comentarisviruslents

Aquest blog és una seguit de comentaris personals i probablement poc transferibles sobre ciència i política.

Comentaris virus-lents (121): Entrenant-se per caminar pel tall de la navalla.

Deja un comentario Publicado por en mayo 9, 2015

Nova edició del curs de Post-grau en Estrategias en Bioseguridad y Biocontención. El primer es va celebrar amb èxit, i una espectacular bona valoració per part de l’alumnat, el passat octubre, del 2014. Aquest any, amb una reformulació de continguts se celebra la segona edició, en la Facultat de Veterinària de la Universitat Autònoma de Barcelona, ​​i en les instal·lacions de l’IRTA-CReSA (Centre de Recerca en Sanitat Animal).

A més dels professors de la passada edició s’ha obert la porta a professionals de reconegut prestigi amb molts anys d’experiència en camps com la filtració d’aire HEPA (high efficiency particulate air) i disseny de cabines de seguretat biològica, mètodes físics i químics de desinfecció i esterilització, normativa de transport de materials biològics, i equips de protecció individual, entre altres. Tot això acompanyat per personal que treballa dia a dia en instal·lacions d’alta seguretat biològica, que pot donar no només un coneixement teòric sobre el disseny, construcció, validació operativa i funcionament de les mateixes si no el dia a dia, la gestió de les activitats i de les potencials incidències.

Un curs altament recomanable per a tots aquells que volen iniciar-se amb una bona base en el món de la bioseguretat o la biocontenció; o per aquells que ja tenen aquesta base, però que vulguin veure enfocaments o punts de vista diferents a temàtiques concretes. Perquè ningú ho sap tot, de totes les maneres possibles. I perquè a la solució adient es pot arribar transitant per camins diversos.

Però aquesta, aquesta és una altra història.

Per més detalls es pot consultar l’enllaç: http://www.uab.cat/web/postgrado/curso-en-estrategias-en-bioseguridad-y-biocontencion/informacion-general-1206597475768.html/param1-3045_es/param2-2012/

avaluació de riscos, biocontenció, bioprotecció, bioseguretat, bioterrorisme, descontaminació, etapes inactivació, Grups de risc biològic, Infeccions Laboratorials (LAIs), instal·lacions bioseguretat, tecnologia VHP, transport mat. infecciós

Comentaris virus-lents (106): Repòquer d’assos per definir un virus.

Deja un comentario Publicado por en mayo 5, 2015

Avui una entradeta curta, de fet una traducció amb alguna idea pròpia d’una entrada al blog the Vicent Racaniello, i que permet aportar una altra visió sobre la pregunta Què són els virus? que ja hem desenvolupat una mica a les entrades 99, 101 i 103.

Vicent Racaniello diu que els virus són entitats biològiques diferenciades amb les següents propietats:

1. Un virus és un paràsit intracel·lular obligat, infecciós.

2. El material genètic d’un virus és ADN o ARN (entès com una disjunció).

3. El material genètic d’un virus entra en una cèl·lula hoste i dirigeix ​​la producció dels maons o peces (proteïnes, àcids nucleic) que constituiran les noves partícules del virus (anomenades virions).

4. Nous virions es fan dins en la cèl·lula hoste per acoblament d’aquests maons o peces.

5. Els nous virions produïts en una cèl·lula hoste transportar després el material genètic viral a una altra cèl·lula o organisme hoste per dur a terme una altra ronda d’infecció.

Els virus són fàcils d’entendre quan reduïm les seves propietats a descripcions simples, com ara les esmentades anteriorment. Els problemes de confusió venen de fixar-se molt en els detalls…i amb els virus hi ha molts, molts, de detalls.

Però aquesta, aquesta, és una altra història.

Enllaç al blog original

http://www.virology.ws/2004/07/28/what-is-a-virus/

Arbre de la vida, evolució, Taxonomia/Nomenclatura, virologia

Comentaris virus-lents (107): El bioterrorisme no és una nova estratègia.

Deja un comentario Publicado por en mayo 2, 2015

El bioterrorisme no és una nova estratègia. S’ha aplicat de forma inconscient pel que fa als mecanismes però conscient pel que fa als seus efectes des de fa milers d’anys. Una amplia varietat d’agent biològics com bacteris, fongs, virus, però també insectes, rèptils, toxines i verins, estesos per les més imaginatives solucions tècniques (o les més primàries i barroeres), s’han fet servir en diverses ocasions. No farem avui un recorregut exhaustiu pels casos històrics però si unes breus pinzellades.

La Pesta d’Atenes. La informació d’aquesta epidèmia la tenim a partir dels relats de Tucídides. Aquesta epidèmia passà a Atenes en lluita amb Esparta (molt freqüents les lluites a les ciutats estats gregues) entre el 430 i el 426 aC. Tucídides apuntà als seus relats que la sobtada manifestació del brot (que es manifestà primer a Pireus, la zona del port, i després a la part alta de la ciutat) podia estar lligada a l’enverinament dels subministraments d’aigua pels espartans. No hi havia proves, però. Tanmateix al 2013 es van detectar la presència de Salmonella enterica serovar Typhi en ossos de enterraments datats i documentats de l’època. Encara que és evident que en un setge es donen múltiples malalties infeccioses, la simptomatologia descrita per Tucídides i aquesta troballa fa el lligam molt intens i prou probatori. Queda per esbrinar com va entrar la malaltia a la ciutat, encara que la imatge d’espies espartans i còmplices reptant dins la gran muralla que envoltava la ciutat assetjada i enverinant intencionadament l’aigua amb material contaminat (en aquella època les diarrees infeccioses i la disenteria, les febres tifoides, estaven a l’ordre del dia, també entre els assetjadors) se’m fa prou vívida al cap.

De fet l’enverinament de subministraments d’aigua ja havia tingut un precedent descrit a l’historia, com apunta Pausanias en el setge de l’antiga Kirra (595-585 aC) fins al complert extermini de la població de la ciutat.

