comentarisviruslents

Aquest blog és una seguit de comentaris personals i probablement poc transferibles sobre ciència i política.

Archivos en la Categoría: biocontenció

Comentaris virus-lents (121): Entrenant-se per caminar pel tall de la navalla.

Nova edició del curs de Post-grau en Estrategias en Bioseguridad y Biocontención. El primer es va celebrar amb èxit, i una espectacular bona valoració per part de l’alumnat, el passat octubre, del 2014. Aquest any, amb una reformulació de continguts se celebra la segona edició, en la Facultat de Veterinària de la Universitat Autònoma de Barcelona, ​​i en les instal·lacions de l’IRTA-CReSA (Centre de Recerca en Sanitat Animal).

A més dels professors de la passada edició s’ha obert la porta a professionals de reconegut prestigi amb molts anys d’experiència en camps com la filtració d’aire HEPA (high efficiency particulate air) i disseny de cabines de seguretat biològica, mètodes físics i químics de desinfecció i esterilització, normativa de transport de materials biològics, i equips de protecció individual, entre altres. Tot això acompanyat per personal que treballa dia a dia en instal·lacions d’alta seguretat biològica, que pot donar no només un coneixement teòric sobre el disseny, construcció, validació operativa i funcionament de les mateixes si no el dia a dia, la gestió de les activitats i de les potencials incidències.

Un curs altament recomanable per a tots aquells que volen iniciar-se amb una bona base en el món de la bioseguretat o la biocontenció; o per aquells que ja tenen aquesta base, però que vulguin veure enfocaments o punts de vista diferents a temàtiques concretes. Perquè ningú ho sap tot, de totes les maneres possibles. I perquè a la solució adient es pot arribar transitant per camins diversos.

Però aquesta, aquesta és una altra història.

Per més detalls es pot consultar l’enllaç: http://www.uab.cat/web/postgrado/curso-en-estrategias-en-bioseguridad-y-biocontencion/informacion-general-1206597475768.html/param1-3045_es/param2-2012/

Comentaris virus-lents (100): Tombant la vista enrere.

Aquesta és l’entrada numero 100 i la faig tot just un any després de començar aquesta aventura. Una aventura que m’està servint per llegir, i pensar, sobre temes molt propers (bioseguretat, biocontenció, transport de material infecciós, inactivació vírica) i d’altres no tan propers però potencialment accessibles (Ebola principalment aquest any, dissortadament).

Cent entrades, cent histories. Tot plegat un pel patchwork. Algunes temàtiques, com la bioseguretat, la biocontenció, la bioprotecció, l’avaluació de risc, el transport de material infecciosos constitueixen el dia a dia de la meva feina (entrades 2, 4, 19, 21, 22, 24, 27, 29, 32, 84, 89).

Alguns dels patògens dels que hem parlat són manipulats a la nostra instal·lació i com a Oficial de Bioseguretat ha calgut avaluar els riscos i conèixer bé el patogen manipulat. Ha estat el cas de Chikungunya (entrades 8, 20, 39, 40, 61) i el MERS Coronavirus (entrades 7, 42, 56, 90).

Altres virus, amb els que no tinc tracte directe, han tret el cap puntualment com el virus de la immunodeficiència humana (entrades 79, 92, 98), o el xarampió (entrades 81, 82, 85) i també hem discutit sobre salut pública en genèric (entrades 16, 35, 36) i de seguretat alimentària en particular (entrades 14, 15, 86, 87)

Això sí, aquest any la majoria de les entrades (vora de 1/3 del total) tenen relació amb la temàtica de l’Ebola i més genèricament dels filovirus (entrades 13, 17, 18, 23, 30, 31, 38, 41, 44, 48, 49, 50, 51, 52, 53, 54, 55, 57, 58, 59, 60, 63, 65, 70, 71, 77, 80, 88, 93, 94, 95, 97).

M’ho he passat bé escrivint aquestes cent entrades encara que es pot dir que m’ho he passat millor llegint articles o revisions per preparar el material. En alguns casos he quedat fins i tot content d’allò escrit, en d’altres he esperat màxima indulgència dels meus lectors. En tots els casos, però, el que cerco és divulgar microbiologia (bàsicament virologia) i per tant ens esforcem en fugir de conceptes massa profunds, o massa complicats. No es vol vulgaritzar però si explicar fets de forma planera. Ja hi ha altres fòrums, o fins i tot contactes individuals per explicar les coses amb més fondària.

293x181-Source-bkqGgyaGrA

Encetem aquest segon any…amb les mateixes ganes. Evidentment aprofitarem la “actualitat” per continuar parlant de virologia però esperem, en bé de tots, que cap tema segresti excessivament la meva (i la vostra) atenció. Voldrà dir que res és prou important i que ens es permés parlar de tot, picant aquí i allà i eixamplant una mica més el coneixement de cadascun…i si és possible amb un mig somriure, millor.

Però aquesta, aquesta és una altra historia.

Comentaris virus-lents (88): Incident Ebola al CDC; el diable està als detalls.

