comentarisviruslents

Aquest blog és una seguit de comentaris personals i probablement poc transferibles sobre ciència i política.

Archivos en la Categoría: avaluació de riscos

Comentaris virus-lents (125): IRTA-CReSA dins la RELAB; …Umm, que és la RELAB?

La nota breu seria; IRTA-CReSA ha estat admès, s’ha incorporat a la RELAB.

Umm, us preguntaríeu, i què es la RELAB?

Potser convé llavors una mica d’introducció al tema…

bioterrorism signal

Un estat ha d’estar preparat, entre altres coses, per fer front a una amenaça de caire biològic, ja sigui purament natural o induïda per l’esser humà, el que venim a anomenar bioterrorisme.

L’aproximació de tancar fronteres en el cas dels patògens no té cap utilitat; els patògens no en coneixen i en el cas d’un acte de bioterrorisme no és útil perquè el problema ja s’ha desfermat. A més prous agents biològics susceptibles de transformar-se en una arma són relativament de fàcil d’adquirir o produir (propagar); són resistents a factors ambientals; poden tenir un poder altament incapacitant temporalment o permanentment (a les persones, als animals, a les collites), són contagiosos (efecte multiplicatiu) i suposen un baix risc pels terroristes (poden estar lluny de la zona quan es notin els efectes).

Actualment les actuacions es basen més en:

  • Sistemes de ràpida alerta
  • Plans de contingència (o el què faríem si…?)
  • Reserves de subministres o contramesures essencials
  • Sistemes de comunicació ràpida entre xarxes especialitzades

I pel que fa a una amenaça biològica cal:

  • Identificar l’amenaça (normalment lligat a la virulència del patogen, la seva via de transmissió i la quantitat alliberada)
  • Establir estratègies de reducció del risc (contenció del patogen, quarantena de zones i/o persones)
  • Quantificar el risc residual i establir decisions en funció d’un risc acceptable (recordem el risc “0” no existeix i després d’una amenaça biològica menys encara).
  • Fer un seguiment per avaluar si s’ha gestionat degudament el risc.

És evident que un estat present o un estat futur ha de preveure, fins on pugui, aquestes crisis, que mai seran del tot controlables, per apaivagar efectes i conseqüències (per poder contestar SÍ o NO a preguntes i escenaris prèviament plantejats); en poques paraules per no crear una segona crisi dintre o després de la crisi inicial.

Yes No disjuntive ID-10094976

Aquest és l’objectiu de la RELAB, que dins l’actual marc polític fou aprovada el febrer de 2009. La RELAB és la Red de Laboratorios de Alerta Biológica. En la RELAB es troben incorporades una sèrie d’àrees; salut pública; sanitat animal; sanitat alimentària; sanitat ambiental i sanitat vegetal. La finalitat de la RELAB és la de compartir i integrar coneixements i capacitats de centres i laboratoris tant en situacions de normalitat com de crisi, obtenint la màxima eficiència dels recursos disponibles per reforçar les defenses sanitàries front una potencial emissió deliberada d’agents biològics. No menys important, coordinar informacions i comunicacions derivades de les actuacions quan es participa en la resposta a l’emergència (aquí entra el concepte de intentar no generar una segona crisi després de l’esclat de la primera). Finalment la connexió de la RELAB amb altres xarxes d’alertes biològiques de la UE i de la OTAN és necessària per una adequada transmissió de dades i protocols.

Davant d’una amenaça biològica cal per un costat una ràpida detecció de la contaminació i una posterior descontaminació de la zona o espais afectats; secundàriament (des d’el punt de vista temporal, que no d’importància) tractament dels afectats i control de la malaltia (quarantena, per exemple). En una situació de pau, IRTA-CReSA formaria part d’aquest sistema de protecció que ajudaria a la ràpida detecció de la contaminació (amb el seu potencial de diagnòstic i les seves instal·lacions que garantirien una segura manipulació de l’agent biològic perillós) i podria col·laborar en la descontaminació amb la seva experiència en aquest camp; evidentment el tractament dels malalts quedaria per altres nòduls de la RELAB.

Igitur qui desiderat pacem, praeparet bellum, que podríem traduir per “qui desitgés la pau, caldria que es preparés per a la guerra”. S’ha fet molt d’abús d’aquesta frase, però, certament, no podem donar una resposta a segons quines amenaces si no tenim estructures organitzades, i alguns supòsits o mecanismes d’actuació no han estat pensants per avançat. O és que pensaríem en com tenir un cos de bombers quan les flames llepessin les parets de casa nostra?

Però aquesta, aquesta és una altra història.

Comentaris virus-lents (122): IRTA-CReSA una estructura capital cada cop més internacional.

El Global Virus Network ha acceptat a IRTA-CReSA, Centre de Recerca en Sanitat Animal com a centre de ple dret, centre d’excel·lència, a la seva xarxa de centres i institucions capdavanteres a nivell mundial en l’àmbit de la virologia.

GVN black-logo

La incorporació de CReSA, un centre molt jove, de fet el més jove que s’ha integrat al Global Virus Network, es deu a la seva consideració com a líder internacional en la recerca en sanitat animal i de les seves implicacions en la salut humana. GVN considera que les instal·lacions de nivell de bioseguretat 3 de CReSA, a l’avantguarda en solucions tècniques i procedimentals, juntament amb l’equip humà, amb grups de recerca multidiciplinar que cobreixen des de la ciència bàsica a la ciència més aplicada, faculten a CReSA per estar dins d’aquesta selecta xarxa. Més quan aquests grups cobreixen camps diversos com la epidemiologia, el desenvolupament de vacunes i eines diagnòstiques, sobre, entre altres, malalties zoonotiques notificables (de declaració obligatòria) como el West Nile virus, Rift Valley Fever virus, la influença aviar altament patògena i darrerament, el MERS coronavirus; altres d’exclusivament humans, com Chikungunya, i d’altres exclusivament animals, com el virus de la Llengua Blava, el virus Schmallenberg, el PRRSV, el virus de la síndrome respiratòria i reproductora porcina, el circovirus porcí de tipus 2 o la influença porcina; i un coneixement profund i pràctic de com manegar temes o problemàtiques de bioseguretat, biocontenció envers patògens en alguns casos prou letals.