El precedent de Kirra. Kirra era un port del golf de corinti, la via més fàcil per arribar al santuari de Delfos (recordeu l’oracle, no?). Els habitants de Kirra aprofitaren aquesta ubicació per carregar amb impostos el pas per la ciutat i per estafar i robar sovint els pelegrins. Cansats d’aquesta actitud altres ciutats gregues s’uniren en la Lliga Anfictionica i al demanar al déu Apol·lo (i se suposa que a l’oracle de Delfos, part interessada) que calia fer amb la ciutat aquest els va aconsellar (¿?) exterminar a  tots i cadascun dels habitants de Kirra. La guerra subseqüent va durar  deu anys (595 aC-585 aC) i va ser coneguda com la Primera Guerra Sagrada. Hi ha diferents versions dels fets però en tots els casos es parla de l’enverinament del subministrament d’aigua per una planta verinosa, el el·lèbor. Als albors de la medicina es reconeixien dos tipus d’el·lèbor; l’el·lèbor negre, que incloïa diverses especies del gènere Helleborus, i l’el·lèbor blanc, ara conegut com Veratrum album, que pertany a una família diferent. Es pensa que aquesta última, encara que altament tòxica, era emprada per Hipòcrates com a purgant. L’el·lèbor negre, també tòxic, causa vertigen, set, sensació d’ofec, inflor de la llengua i la gola, vòmits, bradicàrdia (disminució de la freqüència cardíaca), i finalment, en alguns casos col·lapse i mort per aturada cardíaca. Sembla que el consell va venir d’un asclepíade, un metge, anomenat Nebros. El el·lèbor aviat va fer rendir els defensors, que estaven tant febles per les diarrees que patien que no van ser capaços de seguir resistint l’assalt. Kirra va ser capturada i tota la població, massacrada. Nebros era un avantpassat d’Hipòcrates de Cos, de manera que aquesta història ha portat a molts a preguntar-se si no podria haver estat culpa del mal ús que el seu avantpassat va fer dels seus coneixements de plantes i verins el que va portar a Hipòcrates a establir el jurament hipocràtic, com un fre a futures temptacions o desviacions.

Un altre episodi involucrà un alt cap militar britànic a la Amèrica encara colonial en lluita amb les tribus indies. Es tracta de Jeffrey Amherst (1717-1797).

220px-Jeffrey_AmherstAmherst smallpox blankets

Jeffrey (o Jefferey) Amherst

La correspondència que va mantenir amb el seu subaltern Henri Bouquet, un mercenari de origen suís, mostra que pel seu cap passà practicar la guerra biològica amb les tribus indies, al suggerir el repartiment de mantes contaminades amb el virus de la verola als indis que assetjaven una fortificació, Fort Pitt. Concretament escriví: will do well to try to innoculate the Indians by means of blankets, as well as every method that can serve to extirpate this execrable race (faries bé en intentar infectar els indis amb mantes, o per qualsevol altre mètode tendent a extirpar a questa execrable raça). Tanmateix la historia diu que el comandant de l’esmentada plaça fortificada ja havia fet el repartiment de mantes per pròpia iniciativa, abans de l’intercanvi de missatges. Al repartiment de les mantes li seguí una epidèmia de verola que afectà enormement als amerindis, que no havien estat gaire exposats a la malaltia (va arribar a Amèrica amb els europeus) i per tant no havien desenvolupat immunitat. Pels europeus però, era relativament benigna. Alguns autores senyalen, no obstant, la dificultat de provar que el repartiment de mantes fos causa directa de l’epidèmia, ja que els brots eren freqüents en aquella època i els caps indis que reberen les mantes no es van infectar. En qualsevol cas, segons afirmà Jeffrey Amherst al seu propi diari, l’epidèmia resultant arribà a les 100.000 víctimes.

Un bacteri, un verí i un virus. Tres mecanismes i un sol efecte, la mort o rendició dels adversaris. Per res culpables els agents si no les mans que els feren servir. I en tindríem per diverses entrades al blog.

Però aquesta, aquesta, és una altra historia.

avaluació de riscos, bioterrorisme, Salmonella enterica, verins, verola

Comentaris virus-lents (105): I si els virus no fossin els virions.

Deja un comentario Publicado por en mayo 1, 2015

La teoria cel·lular de la naturalesa de la vida ha estat un dels grans avenços en biologia. Els virus, tanmateix, potser la “forma de vida” més abundant sobre la Terra estan exclosos, com també estan exclosos de l’arbre de la vida, una imatge ja insinuada per Darwin a l’Origen de les Espècies. Això no deixa de ser una paradoxa pels biòlegs. Des de fa dècades hi ha una teoria (que no s’ha imposat per ara) que sí permet incloure els virus dins aquest arbre de la vida (que clàssicament contenia Bacteria, Archaea i Eukaryota), i que en certa manera unifica l’origen i evolució dels dominis cel·lulars i virals, desafiant totes les opinions convencionals sobre la història de la vida. La co-evolució dels virus i les seves cèl·lules hoste ha portat a alguns dels esdeveniments i les transicions més notables en l’evolució de la vida, com és l’existència de grans quantitats d’ADN no codificant (que no significa res) dins els nuclis de les nostres cèl·lules, com a dispositiu de protecció contra el dany genòmic per una potencial inserció viral. Bàsicament si tenim molt ADN potser els virus s’insereixen en un fragment que no ens importa i que no afecta la pauta de transcripció i cap proteïna o activitat resulta afectada.

La hipotesi de Claudiu Bandea diu que els «virus són organismes». Segons aquesta hipòtesi cal fer cas omís de la partícula infecciosa (el que anomenem “virió”) quan es pensa en què és un virus, en el cicle vital del virus. El virió, amb la seva càpside de proteïnes que embolcalla l’àcid nucleic, la memòria, està essencialment inert (talment com una espora) però no és més que una baula, la més visible durant dècades, d’un cicle més complex. La fase madura del virus és la cèl·lula infectada; de fet la cèl·lula infectada és el virus. És a dir, els virions al entrar en una cèl·lula la transformen en el  virus. Aquesta «transformació» pot arribar a ser molt dramàtica; molts bacteriòfags, virus de bacteris, poden bloquejar o inactivar completament el genoma del bacteri hoste, amb el resultat que l’únic genoma que s’expressa és el del virus.

En resum: els virus serien organismes cel·lulars, però sense una estructura morfològica cohesionada, amb subsistemes que no estan en continuïtat estructural, però sí són consecutius temporalment. En el seu cicle tindríem dues fases fenotípiques: (1) la fase vegetativa i (2) la fase de la partícula viral o d’àcid nucleic. En la fase vegetativa, que l’autor considera com la fase madura del virus, les seves molècules components es dispersen dins de la cèl·lula hoste. En aquesta fase, el virus mostra les principals propietats fisiològiques d’altres organismes: metabolisme, creixement i la reproducció. La fase de partícula viral són les espores, les formes dispersants. La hipòtesi planteja que estem massa centrats en el virió quan es pensa sobre els virus. Se’ns demana que mirem al revés, que girem la nostra perspectiva com un mitjó, sobre la nostra concepció clàssica del que és un virus.

El virus (no la partícula vírica o virió) seria un organisme cel·lular. Un organisme capaç de mobilitzar el seu genoma i enviar-lo al món exterior per segrestar un altre organisme, una altra cèl·lula, que un cop infectada es convertirà en una còpia de l’original, abans de reiniciar el cicle. Solament per això ja convé detenir-se per pensar-ne. I si aquesta visió acabés sent acceptada caldria girar com un mitjó moltes de les idees establertes en diferents àrees de la biologia. Aquesta hipòtesi, però, no és recent, ja va ser plantejada fa 30 anys però va ser bandejada fins que el descobriment dels Mimivirus (veure entrada 1) la va tornar a il·luminar.

