comentarisviruslents

Aquest blog és una seguit de comentaris personals i probablement poc transferibles sobre ciència i política.

Archivos en la Categoría: virologia ambiental

Comentaris virus-lents (46): Virus i radiació solar, SODIS, una «spin off» de l’entrada 45.

Deja un comentario Publicado por en septiembre 8, 2014

El juny 2012 les Nacions Unides informaven que el 11% de la població mundial (uns 800 milions de persones) no tenien accés a subministraments d’aigua microbiològicament segurs i la previsió era que aquesta situació no milloraria gaire els propers anys.

 

La inactivació per radiació solar (veure entrada relacionada 45 pel cas d’Ebolavirus) és un mètode molt barat i que no requereix cap instal·lació tecnificada per reduir la incidència de malalties gastroenterítiques en zones pobres o molt pobres amb subministrament d’aigua compromesos i/o sistemes de depuració malmesos o inexistents. El procediment, que alguns abreugen com SODIS (SOlar DISinfection) suposa col·locar l’aigua que es vol consumir en ampolles de sistemes plàstic (habitualment PET) transparents tancats i deixar-les en posició horitzontal preferentment sobre planxa o terra durant el dia (mínim 6 hores), particularment en el període de màxima insolació. Hi ha abundant bibliografia que quantifica un descens de la gastroenteritis en poblats o comunitats on s’aplica aquesta tècnica a l’Africa, Àsia i Amèrica.

tratamiento-agua-solar_gif

SODIS_map-fr_svg

 

Nombrosos estudis han comprovat i quantificat a nivell de laboratori la disminució de la càrrega de bacteris o virus de transmissió fecal-oral mitjançant SODIS. Així, en condicions de laboratori s’han detectat caigudes de 5 log10 (en escala percentual suposa passar de 100.000 bacteris inicials a 1 bacteri final) per Campyloabacter jejuni en menys de 1 hora d’exposició; d’Escherichia coli enteropatogènica en menys de dues hores; 4 log10R de Yersinia enterocolitica en 3 hores. Un exemple d’inactivació el tenim a la figura 1. Partint de 6 log10, que és una altra manera d’expressar 1.000.000 individus, tenim inactivacions totals en 4 o 6 hores d’alguns bacteris. L’efecte del cel és dramàtic però; mireu con les cinètiques d’inactivació canvien quan passem de cels radiants (a), a cels amb nùvols i clarianes (b) o cels coberts (c) (veure Figura 2). Per contra els cists de protozous com Cryptosporidoum o Giardia son més resistents com també ho son els virus entèrics clàssicament responsables de gastroenteritis com rotavirus, calicivirus i astrovirus, on l’inactivació amb prou feines arriba a 1 log10 (recordem, però, que això és una caiguda del 90% de la càrrega vírica inicial). Però en condicions de camp les dades son també irrefutables. Aquesta senzilla tècnica redueix a la meitat la disenteria i les diarrees infantils allà on s’aplica.

SODIS inactivació bacteriana

 

journal.pone.0090743.g004

Figura 2

Els avantatges d’aquest sistema son:

  • Baix cost, necessari perquè les comunitats afectades per manca de subministrament acostumen a ser molt pobres.
  • Fàcil de fer. No requereix cap protocol complicat o difícil de seguir.
  • Sostenible; no requereix consumibles que siguin cars o difícils d’obtenir.

 

L’aigua no ha de ser massa tèrbola. Si ho és, és millor deixar-la reposar o bé filtrar-la a través d’una gassa o teixit per retenir el material particulat gros ja que fa “ombra” dins les ampolles a la acció de la radiació solar. Evidentment sota aquestes condicions l’aigua s’escalfa però els estudis semblen demostrar per la majoria dels patògens que és el component de radiació ultraviolada del Sol el que fa l’efecte majoritari de la inactivació i no l’augment de la temperatura.

 

L’activitat microbiocida pot millorar-se:

  • Deixant les ampolles plenes damunt superfícies reflectants (metàl·liques) per incrementar la quantitat de llum que es absorbida. Si això és massa car làmines de paper d’alumini folrant exteriorment la part de l’ampolla que descansa al terra és prou efectiu.
  • Deixant els ampolles sobre una superfície fosca, negre, per incrementar l’escalfament.
  • Agitar els ampolles plenes fins a 2/3 un mínim de 30 segons abans de tancar-les hermèticament, per augmentar la quantitat d’oxigen dissolt a l’aigua. La incidència del Sol (particularment del component UVA)sobre el oxigen dissolt generarà unes especies d’oxigen inestables (oxigen singlet, peròxid de dihidrogen també conegut com aigua oxigenada, ions superòxid, i radicals hidroxils) però altament reactives que ajuden a al inactivació

SODIS bottles

Suposo que tots sabem que temperatures per sobre dels 56-57ºC desnaturalitzen les proteïnes i per tant inactiven els virus i els bacteris que com nosaltres som una munió més o menys organitzada de proteïnes, lípids, sucres i genoma. L’aigua dins les ampolles rarament arriba a aquesta temperatura; proves embolicant ampolles amb paper d’alumini han mostrat un augment de temperatura quasi equivalent i una reducció molt menor de patògens bacterians o vírics que ampolles amb la mateixa aigua deixades sense embolicar i patint la mateixa insolació.

 

Evidentment hi ha altres tecnologies desitjables per ser més eficients però també son més costoses d’instal·lar i mantenir en el temps. I no responen moltes vegades a les situacions d’emergència real. Així la OMS i la UNICEF des de 2005 reconeixen la validesa del SODIS com a tractament d’emergència de resposta ràpida i curta a desastres naturals i situacions de crisis humanitàries.

sodis bottles at village

Si sou de safari o de trekking “salvatge”, evidentment les pastilles de clor seran més segures, i sobre tot, més ràpides, però si algun cop esteu en un atzucac perquè s’han acabat les pastilles recordeu aquest consell. No és perfecte però pot ajudar a reduir la càrrega bacteriana o vírica de l’aigua del vostre voltant. Jo ho faria, si em trobes en la situació.

 

Però aquesta, aquesta és una altra història.

aigües, microbiologia ambiental, salut pública, seguretat alimentària, virologia ambiental

Comentaris virus-lents (45): Per l’Ebolavirus no hi ha factor de protecció que valgui: no sap broncejar-se

Deja un comentario Publicado por en septiembre 4, 2014

La radiació solar és un gran germicida. De fet és el germicida primari a l’ambient. Ho és gràcies a la component ultraviolada de la radiació solar. La radiació UV mata els virus al provocar modificacions en el seu material genètic, el seu genoma. I això pot tenir, i té, implicacions en temes de bioseguretat, control de epidèmies i bioterrorisme.

 

La radiació solar conte una franja de radiació ultraviolada en la que podem distingir tres zones: la UV-C (entre 200 i 290 nm), la UV-B (entre 290 i 320 nm) i la UV-A entre (320 i 380 nm); aquesta última és la més propera a la banda visible de l’espectre. La fracció més virucida és la UVC; de fet els llums ultraviolats que hi ha a certes instal·lacions son làmpades de mercuri a baixa pressió que tenen una emissió primària a 254 nm. Tanmateix a nivell del terra, a la platja, als camps, la radiació UV que ens arriba és la UVB i UVA ja que la UVC, més energètica, queda majoritàriament retinguda a l’atmosfera. La UVA i UVB treballen exactament igual que la UVC, fan servir els mateixos mecanismes d’inactivació però com son menys energètiques, tenen menys força, són també menys eficients inactivant.

504px-Ozone_altitude_UV_graph_svg

Per tant un virus deixat al medi ambient, en un llac, dins una ampolla d’aigua exposada al sol, o bé com sang infectada vessada al terra, o dispersat de forma malintencionada en una zona, patirà l’acció agressiva de la radiació ultraviolada. Una acció, és clar, fortament depenent de la insolació del terreny (que varia durant el dia i durant l’any) i de les característiques intrínseques del virus (particularment la composició, però també la mida del seu àcid nucleic).

 

És l’àcid nucleic la diana de la radiació UV. La càpside proteica i l’embolcall lipídic que fan servir els virus per encapsular al genoma no tenen gaire importància aquí. Aquí la mida del genoma sí importa, però. Com la radiació UV és indiscriminada com més gran sigui l’objectiu (més gran o llarg sigui el genoma ADN o ARN) més impactes rebrà i més malmès quedarà. Per altra banda, el mecanisme d’acció té especial predilecció per unes molècules, unes pirimidines anomenades timines. Al impactar en elles alliberen energia i permeten la formació d’enllaços entre dues timines, els dímers de timina, que destaroten la funcionalitat del genomes…fets de ADN, ja que la informació codificada en el ARN fa servir uracil en comptes de timina. Per tant els virus ADN son, en principi, més sensibles a la radiació UV que els virus ARN. Com a contramesures hi ha certs mecanismes de reparació vírica i a més els virus de doble cadena (tant d’ADN com d’ARN) tenen avantatge ja que poden tenir malmès algun punt en una cadena però no en l’altra.