El GVN es creà el 2011, per una iniciativa d’uns pocs centres de recerca i investigadors, animats per la creença de l’existència d’una necessitat de enfortir les xarxes globals envers les malalties virals. L’esperit de la iniciativa era lligar, apropar, centres de recerca excel·lents que treballessin amb virus que afecten als éssers humans per potenciar les col·laboracions i proveir amb una educació puntera a la propera generació de viròlegs, allà on es trobessin. Els viròlegs mèdics, els metges que es dediquen a la virologia comprenen cada cop més l’enormitat de l’amenaça (sovint mortal) en la que ens posen els virus existents, els que emergeixen i els que reemergeixen, i veuen el GVN com una eina que apropa la virologia animal, les malalties zoonotiques, i la relaciona amb la virologia mèdica humana. En 4 anys, 34 centres d’excel·lència en 24 països han estat admesos. CReSA acompanya des de fa uns mesos al Robert Koch Institute, al Karolinska Intitute; al Pirbright Institute, a la Fundació Osvaldo Cruz, la John Hopkins School, el Craig Venter Institute, The Scripps Research Institute, la University of Texas Medical Branch-Galveston, però també centres a la India, Japó, etc. No estan tots els que calen, potser; però tampoc estan tots els que han picat a la porta perquè els requisits d’admissió són alts.

Una iniciativa que de segur millorarà els nostres coneixements teòrics però també pràctics sobre les malalties virals zoonotiques emergents o re-emergents. Perquè cal estar preparat per allò inesperat, que a la virologia és el pa de cada dia.

Però aquesta, aquesta és una altra història.

Comentaris virus-lents (120): Esser humans i virus, un continu Zipi i ZAPI.

Les relacions esser humà i virus són complicades com són complicades totes les relacions entre hostes i paràsits. A més són unes relacions que han durat desenes, centenes de milers d’anys en una carrera continua d’atacs i defenses, ardits i contramesures. El contacte de l’ésser humà amb un nou virus, o un virus prou modificat (mutat) com per ser vist pel nostre organisme com un virus nou, determina un període d’uns quants anys en els que l’espècie humana és altament susceptible (en altres paraules, per segons quins virus, pot ser letal) fins que es restableix l’equilibri inestable hoste-paràsit (molts vegades amb la col·laboració de vacunes, anticossos neutralitzants o antívirics). És evident que si s’aconsegueix reduir el temps (que es xifra en 10-15 anys) des de que es començà el disseny d’una vacuna davant un nou virus fins que aquesta esta à disposició de la població aquest “equilibri forçat” arribaria abans.

El projecte ZAPI, de “Zoonoses Anticipation and Preparedness Initiative” és un projecte europeu gran en objectius i finançament (5 anys amb uns costos estimats de més de 12 milions d’euros pels que es demana un finançament per sobre dels 9,5 milions).  Aquest projecte cerca reduir el màxim possible el termini de temps des de que es desferma una emergència, una necessitat, per exemple, la disponibilitat d’anticossos neutralitzants (recordeu els tractaments que reberen les primeres persones a EEUU i Espanya infectades per Ebola als vols de l’estiu de l’any passat), o d’una nova vacuna envers un nou patogen (també podríem posar el cas de l’Ebola, o del propi Middle East Respiratory Syndrome coronavirus, o MERS CoV , pel que encara no disposen de cap vacuna), i el moment en que aquestes es fan realitat, arriben al “mercat”, a la població susceptible, o pot ser subministrada de forma segura.

Aquesta aproximació innovadora, que implica la participació col·laborativa d’estructures, instituts o empreses, que han viscut moltes vegades ignorant-se les unes a les altres com són grups de recerca universitaris, plataformes de servei d’expressió d’antígens, petita i mitjana empresa desenvolupadores de reactius, experts reguladors i les pròpies agencies reguladores, hauria de permetre desenvolupar recerca en immunògens o anticossos neutralitzants que es considerin rellevants per desprès tenir ja disponibles les capacitats pera la seva producció en volums importants. Englobant tota aquesta recerca, desenvolupament  i producció un equip cercaria el procés regulatori més ràpid i efectiu (Fast-Track) per escurçar els temps d’arribada a la població. És un projecte que engloba a 20 participants entre els que es troben l’Institut Pasteur, el Erasmus Medical Center de Rotterdam, la Utrecht University, el Central Veterinary Institute (CVI) holandès, el Friedrich Loeffle Institute (FLI) alemany, Merial, la International Alliance for Biological Standardization (IABS), Boehringer Ingelheim Veterinary Research Center, entre altres…i CReSA, on hi treballo.

Com el sistema s’ha de posar a prova amb patògens “reals” i les seves contramesures (anticossos neutralitzants i vacunes) s’han escollit tres patògens rellevants; un que afecta a animals, el virus Schmallenberg i dos que encara que afecten animals  tenen un clar vector zoonotic i poden causar greus malalties en humans, con serien el virus de la febre de la vall del Rift i el MERS-CoV, que des de el 2012 ocupa titulars de premsa amb una inicial incidència a la Península Aràbiga que ara s’ha estès a Corea del Sud (per més detall mireu altres entrades d’aquest blog).

MERScov-1 CDC

Micrografia electrónica de MERS Coronavirus

El CReSA hi col·labora de forma crítica en l’avaluació de la capacitat protectora del prototips vacunals dissenyats, a les especies diana, com són els dromedaris pel que respecta al MERS CoV, o altres remugats, que podrien ser un bon model i més fàcils de manegar. Aquesta avaluació, ja que implica la manipulació de l’agent patogen, el MERS CoV, que s’ha d’inocular a camèlids més grans que el que us escriu, és una activitat perillosa per la que es necessita personal entrenat i instal·lacions amb un nivell de bioseguretat i un maneig excel·lent (per veure alguna imatge de la instal·lació anar a l’enllaç: http://www.ccma.cat/tv3/alacarta/quequicom/ebola-lamenaca-del-virus/video/5340631/). CReSA, en aquet aspecte, seria una estructura d’estat per la seva unicitat, que la fa en molts aspectes exclusiva.

Però la descripció més detallada d’aquesta participació i del consorci queda per una propera entrada atesa la complexitat del tema.

Perquè aquesta, aquesta serà una altra història.

Comentaris virus-lents (118): Ebola i persistència ambiental, dades finals per ara (¿?) i discussió

Un altre, i paro. No em feu massa cas, però.