El mes de desembre de 2014, els Centers for Disease Control and Prevention (CDC) van reportar que una petita quantitat de material procedent d’un experiment que formava part d’un estudi amb virus Ebola havia estat transportat de forma segura entre la instal•lació de nivell de bioseguretat 4 (NBS4) a una altra de nivell de bioseguretat 2 (NBS2); un incís, un laboratori de nivel 2 ve a ser un laboratori hospitalari amb cabines de seguretat biològica. Res problemàtic si no fora perquè les mostres transferides tenien certa probabilitat de contenir virus infecciosos. El material transferit inadequadament es va portar al laboratori NBS2 en un contenidor hermètic però un cop allà es va obrir i es van manipular les mostres.

Chemtution-suit-03Treball a cabina de seguretat biològica amb indumentària amb pressió positiva

L’estudi en qüestió implicava prendre dos hisops orals idèntics de cobais, infectats amb dues variants del virus Ebola, que es dipositaven en dues sèries de tubs; un per estudis amb virus viables (marcats com VTM, Virus Transport Medium) i un altre per a estudis a partir de material inactivat (els tubs als quals anaven a parar els hisops contenien un tampó de lisi). Els tubs eren idèntics en la seva grandària i marcatge, i només es diferenciaven pel color dels taps i les etiquetes. Aparentment es van usar processos d’inactivació aprovats, que s’havien revisat recentment, però no van servir per a molt, perquè l’error humà d’un tècnic que prengué el set de mostres equivocades (les no inactivades) cap el laboratori NBS2 va materialitzar el risc. El diable està en els detalls (i si no llegiu atentament la seqüència de l’incident a les pàgines 6 a 8, Description of the event de l’informe complet). Ve a ser una cosa per l’estil, si alguna cosa pot sortir malament, sortirà malament.

KIDS62AWRContenidors habituals per transport de materials infecciosos (per més detalls veure entrada 84)

L’informe de la CDC (veure link al final de l’entrada) cita dues recomanacions que en el seu moment (en una avaluació d’un incident previ) no es van implantar completament en aquell laboratori: la instal•lació d’un sistema de càmeres per a una segona verificació de punts crítics de seguretat i el ús adequat de Certificats de Transferència de Materials (MTC’s). A més es considera causa probable l’absència d’una programació d’estudi escrita i aprovada per un supervisor, i, la-mare-de-totes-les-causes, que l’esquema de treball planificat no s’havia dissenyat amb la ment posada en minimitzar la possibilitat d’errades humans conduents a una exposició potencial.

Afortunadament l’incident es va comunicar de forma ràpida i es van prendre mesures per minimitzar l’exposició del personal. Cap persona va resultar infectada, a la data d’aquesta entrada han transcorregut ja molt més dels 21 dies convinguts com a límit per manifestar simptomatologia en la persona que va manipular el material (recordem però que altres estudis marquen períodes superiors, de l’ordre de 30 dies, veure entrada 60 del blog). De fet, quan es van buscar virus infecciosos en els hisops del dia previ i del dia posterior a l’incident es va confirmar l’absència d’infectivitat en totes les mostres.

Els últims incidents al CDC han portat a crear la figura del Director Associat de Seguretat. La breu descripció de les seves funcions (veure el primer link, paràgraf final) és un exemple de sentit comú però deixa un pel perplex; s’ha d’entendre que tot això ja es feia i es feia bé però que ara es farà més i millor, no?

Però aquesta, com sempre, és una altra història.

Noticia curta del CDC: http://www.cdc.gov/media/releases/2015/s0204-ebola-lab.html

Informe complert: http://www.cdc.gov/about/pdf/lab-safety/investigation-into-dec-22-2014-cdc-ebola-event.pdf

Comentaris virus-lents (72): Bioseguretat a Europa; harmonitzant i deixant petja catalana.

Les últimes emergències virals mediàtiques (Ebola, MERS-Coronavirus, Chikungunya) no fan més que alimentar la necessitat d’una bona pràctica en el disseny, ús, manteniment de laboratoris o instal·lacions que treballin amb patògens d’elevada perillositat i greus conseqüències en cas del seu alliberament involuntari o malintencionat.

Des de fa més de quatre anys participo en iniciatives de formació de personal investigador però també militars i funcionaris a nivell europeu en temàtiques de bioseguretat, bioprotecció, avaluacions de risc, resposta a accidents, etc. La darrera iniciativa, un projecte europeu de títol BSL3/4 training school, títol clarament explicatiu, és un consorci d’experts de diferents procedències (Alemanya, Gran Bretanya, Bèlgica, Suècia, Catalunya) que durant 4 dies donem un curs intensiu d’aquestes temàtiques, dos cops a l’any. El que fa distintiu aquest curs és que juntament a les sessions de classe presencial, o magistral, del matí n’hi ha sessions pràctiques de tarda.

A les classes de matí es tracten temàtiques com el disseny d’instal·lacions d’alta seguretat biològica, accidents amb patògens i conseqüències, transport de material infecciós, com funcionen uns laboratoris BSL4; con funciona una instal·lació de nivell de bioseguretat 3 amb grans animals; inactivació de residus; descontaminació amb formaldehid i peròxid de di-hidrogen; desinfectants i desinfecció…

A les sessions pràctiques de la tarda els assistents entren en una autèntica instal·lació de nivell 3 i experimenta en les seves pròpies carns els canvis d’indumentària; les dobles o triples capes de guants i la disminució d’habilitat que això suposa i, dins de cabines de seguretat biològica practica procediments segurs de pipeteig; sembra de patògens com Bacillus anthracis; descontaminació de solucions d’ àcids nucleics per filtració; propagació vírica; assajos d’inactivació vírica; descontaminació de potencial contaminació per espores d’àntrax de cabines; com respondre a un accident (simulacre), etc.