 

DNA-neu-en

I que hem de dir de la radiació UV. Que serà màxima al migdia, quan l’angle solar sigui de 90º respecte al terra. En aquest moment la radiació travessa el menor gruix d’atmosfera possible; al vespre i a la matinada la radiació arriba quasi paral·lela al terra i per tant ha de travessar un gruix atmosfèric i troposfèric (on està l’ozó) molt superior que retindrà o dispersarà més la radiació UV (particularment la UVC i bona part de la UVB) i a més s’ha de repartir en un àrea de terreny més gran (en certa manera toquen a menys fotons per m2). En principi l’alçada afavoreix la inactivació perquè redueix el gruix d’atmosfera que travessa la radiació solar; a 3000 metres la inactivació serà superior que a nivell del mar. Tot això en dies clars i sense pol·lució; els núvols i els ambients pol·lucionats minven espectacularment l’acció virucida de la radiació solar.

solar-surfaceofEarth

Tenim moltes dades a la bibliografia (bàsicament fent servir UVC, a 254 nm o longituds d’ona semblants, i lamentablement en sistemes líquids, amb els virus ens suspensions en aigua o altres líquids) d’inactivació (I) de virus corresponents a diferents famílies respecte a una intensitat concreta (o paquet d’energia aplicat) de radiació UV (e) i per altra banda coneixem el genoma (g) (mida i composició, cadena senzilla o doble cadena) d’aquests virus assajats (que dintre de cada gènere o família no varia significativament). Per tant, si “I” és funció “e” i de “g”, i coneixem la mida d’un filovirus com Ebola (sabem la “g”) i calculem la radiació solar incident en una àrea concreta (sabem la “e”) es poden obtenir valors d’inactivació teòrics ambientals (la “I”), aprofitant dades d’altres virus de mida o característiques de genoma semblants.

 

Així, aquests càlculs teòrics (ningun s’ha molestat en comprovar-ho, és clar, encara que l’epidèmia actual oferiria una possibilitat al respecte) indiquen caigudes del 90% de la infectivitat (1 log10 de reducció) de membres de la família Filoviridae a zones tropicals i insolació de migdia en 20-25 minuts. A zones més septentrionals parlaríem de 60 minuts. La quantitat de UV254 nm requerida per la inactivació de 1log10 ha estat estimada en 17 J/m2 pels membres de la família Filoviridae (Ebola). Con exemple a Las Cruces (Nou Mèxic) trobem valors durant el dia de 0,55 a 0,26 J/m2 254  per minut, recordem que depèn de l’inclinació o angle de la radiació solar, i per tant de l’hora del dia.

 

Recordem a més que la inactivació per radiació UV segueix una cinètica de primer ordre, lineal, per tant, idealment, 1 log10 de reducció en 30 minuts son 2 log10R en 60 minuts i 4 log10 en dues hores (posem de 11:00 am a 1:00 pm); dels virus inicials quedarien únicament el 0,01%. I al dia següent començaríem on ho vam deixar i per tant acabaríem en 0,000001% dels virus inicials. Tanmateix aquí no considerem la presència de núvols, ni de pols en suspensió, ni de zones d’ombra per edificis o arbrat. La natura no es deixa reduir o simplificar amb facilitat.

 

Per tant, i com vaig apuntar, teòricament però no agosaradament, en una entrada prèvia (veure post 23) aquesta informació, sobre tot si es pot contrastar amb validacions “in situ” en zones d’epidèmia o conflicte poden ajudar a l’hora de fer guies de quarantena per àrees contaminades després d’una epidèmia o una dispersió malintencionada de virus, o en qualsevol cas, podem ajudar a trepitjar amb més “confiança” zones afectades si no son recents.

 

Però aquesta, aquesta es una altra historia.

 

 

 

 

 

avaluació de riscos, descontaminació, salut pública, virologia ambiental, virus hemorràgics, Zoonosi

Comentaris virus-lents (44): Ebolavirus: Alguns fets i comentaris addicionals

Deja un comentario Publicado por en septiembre 1, 2014

  El procés, el argument.

 

La OMS parla ja de 1500 morts amb un total de més de 3000 casos. Compte!! Els casos confirmats ho son per proves de laboratori o amb simptomatologia compatible o morts sospitoses o no explicables; tenint en compte com de debilitades estan les potencialitats diagnòstiques i de supervisió o vigilància epidemiològica en aquest països, encara i la activitat d’ONGs, la xifra de casos totals reals (inclouria probables, sospitosos i no registrats, però també els no declarats) és probablement JA d’uns quants milers més.

 

El període de duplicació de la infecció està en uns 30-35 dies. Per tant cada mes es duplica el nombre d’afectats. Doblar quan tens 100 infectats és una “cosa” (100 infectats més). Doblar en el mateix temps quan tens 1500 infectats és una “cosa” 15 vegades pitjor (1500 infectats més). A tal efecte algú podria recordar la rondalla dels grans d’arròs i el tauler d’escacs. Res semblant!!

 

Definitivament la mortalitat del brot NO és del 90%. Està estabilitzada entre el 50-55%. Encara que segur que hi ha una subestimació de la mortalitat, crec que la subestimació dels casos d’infectats (gent malalta que es queda a casa o s’amaga) és encara més gran el que tibaria la mortalitat cap a percentatges inferiors.

unnamed-chunk-2

Les cinètiques actuals de mortalitat i nombre d’afectats estan en una rampa ascendent de pendent fort (una típica fase exponencial, veure gràfica superior; font: http://grantbrown.github.io/Ebola-2014-Analysis-Archive/Aug_28_2014/Ebola2014/Ebola2014.HTML). Tanmateix qualsevol extrapolació mantenint el valor del pendent és agosarat, per no dir malintencionat. Hi ha tants de paràmetres que és impossible que tots evolucionin en els valors actuals.

wamap_web_large

Que el brot, encara i el moviment de persones, és de lenta transmissió (que no és una grip o que no té la capacitat que tingué SARS en el seu moment) ho indica que 2/3 parts dels casos reportats són al voltant de l’epicentre del brot; una zona fronterera de Guinea, Libèria i Sierra Lleona. Encara que hi ha focus en altres indrets i fins i tot països (ara acaba d’entrar a la llista Senegal) sempre han estat, fins ara, “puntuals”, i si es gestionen adequadament no generaran dispersions addicionals.

 

Hi ha molts factors que també hi juguen, encara que en desconec els percentatges, però la visió de les velocitats de propagació, o més concretament de la progressió del nombre de casos confirmats, probables i sospitosos (les ja esmentades pendents) en els tres països ofereix un contrast força interessant. Al país on es va iniciar, Guinea, no hem arribat als 700 afectats “declarats” mentre a països on el brot es va declarar setmanes o mesos més tard estem ja per mil o mil quatre cents afectats (veure gràfica superior). Millor sanitat? Millor educació i estructures de servei més organitzades? Pur atzar? Tanmateix el factor de una hipotètica millor sanitat pot ser temporal; una estructura estressada, que perd la primera línia de combat (metges, infermeres, que s’infecten al seu lloc de treball) per manca de material de protecció o inobservança de protocols arriba a un punt de no retorn.

GUINEA-LIBERIA-PLAGUE-HEALTH-EBOLA-VIRUS

 

El proper futur i les seves derivades

 

Probablement l’esdevenir de l’epidèmia en les properes setmanes o mesos es jugarà a les ciutats. Eradicar Ébola (o al menys contenir-lo) en cuitats populoses com Conakry (Guinea), Freetown (Sierra Lleona), Monròvia (Libèria) i Lagos (Nigèria) és cabdal per no donar peu a posteriors amplificacions o disseminacions. Ja no son poblets petits mal comunicats, son zones molt poblades amb importants xarxes de comunicació i per tant disseminació.

Paisatges després de la tragèdia. Encara que no hi ha bloqueig ni restriccions dures per viatjar el que és segur és la terrible afectació per l’economia d’aquests països del brot actual. Es de témer que, quan el brot es contingui i esperem sigui esborrat, ens quedaran uns països més pobres, amb sistemes sanitaris encara més debilitats i fora del focus d’atenció mundial i per tant de mesures de suport econòmic o estructural.

 

L’actor

N’hi ha prou amb un salt. Gire i col·laboradors, fa uns dies, mitjançant l’aplicació de les tècniques genòmiques (seqüenciació d’àcids nucleics) a prop de cent genomes de virus procedents d’uns 80 infectats confirmats (que representaven el 70% dels casos confirmats fins la data a Sierra Lleona, per tant una mostra molt representativa) han donat informació sobre l’entrada del patogen a Sierra Lleona, la seva dinàmica de transmissió i la seva evolució dins el brot.

