comentarisviruslents

Aquest blog és una seguit de comentaris personals i probablement poc transferibles sobre ciència i política.

Archivos en la Categoría: Zoonosi

Comentaris virus-lents (41): Ebola-Zaire, perquè a Guinea? Perquè ara? Algunes especulacions no malicioses.

Deja un comentario Publicado por en agosto 25, 2014

 

El gènere Ebolavirus, que amb el gènere Marburg constitueix la família dels filovirus, esta constituït per cinc especies o soques: Zaire, Sudan, Tai Forest, Bundibugyo i Reston. Fins ara la soca Zaire s’havia aïllat de forma exclusiva a paises centreafricans (La República Democràtica del Congo, la República de Congo i Gabón). La soca geogràfica més propera aïllada, ja fa anys, va ser la Tai Forest, a Costa de Marfil, limítrof amb Libèria i Guinea (veieu mapa a sota).

 

texte_alt_jlevir00152_gr5

 

Com va arribar la soca Zaire llavors? Dues possibles alternatives obvies: la primera, que no va arribar, ja estava, però no havia estat detectada; la segona que va ser introduïda fa pocs anys. Els estudis filogenètics que es tenen fins ara, no concloents, indiquen que la soca Zaire actualment activa a Guinea no és idèntica a la que circulava per Àfrica Central. Quan dues soques son pràcticament idèntiques el més probable es que siguin molt properes en el espai i en el temps (mireu entrada 34 sobre variabilitat vírica). Conseqüentment, si son relativament diferents, això implica uns quans anys de història i vida divergent, o alternativament un motor evolutiu potent que forci els canvis o mutacions.

 

Assumim com a certa l’especulació que el virus ja hi era feia lustres per Guinea. Com és que no en teníem noticia? Senyors/es, perquè no som el centre d’aquest mon. Molts patògens, uns quants d’ells vírics, poden mantenir-se en cicles animals sense tenir contacte ni precisar intervenció humana. Si els animals que actuen com mantenidors o reservoris tenen un contacte escàs amb els assentaments humans les oportunitats d’infecció per aquestos són molt limitades. A més, que una espècie animal concreta actui com a reservori no vol dir que molts individus de la població estiguin infectats. En aquest cas encara que els humans tinguéssim contacte freqüent amb aquestes poblacions la probabilitat de ser infectat seria baixa (tan baixa com que ens toques una travessa). Però és que a més, la presentació clínica de Ébola és prou enganyosa; les cinematogràfiques i impactants hemorràgies que es poden donar al tram final de la infecció no són la norma general i la infecció que inicialment té els símptomes inespecífics d’una grip pot arribar a confondre’s amb altres febres hemorràgiques que sí son típiques de la regió, com la febre de Lassa. És a dir, podríem haver tingut una circulació de baix nivell, un run-run d’Ébola els últims anys que s’hauria confós amb alguna altra malaltia; tinguem en compte que les tècniques de diagnòstic de laboratori en aquella zona no són sempre disponibles.

 

Anem a l’altra hipòtesi…i si va ser introduït? Primer traieu-vos del cap tota interpretació maliciosa o conspirativa. Em moure sempre pel terreny de la involuntarietat. La introducció per viatger/turista és improbable. Si aquest viatger el va portar des de Zaire, recentment, era realment un “outsider” ja que va anar a petar molt lluny de les zones habituals de trànsit, doncs el cas índex, el primer, s’ha fixat en Guéckédou, una zona a un dia de camí per carreteres dolentes de la capital de Guinea o Sierra Lleona. Tenint en compte els medis de transport (una persona pot donar la volta al mon en menys de 24 hores però en segons quins llocs i amb segons quins mitjans avança unes poques desenes de kilòmetres al dia) i el període d’incubació del virus (mitjana una setmana-10 dies) potser el nostre viatger no arribaria viu.

 

ebolaafrica02

 

No, probablement tornaren a ser els animals. Des de fa una dècada s’acumulen proves (detecció genomes per PCR i serologies positives, és a dir presència d’anticossos) de la estreta relació entre Ebolavirus i tres especies de ratpenats de la fruita el radi geogràfic dels quals cobreix tota Àfrica Central, Sud i Occidental (el Sàhara fa de barrera). Es tracta de Hypsignathus (monstrosus), Epomops (franqueti) i Myonycteris (torquata). Si cerqueu a Google imatges la distribució geogràfica dels tres gèneres veureu que es solapa d’una manera molt clara amb els diferents brots infecciosos d’Ébola. Aquests animals poden migrar llargues distàncies; i sí, no reconeixen les fronteres. I resulta que aquests ratpenats formen part dels materials culinaris de la gastronomia de la regió, el que hagués facilitat exposició i infecció. De fet una de les primeres mesures del govern de Guinea davant el brot fou prohibir la caça, venda i consum d’aquests animals.

 

Un incís, la carn d’aquests ratpenats i d’altres animals infectats, un cop bullida, fregida, etc. és completament segura però el problema és que per arribar a aquest estat s’ha de manipular, tocar, tallar, preparar i aquí rau el risc d‘exposició i infecció.

 

Molt bé, però els ratpenats no van anar específicament a Guéckédou, no? Efectivament, els ratpenats, si van introduir el virus, es van distribuir “aleatòriament” pel territori, i aquí el brot d’Ébola passa de tenir un “culpable” animal a tenir un “culpable” molt més humà. La major part dels brots d’Ébola que passen a l’Àfrica no són aleatoris, invariablement han passat en àrees on el sistema econòmic i sanitari ha estat destruït o fortament afectats per anys de guerres, conflictes o satrapies autòctones. Ara cerqueu la historia recent de Libèria i Sierra Lleona i veureu que han estat en guerra civil uns quants anys; Guinea és un del països més pobres d’Àfrica, per tant del mon, amb una rampant satrapia corrupte, la meitat del guineans estan per sota del llindar de pobresa…interior, marcat per la pròpia Guinea. I Guéckédou, i la seva població, estaria clarament sota el llindar de pobresa com a representat de la Guinea selvàtica, rural, on rarament el govern del país fa cap inversió més enllà de desforestar per treure profit de la fusta. En certa manera la zona del cas índex s’ha anat des-desenvolupant, regressionant. L’ecologia porta el virus a la nostra porta i l’escenari sociopolític generat per nosaltres li obrà la porta un mica (brot petit) o de bat a bat (brot actual).

 

Com contribuïm els humans? Primer, la pobresa porta a la gent dels pobles a endinsar-se més a la selva per caçar menjar (incrementant el rang d’animals i exposicions als mateixos), treure fusta per fer carbó o treballar en mines per extreure minerals. Aquestes incursions, quant més nombroses i profundes siguin més incrementen la probabilitat d’exposicions al virus. Segon, els sistemes sanitaris són molt bàsics i moltes de les “coses” que donem per fetes (guants d’un sol ús, xeringues rebutjables, mascaretes, ulleres de seguretat, profusió de desinfectants, etc.) no estan disponibles de forma continua, la qual cosa provoca infecció nosocomial en el personal sanitari i la mort d’aquest. Per tant debilita uns sistemes sanitaris de per si bàsics i genera un efecte pànic en el personal sanitari restant. Inclús, els hospitals poden haver contribuït a propagar la malaltia a alguns malalts que es trobaven allà per altres causes i que al tornar a casa la passaren a alguns contactes familiars. I tercer, les estructures governamentals no són eficients ni estan coordinades entre elles, i el personal funcionari es escàs, mal pagat i és incapaç de fer efectives les quarantenes a hospital o àrees delimitades. Certament a més, les fronteres són molt poroses, les xarxes de comunicació deficients a àrees remotes i hi ha un cúmul de llengües que poden actuar de barreres comunicatives.

 

 ebola-map-aug14-1200px

 

I perquè ara? Tot això explicat sembla un discurs especulatiu coherent, però, …perquè ara, perquè no fa 3 o 5 o més anys? El primer que cal assenyalar és que el cas índex és de desembre 2013 que correspon a l’inici de la temporada seca; aquesta dada està en consonància amb altres brots d’Ébola que també s’inicien a les transicions de temporada de pluges a temporada seca. A més l’any passat va ser un any amb un final de temporada de pluges particularment sec seguit d’una temporada seca particularment àrida, tot això possiblement lligat a l’extrema deforestació de la zona durant dècades recents. Tot això podria haver incrementat molt el nombre o la proporció de ratpenats infectats però també la freqüència de contactes entre ratpenats infectats i éssers humans.