Aquesta combinació i el fet que cada professor pren un parell d’alumnes com a tutor al llarg de les sessions pràctiques fa intensa, però alhora enriquidora, profitosa i divertida la experiència, parlant com a professor; caldria preguntar als alumnes encara que el feedback ha estat sempre bo.

L’èxit del curs es mesura pel fet que sempre hi ha un llarg llistat d’espera. De fet únicament s’admeten 10 alumnes per sessió i la llista d’espera no ha baixat mai de la trentena d’aspirants. Ajuda el fet que l’alumne únicament ha d’aportar al voltant de 350 euros perquè tota la resta de despeses (viatge, allotjament, menjars, material emprat, experts) estan cobertes pel mateix projecte europeu.

Però tot té un final, o un canvi transfigurador. Aquest projecte europeu s’acaba i s’ha decidit fer una sessió extra del curs que hostatjarem a Barcelona, el mes de març de 2015. Serà pels experts tot un canvi des de la freda però encantadora Göttingen a la més mediterrània però també fantàstica Barcelona.

La meva missió com a hoste, i la de CReSA com a institució que hostatjarà el curs a les seves instal·lacions, serà igualar (difícil) o superar (quasi impossible) les sessions prèvies i discutir, al final, la possibilitat d’estendre en el temps, en aquest format o en algun altre d’equivalent, aquesta experiència realment útil i que té una forta demanda.

Però aquesta, aquesta és una altra historia.

Comentaris virus-lents (71): Ebola a mascotes; no ens les mereixem, les mascotes.

I amb això “anirem tancant la paradeta” sobre aquest tema, com deia un presentador de televisió recentment, i lamentablement, desaparegut.

La Agència Europea de Seguretat Alimentària (EFSA) i el Centre Europeu per la Prevenció i Control de les Malalties (ECDC) han publicat un informe a petició de la Comissió Europea sobre els riscs relacionats amb les mascotes que han estat en contacte amb persones infectades pel virus Ebola. Us sona, no?

EFSA i ECDC remarquen molt que els mamífers (ésser humans, però també altres primats, els ratpenats, porcs, porcs senglars,…gossos) poden contreure la malaltia però que no hi ha cap estudi publicat, per tant cap evidència científica, sobre el risc de contagi de les mascotes i, la derivada egoistament més important, sobre el risc de contagi des de les mascotes.

Quan els experts es posen a avaluar el risc de transmissió es plantegen diferents escenaris. Per exemple:

  • Si la mascota (gos o gat, per exemple) està en contacte amb una persona que no te símptomes (per exemple febre) el risc de ser infectat pel seu amo/a és “insignificant”. Com tots sabeu el virus Ebola sols comença a excretar-se quan s’inicien els símptomes (febre) i que com tot procés d’excreció no és ara no excreto virus, ara excreto virus a tort i a dret, hi ha una cinètica, una pendent de valors creixent.
  • Si la mascota està en contacte amb una persona amb símptomes inicials de la infecció com febre o cansament el risc de transmissió del virus cap a ella estaria entre “baix” i “molt baix”.
  • Si la mascota està en contacte amb una persona que presenta símptomes més avançats com vòmits, diarrea o hemorràgies (recordem que aquestes últimes no es donen a tots els malalts) el risc oscil·la entre “mig” i alt” depenen de la interacció, de la proximitat, entre mascota i afectat.

Per tant, si l’animal de companyia ha estat en contacte amb una persona infectada, la probabilitat que la mascota resulti infectada pot variar des de “insignificant” a “alta” en funció de moltes circumstàncies, específiques per a cada cas. Clarament un escenari d’incertesa generalitzada.

També es fan algunes assumpcions sense base clara. Així assumeixen un període d’incubació màxim a gossos i gats de 21 dies (perquè és allò establert per humans; us recordo però, veure entrada 60 d’aquest blog, que això no està del tot clar); assumeixen que tots els fluids corporals, incloent secrecions, són infeccioses però no fan cap referència al títol, a la càrrega vírica, de les mateixes; assumeixen que les mascotes poden actuar com a vector mecànics, com a fomites, portant el virus a la seva pell, al seu pelatge; i en una última assumpció épatant, accepten 6 dies com a període de persistència/supervivència del virus a les “superfícies” corporals de les mascotes.

Tanmateix el document traspua la necessitat de posar-se en el worst case o fer prevaldre el principi de precaució, quan les dades no son definitives i queden buits en el coneixement de la infecció i la transmissió.

 

Estarem preparats i disposarem de més informació per poder fer front a una situació equivalent en el futur? Jo personalment ho dubto. Això sí, millorarem segur. Ni Ana Mato estarà al Ministeri, ni el lamentabilíssim Javier Rodríguez estarà a cap Conselleria de Sanitat, i potser els catalans ja manegarem aquests temes de forma totalment independent.

 

Però aquesta, aquesta és una altra historia.

 

El link per qui vulgui aprofundir (molt esclaridor l’algoritme de la pàgina 7).