  • A la pregunta si el brot tenia un origen únic i després ha caminat sol dins la població humana o si hi hagut diferents salts del virus des d’el reservori animal cap a humans, posant més combustible al foc, la resposta és que el salt ha estat únic. A Sierra Lleona el virus va entrar a partir d’un enterrament d’un sanador que havia estat a Guinea, que va generar una corona de primers contactes. Les seqüències analitzades son “molt homogènies”, tenen pocs canvis entre si, entre el cas índex (el sanador), les dones que l’enterraren (primera corona) i els infectats posteriors. Si l’epidèmia tingues actors diversos (virus ARN, recordem amb una alta variabilitat) el més probable es que haguéssim trobat virus amb unes quantes diferencies en el genoma ja que vindrien de virus parentals cadascun de branquetes o branquillons evolutius diferents (propagant-se a diferents colònies de ratpenats sense contacte entre elles, per exemple, i infectant ésser humans cadascun pel seu compte en llocs diversos). Com això no s’ha trobat l’entrada és única.
  • La velocitat d’aquests canvis a la seqüència pot ser mesurada (hi ha estimacions, per un breu esbós del mecanisme mireu entrada 34). Els autors indiquen una taxa de substitució de 8×10-4 per lloc (o posició) a la seqüència i any. Llavors, comptant els canvis d’una seqüència “general” d’un brot (com l’actual) respecte la d’un altre brot previ del que assumim que procedeix podem inferir (comptant cap enrere) en quin moment aquells virus van divergir, van començar a viure histories evolutives diferents. És un procés d’inferència a partir d’una foto actual. La conclusió dels autors és que aquest Ebolavirus ara actiu es va separar del tronc comú pels vols del 2004 i ha donat el brot de 2007-2008 a la República Democràtica del Congo i l’actual (Guinea, Sierra Lleona, Libèria, Nigèria). Per distància de seqüència la seqüència del brot de Gabon encara és propera (2002) mentre que les seqüències del sXX estan ja bastant separades.
  • A les seqüències d’aquest brot s’han trobat desenes i desenes de mutacions (vora quatre-centes); algunes son “sinònimes”, és a dir, la mutació no arriba a canviar l’aminoàcid de la proteïna; altres son “no sinònimes” i sí impliquen un canvi en un aminoàcid que afecta a la proteïna fent aquesta no funcional, o igual de funcional, o conferint-li alguna nova característica. Els autors mostren que, en aquest brot, aquesta taxa de substitució és el doble que en altres brots i a més que hi ha més mutacions “no sinònimes” dins el brot, és a dir, que determinen canvis visibles, a nivell de proteïna. No s’han fet anàlisis funcionals amb la qual cosa no sabem si aquestes mutacions “no sinònimes” son majoritàriament deletèries o adaptatives (per tant milloren el fitness, les capacitats del virus). Sí que han descrit, però, que unes quantes mutacions “no sinònimes” han estat fixades, se estan mantenint durant la propagació del virus, la qual cosa vol dir que probablement li donen algun avantatge al virus o bé que en un relació cost/benefici li son favorables. El que sí apunten els autors és que com més gran sigui el terreny de joc (el nombre d’infectats), més marge s’està donant al virus perquè vagi ajustant la seva maquinària al nou hoste, recordem que els humans no som l’hoste natural d’aquest virus, i li estem donant oportunitats per adaptar-se, per fer-nos seus, en un sentit més evolutiu. Per això els autors criden per una ràpida contenció del brot, per no donar possibilitats als virus circulants.
  • No ens posem nerviosos, però. Que les mutacions o canvis en el genoma no han de tenir necessariament una relació amb la severitat del brot. Les 50 mutacions no sinònimes fixades, 8 d’elles a zones altament conservades del genoma de tots els ebolavirus, poden ser la base per investigar si anem cap a una major virulència o cap una certa atenuació i menor agressivitat del virus (en termes de mortalitat). Sense més dades, jo “crec” (i el verb està ben posat, és una creença) que anirem cap al segon escenari i no cap al primer.

 

Llegiu el final de l’article, per cert (us poso el link) http://www.sciencemag.org/content/early/2014/08/27/science.1259657.full

 

Fa que tot el que està escrit al paper tingui un sentit molt, però que molt, diferent.

bleachbucketchallenge-629x413

Però aquesta, aquesta és una altra història.

 

 

Gire et al. 2014. Genomic surveillance elucidates Ebola virus origin and transmission durting the 2014 outbreak. Sciencexpress Reports

salut pública, variabilitat vírica, virologia ambiental, virus hemorràgics, Zoonosi

Comentaris virus-lents (42): Camèlids i MERS CoV; aquest cop el «regal» que ens porten no és benvingut

Deja un comentario Publicado por en agosto 26, 2014

Ja he parlat en una altra entrada (veure entrada 7 d’aquest blog) sobre el MERS, que està afectant amb un degoteig de casos a països com Aràbia Saudí, Qatar, Kuwait, Oman, Emirats Àrabs Units i Jordània però amb algunes derivades per casos importats a països europeus (veure mapa adjunt, no actualitzat).

MERS_CoV_map_web

 

En aquella entrada comentava que una de les font probables eren els camèlids (dromedaris i camells) . Aquesta asseveració venia sustentada pel fet que el sèrum de molts dels camèlids analitzats tenien anticossos que reconeixien el MERS-CoV i que el neutralitzaven, indici d’una infecció passada, no sabem si amb simptomatologia clínica o inaparent, sense símptomes. Una infecció passada però bastant generalitzada, amb una alta prevalença. Anem a aprofundir una mica més en el tema, a partir d’un article que m’ha arribat a les mans.

mers-cov and farm

 

Es tracta d’un estudi fet a partir de mostres de dromedaris i també de dues persones. Ambdues persones, una com a propietari, la segona com a empleat treballaven en una granja on hi havia camells, ovelles, gallines. El propietari, de 61 anys, i l’empleat, de 23 anys, van emmalaltir de MERS CoV i en conseqüència es recollirem mostres dels malalts però també dels animals de la granja per veure si havien actuat de vectors. En els cas dels camells s’obtingueren, amb penes i treballs, hisops rectals (del cul), nasals, i mostres de sèrum. Com els animals es consideraven com a sospitosos (recordem que la taxa de mortalitat dels humans infectats està en el 45%; l’epidèmia actual d’Ébola esta un pel per sobre del 50%), la presa de mostres es feu amb personal equipat amb granotes integrals amb caputxa, protecció respiratòria i ocular guants segellats. Tot un Ebola-like.

MERS-CoV ppeMERS PPE-2

A partir d’aquestes mostres i de les obtingudes de les dues persones infectades es feu una extracció d’àcids nucleics i, després d’alguns passos, una posterior seqüenciació del genoma. També es mira, per diferents reaccions de PCR, cadascuna dissenyada per evidenciar una fracció de genoma, de detectar el genoma viral del MERS CoV en les mostres nasals o fecals. Finalment amb el sèrum (la fracció no corpuscular de la sang, aquella que resta desprès de retirar eritròcits, glòbuls blancs i plaquetes) es cercava la detecció d’anticossos neutralitzants.

 

Les conclusions foren:

  • Es detecta genoma viral a les mostres nasals de la majoria dels camells, únicament 3 dels 14 foren totalment negatius, i 6 dels 14 es consideraren “completament” positius. Això vol dir presència de virus a mucoses, en aquest cas nasals. El perquè no s’havia detectat abans rauria potser en que fins ara s’havien agafat mostres rectals o de femtes o bé s’havia provat la detecció en la sang (a partir de sèrum) on potser el virus no està present o està present en una finestra de temps molt curta (d’uns pocs dies). Si agafem la mostra abans o desprès d’aquesta finestra donaríem el camell com a negatiu a MERS quan no ho és. En aquest estudi les mostres s’agafaren pocs dies desprès d’emmalaltir les persones, per tant el virus encara estava circulant a la granja.

  • Sabem que el virus va de camells a persones? L’estudi no pot confirmar-lo. Hem fet una foto fixa i hem trobat genomes del virus MERS-coV a camells i a dues persones d’una granja però no podem dir si va ser abans la gallina que l’ou; també podria ser que els humans haguessin transferit el virus als camells. El que si és cert és que es tracta del mateix virus perquè quan es feu al seqüenciació de les mostres de camells i humans aquestes seqüències eren pràcticament idèntiques i diferien únicament en un o dos nucleòtids. Tampoc podem descartar que camells i humans s’infectessin ambdós d’un tercer animal, un reservori no conegut.

  • Tots els animals foren seropositius, es a dir, tenien anticossos neutralitzants. En una infecció vírica el virus entra, es propaga, en molts casos dona virèmia (presencia de virus en sang) i després, idealment, les defenses de l’hoste actuen i es generen anticossos que poden ser neutralitzants (s’uneixen al virus bloquejant la seva infectivitat i permeten la seva eliminació). Si prenem mostres al començament de la infecció trobarem el virus i per tant detectarem el seu àcid nucleic per PCR, però no trobarem anticossos perquè l’hoste no ha tingut temps de reaccionar encara; si prenem les mostres uns dies o setmanes desprès no trobarem rastre del virus i sí trobarem anticossos neutralitzants, que és el rastre que deixa el virus desprès de la infecció. Un escenari amb tots els animals seropositius i detecció de genomes vírics en algunes mostres indica una infecció que no és massa recent ja que els hostes, els camells en aquest cas, han tingut temps de generar els anticossos.

 

Com veieu traçar inequívocament una font d’infecció en el camp no és una tasca gens fàcil i els resultats de vegades aboquen a noves preguntes i noves incerteses. Res que s’assembli a la ciència de les sèries de televisió.

 

Però aquesta, aquesta es una altra història.

MERS-Coronavirus

 

Font: Haagmans et al., 2014. Middle East respiratory syndrome coronavirus in dromedary camels: an outbreak investigation. The Lancet 14, 140-145.

 

MERS Coronavirus, salut pública, variabilitat vírica, virologia ambiental, Zoonosi

Comentaris virus-lents (41): Ebola-Zaire, perquè a Guinea? Perquè ara? Algunes especulacions no malicioses.