Quantes més dades es tenen més acurada es pot fer la desinfecció i el tractament de superfícies o ambients contaminats amb Ebola. Un estudi pràcticament contemporani al discutit a les entrades 114 i 116 ha estat publicat al Emerging and Infectious Diseases (enllaç al final).

Els autors es pregunten de nou la capacitat del virus Ebola de persistir dessecat sobre superfícies habituals en àmbit hospitalari como pot ser acer inoxidable, plàstic o Tyvek (el material del que es fan les granotes de protecció). A diferencia de l’altre estudi però, assagen dues condicions ambientals que difereixen en temperatura i humitat relativa (HR); Així assagen virus dessecats a 21ºC i un 40% de HR o bé 27ºC i un 80% de HR, durant un termini de 14 dies.

Com es veu a les gràfiques que adjuntem les corbes d’inactivació segueixen unes cinètiques de primer ordre (es diuen així aquelles cinètiques lineals un cop transformades a escala logarítmica). Això permet fer algunes transformacions matemàtiques (regressions) i comparar també de forma matemàtica si hi ha diferències i si aquestes són significatives entre les condicions ambientals i superfície assajades.

Novament es manifesten veritats de calaix; com més alta es la temperatura més ràpida és la inactivació vírica. Així …

Ebola persistence fomites 15-0253-F1La inactivació vírica s’expresa en reducció logaritmica del titol viric respecte el temps; acer inoxidable: stainless steel.

 

Si comparem A i B veiem com la caiguda, el pendent de la corba és molt més intens a A (27ºC) que no a B (21ºC). El virus no aguanta bé els increments de temperatura i per cada grau d’augment es deixa una mica de la seva persistència. La HR també deu jugar un paper però per articles previs amb altres virus serà menys significatiu. Per altra banda, quan la inactivació és molt intensa és difícil robar diferències entre materials; Ebola perd un 99,99% del seu títol en 3 dies i més del 99,9999% als 4 dies; això son 4 log10R i 6log10R respectivament. I tots els materials semblen comportar-se igual.

A 21ºC (B) amb una caiguda més suau si que es veuen diferències entre materials; el virus persisteix més i pot estar encara viable, i amb un títol infecciós significatiu passada 1 setmana. El material menys permissiu sembla l’acer inoxidable i el que més afavoreix la persistència vírica el tèxtil Tyvek.

Per altra banda els autors es pregunten sobre la persistència del virus si fluids o sang infectada arriben a l’aigua de rius o dipòsits susceptibles de ser emprats com aigua de beguda. Recordem també que Ebola ha estat aïllat de l’orina que pot acabar arribant a rius i llacs. La persistència d’Ebola en aigua, també fortament marcada per l’efecte de la temperatura és veu a la Figura 2. Ebola pot mantenir-se viable amb caigudes de 3 log10R a 3 dies per 27ºC i fins a 5-6 dies per 21ºC. Això vol dir que si el virus arriba a l’aigua i aquesta no és tractada aquesta aigua pot ser un medi de transmissió.

Ebola persistence water 15-0253-F2

També avaluaren la persistència d’Ebola a taques de sang que es deixaren dessecar sobre plàstic estèril en ambdues condicions ambientals (és la figura B). El virus mantingué la seva infectivitat fins a 6 dies en condicions tropicals. Per tant tots les estris i materials que estiguessin tacats amb sang o exudats externs dels infectats serien fonts potencials de transmissió.

I fins i tot hi ha estudis que han demostrat la viabilitat del Ebola virus a la sang de cossos de micos morts fins a 7 dies després del decés. I bioquímicament no ens separa gaire per no dir gens, als humans, dels micos. Això sí que és tenir una “mà activa”, un efecte, després de la mort.

Tinguem present però algunes limitacions una, que cada sang és particular, i que la concentració específica de proteïnes, i altres molècules poden fe una sang més favorable que altra a la persistència d’Ebola; la segona molt mes important, que aquest experiment s’ha fet en condicions controlades de laboratori, en esterilitat, i que en un ambient natural, com l’africà, l’acció de bacteris i compostos químics poden influenciar, sempre negativament, la persistència del virus. És a dir, aquestes dades són un millor cas, un best case, per la persistència vírica, difícilment sobreviurà més, molt probablement sobreviurà menys.

Més dades, mai en tindrem prou!!. Tanmateix, quan això t’ho trobes “al camp”, en una situació real, s’ha de tenir el cap molt fred per tenir-les en compte.

Però aquesta, aquesta és una altra història.

 

Enllaç a l’article: http://wwwnc.cdc.gov/eid/article/21/7/15-0253_article

Comentaris virus-lents (116): Ebola i desinfectants domèstics; noves dades.

Quan un s’enfronta a un virus al laboratori, o en mig d’una emergència, necessita posar distància entre ell i el virus. Això es pot aconseguir amb indumentària especial, molts cops hidròfoba, que repel·leix l’aigua i fluids i per tant evita l’entrada dels virus; amb mascaretes o sistemes de filtració d’aire, que els atrapen i eviten la seva inhalació; amb guants, botes, maneguets. Dins els laboratoris encara creem més distancies ja que manipulem les mostres dins cabines de seguretat biològica que generen una cortina d’aire que atrapa i conté els virus potencialment presents a mostres i materials.

Tanmateix cap sistema és absolut, completament segur i a més resulta que tot allò que es fa servir un cop, queda potencialment contaminat i el seu cost fa que sigui impossible assumir single use, un únic ús, un emprar i llençar. És aleshores quan els desinfectants entren en escena.

Quan els virus són letals, i per tant força difícil fer proves “in vitro” amb ells, moltes vegades recorrem a l’efectivitat demostrada dels desinfectants en virus de la mateixa família o bé virus que comparteixen característiques semblants però que són més “amables” a l’hora de treballar (bàsicament que no t’hi jugues la vida cada dia). Per característiques semblants entenem presència d’embolcall, estructura d’aquest embolcall, mida de la partícula, tipus i mida de l’acid nucleic, etc. Així, els desinfectants emprats per l’Ebola ho son més per proves indirectes, o escasses, que no per una munió de dades i cites bibliogràfiques.

A més, en una situació de crisi no pot ser que el desinfectant d’elecció sigui  el-no-va-més del desinfectants, distribuït per una o unes poques empreses. Calen desinfectants que pugis trobar a qualsevol llar, d’ampli espectre, de fàcil distribució i emmagatzematge, i de fàcil manipulació i ús, que no deixi residus poc gestionables ambientalment.

