comentarisviruslents

Aquest blog és una seguit de comentaris personals i probablement poc transferibles sobre ciència i política.

Archivos en la Categoría: avaluació de riscos

Comentaris virus-lents (72): Bioseguretat a Europa; harmonitzant i deixant petja catalana.

Deja un comentario Publicado por en diciembre 10, 2014

Les últimes emergències virals mediàtiques (Ebola, MERS-Coronavirus, Chikungunya) no fan més que alimentar la necessitat d’una bona pràctica en el disseny, ús, manteniment de laboratoris o instal·lacions que treballin amb patògens d’elevada perillositat i greus conseqüències en cas del seu alliberament involuntari o malintencionat.

Des de fa més de quatre anys participo en iniciatives de formació de personal investigador però també militars i funcionaris a nivell europeu en temàtiques de bioseguretat, bioprotecció, avaluacions de risc, resposta a accidents, etc. La darrera iniciativa, un projecte europeu de títol BSL3/4 training school, títol clarament explicatiu, és un consorci d’experts de diferents procedències (Alemanya, Gran Bretanya, Bèlgica, Suècia, Catalunya) que durant 4 dies donem un curs intensiu d’aquestes temàtiques, dos cops a l’any. El que fa distintiu aquest curs és que juntament a les sessions de classe presencial, o magistral, del matí n’hi ha sessions pràctiques de tarda.

A les classes de matí es tracten temàtiques com el disseny d’instal·lacions d’alta seguretat biològica, accidents amb patògens i conseqüències, transport de material infecciós, com funcionen uns laboratoris BSL4; con funciona una instal·lació de nivell de bioseguretat 3 amb grans animals; inactivació de residus; descontaminació amb formaldehid i peròxid de di-hidrogen; desinfectants i desinfecció…

A les sessions pràctiques de la tarda els assistents entren en una autèntica instal·lació de nivell 3 i experimenta en les seves pròpies carns els canvis d’indumentària; les dobles o triples capes de guants i la disminució d’habilitat que això suposa i, dins de cabines de seguretat biològica practica procediments segurs de pipeteig; sembra de patògens com Bacillus anthracis; descontaminació de solucions d’ àcids nucleics per filtració; propagació vírica; assajos d’inactivació vírica; descontaminació de potencial contaminació per espores d’àntrax de cabines; com respondre a un accident (simulacre), etc.

Aquesta combinació i el fet que cada professor pren un parell d’alumnes com a tutor al llarg de les sessions pràctiques fa intensa, però alhora enriquidora, profitosa i divertida la experiència, parlant com a professor; caldria preguntar als alumnes encara que el feedback ha estat sempre bo.

L’èxit del curs es mesura pel fet que sempre hi ha un llarg llistat d’espera. De fet únicament s’admeten 10 alumnes per sessió i la llista d’espera no ha baixat mai de la trentena d’aspirants. Ajuda el fet que l’alumne únicament ha d’aportar al voltant de 350 euros perquè tota la resta de despeses (viatge, allotjament, menjars, material emprat, experts) estan cobertes pel mateix projecte europeu.

Però tot té un final, o un canvi transfigurador. Aquest projecte europeu s’acaba i s’ha decidit fer una sessió extra del curs que hostatjarem a Barcelona, el mes de març de 2015. Serà pels experts tot un canvi des de la freda però encantadora Göttingen a la més mediterrània però també fantàstica Barcelona.

La meva missió com a hoste, i la de CReSA com a institució que hostatjarà el curs a les seves instal·lacions, serà igualar (difícil) o superar (quasi impossible) les sessions prèvies i discutir, al final, la possibilitat d’estendre en el temps, en aquest format o en algun altre d’equivalent, aquesta experiència realment útil i que té una forta demanda.

Però aquesta, aquesta és una altra historia.

avaluació de riscos, biocontenció, bioprotecció, bioseguretat, descontaminació, desinfecció, Infeccions Laboratorials (LAIs), instal·lacions bioseguretat, salut pública, tecnologia VHP

Comentaris virus-lents (71): Ebola a mascotes; no ens les mereixem, les mascotes.

Deja un comentario Publicado por en diciembre 8, 2014

I amb això “anirem tancant la paradeta” sobre aquest tema, com deia un presentador de televisió recentment, i lamentablement, desaparegut.

La Agència Europea de Seguretat Alimentària (EFSA) i el Centre Europeu per la Prevenció i Control de les Malalties (ECDC) han publicat un informe a petició de la Comissió Europea sobre els riscs relacionats amb les mascotes que han estat en contacte amb persones infectades pel virus Ebola. Us sona, no?

EFSA i ECDC remarquen molt que els mamífers (ésser humans, però també altres primats, els ratpenats, porcs, porcs senglars,…gossos) poden contreure la malaltia però que no hi ha cap estudi publicat, per tant cap evidència científica, sobre el risc de contagi de les mascotes i, la derivada egoistament més important, sobre el risc de contagi des de les mascotes.

Quan els experts es posen a avaluar el risc de transmissió es plantegen diferents escenaris. Per exemple:

  • Si la mascota (gos o gat, per exemple) està en contacte amb una persona que no te símptomes (per exemple febre) el risc de ser infectat pel seu amo/a és “insignificant”. Com tots sabeu el virus Ebola sols comença a excretar-se quan s’inicien els símptomes (febre) i que com tot procés d’excreció no és ara no excreto virus, ara excreto virus a tort i a dret, hi ha una cinètica, una pendent de valors creixent.
  • Si la mascota està en contacte amb una persona amb símptomes inicials de la infecció com febre o cansament el risc de transmissió del virus cap a ella estaria entre “baix” i “molt baix”.
  • Si la mascota està en contacte amb una persona que presenta símptomes més avançats com vòmits, diarrea o hemorràgies (recordem que aquestes últimes no es donen a tots els malalts) el risc oscil·la entre “mig” i alt” depenen de la interacció, de la proximitat, entre mascota i afectat.