 

Tenir una idea més clara de l’interruptor que encén el brot, i dels seus components tan ambientals o selvàtics (ratpenats, cobertura vegetal, regim pluges) com socials (pobresa, aprofitament forestal, estructures sanitàries, governs) hauria d’ajudar a prevenir, i no sols curar, properes epidèmies d’Ébola. Ara per ara, però, s’ha d’afrontar l’epidèmia actual, un seriós repte.

 

Però aquesta, aquesta és un altra història…encara sense final.

 

Per més sobre Ebola mireu entrades 18, 23, 30, 31 i 38 d’aquest mateix blog.

salut pública, variabilitat vírica, virologia ambiental, virus hemorràgics, Zoonosi

Comentaris virus-lents (37): Un primer coronavirus que va arribar de l’est.

Deja un comentario Publicado por en agosto 11, 2014

Entre la tardor 2002 i juliol 2003, un nou virus, desconegut fins aquell moment va causar estranys principalment al Sud-est asiàtic. Més de 8.000 persones afectades amb 774 morts va ser el recompte final amb una distribució geogràfica que abarcà: Xina, Taiwan, Hong Kong, Singapur, Vietnam, Filipines, però també Canada i EEUU.

 

L’agent causal, un nou coronavirus, es batejà com Severe Acute Respiratory Syndrome coronavirus  (SARS-CoV) en referència a la síndrome que causava. En febrer 2004, hi va haver un nou brot, 4 treballadors d’un laboratori adquiriren SARS i el transmeteren a 7 persones més; 1 persona va morir (Laboratory Adquired Infection, LAI’s per més detalls veure entrada 24).

 

Les conseqüències econòmiques no foren petites, tampoc. El Producte Interior Brut (PIB) de Hong Kong va patir una davallada del 4% i el turisme va pràcticament desaparèixer de la ciutat durant bastants mesos. Altres estimacions parlen de 10.000 milions de dòlars d’impacte negatiu a la zona.

 

SARS Portada NewsweekSARS portada EID

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

SARS va ser la primera malaltia infecciosa emergent per la que la OMS decretà una alerta global, al març 2003. Aquest virus es va incloure al gènere Coronavirus dins la familia Coronaviridae (amb els Torovirus); en un esforç impressionant (menys de mig any) es va establir que es tractava d’un coronavirus desconegut fins aquell moment i que no pertanyia a cap dels tres grups reconeguts de coronavirus ni a una recombinació entre aquestos coronavirus per la qual cosa es va situar en un nou grup, el 4. La replicació de les lesions pulmonars observades als pacients en macacos experimentalment infectats amb mostres de pacients i l’aïllament del mateix virus en la majoria de les mostres dels 436 pacients que es va poder estudiar en detall foren les proves definitives.

 

Els coronavirus fins aquell moment descrits causaven malalties més aviat lleus en un ampli rang d’ocells i mamífers. El SARS Coronavirus, com altres coronavirus, era d’un virus pleomòrfic, aprox. esfèric, embolcallat, amb projeccions, 120-160 nm diàmetre, amb una genoma ARN monocatenari polaritat positiva de 30 kb; el genoma més gran entre tots els virus ARN.

 

Les bones noticies d’aquest virus foren que, com els seus companys de família, tenien un genoma bastant estable, comparat amb altres virus ARN, i a més que era un genoma no segmentat, a diferència del virus influenza, per la qual cosa els fenòmens de recombinació eren i són molt menys probables. Una altra bona noticia fou que, com altres coronavirus, s’inactivava completament en 5 minuts per acció de solucions etanol al 75%, o d’hipoclorit sòdic a 500 ppm (el resultat de diluir 1/100 lleixiu domèstic) i també era sensible als tractaments tèrmics.

 

El període d’incubació del SARS estava entre 2 i 14 dies. Hi havia una primera fase de simptomatologia no respiratòria constituïda per febre, mal de cap, miàlgia, i diarrea, amb una duració de 2 a 7 dies. Començava desprès una fase respiratòria, caracteritzada per dispnea i tos no productiva, tos seca. La malaltia que es desenvolupava: un dany alveolar difús que podia derivar en malaltia pulmonar greu a la segona setmana de l’inici de la simptomatologia. Possible resposta secundària hiperexhuberant de l’hoste amb generalitzada hipercitoquinèmia i fibrosis pulmonar induïda pel propi virus. En paraules més senzilles, la mort podia sobrevenir com a conseqüència d’una agressivitat i reacció massa intensa per part del nostre propi sistema immune. El SARS causà mortalitat important en treballadors sanitaris i es van donar bastants casos de transmissió intra-hospitalària, un cas que el fa semblant, en certa mesura, a l’epidèmia de Ebola que esta actualment activa.

 

Es creu que el virus va sorgir (va afectar éssers humans) per primera vegada a la província de Guangdong, el novembre de 2002. Xina ocultà la malaltia durant mesos.

 

SARS distribució casos mundial

Si bé brots reals hi hagué a uns pocs països, la Xina, Hong-Kong (que de fet és geogràficament Xina), Vietnam, Taiwan i Canada, va haver-hi una disseminació mundial (en petit nombre) per moviment de persones (viatges).

 

Però, d’on va sortir el virus? On estava evolucionant pel seu compte sense interactuar amb els éssers humans? Es va dirigir la mirada a les especies d’animals silvestres de la zona; i inicialment se li va penjar la llufa a la civeta (Paguma larvata, veure imatge a sota).

 

SARS civeta dibuix

 

Tanmateix el virus també es va aïllar a mapatxes, i guineus; però no a animals domèstics o de granja. Es va demostrar per infeccions experimentals que gats domèstics (Felis domesticus) i fures (Mustela furo) eren susceptibles a l’ infecció experimental per SARS-CoV i eren capaços de transmetre el virus a animals no inoculats. L’escenari, en mig del brot, era que el reservori del virus podria implicar a diverses espècies, doncs.

 

Tanmateix, aviat és va establir que no era probable que les civetes foren el reservori del SARS. Per què? perquè tenien escassa immunitat i perquè emmalaltien greument amb la seva infecció. El que eren és hostes amplificadors, fins i tot “hostes facilitadors”, que permetien que el virus mutés i adquirís característiques que el feien més transmissible a humans. L’escenari més probable seria que aquest animal rebés el SARS Coronavirus d’un animal més exòtic al mateix mercat o a la selva abans de ser portat al mercat. De fet es consideraren els mercats bigarrats d’animals vius habituals a la zona com el sistema d’amplificació i transmissió del virus. Addicionalment, se sap que el mercat “negre” d’animal silvestre, sense cap mena de control veterinari, estava (i està) molt instaurat, i era (i és) una important font econòmica per les famílies rurals, per abastir restaurant de menjars típics/exòtics.

 

I un virus molt proper al SARS-CoV va ser aïllat a ratpenats, mira per on, als que finalment se’ls ha atribuït el paper de reservori d’aquest virus. I mira per on, altres especies de rat-penats son les que hostatgen el virus Ebola. Realment s’estan mereixent una entrada específica.

 

SARS bats reservoir

 

La transmissió del virus de l’animal infectat a l’ésser humà era per contacte directe o bé mitjançant aerosols (via aerògena). El virus és mantenia infecciós a les femtes i podia persistir dessecat sobre superfícies, per la qual cosa, les superfícies contaminades per secrecions respiratòries o altres (saliva, llàgrimes, orina) podien jugar un paper en la transmissió el que obligava a extremar la higiene personal (mans) i ambiental. Va quedar descartada ben aviat la transmissió de SARS per la ingesta de animals infectats, si aquestos eren adequadament cuinats. De fet, com ja hem comentat, el virus va demostrar ser força sensible a la majoria de tractaments tèrmics o amb inactivadors o desinfectants. Un patró bastant semblant al que es va donar uns anys després i encara es dona pel virus influença aviar H5N1 altament patògena.