Dos que em venen al cap i que faig servir abundosament a la meva feina…l’etanol i el lleixiu domèstic.

I aquesta mateixa aproximació fan els autors de l’article (veure link al final) pel que fa a la desinfecció de l’Ebola.

Farem la discussió a partir de la gràfica del seu article.

Ebola viruses-07-01975-g002-1024-disinfectants

Si mireu el lleixiu domèstic que teniu a casa veureu que té entre 40-50 gr de clor actiu per litre. Això ve a ser un 4-5% de clor actiu. Els investigadors avaluaren l’eficàcia de solucions amb concentracions finals de lleixiu de 1%, 0,5%, 0,1% i 0,01% (si diluíssim el nostre lleixiu 5 vegades, o 10 vegades o 50 vegades o 500 vegades respectivament) sobre ebolavirus prèviament dessecats damunt superfícies d’acer inoxidable. Pel que fa a l’etanol barrejaren aquest amb aigua fins assolir una solució al 67% d’etanol. Pels dos desinfectants els temps escollits per veure la càrrega vírica que persistia foren 1 minut, 5 minuts i 10 minuts.

El lleixiu diluït al 0,01%  resultà del tot inefectiu fins i tot als 10 minuts de contacte. Quan era diluït 1/50 (al 0,1%) es notava efecte als 10 minuts però encara hi havia una forta infectivitat residual. Diferencialment, aplicar sobre superfícies contaminades amb Ebola solucions de lleixiu al 1% o al 0,5% era totalment efectiu als 10 minuts de contacte (més de 6 log10 de reducció del títol infecciós) però també per períodes més curts, 5 min. Per temps de contacte de 1 min la reducció del títol era de 2-3 log10, el desinfectant encara no ha pogut desplegar tota la seva acció i encara n’hi ha força de virus infecciosos. L’etanol al 67% fou extremadament eficient (no es detectaren virus infecciosos) per temps de contacte 5 i 10 minuts i per temps de contacte breus, 1 min, era clarament més efectiu que el lleixiu.

Algunes conclusions…

  • La Organització Mundial de la Salut (OMS) recomana aplicar solucions de clor disponible al 0,5% per desinfectar superfícies contaminades. Tot correcte i coherent. Però cal reforçar i tenir sempre en ment el temps de contacte perquè aquestes concentracions no tenen un efecte miraculós, cal deixar treballar al desinfectant. És la combinació de desinfectant adequat i temps de contacte prou llarg la que confereix seguretat. Ni tan sols la concentració més elevada assajada (1%) és efectiva durant el primer minut.
  • A la llum del resultats aplicacions de desinfectants per temps de contacte inferior als 5 minuts és jugar a la ruleta russa.
  • El etanol resulta més efectiu que el lleixiu i això es una bona noticia per tos aquells materials que pateixen corrosió si entren en contacte massa sovint amb l’hipoclorit sòdic. Però també per les nostres mans i pell. A més és menys tòxic i més fàcilment gestionable ambientalment.
  • Potser no calen fer recerca, i despesa, en desinfectants més efectius i derivar esforços en aquest camp a aquelles àrees terapèutiques que precisen dels recursos.

La bona pràctica microbiològica ens ajudarà a mantenir-nos a distància dels materials contaminats o dels malalts infectats però totes les barreres que fem servir cal desinfectar-les abans d’eliminar-les o reutilitzar-les. I això és el que fan els desinfectants; els polis dolents, amb el que el poli bo (el metge, l’infermer, l’investigador) ha de tenir una confiança “absoluta”, si volen fer bona parella.

Però aquesta, aquesta és una altra història.

Enllaç: http://www.mdpi.com/1999-4915/7/4/1975

Comentaris virus-lents (115): Ebola i persistència ambiental; noves dades.

Quan un s’enfronta a un virus al laboratori, o en mig d’una emergència, necessita posar distància entre ell i el virus. Això es pot aconseguir amb indumentària especial, molts cops hidròfoba, que repel·leix l’aigua i fluids i per tant evita l’entrada dels virus; amb mascaretes o sistemes de filtració d’aire, que els atrapen i eviten la seva inhalació; amb guants, botes, maneguets, etc. Dins els laboratoris encara creem més distancies ja que manipulem les mostres dins cabines de seguretat biològica que generen una cortina d’aire que atrapa i conté els virus que potencialment puguin haver.

Tanmateix cap sistema és absolut, completament segur i a més resulta que tot allò que es fa sevir un cop queda potencialment contaminat i el seu cost fa que sigui impossible assumir single use, un únic ús, un emprar i llençar. Es aleshores quan podríem fer servir un concepte que si és absolut…el temps.

I aquesta aproximació fan els autors de l’article (veure link al final) pel que fa a la inactivació (natural) de l’Ebola.

Els autors suspenen el virus Ebola, la soca Makona, el barregen, amb un equivalent artificial de la sang, amb elevada càrrega proteica, i el deixaren assecar damunt superfícies, simulant la gota o l’esput projectat pel malalt i que cau al voltant seu. Els materials escollit foren superfícies d’acer inoxidable, molt comunes als hospitals i els materials plàstic-textils (mascaretes, granotes plàstiques impermeables) que constitueixen les barreres de protecció de cuidadors i personal sanitari. A l’estudi mesuraren la viabilitat del virus a 1 hora, 24 hores, 3 dies i 8 dies.

I quins foren els resultats? Us adjunto una gràfica i ho discutim.

viruses-07-01975-g001-1024

En aquesta figura es mostra la persistència ambiental de EBOV Makona (EBOV/Mak) suspès en un líquid amb alta càrrega proteica. S’escolliren com a condicions ambientals 21.5 °C i 30% humitat relativa. Cada punt de la gràfica és la mitjana de tres resultats i les barres d’error que es veuen reflecteixen la dispersió entre aquestes tres dades a cada punt.

