comentarisviruslents

Aquest blog és una seguit de comentaris personals i probablement poc transferibles sobre ciència i política.

Comentaris virus-lents (48): Una novel•la per entregues d’Ébola; ratpenats contra vampirs, pallissa assegurada (1)

Ja portem unes quantes epidèmies d’Ébola, a la República Democràtica del Congo (1976, 1977, 1995, 2007, 2008), a Sudan (1976, 1979, 2004), Gabon (1994, 1996, 1997, 2001) República de Congo (2001, 2003, 2005) Costa d’Ivori (1995), Uganda (2000, 2007) a més de l’actual. De brots de Marburg (l’altre gènere de Filovirus) s’han descrit a Alemanya i l’antiga Iugoslàvia (1967), Zimbabwe (1975), Kenya (1980, 1987), República Democràtica del Congo (1998-1999), Angola (2005) i Uganda (2007). Fins ara, semblava que Ébola tenia un patró epidemiològic més proper a zones de boscos i selves del centre i l’est d’Àfrica, mentre Marburg estava més lligat a àrees mes obertes (menys humides, menys boscoses) de les mateixes àrees. Amb aquesta última epidèmia aquest patró ha quedat una mica en quarantena.

En alguns llocs (Gabon, República del Congo) la majoria del brots de Ebola Zaire s’han associat a la manipulació de carcasses infectades, especialment grans primats i antílops de mida mitjana (duikers). Tanmateix un animal que és trobat mort i que mostra de forma molt aguda la malaltia no pot ser el reservori natural del virus, no pot ser el lloc on el virus es mantingui.

Des de fa més d’una dècada s’atribueix aquest paper als ratpenats. Anem a discutir-ho.

zorros-voladores1

El-cambio-climatico-afecta-al-sistema-de-ultrasonidos-de-los-murcielagos-2

Quatre paraules sobre el presumpte culpable
Els ratpenats son únics entre els mamífers. De les 5000 especies conegudes de mamífers, un 20% son ratpenats. Breument, algunes característiques:

  • Evolutivament mandrosos. Els ratpenats, respecte a la resta de mamífers han canviat relativament poc, però van sorgir a l’historia evolutiva matinerament. El seu origen es trobaria fa uns 50 milions d’anys, coincident amb una època d’ascens de les temperatures globals. Alguns dels virus zoonotics que es troben als ratpenats, com els henipavirus y els lissavirus (el virus de la ràbia, per exemple), suggereixen una llarga història de coespeciació i cohabitació (que ha arribat a un “no nos vamos a hacer daño entre nosotros, no?”). Al compartir un tronc comú i haver evolucionat “poc” els virus adaptats als ratpenats poden estar fent servir receptors i vies bioquímiques que estan a la base de la biologia d’altres mamífers i per tant son potencialment transmissibles. Dit d’una altra manera s’aprofiten del mínim comú múltiple que tenim els mamífers.
  • Són els únics mamífers que poden volar. Poden arribar a cobrir llargues distàncies, entre 600 i 1000 km en espècies migratòries entre EEUU i Mèxic. El intercanvi de virus entre espècies emigrants i d’altres sedentàries ha estat provat pel cas del virus de la ràbia.
  • Torpor i hibernació. Algunes famílies de ratpenats poden entrar en un torpor diari o una hibernació estacional per conservar l’energia a les nits fredes o als mesos hivernals, respectivament. Se sap que els virus infectant ratpenats sobreviuen l’hivern.
  • L’aïllament de virus i els estudis serològics indiquen que molts virus poden causar infeccions persistents als ratpenats, i poden alliberar-se per llarg períodes de temps (femtes, saliva) sense que hagi evidencia clínica de malaltia (és el cas de lyssavirus, virus de la ràbia, i dels flavivirus). A més està descrita que la presència d’anticossos neutralitzants (aquelles molècules que s’uneixen als virus i el “neutralitzen”, el marquen per a la seva eliminació pel nostre sistema immunològic) no és incompatible amb la presencia de virus infecciosos i la seva dispersió.
  • Llarga vida. Moltes especies de petits ratpenats tenen esperances de vida de 25 anys. Aquesta extrema longevitat d’aquest petits mamífers està totalment fora d’escala de la gràfica de regressió lineal entre l’esperança de vida i el ratio d’activitat metabòlica funció del pes corporal (o més ben dit de la relació pes i volum corporal). Si us pareu a pensar, els animals petits viuen una temporada, uns pocs anys com a molt; els “grans” mamífers viuen dècades i dècades. Els ratpenats trenquen aquesta norma. Aquesta llarga vida incrementa el seu potencial dispersor de virus, tenint en compte que semblen quedar persistentment infectats per mesos o potser per anys.
  • Els ratpenats son probablement els mamífers més abundants numèricament, i si exceptuem humans i potser rosegadors, els mamífers terrestres més extensament distribuïts (únicament no es roben al continent antàrtic).
  • Comportament gregari: Moltes espècies de ratpenats son gregàries i s’acumulen en altes densitat dins de coves, però també en arbres, per exemple. Aquesta densificació no fa més que afavorir una potencial transmissió intra-espècie (dins individus de la mateixa espècie) però també inter-espècies si dos o més especies comparteixen l’espai. S’han arribat a comptabilitzar 300 individus penjats en un peu quadrat (30x30cm), en colònies de varis milions d’individus.
  • Els ratpenats tenen ecolocalització i la fan servir per evitar obstacles i capturar preses (insectes per exemple). Des de punt de vista que ens ocupa això no tindria més transcendència si no fos que la producció del crit o de la senyal d’alta freqüència genera gotetes minúscules, aerosols, de fluids orofaringis, mucus, saliva, que permet la transmissió de virus entre individus propers.

Bé, ja coneixem una mica el nostre actor, que és ben bé un porta-virus (tant de virus coneguts com de virus encara per descobrir). A la propera entrada començarem a “acusar-lo” formalment.

I ja veureu que aquella, aquella serà una altra història.

Comentaris virus-lents (47): Medicina darwinista? Acció-reacció; canvi i adaptació? Els símptomes com adaptacions defensives.

En una malaltia, ens hem preguntat si els símptomes que patim son exclusivament resultat d’una manipulació del patogen sobre el metabolisme de l’hoste per aconseguir una major dispersió en ell mateix i una millor excreció i transmissibilitat o bé formen part d’una resposta adaptativa per part de l’hoste, desenvolupada i afinada durant milers d’anys d’enfrontament amb patògens? Aquesta resposta potencialment dicotòmica seria la tria típica que ens fariem de resultes de la lectura de l’entrada 43 quan ens enfrontessim a aquesta questió.

Intentem contestar la segona part de la pregunta.

 

La major part dels símptomes aparents, als que reaccionem, son causats per cèl·lules del nostre sistema immunitari, i no per part del propi patogen. Per tant semblen més adaptacions del malalt, de l’hoste. I sembla un contrasentit perquè a primera vista (increment de temperatura corporal o febre, i manca de gana) semblen perjudicials. A primera vista, dic. Per definició, totes aquestes respostes que ens han arribat per via evolutiva han de tenir uns beneficis que superin els seus costos. La selecció, actuant en llargs períodes de temps no pot triar cap opció o tret en la que la relació cost/benefici estigui de part dels costos. Estudiem els dos símptomes indicats:

  • Febre: La majoria de les famílies de vacances a pobles d’interior del Sud d’Espanya no fan vida de carrer entre les 2-3 de la tarda fins al vespre. És un comportament, una pauta tèrmica que és seleccionada per famílies grans, petites, de la contrada, de fora, independentment de la seva extracció o cultura. Ningú amb judici sortiria a reblanir-se el cervell. Assumim, doncs, que aquest comportament té algun avantatge, no? En el cas de la febre, passa igual. Ha estat seleccionada per especies molt, però molt diverses; invertebrats, peixos, rèptils i mamífers, que li han trobat algun sentit. A més una estratègia que és tan costosa energèticament (un increment de 1ºC de la temperatura corporal implica un increment de més del 10% de la taxa metabòlica, feu el símil amb l’increment de a velocitat d’un cotxe a partir de 90 km/h i el consum de combustible, no és lineal) seria eliminada ràpidament per la selecció natural si no tingues algun avantatge. Un exemple-experiment: es van infectar uns llangardaixos amb una soca d’Aeromonas a una concentració tal que causes una malaltia greu. Sabeu que els llangardaixos, com altres rèptils, regulen la seva temperatura corporal de forma comportamental, és a dir, s’exposen més o menys al sol per pujar o baixar la seva temperatura. En aquest experiment, però es repartiren els llangardaixos infectats a diferents temperatures, 38ºC (la normal), 40ºC, 42ºC (superiors a la normal) però també 36ºC y 34ºC (inferiors a la normal). Els resultats mostrarem que a la temperatura normal van morir el 50% dels animals, la mortalitat fou molt més alta a temperatures inferiors i molt més baixa a temperatures superiors (Klugger, 1991). Temperatures corporal per sobre de la normalitat semblaven tenir un efecte protector, doncs.