Haz clic para acceder a 3930.pdf

Comentaris virus-lents (62): Walking on the wild side…but step by step.

Chikungunya, disseny i validació d’instal•lacions d’alta seguritat biològica, biocontenció, bioprotecció, plans de contingències, protecció respiratòria, descontaminació de espais biocontaminats, peròxid de di-hidrogen, autoclaus, tractament tèrmic d’efluents, transport de mostres infeccioses, integració de la bioseguritat en sistemes de gestió integrals, normatives de gestió de la bioseguretat, virus de la febre de l’Oest del Nil, virus del dengue, micobacteries, febres hemorràgiques, Ebola…

Una relació de termes inconnexos? Potser ho semblen però no. Es tracta d’algunes de les temàtiques que es presenten en format de xerrades o taules rodones a la 2ª edició del Congrés de la Asociación Española de Bioseguridad, que tindrà lloc a Barcelona aquests 29 al 31 d’octubre, a l’auditori del Parc de Recerca Biomèdica de Barcelona (prbb). Més de 130 persones estarem dos dies xerrant i intercanviant experiències (algunes exitoses, altres no tant) en el camp del disseny i validació d’instal•lacions, en les meves modificacions, en els equips de protecció individual adequats en cada cas (els famosos vestits de tipus 3 o 4 pel que fa al Ebola, per exemple), les tecnologies de desinfecció i descontaminació més efectives i validables (per exemple aquelles basades en el peròxid de di-hidrogen) i en els procediments de capacitació del personal en la seguretat biològica i la seva formació continuada (un dels temes que també han sortit i s’han debatut abastament aquests dies amb el cas de la infermera infectada per l’Ebola, a Madrid).

AEBIOS és un associació jove, que té dos anys d’existència i ja té més de 150 socis. La seva funció, afavorir els contactes entre els professionals i les empreses i divulgar d’una forma clara i senzilla però no “alegre” o “simplificada” les bases de la seguretat biològica i la biocontenció. És un fòrum de debat de gent que porta molts anys treballant en el tema i d’altres que portem uns quants menys.

Després de dos dies de contactes amb companys de camp de treball del Parc de Recerca Biomèdica de Barcelona (prbb), del Centre de Regulació Genòmica (CRG), de STERIS Ibérica, de MATACHANA, de la European Biosafety Association (EBSA), del Centro Nacional de Biotecnología (CNB), de Lab Safety Consulting, de Hannover Medical School i del Institut Hospital del Mar d’Investigacions Médiques, i d’empreses del sector com DALKIA, DESUL, COFELY, 3M, GESTORA DE RESIDUS SANITARIS, o FHP, segur que podrem explicar novetats i adaptacions interessants, que ens permetin superar o bloquejar amenaces presents, però també futures, a la necessària seguretat biològica.

Això sí, com sempre, el risc “0” mai existirà, mai hi arribarem.

Però aquesta, aquesta és una altra història.

Comentaris virus-lents (59): Perro Ebola!! Una opinió políticament incorrecta.

Aquesta entrada va en relació al gos de la família on s’ha donat l’únic cas d’Ebola fins ara a Espanya. Fins on he llegit i comentat amb companys, la única informació que es té de l’efecte del Ebola amb gossos és que els animals de les zones infectades no moren ni emmalalteixen, que no és política dels països afectats sacrificar-los i que sí se sap que un percentatge d’elles seroconverteixen. Per seroconvertir volem dir que quan cerquem activament anticossos que reaccionin envers l’Ebola aquests es detecten a la sang dels gossos de la zona afectada. Per tant el virus ha entrat i ha desfermat una resposta immune humoral, d’anticossos. Ni tan sols podria assegurar si el virus arriba a propagar-se perquè unes quantes llepades de gos en un infectat potser li faríen entrar una càrrega vírica més que elevada.

Bé, l’animal no sembla un gran risc però en aquestos casos crec que tots estaríem d’acord que cal adoptar el principi de precaució. Tothom estaria d’acord en aïllar-lo, crec. I ja posats a aïllar-lo, potser fer-ho en un lloc segur que no seria una gossera clàssica. Es podria pensar en el parell de centres a Espanya que podrien fer-ho, el CISA, Centro de Investigación en Sanidad Animal, a Valdeolmos, Madrid, i el CReSA, Centre de Recerca en Sanitat Animal, a Barcelona. Altrament no conec més instal·lacions on això pugui fer-se de forma segura. Que no en tinguem podria ser objecte d’una altra entrada. Allà, a CISA o CReSA, el gos podria estar en «quarantena» i aquests centres, que tenen habitacions hermètiques, i treballen en un ambient de pressió negativa, amb dutxes de sortida i personal amb equips de protecció individual prou desenvolupats, serien segurs per ell, el gos, i pels operaris.

És un bon pensament però parteix d’un seriós inconvenient i és que res viu, llevat dels treballadors, pot sortir d’aquesta mena de centres i així està regulatòriament establert. Es tracta de centres de Biocontenció, que contenen els patògens i els animals amb els que es fan experiments, però també els animals controls d’aquests experiments. Cap animal en quarantena o en activitat experimental, i això inclou tots els controls negatius, poden sortir del centre. El principi de precaució ens obliga a sacrificar-los i incinerar-los. Per tant, si el gos resultés no infectat per Ebola li esperaria, a la llarga, el mateix destí que ha tingut, desgraciadament, fa uns pocs dies.