Les superfícies poroses, com són les granotes, els “monos” de cotó fan perdre la viabilitat vírica més ràpidament. Així en una hora es veu una caiguda de 3 log10; és a dir, del 100% de virus passem al 0,1% de virus però és un magre consol perquè la dosi infecciosa d’aquest virus és molt baixa, de l’ordre de 1 a 10 partícules víriques. La inactivació complerta s’assoleix a les 24 hores. Dit d’altra manera, un tèxtil de cotó tacat amb una secreció que conté Ebola probablement no seria infecciós, en les condicions assenyalades, passades 24 hores (amb més seguretat als dos dies). Aquest efecte dels materials porosos ja ha estat força descrit per altres anteriorment per la qual cosa el podem donar per bo. Per contra, per superfícies no poroses, més impermeables, com són els materials de les mascaretes respiratòries i les granotes plàstiques la persistència del virus es perllonga en el temps, Cal esperar 24 hores per veure caigudes de poc més d’1 log10 (passar del 100% al 10%) i si deixéssim actuar purament al temps als 8 dies encara que tinguéssim una reducció d’entre 3 i 4 log10 restaríen prou virus per infectar el personal que manipulés aquests elements. No s’observaren diferències significatives entre els materials no porosos, per tant sembla un comportament que podríem extrapolar a altres materials com vidres, utensilis plàstics, recobriment armaris, pintures, etc.

Aquí no s’estan valorant efectes de la radiació solar i del component UV de la mateixa, i les condicions de temperatura es poden considerar suaus. Hom podria pensar que en aquests països on són més que freqüents les temperatures per sobre dels 30-35ºC una dessecació al sol, amb el seu component ultraviolat, i més ràpid degut a una temperatura més alta, tindria un efecte més devastador sobre la persistència vírica. Però és una suposició, no puc provar-ho.

I és així com, per forçar la mà, per anar més despresa i assegurar-nos absència d’infectivitat abans de manipular materials, equips o superfícies, que recorrem als desinfectants.

Però aquesta, aquesta és una altra història.

Enllaç: http://www.mdpi.com/1999-4915/7/4/1975

Comentaris virus-lents (114): El MERS es fa Coreanvirus, però manté la seva Corona.

Potser una sobre-reacció, explicable, i benvinguda, tenint en compte que Corea patí el SARS (Severe Acute Respiratory Syndrome) fa poc més d’una dècada, explica la petició de les autoritats de Seul a més de 1550 persones que es mantinguin en quarantena voluntària a casa seva després de haver compartit espais i potser converses en un simposi al que acudí un doctor, que ja es trobava malalt, ja experimentava símptomes, i que ha resultat infectat per MERS Coronavirus (confirmació laboratorial en data 1 de juny). Aquest doctor, “cadena de favors”, havia tractat a un pacient infectat amb MERS (Middle East Respiratory Syndrome) una setmana abans. Tenint en compte que el període d’incubació del MERS està al voltant d’una setmana, però es donen casos fins als 15 dies, pot ser una situació de reclusió feixuga per molts.

Des de que el virus arribà a Corea fa unes tres setmanes, ha provocat 4 morts (d’un total de 41 afectats, una xifra que quan llegiu aquestes línies segur que haurà augmentat) i les autoritats han decidir tancar temporalment més de 1000 escoles per prevenir la disseminació del virus. Com a conseqüència indesitjada sembla que milers de reserves de viatges i estades han estat cancel·lades (repetint, ara per ara a petita escala, l’escenari que es visqué el 2003-2003 amb el brot de SARS).

Aquest brot epidèmic de MERS a Corea és el més gran fora d’Aràbia Saudí, la seva zona habitual. Però tot és relatiu si ho comparem amb l’historial de casos (en vermell a l’extrem dret els casos coreans).

mers-epi-update-may 2015

I tot partí d’un cas índex que havia visitat la zona, que va tornar a començaments de Maig, va trobar-se malalt una setmana després i va ser finalment diagnosticat, a Corea, el 20 de Maig. A la fase inicial de la malaltia, just desprès de l’hospitalització i quan els símptomes es van agreujant és quan l’excreció de virus per part del malalt és més alta, i això per dates degué passar entre el 10 i el 20 de maig. Com un únic cas ha generat aquesta flamarada de casos secundaris pot tenir diverses explicacions i una apunta a que estem davant d’un “superspreading event” un situació de súper disseminació. Concretament en la seva estada a l’hospital, quan encara no havia estat diagnosticat (i per tant no s’aplicava cap mesura de contenció particular) va infectar a un mínim de 22 persones entre familiars, cuidadors i altres malalts. Per exemple, se sap per l’experiència del SARS, de fa més de 10 anys, que una de les vies de propagació del SARS fou la intubació dels pacients per fer front als problemes de ventilació respiratòria, amb la conseqüència indesitjada de provocar l’aerosolització de l’agent i la seva insidiositat, el fet que pogués arribar més lluny i amb més capacitat de penetració. Però en aquest cas, ara per ara, no se sap si aquest malalt va ser intubat o no.

MERS-CoV Superspreading event CGweth7WoAAKqSM

A l’esquema es veu el cas index i al voltant els casos secundaris que deriven d’infecció del primer. En alguns casos secundaris hi ha relacions entre ells i en alguns casos també comencen noves onades de propagació.

No deixa de ser sorprenent la rapidesa i la magnitud del brot ja que no es considerava que MERS pogués transmetre’s amb facilitats entre humans. I això era així perquè fins ara semblava interessar-se i afectar el tracte respiratori inferior, des d’el qual el camí fins a nous hostes és més llarg i difícil (per això la intubació els obre la porta, els dona una sortida més fàcil). De fet, la OMS espera encara més infeccions a Corea encara que s’esforça en assenyalar que “no evidence of sustained transmission in the community”. Per altra banda el sistema sanitari coreà és francament bo, sofisticat i modern però això no necessàriament redueix la transmissió vírica, i sí la cura dels malalts un cop es mostren els símptomes.

Sigui un superspreading event, que el virus hagi acumulat en aquest brot alguna mutació que l’hagi fet més transmissible o que els coreans (o els asiàtics) siguin més susceptibles al virus que altres poblacions o races, són explicacions esperant les seves proves.

Per conèixer sobre la seqüència genètica les autoritats coreanes enviaran mostres entre altres al Erasmus Medical Center a Rotterdam, per esbrinar si s’han donat canvis recents, a les darreres setmanes, respecte  a les seqüències ja reportades de MERS a Aràbia Saudí.