Per què? Perquè els Mimivirus fan una cosa molt semblant a la descrita per Bandea ja que repliquen el seu genoma d’ADN i produeix nous virions en el citoplasma dins d’unes complexes estructures a mode de factories virals. Claverie, un dels descobridors d’aquests virus, suggereix que la fàbrica viral es correspon amb l’organisme, mentre que el virió s’utilitza per propagar-se de cèl·lula a cèl·lula.  Diu Claverie: …one can conclude that infected eukaryotic cells in which viral factories have taken control of the cellular machinery became viruses themselves, the viral factory being in that case the equivalent of the nucleus. By adopting this viewpoint, one should finally consider viruses as cellular organisms. They are of course a particular form of cellular organism, since they do not encode their own ribosomes and cell membranes, but borrow those from the cells in which they live.

Tot això conduiria a acceptar que els virus viuen, d’acord amb la definició clàssica d’organismes com organismes cel·lulars vivents. Per tant, a l’arbre de la vida se’ls hauria de fer un lloc, ni que fora petit. Dues branques tindria l’arbre de la vida, dels organismes vius, han proposat Raoult i Forterre; la branca dels organismes que codifiquen els seus propis ribosomes (arqueobacteris, bacteris i eucariotes)  i aquells que codifiquen càpsida (els virus) i ja de pas treuen profit dels ribosomes d’altres.

Els virus sempre han causat divisió entre els biòlegs. Alguns diríem que estan vius, mentre altres diuen que no ho estan. Ara mateix és possible que els dos estem encertats o errats.

La hipòtesi de Claudiu Bandea suggereix que l’objecte que estem tractant d’incloure / excloure del domini de la vida no és en realitat el virus, si no una fase del seu cicle, la fase inert, com les espores de les plantes o d’alguns bacteris. Potser tot ve d’un biaix històric de dècades de tractes amb els virions, amb les seves simetries i estructures, amb la dèria de considerar-lo com l’objecte subjecte de classificació que no ens ha deixat veure el que hi havia al costat, abans i després, ple de potència vital, ple de potència viral. No puc acabar de prendre partit, del tot, però com esmenta Claverie, vindria a ser com si aquestes darreres dècades haguéssim estat observant i classificant les cèl·lules espermàtiques i no l’organisme que en última instància ajuda a originar.

Però aquesta, aquesta és una altra història.

  • Bandea, C. (1983). A new theory on the origin and the nature of virusesJournal of Theoretical Biology, 105 (4), 591-602 DOI: 1016/0022-5193(83)90221-7
  • Forterre, P. (2010). Defining Life: The Virus ViewpointOrigins of Life and Evolution of Biospheres, 40 (2), 151-160 DOI: 1007/s11084-010-9194-1
  • La Scola B, Audic S, Robert C, Jungang L, de Lamballerie X, Drancourt M, Birtles R, Claverie JM, Raoult D. (2003). A giant virus in amoebae. Science. 28; 299(5615): 2033.
  • Raoult, D., and Forterre, P. (2008). What makes a virus a virus: reply…Nature Rev. Microbiol. 6, 643 doi:10.1038/nrmicro1858-c2
  • Raoult, D., and Forterre, P (2008). Redefining viruses: lessons from mimivirus. Nature Rev. Microbiol. 6, 315–319. doi:10.1038/nrmicro1858
Arbre de la vida, bacteriòfags, evolució, Mimivirus, virologia

Comentaris virus-lents (104): Una mirada històrica a l’efecte dels virus.

Deja un comentario Publicado por en abril 27, 2015

Els éssers humans sempre han lluitat per guanyar la batalla contra els microbis, però aquesta és ara per ara una història que com a molt està acabant en taules, en empat. Els microbis, ja siguin virus o bacteris, troben la forma d’escapolir-se d’algunes de les nostres mesures de control o eliminació i ens obliguen a mantenir-nos en cursa.

En els vells temps, les pandèmies no eren gaire freqüents a causa de la menor població, de la baixa densitat de població. Les alteracions que suposaren per al Món les tècniques de l’agricultura i la ramaderia portaren aparellades un creixement més o menys continuat de la població, i l’aparició de les ciutats. Tots aquests elements han jugat el seu paper en la propagació del virus. Detallem ara uns quants del virus més mortals que coneixem en temps històrics. smallpox history La verola es va fer evident al voltant de 10.000 aC i segueix sent una de les més malalties que ha ocasionat més devastació de tots els temps. Es tracta d’una malaltia molt contagiosa, amb agent causal el virus de la verola (smallpox en anglès), i ha causat moltes epidèmies, començant a l’antic Egipte, i creixent a l’Índia, la Xina, així com a Europa. Els viatgers procedents d’Europa (entre ells, els conqueridors espanyols) que anaren al Nou Món propaguen el virus dins les poblacions natives, mai exposades provocant la pràctica eliminació de les mateixes (segons les estimacions, les taxes de mortalitat van ser del 80-90%). En els primers anys de la colonització britànica del continent australià, la verola matà al voltant de la meitat de la població aborigen i es refereix la verola com la causa més comuna de mort a les esmentades poblacions entre els anys 1780-1870. Encara en el segle XX la verola va causar entre 300 i 500 milions de morts. La primera vacuna per a la verola va ser desenvolupat per Edward Jenner en 1796 i després d’això, va anar sent eradicada país rere país per successives campanyes de vacunació, fins assolir la seva eradicació total en 1979. Un dels pocs èxits sense màcula dels essers humans. measles warning 000502-300x202 El xarampió (measles, en anglès) va ser descrit per primera vegada pel metge persa Razi (860-932 dC) que va fer una aproximació prou científica a la malaltia, tenint en compte l’època. La història ens diu que aquesta va ser una malaltia contagiosa greu amb incidència en tot el món, provocant la mort de milions de persones. La plaga Antonina (165-180 dC), causada pel virus del xarampió es va estendre en l’Imperi Romà amb la tornada de les tropes que batallaven al Pròxim Orient. S’estima que moriren més de cinc milions de persones. Tot i que les vacunes estan disponibles, i són segures, fàcils d’administrar i prou barates, el xarampió continua sent una de les principals causes de mortalitat entre els més joves, encara avui dia. Un informe de l’Organització Mundial de la Salut (OMS) parla de més de 150.000 morts causades pel xarampió l’any 2011. Spanishflu_33 newspaper La grip, i entre elles la grip espanyola; aquesta pandèmia que arrencà el 1918 afectà fortament als països del tercer món causant la mort (estimada) de 100 milions de persones. Per comparança, solament 20 milions de persones van morir a la Primera Guerra Mundial. La mortalitat s’acarnissà en els joves; la causa de la mort no era estrictament la infecció si no una reacció excessiva, una sobre-reacció del sistema immune, que acabava amb fallada multiorgànica dels malalts. Aquest virus fou una flamarada de mortalitat; escombrà la Terra i va desaparèixer després de 18 mesos. Yellow-Fever-1820-Savannah La febre groga és una malaltia hemorràgica aguda que va causar altes xifres de morts als Estats Units (que va sofrir epidèmies urbanes fins el 1905), però també a Espanya (a Catalunya, milers de barcelonins moriren en la epidèmia de 1821) durant els segles XVIII i XIX. El virus de la febre groga no està eradicat; d’acord amb les estimacions de la OMS, n’hi ha més de 200.000 casos anuals i al voltant de 25.000 morts. L’àrea a l’abast del virus (transmès per mosquits) conté al voltant de 1.000 milions de persones. El virus de la immunodeficiència humana (VIH) causant de la Síndrome d’immunodeficiència Adquirida (SIDA) causa entre 1,6 i 1,9 milions de morts anuals. Si tombem la vista enrere a les tres últimes dècades, aquest virus ha causat ja més de 36 milions de morts. El VIH és un lentivirus que va evolucionar en primats africans fa moltíssims anys, durant milions d’anys, fins que va donar el salt als éssers humans en algun moment de la primera meitat del segle XX. Actualment hi ha al voltant de 35 milions de persones infectades, la majoria d’elles vivint a l’Àfrica subsahariana (més de les 2/3 parts del total). Per desgràcia, només la meitat dels pacients, en les estimacions més afalagadores, poden disposar de teràpia antiretroviral. Outbreak in the world history

Un quadre comparat que inclou també algunes especies bacterianes amb fort impacte en pandèmies històriques

Cinc. Un repòquer de virus històricament letals. Únicament hem pogut descartar una carta, la verola. Ens cal continuar jugant i apostant per una millor i més efectiva recerca.

Però aquesta, aquesta és una altra història.

Influenza, Pandèmies, verola, VIH/SIDA, virologia, virologia ambiental, xarampió

Comentaris virus-lents (103): Qui fou Jordi Casals Ariet?

2 comentarios Publicado por en abril 23, 2015

Qui era Jordi Casals Ariet? Un català de Viladrau (Osona) amb una trajectòria vital un pel novel·lesca, com la de molts quan grates una mica, que el 1969 va estar a punt de perdre la vida (morí un col·laborador seu, a la Universitat de Yale) al manipular un parell de vials de sèrum de dues missioneres mortes a un llogaret de Lassa (Nigèria) abans de descobrir el virus de Lassa, un virus transmès vectorialment, a través de mosquits.

El virus de la Febre de Lassa és un dels virus que causa febres hemorràgiques, i el seu descobriment va ser tan sorprenent com molts altres en la història de la virologia. Inicialment les tasques amb les mostres de les persones infectades i l’aïllament del virus es desenvoluparen a la Universitat de Yale, un centre aleshores de reconegut prestigi en el camp de les malalties arbovirals (transmeses per vectors). La greu infecció patida per en Jordi Casals i la mort posterior d’un col·laborador, van obrir una nova era en la investigació de malalties infeccioses als laboratoris, ja que van adoptar més mesures de seguretat, aïllament i protecció. De fet la recerca sobre aquest virus es va acabar en un laboratori de màxima seguretat, els ja existents Centres per al Control i Prevenció de Malalties (CDC) a Atlanta.

pub298w417_59720jordi_lgJordi Casals-Ariet va néixer a Viladrau, Girona, el 15 de maig de 1911. Va servir a l’exèrcit abans d’obtenir el seu títol de metge a la Universitat de Barcelona en 1934. Després d’una passantia allà, en Jordi Casals es va mudar a Manhattan i va treballar a la Universitat de Cornell, al Medical College entre 1936 i 1938, quan es va incorporar a l’Institut Rockefeller d’Investigació Mèdica, també a Manhattan.

En Jordi Casals utilitzà les tècniques rudimentàries disponibles llavors (la hemaglutinació i la tècnica de inhibició del complement, encara emprades) per començar a classificar els virus. Quan es van desenvolupar mètodes més sofisticats (bàsicament tècniques de biologia molecular), la immensa majoria de les seves troballes i classificacions van quedar confirmades, mostra de la seva meticulositat. En bona mesura, el camp de la taxonomia viral es va desenvolupar a partir de la feina feta per en Jordi Casals. A més va ser el primer en identificar els alfavirus i els flavivirus (virus de la febre groga, del dengue,…) i la llegenda el fa responsable de l’acrònim arbovirus (de arthropod borne viruses), o virus transmesos per artròpodes (no només mosquits, també paparres, puces i d’altres.

Entre altres mèrits, va recolzar i potenciar l’establiment d’estacions de camp de l’Institut Rockefeller a tot el món que permeteren els científics la recollida de mostres de persones i animals i treure profit del seu posterior enviament cap el grup del Dr. Casals, per aïllar i identificar les virus que contenien.

Quan la Fundació Rockefeller va traslladar el seu programa relatiu a les infeccions transmeses per insectes de Nova York a la Universitat de Yale, a New Haven, Connecticut, el 1964, el Dr. Casals es va convertir en professor d’epidemiologia allà, on continuà fins a la seva jubilació el 1981. Aleshores, l’inquiet Dr. Casals es va unir a la Mount Sinai School of Medicine a Manhattan, on es va mantenir actiu fins a la seva mort.

Va ser a la Universitat de Yale, el 1969, on van arribar les mostres de sang de tres infermeres missioneres estadounidenques que havien emmalaltit al nord de Nigèria, en un llogaret anomenat Lassa. Dues de les infermeres van morir allà. La tercera, de nom Lily Pinneo, que havia tingut cura de les seves dues col·legues a Nigèria, va volar de tornada als EEUU, a Nova York on va ser ingressada i es recuperà després d’una hospitalització de més de dos mesos.

El equip de Jordi Casals ja coneixia que les mostres procedien de persones infectades per un virus i que patien una malaltia que produïa febres molt altes (41ºC), úlceres a la boca, erupcions a la pell amb petites hemorràgies, pneumònia i altres problemes, i que dues d’elles havien mort.

En aquella època (i encara ara amb totes les mesures tecnològiques disponibles) treballar amb aquestes mostres era força arriscat. De fet hi havia un degoteig de casos de infeccions laboratorials, de morts per febre groga o per poliomelitis, aleshores encara prou estesa pel món. En Jordi Casals ho coneixia però com va indicar en una entrevista: «We were aware of the dangers of our research, but we had commitments to the doctors and patients.» És a dir: «Érem conscients dels perills de la nostra investigació, però teníem compromisos amb els metges i els pacients”.

L’equip de Casals va aïllar el virus del sèrums de les persones afectades i va demostrar que era un virus nou. Per costum, es va nomenar el virus pel lloc on va ser detectat per primera vegada, en aquest cas, de Lassa, un poble nigerià a uns 150 quilòmetres al sud del Sàhara (si voleu llegir més sobre el tema de les denominacions víriques aneu a la entrada 10).

El Dr. Casals va trobar-se malalt a primers de juny de 1969, poc després de començar a treballar amb el virus. No obstant això, no va creure que tingués la febre de Lassa, perquè la simptomatologia que sofria no havia estat mostrada per les infermeres. Un amic el va convèncer per anar a un hospital, el Columbia-Presbyterian. La malaltia d’en Jordi Casals es va anar agreujant i entre els seus metges van créixer la sospita que el causant havia de ser el virus amb el que estava investigant.No hi havia vacuna i les eines terapèutiques eren escasses. Davant aquesta situació dramàtica, els metges d’en Jordi Casals van fer cridar la missionera que s’havia guarit de la febre de Lassa, Lily Pinneo, a Manhattan, per treure-li sang i un cop processada, obtenir la fracció que contenia anticossos, per injectar-se-la al malalt i que aquestos lluitessin contra el virus circulant en sang. «Ens vam reunir en una habitació i van esta debatent els pros i contres, un i altre cop mentre l’estat d’en Jordi empitjorava molt, molt ràpid», recorda un dels doctors. «No sabíem del cert si donar-li aquests anticossos seria una cosa bona o dolenta, però vam decidir seguir endavant, i vam contenir la respiració. Era francament aterridor.»

Els anticossos van salvar la vida d’en Jordi Casals que un cop recuperat va continuar investigant. Uns mesos després, al desembre, però, morí una persona del seu equip, Juan Roman.

Els accidents, fins a cert punt inevitables, ja que no es disposava de la tecnologia actual, i que la dosi infecciosa dels virus pot arribar a ser molt baixa (d’un a o unes poques partícules víriques) també van coincidir amb la publicació de «The Andromeda Strain«, la novel·la best-seller de Michael Crichton sobre una amenaça biològica que es desferma després del retorn d’un satèl·lit a la terra, contaminat amb un microorganisme inclassificable i aparentment imparable. L’alarma social era un factor que ja hi jugava el seu paper.

Treballar amb aquest virus, potencialment mortal en mig d’una zona poblada, com New Haven i la costa est dels EEUU, potser no era el més indicat, pensà el director del laboratori de Yale, el Dr. Wilbur G. Downs. Els treballs es van aturar i es van continuar posteriorment al centre de més alta seguretat disponible aleshores, el CDC.

Jordi Casals era un investigador meticulós, que feia tot per triplicat en una època en que amb resultats individuals hi havia gent que ja bastia teories. No li preocupava publicar, o publicar ràpid, ell el que volia era publicar bé. Una època potser passada però no per això menys enyorada. Com digué la seva dona: “He’d repeat a successful test over and over and over again. Now we see just one test being used to promote something. What’s good one day is bad the next. It causes the public to despair. Jordi was upset by researchers who didn’t repeat their tests. He said they were too anxious to get published or be first with a discovery.” Un dels seus col·laboradors recorda: “He was more of an artist than anything…He did everything in triplicate. He told me I would have a good career in science if every time I found something I tried to prove myself wrong. He would look at everything from 40 angles to find a flaw.” Un gran consell, tot i els temps que corren.

Potser un reconeixement indirecte de la seva tasca, que probablement a en Jordi Casals no l’importava gaire, l’aporta la seva dona, Evelyn. La Sra Casals-Ariet digué que quan la gent sentia el seu nom de casada solien dir, «Casals? Casals! És vostè parent de Pau Casals [el violoncel·lista]? «Però un dia, per gran plaer seu, un metge europeu visitant va exclamar: «Casals? Casals! Està vostè relacionada amb Jordi Casals?»

En Jordi Casals fou un investigador compromès amb la igualtat, conegut per la contractació de dones (recordem l’època) i membres de grups minoritaris com a personal del seu laboratori. Era, segons diuen, el tipus de persona amb la que tothom volia treballar, i gent d’arreu del món venia a treballar al seu laboratori. Potser, sols potser, alguna part de culpa podria tenir la lleu coixesa a la seva cama esquerra com a conseqüència d’un atac de poliomielitis infantil que, en els seus anys de jubilació, el va deixar amb debilitat muscular com a conseqüència de la síndrome postpolio. Allò el feia diferent, però ell sabia que per sota de les aparences tots som bàsicament iguals. Era, en definitiva, una bona persona…i un millor científic.

En Jordi Casals va morir als 92 anys, el 10 de febrer de 2004, a Manhattan. Va estar publicant recerca fins pocs anys abans de la seva mort. Un home apassionat, una biografia apassionant.

Però aquesta, aquesta és una altra historia.

Si voleu llegir més, uns enllaços en anglès.

http://www.thelancet.com/pdfs/journals/lancet/PIIS0140673604160200.pdf

http://yalemedicine.yale.edu/fw2004/features/capsule/52785/

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC390228/

Biografies, bioseguretat, Grups de risc biològic, Infeccions Laboratorials (LAIs), vectors artròpods, virologia, Virus de Lassa

Comentaris virus-lents (102): La llista de virus més perillosos? N’hi ha moltes, aquí una.

Deja un comentario Publicado por en abril 20, 2015

Tota llista que fem implica escollir i prioritzar. Per tant no deixa de reflectir aquell que fa la llista, en aquest cas, de virus en funció de la seva taxa de mortalitat. Els que la llegeixen han de tenir molt clar que una llista com aquesta mai podrà copsar l’enormitat de la variabilitat vírica i que potser algun virus existent sigui més perillós que els aquí descrits i que, senzillament, encara no s’ha manifestat entre nosaltres. 

Els Lissavirus: Aquest gènere compren no sols el virus de la ràbia (que causa la mort a quasi tothom que resulta infectat) si no també virus com el  Duvenhage, el Mokola, o els lissavirus de ratpenats australians. Encara que es reporten pocs casos anualment, exceptuant els casos de ràbia, que acumulen més de 50.000 morts anuals al món, aquells que es coneixen són sempre fatals. En el cas de la ràbia, si no s’administra una profilaxis post-exposició, aquesta infecció, que progressa cap a una encefalitis (inflamació del cervell) aguda, és gairebé mortal amb la manifestació de símptomes. Els ratpenats son els vectors transmissors d’aquest virus, amb l’única excepció del Mokola. Per la ràbia hi ha vacunes altament efectives, inclús si s’administra a post-exposició, poc després de l’event infecciós. Si l’infecció avança, i els símptomes treuen el cap, no hi ha tractament.

Els filovirus. Potser al capdavant de tots, el virus Marburg. Porta el nom d’un poble petit i idíl·lic a la vora del riu Lahn (Alemanya). El virus Marburg és un virus de febre hemorràgica, del gènere Filovirus com l’Ebola. Igual que amb l’Ebola, el virus Marburg provoca convulsions i hemorràgia de les membranes mucoses, pell i òrgans. Té una taxa de mortalitat que arriba al 90 per cent.Hi ha cinc soques del virus Ebola, quatre amb noms de països i regions d’Àfrica: Zaire, Sudan, Tai Forest, Bundibugyo i una cinquena, Reston, d’un poble als EEUU. El virus Ebola Zaire és el més mortal, amb una mortalitat que sovinteja el 90%. És la soca actualment activa a Guinea, Sierra Leone i Libèria. Fins aquest any sense cap vacuna realment disponible; el tractament continua sent el suport de les constants vitals.

Els Hantavirus inclou diverses tipologies virals que desencadenen dues síndromes prou diferenciades: febre hemorràgica amb síndrome renal (i que s’estén per Europa, Àfrica i Asia) o les síndromes pulmonars, respiratoris, reclosos a tot el continent americà. La taxa de mortalitat, depenent de la especie estaria entre el 30 i el 40%. Porta el nom d’un riu, el Hantan, on els soldats nord-americans, de campanya a la guerra de Corea del la dècada dels 50 del segle passat, van ser primerament infectats per aquest virus fins aquell moment desconegut. Van arribar als 3000 afectats amb un 10% de mortalitat. Per més detalls d’un brot més recent mireu entrada 10. No hi ha vacuna aprovada pel seu ús a Europa o EEUU, ni cap tractament antiviral més enllà del suport a les constants vitals i l’administració de rivabirina a etapes inicials de la malaltia. Però sí s’administren preparats vacunals, a partir de cervells o cèl·lules de ronyó de rosegadors infectats, un cop inactivats, a Corea i Xina.

Els virus de la grip aviària, amb diferents soques (H5N1, H7N9…) que regularment arriben al compartiment humà causant cert pànic mediàtic; fins a cert punt està justificat ja que la taxa de mortalitat és de 70 per cent. Però, de fet, el risc de contraure la soca H5N1 – un dels més coneguts – és força baixa. Ara per ara la infecció únicament és possible, no diem probable, si s’està en contacte directe, i jo diria continuat, amb aus de corral o anàtids infectats. Això explica per què la majoria dels casos apareixen a Àsia, on les persones viuen sovint prop de les aus de corral (pollastres, ànecs). No hi ha una vacuna específica i el tractament és el suport de les constants vitals

El gènere Henipavirus engloba a tres membres anomenats Hendra virus (HeV, primera descripció, 1994), Nipah virus (NiV, primera descripció, 1999), i Cedar virus (CedPV, 2012), que encara compartir moltes semblances amb els dos primers, no infecta a animals de laboratori susceptible a l’infecció per paramixovirus, ni s’ha descrit en humans, i es considerat no perillós. Però pels altres dos virus, la letalitat és la seva senyera, amb taxes entre el 50 i el 100%. Hendra causa afectacions respiratòries, incloent hemorràgies i edemes als pulmons, o encefalitis i meningitis. Pel que fa a Nipah, anomenat així pel lloc on es va aïllar (mireu també entrada 10 sobre aquest tema) el primer brot que afecta a éssers humans i a porcs es caracteritza per símptomes encefalítics a humans i respiratoris als porcs. Brots epidèmics posteriors, però, han causat afectacions respiratòries en humans, incrementat la probabilitat de transmissió humà-humà i indicant l’existència de soques més perilloses, per transmissibles;  de fet està qualificat com potencial agent bioterrorista (agent categoria C, pel CDC). Encara que es creien virus australians o asiàtics, la descripció d’un virus a Ghana amb característiques semblants fa pensar que la zona endèmica inclouria també Africa. Hi ha vacunes pels cavalls (que també s’infecten i de fet són transmissors a l’esser humà) però no per aquests. Hi ha alguns tractaments experimentals post-exposició en assaig, no disponibles encara.

El virus de Lassa es va manifestar inicialment infectant una infermera a la ciutat de Lassa (Nigèria) i va ser oficialment descobert per un català, el doctor Jodi Casals-Ariet, l’any 1969. El virus es transmet per rosegadors (un ratolí, Mastomys natalensis). Es una malaltia endèmica, és a dir, que afecta de forma continuada una regió específica, en aquest cas l’Àfrica occidental, alternant períodes de baix afectació amb crisis o brots intensos. La febre de Lassa causa 5.000 morts anuals (d’uns 500.000 afectats); per tant una taxa del 1%. La taxa de mortalitat dels casos simptomàtics hospitalitzats, però, estaria entre el 15-20%, encara que alguns suggereixen que es troba al voltant del 50% als períodes epidèmics. Se suposa que el 15 per cent dels rosegadors a l’Àfrica occidental són portadors del virus, i per tant, susceptibles de transmetre’l. No hi ha vacuna però els tractaments immediats amb rivabirina semblen efectius.

El virus Junín (descobert el 1958) s’associa amb febre hemorràgica argentina. Les persones infectades amb el virus pateixen símptomes com conjuntivitis, petèquies i púrpures (petites hemorràgies dèrmiques) i ocasionalment sepsis, desembocant en alteracions greus dels sistema immune, vascular o neurològic. La taxa de mortalitat es troba entre el 20 i el 30%. El problema amb aquest virus, i amb altres, com el mateix Ebola, és que els símptomes inicials són prou indefinits o comuns com per que la malaltia sigui ben detectada en la primera instància. Els hostes naturals tornen a ser els rosegadors. La seva àrea d’afectació ha passat dels 15.000 km2 als 150.000 km2 en els darrers 50 anys. Hi ha vacuna disponible.

El virus de la febre de Crimea-Congo (descrit a 1944 a Crimea) és transmès per paparres (Hyaloma) i és una zoonosi que salta d’animals domèstics i silvestres a humans. És similar als virus Ebola i Marburg en la forma en què progressa als malalts. Durant els primers dies de la infecció, els pacients presenten petits botons hemorràgics a la cara, la boca i la faringe. La taxa de mortalitat està entre el 10 i el 30% a la segona setmana de l’aparició dels símptomes (en la majoria de brots). És una malaltia endèmica a tota Àfrica, els Balcans, l’Orient Mitjà i a bona part d’Asia (Pakistan, Iran, India…). Hi ha una vacuna d’antigen inactivat que s’administra a Bulgària i una desenvolupada per un equip turc encara pendent d’aprovació per la Food and Drug Administration (FDA). Respecte el tractament, suport de les constants vitals; a Turquia un tractament a partir de sèrum de pacients de CCHF ha demostrat un 90% d’efectivitat.

El virus Machupo (descrit per primer cop a Bolívia, 1962) s’associa amb febre hemorràgica boliviana, també coneguda com tifus negre; és una altra zoonosi. La infecció provoca febre alta, malestar general, mal de cap, dolor muscular (símptomes no gaire diferents a la malària). Les petèquies i el sagnat de nas i genives ve després quan la malaltia llisca cap a la fase hemorràgica. Progressa de forma similar al virus Junin i la seva taxa de mortalitat està entre el 5 i el 30%. Aquest virus sí que es pot transmetre ocasionalment d’humà a humà, però habitualment s’adquireix per contacte o inhalació de partícules de les femtes de rosegadors (el ratolí Calomys callosus). És considerat també com base per una potencial arma biològica. Sense vacuna ni tractament efectiu més enllà del suport de les constants vitals.

La febre del dengue és una amenaça constant, i la seva incidència s’ha incrementat fortament en les darreres dècades, des de la segona Guerra Mundial; actualment més de 110 països son endèmics a l’agent, un flavivirus o virus de la familia Flaviviridae, com el virus de la febre groga o el virus West Nile. La seva taxa de mortalitat està entre 1 i 5%; però és clarament inferior al 1% si es rep atenció adequada. Si estem planejant unes vacances al tròpic ja cal que ens informem bé. El dengue es transmès per mosquits, i afecta entre 50 i 100 milions de persones a l’any a destinacions turístiques populars, com Tailàndia i l’Índia, causant unes 25.000 morts anuals. Però és un problema més general ja que més de 2 mil milions de persones viuen en àrees que estan amenaçades per la febre del dengue, degut a l’urbanització creixent d’indrets feréstecs, impulsada pel creixement de la població, i l’escalfament global. No hi ha vacuna disponible, el tractament es basa en la rehidratació i el suport de les constants vitals.

El virus desconegut. Per aquest no tenim, evidentment ni vacuna ni tractament. Caldrà cercar-lo entre els disponibles i passaran mesos fins que disposem d’alguna eina diagnòstica específica i anys fins que tinguem eines terapèutiques (vacunes). És, aquest, el proper virus que ens vindrà, una conseqüència probable d’envair un nou entorn natural, forçar el contacte entre la natura, els animals (la majoria dels virus que hi ha a la llista són zoonótics) i les poblacions humanes, o com a conseqüència de l’escalfament global que canvia patrons de disseminació o localització de moltes especies, algunes d’elles que hostatgen virus que poden trobar nous hostes més predisposats.

Tot un equip de futbol, onze integrants d’un equip de malsons però també de reptes. En una propera entrada farem un nou llistat no en funció de la seva mortalitat i disponibilitat de contramesures si no de la afectació total (de l’efecte acumulat amb els anys).

Perquè aquesta, aquesta serà una altra història.

Dengue, Hantavirus, Henipavirus, Junin, lissavirus, vacunació, virus Crimea-Congo, Virus de Lassa, virus hemorràgics, Virus Machupo

Comentaris virus-lents (101): El planeta viral es fa preguntes: ser o no ser.

Deja un comentario Publicado por en abril 16, 2015

Els virus són els organismes (en tant que entitats organitzades) més abundosos sobre la Terra (això vam comentar a l’entrada 99) i el repertori de gens virals ultrapassen aquells que es troben hostatjats a les especies cel·lulars (des d’un bacteri fins a una balena, per posar-nos en ambdós extrems de mida). Els virus, per altra banda, han jugat un paper més que significatiu en l’evolució del seus hostes (si filem prim nosaltres tenim molt de virus ja que es calcula que vora la meitat del genoma humà està constituït per virus endògens i elements transponibles). Un món viral, i ara no parlem del món de la comunicació o d’informàtica.

 

Molt parlar de virus però…que és un virus? I ja posats, els virus són essers virus o no? I ja posats més…quin és el coeficient d’intel·ligència d’un esquirol? Quines preguntes més filosòfiques, no? em direu.

 

Els virus es van començar a descriure fa poc més d’un segle. Fins aleshores es coneixien els seus efectes però no es podia aïllar la causa última, l’agent. Únicament és tenia clar que eren elements filtrables, que s’escolaven per filtres que sí retenien els bacteris. Eren “no bacteris” i ja se sap que les definicions en negatiu no són gaire afalagadores. Alguns els menystenen encara parlant de poc més que “envoltoris proteics que embolcallen uns pocs virus, amb la finalitat d’inserir-los en una cèl·lula hoste”…tot un dogma, que parteix d’elements certs però porta la reducció a l’absurd, o així pensen alguns.

 

El concepte enganyós de la natura viral no és trivial. Degut a aquest dogma, milers d’articles científics els consideren únicament “partícules víriques”. James Watson (un dels decobridors del ADN) al seu llibre “Molecular Biology of the Gene” escriu: “all viruses differ fundamentally from cells, which have both DNA and RNA, in that viruses contain only one type of nucleic acid, which may be either DNA or RNA” és a dir “tots els virus difereixen fonamentalment de les cèl·lules, que tenen tant l’ADN i l’ARN, en que els virus contenen un sol tipus d’àcid nucleic, que pot ser ADN o ARN.” Tanmateix, tot viròleg sap que dins la cèl·lula hoste, els virus ADN tenen els dos tipus d’àcids nucleics ja que passen el ADN a ARN per poder generar les proteïnes i els genomes virals.

 

Els virus s’han anat definint i classificant en funció de les seves característiques físiques, bioquímiques i biològiques, i durant moltes dècades únicament en funció de la seva càpside, del seu embolcall. Els virus, en tant que proteïna exterior, admetien ser cristal·litzats, com les esmentades proteïnes. Com proteïnes cristal·litzades podien ser considerades entitats vives? Potser un pel reduccionista també, no?

 

I com es va originar els virus i s’han donat lloc als diferents llinatges virals que actualment ocupen la Terra? Per exemple, els llinatges virals es van originar a partir de “elements genètics” que existiren abans de l’origen dels organismes cel·lulars, actualment la hipòtesi que té més predicament, o…els esmentats llinatges s’originaren després a partir de elements genètics cel·lulars que es van independitzar (vindria a ser una evolució reduccionista, anar a cercar el mínim vital)? Per què, un ens que es perpetua i canvia (en el cas dels virus muta) generació a generació i que causa efectes en altres, no es diu que és viu? I un element que es separa d’un organisme viu i també es manté generació rere generació no és viu també?

 

Que és un virus? I ja posats els virus són essers virus o no? Simplement perquè la resposta a aquestes preguntes no sigui gens clara no per això deixen de ser preguntes interessants o útils.

 

I del coeficient d’intel·ligència de l’esquirol? Ni idea, era un macguffin. Hi ha gent que diu que no és gaire alt perquè no han après a travessar les carreteres sense ser atropellats però també potser perquè els cotxes fa poques dècades que circulen i encara no han tingut temps de resoldre el problema; els canvis evolutius passen a una escala diferent a la humana, la que veiem nosaltres. Menys pels virus, la potència numèrica dels quals pot amb quasi tot.

 

Però aquesta, aquesta és una altra història.

Arbre de la vida, evolució, variabilitat vírica, virologia

Comentaris virus-lents (100): Tombant la vista enrere.

Deja un comentario Publicado por en abril 12, 2015

Aquesta és l’entrada numero 100 i la faig tot just un any després de començar aquesta aventura. Una aventura que m’està servint per llegir, i pensar, sobre temes molt propers (bioseguretat, biocontenció, transport de material infecciós, inactivació vírica) i d’altres no tan propers però potencialment accessibles (Ebola principalment aquest any, dissortadament).

Cent entrades, cent histories. Tot plegat un pel patchwork. Algunes temàtiques, com la bioseguretat, la biocontenció, la bioprotecció, l’avaluació de risc, el transport de material infecciosos constitueixen el dia a dia de la meva feina (entrades 2, 4, 19, 21, 22, 24, 27, 29, 32, 84, 89).

Alguns dels patògens dels que hem parlat són manipulats a la nostra instal·lació i com a Oficial de Bioseguretat ha calgut avaluar els riscos i conèixer bé el patogen manipulat. Ha estat el cas de Chikungunya (entrades 8, 20, 39, 40, 61) i el MERS Coronavirus (entrades 7, 42, 56, 90).

Altres virus, amb els que no tinc tracte directe, han tret el cap puntualment com el virus de la immunodeficiència humana (entrades 79, 92, 98), o el xarampió (entrades 81, 82, 85) i també hem discutit sobre salut pública en genèric (entrades 16, 35, 36) i de seguretat alimentària en particular (entrades 14, 15, 86, 87)

Això sí, aquest any la majoria de les entrades (vora de 1/3 del total) tenen relació amb la temàtica de l’Ebola i més genèricament dels filovirus (entrades 13, 17, 18, 23, 30, 31, 38, 41, 44, 48, 49, 50, 51, 52, 53, 54, 55, 57, 58, 59, 60, 63, 65, 70, 71, 77, 80, 88, 93, 94, 95, 97).

M’ho he passat bé escrivint aquestes cent entrades encara que es pot dir que m’ho he passat millor llegint articles o revisions per preparar el material. En alguns casos he quedat fins i tot content d’allò escrit, en d’altres he esperat màxima indulgència dels meus lectors. En tots els casos, però, el que cerco és divulgar microbiologia (bàsicament virologia) i per tant ens esforcem en fugir de conceptes massa profunds, o massa complicats. No es vol vulgaritzar però si explicar fets de forma planera. Ja hi ha altres fòrums, o fins i tot contactes individuals per explicar les coses amb més fondària.

293x181-Source-bkqGgyaGrA

Encetem aquest segon any…amb les mateixes ganes. Evidentment aprofitarem la “actualitat” per continuar parlant de virologia però esperem, en bé de tots, que cap tema segresti excessivament la meva (i la vostra) atenció. Voldrà dir que res és prou important i que ens es permés parlar de tot, picant aquí i allà i eixamplant una mica més el coneixement de cadascun…i si és possible amb un mig somriure, millor.

Però aquesta, aquesta és una altra historia.

avaluació de riscos, biocontenció, bioseguretat, Chikungunya, Grups de risc biològic, MERS Coronavirus, norovirus, salut pública, seguretat alimentària, transport mat. infecciós, VIH/SIDA, xarampió

Comentaris viruslents (99): Més virus que estels al firmament.

Deja un comentario Publicado por en abril 11, 2015

Quan parlem de virus, al cap ens venen immediatament la idea de grans números. Així, a poc que hagin patit gastroenteritis recordaríem que entre 108 i 109, entre 100.000.000 i mil milions de virus (veure entrada 16), s’alliberen en cada gram de femtes. També, si hem patit la grip, potser ens hem assabentat que cada cèl·lula infectada pot produir fins a 10.000 noves partícules víriques. En pocs dies de producció vírica al nostre cos podem haver arribat a generar milers de milions de virus. Tot un mon (la població humana a la Terra, per exemple es troba ara per sota dels 10.000 milions).

 

Algunes estimacions parlen de més de 1030 virus en el planeta Terra. Més que estels al firmament (sempre que considerem que l’univers no és infinit, és clar, o que hi ha més univers que el que veiem). I us preguntareu, com s’han arribat a aquestes estimacions?

 

Bé, la primera possibilitat és comptar els virus a partir de mostres. Suposa agafar petites parts del tot (del terra, de diferents aigües, del fons oceànic,assumint que són prou representatives), comptar els virus presents (fent servir el microscopi electrònic, per exemple) i extrapolar (bàsicament, multiplicar pels volums no analitzats). Com més mostres avaluem més refinarem el càlcul, més ens aproparem a la realitat. No està malament però així únicament trobarem els virus fora dels organismes, i ja sabem que els virus són paràsits intracel·lulars que solament es propaguen dins altres organismes.

 

Podem llavors cercar alguna pista de la seva presència, com pot ser el seu genoma, ADN o ARN. Tenim eines molt potents per amplificar aquestes senyals, més potents que les eines de microscòpia. Fent això s’ha descobert que els mars són brous de ADN viral, que estan plens de virus, que de fet la majoria dels virus resideixen allà. Cap sorpresa, ja que la majoria de la vida resideix als oceans, i ja hem dit que els virus depenen d’altres vides. No es tracta, però, de virus que afectin humans (directament) si no que infecten bacteris, i que s’anomenen bacteriòfags (bacterio-fag, fag prové del grec clàssic “devorar, menjar”).

 

Els bacteriòfags són majoritàriament virus ADN. Però influença, el virus de la grip, per exemple, és un virus ARN. Els virus amb genoma ARN no són habituals com a devoradors de bacteris però si tenen la mà trencada infectant eucariotes (plantes, fongs, protozous, i sí, tots els vertebrats i mamífers, també).

 

Les tècniques moleculars que detecten ADN són diferents d’aquelles que detecten ARN; per tant si fem solament unes ens perdem la informació de l’altre vessant.

 

Quan combinem ambdues eines, o ens esforcem en cercar virus ARN, la conclusió que emergeix és que els virus ARN suposen una part força significativa del material viral a l’oceà, al voltant del 50%. Aquesta és la conclusió d’un estudi publicat al Mutidisciplinary Journal of Marine Ecology el 2013 (veure enllaç al final de l’entrada) Això no és gens sorprenent perquè els hostes procariotes (els bacteris) ultrapassen en molt el nombre d’eucariotes (que hostatgen els virus ARN).

 

Una possible explicació rauria en que els eucariotes són molt més eficients com a incubadors de virus; una única cèl·lula eucariota pot vomitar molts més virus que un únic bacteri. L’altre, no indicada pels autors, seria que els oceans són els col·lectors de tot allò generat als continents i potser una part d’aquest comptatge no és específicament marí.

 

I tinguem present que qualsevol estimació és, probablement sempre, una sub-estimació absoluta (partint d’una mostra representativa). Quan quantifiquem sempre hi ha una fracció del material, d’allò a comptar, que queda fora del nostre abast (per mètode imperfecte, no he vist encara un mètode amb un 100% d’efectivitat; presència de material interferent; i fins i tot els marcs mentals dels investigadors).

 

En qualsevol cas i amb les degudes prevencions (una mostra d’aigua costanera, què passa dins els oceans i al fons dels oceans?; mètodes indirectes que no permeten assegurar si tot el ARN descrit és víric; eficiència de la tècnica d’aïllament i purificació no establerta) aquest estudi duplica de cop el nombre de virus al planeta ja que el valor de 1030 es referia bàsicament a virus ADN. Clar que en un món, el víric, en el que ens movem en log10 (logaritmes, factors de 10) doblar és un no res.

 

Però aquesta, aquesta és un altra historia.

 

Font original

http://www.nature.com/ismej/journal/v7/n3/full/ismej2012121a.html

aigües, bacteriòfags, evolució, virologia ambiental, virologia social

← Entradas más antiguas

Entradas más nuevas →