 

Com hem comentat la seva seqüència prou diferent de la resta de coronavirus, que va generar crear un nou grup, el 4, per ell, fa pensar en un virus que probablement ha evolucionat pels seu compte, en soledat, durant un llarg període de temps abans de saltar als humans.

 

Es pot considerar l’acció sobre el SARS Coronavirus tot un èxit de la recerca i salut publica per la ràpida contenció dels casos encara que es tractava d’un virus, aquest sí, de transmissió aerògena, que també es podia transmetre per contacte directe o per superfícies (fomites).

 

És clar que no tothom ho va veure així i va aprofitar l’avinentesa per fer algun negoci (¿?).

 

SARS mutant film

 

Però aquesta, aquesta és una altra història. La de sempre.

Grups de risc biològic, Infeccions Laboratorials (LAIs), salut pública, SARS coronavirus, virologia ambiental, Zoonosi

Comentaris virus-lents (36): Notes de salut pùblica i emergències víriques (2)

Deja un comentario Publicado por en agosto 10, 2014

En el mon de les malalties epidèmiques humanes podriem considerar quatre transicions de gran importància:

  • L’aparició de les primeres epidèmies hagué d’esperar a la generalització de l’agricultura i la ramaderia (fa uns 10.000 anys) perquè únicament aleshores comencen a sorgir poblacions relativament denses i grans. La domesticació d’animals i l’acumulació d’aliments en aquestes concentracions humanes (del tot interessants per altres animals com rosegadors, insectes, paparres, gossos) proveïren de noves oportunitats pels moviments interespecífics dels patògens. Així tenim el cas del xarampió originat fa uns 7000 anys a partir del rinderpest dels vedells i la verola apareguda fa uns 4000 anys i derivada del camelpox (la verola del camell, el seu parent filogenètic més proper).
  • La segona transició abraça els moviments d’exèrcits i l’augment del comerç durant l’època de l‘imperi egipci, i la Grècia Clàssica/Roma.
  • La tercer transició correspon a la època d’exploració i colonització americanes. Els europeus portarem, involuntàriament, el xarampió i la verola desconegudes a les Amèriques. Aquest fou un intercanvi unidireccional, no portarem res de tornada, amb l’única controvèrsia de la sífilis. El capità Cook repetí l’experiència, sense voler, a través de la sífilis i el xarampió i la TBC a les illes del Pacífic mentre Lord Jeffrey Amherst intentà transmetre conscientment la verola entre els nadius americans hostils (un dels primers i més ben documentats casos de guerra biològica). Charles Darwin escriví agudament a bord del Beagle…

Wherever the European has trod, death seems to pursue the aboriginal… Most of the diseases have been introduced by ships and what renders this fact remarkable is that there might be no appearance of the disease among the crew which conveyed this destructive importation.

  • La quarta transició, l’actualitat?

La urbanització (amb generació de suburbis pobres i densament poblats), la generalització dels viatges aeris, la liberalització del comerç mundial i l’ increment del comerç de llarga distància, la desforestació i el canvi climàtic estan permetent un “remena, remena” que incrementa les possibilitats de nous hostes o nous hàbitats pels virus.

Però compte! Ara estem cercant molt més, hi ha hagut una millora molt substancial dels plans de vigilància i una millora espectacular en el nombre i la potència de les tècniques diagnòstiques. Per tant, part de la emergència o re-emergència de patògens (o de la intensitat d’aquesta emergència) es deguda sens dubte a aquestes millores.

Aproximadament el 60% del 1415 espècies de microorganismes coneguts com a patògens de l’espècie humana son transmesos per animals, actuant l’home com a hoste incidental o dead-end. Ocasionalment una infecció zoonòtica s’adapta a una transmissió humana-humana i es diversifica lluny del seu origen animal com el cas de la SIDA.

Taylor et al., 2001. Risk factors for human disease emergence. Philos. Trans. R. Soc. Lond. B. Biol. Sci. 356:983-989.

Imagen portada Emerging viruses

En aquest llibre, un molt bon llibre de l’any 1993, i ja es parlava d’emergències virals,  es discuteix entre d’altres dels arbovirus (aquells virus transmesos per artròpodes, com mosquits però també puces o paparres), dels Hantavirus i dels filovirus (Ebola i Marburg), però no hi ha cap comentari del SARS coronavirus, als Henipavirus i cita els virus influenza aviar solament com amenaça teòrica (deu n’hi do el que ha plogut des d’aleshores, no?).

 

El concepte emergència és, doncs, antic, i canviant. Alguns virus emergeixen i després “desapareixen”(del nostre radar però encara hi son a la natura), com seria el cas del SARS coronavirus i d’altres es manifesten de manera continuada en el temps (seria el cas del virus H5N1 influenza aviar, amb casos/infectats cada any)

 

Figura 1 post 2

Peu Figura 1 post 2

A la figura 1 veiem els events (brots) de malalties infeccioses emergents (MIE), graficats en funció del patogen, de l’origen o compartiment d’origen on s’inicia la transmissió, de la seva resistència als medicaments (bàsicament antibiòtics) i del modus de transmissió (vectorial o no). Com es pot veure els bacteris acumulen sistemàticament el 50% o més dels events, essent els virus els segons responsables. Les malalties zoonòtiques (el resultant de la suma de les que es deriven d’animals salvatges o silvestres, d’animals domèstics o de renta (ramaderia) i dels que se sap que provenen d’animals però encara no s’ha aïllat el reservori) ultrapassen en molt les no zoonòtiques o de transmissió intra-humana. Finalment les malalties que demanen un vector (i ara per ara, fora del dengue que es pot considerar intra-humà totes son zoonòtiques) suposen més del 30% dels events dels anys 90.

 

Figura 2 post 2

Aquí tenim una representació gràfica dels events (bacterians i vírics) des de 1940 fins 2004. Alguna cosa us crida la atenció?? Sobre el paper la concentració d’events en EEUU i Europa sembla il·lògica però no ho és tant si tenim en compte l’elevada capacitat diagnòstica i que encara que una malaltia comenci a transmetre’s en un continent (per exemple la SIDA, a Àfrica) s’acabi descriguin, emergint en un altre continent (els EEU en aquest cas). Als EEU hem de considerar l’impacte de la SIDA, encefalitis per WNV, la síndrome pulmonar per Hantavirus (1993), l’arribada del SARS a Canada (Toronto), etc. A Europa, Hantavirus, WNV (Romania, 1997 i 2000), Influenza aviar (Holanda, 2004), etc.

 

Figura 3 post 2

Ja s’ha fet una broma vella dir que vas a l’hospital a fer-te el que sigui i que de fet corres un risc gran d’endur-te una infecció nosocomial per Staphylococcus aureus resistents a la meticilina, per exemple. Doncs be, aquestes infeccions maten prop de 40 vegades més persones que les que van morir per SARS el 2003.

Com veieu las MIE degudes a virus (HIV encara que ja fa més de 25 anys que es va descriure; el dengue, una vella malaltia però que ha agafat nova embranzida); el virus West Nile; la familia dels filovirus (Ebola y Marburg); els Hantavirus tenen un fort impacte als medis però son de llunys menys cruentes que altres factors, per exemple el tabac (de caiguda als països desenvolupats però encara creixent i força als països en desenvolupament) i els accidents de trànsit (la majoria un altre cop als països en desenvolupament). Fins i tot l’any 2003 que va ser l’any del SARS coronavirus, la incidència real en la mortalitat global va ser molt baixa (una altra cosa és el que podria haver succeït).

Per cert abaix del tot de la gràfica trobem el vCJD, que son les inicials de les encefalopaties espongiformes transmissibles, el mal de les vaques boges; ens recordem no? Recordeu l’impacte mediàtic? Fixeu-vos en l’impacte real en temes de mortalitat. Això no treu que hi hagués fortes repercussions econòmiques i canvi de polítiques d’alimentació del bestiar com a conseqüència d’això.