Però el tema ja no es sols coreà. Ja ha arribat a Xina, a la província de Guandong, d’on es creu s’originà el SARS. Un home de 44 anys que va visitar familiars hospitalitzats a Seul ignorà les ordres de quarantena i viatjà a Hong-Kong (26 de Maig) i va ser aïllat després de l’avís de les autoritats coreanes el 27 de maig. Les proves demostraren que era positiu a MERS el 29 de maig; la consecutivitat de les dates fa pensar que no ha tingut temps de desenvolupar simptomatologia i per tant, que l’aïllament serà efectiu. Per si de cas, però, les autoritats xineses han posat en quarantena 67 persones que van estar en contacte amb el pacient però…estan cercant 10 més que no troben (informació del 2 de maig). Fins ara, cap dels contactes que aquest home va fer en la seva escala a Hong-Kong ha mostrat cap símptoma de malaltia.

MERS-Koreacluster

La taxa de mortalitat del MERS Coronavirus esta actualment entre el 30 i el 40% dels infectats amb simptomatologia (si voleu més informació mireu entrades 7, 42, 56, 90). Majoritàriament els morts acompanyen la infecció amb condicionants de salut que els fan més vulnerables a la infecció, com problemes asmàtics, o malalties pulmonars cròniques.

Fa una setmana el comptatge global al Món permetia parlar de 1179 casos confirmats des de 2012 (fa tres anys, doncs) i un mínim de 442 morts, repartits en 25 països.

Com a virus recent, té menys de 3 anys a l’esfera de la sanitat pública, no hi ha vacunes ni tractaments terapèutics específics efectius. Com protegir-se, doncs? Aplicant velles receptes, que mai han de caure en l’oblit, com rentant-se sovint les mans i no portant-les a la boca o al nas, cobrir la tos i els esternuts amb mocadors de paper, descartar-los de forma segura i…rentar-se les mans, i evidentment evitant contacte “directe” amb malalts.

I en la vacuna s’hi treballa; hi ha projectes europeus sobre el tema. En un s’hi troba el Erasmus Medical Center de Rotterdam i IRTA-CReSA, on treballo. Algun dia caldrà parlar també d’això.

Però aquesta, aquesta és una altra història.

Comentaris virus-lents (113): El ABC del bioterrorisme.

Què és el bioterrorisme? Aquell terrorisme que vol treure profit de l’efecte de l’alliberament o disseminació intencional de virus, bacteris o toxines, ja siguin naturals o prèviament modificats per l’ésser humà.

El focus no ha de ser necessàriament l’ésser humà. El focus pot estar en els animals o les plantes ja que a un estat, a una població, se la pot posar de genolls també per fam. Recordeu l’epidèmia del virus de la febre aftosa (foot-and-mounth disease virus) a Gran Bretanya el 2001 i el trasbals econòmic que suposà per un país desenvolupat que no tenia d’enfrontar-se a una segona crisi simultània, com seria una guerra.

En condicions “ideals” l’agent ha estat modificat per la mà humana incrementant la capacitat de generar malaltia, o la seva resistència a factors ambientals o a medicines, o millorant la seva capacitat de disseminació. “Idealment” també, interessen agents que tinguin una certa latència, que generin el seu efecte passats alguns dies per dificultar o impossibilitar la recerca epidemiològica posterior. Aquests llargs períodes d’incubació, a més, permetent una més gran penetració de la infecció a la població abans de que sigui possible cap diagnòstic. Així, un únic disseminador (bioterrorista) podria assolir diversos objectius (alliberar l’agent biològic) en diferents llocs abans que l’atac no fos ni tan sols sospitat pel sistemes de vigilància. Encara que un nombre important de persones comencessin a manifestar símptomes no específics pocs dies després de l’atac, a la comunitat mèdica li costaria un cert temps (dies o setmanes) en unir les peces del trencaclosques i provar l’origen bioterrorista de l’epidèmia. Les vies de disseminació són totes les possibles; aire, aigua o menjar.

bioterrorism

L’atractiu dels agents biològics ve de que són relativament fàcils i barats d’obtenir, es poden disseminar amb certa facilitat, i generen una disrupció, un pànic, una histèria, un caos en la població que pot ultrapassar llargament l’efecte real del brot o de la malaltia. Tanmateix l’ús convencional al camp de batalla clàssic té importants limitacions; els patògens no distingeixen banderes i no destrien entre les forces enemigues i les pròpies; ni tampoc entre la població pròpia i l’aliena.

El bioterrorisme no necessàriament cerca causar un nombre gran de morts immediates per fer efectiu; de fet, la majoria del agents biològics estan etiquetats com “agents incapacitants”, que no produeixen malalties letals. Són més “efectius” si incapaciten i posen en tensió els sistemes de salut a l’inundar-los de centenars o milers de malalts infectats, ultrapassant les reserves de medicaments o altres mesures terapèutiques i les instal·lacions d’aïllament o contenció.

Als Estat Units, els agents biològics que tenen potencial per suposar una amenaça greu per la salut i la seguretat pública son etiquetats com “select agents”, o “agents selectes”.

El Centre de Control de Malalties (Center for Disease Control, CDC) divideix aquests agents en 3 categories; A, B i C. Anem per parts:

  • Categoria A: Agents d’alta prioritat, que poden transmetre’s i disseminar-se fàcilment, resultant en altes taxes de mortalitat, amb un fort impacte a la salut publica, i potencials generadors de situacions de pànic. Dintre d’aquest grup es troba Francisella tularensis (causant de la tularèmia), Bacillus anthracis (àntrax), el virus de la verola, la toxina botulínica, Yersinia pestis (causant de la pesta bubònica, veure entrades 69 i 73), i els virus de febres hemorràgiques (no solament Filovirus, com Ebola i Marburg, si no també Arenavirus, com els virus Lassa i Machupo).
  • Categoria B: Agents amb moderada capacitat de transmissió i disseminació i baixes taxes de mortalitat. Dintre d’aquest grup es troben especies de Brucella, Burkholderia, Rickettsia, Coxiella, Chlamydia; Vibrio cholerae (el bacteri, que no virus, del colera), Cryptosporidium parvum; i bacteris de transmissió alimentària com especies de Salmonella, Shigella, Staphylococcus aureus o Escherichia coli enteropatogèniques com la E.coli O157:H7.
  • Categoria C: patògens “naturals” emergents que poden ser manipulats per afavorir la seva disseminació massiva; o agents fàcils d’obtenir o produir, amb altes taxes de mortalitat o amb potencial impacte en salut pública. Dintre d’aquest darrer grup tindríem els Hantavirus (veure entrades 10 i 102), els virus Nipah (veure entrada 102), el SARS coronavirus (veure entrades 35, 36 i 37), o el VIH/SIDA (veure entrades 79, 91, 92, 98 i 104).