Per tant, si l’animal de companyia ha estat en contacte amb una persona infectada, la probabilitat que la mascota resulti infectada pot variar des de “insignificant” a “alta” en funció de moltes circumstàncies, específiques per a cada cas. Clarament un escenari d’incertesa generalitzada.

També es fan algunes assumpcions sense base clara. Així assumeixen un període d’incubació màxim a gossos i gats de 21 dies (perquè és allò establert per humans; us recordo però, veure entrada 60 d’aquest blog, que això no està del tot clar); assumeixen que tots els fluids corporals, incloent secrecions, són infeccioses però no fan cap referència al títol, a la càrrega vírica, de les mateixes; assumeixen que les mascotes poden actuar com a vector mecànics, com a fomites, portant el virus a la seva pell, al seu pelatge; i en una última assumpció épatant, accepten 6 dies com a període de persistència/supervivència del virus a les “superfícies” corporals de les mascotes.

Tanmateix el document traspua la necessitat de posar-se en el worst case o fer prevaldre el principi de precaució, quan les dades no son definitives i queden buits en el coneixement de la infecció i la transmissió.

 

Estarem preparats i disposarem de més informació per poder fer front a una situació equivalent en el futur? Jo personalment ho dubto. Això sí, millorarem segur. Ni Ana Mato estarà al Ministeri, ni el lamentabilíssim Javier Rodríguez estarà a cap Conselleria de Sanitat, i potser els catalans ja manegarem aquests temes de forma totalment independent.

 

Però aquesta, aquesta és una altra historia.

 

El link per qui vulgui aprofundir (molt esclaridor l’algoritme de la pàgina 7).

Haz clic para acceder a 3930.pdf

avaluació de riscos, biocontenció, reservori animal, salut pública, virologia ambiental, virus hemorràgics, Zoonosi

Comentaris virus-lents (70): Ebola a mascotes i evidències científiques; com gossos i gats.

Deja un comentario Publicado por en diciembre 6, 2014

A voltes amb Ebola i animals de companyia. Encara que trobareu ja una entrada, la 59, referida a aquest tema, fem una altra aportació.

Els filovirus, com el virus Ebola, estan present a molts animals, des de ratpenats a humans, passant per altres primats, però també porcs, porcs senglars, rosegadors, … antílops. Però servir de plataforma per la propagació d’un virus, una altra manera d’expressar el concepte de ser susceptible a la infecció, no està directament lligat a la capacitat posterior de transmissió del virus a un altre congènere o un individu d’una espècie diferent.

El Director del Centers for Disease Control and Prevention (CDC) en roda de premsa fa ja unes setmanes, va dir: “We know in rural areas of Africa, Ebola can infect mammals. In fact, that’s how it spreads, from probably bats to animals living in the forest, people hunting the animals”. Però no va dir res concret dels animals de companyia, gossos i gats, per exemple.

Fins el moment no tenim documentat cap cas de transmissió d’essers humans cap a gossos, o de gossos a persones. La única informació “científica” que tenim parteix d’un estudi del propi CDC, que va estudiar la prevalença d’anticossos anti-Ebola a gossos de la zona de Gabon afectada per una epidèmia d’Ebola els anys 2001-2002 i que va trobar que els gossos podien ser infectats pel virus Ebola, però que no exhibien cap mena de símptomes i que la infecció eventualment desapareixia, es feia fum. Per posar-ho tot en context, s’estimen en 5000 els goril·les morts per Ebola a Gabon i República del Congo en el període equivalent, 2002-2003. Els autors concloïen amb “dogs could be a potential source of human Ebola outbreaks and of virus spread during human outbreaks” però no van posar a prova aquesta hipòtesi, que implicava que els gossos transmetrien la infecció a traves de llepades, mossegades o neteges/raspallades, si no que van assumir el patró de transmissió genèric que implicava que el virus seria excretat a la saliva, la orina, les femtes, això sí, per un curt període de temps fins la eliminació de la infecció. Aquesta curtedat de temps tindria a veure amb l’absència de simptomatologia. Tanmateix altres experts opinen que des d’el moment que els gossos no mostren cap mena de simptomatologia de la infecció per Ebola no hi ha absolutament cap evidència “científica” que doni suport al seu paper o rol en la transmissió del virus. Jo seria més d’aquesta opinió.

Pensem a més que els gossos de les zones afectades mengen el que troben i dintre d’això pot haver-hi restes de menjars contaminats o directament petits animals del bosc que podien haver estat infectats per Ebola (així es va demostrar pel cas de Gabon). Per contra a països europeus l’aportament seria exclusiu de la persona amb la que estès en contacte, i la dieta com via d’entrada quedaria descartada.

John Blackwell, president de la British Veterinary Association digué “lethal disease has only thus far been seen in humans and primates and a few species of wild animals, it would appear that the main route of transmission is human to human contact” i aquest és el punt, la principalíssima ruta de transmissió és entre humans un cop el virus entra a la població, i pel cas índex, pel primer cas, em resulta extremadament difícil veure un gos a l’inici de la cadena, com a detonant.

I ja no parlem dels gats, als que sense una prova científica definitiva, se’ls podria considerar immunes ja que el virus no ha estat trobat, tot i els esforços, a cap felí silvestre africà.

Perquè si tornem a tenir una altra situació com la del gos Excalibur, potser caldria preocupar-se només per l’existència d’una instal·lació de quarantena adient, o d’un protocol que permeti actuar com instal·lació de quarantena a una instal·lació ja en funcionament amb altres finalitats, i no per un perill de transmissió de gossos a humans, ara per ara no provat.

I per la transmissió d’ humans a gossos la situació és bastant diferent, segons la Agència Europea de Seguretat Alimentària (EFSA) i el Centre Europeu per la Prevenció i Control de les Malalties (ECDC).

Però aquesta, aquesta és una altra historia.

avaluació de riscos, salut pública, virologia ambiental, virus hemorràgics, Zoonosi

Comentaris virus-lents (68): Inactivació vírica; el Sant Greal (3)?