Tanmateix la febre, un mecanisme que sembla més aviat inespecífic, no és una defensa envers tots els patògens i de vegades el patògens poden tombar la truita. En una lluita de mil·lennis d’acció-reacció, alguns patògens poden haver tret profit, o no veure’s afectat, a aquest increment de temperatura. És el cas de poliovirus, que no creix habitualment a temperatures per sobre de 38-40ºC. Tanmateix si els forcem a propagar-se en aquestes condicions en unes poques generacions víriques (un instant per nosaltres) assoleixen les taxes de creixement de temperatures corporal habituals, s’adapten (mireu entrada 35).

  • Pèrdua de la gana: La pèrdua de les ganes de menjar i una disminució de l’activitat (apatia) mentre estem en un procés infecciós poden ser interpretades també com una defensa ja que disminueix la quantitat de recursos disponibles pels patògens (principalment bacterians en aquest cas) i la seva multiplicació. Si no mengem, la concentració de nutrients circulants en sang disminueix dràsticament. Si reduïm el nostre metabolisme la quantitat de glucosa que mobilitzem i que, per tant, estarà disponible també disminuirà. Tot això influiria en les taxes de reproducció del patogen i donaria temps, faria més efectiva, la resposta del nostre sistema immunitari (Long, 1996).

Hem discutit dos símptomes com adaptacions defensives “elegantment” seleccionades durant l’evolució. Però, podem descartar que no siguin també o exclusivament resultat d’una manipulació del patogen sobre el metabolisme de l’hoste per aconseguir una major dispersió en ell mateix i una millor excreció i transmissibilitat?

Mirarem de discutir-ho en una propera entrada.

Perquè aquesta, aquesta és una altra història.

Comentaris virus-lents (46): Virus i radiació solar, SODIS, una «spin off» de l’entrada 45.

El juny 2012 les Nacions Unides informaven que el 11% de la població mundial (uns 800 milions de persones) no tenien accés a subministraments d’aigua microbiològicament segurs i la previsió era que aquesta situació no milloraria gaire els propers anys.

 

La inactivació per radiació solar (veure entrada relacionada 45 pel cas d’Ebolavirus) és un mètode molt barat i que no requereix cap instal·lació tecnificada per reduir la incidència de malalties gastroenterítiques en zones pobres o molt pobres amb subministrament d’aigua compromesos i/o sistemes de depuració malmesos o inexistents. El procediment, que alguns abreugen com SODIS (SOlar DISinfection) suposa col·locar l’aigua que es vol consumir en ampolles de sistemes plàstic (habitualment PET) transparents tancats i deixar-les en posició horitzontal preferentment sobre planxa o terra durant el dia (mínim 6 hores), particularment en el període de màxima insolació. Hi ha abundant bibliografia que quantifica un descens de la gastroenteritis en poblats o comunitats on s’aplica aquesta tècnica a l’Africa, Àsia i Amèrica.

tratamiento-agua-solar_gif

SODIS_map-fr_svg

 

Nombrosos estudis han comprovat i quantificat a nivell de laboratori la disminució de la càrrega de bacteris o virus de transmissió fecal-oral mitjançant SODIS. Així, en condicions de laboratori s’han detectat caigudes de 5 log10 (en escala percentual suposa passar de 100.000 bacteris inicials a 1 bacteri final) per Campyloabacter jejuni en menys de 1 hora d’exposició; d’Escherichia coli enteropatogènica en menys de dues hores; 4 log10R de Yersinia enterocolitica en 3 hores. Un exemple d’inactivació el tenim a la figura 1. Partint de 6 log10, que és una altra manera d’expressar 1.000.000 individus, tenim inactivacions totals en 4 o 6 hores d’alguns bacteris. L’efecte del cel és dramàtic però; mireu con les cinètiques d’inactivació canvien quan passem de cels radiants (a), a cels amb nùvols i clarianes (b) o cels coberts (c) (veure Figura 2). Per contra els cists de protozous com Cryptosporidoum o Giardia son més resistents com també ho son els virus entèrics clàssicament responsables de gastroenteritis com rotavirus, calicivirus i astrovirus, on l’inactivació amb prou feines arriba a 1 log10 (recordem, però, que això és una caiguda del 90% de la càrrega vírica inicial). Però en condicions de camp les dades son també irrefutables. Aquesta senzilla tècnica redueix a la meitat la disenteria i les diarrees infantils allà on s’aplica.

SODIS inactivació bacteriana

 

journal.pone.0090743.g004

Figura 2

Els avantatges d’aquest sistema son:

  • Baix cost, necessari perquè les comunitats afectades per manca de subministrament acostumen a ser molt pobres.
  • Fàcil de fer. No requereix cap protocol complicat o difícil de seguir.
  • Sostenible; no requereix consumibles que siguin cars o difícils d’obtenir.

 

L’aigua no ha de ser massa tèrbola. Si ho és, és millor deixar-la reposar o bé filtrar-la a través d’una gassa o teixit per retenir el material particulat gros ja que fa “ombra” dins les ampolles a la acció de la radiació solar. Evidentment sota aquestes condicions l’aigua s’escalfa però els estudis semblen demostrar per la majoria dels patògens que és el component de radiació ultraviolada del Sol el que fa l’efecte majoritari de la inactivació i no l’augment de la temperatura.

 

L’activitat microbiocida pot millorar-se:

  • Deixant les ampolles plenes damunt superfícies reflectants (metàl·liques) per incrementar la quantitat de llum que es absorbida. Si això és massa car làmines de paper d’alumini folrant exteriorment la part de l’ampolla que descansa al terra és prou efectiu.
  • Deixant els ampolles sobre una superfície fosca, negre, per incrementar l’escalfament.
  • Agitar els ampolles plenes fins a 2/3 un mínim de 30 segons abans de tancar-les hermèticament, per augmentar la quantitat d’oxigen dissolt a l’aigua. La incidència del Sol (particularment del component UVA)sobre el oxigen dissolt generarà unes especies d’oxigen inestables (oxigen singlet, peròxid de dihidrogen també conegut com aigua oxigenada, ions superòxid, i radicals hidroxils) però altament reactives que ajuden a al inactivació

SODIS bottles

Suposo que tots sabem que temperatures per sobre dels 56-57ºC desnaturalitzen les proteïnes i per tant inactiven els virus i els bacteris que com nosaltres som una munió més o menys organitzada de proteïnes, lípids, sucres i genoma. L’aigua dins les ampolles rarament arriba a aquesta temperatura; proves embolicant ampolles amb paper d’alumini han mostrat un augment de temperatura quasi equivalent i una reducció molt menor de patògens bacterians o vírics que ampolles amb la mateixa aigua deixades sense embolicar i patint la mateixa insolació.