Deja un comentario Publicado por en agosto 25, 2014

 

El gènere Ebolavirus, que amb el gènere Marburg constitueix la família dels filovirus, esta constituït per cinc especies o soques: Zaire, Sudan, Tai Forest, Bundibugyo i Reston. Fins ara la soca Zaire s’havia aïllat de forma exclusiva a paises centreafricans (La República Democràtica del Congo, la República de Congo i Gabón). La soca geogràfica més propera aïllada, ja fa anys, va ser la Tai Forest, a Costa de Marfil, limítrof amb Libèria i Guinea (veieu mapa a sota).

 

texte_alt_jlevir00152_gr5

 

Com va arribar la soca Zaire llavors? Dues possibles alternatives obvies: la primera, que no va arribar, ja estava, però no havia estat detectada; la segona que va ser introduïda fa pocs anys. Els estudis filogenètics que es tenen fins ara, no concloents, indiquen que la soca Zaire actualment activa a Guinea no és idèntica a la que circulava per Àfrica Central. Quan dues soques son pràcticament idèntiques el més probable es que siguin molt properes en el espai i en el temps (mireu entrada 34 sobre variabilitat vírica). Conseqüentment, si son relativament diferents, això implica uns quans anys de història i vida divergent, o alternativament un motor evolutiu potent que forci els canvis o mutacions.

 

Assumim com a certa l’especulació que el virus ja hi era feia lustres per Guinea. Com és que no en teníem noticia? Senyors/es, perquè no som el centre d’aquest mon. Molts patògens, uns quants d’ells vírics, poden mantenir-se en cicles animals sense tenir contacte ni precisar intervenció humana. Si els animals que actuen com mantenidors o reservoris tenen un contacte escàs amb els assentaments humans les oportunitats d’infecció per aquestos són molt limitades. A més, que una espècie animal concreta actui com a reservori no vol dir que molts individus de la població estiguin infectats. En aquest cas encara que els humans tinguéssim contacte freqüent amb aquestes poblacions la probabilitat de ser infectat seria baixa (tan baixa com que ens toques una travessa). Però és que a més, la presentació clínica de Ébola és prou enganyosa; les cinematogràfiques i impactants hemorràgies que es poden donar al tram final de la infecció no són la norma general i la infecció que inicialment té els símptomes inespecífics d’una grip pot arribar a confondre’s amb altres febres hemorràgiques que sí son típiques de la regió, com la febre de Lassa. És a dir, podríem haver tingut una circulació de baix nivell, un run-run d’Ébola els últims anys que s’hauria confós amb alguna altra malaltia; tinguem en compte que les tècniques de diagnòstic de laboratori en aquella zona no són sempre disponibles.

 

Anem a l’altra hipòtesi…i si va ser introduït? Primer traieu-vos del cap tota interpretació maliciosa o conspirativa. Em moure sempre pel terreny de la involuntarietat. La introducció per viatger/turista és improbable. Si aquest viatger el va portar des de Zaire, recentment, era realment un “outsider” ja que va anar a petar molt lluny de les zones habituals de trànsit, doncs el cas índex, el primer, s’ha fixat en Guéckédou, una zona a un dia de camí per carreteres dolentes de la capital de Guinea o Sierra Lleona. Tenint en compte els medis de transport (una persona pot donar la volta al mon en menys de 24 hores però en segons quins llocs i amb segons quins mitjans avança unes poques desenes de kilòmetres al dia) i el període d’incubació del virus (mitjana una setmana-10 dies) potser el nostre viatger no arribaria viu.

 

ebolaafrica02

 

No, probablement tornaren a ser els animals. Des de fa una dècada s’acumulen proves (detecció genomes per PCR i serologies positives, és a dir presència d’anticossos) de la estreta relació entre Ebolavirus i tres especies de ratpenats de la fruita el radi geogràfic dels quals cobreix tota Àfrica Central, Sud i Occidental (el Sàhara fa de barrera). Es tracta de Hypsignathus (monstrosus), Epomops (franqueti) i Myonycteris (torquata). Si cerqueu a Google imatges la distribució geogràfica dels tres gèneres veureu que es solapa d’una manera molt clara amb els diferents brots infecciosos d’Ébola. Aquests animals poden migrar llargues distàncies; i sí, no reconeixen les fronteres. I resulta que aquests ratpenats formen part dels materials culinaris de la gastronomia de la regió, el que hagués facilitat exposició i infecció. De fet una de les primeres mesures del govern de Guinea davant el brot fou prohibir la caça, venda i consum d’aquests animals.

 

Un incís, la carn d’aquests ratpenats i d’altres animals infectats, un cop bullida, fregida, etc. és completament segura però el problema és que per arribar a aquest estat s’ha de manipular, tocar, tallar, preparar i aquí rau el risc d‘exposició i infecció.

 

Molt bé, però els ratpenats no van anar específicament a Guéckédou, no? Efectivament, els ratpenats, si van introduir el virus, es van distribuir “aleatòriament” pel territori, i aquí el brot d’Ébola passa de tenir un “culpable” animal a tenir un “culpable” molt més humà. La major part dels brots d’Ébola que passen a l’Àfrica no són aleatoris, invariablement han passat en àrees on el sistema econòmic i sanitari ha estat destruït o fortament afectats per anys de guerres, conflictes o satrapies autòctones. Ara cerqueu la historia recent de Libèria i Sierra Lleona i veureu que han estat en guerra civil uns quants anys; Guinea és un del països més pobres d’Àfrica, per tant del mon, amb una rampant satrapia corrupte, la meitat del guineans estan per sota del llindar de pobresa…interior, marcat per la pròpia Guinea. I Guéckédou, i la seva població, estaria clarament sota el llindar de pobresa com a representat de la Guinea selvàtica, rural, on rarament el govern del país fa cap inversió més enllà de desforestar per treure profit de la fusta. En certa manera la zona del cas índex s’ha anat des-desenvolupant, regressionant. L’ecologia porta el virus a la nostra porta i l’escenari sociopolític generat per nosaltres li obrà la porta un mica (brot petit) o de bat a bat (brot actual).

 

Com contribuïm els humans? Primer, la pobresa porta a la gent dels pobles a endinsar-se més a la selva per caçar menjar (incrementant el rang d’animals i exposicions als mateixos), treure fusta per fer carbó o treballar en mines per extreure minerals. Aquestes incursions, quant més nombroses i profundes siguin més incrementen la probabilitat d’exposicions al virus. Segon, els sistemes sanitaris són molt bàsics i moltes de les “coses” que donem per fetes (guants d’un sol ús, xeringues rebutjables, mascaretes, ulleres de seguretat, profusió de desinfectants, etc.) no estan disponibles de forma continua, la qual cosa provoca infecció nosocomial en el personal sanitari i la mort d’aquest. Per tant debilita uns sistemes sanitaris de per si bàsics i genera un efecte pànic en el personal sanitari restant. Inclús, els hospitals poden haver contribuït a propagar la malaltia a alguns malalts que es trobaven allà per altres causes i que al tornar a casa la passaren a alguns contactes familiars. I tercer, les estructures governamentals no són eficients ni estan coordinades entre elles, i el personal funcionari es escàs, mal pagat i és incapaç de fer efectives les quarantenes a hospital o àrees delimitades. Certament a més, les fronteres són molt poroses, les xarxes de comunicació deficients a àrees remotes i hi ha un cúmul de llengües que poden actuar de barreres comunicatives.

 

 ebola-map-aug14-1200px

 

I perquè ara? Tot això explicat sembla un discurs especulatiu coherent, però, …perquè ara, perquè no fa 3 o 5 o més anys? El primer que cal assenyalar és que el cas índex és de desembre 2013 que correspon a l’inici de la temporada seca; aquesta dada està en consonància amb altres brots d’Ébola que també s’inicien a les transicions de temporada de pluges a temporada seca. A més l’any passat va ser un any amb un final de temporada de pluges particularment sec seguit d’una temporada seca particularment àrida, tot això possiblement lligat a l’extrema deforestació de la zona durant dècades recents. Tot això podria haver incrementat molt el nombre o la proporció de ratpenats infectats però també la freqüència de contactes entre ratpenats infectats i éssers humans.

 

Tenir una idea més clara de l’interruptor que encén el brot, i dels seus components tan ambientals o selvàtics (ratpenats, cobertura vegetal, regim pluges) com socials (pobresa, aprofitament forestal, estructures sanitàries, governs) hauria d’ajudar a prevenir, i no sols curar, properes epidèmies d’Ébola. Ara per ara, però, s’ha d’afrontar l’epidèmia actual, un seriós repte.

 

Però aquesta, aquesta és un altra història…encara sense final.

 

Per més sobre Ebola mireu entrades 18, 23, 30, 31 i 38 d’aquest mateix blog.

salut pública, variabilitat vírica, virologia ambiental, virus hemorràgics, Zoonosi

Comentaris virus-lents (40): Chikungunya al Carib; tu veuràs, Curro!

Deja un comentario Publicado por en agosto 20, 2014

Al desembre de 2013, es va detectar el primer cas de transmissió local de Chikungunya a les Amèriques a Sant Martí. A finals d’any, s’havia estès a Martinica i Guadalupe, amb casos sospitosos a Sant Bartolomé. A finals de gener de 2014, els casos havien estat confirmats a San Bartolomé, així com les Illes Verges Britàniques, Dominica i Guyana Francesa. A finals d’abril, catorze països del Carib havien confirmat almenys un cas. Sobre la base de 4.000 casos confirmats i més de 30.000 casos sospitosos, l’Agència de Salut Pública del Carib (CARPHA) declarat en tot el Carib l’epidèmia del virus a principis de maig. A finals de maig, quatre casos de Chikungunya s’havien confirmat a la Florida. De fet fa unes poques setmanes es va descriure ja la transmissió autòctona del virus als EEUU ja que gent que no havia viatjat al Carib va contreure la malaltia, suposadament per picada de mosquit a sol americà. Aquesta transmissió autòctona va anar precedida d’un increment de casos de Chikungunya en turistes americans de tornada del Carib (58 casos en els primers sis mesos de 2014 respecte una mitjana en anys precedents de 28 afectats).