Deja un comentario Publicado por en noviembre 27, 2014

Com dèiem a l’entrada prèvia comencem a desfilar el cabdell de mètodes d’inactivació vírica en hemoderivats i producte d’origen animal i comencem per uns mètodes històricament de llarg recorregut com són aquells que es basen en escalfar el material.

Escalfament de solucions aquoses. Un mètode típic és l’escalfament de solucions aquoses a 60 ºC durant 10 hores, la pasteurització, que és el tractament que s’utilitza en la farmacopea per a la inactivació viral en les preparacions d’albúmina. També, però, s’utilitza per a altres productes derivats del plasma: Factor de coagulació VIII (o FVIII) i antitrombina III. Desafortunadament, l’eficàcia d’aquest tractament és dependent de la presència d’estabilitzadors per tal de protegir les proteïnes i minimitzar la formació de neo-antigens, i aquests estabilitzadors també poden protegir de la inactivació els propis virus. Recordeu que els virus són en molt bona mesura proteïna (i àcid nucleic).

L’eficàcia de la pasteurització és diferent per a cada virus que es fa servir con a control. Així la pasteurització de concentrats d’antitrombina-III estabilitzats amb 0,5 M de citrat a pH 7,3 inactiven per complet (més de 6-log10) virus de la immunodeficiència humana (VIH) experimentalment inoculat, però també VHB. S’ha demostrat per diferents preparats, la inactivació completa de grans quantitats de virus embolcallats  (VIH, VHB, virus relacionats a VHC) i els virus no embolcallats (és a dir, petits virus como el poliovirus) en condicions de pasteurització clàssica. Estudis realitzats fa uns anys en el meu antic laboratori respecte l’eficàcia virucida de la pasteurització en productes intermedis en el procés d’obtenció d’hemoderivats demostraren que el VHA s’inactivava substancialment (reducció de més de 7-log10), encara que es va trobar HAV infecciós residual, al final del tractament tèrmic, fins i tot després de 10 hores, unes conclusions que no eren innovadores ja que altres autors les havien reportades.

Quan el material de partida te una provada termoestabilitat, es poden aplicar temperatures més altes. En el meu antic laboratori, es va realitzar una avaluació de l’eficiència de la inactivació viral del tractament tèrmic (87 a 93ºC) durant 180 minuts sobre una solució líquida d’origen animal. Aquest tractament resultà molt eficient (més de 4 log10R) per a la inactivació parvovirus porcí (PPV) i poliovirus (PV) a més d’alguns virus embolcallats.

Una de les preocupacions més importants dels mètodes de pasteurització és  aconseguir una bona barreja del líquid durant el tractament tèrmic per tal d’assegurar que tots els virus són sotmesos a la temperatura de processament el temps establert. S’han provat, en un estudi realitzat amb petits volums i temps de contacte curts, diferències en la inactivació de poliovirus en funció de la ubicació (vials parcialment submergits o submergits) i la agitació i el tipus d’agitació dels vials (rotatòria, per batzegades, en estàtic) que es troben dins el bany d’aigua. Per tant, de manera clara, el factor “barreja eficient” necessita ser estandarditzat.

Escalfament dels productes en pols. L’eficàcia d’aquest tractament pot variar d’acord a les condicions de liofilització, que és la manera habitual en la que s’obtenen alguns productes finals a partir de teixits animals, en particular els límits superior i inferior d’activitat d’aigua, que determinen la pressió de vapor parcial de l’aigua. La temperatura (60-80° C) i la durada (10-72 hores) del procés d’escalfament també són determinants.

Encara que alguns autors troben que la infectivitat del VHA és potencialment sensible a l’eliminació d’aigua, els resultats obtinguts per nosaltres mostraven que la caiguda de títol víric desprès de la liofilització per VHA estava entre 0,5-1,4 log10. No obstant això, altres virus semblants (virus no embolcallats de mida petita, com poliovirus) són més susceptibles, amb reduccions de títols entre 1,5-4,3 log10. Altres autors descriuen reduccions per liofilització de 1,5 log10 per PV i cap reducció per HAV, resultats que indirectament son reforçats per dades pròpies que demostren que la infectivitat de HAV no es veu molt minvada si es sotmès a dessecació a temperatures ambientals (reduccions entre 0,1-1,6 log10).

Quant a la pasteurització després d’una liofilització prèvia, no es detectà infectivitat residual de VHA després de 10 hores a 60 º C.

L’alta resistència a tractament tèrmic de parvovirus ha estat abastament descrita en diferents factors de coagulació. Tractaments tèrmics a 100ºC per 30 min va ser completament ineficaços per la inactivació de parvovirus B19, però, permetien la inactivació completa (per tant més d 4log10R) del VIH, el VHC i el VHA. Alguns estudis demostren que aquest efecte és molt ràpid; per VHA i poliovirus s’assoliren reduccions de 5 log10 un cop han passat tan sols 4 minuts d’escalfament. No obstant això, una vegada més, els procediments tèrmics poden fallar per inactivar completament parvovirus. L’eliminació dels parvovirus de productes sanguinis ha de cercar altres mètodes, ja sigui sols o en combinació amb la pasteurització.

Tractament amb calor seca. El factor de reducció general d’un procés de fabricació que inclogui una etapa de tractament de calor seca al final, comptarà amb un nivell de seguretat extra-viral proporcionada per aquest últim pas. Òbviament, el producte final ha de presentar una forta termoestabilitat. Aquest procediment s’ha assajat amb èxit per a la inactivació de HAV i el parvovirus caní (com a virus model) pels concentrats de factors de coagulació.

El resultats propis mostren que l’assecat a 70ºC en condicions de buit després d’ anhidrificació va ser eficient (més de 4 log10R) per a l’eliminació i / o inactivació de PV, i el virus de l’herpes simples (HSV), mentre PPV va mostrar un menor, encara que significatiu, grau d’inactivació, ja que menys del 0,1% de títol víric inicial sobrevisqué; per tant més del 99,9% s’inactivà.