 

Evidentment hi ha altres tecnologies desitjables per ser més eficients però també son més costoses d’instal·lar i mantenir en el temps. I no responen moltes vegades a les situacions d’emergència real. Així la OMS i la UNICEF des de 2005 reconeixen la validesa del SODIS com a tractament d’emergència de resposta ràpida i curta a desastres naturals i situacions de crisis humanitàries.

sodis bottles at village

Si sou de safari o de trekking “salvatge”, evidentment les pastilles de clor seran més segures, i sobre tot, més ràpides, però si algun cop esteu en un atzucac perquè s’han acabat les pastilles recordeu aquest consell. No és perfecte però pot ajudar a reduir la càrrega bacteriana o vírica de l’aigua del vostre voltant. Jo ho faria, si em trobes en la situació.

 

Però aquesta, aquesta és una altra història.

Comentaris virus-lents (45): Per l’Ebolavirus no hi ha factor de protecció que valgui: no sap broncejar-se

La radiació solar és un gran germicida. De fet és el germicida primari a l’ambient. Ho és gràcies a la component ultraviolada de la radiació solar. La radiació UV mata els virus al provocar modificacions en el seu material genètic, el seu genoma. I això pot tenir, i té, implicacions en temes de bioseguretat, control de epidèmies i bioterrorisme.

 

La radiació solar conte una franja de radiació ultraviolada en la que podem distingir tres zones: la UV-C (entre 200 i 290 nm), la UV-B (entre 290 i 320 nm) i la UV-A entre (320 i 380 nm); aquesta última és la més propera a la banda visible de l’espectre. La fracció més virucida és la UVC; de fet els llums ultraviolats que hi ha a certes instal·lacions son làmpades de mercuri a baixa pressió que tenen una emissió primària a 254 nm. Tanmateix a nivell del terra, a la platja, als camps, la radiació UV que ens arriba és la UVB i UVA ja que la UVC, més energètica, queda majoritàriament retinguda a l’atmosfera. La UVA i UVB treballen exactament igual que la UVC, fan servir els mateixos mecanismes d’inactivació però com son menys energètiques, tenen menys força, són també menys eficients inactivant.

504px-Ozone_altitude_UV_graph_svg

Per tant un virus deixat al medi ambient, en un llac, dins una ampolla d’aigua exposada al sol, o bé com sang infectada vessada al terra, o dispersat de forma malintencionada en una zona, patirà l’acció agressiva de la radiació ultraviolada. Una acció, és clar, fortament depenent de la insolació del terreny (que varia durant el dia i durant l’any) i de les característiques intrínseques del virus (particularment la composició, però també la mida del seu àcid nucleic).

 

És l’àcid nucleic la diana de la radiació UV. La càpside proteica i l’embolcall lipídic que fan servir els virus per encapsular al genoma no tenen gaire importància aquí. Aquí la mida del genoma sí importa, però. Com la radiació UV és indiscriminada com més gran sigui l’objectiu (més gran o llarg sigui el genoma ADN o ARN) més impactes rebrà i més malmès quedarà. Per altra banda, el mecanisme d’acció té especial predilecció per unes molècules, unes pirimidines anomenades timines. Al impactar en elles alliberen energia i permeten la formació d’enllaços entre dues timines, els dímers de timina, que destaroten la funcionalitat del genomes…fets de ADN, ja que la informació codificada en el ARN fa servir uracil en comptes de timina. Per tant els virus ADN son, en principi, més sensibles a la radiació UV que els virus ARN. Com a contramesures hi ha certs mecanismes de reparació vírica i a més els virus de doble cadena (tant d’ADN com d’ARN) tenen avantatge ja que poden tenir malmès algun punt en una cadena però no en l’altra.

 

DNA-neu-en

I que hem de dir de la radiació UV. Que serà màxima al migdia, quan l’angle solar sigui de 90º respecte al terra. En aquest moment la radiació travessa el menor gruix d’atmosfera possible; al vespre i a la matinada la radiació arriba quasi paral·lela al terra i per tant ha de travessar un gruix atmosfèric i troposfèric (on està l’ozó) molt superior que retindrà o dispersarà més la radiació UV (particularment la UVC i bona part de la UVB) i a més s’ha de repartir en un àrea de terreny més gran (en certa manera toquen a menys fotons per m2). En principi l’alçada afavoreix la inactivació perquè redueix el gruix d’atmosfera que travessa la radiació solar; a 3000 metres la inactivació serà superior que a nivell del mar. Tot això en dies clars i sense pol·lució; els núvols i els ambients pol·lucionats minven espectacularment l’acció virucida de la radiació solar.

solar-surfaceofEarth

Tenim moltes dades a la bibliografia (bàsicament fent servir UVC, a 254 nm o longituds d’ona semblants, i lamentablement en sistemes líquids, amb els virus ens suspensions en aigua o altres líquids) d’inactivació (I) de virus corresponents a diferents famílies respecte a una intensitat concreta (o paquet d’energia aplicat) de radiació UV (e) i per altra banda coneixem el genoma (g) (mida i composició, cadena senzilla o doble cadena) d’aquests virus assajats (que dintre de cada gènere o família no varia significativament). Per tant, si “I” és funció “e” i de “g”, i coneixem la mida d’un filovirus com Ebola (sabem la “g”) i calculem la radiació solar incident en una àrea concreta (sabem la “e”) es poden obtenir valors d’inactivació teòrics ambientals (la “I”), aprofitant dades d’altres virus de mida o característiques de genoma semblants.

 

Així, aquests càlculs teòrics (ningun s’ha molestat en comprovar-ho, és clar, encara que l’epidèmia actual oferiria una possibilitat al respecte) indiquen caigudes del 90% de la infectivitat (1 log10 de reducció) de membres de la família Filoviridae a zones tropicals i insolació de migdia en 20-25 minuts. A zones més septentrionals parlaríem de 60 minuts. La quantitat de UV254 nm requerida per la inactivació de 1log10 ha estat estimada en 17 J/m2 pels membres de la família Filoviridae (Ebola). Con exemple a Las Cruces (Nou Mèxic) trobem valors durant el dia de 0,55 a 0,26 J/m2 254  per minut, recordem que depèn de l’inclinació o angle de la radiació solar, i per tant de l’hora del dia.

 

Recordem a més que la inactivació per radiació UV segueix una cinètica de primer ordre, lineal, per tant, idealment, 1 log10 de reducció en 30 minuts son 2 log10R en 60 minuts i 4 log10 en dues hores (posem de 11:00 am a 1:00 pm); dels virus inicials quedarien únicament el 0,01%. I al dia següent començaríem on ho vam deixar i per tant acabaríem en 0,000001% dels virus inicials. Tanmateix aquí no considerem la presència de núvols, ni de pols en suspensió, ni de zones d’ombra per edificis o arbrat. La natura no es deixa reduir o simplificar amb facilitat.

 

Per tant, i com vaig apuntar, teòricament però no agosaradament, en una entrada prèvia (veure post 23) aquesta informació, sobre tot si es pot contrastar amb validacions “in situ” en zones d’epidèmia o conflicte poden ajudar a l’hora de fer guies de quarantena per àrees contaminades després d’una epidèmia o una dispersió malintencionada de virus, o en qualsevol cas, podem ajudar a trepitjar amb més “confiança” zones afectades si no son recents.

 

Però aquesta, aquesta es una altra historia.

 

 

 

 

 

Comentaris virus-lents (44): Ebolavirus: Alguns fets i comentaris addicionals

  El procés, el argument.

 

La OMS parla ja de 1500 morts amb un total de més de 3000 casos. Compte!! Els casos confirmats ho son per proves de laboratori o amb simptomatologia compatible o morts sospitoses o no explicables; tenint en compte com de debilitades estan les potencialitats diagnòstiques i de supervisió o vigilància epidemiològica en aquest països, encara i la activitat d’ONGs, la xifra de casos totals reals (inclouria probables, sospitosos i no registrats, però també els no declarats) és probablement JA d’uns quants milers més.