De bastant d’ells hem parlat a diferents entrades del blog. Feu una cerca per categories i trieu…si voleu.

Els agents de la categoria A mereixeran una entrada especifica al blog, properament.

Realment ells, els patògens, passaven per allà, bé, ells ja hi eren i som alguns de nosaltres els que els forcem la mà.

Però aquesta, aquesta és una altra historia.

Comentaris virus-lents (108): Seguretat alimentària, la ignorància no es bon plat.

La seguretat alimentària té uns components industrials i ecològics i un component individual com és el que resulta d’estar adequadament informat dels perills i les conseqüències de les infeccions per virus i bacteris transmesos pels aliments…i actuar en conseqüència, és clar.

Hi ha molta informació a les xarxes (entre ella algunes entrades d’aquest blog, com l’entrada 16, dedicada als norovirus i els creuers, però també les entrades 14, 15, 86 i 87, més estrictament associades a la seguretat alimentària) però aquest cop la recomanació és que mireu i viatgeu una mica per l’adreça http://mapaperills.grisc.cat/#

Una adreça institucional, amb informació bàsica però clara i ben estructurada sobre els principals riscos alimentaris que podem patir a Catalunya. És una eina creada pel Centre de Recerca en Governança del Risc (GRISC) de la Universitat Autònoma de Barcelona i l’Agència Catalana de Seguretat Alimentària, àrea especialitzada de l’Agència de Salut Pública de Catalunya. Al meu blog de tant en tant anirem al detall d’un brot o d’un patogen però moltes generalitats queden cobertes amb aquesta eina.

Per que, el que està clar (o més aviat el que no està clar) de la presència dels virus a la cadena alimentària, és:

  • Que no es coneix la proporció de norovius que es transmet per aliments. Particularment la contribució de fruites i verdures, però l’impacte per la salut podria ser significatiu atenent els nivells de consum.

  • El pes que tenen els aliments, incloent-hi el porc i els seus derivats, en la transmissió del virus de la hepatitis E, no està ben apamat però podria ser significatiu.

  • No està clar, amb les evidències disponibles, que el procés de pasteurització estàndard mínim actual de 70ºC per dos minuts pugui inactivar el VHE (o això suggereixen dades experimentals  a partir de productes de porc contaminats experimentalment).

  • El VHE podria transmetre per mol·luscs bivalves (com està demostrat per norovirus i virus de la hepatitis A), ja que s’ha aïllat ARN de VHE als mateixos, però no ho sabem del cert ni podem quantificar-ho.

  • No coneixem la rellevància epidemiològica dels portadors asimptomàtics, aquells que excreten els virus però no mostren símptomes clínics, dispersant-los sense adonar-se’n al cuinar o tocar aliments. Cal afegir, si no apliquen normes bàsiques d’higiene, que en principi redueixen força la probabilitat de transmissió.

  • No es fàcil trobar consells clars i coherents sobre la preparació d’aliments; com manipular-los per evitar contaminacions creuades amb superfícies, o fomites, i altres aliments i consells de cuina per reduir riscos més enllà del ja sabut “cocció prou temps”. Per exemple, en carn contaminada amb Salmonella i Campylobacter seria millor no rentar-la amb aigua d’aixeta per evitar la dispersió del patogen per fomites o superfícies properes; taules de tallar, marbres, plats, gots, degut a les esquitxades.

I no parlem del riscos de bacteris, no són estrictament al meu camp d’experiència, i de riscos químics, que desconec com a professional. Cal anar més endins, més enllà en la recerca i alhora s’han de facilitar consells més clars als consumidors. Perquè la ignorància no és plat de grat de ningú. O no hauria de ser-ho.

 

Però aquesta, aquesta és una altra història.

Comentaris virus-lents (109): Frederic Duran-Jordà; la bona gestió de la sang és vida, avançat al seu temps.

Durant la guerra civil espanyola, un metge meticulós, Frederic Duran Jordà va dirigir a Barcelona una complexa i amplia organització de transfusió de sang. Duran Jordà creia que la millor manera d’emmagatzemar sang no era anar darrera d’ella d’un costat a l’altre, com s’havia fet fins aquell moment, si no crear una organització gran i estable encara i els temps caòtics que es vivien.

Superada l’anarquia inicial, amb lluites als carrers a l’inici de la rebel·lió contra el regim democràticament establert, la ciutat de Barcelona, sota autoritat del govern legal, republicà, es convertí en objectiu preferent d’un Franco que, emprant les forces aèries alemanyes i italianes, la bombardejà, afectant seriosament serveis públics com la electricitat, circulació de tramvies. Les vies de transport resultaren totes elles afectades i les mercaderies costaven d’arribar, mancant aliments de primera necessitat: carn, llet, mantega.

En aquestes condicions penoses, el nostre hematòleg creà un servei de Banc de Sang i Transfusió que resultà el més avançat del món en la seva època.

Frederic Duran Jordà

Fins aquell moment les transfusions eren molt majoritàriament directes; s’extreia sang d’un voluntari i es transfonia immediatament al receptor; com a molt es conservava barrejada amb una certa quantitat de citrat sòdic per un temps curt, en fresc. Una de les poquíssimes persones que feia transfusions indirectes a Barcelona, i de fet al món, era Josep Antoni Grífols Roig (sí, avantpassat dels actuals Grífols) amb un sistema de la seva invenció.