 

El comportament de PV en aquests i altres experiments realitzats amb anterioritat fan despertar la preocupació d’estar-nos refiant massa de les dades obtingudes emprant aquest virus com a model. Degut a la seva escassa resistència, o alta sensibilitat, als tractaments, potser PV no ens estaria proporcionant una indicació adequada de la resistència d’altres virus humans (és a dir, HAV o parvovirus humà), en els productes derivats de plasma o en condicions de desinfecció o ambientals. La cerca d’un millor model, o assajos múltiples amb diferents virus per cobrir tots els aspectes de la resistència viral serien les possibles solucions.

 

Però aquesta, aquesta es una altra història.

avaluació de riscos, etapes inactivació, hemoderivats, hepatitis, parvovirus, poliovirus, salut pública

Comentaris virus-lents (66): Inactivació vírica, el Sant Greal (1)?

Deja un comentario Publicado por en noviembre 17, 2014

Els virus són a tot arreu. Per tant, l’aparició del virus als aliments, derivats sanguinis, cosmètics o productes biològics i farmacèutics generats a partir d’animals, teixits o línies cel•lulars no ha de ser passada per alt. De fet, la contaminació viral pot sorgir per agents adventicis introduïts involuntàriament durant el procés de producció, també, a l’hora d’afegir excipients, o estabilitzants, o… Ja que és impossible garantir l’absència total de virus en els animals, éssers humans o línies cel•lulars que estan a la base dels processos, les etapes d’inactivació de virus han de ser inserides (incorporades si cal “ex professo”) en el normal desenvolupament dels processos de fabricació per tal de produir productes “lliures” (recordem el risc “0” no existeix) de virus. L’elecció de l’estratègia d’inactivació vírica serà diferent en funció de la seva naturalesa i composició química (la del virus que considerem que es pot trobar al material de partida) però també dependrà de les característiques d’aquest propi material de partida. La introducció d’aquests processos, que són un valor afegit per als productes industrials i biotecnològics, s’ha convertit en obligatòria (CPMP / BWP / 268/95; CPMP / BWP / 269/95) en l’àmbit de la Unió Europea (UE), particularment pel que fa a hemoderivats (concentrats d’immunoglobulines, factors de coagulació, etc.). En les següents entrades es discuteix l’eficàcia de diversos processos d’inactivació física (temperatura, dessecació, nanofiltració, alta pressió, radiació gamma) i químiques (digestions o pH) dels virus potencialment presents als hemoderivats.

Hi ha molts factors que poden afectar la seguretat viral dels productes biològics (productes derivats de la sang, en endavant hemoderivats, productes farmacèutics i cosmètics d’origen animal, etc). Per als productes derivats del plasma humà, virus que estableixen una virèmia com els virus de l’hepatitis A, B, i C (VHA, VHB, VHC, respectivament), els virus de la immunodeficiència humana 1 i 2 (VIH1 i 2), i parvovirus B19, tenen implicacions profundes en les infeccions transmeses per la sang i els seus productes.

blood hep-a5  Hepatitis A virus (micrografía electrònica)

Blood Parvovirus_in_BloodParvovirus B19 (micrografía electrònica)

 

Malgrat un sistema d’assegurament de la qualitat per a la recollida, l’escrutini de la idoneïtat dels donants, l’anàlisi de les donacions, la gestió de dades sobre l’epidemiologia de les infeccions transmeses per la sang o les dades del sistema d’informació després de la recollida de les donacions, és impossible garantir la seguretat viral TOTAL dels productes originats a partir de plasma, línia cel•lular, o teixits animals.

blood-blood-products-2-728

D’altra banda, en la fabricació de medicaments derivats del plasma humà, o concentrats de glòbuls sanguinis, altres factors entren en escena com per exemple:

  • la presència de contaminació microbiana pot conduir a l’acumulació de pirògens i,
  • la introducció de contaminants virals amb els reactius afegits en el procés de producció.

Davant aquesta situació es poden adoptar tres principals enfocaments, que són complementaris i no excloents, per controlar el potencial de contaminació viral dels productes biològics:

  • la selecció i l’assaig de la matèria primera per controlar l’absència de virus detectables,
  • l’avaluació de la capacitat dels processos de producció per eliminar / inactivar virus i,
  • controls sobre els productes finals i intermedis durant la producció per avaluar l’absència de virus detectables.

Cap enfocament per si sol ofereix un grau suficient de fiabilitat.

Hi ha infinitat de proves diagnòstiques que son capaces de detectar els virus (el seu genoma, o la seva càpside), però no hi ha una sola prova que permeti avaluar la presència de tots els virus coneguts. Dit d’una altra manera, per testar l’absència de tots els virus coneguts s’hauria de fer un nombre inversemblant de proves. I…, que en fem amb els virus desconeguts? Els virus coneguts ara, per exemple, no estaven descrits fa 40 anys.

A més, tots els sistemes de prova diagnòstica requereixen un nivell mínim de contaminació viral per registrar un positiu; per tant, s’han de considerar les variables estadístiques en el mostreig. Tenint clar que no podem analitzar-ho tot, s’ha de decidir, amb un criteri matemàtic o estadístic quin és el volum o quantitat de mostra que es considera representativa i que ens garantirà aïllar el virus en el cas que es trobi present.

La manera de superar tots aquests problemes és dur a terme, de forma concomitant, estudis de validació de la capacitat d’inactivació vírica d’una o diverses etapes en el procés de producció. Aquest enfocament permet establir si un procés de fabricació és capaç d’inactivar els virus amb l’eficiència requerida (normalment una reducció mínima de 4 log, que vol dir passar de 100.000 virus a “1” virus o bé de 10.000 virus a cap virus).

L’objectiu dels estudis de validació viral és:

  • proporcionar evidència certa que el procés de producció inactiva/elimina virus eficaçment,
  • proporcionar evidència indirecta que el procés de producció podria inactivar / eliminar “noves” o impredictibles contaminacions víriques per part de virus desconeguts.