 

El període de duplicació de la infecció està en uns 30-35 dies. Per tant cada mes es duplica el nombre d’afectats. Doblar quan tens 100 infectats és una “cosa” (100 infectats més). Doblar en el mateix temps quan tens 1500 infectats és una “cosa” 15 vegades pitjor (1500 infectats més). A tal efecte algú podria recordar la rondalla dels grans d’arròs i el tauler d’escacs. Res semblant!!

 

Definitivament la mortalitat del brot NO és del 90%. Està estabilitzada entre el 50-55%. Encara que segur que hi ha una subestimació de la mortalitat, crec que la subestimació dels casos d’infectats (gent malalta que es queda a casa o s’amaga) és encara més gran el que tibaria la mortalitat cap a percentatges inferiors.

unnamed-chunk-2

Les cinètiques actuals de mortalitat i nombre d’afectats estan en una rampa ascendent de pendent fort (una típica fase exponencial, veure gràfica superior; font: http://grantbrown.github.io/Ebola-2014-Analysis-Archive/Aug_28_2014/Ebola2014/Ebola2014.HTML). Tanmateix qualsevol extrapolació mantenint el valor del pendent és agosarat, per no dir malintencionat. Hi ha tants de paràmetres que és impossible que tots evolucionin en els valors actuals.

wamap_web_large

Que el brot, encara i el moviment de persones, és de lenta transmissió (que no és una grip o que no té la capacitat que tingué SARS en el seu moment) ho indica que 2/3 parts dels casos reportats són al voltant de l’epicentre del brot; una zona fronterera de Guinea, Libèria i Sierra Lleona. Encara que hi ha focus en altres indrets i fins i tot països (ara acaba d’entrar a la llista Senegal) sempre han estat, fins ara, “puntuals”, i si es gestionen adequadament no generaran dispersions addicionals.

 

Hi ha molts factors que també hi juguen, encara que en desconec els percentatges, però la visió de les velocitats de propagació, o més concretament de la progressió del nombre de casos confirmats, probables i sospitosos (les ja esmentades pendents) en els tres països ofereix un contrast força interessant. Al país on es va iniciar, Guinea, no hem arribat als 700 afectats “declarats” mentre a països on el brot es va declarar setmanes o mesos més tard estem ja per mil o mil quatre cents afectats (veure gràfica superior). Millor sanitat? Millor educació i estructures de servei més organitzades? Pur atzar? Tanmateix el factor de una hipotètica millor sanitat pot ser temporal; una estructura estressada, que perd la primera línia de combat (metges, infermeres, que s’infecten al seu lloc de treball) per manca de material de protecció o inobservança de protocols arriba a un punt de no retorn.

GUINEA-LIBERIA-PLAGUE-HEALTH-EBOLA-VIRUS

 

El proper futur i les seves derivades

 

Probablement l’esdevenir de l’epidèmia en les properes setmanes o mesos es jugarà a les ciutats. Eradicar Ébola (o al menys contenir-lo) en cuitats populoses com Conakry (Guinea), Freetown (Sierra Lleona), Monròvia (Libèria) i Lagos (Nigèria) és cabdal per no donar peu a posteriors amplificacions o disseminacions. Ja no son poblets petits mal comunicats, son zones molt poblades amb importants xarxes de comunicació i per tant disseminació.

Paisatges després de la tragèdia. Encara que no hi ha bloqueig ni restriccions dures per viatjar el que és segur és la terrible afectació per l’economia d’aquests països del brot actual. Es de témer que, quan el brot es contingui i esperem sigui esborrat, ens quedaran uns països més pobres, amb sistemes sanitaris encara més debilitats i fora del focus d’atenció mundial i per tant de mesures de suport econòmic o estructural.

 

L’actor

N’hi ha prou amb un salt. Gire i col·laboradors, fa uns dies, mitjançant l’aplicació de les tècniques genòmiques (seqüenciació d’àcids nucleics) a prop de cent genomes de virus procedents d’uns 80 infectats confirmats (que representaven el 70% dels casos confirmats fins la data a Sierra Lleona, per tant una mostra molt representativa) han donat informació sobre l’entrada del patogen a Sierra Lleona, la seva dinàmica de transmissió i la seva evolució dins el brot.

  • A la pregunta si el brot tenia un origen únic i després ha caminat sol dins la població humana o si hi hagut diferents salts del virus des d’el reservori animal cap a humans, posant més combustible al foc, la resposta és que el salt ha estat únic. A Sierra Lleona el virus va entrar a partir d’un enterrament d’un sanador que havia estat a Guinea, que va generar una corona de primers contactes. Les seqüències analitzades son “molt homogènies”, tenen pocs canvis entre si, entre el cas índex (el sanador), les dones que l’enterraren (primera corona) i els infectats posteriors. Si l’epidèmia tingues actors diversos (virus ARN, recordem amb una alta variabilitat) el més probable es que haguéssim trobat virus amb unes quantes diferencies en el genoma ja que vindrien de virus parentals cadascun de branquetes o branquillons evolutius diferents (propagant-se a diferents colònies de ratpenats sense contacte entre elles, per exemple, i infectant ésser humans cadascun pel seu compte en llocs diversos). Com això no s’ha trobat l’entrada és única.
  • La velocitat d’aquests canvis a la seqüència pot ser mesurada (hi ha estimacions, per un breu esbós del mecanisme mireu entrada 34). Els autors indiquen una taxa de substitució de 8×10-4 per lloc (o posició) a la seqüència i any. Llavors, comptant els canvis d’una seqüència “general” d’un brot (com l’actual) respecte la d’un altre brot previ del que assumim que procedeix podem inferir (comptant cap enrere) en quin moment aquells virus van divergir, van començar a viure histories evolutives diferents. És un procés d’inferència a partir d’una foto actual. La conclusió dels autors és que aquest Ebolavirus ara actiu es va separar del tronc comú pels vols del 2004 i ha donat el brot de 2007-2008 a la República Democràtica del Congo i l’actual (Guinea, Sierra Lleona, Libèria, Nigèria). Per distància de seqüència la seqüència del brot de Gabon encara és propera (2002) mentre que les seqüències del sXX estan ja bastant separades.
  • A les seqüències d’aquest brot s’han trobat desenes i desenes de mutacions (vora quatre-centes); algunes son “sinònimes”, és a dir, la mutació no arriba a canviar l’aminoàcid de la proteïna; altres son “no sinònimes” i sí impliquen un canvi en un aminoàcid que afecta a la proteïna fent aquesta no funcional, o igual de funcional, o conferint-li alguna nova característica. Els autors mostren que, en aquest brot, aquesta taxa de substitució és el doble que en altres brots i a més que hi ha més mutacions “no sinònimes” dins el brot, és a dir, que determinen canvis visibles, a nivell de proteïna. No s’han fet anàlisis funcionals amb la qual cosa no sabem si aquestes mutacions “no sinònimes” son majoritàriament deletèries o adaptatives (per tant milloren el fitness, les capacitats del virus). Sí que han descrit, però, que unes quantes mutacions “no sinònimes” han estat fixades, se estan mantenint durant la propagació del virus, la qual cosa vol dir que probablement li donen algun avantatge al virus o bé que en un relació cost/benefici li son favorables. El que sí apunten els autors és que com més gran sigui el terreny de joc (el nombre d’infectats), més marge s’està donant al virus perquè vagi ajustant la seva maquinària al nou hoste, recordem que els humans no som l’hoste natural d’aquest virus, i li estem donant oportunitats per adaptar-se, per fer-nos seus, en un sentit més evolutiu. Per això els autors criden per una ràpida contenció del brot, per no donar possibilitats als virus circulants.
  • No ens posem nerviosos, però. Que les mutacions o canvis en el genoma no han de tenir necessariament una relació amb la severitat del brot. Les 50 mutacions no sinònimes fixades, 8 d’elles a zones altament conservades del genoma de tots els ebolavirus, poden ser la base per investigar si anem cap a una major virulència o cap una certa atenuació i menor agressivitat del virus (en termes de mortalitat). Sense més dades, jo “crec” (i el verb està ben posat, és una creença) que anirem cap al segon escenari i no cap al primer.