Duran, però, ho feu a gran escala. Duran omplí un edifici de varies plantes (ubicat al centre de la ciutat, carrer Mallorca 216, entre Balmes i Enric Granados, el Febrer de 1938) amb laboratoris, neveres elèctriques (molt rares a l’època), sales pels pacients i inclús un menjador ja que en una ciutat ferida per la gana la promesa d’un menjar gratis constituïa un incentiu força interessant pels potencials donants. Decidí, Duran, aplicar les tècniques de producció en sèrie a la tasca d’obtenció de sang de donants vius (descartant, amb molt de sentit comú, l’extracció de sang dels cadàvers deguts als atacs aeris). Les extraccions es feien en dejú, amb un interval entre 3 setmanes i un mes, recollint quantitats de 300-400 ml. Per simplificar els processos, únicament recollia majoritàriament sang del grup O, la del donant universal, que es podia fer servir indiscriminadament, i que guardava en flascons amb petites quantitats d’una solució de citrat (al 0,4% final) i glucosa. Amb aquest mesura evitava la necessitat de conèixer el grup sanguini del receptor, generalment no assajat prèviament. Després de comprovar mitjançant cultius en placa d’agar l’esterilitat de la sang recollida, reunia les donacions en lots de sis, barrejant-les per aconseguir un producte més uniforme, i filtrant-les per un teixit de seda per eliminar els coàguls i agregats que s’haguessin pogut formar durant el sagnat. Finalment pujava la pressió dels flascons injectant aire filtrat per conservar la sang el més oxigenada possible.

Treballar amb lots de sang pot suposar un alt risc en cas que algun donant pateixi malalties transmissibles per via parenteral. Per evitar això, i diferenciant-se d’altres coetanis més coneguts però no per això més rigorosos (Bethune, per exemple, un metge canadenc, que realitzà la primera transfusió sanguínia al Madrid de finals de 1936, després d’haver passat per Barcelona i haver vist el servei de Duran Jordà), s’examinava amb tot el rigor possible cada donació. Es realitzaven dues deteccions diferents de la sífilis, una anàlisi del tipus sanguini, altre de concentració de glòbuls vermells i un reconeixement físic acompanyat d’un qüestionari sobre l’historial mèdic i els hàbits del donant. A més, com a mesura addicional, la sang recollida podia emprar-se únicament per dues setmanes i no més (calia que existís una interfase clara a cada ampolla entre la fase dels glòbuls vermells i el plasma i que aquest mantingués el seu característic color groc; les ampolles hemolítiques es descartaven) i abans de transfundir-se eren escalfades en un bany maria a 40ºC. Per evitar contaminacions bacterianes, el sistema constituït pel braç del donant fins el flascó de transfusió estava connectat a una xarxa esterilitzada de tubs de goma i vidre de disseny i fabricació pròpies. El sistema va funcionar de manera tan professional i inalterable que inclús en els moments de més gran privacions i atacs més ferotges, el Centre de Transfusió de Sang de Barcelona realitzava cada hora fins a setanta cinc donacions de sang. Al final dels dos anys i mig que funcionà, es registraren quasi 29.000 donants, s’arribaren a més de 20.000 donacions, i es prepararen 9.000 litres de sang.

Fins i tot va ser capaç d’idear un sistema per portar la sang al front de guerra, amb la primera unitat mòbil al món, un camió frigorífic d’un repartidor de peix (i que per exemple va ser enviat a la batalla de Brunete, quan el Servei Canadenc de Transfusió de Sang, que operava a Madrid estava en col·lapse després de la sortida de Bethune, que decidí anar-se a la Xina, on va acabar muntant el Servei de Sanitat de les tropes de Mao Tse Tung). Ja abans, però, a l’agost de 1936 el camió va ser capaç de transportat sang en perfecte estat a 300 km (tot un rècord de l’època).

La qualitat del seu treball fou reconeguda a diferents països europeus. A França, Arnault Tzanck, partidari de convocar als donants solament quan es necessitava una transfusió per evitar l’emmagatzematge, adoptà el mètode del metge català, el 11938. A Gran Bretanya, The Lancet elogià el nou mètode com “un gran avenç en qualsevol sistema que es postuli per aquest país (referint-se a Gran Bretanya). El gran avantatge, sobre tot en temps de guerres, és que resulta possible extreure grans quantitats de sang… i prepara-la per ser utilitzada en un temps molt curt sota condicions d’esterilitat”.

Tanmateix, Duran al que suposem satisfet i orgullós de la seva obra, no va tenir temps d’assaborir el triomf el seu mètode. L’hivern de 1938 els bombardejos sobre Barcelona van ser intensos i centenars de milers de refugiats de tota Espanya s’amuntegaren a Barcelona. A mesura que el front de destrucció s’apropà a Barcelona, la desmoralització es va anar fent palesa. Un terrible èxode començà de Barcelona cap a la frontera amb França. Duran Jordà fou un d’ells.

Duran Jordà s’exilià a Londres, amb la seva segona dona, Vicenta Vilaró, una infermera del seu equip, invitat oficialment per un metge britànic que havia estat al costat dels republicans a Espanya. Allà conegué la doctora Janet Vaughan, llicenciada per Òxford, patòloga de la Royal Postgraduate Medical School i de l’hospital Hammersmith de Londres, mitjançant el Comitè Republicà de Metges. S’estigué a casa de la família de Janet, treballà en el seu laboratori i ajudà els membres de l’equip de Janet a ensinistrar-se en les tècniques que havia desenvolupat a Barcelona. De fet la doctora havia format part d’un grup de metges britànics que recolzaren al republicans durant la guerra civil espanyola, i al familiaritzar-se amb la feina i els resultats de Duran Jordà es convencé que Londres, on s’albirava una imminent guerra, devia comptar amb magatzems de sang. Conceberen un sistema amb quatre centres a diferents punts de Londres, cadascun amb un hematòleg i un equip de transfusió, que depenien administrativament dels hospitals locals i enviaren la proposta al Medical Research Council, encara que no havia estat sol·licitada.

Al poc temps Duran Jordà es mudà a Manchester on va ser cap del departament de investigacions microscòpiques de l’Hospital Ancoats.  Va ser també Director del departament d patologia del Hall Children’s Hospital i del Monsall Hospital. Obtingué la ciutadania britànica i així va poder tornar a visitar Barcelona el 1950.

Duran-Jordà fou militant del PSUC, enamorat dels idiomes, estudià esperant. Defenia un servei de medicina de l’Estat, per evitar que els malalts paguessin per guarir-se; de fet deia que la salut era un dret fonamental de la persona. Participà amb un petit escrit en l’homenatge a Companys en el cinquè aniversari de la seva mort recordant com Companys li concedí els diners per arrencar la creació dels Serveis de Transfusió de Sang a Barcelona.

El 30 de març de 1957 morí al Royal Infermery de Manchester, vorejava ja els 52 anys, de leucèmia; fins i tot és podria parlar d’una broma del destí en una persona que havia lluita tant per una sang segura.

Però aquesta, aquesta és una altra història.

Altres fonts: