils de manegar. Aquesta avaluació, ja que implica la manipulació de l’agent patogen, el MERS CoV, que s’ha d’inocular a camèlids més grans que el que us escriu, és una activitat perillosa per la que es necessita personal entrenat i instal·lacions amb un nivell de bioseguretat i un maneig excel·lent (per veure alguna imatge de la instal·lació anar a l’enllaç: http://www.ccma.cat/tv3/alacarta/quequicom/ebola-lamenaca-del-virus/video/5340631/). CReSA, en aquet aspecte, seria una estructura d’estat per la seva unicitat, que la fa en molts aspectes exclusiva.

Però la descripció més detallada d’aquesta participació i del consorci queda per una propera entrada atesa la complexitat del tema.

Perquè aquesta, aquesta serà una altra història.

Comentaris virus-lents (119): SARS i MERS; efectes econòmics.

 

Per ara ja van per 25 les persones mortes pel MERS CoV a Corea del Sud (deixa la taxa de mortalitat al voltant del 14%) després de la última mort el dissabte, un home de 63 anys. La majoria del decessos són persones grans i/o que patien altres problemes de salut, principalment de caire respiratori. Per contra el nombre de persones en quarantena ha baixat, fins als 4.035, respecte als més de 5.200 en dies previs. Suposo que els camells aïllats, d’un zoològic al sud de Seül, encara continuen en aïllament.

 

L’altra cara de la moneda són les més de 40 persones donades d’alta després de guarir-se completament de la infecció. El nombre tota de persones diagnosticades (recordem que no sabem quantes poden estar infectades i cursar la infecció sense simptomatologia) és de 169  a Corea del Sud.

 

El MERS (Middle East Respiratory Syndrome) és cosí, que no germà bessó, del SARS (Severe Acute Respiratory Syndrome) que ja va fer de les seves per aquelles contrades fa uns anys.

 

SARS Portada Newsweek

 

Fem un recordatori. El SARS coronavirus (teniu altres entrades al blog) aparegué a la província de Guandong en novembre 2002, i saltà a Hong Kong a finals de Febrer de 2003. Quatre mesos després, més de 8.500 infectats a tot el mon i per sobre de 800 morts. L’OMS informà diàriament de l’evolució dels casos però es pot considerar que el tema assolí l’esclat mediàtic a finals de març del 2003, també com una manera de pressionar la Xina perquè expliques que estava passant dins les seves fronteres. Durant els mesos de març i abril se sabia que calia enfrontar-se a un què però no es sabia ben bé què i evidentment el com estava per establir. La manca d’una base potent d’informació epidemiològica, vies de transmissió, possibles contramesures, etc. dispararen la por i de retruc afectaren l’economia de les zones afectades i portaren a una certa culpabilització de les estructures de salut pública implicades. Aquest efecte perdurà en el temps més enllà de la infecció, que es va donar per “eliminada” per mitjans de Juny. La possibilitat de una emergència, o riscos romanents a zones rurals de Xina, mal comunicades, mantingueren al flama encesa.

 

Havíem dit en una entrada prèvia que aprofundiríem en aquest aspecte i és el que farem ara.

 

El SARS fou una bufetada per les economies de les zones afectades, l’any 2003. En aquell moment els preus del petroli anaven alts, les exportacions de productes de tecnologia estaven frenades, i el creixement econòmic era feble, al Sud-est asiàtic.

 

La por de contreure SARS afectà el comportament dels individus que deixaren de freqüentar espais públics (amb la conseqüent forta davallada de facturació de la restauració i dels centres comercials), viatjar (caiguda de preu d’accions d’algunes companyies aèries, baixada de facturació de les mateixes i d’agències de viatges i hotels). A Hong Kong, Singapur i parts de la Xina les escoles tancaren, les convencions i congressos foren posposats o senzillament cancel·lats (impacte econòmic directe, en restauració i hoteleria). Però en general tot això implica una reducció mot aguda en el consum de serveis diversos i atacà indiscriminadament al sector terciari.

 

Els viatges d’avió a les zones afectades, les arribades de turistes i les pernoctacions caigueren a plom. En alguns d’aquestos països el turisme representa el 5% del PIB (compte que a Espanya suposa el 11%, i a Catalunya, específicament, el 12%) però venia ja tocat pels esdeveniments de Bali (Octubre 2002). La mitjana de caiguda d’arribada de turistes estigué en el …30-40%.

 

I les vendes minoristes notaren les conseqüències i davallaren entre un 5 i un 15% (en qüestió de setmanes).

 

El SARS tingué un efecte directe sobre l’absentisme laboral. Es perderen milers i milers d’hores laborals per absències “injustificades”, persones infectades o persones en quarantena, sotmeses a les mesures precautòries establertes pels governs.

 

Els enviaments regionals i internacionals de matèries primeres però també de producte acabat també experimentaren endarreriments, amb una forta frenada del comerç transfronterer.

 

La crisi de confiança també afectà les borses i els mercats financers, amb caigudes de cotitzacions continuades durant setmanes.

 

Tots aquests efectes començaren a revertir passat el mes de Juny a la majoria dels països.

 

El lloc més afectat fou Hong Kong, on es concentrarem bona part dels infectats i dels morts, en termes relatius. Per una societat bàsicament terciària (el 80% del producte interior brut (PIB) dedicat/generat a serveis diversos, viatges de negocis i turisme) fou una estocada profunda. El PIB es va contreure al març 2003 un 0,3%, i l’abril amb la severa davallada de turisme, la venda minorista i els intercanvis internacionals, les previsions inicials de PIB anual (xifrades en el 3%) es corregiren fins el 1,5%. Tot això tingué un efecte al mercat laboral i Hong Kong, que no estava en el seu millor moment va passar de taxes d’atur del 7,2% del gener al 8,3% al maig de 2003.

 

Xina fou l’estat que sofrí el SARS més en temes absoluts però no en termes relatius degut a la seva enorme població. L’efecte a la economia xinesa fou mínim, ja que les autoritats no van parlar del SARS obertament fins finals d’abril, a l’hora que informava de les mesures preses per contenir-lo. El PIB es contragué aquells dos mesos però el “boom” exportador xines ho emmascarà tot ràpidament.

 

A més d’aquest efecte “indirecte” hi hagué un efecte directe ja que els governs tinguérem que ficar la mà a la butxaca i dedicar recursos a lluitar contra la infecció o a subsidiar sectors afectats. Això, a Xina implica dedicar-hi un 0,5% del PIB, mentre que Hong Kong i Taiwan es deixaren un 1% del mateix.

 

Algunes estimacions parlen d’un efecte econòmic de 40.000 milions de dòlars, per un brot infecciós que durà no més de 6 mesos.

 

Un any després, però, tots aquests efectes s’havien esvaït.

 

I ara? Ara, Corea del Sud sap que la infecció porta un segon enemic amagat al seu darrera. Per això el president Park Geun-hye, en cotes baixes de popularitat per la molt deficient gestió de la crisi del ferri Sewol (Abril 2014) diu: “I ask the business community,to continue to go on with investment, production and management activities as normal and particularly help with ensuring that consumers don’t hold back from spending money.” Ras i curt, manteniu inversions i despeses, perquè, i aquesta cita és meva, “les principals pèrdues econòmiques són degudes a les percepcions que altres (governs, poblacions, corporacions, etc.) tenen de com estem gestionant la crisi nosaltres”.

 

Així, el govern coreà ha baixat les taxes d’interès bancàries del país a mínims històrics; un moviment interpretat com un mitjà per impulsar el creixement econòmic en  mig de l’epidèmia.

 

Però està per veure si podran contrarestar l’impacte econòmic negatiu. El Ministeri de Cultura, Esports i Turisme ha dit que més de 100.000 persones ja han cancel·lat viatges, i estima una pèrdua d’ingressos de  900 milions de dòlars. Les visites turístiques s’han desplomat un 20 % l’últim mes. S’està parlant de facilitar línees de crèdit o préstecs per suportar l’activitat d’agències de viatges i hotels, i fins i tot assegurances als visitants estrangers, com un incentiu, en el cas que es posen malalts i hagin de ser hospitalitzats. Probablement, si no hi ha un control ràpid contemplarem una pujada intensa de les compres on line a grans empreses, en lloc de sortir al carrer per fer compra minorista la qual cosa enfonsarà encara més aquest sector. I tothom sap que un país no tira, no fa una base àmplia, si únicament guanyen les grans companyies.

 

Yes No disjuntive ID-10094976

 

En un parell de setmanes tindrem una “cruilla”; si el nombre de casos cau dràsticament voldrà dir que MERS s’esgota, que ha estat efectivament controlat i l’activitat econòmica es redreçarà després d’un sotrac de setmanes, no mesos. Tanmateix, si continuen degotat casos de forma continuada i més important, no es lliga una explicació epidemiològica precisa d’aquestos casos, la incertesa i la por no retrocediran i els efectes seran més aguts i més duradors.

 

I recordem que ara mateix estem tots molt més interconnectats del que podríem pensar.

 

 

Però aquesta, aquesta és una altra història.

Comentaris virus-lents (118): Ebola i persistència ambiental, dades finals per ara (¿?) i discussió

Un altre, i paro. No em feu massa cas, però.

Quantes més dades es tenen més acurada es pot fer la desinfecció i el tractament de superfícies o ambients contaminats amb Ebola. Un estudi pràcticament contemporani al discutit a les entrades 114 i 116 ha estat publicat al Emerging and Infectious Diseases (enllaç al final).