El fet de mantenir-lo amb vida per veure la seva evolució i estudiar els efectes tampoc tindria gaire sentit, científic, com a mínim. Qualsevol activitat experimental es fa amb nombres relativament grans (si es pot de desenes d’individus) d’animals i es controla perfectament la dosi inoculada, via d’inoculació, el règim alimentari si cal, etc. En aquest cas estaríem treballant amb un animal, per tant espai mostral n=1 del que desconeixem quan es va infectar (si és que està infectat), per quina via, amb quina dosi, etc. Per tant l’aprofitament científic d’això seria literalment “0”.

A partir d’aquí entrem ja en els condicionants personals i de consideració envers els animals però això ja és una qüestió que jo no puc quantificar ni valorar. El que sí puc dir és que tot es relativitza molt quan veus segons quines imatges d’afectats a Sierra Lleona o Libèria i les seves condicions de cura i tractament. No haver abocat els esforços econòmics i personals allà, però no ara si no fa uns mesos, ens portarà problemes. I fixeu-vos que aquesta frase és, per si mateixa, profundament egoista. I aquí la culpa no la té sols el Govern Espanyol, que en aquest tema ha estat un exemple manifest de inconsciència, barrejat amb un xic d’arrogància i prepotència. Res de nou veient què tenim al Consell de Ministres.

Però aquesta, aquesta és una altra historia.
També al blog CReSA and the city: http://www.cresa.cat/blogs/sociedad/comentaris-virus-lents-15-perro-ebola/

 

 

Comentaris virus-lents (54): Ebola; guerra de xifres, xifres de guerra.

Fa mes de sis mesos des de que primer alarma d’Ebola va saltar i la crisi no ha deixat d’anar escalant a la seva gravetat. El nombre de casos als països mes afectats, Libèria i Sierra Lleona no deixa de créixer i les perspectives poden ser pitjors si no es destinen prou recursos. El sentit de la urgència s’ha desfermat. Anem a discutir una mica de xifres i projeccions futures.

La font autoritzada dels casos de Ebola és l’Organització Mundial de la Salut (OMS), on descansen les estratègies de salut humana global (recordem, però, el lema One world, one health; la salut dels animals també és la nostra, les malalties dels animals també poden ser les nostres). Tanmateix la mateixa OMS indica que les seves xifres estan “vast underestimates” i que el nombre real de casos és de 2 a 4 vegades més gran, ja que molts casos no es detecten o no s’informen.

Ebola facts-HBSHsmt

Gràfica de casos «oficials» (confirmats, probables i sospitosos). El nombre real d’afectats seria de dos o tres vegades superior.

Amb aquestes limitacions es pot fer un càlcul de la presencia acumulada d’Ebola (percentatge de població infectat fins ara, finals de setembre) a Libèria i Sierra Lleona. La mitjana als dos països es situaria al 0,05%. Si fem la correcció suggerida pe la OMS es aniríem a 0,15% (1 de cada 600 persones). I recordem ara que el nombre de casos estimats creix de forma quasi exponencial.

Ebola Deseased_per_day_Ebola_2014

Gràfica que mostra l’evolució dels casos els darrers mesos. El pendent es fa força inclinat les últimes setmanes.

 

La OMS informa que la taxa reproductiva de la malaltia, o si es vol el nombre de casos que genera un nou cas, o més encara, quantes persones (família, amics, companys) s’infectaran amb un nou infectat és de 1,51 a Libèria i 1,38 a Sierra Lleona. Si feu càlculs senzills us adonareu que sempre que el valor d’aquest índex estigui per sobre de “1” l’epidèmia estarà fora de control, no s’estarà minvant. I amb els valors actuals doblem el nombre d’afectats cada mes a Sierra Lleona i cada 3 setmanes a Libèria. Evidentment qualsevol acció intensa per part de la comunitat internacional pot fer canviar aquest números.

La CDC ha fet un model matemàtic-epidemiològic per estimar l’impacte potencial futur de l’epidèmia. Aquest model ha estat possat a prova a partir de les dades dels últims mesos (abril-agost) i per ara ho està «clavant», és prou exacte (veure Figura A). Tot model d’aquesta mena planteja una sèrie d’escenaris, en funció de les decisions preses i de la relacions entre elles, que van des d’el pitjor cas (worst case) fins el més benevolent. Doncs bé, en el pitjor cas, assumint que no prenem cap mesura, o cap mesura correcta, i corregint la sub-estimació de casos que avisa la OMS, el nombre de casos a Libèria i Sierra Lleona arribaria al 1,4 milions a finals de Gener del 2015 (veure Figura B). La població dels dos països suma vora 10 milions de persones, per tant 1 de cada 7 estaria, o hauria estat, infectada, un 14% de la població total. Portem aquestes xifres a casa nostra.

Ebola projections CDC3-figures_su6303a1appendixf6

Figura A. Compració entre les dades predites pel model i les dades epidemiològiques «reals»

Ebola projections CDC1-su63e0923a2f10

Figura B. Evolució de l’epidemia en funció que la pressa de mesures efectives es retrassi un mes o dos mesos. L’escala de nous casos és per dia.