Un altre tema important en l’avaluació de inactivació viral en els productes biològics és l’elecció dels virus que s’utilitzaran.

En qualsevol cas, els virus que seran objecte de validació han de ser escollits en primer lloc per la seva versemblança respecte el virus considerat possible contaminant del producte; per exemple, si sospitem que un producte pot contenir un virus de mida gran i amb embolcall lipídic potser farem servir un virus model com el Virus Vaccinia. En segon lloc si és factible s’escolliran diversos virus per cobrir una àmplia gamma de combinacions pel que fa a les característiques fisicoquímiques (virus embolcallats o no embolcallats, virus ARN o virus ADN, virus de mida petita o virus de mida gran) amb la finalitat d’avaluar la capacitat del procés per eliminar / eliminar virus “en general”.

Com la majoria dels estudis de validació empren soques de virus de laboratori, cal considerar que les soques de laboratori difereixen les uns de les altres i totes elles dels virus “silvestres”, presents al medi ambient (nosaltres també som medi ambient, pels virus). L’elecció del virus cal realitzar-la acuradament: quan dos virus similars podrien ser utilitzats per a estudis de validació, s’ha d’escollir sempre el més resistent ja que cerquem un pitjor cas, un “worst case”, cal anar en contra nostra per reptar més el procediment d’inactivació.

A la propera entrada parlarem dels virus que es fan servir en aquestes proves de validació.

Perquè aquesta, aquesta és una altra historia.

avaluació de riscos, etapes inactivació, hemoderivats, hepatitis, salut pública, teràpies

Comentaris virus-lents (62): Walking on the wild side…but step by step.

Deja un comentario Publicado por en octubre 28, 2014

Chikungunya, disseny i validació d’instal•lacions d’alta seguritat biològica, biocontenció, bioprotecció, plans de contingències, protecció respiratòria, descontaminació de espais biocontaminats, peròxid de di-hidrogen, autoclaus, tractament tèrmic d’efluents, transport de mostres infeccioses, integració de la bioseguritat en sistemes de gestió integrals, normatives de gestió de la bioseguretat, virus de la febre de l’Oest del Nil, virus del dengue, micobacteries, febres hemorràgiques, Ebola…

Una relació de termes inconnexos? Potser ho semblen però no. Es tracta d’algunes de les temàtiques que es presenten en format de xerrades o taules rodones a la 2ª edició del Congrés de la Asociación Española de Bioseguridad, que tindrà lloc a Barcelona aquests 29 al 31 d’octubre, a l’auditori del Parc de Recerca Biomèdica de Barcelona (prbb). Més de 130 persones estarem dos dies xerrant i intercanviant experiències (algunes exitoses, altres no tant) en el camp del disseny i validació d’instal•lacions, en les meves modificacions, en els equips de protecció individual adequats en cada cas (els famosos vestits de tipus 3 o 4 pel que fa al Ebola, per exemple), les tecnologies de desinfecció i descontaminació més efectives i validables (per exemple aquelles basades en el peròxid de di-hidrogen) i en els procediments de capacitació del personal en la seguretat biològica i la seva formació continuada (un dels temes que també han sortit i s’han debatut abastament aquests dies amb el cas de la infermera infectada per l’Ebola, a Madrid).

AEBIOS és un associació jove, que té dos anys d’existència i ja té més de 150 socis. La seva funció, afavorir els contactes entre els professionals i les empreses i divulgar d’una forma clara i senzilla però no “alegre” o “simplificada” les bases de la seguretat biològica i la biocontenció. És un fòrum de debat de gent que porta molts anys treballant en el tema i d’altres que portem uns quants menys.

Després de dos dies de contactes amb companys de camp de treball del Parc de Recerca Biomèdica de Barcelona (prbb), del Centre de Regulació Genòmica (CRG), de STERIS Ibérica, de MATACHANA, de la European Biosafety Association (EBSA), del Centro Nacional de Biotecnología (CNB), de Lab Safety Consulting, de Hannover Medical School i del Institut Hospital del Mar d’Investigacions Médiques, i d’empreses del sector com DALKIA, DESUL, COFELY, 3M, GESTORA DE RESIDUS SANITARIS, o FHP, segur que podrem explicar novetats i adaptacions interessants, que ens permetin superar o bloquejar amenaces presents, però també futures, a la necessària seguretat biològica.

Això sí, com sempre, el risc “0” mai existirà, mai hi arribarem.

Però aquesta, aquesta és una altra història.

avaluació de riscos, biocontenció, bioprotecció, bioseguretat, descontaminació, desinfecció, instal·lacions bioseguretat, salut pública, tecnologia VHP

Comentaris virus-lents (60): Ebola; 21 dies! i no, no és una pel•lícula.

2 comentarios Publicado por en octubre 22, 2014

Vint-i-un dies. 21 dies. L’Organització Mundial de la Salut (OMS) emmarca el període d’incubació pel que fa al virus Ebola de 2 a 21 dies, la qual cosa significa que si als 21 dies d’haver estat en contacte amb una font potencial d’Ebola no s’han desenvolupat símptomes, s’estableix que hom no està infectat ni és contagiós. I aquesta xifra és la que fa servir també com a període de quarantena el Centre de Control de Malalties (Center for Disease Control and Prevention, CDC), als Estats Units.

Tanmateix Charles Haas, cap del Departament de Enginyeria Civil, Arquitectura i Enginyeria Ambiental de la Universitat de Drexel (Filadelfia), considera que aquesta xifra és un conveni al que s’ha arribat sense una discussió sistemàtica, i que potser caldria ser revisada.

Això és el que plasma a l’article On the Quarantine Period for Ebola virus publicat al PLOS Currents Outbreaks, de fa una setmana (14 Octubre).

Haas indica que aquesta xifra parteix de les dades de brots anteriors d’Ebola a Zaire (1976) i Uganda (2000), així com dels nou primers mesos del brot actual a l’Àfrica Occidental.