Una patogènesi mortal no està necessàriament associada a una capacitat contagiosa elevada (com s’ha donant pel cas del H5N1, i s’està donant per MERS Coronavirus, per exemple, de l’Ebola tinc els meus dubtes). Un patogen zoonòtic escassament contagiós encara que probablement mortal pot ser que no s’escampi més enllà del cas índex, com acostuma a passar amb la ràbia, o pot ser que infecti solament contactes propers per després esgotar-se o defallir com el cas de la febre de Lassa i els filovirus (com l’Ebola quan es propagava en zones escassament poblades, és a dir, els brots previs). SARS va estar a prop de retroalimentar-se però va ser aturat a temps. Tanmateix les més preocupants son les infeccions insidioses, amb llargs i silenciosos períodes d’incubació en els quals la persona és infecciosa. Quan la malaltia emergeix, com el cas de la SIDA en 1981, la infecció ja s’ha estès fora de control.

 

Les MIE son doncs:

  • malalties velles, i ben conegudes, que estan experimentant un augment en la seva incidència o abast geogràfic (com la tuberculosi, el dengue, Chikungunya ara mateix al Carib),
  • agents recentment descrits que causen malalties conegudes (com la hepatitis C o les ulceres, Helicobacter pylori) o,
  • Malalties noves pròpiament dites com HIV i patologies respiratòries degudes a SARS Coronavirus (2002-2003) o a MERS Coronavirus (actualitat, Península Aràbiga), per exemple.

 

En resum, les malalties víriques emergents (com les bacterianes) tenen unes forces motrius, la majoria antropogèniques, degudes a nosaltres. Son, segons Kuiken et al., 2003. Current Opinion in Biotechnology 14:641-646:

  •  Canvis socials i demogràfics generalitzats,
  • tendències econòmiques i comercials,
  • canvis climàtics (escalfament global mundial, fenòmens regionals),
  • alteració ecosistemes (desforestació, eutrofització aigües, reducció del nombre de predadors d’organismes vectors, etc),
  • canvis a l’atenció mèdica i a les tecnologies (transfusions, transplantaments, resistència a antibiòtics).

I amb això acabem el repàs per posar-nos en context. Ara començarem a endinsar-nos individualment en cada virus.

 

Perquè cada virus, cada virus és una altra història.

Malalties transmissió sexual (MTS), microbiologia ambiental, salut pública, virologia ambiental, Zoonosi

Comentaris virus-lents (35): Notes de salut pública i emergències virals

Deja un comentario Publicado por en agosto 7, 2014

En aquests temps de ràpides alertes, i opinions vertiginoses, he recuperat, per capítols, una xerrada que vaig donar fa uns anys sobre malalties (víriques) emergents. No sentireu parlar del MERS Coronavirus ni d’aquesta última epidèmia d´Ebola però sí farem un passeig per les emergències víriques amb una introducció a la salut pública. Com sempre tot és posició personal, fonamentada, però personal.

If there is any conceivable way a germ can travel from one species to another, some microbe will find it. William McNeill, Plagues and People (Penguin, Londres, 1976)

Els medis de comunicació ens mostren, sovint de manera esbiaixada alertes o noticies alarmistes sobre malalies víriques com: SIDA, síndromes per Hantavirus, febres hemorràgiques (Ebola, etc), virus Chikungunya, West Nile virus, virus Rift Valley, SARS coronavirus; o bacterianes: neuroborreliosis, tuberculosi multirresistent, infeccions neucrotitzants per estreptococs grup A, però també encara còlera.

Ens ha de quedar clar que les infeccions, els patògens que les generen, creuen amb facilitat les fronteres socials o geogràfiques mentre que els recursos que es dediquen a combatre-les (know-how) es veuen bloquejats, figuradament, a les duanes; més pròpiament per un seguit de decisions (o no decisions) polítiques.

Moltes de les malalties que assignem com a “tropicals” afecten sobre tot els pobres de les zones “tropicals”; els grups de risc d’aquestes malalties es defineixen més per la seva condició socioeconòmica que per la latitud de les terres que ocupen. Dit d’una altra manera, una família benestant de zona tropical té un risc molt menor de patir malalties típiques de la zona que una família pobre de la mateixa àrea.

A més, la salut pública de una àrea concreta no és estable, és dinàmica. Hi ha transicions de la salut publica. Els estats o regions geogràfiques passen per transformacions epidemiològiques previsibles: així a mesura que milloren els estàndards de salut, i l’alimentació i la educació, les morts per malalties infeccioses donen pas a les determinades per malalties degeneratives o coronàries (progrés??).

Però dintre de cada país hi ha de tot, tenim diferents estats de salut. Així, a les dècades dels 70-80 s. XX, Harlem (NY) tenia taxes de mortalitat més altes que Bangladesh (per malalties infeccioses i violència). McCord&Freeman. 1990. N. Engl. J. Med. 322:173-177

 Figura 1

Mirem aquest gràfic (1), representa dues fotos fixes de les malalties d’un país Xile (no massa llunyà a Catalunya) a començaments i finals del s.XX. Crida l’atenció un important calaix de sastre en ambdós casos, correcte. I com les malalties infeccioses es redueixen a menys de la meitat mentre que càncers i malalties cardiovasculars (al incrementar-se l’esperança de vida de la població) es multipliquen quasi per 4. També veiem una davallada molt important de la diarrea, del 4,8% a menys del 0,9%. Aprofito per comentar que als països en procés d’industrialització durant el s.XIX (l’actual Primer Mon) la separació del sistemes d’aigües potables dels sistemes d’aigües residuals i la construcció de xarxes de clavegueram determinaren un canvi medi ambiental que conduí a una davallada impressionant de les infeccions entèriques amb un impacte superior al de l’ús de les vacunes i els antibiòtics durant el s. XX. Aquesta situació que es visqué al s. XIX als països europeus i d’altres es el que actualment es sofreix a les viles misèria i acumulacions periurbanes a Sud-Amèrica, Àfrica i Sud-est Asiàtic. Qualsevol millora en el subministrament i la potabilització de l’aigua en aquestes comunitats tindrà un gran impacte; més que una acció puntual d’assistència mèdica.

 Figura 2

Mirem ara la següent gràfica (2). El primer evident és la progressió de l’esperança de vida a tots els països amb caigudes puntuals. Actualment l’ esperança de vida està per sobre dels 50 anys a la immensa majoria de països amb l’excepció d’aquells amb un fort impacte i/o descontrol de la infecció per VIH (Botswana, per ex.). També ressaltar com els canvis de règim (Rússia a començaments del 90) amb la caiguda del sistema sanitari comunista han determinat una davallada de l’esperança de vida i una forta re-emergència entre d’altres de TBC, també HIV. És remarcable el cas de Botswana; amb 2 milions habitants té 300.000 VIH positius (esperança de vida de 65 anys  a 1985-90, a poc més de 40 anys ara quan la projecció sense la SIDA apuntava als 68 anys). Sud-àfrica, un estat limítrof, amb 48 milions de persones té 5,7 milions afectats de la SIDA, a un ritme d’uns 1000 morts diaris (molts d’ ells per complicacions, per exemple TBC). Estem davant d’una malaltia inicialment zoonòtica, sí zoonotica, que ha provocat una davallada de l’esperança de vida dels 55-60 anys a poc mes de 40 anys). Per contra Uganda, partint d’uns valors baixos, és el pol oposat: el país africà amb resposta més efectiva front VIH (amb Senegal) aplicant el mètode ASC (Abstinència, ser fidel i Condons). Un clar exemple que una lectura política correcta i implementació de mesures d’educació a la població pot reduir impacte d’una malaltia

 

La pregunta a fer-se seria, aquest procés progressiu amb reducció de l’impacte de les malalties infeccioses, i increment de l’esperança de vida és quelcom reversible? La resposta és SÍ.

 

La salut de l’individu està millor assegurada quan es mantén o es millora la salut de la comunitat sencera. David Satcher (Director CDC, 1995)

Una frase plena de sentit però… que (quin abast) és una comunitat?

 

Perquè molt dels patògens que considerem emergents o de gran impacte a la salut publica com el virus del dengue, de la SIDA, el virus Chikungunya, virus influenza aviaria però també la grip comuna, SARS coronavirus, Vibrio cholerae, Neisseria gonorrhoeae, Mycobacterium tuberculosis, etc no tenen en consideració divisions polítiques ni es detenen davant elles.

I no està de més recordar que tant emergents com alguns virus són els estats (bona part d’aquestes entitats van sorgir durant la segona meitat del segle XX).

 

I encara que soc completament refractari les teories conspiranoiques si és cert que de vegades accions o politiques implementades erròniament poden tenir impacte clar a la salut publica. En posaré tres exemples una mica allunyats en el temps ja.

  • Hi ha relació entre les estratègies del Banc Mundial i la propagació del SIDA? Lurie et al., 1995. AIDS, 9:539-546
  • Hi ha relació entre les pràctiques de transport marítim internacional i la propagació del còlera d’Àsia a Sudamèrica i altres zones de l’hemisferi Occidental? WHO, 1992. Weekly Epidemiol. Rec. 67:33-39; Mccarthy et al., 1992. Lancet 339:624
  • Com es relaciona el genocidi a Ruanda amb el còlera al Zaire? Goma Epidemiology Group. 1995.Lancet 345:339-344

 

Acabarem, aquesta primera entrega, amb una frase de Charles Darwin (a The Beagle)

Wherever the European has trod, death seems to pursue the aboriginal… Most of the diseases have been introduced by ships and what renders this fact remarkable is that there might be no appearance of the disease among the crew which conveyed this destructive importation.

El vell Mon exportà les seves malalties fa segles, potser ara ens estan retornant (ens estem retornant) la mercaderia.

 

Però aquesta, aquesta és una altra història.

avaluació de riscos, salut pública, virologia ambiental, Zoonosi

Comentaris virus-lents (31): Ébola i tractaments d’infectats, i si…

Deja un comentario Publicado por en agosto 3, 2014

Avui he llegit a El País (un diari de línia editorial lamentable però que es preocupa prou per temes de ciència) la noticia del trasllat del metge Kenneth Bradley, nord-americà infectat d’ Ébola, als EEU en avió medicalitzat des de Liberia i el seu ingrés en un centre especial, el Emory University Hospital a la vora del CDC, a la ciutat  d’Atlanta. Una piulada d’urgència criticant o fent paleses les diferències d’ una sanitat de primer mon a una sanitat d’estat de guerra (que és la que s’està practicant sobre el terreny) és tot el comentari que faré sobre la impossibilitat per tots de tenir uns mateixos estàndards. N’hi ha prou amb dir que  “necesitan cuidados para mantener sus constantes vitales, fluidos intravenosos o diàlisis…ninguno de estos tratamientos son accesibles …donde se encontraban los médicos” la qual cosa, entre línies apunta al destí fatal de molts dels infectats autòctons.

Tampoc faré més que constatar que a Atlanta hi ha preocupació, o més aviat alarma per aquesta importació controlada dels dos casos americans, seguint la famosa dita de “not in my back yard”. Els problemes es volen lluny, habitualment.

El meu comentari té més a veure amb la impossibilitat de mantenir aquesta assistència si en lloc de tenir un, dos infectats tinguéssim un centenar d’infectats. No estic escrivint que pugui passar però si que si sovintegen aquests casos caldrà ajustar les mesures de contenció i de bioseguretat a un nou entorn. Tampoc parlo de com gestionar el tema des d’el punt de vista de comunicació a la població. M’explico.

EEU, la primera potencia del mon compta, segons la notícia, amb 4 hospital equipats per tractar malats de febres hemorràgiques (recordem que Ébola és un d’una llista bastant llarga). Els dos malalts que arribaran estaran en una sala d’aïllament “ad hoc” per l’ocasió on serà tractat per personal especialitzat i aïllats d’altre personal sanitari. “La sala, en la que el hospital ha practicado simulaciones durante los últimos 12 años y ya trató a un paciente de la gripe aviar, está completamente aislada. Desde dentro, el paciente sólo puede comunicarse con el exterior por una ventana de cristal y por teléfono”. Podem suposar que EEUU tinguin més instal·lacions (algunes secretes) però en qualsevol cas no es comptaran per centenars, i pel que fa als països europeus hi ha laboratoris de nivell de contenció 4 però no hi ha instal·lacions hospitalàries permanents de nivell 4. L’escenari per Espanya o Catalunya és el mateix, o pitjor.

¿Per què no es comptaran per centenars? Mantenir instal·lacions de nivell de seguretat 4 (o 3) en pressió negativa, sistemes de filtració absolut, granotes integrals de protecció (o equivalents), dutxes químiques (o equivalents), sistemes d’incineració/destrucció de residus sòlids i líquids in situ, protocols de bioprotecció, és econòmicament molt costós. Han de funcionar contínuament i el personal que les fa anar, per la seva capacitació, es també costós. Per això habitualment es fan petites (el preu de construcció i manteniment per m2 és molt alt), i es dediquen a recerca intensiva en temes de sanitat animal o humana. En una analogia prou bona, son un “parc de bombers”, tot l’any de servei però amb unes intervencions molt, molt puntuals.

Mentre que hi ha molt poques instal·lacions de nivell 4 (NBS4) sí n’hi ha bastants més de nivell 3 (NBS3), repartides per tot el mon i unes quantes no son laboratoris petits i es podrien adaptar per rebre malalts. Aquestes instal·lacions, sempre i quan compleixin tots els requisits del paràgraf anterior ultrapassen amb molt els estàndards d’hospitals del nostre entorn i més encara dels hospitals de campanya a la zona afectada. Aquestes instal·lacions ofereixen una protecció equivalent al medi ambient perquè l’enginyeria i les solucions tecnològiques aplicades son les mateixes que en un NBS4. Això sí, la protecció a l’operador, al personal cuidador, és menor que en NBS4 però superior a la que empra actualment el personal que treballa a la zona afectada.

Si, de forma molt poc probable i inesperada, i indesitjada, algun país es trobes en la necessitat de manegar desenes d’infectats, recórrer a instal·lacions NBS3 que protegeixen l’entorn i reforçar els EPIs del personal que hi treballa seria una opció molt més efectiva que intentar adaptar alguna instal·lació hospitalària.

En definitiva, una nova conveniència, o degradar el grup de risc del virus Ébola a GR3 de forma puntual o ascendir algunes instal·lacions NBS3 a NBS4, al reforçar els seus sistemes de protecció personal. Una solució que, en certa mesura, ja es va aplicar amb el SARS coronavirus, que actualment té una consideració de NBS3, i també amb el MERS coronavirus (també amb la mateixa categorització, veure entrada 7).

Però aquestes, aquestes son altres històries.

avaluació de riscos, biocontenció, bioprotecció, bioseguretat, instal·lacions bioseguretat, virus hemorràgics, Zoonosi

Comentaris virus-lents (30): Ébola, fets i consideracions personals

Deja un comentario Publicado por en agosto 2, 2014

En una epidèmia, com a tota crisi, tan dur com el control de la mateixa es fer front a la desinformació i a la por o histèria que es pot generar. Per tant, aquí parlaré únicament dels “meus fets”, del que jo dono per fets provats i algunes consideracions. La por i la ignorància no fan cap servei, únicament la comprensió i el coneixement ens faran prevaldre.

Ébola virus i altres virus hemorràgics son capaços de matar i de fer-ho de forma dolorosa i molt cinematogràfica (veure entrada 13). Tanmateix és un virus que es coneix des de fa dècades i no s’hauria de considerar un “virus de laboratori” més que res perquè sembla molt igual al de epidèmies prèvies (per més detalls veure entrades 17, 18) i el seu efecte és devastador en les comunitats afectades, fins ara a nivell local.

Però de forma taxativa aquest virus no es transmet com el virus del refredat (els rinovirus), o com el SARS Coronavirus (que tragué el cap el 2002-2003) o com el virus de la grip i no té el potencial (la capacitat de transmissió aerògena) d’aquest últim per iniciar una pandèmia global amb milions d’afectats.

El virus d’Ébola necessita un contacte proper i continuat, com pot ser la cura continuada dels infectats (per això el personal mèdic i sanitari és el que està en alt risc i per això les morts d’alguns metges aquestes darreres setmanes, però també familiars si es fa aquesta atenció a casa) i la preparació dels cadàvers infectats per les cerimònies d’enterrament. La sang i secrecions corporals dels infectats estan carregades de virus i poden quedar a les fomites però el virus és fàcilment desinfectable (veure entrada 23) i la transmissió es trenca amb barreres bàsiques com portar guants impermeables i no exposar la pell (sobre tot si aquesta té ferides o cremades).

L’Ébola te uns símptomes clínics inicialment no del tot clars, inespecífics (de fet a les etapes inicials tenim febre, dolor muscular, mal de cap, debilitat intensa i únicament desprès apareixen vòmits, diarrees, problemes hepàtics (icterícia) i hemorràgies internes o externes), i bona part d’aquest símptomes inicials demanen un diagnòstic comparatiu o diferencial per excloure malària, febre tifoide, colera, meningitis, hepatitis…i no equivocar el tractament. Un cop es desferma la segona tongada de símptomes és prioritari l’aïllament. Tot infectat aïllat, si es manegat amb una cura adequada (i es porten els EPIs corresponents que impliquen no esposar dermis i mucoses), no representa un perill greu per cuidador.

La desinformació i el rumor ha provocant que, a les zones afectades, més d’un infectat hagi abandonat l’hospital per malfiar-se del personal mèdic. També hi ha casos d’ocultació de la malaltia (deixant el malalt a cura de familiars, no formats i no protegits, la qual cosa amplifica el problema) i d’enfrontaments amb el personal sanitari al que consideren responsable (no sé si per omissió, trist, o per acció, del tot inacceptable). Però és així.

Però aquesta desinformació i rumor no és exclusiu de les zones afectades. També nosaltres en tenim bona part de culpa. Algunes aproximacions periodístiques es recreen amb els patiments dels malalts, en la por de les poblacions afectades, etc., la qual cosa pot portar a estigmatitzar-les Tanmateix podríem preguntar-nos perquè no s’han (hem) dedicat recursos a millorar les infraestructures sanitàries d’aquests països, no únicament en forma de laboratoris ben equipats si no en personal sanitari prou entrenat, i en uns programes educatius a llarg termini entre la població. I finalment ens podríem plantejar perquè les nostres comunitats benestant son capaces de invertir més diners en tractaments cosmètics anti-envelliment o anti-arruges, que en dotar a tothom d’infraestructures sanitàries bàsiques que facin de primera barrera, evitant grans propagacions. I ja no parlem d’inventir en vacunes o en anti-virals, que requereixen més tecnologia i mitjans.

No, fins on se, Ébola no sembla que pugui desencadenar una pandèmia, el que no exclou que pugui estendre “puntualment” a altres continents. Hi ha altres virus coneguts, i de segur altres que encara no coneixem, amb més potencial.

 

Però aquesta, aquesta és una altra història.

 

desinfecció, recursos humans en ciència, virologia ambiental, virus hemorràgics, Zoonosi

Comentaris virus-lents (28): Per què «m’agraden» els virus?

Deja un comentario Publicado por en agosto 1, 2014

 

Per què m’agraden els virus? Unes quantes raons desendreçades…

 

Els virus no són estàtics. Ells muten, es recombinen, es barregen (els seus àcids nucleics) per generar noves combinacions de gens i proteïnes que modifiquen o alteren les propietats inicials. És el cas, llargament conegut, de la infecció amb dos virus d’influenza diferents dins d’un mateix animal (el porc, les aus, nosaltres mateixos) que pot donar lloc a una estirp més virulenta senzillament per tornar a combinar les cartes (els genomes). Si jugues milers i milers de vegades amb una baralla de cartes és impossible que no et surti un pòquer i això ho fan els virus un dia rere altre a una escala que difícilment podem imaginar. I un pòquer no vol dir ser més patogen, si no ser més transmissible, més resistent a condicions ambientals, tenir més afinitat per receptors cel·lulars, envair nous teixits, etc.

 

Fa de mal dir però els virus tenen un costat fosc. I és de mal dir perquè ens col·loquem nosaltres al centre i els hi assignem el paper, perquè poden causar malalties greus. Des de la verola a la polio, la influença pandèmica i la SIDA (aquest un “arribista” de l’últim segle, un clar exemple de virus emergent), moltes de les més gran epidèmies afectant a humans han estat malalties víriques. Però els virus no solament causen malalties altament contagioses si no també estan involucrats en malalties cròniques sense un component infecciós obvi. S’assigna un 15% de la mortalitat mundial de càncer a infeccions víriques ocorregudes anys o fins i tot dècades abans. I els virus també intervenen en les malalties autoimmunes, en malalties neurològiques cròniques, en la síndrome de la fatiga crònica, fins i tot en les patologies de l’obesitat. Recentment s’ha establert un link epidemiològic entre la infecció pel adenovirus tipus 36 i la obesitat en humans, per exemple. I finalment, és molt probable que molts virus puguin disparar un procés de propagació en un hoste i abandonar-lo sense desar cap traça física (potser seria més correcte dir química) del seu genoma, un mecanisme de hit-and-run. En aquest cas l’univers dels virus podria ser inabastable.

 

Els virus no son “iguals”. Contínuament es descobreixen nous virus que han eixamplat el seu rang des d’els circovirus minimalistes fins els virus gegants d’algunes amebes (veure entrada 1).

 

L’univers dels virus està en continua expansió; està incomplert. De fa anys se sap que en una gota d‘aigua marina o d’aigua residual es trobem milers, milions de virus o estructures virus-like amb proteïnes de funció desconeguda. L’inventari de virus que poden infectar a humans està també incomplert. Les últimes estimacions (per tècniques de seqüenciació) apunten a que els mamífers poden contenir centenars de milers de virus diferents, la immensa majoria dels quals no han estat realment aïllats i tenen una patogenicitat desconeguda. I dintre dels no mamífers, per exemple les aus, també porten virus potencialment molt perillosos com els vius influenza. I ja no parlem dels insectes. I tampoc esmentem els bacteris, que van estar abans que nosaltres i que ens persistiran, afectats per milers i milers de virus, que reben un nom més específic, els bacteriofags o “fags”.

 

Els virus ens demostrem que som part d’un tot més gran. No som un compartiment estanc, els éssers humans. Els virus que infecten animals també poden desbordar el seu compartiment, i afectar a humans, amb un efecte catastròfic sobre tot si el virus es transmet eficientment entre nosaltres. Així, amb una freqüència creixent nous agents vírics estan emergint; el virus de la sida o VIH, Ébola (entrades 17, 18, 23), Nipah, Hantavirus (entrada 10), els virus de la grip aviaria, el SARS Coronavirus, el MERS Coronavirus (aquest últim molt recent, de fa un parell d’anys, encara circumscrit a la Península Aràbiga, transmès pels camells i que està matant vora un 40% de les persones que resulten infectades, veure entrada 7). Per cert que MERS Coronavirus i virus Ebola o Marburg semblen tenir com a font original els ratpenats. Mereixeran una propera entrada per ells sols, els ratpenats.

 

Els virus treuen profit dels canvis, no es queixen. Per exemple, treuen profit del canvi climàtic, que ells no han provocat. L’escalfament global està expandint l’abast geogràfic d’una sèrie de artròpodes vectors i de retruc dels virus que poden hostatjar i propagar, expandint el vius dengue o el virus Chikungunya (entrades 8, 20, 26) cap a regions més temperades, les nostres, per cert.

 

La variabilitat, diversitat, velocitat de replicació, la seva capacitat d’amagar-se en reservoris (animals) donen fe de la robustessa, adaptabilitat, constància, plasticitat evolutiva dels virus. Un compendi de tot el que HOM voldria ser. O no?

 

 

Però aquesta, aquesta és una altra història.

Chikungunya, Hantavirus, Influenza aviar H5N1, MERS Coronavirus, variabilitat vírica, vectors artròpods, virologia ambiental, virus hemorràgics, Zoonosi

Comentaris virus-lents (24): Les infeccions adquirides al laboratori, LAIs.

Deja un comentario Publicado por en julio 21, 2014

 

Les infeccions adquirides al laboratori (Laboratory adquired Infections, LAI) es defineixen com aquelles infeccions simptomàtiques o asimptomàtiques, que són contretes a través d’activitats de laboratori o per estar al laboratori, com a resultat del treball amb organismes infecciosos (Kimman et al., 2008; Sewell, 1995; Sulkin, 1961). En certa manera suposen el fracàs de les mesures de bioseguretat i biocontenció implantades, encara que això es degui a una deficient praxi d’un treballador (el que hauria fracassat és el nostre sistema d’entrenament i supervisió, llavors). Recordem que en un nombre molt alt d’accidents i incidents la “culpa” no és del treballador si no dels sistemes organitzatius, de formació i dels procediments implantats.

 

Es porten ja comptabilitzats prop de 5.000 casos amb unes 200 morts, però les LAIs estan disminuint des dels 90s del segle passat, possiblement per una millora en les instal•lacions i materials de contenció i també en els protocols de bioseguretat (Collins i Kennedy, 1999). A més s’ha observat una forta disminució dels casos deguts a la formació d’aerosols infecciosos, mentre es manté la incidència dels talls, punxades d’agulles i esquitxades; i un desplaçament dels principals patògens implicats passant de Brucella spp, Coxiella burnetti, Salmonella typhi i Francisella tularensis, seguit de Mycobacterium tuberculosi abans dels anys 80 a Mycobacterium tuberculosis, arbovirus, Coxiella burnetti, Hantavirus i Brucella spp, des dels anys 80 fins l’actualitat.

 

¡¡Però tot resulta més complex! Si el microorganisme existeix en el laboratori però no en la comunitat, podem estar relativament segurs del focus i etiquetar la infecció d’un treballador com LAI; però, si el microorganisme també està present en la comunitat, l’origen de la infecció ja no és tan fàcilment identificable. Per exemple, a Bèlgica, el 1995, els treballadors de laboratori van mostrar una incidència de tuberculosi 5,4 vegades superior a la població general (Ronveaux et al., 1997), valors que també s’han trobat en altres països (Àustria, Alemanya, Gran Bretanya, Japó) (Collins i Grange, 1999). El risc mitjà anual de seroconversió (mesurat per la prova de la tuberculina) és del 1,0% al Canadà (Menzies et al., 2003) en els treballadors de laboratori, molt més alta que la de la població general. Per altra banda a Turquia està molt estes el virus de febre hemorràgica Crimea-Congo (VFHCC, o CCHFV en anglès). Un treballador d’un centre de recerca o diagnòstic li podria costar molt de demostrar que la infecció que està patint l’ha agafada al centre i no fora d’ell, ja que la prevalença entre la població “normal” és alta.

 

No obstant això, no ens enganyem. No tenim una idea total del que està realment succeint ja que no hi ha requeriment legal de declaració de les LAIs amb excepció del Regne Unit; hem de comptar amb una forta subestimació des del moment que molts treballadors no ho fan per por de ser sancionats, i una bona part de les infeccions procedeixen de forma subclínica i només es poden traçar si es fan proves serològiques periòdiques als treballadors. Sumem a això que algunes infeccions requereixen d’un llarg període d’incubació abans de manifestar-se, amb la qual cosa es fa difícil enllaçar la malaltia amb l’incident del laboratori, si n’hi va haver.

 

¡¡Atenció a les LAIs associades amb la manipulació i treball amb animals d’experimentació! Hem de tenir present que sempre hi ha un risc de transmissió (infeccions zoonòtiques) a partir d’animals aparentment sans, no inoculats experimentalment. Un clar exemple el tenim en les prop de 230 infeccions per hantavirus (2/3 simptomàtiques, 1/3 asimptomàtiques) en investigadors que creien treballar amb rosegadors no infectats. L’adopció d’unes mesures mínimes; guants, indumentària de laboratori, protecció respiratòria, és altament recomanable. Aquestes mesures de bioseguretat passen a ser obligatòries quan es treballa amb animals inoculats experimentalment, sempre que els patògens inoculats siguin zoonòtics i s’hagi descrit transmissió aerògena.

 

Un incident que pot derivar en una LAI no s’ha d’amagar. Únicament amb confiança entre totes les parts es poden minoritzar els riscos i les conseqüències. Això no podem fer-ho entendre als animals d’experimentació però sí a les persones que hi treballen. En els dos casos, però, tindrem d’assumir un cert grau d’impredictibilitat.

 

Però aquesta, aquesta és definitivament una altra història.

 

 

  • Collins CH y Grange JM. 1999. Tuberculosis acquired in laboratories and necropsy rooms. Communicable Disease and Public Health 2(3): 161-167.
  • Collins CH y Kennedy DA. 1999. Laboratory acquired infections, 4th ed. London: Butterworth Heinemann.
  • Kimman TG, Smit E y Klein MR. 2008. Evidence-based biosafety: a review of the principles and effectiveness of microbiological containment measures. Clin Microbiol Rev 21: 403-425.
  • Menzies DA, Fanning A, Yuan L, Fitzgerald JM y Canadian Collaborative Group in Nocosomial Transmission of Tuberculosis. 2003. Factors associated with tuberculin conversion in Canadian microbiology and pathology workers. Am J Resp Crit Care Med 167: 599-602.
  • Ronveaux O, Jans B, Wanlin M y Uydebrouck M. 1997. Prevention of transmission of tuberculosis in hospitals; a survey of practices in Belgium, 1995. J Hosp Infect 37: 207-215.
  • Sewell DL. 1995. Laboratory-associated infections and biosafety. Clin Microbiol Rev 8: 389-405.
  • Sulkin SE. 1961. Laboratory acquired infections. Bacteriol Res 25(3):203-209.
biocontenció, bioseguretat, Hantavirus, Infeccions Laboratorials (LAIs), virus hemorràgics, Zoonosi

Comentaris virus-lents (23): Ébola virus, mortal però làbil

Deja un comentario Publicado por en julio 16, 2014

El virus Ébola és fàcilment transmissible però unes poques i barates barreres primàries redueixen molt el risc si s’està fent treball de camp o tenint cura dels malalts (Àfrica). Aquestes tècniques inclouen porta roba tancada protectora (una granota), guants, una mascareta filtrant i protecció ocular (millor ulleres estanques, encara que també son valides les pantalles).

En condicions de camp, abans de retirar-se aquestes proteccions cal rentar-se bé els guants (els elements més exposats) amb aigua i sabó. Els guants rentats caldria que fossin descartats (sempre un sol ús; en algun cas s’han vist imatges de guants de goma, tipus cuina, assecant-se al sol en un patí d’hospital de campanya africà desprès de la seva desinfecció; és una pràctica correcta però lligada a les constriccions econòmiques). Un cop retirada aquesta indumentària protectora un intensiu i llarg rentat de les mans amb aigua i sabó fa la resta. Si no hi ha sabó es poden fer servir antisèptics de base alcohòlica.

En zones no endèmiques (Europa, Amèrica) la manipulació es fa estrictament en Laboratoris NBS4 (ja que es considera un patogen GR4, veure entrada 22 del blog), e implica treballar amb indumentàries segellades amb pressió positiva, i manipulació en Cabines de Seguretat Biològica. En el procés de sortida del laboratori, l’investigador rep una dutxa química que descontamina la indumentària (que evidentment es hidròfoba, impermeable) abans de retirar-se-la.

El virus Ébola pot ser letal un cop infecta un individu però es un virus molt làbil, molt dèbil, quan s’ha d’enfrenar a l’acció de desinfectants, agents inactivadors o fins i tot al propi medi ambient.

El virus Ébola és un virus embolcallat de genoma ARN. Com tots els virus embolcallats, amb una membrana que deriva de la cèl•lula infectada, és bastant sensible als solvents de lípids (detergents) i també a agents oxidants com l’hipoclorit sòdic (el lleixiu domèstic), els compostos fenòlics, el metanol, l’àcid peràcetic, aldehids com el glutaraldehid (a 2%), el formaldehid, i una solució d’àcid acètic al 3% (pH2,5). El vinagre acostuma a estar entre el 3% i el 4% d’àcid acètic, per exemple.

El virus Ébola és també prou sensible a condicions ambientals habituals o a tractaments físics de inactivació molt directes i “econòmics”. Per exemple s’inactiva bullint el líquid per 5 min, o escalfant a 60ºC un cop passats 60 minuts, o a 75ºC per 30 minuts. També s’ha descrit inactivació per llum UV (per tant es veu afectat per la radicació solar) o per raigs gamma (a 1.2 x106 rads, aquesta sí és una tecnologia cara). Tot és una qüestió de probabilitats, però; un estudi de Sagripanti i col•laboradors al 2011, per temps de exposició a la llum UV de fins a 30 segons, demostrava que un 3-4% dels virus Ebola presents encara retenien la seva infectivitat, al estar associats i protegits per restes cel•lulars. Una exposició molt més perllongada de ben segur seria més efectiva però no està quantificada.

A l’ambient el virus Ébola pot persistir infecciós en líquids i dessecat sobre superfícies per uns pocs dies mentre la majoria dels virus entèrics de transmissió fecal oral poden retenir la infectivitat per mesos (veure el cas de Norovirus a l’entrada 16). La infectivitat roman estable per uns quanta dies en condicions de refrigeració (4ºC) i es manté inalterable a -75ºC (és el mètode de conservació als laboratoris de virologia).

Una protecció respiratòria eficaç i evitar que el virus entri en contacte amb qualsevol de les nostres mucoses, i la nostra pell, evitarà el contagi. Tot allò susceptible de estar contaminat i que es vulgui conservar és fàcilment descontaminable (ítem a ítem i amb molta cura, una feina molt entretinguda). Per la resta el millor és l’eliminació per tractament amb lleixiu o tèrmic.

Abandonat a la seva sort en el medi ambient, el virus Ébola, per l’acció combinada de temperatura (radiació solar), acció de raigs UV (radiació solar), dessecació (vent i radiació solar), acció microbiana, i altres paràmetres, no persisteix més enllà d’uns dies, o alguna setmana. Un àrea exterior contaminada és probablement «segura» en unes poques setmanes.

Probabilitat i seguretat no sempre es donen la mà, tanmateix.

Però aquesta, aquesta serà una altra història.

avaluació de riscos, bioprotecció, desinfecció, Infeccions Laboratorials (LAIs), virologia ambiental, virus hemorràgics, Zoonosi

Comentaris virus-lents (22): Bioseguretat, biocontenció i bioprotecció; quan el prefix «bio-» ho complica tot.

Deja un comentario Publicado por en julio 16, 2014

En les dues últimes dècades, l’increment d’interès i la preocupació que viatja de la mà, per les malalties emergents i reemergents, moltes d’elles zoonòtiques, causades tant per bacteris com per virus (coronavirus de la SARS, influença aviària altament patògena, virus de la grip A (H1N1), Chikungunya) ha alimentat el disseny, construcció i posada en marxa d’un munt de noves instal•lacions i laboratoris de bioseguretat i biocontenció (Manuel, 2008) a Europa, EUA, però també a Àfrica i Àsia.

Els conceptes de bioseguretat, biocontenció i bioprotecció no estan encara prou clars per a certs segments de la comunitat científica, alguns fins i tot directament implicats en instal•lacions on es manipulen patògens perillosos, i menys encara pel públic en general. D’altra banda ofereix oportunitats professionals pels microbiòlegs doncs els centres o laboratoris que posin en marxa instal•lacions de biocontenció, amb nivell de bioseguretat 3 o superior, necessitaran personal amb una profunda base microbiològica i interès tecnològic per aplicar aquests conceptes d’una manera coherent (estricta però no maximalista).

Per fer boca, començarem per una definició dels conceptes a discutir a partir de la informació aportada pels diccionaris.

Així, per «Safety» entenem: the state of being safe; freedom from occurrence or risk of injury, danger, or loss o sigui, Qualitat de segur; lliure i exempt de tot perill, dany o risc (Diccionari RAE, 20a edició).

Per «Security» entenem: freedom from danger, risk, etc; safety. / Something that secures or makes safe; protection; defense. / Precautions taken to guard against theft, sabotage, the Stealing of (military) secrets …, és a dir, protegir a una persona, animal o cosa d’un perjudici o perill, posant-li alguna cosa a sobre, encerclant-lo, etc. (Diccionari RAE, 20a edició).

Per «Contain» entenem: to hold or include within its volume or area; / To keep under Proper control; restrain o Portar o tancar dins seu si una cosa a una altra (Diccionari RAE, 20a edició).

I aquí un primer apunt. Fins i tot als EUA, on van sorgir els termes, biosafety fa ja més de 20 anys (1 ª edició de la guia BMBL-Biosafety in Microbiological and Biomedical Laboratories, de 1984) i biosecurity (adquireix carta de naturalesa a la 5a edició de BMBL, el 2007, que li dedica tota una secció) hi ha dubtes sobre com aplicar-los i quines quines són les seves esferes d’atenció, però això es fa més procel•lós en traduir aquests termes: en espanyol i en francès traduim ambdós com bioseguretat o biosécurité (per molt que bioprotecció també es tradueix al francès com biosûreté), respectivament. A efectes de clarificació i des d’aquest moment traduirem biosafety com bioseguretat i biosecurity com bioprotecció, sense intenció d’establir cap càtedra.

Fem un succint repàs a aquests tres conceptes sovint confosos o amb zones d’ombra.

La Bioseguretat està íntimament relacionada amb l’establiment i execució de procediments per minimitzar el risc (ja que el risc zero és inabastable) en l’ús, manipulació i propagació de microorganismes patògens (d’animals, plantes o éssers humans), i està definitivament associat a les activitats internes d’un centre de recerca o instal•lació concreta. Els procediments i pràctiques de bioseguretat dependran de l’agent (la seva patogenicitat, rang d’hostes, estabilitat i ruta de transmissió, etc.) i de l’activitat a emprendre (volum del material infecciós, concentració del mateix, si hi ha experimentació animal associada, etc.). La bioseguretat se centra en reduir l’exposició i/o l’alliberament de materials biològics infecciosos, i és objecte de la preocupació i de treball de personal científic en tasques de gestió, amb l’assistència de personal investigador i tècnic.

La Biocontenció està molt més relacionada amb els factors físics i constructius associats al disseny i al procés constructiu (comissioning) de l’edifici que albergarà aquestes activitats (i per tant, recau en el terreny dels arquitectes, enginyers i equips constructius-UTE) i als equips que s’hi instal•lin (des de Cabines de Seguretat Biològica (CSB) a gàbies d’animals).

Finalment, la Bioprotecció (biosecurity en anglès), moltes vegades utilitzada erròniament com a sinònim de bioseguretat, està intensament relacionada amb la presa de mesures per prevenir les activitats externes (però també internes) d’algunes persones, a través del robatori o ús il•lícit, que puguin comprometre la contenció dels patògens. La bioprotecció afecta els mitjans físics i administratius (protocol•litzats) per assegurar el control del material biològic i de la informació (dades i persones) que podrien posar en perill la salut pública o provocar pèrdues econòmiques quantioses com a resultat d’un alliberament maliciosa, pèrdua intencionada , robatori, etc. I és molt més del que imaginem (portes, càmeres i guardes). La bioprotecció tracta de prevenir la potencial proliferació d’armes biològiques (bio-weapons) mentre que la bioseguretat tracta de mitigar el bioperill, el perill biològic, (biohazard). Del definit es dedueix que aquesta tasca no és competència dels científics, sinó que més aviat és responsabilitat dels equips gestors o directius de les instal•lacions o els poders públics. No obstant això, no pensem que la bioprotecció és un problema purament tecnològic, és més aviat un problema que rau en les persones.

I quan es tracta amb persones hem d’assumir sempre un cert grau d’impredictibilitat.

Però aquesta, aquesta és definitivament una altra història.

biocontenció, bioprotecció, bioseguretat, virus hemorràgics, Zoonosi

← Entradas anteriores

Entradas siguientes →