 

Llegiu el final de l’article, per cert (us poso el link) http://www.sciencemag.org/content/early/2014/08/27/science.1259657.full

 

Fa que tot el que està escrit al paper tingui un sentit molt, però que molt, diferent.

bleachbucketchallenge-629x413

Però aquesta, aquesta és una altra història.

 

 

Gire et al. 2014. Genomic surveillance elucidates Ebola virus origin and transmission durting the 2014 outbreak. Sciencexpress Reports

Comentaris virus-lents (43): Medicina darwinista? Acció-reacció; canvi i adaptació?

Tots els organismes vius son el resultat d’un procés evolutiu influït per l’ambient que els ha envoltat i els envolta i les pressions evolutives que han sofert. A més, tant nosaltres, els essers humans, com els patògens estem estructurats en poblacions més o menys complexes i estem sota les mateixes lleis de les dinàmiques de poblacions (a velocitats diferents, això sí, puix els cicles vitals també son força diferents). Una malaltia actual enfonsa les seves arrels en un origen primigeni, es relaciona amb altres patògens semblants, es veu influïda per la variabilitat de les soques del patogen (veure entrades 35 i 36) i com aquestes apareixen, es mantenen o desapareixen (plasticitat genètica, molt més alta en virus de genoma ARN, -veure entrada 34-, genètica de poblacions, …), i per la capacitat o potencia de propagació que és funció de les pròpies característiques del patogen fornejades durant mil·lennis i les característiques ambientals del moment.

darwinisme mèdic

Per què caldria tenir en compte l’evolució en el camp de les malalties infeccioses (però també en les no infeccioses, com càncer)?

  • Cada individu és particular. La historia de cadascun difereix una mica de la resta i el seu genoma (patrimoni genètic) també. Això explica, parcialment, les diferències existents en la resposta a tractaments i antibiòtics, per exemple.
  • Davant pressions selectives (per ex. presència d’antibiòtics o antitumorals ) els microorganismes (o les cèl·lules cancerígenes) desenvolupen resistències seguint les lleis i processos de la selecció natural.
  • L’evolució explica la diferent virulència de patògens diferents, i per tant indica mitjans o vies que permetrien revertir o minorar aquesta virulència.
  • Molts dels símptomes de les malalties (febre, dolor, tos, etc.) es poden llegir també com adaptacions defensives de l’hoste o infectat, i en molts casos podria ser convenient no tractar-los, o  no apaivagar-los del tot, no son malaltia en si mateixos.

Durant la nostra vida tenim una probabilitat de “1” (total, del 100%) de tenir contacte no amb un si no amb desenes d’agents patògens. Com nosaltres, tots els nostres avant-passats n’han tingut exposicions (encara que potser no als mateixos patògens), per la qual cosa els mecanismes que disminueixen el rics (o redueixen els efectes) de contraure infeccions han estat seleccionats i mantinguts al llarg del temps.

Davant d’una infecció que ens provoca una diarrea amb mal de cap i febre (tots aquests son símptomes, no son malaltia en si mateixos) probablement anirem al metge (o pitjor, ens auto-medicarem) per obtenir analgèsics, antipirètics, … Com a conseqüència del tractament aconseguirem reduir o eliminar els símptomes, i per tant ens trobarem millor, però haurem acabat amb la infecció? El més probable és que no, però estarem millor mentre permetem que el nostre cos acabi amb ella. Tanmateix ens hem de preguntar si aquests efectes «indesitjats» son exclusivament resultat d’una manipulació del patogen sobre el metabolisme de l’hoste per aconseguir una major dispersió en ell mateix i una millor excreció i transmissibilitat o bé formen part d’una resposta adaptativa, desenvolupada i afinada durant milers d’anys d’enfrontament amb patògens. Perquè si la resposta afirmativa fos a la segona part de la pregunta, lluitar contra els símptomes (sempre que aquests siguin lleus) és tirar-nos pedres a la teulada, és anar en contra dels mecanismes defensius que disposem i que hem seleccionat i mantingut evolutivament.

Ho desenvoluparem en futures entrades.

Perquè aquestes, aquestes son altres històries.

Comentaris virus-lents (42): Camèlids i MERS CoV; aquest cop el «regal» que ens porten no és benvingut

Ja he parlat en una altra entrada (veure entrada 7 d’aquest blog) sobre el MERS, que està afectant amb un degoteig de casos a països com Aràbia Saudí, Qatar, Kuwait, Oman, Emirats Àrabs Units i Jordània però amb algunes derivades per casos importats a països europeus (veure mapa adjunt, no actualitzat).

MERS_CoV_map_web

 

En aquella entrada comentava que una de les font probables eren els camèlids (dromedaris i camells) . Aquesta asseveració venia sustentada pel fet que el sèrum de molts dels camèlids analitzats tenien anticossos que reconeixien el MERS-CoV i que el neutralitzaven, indici d’una infecció passada, no sabem si amb simptomatologia clínica o inaparent, sense símptomes. Una infecció passada però bastant generalitzada, amb una alta prevalença. Anem a aprofundir una mica més en el tema, a partir d’un article que m’ha arribat a les mans.

mers-cov and farm

 

Es tracta d’un estudi fet a partir de mostres de dromedaris i també de dues persones. Ambdues persones, una com a propietari, la segona com a empleat treballaven en una granja on hi havia camells, ovelles, gallines. El propietari, de 61 anys, i l’empleat, de 23 anys, van emmalaltir de MERS CoV i en conseqüència es recollirem mostres dels malalts però també dels animals de la granja per veure si havien actuat de vectors. En els cas dels camells s’obtingueren, amb penes i treballs, hisops rectals (del cul), nasals, i mostres de sèrum. Com els animals es consideraven com a sospitosos (recordem que la taxa de mortalitat dels humans infectats està en el 45%; l’epidèmia actual d’Ébola esta un pel per sobre del 50%), la presa de mostres es feu amb personal equipat amb granotes integrals amb caputxa, protecció respiratòria i ocular guants segellats. Tot un Ebola-like.

MERS-CoV ppeMERS PPE-2

A partir d’aquestes mostres i de les obtingudes de les dues persones infectades es feu una extracció d’àcids nucleics i, després d’alguns passos, una posterior seqüenciació del genoma. També es mira, per diferents reaccions de PCR, cadascuna dissenyada per evidenciar una fracció de genoma, de detectar el genoma viral del MERS CoV en les mostres nasals o fecals. Finalment amb el sèrum (la fracció no corpuscular de la sang, aquella que resta desprès de retirar eritròcits, glòbuls blancs i plaquetes) es cercava la detecció d’anticossos neutralitzants.

 

Les conclusions foren:

  • Es detecta genoma viral a les mostres nasals de la majoria dels camells, únicament 3 dels 14 foren totalment negatius, i 6 dels 14 es consideraren “completament” positius. Això vol dir presència de virus a mucoses, en aquest cas nasals. El perquè no s’havia detectat abans rauria potser en que fins ara s’havien agafat mostres rectals o de femtes o bé s’havia provat la detecció en la sang (a partir de sèrum) on potser el virus no està present o està present en una finestra de temps molt curta (d’uns pocs dies). Si agafem la mostra abans o desprès d’aquesta finestra donaríem el camell com a negatiu a MERS quan no ho és. En aquest estudi les mostres s’agafaren pocs dies desprès d’emmalaltir les persones, per tant el virus encara estava circulant a la granja.