Ara, a finals de setembre, Ebola s’ha convertit ja a la causa principal de mortalitat a Libèria. La OMS estima la taxa de mortalitat de l’epidèmia en el 70%; aplicant aquest valor a Libèria, l’Ebola ha causat mes de 250 morts per setmana. Per comparació, les malalties líders fins al moment en aquelles contrades (malària, malalties respiratòries i diarrees, causaren 140, 89 i 88 morts per setmana, respectivament. I no vol dir que hagin minvant, el quadre que cal retenir és que hi ha una causa “de novo” que dobla en mortalitat a les causes infeccioses clàssiques de mortalitat; no hi ha vasos comunicants, en definitiva a Libèria esta morint molta més gent i les projeccions son d’expansió d’aquests valors.

Per altra banda tenim una estimació més conservativa que parla de 20.000 casos a primers de Novembre, feta per la pròpia OMS, pel WHO Ebola Response Team, a partir de les dades clíniques i epidemiològiques d’un grup de pacients en els nou primers mesos de la epidèmia. Aquest estudi, però, té més d’explicatiu que de projectiu. Així, desmenteix dos mites en base a la informació passada; les dones no s’infecten més que els homes per dedicar-se més a tenir cura dels malalts, quan es manegen grans xifres la relació és 50:50. En segon lloc, que aquesta epidèmia no tingui precedents no es deu al virus; la simptomatologia clínica, la transmissibilitat del virus, el període d’incubació, la taxa reproductiva o de propagació és comparable a la d’altres epidèmies. El que la fa diferent és el lloc on s’ha desfermat, probablement per factors humans: zones més poblades, moviment trans-fronterer molt intens de persones, sistemes sanitaris fràgils, i adopció tardana i fallida de mesures de control. L’estudi situa la mortalitat al 71%, una taxa que baixa al 64% si parlem de pacients hospitalitzats la qual cosa vol dir que fins i tot en aquests països, i en la situació actual, la cura de malats als hospitals té un efecte positiu. Tanmateix, si no es prenen mesures “efectives” l’estudi albira un futur de milers de casos i morts setmanals. De fet, si doblem el nombre de casos cada tres setmanes, passaríem de 20.000 casos a primers de Novembre a 320.000 casos a finals de gener, evidentment si assumim que tot continua com ara i cap mesura presa té impacte en la propagació del virus.

Un dels problemes més seriosos és que treballem sempre amb dades “antigues”. Entre que es decideix l’estratègia a seguir, es prenen les decisions d’enviar personal, subministres i serveis, i es posa en pràctica “on site”, al camp, passen setmanes. Però és que totes aquestes mesures es fan en base a unes dades (quanta gent està infectada, on, on la transmissió està de pujada o de baixada, etc.) que es van obtenir setmanes enrere, en el millor dels casos; en el pitjor son vagues informacions. Per tant les mesures i l’abast de les mateixes “corresponen” a una situació que potser era certa feia 2 mesos però que probablement ja no ho és ara. I aquesta presa de decisions en la boira, ara per ara, és l’única possible a menys que ens posem en el pitjor cas i aboquen tots els recursos per lluitar contra aquest, avançant-nos uns mesos a la malaltia. Això ha de portar-nos a reflexionar sobre els nostres sistemes de vigilància epidemiològica i de la capacitat de fer-se robustos i obtenir dades ràpides en ambients ràpidament canviants i, perquè no dir-ho, puntualment caòtics en el camp. Aquests sistemes requereixen de molta coordinació entre moltes organitzacions, des d’el Ministeri de Sanitat fins ONG’s, institucions multilaterals, i agrupacions d’ajuda comunitària i fer-ho en una situació de estres és encara un repte més gran.

El números són prou crus però únicament ens estan insinuant el feixuc i creixent peatge que aquesta malaltia esta infligint a la gent dels països i comunitats afectades.
Serem realment proactius?

Però aquesta, aquesta és una altra història.

 

 

• Metzer MI, Atkins CY, Santibanez S, et al. Estimating the future number of cases in the Ebola epidemic-Liberia and Sierra Leone 2014-015. MMWR 2014 Sep 23; 63 (1-14). http://www.cdc.gov/mmwr/pdf/other/su6303.pdf
• WHO Ebola Response Team. Ebola virus disease in West Africa-the first 9 months of the epidemic and forward projections. N. Engl. J. Med. 2014 Sep 23. http://www.nejm.org/doi/pdf/10.1056/NEJMoa1411100

Comentaris virus-lents (33): Guany de funció vs reducció de bioseguretat

Els últims anys han aparegut treballs, en alguns casos després de mesos de discussions i bloquejos o auto-bloquejos per part dels propis investigadors, sobre la millora en la funcionalitat vírica; per exemple fer més eficient la transmissió o la virulència d’un virus, com el virus de la grip aviaria H5N1 (altament patogen i sovint mortal però que es transmet de manera força ineficient d’animals a humans i menys encara entre humans), per conèixer més profondament els mecanismes que intervenen i a partir d’aquest coneixement aplicar-lo en contra del virus. Son els treballs que es poden cobrir sota el paraigües de gain-of-function experiments.