Tanmateix si es prenen els brots d’Ebola al Congo de 1995 i els informes epidemiològics més recents del brot actual a l’Àfrica Occidental, Haas descriu que un cop passats els 21 dies encara hi hauria una probabilitat de fins el 12% que alguna persona donada com a negativa estigues infectada i desenvolupes simptomatologia amb posterioritat. Per això es dedica a mirar la desviació típica, un paràmetre estadístic que indica quan es desvien, s’aparten, les dades individuals de la mitjana de dades col•lectiva, i que pot arribar a l’esmentat 12%. Això voldria dir que en el pitjor cas podriem donar com a negativa una persona de cada 8 de forma errònia, aproximadament. Aquest individu podria donar simptomatologia (el dia 22, o el 23 o el dia 25) i o bé tenir un desenllaç fatal entre els dies 6 i 16 des de l’aparició dels símptomes o bé recuperar-se entre els dies 6 i 11.

Haas no nega les raons de la xifra de quarantena anterior, de 21 dies, però reclama una reconsideració, perquè el lapse de temps podria no oferir una suficient protecció de la salut pública en el brot actual, i per brots futurs. Haas assenyala que el període de quarantena que ell establiria seria de 31 dies. De fet la seva tesi és que “clarament per patògens que tinguin un alt grau de transmissibilitat i /o gravetat, el temps de quarantena caldria que fos més extens que per agents menys transmissibles o greus”, i que una avaluació de riscos (risk assessment) detallada del cost-benefici d’aquesta rutina caldria ser executada en breu.

L’actual epidèmia hauria de permetre recollir dades de la manera més exhaustiva possible per mirar d’ajustar de nou aquest període de quarantena. A més en aquest període de incubació hi juguen factors com la intensitat i la via de contacte amb la font potencialment infecciosa. Quan l’epidèmia té un nombre baix d’afectats el biaix pot ser elevat; per epidèmies amb molts afectats cobrim moltes més combinacions la qual cosa ens farà més robusta la mitja però ens inclourà outliers, valors molt més allunyats i menys probables.

En qualsevol cas tota modificació del límit en dies de la quarantena ha d’estar lligada a un estricte anàlisi de cost / benefici. Perquè ja m’heu sentit dir-ho més d’un cop, el risc “0” no existeix.

 

Però aquesta, aquesta és una altra història.

 

link: http://currents.plos.org/outbreaks/article/on-the-quarantine-period-for-ebola-virus/

avaluació de riscos, salut pública, virologia ambiental, virus hemorràgics, Zoonosi

Comentaris virus-lents (59): Perro Ebola!! Una opinió políticament incorrecta.

Deja un comentario Publicado por en octubre 16, 2014

Aquesta entrada va en relació al gos de la família on s’ha donat l’únic cas d’Ebola fins ara a Espanya. Fins on he llegit i comentat amb companys, la única informació que es té de l’efecte del Ebola amb gossos és que els animals de les zones infectades no moren ni emmalalteixen, que no és política dels països afectats sacrificar-los i que sí se sap que un percentatge d’elles seroconverteixen. Per seroconvertir volem dir que quan cerquem activament anticossos que reaccionin envers l’Ebola aquests es detecten a la sang dels gossos de la zona afectada. Per tant el virus ha entrat i ha desfermat una resposta immune humoral, d’anticossos. Ni tan sols podria assegurar si el virus arriba a propagar-se perquè unes quantes llepades de gos en un infectat potser li faríen entrar una càrrega vírica més que elevada.

Bé, l’animal no sembla un gran risc però en aquestos casos crec que tots estaríem d’acord que cal adoptar el principi de precaució. Tothom estaria d’acord en aïllar-lo, crec. I ja posats a aïllar-lo, potser fer-ho en un lloc segur que no seria una gossera clàssica. Es podria pensar en el parell de centres a Espanya que podrien fer-ho, el CISA, Centro de Investigación en Sanidad Animal, a Valdeolmos, Madrid, i el CReSA, Centre de Recerca en Sanitat Animal, a Barcelona. Altrament no conec més instal·lacions on això pugui fer-se de forma segura. Que no en tinguem podria ser objecte d’una altra entrada. Allà, a CISA o CReSA, el gos podria estar en «quarantena» i aquests centres, que tenen habitacions hermètiques, i treballen en un ambient de pressió negativa, amb dutxes de sortida i personal amb equips de protecció individual prou desenvolupats, serien segurs per ell, el gos, i pels operaris.

És un bon pensament però parteix d’un seriós inconvenient i és que res viu, llevat dels treballadors, pot sortir d’aquesta mena de centres i així està regulatòriament establert. Es tracta de centres de Biocontenció, que contenen els patògens i els animals amb els que es fan experiments, però també els animals controls d’aquests experiments. Cap animal en quarantena o en activitat experimental, i això inclou tots els controls negatius, poden sortir del centre. El principi de precaució ens obliga a sacrificar-los i incinerar-los. Per tant, si el gos resultés no infectat per Ebola li esperaria, a la llarga, el mateix destí que ha tingut, desgraciadament, fa uns pocs dies.

El fet de mantenir-lo amb vida per veure la seva evolució i estudiar els efectes tampoc tindria gaire sentit, científic, com a mínim. Qualsevol activitat experimental es fa amb nombres relativament grans (si es pot de desenes d’individus) d’animals i es controla perfectament la dosi inoculada, via d’inoculació, el règim alimentari si cal, etc. En aquest cas estaríem treballant amb un animal, per tant espai mostral n=1 del que desconeixem quan es va infectar (si és que està infectat), per quina via, amb quina dosi, etc. Per tant l’aprofitament científic d’això seria literalment “0”.