  • Sabem que el virus va de camells a persones? L’estudi no pot confirmar-lo. Hem fet una foto fixa i hem trobat genomes del virus MERS-coV a camells i a dues persones d’una granja però no podem dir si va ser abans la gallina que l’ou; també podria ser que els humans haguessin transferit el virus als camells. El que si és cert és que es tracta del mateix virus perquè quan es feu al seqüenciació de les mostres de camells i humans aquestes seqüències eren pràcticament idèntiques i diferien únicament en un o dos nucleòtids. Tampoc podem descartar que camells i humans s’infectessin ambdós d’un tercer animal, un reservori no conegut.

  • Tots els animals foren seropositius, es a dir, tenien anticossos neutralitzants. En una infecció vírica el virus entra, es propaga, en molts casos dona virèmia (presencia de virus en sang) i després, idealment, les defenses de l’hoste actuen i es generen anticossos que poden ser neutralitzants (s’uneixen al virus bloquejant la seva infectivitat i permeten la seva eliminació). Si prenem mostres al començament de la infecció trobarem el virus i per tant detectarem el seu àcid nucleic per PCR, però no trobarem anticossos perquè l’hoste no ha tingut temps de reaccionar encara; si prenem les mostres uns dies o setmanes desprès no trobarem rastre del virus i sí trobarem anticossos neutralitzants, que és el rastre que deixa el virus desprès de la infecció. Un escenari amb tots els animals seropositius i detecció de genomes vírics en algunes mostres indica una infecció que no és massa recent ja que els hostes, els camells en aquest cas, han tingut temps de generar els anticossos.

 

Com veieu traçar inequívocament una font d’infecció en el camp no és una tasca gens fàcil i els resultats de vegades aboquen a noves preguntes i noves incerteses. Res que s’assembli a la ciència de les sèries de televisió.

 

Però aquesta, aquesta es una altra història.

MERS-Coronavirus

 

Font: Haagmans et al., 2014. Middle East respiratory syndrome coronavirus in dromedary camels: an outbreak investigation. The Lancet 14, 140-145.

 

Comentaris virus-lents (41): Ebola-Zaire, perquè a Guinea? Perquè ara? Algunes especulacions no malicioses.

 

El gènere Ebolavirus, que amb el gènere Marburg constitueix la família dels filovirus, esta constituït per cinc especies o soques: Zaire, Sudan, Tai Forest, Bundibugyo i Reston. Fins ara la soca Zaire s’havia aïllat de forma exclusiva a paises centreafricans (La República Democràtica del Congo, la República de Congo i Gabón). La soca geogràfica més propera aïllada, ja fa anys, va ser la Tai Forest, a Costa de Marfil, limítrof amb Libèria i Guinea (veieu mapa a sota).

 

texte_alt_jlevir00152_gr5

 

Com va arribar la soca Zaire llavors? Dues possibles alternatives obvies: la primera, que no va arribar, ja estava, però no havia estat detectada; la segona que va ser introduïda fa pocs anys. Els estudis filogenètics que es tenen fins ara, no concloents, indiquen que la soca Zaire actualment activa a Guinea no és idèntica a la que circulava per Àfrica Central. Quan dues soques son pràcticament idèntiques el més probable es que siguin molt properes en el espai i en el temps (mireu entrada 34 sobre variabilitat vírica). Conseqüentment, si son relativament diferents, això implica uns quans anys de història i vida divergent, o alternativament un motor evolutiu potent que forci els canvis o mutacions.

 

Assumim com a certa l’especulació que el virus ja hi era feia lustres per Guinea. Com és que no en teníem noticia? Senyors/es, perquè no som el centre d’aquest mon. Molts patògens, uns quants d’ells vírics, poden mantenir-se en cicles animals sense tenir contacte ni precisar intervenció humana. Si els animals que actuen com mantenidors o reservoris tenen un contacte escàs amb els assentaments humans les oportunitats d’infecció per aquestos són molt limitades. A més, que una espècie animal concreta actui com a reservori no vol dir que molts individus de la població estiguin infectats. En aquest cas encara que els humans tinguéssim contacte freqüent amb aquestes poblacions la probabilitat de ser infectat seria baixa (tan baixa com que ens toques una travessa). Però és que a més, la presentació clínica de Ébola és prou enganyosa; les cinematogràfiques i impactants hemorràgies que es poden donar al tram final de la infecció no són la norma general i la infecció que inicialment té els símptomes inespecífics d’una grip pot arribar a confondre’s amb altres febres hemorràgiques que sí son típiques de la regió, com la febre de Lassa. És a dir, podríem haver tingut una circulació de baix nivell, un run-run d’Ébola els últims anys que s’hauria confós amb alguna altra malaltia; tinguem en compte que les tècniques de diagnòstic de laboratori en aquella zona no són sempre disponibles.

 

Anem a l’altra hipòtesi…i si va ser introduït? Primer traieu-vos del cap tota interpretació maliciosa o conspirativa. Em moure sempre pel terreny de la involuntarietat. La introducció per viatger/turista és improbable. Si aquest viatger el va portar des de Zaire, recentment, era realment un “outsider” ja que va anar a petar molt lluny de les zones habituals de trànsit, doncs el cas índex, el primer, s’ha fixat en Guéckédou, una zona a un dia de camí per carreteres dolentes de la capital de Guinea o Sierra Lleona. Tenint en compte els medis de transport (una persona pot donar la volta al mon en menys de 24 hores però en segons quins llocs i amb segons quins mitjans avança unes poques desenes de kilòmetres al dia) i el període d’incubació del virus (mitjana una setmana-10 dies) potser el nostre viatger no arribaria viu.

 

ebolaafrica02

 

No, probablement tornaren a ser els animals. Des de fa una dècada s’acumulen proves (detecció genomes per PCR i serologies positives, és a dir presència d’anticossos) de la estreta relació entre Ebolavirus i tres especies de ratpenats de la fruita el radi geogràfic dels quals cobreix tota Àfrica Central, Sud i Occidental (el Sàhara fa de barrera). Es tracta de Hypsignathus (monstrosus), Epomops (franqueti) i Myonycteris (torquata). Si cerqueu a Google imatges la distribució geogràfica dels tres gèneres veureu que es solapa d’una manera molt clara amb els diferents brots infecciosos d’Ébola. Aquests animals poden migrar llargues distàncies; i sí, no reconeixen les fronteres. I resulta que aquests ratpenats formen part dels materials culinaris de la gastronomia de la regió, el que hagués facilitat exposició i infecció. De fet una de les primeres mesures del govern de Guinea davant el brot fou prohibir la caça, venda i consum d’aquests animals.

 

Un incís, la carn d’aquests ratpenats i d’altres animals infectats, un cop bullida, fregida, etc. és completament segura però el problema és que per arribar a aquest estat s’ha de manipular, tocar, tallar, preparar i aquí rau el risc d‘exposició i infecció.

 

Molt bé, però els ratpenats no van anar específicament a Guéckédou, no? Efectivament, els ratpenats, si van introduir el virus, es van distribuir “aleatòriament” pel territori, i aquí el brot d’Ébola passa de tenir un “culpable” animal a tenir un “culpable” molt més humà. La major part dels brots d’Ébola que passen a l’Àfrica no són aleatoris, invariablement han passat en àrees on el sistema econòmic i sanitari ha estat destruït o fortament afectats per anys de guerres, conflictes o satrapies autòctones. Ara cerqueu la historia recent de Libèria i Sierra Lleona i veureu que han estat en guerra civil uns quants anys; Guinea és un del països més pobres d’Àfrica, per tant del mon, amb una rampant satrapia corrupte, la meitat del guineans estan per sota del llindar de pobresa…interior, marcat per la pròpia Guinea. I Guéckédou, i la seva població, estaria clarament sota el llindar de pobresa com a representat de la Guinea selvàtica, rural, on rarament el govern del país fa cap inversió més enllà de desforestar per treure profit de la fusta. En certa manera la zona del cas índex s’ha anat des-desenvolupant, regressionant. L’ecologia porta el virus a la nostra porta i l’escenari sociopolític generat per nosaltres li obrà la porta un mica (brot petit) o de bat a bat (brot actual).