El país més afectat amb diferencia és la República Dominicana, i en segon lloc la veïna Haití. Ha resultat ser el virus més agressiu des de 2004, superar els brots de grip i el degoteig continu de casos de dengue, endèmic a la illa, el VIH, el virus del papil·loma humà, la ràbia, la poliomielitis, el xarampió i la rubèola, i la malària causada por un paràsit. Tanmateix, i malgrat la seva agressivitat, i que els malalts no tractats a temps de certes poblacions de risc poden morir, la mort per virus chikungunya registra la taxa més baixa, amb un 0,4% de letalitat. Però des que «oficialment» va aparèixer per primera vegada en la comunitat de Nigua, província Sant Cristòfol, els casos de chikungunya s’han disparat de tal manera que mantenen la població dominicana en una mena de temor o pànic generalitzat. Les autoritats sanitàries informen que en el que va d’any s’han detectat 165,433 casos de chikungunya (zero l’any 2013) contra 2,953 de dengue (més de 5000 el 2013 per les mateixes dates), que també és causada pel mosquit Aedes aegypti. Això dona idea de l’agressivitat amb què s’està expandint la malaltia. Les projeccions no alarmistes, conservadores, asseguren que almenys entre 5.0 i 7.0 milions de persones seran afectades, llavors és fàcil concloure que Chikungunya entrarà gairebé a totes les llars dominicanes. El Col·legi Mèdic Dominicà assegura que hi ha un enorme subregistre de la incidència a les xifres oficials, i fins i tot, i considerava conservadora una xifra «real» de 500.000 malalts (recordem que les oficials en el moment de la previsió del col·legi eren unes 170.000 afectats). En tan sols una setmana de juliol es van registrar 28.598 casos nous de chikungunya. Per posar en context en els ultims 10 anys els casos de dengue anuals han estat entre 9 mil i dotze mil; els casos de malària entre 2400 i 3800 afectats anuals; el HIV entre 3800 el 2005 als 570 el 2011. Xifres totes elles molt menors de les que presenta actualment Chikungunya.

No existeix vacuna per aquest virus, transmès per un mosquit i amb símptomes similars al dengue (mireu entrada 39). Durant el mes de juliol el virus arribà a Paraguai i Costa Rica, mentre que a Veneçuela  ja s’han registrat 12 casos. Puerto Rico també ha reportat desenes de casos locals no deguts a turistes retornats de zones afectades. Aquí un mapa, que ja estarà superat però és el més recent que he trobat, sobre els casos de transmissió autoctona, és a dir, on el cicle mosquit-humà ja és local, no degut a turistes.

 CHIK_Americas_Map-081214

La malaltia pel virus Chikungunya causa gran absentisme; en el sector industrial l’absentisme s’ha estimat en gairebé un 20% (o 55 hores per empleat afectat), segons dades de la patronal (Associació d’Indústries) amb un cost altíssim per aquest sector, ja que ha calgut pagar una quantitat molt elevada d’hores extra i contractar nous treballadors temporals en substitució dels tècnics o especialistes malalts el que ha portat a una disminució en el ritme de la producció.
Ja hem comentat la transmissió autòctona del virus als EEUU, particularment a Florida. No ha descobert la sopa d’all la European Center for Diseases and Control (ECDC) si avisa que la transmissió autòctona d’un cas de Chikungunya importat durant la temporada d’estiu a la UE és possible, sobre tot tenint en compte que el mosquit s’ha fet present a moltes contrades europees com es veu al següent mapa (mireu entrades 20 i 26).

Aedes albopictus in Europe

 

El risc estaria vinculat a la importació del virus pels pacients infectats en zones de vectors competents (com a conseqüència de la seva exposició a les espècies de mosquits que poden portar chikungunya: Aedes albopictus a l’Europa continental i l’Aedes aegypti a Madeira). La ECDC demana als viatgers que tornen de zones infectades que tinguin símptomes que cerquin atenció mèdica immediata i que apliquin mesures de protecció personal per evitar les picades de mosquits i donar base a una transmissió autòctona. Alhora ha reforçat els sistemes de vigilància i notificació ràpida dels casos. També s’ha avisat a les autoritats de seguretat de la sang de la UE pel que fa a la situació epidemiològica a les Amèriques en línia amb les mesures adoptades per a la infecció pel virus del Nil Occidental. Al tractar-se d’un virus que dona virèmia, en principi no és impossible que entri en alguna donació i pogués contaminar subministraments d’hemoderivats. Tanmateix, els que es coneix del virus Chikungunya apunta a que és inactivat fàcilment pels sistemes actualment emprats a l’industria de preparats sanguinis.

 

Sabíeu que quasi tots els hemoderivats que s’obtenen de les donacions son sotmesos a un o més processos d’inactivació vírica per incrementar la seguretat viral i que tot això arrencà com a resposta a la transmissió de virus com el viru de la imunodeficiència humana (HIV) el virus de la hepatitis C i parvovirus B19 en alguns concentrats de factors de coagulació i immunoglobulines allà per la dècada dels 80’s del segle passat. No? Doncs és un tema que dona per parlar abastament.

 

Però aquestes, aquestes seran altres històries.

avaluació de riscos, Chikungunya, etapes inactivació, hemoderivats, salut pública, vectors artròpods, virologia ambiental

Comentaris virus-lents (39): Chikungunya, emergent per segons qui?

Deja un comentario Publicado por en agosto 18, 2014

El CHIK no porta entre nosaltres uns anys. Ja hi ha informes d’epidèmies de febre, erupcions i artritis semblants a la simptomatologia de CHIK a finals del s. XVIII. Tanmateix el virus no es pogué aïllar de sèrum humà i mosquits fins una epidèmia a Tanzània l’any 1952-53. A la dècada dels 60 i 70 del segle passat passà d’Àfrica a Àsia (Tailàndia i India).

El primer brot mediàtic (afectà a una possessió europea) for un originat a Kenya i afecta illes Comores, Reunió (possessió francesa) i altres illes de l’Índic. Durant 2 anys (2004-2006) es reportaren 500.000 casos. Després tornà a passar a India, infestant més de la meitat del seus estats i infectant 1,4 milions persones abans acabar 2006 i durà fins 2010. Posteriorment desbordà a Singapur, Malàisia i Indonèsia. I finalment va donar-se una transmissió autòctona a Europa occidental (veure entrada 8). Al 2010 ressorgí altre cop a La Reunió. Des de fa anys a França i Catalunya, per exemple, hi ha casos importats per turistes que desenvolupen virèmia desprès de visitar Indonèsia, India, i ara mateix el Carib (amb epidèmia activa).

El problema està en que una acumulació de casos al·lòctons (turistes venint de zones endèmiques) en àrees com Catalunya amb presència de vectors competents (Aedes albopictus i Aedes aegypti) i amb una població no exposada prèviament pot determinar una emergència i disseminació ràpida del patogen. Es creu que un cop exposat a CHIK, les persones desenvolupen una immunitat perllongada enfront reinfeccions.

El reservori principal de CHIK som els éssers humans dins els períodes epidèmics. En els períodes inter-epidèmics, s’ha implicat a primats no humans, rosegadors, aus…

Un mosquit que hagi xuclat sang d’una persona infectada no és infecciós de forma immediata. Cal un període d’incubació dins el mosquit d’uns 10 dies de mitjana, perquè el virus arribi a les glàndules salivars i el mosquit pugui transmetre la infecció. Se li diu incubació extrínseca.

Encara que la via principal de transmissió és per picada de mosquits infectats. S’ha descrit infecció ocasional  per punxada agulla d’un pacient amb CHIK i també per manipulació de sang infectada. No s’ha descrit transmissió per aerosols. Els pacients en fase de virèmia (la primera setmana de símptomes) han de quedar protegits per mosquiteres per evitar ser picats i amplificar el cicle.

La incubació intrínseca, dins el cos humà, durà entre 3 i 7 dies, que es quan comencen a manifestar-se els símptomes clínics. Tanmateix la virèmia, la presència de virus a sang es dona quasi des de el moment de la fiblada. Quan es manifesten els símptomes clínics ja portem circulant 106 (1.000.000) virus infecciosos per ml sang i aquest numero anirà caient però no desapareixerà fins els 8-10 dies.

Clínica de la malaltia

Primer de tot no tots els individus infectats desenvolupen clínica. Fins un 25-30% de les persones poden passar la infecció de forma subclínica (és a dir acaben desenvolupant anticossos sense tenir consciència d’estar infectades).

CHIK pot causar infecció aguda, subaguda i crònica. La malaltia aguda es caracteritza per febre alta (superior a 39ºC), i fort dolor articular (particular a mans i peus, simètric, i altament incapacitant, obligant a quedar-se a casa), però també cefalea, miàlgies, nàusees, vòmits, erupcions, conjuntivitis. Aquesta fase no passa dels 10 dies.