A partir d’aquí entrem ja en els condicionants personals i de consideració envers els animals però això ja és una qüestió que jo no puc quantificar ni valorar. El que sí puc dir és que tot es relativitza molt quan veus segons quines imatges d’afectats a Sierra Lleona o Libèria i les seves condicions de cura i tractament. No haver abocat els esforços econòmics i personals allà, però no ara si no fa uns mesos, ens portarà problemes. I fixeu-vos que aquesta frase és, per si mateixa, profundament egoista. I aquí la culpa no la té sols el Govern Espanyol, que en aquest tema ha estat un exemple manifest de inconsciència, barrejat amb un xic d’arrogància i prepotència. Res de nou veient què tenim al Consell de Ministres.

Però aquesta, aquesta és una altra historia.
També al blog CReSA and the city: http://www.cresa.cat/blogs/sociedad/comentaris-virus-lents-15-perro-ebola/

 

 

avaluació de riscos, biocontenció, descontaminació, reservori animal, salut pública, virus hemorràgics, Zoonosi

Comentaris virus-lents (53): L’home savi pot canviar d’opinió; el neci, mai.

Deja un comentario Publicado por en septiembre 29, 2014

Els que em seguiu, un nombre creixent, sabeu que ja vaig dir en el seu moment que no abocar diners i medis al lloc de l’epidèmia d’Ebola no feia més que agreujar el problema. Si no ens ho prenem seriosament, i no vegin a les zones afectades que ens ho prenem seriosament no solucionarem res. I com ja vagi dir fa mesos el risc que esdevingui endèmica, amb un run-run de casos durant l’any, comença a ser important.

És per això que no puc deixar de recomanar l’article que m’ha passat una bona amiga. “The Ebola Fiasco” aparegut al NYT el 24 de setembre.

Pels que us costa l’anglès un petit resum…

La epidèmia d’Ebola és una tragèdia però, a més, la nostra resposta ha estat un clamorós error.
Aquest és un cas manifest en el que una acció ràpida hagués estalviat molts diners i salvat moltes vides. Ara, però, estem amb taxes de duplicació de casos cada dues o tres setmanes als països afectats i un escenari en el que a les projeccions de pitjor cas es comença a parlar d’un milió d’infectats a Libèria i Sierra Lleona per finals de gener 2015. Si reparem una teulada quan entra aigua perquè si no ho fem a la llarga se’ns esfondrarà la casa perquè no apliquen aquest mateix criteri en les emergències sanitàries o humanitàries mundials?

OG-AC485_EBOLA__NS_20140908122341

Gràfica de la mortalitat històrica d’epidèmies Ebola (la del 2014 clarament desfasada,

possiblement estarem ara pels 3000-4000 morts i pels 8.000-9.000 afectats

L’autor assenyala que l’arronsament d’espatlles inicial de les autoritats dels països afectats va anar seguida per la mateix actitud per la resta del món i ara tocarà pagar un peatge molt més alt en diners i en vides. I recorda el cas de la SIDA fa una generació, o el cas oblidat del colera a Haití mes recentment.

“It’s impreative to stop infectious diseases early” S’han d’aturar les malalties infeccioses al començament, res mes treuen el cap i ho il•lustra amb el cas d’un brot d’Ebola a Uganda el 2011. Com prèviament es van invertir diners en entrenar els treballadors sanitaris locals per reconèixer la simptomatologia vírica i adoptar les mesures inicials de contenció, aquell brot es va acabar amb … un cas, el cas índex!!

OG-AC477_EBOLA__NS_20140905191216

Gràfica de la progressió a partir cas índex de l’epidèmia actual.

Les estimacions més recents (ONU) indiquen que ens costarà 1000 milions d’euros els propers sis mesos però realment ningú sap el cost real. I el que és pitjor podria ser que ara, per netejar l’imatge s’aboquin carretades de diners en aquesta emergència i abandonem programes preventius realment molt necessaris. Així, l’autor assenyala la preocupació d’alguns gestors de programes de vacunació massius que poden veure els seus fons futurs compromesos i es pregunta si al s. XXI no tenim recursos per lluitar contra més d’un foc a la vegada.

La visió estreta i de curta volada està molt interioritzada a la vida pública. Malgastem milers de milions en lluitar contra els extremismes (o en armar-nos fins a les dents per si de cas) però no invertim sumes molt inferiors en educar nens i nenes i fer més lliures (més autosuficients) les dones als països pobres, encara que està demostrat que aquesta estratègia és la mes efectiva en millorar la vida de la gent i reduir els extremismes. I a casa no paguem per programes educatius i d’inserció per reduir els “comportaments criminals” però sí estem disposats a pagar per noves presons.

Tanmateix el pitjor de la nostra miopia no és el malbaratament financer; és que la gent està morint innecessàriament d’Ebola i que com a conseqüència d’un esforç tardà és possible que ara desenes de milions de nens ho paguin quedant-se sense vacunes.

leading_deaths_jpg

Per pensar-hi, avui, demà i sempre. I per recordar-ho, que no és ben bé el mateix.

Però aquesta, aquesta és una altra història.

 

Link a article original: http://www.nytimes.com/2014/09/25/opinion/nicholas-kristof-the-ebola-fiasco.html?_r=0

 

avaluació de riscos, eradicació, Finançament ciència, salut pública, teràpies, vacunació, virologia ambiental, virus hemorràgics, Zoonosi

Comentaris virus-lents (45): Per l’Ebolavirus no hi ha factor de protecció que valgui: no sap broncejar-se

Deja un comentario Publicado por en septiembre 4, 2014

La radiació solar és un gran germicida. De fet és el germicida primari a l’ambient. Ho és gràcies a la component ultraviolada de la radiació solar. La radiació UV mata els virus al provocar modificacions en el seu material genètic, el seu genoma. I això pot tenir, i té, implicacions en temes de bioseguretat, control de epidèmies i bioterrorisme.