 

Com contribuïm els humans? Primer, la pobresa porta a la gent dels pobles a endinsar-se més a la selva per caçar menjar (incrementant el rang d’animals i exposicions als mateixos), treure fusta per fer carbó o treballar en mines per extreure minerals. Aquestes incursions, quant més nombroses i profundes siguin més incrementen la probabilitat d’exposicions al virus. Segon, els sistemes sanitaris són molt bàsics i moltes de les “coses” que donem per fetes (guants d’un sol ús, xeringues rebutjables, mascaretes, ulleres de seguretat, profusió de desinfectants, etc.) no estan disponibles de forma continua, la qual cosa provoca infecció nosocomial en el personal sanitari i la mort d’aquest. Per tant debilita uns sistemes sanitaris de per si bàsics i genera un efecte pànic en el personal sanitari restant. Inclús, els hospitals poden haver contribuït a propagar la malaltia a alguns malalts que es trobaven allà per altres causes i que al tornar a casa la passaren a alguns contactes familiars. I tercer, les estructures governamentals no són eficients ni estan coordinades entre elles, i el personal funcionari es escàs, mal pagat i és incapaç de fer efectives les quarantenes a hospital o àrees delimitades. Certament a més, les fronteres són molt poroses, les xarxes de comunicació deficients a àrees remotes i hi ha un cúmul de llengües que poden actuar de barreres comunicatives.

 

 ebola-map-aug14-1200px

 

I perquè ara? Tot això explicat sembla un discurs especulatiu coherent, però, …perquè ara, perquè no fa 3 o 5 o més anys? El primer que cal assenyalar és que el cas índex és de desembre 2013 que correspon a l’inici de la temporada seca; aquesta dada està en consonància amb altres brots d’Ébola que també s’inicien a les transicions de temporada de pluges a temporada seca. A més l’any passat va ser un any amb un final de temporada de pluges particularment sec seguit d’una temporada seca particularment àrida, tot això possiblement lligat a l’extrema deforestació de la zona durant dècades recents. Tot això podria haver incrementat molt el nombre o la proporció de ratpenats infectats però també la freqüència de contactes entre ratpenats infectats i éssers humans.

 

Tenir una idea més clara de l’interruptor que encén el brot, i dels seus components tan ambientals o selvàtics (ratpenats, cobertura vegetal, regim pluges) com socials (pobresa, aprofitament forestal, estructures sanitàries, governs) hauria d’ajudar a prevenir, i no sols curar, properes epidèmies d’Ébola. Ara per ara, però, s’ha d’afrontar l’epidèmia actual, un seriós repte.

 

Però aquesta, aquesta és un altra història…encara sense final.

 

Per més sobre Ebola mireu entrades 18, 23, 30, 31 i 38 d’aquest mateix blog.

Comentaris virus-lents (40): Chikungunya al Carib; tu veuràs, Curro!

Al desembre de 2013, es va detectar el primer cas de transmissió local de Chikungunya a les Amèriques a Sant Martí. A finals d’any, s’havia estès a Martinica i Guadalupe, amb casos sospitosos a Sant Bartolomé. A finals de gener de 2014, els casos havien estat confirmats a San Bartolomé, així com les Illes Verges Britàniques, Dominica i Guyana Francesa. A finals d’abril, catorze països del Carib havien confirmat almenys un cas. Sobre la base de 4.000 casos confirmats i més de 30.000 casos sospitosos, l’Agència de Salut Pública del Carib (CARPHA) declarat en tot el Carib l’epidèmia del virus a principis de maig. A finals de maig, quatre casos de Chikungunya s’havien confirmat a la Florida. De fet fa unes poques setmanes es va descriure ja la transmissió autòctona del virus als EEUU ja que gent que no havia viatjat al Carib va contreure la malaltia, suposadament per picada de mosquit a sol americà. Aquesta transmissió autòctona va anar precedida d’un increment de casos de Chikungunya en turistes americans de tornada del Carib (58 casos en els primers sis mesos de 2014 respecte una mitjana en anys precedents de 28 afectats).

El país més afectat amb diferencia és la República Dominicana, i en segon lloc la veïna Haití. Ha resultat ser el virus més agressiu des de 2004, superar els brots de grip i el degoteig continu de casos de dengue, endèmic a la illa, el VIH, el virus del papil·loma humà, la ràbia, la poliomielitis, el xarampió i la rubèola, i la malària causada por un paràsit. Tanmateix, i malgrat la seva agressivitat, i que els malalts no tractats a temps de certes poblacions de risc poden morir, la mort per virus chikungunya registra la taxa més baixa, amb un 0,4% de letalitat. Però des que «oficialment» va aparèixer per primera vegada en la comunitat de Nigua, província Sant Cristòfol, els casos de chikungunya s’han disparat de tal manera que mantenen la població dominicana en una mena de temor o pànic generalitzat. Les autoritats sanitàries informen que en el que va d’any s’han detectat 165,433 casos de chikungunya (zero l’any 2013) contra 2,953 de dengue (més de 5000 el 2013 per les mateixes dates), que també és causada pel mosquit Aedes aegypti. Això dona idea de l’agressivitat amb què s’està expandint la malaltia. Les projeccions no alarmistes, conservadores, asseguren que almenys entre 5.0 i 7.0 milions de persones seran afectades, llavors és fàcil concloure que Chikungunya entrarà gairebé a totes les llars dominicanes. El Col·legi Mèdic Dominicà assegura que hi ha un enorme subregistre de la incidència a les xifres oficials, i fins i tot, i considerava conservadora una xifra «real» de 500.000 malalts (recordem que les oficials en el moment de la previsió del col·legi eren unes 170.000 afectats). En tan sols una setmana de juliol es van registrar 28.598 casos nous de chikungunya. Per posar en context en els ultims 10 anys els casos de dengue anuals han estat entre 9 mil i dotze mil; els casos de malària entre 2400 i 3800 afectats anuals; el HIV entre 3800 el 2005 als 570 el 2011. Xifres totes elles molt menors de les que presenta actualment Chikungunya.

No existeix vacuna per aquest virus, transmès per un mosquit i amb símptomes similars al dengue (mireu entrada 39). Durant el mes de juliol el virus arribà a Paraguai i Costa Rica, mentre que a Veneçuela  ja s’han registrat 12 casos. Puerto Rico també ha reportat desenes de casos locals no deguts a turistes retornats de zones afectades. Aquí un mapa, que ja estarà superat però és el més recent que he trobat, sobre els casos de transmissió autoctona, és a dir, on el cicle mosquit-humà ja és local, no degut a turistes.

 CHIK_Americas_Map-081214

La malaltia pel virus Chikungunya causa gran absentisme; en el sector industrial l’absentisme s’ha estimat en gairebé un 20% (o 55 hores per empleat afectat), segons dades de la patronal (Associació d’Indústries) amb un cost altíssim per aquest sector, ja que ha calgut pagar una quantitat molt elevada d’hores extra i contractar nous treballadors temporals en substitució dels tècnics o especialistes malalts el que ha portat a una disminució en el ritme de la producció.
Ja hem comentat la transmissió autòctona del virus als EEUU, particularment a Florida. No ha descobert la sopa d’all la European Center for Diseases and Control (ECDC) si avisa que la transmissió autòctona d’un cas de Chikungunya importat durant la temporada d’estiu a la UE és possible, sobre tot tenint en compte que el mosquit s’ha fet present a moltes contrades europees com es veu al següent mapa (mireu entrades 20 i 26).