També poden donar-se manifestacions atípiques degudes al propi virus, a la resposta immune (que de vegades fa més mal que bé) o a la toxicitat intrínseca d’alguns medicaments. Ací poden donar-se casos de meningoencefalitis, paràlisi, retinitis, insuficiència cardíaca, arítmies, insuficiència renal agua, hepatitis, pancreatitis, etc. Encara i així es consideren rares les morts relacionades amb infeccions de CHIK. Hi ha grups de risc, però: els mes joves (neonats) i els més vells son els més proclius a desenvolupar les clíniques més greus, i fins i tot la mort. Així els individus més grans de 65 anys tenen una taxa de mortalitat 50 vegades més alta que adults de menys de 45 anys. Pot donar-se, amb baixa freqüència, avortaments espontanis per infecció de CHIK de la mare. La transmissió materno-fetal és possible. No hi ha evidències de transmissió de virus per la llet materna. Si un neonat s’infecta, sobre tot just abans del part, té més probabilitat de mostrar incapacitats greus a la llarga.

El tractament en aquesta etapa es fa amb paracetamol per alleugerir la febre i ibuprofè o algun altre antiinflamatori no esteroide per alleugerir el component artrític de la malaltia. No es recomana aspirina (acetilsalicílic) per perill de sagnat en un nombre reduït de pacients. Si el dolor articular és molt gran el metge pot recórrer per poc temps morfina o corticosteroides. Imprescindible molta reposició de líquids (beure molta agua).

La infecció per CHIK demana un diagnòstic diferencial respecte altres malalties amb símptomes inicials semblants com seria la malària, el dengue, la leptospirosis, o infeccions per alfavirus. Recordem el cas de la febre hemorràgica d’Ébola que té com a símptomes inicials uns que s’assemblen molt als de una grip comuna.

La malaltia subaguda apareix als 10 dies, desprès de la fase aguda. Desprès de la fase aguda hi ha una milloria, però poden tornar els símptomes amb complicacions reumàtiques, que poden donar-se dos o tres mesos després. La majoria dels pacients en aquesta fase patiran símptomes depressius, fatiga general i debilitat.

Finalment anem a petar a la malaltia crònica. És aquella que es dona si els símptomes persisteixen més de tres mesos. El símptoma crònic més freqüent és una inflamació de les mateixes articulacions afectades durant la fase aguda, per tant un reumatisme perllongat en el temps, però també fatiga i depressió. La incidència d’aquesta fase crònica sembla depenen geogràficament. En funció de l’ àrea geogràfica s’ha reportat persistència dels símptomes als 2 anys del 12-18% dels pacients, mentre a altres indrets aquests símptomes encara son soferts pel 50% dels infectats als dos anys.

Una malaltia rarament mortal més enllà dels grups de risc però que si es troba amb una població naïve, prèviament no exposada, i no vacunada, pot córrer com la pólvora. A més, encara que la letalitat és baixa, és altament incapacitant durant la fase aguda i pot deixar seqüeles durant un termini temporal d’anys. Hi ha algun cas que demostri aquestes últimes afirmacions? Sí, un de molt clar i molt actual.

Però aquesta, aquesta és una altra història, que contarem en breu.

Chikungunya, salut pública, vacunació, vectors artròpods, virologia ambiental

Comentaris virus-lents (37): Un primer coronavirus que va arribar de l’est.

Deja un comentario Publicado por en agosto 11, 2014

Entre la tardor 2002 i juliol 2003, un nou virus, desconegut fins aquell moment va causar estranys principalment al Sud-est asiàtic. Més de 8.000 persones afectades amb 774 morts va ser el recompte final amb una distribució geogràfica que abarcà: Xina, Taiwan, Hong Kong, Singapur, Vietnam, Filipines, però també Canada i EEUU.

 

L’agent causal, un nou coronavirus, es batejà com Severe Acute Respiratory Syndrome coronavirus  (SARS-CoV) en referència a la síndrome que causava. En febrer 2004, hi va haver un nou brot, 4 treballadors d’un laboratori adquiriren SARS i el transmeteren a 7 persones més; 1 persona va morir (Laboratory Adquired Infection, LAI’s per més detalls veure entrada 24).

 

Les conseqüències econòmiques no foren petites, tampoc. El Producte Interior Brut (PIB) de Hong Kong va patir una davallada del 4% i el turisme va pràcticament desaparèixer de la ciutat durant bastants mesos. Altres estimacions parlen de 10.000 milions de dòlars d’impacte negatiu a la zona.

 

SARS Portada NewsweekSARS portada EID

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

SARS va ser la primera malaltia infecciosa emergent per la que la OMS decretà una alerta global, al març 2003. Aquest virus es va incloure al gènere Coronavirus dins la familia Coronaviridae (amb els Torovirus); en un esforç impressionant (menys de mig any) es va establir que es tractava d’un coronavirus desconegut fins aquell moment i que no pertanyia a cap dels tres grups reconeguts de coronavirus ni a una recombinació entre aquestos coronavirus per la qual cosa es va situar en un nou grup, el 4. La replicació de les lesions pulmonars observades als pacients en macacos experimentalment infectats amb mostres de pacients i l’aïllament del mateix virus en la majoria de les mostres dels 436 pacients que es va poder estudiar en detall foren les proves definitives.

 

Els coronavirus fins aquell moment descrits causaven malalties més aviat lleus en un ampli rang d’ocells i mamífers. El SARS Coronavirus, com altres coronavirus, era d’un virus pleomòrfic, aprox. esfèric, embolcallat, amb projeccions, 120-160 nm diàmetre, amb una genoma ARN monocatenari polaritat positiva de 30 kb; el genoma més gran entre tots els virus ARN.

 

Les bones noticies d’aquest virus foren que, com els seus companys de família, tenien un genoma bastant estable, comparat amb altres virus ARN, i a més que era un genoma no segmentat, a diferència del virus influenza, per la qual cosa els fenòmens de recombinació eren i són molt menys probables. Una altra bona noticia fou que, com altres coronavirus, s’inactivava completament en 5 minuts per acció de solucions etanol al 75%, o d’hipoclorit sòdic a 500 ppm (el resultat de diluir 1/100 lleixiu domèstic) i també era sensible als tractaments tèrmics.

 

El període d’incubació del SARS estava entre 2 i 14 dies. Hi havia una primera fase de simptomatologia no respiratòria constituïda per febre, mal de cap, miàlgia, i diarrea, amb una duració de 2 a 7 dies. Començava desprès una fase respiratòria, caracteritzada per dispnea i tos no productiva, tos seca. La malaltia que es desenvolupava: un dany alveolar difús que podia derivar en malaltia pulmonar greu a la segona setmana de l’inici de la simptomatologia. Possible resposta secundària hiperexhuberant de l’hoste amb generalitzada hipercitoquinèmia i fibrosis pulmonar induïda pel propi virus. En paraules més senzilles, la mort podia sobrevenir com a conseqüència d’una agressivitat i reacció massa intensa per part del nostre propi sistema immune. El SARS causà mortalitat important en treballadors sanitaris i es van donar bastants casos de transmissió intra-hospitalària, un cas que el fa semblant, en certa mesura, a l’epidèmia de Ebola que esta actualment activa.

 

Es creu que el virus va sorgir (va afectar éssers humans) per primera vegada a la província de Guangdong, el novembre de 2002. Xina ocultà la malaltia durant mesos.

 

SARS distribució casos mundial

Si bé brots reals hi hagué a uns pocs països, la Xina, Hong-Kong (que de fet és geogràficament Xina), Vietnam, Taiwan i Canada, va haver-hi una disseminació mundial (en petit nombre) per moviment de persones (viatges).

 

Però, d’on va sortir el virus? On estava evolucionant pel seu compte sense interactuar amb els éssers humans? Es va dirigir la mirada a les especies d’animals silvestres de la zona; i inicialment se li va penjar la llufa a la civeta (Paguma larvata, veure imatge a sota).

 

SARS civeta dibuix

 

Tanmateix el virus també es va aïllar a mapatxes, i guineus; però no a animals domèstics o de granja. Es va demostrar per infeccions experimentals que gats domèstics (Felis domesticus) i fures (Mustela furo) eren susceptibles a l’ infecció experimental per SARS-CoV i eren capaços de transmetre el virus a animals no inoculats. L’escenari, en mig del brot, era que el reservori del virus podria implicar a diverses espècies, doncs.

 

Tanmateix, aviat és va establir que no era probable que les civetes foren el reservori del SARS. Per què? perquè tenien escassa immunitat i perquè emmalaltien greument amb la seva infecció. El que eren és hostes amplificadors, fins i tot “hostes facilitadors”, que permetien que el virus mutés i adquirís característiques que el feien més transmissible a humans. L’escenari més probable seria que aquest animal rebés el SARS Coronavirus d’un animal més exòtic al mateix mercat o a la selva abans de ser portat al mercat. De fet es consideraren els mercats bigarrats d’animals vius habituals a la zona com el sistema d’amplificació i transmissió del virus. Addicionalment, se sap que el mercat “negre” d’animal silvestre, sense cap mena de control veterinari, estava (i està) molt instaurat, i era (i és) una important font econòmica per les famílies rurals, per abastir restaurant de menjars típics/exòtics.

 

I un virus molt proper al SARS-CoV va ser aïllat a ratpenats, mira per on, als que finalment se’ls ha atribuït el paper de reservori d’aquest virus. I mira per on, altres especies de rat-penats son les que hostatgen el virus Ebola. Realment s’estan mereixent una entrada específica.