Els autors es pregunten de nou la capacitat del virus Ebola de persistir dessecat sobre superfícies habituals en àmbit hospitalari como pot ser acer inoxidable, plàstic o Tyvek (el material del que es fan les granotes de protecció). A diferencia de l’altre estudi però, assagen dues condicions ambientals que difereixen en temperatura i humitat relativa (HR); Així assagen virus dessecats a 21ºC i un 40% de HR o bé 27ºC i un 80% de HR, durant un termini de 14 dies.

Com es veu a les gràfiques que adjuntem les corbes d’inactivació segueixen unes cinètiques de primer ordre (es diuen així aquelles cinètiques lineals un cop transformades a escala logarítmica). Això permet fer algunes transformacions matemàtiques (regressions) i comparar també de forma matemàtica si hi ha diferències i si aquestes són significatives entre les condicions ambientals i superfície assajades.

Novament es manifesten veritats de calaix; com més alta es la temperatura més ràpida és la inactivació vírica. Així …

Ebola persistence fomites 15-0253-F1La inactivació vírica s’expresa en reducció logaritmica del titol viric respecte el temps; acer inoxidable: stainless steel.

 

Si comparem A i B veiem com la caiguda, el pendent de la corba és molt més intens a A (27ºC) que no a B (21ºC). El virus no aguanta bé els increments de temperatura i per cada grau d’augment es deixa una mica de la seva persistència. La HR també deu jugar un paper però per articles previs amb altres virus serà menys significatiu. Per altra banda, quan la inactivació és molt intensa és difícil robar diferències entre materials; Ebola perd un 99,99% del seu títol en 3 dies i més del 99,9999% als 4 dies; això son 4 log10R i 6log10R respectivament. I tots els materials semblen comportar-se igual.

A 21ºC (B) amb una caiguda més suau si que es veuen diferències entre materials; el virus persisteix més i pot estar encara viable, i amb un títol infecciós significatiu passada 1 setmana. El material menys permissiu sembla l’acer inoxidable i el que més afavoreix la persistència vírica el tèxtil Tyvek.

Per altra banda els autors es pregunten sobre la persistència del virus si fluids o sang infectada arriben a l’aigua de rius o dipòsits susceptibles de ser emprats com aigua de beguda. Recordem també que Ebola ha estat aïllat de l’orina que pot acabar arribant a rius i llacs. La persistència d’Ebola en aigua, també fortament marcada per l’efecte de la temperatura és veu a la Figura 2. Ebola pot mantenir-se viable amb caigudes de 3 log10R a 3 dies per 27ºC i fins a 5-6 dies per 21ºC. Això vol dir que si el virus arriba a l’aigua i aquesta no és tractada aquesta aigua pot ser un medi de transmissió.

Ebola persistence water 15-0253-F2

També avaluaren la persistència d’Ebola a taques de sang que es deixaren dessecar sobre plàstic estèril en ambdues condicions ambientals (és la figura B). El virus mantingué la seva infectivitat fins a 6 dies en condicions tropicals. Per tant tots les estris i materials que estiguessin tacats amb sang o exudats externs dels infectats serien fonts potencials de transmissió.

I fins i tot hi ha estudis que han demostrat la viabilitat del Ebola virus a la sang de cossos de micos morts fins a 7 dies després del decés. I bioquímicament no ens separa gaire per no dir gens, als humans, dels micos. Això sí que és tenir una “mà activa”, un efecte, després de la mort.

Tinguem present però algunes limitacions una, que cada sang és particular, i que la concentració específica de proteïnes, i altres molècules poden fe una sang més favorable que altra a la persistència d’Ebola; la segona molt mes important, que aquest experiment s’ha fet en condicions controlades de laboratori, en esterilitat, i que en un ambient natural, com l’africà, l’acció de bacteris i compostos químics poden influenciar, sempre negativament, la persistència del virus. És a dir, aquestes dades són un millor cas, un best case, per la persistència vírica, difícilment sobreviurà més, molt probablement sobreviurà menys.

Més dades, mai en tindrem prou!!. Tanmateix, quan això t’ho trobes “al camp”, en una situació real, s’ha de tenir el cap molt fred per tenir-les en compte.

Però aquesta, aquesta és una altra història.

 

Enllaç a l’article: http://wwwnc.cdc.gov/eid/article/21/7/15-0253_article

Comentaris virus-lents (117): Corea del Sud i MERS; el malson s’està materialitzant.

Les autoritats de Corea del Sud van reportar aquest diumenge set nous casos d’infeccions pel MERS (Middle East Respiratory Syndrome) coronavirus, que ha provocat la mort de 16 persones al país. Les dues darreres víctimes mortals foren dos homes, un de 58 anys que patia diabetis i un altre de 61 anys sense patologies cròniques conegudes. A més, del centenar de persones infectades i hospitalitzades, uns 17 casos estan en una situació força “inestable”.