Aedes albopictus in Europe

 

El risc estaria vinculat a la importació del virus pels pacients infectats en zones de vectors competents (com a conseqüència de la seva exposició a les espècies de mosquits que poden portar chikungunya: Aedes albopictus a l’Europa continental i l’Aedes aegypti a Madeira). La ECDC demana als viatgers que tornen de zones infectades que tinguin símptomes que cerquin atenció mèdica immediata i que apliquin mesures de protecció personal per evitar les picades de mosquits i donar base a una transmissió autòctona. Alhora ha reforçat els sistemes de vigilància i notificació ràpida dels casos. També s’ha avisat a les autoritats de seguretat de la sang de la UE pel que fa a la situació epidemiològica a les Amèriques en línia amb les mesures adoptades per a la infecció pel virus del Nil Occidental. Al tractar-se d’un virus que dona virèmia, en principi no és impossible que entri en alguna donació i pogués contaminar subministraments d’hemoderivats. Tanmateix, els que es coneix del virus Chikungunya apunta a que és inactivat fàcilment pels sistemes actualment emprats a l’industria de preparats sanguinis.

 

Sabíeu que quasi tots els hemoderivats que s’obtenen de les donacions son sotmesos a un o més processos d’inactivació vírica per incrementar la seguretat viral i que tot això arrencà com a resposta a la transmissió de virus com el viru de la imunodeficiència humana (HIV) el virus de la hepatitis C i parvovirus B19 en alguns concentrats de factors de coagulació i immunoglobulines allà per la dècada dels 80’s del segle passat. No? Doncs és un tema que dona per parlar abastament.

 

Però aquestes, aquestes seran altres històries.

Comentaris virus-lents (39): Chikungunya, emergent per segons qui?

El CHIK no porta entre nosaltres uns anys. Ja hi ha informes d’epidèmies de febre, erupcions i artritis semblants a la simptomatologia de CHIK a finals del s. XVIII. Tanmateix el virus no es pogué aïllar de sèrum humà i mosquits fins una epidèmia a Tanzània l’any 1952-53. A la dècada dels 60 i 70 del segle passat passà d’Àfrica a Àsia (Tailàndia i India).

El primer brot mediàtic (afectà a una possessió europea) for un originat a Kenya i afecta illes Comores, Reunió (possessió francesa) i altres illes de l’Índic. Durant 2 anys (2004-2006) es reportaren 500.000 casos. Després tornà a passar a India, infestant més de la meitat del seus estats i infectant 1,4 milions persones abans acabar 2006 i durà fins 2010. Posteriorment desbordà a Singapur, Malàisia i Indonèsia. I finalment va donar-se una transmissió autòctona a Europa occidental (veure entrada 8). Al 2010 ressorgí altre cop a La Reunió. Des de fa anys a França i Catalunya, per exemple, hi ha casos importats per turistes que desenvolupen virèmia desprès de visitar Indonèsia, India, i ara mateix el Carib (amb epidèmia activa).

El problema està en que una acumulació de casos al·lòctons (turistes venint de zones endèmiques) en àrees com Catalunya amb presència de vectors competents (Aedes albopictus i Aedes aegypti) i amb una població no exposada prèviament pot determinar una emergència i disseminació ràpida del patogen. Es creu que un cop exposat a CHIK, les persones desenvolupen una immunitat perllongada enfront reinfeccions.

El reservori principal de CHIK som els éssers humans dins els períodes epidèmics. En els períodes inter-epidèmics, s’ha implicat a primats no humans, rosegadors, aus…

Un mosquit que hagi xuclat sang d’una persona infectada no és infecciós de forma immediata. Cal un període d’incubació dins el mosquit d’uns 10 dies de mitjana, perquè el virus arribi a les glàndules salivars i el mosquit pugui transmetre la infecció. Se li diu incubació extrínseca.

Encara que la via principal de transmissió és per picada de mosquits infectats. S’ha descrit infecció ocasional  per punxada agulla d’un pacient amb CHIK i també per manipulació de sang infectada. No s’ha descrit transmissió per aerosols. Els pacients en fase de virèmia (la primera setmana de símptomes) han de quedar protegits per mosquiteres per evitar ser picats i amplificar el cicle.

La incubació intrínseca, dins el cos humà, durà entre 3 i 7 dies, que es quan comencen a manifestar-se els símptomes clínics. Tanmateix la virèmia, la presència de virus a sang es dona quasi des de el moment de la fiblada. Quan es manifesten els símptomes clínics ja portem circulant 106 (1.000.000) virus infecciosos per ml sang i aquest numero anirà caient però no desapareixerà fins els 8-10 dies.

Clínica de la malaltia

Primer de tot no tots els individus infectats desenvolupen clínica. Fins un 25-30% de les persones poden passar la infecció de forma subclínica (és a dir acaben desenvolupant anticossos sense tenir consciència d’estar infectades).

CHIK pot causar infecció aguda, subaguda i crònica. La malaltia aguda es caracteritza per febre alta (superior a 39ºC), i fort dolor articular (particular a mans i peus, simètric, i altament incapacitant, obligant a quedar-se a casa), però també cefalea, miàlgies, nàusees, vòmits, erupcions, conjuntivitis. Aquesta fase no passa dels 10 dies.

També poden donar-se manifestacions atípiques degudes al propi virus, a la resposta immune (que de vegades fa més mal que bé) o a la toxicitat intrínseca d’alguns medicaments. Ací poden donar-se casos de meningoencefalitis, paràlisi, retinitis, insuficiència cardíaca, arítmies, insuficiència renal agua, hepatitis, pancreatitis, etc. Encara i així es consideren rares les morts relacionades amb infeccions de CHIK. Hi ha grups de risc, però: els mes joves (neonats) i els més vells son els més proclius a desenvolupar les clíniques més greus, i fins i tot la mort. Així els individus més grans de 65 anys tenen una taxa de mortalitat 50 vegades més alta que adults de menys de 45 anys. Pot donar-se, amb baixa freqüència, avortaments espontanis per infecció de CHIK de la mare. La transmissió materno-fetal és possible. No hi ha evidències de transmissió de virus per la llet materna. Si un neonat s’infecta, sobre tot just abans del part, té més probabilitat de mostrar incapacitats greus a la llarga.

El tractament en aquesta etapa es fa amb paracetamol per alleugerir la febre i ibuprofè o algun altre antiinflamatori no esteroide per alleugerir el component artrític de la malaltia. No es recomana aspirina (acetilsalicílic) per perill de sagnat en un nombre reduït de pacients. Si el dolor articular és molt gran el metge pot recórrer per poc temps morfina o corticosteroides. Imprescindible molta reposició de líquids (beure molta agua).

La infecció per CHIK demana un diagnòstic diferencial respecte altres malalties amb símptomes inicials semblants com seria la malària, el dengue, la leptospirosis, o infeccions per alfavirus. Recordem el cas de la febre hemorràgica d’Ébola que té com a símptomes inicials uns que s’assemblen molt als de una grip comuna.

La malaltia subaguda apareix als 10 dies, desprès de la fase aguda. Desprès de la fase aguda hi ha una milloria, però poden tornar els símptomes amb complicacions reumàtiques, que poden donar-se dos o tres mesos després. La majoria dels pacients en aquesta fase patiran símptomes depressius, fatiga general i debilitat.

Finalment anem a petar a la malaltia crònica. És aquella que es dona si els símptomes persisteixen més de tres mesos. El símptoma crònic més freqüent és una inflamació de les mateixes articulacions afectades durant la fase aguda, per tant un reumatisme perllongat en el temps, però també fatiga i depressió. La incidència d’aquesta fase crònica sembla depenen geogràficament. En funció de l’ àrea geogràfica s’ha reportat persistència dels símptomes als 2 anys del 12-18% dels pacients, mentre a altres indrets aquests símptomes encara son soferts pel 50% dels infectats als dos anys.

Una malaltia rarament mortal més enllà dels grups de risc però que si es troba amb una població naïve, prèviament no exposada, i no vacunada, pot córrer com la pólvora. A més, encara que la letalitat és baixa, és altament incapacitant durant la fase aguda i pot deixar seqüeles durant un termini temporal d’anys. Hi ha algun cas que demostri aquestes últimes afirmacions? Sí, un de molt clar i molt actual.

Però aquesta, aquesta és una altra història, que contarem en breu.