 

SARS bats reservoir

 

La transmissió del virus de l’animal infectat a l’ésser humà era per contacte directe o bé mitjançant aerosols (via aerògena). El virus és mantenia infecciós a les femtes i podia persistir dessecat sobre superfícies, per la qual cosa, les superfícies contaminades per secrecions respiratòries o altres (saliva, llàgrimes, orina) podien jugar un paper en la transmissió el que obligava a extremar la higiene personal (mans) i ambiental. Va quedar descartada ben aviat la transmissió de SARS per la ingesta de animals infectats, si aquestos eren adequadament cuinats. De fet, com ja hem comentat, el virus va demostrar ser força sensible a la majoria de tractaments tèrmics o amb inactivadors o desinfectants. Un patró bastant semblant al que es va donar uns anys després i encara es dona pel virus influença aviar H5N1 altament patògena.

 

Com hem comentat la seva seqüència prou diferent de la resta de coronavirus, que va generar crear un nou grup, el 4, per ell, fa pensar en un virus que probablement ha evolucionat pels seu compte, en soledat, durant un llarg període de temps abans de saltar als humans.

 

Es pot considerar l’acció sobre el SARS Coronavirus tot un èxit de la recerca i salut publica per la ràpida contenció dels casos encara que es tractava d’un virus, aquest sí, de transmissió aerògena, que també es podia transmetre per contacte directe o per superfícies (fomites).

 

És clar que no tothom ho va veure així i va aprofitar l’avinentesa per fer algun negoci (¿?).

 

SARS mutant film

 

Però aquesta, aquesta és una altra història. La de sempre.

Grups de risc biològic, Infeccions Laboratorials (LAIs), salut pública, SARS coronavirus, virologia ambiental, Zoonosi

Comentaris virus-lents (36): Notes de salut pùblica i emergències víriques (2)

Deja un comentario Publicado por en agosto 10, 2014

En el mon de les malalties epidèmiques humanes podriem considerar quatre transicions de gran importància:

  • L’aparició de les primeres epidèmies hagué d’esperar a la generalització de l’agricultura i la ramaderia (fa uns 10.000 anys) perquè únicament aleshores comencen a sorgir poblacions relativament denses i grans. La domesticació d’animals i l’acumulació d’aliments en aquestes concentracions humanes (del tot interessants per altres animals com rosegadors, insectes, paparres, gossos) proveïren de noves oportunitats pels moviments interespecífics dels patògens. Així tenim el cas del xarampió originat fa uns 7000 anys a partir del rinderpest dels vedells i la verola apareguda fa uns 4000 anys i derivada del camelpox (la verola del camell, el seu parent filogenètic més proper).
  • La segona transició abraça els moviments d’exèrcits i l’augment del comerç durant l’època de l‘imperi egipci, i la Grècia Clàssica/Roma.
  • La tercer transició correspon a la època d’exploració i colonització americanes. Els europeus portarem, involuntàriament, el xarampió i la verola desconegudes a les Amèriques. Aquest fou un intercanvi unidireccional, no portarem res de tornada, amb l’única controvèrsia de la sífilis. El capità Cook repetí l’experiència, sense voler, a través de la sífilis i el xarampió i la TBC a les illes del Pacífic mentre Lord Jeffrey Amherst intentà transmetre conscientment la verola entre els nadius americans hostils (un dels primers i més ben documentats casos de guerra biològica). Charles Darwin escriví agudament a bord del Beagle…

Wherever the European has trod, death seems to pursue the aboriginal… Most of the diseases have been introduced by ships and what renders this fact remarkable is that there might be no appearance of the disease among the crew which conveyed this destructive importation.

  • La quarta transició, l’actualitat?

La urbanització (amb generació de suburbis pobres i densament poblats), la generalització dels viatges aeris, la liberalització del comerç mundial i l’ increment del comerç de llarga distància, la desforestació i el canvi climàtic estan permetent un “remena, remena” que incrementa les possibilitats de nous hostes o nous hàbitats pels virus.

Però compte! Ara estem cercant molt més, hi ha hagut una millora molt substancial dels plans de vigilància i una millora espectacular en el nombre i la potència de les tècniques diagnòstiques. Per tant, part de la emergència o re-emergència de patògens (o de la intensitat d’aquesta emergència) es deguda sens dubte a aquestes millores.

Aproximadament el 60% del 1415 espècies de microorganismes coneguts com a patògens de l’espècie humana son transmesos per animals, actuant l’home com a hoste incidental o dead-end. Ocasionalment una infecció zoonòtica s’adapta a una transmissió humana-humana i es diversifica lluny del seu origen animal com el cas de la SIDA.

Taylor et al., 2001. Risk factors for human disease emergence. Philos. Trans. R. Soc. Lond. B. Biol. Sci. 356:983-989.

Imagen portada Emerging viruses

En aquest llibre, un molt bon llibre de l’any 1993, i ja es parlava d’emergències virals,  es discuteix entre d’altres dels arbovirus (aquells virus transmesos per artròpodes, com mosquits però també puces o paparres), dels Hantavirus i dels filovirus (Ebola i Marburg), però no hi ha cap comentari del SARS coronavirus, als Henipavirus i cita els virus influenza aviar solament com amenaça teòrica (deu n’hi do el que ha plogut des d’aleshores, no?).

 

El concepte emergència és, doncs, antic, i canviant. Alguns virus emergeixen i després “desapareixen”(del nostre radar però encara hi son a la natura), com seria el cas del SARS coronavirus i d’altres es manifesten de manera continuada en el temps (seria el cas del virus H5N1 influenza aviar, amb casos/infectats cada any)

 

Figura 1 post 2

Peu Figura 1 post 2

A la figura 1 veiem els events (brots) de malalties infeccioses emergents (MIE), graficats en funció del patogen, de l’origen o compartiment d’origen on s’inicia la transmissió, de la seva resistència als medicaments (bàsicament antibiòtics) i del modus de transmissió (vectorial o no). Com es pot veure els bacteris acumulen sistemàticament el 50% o més dels events, essent els virus els segons responsables. Les malalties zoonòtiques (el resultant de la suma de les que es deriven d’animals salvatges o silvestres, d’animals domèstics o de renta (ramaderia) i dels que se sap que provenen d’animals però encara no s’ha aïllat el reservori) ultrapassen en molt les no zoonòtiques o de transmissió intra-humana. Finalment les malalties que demanen un vector (i ara per ara, fora del dengue que es pot considerar intra-humà totes son zoonòtiques) suposen més del 30% dels events dels anys 90.

 

Figura 2 post 2

Aquí tenim una representació gràfica dels events (bacterians i vírics) des de 1940 fins 2004. Alguna cosa us crida la atenció?? Sobre el paper la concentració d’events en EEUU i Europa sembla il·lògica però no ho és tant si tenim en compte l’elevada capacitat diagnòstica i que encara que una malaltia comenci a transmetre’s en un continent (per exemple la SIDA, a Àfrica) s’acabi descriguin, emergint en un altre continent (els EEU en aquest cas). Als EEU hem de considerar l’impacte de la SIDA, encefalitis per WNV, la síndrome pulmonar per Hantavirus (1993), l’arribada del SARS a Canada (Toronto), etc. A Europa, Hantavirus, WNV (Romania, 1997 i 2000), Influenza aviar (Holanda, 2004), etc.

 

Figura 3 post 2

Ja s’ha fet una broma vella dir que vas a l’hospital a fer-te el que sigui i que de fet corres un risc gran d’endur-te una infecció nosocomial per Staphylococcus aureus resistents a la meticilina, per exemple. Doncs be, aquestes infeccions maten prop de 40 vegades més persones que les que van morir per SARS el 2003.

Com veieu las MIE degudes a virus (HIV encara que ja fa més de 25 anys que es va descriure; el dengue, una vella malaltia però que ha agafat nova embranzida); el virus West Nile; la familia dels filovirus (Ebola y Marburg); els Hantavirus tenen un fort impacte als medis però son de llunys menys cruentes que altres factors, per exemple el tabac (de caiguda als països desenvolupats però encara creixent i força als països en desenvolupament) i els accidents de trànsit (la majoria un altre cop als països en desenvolupament). Fins i tot l’any 2003 que va ser l’any del SARS coronavirus, la incidència real en la mortalitat global va ser molt baixa (una altra cosa és el que podria haver succeït).

Per cert abaix del tot de la gràfica trobem el vCJD, que son les inicials de les encefalopaties espongiformes transmissibles, el mal de les vaques boges; ens recordem no? Recordeu l’impacte mediàtic? Fixeu-vos en l’impacte real en temes de mortalitat. Això no treu que hi hagués fortes repercussions econòmiques i canvi de polítiques d’alimentació del bestiar com a conseqüència d’això.

Una patogènesi mortal no està necessàriament associada a una capacitat contagiosa elevada (com s’ha donant pel cas del H5N1, i s’està donant per MERS Coronavirus, per exemple, de l’Ebola tinc els meus dubtes). Un patogen zoonòtic escassament contagiós encara que probablement mortal pot ser que no s’escampi més enllà del cas índex, com acostuma a passar amb la ràbia, o pot ser que infecti solament contactes propers per després esgotar-se o defallir com el cas de la febre de Lassa i els filovirus (com l’Ebola quan es propagava en zones escassament poblades, és a dir, els brots previs). SARS va estar a prop de retroalimentar-se però va ser aturat a temps. Tanmateix les més preocupants son les infeccions insidioses, amb llargs i silenciosos períodes d’incubació en els quals la persona és infecciosa. Quan la malaltia emergeix, com el cas de la SIDA en 1981, la infecció ja s’ha estès fora de control.