 

La radiació solar conte una franja de radiació ultraviolada en la que podem distingir tres zones: la UV-C (entre 200 i 290 nm), la UV-B (entre 290 i 320 nm) i la UV-A entre (320 i 380 nm); aquesta última és la més propera a la banda visible de l’espectre. La fracció més virucida és la UVC; de fet els llums ultraviolats que hi ha a certes instal·lacions son làmpades de mercuri a baixa pressió que tenen una emissió primària a 254 nm. Tanmateix a nivell del terra, a la platja, als camps, la radiació UV que ens arriba és la UVB i UVA ja que la UVC, més energètica, queda majoritàriament retinguda a l’atmosfera. La UVA i UVB treballen exactament igual que la UVC, fan servir els mateixos mecanismes d’inactivació però com son menys energètiques, tenen menys força, són també menys eficients inactivant.

504px-Ozone_altitude_UV_graph_svg

Per tant un virus deixat al medi ambient, en un llac, dins una ampolla d’aigua exposada al sol, o bé com sang infectada vessada al terra, o dispersat de forma malintencionada en una zona, patirà l’acció agressiva de la radiació ultraviolada. Una acció, és clar, fortament depenent de la insolació del terreny (que varia durant el dia i durant l’any) i de les característiques intrínseques del virus (particularment la composició, però també la mida del seu àcid nucleic).

 

És l’àcid nucleic la diana de la radiació UV. La càpside proteica i l’embolcall lipídic que fan servir els virus per encapsular al genoma no tenen gaire importància aquí. Aquí la mida del genoma sí importa, però. Com la radiació UV és indiscriminada com més gran sigui l’objectiu (més gran o llarg sigui el genoma ADN o ARN) més impactes rebrà i més malmès quedarà. Per altra banda, el mecanisme d’acció té especial predilecció per unes molècules, unes pirimidines anomenades timines. Al impactar en elles alliberen energia i permeten la formació d’enllaços entre dues timines, els dímers de timina, que destaroten la funcionalitat del genomes…fets de ADN, ja que la informació codificada en el ARN fa servir uracil en comptes de timina. Per tant els virus ADN son, en principi, més sensibles a la radiació UV que els virus ARN. Com a contramesures hi ha certs mecanismes de reparació vírica i a més els virus de doble cadena (tant d’ADN com d’ARN) tenen avantatge ja que poden tenir malmès algun punt en una cadena però no en l’altra.

 

DNA-neu-en

I que hem de dir de la radiació UV. Que serà màxima al migdia, quan l’angle solar sigui de 90º respecte al terra. En aquest moment la radiació travessa el menor gruix d’atmosfera possible; al vespre i a la matinada la radiació arriba quasi paral·lela al terra i per tant ha de travessar un gruix atmosfèric i troposfèric (on està l’ozó) molt superior que retindrà o dispersarà més la radiació UV (particularment la UVC i bona part de la UVB) i a més s’ha de repartir en un àrea de terreny més gran (en certa manera toquen a menys fotons per m2). En principi l’alçada afavoreix la inactivació perquè redueix el gruix d’atmosfera que travessa la radiació solar; a 3000 metres la inactivació serà superior que a nivell del mar. Tot això en dies clars i sense pol·lució; els núvols i els ambients pol·lucionats minven espectacularment l’acció virucida de la radiació solar.

solar-surfaceofEarth

Tenim moltes dades a la bibliografia (bàsicament fent servir UVC, a 254 nm o longituds d’ona semblants, i lamentablement en sistemes líquids, amb els virus ens suspensions en aigua o altres líquids) d’inactivació (I) de virus corresponents a diferents famílies respecte a una intensitat concreta (o paquet d’energia aplicat) de radiació UV (e) i per altra banda coneixem el genoma (g) (mida i composició, cadena senzilla o doble cadena) d’aquests virus assajats (que dintre de cada gènere o família no varia significativament). Per tant, si “I” és funció “e” i de “g”, i coneixem la mida d’un filovirus com Ebola (sabem la “g”) i calculem la radiació solar incident en una àrea concreta (sabem la “e”) es poden obtenir valors d’inactivació teòrics ambientals (la “I”), aprofitant dades d’altres virus de mida o característiques de genoma semblants.

 

Així, aquests càlculs teòrics (ningun s’ha molestat en comprovar-ho, és clar, encara que l’epidèmia actual oferiria una possibilitat al respecte) indiquen caigudes del 90% de la infectivitat (1 log10 de reducció) de membres de la família Filoviridae a zones tropicals i insolació de migdia en 20-25 minuts. A zones més septentrionals parlaríem de 60 minuts. La quantitat de UV254 nm requerida per la inactivació de 1log10 ha estat estimada en 17 J/m2 pels membres de la família Filoviridae (Ebola). Con exemple a Las Cruces (Nou Mèxic) trobem valors durant el dia de 0,55 a 0,26 J/m2 254  per minut, recordem que depèn de l’inclinació o angle de la radiació solar, i per tant de l’hora del dia.

 

Recordem a més que la inactivació per radiació UV segueix una cinètica de primer ordre, lineal, per tant, idealment, 1 log10 de reducció en 30 minuts son 2 log10R en 60 minuts i 4 log10 en dues hores (posem de 11:00 am a 1:00 pm); dels virus inicials quedarien únicament el 0,01%. I al dia següent començaríem on ho vam deixar i per tant acabaríem en 0,000001% dels virus inicials. Tanmateix aquí no considerem la presència de núvols, ni de pols en suspensió, ni de zones d’ombra per edificis o arbrat. La natura no es deixa reduir o simplificar amb facilitat.

 

Per tant, i com vaig apuntar, teòricament però no agosaradament, en una entrada prèvia (veure post 23) aquesta informació, sobre tot si es pot contrastar amb validacions “in situ” en zones d’epidèmia o conflicte poden ajudar a l’hora de fer guies de quarantena per àrees contaminades després d’una epidèmia o una dispersió malintencionada de virus, o en qualsevol cas, podem ajudar a trepitjar amb més “confiança” zones afectades si no son recents.

 

Però aquesta, aquesta es una altra historia.

 

 

 

 

 

avaluació de riscos, descontaminació, salut pública, virologia ambiental, virus hemorràgics, Zoonosi

← Entradas anteriores

Entradas siguientes →