Els  nous casos van pujar el total de contagiats al país a uns 150, informaren aquest diumenge les autoritats sanitàries coreanes. El brot actual a Corea del Sud, que únicament porta 4 setmanes, és el més greu fora de l’Aràbia Saudita des de que s’identificà el virus, el 2012.

Tres dels nous contagis es van produir al centre mèdic Samsung a Seül, un dels hospitals més importants del país, on s’han produït 70 infeccions (vora la meitat del total de casos). De fet, aquest hospital ha suspès la majoria dels seus serveis externs, no accepta nous pacients, ni executa operacions no urgents.

MERS Samsung hospital

Entrada hospital Samsung

Fins el moment, 2/3 dels casos confirmats dels infectats han estat pacients internats o treballadors sanitaris que tingueren un contacte “estret” o proper amb els infectats inicials. És un escenari que es podia i es pot entendre, ja que els primers hospitals tractaren, sense saber encara l’agent causal, als portadors del virus MERS seguint protocols de seguretat i assistència estàndard ( o no seguint-los com ara llegireu). Tanmateix se sap que al Samsung va haver un assistent de sala d’emergència que anà a treballar uns quants dies amb símptomes compatibles amb infecció per MERS i que com a mínim tingué contacte proper amb 200 persones. Però és que, a més, aquest ordenança agafà el virus d’una persona infectada que s’estigué uns dies a diversos espais de la sala d’emergència, exposant potencialment al virus a més de 900 persones entre staff, pacients i visitants. I que l’afectació és bàsicament de  personal que te cura dels malalts es veu en que dels darrers casos, un dels malalts és un paramèdic que va ajudar a traslladar a un malalt a l’hospital el 7 de juny, un contagi que se suma al del xofer que va participar en l’operació.

MERS South+Korea+Continues+Handle+Outbreak

Lamentablement, el virus potser ha tornat a saltar de continent i ha arribat a Europa doncs s’informa d’un cas sospitós a Eslovàquia. Dissabte, l’hospital universitari de Bratislava va informar que hi ha un cas sospitós d’un home de 38 anys que arribà de Corea del Sud el 3 de juny i començà a mostrar símptomes com febre, diarrea i lesions a la pell; l’home és un empleat d’una empresa subcontractada per la fàbrica automobilística sud-coreana KIA, que, per ara, ha donat negatiu o dubtós a les proves diagnòstiques, però que està en quarantena.

L’Organització Mundial de la Salut (OMS) va afirmar aquest dissabte que el brot del MERS a Corea del Sud era «gran i complex» i que era esperable que apareguessin més casos, encara que no veia cap senyal que la malaltia s’estigui propagant entre la població. Ja que sembla que la transmissió és de caire nosocomial, intra-hospitalària, l’OMS ja ha recomanat tornar a obrir les escoles, que no es consideren focus potencial. Tampoc, afegeix l’OMS, hi ha proves al respecte d’un increment de la transmissibilitat del MERS coronavirus.

MERS south-korea-PPE hospital

Personal mèdic equipat amb els equips de protecció personal necessaris, en un hospital coreà.

Tanmateix fins ara més de 5.200 persones han estat aïllades, mentre que més de 2500 persones han estat descartades pel que fa a la infecció per haver donat negatiu a les proves o per no haver desenvolupat els símptomes durant el termini màxim d’incubació fixat en 14 dies.

I el peatge que esta pagant el país no es exclusivament en vides humanes i despesa sanitària. El brot de MERS coronavirus a Corea del Sur li podria retallar algunes dècimes, per tant milers de milions de dòlars, al seu creixement. Recordem que Corea de Sur és la quarta economia asiàtica però que ara lluitava contra una disminució del ritme d’exportacions i una demanda interna tèbia. La industria turística coreana, que mou 30.000 milions de dòlars anualment, s’endurà la pitjor part de l’impacte econòmic ja que els viatgers estan cancel·lant o ajornen moltes reserves. De fet diverses estimacions parlen de reduccions del PIB del 0,15% si es soluciona en un mes o del 0,8% si triga tres mesos (o impacta com el SARS a Taiwan el 2002) en fer-ho de forma clara; altres parlen de caigudes de turistes del 11% al 15% amb reduccions dels PIB del 0,1-0,2%. Una imatge clara com en un mon globalitzat les malalties, i les alarmes que provoquen, poden malmetre molts plans econòmics. Queda per una propera entrada unes dades i discussió com el SARS afectà la vida econòmica d’aquella zona d’Àsia el 2002-2003.

I no vulguem imaginar-nos si això passés a Catalunya, o a Espanya, on la dependència del turisme és més gran.

 

Però aquesta, aquesta és una altra història.