 

Les MIE son doncs:

  • malalties velles, i ben conegudes, que estan experimentant un augment en la seva incidència o abast geogràfic (com la tuberculosi, el dengue, Chikungunya ara mateix al Carib),
  • agents recentment descrits que causen malalties conegudes (com la hepatitis C o les ulceres, Helicobacter pylori) o,
  • Malalties noves pròpiament dites com HIV i patologies respiratòries degudes a SARS Coronavirus (2002-2003) o a MERS Coronavirus (actualitat, Península Aràbiga), per exemple.

 

En resum, les malalties víriques emergents (com les bacterianes) tenen unes forces motrius, la majoria antropogèniques, degudes a nosaltres. Son, segons Kuiken et al., 2003. Current Opinion in Biotechnology 14:641-646:

  •  Canvis socials i demogràfics generalitzats,
  • tendències econòmiques i comercials,
  • canvis climàtics (escalfament global mundial, fenòmens regionals),
  • alteració ecosistemes (desforestació, eutrofització aigües, reducció del nombre de predadors d’organismes vectors, etc),
  • canvis a l’atenció mèdica i a les tecnologies (transfusions, transplantaments, resistència a antibiòtics).

I amb això acabem el repàs per posar-nos en context. Ara començarem a endinsar-nos individualment en cada virus.

 

Perquè cada virus, cada virus és una altra història.

Malalties transmissió sexual (MTS), microbiologia ambiental, salut pública, virologia ambiental, Zoonosi

Comentaris virus-lents (35): Notes de salut pública i emergències virals

Deja un comentario Publicado por en agosto 7, 2014

En aquests temps de ràpides alertes, i opinions vertiginoses, he recuperat, per capítols, una xerrada que vaig donar fa uns anys sobre malalties (víriques) emergents. No sentireu parlar del MERS Coronavirus ni d’aquesta última epidèmia d´Ebola però sí farem un passeig per les emergències víriques amb una introducció a la salut pública. Com sempre tot és posició personal, fonamentada, però personal.

If there is any conceivable way a germ can travel from one species to another, some microbe will find it. William McNeill, Plagues and People (Penguin, Londres, 1976)

Els medis de comunicació ens mostren, sovint de manera esbiaixada alertes o noticies alarmistes sobre malalies víriques com: SIDA, síndromes per Hantavirus, febres hemorràgiques (Ebola, etc), virus Chikungunya, West Nile virus, virus Rift Valley, SARS coronavirus; o bacterianes: neuroborreliosis, tuberculosi multirresistent, infeccions neucrotitzants per estreptococs grup A, però també encara còlera.

Ens ha de quedar clar que les infeccions, els patògens que les generen, creuen amb facilitat les fronteres socials o geogràfiques mentre que els recursos que es dediquen a combatre-les (know-how) es veuen bloquejats, figuradament, a les duanes; més pròpiament per un seguit de decisions (o no decisions) polítiques.

Moltes de les malalties que assignem com a “tropicals” afecten sobre tot els pobres de les zones “tropicals”; els grups de risc d’aquestes malalties es defineixen més per la seva condició socioeconòmica que per la latitud de les terres que ocupen. Dit d’una altra manera, una família benestant de zona tropical té un risc molt menor de patir malalties típiques de la zona que una família pobre de la mateixa àrea.

A més, la salut pública de una àrea concreta no és estable, és dinàmica. Hi ha transicions de la salut publica. Els estats o regions geogràfiques passen per transformacions epidemiològiques previsibles: així a mesura que milloren els estàndards de salut, i l’alimentació i la educació, les morts per malalties infeccioses donen pas a les determinades per malalties degeneratives o coronàries (progrés??).

Però dintre de cada país hi ha de tot, tenim diferents estats de salut. Així, a les dècades dels 70-80 s. XX, Harlem (NY) tenia taxes de mortalitat més altes que Bangladesh (per malalties infeccioses i violència). McCord&Freeman. 1990. N. Engl. J. Med. 322:173-177

 Figura 1

Mirem aquest gràfic (1), representa dues fotos fixes de les malalties d’un país Xile (no massa llunyà a Catalunya) a començaments i finals del s.XX. Crida l’atenció un important calaix de sastre en ambdós casos, correcte. I com les malalties infeccioses es redueixen a menys de la meitat mentre que càncers i malalties cardiovasculars (al incrementar-se l’esperança de vida de la població) es multipliquen quasi per 4. També veiem una davallada molt important de la diarrea, del 4,8% a menys del 0,9%. Aprofito per comentar que als països en procés d’industrialització durant el s.XIX (l’actual Primer Mon) la separació del sistemes d’aigües potables dels sistemes d’aigües residuals i la construcció de xarxes de clavegueram determinaren un canvi medi ambiental que conduí a una davallada impressionant de les infeccions entèriques amb un impacte superior al de l’ús de les vacunes i els antibiòtics durant el s. XX. Aquesta situació que es visqué al s. XIX als països europeus i d’altres es el que actualment es sofreix a les viles misèria i acumulacions periurbanes a Sud-Amèrica, Àfrica i Sud-est Asiàtic. Qualsevol millora en el subministrament i la potabilització de l’aigua en aquestes comunitats tindrà un gran impacte; més que una acció puntual d’assistència mèdica.

 Figura 2

Mirem ara la següent gràfica (2). El primer evident és la progressió de l’esperança de vida a tots els països amb caigudes puntuals. Actualment l’ esperança de vida està per sobre dels 50 anys a la immensa majoria de països amb l’excepció d’aquells amb un fort impacte i/o descontrol de la infecció per VIH (Botswana, per ex.). També ressaltar com els canvis de règim (Rússia a començaments del 90) amb la caiguda del sistema sanitari comunista han determinat una davallada de l’esperança de vida i una forta re-emergència entre d’altres de TBC, també HIV. És remarcable el cas de Botswana; amb 2 milions habitants té 300.000 VIH positius (esperança de vida de 65 anys  a 1985-90, a poc més de 40 anys ara quan la projecció sense la SIDA apuntava als 68 anys). Sud-àfrica, un estat limítrof, amb 48 milions de persones té 5,7 milions afectats de la SIDA, a un ritme d’uns 1000 morts diaris (molts d’ ells per complicacions, per exemple TBC). Estem davant d’una malaltia inicialment zoonòtica, sí zoonotica, que ha provocat una davallada de l’esperança de vida dels 55-60 anys a poc mes de 40 anys). Per contra Uganda, partint d’uns valors baixos, és el pol oposat: el país africà amb resposta més efectiva front VIH (amb Senegal) aplicant el mètode ASC (Abstinència, ser fidel i Condons). Un clar exemple que una lectura política correcta i implementació de mesures d’educació a la població pot reduir impacte d’una malaltia

 

La pregunta a fer-se seria, aquest procés progressiu amb reducció de l’impacte de les malalties infeccioses, i increment de l’esperança de vida és quelcom reversible? La resposta és SÍ.

 

La salut de l’individu està millor assegurada quan es mantén o es millora la salut de la comunitat sencera. David Satcher (Director CDC, 1995)

Una frase plena de sentit però… que (quin abast) és una comunitat?

 

Perquè molt dels patògens que considerem emergents o de gran impacte a la salut publica com el virus del dengue, de la SIDA, el virus Chikungunya, virus influenza aviaria però també la grip comuna, SARS coronavirus, Vibrio cholerae, Neisseria gonorrhoeae, Mycobacterium tuberculosis, etc no tenen en consideració divisions polítiques ni es detenen davant elles.

I no està de més recordar que tant emergents com alguns virus són els estats (bona part d’aquestes entitats van sorgir durant la segona meitat del segle XX).

 

I encara que soc completament refractari les teories conspiranoiques si és cert que de vegades accions o politiques implementades erròniament poden tenir impacte clar a la salut publica. En posaré tres exemples una mica allunyats en el temps ja.

  • Hi ha relació entre les estratègies del Banc Mundial i la propagació del SIDA? Lurie et al., 1995. AIDS, 9:539-546
  • Hi ha relació entre les pràctiques de transport marítim internacional i la propagació del còlera d’Àsia a Sudamèrica i altres zones de l’hemisferi Occidental? WHO, 1992. Weekly Epidemiol. Rec. 67:33-39; Mccarthy et al., 1992. Lancet 339:624
  • Com es relaciona el genocidi a Ruanda amb el còlera al Zaire? Goma Epidemiology Group. 1995.Lancet 345:339-344

 

Acabarem, aquesta primera entrega, amb una frase de Charles Darwin (a The Beagle)

Wherever the European has trod, death seems to pursue the aboriginal… Most of the diseases have been introduced by ships and what renders this fact remarkable is that there might be no appearance of the disease among the crew which conveyed this destructive importation.

El vell Mon exportà les seves malalties fa segles, potser ara ens estan retornant (ens estem retornant) la mercaderia.

 

Però aquesta, aquesta és una altra història.

avaluació de riscos, salut pública, virologia ambiental, Zoonosi

← Entradas anteriores

Entradas siguientes →