Els problemes de bioseguretat que s’han notificat últimament per part de la CDC (alguns amb virus de la grip aviaria, veure entrades 19 i 25) poden ficar pressió a aquests experiments i donar arguments als que discuteixen la utilitat o el balanç benefici / risc de les activitats experimentals que suposen la manipulació de virus influenza aviar per fer-los més eficients. De fet, Ron Fouchier, un viròleg holandes que ha estat dirigint algun d’aquests experiments va declarar: “When incidents like this happen, it’s going to be bad for all of us.”

Aquests experiments poden ser dirigits, és a dir, mutant el virus “al laboratori” i comprovant la seva transmissibilitat en un model (el model humà pels virus de la grip és la fura, per molts laboratoris) o bé passant directament vàries vegades el virus en fures (això vol dir inocular el virus H5N1 en una fura, recollir els virus que es generin i inoculant amb aquestos una segona fura, i així repetint el procés fins que s’estableixi) comprovant en cada ronda, o torn, si la població vírica resultant és més transmissible (si infecta més fures, si les infecta més ràpid, si fa virèmia més perllongada i/o intensa, si es dissemina més pel cos de la fura, etc.). En aquest segon cas es deixa que sigui la pròpia població vírica la que es mogui, llisqui cap una població més adaptada, més transmissible sense intervenció humana. Després s’analitzaran en detall les poblacions de cada torn o ronda d’infecció per trobar les mutacions que s’han produït.

Per tant es pot/poden acumular mutant o mutants amb major virulència, encara que sia simplement per l’increment de la seva capacitat de transmissió. I clar, si tenim “més” mutants més virulents la probabilitat que algun s’escapi s’incrementa, perquè encara que la instal·lació que els guarda sigui molt segura el risc “zero” no existeix. Així, en 1977 un virus de la grip va escapar d’un laboratori rus desencadenant l’anomenada “grip russa” , i que s’assemblava molt a una que havia circulant per la dècada des 50 del segle passat i que havia “pràcticament” desaparegut. Es creu (era encara en plena guerra freda) que el virus es va escapar d’un laboratori o bé es va fer servir en uns experiments de vacunació que no van anar bé.

Com sempre serà una qüestió de balanç entre el perill i les mesures actuals que tenim per mitigar-lo, el que anomenaríem risc potencial, i els guanys també potencials de la recerca desenvolupada. I aquesta decisió no és únicament científica, però tampoc pot no ser-ho (Osterholm director del University of Minnesota’s Center for Infectious Diseases Research and Policy va declarar fa unes setmanes: “When you start running your science by political vote, then you really are in trouble”). I potser caldria focalitzar part dels nostres esforços en aquells patògens sense vacuna disponible. Per ells, qualsevol avenç en termes de profilaxis o tractament post-infecció seria un gran pas. I aquesta decisió sí és més política que científica.

 

Però aquesta, aquesta és una altra història.

Comentaris virus-lents (32): Contenint al patogen perillòs, les instal•lacions de Bioseguretat.

El treball amb microorganismes patogens dels nivells GR2 a GR4 es fa dins instal•lacions dissenyades a aquest efecte, ja siguin laboratoris de recerca universitaris, d’altres centres d’investigació, hospitalaris, o d’empreses. És en aquests centres on aplicarem les mesures de bioseguretat recolzant-nos en els elements de biocontenció, i on, si escau, sotmetrem a regulacions de bioprotecció a una part (o la totalitat) de la nostra feina i personal.

 

Durant el disseny i construcció d’instal•lacions de nivells de bioseguretat 3 i 4 (NBS3 i NBS4, respectivament), les futures necessitats de biocontenció i bioprotecció han de jugar els papers principals. Tots els requeriments operacionals i de treball haurien d’estar llistats en un document que inclogui les futures activitats i processos a executar, i una avaluació del possible increment de necessitats i com es podrien satisfer les mateixes (ser “flexibles” en el futur). És evident que no podem esperar que els investigadors (microbiòlegs en el nostre cas) liderin aquestes activitats, però han de ser ells els que delimitin el terreny de joc, ja que els requeriments de bioseguretat (que seran la suma de procediments normalitzats de treball més les capacitats de biocontenció de la instal•lació) sí que són responsabilitat del personal de suport tècnic i científic que quedarà al càrrec una vegada aquesta es posi en marxa. Aquest és el moment d’arquitectes, enginyers i equips constructius (moltes vegades UTEs: Unions Temporals d’Empreses). Seran ells els que decidiran, per exemple, que en instal•lacions NBS3 o NBS4 s’han d’utilitzar uns materials constructius i no altres (per exemple formigó i no maó), i que els segellats de les conduccions es faran amb un o altre segellador, o on col•locar les vàlvules antiretorn als circuits, etc.

 

També és el moment de decidir quin tipus i extensió de bioprotecció volem instal•lar en el nostre edifici: circuit tancat de càmeres que vigilin el perímetre de l’edifici, circuit tancat de càmeres pels boxes d’experimentació animal per a la vigilància dels mateixos, zones d’accés gradualment més restringit (com les pells d’una ceba) mitjançant lectors de targetes o lectors biomètrics o fins i tot revisions personals que de fet no estan restringits a les instal•lacions NBS3 i NBS4 i també poden ser implantats en instal•lacions NBS2.

 

La construcció d’instal•lacions NBS3 o NBS4 és tècnica i tecnològicament molt complicada, i hi ha pocs estàndards universalment acceptats (IVBWG, 2006). De fet, moltes tecnologies o aplicacions en bioseguretat, biocontenció i bioprotecció estan en continu desenvolupament i amb millores anuals contínues (tractaments de residus, sistemes d’extinció d’incendis, sistemes d’estanquitat o hermeticitat, etc.). Molts sistemes complexos han d’unir la seva activitat de manera cooperativa: sistemes HVAC (Heating, Ventilating and Air Conditioning), sistemes de filtració d’aire (HEPA o ULPA), la seva ubicació i el seu control, tractaments d’aigües i efluents contaminats (ja bé siguin tèrmics, per lots o en flux continu o químics, per hidròxid sòdic o hipoclorit), sistemes de descontaminació (de personal per dutxes d’aire o aigua, de sales o aparells per fumigació amb peròxid d’hidrogen vaporitzat o formaldehid), sistemes d’extinció d’incendis , sistemes d’accés de seguretat, però també components arquitectònics o estructurals (hermeticitat de portes i finestres, parets i pintures resistents a cops i reaccions químiques promogudes pels desinfectants utilitzats, etc.). Qualsevol decisió errònia, o simplement no encertada, pot tenir importants repercussions en el cost final.

 

De fet, una de les més usuals decisions dolentes en una instal•lació de biocontenció és l’estalvi de diners en l’etapa constructiva eliminant redundàncies i sistemes flexibles. No és redundant, sinó fonamental, disposar d’alternatives a un tall de subministrament elèctric (mitjançant generador propi ben dimensionat o connexió a una altra línia), d’aigua (mitjançant tancs d’emmagatzematge que permetin suplir temporalment la falta de subministrament), o avaries en aparells o sistemes clau: els ventiladors d’impulsió i extracció (aquests ventiladors determinen les depressions en gradient que són la base de tota biocontenció; haurien d’estar duplicats, com a mínim, dos ventiladors d’extracció i dos d’impulsió, per arribat el cas, procedir a una desconnexió puntual d’una parella impulsió/extracció sense afectar la biocontenció, i per tant la bioseguretat, que no l’bioprotecció, aquí aquesta no juga cap paper), l’incinerador (mitjançant un mètode alternatiu de processament de les carcasses animals com pot ser la hidròlisi alcalina) o el sistema de descontaminació de líquids (alternant un sistema químic, per hidròxid sòdic, per exemple, i un altre tèrmic, ja sigui en bateria o en flux continu, amb la possible alternativa d’ozonització dels efluents finals). Si és econòmica i espacialment possible, totes les redundàncies i alternatives possibles han de ser incloses, treballant com a sistemes commutables. Aquests criteris de redundància són gairebé imperatius en una instal•lació NBS3 o NBS4, perquè… Què faríem amb una instal•lació de biocontenció en marxa si de sobte perdéssim la pressió negativa o fóssim incapaços de processar el residu líquid i sòlid que generem cada dia?

 

Els costos constructius d’una instal•lació NBS3 típicament són entre un 200 i un 400% superiors a una instal•lació NBS2 equivalent i aquesta diferència de costos es fa encara més gran (entre un 200 i un 800%) quan en les dues instal•lacions incloem els costos operatius. Avís per a navegants: ja que els costos de manteniment operatiu de les instal•lacions d’alta biocontenció són extremadament alts (consum energètic, manteniment, personal tècnic altament qualificat) aquests excedeixen ràpidament els costos constructius. Només si abans d’iniciar el disseny i la construcció s’ha garantit un programa de finançament adequat a llarg termini la instal•lació podrà tenir èxit i ser plenament operativa.

 

Un cop finalitzada la construcció, controls sistemàtics de compliment d’especificacions (sistemes elèctrics, controls d’accés, punts crítics de biocontenció com serien els conductes i penetracions, etc.) i exigents proves de validació han de ser executades. Aquestes validacions, que controlen i registren els paràmetres crítics d’acord amb les especificacions protocol•litzades, ens donaran una imatge realista de les capacitats de la nostra instal•lació pel que fa a la biocontenció. Encara que aquestes proves són realitzades per companyies externes expertes han de ser molt seguides molt de prop pel personal científic responsable de la gestió de la instal•lació perquè forma part del nucli dur de les seves responsabilitats i tasques. Aprofitant aquest període de validacions, s’ha entrenar intensament al personal tècnic propi en tots els detalls dels sistemes, procediments i activitats de manteniment. Una formació inicial intensa del personal de laboratori en el compliment estricte de les normes de la instal•lació (aquí sí podem fer una equivalència estricta a normes de bioseguretat) ha de romandre per sempre com una activitat de prioritat màxima.

 

Un cop finalitzades totes les validacions (no només dels elements estructurals de l’edifici sinó d’autoclaus, air-locks i sistemes de descontaminació associats, Cabines de Seguretat Biològica, centrifugues, etc.) i superades amb èxit, la instal•lació està preparada per iniciar les seves activitats, encara que periòdicament el laboratori haurà de revalidar tots els sistemes crítics.

 

I és aleshores quan cal que estem preparats per allò impredictible.

 

Però aquesta, aquesta és una altra història.